Determina la resistencia microbiana y capacidad de formar biopelículas de las cepas de Staphylococcus aureus y Listeria monocytogenes aisladas de carnes frescas provenientes de tres mercados de Lima Metropolitana. Por eso se recolectaron 60 muestras que se distribuyó en tres grupos de 20 muestras de carne fresca (10 de pollo y 10 de cerdo) por cada mercado y se realizó el respectivo análisis microbiológico para identificarlos. Luego, se determinó la sensibilidad antimicrobiana por el método de Kirby Bauer según la CLSI y la formación de biopelículas por el método de microtitulación en placa, según las recomendaciones de Stepanovic et al. Se encontró incidencia de 75% para S. aureus y 13,33% para L. monocytogenes. Las cepas de S. aureus, presentaron resistencia a la penicilina (75,56%) y tetraciclina (28,89%); 97,78% al sulfametoxazol-trimetoprim, 82,22% para gentamicina y ciprofloxacino y 77,78% a la clindamicina. El 75% de las cepas de L. monocytogenes presentaron una resistencia a la clindamicina y ninguna presentó resistencia a la ampicilina, penicilina, tetraciclina, sulfametoxazol-trimetoprim, gentamicina, eritromicina y vancomicina. Se determinó que 33,33% de las cepas de S. aureus tienen capacidad fuerte, 28,89% capacidad moderada, 33,33% capacidad débil y 4,45% no tenían capacidad de formar biopelículas. En el caso de las cepas de L. monocytogenes, 100% presentó capacidad débil de formar biopelículas. / Tesis

O grupo de estafilococos não-aureus (SNA), frequentemente isolados de quartos mamários com mastite subclínica, ápice do teto e ambiente, possue variabilidade ecológica que desafia a compreensão da patogenia a estes atribuída. Os fatores espécie-específicos associados à essa infecção ainda não foram identificados e a susceptibilidade difere entre vacas e quartos e promove diferentes perfis de infecção. Com o objetivo de avaliar a resistência à fagocitose e atividade microbicida, comparou-se a viabilidade, a produção intracelular de espécies reativas de oxigênio (ERO) e a fagocitose de neutrófilos sanguíneos de vacas primíparas e multíparas frente a distintos isolados viáveis de estafilococos. Utilizou-se doze vacas sadias (seis primíparas e seis multíparas) em terço médio de lactação e SO isolados viáveis de estafilococos (38 SNA e 12 Staphylococcus aureus) de diferentes nichos ecológicos. A viabilidade de neutrófilos (P = 0,55), produção de ERO (P = 0,12) e atividade funcional dos fagócitos (P = 0,33) foram semelhantes entre as primíparas e multíparas testadas . Contudo, foram observadas diferenças (P &le;0,05) entre os distintos grupos de espécies e estirpes de estafilococos quanto ao estímulo da produção intracelular de ERO pelos neutrófilos e à fagocitose. S. chromogenes de origens distintas, ápice do teto (P = 0,01), infecção intramamária transiente (P < 0,01) e infecção intramamárias persistente (P < 0,01) estimularam mais a produção de ERO pelos neutrófilos do que as outras espécies. Todos isolados foram fagocitados pelos neutrófilos, mas S. chromogenes resistiram mais eficientemente que as outras espécies de SNA, principalmente, S. chromogenes isolados do ápice do teto (P < 0,01). S. haemolyticus isolados do ápice do teta (P = 0,02) e infecção intramamária transiente (P < 0,01), assim como, S. fleurettii (P < 0,01), foram substancialmente fagocitados do mesmo modo que S. aureus isolado de suabe nasa\\ (P = 0,03). Mais evidente do que possíveis variações entre as respostas mamárias de primíparas e multíparas é a variação entre os SNA. Quanto mais adaptado à mama, maior resistência à fagocitose. / The group of non-aureus staphylococci (NAS), often isolated from mammary quarters with subclinical mastitis, teat apex and environment, has ecological variability that challenges the understanding of the pathogenesis attributed to them. The species-specific factors associated with this infection have not yet been identified and the susceptibility differs between cows and quarters and promotes different infection profiles. In order to evaluate the resistance to phagocytosis and I or microbicidal activity of these pathogens, the viability , intracellular production of reactive oxygen species (ROS) and blood neutrophil phagocytosis of primiparous and multiparous cows were compared to different viable isolates of staphylococci. Twelve healthy cows (six primiparous and six multiparous) were used in the middle third of lactation and 50 viable isolates of staphylococci (38 SNA and 12 Staphylococcus aureus) from different ecological niches. Neutrophil viability (P = 0.55), ROS production (P = 0.12) and phagocyte functional activity (P = 0.33) were similar among the primiparous and multiparous groups tested. However, differences (P &lt;0.05) between the different groups of species and strains of staphylococci were observed for the stimulation of intracellular ROS production by neutrophils and phagocytosis. S. chromogenes of different origins, ceiling apex (P =0.01), transient intramammary infection (P &lt;0.01) and persistent intramammary infection (P &lt;0 .01) further stimulated the production of ROS by neutrophils than species. All isolates were phagocytosed by neutrophils, but S. chromogenes resisted more efficiently than the other SNA species, especially S. chromogenes isolated from the apex of the ceiling (P &lt;0.01). S. haemolyticus isolated from apex to ceiling (P =0.02) and transient (P &lt;0.01) intramammary infection, as well as S. fleurettii (P &lt;0.01), were substantially phagocytosed in the same manner as S. aureus isolated from nasal swab (P = 0.03). More evident than possible variations between mammary responses of primiparous and multiparous is the variation between ANS. The more adapted to the breast, the greater resistance to phagocytosis.

O grupo de estafilococos não-aureus (SNA), frequentemente isolados de quartos mamários com mastite subclínica, ápice do teto e ambiente, possue variabilidade ecológica que desafia a compreensão da patogenia a estes atribuída. Os fatores espécie-específicos associados à essa infecção ainda não foram identificados e a susceptibilidade difere entre vacas e quartos e promove diferentes perfis de infecção. Com o objetivo de avaliar a resistência à fagocitose e atividade microbicida, comparou-se a viabilidade, a produção intracelular de espécies reativas de oxigênio (ERO) e a fagocitose de neutrófilos sanguíneos de vacas primíparas e multíparas frente a distintos isolados viáveis de estafilococos. Utilizou-se doze vacas sadias (seis primíparas e seis multíparas) em terço médio de lactação e SO isolados viáveis de estafilococos (38 SNA e 12 Staphylococcus aureus) de diferentes nichos ecológicos. A viabilidade de neutrófilos (P = 0,55), produção de ERO (P = 0,12) e atividade funcional dos fagócitos (P = 0,33) foram semelhantes entre as primíparas e multíparas testadas . Contudo, foram observadas diferenças (P &le;0,05) entre os distintos grupos de espécies e estirpes de estafilococos quanto ao estímulo da produção intracelular de ERO pelos neutrófilos e à fagocitose. S. chromogenes de origens distintas, ápice do teto (P = 0,01), infecção intramamária transiente (P < 0,01) e infecção intramamárias persistente (P < 0,01) estimularam mais a produção de ERO pelos neutrófilos do que as outras espécies. Todos isolados foram fagocitados pelos neutrófilos, mas S. chromogenes resistiram mais eficientemente que as outras espécies de SNA, principalmente, S. chromogenes isolados do ápice do teto (P < 0,01). S. haemolyticus isolados do ápice do teta (P = 0,02) e infecção intramamária transiente (P < 0,01), assim como, S. fleurettii (P < 0,01), foram substancialmente fagocitados do mesmo modo que S. aureus isolado de suabe nasa\\ (P = 0,03). Mais evidente do que possíveis variações entre as respostas mamárias de primíparas e multíparas é a variação entre os SNA. Quanto mais adaptado à mama, maior resistência à fagocitose. / The group of non-aureus staphylococci (NAS), often isolated from mammary quarters with subclinical mastitis, teat apex and environment, has ecological variability that challenges the understanding of the pathogenesis attributed to them. The species-specific factors associated with this infection have not yet been identified and the susceptibility differs between cows and quarters and promotes different infection profiles. In order to evaluate the resistance to phagocytosis and I or microbicidal activity of these pathogens, the viability , intracellular production of reactive oxygen species (ROS) and blood neutrophil phagocytosis of primiparous and multiparous cows were compared to different viable isolates of staphylococci. Twelve healthy cows (six primiparous and six multiparous) were used in the middle third of lactation and 50 viable isolates of staphylococci (38 SNA and 12 Staphylococcus aureus) from different ecological niches. Neutrophil viability (P = 0.55), ROS production (P = 0.12) and phagocyte functional activity (P = 0.33) were similar among the primiparous and multiparous groups tested. However, differences (P &lt;0.05) between the different groups of species and strains of staphylococci were observed for the stimulation of intracellular ROS production by neutrophils and phagocytosis. S. chromogenes of different origins, ceiling apex (P =0.01), transient intramammary infection (P &lt;0.01) and persistent intramammary infection (P &lt;0 .01) further stimulated the production of ROS by neutrophils than species. All isolates were phagocytosed by neutrophils, but S. chromogenes resisted more efficiently than the other SNA species, especially S. chromogenes isolated from the apex of the ceiling (P &lt;0.01). S. haemolyticus isolated from apex to ceiling (P =0.02) and transient (P &lt;0.01) intramammary infection, as well as S. fleurettii (P &lt;0.01), were substantially phagocytosed in the same manner as S. aureus isolated from nasal swab (P = 0.03). More evident than possible variations between mammary responses of primiparous and multiparous is the variation between ANS. The more adapted to the breast, the greater resistance to phagocytosis.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 517056 bytes, checksum: 29070a0d8d4421b71f8bf632a8608739 (MD5) Previous issue date: 2010-09-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The use of micro-organisms as starter cultures may help in developing new products as well as improving quality and safety of food products. The aim of this study was to characterize isolates of coagulase negative staphylococci regarding their contribution the safety of a fermented meat product. Staphylocuccus spp. and Listeria spp. were grown in Nutritive Broth and BHI broth, respectively. Survival and inactivation of Staphylococcus spp. and Listeria spp. were evaluated in a laboratory model, Salami Broth. The inhibitory activity of cultures of Staphylococcus spp. on Listeria spp. was evaluated by agar diffusion assay and agar spot test. Acid production by Staphylococcus spp. was assessed by HPLC on culture supernatants. Italian salami was produced and inoculated with commercial starter culture and 106 CFU.g-1 S. pasteuri BIS 26 and, or 104 CFU.g-1 L. monocytogenes IP1-23 or L. innocua LMA 80. Staphylococcus spp. and Listeria spp. showed highest specific growth rates under aerobic conditions at 37 ° C. Staphylococcus spp. and Listeria spp. did not developed in salami broth under test conditions. No inhibitory activity was observed in culture supernatants of Staphylococcus spp. on Listeria spp., however, when cultivation was carried out on agar surface the diameter of inhibition zones ranged from 3 mm to 8 mm. HPLC analysis showed that lactic acid was in higher concentration as compared to other organic acids, with values between 0.2 and 0.4 % v/v. The final pH of the Italian type salami after 31 days of ripening ranged from 4.8 to 5.3. In the salami, the population of L. monocytogenes IP1-23 was reduced by about 5 log cycles when inoculated with the commercial starter culture and 2 log cycles when S. pasteuri BIS 26 was added. The difference between treatments indicates that L. monocytogenes IP1-23 was more sensitive than L. innocua LMA 80. However, results of in vitro assays showed that this is not always the case, recommending caution when using L. innocua as an indicator organism. / A utilização de micro-organismos como culturas starter pode contribuir para o desenvolvimento de novos produtos, para a melhoria da qualidade e da segurança dos produtos alimentícios. O objetivo deste estudo foi caracterizar isolados de Staphylococcus coagulase negativos quanto à sua possível contribuição para segurança de produto cárneo fermentado. O crescimento de Staphylocuccus spp. e Listeria spp. foi avaliado em caldo nutritivo e caldo BHI, respectivamente. A sobrevivência e inativação de Staphylococcus spp. e Listeria spp. foram avaliadas em um modelo laboratorial, caldo salame. A atividade de inibição de culturas de Staphylococcus spp. sobre Listeria spp. foi avaliada pelos métodos difusão em ágar e ágar &#8220;spot&#8221;. A análise da produção de ácidos em amostras de sobrenadantes de Staphylococcus spp. foi feita por HPLC. Salame tipo italiano foi produzido e inoculado com cultura starter comercial acrescida de 106 UFC.g-1 da cultura de Staphylococcus pasteuri BIS 26 e, ou 104 UFC.g-1 da cultura de Listeria monocytogenes IP1-23 ou Listeria innocua LMA 80. Staphylocuccus spp. e Listeria spp. apresentaram maiores velocidades específicas de crescimento em aerobiose na temperatura de 37 °C. Os isolados de Staphylococcus spp. e Listeria spp. não se desenvolveram no caldo salame, nas condições testadas. Não foi observada inibição do sobrenadante das culturas de Staphylococcus spp. sobre L. innocua e L. monocytogenes, entretanto, no cultivo em superfície, as médias dos diâmetro dos halos de inibição variaram de 3 mm a 8 mm. Na análise por HPLC, o ácido láctico foi o detectado em maior concentração, com valores entre 0,2 e 0,4 % v/v. O pH final dos salames tipo italiano após 31 dias de maturação variou entre 4,8 e 5,3. Nos salames, a população de L. monocytogenes IP1-23 foi reduzida em cerca de 5 ciclos logarítmicos quando inoculada juntamente com a cultura starter comercial enquanto no tratamento em que a cultura de S. pasteuri BIS 26 foi adicionada a redução foi de cerca de 2 ciclos log. A diferença observada entre os tratamentos indica que L. monocytogenes IP1-23 foi mais sensível que L. innocua LMA 80. No entanto, os resultados de ensaios in vitro mostraram que nem sempre isto ocorre, e deve-se ter cautela ao utilizar L. innocua como um organismo indicador.

Orientador: Antonio Nader Filho / Banca: Angela Cleusa de Fatima Banzatto de Carvalho / Banca: Luiz Francisco Zafalon / Resumo: O leite é um alimento altamente nutritivo e excelente substrato para a multiplicação de microrganismos. Os estafilococos estão entre os principais contaminantes do leite, seja em decorrência da mastite ou de falhas de higienização. A contaminação do leite pode favorecer a adesão bacteriana sobre superfícies com a formação de biofilmes, cujos fragmentos podem se desprender e contaminar o produto durante o processo de beneficiamento, o que representa um risco à saúde do consumidor. Tendo isto em foco, objetivou-se o presente estudo, em uma micro-usina do Estado de São Paulo, a fim de investigar a presença e formação de biofilme por Staphylococcus spp, antes e após o processo de higienização. Colheu-se o total de 60 amostras por meio de suabes, antes e após o processo de higienização, das superfícies do tanque de recepção, do tanque de estocagem de leite cru, da tubulação de saída do pasteurizador, do tanque de estocagem de leite pasteurizado, e da tubulação da máquina de envase. Foram colhidas, ainda, amostras de leite no tanque de recepção, no tanque de estocagem de leite cru, na tubulação de saída do pasteurizador e amostras de leite envasado, assim como das embalagens plásticas vedadas e vazias, utilizadas para o envase do leite pasteurizado. Dentre 41 estirpes de Staphylococcus spp isoladas, 16 (39,0%) mostraram-se positivas na prova da coagulase, enquanto que 25 (61,0%) foram negativas. Por meio de análise genotípica, com a técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), pode-se observar que, dentre as 16 estirpes coagulase positivas, quatro (25%) apresentavam o gene icaA e 16 (100%) possuíam o gene icaD. Dentre as 25 estirpes coagulase negativas, 11 (44%) possuíam o gene icaA e 25 (100%) possuíam o gene icaD. Visualizou-se, por meio da microscopia eletrônica de varredura... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Milk is a highly nutritious food and excellent substrate for the multiplication of microorganisms. Staphylococci are one of the major contaminants of milk whether due to mastitis or hygiene failures in cleaning. Milk contamination may encourage bacterial adherence on surfaces with the formation of biofilms, whose fragments can detach and contaminate the product during beneficial processing, which represents a health risk to the consumers. With this in focus as the objective of this present study, to investigate the presence and formation of biofilm of Staphylococcus spp before and after the cleaning process in a micro-dairy plant in São Paulo State. A total of 60 swab samples were collected before and after the cleaning process from the reception tank surfaces, the raw milk storage tank storage, the pasteurizer outlet pipe, the pasteurized milk storage tank, and the filling machine. Further samples were collected of the milk in the receiving tank, the raw milk storage tank, from the pasteurizer outlet pipe, and packaged milk, as well as the empty sealed plastic packaging used for packaging the pasteurized milk. Of the 41 strains of isolated Staphylococcus spp, 16 (39.0%) indicated positive in the coagulase test, while 25 (61.0%) were negative. Through genetic analysis, using the Polymerase Chain Reaction (PCR) technique, it was observed that within the 16 strains of coagulase-positive, four (25%) presented the gene icaA and 16 (100%) had the gene icaD. Of the 25 strains of coagulase-negative, 11 (44%) had the gene icaA and 25 (100%) had the gene icaD. It was seen using a scanning electron microscope the start of bacteria adhesion and the formation of biofilm for all the isolated strains. From the obtained results it was possible to see evidence to the potential risk to the health of the consumer represented... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Consumption of food contaminated with strains of Staphylococcus aureus can cause diseases, whose signs and symptoms include gastroenteritis, nausea, vomiting, diarrhea, abdominal pain within one to six hours post-consumption of contaminated food. In this way, rapid methods of detection and identification of S. aureus are essential for food quality control and food safety. At this study, objectived to select peptide that binds to S.aureus, through the technique of Phage Display (PD), for development of fast diagnostic tools, of easy handling and low cost. At this study was used bioppaning for selection of peptides that express on the surface filamentous phage peptides that binds to S. aureus. The phage DNA selected was sequenced and subjected to in silico analysis (BioEdit v7.0.9). The sequences obtained were aligned and clones underwent pre-screening (ELISA) for the evaluation of binding specificity to S. aureus. The titles of input and output in biopanning were constant. Nine valid sequences were obtained after sequencing 40 clones selected after 3 rounds of biopanning. The analysis demonstrated that four clones presented reactivity in bacteria, although tests have demonstrated that the peptides exhibited no specific binding capacity in Staphylococcus aureus. Nevertheless, the peptide H06 showed binding specificity in gram-positive bacteria used in the test of reactivity. Furthermore, the in silico analysis showed that the recombinant peptides share chemical characteristics essential the proteins of the bacterial cells. Although the S. aureus specificity had not been observed, the peptide can be used as a method of detecting contamination of food in gram-positive bacteria. In food contamination, fast screening and identification of bacterial groups, allows establish decisions about the marketing and distribution of foods and may prevent outbreaks of food intoxication and ensure food security. / O consumo de alimentos contaminados com cepas de Staphylococcus aureus pode causar doenças, cujos sinais incluem gastroenterites, náuseas, vômitos, diarreia, dor abdominal intensa dentro de uma a seis horas após o consumo do alimento contaminado. Por esta razão, métodos rápidos de detecção de S.aureus são essenciais para o controle da qualidade e da garantia da segurança alimentar. Assim, o presente estudo teve por objetivo selecionar peptídeos ligantes à S.aureus, por meio da técnica de Phage Display (PD), para desenvolvimento de ferramentas diagnósticas rápidas, de fácil manipulação e baixo custo. Neste estudo, foi realizado bioppaning para seleção de peptídeos expressos na superfície de fagos filamentosos que apresentassem peptídeos ligantes a S.aureus. O DNA dos fagos selecionados foi sequenciado e submetido a analise in silico(BioEdit v7.0.9). As sequências obtidas foram alinhadas e os clones foram submetidos à pre-screening (ELISA) para avaliação de especificidade de ligação à S. aureus. Os títulos de entrada e saída obtidos no biopanning foram constantes. Nove sequências válidas foram obtidas após o sequenciamento dos 40 clones selecionados após 3 ciclos de biopanning. A análise de reatividade demonstrou que quatro clones apresentaram reatividade à bactéria, embora os testes de especificidade demonstraram que os peptídeos não exibiram capacidade de ligação específica a S. aureus. Apesar disto, o peptídeo E06 mostrou especificidade de ligação a bactérias do gênero Staphylococcus usadas no teste de reatividade. Além disso, as análises in sílico revelaram que os peptídeos recombinantes compartilham características químicas essenciais a proteínas das bactérias. Embora a especificidade a S.aureus não tenha sido observada, neste estudo o peptídeo pode ser utilizado como um método de detecção a contaminação de alimentos por estafilococos. Nas contaminações de alimentos, a triagem rápida e métodos de identificação de grupos bacterianos permitem estabelecer decisões sobre a comercialização e distribuição e podem prevenir um surto de intoxicação, garantindo a segurança alimentar. / Mestre em Biologia Celular e Estrutural Aplicadas

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO DE MESTRADO JULIANA ROSA.pdf: 303226 bytes, checksum: 9585889e11363ca2d5297656fdeae6e5 (MD5) Previous issue date: 2008-04-17 / Coagulase negative staphylococci (CNS) is in human and animal microbiota, but may cause with infections with significant morbidity and mortality rates. Healthy care workers may be carriers of many microorganisms and spread resistant ECN in the hospital. This study aimed to identify the CNS species isolated from healthy care workers saliva, establishe the oxacillin resistance pattern and detect the mecA gene in resistant isolates. We evaluated 100 ECN, isolated from the saliva of an institution of professional health of large Riberão Preto in Sao Paulo state. The ECN identification was based on biochemical tests, and 41 were identified as S. epidermidis, 25 S. saprophyticus, 18 S. haemolyticus, 8 S. cohnii, 4 S. lugdunenses, 3 S. capitis, and 1 S. simulans. Thirty-two percent were nonsusseptible to oxacillin, 84.4% to mupirocin, 43.7% to cefoxitin, but all were vancomycin susceptible. The oxacillin nonsusseptible ECN, detected by disk diffusion test were grown in agar screening oxacillin (6 &#956; g) supplemented with sodium chloride (4.0%) and submited to mecA detection by the PCR. Of the 32 nonsusseptible oxacillin CNS,, 93.7% developed in the oxacillin agar and the mecA gene was detected in 75.0%. This is the first report of mecA gene presence in CNS isolated from the saliva of healthy care workers. Attention must be given to CNS species identification, as well as the characterization of the nonsusceptible microorganisms, since healthy care workers may represent a reservoir of CNS / Estafilococos coagulase negativa (ECN) fazem parte da microbiota autóctone humana e animal, embora possam causar infecções. Profissionais da saúde podem ser portadores de inúmeros microrganismos virulentos entre eles os ECN resistentes a oxacilina que podem ser disseminados por esses profissionais. O estudo teve como objetivo identificar espécies de ECN isolados da saliva de profissionais da saúde, de uma instituição de saúde de grande porte em Riberão Preto no estado de São Paulo, determinar o perfil de resistência à oxacilina e detectar o gene mecA. Foram avaliados 100 ECN, e através de testes bioquímicos 41 estafilococos foram identificados como S. epidermidis, 25 S. saprophyticus, 18 S. haemolyticus, 8 S. cohnii, 4 S. lugdunenses, 3 S. capitis e um S. simulans. Trinta e dois por cento apresentaram resistência in vitro a oxacilina, 84,4% a mupirocina, 43,7% a cefoxitina, e todos suscetíveis a vancomicina. Os ECN resistentes a oxacilina, detectados pelo teste de disco difusão, foram cultivados no agar triagem oxacilina (6µg) suplementado com cloreto de sódio e a detecção do gene mecA foi realizada pela técnica de PCR. Dos 32 ECN resistentes a oxacilina, 93,7% desenvolveram no agar oxacilina e o gene mecA foi detectado em 75,0% das amostras analisadas. Vale ressaltar que este estudo é pioneiro em mostrar a presença do gene mecA em ECN isolados da saliva de profissionais da saúde saudáveis. Uma maior atenção deve ser dada na identificação das espécies de ECN, e na caracterização da resistência desse grupo de microrganismos, uma vez que os profissionais da saúde podem representar um reservatório de ECN resistentes

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:42:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_ Caroline_Peixoto_ Bastos.pdf: 482424 bytes, checksum: 0f1a1fb787f50f0f7f89d2501df4b4db (MD5) Previous issue date: 2008-07-02 / Staphylococcus aureus, Staphylococcus hyicus e Staphylococcus intermedius are species of genus Staphylococcus capable of producing enterotoxins, as well as the enzymes termonuclease and coagulase, and are called Staphylococcus Coagulase Positive (SCP). They show very similar biochemical and morphological characteristics, this fact, makes their differentiation and they identification in food by phenotypic techniques very difficult. In this way, the aim of this work was the development of a Multiplex PCR (mPCR), targetting the nuc gene (encoding for thermonuclease) as target, for the identification of S. aureus, S. intermedius, and S. hyicus. Initially, the mPCR was standartizeted using reference strains of S. aureus, S. warneri, S. lugdunensis and Listeria monocytogenes and isolates of S. hyicus and S. intermedius, affer words it was tested with 16 isolates of the three species of SCP. The primers annealing to each of the three species, the conditions for mPCR, the suitability of the Internal Amplification Control (IAC) for the genus Staphylococcus, and the sequences obtained through the amplification by PCR were evaluated. After this, the results were compared with those achieved by biochemical tests for differentiation of SCP. Primers NUC1-NUC2 (for sequences of the S. aureus nuc gene), NUC5-NUC6 (for sequences of the S. intermedius nuc gene), NUC7-NUC8 (for sequences of the S. hyicus nuc gene) and, as IAC, the primers 16S1 16S2 (for sequences of the 16S of rRNA gene) were used. The mPCR proposed enable the identification of S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, and the IAC was suitable for the genus. The sequences obtained in PCR showed a high degree of similarity with the sequences of the thermonuclease gene deposited in GenBank. The mPCR showed greater discriminatory power that the biochemical tests for identification the vii S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, as well as reduced the time required for the identification of ECP (reduction of 24h) or identification of specie (reduction of 72h). / Staphylococcus aureus, Staphylococcus hyicus e Staphylococcus intermedius são espécies do gênero Staphylococcus com capacidade de produzir enterotoxinas, bem como as enzimas termonuclease e coagulase, sendo denominadas de Estafilococos Coagulase Positiva (ECP). Apresentam características morfológicas e bioquímicas extremamente semelhantes, o que torna difícil sua diferenciação assim como sua identificação em alimentos através de técnicas fenotípicas de análise microbiológica. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de um Multiplex PCR (mPCR), tendo-se como alvo o gene nuc (codifica para a termonuclease), para a identificação de S. aureus, S. intermedius e S. hyicus. Inicialmente, o mPCR foi padronizado utilizando-se cepas padrão de S. aureus, S. warneri, S. lugdunensis e Listeria monocytogenes e isolados de S. hyicus e S. intermedius, e, posteriormente, foi testado em 16 isolados das três espécies de ECP. Foram avaliadas a sensibilidade dos primers para cada uma das três espécies, as condições da mPCR, a sensibilidade do Controle Interno de Amplificação (IAC) para o gênero Estafilococos, e as seqüências obtidas através da amplificação por PCR. Posteriormente, os resultados foram comparados aos obtidos com testes bioquímicos de diferenciação de ECP. Foram utilizados os primers NUC1-NUC2 (para seqüências do gene nuc de S. aureus), NUC5-NUC6 (para seqüências do gene nuc de S. intermedius), NUC7-NUC8 (para seqüências do gene nuc de S. hyicus) e, para amplificação do IAC, os primers 16S1 16S2 (para seqüências do gene 16S do rRNA). O mPCR proposto possibilitou a identificação das espécies S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, bem como o IAC utilizado apresentou sensibilidade para o gênero. As seqüências obtidas na PCR apresentaram elevado v grau de similaridade com as seqüências do gene da termonuclease depositadas no GenBank. A mPCR apresentou maior poder discriminatório que os testes bioquímicos para identificação de S. aureus, S. hyicus e S. intermedius, bem como reduziu significativamente o tempo necessário para a identificação de ECP (redução de 24h) ou de identificação em nível de espécie (redução de 72h).

Orientador: Pasqual Barretti / Resumo: A peritoniteé complicação grave e responsável pela maioria dos casos de falência da técnica de diálise peritoneal (DP). Os cocos Gram-positivos são o grupo etiológico principal, sendo os estafilococos coagulase-negativa (ECN) os germes mais comuns e o Staphylococcus aureus(S.aureus), associado a episódios mais graves e commenor frequência de resolução. O conhecimento dos fatores de risco e dospreditoresda sua evolução podem contribuir para a melhoria das estratégias de prevenção e de tratamento. Objetivo:Os objetivos do presente estudo foram avaliar os fatores de risco para o primeiro episódio de peritonite por estafilococos e os fatores associados à resolução e falência da técnica após resolução do episódio de peritonite, em uma grande coorte brasileira de pacientes em DP (BRAZPD). Métodos:De uma coorte de 5707 pacientes incidentes adultos, com mais de 90 dias de tratamento por DP, foram incluídos, entre dezembro de 2004 e novembro de 2011, aqueles que apresentaram um primeiro episódio de peritonite por S. aureus ou ECN. As covariáveis, potencialmente associadas aos desfechos, foram testadas em análise univariada e aquelas com p ≤ 0,10 incluídas no modelo multivariado. Resultados:Durante o seguimento,389pacientes apresentaram um primeiro episódio de peritonite estafilocócica. Destes, 234 foram causados por S. aureus e 155 por ECN. Os grupos que apresentaram peritonite por S. aureus ou por ECN foram semelhantes para a maior parte das características basais. Entre os pacientes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Peritonitis is a serious complication of peritoneal dialysis (PD) and the main cause of technique failure. Gram-positive cocci are the most frequent etiological group, coagulase-negative staphylococci (CNS) are the most common germs, and Staphylococcus aureus (S. aureus) is associated with more severe episodes and lower resolution rate. Objective: The objectives of this study were to evaluate the risk factors for the first episode of staphylococcal peritonitis, and the factors associated with resolution and technique failure after peritonitis episode resolution, in a large Brazilian cohort of PD patients (BRAZPD). Methods: From a cohort of 5707 adult incident patients with more than 90 days of PD treatment, between December 2004 and November 2011, those who had a first episode of S. aureus or CNS peritonitis were included. The covariates potentially associated with the outcomes were tested in univariate analysis and those with p ≤ 0.10 included in the multivariate model. Results: During follow-up, 389 patients had a first episode of staphylococcal peritonitis. Of these, 234 were caused by S. aureus and 155 by CNS. The groups of patients with S. aureus or CNS peritonitis were similar for most baseline characteristics. Among S. aureus peritonitis, there was resolution in 190 (81.2%); technique failure in 41 (21.6%), and episode-related death in 18 (7.7%). In the episodes by CNS, there were 127 resolutions (82.6%); 33 technique failures (25.8%), and 12 episode-related deaths (7.... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / O Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) foi inicialmente descrito como um patógeno associado a infecções relacionadas à assistência em saúde; porém, um clone de MRSA, o CA-MRSA emergiu na comunidade e está atualmente incrementando nos hospitais. O objetivo desta tese foi descrever aspectos relacionados com a epidemiologia das infecções por cepas CA-MRSA no Hospital Universitário Pedro Ernesto da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (HUPE/UERJ), avaliando especificamente fatores de risco relacionado com as infecções por CA-MRSA. Usando informações das bases de dados do laboratório de microbiologia, da farmácia e da Comissão para Controle da Infecção Hospitalar do HUPE/UERJ foi realizado um estudo retrospectivo de infecções/colonizações por cepas de S. aureus (fevereiro 2005 a Julho 2011). Foi realizado um estudo caso e controle, utilizando como casos os pacientes com infecções por cepas CA-MRSA. Na avaliação da susceptibilidade aos antimicrobianos usados em infecções graves por MRSA (vancomicina, teicoplanina, daptomicina e linezolida), foram determinadas as concentrações inibitórias mínimas (CIM) das amostras por diferentes metodologias (testes de difusão em agar, microdiluição em caldo e E-test). Nas analises das tendências temporais da apresentação dos subtipos de MRSA, usando um critério fenotípico para classificação das cepas MRSA, foi observada uma diminuição do número de cepas de MRSA multirresistente (HA-MRSA) (p<0.05). Também foi observada uma tendência ao aumento de cepas não-multirresistentes (CA-MRSA), mas sem alcançar a significância estatística (p = 0.06) igual que os S. aureus sensíveis a meticilina (MSSA) (p = 0.48). Não houve associação entre o subtipo de MRSA e a mortalidade devida à infecção por cepas MRSA. Uma idade acima de 70 anos (OR: 2.46, IC95%: 0.99 - 6.11), a presença de pneumonia adquirida no hospital (OR: 4.94, IC95%: 1.65 -14.8), a doença pulmonar obstrutiva crônica (OR: 6.09, IC95% 1.16 31.98) e a leucemia (OR: 8.2, IC95%: 1.25 54.7) foram fatores de risco associadas à mortalidade nas infecções por cepas de S. aureus. Usando curvas de Kaplan-Meier, foi observada uma tendência ao aumento da mortalidade em infecções causadas por MSSA na primeira semana, porém sem alcançar significância estatística (p = 0.07). Não foram observadas amostras MRSA com susceptibilidade intermediaria a vancomicina, linezolida, daptomicina ou teicoplanina. A dinâmica das infecções por S. aureus no HUPE/UERJ mudou durante o período de estudo, com menor número de episódios infecciosos causados por cepas de MRSA multirresistentes. Existe uma tendência ao aumento das cepas não-multirresistentes de MRSA entanto que a taxa de infecções por MSSA permaneceu estável no período do estudo. O perfil de resistência dos estafilococos não teve associação com a mortalidade / The methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) was described initially like a health-care associated pathogen. However, an MRSA clone called community-adquired S. aureus emerged with success in the community and now has a worring increasing frequency in hospital settings. The aim of this study was to descript issues related to the epidemiology of infections due tu CA-MRSA isolates at the Pedro Ernesto Universitary Hospital (HUPE/UERJ) in Rio de Janeiro, Brazil from february 2005 to june 2011, analyzing risk factors related to these infections. Thus, using databases of the microbiology laboratory, pharmacia department and the infection control committee of the HUPE-UERJ, was realized an restrospective study of S. aureus isolates obtained from infected/colonizated patients hospitalized from February 2005 to July 2011. To evaluate risk factors related to CA-MRSA infections was conduced a case-control study, using patients with true infections due to MRSA like cases and patients with methicillin susceptible S. aureus (MSSA) like controls. To test the antimicrobial susceptibility of the antibiotics used in MRSA severe infections (Vancomycin, teicoplanin, daptomycin and linezolid), were determinated the minimal inhibitory concentration (MIC) of MRSA isolates using differents methods (disk-difusion test, microdilution in broth and E-test strips). The trend analyses of the MRSA types, using a phenotypic criteria to classificate the MRSA isolates, found a decrease in the infections due to multi-resistant MRSA isolates (HA-MRSA) in our hospital (p<0.05). Also was observed and increase in non-multi-resistant MRSA strains (CA-MRSA), but without reach statistic significancy (p = 0.06), similar to MSSA (p = 0.48). There is not association between the MRSA phenotype and the mortality due to S. aureus infection. In the multivariate analysis, were observed that an older age than 70 years (OR: 2.46, IC95%: 0.99 - 6.11), health-care pneumonia (OR: 4.94, IC95%: 1.65 -14.8), chronic obstructive pulmonary disease (OR: 6.09, IC95% 1.16 31.98) and leucaemia (OR: 8.2, IC95%: 1.25 54.7) were risk factors associated with mortality due to S. aureus infections. The Kaplan-Meier analysis, found a trend to high mortality due to MSSA infections in the first week, but without get statistic significancy (p = 0.07). We dont found any MRSA isolated with resistance or intermediary resistance to vancomycin, linezolid, daptomycin or teicoplanin. There is good correlation between both MICs determinations, with broth microdiluiton and E-Test strips metodhology. Its were concluded that the dynamic of the S. aureus infections at the HUPE/UERJ is changing, with less number of infectious episodes due to multi-resistant MRSA isolates. Moreover, there are an increasing number of infections due to non-multi-resistant MRSA isolate. The prevalence of infections due to MSSA dont have change in the time of period study. The kind of the S. aureus phenotype dont has association with all-causes-mortality