INTRODUÇÃO: Após a infecção aguda pelo HIV-1, um grupo privilegiado de pessoas consegue controlar a replicação viral sem o uso de antirretrovirais para níveis de viremia abaixo dos limites de detecção pelos testes disponíveis. Alguns alelos HLA estão associados à menor replicação viral durante a infecção recente e menor progressão para doença causada pelo HIV-1, sendo o HLA-B*57 o que está mais associado a esse efeito protetor. OBJETIVO: O objetivo deste trabalho foi confirmar a associação do HLA-B*57 com o melhor controle da viremia em indivíduos com infecção recente pelo HIV-1. MÉTODOS: Foram analisadas amostras de 228 indivíduos de uma coorte prospectiva em acompanhamento na cidade de São Paulo, identificados com infecção recente pelo HIV-1, pelo algoritmo STARHS (serologic testing algorithm for recent human HIV seroconversion). Foram realizadas a contagem de linfócitos T CD4+ e CD8+, carga viral do HIV-1 e tipificação dos alelos HLA. RESULTADOS: Dos 208 indivíduos analisados para o locus B, 15 indivíduos (7,2%) expressam o alelo HLA-B*57. O alelo HLA-B*57 foi fortemente correlacionado com os indivíduos que apresentam parâmetros laboratoriais favoráveis. A presença do HLA-B*57 foi associada com maior contagem de linfócitos T CD4+ basal (p=0, 043) e menor carga viral basal (p=0, 001). Dos 15 indivíduos que expressam o HLA-B*57, oito (53,3%) apresentaram-se com a viremia menor que 400 cópias/ml na visita inicial (Grupo A) e sete (46,6%) apresentaram-se com viremia maior que 400 cópias/mL, todos eles na ausência de terapia antirretroviral. A contagem de linfócitos T CD4+, entretanto, não foi diferente entre os dois grupos. CONCLUSÃO: Concluindo, este estudo indica que indivíduos que expressam o alelo HLA-B*57, apresentam melhor resposta imunológica na infecção recente demonstrada por melhor padrão laboratorial na contagem de linfócitos T CD4+, mas que perfis diferentes de controle podem existir nesses indivíduos. A diferença entre o comportamento da viremia nestes dois grupos pode auxiliar no entendimento da fisiopatogênese da infecção pelo HIV-1. / INTRODUCTION: After HIV-1 infection, a privileged group of subjects control viral replication to low levels, without the use of antiretroviral drugs. Some HLA alleles are associated with this control and to slower progression to immunodeficiency, especially the HLA-B*57. AIM: The aim of this study was to confirm the association of HLA-B*57 with viral control in recently HIV-1-infected subjects. MATERIALS: A cohort of recently HIV-1-infected 228 subjects, prospectively followed in the City of São Paulo, were identified using STARHS (serologic testing algorithm for recent human HIV seroconversion). CD4+, CD8+ T cell counts, viral loads, and HLA typing were performed in the participants samples. RESULTS: HLA typing was performed in 208 out of 228 subjects. Of those, 15 (7.2%) were HLA-B*57. This genotype was strongly correlated with favorable laboratory outcomes. HLA-B*57 subjects presented higher CD4+ T cell counts (p=0.043) and lower viral loads at the baseline visit (p=0.001). Eight (53.3%) out of 15 HLA-B*57 subjects presented undetectable viral load at the baseline visit (Group A) and seven (46.6%)had detectable viremia (Group B). However, the CD4+ T cell counts were not different between the two groups. CONCLUSION: In conclusion, this study points to the protective association of HLA-B*57 allele with better laboratory outcomes in HIV-1 infection, demonstrated by better CD4+ T cell counts and lower viral loads. Nevertheless, different profiles may exist within this group of subjects. The diverse viral control in such subjects may help better understand the pathogenesis of HIV-1 infection.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-25T13:37:26Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nathânia Dábilla Alves Silva - 2016.pdf: 1926312 bytes, checksum: 08f15d1c8a44d1ed6118f432a6917f2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-25T13:38:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nathânia Dábilla Alves Silva - 2016.pdf: 1926312 bytes, checksum: 08f15d1c8a44d1ed6118f432a6917f2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-25T13:38:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nathânia Dábilla Alves Silva - 2016.pdf: 1926312 bytes, checksum: 08f15d1c8a44d1ed6118f432a6917f2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-13 / The norovirus (NoVs) are important viral causative agents of acute gastroenteritis (AGE), affecting individuals of all ages in distinct parts of the word; however, the highest morbi-mortality rates occur mainly in children under five years of age and the elderly. The aim of this study was to to screening NoV by Polymerase Chain Reaction Post Reverse Transcription (RT-qPCR) and real-time (RT-qPCR) in fecal and nasal swab of children up to six years of age, with and without AGE symptoms. Samples were obtained at the Materno Infantil Hospital, from May/2014 to May/2015. Secretor status of children was also determined by enzyme immunoassay and genotyping (FUT2 gene) from the sediment of nasal swab epithelial cells. A global positivity index of 17% (37/219) for NoV in feces, and from these positive children, 48.6% (18/37) had AGE symptoms. Mean viral load in fecal samples was 2.59 x 1010 CG/g from symptomatic and 1.37 x 109 CG/g in asymptomatic. A higher positivity rate (70%) was observed GII NoV, compared to GI NoV (30%) and a higher positivity in children up to 24 month old (67.5%), although not statistically significant. As for the secretor status of children positive for NoV in fecal samples, 94.6% positive secretory status. The NoV were detected in practically every month of the study, and no particular pattern of circulation in relation to dry or rainy seasons was observed. Most children positive for NoV (70%) had the record they have received at least the first dose of the vaccine against Rotavirus, being the highest viral load detected among vaccinated children. The NoV RNA was detected in 8.7% of nasal swab samples of the children and of these, 58% had AGE symptoms. The mean viral load in swab samples from symptomatic children was 2.10 x 108 and in the asymptomatic children was 2.41 x 107 CG/mL. A high NoV genotype variability was found in the study (GI.2, GI.3, GI.5, GII.3, GII.4 and GII.6), with a predominance of GII.4 (28.6%), with this being the first report of NoV GI.5 in Brazil. The data obtained in this study reveal a high frequency, viral load, and genetic variability of NoVs among children attended in a hospital of Goiânia, Goiás. The results are important for a better understanding of NoV epidemiology in nosocomial environment, and may constitute useful information on the advent of the development of an effective vaccine. The viral load in nasal swab samples is a novel data that may contribute for the elucidation of a possible alternative rout of NoV transmission. / Os norovírus (NoVs) são importantes agentes virais causadores de gastroenterite aguda (GEA), atingindo indivíduos de todas as idades em diversas partes do mundo, porém os maiores índices de morbimortalidade ocorrem principalmente nas crianças menores de cinco anos e idosos. O objetivo do presente estudo foi realizar a pesquisa de NoV, através da Reação em Cadeia pela Polimerase Pós-Transcrição Reversa (RT-PCR) e por tempo real (RT-qPCR) em amostras fecais e swab nasal de crianças com até seis anos de idade, com e sem sintomas de GEA. As amostras foram coletadas no Hospital Materno Infantil, entre maio/2014 e maio/2015. Procedeu-se ainda à determinação do status secretor das crianças, por Ensaio Imunoenzimático e genotipagem (gene FUT2), em sedimento de células epiteliais do swab nasal. Foi observado um índice de positividade global de 17% (37/219) para NoV nas fezes, sendo que destas crianças positivas, 48,6% (18/37) apresentavam sintomas de GEA. A carga viral média nas amostras de fezes de crianças com sintomas foi 2,59 x 1010 CG/g e 1,37 x 109 CG/g nas assintomáticas. Observou-se maior positividade para NoV GII (70%) quando comparado ao GI (30%) e maior positividade nas crianças de até 24 meses de idade (67,5%), entretanto este dado não foi estatisticamente significativo. Quanto ao status secretor das crianças positivas para NoV nas fezes, 94,6% status secretor positivo. Os NoV foram detectados em praticamente todos meses do estudo, não sendo observado padrão de circulação definido em relação às estações seca e chuvosa. A maioria das crianças positivas para NoV (70%) tinham o registro de terem recebido pelo menos a primeira dose da vacina contra Rotavírus, sendo a carga viral mais elevada detectada entre crianças vacinadas. O RNA de NoV foi ainda detectado em 8,7% (19/219) das amostras de swab nasal das crianças e destas, 58% apresentavam sintomas de GEA. A carga viral média nas amostras de swab das crianças sintomáticas foi 2,10 x 108 CG/mL e nas assintomáticas 2,41 x 107 CG/mL. Foi observada elevada variabilidade de genótipos de NoV no estudo (GI.2, GI.3, GI.5, GII.3, GII.4 e GII.6), com maior predominância de GII.4 (28,6%), sendo este o primeiro relato de NoV GI.5 no Brasil. Os dados obtidos neste estudo revelam elevada frequência, carga viral e variabilidade genética de NoVs entre crianças atendidas em um hospital de Goiânia, Goiás. Os resultados são importantes para o melhor entendimento da epidemiologia dos NoVs em ambiente nosocomial, e poderão ser uteis como informação no advento do desenvolvimento de uma vacina eficaz. A determinação da carga viral de NoV em xii amostras de swab nasal é um dado novo, podendo este contribuir para a elucidação de uma possível rota alternativa de transmissão dos NoV.

Infecções pelos Papilomavirus Humanos (HPVs) estão relacionadas com uma série de malignidades nas regiões genitais, anais e recentemente a uma parcela dos tumores na região da cabeça e pescoço. Enquanto muito já fora explorado a respeito dessas infecções em mulheres, os fatores de risco virais e epidemiológicos para persistência da infecção e desenvolvimento de lesão em homens ainda estão sendo estabelecidos. Dessa forma, em meados de 2005, começou o Estudo HIM (HPV in men), um estudo multicêntrico envolvendo 4200 homens que tem como principal objetivo um melhor entendimento da história natural das infecções por esses vírus nessa população. Sabe-se que um importante evento no processo neoplásico em lesões do colo do útero é a integração do DNA viral no genoma da célula hospedeira. Embora o mecanismo de integração ainda não esteja claro, parece haver uma relação da progressão da doença com o aumento da proporção de lesões com genomas na forma integrada. Diante do exposto, o objetivo desse trabalho foi explorar as metodologias baseadas em PCR (convencional e em tempo real) e de sequenciamento de última geração (NGS) para verificar integração do DNA viral nas células de esfregaços genitais, do canal anal e cavidade oral de homens assintomáticos participantes do Estudo HIM. Além disso, teve como objetivo secundário verificar a carga viral nos diferentes sítios anatômicos. Foram inicialmente incluídas 125 amostras das quais 56 puderam ser incluídas nas análises de integração pela metodologia baseada em PCR e 90 amostras foram selecionadas para os ensaios de carga viral. Dentre as amostras testadas pela metodologia de PCR para integração, 11 foram desafiadas pela metodologia baseada em sequenciamento. Entre as 11 amostras sequenciadas, encontramos concordância entre os resultados em apenas 3 e isso pode ser atribuído à sensibilidade diferencial das metodologias diante de baixas cargas virais. Entre as amostras testadas pela metodologia baseada em PCR pudemos verificar que 30,4% das amostras apresentavam-se na forma puramente epissomal, 10,7% na forma puramente integrada e 58,9% das amostras apresentam as duas formas virais (classificadas como mistas). A amostra que se confirmou integrada pela metodologia de sequenciamento apresentou integração em 4 pontos do DNA humano com a ruptura no gene viral E2, conforme amplamente relatado na literatura. Grande variação na carga viral foi encontrada entre as amostras (0,00008 a 4200 cópias/célula), e isso se mostrou diretamente relacionado com as limitações das metodologias para verificar integração. Embora outras relações não puderam ser verificadas em nosso estudo pelo limitado número de amostras analisadas até o momento, estes dados ampliados poderão responder se a carga viral e integração seriam um fator de risco para a persistência da infecção ou o desenvolvimento de lesão em homens. / Human Papillomavirus (HPV) infections are associated with a range of malignancies in the genital and anal regions and recently, with an appreciable number of head and neck tumors. While much has been explored about these infections in women, viral and epidemiological risk factors for persistent infection and lesions development in men are still being established. Thus, in mid-2005, a multicenter study entitled HIM study (HPV in men) - involving 4200 men - which aims at a better understanding of the natural history of infection by these viruses in this population, was started. It is known that a key event in the transformation process in cervical lesions is the integration of viral DNA into the host cell genome. Although the integration mechanism is not yet clear, there seems to be a relationship of the disease progression with an increase of the proportion of lesions with integrated viral genomes. In view of the above, the aim of this study was to explore the methodologies based on PCR (conventional and real-time) and next-generation sequencing (NGS) to verify integration of viral DNA into cells from genital swabs, anal canal and oral cavity of asymptomatic men participating in the HIM study. Furthermore, the secondary objective was to verify the viral load in cells from different anatomical sites. Initially, 125 samples were selected of which 56 could be included in integration tests with the methodology based on PCR and 90 samples were selected for viral load determination. Of the samples tested by PCR method for integration, 11 were subjected DNA sequencing. We found correlation between the results in only 3 of the 11 samples and this can be attributed to the methodologies\' differential sensitivity to low viral loads. Among the samples tested by PCR-based methodology, we observed that 30.4% of the samples harbored purely episomal viral DNA, 10.7% were integrated and 58.9% of the samples showed the two viral forms (classified as mixed). The sample which was confirmed as integrated by sequencing presented integration into 4 human DNA points with the breakpoint within the E2 viral gene, as widely reported in literature. Large variation in viral load was observed among the samples (0.00008 to 4200 copies / cell), and this was shown to be directly related to the limitations of the methods used to verify integration. Evaluation of a larger number of samples may contribute to define the role of HPV DNA integration as a risk factor for the persistence of HPV infection or development of lesions in men.

Orientadores: Laura Sterian Ward, Alfio José Tincani / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-24T20:17:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_JacquelineFatimaMartins_M.pdf: 2198135 bytes, checksum: 94a76c347fc27e9b1fc05d077aa728a0 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Agentes biológicos causadores de neoplasias humanas têm sido alvo de pesquisas científicas nos últimos anos, especialmente os vírus, considerados responsáveis pela causa de cerca de 20% de todos os tipos de cânceres em geral. No entanto os mecanismos pelos quais estes vírus causam tumores variam dependendo do tipo de sua espécie, da célula alvo e de fatores que concernem ao hospedeiro. Os herpes vírus, como o Herpes Simplex Virus tipo 2 (HSV-2), Epstein-Barr vírus (EBV), Citomegalovirus (CMV) e Herpesvirus Humano tipo 8 (HHV-8) têm sido associados com diversas neoplasias malignas e também com doenças autoimunes tireoidianas. O objetivo do nosso trabalho foi verificar a presença da infecção destes herpes vírus em nódulos tireoidianos benignos e malignos procurando indícios de uma possível associação com tumores tireoidianos. Foram coletadas amostras de tecido tumoral tireoidiano e soro de 153 portadores de nódulos de tireoide (136 mulheres e 17 homens, 46±15 anos) incluindo 65 tumores benignos (48 bócios, 17 adenomas foliculares e 09 portadores de doença tireoidiana autoimunes sendo 02 doenças de Graves e 07 Hashimotos) e 79 tumores malignos (78 carcinomas papilíferos e 01 carcinoma folicular). Também obtivemos 75 tecidos tireoidianos normais extraídos do lobo contralateral da lesão em 75 tumores. Foi realizada análise sorológica por ELISA para detecção de anticorpos dos herpes vírus e foi realizada análise da Carga Viral por PCR em Tempo Real. Quarenta e cinco (29,4%) pacientes (45/153) possuíam anticorpos anti-HSV2; 83,7% anti-CMV (128/153); 98% anti-EBV (150/153) e nenhum paciente possuía anticorpos anti-HHV8, o que é compatível com as estimativas esperadas na população brasileira. As concentrações de anticorpos anti-EBV foi, em média maior do que o do HSV-2 e do que o do CMV (p<0,0001). Os herpes vírus HSV-2, CMV e HHV-8 não foram encontrados em nenhum tecido tireoidiano da população estudada. No entanto, encontramos sequências de DNA do EBV em 20 amostras de tecidos tireoidianos (04 bócios, 03 DAIT e 13 CP). Embora a carga viral média fosse de 1068 cópias/µg nos casos malignos e de 374 cópias/µg nos casos benignos, esta diferença não se mostrou estatisticamente significante. Foram encontrados também 6/75 (8%) casos positivos para a infecção por EBV nos tecidos normais. A carga viral foi, em média, maior nos tumores (126,5 cópias/µg) do que em seus respectivos tecidos normais (93 cópias/µg; p=0,0207). Não houve correlação entre a presença de EBV e as características clínicas ou de evolução dos pacientes. Embora, para melhor compreensão de seus mecanismos de ação, sejam necessários novos estudos moleculares e microbiológicos, a presença da alta carga viral do EBV nos tecidos tumorais tireoidianos em relação aos tecidos normais correspondentes sugere que este vírus pode exercer um papel no desenvolvimento de nódulos tireoidianos / Abstract: Biological agents that cause human cancers have been the subject of scientific research in recent years, especially viruses considered to be responsible for the cause of about 20% of all cancers in general. Although the mechanisms of latent infection and carcinogenesis vary depending on the particular virus, target cells, and host factors. Herpesviruses, such as Human Simplex Virus type 2 (HSV-2), Epstein - Barr virus (EBV), Cytomegalovirus (CMV) and Human Herpes Virus type 8 (HHV-8) have been associated with human malignancies and also with thyroid autoimmunity. We aimed to analyze the presence of these viruses in benign and malignant thyroid nodules looking for evidence of a possible association with thyroid tumors. Serum and thyroid specimens were prospectively collected from 153 thyroid nodule patients (136 females and 17 males, aged 46±15 years) including 78 papillary thyroid cancers (PTC), 01 follicular thyroid cancer (FTC), 17 follicular adenomas and 48 goiters. We used ELISA to screen all patients for the presence of the viruses and a real-time quantitative PCR (qPCR) technique to analyze thyroid tissues viral load on antibody-positive patients. Forty-five (29.4%) patients (45/153) presented anti-HSV2 antibodies; 83.7% anti-CMV (128/153); 98% ani-EBV (150/153) e no patient presented antibodies anti-HHV8, which would be expected to be found in Brazilian population in general. In both malignant and benign groups the medians of antibodies anti-EBV were higher than HSV-2 and CMV medians (p<0,0001). There was no evidence of the presence of HSV-2, CMV and HHV-8 in the population studied. Nevertheless we found EBV¿s DNA sequences in 20 thyroid tissue samples. Even though the average malignant viral load was 1068 copies/µg in 13 cases and 374 copies/µg in 7 benign cases, there was no statistically significant difference between groups. We also found 6 (8%) positive cases for EBV viral load out of 75 normal tissues. In paired test the viral load median was higher in tumors (126.5 copies/µg) than in their respective normal tissues (93 copies/µg; p=0.0207). We did not find any association among the presence of EBV and/or its viral load and any clinical or pathological feature. Althought molecular studies are needed to a better comprehension of the mechanisms underlying the relation between EBV and thyroid nodules, the presence of high EBV copy numbers in thyroid tumors, especially in PTC cases, in comparison with normal tissues, suggests that this virus may play a role in the development of thyroid nodules / Mestrado / Clinica Medica / Mestra em Clínica Médica

Orientadores: Marcos Tadeu Nolasco da Silva, Maria Marluce dos Santos Vilela / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T12:56:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferreira_JosianeFrancisca_M.pdf: 1674494 bytes, checksum: 65421fb00fd3ba43536a3c494f244ecd (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: INTRODUÇÃO: A adoção da Terapia Antirretroviral Combinada (TARC), proporcionou uma dramática melhora na sobrevida, na qualidade de vida e no controle clínico da infecção por HIV em pediatria. Em consequência do controle efetivo da replicação viral, observa-se reconstituição do sistema imune, que contribui para a redução da incidência dos quadros infecciosos. Neste contexto, a determinação da reconstituição imune em estudos observacionais pode fornecer marcadores para a avaliação da resposta à TARC. OBJETIVOS: Determinar a prevalência de recuperação imunológica associada à introdução da TARC em uma população pediátrica acompanhada em serviço de referência, bem como fatores associados à obtenção desta meta. MÉTODO: Estudo observacional, analítico, do tipo coorte histórico. Em 127 pacientes em TARC pelo período mínimo de 1 ano, avaliou-se a reconstituição imune, caracterizada por uma porcentagem de linfócitos T CD4+ 'maior ou igual' 25% ou valor absoluto considerado normal para a idade. RESULTADOS: Dos 127 pacientes avaliados, 117 (92,12%) obtiveram reconstituição ou preservação imune. Nos indivíduos com reconstituição ou preservação imune, a idade ao início da TARC foi significativamente inferior (p = 0,007), e os escores-z de peso e IMC foram significativamente superiores (p = 0,028 e 0,032, respectivamente). Em relação às categorias clínicas, observou-se uma proporção significativamente superior de indivíduos nas categorias N, A e B no grupo com reconstituição ou preservação imune (p = 0,05). As porcentagens de linfócitos T CD4+ e a relação CD4 / CD8, bem como a proporção de indivíduos nas categorias imunológicas 1 e 2, foram superiores no grupo com reconstituição ou preservação imune (p = 0,019, 0,018 e 0,005, respectivamente). CONCLUSÃO: Pudemos observar que, em crianças e adolescentes infectados por HIV em TARC, a reconstituição ou preservação imune estiveram associadas a uma idade mais jovem e à maior preservação imunológica e clínica ao início da terapia / Abstract: INTRODUCTION: The adoption of Highly Active Antiretroviral Therapy (HAART) provided a dramatic improvement in survival, quality of life and clinical management of HIV infection in children. As a result the effective control of viral replication, it is observed immune reconstitution, which contributes to reducing the incidence of infectious. In this context, the determination of immune reconstitution in observational studies can provide markers for assessing response to HAART. Objective: To determine the prevalence of immune recovery or preservation associated with the introduction of HAART in a pediatric population followed in a reference service, as well as factors associated with the attainment of this goal. Methods: Observational study, analytic, historical cohort. In 127 patients on HAART for at least one year, we evaluated the immune reconstitution or preservation, characterized by a of CD4+ cell percentage 'more or equal' 25% or absolute values considered normal for their age. Results: Of the 127 patients evaluated, 117 (92.12%) had immune reconstitution or preservation. In individuals with immune reconstitution or preservation, the age at first HAART was significantly lower (p = 0.007), and weight and BMI z-scores for age were significantly higher (p = 0.028 and 0.032, respectively). With respect to clinical categories, there was a significantly higher proportion of individuals in N, A and B categories in the immune reconstitution or preservation group (p = 0.05). The CD4+ cell percentages and CD4/CD8 ratios and the proportion of individuals in immunological categories 1 and 2, were higher in the group with immune reconstitution or preservation (p = 0.019, 0.018 and 0.005, respectively). Conclusion: In our cohort of HIV-infected children and adolescents, on HAART, the preservation of immunocompetence or immune reconstitution were associated to an earlier age and better immune and clinical preservation at the beginning of therapy / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestra em Saúde da Criança e do Adolescente

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-07-12T15:20:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tese_Elyda Gonçalves_PPGG_2016.pdf: 2873444 bytes, checksum: a341f8fc45a442c022975db79d659268 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-12T15:20:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tese_Elyda Gonçalves_PPGG_2016.pdf: 2873444 bytes, checksum: a341f8fc45a442c022975db79d659268 (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 / CAPES / O câncer da mama é o tipo de câncer que mais acomete mulheres em todo o mundo. Diversos fatores estãoassociados ao desenvolvimento desta neoplasia, dentre elas as infecções virais. Entre os três vírus mais estudados como causa de carcinogênese mamária está oPapillomavirus humano (HPV). Assim, oobjetivo foi detectar e analisar o HPV emcarcinomasmamáriosde mulheres do Nordeste do Brasil. A detecção do DNA viral foi realizada PCR, as amostras positivasforam tipificadas por sequenciamento. A quantificação da carga viral e a determinação do status físico por qPCR, e a detecção as oncoproteínas de E6 e E7 de HPV por imunohistoquímica. O DNA de HPV foi detectado em 46,7% dos carcinomas de mama HPV-positivos. O HPV16foi omais prevalente, 92% dos casos. A carga viral do HPV apresentou uma média de 14,2 cópias em 104 células, noscarcinomas de mama. Além disso, em 57,2% dos carcinomas mamáriosHPV-positivas apresentaram o DNA viral integrado ao genoma do hospedeiro. Altas taxas de detecção das oncoproteínas E6(89,5%) e E7(90%) foram identificadas nos carcinomas de mama HPV-positivos. Já as proteínas supressoras de tumor, p53 e p16INK4A, apresentaram taxas menores 95,7% e 92,3% respectivamente. Os resultados deste estudo sugerem que o vírus esteja em atividade nas células tumorais e provavelmente desempenhem papel na carcinogênese mamária. / Breast cancer is the type of cancer that affects more women around the world. Several factors are associated with the development of cancer, among which viral infections. Of the three most-studied virus as a cause of mammary carcinogenesis is the Human papillomavirus (HPV). The objective was to detect and analyze HPV in breast carcinomas of women in northeastern Brazil. The detection of viral DNA was performed PCR positive samples were typed by sequencing. The quantification of viral load and to determine the physical status by qPCR, and detection of the oncoproteins E6 and HPV E7 by immunohistochemistry. HPV DNA was detected in 46.7% of HPV-positive breast carcinomas. HPV16 was the most prevalent, 92% of cases. The HPV viral load averaged 14.2 copies in 104 cells in breast carcinomas. Furthermore, 57.2% of HPV-positive breast carcinomas showed the integrated viral DNA into the host genome. High rates of detection of E6 (89.5%) and E7 (90%) were identified in HPV-positive breast tumors. Already the tumor suppressor protein p53 and p16INK4a, had lower rates 95.7% and 92.3% respectively. The results of this study suggests that the virus is active in tumor cells and probably play role in breast carcinogenesis.

O bocavirus humano (HBoV) é um parvovirus recentemente identificado em associação com a presença de sintomas de infecção do trato respiratório. Esse vírus possui um genoma de aproximadamente 5217 nucleotídeos que contém 3 open reading frames que codificam 4 proteínas (NS1, NP-1, VP-1 e VP-2). HBoV tem sido detectado em amostras respiratórias de diversas partes do mundo, incluindo Austrália, América do Norte, Europa, Ásia e África, o que sugere uma distribuição global desse vírus. Entretanto, nenhum estudo longitudinal de HBoV em amostras respiratórias foi realizado na América Latina. Dessa forma, nós realizamos um estudo prospectivo de HBoV em lavados nasofaríngeos (LFNs) coletados de pacientes com sintomas de infecção do trato respiratório (IRA) atendidos em um hospital universitário de Ribeirão Preto, SP e em um hospital universitário de Salvador, BA no período entre 2005 a 2007. 1288 LFNs de 1217 pacientes foram encaminhados ao laboratório de virologia e foram testados por PCR para HBoV. Desses pacientes, 962 eram menores de 5 anos e 177 eram maiores de 5 anos. Além disso, também foram analisados 50 LFNs de crianças menores de 5 anos que não tinham sintomas respiratórios. Todas as amostras positivas para HBoV foram testadas para todos os outros vírus respiratórios, incluindo o vírus sincicial respiratório (HRSV), rinovirus humano (HRV), influenza humano (HFLU), metapneumovirus humano (HMPV), parainfluenza humano (HPIV), coronavirus humano (HCoV) e adenovirus humano (HAdV). A carga viral de HBoV foi determinada por PCR em tempo real em todas as amostras positivas e o genoma completo de 19 amostras de HBoV foi seqüenciado. Com intuito, de fazer um levantamento sorológico e determinar sítios replicativos de HBoV, nós ainda clonamos e expressamos em S. cerevisae (Y258) o gene de VP2, que codifica uma das proteínas do capsídeo viral. A prevalência desse vírus foi de 4,8% em crianças menores de cinco anos e de 1% em pacientes maiores de cinco anos. HBoV não foi detectado em crianças sem sintomas. Dos 259 pacientes analisados em 2005, 25 (10%) foram positivos para HBoV. Esse vírus circulou mais frequentemente em abril, mês de maior incidência do HRSV. Em 2006, HBoV foi detectado em apenas 10 LFNs de 334 (3%) amostras testadas, sem qualquer pico de freqüência. Em 2007 HBoV foi detectado em 13 de 552 (2%) amostras, com uma freqüência de detecção um pouco maior em junho e julho. Os sintomas mais comumente observados foram rinorréia, tosse, febre e chiado, que foram observados geralmente em mais de 50% dos casos positivos para HBoV. Não houve uma diferença significativa na prevalência desses sintomas entre as crianças positivas e negativas para HBoV. Entretanto, foi observada uma maior freqüência de diarréia entre as crianças com esse vírus. Nesse estudo também foi documentado uma alta freqüência de co-infecções virais entre os pacientes com HBoV. Os vírus mais frequentemente associados com o bocavirus humano foram: HRSV, HRV e HAdV. Além disso, foi detectado uma maior carga viral media e uma maior freqüência de diarréia nos 15 pacientes com infecção exclusiva por HBoV do que nos pacientes com co-infecção. Esses resultados mostraram que HBoV pode alcançar títulos enormes (tão grandes como1014/mL) em LFNs de pacientes com sintomas respiratórios e que isso é associado a de diarréia. O seqüenciamento do genoma inteiro de HBoV realizado nesse estudo indica que a divergência genômica entre as amostras desse vírus é muito pequena. Como conclusão, nós demonstramos que HBoV circula e é detectado em associação com sintomas de infecção respiratória e diarréia no Brasil. Novos estudos, com um longo acompanhamento em diferentes populações serão necessários para determinar a sazonalidade e o real impacto clínico de HBoV em nosso país. / Human bocavirus (HBoV) is a parvovirus recently identified in association with respiratory tract infections. HBoV 5217 nt genome contains 3 open reading frames encoding four proteins (NS1, NP-1, VP-1 and VP-2). HBoV has been reported in respiratory samples from children in several parts of the world (including Australia, North America, Europe, Asia, and Africa), suggesting that the virus circulates worldwide. However, no longitudinal studies of HBoV in respiratory samples have been reported in Latin America. We report a prospective study of HBoV in nasopharyngeal aspirates (NPAs) collected from patients seen for acute respiratory tract infections (ARI) at the University of Sao Paulo Hospital in Ribeirao Preto, southeast Brazil and at the University Hospital in Salvador, Brazil. 1288 NPAs from 1217 patients was submitted to the virology lab for respiratory virus detection from 2005 to 2007 and were screened for HBoV by polymerase chain reaction (PCR), whom 962 were under 5 years of age and 177 were older than 5 years. In addition, NPAs from 50 children under 12 years without IRA was also tested to HBoV for PCR. All samples positive of HBoV was tested for others respiratory virus, including the human respiratory syncitial virus (HRSV), human rhinovirus (HRV), human influenza (HFLU), human metapneumovirus (HMPV), human parainfluenza virus (HPIV), human coronavirus (HCoV) and human adenovirus (HAdV). These samples had their HBoV viral load determined by real time PCR and the viral entire genome of nineteen HBoV sample was sequenced. We also cloned and expressed in S. cerevisae (Y258) the gene of VP2, one protein of viral capside. The prevalence of this virus was of 4,8% in children under 5 years and 1% in adults, both with IRA. HBoV was not found on the patients without symptoms. In 2005, of the 259 patients tested, 25 (10%) were positive for HBoV. Interestingly, the virus circulated more frequently in April, the month of peak activity of respiratory HRSV. In 2006 HBoV was detected in only 10 NPAs out of 334 samples (3%) tested, without any notable peak of frequency. In 2007 HBoV was detected in 13 out of 552 (2%) tested samples with little higher frequency of detection in June an July. Rhinorrhea, cough, and wheezing were observed in more than 50% of the HBoV-positive children, and no obvious respiratory clinical differences were noted between HBoV-positive and negative children. However, was noted a higher frequency of diarrhea on HBoV-positive patients. In this study was also observed a larger frequency (71%) of viral coinfections between the HBoV-positive patients. The respiratory viruses more frequently associated with human bocavirus were: HRSV, HRV and HAdV. Interestingly, on the 15 HBoV-alone patients was observed a higher viral load and a higher prevalence of diarrhea than HBoV-coinfection patients. These results showed that this virus can reach enormous titles (like 1014) in NPAs from patients with respiratory infection symptoms and this is associated with diahhrea. The entire genome sequencing of HBoV of our study indicates that the genetic divergence between the HBoV lineages is small. In conclusion, we demonstrated that HBoV circulates and is detected in association with respiratory symptoms and diarrhea in Brazil. Long term surveillance will be needed to determine whether or not an HBoV season occurs and what is the real clinical impact of this virus in our country.

Indivíduos infectados pelo vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) que controlam a replicação viral, mesmo na ausência de tratamento com drogas antirretrovirais, representam um exemplo de contenção bemsucedida do vírus. O entendimento das respostas imunes antivirais presentes nestes indivíduos pode auxiliar no delineamento de vacinas, particularmente no caso de estratégias vacinais desenvolvidas para induzir um fenótipo de controle da replicação viral e, assim, diminuir o ritmo da progressão à AIDS e/ou a taxa de transmissão para terceiros. A resposta imune celular contra HIV-1 é geralmente mapeada em ensaios de ELISPOT-IFN-&#947; empregando-se peptídeos pentadecâmeros sobrepostos por 11 aminoácidos sintetizados a partir de seqüências consensuais do vírus. Contudo, este método pode subestimar a detecção da real amplitude da resposta imune celular contra epitopos contidos na seqüência autóloga do vírus infectivo. Neste trabalho, foram comparadas respostas imunes celulares contra peptídeos 15-meros baseados nas seqüências de vif e nef do consenso do subtipo B do HIV-1 e respostas imunes contra peptídeos HLA-restritos de nove ou 10 aminoácidos baseados tanto nas seqüências de vif e nef do consenso do subtipo B do HIV-1, quanto nas seqüências autólogas dos vírus seqüenciados a partir de seis pacientes controladores da replicação do HIV-1. Nossa análise revelou que três dos seis pacientes investigados mostraram maior amplitude de resposta imune celular contra epitopos em Vif e Nef quando os peptídeos HLA-restritos foram empregados, tenham sido eles preditos a partir da seqüência consensual ou a partir das seqüências do vírus autólogo. O número de respostas positivas aumentou de quatro para 16 em Vif e de oito para 22 em Nef, com o uso dos reagentes HLA-restritos. Estes resultados sugerem que emprego de peptídeos 15-meros pode sub-representar a amplitude real da resposta imune celular envolvidas no controle da replicação do HIV-1 e que o conhecimento acerca das respostas imunes de sucesso em indivíduos controladores pode ser melhorado e ampliado com a revisão dos métodos empregados. / Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)-infected individuals who spontaneously control viral replication represent an example of successful containment of the AIDS virus. Understanding the anti-viral immune responses in these individuals may help in vaccine design, particularly vaccine strategies designed to induce a controller phenotype and thus, prevent disease progression and decrease risk of transmission. Immune responses against HIV-1 are normally screened using 15-mer peptides overlapped by 11 amino acids from HIV-1 consensus sequences in ELISPOT-IFN-&#947; assays. However, this method may underestimate the real breadth of the cellular immune responses against the autologous sequence of the infecting virus. We compared cellular immune responses against nef and vif-encoded consensus B 15-mer peptides to responses against HLA class I-predicted minimal optimal epitopes from consensus B and autologous sequences in six patients who have controlled HIV-1 replication. Interestingly, our analysis revealed that three of our patients had broader cellular immune responses against Vif- and Nef-HLA class I-predicted minimal optimal epitopes from either autologous viruses or from the consensus B sequence, when compared to responses against the 15-mer HIV-1 consensus B peptides. The number of positive responses against epitopes in these two HIV-1 proteins increased from four to 16 for Vif and from eight to 22 for Nef. These findings suggest that immune responses assessed using 15-mers peptides may underrepresent the real breadth of the immune control of the infecting virus and the knowledge about the successful responses in controller individuals could be improved after reviewing the employed methods.

A infecção pelo HPV em mulheres abaixo de 30 anos é transitória, entretanto, algumas destas mulheres progridem para Lesão Intra-Epitelial de Alto Grau (LIAG). Este estudo investigou características virais, morfológicas e variáveis sócio-comportamentais em mulheres com LIAG, entre estas a determinação dos genótipos oncogênicos do HPV, a carga viral total e específica de HPV 16, a expressão da proteína p16INK4a assim como variáveis epidemiológicas. Foram selecionadas 88 mulheres provenientes de dois serviços de oncologia ginecológica de Salvador, Bahia, a Clínica IDEM e o CICAN, entre julho de 2006 e janeiro de 2009 com diagnóstico citopatológico de LIAG. As pacientes preencheram o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido e responderam um questionário contendo informações sócio-demográficas e clínicas. Em seguida, foi realizada a colheita de células esfoliadas do colo uterino para genotipagem através da técnica Linear Array e avaliação da carga viral do HPV por PCR em tempo real, e a biópsia para análise histopatológica. Destas 88 mulheres, apenas 41 (46,6%) tiveram o diagnóstico de LIAG confirmado através do exame histopatológico. Desta forma, as pacientes foram divididas em 3 grupos: sem LIAG (< NIC 2), com LIAG ( NIC 2) menores que 30 anos e com LIAG ( NIC 2) com idade igual ou superior a 35 anos. Dentre os co-fatores analisados, a escolaridade, o uso de anticoncepcional oral e paridade diferiram nos dois grupos de idade com LIAG. A expressão da proteína p16INK4a foi observada em todos os graus histopatológicos com LIAG, entretanto, sua intensidade não diferiu entre estes. Foi observada uma maior prevalência de LIAG em mulheres mais jovens. Os genótipos mais prevalentes nas mulheres com LIAG foram: HPV 16, HPV 35, HPV 56, HPV 45 e HPV 70; no grupo sem LIAG foram: HPV 16, HPV 31, HPV 56, HPV 61 e HPV CP6108. A carga viral total foi maior em mulheres com LIAG em relação a mulheres sem LIAG. Houve associação entre aumento da carga viral específica para HPV 16 e aumento da severidade das lesões intraepiteliais. As cargas virais total e específica do HPV 16 não diferiram entre os dois grupos de idade com LIAG, indicando não ser esta o fator que leva ao raro desenvolvimento de LIAGs em mulheres jovens. / HPV infection in young women, below 30 years old is commonly transitory. However, some women may progress to high-grade squamous intraepithelial lesion (HSIL). This study aimed to investigate viral and host factors in young women with a diagnosis of HSIL, such as viral load both total and HPV 16- specific, genotypes, p16INK4a expression and sociodemographic characteristics. Eighty-eight women with a cytological diagnosis of HSIL were recruited from 2 specialized oncoginecologyc services from Salvador, Bahia, in between July 2006 and January 2009. After providing written informed consent, cervical scrapes were obtained for DNA extraction for further molecular testing, including HPV genotyping by Linear array and viral load determination by Real-Time PCR. Biopsies were taken for confirmatory histopathologyc analysis. Forty-one out of 88 enrolled women (46,6%) had the HSIL diagnosis confirmed. Based on that they were classified into three groups: No SIL, HSIL less than 30 years old and HSIL older than 35 years old. Among co-factors studied, education, oral contraceptive use and parity significantly differed between HSIL age groups. p16INK4a expression was observed with similar intensity among all histological grades of CIN. A higher prevalence of HSIL was detected in younger women. The most prevalent genotypes in HSIL patients were HPV 16, HPV 35, HPV 56, HPV 45 and HPV 70; whereas in the No SIL group were: HPV 16, HPV 31, HPV 56, HPV 61 and HPV CP6108. Total HPV viral load was significantly higher in women bearing CIN than in the normal group. A positive association between HPV 16 viral load and increasing histological grades was observed. Total and HPV 16 viral loads were similar among young and older women with HSIL, suggesting that this is not the main factor leading to the early development of these lesions.

A epidemia da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (aids) já atingiu aproximadamente 40 milhões de indivíduos em todo o mundo. O controle adequado da infecção pelo HIV através do tratamento anti-retroviral proporciona menor resistência viral, níveis mais baixos de carga viral, diminuindo, assim, a probabilidade da transmissão do HIV. A adesão ao tratamento anti-retroviral é importante para o sucesso do tratamento. A depressão é um transtorno psiquiátrico com prevalência elevada na população geral e nos portadores do HIV/Aids. Sabe-se que a depressão é um fator limitante para boa adesão. Neste trabalho, estudou-se a associação entre a adesão e a depressão em 164 pacientes portadores do HIV/Aids, em acompanhamento médico num serviço especializado, no período de outubro de 2002 a outubro de 2003. Foram aplicados os seguintes instrumentos: SCID/DSM-IV (Strutured Clinical Interview/Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders), HAM-D (Hamilton Rating for Depression), MMSE (MiniMental State Examination - Miniexame do Estado Mental), questionário sócio-demográfico, laboratorial, da doença e tratamento e questionário de adesão. A média de idade foi 39 anos, e 72% da amostra eram do sexo masculino. Mais de 85% dos pacientes se infectaram com o HIV através de relações sexuais. Apenas 7,9% eram usuários de drogas injetáveis. A média de CD4 foi 404,8 e carga viral 3,55 (log). A prevalência de depressão atual foi 17,7%, com diferença estatisticamente significante entre os mais jovens. Setenta e cinco pacientes (45,73%) apresentaram episódio depressivo passado. Dos 164 pacientes, 137 faziam uso de anti-retrovirais. Pacientes que tomavam 95% dos anti-retrovirais foram considerados pacientes que aderiram ao tratamento. A adesão foi avaliada através de questionário e 79,56% dos pacientes aderiram ao tratamento. A adesão foi maior entre os homens e os mais velhos. A carga viral também apresentou associação com a adesão e com antecedente pessoal de depressão. A adesão não mostrou associação com depressão / Approximately 40 million individuals are infected by HIV/acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) in the word. The control of the HIV infection by the antiretroviral treatment provides lower viral resistance; lower viral load levels and diminishes the probability of the transmission of the HIV. The adherence to antiretroviral treatment is important for the success of the treatment. Depression is a psychiatric disorder with high prevalence in general population and in HIV/AIDS infected patients. Depression seems to be a limitation for good adherence. In this study, the association between adherence and depression was assessed in 164 HIV/AIDS infected patients in a specialized service, in the period of October of 2002 and October of 2003. The following instruments were applied: SCID/DSM-IV (Structured Clinical Interview/Diagnostic and Manual Statistical of Mental Disorders), HAM-D (Hamilton Rating for Depression), MMSE (MiniMental State Examination), sociodemographic, laboratorial, disease and adherence questionnaires. The mean age was 39 years-old and 72% of the sample were men. More than 85% of the patients were infected by sexual contact and 7.9% were injecting drug users. The mean of CD4 was 404.8 and viral load 3.55 (log). The prevalence of current depression was 17.7%, with higher prevalence among youngest. Seventy five patients (45.73%) had a lifetime depressive episode. Of the 164 patients, 137 were treated with antiretroviral. Patients who took at least 95% of the antiretroviral medications had been considered adhered to treatment. The adherence was evaluated through questionnaire and was presented in 79.56% of the patients. The adherence was higher among men and oldest. The viral load also showed association with adherence and lifetime depression. The adherence was not associated to depression