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Diagnóstico da hanseníase paucibacilar com lesão única

Barbieri, Raquel Rodrigues January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-12-29T16:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 raquel_barbieri_ini_mest_2013.pdf: 1834473 bytes, checksum: 1e591eb91c0a6e3d12d71fd1c53d6769 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-10-29 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Introdução: Apesar do recente declínio dos coeficientes de detecção de casos novos, a hanseníase permanece endêmica no Brasil e em outros países do mundo. O diagnóstico da doença se baseia nos aspectos clínicos, embora o índice baciloscópico e a histopatologia sejam usados como suporte para o diagnóstico. Nas formas paucibacilares, bacilos são raramente detectados e o exame histopatológico pode ser inconclusivo. Neste estudo, analisamos os aspectos clínicos e histopatológicos de pacientes com suspeita de hanseníase paucibacilar e estabelecemos a contribuição do PCR no manejo clínico destes casos. Pacientes e Métodos: Foram estudados 66 pacientes com lesão cutânea única em placa, atendidos no Ambulatório Souza Araújo (ASA) da Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brasil, no período de janeiro de 2008 a dezembro de 2011. Dois patologistas independentes, que não tinham informações sobre a história clínica dos pacientes, realizaram a reanálise histopatológica. Os pacientes foram classificados como Alta (A), Média (M) e Baixa (B) probabilidade do diagnóstico de hanseníase ou outras dermatoses (O). O DNA foi extraído de fragmentos de biópsias de pele e os níveis de M. leprae Ag85B e 16S rDNA foram estimados usando a amplificação por PCR quantitativo (qPCR) Resultados: O qPCR foi positivo em 46/66 (69.7%) das amostras de pele. Dos 66 pacientes, 57 (86.3%) tinham recebido tratamento com poliquimioterapia (PQT) baseado nos aspectos clínicos e histopatológicos. A associação entre o resultado do PCR e a variável tratamento mostrou que entre os 19 pacientes classificados como L+O, 2 pacientes com PCR positivo não tinham recebido tratamento e 6 pacientes com PCR negativo tinham sido tratados com PQT por 6 meses. Conclusão: Concluímos que o qPCR é uma ferramenta útil para o diagnóstico e o manejo clínico dos pacientes com suspeita de hanseníase paucibacilar, nos casos em que a histopatologia não é conclusiva / Background: Despite recent decline in detection rates, leprosy remains endemic in Brazil and in others countries around the world. Frequently, the disease diagnosis is based only on clinical aspects, although the bacteriological index in skin smears and histopathological examination are used to support conclusions. In paucibacillary forms, ba cilli are rarely detected, and histopathological examination may not be conclusive. In this study, we analised the clinics and histopathological aspects of patients suspected of paucibacillary leprosy and try to establish the contribution of PCR to the clinical management of these cases. Methods: We evaluated 66 patients with single - plaque skin lesions who attended the Leprosy Outpatient Unit of Oswaldo Cruz Foundation, Rio de Janeiro, Brazil, between 2008 and 2011. Two independent pathologists who were blinded to the patients’ clinical details performed pathological reanalysis of slides. Patients were classified as High (H), Medium (M), and Low probability (L) for the diagnosis of leprosy or another dermatosis (O). DNA was extracted from the fragmen ts of skin biopsies, and the levels of M. leprae Ag85B and 16S rDNA were estimated using qPCR amplification . Findings: The qPCR was positive in 46/66 (69.7%) of skin samples. Out of 66 patients, 57 (86.3%) received multidrug therapy (MDT) based on clinical and histopathological examination. The association between previous treatment and qPCR results showed that among 19 patients classified as L+O, 2 qPCR - positive patients were not treated, whereas 6 patients with negative qPCR results were treated with MDT for 6 months. Conclusion: In conclusion, qPCR is a useful tool to diagnosis and clinical management in suspected cases of paucibacilary leprosy in cases with inconclusive histopathology.
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Diversidade e ecologia de mosquitos do gênero Anopheles (Diptera: Culicidae: Anophelinae) e avaliação do risco de reintrodução de malária no Pantanal de Miranda, Mato Grosso do Sul, Brasil

Silva, Mariana Marinho e January 2012 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-02-19T15:51:39Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_mariana_marinho_e_silva.pdf: 20546294 bytes, checksum: 7d6bff68d1a4d2ce6ef7b31d5db46bc9 (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-02-19T18:22:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_mariana_marinho_e_silva.pdf: 20546294 bytes, checksum: 7d6bff68d1a4d2ce6ef7b31d5db46bc9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-19T18:22:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_mariana_marinho_e_silva.pdf: 20546294 bytes, checksum: 7d6bff68d1a4d2ce6ef7b31d5db46bc9 (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O número de casos de malária autóctone e importada tem aumentado na Região Extra - Amazônica. O fluxo de indivíduos infectados para regiões não endêmicas com p resença de vetores e demais condições necessárias à transmissão pode provocar surtos. O Mato Grosso do Sul, especialmente o Pantanal, está próximo a áreas malarígenas do Brasil e países vizinhos e por ele transitam milhares de pessoas, particularmente turi stas brasileiros e advindos de várias partes do mundo. Assim, é importante a determinação das espécies de Anopheles que podem atuar como vetor e o estudo da ecologia desses mosquitos, para permitir avaliar o risco de reintrodução da malária, o melhor enten dimento da epidemiologia da doença e o controle vetorial eficaz. A localidade Salobra, Pantanal do Município de Miranda, MS, outrora malarígena, é bastante peculiar, devido à sazonalidade das chuvas e rios com distintas características fisico - químicas, que transbordam alagando vasta planície durante parte do ano. Tal peculiaridade pode ter favorecido a especiação e aparecimento de complexos de espécies crípticas. Neste trabalho, realizamos capturas bimestrais de anofelinos em Salobra, de setembro - 2010 a jul ho - 2011. Em cada mês, foram realizadas coletas durante cinco dias, de 17 - 20h, nas paredes de uma casa, em atrativo humano no peridomicílio e em armadilha Shannon com cavalo no extradomicílio, além de três capturas de 18h no extradomicílio. Foi realizado le vantamento de dados epidemiológicos secundários acerca dos casos autóctones de malária ocorridos no MS nos últimos anos. No total, foram capturados 24.894 anofelinos, cuja maior frequência se deu na transição entre a estação chuvosa e seca. As identificaçõ es morfológica e molecular revelaram a presença de 13 espécies ou complexos em Salobra: An. albitarsis s.l. , An. darlingi , An. deaneorum , An. galvaoi , An. halophylus , An. mattogrossensis , An. oswaldoi s.l. , An. rondoni, An. triannulatus s.s. , An. triannula tus C , An. arthuri , An. konderi e An. oryzalimnetes , sendo as três últimas registradas pela primeira vez no MS. A espécie mais frequente no total das capturas foi An. darlingi ( 63,1%), principal vetor de malária no Brasil, seguida de An. triannulatus s.l. (19,7%). Todas as espécies apresentaram comportamento predominantemente exofágico e também foram abundantemente capturadas em atrativo animal, embora também tenham sido capturadas picando o homem no peridomicílio e coletadas repousando nas paredes internas da casa. O pico de maior frequência de anofelinos se dá no crepúsculo matutino e momentos peri - crepusculares do amanhecer, embora picos no crepúsculo vespertino e, principalmente, nas horas altas da noite também tenham sido observados, especialmente para An. darlingi. O levantamento epidemiológico revelou que, anualmente, ocorrem casos de malária autóctone e importada no MS, alguns diagnosticados no Pantanal. Mais de 66% dos casos eram de homens, com idade entre 18 e 52 anos, cujas atividades profissionais , como garimpo, extrativismo vegetal e agropecuária, aumentam a exposição à picada de anofelinos no extradomicílio durante o amanhecer e anoitecer, como se viu ocorrer em Salobra. Conclui - se que Salobra e o Pantanal de Miranda são consideravelmente recepti vos e vulneráveis à transmissão de malária. Portanto, a vigilância deve ser intensificada nesta área, de modo a se evitar surtos e o restabelecimento da endemicidade da malária. / The number of cases of imported and autochthonous malaria has increased in recent years in the Extra - Amazonian Region. The migration of malaria - infected individuals to non - endemic regions with presence of vectors and other conditions necessary for the malaria transmission can c ause outbreaks. Mato Grosso do Sul Stat e (MS), especially the Pantanal Region, is close to malarious areas in Brazil and in bordering countries, and thousands of people, particularly Brazilians and tourists coming from various parts of the world, transit trough Pantanal. It is, therefore, impor tant to determine the Anopheles species that can act as vectors and to study the ecolog y of these mosquitoes, in order to allow risk assessment of reintroduction of ma laria, better understanding of disease epidemiology, and effective vector control. The lo cation of Salobra, in the Pantanal of Miranda Municipality, MS, a malarious area in the past, is quite peculiar, due to seasonal rainfall s and rivers with different physico - chemical characteristics, which overflow flooding a vast plain during a time of yea r. This peculiarity may have favored speciation and appearance of complexes of cryptic species. We carried out bimonthly collections of Anopheles mosquitoes in Salobra, from 2010 - September to 2011 - July. Each month, collections were conducted for five days, from 17 - 20 h, in the walls of a domicile, in human bait in the peridomicile and in Shannon trap with animal bait in extradomicile. Three 18 - hour collections in extradomicile were performed . An epidemiological survey, based on secondary data, about autochth onous malaria cases occurred in MS in recent years was conducted. In total, 24,894 anophelines were collected, which occurred more frequently in the transition between the rainy and dry seasons. Morphological and molecular identification revealed the prese nce of 13 species in Salobra: An. albitarsis s.l. , An. darlingi , An. deaneorum , An. galvaoi , An. halophylus , An. mattogrossensis , An. oswaldoi s.l. , An. rondoni , An. triannulatus s.s. , An. triannulatus C , An. a rthuri , An. konderi and An. oryzalimnetes , the last three being registered for the first time in MS . The most frequent species in total of collections were An. darlingi (63.1%), main vector of malaria in Brazil, and An. triannulatus s.l. (19.7%). All species presented predominantly exophagic behavior and were abundantly caught on horse . However, they were also caught biting huma n in the peridomicile and on the inner walls of the house. T he highest peak frequency of all anophelines occurs in the morning and around peri - crepuscular hours, although peaks at dusk, and especially at dawn, are also observed, especially regarding An. darlingi . The epidemiological survey showed that autochthonous and imported malaria cases occur annually in MS, and some occur in Pantanal. More than 66% of cases were male indivi duals, aged 18 - 52 years, whose occupation s such as mining, agriculture and wood extraction, increase exposure to the bite of anopheline s in the extradomicile, during dawn and dusk, as it has been observed in Salobra. We conclude that Salobra and the Mirand a Pantanal are pretty receptive and vulnerable to malaria transmission. Therefore, surveillance should be intensified in this area, in order to prevent the occurrence of outbreaks and the reestablishment of endemic malaria.
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Aspectos clínicos, epidemiológicos e laboratoriais da Leishmaniose tegumentar americana em hospital de referência de Teresina, Piauí

Almeida Neto, Walfrido Salmito de January 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-04-15T12:58:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 walfrido_neto_ioc_mest_2015.pdf: 3256765 bytes, checksum: f963b0142dbc1e15dd0c61bbc2f7e663 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Universidade Federal do Piauí. Teresina,PI, Brasil / INTRODUÇÃO: A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é uma doença infecciosa, não contagiosa, reconhecida pela OMS no grupo das doenças negligenciadas causada por diferentes espécies de protozoários do gênero Leishmania spp., que acomete pele e mucosas. OBJETIVOS: O trabalho objetiva descrever aspectos clínicos, epidemiológicos e laboratoriais dos casos de LTA atendidos no Instituto de Doenças Tropicais Natan Portella (IDTNP) em Teresina, Piauí entre 2007 e 2014. A casuística apresentada corresponde a cerca de 50% de todos os casos piauienses de LTA no período de 2007 a 2014. Os demais foram notificados em outros serviços de saúde. MÉTODO: Foi realizado um estudo do tipo série de casos, sendo os dados obtidos através de formulário do Sistema Nacional de Agravos de Notificação (SINAN). RESULTADOS: Observou-se que o hospital atende uma média de 85 casos por ano, com registro de picos superiores a 100 casos/ano em 2007, 2011 e 2014. Entre os 676 casos, 463 (68,5%) foram autóctones do Piauí, 182 (26,9%) procedentes do Maranhão e 27 (4%) do Pará. No Piauí, os municípios que apresentaram maior casuística foram Teresina 260 (56,15%) e Altos 17 (3,67%). Em Teresina os bairros com maior número de casos foram: Santa Teresa 23 (8,8%) e Santa Maria da Codipi 11 (4,2%). Do total de atendidos no IDTNP, 240 (35,5%) eram do gênero feminino e 436 (64,5%) eram do gênero masculino. A média de idade das pessoas com LTA foi 43,9 ± 20,7 anos. A distribuição por faixa etária mostrou: 0 a 4 anos 20 (3%), 5 a 12 anos 27 (4%), 13 a 17 anos 34 (5%),18 a 30 anos 111 (16,4%), 31 a 50 anos 228 (33,7%), 51 a 65 anos 142 (21%), maior de 65 anos 114 (16,9%). A coinfecção com o HIV foi documentada em 20 (3%) dos pacientes Dentre os 676 casos, cerca de 615 (91%) foram confirmados por critérios laboratoriais e 282 (46%) tiveram apenas a intradermorreação de Montenegro positiva. O histopatológico mostrou lesões compatíveis com LTA, porém sem a visualização do parasita, sendo mais frequente nos casos da forma mucosa 63 do total de 77 (81,8%), nos casos de forma cutânea 144 dos 245 casos (58,8%). O tratamento com antimonial pentavalente foi aplicado em 511 (75,6%), 116 (17,2%) com anfotericina B e apenas 1 (0,1%) com pentamidina. Entre os casos, 570 (84,3%) tinham a forma cutânea e 106 (15,7%) tinham a forma mucosa da doença. Dos casos com comprometimento de mucosa, 24 (22,6%) apresentavam cicatrizes cutâneas. Entre os pacientes com a forma cutânea, 451 (79,1%) foram tratados com antimonial pentavalente e 79 (13,9%) com anfotericina B, entre as formas mucosas 43 (56,6%) foram tratados com antimoniais pentavalente e 27 (34,9%) com anfotericina B. O modelo multivariado demonstrou que a forma mucosa se associa a residir no Pará (OR = 5,43; IC 95% = 2,34 \2013 12,59), residir no Maranhão, (OR = 2,70; IC 95% = 1,72 \2013 4,25) e ter mais de 50 anos (OR = 1,94; IC 95% = 1,25 \2013 2,97). O gênero feminino apresentou apenas tendência a proteger do comprometimento da forma mucosa (OR = 0,64; IC 95% = 0,39 \2013 1,03). CONCLUSÕES: Conclui-se que a LTA vem sendo cada vez mais diagnosticada em Teresina e demais municípios do Piauí, em indivíduos do gênero masculino, sendo a forma mucosa identificada em níveis superiores à média nacional / The American Cutaneous Leishmaniasis (ACL) is an infectious disease, not contagious, recognized by WHO in the group of neglected diseases caused by different species of protozoa of the genus Leishmania, which affects the skin and mucous membranes. OBJECTIVES: The paper aims to describe the clinical, epidemiological and laboratory cases of ACL treated at a referral center in Teresina-Piauí between 2007 and 2014. The case presented corresponds to about 50% cases of ACL in Piaui during the period 2007 to 2014, others were reported in other health services. METHOD: A study of case series, and data obtained form the National Notifiable Diseases System (SINAN) was performed. RESULTS: It was observed that the hospital serves an average of 85 cases per year, with record peaks above 100 cases / year in 2007, 2011 and 2014. Among the 676 cases 463 (68.5%) were native of Piauí, 182 (26.9%) coming from Maranhão and 27 (4%) of Para. In Piaui, the municipalities that had larger samples were Teresina 260 (56.15%) and Altos 17 (3.67%). Teresina in the districts with the highest number of cases were: Santa Teresa 23 (8.8%) and Santa Maria da Codipi 11 (4.2%). Of the total, 240 (35.5%) were female and 436 (64.5%) were male. The average age of people with ACL was 43.9 ± 20.7 years. The age distribution showed: 0-4 years 20 (3%), 5-12 years 27 (4%), 13-17 years 34 (5%), 18-30 years 111 (16.4 %), 31-50 years 228 (33.7%), 51 to 65 142 (21%), greater than 65 114 (16.9%). Co-infection with HIV has been reported in 20 (3%) patients. Among the 676 cases, about 615 (91%) were confirmed by laboratory criteria, 282 (46%) had the only positive Montenegro's reaction Histopathological showed injuries consistent with ACL, but without viewing the parasite, most frequently in cases of mucosal form 63/77 (81.8%) than in cutaneous cases 144/245 (58.8%). The treatment with antimonial was applied in 511 (75.6%), 116 (17.2%) with amphotericin B, and only 1 (0.1%) with pentamidine. Among the cases 570 (84.3%) had the cutaneous form and 106 (15.7%) had the mucosal form of the disease. Part of cases with mucosal involvement, 24 (22.6%) had cutaneous scars. Among patients with cutaneous 451 (79.1%) were treated with antimonials, and 79 (13.9%) with amphotericin B, between the mucosal forms 56.6% were treated with antimonials and 34, 9% with amphotericin B. The multivariate model showed that the shape mucosa associated to reside in Pará (OR = 5.43; 95% CI = 2.34 to 12.59), reside in Maranhão (OR = 2, 70; 95% CI = 1.72 to 4.25) and have more than 50 years (OR = 1.94; 95% CI = 1.25 to 2.97). The females showed only tendency to protect the impaired mucosal form (OR = 0.64; 95% CI = 0.39 to 1.03). CONCLUSIONS: We conclude that the LTA has been increasingly diagnosed in Teresina and other cities of Piauí, in male subjects, the mucosal form identified at levels above the national average
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Estudo da soroprevalência do Toxoplasma gondii Nicolle e Manceaux, 1909 em um distrito sanitário no município de Angra dos Reis, Rio de Janeiro aspectos epidemiológicos

Souza, Thais Silva de January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-05-11T12:57:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 thais_souza_ioc_mest_2014.pdf: 1397984 bytes, checksum: 4efc283bdf7ad7d0f355a158852d5702 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Introdução: A toxoplasmose é uma zoonose de distribuição mundial e acomete animais das mais variadas espécies, inclusive o homem. Os casos de toxoplasmose em seres humanos e animais frequentemente não são relatados. Isto pode se dá pelo fato da infecção caracterizar-se por ser assintomática em 90% dos casos humanos e quando sintomáticas estes não apresentam sintomas patognomônicos. Desta maneira, existem dificuldades na caracterização clínica desta patologia sendo necessária a confirmação laboratorial e posterior notificação. Sendo assim, este estudo teve como objetivo verificar a soroprevalência da infecção por Toxoplasma gondii numa população do Município de Angra dos Reis, no Estado do Rio de Janeiro. O estudo teve início a partir de uma demanda da Secretaria Municipal de Saúde de Angra dos Reis \2013 Núcleo de Vigilância Epidemiológica, que no primeiro trimestre de 2012 havia identificado a presença de 22 casos de Toxoplasmose em um dos cinco distritos sanitários do município. Material e Métodos: Anticorpos IgM e IgG anti-Toxoplasma gondii foram pesquisados, por meio da RIFI e ELISA, em 384 indivíduos residentes do 3º distrito onde havia ocorrido a maioria dos casos. O projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa do IOC/Fiocruz. Após serem esclarecidos sobre o projeto e assinarem o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, os participantes da pesquisa responderam a um questionário epidemiológico e em seguida foram coletadas amostras de sangue dos mesmos para a sorologia Todos os participantes foram avaliados por um médico infectologista. Resultados: Na comparação dos resultados obtidos pelos testes ELISA e RIFI, obteve-se um Kappa para IgG de 48,9%, o que indicava concordância regular. Desde modo optou-se por utilizar os resultados de ELISA por ser o mais utilizado nos laboratórios de análise clínica. Das 384 amostras analisadas por meio do ELISA, observou-se uma frequencia de 69,0% de sororreagentes na região. Destes, 22 (5,72%) foram IgM reagentes em ELISA e todos foram IgM não reagentes na RIFI. Destes 22, 7 (31,82%) apresentavam clínica sugestiva de toxoplasmose no momento da primeira coleta. Enquanto para IgG foi verificado 265 (69,0%) reagentes. O teste de Avidez de IgG, foi realizado em sete (31,82%) amostras IgM reagentes, sendo encontrada alta avidez de IgG em duas (28,57%) amostras, avidez intermediária em duas (28,57%) e baixa avidez em três (42,86%). Pela análise das respostas dos indivíduos entrevistados, não foram verificadas diferenças significativas entre as variáveis faixa etária, nível de escolaridade, conhecimento da infecção, consumo de água não tratada, hábitos e comportamentos alimentares, como ingestão de leite cru, ingestão de carne crua ou mal cozidas, embutidos crus e vegetais crus, contato com gatos, destino do lixo Foi observado significância estatística no que se refere a presença de roedores na residência, demostrando a possibilidade de ingestão de oocistos carreados por esses. Discussão/Conclusão: Foram identificados pelo menos 3 casos de toxoplasmose adquirida na fase aguda e recente da infecção, sendo que um deles não apresentava sintomatologia sugestiva da doença. Suscitando a necessidade de outros estudos do meio ambiente e dos animais da mesma região / Toxoplasmosis is a zoonosis of worldwide distribution, affecting animals of different species, including man. Human and animals cases of toxoplasmosis are often not reported. This happens because the infection is asymptomatic in almost 90% of the human cases and when it is symptomatic there are no presence of pathognomonic symptoms. Thus, there are difficulties in the clinical characterization of this pathology, laboratory confirmation and further notification is required. Therefore, this study aimed to determine the seroprevalence of Toxoplasma gondii infection in a population from Angra dos Reis municipality in the state of Rio de Janeiro. The study begins following a request made by the Municipal Health Secretary of Angra dos Reis - Center for Epidemiological Surveillance, in the first quarter of 2012, when they identified the presence of 22 cases of toxoplasmosis in one of five health districts in the county. IgM and IgG anti-Toxoplasma gondii were investigated by means of IFAT and ELISA in 384 individuals living in the 3rd district which most of the cases had occurred. The project was approved by the Ethics Committee. After being informed about the project and signed an informed consent, survey participants answered an epidemiological questionnaire and then blood samples were collected. All participants were evaluated by an infectious disease physician. Comparing the results obtained by ELISA and IFA tests, a Kappa for IgG of 48.9% was obtained, which indicated fair agreement between them. So we agree to use the results of ELISA, because this is the most common used test in clinical analysis laboratories. Of the 384 samples tested, we found a frequency of 72.39% seropositive individuals in the study region. 22 (5.72%) were IgM ELISA reagents and all were IgM non-reactive by IFAT. From these individuals, 22, 7 (31.82%) had suggestive symptoms of toxoplasmosis at the time of the first collection. While,IgG was found in 265 (69.0%) participants. The IgG avidity test was performed in ten (45.45%) IgM reactive samples, high IgG avidity was found in three (30%) of them, intermediate avidity in four (40%) and low avidity in three (30 %). Analyzing the responses of the questionnaire, no significant differences between the variables age, level of education, knowledge of infection, consumption of untreated water, eating habits and behaviors such as drinking raw milk, eating raw or undercooked meat cooked, raw sausages and raw vegetables, contact with cats and garbage disposal were verified. Statistical significance was observed with regard to the presence of the rodents in the residence, demonstrating the possibility of ingestion of oocysts. We identified at least three cases of acquired toxoplasmosis in acute and recent phase of infection, one of whom had no symptoms suggesting disease, indicating the need for further studies involving animals and their environment, in the same region. / 2100-04-26
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Identificação de roedores silvestres e sinantrópicos como potenciais reservatórios de Leishmania infantum e avaliação do papel de Lutzomyia migonei (Diptera: psychodidae) no ciclo zoonótico da Leishmaniose visceral americana em Pernambuco, Brasil

Carvalho, Maria Rosimery de January 2011 (has links)
Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-17T16:14:55Z No. of bitstreams: 1 TESE ROSIMERY merged (2).pdf: 13670043 bytes, checksum: 3d066fc62d2695e641494985db2b5801 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-17T16:14:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE ROSIMERY merged (2).pdf: 13670043 bytes, checksum: 3d066fc62d2695e641494985db2b5801 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A história natural da leishmaniose visceral americana apresenta poucos estudos relacionados ao conhecimento dos reservatórios associados à Leishmania. Para os estudos de infectividade, foram realizados experimentos com os seguintes roedores silvestres: Nectomys squamipes, Rattus rattus e Galea spixii para incriminação de hospedeiros reservatórios de Leishmania (Leishmania) infantum , foram realizados duas repetições, com 10 roedores de cada espécie perfazendo um total de 60 animais, todos colonizados em laboratório. Como grupo controle foi utilizado seis hamsters (Mesocricetus auratus) para cada grupo de dez animais. Nas duas repetições, os animais foram inoculados com 2,8x105 /ml de promastigotas de fase log de Leishmania (leishmania) infantum. Amostras de pele, baço e fígado dos animais foram processadas para a detecção de DNA por meio de PCR específica para o subgênero Leishmania. Como resultado obtivemos dos 60 animais inoculados, 36 roedores positivos em amostras de pele, baço e fígado bem como 3 hamsters de controle (50%). Foram capturados entre 2009/2010 95 roedores silvestres para detecção de infecção natural. Destes, 9 animais das espécies: Nectomys squamipes, Necromys lasiurus e Rattus rattus foram positivos por PCR em amostras de pele, baço e fígado para Leishmania. As capturas de flebotomíneos utilizando armadilhas do tipo CDC para detecção de infecção natural dos espécimes coletados 420 flebotomíneos (fêmeas) de mais de 3.000 capturados foram processadas, 110 fêmeas em amostras individuais e 31 pools de 10 fêmeas cada um, destes, 6 foram positivos para Leishmania pela técnica de PCR e pela técnica de Dot-Blot hibridização, foram positivos 2 (33,3%) flebotomíneos para Leishmania (L.) infantum e 4 (66,6%) flebotomíneos para Leishmania (V.) braziliensis. Com a utilização da armadilha de Disney modificada em região de mata, utilizando como isca o roedor silvestre Galea spixii, foram capturados 131 flebotomíneos fêmeas e todas identificadas como da espécie Lutzomyia complexa. / The natural history of American visceral leishmaniasis presents few studies related to knowledge of reservoirs associated with Leishmania. In order to characterize the experimental infectivity in wild rodents of the following species: Nectomys squamipes, Rattus rattus and Galea spixii for trials of reservoir hosts of Leishmania (Leishmania) infantum , two experiments were conducted with 10 rodents of each species for a total 60 animals, all colonized in the laboratory. For the control was used six hamsters (Mesocricetus auratus) for each group of ten animals. In both experiments, the animals were inoculated with 2.8 x105 / ml log phase promastigotes of Leishmania infantum. Samples of skin, liver and spleen of animals were processed for DNA detection by PCR specific for the subgenus Leishmania. As a result we obtained the 60 injected animals, 36 (%) positive for samples of rodent skin, spleen and liver and 3 (50%) control hamsters. During 2009/2010 were collected 95 wild rodents for the detection of natural infection. Of these, nine animals: Nectomys squamipes, Bolomys lasiurus and Rattus rattus were positive by PCR in samples of skin, liver and spleen for Leishmania. The catch of sandflies using CDC traps for detecting natural infection, 420 female sand flies out of 3.000 were processed in 110 individual samples and 31 pools of 10 females sandflies each of these, 6 were positive by PCR and Dot-Blot hybridization technique, 2 (33.3%) were positive for L. (L.) infantum and, four (66.6%) for Leishmania (V.) braziliensis. During two years several attempts were made to obtain a colony of the Lutzomyia migonei for xenodiagnosis, however after several attempt no sufficient number of sandflies was able to perform this procedure, because of early mortality of the adults. Modified Disney trap baited with Galea spixii were used during a period of four months to capture sandflies in a forest area São Vincente Férrer. 131 sand flies captured were identified as Lutzomyia complexa.
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Avaliação de testes de captura de antígeno NS1 para o diagnóstico precoce das infecções por dengue

Lima, Monique da Rocha Queiroz January 2009 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-03-29T13:29:04Z No. of bitstreams: 1 monique_rq_lima_ioc_mt_0010_2009.pdf: 1937766 bytes, checksum: d05c52dcbcc952c1a57ff1ff206f06b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-03-29T13:29:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 monique_rq_lima_ioc_mt_0010_2009.pdf: 1937766 bytes, checksum: d05c52dcbcc952c1a57ff1ff206f06b1 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O diagnóstico laboratorial de dengue é muito importante para apoiar os programas Vigilância Epidemiológica considerando-se a dificuldade da confirmação dos casos em bases clínicas apenas, em especial, durante períodos inter-epidêmicos. Atualmente estão disponíveis kits comerciais para o diagnóstico sorológico do dengue, embora o seu custo ainda represente um alto encargo financeiro para países em desenvolvimento. Um diagnóstico rápido pode direcionar as medidas de controle do vetor. A proteína não-estrutural 1 (NS1) do vírus dengue por ser um marcador utilizado durante a fase aguda da doença e tem sido proposto para o diagnóstico da doença. Desta forma, a sensibilidade e especificidade de três kits comerciais para captura de antígeno NS1 disponíveis no mercado foram avaliadas com um painel de 852 amostras obtidos a partir da coleção do Laboratório de Flavivírus no Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, de epidemias ocorridas durante os anos de 1986 a 2008. O desempenho de cada kit foi avaliado individualmente e, a comparação entre os três kits foi baseada na análise de uma sub-população de 450 amostras. Dentre os três kits analisados, o kit NS1 Ag Strip (BioRad Laboratories) foi o mais sensível em confirmar casos de dengue na amostragem testada (89%, 197/220), seguido pelo Platelia NS1 (BioRad Laboratories) (84%, 184/220) .O menos sensível foi o pan -E Early ELISA (PanBio Diagnostics) com 72% (159/220) de sensibilidade. Porém, neste estudo o kit da PanBio foi o mais especifico (100%), enquanto que ambos os kits da BioRad apresentaram 99% de especificidade. Os resultados obtidos demonstraram uma maior sensibilidade de confirmação de casos de infecção primária pelos três kits, porém não houve diferença significativa em relação aos casos de infecção secundária. Os três kits foram mais sensíveis em confirmar casos positivos por isolamento viral do que em casos positivos por RT-PCR. A sensibilidade dos três kits foi maior no período compreendido entre o primeiro ao quinto dia após o inicio dos sintomas. Reações cruzadas foram raramente observadas em vacinados contra o vírus da febre amarela e casos de rubéola. Os resultados obtidos demonstraram que três kits podem ser utilizados para a detecção precoce da infecção viral por dengue. / Dengue virus diagnosis is an important tool to support Epidemiological Surveillance Programs considering the difficulties found in confirm dengue cases based only on the clinical symptoms, especially during inter-epidemic periods. Currently, there are many commercial serological kits for dengue diagnosis, however its costs poses a financial burden for many developing countries. The dengue virus non- structural protein a (NS1) can be used as a marker during the acute phase of the illness and its use has been proposed for the disease diagnosis. Therefore, here we evaluated the sensitivity and specificity of three newly available NS1 antigen capture commercial kits with a panel of 852 samples from the collection of the Flavivirus Laboratory at the Oswaldo Cruz Institute, FIOCRUZ, from epidemics occurred from 1986 to 2008. Each kit was evaluated individually and the comparison among them was based on the analysis of a sub- population of 450 samples. From the three kits analyzed, the NS1Ag Strip (Biorad Laboratories) showed the highest sensitivity (89%, 197/220) in confirming dengue cases, followed by the PlateliaTM NS1 (Biorad Laboratories). The less sensitive one was the pan-E Early ELISA (PanBio Diagnostics) with a sensitivity of 72% (159/220). However, in this study the PanBio kit was the most specific (100%) while the two kits from BioRad showed both 99% of specificity. Primary dengue cases were more frequently confirmed than secondary ones. A higher sensitivity was observed in cases positive by virus isolation, when compared to cases positive by RT-PCR. The highest NS1 antigen detection was from the first to the fifth day after the onset of the symptoms. Cross reactivity were rarely observed in yellow fever vaccinees and rubella cases. The results showed that the three kits can be used in the early diagnosis of dengue infections.
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Saliva como espécime clínico para o estudo da hepatite A : aplicação no diagnóstico, na epidemiologia molecular e na patogênese

Amado, Luciane Almeida January 2010 (has links)
Submitted by Tatiana Oliveira (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-06-05T18:28:21Z No. of bitstreams: 1 luciane_a_amado_ioc_bp_0005_2010.pdf: 3292332 bytes, checksum: cfe96b31e4c6b0b9cbe0bc24ceb173c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-05T18:28:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luciane_a_amado_ioc_bp_0005_2010.pdf: 3292332 bytes, checksum: cfe96b31e4c6b0b9cbe0bc24ceb173c1 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz / No Brasil, surtos de hepatite A em comunidades fechadas, principalmente em creches e escolas, constituem um importante problema para a saúde pública, que requerem investigação epidemiológica e rápida intervenção de controle, devido ao risco de propagação “silenciosa” para as comunidades próximas. Entretanto, a coleta de sangue é invasiva e dolorosa o que dificulta o acesso à população infantil para a realização do diagnóstico, muitas vezes inviabiliza o estudo epidemiológico quando este envolve um número grande de indivíduos. A coleta de amostras de saliva como uma alternativa, oferece potenciais vantagens, pois se trata de uma coleta não-invasiva, indolor e rápida. A fim de avaliar a utilização da saliva como espécime clínico para o diagnóstico e estudos epidemiológicos da hepatite A, estudos foram conduzidos a partir de amostras pareadas de saliva/soro de pacientes envolvidos em um surto de hepatite A. No primeiro estudo, otimizamos métodos para detecção de anticorpos anti-HAV e do HAV-RNA em amostras de saliva. Neste estudo, observamos sensibilidade e especificidade do teste de detecção de anti-HAV IgM na saliva de 96% e 98%, respectivamente. Após estabelecer os protocolos para detecção do HAV RNA, verificamos uma alta freqüência de detecção de HAV RNA em amostras de saliva tanto de pacientes em fase aguda como em pacientes em período de “janela iminológica” (37,2%). O estudo da epidemiologia molecular conduzido durante o surto revelou co-circulação dos dubgenótipos IA e IB do HAV e a ocorrência de casos de co-infecção por subgenótipos diferentes do HAV entre as amostras pareadas de soro e saliva. Este resultado nos levou a investigação de uma possível replicação extrahepática do HAV em glândulas salivares, através de um estudo de infecção experimental em cinomolgos. Neste estudo constatamos a presença do antígeno viral nos hepatócitos e nas glândulas submandibulares dos animais infectados. Através da detecção do replicativo intermediário do HAV, observou-se uma replicação ativa do HAV nas glândulas submandibulares dos animais infectados experimentalmente. Este trabalho demonstrou a aplicabilidade das amostras de saliva para o diagnóstico da hepatite A e sua importância para estudos de epidemiologia molecular. Os dados deste presente estudo esclareceram alguns aspectos da patogênese do HAV como a ocorrência de replicação extrahepática em glândulas salivares, sugerindo a possibilidade de transmissão do HAV através da saliva. / In Brazil, hepatitis A outbreaks in closed communities, especially in nurseries and schools, is a major problem for public health, which require rapid epidemiological investigation and control intervention, due to the risk of spreading "silent" to nearby communities. However, blood collection is invasive and painful which makes access to the child population for the diagnosis often impedes the epidemiological study when it involves a large number of individuals. The collection of saliva samples as an alternative, offer potential advantages because it is a collection of non-invasive, painless and quick. In order to evaluate the use of saliva as a clinical specimen for diagnosis and epidemiology of Hepatitis A studies, studies were conducted from paired samples of saliva / serum of patients involved in an outbreak of hepatitis A. In the first study, we optimized methods for the detection of anti-HAV antibodies and the HAV-RNA in saliva. This study showed a sensitivity and specificity of the detection of IgM anti-HAV antibodies in the saliva of 96% and 98% respectively. After establishing the protocols for the detection of HAV RNA, we found a high frequency of detection of HAV RNA in saliva samples of both acute-phase patients and patients in a period of "window iminológica" (37.2%). The study of molecular epidemiology conducted during the outbreak revealed co-circulation of dubgenótipos IA and IB HAV and the occurrence of co-infection with HAV subgenótipos different between paired serum and saliva. This result led us to investigate a possible extrahepatic replication of HAV in the salivary glands, through a study of experimental infection in cynomolgus. In this study we verified the presence of viral antigen in hepatocytes and in the submandibular glands of infected animals. By detecting the replicative intermediate of HAV was observed HAV replication active in the submandibular glands of animals infected experimentally. This study demonstrated the applicability of saliva samples for the diagnosis of hepatitis A and its importance for molecular epidemiology studies. The data of this study explained some aspects of the pathogenesis of HAV replication as the occurrence of extrahepatic salivary glands, suggesting the possibility of transmission of HAV by saliva.
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Hepatozoon caimani (Apicomplexa: Hepatozoidae) no jacaré Caiman yacare no Pantanal Sul Mato-Grossense: prevalência e transmissão

Dias, Lúcio André Viana January 2010 (has links)
Submitted by Tatiana Oliveira (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-06-05T18:40:11Z No. of bitstreams: 1 lucio_andre_v_dias_ioc_bp_0006_2010.pdf: 4820130 bytes, checksum: fcb218258dc3edcfe6059416e4b6d952 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-05T18:40:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lucio_andre_v_dias_ioc_bp_0006_2010.pdf: 4820130 bytes, checksum: fcb218258dc3edcfe6059416e4b6d952 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / Na presente tese, foram estudados aspectos da relação parasito-hospedeiro, constituída pelo protozoário parasito Hepatozoon caimani (Apicomplexa: Adeleorina) e seu hospedeiro vertebrado, o jacaré Caiman yacare (Crocodylia: Alligatoridae), na região do Pantanal Sul, Brasil. Com o objetivo de esclarecer os componentes epizootiológicos desta relação procuramos no primeiro momento examinar os níveis de prevalência e distribuição da parasitemia do H. caimani em uma população do C. yacare, procurando por fatores que poderiam estar associados ao maior risco de infecção, tais como gênero, tamanho/idade, e condição corporal, no período de julho de 2006 a fevereiro de 2008. Encontramos prevalência de 76% para toda a população amostrada (n=229) e o risco de infecção foi associado somente com o tamanho/idade dos jacarés, onde os animais filhotes não apresentaram infecção, os juvenis apresentaram 63%, adulto jovens e adultos foram 100% infectados. O H. caimani apresentou ainda uma distribuição agregada na população do C. yacare. De maneira a esclarecer os fatores responsáveis pela alta quantidade de jacarés infectados na região do Pantanal Sul, iniciamos estudos para investigar os possíveis fatores responsáveis por este fenômeno. Em um segundo momento, realizamos o levantamento dos culicídeos que realizam repasto sanguíneo nos C. yacare e verificamos infecções naturais pelo H. caimani somente em exemplares do gênero Culex, sobretudo no subgênero Melanoconion. Obtivemos infecções experimentais de C. yacare limpos após a ingestão de mosquitos Culex spp. com oocistos esporulados. A espécie incriminada como vetora primária do parasito foi Cx. (Mel.) theobaldi, devido a sua elevada abundância, preferência alimentar pelos jacarés e elevados níveis de infecção natural pelo H. caimani. Verificamos que alguns gêneros de anuros silvestres, e os próprios C. yacare, mediante o canibalismo, podem ser considerados hospedeiros intermediários do H. caimani, provavelmente contribuindo para a transmissão do mesmo no ambiente silvestre. Por fim, verificamos que gametócitos do H. caimani em jacarés C. yacare e C. latirostris, experimentalmente infectados, podem ser encontrados por períodos que variaram de três a seis meses nos crocodilianos, sugerindo que os jacarés podem servir como fonte de infecção para os vetores no campo por períodos relativamente longos / We studied aspects of the host-parasite relation beteween the protozoan parasite Hepatozoon caimani (Apicomplexa: Adeleorina) and its vertebrate host, the caiman Caiman yacare, in the Pantanal region, Brazil. We investigated the eTpizootiological components of this relation by surveying the prevalence and parasitemia of TH. caimani in a population of C. yacare and searched for the factors that could influence the infection rates, such as sex, size/age and Tbody condition from July 2006 to February 2008. We sampled 229 caimans and found a prevalence of 76% and the infection rate was related to caimans size/age. The young ones were not infected, the prevalence was 63% in the juveniles and 100% among the adult ones. THepatozoon caimani showed an aggregated pattern of distribuition. We also investigated the factors likely to have caused the high prevalence of H. caimani among caimans. By sampling the culicids that bite C. yacare, we found that the natural infection occurs only by Culex species, especially those belonging to the subgenus Melanoconion. Experimental infections of clean caimans C. yacare was retrieved after they ingested Culex spp. with sporulated oocysts. Culex (Mel.) theobaldi was pointed as the main vector because of its great abundance, preferance for biting caimans and high natural infection levels by H. caimani. Some wild anuran genera may also be pointed as paratenic hosts, as well as caimans C. yacare themselves through canibalism. Finally, H. caimani can be found in experimentally infected caimans C. yacare and C. latirostris for three up to six months, suggesting caimans as a perennial source of infection for the vectors in the environment
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Estudo da diversidade genética do HIV-1 em indivíduos soropositivos do Rio de Janeiro com diferentes perfis de progressão para a Aids

Leite, Thaysse Cristina Neiva Ferreira January 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 thaysse_leite_ioc_mest_2012.pdf: 7565112 bytes, checksum: ca76c2180dbd28697c61c22419476ef0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-05-21 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo HIV-1 écaracterizada por um período assintomático extremamente variável entre os indivíduos, o que permitiu a descrição de diferentes perfis de progressão para aids, os quais tem sido associados a características específicas do hospedeiro e/ou do vírus, tal como o subtipo viral. Diante do exposto, como o Rio de Janeiro apresenta uma cocirculação dos subtipos B, F1, recombinantes BF1, além da variante B\201Ddo subtipo B, e háum suporte do governo quanto a realização dos exames de rotina, o que permite o monitoramento dos pacientes HIV-1 positivos, foi possível a caracterização desses quanto ao perfil de progressão para aids. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo avaliar a associação dos subtipos de HIV-1 circulantes no Rio de Janeiro com os distintos perfis de progressão e analisar em um subconjunto de pacientes a mudança do uso do correceptor de entrada utilizado pelo vírus em dois momentos distintos da infecção, antes e após a progressão. A casuística deste estudo foi composta por pacientes HIV-1 positivos que de acordo com seu acompanhamento clínico foram classificados nos distintos perfis de progressão para aids: Progressores Rápidos (PR \2013 progressão em até3 anos), Progressores Intermediários (PI - progridem a partir de 4 anos de infecção) e Não progressores de longo termo (LTNP - mais de 10 anos de infecção sem progressão). A subtipagem das amostras foi realizada a partir da região C2-V3 da gp120 do envelope viral através da análise filogenética pelo método Neighbor-Joining com modelo de substituição de Tamura-Nei, utilizando-se o programa Mega e análise de recombinação pelo método de boostcan do programa Simplot Das 486 amostras classificadas quanto ao seu perfil de progressão, 285 eram PI, 179 PR e 22 LTNP. Destas, 238 foram caracterizadas quanto ao subtipo, sendo 84,5% pertencentes ao subtipo B (destes 28,9% B\201D); 9,2% F1; 3,4% C; 1,3% D; 1,3% BF1 e 0,4% CRF01_AE, esta distribuição concorda com a descrita em estudos prévios com indivíduos do Rio de Janeiro. Dos 92 PR, 54,3% foram caracterizados como B, 22,8% B\201D, 12% F1, 4,3% C, 3,3%D, 1,1% AE e 2,2% BF1. Dos 131 PI, 64,1% pertenciam ao subtipo B, 24,4% B\201D, 7,6% F1, 3,1% C e 0,8% BF1. Dos 15 LTNP, 60% foram B, 33,3% B\201De 6,7% F1. Nossos achados apontam para uma maior porcentagem do subtipo F1 em PR, porém sem significância estatística. Contrapondo-se a outros estudos prévios, não foi verificada associação entre progressão mais lenta e a variante B\201D. As análises de predição do uso do correceptor foram realizadas para 29 indivíduos. A maior parte dos indivíduos caracterizados como subtipos B, B\201De F1 apresentou a form a viral R5 em ambos momentos estudados, no entanto uma alta proporção de vírus X4 (42,9%) foi detectada em indivíduos classificados como B\201D, fato que corrobora a ausência de associação da variante B\201Dcom a progressão mais lenta. No seu conjunto, os resultados deste trabalho reforçam a necessidade de melhor se compreender características virais que possam apontar marcadores de prognóstico para a aids / The HIV - 1 infection is characterized by an asymptomatic period highly variable among the in dividuos leading to a description of different profiles to aids progression , which have been associated with specific characteristics of the host and/or virus, such as viral subtype. Given the above, as Rio de Janeiro city has a a co - circulation of subtype s B, F1, BF1 recombinants in addition to B ” variant of subtype B, and there is a government support for routine exames allowing a good clinical follow up of the HIV - 1 infected patients, it was possible to characterize them in the distinct aids progression profiles. Therefore , this study aimed to evaluate the association between HIV - 1 subtypes circulating in Rio de Janeiro with distinct progression profiles and analyse the shift of the use of the correceptor used by virus in a subset of patients at two diff erents periods of infection, before and after progression. The subjects of this study consisted of HIV - 1 seropositives which were classified according to their profile progression: rapid progressors (RP – less than to 3 years to aids progression), intermed iate progressors (IP – progression after 4 years of infection), and long - term non - progressors (LTNP - more than 10 years of infection without progression). The samples subtyping was performed based on the C2 - V3 region of gp120 of the envelope viral by usi ng Neighbor - Joining phylogenetic inferences with Tamura - Nei substituition model, in Mega program and recombination analysis b y bootscan method i n Simplot. From 486 classified samples, 285 were as IP, 179 as RP and 22 as LTNP. From those, 238 were subtype c haracterized , being 84.5% B (28.9% B"); 9.2% F1, 3.4 % C, 1.3% A, 1.3% and 0.4% CRF01_AE BF1, this distribution goes in agreement with those reported in previous studies with individuals from Rio de Janeiro. From those 92 characterized as RP, 54.3% were cl assified as B, 22.8% B ", 12% F1, 4.3% C 3.3% D 1.1% and 2.2% AE BF1. From those 131 IP, 64.1% classified as B, 24.4% B ” , 7.6% F1, 3.1% C and 0.8% BF1. From those 15 LTNP, 60% were B, 33.3% B ” and 6.7% F1. Our findings depicted a higher percentage of sub - s ubtype F1 in RP, even thought no statistical significance was observed. Distinct to the previous studies, no association between slower progression and variant B" was verified . The coreceptor predition analisys were performed for 29 patients . Most individu als characterized as subtypes B, B ” and F1 presented R5 viral form in both periods, however, a high proportion (42,9%) of X4 virus was detected in individuals classified as B ” , fact consistent with no association among var iant B ” and slower progression. Ta ken together, our results shows the necessity of better understanding the viral characteristics that may reinforce prognostic markers for aids.
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Análise filogenética dos genes que codificam para proteínas estruturais e não estruturais de rotavírus a detectados na região norte do Brasil, antes e após a introdução da vacina Rotarix®

Farias, Yasmin Nascimento January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-11-18T13:20:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 yasmin_farias_ioc_mest_2013.pdf: 2570192 bytes, checksum: 08f3d8b50b732ac0d3d33ed27c715211 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os rotavírus da espécie A (RVA) são os principais responsáveis pela gastroenterite aguda (GA) em diversas espécies animais. Em humanos, as crianças \2264 5 anos de idade são as mais afetadas. Cerca de 453.000 mortes infantis são causadas pela infecção por RVA, anualmente. Devido a este impacto na saúde pública algumas medidas de controle e prevenção foram estabelecidas: no Brasil, em março de 2006 foi introduzida uma vacina monovalente (G1P[8]) atenuada contra RVA, denominada Rotarix®. Segundo a Organização Mundial da Saúde, é necessário uma extensa e contínua monitorização dos genótipos circulantes de RVA, além de estudos de vigilância para que se possa avaliar os impactos da vacina, sua eficácia e o surgimento de novas variantes virais que possivelmente possam escapar do processo de imunização. Para uma melhor caracterização e entedimento da diversidade genética dos RVA, foi proposto um novo sistema de classificação baseada na análise dos 11 segmentos gênicos, no qual os genótipos de cada um dos segmentos devem ser caracterizados. Esta abordagem está fornecendo dados para apoiar a existência de três genogrupos dominantes entre humanos: Wa-like(I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1), DS1-like (G2-P[4]- I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2) e AU1-like ((G3-P[9]-I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H3), sendo este último menor e compartilhado por estirpes de origem felina/canina. No Brasil, trabalhos envolvendo a caracterização de todos os segmentos gênicos são escassos. No presente estudo foram selecionadas 40 espécimes fecais entre 1994-2012 de crianças hospitalizadas devido a GA causada por RVA G1, G2, G3, G4, G9 e G12, na região Norte do Brasil A principal finalidade do estudo foi avaliar a diversidade genética dos RVA circulantes antes e depois da introdução da vacina Rotarix®. Para tal, os genes de RVA foram amplificados, sequenciados e analisados por reconstrução filogenética. Através desta análise foi possível identificar pelo menos três alelos subgênicos distintos para cada gene, permitindo evidenciar constelações genotípicas diferentes, porém conservadas relacionadas aos três principais genogrupos: Wa-like, DS1-like e AU-like, sendo que neste último,uma amostra (PID084) se relacionou com estirpes de origem felina. Foram evidenciados mecanismos de variabilidade genética viral, como: reassortment inter-genogrupos ocorrendo em amostras de origem humana e entre humana-animal; reassortment intra-genogrupos ocorrendo em cepas G1P[8], G2P[4], G4P[8] e G9P[8] e com genes de origem animal; e ainda mutações pontuais ocorrendo na sequência de todos os genes das estirpes analisadas. O maior grau de variabilidade genética foi encontrado em cepas circulantes antes da introdução da vacina. Com relação aos genes que codificam para proteínas externas, foi possível identificar mudanças em resíduos localizados em regiões antigências de estirpes circulantes nos dois períodos, podendo refletir em modificações estruturais importantes na proteína. Os dados do presente estudo contribuem para uma melhor compreensão acerca da diversidade genética dos RVA e de seus mecanismos evolutivos, sendo um dos poucos trabalhos sobre a caracterização dos 11 segmentos gênicos de estirpes circulantes na Região Norte, contribuindo para esclarecer caracterísiticas que podem representar um desafio para o Programa Nacional de Imunização no Brasil / Specie A Rotaviruses (RVA) are responsible for acute gastroenteritis (GA) in many animal species. In humans, children under five years old are the most affected. Each year, a bout 453,000 infant deaths are caused by RV infections . Due to this public health impact, prevention and control measures were established: in March 2006, the Brazilian Health Ministry made available an monovalent att enuated vaccine, called Rotarix®. According to World Health Organization, extensive and continuous monitoring of RVA strains and surveillance studies are necessary to evaluate the impact and efficacy vaccine and to investigate appearance of new viral varia nts that could possibly escape the immunization procedure. For a better characterization and understanding of the RVA genetic diversity, proposed a new classification system encompassing all 11 RVA gene segments. This approach has facilitated the exponenti al growth of complete RVA genome data during recent years. On the basis of complete RVA genome sequence comparisons, two major genotype constellations (genogroups): I1 - R1 - C1 - M1 - A1 - N1 - T1 - E1 - H1 (Wa - like) and I2 - R2 - C2 - M2 - A2 - N2 - T2 - E2 - H2 (DS1 - like), have been shown to circulate worldwide among humans. A third (minor) human genotype constellation, referred to as AU1 - like (I3 - R3 - C3 - M3 - A3 - N3 - T3 - E3 - H3).In Brazil, studies involving the characterization of all genes segments are rare . In the current study, a total of 40 fecal specimens were selected between 1994 and 2011 from children hospitalized due to acute diarrhea caused by RVA G1, G2, G3, G4, G9 and G12 in Northern Brazil region, aiming to evaluate the RVA genetic diversity in the pre - vaccine period and post - va ccine.For this, the RVA genes were amplified, the amplicons were sequenced and analyzed for phylogenetic reconstruction. Based this analysis were identified three subgenotype alleles for each gene, allowing evidence con served genotypic constellations, thou gh related to three distinct genogroups: Wa - like, DS1 - like e AU - like. AU1 - like strain (PID084) revealed close relationship with genes feline origin. The results also show evidence some genetic variability mechanisms: inergenogroup reassortments events occ ourring between human - human and human - animal genes ; intragenogroup reassortment events in G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[6], G4P[8] RVA strains between human - human and human - animal gene, newly; and still occurring point mutations in the sequences of all gene s of strains analyzed. A large degree of variability has been found in circulating strains before vaccine introduction.Regarding genes encoding foreign proteins, it was possible to identify changes in residues located in antigenic regions and may reflect s ignificant changes in structural proteins.In conclusion, the current work help to increase the knowledge on the genomic diversity of RVA, aiming detect new variants and possible antigenic changes, whose potential effect on vaccine effectiveness should be s tudied. Additionally, our findings identified close relationships between human and animal RVA, contribute to clarify characteristics that can pose a challenge for the Brazilian National Immunization Program

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