Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-03-16T13:45:25Z No. of bitstreams: 1 PGCA17MA219.pdf: 853811 bytes, checksum: 5ed849be56df67865d9463e92b006618 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-16T13:45:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA17MA219.pdf: 853811 bytes, checksum: 5ed849be56df67865d9463e92b006618 (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Capes / The search for optimization of production systems with animals leads to besides the animal fator, and show us that the micro components are the ones which sustain the production factores. On this way the nutrigenomic animal gains more importance and prominent in the search forresourse efficiency. Thereby the aim of this work was to analyse the effects of peroxisome proliferator activated gamma receptors (PPARγ) in the transcription of lipogenic genes and its response to conjugated linoleic acid (mixture of isomers trans-10, cis12 and cis-9, trans-11) through a specific chemical agonist (TZD, thiazolinedione). 1) Control: growing medium, 400μl; 2) TZD: 40ml (10μMol/Lt); 3) CLA (50% of CLA trans10, cis-12 and 50% of CLA cis-9, trans-11): 30ml (315μMol/Lt) and 4) TZD+CLA: 40ml TZD (10μMol/Lt) + 30ml (315μMol/Lt). It was extracted the RNA, synthesized the complementary DNA (cDNA), and carried out the polimerase chain reaction in Real Time (PCR – Real Time), measured the genetic expression of isoform PIII of acetyl-CoA-carboxylase alpha (ACCα), fatty acid synthase (FASN), peroxisome proliferator activated gamma receptors (PPARγ), sterol regulatory elemento-binding protein 1 (SREBP1), cleavage activation protein of SREBP1 (SCAP), stearoyl-CoA-desaturase (SCD), insulin induced gene 1(INSIG1), insulin induced gene 2(INSIG2). Compared to control, the treatment TZD increased the genes expression being SREBP1(1010%), INSIG1 (789%), INSIG2 (849%), FASN (7831%), ACCα (8753%), SCD (6272%) and PPARγ (620%). Compared to the TZD+CLA treatment, the TZD treatment increased the expression of the genes SREBP1 (237%), ACCα (1729%), INSIG1 (7142%) and PPARγ (2480%). Compared to CLA treatment, TZD increased the expression of FASN (275%), SCAP (916%), SCD (206%) and INSIG2 (1700%). It was concluded that the use of chemical agonist TZD in explants of the mammary gland of ewes, grown in vitro has acted to induce a greater expression of PPARγ and CLA reduces the genes expression FASN, ACCα, SCD and SCAP. In the TZD+CLA treatment, the TZD does not exceed the capacity of reducing CLA gene expression for the PPARγ, FASN, SCD, SCAP, INSIG1 and INSIG2 / A busca pela otimização dos sistemas produtivos com animais conduz para além do fator animal, e nos mostram que os componentes “micro” são que sustentam os fatores de produção. Deste modo a nutrigenômica animal ganha cada vez mais importância e destaque na busca pela eficiência de recursos. Com isso, o presente trabalho visou analisar o efeito dos receptores ativados por proliferadores de peroxissomo gama (PPARγ) na transcrição de genes lipogênicos e sua resposta ao ácido linoleico conjugado (CLA, com os isômeros trans-10, cis-12 e cis-9, trans-11), através de um agonista químico específico (TZD, thiazolinediona). No experimento foram realizados cultivos de explantes de glândula mamária de ovelhas lactantes, submetidos aos seguintes tratamentos: 1) Controle: meio de cultivo, 400μl; 2) TZD: 40mL (10 μMol/Lt); 3) CLA: (50% de trans-10, cis-12 e 50% de cis-9, trans-11): 30mL (315 μMol/Lt) e; 4) TZD + CLA: 40mL TZD (10 μMol/Lt) + 30mL (315 μMol/Lt). Foi extraído o RNA, sintetizado o DNA complementar (cDNA) e realizado a reação da cadeia da polimerase em tempo real (PCR Real Time) e medida a expressão gênica da isoforma PIII da acetil-CoA-carboxilase alfa (ACCα), ácido graxo sintase (FASN), receptores ativados por proliferadores de peroxissomo gama (PPARγ), proteína de ligação ao elemento de resposta a esterol 1 (SREBP1), proteína de ativação de clivagem da SREBP1 (SCAP), estearoil-CoA-dessaturase (SCD), gene-1 induzido pela insulina (INSIG1), gene-2 induzido pela insulina (INSIG2). Comparado ao Controle, o TZD aumentou a expressão dos genes, sendo SREBP1 (1.010%), INSIG1 (789%), INSIG2 (849%), FASN (7831%), ACCα (8753%), SCD (6272%) e PPARγ (620%). Comparado ao tratamento TZD+CLA o TZD, aumentou a expressão dos genes SREBP1 (237%), ACCα (1729%), INSIG1 (7142%) e PPARγ (2480%). Em comparação ao tratamento CLA, o TZD aumentou a expressão da FASN (275%), SCAP (916%), SCD (206%) e INSIG2 (1700%). Conclui-se que o uso do agonista químico TZD em explantes da glândula mamária de ovelhas lactantes aumenta a expressão do PPARγ e o CLA reduz a expressão gênica da FASN, ACCα, SCD e SCAP. No tratamento TZD+CLA, o TZD não supera a capacidade de redução da expressão gênica do CLA para os genes PPARγ, FASN, SCD, SCAP, INSIG1 e INSIG2

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 272543 bytes, checksum: 2dcf69c50e38fd64e6faa78f1f0d9c46 (MD5) Previous issue date: 2008-02-28 / The in vitro embryo production (IVP) efficiency has been limited by oocyte developmental competence and in vitro culture conditions. The use of Brilliant Cresyl Blue (BCB) dye has been described as an alternative method for selection of better quality oocytes. The aim of this work was to evaluate the selection of immature oocytes by BCB dye and the expression of transcripts involved in the transition from genome-maternal. In the first step, a total of 998 immature oocytes was distributed into: G1- Control: oocytes sent directly to in vitro maturation, not exposed to the dye; G2- Control incubation (mPBS): oocytes exposed to mPBS solution without BCB for 1h; G3- BCB+: oocytes exposed to mPBS added of BCB and positively stained; G4- BCB-: oocytes exposed to mPBS with BCB and colorless. Oocytes of each treatment were matured, fertilized and presumptive zygotes were cultured in vitro for eight days. The rates of cleavage were obtained at 48h after the beginning of the culture and the rates of blastocysts at eight days post fertilization. The cleavage rates between G1 and G3 were similar, but higher than G2 and G4, the ones which similar. The oocytes in G3 showed blastocyst rate similar to the G1 and G2, but higher than G4. In another step, total RNA was extracted from three pools of 12 immature oocytes obtained from each group and used to generate cDNA. The relative abundance of MATER and Zar-1 transcripts was analyzed by Real Time PCR. No difference was found on relative expression for MATER and Zar-1 among groups. In conclusion, the conventional morphologic selection associated to the selection by BCB dye can be used as method of selection of immature oocyte, distinguishing two oocytes populations with different development competence, however this double selection did not select more competent oocytes when used only the conventional morphologic assessment. Moreover, the dye is not able to select oocytes with different patterns of expression transcripts MATER and Zar-1. / A eficiência da produção in vitro de embriões (PIV) tem sido limitada pelas condições de cultivo in vitro e baixa competência dos oócitos utilizados na maturação in vitro. A utilização do corante Azul Cresil Brilhante (ACB) associado à seleção morfológica convencional, tem sido descrita como uma alternativa para seleção de oócitos de melhor qualidade. Objetivou-se neste trabalho avaliar o uso do ACB como método de seleção de oócitos imaturos bovinos, utilizando como parâmetros de avaliação o desenvolvimento embrionário e a expressão de genes envolvidos na transição do genoma materno-zigótica. Na primeira etapa, um total de 998 oócitos foram distribuídos em 4 grupos: G1-Controle: oócitos submetidos à maturação sem exposição ao corante ; G2- Controle de incubação (mPBS): oócitos mantidos em mPBS por 1h a temperatura de 38,5º C em ar atmosférico; G3-ACB+: oócitos mantidos em mPBS adicionado de ACB, nas mesmas condições de G2, que apresentaram ao final da incubação citoplasma corado; G4- ACB-: oócitos mantidos em mPBS adicionado de ACB nas mesma condições de G2, que ao final da incubação apresentaram citoplasma incolor. Os oócitos de cada tratamento foram maturados, fertilizados e os possíveis zigotos cultivados in vitro por oito dias. As taxas de clivagem foram obtidas 48h após inicio do cultivo e as taxas de blastocistos oito dias após fecundação. As taxas de clivagem de G1 e G3 foram semelhantes, no entanto foram maiores que G2 e G4, as quais semelhantes. Os oócitos G3 apresentaram taxas de blastocisto semelhantes ao G1 e G2, mas foram maiores do que o G4. Na segunda etapa, o RNA total foi extraído de três pools de 12 oócitos imaturos obtidos dos mesmos tratamentos acima descritos e usados para gerar cDNA. A abundância relativa dos transcritos MATER e Zar-1 foi analisada por Real Time-PCR. Não foi encontrada diferença na expressão relativa dos transcritos MATER e Zar-1 entre os tratamentos. Em conclusão, à seleção morfológica convencional associada à seleção pelo corante ACB pode ser usada como método de seleção de oócitos imaturos, distinguindo duas populações de oócitos com diferente competência de desenvolvimento, no entanto esta dupla seleção não selecionou oócitos mais competentes quando utilizado unicamente o critério morfológico convencional de seleção. Além disso, o corante não foi capaz de selecionar oócitos com diferente padrão na expressão dos transcritos MATER e Zar-1.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-25. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:40Z : No. of bitstreams: 1 000864238.pdf: 3148372 bytes, checksum: a37fda8f4a1502a786d3f1ffe3bda3ff (MD5) / O entendimento dos mecanismos celulares e moleculares envolvidos com os processos de hipertrofia e atrofia muscular têm sido alvo de muitas pesquisas. Tal fato contribui para desenvolvimento de estratégias terapêuticas eficazes para atenuar ou até mesmo bloquear a perda de massa muscular. Neste contexto, fatores miogênicos e microRNAs (miRNAs) têm sido estudados para melhor compreender as respostas adaptativas do músculo esquelético. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar as adaptações morfofuncionais, a expressão gênica de fatores miogênicos, anabólicos e catabólicos e a expressão dos miRNAs no músculo esquelético de ratos submetidos à estimulo atrófico, seguido de treinamento físico, aeróbico e resistido. Foram utilizados 80 ratos Wistar machos (80 dias, 250 a 300 g), divididos em 10 grupos (n=8): C: controle; I: imobilizado; C3: controle 3 dias; R3: recuperado sem exercício 3 dias; T3: treinamento aeróbico 3 dias; TF3: treinamento de força 3 dias; C7: controle 7 dias; R7: recuperado sem exercício 7 dias; T7: treinamento aeróbico 7 dias e TF7: treinamento de força 7 dias. Inicialmente, os animais dos grupos I, R3, R7, T3, T7, TF3 e TF7 foram submetidos a um período de 7 dias de imobilização dos membros posteriores. Foram analisados os músculos plantar (Pl - glicolítico e de contração rápida) e sóleo (Sol - oxidativo e de contração lenta). A atrofia muscular foi confirmada pela análise da área de secção transversal (AST) das fibras nos animais dos grupos I e C. Os grupos T3 e T7, foram submetidos a um programa de recuperação muscular com exercício aeróbico (natação) no período de 3 e 7 dias respectivamente enquanto os grupos TF3 e TF7 foram submetidos a um programa de recuperação muscular com exercício resistido (salto). Ao término do experimento os músculos Pl e Sol foram submetidos às análises: morfológica, histoquímica, bioquímica e molecular. Observamos atrofia muscular em... / Understanding the cellular and molecular mechanisms involved in hypertrophy and atrophy processes have been the subject of much research. This fact contributes to development of effective therapeutic strategies to attenuate/block the muscle mass loss. However, myogenic factors and muscle-specific miRNAs have been studied to understand the skeletal muscle adaptive responses. The aim of this study were to evaluate the morphological and functional adaptations, the gene expression of myogenic, anabolic and catabolic factor, and the expression of microRNAs in skeletal muscle of rats submitted to atrophic stimulus followed by physical training. 80 male Wistar rats were used (80 days 250 to 300 g) were divided into 10 groups (n = 8) C: Control; IM: immobilizated; C3: control 3 days; R3: recovered without exercise 3 days; T3: aerobic training 3 days; TF3: strength training 3 days; C7: control 7 days; R7: recovered without exercise 7 days; T7: aerobic training 7 days and TF7: strength training 7 days. Initially, the animals of I, R3, R7, T3, T7, TF3 and TF7 groups were underwent period of hindlimb immobilization by 7 day. Plantaris (Pl - glycolytic and fast twitch) and soleus (Sol - oxidative and slow twitch) muscles were analyzed. Muscle atrophy was confirmed by the analysis of cross-sectional area (CSA) of fibers in groups I and C. The T3 and T7 groups, were underwent a muscle recovery program with aerobic exercise (swimming) 3 period and 7 days respectively while the TF3 and TF7 groups were underwent a muscle recovery program with resistance exercise (jump). At the end of experiment the Pl and Sol muscles were submitted to analysis: morphological, immunohistochemical, biochemical and molecular. Muscle atrophy was observed in both muscles after immobilization, but after 7 days of recovery, only the T7 group showed recovery in CSA. Gene expression data showed: increase in genes involved in muscle atrophy in group I in Sol (MAFbx, PGC-1α and ...

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-06. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:07Z : No. of bitstreams: 1 000866061.pdf: 3092347 bytes, checksum: 231b0807cdca7c581bae7f18a5b3c6ac (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dengue é a arbovirose de maior crescimento nos últimos anos, repercutindo em impactos sociais e econômicos devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O dengue tem como principal vetor o mosquito Aedes aegypti, distribuído em toda a faixa tropical e subtropical do planeta. Por apresentar hábito hematofágico antropofílico, rápido desenvolvimento e características comportamentais específicas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle estão restritas à eliminação do mosquito vetor, uma vez que um tratamento específico ou uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos deste arbovírus ainda não estão disponíveis à população. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à fatores genéticos do mosquito bem como à microbiota intestinal do inseto. O presente estudo avaliou fatores genéticos e microbianos relacionados à competência vetorial de populações naturais de Ae. aegypti com diferenças na susceptibilidades ao vírus dengue sorotipo 4 (DENV-4). Para isso, foi avaliada a susceptibilidade à infecção pelo DENV de duas populações naturais deste inseto (Botucatu-SP e Neópolis-SE) através de ensaios de infecção e quantificação relativa por PCR em tempo real. A expressão gênica diferencial, bem como a diversidade microbiana intestinal, foi realizada através do sequenciamento de nova geração (RNA-seq e sequenciamento do gene 16S rRNA) através das plataformas Illumina HiScan™SQ e MiSeq, respectivamente. Verificamos que as populações estudadas apresentam diferenças na susceptibilidades ao DENV-4 onde Botucatu apresentou maior resistência à infecção quando comparada à Neópolis. Pela análise de expressão gênica diferencial verificamos que houve pouca modulação genica na população de Botucatu em resposta a... / Dengue is the arbovirosis of greater growth in recent years, reflecting on social and economic impacts due to the high morbidity and mortality rates triggered by infection. Dengue has Aedes aegypti as its primary vector, which is distributed throughout tropical and subtropical regions of the planet. Due to its anthropophilic and haematophagic habit, rapid development and specific behavioral characteristics, it is an excellent dengue virus transmitter. Control measurements are restricted to eliminating the mosquito vector since neither specific treatments nor tetravalent vaccines are yet commercially available. One feature that determines the spread of the disease is the high vector competence of its vector mosquitoes, which has been associated to its genetic factors and to its gut microbiota. The present study evaluated genetic and microbial factors related to vector competence of natural populations of Ae. Aegypti with different levels of susceptibilities to dengue virus serotype 4 (DENV-4). For that, we evaluated the susceptibility to DENV-4 infection of two field collected mosquito populations (Botucatu-SP and Neópolis-SE) through infection assays and relative quantification by qPCR. Differential gene expression and gut microbial diversity analyses were performed using next-generation sequencing (RNA-seq and 16S rRNA gene sequencing) through Illumina HiScanSQ and MiSeq platforms, respectively. The populations presented different susceptibility to DENV-4, of which Botucatu showed higher resistance to infection when compared to Neópolis. Differential gene expression analysis revealed that there was little gene modulation in response to DENV infection in Botucatu, while Neópolis showed consistent modulation on several genes related to immune pathways or digestive processes. When comparing to other studies we found that the Toll immune pathway is being activated in this population after infection. However, the comparison of ...

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-22. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:10Z : No. of bitstreams: 1 000866290.pdf: 647674 bytes, checksum: 4f5b629fd7ab086c433234638ac87a25 (MD5) / Introdução: A seroconversão à vacina contra o vírus da hepatite B (VHB) em indivíduos imunocompetentes varia de 90-95% enquanto nos pacientes em hemodiálise varia de 40-80%. Manter níveis adequados de anticorpos contra o VHB nas unidades de diálise é estratégia importante para diminuição do risco de transmissão do VHB e redução da incidência de complicações crônicas da hepatite B. Objetivo: Avaliar os fatores que influenciam a seroconversão do anticorpo anti- HbS, em pacientes vacinados contra o VHB, em diferentes estádios da doença renal crônica (DRC) e nos tratados por hemodiálise (HD) e diálise peritoneal (DP). Pacientes e Métodos: Foram incluídos pacientes maiores que 18 anos, portadores de DRC prevalentes em dezembro de 2011 e incidentes entre janeiro de 2012 e abril de 2014, que receberam o primeiro esquema de vacinação completo contra o VHB. Os pacientes foram divididos em quatro grupos conforme o estádio da DRC e a modalidade de diálise: grupo DRC (pacientes no estádio IV da DRC), grupo Pré-diálise (pacientes no estádio V da DRC), grupo DP (pacientes tratados por DP) e grupo HD (pacientes tratados por HD). Associações entre fatores demográficos, laboratoriais, clínicos, dialíticos e nutricionais com a seroconversão à vacina contra o VHB (anticorpo anti-Hbs >10 UI/dl) foram analisadas por regressão logística univariada e multivariada. Resultados: Foram incluídos 191 pacientes, 72 no grupo HD, 40 no DP, 36 no DRC e 43 no Pré diálise). A média de idade foi de 59,6 ± 15,1 anos; 49,7% eram masculinos, 83,5% da raça branca e 47,6% diabéticos. A porcentagem geral de seroconversão foi de 72,8%, sendo 76,4% para o grupo HD, 67,5% para o grupo DP, 75% para o grupo DRC e 69,8% para o grupo Pré-Diálise (p=0,72). Os fatores independentemente associados à maior chance de seroconversão foram a contagem total de linfócitos (p=0,02) e o ângulo de fase (p= 0,02), considerando a amostra total de... / Introduction: Seroconversion to the vaccine against hepatitis B virus (HBV) in immunocompetent individuals ranges from 90-95% while in hemodialysis patients varies from 40-80%. The maintenance of adequate levels of antibodies against HBV in the dialysis units is an important strategy for reducing the risk of HBV transmission and of incidence of chronic complications of hepatitis B. Objectives: To evaluate the factors influencing seroconversion of antibody anti-HbS in patients vaccinated against HBV in different stages of chronic kidney disease (CKD) and treated by hemodialysis (HD) or peritoneal dialysis (PD). Patients and Methods: We included patients greater than 18 years, patients with CKD prevalent in December 2011 and 2012 incidents between January and April 2014, who received the first full vaccination scheme against HBV. The patients were divided into four groups according to the stage of CKD and dialysis modality: DRC Group (patients in stage IV of the CKD), Pre-dialysis group (patients in stage V of the CKD), HD group (patients treated by HD), and PD Group (patients treated by PD). Associations between demographic, clinical, laboratory, dialytic, and nutritional factors with seroconversion to the vaccine against HBV (antibody anti-HBS > 10 IU/dl) were analyzed by univariate and multivariate logistic regression. Results: A total of 191 patients were included; 72 in the HD, 40 at DP, 36 in the DRC, and 43 in the Pre dialysis group). The average age was 59.6 ± 15.1 years; 49.7% were male, 83.5% of the white race and 47.6% diabetics. The overall percentage of seroconversion was 72.8%; 76.4% for the HD, 67.5% for DP, 75% for the DRC and 69.8% for Pre dialysis group (p = 0.72). The factors independently associated with the greater chance of seroconversion were the total lymphocyte count (p = 0.02) and the phase angle (p = 0.02), considering the total sample of patients; the total lymphocyte count (p = 0.033) and the use of vitamin D ...

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-05. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:51Z : No. of bitstreams: 1 000865506.pdf: 1455699 bytes, checksum: 95843a06b568521fddadf478cd152d92 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Foram estudados 300 estafilococos isolados de casos de mastite bovina de diferentes propriedades do estado de São Paulo: 150 Staphylococcus coagulase positiva (SCP) e 150 Staphylococcus coagulase negativa (SCN). A presença de genes para produção de enterotoxinas foi detectada pela Reação da Polimerase em Cadeia (PCR) e a expressão gênica pela PCR transcriptase reversa (RT-PCR). Os isolados foram submetidos ao perfil de sensibilidade correlacionada com a detecção dos genes mecA e vanA, pela técnica de PCR. Os 150 SCN isolados foram identificados como sendo: 48 (32%) S. warneri, 22(15%) S. epidermidis, 20(13%) S. hyicus, 10(7%) S. xylosus, 7(5%) S. haemolyticus, 6(4%) S. simulans, 6(4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6(4%) S. hominis, 5(3%) S. pasteuri, 4(2,7%) S. cohnii, 3(2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus 3(2%) S. chromogenes 3(2%) S. sciuri, 2(1%) S. saccharolyticus, 2(1%) S. lugdunensi, 1(0,7%) S. auriculares, 1(0,7%) S. saprophyticus subsp. bovis e 1(0,7%) S. capitis. Entre os SCP foram isolados: 105 (70%) S. aureus, 21(14%), S. hyicus, 19(13%), S. intermedius e 5(3%) S. schleiferi subsp coagulans. A concordância entre a identificação fenotípica e genotípica do total de linhagens de SCN e SCP foi de 96,7% e 98,7%, respectivamente. Foram detectados genes codificadores para enterotoxinas clássicas (sea, seb, sec, sed) e outras enterotoxinas (see, seg, seh, sei, sej, sek, sel, sem, sen, seo, sep, seq) em 175 (58%) dos 300 Staphylococcus spp. pesquisados. Estes genes foram detectados em 109 (73%) dos SCN isolados, resultado significantemente maior que entre SCP 66 (44%), P<0,0001. Entre os 109 SCN foram detectados genes codificadores de enterotoxinas nas seguintes espécies: 37(33,9%) S. warneri, 17(15,6%) S. epidermidis, 16(14,7%) S. hyicus, 5(4,6%) S. xylosus, 5(4,6%) S. haemolyticus, 4(3,7%) S. simulans, 4(3,7%) S. schleiferi subsp schleiferi, 4(3,7%) S. homini, 4(3,7%) S. pasteuri, 3(2,7%) S. saprophyticus... / A total of 300 isolates of bovine mastitis cases from several Brazilian dairy herds were studied, respectively: 150 CPS and 150 CNS strains. The isolates were analyzed to enterotoxins codifying genes by Polymerase Chain Reaction (PCR). Gene expression was evaluated by reverse transcription PCR (RT-PCR). The isolates were subjected to sensitivity profile correlated with the detection of mecA and vanA gene by PCR. Among the CNS the following species were identified: 48 (32%) S. warneri, 22(15%) S. epidermidis, 20(13%) S. hyicus, 10(7%) S. xylosus, 7(5%) S. haemolyticus, 6(4%) S. simulans, 6(4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6(4%) S. hominis, 5(3%) S. pasteuri, 4(2.7%) S. cohnii, 3(2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus 3(2%) S. chromogenes 3(2%) S. sciuri, 2(1%) S. saccharolyticus, 2(1%) S. lugdunensi, 1(0,7%) S. auriculares, 1(70%) S. saprophyticus subsp. bovis and 1(0.7%) S. capitis. Among the 150 CPS: 105 (70%) S. aureus, 21(14%), S. hyicus, 19(13%), S. intermedius and 5(3%) S. schleiferi subsp coagulans. The identification by phenotypic and genotypic tests showed a concordance of 96.7% in the CNS isolates, and 98.7% in the CPS. The codifying genes to enterotoxins production were detected to classical and enterotoxin-like in 175 (58%) out of 300 staphylococci isolates. These genes were detected significantly higher among the CNS (73%) in relation to CPS (44%), P<0.0001. In 109 CNS codifying genes to enterotoxins were detected in the following species: 37(33.9%) S. warneri, 17(15.6%) S. epidermidis, 16(14.7%) S. hyicus, 5(4.6%) S. xylosus, 5(4.6%) S. haemolyticus, 4(3.7%) S. simulans, 4(3.7%) S. schleiferi subsp schleiferi, 4(3.7%) S. homini, 4(3.7%) S. pasteuri, 3(2.7%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus, 3(2.7%) S. cohnii, 3(2.7%) S. chromogenes, 2(1.8%) S. sciuri, 1(0.9%) S. lugdunensis and 1(0.9%) S. capitis. Among the 66 CPS, the enterotoxin genes were observed in the following species: 48(73 %) S. aureus, 10(15%) S. hyicus, ... / FAPESP: 11/21142-2

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-28. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:57Z : No. of bitstreams: 1 000866321.pdf: 1163995 bytes, checksum: fddc9784203913b96b1463e6003ad30d (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A doença cardiovascular compreende uma classe de patologias que envolvem o coração, e vasos sanguíneos, sendo a doença arterial coronária (DAC) a mais comum. O procedimento mais utilizado no tratamento das lesões coronarianas é a angioplastia com implante de stent. Entretanto, o sucesso desse procedimento tem sido comprometido por diversos eventos incluindo a injúria do endotélio, deposição de plaquetas, resposta inflamatória e reestenose. Os stents eluídos com as drogas sirolimus (rapamicina) e paclitaxel têm sido os mais utilizados, uma vez que podem efetivamente reduzir a incidência de reestenose. No entanto, a reestenose ainda permanece entre as causas do insucesso do tratamento coronariano. Considerando que tanto a lesão mecânica (estresse físico) causada pela colocação do stent, quanto o potencial tóxico das drogas utilizadas nos stents poderia ser responsável pela reestenose intra-stent, este estudo teve como objetivo investigar os mecanismos moleculares envolvidos na iniciação e desenvolvimento da reestenose. Citotoxicidade, genotoxicidade e alterações transcricionais (perfil de expressão gênica) possivelmente induzidas pelo sirolimus, paclitaxel, colchicina e estresse mecânico foram avaliados in vitro em células endoteliais (HCAEC) e musculares lisas de artéria coronária humana (HCASMC). Os dados mostraram diminuição da proliferação celular em ambas as linhagens celulares após o tratamento com as três drogas. O sirolimus inibiu o ciclo das HCAEC e HCASMC na fase G1; o paclitaxel apenas da HCASMC na fase G2 e a colchicina, tanto da HCAEC como da HCASMC, respectivamente, nas fases G1 e G2. O efeito citotóxico do paclitaxel e da colchicina foi também constado pelo aumento de células (HCAEC e HCASMC) em apoptose, ao passo que o sirolimus apresentou efeito genotóxico nas células musculares lisas. Os dados da análise de expressão gênica evidenciaram que os genes modulados pelo sirolimus e pelo... / Percutaneous transluminal revascularization of coronary arteries (angioplasty) with bare-metal stents is the most widely used and successful medical intervention for treatment of coronary artery disease (CAD). However, the success of this procedure can be compromised by several events including endothelium injury, platelet deposition, inflammatory response and restenosis. With the advent of drug-eluting stents (DES), incidence of in-stent restenosis has decreased, but is still about 5% to 10%. Thus, this study aimed to investigate the molecular mechanisms underlying the initiation and development of in-stent restenosis. Cytotoxicity, genotoxicity and transcriptional alterations (gene expression profile) possibly induced by sirolimus, paclitaxel, colchicine and also by mechanical stress (cell stretching) were evaluated in human coronary artery endothelial (HCAEC) and coronary artery smooth muscle (HCASMC) cell lines. Acting at different phase of the cell cycle, the three drugs were equally effective for reducing cell proliferation in both cell lines. Nevertheless, while paclitaxel and colchicine induced apoptosis, the main mechanism of cell death induced by sirolimus was necrosis. Similarly, while sirolimus was genotoxic (increase of oxidized pyrimidines) to only smooth muscle cells, colchicine mainly induced oxidative damage in endothelial cells. The transcriptome analyses revealed 82 differentially expressed genes (35 with known biological functions) in the treated groups compared to control. In HCAEC, three genes (TGM3, CTSF and MTSS1L) were differently expressed after sirolimus treatment; two (SLP1 and SLC4A1) after paclitaxel; one (PAQR8) 6 h after mechanical stretching; and 19 (WBE3A, ZBTB7A, CAMK1D, OR5AP2, EME1, C3AR1, VILL, RORC, MPV17L2, CEP350, RTEL1, ATG2A, SLC38A2, SLC25A25, FOXR2,SIGLEC8, CLIC4, ATP2A2 and VPRBP) after 12 h mechanical stretching. In HCASMC, two genes (NDST4 and FZD3) were differently expressed after ...

Submitted by ANA PAULA SBARDELLA null (paulasbardella@gmail.com) on 2016-08-30T12:48:56Z No. of bitstreams: 1 ANAPAULASBARDELLA_GENÉTICA_E_MELHORAMENTO_ANIMAL_MESTRADO_VERSÃO_FINAL.pdf: 2368521 bytes, checksum: c62c877ae578820d87db27a37651a178 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-31T12:58:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 sbardella_ap_me_jabo.pdf: 2368521 bytes, checksum: c62c877ae578820d87db27a37651a178 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-31T12:58:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sbardella_ap_me_jabo.pdf: 2368521 bytes, checksum: c62c877ae578820d87db27a37651a178 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A mastite é responsável por grandes perdas econômicas na bovinocultura leiteira e necessita de maior compreensão de suas bases genéticas para que métodos de melhoramento genético possam ser desenvolvidos. Neste sentido, estudos de expressão gênica têm sido empregados. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1. Detectar, por meio de três métodos computacionais distintos, a expressão gênica diferencial de dados obtidos por sequenciamento de RNA extraído de glândula mamária mantida em um sistema extracorpóreo de bovinos de leite mestiços Holandês-Zebu e infectada experimentalmente com Streptococcus agalactiae; 2. Estudar o perfil de expressão do total de genes identificados e aqueles comuns aos três métodos relacionados ao desenvolvimento da mastite, a fim de contribuir para melhor entendimento de processos biológicos, de componente celular e função molecular e vias biológicas envolvidas com a expressão desta característica. Quatro vacas foram abatidas e os úberes foram colhidos, perfundidos e inoculados com S. agalactiae. Para cada úbere, dois quartos foram inoculados (anterior esquerdo - AE; e posterior esquerdo - PE) e dois quartos foram utilizados como controle (anterior direito - AD; e posterior direito - PD). Biópsias foram feitas do tecido alveolar nos tempos 0 e 3 horas após a perfusão do tecido. O RNA das amostras foi extraído e sequenciado com a plataforma HiSeq2000 (Illumina). A partir das leituras obtidas os transcritos foram montados utilizando como referência a anotação do genoma bovino UMD 3.1 e então foram avaliadas quanto à sua expressão diferencial e funcionalidade. Métodos que assumem distribuição binomial negativa executados pelos métodos computacionais edgeR e baySeq e o método que assume distribuição beta binomial negativa executado pelo Cuffdiff, foram utilizados para análise de expressão gênica diferencial. Foram identificados 5.158 genes provenientes da união dos resultados obtidos com os três métodos computacionais. Esses genes foram investigados pela plataforma DAVID revelando o enriquecimento de termos de ontologia gênica, dentre os quais destacaram-se os processos de resposta a estímulos, sistema imune e processos apoptóticos. O perfil de genes diferencialmente expressos em amostras afetadas foi associado com a diferenciação, proliferação, migração e apoptose celular, desempenhando importante papel no local da inflamação por células do sistema imune, além de ativar vias de sinalização relacionadas ao sistema imune que são importantes nas primeiras três horas de infecção. Foram identificados apenas 122 genes com expressão diferencial em comum pelos três métodos utilizados. A restrição causada pelo uso da intersecção dos resultados obtidos com os três métodos não se mostrou adequada para realizar o enriquecimento funcional pois muitos genes de interesse foram desconsiderados e perdeu-se suporte estatístico nas análises de enriquecimento funcional. Assim, sugerimos que para esse tipo de estudo é mais adequado a utilização dos resultados de um dos métodos ou a união dos resultados dos três métodos. Este estudo permitiu maior entendimento das bases genéticas do desenvolvimento da mastite em úbere extracorpóreo de bovinos leiteiros mestiços holandês-Zebu, infectado experimentalmente por S. agalactiae, durante as primeiras horas de infecção. / Mastitis is responsible for huge economic losses in dairy cattle production which requires a better understanding of its genetic bases in order that genetic breeding methods could be developed. Therefore, some gene expression studies have been developed. The aims of this study were: 1. To detect, through three different computational methods, the differential gene expression data obtained by RNA sequencing from mammary glands of Holstein-Zebu crossbred dairy cattle, kept in an extracorporeal system and experimentally infected with Streptococcus agaclatiae; 2. To study the total gene expression profile and those genes common to the three methods, related with mastitis, in order to contribute to a better understanding of biological processes, cellular components, molecular functions and metabolic pathways related with the expression of this trait. Four cows were slaughtered and its udders were perfused and inoculated with S. agalactiae. For each udder, 2/4 were inoculated (front left - AE, and rear left - PE) and 2/4 were used as control (front right - AD, and rear right - PD). Biopsies were obtained from the alveolar tissue at 0 and 3 hours after the tissue perfusion. The RNA sample was extracted and sequenced with HiSeq 2000 platform (Illumina). From the reads obtained transcripts were assembled using as the reference the bovine genome annotation UMD 3.1, and then were evaluated for differential expression and functionality. Methods that assumes negative binomial distribution performed by edgeR and baySeq and the method that assumes beta negative binomial distribution performed by Cuffdiff were used for differential gene expression analysis. From the union of the results obtained with all computational methods, a total of 5,158 genes were identified. These genes were investigated by DAVID platform showing the enrichment of gene ontology terms, which were highlighted the response processes stimuli, immune response and apoptotic processes. The profile of differentially expressed genes identified in the affected samples was associated with differentiation, proliferation, migration and apoptosis, playing a major role in the inflammation site by immune system cells and in the activation of signaling pathways related to the immune system, which are important in the early three hours of infection. Only 122 differentially expressed genes were identified in common by the three methods. The restriction caused by the use of the intersection of the results obtained with the three methods was not interesting to perform functional enrichment analysis because there is loss of many interesting genes and the functional enrichment analysis has no statistical support. Thus, for this kind of study, we suggest that could be most appropriate the use of the results obtained with one method or the union of the results obtained with more than one method. This study allowed a better understanding of the genetic basis of mastitis developing in extracorporeal udder of Holstein-Zebu crossbred dairy cattle, during the early hours of experimentally infection by S. agalactiae.

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-14. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:05Z : No. of bitstreams: 1 000869173.pdf: 2452278 bytes, checksum: 85fd789b99aa751120a5330cb5ab3a02 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O pacu (Piaractus mesopotamicus) apresenta excelentes características zootécnicas como rápido crescimento, parâmetro que está diretamente relacionado com o aumento da musculatura estriada esquelética. Pesquisas envolvendo a caracterização de genes musculares têm sido realizadas utilizando-se tecnologias moleculares, em espécies de peixes modelo como o Zebrafish que possui o genoma sequenciado. No pacu, espécie que não possui o genoma sequenciado, esta falta de informação genética dificulta a realização de pesquisas relacionadas com a identificação das vias de sinalização que regulam o desenvolvimento, o crescimento e a manutenção do fenótipo muscular. Além disso, a falta de informação promove uma limitação para o desenvolvimento de programas de melhoramento para esta espécie. Os principais objetivos do presente estudo foram: 1) aumentar os recursos genéticos disponíveis para a espécie, 2) comparar os transcriptomas dos tipos de músculo, vermelho e branco explorando as vias de sinalização que controlam os tipos de fibras musculares 3) investigar a expressão de deubiquitinas pertencente a família do sistema de Proteases ubiquitinas-específicas (USP) no músculo branco em resposta ao jejum e realimentação. Com o sequenciamento, obteve-se aproximadamente 0.6Tb de leituras a partir de bibliotecas do músculo esquelético vermelho e branco. Aproximadamente, 665 milhões de leituras foram utilizadas para a realização da montagem, resultando em 504.065 contigs com um comprimento médio de 1,334bp e N50 = 2,772bp; 47% do transcriptoma foi anotado com êxito, onde pode-se identificar cerca de 15.000 genes considerados únicos e aproximadamente 8000 sequências com região codificante completas. Dentre os genes identificados destacam-se 319 genes de vias metabólicas e 380 microssatélites. Novecentos e ciquenta e seis e 604 genes foram diferencialmente expressos entre o músculo vermelho e branco, respectivamente. / Pacu (Piaractus mesopotamicus) has excellent husbandry features like rapid growth. This parameter is directly related to the increase of skeletal muscle. Researches involving the characterization of muscle genes have been performed using molecular technologies, in species of fish such as zebrafish model that has sequenced the genome. In pacu, a species that does not have the sequenced genome, this lack of genetic information makes it difficult to conduct research related to the identification of signaling pathways that regulate development, growth and maintenance of muscle phenotype. Moreover, the lack of information promotes a limitation for the development of breeding programs for this species. The main objectives of this study were: 1) to increase the available genetic resources for the species, 2) compare the transcriptomes of red and white muscle types, exploring the signaling pathways that control the types of muscle fibers 3) to investigate the expression of deubiquitins belonging to the family of ubiquitin-specific proteases system (USP) in muscle in response to fasting and feedback. With the sequencing, it was obtained approximately 0.6Tb readings from red skeletal muscle and white libraries. Approximately 665 million readings were used to perform the assembly, resulting in 504 065 contigs with an average length of N50 = 1,334bp and 2,772bp; 47% of the transcriptome was noted successfully, which can be identified about 15,000 genes considered as unique and approximately 8000 sequences coding complete region. Among the identified genes, we could observe 319 metabolic pathways genes and 380 microsatellite. Nine hundred fifty six and 604 genes were differentially expressed between red and white muscle, respectively. We identified 442 pairs of paralogs genes resulting from genomic duplication at the base source of teleost fish. It was possible to identify differential expression of paralogous genes include the types of fibers... / CAPES: 1450/13-1 BEX / FAPESP: 2012/02489-4

Submitted by GIOVANNA ROSSI VARALLO null (giovanna_vet03@yahoo.com.br) on 2016-12-26T14:11:39Z No. of bitstreams: 1 Tese Repositório.pdf: 4013000 bytes, checksum: 28bc5d1f53e09229a63ae5d00abb74ae (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-01-03T15:54:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 varallo_gr_dr_jabo.pdf: 4013000 bytes, checksum: 28bc5d1f53e09229a63ae5d00abb74ae (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-03T15:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 varallo_gr_dr_jabo.pdf: 4013000 bytes, checksum: 28bc5d1f53e09229a63ae5d00abb74ae (MD5) Previous issue date: 2016-11-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O câncer de mama é uma doença heterogênea. Em mulheres está estabelecido um perfil imuno-histoquímico para utilização na rotina clínica de pacientes com câncer de mama. Os fenótipos luminal A, luminal B, HER2 superexpresso e triplo negativo apresentam diferenças prognósticas e preditivas. Entretanto, para a neoplasmas mamários em cadelas, não há uma classificação fenotípica definida. As diferenças prognósticas entre os fenótipos são atribuídas às assinaturas do tumor. Os estudos gênicos possibilitam averiguar o perfil genético da doença e a identificação de novos marcadores moleculares. O objetivo do estudo foi propor uma classificação fenotípica para a determinação de quatro fenótipos: luminal A, luminal B, HER2 superexpresso e triplo negativo, bem como avaliar a imunoexpressão dos marcadores anti-E-caderina, anti-claudinas 1, 3, 4, 7 e do anti-CD24 e anti-CD44. Na segunda etapa do estudo, objetivou-se avaliar o perfil de expressão gênica global dos carcinomas de mama e a diferença de expressão gênica entre os grupos fenotípicos. Para a avaliação imunohistoquímica, o grupo experimental foi composto por 110 amostras de câncer de mama dispostas em lâminas de tissue microarray. Obteve-se 42 tumores luminal A, 41 luminal B, 17 triplo negativo e 10 HER2 superexpresso. Constatou-se que estes últimos apresentam fenótipos mais agressivos e com menores sobrevidas. A expressão positiva da E-caderina foi mais acentuada nos grupos luminal A e luminal B, já a negativa no triplo negativo e no HER2 superexpresso. O padrão das expressões das claudinas 1, 3, 4 e 7 foi semelhante entre os subfenótipos. As células-tronco tumorais foram relacionadas aos graus histológicos mais agressivos (II e III). Para a avaliação da expressão gênica foram usadas 12 amostras de carcinoma mamário de cadelas e quatro mamas normais. Não foi evidenciada diferença na expressão gênica entre os grupos luminal A, luminal B, HER2 superexpresso e triplo negativo pelo microarranjo. O perfil gênico global das neoplasias estudadas mostrou 878 genes superexpressos e 821 genes subexpressos. A análise de enriquecimento aplicada aos genes superexpressos apontou o gene HYAL-1 como um potencial marcador diagnóstico e de recidiva. O PCR confirmou esse resultado. Conclui-se que a classificação molecular é uma ferramenta importante para a avaliação prognóstica dos pacientes com neoplasmas mamários. O gene HYAL-1 diferencialmente expresso participa da via de sinalização metabólica relacionada à carcinogênese mamária e a superexpressão está relacionada com o desenvolvimento do câncer e à recidiva. / The mammary cancer is a heterogeneous disease. In women, an immunohistochemical profile is established for use in the clinical routine of patients with breast cancer. The luminal A, luminal B, HER2 overexpressed and triple negative phenotypes present prognostic and predictive differences. However for mammary neoplasms in bitches, there is no definite phenotypic classification. Prognostic differences between phenotypes are attributed to tumor signatures. Genetic studies make it possible to ascertain the genetic profile of the disease and the identification of new molecular markers. The objective of the study was to propose a phenotypic classification for the determination of four phenotypes in bitches: luminal A, luminal B, HER2 overexpressed and triple negative, as well as to evaluate the immunoexpression of the anti-E-cadherin, anti-claudin markers 1, 3, 4, 7 and anti-CD24 and anti-CD44. In the second stage of the study, the objective was to evaluate the overall gene expression profile of mammary carcinomas and the difference in gene expression between the phenotypic groups. For the immunohistochemical evaluation, the experimental group consisted of 110 mammary cancer samples arranged in tissue microarray slides. 42 luminal A, 41 luminal B, 17 triple negative and 10 HER2 superexpressed tumors were obtained. It was verified that the latter present more aggressive phenotypes and with lower survival rates. Positive expression of E-cadherin was more pronounced in the luminal A and luminal B groups, whereas the negative expression in triple negative and HER2 overexpressed. The standard expression of claudins 1, 3, 4 and 7 was similar among subphenotypes. Tumor stem cells were related to the most aggressive histological grades (II and III). For the evaluation of gene expression, 12 samples of mammary carcinoma of bitches and four normal breasts were used. There was no difference in gene expression between the luminal A, luminal B, HER2 superexpressed and triple negative groups by the microarray. The overall gene profile of the neoplasms studied showed 878 overexpressed genes and 821 underexpressed genes. The enrichment analysis applied to the overexpressed genes pointed to the HYAL-1 gene as a potential diagnostic and relapse marker. PCR confirmed this result. It is concluded that molecular classification is an important tool for the prognostic evaluation of patients with breast neoplasms. The differentially expressed HYAL-1 gene participates in the metabolic signaling pathway related to mammary carcinogenesis and overexpression is related to the development of cancer and relapse. / CNPq: 140624/2013-9