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Vliv triazinových pesticidů na rybySTARÁ, Alžběta January 2014 (has links)
Fish and crayfish are widely used as biological monitors of environmental levels of anthropogenic pollutants. The present thesis is a contribution to the assessment of the toxicity and effects of long-term effect of triazines on the different developmental stages of common carp (Cyprinus carpio L.) and adult red swamp crayfish (Procambarus clarkii). The carp was selected as a model fish due to its economic importance, e.g. carp farming contributes about 90% to total fish production in the Czech Republic. Crayfish are easily identified species representing given locality, they are widespread, and they provide a sufficient amount of tissue for individual biochemical and chemical analyses. The results of these studies provide further data on chronic exposure to triazines for consideration in risk assessment. We selected three active substances of triazine herbicides which are the most frequently detected in surface waters such as prometryne, simazine and terbutryn. The findings contribute to knowledge of the toxic potential of triazine herbicides to carp and crayfish at environmentally relevant concentrations in Czech rivers. There is a scarcity of information regarding the toxicity of triazines on freshwater organisms. During the tests we monitored several parameters: behaviour, mortality, biometric, haematological, biochemical blood, histopathology, oxidative stress and antioxidants. The data obtained from all tests performed during my thesis are very valuable for assessment and evaluation of long-term effects xenobiotics on aquatic organisms, especially fish and crayfish. In the future, I would extend the focus of my research for study of possible synergic or amplifying effect of mixtures triazines with other xenobiotics which are often found in the aquatic environment. This approach is recently accented as the aquatic environment is polluted by mixtures of different compounds. Therefore, more research is needed in order to clarify the more detailed effects of xenobiotics on non-target aquatic organisms.
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Die Bedeutung der Deubiquitinase OTUD4 in Bezug auf die Tumorprogression epithelialer Tumoren / The importance of the Deubiqutinating Enzym OTUD4 in context of the progression of epithelial cancerLoidl, Eva 14 September 2016 (has links)
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Generation of Endoplasmic Reticulum Protein 28 (ERp28) Knock Out Mice, and Structural and Functional Analysis of its Drosophila Homologue, Wind / Herstellung von Knock-out-Mäusen für das endoplasmatische Retikulumprotein 28 (ERp28) und Struktur- und Funktionsanalyse seines Drosophila Homologs WindGuo, Chaoshe 06 November 2003 (has links)
Meine Arbeit umfasst zwei Teile: (1) die Erstellung von knock-out Mäusen für Erp28, ein Gen, welches für ein Chaperone des Endoplasmatischen Reticulums kodiert, (2) die strukturelle und funktionelle Analyse von Wind, das ERp28-Homolog von Drosophila. Um eine ERp28 Knock-out Maus zu erstellen, musste zuerst die Genstruktur (Exonverteilung) von ERp28 etabliert werden. Danach wurde eine genomische Bibliothek von Mäusen mit 32P-markierten cDNA-Fragmenten gescreent, und zwei positive Klone, die den Genlokus von ERp28 enthalten, isoliert. Eine Restriktions karte vom Genlokus wurde erstellt. Das Gen für ERp28 hat eine einfache Struktur mit nur drei Exons. Das erste Exon enthält das Start codon ATG und das dritte das Stopcodon TGA. Fast die gesamte D-Domäne, die einzigartig für die Unterfamilie von PDI-D Proteinen ist, wird vom dritten Exon kodiert. Bei der RT-PCR für die Klonierung der cDNA von ERp78, habe ich möglicherweise eine alternative splice form von ERp28 entdeckt, in welcher das zweite Exon ausgeschnitten ist. Diese cDNA konnte auch bei Mensch und Ratte gefunden werden, nicht aber bei Drosophila, was auf eine limitierte Verbreitung bei verschiedenen Species hindeutet. Weitere Studien müssen aber gemacht werden, um die Existenz dieser alternativen splice Form zu bestätigen und zu charakterisieren. Auf der Basis der Genstruktur und des Restriktionsverdaus des ERp28- Locus, wurde ein knock-out (KO) Vektor erstellt und in ES-Zellen transfiziert. Drei positive Rekombinanten wurden durch Selektion mit Antibiotika und PCR-Screening erhalten. Chimere Mäuse wurden nach Microinjektion von zwei dieser 3 Klone in Mausblastocysten generiert. Heterozygote Mäuse wurden dann durch Paarung von männliche Chimeren und weiblichen C57BL6N Wildtypmäusen erstellt.Homozygoten wurden dann durch erneute Kreuzung von Heterozygoten erstellt. Durch Genotypiserung in PCR-Analysen und/oder Southern Blot wurden Chimeren, Heterozygoten und Homozygoten charakterisiert. Zur Zeit habe ich auch keinen auffälligen Phenotyp von -/- Homozygoten entdeckt. Deswegen werden, um die Funktion von ERp28 zu klären, detailierte Analysen gemacht. Immunologische Studien zeigen, dass obwohl ERp28 in verschieden Geweben und Organen exprimiert wird, es in E12 embryos in einigen spezifischen Geweben und Zellen relativ stärkes exprimiert wird, zum Beispiel in Glialzellen im Gehirn, im plexüs choreoideüs der weiterer Ventrikel und im Heren. Diese Beobachtungen stellen wichtige Informationen für eine genaüere phänotypische Analyse dar.Im 2. Teil meiner Arbeit sollte das PDI-Dß-Protein Wind kristallisiert werden. Da eine Kristallisation von Erp28 bisher nicht möglich war, konzentrierte ich mich auf sein Homolog Wind. Wind spielt eine wichtige Rolle in der Dorsoventral-Entwicklung in Drosophila Embryonen. Kürzlich wurde gezeigt, dass es für die richtige Lokalisation von Pipe, einem Schlüsselfaktor in der Dorsoventral-Entwicklung, essentiell ist. Die Kristallisation dieses Proteins wurde in Zusammenarbeit mit der Abteilung für Strukturchemie der Universität Göttingen ( Prof. Dr. Sheldrick) durchgeführt. Das Wind-Protein konnte bei einer Auflösung von 1,9 Ả kristallisiert werden. Wie sich zeigte, liegt es als Homodimer vor. Jedes Monomer besteht aus 2 unterschiedlichen Domänen: einer N-terminalen Domäne mit Ähnlichkeit zu Thioredoxin und einer C-terminal gelegenen D-Domäne. Das Dimer wird allein durch die Beteiligung der Thioredoxin-ähnlichen Domäne gebildet. In der N-terminalen Domäne liegt ein charakteristisches Strukturelement vor bestehend aus ßaßaßaßßa, welches dem Thioredoxinfold zugeordnet wird. Die D-Domäne hingegen besteht nur aus 5 a-Helices. Durch die Homodimerisierung entsteht ein tiefer, negativ geladener Dimerspalt, in welchem kleiner Peptide gebunden werden könnten. Auf der Oberfläche von Wind gibt es konservierte Aminosäuren. Ergebnisse aus Strukturanalyse, biochemischen Experimenten sowie Mutagenesestudien lassen auf eine mögliche Substrat-Bindestelle um Y55 in der Thioredoxin-Domäne herum schliessen, (Ma et al., 2003).Durch Insulin Reduktionsexperimente und Mutagenese konnten wir zeigen, dass das vorhandene CTGC-Motiv in der N-terminalen Domäne von Wind redox-inaktiv und nicht für den Transport von Pipe vom ER zum Golgi erforderlich ist. Daraus kann man folgern, dass es sich bei Wind um ein redox-unabhängiges Chaperon/ Escortprotein handelt. Weiterhin konnten wir zeigen, dass obwohl die b- und die D-Domäne für die Funktion von Wind wichtig sind die D-Domäne von Wind durch die seines Maus-Homologs Erp28 ersetzt werden konnte, ohne den Transport von Pipe zu beeinflussen. Dieses lässt auf eine ähnliche oder sogar gleiche Funktion der D-Domäne schliessen.Die Ergebnisse aus den Wind-Studien gaben wichtige Informationen zur Funktion von Erp28. Weiterhin sei betont, dass es sich bei der Kristallisierung von Wind um die erste Kristallstruktur eines PDI-verwandten Proteins im ER handelt. Die Struktur und die mögliche Substrat-Bindestelle, die in dieser Arbeit aufgeklärt wurden, können wichtige Hinweise geben für die Funktionen anderer PDI-Proteine.
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Thunderbolt in biogeochemistry: galvanic effects of lightning as another source for metal remobilizationSchaller, Jörg, Weiske, Arndt, Berger, Frank 06 February 2014 (has links)
Iron and manganese are relevant constituents of the earth's crust and both show increasing mobility when reduced by free electrons. This reduction is known to be controlled by microbial dissimilation processes. Alternative sources of free electrons in nature are cloud-to-ground lightning events with thermal and galvanic effects. Where thermal effects of lightning events are well described, less is known about the impact of galvanic lightning effects on metal mobilization. Here we show that a significant mobilization of manganese occurs due to galvanic effects of both positive and negative lightning, where iron seems to be unaffected with manganese being abundant in oxic forms in soils/sediments. A mean of 0.025 mmol manganese (negative lightning) or 0.08 mmol manganese (positive lightning) mobilization may occur. We suggest that lightning possibly influences biogeochemical cycles of redox sensitive elements in continental parts of the tropics/subtropics on a regional/local scale.
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Untersuchungen zur Wechselwirkung von Interleukin-10 mit Glykosaminoglykanen mittels NMR-SpektroskopieKünze, Georg 04 August 2015 (has links)
Das Zytokin Interleukin-10 (IL-10) ist ein Schlüsselspieler in der Regulation des Immunsystems mit pro- und anti-inflammatorischen Funktionen. Es spielt eine wichtige Rolle bei der Terminierung und Unterdrückung einer Entzündungsantwort, die ansonsten zu einer bleibenden Schädigung des Gewebes führen kann. Eine Dysregulation von IL-10 ist mit verschiedenen Krankheitsbildern wie chronischen Entzündungen, Autoimmunerkrankungen und Krebs assoziiert. IL-10 wird von einem breiten Spektrum von Zelltypen, darunter hauptsächlich hämatopoetische Zellen, aber auch epitheliale und mesenchymale Zellen, gebildet und in den extrazellulären Raum freigesetzt, wo es mit Komponenten der extrazellulären Matrix in Kontakt kommt. Es ist bekannt, dass IL-10 an Glykosaminoglykane (GAGs) binden kann und dass diese Interaktion seine biologische Aktivität beeinflusst. GAGs sind eine Klasse linearer Polysaccharide der extrazellulären Matrix. Sie bestehen aus wiederholenden Disaccharideinheiten und haben einen hoch negativ geladenen Charakter, welcher durch einen hohen Grad an Sulfatierung in der Zuckerkette zustandekommt. Sie binden eine Vielzahl an Signalproteinen und regulieren deren biologische Funktionen, etwa indem sie Einfluss auf die Rezeptorbindung oder die räumliche Verteilung des Proteins im Gewebe nehmen. Die molekularen Mechanismen, wodurch GAGs die biologische Aktivität von IL-10 beeinflussen, sind bisher unbekannt. Insbesondere ist nichts über die strukturellen Grundlagen der Interaktion bekannt, die Voraussetzung für ihr funktionelles Verständnis sind. In dieser Arbeit wurden daher die Bindungseigenschaften von IL-10 und GAGs sowie der strukturelle Aufbau ihres molekularen Komplexes unter Verwendung von NMR-Spektroskopie in Lösung charakterisiert. Es wurde eine definierte GAG-Bindungsstelle in IL-10 identifiziert und die Bindungsepitope und Bindungsaffinitäten von GAGs bestimmt. Die Ergebnisse dieser Arbeit weisen auf eine wichtige Rolle, die GAGs in der Biologie von IL-10 spielen können, hin – etwa für seine Speicherung im Gewebe oder für die IL-10-Rezeptorbindung.
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Engineered Neoglycoproteins as Tools to Study Biologically Relevant Multivalent InteractionsKlenk, Simon 10 January 2019 (has links)
In der vorliegenden Arbeit diente das Kapsid der Bakteriophage Qbeta als multivalentes Gerüst und ermöglichte die Bildung eines monodispersen multivalenten Systems, welches mit Homopropargylglycin als unnatürliche Aminosäure modifiziert wurde. Das so eingeführte Alkin ermöglichte kupferkatalysierte Alkin-Azid-Cycloaddition zur Anbindung von Sialinsäuregrupen. Die entsprechende Synthese der hierzu kompatiblen Azid-modifizierten Sialinsäurederivate war eine der Hauptaufgaben dieser Arbeit. Zu diesem Zweck wurde das einfach zugängliche 5-N-Acetyladamantanylthiosialosid als Glykosylierungsdonor in der alpha-selektiven Synthese von Sialosiden evaluiert. Eine effiziente Aktivierung dieses Donors wurde unter optimierten Bedingungen bei -78°C mit N-Iodsuccinimid und Trifluormethansulfonsäure erreicht, was zu hohen alpha-Selektivitäten und Gesamtausbeuten der gewünschten Sialoside führte. Insbesondere Azidoethylenglykol-verknüpfte Sialinsäuren wurden synthetisiert, die für nachfolgende Biokonjugationsreaktionen an das Qbeta-Kapsid verwendet wurden. Die so dargestellten Sialinsäure-modifizierten Qbeta-Kapsidpartikel wurden dann eingehend mit Hilfe mehrerer biophysikalischer und biologischer Tests hinsichtlich ihrer Fähigkeit an Hämagglutinin zu binden und eine Influenza-Infektion zu inhibieren charakterisiert. Niedrige nanomolare Affinitäten wurden in diesen Assays gemessen. Eine sehr effiziente Infektionshemmung in vergleichbaren Konzentrationsbereichen konnte in einem in vitro Zell-, sowie einem in vivo Maus- als auch einem menschlichen ex vivo Modellsystem beobachtet werden. Verschiedene pathologisch relevante Influenzastämme konnten über die hier vorgestellte Strategie ebenfalls gebunden werden. Die monodisperse und definierte Struktur des Qbeta-Gerüsts erlaubte es außerdem ein theoretisches Modell der zugrundeliegenden Bindungsmodi zu erstellen. / In this thesis, the bacteriophage Qbeta capsid served as a multivalent scaffold and facilitated the generation of a monodisperse multivalent system which was modified with homopropargylglycine as an unnatural amino acid. The introduced alkyne enabled copper-catalyzed alkyne-azide cycloaddition to attach sialic acid groups. The corresponding synthesis of the compatible azide-modified sialic acid derivatives was one of the main tasks of this work. For this purpose, the straightforwardly accessible 5-N-acetyladamantanyl thiosialoside was evaluated as a glycosylation donor in the alpha-selective synthesis of sialosides. Efficient activation of this donor was achieved under optimized conditions at -78°C with N-iodosuccinimide and trifluoromethanesulfonic acid which led to high alpha selectivities and overall yields of the desired sialosides. Particularly azidoethylene glycol-linked sialic acids were synthesized which were used for subsequent bioconjugation reactions to the Qbeta capsid. These synthesized sialic acid-modified Qbeta capsid particles were then thoroughly characterized by multiple biophysical and biological assays regarding their ability to bind to hemagglutinin and to inhibit influenza infection. Low nanomolar affinities were measured in these assays. A very efficient infection inhibition in a comparable concentration range was observed in in vitro cellular, in vivo mouse and ex vivo human model systems. Several pathologically relevant influenza strains could also be bound with the strategy presented here. The monodisperse and defined structure of the Qbeta scaffold additionally allowed for the establishment of a theoretical model describing the underlying binding modes.
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Mechanistic insights into carbon monoxide and CoA binding at the Ni,Ni-[4Fe-4S] active site of the acetyl-CoA synthase from Carboxydothermus hydrogenoformansKreibich, Julian 23 August 2021 (has links)
Die Acetyl-CoA Synthase (ACS) beinhaltet ein einzigartiges Metallcluster (Cluster A) in seinem aktiven Zentrum, welches wichtig für ein autotrophes Wachstum von Bakterien und Archaeen ist, die den reduktiven Acetyl-CoA-Weg nutzen. Der letzte Schritt dieses Syntheseweges wird von der ACS am proximal zum [4Fe-4S] Cluster liegenden Ni ion katalysiert (Nip). In meiner Arbeit wurde die ACS von Carboxydothermus hydrogenoformans (ACSCh) auf seine Ligandenbindung untersucht und in verschiedenen Konformationen kristallisiert.
Zuerst wurde die ACSCh in einer neuen Konformation (ACSCh-closed) kristallisiert und deren Struktur mit einer Auflösung von 2.1 Å bestimmt. Diese wies einen geringeren Kontakt zur Solventumgebung auf als die vorher bekannte Struktur der ACSCh (ACSCh-open, PDB-ID: 1RU3). Das Cluster A der ACSCh-closed unterscheidet sich von der ACSCh-open in der Koordination des Nip, welches verzerrt tetraedrisch koordiniert in ACSCh-closed vorliegt und quadratisch planar in ACSCh-open. Eine Analyse des Modells wies einen molekularen Tunnel auf, der nur in ACSCh-closed vorhanden ist, welcher als CO-Kanal zur Substratversorgung dienen könnte.
Zweitens wurde die Kristallstruktur einer CO gebunden ACSCh-closed mit einer Auflösung von 2.0 Å gelöst. Darin wurde eine Elektronendichte am Nip identifiziert, die als CO überzeugend modelliert werden konnte. CO bindet am ebenfalls verzerrt tetraedrisch koordinierten Nip. Die Konformationsänderung von ACSCh-open zu ACSCh-closed scheint der entscheidende Schritt zu sein, um CO zur Bindungsstelle zu leiten.
Die dritte Struktur zeigt eine CoA gebundene ACSCh Struktur mit einer Auflösung von 2.3 Å. CoA bindet am Nip, wobei Nip quadratisch planar koordiniert wird. Die Gegenwart von CoA wurde mit Berechnungen verschiedener Elektronendichte-Karten für CoA validiert.
Die Bindung von CO und CoA an ACSCh wurde zudem mittels isothermaler Titrationskalorimetrie weiter charakterisiert. Dabei bindet CoA enthalpisch getrieben mit einem KD von 3.1 µM und CO entropisch getrieben mit einem KD von 9.4 µM an ACSCh. / The acetyl-CoA synthase (ACS) harbors a unique metal cluster (cluster A) in its active site, which is important for bacteria and archaea to survive in autotrophic growth using the reductive acetyl-CoA. The last step of this pathway is catalyzed by ACS at the Nip, the Ni ion proximal to the [4Fe-4S] cluster. In my study, the monomeric ACS of Carboxydothermus hydrogenoformans (ACSCh) was studied in its ligand binding and crystallized in different forms.
At first, an ACSCh structure was solved in a new conformation at dmin of 2.1 Å and less solvent exposed (called ACSCh-closed) than the known structure of ACSCh (called ACSCh-open, PDB-ID:1RU3). The cluster A of ACSCh-closed differs to that of ACSCh-open in the coordination of the proximal Ni, which is distorted tetrahedrally coordinated in ACSCh-closed and square planar coordinated in ACSCh-open. Analysis of the model revealed a molecular tunnel that is only present in ACSCh-closed, which might act as CO channel for substrate delivery.
Secondly, a CO-bound ACSCh-closed crystal was obtained and solved at a resolution of 2.0 Å. An electron density fitting with a diatomic ligand at the Nip site was clearly identified and modeled as a CO molecule. CO binds at the Nip site completing the tetrahedral coordination geometry of Nip. The conformational switch between open and closed is responsible for CO migration and binding to the catalytic site.
A third crystal structure depicts a CoA bound ACSCh structure at 2.3 Å resolution. CoA binds at the Nip which shows a square planar geometry. This was further supported by calculating different electron density maps for CoA.
The binding of CO and CoA to ACSCh has been characterized by isothermal calorimetry experiments. While CoA binding is enthalpically driven with a KD of 3.1 µM, CO binds to ACSCh by entropic contribution with a KD of 9.4 µM.
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Evaluation of the Antiviral Effect of Polyglycerols Functionalized with Sialic Acid on Influenza VirusStadtmüller, Marlena Nastassja 12 October 2021 (has links)
Ein vielversprechender Ansatz zur Verhinderung von Infektionen mit Influenzavirus ist die kompetitive Inhibition der Virusanhaftung an die Wirtszellen durch Behinderung der Bindung des viralen Hemagglutinin (HA) an sialylierte Glykanrezeptoren. Allerdings erschwert die hohe Variabilität des HA die Entwicklung von universellen Sialinsäure (SA)-basierten Virostatika.
In dieser Arbeit wurde der antivirale Effekt von mit SA funktionalisierten Polyglycerolen (PGs) auf Influenza A Viren (IAV) evaluiert. SA-basierte PGs waren nur bei der Inhibition einer geringen Anzahl an IAV Stämmen effektiv. Um die molekulare Basis für diese Beschränkung zu ergründen, wurden mittels Serienpassagen IAV Mutanten selektiert, die gegen sialyliertes PG resistent waren. Es entwickelten sich drei unabhängige resistente Virusvarianten, die einen einfachen bzw. doppelten Aminosäuren-Austausch in der HA RBS aufwiesen. Durch Hemagglutinations-Elution, Einzel-Virus Kraft-Untersuchungen und Glykanarray Analysen konnte eine verringerte Rezeptorbindungsstabilität sowie ein verändertes Rezeptorbindeprofil für diese Virusvarianten gezeigt werden.
Interessanterweise wurden drei unterschiedliche Fälle von Virusbindung und Inhibition beobachtet: 1) Virales HA wurde vom PG gebunden und die Virusreplikation inhibiert, 2) virales HA wurde vom PG gebunden ohne Inhibition der Virusreplikation und 3) Virales HA wurde nicht vom PG gebunden und es gab keine Inhibition. Diese Ergebnisse suggerieren, dass es eine Mindestanforderung an die Affinität oder Avidität für eine effektive kompetitive Inhibition von HA gibt. Durch modifizierte PGs, die Sialyllaktose statt SA und einen Amidlinker enthielten, konnte das Potential von PGs als breite IAV Inhibitoren demonstriert werden. Zusammenfassend bieten die Ergebnisse dieser Arbeit wertvolle Einblicke in die Entwicklung von Resistenzen in IAV gegen Inhibitoren des HA-Attachment und in das strategische Design von sialylierten mutlivalenten Inhibitoren gegen IAV. / A promising approach to block influenza virus infections is competitive inhibition of virus attachment to host cells by interfering with binding of the viral surface protein hemagglutinin (HA) to sialylated glycan receptors. However, the high structural and genetic variability of the viral HA has hampered the development of universal sialic acid (SA)-based antivirals.
Here, the antiviral effect of biocompatible Polyglycerols (PGs) functionalized with SA on influenza A virus (IAV) was evaluated. PG compounds were only effective at inhibiting a narrow spectrum of IAV strains. To elucidate the molecular basis for this restriction, PG-resistant IAV mutants were selected using serial passaging. Three independent resistant variants developed with single or double amino acid changes mapping to the HA RBS. By employing hemagglutination elution, single-virus force measurements and glycan array analyses, a reduced receptor binding stability as well as an altered receptor binding profile of mutant viruses was shown.
Intriguingly, three different cases of virus binding and inhibition were observed using Cy3-labeled compound: 1) viral HA was bound by the compound and resulted in inhibition of replication, 2) viral HA was bound by the compound but replication was not inhibited and 3) viral HA was not bound by the compound and no inhibition occurred. These results suggest that there is an affinity or avidity requirement for effective competitive inhibition of HA attachment. The suitability of PGs as IAV inhibitors with potential for broad activity was demonstrated by a modified PG incorporating sialyllactose instead of SA and an amide linkage covering an extended spectrum of inhibited IAV strains. Taken together, results described in this thesis provide valuable insights into the development of resistance against inhibitors of HA attachment in IAV and into the strategic design of sialylated, multivalent inhibitors aiming at broad activity against influenza viruses.
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Structure and functional dynamics of the KdpFABC P-type ATPase from Escherichia coliHeitkamp, Thomas 17 April 2009 (has links)
The KdpFABC complex from E. coli functions as a high affinity K uptake system and belongs to the superfamily of P-type ATPases. So far, no information is available about the orientation of the subunits within the complex as well as its oligomeric state. By chemical crosslinking, gel filtration, electron transmission microscopy and single particle FRET analysis this study shows that the KdpFABC complex occurs as a homodimer with a dissociation constant between 30 to 50 nM. Furthermore, by means of single particle analysis of transmission electron micrographs, the solution structure of the complex at 1.9 nm resolution could be solved, thus providing the first structural analysis resolving all subunits of the holoenzyme. Based on crystal structures, it is generally assumed that P-type ATPases undergo large domain movements during catalysis. However, these conformational changes have never been shown directly. By use of single molecule FRET with alternating laser excitation, distance changes could be measured directly within KdpB during ATP hydrolysis. With this technique, distances and dwell times were determined for three conformational states in the working enzyme as well as in the orthovanadate- and the OCS-inhibited state.
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Mutagenesestudien an F-ATPasen aus E. coli : Auswirkungen zentraler Blockaden der elastischen Rotoreinheit gamma und Visualisierung der Relativrotation unter ATP SynthesebedingungenAhlbrink, Stephanie 16 January 2007 (has links)
1. Aufgrund der Resultate mit der Mutante MM10, die trotz Disulfidbrücke noch unverminderte Aktivität und Rotation zeigte, wurde der Frage nachgegangen, ob der EF1-Komplex in der Lage ist, die Rotation durch einen Bruch der alpha-helikalen Struktur von gamma oder durch Rotation um eine Einfachbindung der Disulfidbrücke aufrechtzuerhalten. Quervernetzungen vom Hexagon mit gamma in der Mitte und am unteren Ende konnten das Enzym blockieren. Von den vier betrachteten Mutanten KG11, MM26, MM25 und MM24 fiel der MM26 bereits nach der Isolierung raus. Der MM25 wies nicht mehr als 70% Quervernetzung auf. Bei dem KG11 und dem MM24 konnte jedoch eine 99%-ige Quervernetzung nachgewiesen werden. Mit diesen zwei Cystein-Doppelmutanten wurden weitere Quervernetzungen gefunden, die ebenso wie der MM10 aktiv nach Oxidation sind, aber tiefer im Enzym liegen und die ATP-Hydrolyse trotz Blockade durch Quervernetzung aufrecht erhalten. Es konnte gezeigt werden, dass eine Rotation um die Einzelbindungen innerhalb der Disulfidbrücke unwahrscheinlich ist, und daher die Aktivität des quervernetzten Enzyms nur durch eine Aufwindung der gamma-Helix erklärt werden kann. 2. Die Voraussetzung für ein EFOF1-Kostrukt zum optischen Nachweis der Relativrotation unter Synthesebedingungen war der Einbau von zwei verschiedenen Tags zur spezifischen Bindung. Von den vier Mutanten SE3, SE4, SW7 und WH1 zeigten die beiden SE-Mutanten keine Stabilität bei der Isolierung im Bezug auf die Kopplung zwischen FO- und F1-Teil. Mit dem SW7-EFOF1 wurde eine Mutante gefunden, die mit einer guten Aktivitäts- und Rotationsausbeute nach einer Aufreinigung mittels Streptactin-Affinitätchromatographie durch ihre Stabilität als Ausgangspunkt für das Rotationsexperiment unter ATP-Synthese dienen kann. Der WH1, dessen atp-Operon dem des SW7 gleicht, brachte trotz seines veränderten Vektorursprungs keine Verbesserung.
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