O trabalho descrito na tese foi realizado na Universidade do Porto. INEB-Instituto de Engenharia Biomédica, Universidade do Porto. Faculdade de Medicina. Departamento de Bioquímica, Johannes Gutenberg University. University Medical Center. REPAIR Lab-Institute of Pathology / Tese de doutoramento. Engenharia Biomédica. Universidade do Porto. Faculdade de Engenharia. 2011

Orientador: Marizilda dos Santos Menezes / Resumo: A complexidade é uma propriedade com reconhecimento emergente dentro das ciências, e sua presença está cada vez mais valorizada no desenvolvimento de projetos interdisciplinares. Tratando de lidar com princípios evolutivos e as regras de organização dos sistemas complexos, a complexidade traz conceitos que podem aportar inovações para a área do design e dos métodos de composição de formas e geometrias. Nesse cenário, o design de superfícies é uma especialidade que pode se beneficiar desses novos métodos, principalmente com o avanço das tecnologias digitais e o uso de algoritmos computacionais. Buscando entender a importância da complexidade para o design de superfícies complexas, este trabalho investiga a relação da programação de dados com as metodologias de design envolvidas. Por meio de um estudo de caso, foram pesquisados os projetos que envolvessem os princípios do desenvolvimento de padrões aplicados à área têxtil, estabelecendo a conexão de superfícies bidimensionais e tridimensionais com os sistemas complexos e a utilização de softwares de programação algorítmica, como o Processing e o Grasshopper. Foram realizadas também experimentações que reproduzissem alguns algoritmos de padronagem. Deste modo, o projeto abrange novos caminhos para a concepção do design de superfícies e busca estabelecer parâmetros para o uso de novos processos digitais. / Abstract: Complexity is a property with emerging recognition within the sciences, and its presence is increasingly valued in the development of interdisciplinary projects. Trying to deal with evolutionary principles and the rules of organization of complex systems, complexity theory carry concepts that can bring innovations to the area of design with methods of composition of shapes and geometries. In this scenario, surface design is a specialty that can benefit from these new processes, especially with the advancement of digital technologies and the use of computational algorithms. Seeking to understand the importance of complexity for the design of complex surfaces, this work investigates the relationship of data programming with the design methodologies involved. Through a case study, were analyzed projects involving the development of textile design with pattern principles, establishing the connection of two-dimensional and three-dimensional surfaces with complex systems and the use of algorithmic programming software, such as Processing and the Grasshopper. As a consequence of the research, were also performed experiments that reproduced some algorithms for pattern design. In this way, the project covers new ways of improving surface design and establishes parameters for the use of new digital processes. / Mestre

Biobanco é definido como uma coleção organizada de material biológico humano e informações associadas, coletado e armazenado para fins de pesquisa, conforme regulamento, sob responsabilidade institucional, sem fins comerciais. Abordam ainda a saúde humana de uma maneira multidisciplinar, combinando a biologia e a medicina com tecnologias informativas de bioinformática e computação. Para um bom planejamento de um biobanco, deve-se ter conhecimento dos tipos de bioespécimes que serão armazenados, as condições necessárias de manuseio e armazenamento, bem como o período de permanência e possível aumento da quantidade de amostras. Por isso, este trabalho objetivou a criação de protocolos padrões para a elaboração de um Biobanco. Para isso, foram desenvolvidos protocolos específicos, os quais foram realizados de acordo o Guia de Boas Práticas, considerado o mais atual e de grande impacto, desenvolvido pela ISBER (Sociedade Internacional de Repositórios Biológicos e Ambientais). Também foram utilizadas a Portaria número 2.201, de 14 de setembro de 2011, a Resolução CNS 441 de 2011 e a Resolução RDC Nº 306, de 7 de Dezembro de 2004, todas do Ministério da Saúde. Os protocolos foram divididos em: 1) Informações Pessoais; 2) Bancos de Dados, 3) Coleta Geral de Amostras; 4) Quadro de Funcionários; 5) Instalações; 6) Segurança; 7) Leis e Ética; 8) Descarte de Materiais e 9) Elaboração da documentação para envio ao CONEP. Portanto, espera-se através deste trabalho, trazer as melhores práticas para a implementação e desenvolvimento de biobancos, visando melhorias na pesquisa e na ciência no quesito tecnológico e laboratorial, com base nos regulamentos éticos e legais. / Biobank is defined as an organized collection of human biological material and associated information, collected and stored for research purposes, according to regulation, under institutional responsibility, with no commercial purposes. It also addresses human health in a multidisciplinary way, combining biology and medicine with informative bioinformatics and computing technologies. For a suitable planning it must be aware of the types of biospecimens that will be stored, the appropriate conditions of handling and storage, as well as the period of permanence and possible increase of the quantity of samples. Therefore, this study aimed to the creation of standard protocols for the elaboration of a Biobank. For this, specific protocols have been developed, which were carried out according to the Best Practices Guide, considered the most updated and of great impact, such as the protocol developed by ISBER (International Society of Biological and Environmental Repositories). Also, was used an Administrative Order number 2.201, dated September 14, 2011, Resolution CNS 441 of 2011 and Resolution RDC No. 306, of December 7, 2004, all of the Ministry of Health. The protocols were divided into: 1) Personal Information; 2) Databases, 3) General Collection; 4) Staff Regulations; 5) Installation; 6) Security; 7) Laws and Ethics; 8) Materials Disposal and 9) Preparation of documentation for sending to CONEP. Therefore, it is expected through this work, to bring the best practices for implementation and development of biobanks, aiming for improvements in research and science regarding technological and laboratory aspects, based on ethical and legal regulations.

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-16Bitstream added on 2014-08-13T18:01:28Z : No. of bitstreams: 1 000747183_20150516.pdf: 388655 bytes, checksum: 28bb4ca0fd35b64c1425eeff151db6dc (MD5) Bitstreams deleted on 2015-05-19T12:01:09Z: 000747183_20150516.pdf,Bitstream added on 2015-05-19T12:01:40Z : No. of bitstreams: 1 000747183.pdf: 1675711 bytes, checksum: 172952b37ea05e8baceeccb4e6e6ea8f (MD5) / A franca expansão das florestas de eucalipto observada nos últimos anos em diferentes estados brasileiros aumentou a dependência tecnológica da cultura, tornando necessária a sua inserção no contexto biotecnológico. Para tal, a disponibilidade de ferramentas moleculares que viabilizem a produção de árvores geneticamente modificadas se faz necessária. Nesse contexto, o presente trabalho visou validar funcionalmente dois promotores de Eucalyptus grandis, o primeiro relacionado a um gene que codifica uma Lacase (denominado EgLac) com expressão específica em caule (câmbio), e o segundo relacionado a uma actina (denominado EgAct) com expressão ubíqua. Um cassete de expressão contendo o promotor EgLac em fusão transcricional com o gene repórter GUS (previamente construído) foi inserido em plantas de Arabidopsis thaliana, e uma expressão vascular foi constatada em testes histoquímicos. Em cortes histológicos observou-se que a expressão de GUS ficou restrita ao floema de raízes e folhas. Em paralelo, o gene EgAct teve a sua expressão ubíqua validada em diferentes órgãos/tecidos de eucalipto, e a sua região promotora foi amplificada. Um cassete de expressão contendo o promotor EgAct em fusão ao repórter GUS foi igualmente inserido em plantas de A. thaliana. Análises histoquímicas revelaram uma expressão vascular do gene repórter distribuída ao longo de toda a planta. Por outro lado, a quantificação da expressão de GUS em plantas transformadas revelaram níveis variáveis de acumulação de transcrição de acordo com a idade e o órgão/tecido analisado / The rapid expansion of eucalyptus plantations observed in recent years in different Brazilian states increased the technological dependence of the culture, and its inclusion in the biotechnological context is an urgent need. For this, the availability of molecular tools that enable the production of genetically modified trees is necessary. In this context, the present work aimed to functionally characterize two promoters of Eucalyptus grandis, the first one related to a gene encoding a laccase (called EgLac) with specific expression in stem (cambium region), and the second one related to a gene encoding an ubiquitously expressed actin (called EgAct). An expression cassette containing the EgLac promoter transcriptionally fused to the GUS reporter gene was inserted into Arabidopsis thaliana, and a vascular expression pattern was observed in histochemical tests. Histological sections showed that GUS expression was restricted to the phloem of roots and leaves. In parallel, the ubiquitous expression of EgAct was validated using different eucalyptus organs/tissues, and its promoter region was amplified. An expression cassette containing the EgAct promoter fused to the GUS reporter was also inserted into A. thaliana. Histochemical analysis revealed a vascular expression of the reporter gene distributed throughout the plant. Moreover, quantification of GUS expression in transformed plants revealed variable levels of transcript accumulation according to the age and organ/tissue analyzed

Um tema relevante de pesquisa em pneumologia atualmente é a contratilidade de via aérea, e como a mesma é modulada por estímulos mecânicos e farmacológicos. De modo a contribuir com este campo de pesquisa, este projeto tem por objetivo a execução de medições de grandezas associadas à mecânica respiratória de vias aéreas isoladas in vitro para avaliar sua resposta a estímulos externos como alterações de pressão transmural, estiramento, poluentes e drogas. Para tal finalidade, foi integrada uma nova instrumentação de processamento de imagens e condicionamento/estimulação de tecidos aos equipamentos já em uso em diversas pesquisas pelo Laboratório de Engenharia Biomédica da Escola Politécnica da Universidade de São Paulo. Este ambiente foi testado em corpos de prova; foi avaliado o efeito da pressão transmural na mecânica de traqueias e o ambiente foi utilizado na análise do efeito de bronco-constritores na mecânica respiratória de traqueias decelularizadas (utilizadas em transplante traqueal). Os testes em corpos de prova demonstraram a capacidade do ambiente em executar as medidas de interesse; os estudos com pressão transmural quantificaram a expansão das paredes da traqueia com o incremento da pressão interna e os estudos com traqueias decelularizadas mostram que as mesmas não respondem a broncoconstritores, ao contrário de traqueias normais que apresentaram indícios de contração. Desta forma, o ambiente foi capaz de realizar pesquisas de contratilidade de via aérea, demonstrando indícios da insensibilidade de traqueias decelularizadas a bronco-constritores. / Currently, a relevant field in the research of pulmonology is the contractibility of airways, and their modulation through mechanical and pharmacological stimuli. In order to contribute to this research, the goal of this project is to execute measurements of respiratory mechanic indicators to assess the behavior of isolated airways in vitro to external stimuli such as modifications in transmural pressure, dynamic stretching, pollution and drugs. For this purpose a new image processing and tissue conditioning/stimulation environment was integrated with the existing instrumentation already in use by the Biomedical Engineering Laboratory in the Escola Politécnica da Universidade de São Paulo. The environment was tested in tubular structures mimicking airways, the effect of transmural pressure in the respiratory mechanics of trachea was assessed and the environment was used in the research of the effect that bronchoconstrictor drugs have on the respiratory mechanics of decellularized tracheas (used in tracheal transplants). The tests in tubular structures proved the environments capacity to execute the desired measurements; the expansion of the tracheal walls with the rise of internal pressure was quantified and the experiments with decellularized tracheas show that they are not responsive to bronchoconstrictor durgs, opposite to normal tracheas that presented evidences of contraction. The environment succeeded in the execution of research of airway contractibility and demonstrated evidences of insensitivity of decellularized trachea to bronchoconstrictor drugs.

A área da medicina nuclear possui uma crescente vertente em terapia de doenças, particularmente no tratamento de tumores radiosenssíveis. Devido à alta dose utilizada na terapia desses tumores é de extrema importância a quantificação da distribuição da dose, para assim evitar os efeitos deletérios nos tecidos sadios. No Brasil o sistema de dosimetria interna utilizado é o MIRD (Medical Internal Radiation Dose) baseado em um modelo de referência que não possui dados suficientes do paciente para obter uma avaliação detalhada da dose em terapia. Novos sistemas de dosimetria interna utilizam imagens de tomografia computadorizada para obter tanto informações do corpo do paciente, como informações da distribuição da atividade interna do paciente, para assim, com base nessas informações, realizar o cálculo de dose mediante um código de Monte Carlo. Esse tipo de dosimetria é denominado dosimetria personalisada do paciente. No Centro de Engenharia Nuclear do Ipen, está em desenvolvimento uma metodologia em que as informações das imagens tomográficas são inseridas no código de Monte Carlo MCNP5 mediante um software denominado SCMS (Sistema Construtor de Manequins Segmentadores). Assim, a dosimetria pode ser realizada de forma personalizada para cada paciente, obtendo-se a deposição de energia nos órgãos de interesse. O presente trabalho teve por objetivo contribuir para a área de medicina nuclear com o desenvolvimento de parte do sistema mencionado de dosimetria personalizada do paciente para terapia radionuclídica. Para isso foram propostos três objetivos específicos: (1)Desenvolver um software para converter imagens de tomografia computadorizada (CT) em parâmetros do tecido (ρ,ωi); (2) Desenvolver um software para realizar a correção de atenuação em imagens tomográficas de medicina nuclear (SPECT ou PET) para fornecer o mapa de atividade relativa e (3) Preparar os dois softwares anteriores para fornecerem dados de entrada ao SCMS. O software desenvolvido para o primeiro objeto específico foi o Image Converter Computed Tomography (ICCT) que obteve uma boa precisão para determinar a densidade, e em relação à composição dos tecidos, os únicos elementos que obtiveram alta variação foram o carbono e oxigênio. Felizmente, essa variação para a faixa de energia utilizada em terapia radionuclídica não é prejudicial para a distribuição da dose. Uma das vantagens é a alta precisão em relação a cálcio e fósforo que possuem grande influência na distribuição da dose. Para o segundo objetivo foi desenvolvido o Attenuation Corretion PET SPECT (ACPS) que efetua a correção de atenuação em imagens de PET e SPECT mediante o método de Chang de 1a ordem e gera a distribuição da atividade relativa no interior do paciente. Por fim, os dados gerados pelos dois softwares foram formatados para o SCMS. / The nuclear medicine area has an increasing slope in the therapy of diseases, particularly in the treatment of radiosensitive tumors. Due to the high dose levels in radionuclide therapy, it is very important the accurate quantify of the dose distribution to avoid deleterious effects on healthy tissues. In Brazil, the internal dosimetry system used is the MIRD (Medical Internal Radiation Dose) based on a reference model that does not have adequate patient data to obtain a dose accurate assessment in therapy. However, in recent years, internal radionuclide dosimetry evaluates the spatial dose distribuition basead on information obtained from CT and SPECT or PET images together with the using of Monte Carlo codes. Those systems are called patient-specific dosimetry systems. In the Nuclear Engineering Center at IPEN, this methodology is in development. When the CT images are inserted into the Monte Carlo code MCNP5 through of use of a interface software called SCMS the dosimetry can be accomplished using patient-specific data, resulting in a more accurate energy deposition in organs of interest. This work aim to contribute with the development of part of that patient-specific dosimetry for therapy. To achieve this goal we have proposed three specific objectives: (1) Development of a software to convert images from Computed Tomography (CT) in the tissue parameters (ρ, ω(i)); (2) Development of a software to perform attenuation correction in nuclear medicine tomographic images (SPECT or PET) and to provide the map of relative activity and (3) Provide data to the SCMS code by these two softwares. The software developed for the first specific objective was the Image Converter Computed Tomography (ICCT), which obtained a good accuracy to determine the density and the tissue composition; the elements that had high variation were carbon and oxygen. Fortunately, this variation for the energy range used in radionuclide therapy is not detrimental to the dose distribution. A major advantage is the high accuracy obtained to calcium and phosphorus which have great influence on the dose distribution calculation. For the second objective it was developed the Attenuation Corretion SPECT PET (ACPS) software which performs the attenuation correction in PET and SPECT images through of 1a order Chang method and create the relative activity distribution within of patient. Finally, the data generated by the two softwares, was formatted to SCMS which in provides the complete information do the MCNP5 Monte Carlo code for radiation transport simulation for dose distribution estimation.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:07:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MichelleCF.pdf: 1141059 bytes, checksum: ba6218c7d1a1f1eb9b756d2fa95a63de (MD5) Previous issue date: 2006-06-14 / This work reports the influence of the poly (ethylene terephthalate) textile surface modification by plasmas of O2 and mixtures (N2 + O2), on their physical and chemical properties. The treatment was carried out in a vacuum chamber. Some parameters remained constant during all treatment, such as: Voltage 470 V; Pressure 1,250 Mbar; Current: 0, 10 A and gas flow: 10 cm3/min. Other parameters, such as working gas composition and treatment time, were modified as the following: to the O2 plasma modified samples only the treatment time was changed (10, 20, 30, 40, 50 and 60 minutes). To the plasma with O2 and N2 only the chemical concentrations were changed. Through Capillary tests (vertical) an increase in textile wettability was observed as well as its influence on aging time and its consequence on wettability. The surface functional groups created after plasma treatments were investigated using X-ray Photoelectron Spectroscopy (XPS). The surface topography was examined by scanning electron microscope (SEM) / Neste trabalho, investigou-se a influ?ncia do tratamento superficial a plasma utilizando como gases de trabalho o oxig?nio e uma mistura de nitrog?nio + oxig?nio, sobre as propriedades f?sicas e qu?micas do tecido 100% Poli?ster. O tratamento foi realizado em uma c?mara contendo os gases de trabalho sob baixa press?o (~ 1 mbar) mantendo-se constante durante todo ensaio alguns par?metros do plasma, tais como, voltagem: 470 V; press?o: 1,250 mbar; corrente: 0,10 A e fluxo de g?s: 10 cm3/min. Para os tratamentos com plasma de oxig?nio puro utilizaram-se diferentes tempos de tratamento: 10, 20, 30, 40, 50 e 60 minutos. Para os tratamentos com plasma de N2 O2, fixou-se o tempo de tratamento em 10 minutos e variaram-se as concentra??es de N2 entre 10% - 90%. Atrav?s do teste de capilaridade (arraste vertical) foi observada a melhora na hidrofilidade do tecido, bem como a influ?ncia da a??o do tempo sobre o tratamento superficial e sua conseq??ncia frente ? molhabilidade. A cria??o de grupos funcionais na camada superficial foi investigada por espectroscopia de fotoel?trons excitados por raios-X (XPS). A topografia foi observada por microscopia de varredura eletr?nica (MEV)

Orientador: Ivan de Godoy / Banca: Celso Luis Marino / Banca: Márcio José da Silva / Resumo: A franca expansão das florestas de eucalipto observada nos últimos anos em diferentes estados brasileiros aumentou a dependência tecnológica da cultura, tornando necessária a sua inserção no contexto biotecnológico. Para tal, a disponibilidade de ferramentas moleculares que viabilizem a produção de árvores geneticamente modificadas se faz necessária. Nesse contexto, o presente trabalho visou validar funcionalmente dois promotores de Eucalyptus grandis, o primeiro relacionado a um gene que codifica uma Lacase (denominado EgLac) com expressão específica em caule (câmbio), e o segundo relacionado a uma actina (denominado EgAct) com expressão ubíqua. Um cassete de expressão contendo o promotor EgLac em fusão transcricional com o gene repórter GUS (previamente construído) foi inserido em plantas de Arabidopsis thaliana, e uma expressão vascular foi constatada em testes histoquímicos. Em cortes histológicos observou-se que a expressão de GUS ficou restrita ao floema de raízes e folhas. Em paralelo, o gene EgAct teve a sua expressão ubíqua validada em diferentes órgãos/tecidos de eucalipto, e a sua região promotora foi amplificada. Um cassete de expressão contendo o promotor EgAct em fusão ao repórter GUS foi igualmente inserido em plantas de A. thaliana. Análises histoquímicas revelaram uma expressão vascular do gene repórter distribuída ao longo de toda a planta. Por outro lado, a quantificação da expressão de GUS em plantas transformadas revelaram níveis variáveis de acumulação de transcrição de acordo com a idade e o órgão/tecido analisado / Abstract: The rapid expansion of eucalyptus plantations observed in recent years in different Brazilian states increased the technological dependence of the culture, and its inclusion in the biotechnological context is an urgent need. For this, the availability of molecular tools that enable the production of genetically modified trees is necessary. In this context, the present work aimed to functionally characterize two promoters of Eucalyptus grandis, the first one related to a gene encoding a laccase (called EgLac) with specific expression in stem (cambium region), and the second one related to a gene encoding an ubiquitously expressed actin (called EgAct). An expression cassette containing the EgLac promoter transcriptionally fused to the GUS reporter gene was inserted into Arabidopsis thaliana, and a vascular expression pattern was observed in histochemical tests. Histological sections showed that GUS expression was restricted to the phloem of roots and leaves. In parallel, the ubiquitous expression of EgAct was validated using different eucalyptus organs/tissues, and its promoter region was amplified. An expression cassette containing the EgAct promoter fused to the GUS reporter was also inserted into A. thaliana. Histochemical analysis revealed a vascular expression of the reporter gene distributed throughout the plant. Moreover, quantification of GUS expression in transformed plants revealed variable levels of transcript accumulation according to the age and organ/tissue analyzed / Mestre

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Due to a raise in forest ecosystem alterations, either by anthropic or natural action, there has been a need for knowledge and conservation of Brazilian forest genetic resources, since environment preservation has a great social and economical interest. Eugenia involucrata DC. (Cerejeira-do-mato), a Brazilian forest fruit species which has been used in projects for the recovery of degraded areas and legal and permanent reservation areas can as well be an alternative income for family agriculture, through the use of its non-timber products. However, besides this species having recalcitrant seeds, which lose viability fast, there is a lack of scientific and technological information that subsidize its sustainable use. Because of this, the present paper aimed at selecting efficient methods of calogenesis induction from leaf explants, addressing indirect somatic embryogenesis and, simultaneously, the improvement of this species in vitro cultivation techniques. In regard to calogenesis in vitro, microbial contamination and callus induction on leaf discs of Eugenia involucrata were assessed and selected, about phenolic oxidation: the combinations of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) and Thidiazuron (TDZ) concentrations, the same way, the embryogenic potential of the calluses formed was assessed, through a histochemical test; sucrose concentrations; the combinations of sucrose and TDZ concentrations; and, also, the reduction of sucrose and 2,4-D and TDZ phytoregulators concentrations. All of them added to MS nutrient medium. As main results, the following stand out: the phenolic oxidation was higher in the presence of 2,4-D, and the combination of 2,4-D and TDZ was not significant in callus formation, only cytokinin, however the presence of auxin in the nutrient medium is essential for calogenesis. The same way, the calluses presented embryogenic potential with a friable aspect and nodular structures; TDZ has influenced the microbial contamination, once in its presence there is a smaller occurrence of bacterial colonies and fungal mycelia. Sucrose and TDZ, when applied in isolation, influenced the formation and quality of the calluses, however, the interaction between them was not significant. The decrease of sucrose and phytoregulators 2,4-D and TDZ did not affect the tested variables. The best combinations of 2,4-D and TDZ for calogenesis on leaf discs of Eugenia involucrata are 5 and 5 μM and 5 and 10 μM, respectively. The most indicated concentration of TDZ is 5 μM, for it being the concentration with which the calluses have an improved quality and, simultaneously, contributes for cost reduction. The most efficient sucrose concentrations for calogenesis are 30 or 90 gL-¹, being that the calluses quality is superior in the bigger one. The calogenic formation on leaf discs of Eugenia involucrata aiming at an indirect somatic embryogenesis is possible. / Em decorrência do aumento nas alterações dos ecossistemas florestais, por ação natural ou antrópica, tem havido uma demanda por conhecimento e conservação de recursos genéticos florestais do Brasil, haja vista que é de grande interesse social e econômico a preservação do ambiente. A Eugenia involucrata DC. (Cerejeira-do-mato) por ser uma espécie frutífera florestal, nativa do Brasil, que vem sendo utilizada em projetos de recuperação de áreas degradadas, em áreas de reserva legal e de preservação permanente, pode servir, também, como uma alternativa de renda para a agricultura familiar, por meio da utilização de seus produtos não madeireiros. Entretanto, além dessa espécie possuir sementes recalcitrantes, que perdem a viabilidade com rapidez, há carência de informações científicas e tecnológicas que subsidiem a sua utilização sustentável. Em virtude disso, o presente trabalho objetivou selecionar métodos eficientes de indução à calogênese a partir de explantes foliares, visando à embriogênese somática indireta, e, simultaneamente, o aperfeiçoamento de técnicas de cultivo in vitro dessa espécie. No que diz respeito à calogênese in vitro, foram avaliadas e selecionadas, sobre a oxidação fenólica, a contaminação microbiana e a indução de calos em discos foliares de Eugenia involucrata: as combinações de concentrações de ácido 2,4- diclorofenoxiacético (2,4-D) e Thidiazuron (TDZ), bem como foi avaliado o potencial embriogênico, por meio de teste histoquímico, dos calos formados; as concentrações de sacarose; as combinações de concentrações de sacarose e TDZ; e, ainda, a diminuição de concentrações de sacarose e dos fitorreguladores 2,4-D e TDZ. Todos adicionados ao meio nutritivo MS. Como principais resultados destacam-se: a oxidação fenólica foi maior na presença do 2,4-D, e a combinação de 2,4-D e TDZ não foi significativa na formação de calos, somente a citocinina, entretanto a presença da auxina no meio nutritivo é essencial para a calogênese. Igualmente, os calos apresentaram potencial embriogênico com aspecto friável e estruturas nodulares; o TDZ influenciou a contaminação microbiana, já que na sua presença há menor incidência de colônias bacterianas e micélios fúngicos. A sacarose e o TDZ, quando empregados isoladamente, influenciaram a formação e a qualidade dos calos, entretanto, a interação entre eles não foi significativa. A diminuição da sacarose e dos fitorreguladores 2,4-D e TDZ não afetaram as variáveis testadas. As melhores combinações de 2,4-D e TDZ para a calogênese em discos foliares de Eugenia involucrata são 5 e 5 μM ou 5 e 10 μM respectivamente. A concentração de TDZ mais indicada é de 5 μM, por ser a concentração em que os calos têm a qualidade incrementada, e, simultaneamente, contribui para a redução de custos. As concentrações de sacarose mais eficientes para a calogênese são 30 ou 90 gL-1, sendo que na maior, a qualidade dos calos é superior. É possível a formação calogênica em discos foliares de Eugenia involucrata visando à embriogênese somática indireta.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-05-03T14:36:51Z No. of bitstreams: 1 2016_IsabelGarciaSousa.pdf: 4300650 bytes, checksum: f4e909f6055b9bc65b4d09b0e9497120 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-05-26T18:15:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_IsabelGarciaSousa.pdf: 4300650 bytes, checksum: f4e909f6055b9bc65b4d09b0e9497120 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-26T18:15:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_IsabelGarciaSousa.pdf: 4300650 bytes, checksum: f4e909f6055b9bc65b4d09b0e9497120 (MD5) / As células T CD3+ desempenham um papel importante nas respostas imunológicas associadas à doença autoimune e ao transplante de órgãos. Dados clínicos sugerem que a terapia anti-CD3 é uma opção de tratamento promissora para estas situações, entretanto o mecanismo imunoregulador ainda é incerto. O transplante de órgãos é uma terapia que vem se difundindo como o avanço da medicina. O desenvolvimento de novas técnicas cirúrgicas associadas a drogas imunossupressoras tornou rotineiro o transplante de órgãos. Não obstante, a sobrevivência do enxerto em longo prazo geralmente requer imunossupressão ao longo da vida, e raramente, os receptores exibem uma espontânea '' tolerância operacional '' com função do enxerto estável na ausência de imunossupressão. A falta de marcadores biológicos desse fenômeno se opõe a identificação de pacientes potencialmente tolerantes em que a imunossupressão poderá ser diminuída, e impede o desenvolvimento de novas estratégias de indução de tolerância. Em casos de transplantes de rins a tolerância operacional tem sido associada com a regulação de genes de diferenciação de células T e um aumento do número de células T periféricas totais, naïve e efetoras. Assim, o nosso objetivo foi avaliar biomarcadores de tolerância em diferentes grupos clínicos com transplantes renais: enxerto estável sob imunossupressão (ST), rejeição crônica do transplante renal (CR) e enxerto estável sem imunossupressão (OT). O perfil de expressão gênica de células T do sangue periférico de 15 pacientes renais transplantados (tolerantes operacional, rejeição crônica, função do enxerto estável com imunossupressão) e cinco indivíduos saudáveis foi analisado. Um subconjunto das amostras foi usado para análise de RNA-Seq. Três comparações entre os diferentes grupos de pacientes possibilitou a identificação de alguns genes diferencialmente expressos. Nós confirmamos a expressão desses genes por qPCR em tempo real. Estes biomarcadores foram aplicados na predição de tolerância por qPCR em tempo real em outros pacientes. Nós identificamos um pequeno painel de biomarcadores usando um perfil de expressão gênica em células T do sangue periférico de pacientes transplantados renais espontaneamente tolerantes. A rara coorte livre de drogas imunossupressoras com cinco pacientes transplantados de diferentes regiões do Brasil validaram específicos biomarcadores de tolerância periférica. A assinatura gênica aqui obtida sugere um padrão de apoptose por respostas das células T na rejeição crônica, bem como um viés de Treg na tolerância operacional. Estes genes podem também contribuir para o processo de tolerância, possivelmente através da regulação de fenótipos específicos de células Tregs periféricas ou alterando o limiar para a ativação de células T. Este conjunto de genes associados com a tolerância operacional podem ainda ter utilidade como uma ferramenta de monitoramento minimamente invasiva para guiar a titulação de imunossupressão. Além disso, a validação dessa ferramenta para a minimização da imunossupressão segura em ensaios clínicos prospectivos se justifica. Nas células T, os microRNAs (miRNAs) regulam várias vias, incluindo as associadas com a tolerância imunológica. Assim, o nosso objetivo foi também, avaliar as alterações na expressão de miRNAs em células T de dadores saudáveis, após o tratamento com anticorpos anti-CD3 humano. As células mononucleares do sangue periférico foram cultivadas na presença do anticorpo monoclonal OKT3, ou um fragmento recombinante do anticorpo humanizado anti-CD3. Após estes tratamentos, o perfil de expressão de 31 espécies de miRNAs foram avaliadas em células T utilizando ensaios TaqMan. Oito desses miRNAs testados (miR-155, miR-21, o miR-146 A de miR-210, miR-17, o miR-590-5p, miR-106 e miR-301A) foram regulados (estatisticamente significativos) negativa ou positivamente em relação a células não tratadas. Em conclusão, a estimulação de células T com anticorpos anti-CD3 humano altera os padrões de expressão de miRNAs, incluindo espécies associadas com vias de regulação do sistema imunológico. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / CD3+ T cells play a major role in immune responses associated with autoimmune disease and organ transplantation. Clinical data have suggested that anti-CD3 therapy is a promising treatment option for these situation, but it's immuno regulatory mechanism is still unclear. Organ transplantation is a therapy that has been disseminated to the advancement of medicine. The development of new surgical techniques associated with immunosuppressive drugs become routine organ transplantation. But, long-term allograft survival generally requires life long immunosuppression. Rarely, recipients display spontaneous ‘‘operational tolerance’’ with stable graft function in the absence of immunosuppression. The lack of biological markers of this phenomenon precludes identification of potentially tolerant patients in which immunosuppression could be tapered and hinders the development of new tolerance-inducing strategies. In kidney transplants operational tolerance has been associated with up regulation of T cell differentiation genes and an increased number of total, naïve and effector peripheral T cells. Thus our aim was evaluate tolerance biomarkers in different clinical groups with renal transplants: stable under immunosuppression (ST), chronic rejection of the renal transplant (CR) and stable renal transplant without immunosuppression (OT). The gene expression profile of peripheral blood T cells from 15 renal transplant patients (operational tolerance, chronic rejection, stable graft function in mmunosuppression) and five healthy individuals were analyzed. A subset of samples was used for RNA-Seq analysis. Three comparisons between different groups of patients allowed the identification of some differentially expressed genes. We confirm the differentially expression of genes by real-time qPCR. We have identified a small biomarker panel using gene expression profiling of T cell in the peripheral blood from spontaneously tolerant renal transplant recipients. The rare immunosuppressive drug free cohort of five transplant patients from different regions of Brazil, have validated specifics biomarkers of peripheral tolerance. The gene signature here obtained suggests a pattern of apoptosis by T cell cytotoxic responses in chronic rejection, well as T reg bias in operational tolerance. These genes may also contribute to the process of tolerance possibly by regulating specific phenotypes of peripheral regulatory T cells or altering the threshold for T cell activation. This set of genes associated with operational tolerance may have utility as a minimally invasive monitoring tool for guiding immunosuppression titration. Further the validation of this tool for safe immunosuppression minimization in prospective clinical trials is warranted. In T cells, microRNAs (miRNAs) regulate several pathways, including those associated with immune tolerance. Thus our aim was also evaluate changes in miRNA expression in T cells of healthy donors following treatment with anti-human CD3 antibodies. Peripheral blood mononuclear cells were cultured in the presence of the monoclonal antibody OKT3 or a recombinant fragment of humanized anti-CD3. Following these treatments, the expression profiles of 31 miRNA species were assessed in T cells using TaqMan arrays. Eight of the tested miRNAs (miR-155, miR-21, miR-146a, miR-210, miR-17, miR-590-5p, miR-106b and miR-301a) were statistically significative up- or downregulated relative to untreated cells. In conclusion, stimulation of T cells with anti-human CD3 antibodies alters miRNA expression patterns, including of miRNA species associated with immune regulatory pathways.