Les sites fragiles communs (SFC) sont des loci instables en cas de stress réplicatif et des lieux préférentiels de réarrangements dans les tumeurs. Les SFC sont associés aux plus grands gènes du génome et il a été proposé que la transcription de ces gènes soit à l'origine de cassures de l'ADN. Cependant, de nombreux grands gènes transcrits ne sont pas fragiles. Un second modèle, celui de notre laboratoire, associe la fragilité des SFC à un programme de réplication particulier, combinant pauvreté en événements d'initiation et réplication tardive. Il serait alors possible que la transcription soit liée à leur programme de réplication, ce qui conduirait à la fragilité. Pour mieux comprendre ces relations, j'ai modifié la transcription de deux grands gènes et analysé les conséquences sur leur réplication et leur fragilité. Ces manipulations génétiques sont réalisées dans le modèle aviaire DT40, qui permet la modification ciblée d'ADN par recombinaison homologue avec une grande efficacité. De façon surprenante, j'ai observé que la fragilité d'un grand gène est diminuée aussi bien en abolissant sa transcription qu'en l'augmentant. J'ai étudié la densité en événements d'initiation par peignage moléculaire au locus et le programme temporel de réplication dans des clones présentant des niveaux différents de transcription. J'ai ainsi pu montrer que la surexpression massive de deux grands gènes avance le programme temporel de la réplication, les préservant de la fragilité. Au cours de ma thèse, j'ai donc montré que la transcription exerce des effets antagonistes sur la stabilité du génome, bénéfiques ou délétères, selon le niveau d'expression des grands gènes associés aux SFC. / Common Fragile Sites (CFSs) are loci displaying instability upon replicative stress, which localization correlates with chromosomal rearrangements in tumours. CFSs are associated with the largest genes of the genome and it has been proposed that their transcription leads to DNA breaks. However, many transcribed large genes are not fragile. Our laboratory proposed an alternative model in which CFS instability results from a specific replication program, combining late replication with paucity in initiation events. To reconcile the two models, we hypothesized that transcription impacts the replication programs. In order to characterize those potential relationships, I manipulated the transcription of two large genes associated with CFSs and determined the consequences of these manipulations on replication and fragility. I used chicken DT40 cells to perform these analyses because this cellular model allows efficient engineering of specific DNA sequences by homologous recombination. Surprisingly, I observed that increasing or suppressing transcription of large gene both lead to a decrease fragility. I then analyzed clones displaying variable transcription levels. I determined the distribution and density of initiation event, using molecular combing at two loci, as well as the profiles of replication timing along the genes. I showed that a massive overexpression of two large genes led to an earlier replication timing. Overall, my results highlight the opposite effects of transcription on genome stability, which range from beneficial to deleterious depending on the expression level of large genes associated with CFSs.

Les sites fragiles communs (SFCs) sont des régions génomiques particulièrement sensibles au stress réplicatif et sont impliqués dans l’initiation et la progression du cancer. L’Anémie de Fanconi (AF) est une maladie génétique rare qui se caractérise principalement par une aplasie médullaire, des malformations congénitales ainsi qu’une forte prédisposition au cancer chez les patients (leucémies myéloïdes et tumeurs solides de la tête et du coup). L’instabilité génomique a été identifiée comme étant une source majeure de prédisposition des patients AF au cancer et les SFCs sont particulièrement sensibles dans cette maladie. L’AF est causée par la mutation de gènes codant des protéines participant à une voie moléculaire appelée voie FANC qui a été décrite dans la réparation des ponts inter-brins. Malgré l’importance de la voie FANC dans le maintien de la stabilité des SFCs, les mécanismes sous-jacents restent à élucider. Au cours de ma thèse, nous avons identifié un nouveau rôle de FANCD2 dans le maintien des SFCs. En effet, nous montrons que FANCD2 atténue l’expression des gènes présents au sein des SFCs maintenant leur stabilité. De plus, nous montrons que la transcription de ces gènes est nécessaire au recrutement et au rôle de FANCD2 au sein de ces régions. Enfin, nous avons identifié le stress métabolique comme étant un signal induisant l’expression des gènes des SFCs et que FANCD2 module cette réponse. La réduction de ce stress pourrait être une piste thérapeutique intéressante afin de prévenir l’instabilité des SFCs dans l’AF. / Common fragile sites (CFSs) are genomic regions prone to form breaks and gaps on metaphase chromosomes after replicative stress and promote genomic instability in the earliest steps of tumor development. Proteins involved in replication/repair of CFSs are necessary to prevent their instability. Among them is FANCD2, a key protein of the FANC pathway necessary to resolve inter-strand crosslinks and defective in Fanconi Anemia (FA). FA is a rare genomic instability disorder characterized by bone marrow failure, congenital abnormalities and predisposition to acute myeloid leukemia and epithelial cancer. Genomic instability in FA is supposed to predispose patients to cancers. Importantly, CFSs are more unstable in FA and chromosome breaks observed in FA cells occur preferentially at CFSs. During my PhD, we identified a new role of FANCD2 in CFS stability maintenance. We show that FANCD2 attenuates transcription of the large genes present at CFSs, preventing their instability. Moreover, we demonstrate that transcription is necessary for FANCD2 recruitment and function at CFSs. Importantly, we identified the metabolic stress as a signal triggering CFS gene expression and FANCD2 is necessary to modulate this response. Reducing this stress is a promising therapeutic issue to prevent CFS and genomic instability in FA.

Titre de l'écran-titre (visionné le 26 juin 2023) / Des recherches récentes sur les fonds communs de placement et les fonds spéculatifs montrent qu'il est important de tenir compte des transactions intérimaires, parce que les gestionnaires effectuent souvent des transactions au cours du mois en fonction de signaux d'information ou pour des raisons de liquidité. Cette thèse examine les effets du biais de transactions intérimaires sur la performance d'un large échantillon de fonds mutuels d'actions américaines gérés activement. Elle développe de nouvelles mesures ajustées pour le biais pour répondre à une série de questions dans le contexte de la performance des fonds communs de placement et du biais de transactions intérimaires. D'abord, en utilisant l'approche par facteur d'escompte stochastique (SDF), nous développons deux nouvelles mesures ajustées pour le biais de transactions intérimaires. Lorsque les rendements quotidiens des fonds sont disponibles, nous proposons une mesure basée sur la capitalisation d'alphas sous-périodiques quotidiens. Lorsque les rendements quotidiens des fonds ne sont pas disponibles, nous capturons les opportunités d'investissement intérimaires grâce aux données quotidiennes sur les facteurs de risque. Nous développons la mesure SDF capitalisée dans le temps, qui est une mesure alternative à l'approche basée sur l'agrégation des facteurs dans le temps, telle que proposée par la littérature. Nous démontrons la pertinence théorique et l'équivalence de la mesure basée sur la capitalisation temporelle des alphas et celle basée sur la capitalisation temporelle des SDFs dans la saisie des opportunités d'investissement intérimaires. Empiriquement, nous documentons l'importance du biais de transactions intérimaires en comparant les alphas estimés avec la mesure mensuelle non ajustée avec ceux estimés avec les mesures ajustées pour le biais. Nous montrons que le biais moyen à travers les fonds n'est pas différent de zéro. Cependant, plus de 25% des fonds observent des changements statistiquement significatifs de leur performance traditionnelle lorsque le biais est pris en compte. En comparaison, les deux mesures existantes détectent peu de biais significatifs. Deuxièmement, nous étudions la persistance du biais de transactions intérimaires dans la performance des fonds ainsi que sa relation avec divers attributs de fonds, styles d'investissement et indicateurs de marché. Nous examinons ces aspects non seulement pour le biais de transactions intérimaires, mais aussi pour la performance ajustée pour le biais. Nous constatons que le biais de transactions intérimaires est persistant à long terme uniquement pour les fonds ayant un biais positif. Lorsque nous examinons la persistance de l'alpha ajusté pour le biais, nous montrons que les fonds dont la performance passée est négative continuent à fournir un alpha négatif. Le résultat est inversé pour les fonds ayant des performances passées positives. Dans l'analyse des déterminants, nous utilisons à la fois une approche par portefeuille et une approche par régression. Dans l'ensemble, les résultats montrent que les petits fonds, les fonds jeunes et les fonds dont les gestionnaires ont peu d'expérience ont un biais de transactions intérimaires plus important. La rotation impliquée par les flux de liquidité et les avoirs liquides ont des relations positives, statistiquement et économiquement significatives, avec le biais de transactions intérimaires. Enfin, les fonds les plus actifs présentent un biais positif élevé. Lorsque nous étudions les déterminants de l'alpha ajusté du biais, nous obtenons des résultats qui sont généralement cohérents avec la littérature antérieure. Plus précisément, nous constatons que les fonds dont la volatilité, la sélectivité, le taux de rotation, le taux de rotation lié aux flux, les liquidités et les dépenses sont les plus élevés affichent une performance ajustée inférieure. La performance est légèrement améliorée pour les fonds qui sont matures, de grande taille et dont les gestionnaires sont expérimentés. Troisièmement, nous examinons la robustesse de nos conclusions sur le biais de transactions intérimaires. Nous nous concentrons principalement sur le pourcentage important de fonds dont la performance est significativement modifiée par les nouvelles mesures SDF capitalisées dans le temps, ainsi que sur la capacité supérieure des mesures capitalisée par rapport aux mesures agrégées à atténuer le problème du biais de transactions intérimaires. Nos tests confirment que ces résultats sont robustes aux spécifications alternatives, aux différents choix méthodologiques et aux problèmes d'échantillons finis. / Recent research on mutual funds and hedge funds documents the importance of accounting for interim trading, as managers often trade within each month based on information signals or for liquidity reasons. This thesis examines the effects of the interim trading bias on the performance of a large cross section of actively managed open-ended U.S. equity mutual funds. It develops new interim-trading-bias-adjusted measures to address a range of questions in the context of mutual fund performance and the interim trading bias. First, using the stochastic discount factor (SDF) approach, we develop two new interim-trading-bias-adjusted measures. When daily fund returns are available, we propose a measure based on the time-compounding of daily alphas. When daily fund returns are not available, we can instead capture the interim investment opportunities with daily factor data. We develop the time-compounded SDF measure, which is an alternative measure to the time-averaged factor approach proposed by the literature. We show the theoretical relevance and equivalence of our time-compounded alpha and time-compounded SDF measures in capturing interim investment opportunities. Empirically, we document the importance of the interim trading bias by comparing alphas estimated with an unadjusted monthly measure with those estimated with bias-adjusted measures. We show that the mean bias across funds is not different from zero. However, more that 25% of the funds have statistically significant changes in performance when controlling for the bias. By comparison, two existing measures detect few significant biases. Second, we study the persistence of the interim trading bias in fund performance and its relation with various fund attributes, investment styles and market indicators. We examine these aspects not only for the interim trading bias, but also for the performance adjusted for interim trading. We find that the interim trading bias is persistent in the long run only for funds with positive bias. When we look at the persistence of the bias-adjusted alpha, we show that funds with negative past performance continue to deliver negative alpha. The pattern is reversed for funds with positive past performance. In the determinant analysis, we use both a portfolio approach and a regression approach. Overall, the results show that small funds, young funds and funds with low manager tenure have larger interim trading bias. Flow-driven turnover and cash holdings have statistically and economically significant positive relations with the interim trading bias. Finally, funds that are the most active exhibit a high positive bias. When we investigate the determinants of the interim-trading-bias-adjusted alpha, we obtain results that are generally consistent with the prior literature. Specifically, we find that funds with the highest volatility, selectivity, turnover, flow-driven turnover, cash holdings and expenses exhibit lower adjusted performance. Performance is somewhat improved for funds that are mature, large and with experienced managers. Third, we examine the robustness of our findings on the interim trading bias. The main focuses are on the important percentage of funds that have their performance significantly changed by the new time-compounded SDF measures and on the superior ability of time-compounded measures over time-averaged measures in alleviating the problem of interim trading bias. Our checks confirm that these findings are robust to alternative specifications, various methodological choices and finite sample issues.

Les équipements de communications numériques intègrent de plus en plus de standards. La commutation d’un standard à l’autre doit pouvoir se faire au prix d’un surcoût matériel modéré, ce qui impose l’utilisation de ressources communes dans des instanciations différentes. La plateforme matérielle nécessaire à l’exécution d’une couche physique multistandard est le segment du système présentant le plus de contraintes par rapport à la reconfiguration : réactivité, consommation et occupation de ressources matérielles. Nos travaux se focalisent sur la paramétrisation qui vise une implémentation multistandards efficace. L’objectif de cette technique est d’identifier des traitements communs entre les standards, voire entre blocs de traitement au sein d’un même standard, afin de définir des blocs génériques pouvant être réutilisés facilement. Nous définissons le management d’opérateurs mutualisés (opérateurs communs) et nous étudions leur implémentation en se basant essentiellement sur des évaluations de complexité pour quelques standards utilisant la modulation OFDM. Nous proposons en particulier l’architecture d’un opérateur commun permettant la gestion efficace des ressources matérielles entre les algorithmes FFT et décodage de Viterbi. L’architecture, que nous avons proposé et implémenté sur FPGA, permet d’adapter le nombre d’opérateurs communs alloués à chaque algorithme et donc permet l’accélération des traitements. Les résultats montrent que l’utilisation de cette architecture commune offre des gains en complexité pouvant atteindre 30% dans les configurations testées par rapport à une implémentation classique avec une réduction importante de l’occupation mémoire. / Today's telecommunication systems require more and more flexibility, and reconfiguration mechanisms are becoming major topics especially when it comes to multistandard designs. In typical hardware designs, the communication standards are implemented separately using dedicated instantiations which are difficult to upgrade for the support of new features. To overcome these issues, we exploit a parameterization approach called the Common Operator (CO) technique that can be considered to build a generic terminal capable of supporting a large range of communication standards. The main principle of the CO technique is to identify common elements based on smaller structures that could be widely reused across signal processing functions. This technique aims at designing a scalable digital signal processing platform based on medium granularity operators, larger than basic logic cells and smaller than signal processing functions. In this thesis, the CO technique is applied to two widely used algorithms in wireless communication systems: Viterbi decoding and Fast Fourier Transform (FFT). Implementing the FFT and Viterbi algorithms in a multistandard context through a common architecture poses significant architectural constraints. Thus, we focus on the design of a flexible processor to manage the COs and take advantage from structural similarities between FFT and Viterbi trellis. A flexible FFT/Viterbi processor was proposed and implemented on FPGA and compared to dedicated hardware implementations. The results show a considerable gain in flexibility. This gain is achieved with no complexity overhead since the complexity if even decreased up to 30% in the considered configurations.

Les systèmes complexes ferroviaires étant de plus en plus contraints par des autorités de décision placées à un haut niveau d'abstraction, il devient problématique d'imposer des critères à une autre échelle que fonctionnelle. Ainsi, dès lors que l'on descend plus bas, nous sommes confrontés à des spécificités des systèmes nationaux qui font perdre la généralité du travail des décisionnaires Européens. Le problème est qu'à chaque niveau d'abstraction, des méthodes d'évaluation du risque existent, mais sans être compatibles entre elles. Par ailleurs, la combinaison des couches et la vision fonctionnelle du système ne prennent pas en compte l'impact des fonctions les unes sur les autres, ni le lien entre le niveau global et les composants afin d'allouer la sécurité.Nous proposons donc une démarche harmonisée d'évaluation du risque, capable de répartir les contraintes définies au niveau fonctionnel abstrait sur les entités qui implémentent les systèmes avec leurs spécificités.Notre contribution est méthodologique. Elle part d'un modèle fonctionnel du système ferroviaire constitué en couches. Le but étant de représenter ce système sans dépendance entre les fonctions, il a fallu les traduire indépendamment des autres en faisant apparaître les entrées/sorties comme des places/transitions d'un réseau de Petri. A chaque couche de la décomposition correspond une classe de réseau de Petri. Ainsi, à la couche structurelle, nous associons les réseaux de Petri Temporels; à la couche fonctionnelle les réseaux de Petri stochastiques et à la couche logique les réseaux de Petri Prédicats Transitions

La technique de paramétrisation est très prometteuse pour la conception radio logicielle. La radio logicielle consiste à concevoir des systèmes multi-standards qui tirent bénéfice des possibilités de programmation ou de reconfiguration offertes par les composants de traitement la constituant. Cette thèse étudie la technique de paramétrisation par opérateurs communs. Les opérateurs communs sont des unités de traitements communes à plusieurs opérations qu'effectue un équipement, quelle que soit la couche du modèle OSI à laquelle elles appartiennent. La méthode proposée repose sur une approche théorique afin de résoudre le problème de conception d'un équipement multi-standards. Elle consiste en une optimisation d'un hypergraphe. La conception de l'équipement est représentée par des opérateurs à différents niveaux de granularité dans un graphe acyclique orienté. Le niveau le plus élevé représente une approche de conception d'équipements multi-standards de type Velcro. Plus les opérateurs sont bas dans le graphe, plus leur coût est faible en termes de complexité, mais plus il faut faire appel de fois à eux pour effectuer des opérations de différentes sortes. Nous décrivons ensuite en tant qu'exemples des conception basées sur les opérateurs DMFFT (dual mode FFT), LFSR (linear feedback shift register) et le cas du FRMFB (frequency response masking filter bank). Les solutions basées sur les opérateurs communs proposées dans cette thèse peuvent contribuer à optimiser la conception des futurs équipements multi-standards de radio logicielle qui devront supporter de nombreux standards de communication sans fil.

Institution mythique du monde de la photographie, l’agence Magnum, fondée en 1947 par un groupe de photographes entrepreneurs, est plus qu’une coopérative. Dans l’histoire de la photographie de la seconde moitié du XXe siècle, c’est un modèle prestigieux pour l’ensemble de la profession, qui revendique son excellence et défend un canon d’images d’exception. Magnum ne serait-elle pas davantage une académie,institution éternelle et renommée, où l’on entre par cooptation ? Cette thèse propose, à partir de l’étude d’archives inédites, de retracer l’histoire de Magnum. Le prisme académique permet d’articuler l’évolution économique d’une entreprise, l’analyse des images produites, le récit des débats d’un groupe de photographes, l’histoire de leurs rêves collectifs.La première partie interroge les sources de l’académie, à commencer par la propagation du mythe Magnum et les dix premières années d’existence, lorsque l’agence fait corps avec le monde cosmopolite de l’après-guerre. La deuxième partie analyse le renouvellement académique de la fin des années 1950 à 1981, de la refondation d’une photographie engagée dans l’urgence mémorielle des années 1960,à la réponse cynique face au péril conformiste et commercial des années 1970, en passant par la dialectique coopérative qui déchire et réconcilie les membres. La troisième partie montre comment l’académie revendique son immortalité de 1981 à nos jours, s’imposant comme un monument patrimonial et une référence sur le web, et revient sur l’histoire des femmes à Magnum.Cette thèse met en lumière un chaînon méconnu de la production des photographies.Magnum est un point nodal qui définit la valeur économique des images, leur statut juridique, leurs usages commerciaux, journalistiques, documentaires et artistiques au sein de circuits de diffusion et de légitimation. Plateforme d’échanges partagée par plusieurs auteurs, Magnum invite à repenser, à l’heure de l’économie collaborative connectée, l’histoire et le rôle des « communs ». / Founded in 1947 by a group of entrepreneurial photographers, Magnum Photos, amythic institution in the world of photography, is more than a cooperative.Throughout the second half of the 20th century, it remained a prestigious model for the whole profession, claiming its excellence and promoting a canon of exceptional images. More than a mere agency, may Magnum be seen as an academy, a prestigious institution whose access is controlled by peers? The concept of an “academy” brings together the economic evolution of a business, the analysis of the pictures produced,the account of numerous debates amongst photographers, and the story of their collective dreams.This dissertation offers to retrace Magnum’s history, based on the study of unpublished archives. The first part investigates the sources of the academy, starting with the dissemination of Magnum’s myth and the first ten years of existence, when the agency was at one with the post-war cosmopolitan world. The second part analyzes the academic renewal from the end of the 1950s until 1981. It explores there-rooting of concerned photography into the memory urge of the 1960s; thecooperative dialectics, which divided and reconciled Magnum members; and the cynical answer to the conformist and commercial threats of the 1970s. The third part demonstrates how the academy claims its everlasting fame from 1981 until today,establishing itself both as a heritage landmark and an online reference; it alsointerrogates the history of women within Magnum.This dissertation sheds new light on a little-known stage of photographs’ production.Magnum is a nodal point defining the economic value of images, their legal status,their commercial, journalistic, documentary and artistic uses within circulation and legitimating networks. As an exchange platform shared by many authors, it invites us to rethink, within the context of a digital and collaborative economy, the history and the role of the “commons”.

Les données à caractère personnel ont subi de grands changements qui justifient une nouvelle étude de cette notion. Ces données particulières sont aujourd’hui au cœur de l’économie numérique et font, pour cette raison, l’objet de nombreuses revendications. Volonté d’appropriation de la part des exploitants, demande de protection de la part des personnes concernées par les données, font partie des enjeux qu’il s’agit de concilier. Une définition et une qualification adéquates des données personnelles apparaissent alors indispensables afin de trouver un équilibre entre les différents intérêts en présence. La thèse démontrera la nécessité d’adopter une nouvelle vision des données personnelles, pour refléter au mieux leurs caractéristiques actuelles et ce afin de les encadrer de manière efficace. / Personal data has undergone a major change which justifies a new study of this notion. This particular data is at the heart of the digital economy and thus stirs numerous claims. What is at stake here is to try to work out a balance between different claims such as managing operators' will of appropriation and protecting people concerned by the data, for example. This is why it is essential to find a precise definition and adequate qualifications of personal data to find a balance between the various interests. The thesis will focus on the necessity to adopt a new vision of personal data, to show its current characteristics so as to manage it efficiently.

Le présent projet de thèse, élaboré dans le cadre d’une cotutelle entre l’Université de Pise et l’Université Paris Est Marne la Vallée, vise à étudier l'impact du financement de l’Economie Sociale et Solidaire (ESS), interprétée comme modèle socio -économique ancré dans le paradigme du "commun", par rapport à sa capacité de transformation sociale, en France et en Italie. La recherche s’appuiera sur le cadre théorique de l'approche institutionnaliste en économie et se focalisera sur l'importance de l'élaboration juridique pour l'affiramtion de la diversité des systèmes et des institutions économiques. En tant que doctorant de sciences juridiques de l’Université de Pise en cotutelle avec l’Université de Paris Est dans le domaine des sciences économiques, je propose de compléter la recherche juridique classique, entendue comme l'analyse critique du droit positif, par des recherches relevant d’autres disciplines. Les hypothèses seront verifiées par des études de terrain en France et en Italie. / The thesis, developed within the framework of an international co-direction agreement between the University of Paris Est Marne-La-Vallée, in France, and the University of Pise, in Italy, aims to explore the impact of instruments for financing Social and Solidarity Economy (ESS), understood as a social and econonomic model anchored in the paradigm of the "commons", in relation to her capacity for social transformation, in France and in Italy. The study will be based on the approch of Institutional economics and will focus on the importance of the legal development for the affirmation of the diversity of the economic systems and institutions. As a doctoral candidate in law at the University of Pise in co-direction with the University of Paris Est in the field of economics, I propose to improve the legal research with further researches in other disciplines. The hypothesis will be tested by field studies in France and in Italy.

L'agriculture fait face à une crise environnementale qui rend nécessaire la prise en compte du fonctionnement des « écosystèmes ». Mais ce concept de l'écologie donne peu de prise à l'action dans le secteur agricole. Les champs de littérature sur les « biens communs » et sur les « services écosystémiques », qui traitent de la gestion des écosystèmes, ont été abondamment développés et relayés par les politiques publiques. La thèse montre qu'ils cristallisent souvent les conflits entre les objectifs agricoles et les préoccupations écologiques sans pour autant permettre l'exploration de nouveaux systèmes agricoles.Notre thèse en sciences de gestion met en évidence qu'un nouvel enjeu pour la recherche scientifique est d'apprendre à piloter les régulations écologiques au sein des agro-écosystèmes de manière à rendre l'agriculture durable. Elle cherche à définir les modalités d'une démarche de conception des agro-écosystèmes : peuvent-ils faire l'objet de démarches de conception innovantes ? Quelles sont les méthodes pour les concevoir ? Et quels sont les modes de gouvernance appropriés ?L'analyse historique des raisonnements scientifiques en agronomie et en écologie met en évidence les raisons qui rendent difficiles aujourd'hui la conception des agro-écosystèmes, malgré les connaissances de plus en plus fines sur les régulations écologiques. La thèse modélise une classe d'objets particuliers, les « fonds écologiques », que les scientifiques introduisent pour aborder les agro-écosystèmes en s'affranchissant des seuls schémas connus. Elle montre l'intérêt de ne pas considérer les fonds écologiques comme des biens communs mais comme des « inconnus communs ». Le modèle proposé, testé sur un archétype de la production intensive en région céréalière, permet d'élaborer une méthode de conception collective et innovante des agro-écosystèmes. / Agriculture is facing an environmental crisis that makes it necessary to take into account the “ecosystem” functioning. But this concept of ecology is difficult to handle in the agricultural sector. Fields of literature on the "commons" and the "ecosystem services", which deal with the management of ecosystems, have been extensively developed and relayed by public policy. The thesis shows that they often freeze the conflict between agricultural objectives and environmental concerns without allowing the exploration of new farming systems.Our thesis in management science highlights the fact that a new challenge for scientific research is to learn to manage environmental regulations within agro-ecosystems in order to make agriculture sustainable. It aims to define a design approach of agro-ecosystems: can innovative design be applied to them? What are the methods to design agro-ecosystems? And what are the appropriate modes of governance?The historical analysis of scientific reasoning in agronomy and ecology highlights the reasons why the design of agro-ecosystems remains so difficult, despite finer knowledge on environmental regulations. The thesis models a particular class of objects, the “ecological fund” that scientists introduced to deal with agro-ecosystems while escaping the already known patterns. It shows the importance of considering the ecological funds not as common goods but as "common unknowns”. The proposed model, tested on an archetype of an intensive cereal production area, makes it possible to develop a method of collective and innovative design of agro-ecosystems.