Submitted by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-03-21T19:02:17Z No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-03-21T19:02:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-03-21T19:02:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T19:02:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5) Previous issue date: 2014-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The Cryptonanus genus, in Didelphidae family, is currently constituted by five recognized species restricted to the open vegetation areas of South America: C. agricolai, C. chacoensis, C. guahybae, C. ignitus e C. unduaviensis. Morphological analyses on specimens from Cerrado, Caatinga and Pantanal, indicate the need of taxonomic revision for this group, especially considering its wide range of phenotypic variation and geographic distribution. This study aims to contribute in Cryptonanus species delimitation by evaluating possible patterns of intra and interspecific genetic variation, by the analysis of the phylogenetic relationships from the genetic lineages and their geographic distribution. Combined analysis using mtDNA potentially informative sequences, from cytochrome b (cytb) and subunit I of cytochrome oxidase c (coI) genes, were performed for 51 Cryptonanus specimens, in addition to independent analysis of each marker, 64 specimens for cytb and 54 for coI, sampling a total of 42 localities in South America. Genetic distances were estimated based on a DNA barcode approach. Phylogenetic relationships were retrieved from the results of Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference methods. The topologies recovered were congruent relative to the position of the genus Cryptonanus as a monophyletic cluster, subdivided in nine clades. Regarding species delimitation, two evolutionary hypotheses were tested: 1- the maintenance of four from five valid taxa (except C. ignitus, since this species was not included in the analyses), based on the characterization of intraspecific genetic variation ranged from 0 to 5,3% (cytb) and from 0 to 5,1% (coI), while interspecific variation ranging from 4,1 to 13,2% (cytb) and from 4,7 to 9,6% (coI), related with genetically structured populations in C. agricolai and C. chacoensis clusters; 2- extended biological diversity, related with the identification of five new species besides the five currently recognized. On this scenario, intraspecific genetic variation ranges from 0 to 2,4% (cytb) and from 0 to 3% (coI), while interespecific variation ranges from 2,1 to 13,2% for cytb and 1,6 to 9,6% for coI. The hypothesis 2 is argued to provide a better picture for species delimitation in Cryptonanus, based on the congruence between geographic structure, intra and interspecific genetic variation ranges and the recovery of reciprocal monophyletic genetic lineages in every phylogenetic analyses. / O gênero Cryptonanus, pertencente à família Didelphidae, é composto por cinco espécies válidas, restritas às formações abertas da América do Sul: C. agricolai, C. chacoensis, C. guahybae, C. ignitus e C. unduaviensis. De acordo com análises morfológicas de espécimes do Cerrado, Caatinga e Pantanal, é necessária uma revisão taxonômica do grupo, considerando todo o espectro de variação morfológica encontrada e a amplitude da distribuição geográfica. Este estudo tem como objetivo auxiliar na delimitação das espécies de Cryptonanus a partir da avaliação de possíveis padrões de distribuição da variação genética intra e interespecífica, da análise das relações filogenéticas obtidas entre as diferentes linhagens genéticas e da distribuição geográfica destas linhagens. Devido ao seu potencial informativo em estudos de delimitação taxonômica, foram realizadas análises combinadas de sequências dos genes citocromo b (cytb, 781 pb) e subunidade I da citocromo oxidase c (coI, 743 pb) do DNA mitocondrial para um conjunto de 51 espécimes de Cryptonanus, além de análises em separado para cada marcador, 64 espécimes para o cytb e 54 para o coI, amostrando 42 localidades da America do Sul. As estimativas de distância genética foram realizadas em análises utilizando a estratégia de DNA barcode. As relações filogenéticas foram analisadas com base nas inferências resultantes dos métodos de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. As topologias obtidas apresentaram resultados congruentes em relação ao posicionamento do gênero Cryptonanus em um agrupamento monofilético, o qual foi subdividido em nove clados. Em relação à delimitação de espécies, foram investigadas duas hipóteses evolutivas: 1- a manutenção de quatro dos cinco táxons válidos (excluindo-se C. ignitus, que não integra este estudo), a partir da caracterização de intervalos de variação genética intraespecífica entre 0 a 5,3% (cytb) e entre 0 a 5,1% (coI) e de variação interespecífica entre 4,1 a 13,2% (cytb) e 4,7 a 9,6% (coI), com estruturação genética nas populações de C. agricolai e C. chacoensis; 2- ampliação da diversidade do gênero com a identificação de cinco novas espécies, além das cinco espécies atualmente válidas, caracterizado por valores de variação intraespecífica entre 0 a 2,4% (cytb) e entre 0 a 3% (coI) e valores de variação interespecífica nos intervalos de 2,1 a 13,2% para cytb e 1,6 a 9,6% para coI. A hipótese 2 é defendida como sendo a condição que melhor representa a delimitação das espécies de Cryptonanus com base na congruência entre a estruturação geográfica, os intervalos de variação genética intra e interespecíficos válidos para outras espécies e a recuperação de linhagens genéticas reciprocamente monofiléticas em todas as análises filogenéticas.

As espécies do gênero Rineloricaria são representantes típicos da subfamília Loricariinae, família Loricariidae, tradicionalmente caracterizada pela presença de odontódios recobrindo o corpo, corpo fortemente deprimido e ausência de nadadeira adiposa. Rineloricaria compreende 65 espécies nominais, sendo o gênero mais rico em espécies na subfamília Loricariinae. Estudos filogenéticos prévios sobre Loricariidae não concordaram sobre a hipótese de monofiletismo e posicionamento filogenético de Rineloricaria entre outros Loricariinae. Os objetivos deste trabalho foram testar o monofiletismo do gênero e determinar seu posicionamento entre outros Loricariinae. Um estudo filogenético incluindo 36 espécies de Rineloricaria e 181 caracteres foi realizado utilizando parcimônia estrita. Os principais dados para análise foram derivados de morfologia esquelética e morfologia externa. O grupo externo incluiu uma quantidade representativa de gêneros considerados proximamente relacionados à Rineloricaria, sendo Neoplecostomus microps o táxon mais externo e ponto de enraizamento. Os resultados indicaram que Rineloricaria é monofilético e grupo-irmão dos outros Loricariinae. Doze sinapomorfias sustentam o monofiletismo de Rineloricaria. Dentre estas, uma sinapomorfia exclusiva é um processo dorso-mesial bem desenvolvido no quarto osso faringobranquial. Outras sinapomorfias não exclusivas para o gênero são: uma grande placa pré-anal trapezoidal circundada por três placas poligonais e caracteres específicos de dimorfismo sexual. / The species of Rineloricaria are typical members of Loricariinae subfamily, family Loricariidae, traditionally characterized by the presence of odontodes covering the body, strongly depressed body and absence of adipose fin. Rineloricaria comprises 65 nominal species and it is the most speciesrich genus in the subfamily Loricariinae. Previous phylogenetic studies on Loricariidae have not agreed on the putative monophyly and phylogenetic position of Rineloricaria among other Loricariinae. The objectives of this work were to test the monophyly of the genus and to determine its position among other Loricariinae. A phylogenetic study including 36 species of Rineloricaria and 181 characters was conducted using strict parsimony. The primary data for the analysis came from skeleton and external morphology. The outgroup included a number of representatives of genera previously considered as closely related to Rineloricaria, with Neoplecostomus microps as the most distant outgroup and rooting point. The results indicate that Rinolericaria is monophyletic and sister group to all other Loricariinae. Twelve sinapomorphies support the monophyly of Rineloricaria. Unique among them is the presence of a well-developed dorso-mesial process on the fourth pharyngobranchial bone. Other non-unique synapomorphies for the genus include: a great trapezoidal preanal plate surrounded by three polygonal plates and some specific dimorphic sexual features.

Submitted by Carmen Torres (carmensct@globo.com) on 2018-02-02T17:50:05Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescricaoGeneroNovo.pdf: 2491281 bytes, checksum: 1713bd7a42c75e2872f49b27c6f14589 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2018-02-07T17:35:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescricaoGeneroNovo.pdf: 2491281 bytes, checksum: 1713bd7a42c75e2872f49b27c6f14589 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-07T17:35:53Z (GMT). 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Dentre as subfamílias de Pentatomidae, Edessinae é a segunda mais diversa, com cerca de 320 espécies divididas em nove gêneros: Edessa Fabricius, 1803, Ascra Say, 1832, Brachystethus Laporte, 1832, Peromatus Amyot & Serville, 1843, Olbia Stål, 1862, Pantochlora Stål, 1870, Doesburgedessa Fernandes, 2010, Paraedessa Silva & Fernandes, 2013 e Grammedessa Correia & Fernandes, 2016. O gênero Edessa apresenta diversos problemas taxonômicos e nomenclaturais devido a falta de uma diagnose clara e objetiva. Dessa forma, as espécies que apresentam características gerais da subfamília e que não se enquadram na diagnose dos outros gêneros de Edessinae são consideradas como pertencentes à Edessa. Esta prática tornou o gênero um “depósito” de espécies com limites indefinidos. A proposta para o gênero é revisá-lo a partir de grupos de espécies com características semelhantes entre si, possivelmente sinapomorfias. Um destes enigmáticos grupos de Edessa é composto por Edessa celsa Distant, 1890 e três espécies novas. No presente trabalho um novo gênero composto por estas quatro espécies é descrito e comparado ao subgênero Hypoxys, o qual apresenta características comuns. Diagnoses, ilustrações do processo metasternal e genitália interna e externa, fotografias das vistas dorsal e ventral e um mapa de distribuição são apresentados. Uma chave dos gêneros de Edessinae e de Edessinae gen. n. também são apresentadas. Genitálias de machos e fêmeas de Edessa celsa são descritas pela primeira vez. A distribuição de E. celsa é ampliada para Costa Rica e México. O lectótipo de E. celsa é designado no presente trabalho. / The family Pentatomidae is the fourth most diverse among Heteroptera, comprising about 4.700 species divided in, approximately, 800 genera. The family is a monophyletic taxa characterized by the loss of gonapophyses 8, gonapophyses 9 reduced and fused to gonocoxites 9, gonangulum absent and the ductus receptaculi dilated and invaginated, forming three distinct walls. The subfamily Edessinae is the second most diverse, comprising about 320 species divided in nine genera: Edessa Fabricius, 1803 (about 300 species), Ascra Say, 1832 (14 species), Brachystethus Laporte, 1832 (10 species), Peromatus Amyot & Serville, 1843 (seven species), Olbia Stål, 1862 (three species), Pantochlora Stål, 1870 (one species), Doesburgedessa Fernandes, 2010 (five species), Paraedessa Silva & Fernandes, 2013 (nine species) and Grammedessa Correia & Fernandes, 2016 (12 species). The genus Edessa has many taxonomic and nomenclatural problems related to the lack of a reliable diagnosis. In this way, species which have general characteristics of the subfamily and did not fit in the diagnostic features of other genera of Edessinae are considered to belonging to Edessa. This practice made the genus a "deposit" of species with indefinite limits. The proposal for the genus is to revise Edessa in groups of species sharing morphological distinctive characters (possible synapomorphies). One of these enigmatic groups of Edessa is formed by Edessa celsa Distant, 1890 and three allied new species. Here we describe a new genus for these four species sharing a unique set of characteristics and compare with Hypoxys, subgenus of Edessa with similar facies. Diagnosis, illustrations of the metasternal process and external and internal genitalia, photographs of the dorsal and ventral view, and a distributional map are provided. A key to the genera belonging to Edessinae and a key to the species of Plagaedessa are also provided. Male and female genitalia of Plagaedessa celsa n. comb. are described for the first time. Distribution of P. celsa is extended to Costa Rica and Mexico. The lectotype of Edessa celsa is here designated.

Submitted by Diego Silva (diegoss@ufpa.br) on 2018-02-08T18:46:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_NeuroecologiaAvesFamilia.pdf: 5646927 bytes, checksum: 889955499c4c23c8f2589fd56f3556a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Diego Silva (diegoss@ufpa.br) on 2018-02-08T18:48:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_NeuroecologiaAvesFamilia.pdf: 5646927 bytes, checksum: 889955499c4c23c8f2589fd56f3556a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-08T18:48:36Z (GMT). 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Este trabalho tem o objetivo investigar se as respostas adaptativas do hipocampo ao comportamento migratório estão relacionadas com a migração e/ou com o padrão evolutivo entre espécies migrantes e não migrantes pertencentes ao gênero Charadrius. Os indivíduos de C. collaris e C. semipalmatus foram coletados em ilhas do litoral bragantino utilizando redes de neblina.As aves foram medidas, anestesiadas, identificadas enquanto espécies utilizando suas características morfológicas, tiveram amostras de tecido muscular coletadas e foram perfundidas por via transcardíaca. O encéfalo foi cortado no plano coronal, as secções foram coradas pela técnica de Nissl e imunomarcadas para NeuN, DCX e C-fos. Os números de células, volume da formação hipocampal e volume do soma celular foram estimados através do Fracionador Óptico, Cavalieri Estimator e Nucleator, respectivamente.O DNA total foi extraído para posterior sequenciamento do fragmento citocromo oxidase c subunidade I (COI) para gerar arvores filogenéticas de inferência Bayesiana, máxima verossimilhança, medidas de distância genética e analises dos contrastes filogenéticos. Os resultados mostraram que a anatomia da formação hipocampal observada em C. semipalmatus e C. collaris corrobora o observado para as aves em geral.Os resultados estereológicos evidenciaram que a espécie migratória possui maior volume da formação hipocampal, número de neurônios maduros e neurogênese, quando comparado a espécie não migratória, entretanto não houve diferença no volume dos somas de neurônios e células em atividade.Os resultados moleculares demonstraram não haver correlação entre as características da formação hipocampal e as distâncias evolutivas entre aves migrantes e não migrantes, indicando que as diferenças no número de células assim como o volume da formação hipocampal não ocorrem em razão da distância filogenética entre as espécies. Diante disso, evidencia-se a existência de diferenças neuroanatômicas na formação hipocampal de aves migrantes e não migrantes. E exclui-se os fatores divergência evolutiva como responsáveis por estes arranjos arquitetônicos. / The species Charadrius semipalmatus and Charadrius collaris are from the Plovers group (Charadriidae Family). These species are migratory and non-migratory birds, respectively. In the migratory birds, the hippocampus is important to recover memories related to the stopping places, details about the breeding and the wintering grounds. The hippocampus plays an important role the processing of spatial memory in these organisms, making them excellent models to investigate the effect of behavior in this brain region.This work aims to investigate whether the hippocampal adaptive responses to migratory behavior are related to the migration and/or evolutionary pattern between migrant and non-migrant species of Charadrius genus. The individuals of C. collaris and C. semipalmatus were collected in islands of the coast using mist nets. The birds were measured, anesthetized, identified at species level using morphological features, had samples of muscle tissue collected and were transcardially perfused. The brain was cut in the coronal plane, the sections were stained by the Nissl technique and immunolabelled for NeuN, DCX and C-fos.Cell numbers, hippocampal volume and cell volume were estimated through the Optical Fractionator, Cavalieri Estimator and Nucleator, respectively. The total DNA was extracted for subsequent sequencing of the cytochrome oxidase c subunit I fragment (COI) to generate phylogenetic trees of Bayesian inference, maximum likelihood, genetic distance measurements and analyzes of phylogenetic independent contrasts. The results showed that the anatomy of the hippocampal formations observed in C. semipalmatus and C. collaris corroborate that observed for birds in general.The stereological results evidenced that the migratory species had higher volume of hippocampal formation, number of mature neurons and neurogenesis, when compared to non-migratory species, however there was no difference in the volume of neurons and C-fos positive cells. Molecular results showed no correlation between the characteristics of the hippocampal formation and the evolutionary distances between migrant and non-migrant birds, indicating that the differences in the number of cells as well as the volume of hippocampal formation do not occur due to the phylogenetic distance between the species. Therefore, the existence of neuroanatomic differences in the hippocampal formation of migrant birds is evident, excluding evolutionary factors as responsible for these architectural arrangements.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-15T20:50:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_MorfologiaTaxonomiaAtractus.pdf: 5634526 bytes, checksum: 6358e290a16df2173fc8f4d35e8a1ce0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-18T15:28:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_MorfologiaTaxonomiaAtractus.pdf: 5634526 bytes, checksum: 6358e290a16df2173fc8f4d35e8a1ce0 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-18T15:28:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_MorfologiaTaxonomiaAtractus.pdf: 5634526 bytes, checksum: 6358e290a16df2173fc8f4d35e8a1ce0 (MD5) Previous issue date: 2012 / A coloração animal é um importante atributo biológico com diferentes funções relacionadas às estratégias de vida adotadas pelos indivíduos no ambiente, como a termorregulação, a defesa e a comunicação inter e intraespecífica. O mimetismo é talvez, um dos mais importantes mecanismos biológicos de comunicação, frequentemente envolvendo similaridade de cor com conotação defensiva. Os sistemas miméticos refletem um complexo processo de evolução, que acentua semelhanças morfológicas ou comportamentais entre duas ou mais espécies, garantindo vantagens adaptativas em pelo menos uma delas. Apesar de comum entre os invertebrados, o mimetismo também pode ser observado em grupos de vertebrados como lagartos e serpentes, por exemplo. Dentre os exemplos mais comuns de mimetismo em serpentes são descritas as relações entre os corais verdadeiras e falsas. A falsa-coral, Atractus latifrons (Günther, 1868) é endêmica da Amazônia e ocorre nos territórios de Brasil, Colômbia, Guiana Francesa, Peru, Suriname e Venezuela. Em função da semelhança cromática de seus diferentes padrões, esta espécie foi relacionada à algumas espécies de corais verdadeiras do gênero Micrurus que também apresentam distribuição amazônica. Embora a variação cromática desta espécie tenha sido relatada por alguns autores, algumas questões sobre o polimorfismo intraespecífico e sua relação com a distribuição geográfica, assim como a relação mimética com as corais verdadeiras de Micrurus ainda não foram estudadas. Com o objetivo de contribuir com a elucidação destas questões, este estudo foi organizado em dois capítulos: no primeiro capítulo, intitulado “Variação morfológica e taxonomia de Atractus latifrons (Günther, 1868) (Serpentes: Dipsadidae)”, foram apresentadas as variações da morfologia externa e hemipeniana da espécie, incluindo sua redescrição e descrição do holótipo, além das descrições dos padrões cromáticos e análise de dimorfismo sexual; e no segundo capítulo, intitulado “Relações miméticas entre Atractus latifrons e corais verdadeiras na Amazônia”, foram identificados os possíveis modelos miméticos para A. latifrons, inferindo suas relações miméticas através da análise de co-ocorrência e apresentando mapas de distribuição dos padrões miméticos entre as espécies envolvidas. / Animal coloration is an important biological attribute with different functions related to the strategies adopted by individuals in the environment, such as thermoregulation, defense and inter and intraspecific communication. The mimicry is perhaps one of the most important biological communication mechanisms, often involving similarity of color with a defensive connotation. Systems mimetics reflect a complex evolution process that accentuates similarities morphological or behavioral between two or more species guaranteeing adaptive advantages at least one. Though common between invertebrates, mimicry also observed in vertebrate groups as lizards and serpents eg. For examples common mimicry snakes are described relations between corals true and false. The false coral, Atractus latifrons (Günther, 1868) is endemic in the Amazon and occurs in the Brazil, Colombia, French Guiana, Peru, Suriname and Venezuela. Due to the similarity of their different color patterns, this species was related to some species of the genus Micrurus coral snakes that also have Amazon distribution. Although the chromatic variation of this species has been reported by some authors, some questions about the intraspecific polymorphism and its relation to geographic distribution, as well as the mimetic relationship with the coral snakes Micrurus not yet been studied. With the purpose of contribute to the elucidation of these issues, this study was organized into two chapters: In first entitled "Variation Morphological and Taxonomy Atractus latifrons (Günther, 1868) (Serpentes: Dipsadidae)" were presented morphological variations species including descriptions their standards chromatic and variations morphological intraspecific A. latifrons and analysis sexual dimorphism group; in second chapter entitled "Relations mimicry between Atractus latifrons and corals true Amazon" were identified for possible models mimetics A. latifrons, inferring their mimetic relationships through the analysis of co-occurrence and distribution maps showing patterns among mimetic species involved.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-18T18:47:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-25T12:31:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-25T12:31:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) Previous issue date: 2012 / O gênero Corythopis pertence à família Rhynchocyclidae e agrupa vários táxons sobre cujos limites e validade ainda deixam dúvidas, o que gera incertezas quanto a real quantidade de unidades evolutivas diagnosticáveis dentro do grupo. Esse gênero possui duas espécies reconhecidas: Corythopis delalandi, monotípica e distribuída nos biomas Mata Atlântica e Cerrado; e C. torquatus (endêmica da Amazônia), na qual são reconhecidas três formas, caracterizadas e distinguíveis uma das outras pelo padrão de tons de marrom na cabeça: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855) e C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. O objetivo deste estudo é tentar reconstruir os contextos temporais e espaciais do processo de diversificação das diferentes linhagens evolutivas de Corythopis, possibilitando inferências sobre a história evolutiva e limites inter e intraespecíficos do grupo. Foram realizadas análises filogeográficas (ML e IB) e populacionais com base em um marcador mitocondrial (ND2), além de uma árvore de espécies com dois marcadores nucleares (MUSK e βf5) e um mitocondrial (ND2). De acordo com os resultados observados, existem cinco filogrupos principais em Corythopis, endêmicos das seguintes regiões (áreas de endemismo): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (norte; a leste do rio Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (sul, a oeste do rio Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. Os resultados das análises filogenéticas e populacionais indicaram a existência de dois clados reciprocamente monofiléticos sustentados por altos apoios de bootstrap (>80%) e probabilidades posteriores (> 0.95), concordando desse modo com a taxonomia atual para o gênero Corythopis, que reconhece uma espécie biológica na Amazônia (C. torquatus) e outra na Mata Atlântica e Cerrado. A árvore de espécie concorda com as demais análises, mostrando que existem apenas duas linhagens reciprocamente monofiléticas em Corythopis bem apoiadas estatisticamente: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) e C. delalandi (F5), reforçando o seu status como espécies biológicas independentes. O padrão biogeográfico de separação entre os diferentes filogrupos Amazônicos de Corythopis é bem diferente daquele reportado até hoje para diferentes linhagens de aves Amazônicas, onde os eventos iniciais de separação envolveram populações dos escudos brasileiros e das Guianas. / The genus Corythopis, family Rhynchocyclidae, has several taxa whose limits and validity are still doubtful, generating uncertainty about the actual amount of diagnosable evolutionary units within the group. This genus has two species: Corythopis delalandi, monotypic and distributed in the Atlantic Forest and Cerrado biomes, and C. torquatus (endemic to Amazonia), in which three forms are recognized, characterized and distinguished from each other by the pattern of shades of brown on the head: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855), and C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. The objective of this study is to reconstruct the temporal and spatial contexts of the diversification of the genus Corythopis, allowing inferences about the evolutionary history and inter and intraespecific boundaries of the group. We performed phylogeographic (ML and IB) and population genetics analyzes based on a mitochondrial marker (ND2), and estimated a species tree for lineages within Corythopis with two nuclear (MUSK and βf5) and mitochondrial (ND2) markers. According to the results observed, there are five main filogroups of Corythopis endemic to the following regions (neotropical areas of endemism): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (north; east of the Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (south, west of the river Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. The results of phylogenetic and population genetics analyzes indicated the existence of two reciprocally monophyletic clades supported by high bootstrap support (>80%) and posterior probabilities (> 0.95), thus agreeing with the current taxonomy of the genus Corythopis, which recognizes an Amazonian (C. torquatus) and an Atlantic Forest / Cerrado biological species. The species tree agrees with the other analyzes showing that there are only two reciprocally monophyletic lineages in Corythopis with high statistical support: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) and C. delalandi (F5), reinforcing their status as independent biological species. The biogeographic pattern of separation between the different filogroups of Corythopis in the Amazon is quite different from that reported to date for different lineages of Amazonian birds, whereby the initial separation events involved populations from the Brazilian and Guianan shields.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-03-05T22:30:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaVocal.pdf: 1562601 bytes, checksum: 0643e5675edbc0dd2f3e536a82d709f7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-03-07T14:44:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaVocal.pdf: 1562601 bytes, checksum: 0643e5675edbc0dd2f3e536a82d709f7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-07T14:44:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaVocal.pdf: 1562601 bytes, checksum: 0643e5675edbc0dd2f3e536a82d709f7 (MD5) Previous issue date: 2009 / A dissertação foi elaborada no formato de artigo, intitulado de “Systematic revision of the spotted antpitta Hylopezus macularius, (Grallariidae), with description of a cryptic new species from brazilian Amazonia”, a ser submetido para a revista The AUK, formatado segundo os padrões da revista. Uma revisão sistemática da espécie politípica Hylopezus macularius (Grallariidae), baseada em caracteres morfométricos, de plumagem, vocais e moleculares, é apresentada. As análises morfológicas e vocais foram baseadas, respectivamente, em 45 espécimes e em 104 gravações. As filogenias moleculares basearam-se em 1.371 pares de bases de ADN dos genes mitocondriais 16S, ND2, e cyt b de 26 espécimes, incluindo diversos táxons como grupos externos. Nossos resultados revelaram a existência de um táxon não descrito, endêmico do interflúvio Xingu - Madeira, cripticamente similar morfologicamente ao paraensis, mas distinguível vocal e geneticamente do último e de todos os outros táxons agrupados sob H. macularius. As árvores moleculares obtiveram forte apoio e monofiletismo recíproco entre as quatro linhagens principais de H. macularius, três das quais correspondem aos táxons já nomeados (dilutus, macularius, e paraensis), e um ao táxon anônimo, que é descrito neste trabalho. Nós mostramos que aqueles quatro táxons são mutuamente diagnosticáveis através de uma combinação de características vocais e morfológicas, portanto recomendamos tratá-los como espécies separadas. Datas das árvores moleculares indicaram que as separações entre espécies do complexo ocorreram entre 2.92 e 0.78 milhões de anos, com as separações mais antigas concentradas no noroeste da Amazônia (através do rio Negro) e as mais recentes na parte sudeste da bacia (através do rio Xingu). / A systematic revision of the polytypic Spotted Antpitta (Hylopezus macularius, Grallariidae) based on morphometric, plumage, vocal, and molecular characters is presented. Morphological and vocal analyses were based, respectively, on 45 specimens and 104 recordings. Molecular phylogenies were inferred based on ca. 1.371 bp of the mitochondrial DNA genes 16S, ND2, and cyt b belonging to 26 specimens, including several outgroups. Our results revealed the existence of an undescribed taxon endemic to the Madeira – Xingu interfluve, cryptically similar in morphology to paraensis, but vocally and genetically readily distinguished from the latter and any other taxon grouped under H. macularius. Molecular trees obtained recovered with strong support the reciprocal monophyly among four main lineages of the Spotted Antpitta, three corresponding to already named taxa (dilutus, macularius, and paraensis), and one to the unnamed taxon, which is described herein. We show that those four taxa are also mutually diagnosed by a combination of both vocal and morphological features, and therefore recommend treating them as separate species. Dating of the molecular trees indicated that splits among species of the Spotted Antpitta complex took place between 2.92 and 0.78 mya, with the older splits concentrated in northwestern Amazonia (across the Negro and upper Amazon rivers) and the most recent ones in the southeastern part of the basin (across the Xingu river).

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-03-05T21:44:13Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_RevisaoTaxonomicaComplexo.pdf: 1400215 bytes, checksum: 5694b668556ef62de80639f083fe4445 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-03-08T14:06:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_RevisaoTaxonomicaComplexo.pdf: 1400215 bytes, checksum: 5694b668556ef62de80639f083fe4445 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-08T14:06:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_RevisaoTaxonomicaComplexo.pdf: 1400215 bytes, checksum: 5694b668556ef62de80639f083fe4445 (MD5) Previous issue date: 2009 / O complexo Gonatodes concinnatus, conforme estabelecido aqui, consiste nas espécies caracterizadas por uma mancha suprahumeral branca com margens pretas; vermiculações no dorso; e escamas alargadas sob a cauda, apresentando a seqüência 1’1’1” e, em alguns casos, 1’1’2” (na porção anterior). Duas espécies são atualmente reconhecidas neste grupo amazônico, G. concinnatus e G. tapajonicus. Novos materiais encontrados no leste da Amazônia (nos estados do Pará e Amapá, Brasil) fizeram necessária a revisão dessas espécies. Analisamos diversas populações dentro deste complexo, provenientes do Peru, Equador, Colômbia e Brasil (mas não da Venezuela), incluindo os novos registros. Os espécimes foram separados em grupos definidos com base no padrão de coloração. Análises discriminantes, utilizando o método por passos (stepwise), foram realizadas para comparar a morfologia externa (representada por medições e contagens de escama, separadamente) nestes grupos. Os resultados apóiam o reconhecimento de quatro táxons, correspondendo a G. concinnatus, da Amazônia Ocidental, no nordeste do Equador e do Peru; G. tapajonicus, da bacia do Rio Tapajós, no Pará, Brasil; e duas novas espécies, uma do leste da Amazônia, nos estados do Pará e Amapá, Brasil, e outra da região cisandina central da Colômbia. As diagnoses e descrições de todas as espécies são apresentadas. / The Gonatodes concinnatus complex, as established here, consists of Gonatodes species characterized by a white suprahumeral spot with black margins; vermiculations on back; and transversely enlarged scales under the tail, showing the sequence 1’1’1”, and in some cases 1’1’2” (on the anterior portion). Two species are presently recognized in this Amazonian group, G. concinnatus and G. tapajonicus. New material found in eastern Amazonia (states of Pará and Amapá, Brazil) made it necessary to review species of this complex. We analyzed several populations within this complex, from Peru, Ecuador, Colômbia, and Brazil (but not from Venezuela), including those new records. Specimens were separated in groups defined on basis of color pattern. Stepwise discriminant function analyses were then performed to compare the external morphology (represented by measurements and scale counts, separately) in these groups. Results support recognition of four taxa, corresponding to G. concinnatus, from western Amazonia, in Ecuador and northeastern Peru; G. tapajonicus, from the Tapajós river basin, in Pará, Brazil; and two new species, one from eastern Amazonia, in the states of Pará and Amapá, Brazil, and another from cis-andean central Colombia. Diagnoses and descriptions of all species are presented.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-08-02T20:34:58Z No. of bitstreams: 2 Tese_ComunidadeIcticaInterrelacoes.pdf: 314073329 bytes, checksum: 162643e63180de141a2776f1582f5b6b (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-08-13T12:54:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese_ComunidadeIcticaInterrelacoes.pdf: 314073329 bytes, checksum: 162643e63180de141a2776f1582f5b6b (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-13T12:54:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_ComunidadeIcticaInterrelacoes.pdf: 314073329 bytes, checksum: 162643e63180de141a2776f1582f5b6b (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2004 / Este estudo apresenta diferentes metodologias aplicadas para compreender o funcionamento dos ambientes de um trecho do rio Xingu (PA), em relação à comunidade de peixes que nele habitam. Através do uso da ictiofauna procurou-se confirmar alguns padrões ambientais, visando constatar o estado atual de conservação de um trecho deste rio. A partir de levantamentos da ictiofauna local conforme a variação sazonal do rio, foram feitas diferentes análises ao nível espécies, populações e guildas tróficas. No nível de organização das populações, o estudo de parâmetros biológicos tais como: taxa de crescimento corporal, tamanho corporal máximo, taxa de mortalidade e o tamanho médio do início da maturação sexual constituíram uma boa aproximação para entender a história de vida dos diferentes grupos de peixes. Foi evidenciada uma tendência das comunidades de estarem conformadas por espécies tipo r-estrategistas e com menor tamanho corporal, em relação ao número de k-estrategistas de maior tamanho. Numa abordagem funcional, foi verificado que estruturar as comunidades em guildas constitui um bom indicador tanto dos padrões de convergência de uni ecossistema afim ao setor estudado do Xingu quanto do atual estado de conservação do mesmo. Um modelo de balanço de massas construído para o setor do médio rio Xingu indicou que se trata de um sistema com grande instabilidade ambiental e, que por sua vez, se comporta como um sistema sazonalmente maduro. A aparente restrição sazonal na disponibilidade de recursos alimentares observada para o setor de rio estudado pode incidir numa máxima eficiência no uso e transferência dos mesmos no ecossistema. Uma análise biogeográfica foi feita a partir da ocorrência das espécies para contextualizar o setor do rio compreendido entre a confluência dos rios Iriri e Xingu até as proximidades do povoado de Senador José Porfirio, na bacia do Xingu. Através desta análise verificou-se que o médio (a montante das cachoeiras) e baixo Xingu (a jusante) encontram-se inseridos em duas áreas de endemismo. A baixa afinidade na composição de espécies, observada para estes dois setores, é atribuída a uma variação geográfica na paisagem. Assim, a ocorrência do limite das cachoeiras nas proximidades do povoado de Belomonte e o efeito do rio Amazonas no setor do baixo Xingu podem ser os principais fatores que explicam as diferenças na composição ictiofaunística e na abundância das espécies em relação ao setor do médio Xingu. Finalmente, ressalta-se a importância da manutenção da conectividade hidrológica como forma de manter os processos ecológicos que ligam o sistema das cabeceiras à foz, e discutem-se os eventuais impactos na dinâmica ambiental e nas espécies de peixes do médio rio Xingu que serão ocasionados com a construção do projeto hidrelétrico de Belomonte. / This study presents applied methodologies to better understand the dynamics of mechanisms characterizing a portion of the Xingu River, with respect to fish communities living in that environment. Through the study of the ichthyofauna it is aimed to verify various environmental standard patterns, in order to assess the current conservation state of a part of the Xingu River. Based on surveys of the local ichthyofauna conducted over seasonal variations, analyses were conducted at the specieS, population and trophic guild levels. With regards to the ecological population level, study of biological parameters such as individual growth rates, asymptotic body length, mortality rates and size at first maturity were good indicators for a better understanding of the life history of those fish groups. Therefore a trend was observed in which species of relatively small body size to followed a "r" type strategy, whilw species of larger body sizes would follow the "k" strategy tactics. From a functional point of view, it was verified that guild community structure is not only a good indicator of convergence patterns to similar ecosystems as like the Xingu River studied stretch, but also a tool to assess its conservation status. A steady- state ecosystem model for the medium Xingu River sector indicated that it is a system highly instable, and simultaneusly look like a mature seasonal system. An apparent seasonal restriction of food availability observed in the studied river section could imply optimum use efficiency and transfer of the trophic resources. A biogeographic study was undertaken based on species occurrence in order to conceptualise the River stretch comprised between the confluences of the Iriri and Xingu Rivers up to the vicinity of of the village Senador José Porfirio, in the Xingu basin. By means of this analysis, it was possible to demonstrate that the medium upstream of waterfalls) and lower (downstream) courses of the Xingu River are parts of two endemic areas. The low affinity of species composition observed in these two sectors is attributed to geographic variations in the landscape. Therefore, the boundaries of the waterfalls around the village of Belomonte and the influence of the Amazon River in the lower Xingu course could trigger differences in ichthyofaunal composition and species abundance when compared to the medium course of that river. Finally, the importance of maintaining all hydrologic connectivity is pointed out in order to maintan the unity of the system, from the headwaters to the mouth. Impacts on environmental processes and fish populations in the medium course of the Xingu River as a result of the eventual construction of the Belemonte hydroelectric dam are discussed.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-08-23T15:39:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoGeograficaZonas.pdf: 18570156 bytes, checksum: 1ea272ee8894a0800ddd66920fb7dc72 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-08-30T14:39:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoGeograficaZonas.pdf: 18570156 bytes, checksum: 1ea272ee8894a0800ddd66920fb7dc72 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-30T14:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoGeograficaZonas.pdf: 18570156 bytes, checksum: 1ea272ee8894a0800ddd66920fb7dc72 (MD5) Previous issue date: 2003 / O complexo Icterus cayanensis-chtysocephalus apresenta um intrincado padrão de variação em plumagem e tamanho corpóreo. São reconhecidos, tradicionalmente, para o grupo seis táxons: Icterus chtysocephalus, I. cayanensis cayanensís. I. cayanensis tibialis, I. cayanensis tibialis, I. cayanensis valenciobuenoi, I. cayanensis periporphyrus e I. cayanensis pyrrhopterus, que se substituem geograficamente ao longo de grande parte da América do Sul. Neste estudo foi feita a descrição dos padrões de variação geográfica. Foram diagnosticadas quatro espécies, à luz do conceito filogenético de espécie: Icterus cayanensis (Amazônia Meridional), Icterus chrysocephalus (Amazônia Setentrional), Icterus tibialis (Caatinga) e Icterus pyrrhopterus (Chaco); os táxons I. cayanensis valenciobuenoi e I. cayanensis periporphyrus foram sinonimizados. Entre as formas amazonicas (chrysocephalus e cayanensis) foi detectada a presença de uma zona híbrida mais extensa do que aquela reportada na literatura. No Brasil Central foi diagnosticada a maior zona de intergradação conhecida para aves, com aproximadamente 2.300 km de extensão, produto do intercruzamento entre Icterus tibialis e Icterus pyrrhopterus, formas distribuídas pela Caatinga e Chaco, respectivamente. Postula-se que as zonas de intergradação diagnosticadas neste estudo são produto do intercruzamento de populações previamente diferenciadas em isolamento geográfico. / The Icterus cayanensis-chrysocephalus species complex shows an intricate pattern of geographic variation in body measurements and plumage. Traditionally, six taxa have been recognized in this group: Icterus chrysocephalus, I. cayanensis cayanensis, I. cayanensis tibialis, I. cayanensis valenciobuenoi, I. cayanensis periporphyrus and I. cayanensis pynhopterus, which replace each other geographically in South America. In this work, the geographic pattern of plumage and size variation was described for this species complex, and inferences were made about the evolutionary processes behind those pattern. Under the phylogenetic species concept (PSC), four species are diagnosed; Icterus cayanensis (Southern Amazon), I. chrysocephalus (Northern Amazon), I. tibialis (Caatinga) and I. pyrrhopterus (Chaco). The taxa lcterus cayenansis vaienciobuenoi lhering (1902) and Icterus cayanensis periporphyrus (Bonaparte 1950) were synonymizied. A hybrid zone more extensive than hitherto reported in the literature was detected between two Amazonian taxa: I. chrysocephalus and I. cayanensis. In Central Brazil, it was recognized one of the widest zones of intergradations known for birds to date, approximately 2.300 km wide, between I. tibialis and I. pyrrhopterus. R is postulated here that those hybrid zones were formed by secondary contact, after a period of differentiation in geographic isolation.