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La question de l'apparence dans l'aire culturelle étrusque : la parure et ses enjeux / The question of appearance in the Etruscan cultural area : the adornment and its stakes

Pérard, Sophie 06 December 2019 (has links)
Ce travail de thèse sur la parure dans la culture étrusque s’inscrit dans un domaine de recherche particulièrement fécond. En effet, les études récentes dans le domaine de l’Antiquité se sont volontiers portées sur ce champ qu’est le corps, qu’il fût vêtu ou dénudé, sous toutes ses modalités, les plus matérielles comme les plus abstraites, dans son intériorité comme dans son actualisation sous de multiples aspects. En cela, elles ont suivi la voie ouverte par les sciences sociales et historiques depuis au moins trois décennies.Compte tenu de l’état des sources, cette recherche se penche plus particulièrement sur les monuments figurés ou les artéfacts, dans une démarche comparatiste, en utilisant les outils des sciences sociales, de l’anthropologie notamment, pour définir notre objet d’étude. La volonté était, en effet, dès l’origine de ce projet, de ne se limiter ni à une période, ni à un territoire, ni à un genre, mais bel et bien d’étudier la parure en diachronie, de manière à en saisir les articulations et les traits saillants qui font le propre de la culture étrusque. Notre objectif est ainsi de déceler s’il existe un véritable système de la parure dans l’aire étrusque. Pour ce faire, notre enquête débute par une étude linguistique, pour retrouver, sous les pratiques, les mots de la parure, puis nous interrogeons les formes en relation avec la cosmologie étrusque, et les classons, enfin les fonctions, selon qu’on considère la parure comme un langage, ou comme un système d’action, dans une perspective d’anthropologie de la figuration. / This research work on adornment in Etruscan culture is part of a particularly fruitful domain. Recent studies in Antiquity have focused on the field of the body, in its interiority as well as in its actualization ,whether dressed or naked and in all its forms : from the most material ones to the most abstract ones. In this respect, these studies have followed the path opened by the social and historical sciences for at least three decades.Given the state of the sources, this research focuses more particularly on figurative monuments or artifacts in a comparative approach to define our subject of study, using tools from the social sciences, especially anthropology. From the very beginning of this project, our intention has not been to limit our work to a period, a territory or a genre but to study adornment diachronically in order to grasp its articulations and the salient features that are characteristic of Etruscan culture. Our objective is to detect whether a real system of adornment prevailed in the Etruscan area. To do this, our investigation begins with a linguistic study to find the words of adornment underneath practices and customs. Then we question the forms in relation to Etruscan cosmology, and classify them. Finally, we analyze the functions, according to whether we consider adornment as a language, or as a system of actions, in a perspective of an anthropology of figuration
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Theory and modeling of complex nonlinear delay dynamics applied to neuromorphic computing / Théorie et modélisation de la complexité des dynamiques non linéaires à retard : application au calcul neuromorphique.

Penkovsky, Bogdan 21 June 2017 (has links)
Cette thèse développe une nouvelle approche pour la conception d'un reservoir computer, l'un des défis de la science et de la technologie modernes. La thèse se compose de deux parties, toutes deux s'appuyant sur l'analogie entre les systèmes optoelectroniques à retard et les dynamiques spatio-temporelles non linéaires. Dans la première partie (Chapitres 1 et 2) cette analogie est utilisée dans une perspective fondamentale afin d'étudier les formes auto-organisées connues sous le nom d'états Chimère, mis en évidence une première fois comme une conséquence de ces travaux. Dans la deuxième partie (Chapitres 3 et 4) la même analogie est exploitée dans une perspective appliquée afin de concevoir et mettre en oeuvre un concept de traitement de l'information inspiré par le cerveau: un réservoir computer fonctionnant en temps réel est construit dans une puce FPGA, grâce à la mise en oeuvre d'une dynamique à retard et de ses couches d'entrée et de sortie, pour obtenir un système traitement d'information autonome intelligent. / The thesis develops a novel approach to design of a reservoir computer, one of the challenges of modern Science and Technology. It consists of two parts, both connected by the correspondence between optoelectronic delayed-feedback systems and spatio-temporal nonlinear dynamics. In the first part (Chapters 1 and 2), this correspondence is used in a fundamental perspective, studying self-organized patterns known as chimera states, discovered for the first time in purely temporal systems. Study of chimera states may shed light on mechanisms occurring in many structurally similar high-dimensional systems such as neural systems or power grids. In the second part (Chapters 3 and 4), the same spatio-temporal analogy is exploited from an applied perspective, designing and implementing a brain-inspired information processing device: a real-time digital reservoir computer is constructed in FPGA hardware. The implementation utilizes delay dynamics and realizes input as well as output layers for an autonomous cognitive computing system.
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Méthode d'assemblage de maillages recouvrants autour de géométries complexes pour des simulations en aérodynamique compressible / Overset grid assembly method for simulations over complex geometries for compressible flows in aerodynamics

Peron, Stephanie 02 October 2014 (has links)
La simulation numérique des écoulements (CFD) est largement utilisée aujourd'hui dans l'industrie aéronautique, de l'avant-projet à la conception des appareils. En parallèle, la puissance des calculateurs s'est accrue, permettant d'effectuer des simulations résolvant les équations de Navier-Stokes moyennées (RANS) dans un délai de restitution acceptable du point de vue industriel. Cependant, les configurations simulées sont de plus en plus complexes géométriquement, rendant la réalisation du maillage très coûteuse en temps humain. Notre objectif est de proposer une méthode permettant de simplifier la génération de maillages autour de géométries complexes, en exploitant les avantages de la méthode Chimère, tout en levant les difficultés principales rencontrées par cette méthode dans le calcul des connectivités. Dans notre approche, le domaine de calcul est découpé en régions proches et en régions éloignées des corps. Des grilles curvilignes de faible extension décrivent les régions autour des corps. Le maillage de fond est défini par un ensemble de grilles cartésiennes superposées aux grilles de corps, qui sont engendrées et adaptées automatiquement selon les caractéristiques de l'écoulement. Afin de traiter des maillages recouvrants autour de géométries complexes sans surcoût humain, les différentes grilles sont regroupées par composant Chimère. Des relations d'assemblage sont alors définies entre composants, en s'inspirant de la Géométrie de Construction des Solides (CSG), où un solide peut être construit par opérations booléennes successives entre solides primitifs. Le calcul des connectivités Chimère est alors réalisé de manière simplifiée. Des simulations RANS sont effectuées autour d'un fuselage d'hélicoptère avec mât de soufflerie et autour d'une aile NACA0015 en incidence, afin de mettre en oeuvre la méthode. / Computational fluid dynamics (CFD) is widely used today in aeronautics, while the computing power has increased, enabling to perform simulations solving Reynolds-averaged Navier-Stokes equations (RANS) within an acceptable time frame from the industrial point of view. However, the configurations are more and more geometrically complex, making the mesh generation step prohibitive. Our aim is here to propose a method enabling a simplification of the mesh generation over complex geometries, taking advantage of the Chimera method and overcoming the major difficulties arising when performing overset grid connectivity. In our approach, the computational domain is partitioned into near-body regions and off-body regions. Near-body regions are meshed by curvilinear grids of short extension describing the obstacles involved in the simulation. Off-body mesh is defined by a set of adaptive Cartesian grids, overlapping near-body grids. In order to consider overset grids over complex geometries with no additional cost, grids are gathered by Chimera component, and assembly relations are defined between them, inspired by Constructive Solid Geometry, where a solid can result from boolean operations between primitive solids. The overset grid connectivity is thus simplified. RANS simulations are performed over a helicopter fuselage with a strut, and over a NACA0015 wing.
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Analyse instationnaire aérothermique d'un étage de turbine avec transport de points chauds / application à la maîtrise des performances des aubages

Wlassow, Fabien 07 May 2012 (has links)
Afin d’augmenter le rendement et la puissance spécifique des turbines à gaz, la température en entrée de la turbine haute pression a été continuellement augmentée, au point d’atteindre une valeur de l’ordre de la température de fusion des matériaux. La capacité à prédire l’écoulement (température en particulier) dans la turbine est donc un élément essentiel pour la conception des turbines à gaz, particulièrement pour celle qui ne sont pas refroidies. Toutefois, cette tâche est rendue difficile par l’extrême complexité de l’environnement dans lequel la turbine évolue (interaction avec la chambre de combustion, effets technologiques, couplage thermique fluide / solide, etc.).L’objectif de ce travail de thèse est de proposer, d’une part une stratégie de simulation numérique afin de prédire au mieux les champs aérothermiques dans une turbine haute-pression, d’autre part une méthode d’analyse permettant de quantifier l’impact des différents éléments de l’environnement sur les performances. Pour répondre à ces objectifs, des simulations instationnaires d’un étage de turbine ont été réalisées avec le code elsA, prenant en compte les effets technologiques (baignoire, refroidissement externe grâce aux évents du distributeur et aux cavités moyeu et carter du rotor qui sont alimentés par le système d’air secondaire, congés de raccordement) et les transferts thermiques conjugués. Une analyse de la production locale d’entropie a aussi été menée afin de comparer les performances aérodynamiques pour plusieurs niveaux d’approximations dans la définition de la turbine (prise en compte ou non de tel ou tel effet technologique) et de localiser l’origine de ces différences. L’analyse des résultats a montré que la hauteur de jeu et le système de refroidissement externe ont l’impact le plus significatif sur les performances aérodynamiques de la turbine. La température de paroi de la pale de rotor est de son côté fortement influencée par l’écoulement issu de la chambre de combustion, le refroidissement externe et le couplage thermique fluide / solide. Ce travail est un premier pas vers la réalisation de simulations totalement intégrées qui doivent permettre d’améliorer la précision des conceptions. / In order to increase the thermodynamic efficiency of gas turbine engines, the high-pressure turbine inlet temperature has been continually increased up to reach levels of the order of magnitude of the vanes and blades melting temperatures. The ability of predicting the flow through the turbine(especially the temperature) is a key point for the design of gas turbines, especially for the uncooled ones. However, this is challenging because of the complex environment that interacts with the turbine(hot-streak migration, technological details, fluid/solid thermal coupling . . .).The aim of this work is to develop a strategy based on CFD in order to predict aerothermal fields in a high-pressure turbine as well as an analysis allowing to quantify the impact of the environment on the turbine performances. To achieve these goals, the elsA code has been used to perform unsteady simulation of a turbine stage, taking into account technological details (squealer tip, external cooling thanks to vane trailing edge cooling and rotor hub and shroud cooling cavities, fillets) and conjugate heat transfers. An analysis of the local entropy production rate was also used to compare the performances resulting from different modeling of the turbine (taking into account or not one particular technological detail) and to localize the origin of these discrepancies. The results show that the tip height and the external cooling have the greatest impact on the turbine performances. The rotor blade temperature is mainly affected by the flow coming from the combustion chamber, the external cooling and the fluid / solid thermal coupling. This work is the first step towards the realization of integrated simulations allowing to improve the accuracy of design.
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La chimère transférentielle : proposition épistémologique, neuroscientifique et clinico-théorique du transfert psychanalytique comme système complexe / The transferential chimera : epistemological, neuroscientific and clinico-theoretical proposal of the transference as a complex system

Martin-Vallas, François 21 April 2015 (has links)
Ce travail, qui s’inscrit dans le cadre de la psychologie analytique développée par Jung, propose d’introduire le concept de chimère transférentielle comme dimension du transfert qui ne peut être assignée ni à l’un ni à l’autre des deux protagonistes d’un travail analytique, bien que les concernant tous deux. Cette dénomination repose autant sur le travail de Michel de M’Uzan que sur le champ sémantique complexe associé au mot chimère. La méthodologie de ce travail est celle, théorico-clinique, développée par Widlocher sous le nom de cas singulier. Elle conduit à la recherche d’une preuve d’existence, et non à une preuve d’universalité. Une première partie propose une discussion épistémologique qui prenne en compte les changements profonds des paradigmes scientifiques résultant du développements de la physique depuis le début du XXe avec l’avènement de la relativité restreinte, rapidement suivie de la relativité générale et de la mécanique quantique puis de la théorie des systèmes complexes, aussi appelée théorie du chaos. Il est soutenu dans ce travail qu’une révision des positions épistémologiques fondées sur le travail de Popper, et une meilleure prise en compte d’approches telles que proposées par Adorno ou Morin, est nécessaire. Cette discussion conclut à l’importance de notions telle que celles d’émergence ou d’énaction, en ce qu’elles rendent compte du fait que ce qui apparaît à un moment donné de l’expérience ne préexiste pas nécessairement à sa manifestation. Enfin cette discussion épistémologique tente d’éclairer la profonde divergence entre les approches de Freud et de Jung, divergence qui apparaît ici comme résultant principalement d’une différence de point de vue épistémologique. Là aussi, le recours à la physique, précisément à la notion de section de Poincaré, permet d’éclairer cette divergence autrement que par une simple opposition. Cela permet de comprendre pourquoi, dans le champ de la psychologie clinique autant que dans celui de la psychanalyse, des théories divergentes, parfois opposées, peuvent et doivent coexister afin de pouvoir construire une représentation aussi exhaustive que possible de la réalité. Dans une seconde partie l’hypothèse de la chimère transférentielle est abordée au regard des neurosciences. Il est ainsi proposé une représentation neuroscientifique de la relation analytique. Cette représentation n’a aucunement pour objet de se prétendre vraie, mais, plus modestement, possible. Elle vise à proposer une nouvelle manière d’articuler neurosciences et théories psychanalytiques, postulant que l’expérience de la clinique psychanalytique est un niveau de complexité très supérieur à ce qui est aujourd’hui accessible aux neurosciences, ce qui permet de rendre compte de l’existence de dynamiques propres au processus analytique du fait de leur émergence entre les niveaux de complexité accessibles à la recherche neuroscientifique et celui de l’expérience psychanalytique. Enfin, dans une troisième partie, ce travail aborde différents aspects de la chimère transférentielle telle qu’elle est se manifeste dans la clinique psychanalytique. Un premier cas clinique est exposé en détail afin d’apporter une preuve d’existence de cette dimension. D’autres cas cliniques suivent, centrés sur une dimension ou un moment particulier de la cure, afin d’apporter la preuve de cette existence dans d’autres contextes, et avec des patients dont le fonctionnement et la structure psychique diffèrent autant du premier cas exposé qu’entre eux. Enfin, chacun de ces cas a été l’occasion de focaliser la discussion théorico-clinique sur un aspect particulier, saillant dans le cas considéré. / This thesis, intended as a contribution to analytical psychology as developed by CG Jung, proposes the notion of a transferential chimera as a dimension of the transference which may not be assigned to either one of the protagonists in the analytic dyad, while still attached to them both. This denomination draws as much on the work of Michel de M’Uzan as it does on the complex semantics associated with the term chimera. The methodology used here is the clinical and theoretically underscored approach to the single case. It is predicated on the search for a proof of existence, and not a proof of universality. The first part is devoted to an epistemological discussion which takes account of the fundamental changes in theoretical understanding brought about in the field of physics since the beginning of the XXth century. This encompasses restrained relativity, quickly followed by general relativity and, laiter, by the theory of complex systems and chaos theory. It is contended that Carl Popper’s position on epistemology is in need of revision and that account needs to be taken now of the developments put forward by Theodore Adorno and Edgar Morin. The present discussion concludes that ideas such as emergence and enactment are central to the proposition in that they explain how events that occur in experience at a given time do not necessarily exist prior to their manifestation. Finally, this epistemological discussion seeks to throw light on the profound divergence between the approaches of Freud and Jung that appear to stem from a difference in their particular epistemologies. Here again, reference to physics, specifically to Poincare’s map, allows this divergence to be understood as other than a simple opposition. It assists in the understanding why in clinical psychology as in the field of psycho analysis, divergent and sometimes opposing theories, can and need to co-exist in order to construct as exhaustive a representation of reality as may be possible. In part two the chimera hypothesis is examined in the light of neurosciences. An attempt is made to represent the analytic relationship in terms of neurosciences. In no sense is such a representation to be taken as real, merely as possible. The aim is to postulate a new method of articulating neuroscience and psychoanalytic theory, whereby the experience of psychoanalytic practice is at a far greater level of complexity than it is currently possible to express neuroscientifically. This enables an account to be given of the existence of dynamics inherent in the psychoanalytic process from their observed emergence between the levels of complexity that are amenable to neuroscientific research and being experienced during psychoanalysis. Finally, in part three, different aspects of the transferential chimera will be examined as it manifests in psychoanalytic practice. With the aid of a detailed clinical example an attempt is made to establish the existence of this phenomenon. Other clinical cases will centre on an aspect or a specific moment during treatment, in order to support the proof of its existence in other contexts, that is, with patients whose functioning and psychic structure contrasts as markedly from the first case as they do amongst themselves. Finally, each case gives the opportunity to focus the theoretical and clinical discussion on a salient feature of each case.Thus the working potential of this hypothesis shall have been informed by the archetypal nature of the transference according to Jungian theory, by the potential connection between it and Freudian theory, starting with primary seduction as envisaged by Laplanche, followed by the containing function of the chimera, still in the context of Jungian theory.
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Élaboration d’un anticorps chimère anti-gp350 comme traitement prophylactique éventuel des syndromes lymphoprolifératifs B chez les greffés

Leblond, Valérie 08 1900 (has links)
Le virus Epstein-Barr (VEB) est fortement associé au développement de syndromes lymphoprolifératifs (SLP) en greffe pédiatrique. Ce virus a la capacité d’immortaliser les lymphocytes B et de provoquer leur prolifération incontrôlée chez l’hôte immunodéprimé. Plusieurs études démontrent que le cycle lytique du virus jouerait un rôle primordial dans la genèse des SLP en produisant des particules virales pouvant infecter les cellules B adjacentes. Chez un individu immunodéprimé, ces cellules B nouvellement infectées peuvent donner naissance à une expansion lymphocytaire. Le projet présenté dans ce mémoire fait partie d’un programme de recherche visant à élucider le rôle de l’infection productive par le VEB dans le développement des SLP. L’objectif précis de ce projet est de développer un anticorps monoclonal chimère contre la glycoprotéine gp350 du VEB dans le but de neutraliser le virus et d’ainsi prévenir son entrée dans les cellules B. Notre laboratoire a construit une version chimère de l’anticorps monoclonal murin 72A1, lequel se lie à la gp350 et bloque l’infection. Les premiers essais ont révélé la présence de chaînes non fonctionnelles (aberrantes) dans l’hybridome produisant l’anticorps 72A1. La construction de la chaîne légère authentique est maintenant complète alors que celle de la chaîne lourde est toujours en cours. Le processus de caractérisation de l’anticorps chimère inclura des essais de cytotoxicité à médiation cellulaire dépendante des anticorps (ADCC). Dans cette optique, une lignée cellulaire exprimant de façon stable la gp350 a été établie. Notre anticorps chimère anti-gp350 pourrait éventuellement être utilisé comme thérapie préventive chez les greffés présentant un risque élevé de SLP en empêchant l’infection des cellules B adjacentes. / The Epstein-Barr virus (EBV) is associated with B-cell post-transplant lymphoproliferative disease (PTLD). EBV has the unique property of immortalizing B lymphocytes, thereby causing their uncontrolled proliferation in an immunocompromised host. Certain evidence suggests that EBV productive infection may play a primary role in the genesis of PTLD by generating virus particles which can infect bystander B cells. In an immunocompromised individual, these infected B cells may then give rise to expanding B-cell clones. The project presented in this thesis is part of a research program seeking to elucidate the role of EBV productive infection in the genesis of PTLD. The specific aim of this work was to design a chimeric monoclonal antibody against the EBV envelope glycoprotein gp350 in order to neutralize the virus, thereby preventing entry into B cells. Our laboratory constructed a chimeric version of the murine monoclonal antibody, 72A1, which binds to gp350 and blocks infection. The initial cloning attempts revealed the presence of nonfunctional (aberrant) transcripts in the hybridoma line producing the 72A1 antibody. The chimeric version of the authentic light chain is now completed while the chimeric heavy chain construction is ongoing. As part of the characterisation process for the chimeric antibody, a cell line stably expressing surface gp350 was generated. This gp350-expressing cell line will be used for antibody dependent cellular cytotoxicity assays (ADCC). This anti-gp350 chimeric antibody could be useful as a preventive therapy in transplant patients at high risk for PTLD by blocking the infection of bystander B cells.
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Étude de l’infection lytique du Virus Epstein-Barr dans le développement de tumeurs post-greffe

Salem, Insaf 08 1900 (has links)
Le virus Epstein-Barr (VEB) est un pathogène opportuniste qui a la capacité d’immortaliser les lymphocytes B et de provoquer une prolifération maligne, appelée syndrome lymphoprolifératif post-transplantation (SLP), chez les individus immunodéprimés. A l’intérieur de ce groupe, les personnes à plus haut risque sont les enfants, puisqu’ils sont à risque de développer une infection primaire par le VEB pendant leur régime d’immunosuppression post-greffe. Dans le but de développer un anticorps préventif, notre laboratoire s’est attardé au rôle du cycle lytique du VEB dans le développement du SLP. À cette fin, le premier objectif du présent projet vise à fournir la preuve expérimentale de l’existence ou non d’une phase réplicative productive pendant l’infection aiguë des lymphocytes B sanguins. Un examen des événements qui se déroulent au tout début de l’infection par le VEB tant au niveau de la réplication virale qu’au niveau de l’expression des gènes lytiques précoces et tardifs a révélé l’existence d’une phase réplicative productive pendant l’infection aiguë. Ceci a permis de justifier l’élaboration, dans notre laboratoire, d’un anticorps chimère (murin-humain) neutralisant, dirigé contre la protéine gp350 située sur l’enveloppe virale. Le deuxième objectif, quant à lui, vise à fournir la preuve expérimentale de la capacité neutralisante de cet anticorps chimère. Des essais de caractérisation in vitro ont démontré une capacité de reconnaissance de la protéine cible, notamment la gp350, et une capacité de neutralisation du virus par l’anticorps chimère. L’anticorps chimère anti-gp350 pourra faire l’objet d’essais précliniques in vivo en vue d’évaluer sa capacité à reconnaître le virus et à prévenir l’apparition de tumeurs de type SLP chez les souris SCID. Il pourrait être éventuellement utilisé, par la suite, comme traitement préemptif contre les tumeurs dans l’espoir de mieux gérer les patients à risque de développer un SLP. / Epstein-Barr virus (EBV) is an opportunistic pathogen in immunocompromised transplant patients. In these patients EBV infection can lead to malignant B-cell lymphoproliferation, called post-transplant lymphoproliferative disease (PTLD). This thesis project aimed to investigate the role of lytic EBV infection in the genesis of PTLD. The first experimental objective was to provide in vitro proof that EBV could induce productive replication upon acute in vitro infection of B cells. Data obtained through study of viral DNA replication and transcription during the first 96 hours post-infection indicate that lytic infection does occur. These results provided justification for proceeding to the second experimental objective which involved the characterization of an anti-gp350 human-mouse chimeric antibody for its capacity to recognize and neutralize EBV. Results showed that this antibody did possess neutralization activity. Further study of this anti-gp350 chimeric antibody in SCID mice is necessary in order to evaluate its in vivo efficacy against PTLD.
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Development of cellular and gene therapies for b[beta]-Thalassemia and sickle cell disease

Felfly, Hady January 2008 (has links)
Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.
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Dynamique des hélitrons dans le genome d'Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables

Tempel, Sébastien 18 June 2007 (has links) (PDF)
Les hélitrons constituent un groupe d'éléments transposables découverts récemment dans les génome eucaryotes. A travers une étude bioinformatique, nous avons étudié leur mode d'invasion, la modularité de leur séquence et leurs impacts sur les gènes à leur proximité dans le génome d'Arabidopsis thaliana. Les hélitrons sont les éléments transposables les plus répandus dans ce génome ; néanmoins ils ne sont que partiellement reconnus par des logiciels d'alignement. Nous avons modélisé ces éléments sous la forme d'une grammaire formelle. Cette grammaire est constituée des deux extrémités terminales séparées par une séquence nucléotidique quelconque de taille fixée. Nous avons créé une matrice d'occurrences des modèles associant toutes les combinaisons possibles d'extrémités. La matrice a fait apparaître des associations préférentielles entre certaines extrémités et a permis la découverte de nouvelles familles d'hélitrons chimériques. La détection des ORFs contenant les protéines de transposition a permis de confirmer la relation hélitron autonome non-autonome et de comprendre le mécanisme de création des chimères d'hélitrons. Nous avons proposé une nouvelle nomenclature des hélitrons basée sur leurs extrémités et non sur leur séquence globale. L'étude de la séquence d'une famille d'hélitrons a montré une réorganisation constante des domaines nucléiques entre les différentes copies de cette famille. Pour comprendre cette organisation, nous avons mis au point le logiciel DomainOrganizer qui permet d'observer la composition en domaines des éléments transposables. DomainOrganizer détecte les frontières entre domaines à partir d'un alignement multiple et crée la liste des domaines. A partir de cette liste, il recherche, par un algorithme d'optimisation combinatoire, le nombre minimal de domaines qui recouvrent au maximum l'ensemble des séquences. Enfin, DomainOrganizer visualise et classe les séquences en fonction de leurs domaines. L'analyse par domaines de la famille AtREP21 a permis de comprendre la nature de cette variabilité et de retracer l'histoire évolutive de cette famille à partir de l'identification des domaines. L'étude de la localisation des hélitrons AtREP3 dans ce génome de plante a montré une insertion préférentielle de ceux-ci dans les promoteurs de gènes. Les profils d'expression de ces gènes, nous a permis d'identifier plusieurs clusters. Par ailleurs, les motifs de régulation ont montré une grande variabilité de motifs dans les promoteurs mais pas dans les hélitrons. Ces résultats ont montré que les hélitrons non-autonomes transportent dans leurs séquences internes des motifs de liaisons aux facteurs de transcription. Des analyses complémentaires devront être réalisées pour comprendre l'action régulatrice des hélitrons sur les gènes situés à leur proximité.
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Élaboration d’un anticorps chimère anti-gp350 comme traitement prophylactique éventuel des syndromes lymphoprolifératifs B chez les greffés

Leblond, Valérie 08 1900 (has links)
Le virus Epstein-Barr (VEB) est fortement associé au développement de syndromes lymphoprolifératifs (SLP) en greffe pédiatrique. Ce virus a la capacité d’immortaliser les lymphocytes B et de provoquer leur prolifération incontrôlée chez l’hôte immunodéprimé. Plusieurs études démontrent que le cycle lytique du virus jouerait un rôle primordial dans la genèse des SLP en produisant des particules virales pouvant infecter les cellules B adjacentes. Chez un individu immunodéprimé, ces cellules B nouvellement infectées peuvent donner naissance à une expansion lymphocytaire. Le projet présenté dans ce mémoire fait partie d’un programme de recherche visant à élucider le rôle de l’infection productive par le VEB dans le développement des SLP. L’objectif précis de ce projet est de développer un anticorps monoclonal chimère contre la glycoprotéine gp350 du VEB dans le but de neutraliser le virus et d’ainsi prévenir son entrée dans les cellules B. Notre laboratoire a construit une version chimère de l’anticorps monoclonal murin 72A1, lequel se lie à la gp350 et bloque l’infection. Les premiers essais ont révélé la présence de chaînes non fonctionnelles (aberrantes) dans l’hybridome produisant l’anticorps 72A1. La construction de la chaîne légère authentique est maintenant complète alors que celle de la chaîne lourde est toujours en cours. Le processus de caractérisation de l’anticorps chimère inclura des essais de cytotoxicité à médiation cellulaire dépendante des anticorps (ADCC). Dans cette optique, une lignée cellulaire exprimant de façon stable la gp350 a été établie. Notre anticorps chimère anti-gp350 pourrait éventuellement être utilisé comme thérapie préventive chez les greffés présentant un risque élevé de SLP en empêchant l’infection des cellules B adjacentes. / The Epstein-Barr virus (EBV) is associated with B-cell post-transplant lymphoproliferative disease (PTLD). EBV has the unique property of immortalizing B lymphocytes, thereby causing their uncontrolled proliferation in an immunocompromised host. Certain evidence suggests that EBV productive infection may play a primary role in the genesis of PTLD by generating virus particles which can infect bystander B cells. In an immunocompromised individual, these infected B cells may then give rise to expanding B-cell clones. The project presented in this thesis is part of a research program seeking to elucidate the role of EBV productive infection in the genesis of PTLD. The specific aim of this work was to design a chimeric monoclonal antibody against the EBV envelope glycoprotein gp350 in order to neutralize the virus, thereby preventing entry into B cells. Our laboratory constructed a chimeric version of the murine monoclonal antibody, 72A1, which binds to gp350 and blocks infection. The initial cloning attempts revealed the presence of nonfunctional (aberrant) transcripts in the hybridoma line producing the 72A1 antibody. The chimeric version of the authentic light chain is now completed while the chimeric heavy chain construction is ongoing. As part of the characterisation process for the chimeric antibody, a cell line stably expressing surface gp350 was generated. This gp350-expressing cell line will be used for antibody dependent cellular cytotoxicity assays (ADCC). This anti-gp350 chimeric antibody could be useful as a preventive therapy in transplant patients at high risk for PTLD by blocking the infection of bystander B cells.

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