Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2015-05-19T17:53:52Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Carlos_Eduardo_PGMT_2014.pdf: 1202449 bytes, checksum: 50023190d007490369919f52f6f388a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-19T17:53:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Carlos_Eduardo_PGMT_2014.pdf: 1202449 bytes, checksum: 50023190d007490369919f52f6f388a4 (MD5) Previous issue date: 2014-02-21 / A infecção do GB vírus tipo C (GBV-C) é frequente em pessoas vivendo com HIV/aids devido ao compartilhamento das vias de transmissão. No entanto, se os coinfectados têm uma resposta mais favorável ao tratamento com antiretrovirais do que os monoinfectados ainda é questionado. O objetivo deste trabalho foi verificar a associação entre a contagem de linfócitos T CD4 e carga viral do HIV em pessoas infectadas pelo GBV-C, com ou sem uso de TARV. Foram utilizadas amostras sanguíneas provenientes de pessoas vivendo com HIV/aids e atendidas no Serviço de Doenças Infecciosas e Parasitárias do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), no período de julho a dezembro de 2011. As amostras sanguíneas, assim como os dados sobre sexo, idade e carga viral do GBV C foram obtidos a partir da soroteca e dos arquivos do Setor de Virologia do Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami (LIKA) da UFPE. A contagem de linfócitos T CD4+ e a carga viral do HIV foram obtidas a partir dos prontuários dos pacientes. Trata-se de um estudo descritivo analisado como caso controle, onde foram analisadas 142 pessoas vivendo com HIV/aids há mais de 48 meses de diagnóstico, 86 (60,6%) eram do sexo masculino e 56 (39,4%) do sexo feminino, com média de idade de 43 anos. Foram considerados como caso 34 pacientes coinfectados HIV/GBV-C, sendo 61,8% (21/34) do sexo masculino e 38,2% (13/34) sexo feminino, com média de idade de 41,2 anos. No grupo controle foram 108 monoinfectados pelo HIV, 60,2% (86/108) para o sexo masculino e 39,8% (22/108) para o sexo feminino, com média de idade de 43 anos. No grupo de coinfectados houve uma associação inversa entre a mediana de linfócitos T CD4+ independente do uso de TARV (p 0,006), em qualquer combinação de drogas (p 0,0018) e na combinação de inibidor de transcriptase reversa nucleosídica (ITRN) + inibidor de transcriptase reversa não nucleosídica (ITRNN) (p 0,003). Por outro lado, não foi evidenciada associação entre a contagem de CD4 e a combinação ITRN + inibidor de protease (IP), bem como entre a carga viral do HIV e do GBV-C. Os resultados demonstram que a coinfecção GBV-C/HIV parecer não sofrer interferência da TARV.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T13:27:09Z No. of bitstreams: 1 Aricleia de Moraes Catarino.pdf: 1031221 bytes, checksum: 5bd0ffb507daa4b9b04ebd494fd2269c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T13:27:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aricleia de Moraes Catarino.pdf: 1031221 bytes, checksum: 5bd0ffb507daa4b9b04ebd494fd2269c (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / The grapevine (Vitis spp.) belongs to the family of Vitaceae, being the botanical species V. vinifera L. and V. labrusca L. the most and widely cultivated, due to their products consumed as fresh fruits, jam, juices and wines. Despite the high economical importance, several factors may severely affect this crop, including the diseases caused by viruses. This study aimed to verify the incidence of virus present in commercial vineyards of two producing areas in Northeastern Brazil and evaluate the efficiency of some molecular methods for detecting and identifying viral species associated with grapevine. Materials showing or not symptoms were collected from grapevine genotypes in vineyards of Pernambuco, Paraiba, Bahia and Rio Grande do Sul, Brazil, and Locorotondo, Province of Bari, of the Puglia Region, Italy. The first part of the work was conducted at the Virology Laboratory of the Embrapa Uva e Vinho, RS, Brazil. For the identification of viral agents in the samples collected in Brazil, the extraction of total RNA was performed, cDNAs were obtained and tested by real time RT-PCR, using primers and probes specific for the following viruses: Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine leafroll-associated virus 2, 3 e 4 (GLRaV-2, -3 e -4), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV) and Grapevine fanleaf virus (GFLV). DNA fragments, products of the RT-qPCR, corresponding to the CP gene of each virus were eluted, linked to pGEM-T Easy vector (Promega) and used to transform bacteria. The plasmid DNA was extracted from transformed bacterial colonies, confirming the presence of the cloned fragments, which were sequenced. The grapevine material collected in Locorotondo was processed at the Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante (CNR-IPSP) and at the Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti, Università degli Studi “Aldo Moro”. In order to detect in multiplex test the most relevant viruses involved in the aetiology of fanleaf degeneration and the complexes of leafroll and rugose wood of grapevine, amplification techniques based on Allele Specific Primer Extension (ASPE) were tested by using the obtained cDNAs. The results showed that the techniques aggregate some advantages, such as reduction in time and relative simplicity of implementation, completely eliminating the use of toxic reagents, such as the ethidium bromide. The use of multiplex facilitates amplification of multiple targets in a single reaction, reducing the time and cost of the analyzes. / A videira (Vitis spp.) pertence à família Vitaceae, sendo as espécies botânicas V. vinifera L. e V. labrusca L. cultivadas em maior escala devido seus produtos, consumidos na forma de frutos in natura, geleias, sucos e vinhos. Apesar da grande importância econômica, vários fatores podem comprometer a produção desta cultura, incluindo as doenças causadas por vírus. O presente trabalho teve como objetivos verificar a incidência de vírus presentes em vinhedos comerciais de duas áreas produtoras do Nordeste do Brasil e avaliar a eficiência de alguns métodos moleculares para detecção e identificação de espécies virais associadas à videira. Amostras, apresentando ou não sintomas, foram coletados de genótipos de videira em propriedades situadas em Pernambuco, Paraíba, Bahia e Rio Grande do Sul, Brasil, e em Locorotondo, Província de Bari, Região da Puglia, Itália. A primeira parte do trabalho foi conduzida no Laboratório de Virologia da Embrapa Uva e Vinho, RS, Brasil. Visando a identificação dos agentes virais, nas amostras coletadas no Brasil, foram realizadas as extrações do RNA total, obtidos os cDNAs e testados por PCR em Tempo Real, empregando-se primers e sondas, específicos para os seguintes vírus: Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine leafroll-associated virus 2, 3 e 4 (GLRaV-2, -3 e -4), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV) e Grapevine fanleaf virus (GFLV). Fragmentos de DNA, produtos da RTq-PCR, correspondentes ao gene da CP de cada vírus foram eluídos, ligados ao vetor pGEM-T Easy (Promega) e utilizados na transformação de bactéria. Foi extraído o DNA plasmidial das colônias bacterianas transformadas, confirmando-se a presença dos fragmentos clonados, os quais foram sequenciados. A segunda parte, realizada com o material coletado em Locorotondo, foi processada no Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante (CNR-IPSP) e no Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti, Università degli Studi “Aldo Moro”. Foram utilizadas, a partir de cDNAs obtidos, técnicas de amplificação baseadas na Allele Specific Primer Extension (ASPE), visando detectar em teste multiplex os vírus mais relevantes envolvidos na etiologia da degenerescência e nos complexos do enrolamento das folhas e do lenho rugoso da videira. Os resultados obtidos mostraram que as técnicas agregam algumas vantagens, como a redução no tempo e relativa simplicidade de execução, eliminando completamente o uso de reagentes tóxicos, a exemplo do brometo de etídeo. O uso de multiplex facilita a amplificação de múltiplos alvos em uma única reação, reduzindo o tempo e o custo das análises.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-12-01T12:56:42Z No. of bitstreams: 1 Evelyn Anly Ishikawa Hayashi.pdf: 995457 bytes, checksum: 6e8e0ab5195fade5b6ad359231618e69 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T12:56:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Evelyn Anly Ishikawa Hayashi.pdf: 995457 bytes, checksum: 6e8e0ab5195fade5b6ad359231618e69 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The yam (Dioscorea spp.) has an important socio-economic role in tropical and subtropical regions of Asia, Africa and the Americas including the Caribbean. In Brazil, it is a significant source of income and food for the local populations and family agriculture, especially in the Northeast region of the country. The crop yield is very affected by both abiotic factors and biotic agents, including fungi, nematodes and viruses. Diseases caused by viruses are important because the vegetative propagation of yam provides the accumulation and spread of these pathogens on successive crops. To date, the reported viruses in this crop belong to nine genera: Aureusvirus, Badnavirus, Carlavirus, Comovirus, Cucumovirus, Fabavirus, Macluravirus, Potexvirus and Potyvirus. The objective of the present work was to analyze, through the Next Generation Sequencing (NGS), different viral species that infect the yam in fields located in the states of Pernambuco and Paraíba and in the Federal District. Leaf tissue samples of D. rotundata and D. alata were subjected to partial virus purification, the total RNA was extracted and submitted to NGS. The nucleotide reads obtained were assembled using CLC Genomics Workbench 6.5 program and the contigs using Geneious program. Based on the data obtained from NGS it was possible to detect three new virus species reported in this work. It was sequenced the complete genome of two new species, one belonging to the family Secoviridae, with the proposed name Dioscorea virus S (DVS), and another to Foveavirus genus of the family Betaflexiviridae, called Dioscorea virus F (DVF). For the third species described, belonging to the family Closteroviridae, it was done only the viral detection in the collected samples and proposed the name Dioscorea virus C (DVC). / O inhame (Dioscorea spp.) apresenta importante papel socioeconômico nas regiões tropicais e subtropicais da Ásia, África e Américas incluindo o Caribe. No Brasil, se constitui uma expressiva fonte de renda e alimento para as populações locais e agricultura familiar, principalmente na região Nordeste do país. A produtividade da cultura é bastante afetada, tanto por fatores abióticos, como por agentes bióticos, entre os quais fungos, nematoides e vírus. Doenças causadas por vírus são importantes, pois a propagação vegetativa do inhame proporciona o acúmulo e disseminação desses patógenos em cultivos sucessivos. Até o momento, os vírus relatados nesta cultura pertencem a nove gêneros: Aureusvirus, Badnavirus, Carlavirus, Comovirus, Cucumovirus, Fabavirus, Macluravirus, Potexvirus e Potyvirus. No presente trabalho objetivou-se analisar, através do Sequenciamento de Nova Geração (Next Generation Sequencing - NGS), as diferentes espécies virais que infetam o inhame em plantios localizados nos estados de Pernambuco e Paraíba e no Distrito Federal. Amostras de tecido foliar de D. rotundata e D. alata foram submetidas a purificação viral parcial, o RNA total foi extraído e submetido ao NGS. As leituras nucleotídicas obtidas foram montadas utilizando o pragrama CLC Genomics Workbench 6.5 e os contigs utilizando o programa Geneious. Por meio dos dados obtidos por NGS foi possível a detecção de três espécies virais novas relatadas neste trabalho. Foi sequenciado o genoma completo de duas espécies, uma pertencente à família Secoviridae, que recebeu o nome Dioscorea virus S (DVS), e outra ao gênero Foveavirus da família Betaflexiviridae, denominada de Dioscorea virus F (DVF). Para a terceira espécie descrita, pertencente à família Closteroviridae, foi feita apenas a detecção viral nas amostras coletadas e a proposição do nome Dioscorea virus C (DVC).

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-07T12:47:59Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1005646 bytes, checksum: 4d359018a6d3500032d11c14616f3e03 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-07T12:47:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1005646 bytes, checksum: 4d359018a6d3500032d11c14616f3e03 (MD5) Previous issue date: 2018-02-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Na abelha Apis mellifera são identificados 24 vírus, que persistem de forma natural nas colônias, em baixos títulos e sem sintomas aparentes. Porém, esta infecção silenciosa, associada a outros tipos de perturbações individuais, pode ser prejudicial e levar à morte de toda a colônia, como relatada no CCD. Vários vírus de abelhas foram descritos em A. mellifera, mas somente alguns são considerados como capazes de causar doenças, assim sendo, estes vírus estudados com mais frequência: Vírus da Paralisia Crônica (CBPV), Vírus da Paralisia Aguda (ABPV), Vírus Deformador da Asa (DWV), Vírus da Realeira Negra (BQCV), Vírus da Cria Ensacada (SBV), Vírus Caxemira (KBV), SBPV (Slow Bee Paralysis Virus), VDV1 (Vírus V. destructor -1) e, mais recentemente, o Vírus Israelense da Paralisia Aguda (IAPV). Baseando-se na importância da apicultura no Brasil, além do valor ecológico das abelhas como polinizadoras, o presente trabalho buscou verificar a ocorrência de vírus que afetam A. mellifera no estado de Minas Gerais, em treze cidades de sete Mesorregiões. As amostras foram coletadas em colônias distintas, em apiários cujo número variou entre 1 e 3 por mesorregião. O RNA total presente em seis abdômens (pool) de operárias por apiário foi extraído e feita a síntese de DNA complementar. O cDNA obtido foi utilizado para a amplificação por reação de polimerização em cadeia (PCR) com primers já previamente publicados. Posteriormente, cada fragmento gerado foi purificado e inserido no vetor pGEM-T Easy para sequenciamento. Neste trabalho pode-se detectar a presença de três tipos virais: ABPV, BQCV e CBPV. Dois na cidade de Passa Quatro no Sul (ABPV e BQCV) e um (CBPV) nas cidades de Viçosa, Caratinga, Divinópolis e Diamantina. Para os vírus DWV, IAPV, KBV, SBV, SBPV e VDV1 não foram obtidos amplicons. A presença do CBPV se dá em maior frequência (30,76%), sendo registrada em quatro cidades mineiras; ABPV e BQCV a 7,69% em uma localidade; das cidades analisadas 61,55% não apresentaram amplicons para os vírus analisados. / Honey bee Apis mellifera can be identified by 24 viruses, which persist naturally in the colonies, low titers and no apparent symptoms. However, this infection, associated with other types of individual disorders, can be harmful and lead to the death of the entire colony, as reported in CCD. Several bee viruses have been described in A. mellifera, but only some are considered to be capable of causing diseases, so these, viruses are most frequently studied: Chronic Bee Paralysis Virus (CBPV), Acute Bee Paralysis Virus (ABPV), Deformed Wing Virus (DWV), Black Queen Cell Virus (BQCV), Sacbrood Virus (SBV), Kashmir Virus (KBV), SBPV (Slow Bee Paralysis Virus), VDV1 (Vírus V. destructor -1) and more recently, the Israeli Acute Paralysis Virus (IAPV). Based on the importance of beekeeping in Brazil, in addition to the ecological value of bees as pollinators, the present work sought to verify the occurrence of viruses that affect A. mellifera in the state of Minas Gerais, in thirteen cities of seven Meso-regions. The samples were collected in distinct colonies, in apiaries whose number varied between 1 and 3 per mesoregion. The total RNA present in six abdomens (pool) of workers per apiary was extracted and the synthesis of complementary DNA was made. The obtained cDNA was used for amplification by polymerization chain reaction (PCR) with previously published primers. Subsequently, each generated fragment was purified and inserted into the pGEM-T Easy vector for sequencing. In this work we can detect the presence of three viral types: ABPV, BQCV and CBPV. Two in the city of Passa Quatro in the South (ABPV and BQCV) and one (CBPV) in the cities of Viçosa, Caratinga, Divinópolis and Diamantina. For the viruses DWV, IAPV, KBV, SBV, SBPV and VDV1 no amplicons were obtained. The presence of CBPV occurs more frequently (30.76%), being registered in four cities in Minas Gerais; ABPV and BQCV at 7.69% in one locality; of the analyzed cities 61.55% did not present amplicons for the virus analyzed.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:56:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10843_Sayanne Luns Hatum de Almeida20170524-112004.pdf: 758565 bytes, checksum: 57393c4768503df0af55863dd91c885d (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / A Leucose Enzoótica Bovina (LEB) além de causar prejuízos econômicos acarreta em importantes alterações na imunidade. Isso, acabar por comprometer a resposta frente a outros agentes patogênicos, aumentando assim, a chance de desenvolvimento de outras doenças concomitantes, principalmente doenças infecciosas, entre elas a mastite. O objetivo do presente estudo foi avaliar se há associação entre a LEB e a mastite, além de determinar a prevalência da LEB e da mastite em vacas leiteiras na região do Caparaó, ao sul do Estado do Espírito Santo. Foram utilizadas 899 vacas mestiças, com aptidão leiteira em diferentes fases de lactação provenientes de propriedades localizadas nos 12 municípios que compõem a região do Caparaó Capixaba, no Sul do Espírito Santo. A detecção da mastite clínica foi realizada por meio da identificação dos sinais clínicos de inflamação na glândula mamária e pelo teste da caneca de fundo preto e a mastite subclínica foi diagnosticada pelo teste CMT (California Mastite Teste). O diagnóstico da LEB foi realizado por meio da técnica de imunodifusão em ágar gel (IDGA). Os resultados foram tabelados e demonstradas as prevalências por meio de análise descritiva. A análise estatística do coeficiente de correlação de Spearman foi realizado para verificar o grau de correlação entre presença de mastite, mastite clínica, presença de mastite subclínica e a LEB. As associações entre a variáveis dependentes (mastite, mastite clínica e mastite subclínica) e a variável independente (leucose) foram estimadas pela razão dos produtos cruzados- Odds Ratio (OR) e respectivos intervalos de 95% de confiança. O teste Qui-quadrado foi utilizado para verificar a significância das associações. A prevalência para LEB encontrada no Caparaó, foi de 56,51% (508/ 899). Das 70 propriedades, 94,29% apresentaram pelo menos um animal positivo para a enfermidade. Foi observado a presença de mastite clínica e subclínica em 5,78% (53/899) e 44,27% (398/899) dos animais avaliados, respectivamente. Foram encontradas 61,24% (253/ 418) de vacas com mastite e positivas para LEB. A mastite (=0,088; p=0,008) e a mastite subclínica (=0,091; p=0,006) apresentaram correlação significativa positiva com a leucose à nível de 0,01 de significância. Enquanto que a mastite clínica (=0,077; p=0,021) mostrou correlação positiva com a leucose. O valor Odds Ratio (OR) variou de 1,101 - 1,874, 1,099 - 3,745 e 1,109 - 1,893 para mastite, mastite clínica e mastite subclínica respectivamente. Ou seja, a infecção pelo vírus da Leucose Bovina (BLV) aumenta as chances do animal infectado adquirir mastite, mastite clínica ou subclínica. Observou-se com este trabalho que animais com LEB tem cerca de 2,03% mais chances de adquirirem mastite clínica, e 1,45% mais chances de adquirirem mastite subclínica. Diante dos dados obtidos é possível concluir que o BLV encontra-se amplamente disseminado nos rebanho leiteiros da região do Caparaó Capixaba e as prevalências de mastite encontram-se elevadas. Além disso, constatou-se que a LEB pode aumentar as chances do animal adquirir mastite, seja ela na sua forma clínica ou subclínica.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-24T18:20:21Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 484015 bytes, checksum: fda75b7a7bc67b7a6301406613010fcd (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-24T18:20:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 484015 bytes, checksum: fda75b7a7bc67b7a6301406613010fcd (MD5) Previous issue date: 2017-07-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Os vírus são as formas de vida mais abundantes e geneticamente diversas conhecidas em nossa biosfera. Para infectar hospedeiros com sucesso, os vírus manipulam componentes celulares do hospedeiro, recrutando fatores do hospedeiro necessários para replicação, infeção e transmissão. Além disso, os vírus precisam suplantar diversas estratégias de defesa do hospedeiro levando a um complexo mecanismo de coevolução que envolve diversas interações. Diferentes vírus podem interagir com componentes celulares do hospedeiro de forma semelhante. Foi demonstrado que a presença da proteína translationally controlled tumor protein (TCTP) é necessária para o estabelecimento de uma infecção eficiente por potyvírus. TCTP é uma proteína multifuncional encontrada em quase todos os eucariotos envolvida no crescimento celular, homeostase de íons, reparo de danos no DNA e possuí atividade anti-apoptótica. Apesar de inúmeros estudos com TCTP, o envolvimento desta proteína na infecção viral ainda não é totalmente compreendido. Devido a sua diversidade funcional, é possível imaginar que TCTP possa ser um fator do hospedeiro envolvido em infeções causadas por vírus de diferentes grupos. Desta forma, neste trabalho, foi avaliado o efeito de TCTP na infecção por begomovírus. Para isso, plantas de Nicotiana benthamiana com TCTP silenciada por VIGS foram utilizados para estudar o efeito da TCTP na infecção pelo begomovírus Tomato yellow spot virus (ToYSV). O silenciamento de TCTP levou a um maior acúmulo de vírus, sugerindo que TCTP é um fator do hospedeiro envolvido no processo de defesa á infecção viral. Além disso, o mRNA de TCTP é altamente estruturado em mamíferos e está relacionado com a indução de resposta a infecções por diferentes vírus. Por ser um mRNA altamente estruturado é razoável supor que o mRNA de TCTP pode ser alvo do processo de silenciamento pós transcrisional da planta levando à produção de pequenos RNAs de interferência (siRNAs) através da clivagem por proteínas Dicer e os siRNAs gerados podem regular a expressão de genes endógenos do hospedeiro. Desta forma, foi realizada uma análise in silico para avaliar os possíveis siRNAs gerados a partir do silenciamento do mRNA de TCTP e os possíveis alvos desses siRNAs. Genes que podem estar envolvidos em infecção viral, como aqueles que codificam proteína kinases, proteínas envolvidas na via de ubiquitinação, fatores de transcrição e tradução e proteínas de ligação ao cálcio foram alguns dos genes identificados como possíveis alvos destes siRNAs. / Viruses are the most abundant and genetically diverse life forms known in our biosphere. To successfully infect hosts, viruses manipulate host cellular components, recruiting host factors necessary for replication, infection, and transmission. In addition, viruses need to supplant various host defense strategies, leading to a complex coevolution mechanism involving virus-host interactions. Different viruses can interact with host cell components similarly or even antagonistic. The presence of the protein translationally controlled tumor protein (TCTP) has been shown to be necessary for the establishment of an efficient potyvirus infection. TCTP is a multifunctional protein found in almost all eukaryotes and is involved in cell growth; ions homeostasis; DNA damage repair and anti-apoptotic activity. Despite numerous studies with TCTP, the involvement of this protein in viral infection is not yet fully understood. Due to its functional diversity, it is possible to imagine that TCTP may be a host factor involved in infections caused by viruses of different groups. Thus, in this work, the effect of TCTP on begomovirus infection was evaluated. Nicotiana benthamiana plants silenced for TCTP by VIGS experiments were used to study the effect of TCTP expression on infection by the begomovirus Tomato yellow spot virus (ToYSV). TCTP silencing led to higher accumulation of the virus, suggesting that TCTP is a host factor involved in viral infection defense process. Furthermore, TCTP mRNA is highly structured in mammals and is related to the induction of defense response to different viruses. Because it is a highly structured mRNA, it is reasonable to assume that TCTP mRNA may be the target of the plant post transcription gene silencing mechanism, leading to the production of small interfering RNAs (siRNAs) by the cleavage of Dicer proteins and the siRNAs generated might regulate the expression of host endogenous genes involves in virus infection. In silico analysis was performed to evaluate the possible siRNAs generated from the silencing of TCTP mRNA, and the respective targets of this siRNAs. Genes involved in viral infection, such as those encoding protein kinases, proteins involved in the ubiquitination pathway, transcription and translation factors, and calcium binding proteins were some of the genes identified as possible targets of these predicted siRNAs.

Made available in DSpace on 2018-08-24T22:53:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5985_.pdf: 3322214 bytes, checksum: 3d8e7bb7e84e804e27b3d164733aa92a (MD5) Previous issue date: 2012-04-23 / A região da Ilha das Caieiras, na cidade de Vitória (ES) está localizada no entorno do estuário da Baía de Vitória e próxima a uma extensa área de manguezal urbano. É habitada por uma população que diariamente extrai diversos frutos do mar dessa área para consumo próprio e comercialização. Estudos preliminares realizados recentemente na região já mostraram a contaminação da água e de moluscos bivalves por microrganismos patogênicos provenientes de contaminação fecal. O presente trabalho teve por objetivo ampliar o conhecimento da qualidade microbiológica dos bivalves (sururu de mangue: Mytella guyanensis, sururu de coroa: Mytella charruana e ostra: Crassostrea rhizophorae) procedentes de dois pontos do estuário desta área de manguezal, ao longo de 13 meses de monitoramento (Janeiro/2011 - Janeiro/2012). Foram avaliadas um total de 31 amostras para presença de coliformes termotolerantes (CT) e vírus entéricos (adenovírus AdV; rotavírus RV; e norovírus NoV GII), utilizando-se a nested-PCR e PCR quantitativa em tempo real (qPCR). Também foram avaliados parâmetros físico-químicos da água próxima ao ponto de coleta dos bivalves. Os resultados das análises microbiológicas do sururu de coroa (n=13), sururu de mangue (n=5) e ostra de mangue (n=13) demonstraram alta prevalência de CT, com médias geométricas de 1,47x105, 1,47x105 e 4,24x104 UFC/100g de tecido, respectivamente. Nas amostras de água a concentração de CT apresentou-se em conformidade com o padrão exigido para águas recreacionais. Vírus entéricos foram detectados pela nested e qPCR nos mesmos bivalves com frequências variando entre 31 54% para AdV, 54 70% para RV e 54 85% para NoV GII. A presença de AdV e RV esteve correlacionada positivamente à turbidez e aos sólidos dissolvidos totais (SDT). Nas amostras de água do estuário, os valores máximos quantificados foram 3,0x102, 3,2x104 e 1,6x101 CG/100 mL para AdV, RV e NoV, respectivamente. A elevada contaminação viral e bacteriológica das amostras indica que esta área continua sob impacto antropogênico resultante do despejo de esgoto sanitário na região, e que o consumo de diferentes espécies de bivalves procedentes do manguezal da Ilha das Caieiras apresenta um potencial risco de causar doenças gastrointestinais aos consumidores, especialmente se ingeridos crus.

Made available in DSpace on 2018-08-24T22:53:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6156_Dissertação - LOSS, S. M..pdf: 2048549 bytes, checksum: 513048e5fce5f4e978eef27e8ad4c1bd (MD5) Previous issue date: 2012-12-07 / A Ilha das Caieiras está localizada em uma das regiões mais carentes no município de Vitória/ES, a Grande São Pedro. Esta região é densamente povoada e é conhecida como um bolsão de pobreza da capital, com a população sobrevivendo, principalmente, da coleta e comercialização de frutos do mar do manguezal localizado em seu entorno. Estudos realizados anteriormente na região mostraram que a água deste estuário está contaminada com microrganismos patogênicos provenientes, principalmente, de esgotos domésticos lançados sem prévio tratamento. O objetivo deste trabalho foi avaliar a presença de vírus entéricos (adenovírus AdV, rotavírus RV e norovírus GII NoV) e indicadores bacterianos de poluição fecal (coliformes termotolerantes e enterococos) em amostras de água de quatro pontos deste importante estuário da Ilha das Caieiras. O monitoramento ocorreu de janeiro de 2011 a julho de 2012 (19 meses) e utilizou-se as técnicas moleculares PCR Qualitativa e PCR em Tempo Real (qPCR), para detecção de vírus entéricos, e membrana filtrante, para análise de bactérias, além de avaliação de parâmetros físico-químicos da água. Os resultados das análises microbiológicas da água nos pontos estudados (P1, P2, P3 e P4) demonstraram a presença de coliformes termotolerantes, com médias geométricas de 1,66x102, 1,31x102, 2,29x103 e 3,13x102 UFC / 100 mL de água, respectivamente. Para enterococos, as médias encontradas foram 6,30x101 UFC / 100 mL em P1, 5,56x101 UFC / 100 mL em P2, 1,89x103 UFC / 100 mL em P3 e 1,62x103 UFC / 100 mL em P4. Os vírus entéricos foram detectados nos quatro pontos de monitoramento pelas duas técnicas moleculares utilizadas, com valores máximos de 2,00x103, 5,24x104 e 1,50x104 CG / 100 mL para AdV, RV e NoV, respectivamente, quantificados por qPCR. A frequências de detecção de vírus nas amostras de água do estuário variou de 21 27% para AdV, 42 53% para RV e 10 42% para NoV GII. Neste estudo foi possível verificar que o estuário da Ilha das Caieiras apresenta-se contaminado devido, possivelmente, aos lançamentos de esgoto in natura e/ou de lixiviados de áreas rurais. A ação antropogênica sobre este manguezal é evidente e preocupante, pois se reflete na qualidade ambiental deste meio, na saúde da população e na economia da região.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-09-05T13:23:37Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1488786 bytes, checksum: fa0e1838ff1c48229a354080995a98d4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-05T13:23:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1488786 bytes, checksum: fa0e1838ff1c48229a354080995a98d4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os vírus que infectam bactérias são os organismos mais abundantes do planeta, e desempenham importantes funções para a manutenção do ecossistema. Nos últimos anos, o uso de vírus como ferramenta de controle biológico tem ganhado bastante atenção, devido, principalmente, à dificuldade de se isolar novas drogas antimicrobianas e à seleção de bactérias resistentes às drogas já existentes. Devido a esse potencial como agentes de controle biológico, as descobertas sobre esses vírus tem aumentado o que amplia as perspectivas do manejo ecológico de doenças em plantas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivos i) caracterizar um bacteriófago isolado de Ralstonia solanacearum proveniente do estado do Ceará, Brasil ii) caracterizar proteínas H-NS de Ralstonia solanacearum e estudar seu o efeito regulatório no sistema CRISPR-Cas. A partir de um isolado não patogênico de Ralstonia solanacearum, foi isolado um vírus filamentoso que possui um ciclo de multiplicação do tipo pseudo-lisogênico. O genoma viral foi completamente sequenciado, possui 6945 nucleotídeos e conteúdo de GC de 61,25%. A organização genômica é típica de vírus da família Inoviridae, gênero Inovirus. Comparação da sequência obtida com sequências de outros Inovirus sugere que o isolado viral é uma nova espécie do grupo φRSM, tentativamente denominada Ralstonia solanacearum Inovirus Brazil 1 (RSIBR1). Partículas de RSIBR1 foram transmitidas para R. pseudosolanacearum, que quando infectadas pelo RSIBR1 também perdeu a capacidade de causar doença em plantas de tomate, sugerindo que a infecção viral interfere com a patogenicidade de Ralstonia spp. Em estudos anteriores, foi demonstrado que o sistema CRISPR-Cas de Ralstonia solanacearum é inativo. Para avaliar se essa inatividade pode ser explicada pela presença de proteínas do tipo H-NS,foi realizada uma busca por genes que codificam H-NS no genoma de Ralstonia solanacearum. Três cópias de H-NS (H-NS 1, 2 e 3) foram localizadas no megaplasmídeo. Não foram identificadas cópias de H-NS codificadas no cromossomo bacteriano. As H-NS de Ralstonia solanacearum possuem os domínios de oligomerização e de ligação a DNA bem conservados. A análise filogenética de proteínas H-NS de diferentes bactérias agruparam de acordo com as famílias Enterobacteriaceae,Pseudomonadaceae e Ralstoniaceae. Além disso, foi observado que as proteínas H-NS da família Ralstoniaceae são altamente conservadas com H-NS codificadas por podovírus, sugerindo que as H-NS de Ralstoniaceae podem ser de origem viral. Foi realizada uma análise in silico nos promotores das proteínas CAS para verificar a presença de sítios de ligação de H-NS. Foram identificadas regiões de alto conteúdo AT, com curvatura típica potencial para a ligação de H-NS. A análise da expressão das H-NS mostrou que somente as H-NS 1 e 3 são expressas em Ralstonia solanacearum. Para confirmar que as proteínas H-NS possuem efeito regulatório na expressão dos genes Cas, foram construídos cassetes para a obtenção de mutantes para H-NS1, H-NS 2 e H-NS3. A obtenção dos mutantes e a análise da expressão dos genes Cas nos mutantes irão permitir elucidar o papel regulatório de H-NS na expressão do sistema CRISPR-Cas em Ralstonia solanacearum. / Viruses that infect bacteria are the most abundant organisms on the planet, and play important roles in maintaining the ecosystem. In recent years, the use of viruses as a biological control tool has gained a lot of attention, mainly due to the difficulty of isolating new antimicrobial drugs and the selection of bacteria resistant to existing drugs. Because of this potential as biological control agents, the findings on these viruses have increased what broadens the perspectives of the ecological management of diseases in plants. In this context, the present work had as objectives i) to characterize a bacteriophage isolated from Ralstonia solanacearum from the state of Ceará, Brazil ii) to characterize H-NS proteins of Rastonia solanacearum and to study its regulatory effect in the CRISPR-Cas system. From a non-pathogenic isolate of Ralstonia solanacearum, a filamentous virus was isolated which has a pseudo-lysogenic- like multiplication cycle. The viral genome was completely sequenced, containing 6945 nucleotides and a GC content of 61.25%. The genomic organization is typical of viruses of the family Inoviridae, genus Inovirus. Comparison of the sequences obtained with other inovirus sequences suggests that the viral isolate is a new species of the φRSS group, tentatively named Ralstonia solanacearum Inovirus Brazil 1 (RSIBR1). RSIBR1 particles were transmitted to R. pseudosolanacearum, which when infected by RSIBR1 also lost the ability to cause disease in tomato plants, suggesting that the viral infection interferes with the pathogenicity of Ralstonia spp. In previous studies, it has been shown that the CRISP-Cas system of Ralstonia solanacearum is inactive. To assess whether this inactivity can be explained by the presence of H-NS type proteins, we searched for genes encoding H-NS in the Ralstonia solanacearum genome. Three H-NS copies (H-NS 1, 2 and 3) were located in megaplasmid. No copies of H-NS encoded on the bacterial chromosome were Identified. Ralstonia solanacearum H-NS have the well-conserved oligomerization and DNA binding domains. Phylogenetic analysis of H-NS proteins from different bacteria grouped according to the families Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae and Ralstoniaceae. In addition, it was observed that the H-NS proteins of the Ralstoniaceae family are highly conserved with H-NS encoded by podovirus, suggesting that the H-NS of Ralstoniaceae may be of viral origin. An in silico analysis was performed on the promoters of the CAS proteins to verify the presence of H-NS binding sites. Regions with high AT content were identified, with a typical potential curvature for H-NS binding. Analysis of H-NS expression showed that only H-NS 1 and 3 are expressed in Ralstonia solanacearum. To confirm that H-NS proteins have a regulatory effect on the expression of Cas genes, cassettes were constructed to obtain mutants for H-NS1, H-NS2 and H-NS3. Obtaining the mutants and analyzing the expression of the Cas genes in the mutants will enable elucidating the regulatory role of H-NS in the expression of the CRISPR-Cas system in Ralstonia solanacearum. / Arquivo PDF difere da versão impressa na ficha catalográfica e as linhas apresentam numeração. E-mail enviado informando as divergências em 05-09-2018.

Orientador: Gastão Wagner de Sousa Campos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-05T05:54:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Weller_SilvanaInes_D.pdf: 489148 bytes, checksum: 67f81364844b36add3213599d0a033f5 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: O propósito da tese foi mostrar, através de um estudo de caso na Cidade de Buenos Aires, a importância de focalizar os esforços de gestão em um nível tradicionalmente pouco valorizado: o dos trabalhadores da saúde. Um avanço qualitativo para a implementação das políticas em saúde reprodutiva poderia ser alcançado ao considerar esta dimensão. Apoiados nos desenvolvimentos teóricos que destacam a dupla finalidade produtiva dos sistemas de saúde públicos ¿ produzir saúde e produzir pessoas- desenvolvemos uma pesquisa a partir de um espaço de gestão, que teve como suporte empírico a realização de entrevistas a médicos infectologistas, ginecologistas e obstetras que trabalham em HIV/aids. O estudo mostrou que, além das estruturas formais de organização do sistema (leis, programas, relações de hierarquia), há outras lógicas que governam os sistemas, com alto poder de definição sobre a implementação efetiva das políticas. Também são descritos obstáculos que se apresentam aos médicos no momento de oferecer recursos de cuidado para o exercício da sexualidade. A reconstrução do processo de atenção às pessoas que vivem com HIV, permitiu detectar um ¿buraco negro¿ em matéria de saúde reprodutiva, curto-circuito que pareceria estar afetando também a população geral. Articulando desenvolvimentos do campo da gestão, a saúde reprodutiva e a sexualidade, o estudo busca fornecer insumos que melhorem as práticas em saúde atendendo à subjetividade de trabalhadores e usuários / Abstract: The purpose of this thesis is to show, through a case study of Buenos Aires, the importance of focusing the management efforts on health workers sector. We consider that taking into account this dimension it is possible to improve the implementation phase of the reproductive health policy. Literature underlines the double productive goals of public health systems: on the one hand, to produce health and on the other, to produce people. Based on this theoretical development, we developed a research through depth interviews to physician, and people who live with aids. The study shows three main results. On the one hand, we found that formal rules (such as, laws, programs, hierarchical relationship) live together with other informal ones that govern the health system, with high impact on policy implementation. On the second hand, we identified some obstacles that physicians find when they need to talk about sexual practices. Finally, the reconstruction of the health attention circuit followed by people with aids, allowed us to detect a ¿black hole¿ in the reproductive health system, which also affects general population. By articulating concepts from three different fields- management, reproductive health and sexuality- this research study brings up some inputs and findings to improve the heath attention, taking into account the subjectivity of health workers and clients / Doutorado / Saude Coletiva / Doutor em Saude Coletiva