Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA10MA063.pdf: 806269 bytes, checksum: d98ad588b52836b1be3fce9b0b39e24e (MD5) Previous issue date: 2010-12-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Embryo cryopreservation is an important tool that allows the storage of genetic material for long time, without loss of functional activity or genetic damage. Cryopreservation of in vivo-produced embryos is well established and provides similar results than those obtained after fresh embryos transfer. However, in vitro-produced (IVP) bovine embryos are easily damaged by conventional methods of cryopreservation, resulting in low survival rates after re-warming. Such sensitivity seems to be related to an excessive amount of lipid in the embryos cytoplasm during in vitro development. This might occur due to serum containing medium cultured embryos. Mechanical removal of lipid droplets can improve survival of early developmental stages embryos after cryopreservation. Nevertheless, delipidation method are laborious and time-consuming, besides altering embryo development after transfer to the recipients. Therefore, studies have searched for non invasive and less laborious techniques to reduce the amount of cytoplasmic lipids of bovine IVP embryos, thus improving their cryotolerance. Trans-10, cis-12 CLA, a conjugated isomer of linoleic can inhibit the fatty acid synthesis, thus decreasing the amount of lipid in several human and animal cells. It is known that lipid synthesis reduction involve down-regulation of mRNA expression of lipogenic enzymes associated with fat synthesis. Studies showed that addition of t10, c12 CLA to culture media, can reduce lipid content of bovine IVP embryos, improving their cryotolerance. Therefore, this study evaluated two CLA isomers on cryotolerance of IVP bovine embryos, as well as the enzymes acetyl-CoA carboxylase (ACCa), stearoyl-CoA desaturase (SCD1) and fatty acid synthase (FASN) mRNA expression of these embryos. In Experiment 1, embryos were cultured in media with increasing concentrations of trans-10, cis-12 CLA isomer: control group (0 μM), 50CLA group (50 μM), 100CLA group (100 μM) and 200CLA group (200 μM), looking for the higher concentration that does not negatively affect embryo development. In Experiment 2, zygotes were cultured in medium containing 100 μM (determined in Experiment 1) of different CLA isomers: control (CLA free) group, t10, c12 CLA group, c9, t11 CLA group and Mixture (50% c9, t11 CLA + 50% t10, c12) group. In Experiment 3, zygotes were allocated in 2 groups: CLA group, containing 100 μM of t10, c12 CLA isomer (determined in Experiment 2) and control (CLA free) group. Blastocysts were separated according to their stage (Bx or Bl) and subjected to vitrification or freezing. As viability criteria, cleavage and blastocyst rates were assessed after IVC and reexpanding and hatching rates were assessed after re-warming. Cell counting and mRNA expression of the ACCa, SCD1 and FASN enzymes were also assessed. The highest concentration of t10, c12 CLA that did not impair blastocyst rates was 100μM.In Experiment 2, the highest hatching rate after re-warming was obtained in c9, t11 group, vitrified at Bx stage (68.6%), not differing from the other treatments vitrified at this stage. The lowest hatching rate was obtained in Mixture group, vitrified at Bl stage (8.0%), not differing from the groups t10, c12 and c9, t11, vitrified at the same stage. In all treatments, Bx stage embryos showed higher viability than Bl stage embryos, except for the Control group, in whose the viability was similar. In Experiment 3, the highest hatching rate was obtained in Bx stage Control vitrified group (67.4%), which was similar to the Bx stage vitrified CLA group. The xv lowest hatching rate was observed in Bl stage frozen CLA group (10.3%), not differing from the other cryopreserved treatments at the same stage. In all frozen groups, despite CLA addition, hatching rates were all similar. There was also no difference in cell counting or mRNA expression of the enzymes ACCa, SCD1 and FASN, among embryos.Under the conditions of this study, the addition of CLA isomers t10, c12 and c9, t11 to culture media does not improve cryotolerance of IVP bovine embryos, and the isomer t10, c12 CLA does not influences the cell number and mRNA expression of enzymes ACCa, SCD1 and FASN / A criopreservação de embriões é uma importante ferramenta que permite o armazenamento de material genético por período prolongado, sem causar perda de atividade funcional ou alterações genéticas nessas estruturas. A criopreservação de embriões gerados in vivo está bem estabelecida e proporciona resultados muito próximos aos obtidos após a transferência de embriões frescos. Já os embriões bovinos produzidos in vitro (PIV) são extremamente sensíveis aos métodos convencionais de criopreservação, apresentando reduzidas taxas de sobrevivência após o reaquecimento. Essa sensibilidade parece estar relacionada ao acúmulo excessivo de lipídeos no citoplasma dos embriões durante o desenvolvimento in vitro, principalmente quando o cultivo é realizado em meios adicionados de soro. Estudos realizados com embriões em estágios iniciais de desenvolvimento evidenciaram que a remoção física das gotas lipídicas é capaz de aumentar a tolerância destes embriões à criopreservação. Contudo, o método de delipidação é demasiadamente trabalhoso e demorado, além de alterar o potencial de desenvolvimento dos embriões após a transferência para as receptoras. Dessa forma, os estudos têm buscado métodos não invasivos e menos trabalhosos, que reduzam a quantidade de lipídeos no citoplasma dos embriões bovinos PIV, melhorando assim a sua criotolerância. O trans-10, cis-12 CLA, um isômero conjugado do ácido linoleico, é capaz de inibir a síntese de ácidos graxos, diminuindo o teor lipídico em diversos tecidos de animais e humanos. Sabe-se que um dos mecanismos pelos quais este isômero exerce esse efeito é através da diminuição da expressão de RNAm de enzimas responsáveis pela síntese de lipídeos. Estudos mostraram que a adição do t10, c12 CLA ao meio de cultivo pode reduzir o acúmulo lipídico de embriões bovinos PIV, aumentando a sua criotolerância. Assim, este estudo teve como objetivo avaliar o efeito dos dois principais isômeros do CLA na criotolerância de embriões bovinos PIV e adicionalmente a expressão de RNAm das enzimas acetil-CoA carboxilase (ACCa), estearoil-CoA dessaturase (SCD1) e ácido graxo sintase (FASN) desses embriões. No Experimento 1, embriões foram cultivados em meio com concentrações crescentes do isômero t10, c12 CLA: grupo controle (0 μM), grupo 50CLA (50 μM), grupo 100CLA (100 μM) e grupo 200CLA (200 μM), buscando a maior concentração que não afete o posterior desenvolvimento embrionário. No Experimento 2, os zigotos foram cultivados em meio com 100 μM, (concentração apontada no Experimento 1) de diferentes isômeros de CLA, sendo: grupo controle, sem adição de CLA, grupo t10, c12 CLA, grupo c9, t11 CLA e grupo Mistura, com 50% de cada isômero. No Experimento 3, os zigotos foram distribuídos em 2 grupos: grupo CLA, contendo 100 μM do isômero t10, c12 CLA (determinado no Experimento 2) e grupo controle, sem CLA. Os blastocistos obtidos foram separados em função do estágio (Bx ou Bl) e submetidos ao processo de vitrificação ou congelamento. Como critérios de viabilidade foram avaliados as taxas de clivagem e de blastocistos após o cultivo, e de re-expansão e eclosão após o reaquecimento. Ainda, foi determinada a densidade celular e a expressão de RNAm das enzimas ACCa, SCD1 e FASN destes embriões. A maior concentração de t10, c12 CLA que não reduziu a taxa de blastocistos foi a de 100μM. No Experimento 2, a maior taxa de eclosão após o reaquecimento foi a do grupo c9, t11 vitrificado no estágio de Bx xiii (68,6%), que não diferiu dos demais tratamentos vitrificados neste estágio. A menor taxa de eclosão foi a do grupo Mistura (c9, t11 + t10, c12, no estágio de Bl (8,0%), que não diferiu dos grupos t10, c12 e c9, t11, vitrificados no mesmo estágio. Em todos os tratamentos, embriões em estágio de Bx apresentaram taxas superiores aos Bl, com exceção do grupo Controle, cujas taxas foram similares. No Experimento 3, a maior taxa de eclosão foi observada no grupo Controle com Bx vitrificados (67,4%), que não diferiu do grupo CLA, com Bx vitrificados. A menor taxa de eclosão foi a do grupo CLA com Bl congelados (10,3%), que não diferiu dos demais tratamentos criopreservados neste estágio. Nos grupos submetidos ao congelamento, as taxas de desenvolvimento foram semelhantes, independente da exposição ao CLA. Não houve diferença na densidade celular entre os embriões expostos ou não ao t10, c12 CLA, e nem na expressão de RNAm das enzimas ACCa, SCD1 e FASN. Conclui-se que nas condições deste estudo a adição dos isômeros do CLA t10, c12 e c9, t11 ao meio de cultivo não melhora a criotolerância de embriões bovinos PIV, bem como que o isômero t10, c12 CLA, não interfere na densidade celular e na expressão de RNAm das enzimas ACCa, SCD1 e FASN destes embriões

A linhagem S1M29 de Penicillium echinulatum é um fungo filamentoso cujo sistema celulolítico tem potencial para aplicação em processos de degradação de materiais lignocelulósicos visando a obtenção de produtos com interesse biotecnológico, como o etanol de segunda geração. A abundância de biomassas lignocelulósicas associada à busca por alternativas aos combustíveis fósseis faz aumentar o interesse em estudos que envolvam a elucidação dos mecanismos de secreção de enzimas lignocelulolíticas. Neste estudo, o P. echinulatum S1M29 foi crescido em condições de indução para a produção de endoglicanases, celobiohidrolases, β-glicosidases, xilanases e swoleninas. Foram avaliados os perfis enzimáticos em géis de poliacrilamida e o padrão de expressão gênica para estas proteínas. Observou-se que a produção enzimática foi favorecida pela presença de celulose Celufloc E® e bagaço de cana-de-açúcar (BCA) no meio de cultivo em comparação à glicose, sendo que o uso de resíduo de biomassa proporcionou a obtenção dos melhores rendimentos. Resultado semelhante foi atingido na análise dos perfis de secreção enzimática em gel de poliacrilamida, sugerindo ainda, a presença de uma endoglicanase constitutiva de aproximadamente 80 kDa. O estudo de qRT-PCR revelou a presença de quatro genes para endoglicanases com padrão de expressão distintos, destacando-se um acúmulo de transcritos 9779,19 vezes superior à amostra calibradora do gene egl1 em 24 h de cultivo no meio formulado com celulose Celufloc E®. Este mesmo gene gerou 1257,58 vezes mais transcritos acumulados que a amostra calibradora em meio suplementado com BCA. Na avaliação da expressão relativa do gene para celobiohidrolase obteve-se expressão superior no meio formulado com BCA em 48 h em relação ao meio com celulose Celufloc E® em 24 h, correspondendo, respectivamente, a 6464,49 e 3093,26 vezes mais transcritos acumulados que a amostra calibradora. O gene para β-glicosidase expressou-se em meio formulado com BCA no início do cultivo, embora a atividade desta enzima tenha ocorrido ao final do cultivo. A expressão de xilanases foi mais significativa com o uso de celulose Celufloc E® no meio de cultivo. Já o gene para swolenina apresenta um perfil de expressão com valores semelhantes em comparação ao uso de celulose Celufloc E® e BCA no meio de cultivo, apesar da presença de BCA ter proporcionado uma expressão mais tardia. Para todos os genes avaliados foram verificados valores muito reduzidos de expressão quando a glicose foi utilizada como fonte de carbono para o P. echinulatum. Observou-se ainda uma expressão coordenada de genes codificadores de endoglicanases, celobiohidrolase, β-glicosidase e swolenina. / Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2016-01-27T12:06:29Z No. of bitstreams: 1 Tese Denise Zampieri.pdf: 4586084 bytes, checksum: be5eb9fbb555f957a4e737205334ac6d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-27T12:06:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Denise Zampieri.pdf: 4586084 bytes, checksum: be5eb9fbb555f957a4e737205334ac6d (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq. / The strain S1M29 of Penicillium echinulatum is a filamentous fungus that presents a cellulolytic system with potential for application in the degradation process of lignocellulosic materials to obtain products of biotechnological interest, such as second-generation ethanol. The availability of lignocellulosic biomass associated with the search for alternatives to fossil fuels increases the interest in studies that involve understanding the secretion mechanisms of lignocellulolytic enzymes. In this study, P. echinulatum S1M29 was grown under inducing conditions for the production of endoglucanases, cellobiohydrolases, β-glucosidases, xylanases and swollenins. The enzyme secretion profiles were evaluated in polyacrylamide gels and the pattern of gene expression for these proteins was also assessed. It was observed that enzyme production was enhanced in the presence of cellulose Celufloc E® and sugar cane bagasse (SCB) in the culture medium compared to glucose, with the use of biomass residue providing the best yields. A similar result was obtained analyzing enzyme secretion profiles in polyacrylamide gels, suggesting the presence of constitutive endoglucanases of approximately 80 kDa. Studies with qRT-PCR revealed the presence of four genes encoding endoglucanases with distinct expression patterns, standing out an accumulation of transcripts from egl1 gene 9779.19 times higher than the calibrator sample in 24 h of growth in medium formulated with cellulose Celufloc E®. The same gene generated 1257.58 more accumulated transcripts than the reference sample in medium supplemented with SCB. Evaluation of gene expression for cellobiohydrolase yielded higher expression levels in the medium formulated with SCB in 48 h, in comparison to the medium containing cellulose Celufloc E® in 24 h, corresponding, respectively, to 6464.49 and 3093.26 more accumulated transcripts than the reference sample. The β-glucosidase gene was expressed in medium formulated with SCB at the beginning of growth, as opposed to that seen for activity of this enzyme, which occurred at the end of cultivation. The xylanase expression was more significant with the use of cellulose Celufloc E® in the culture medium. On the other hand, the gene for swollenin presents an expression profile with similar values compared to using cellulose Celufloc E® and SCB in the culture medium, although the presence of SCB has provided a later expression. Very low values of gene expression have been found for all genes evaluated when glucose was used as carbon source for P. echinulatum. A coordinated expression of endoglucanases, cellobiohydrolase, β-glucosidase and swollenin was was also verified.

Submitted by Eduardo Montanari Razza null (32896431829) on 2017-04-24T13:06:14Z No. of bitstreams: 1 Tese_E_M_Razza.compressed.pdf: 2567237 bytes, checksum: 79286963f030ebbfef3c6033007b2f31 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-25T20:37:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 razza_em_dr_bot.pdf: 2567237 bytes, checksum: 79286963f030ebbfef3c6033007b2f31 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-25T20:37:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 razza_em_dr_bot.pdf: 2567237 bytes, checksum: 79286963f030ebbfef3c6033007b2f31 (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Além de permitir a produção em larga escala de embriões, a maturação in vitro (MIV) não utiliza hormônios superestimulatórios, evitando prejuízos econômicos e efeitos iatrogênicos da superestimulação. Entretanto, a MIV ainda está aquém das expectativas devido à incapacidade em simular eventos fisiológicos que ocorrem in vivo. Um artefato da MIV consiste na retomada espontânea da meiose após a remoção do oócito do ambiente folicular. Sem o aparato molecular que retém a meiose, a maturação nuclear ocorre sem o estímulo hormonal fisiológico, impedindo a reorganização adequada das organelas durante a maturação citoplasmática, o que pode comprometer a competência oocitária in vitro. A temática primordial desta tese foi testar um sistema de pré-maturação oocitária (Pré-MIV), no qual dois fármacos (forskolin e 3-isobutil- metilxantina) são utilizados antes da MIV para retardar a meiose. O desempenho da Pré-MIV foi comparado à MIV convencional, em contexto comercial e de pesquisa. Em um primeiro momento, comparamos os sistemas convencional e Pré-MIV de forma holística, ou seja, testamos os sistemas comerciais completos. Aqui, o critério avaliativo foi a análise ultraestrutural de oócitos e blastocistos, e a análise da expressão de 96 genes relacionados à qualidade embrionária. Na segunda abordagem, adaptamos os fármacos da Pré- MIV em nossa MIV rotineira. Por estes fármacos afetarem o metabolismo lipídico, e, frente a importância deste no metabolismo energético celular, a segunda investigação focou na quantificação lipídica de oócitos e blastocistos, além de avaliar o perfil lipídico de membrana dos blastocistos produzidos, dada sua relação com seu potencial de criopreservação. Coletamos amostras de células do cumulus e blastocistos e, respectivamente, verificamos a expressão de 96 genes associados à competência oocitária e 96 genes relacionados à qualidade embrionária. Resultados indicaram que a Pré-MIV afetou a ultraestrutura de oócitos e que o perfil de expressão gênica de blastocistos foi afetado pelo tratamento, mas com variações quanto ao sistema de produção utilizado. Além disso, a Pré-MIV aumentou o conteúdo lipídico de oócitos, mas diminuiu nos blastocistos, afetando positivamente o perfil lipídico de membranas do embrião. Finalmente, a Pré-MIV também afetou a expressão gênica de células do cumulus (positivamente) e de blastocistos (diferencialmente). / Besides allowing for the large-scale in vitro production of embryos, the in vitro maturation (IVM) dismiss the use of superstimulation hormones, preventing excessive financial expenses and avoiding iatrogenic effects of ovarian overstimulation. However, the outcome of IVM is still below expectations due to the inability in simulating the physiological events occurring in vivo. An artifact of IVM consists on the spontaneous resumption of meiosis after oocyte removal from the follicular environment. In this regard, without the molecular apparatus for arresting meiosis, the nuclear maturation is triggered irrespective of the physiological hormonal stimulation. As a result, the cytoplasmic maturation, i.e., the adequate reorganization of organelles in the oocyte is bypassed, compromising the oocyte competence. The general idea in this thesis was to test the pre-maturation system (Pre-IVM), in which two drugs (forskolin and 3- isobutyl-methylxanthine) are used prior to IVM to sustain meiotic arrest. The Pre-IVM performance was compared to the conventional IVM in the context of either commercial routines or research laboratories. At first, we aimed to compare the conventional IVM and the Pre-IVM in a holistic way, i.e., challenging each other using commercial systems. In this approach, we evaluated the ultrastructural aspects of oocytes and blastocysts, and associated with the expression of 96 genes related to embryo quality. In the second approach, we adapted the Pre-IVM drugs in our own IVM. Those drugs are known to affect the lipid metabolism, which is extremely relevant for the cellular energy metabolism in oocytes and embryo. Hence, we focus on the lipid quantification in oocytes and blastocysts, and, in addition, we assessed the membrane lipid profile of the blastocysts, since it is directly related to embryo cryopreservation potential. We collected cumulus cells and blastocysts and assessed the expression of 96 genes of oocyte competence and 96 genes of embryo quality. Results indicated that the Pre-IVM affected oocyte ultrastructure, the gene expression of blastocysts was differentially affected, but there was variation according to the systems used. Also the Pre- IVM increased the lipid content in oocytes and reduced in blastocysts. The membrane lipid profile of blastocysts was positively modulated by the Pre-IVM. Finally, the Pre-IVM affected the gene expression of cumulus (positively) and blastocysts (differentially). / FAPESP: 2012/23409-9 / FAPESP: 2015/02557-8

Submitted by Mariana de Lara Campos Arcuri null (mariana.arcuri@aluno.ibb.unesp.br) on 2017-07-24T23:48:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final Ficha Catalográfica.pdf: 1462289 bytes, checksum: 6374b4edc59dd6c0ef4dab57c0176073 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-26T16:41:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 arcuri_mlc_me_bot.pdf: 1462289 bytes, checksum: 6374b4edc59dd6c0ef4dab57c0176073 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-26T16:41:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arcuri_mlc_me_bot.pdf: 1462289 bytes, checksum: 6374b4edc59dd6c0ef4dab57c0176073 (MD5) Previous issue date: 2017-05-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As lacases, p-diphenol-O2-oxidoredutases, são enzimas que desempenham papel fundamental na oxidação de monolignóis durante a biossíntese de lignina, estando, portanto, associadas a processos de crescimento e tolerância a alguns tipos de estresses abióticos. As lacases podem ser encontradas em bactérias, fungos, plantas e insetos. Estudos apontam que as lacases vegetais apresentam comportamento similar às de origem fúngica, atuando de formar complementar à rota de lignificação, em resposta ao estresse oxidativo, promovendo a detoxificação celular. As lacases são geralmente codificadas por famílias multigênicas. Através de análises in silico no genoma de eucalipto, o presente estudo identificou 54 genes codificadores de lacases (denominados EgLAC) que, filogeneticamente, se distribuem em seis diferentes subgrupos. Com base em dados de RNA-Seq, padrões distintos de expressão das lacases identificadas foram observados, sendo algumas enriquecidas em um dado órgão/tecido e outras com expressão não detectável pelo método. Análises de RT–qPCR de alguns genes selecionados com base em um banco de sequências expressas confirmaram, por exemplo, a expressão raiz-específica do gene EgLAC52 bem como as expressões preferenciais em raiz e folha dos genes EgLAC4 e EgLAC32, respetivamente. Em paralelo, a expressão de alguns destes genes em reposta a estresses foi investigado, e alterações na expressão relativa em resposta aos estresses oxidativo e osmótico foram constatadas, sugerindo a participação destas lacases em respostas a estresses abióticos. / Laccases are p-diphenol-O2-oxidoreductases encoded by multigene families widely distributed throughout the plant kingdom. They exhibit important roles in the oxidation of monolignols during lignin biosynthesis and are reported to be functionally involved in plant development, tolerance and response to stress. Apart from plants, laccases can be also found in bacteria, fungi and insects. Here, a genome-wide survey of the eucalyptus genome revealed the presence of 88 putative laccases genes. However, after meticulous analyzes using different approaches, the redundant sequences were discarded and 54 laccases genes (referred as EgLAC) were retrieved. These genes were phylogenetically distributed in six different subgroups. Based on RNA-Seq data, distinct organ/tissue expression patterns of the identified EgLAC genes were ascertained. The vast majority showed organ/tissue-enriched expression, while certain genes exhibited no detectable expression. RT-qPCR analyzes confirmed the organ/tissue expression patterns of a representative set of genes such as, for example, the rootspecific expression of EgLAC52 and the root and leaf preferential expressions of genes EgLAC4 and EgLAC32. Further expression profiling of selected EgLAC genes in response to oxidative and osmotic stresses revealed differences in their relative expression, with some genes being stress-induced. These results suggest that certain laccases might be implicated in abiotic stress responses.

Submitted by TIAGO ALEXANDRE DA SILVA null (tiago.at.agro@hotmail.com) on 2017-08-02T18:23:01Z No. of bitstreams: 1 deleted_Tese definitiva Tiago Alexandre.pdf: 2103643 bytes, checksum: 1cbf3998c16028f6fd4d85e142cb8ef8 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-03T17:48:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_ta_dr_bot.pdf: 2103643 bytes, checksum: 1cbf3998c16028f6fd4d85e142cb8ef8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-03T17:48:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_ta_dr_bot.pdf: 2103643 bytes, checksum: 1cbf3998c16028f6fd4d85e142cb8ef8 (MD5) Previous issue date: 2017-06-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A aquisição da qualidade fisiológica de sementes é influenciada por fatores como as condições ambientais e o nível de nutrição da planta mãe. Por exemplo, solos ácidos podem afetar a qualidade fisiológica das sementes produzidas, devido a menor disponibilidade de nutrientes para a planta. O uso de corretivos como a prática da calagem, se torna essencial para a resolução desse problema, onde o calcário, através da hidrólise, libera bases capazes de neutralizar a atividade dos íons acidificantes. No sistema de plantio direto, o calcário é aplicado de forma superficial, podendo ter seu efeito residual atuante por muitos anos, melhorando a estrutura e as propriedades químicas do solo e auxiliando na atividade microbiana. Portanto, o presente trabalho teve o objetivo de estudar a qualidade fisiológica e a expressão de genes associados a longevidade em sementes de trigo, produzidas em solos com diferentes doses de calcário. As sementes de trigo da cultivar CD116, foram produzidas na Fazenda Experimental Lageado, pertencente à Faculdade de Ciências Agronômicas – UNESP-Botucatu, na safra agrícola do ano de 2014. Os tratamentos consistiram em sementes produzidas sem calagem, dose recomendada de calcário (2000 kg.ha⁻¹) e o dobro da dose recomendada (4000 kg.ha⁻¹). Avaliou-se a porcentagem de germinação, o vigor (índice de velocidade de germinação e T50), longevidade de sementes e a estado nutricional das sementes. Para o estudo de genes relacionados a longevidade, foram selecionados dois tempos (0 e 60 dias) do teste de longevidade para averiguar o efeito das doses de calcário. A expressão gênica foi realizada usando a técnica de PCR em tempo real, onde o RNA total foi extraído e o cDNA foi utilizado para a quantificação dos genes relacionados a longevidade. A ausência da calcário não influenciou a germinação e o vigor das sementes de trigo, todavia a longevidade foi afetada. Os genes associados com a longevidade apresentaram expressão superior na presença residual de calcário. Este fato pode explicar a baixa longevidade de sementes de trigo procedentes de cultivo sem calagem. / Acquisition of the physiological quality of seeds is influenced by factors such as environmental conditions and the level of nutrition of the mother plant. For instance, acidic soils may affect the physiological quality of the seeds produced due to the lower availability of nutrients to the plant. The use of correctives, such as the practice of liming, becomes essential to solve this problem, where limestone, through hydrolysis, releases bases capable of neutralizing the activity of acidifying ions. In the no-tillage system, limestone is applied superficially and can have its residual effect acting for many years, improving the structure and chemical properties of the soil and assisting in microbial activity. Therefore, the present work had the objective of studying the physiological quality and expression of genes associated with longevity in wheat seeds, produced in soils with different limestone doses. The wheat seeds from the cultivar CD116 were produced at the Experimental Farm Lageado, belonging to the Faculty of Agronomic Sciences – UNESP-Botucatu, in the crop season of the year 2014. Treatments consisted of seed produced without liming, recommended limestone dose (2000 kg.ha⁻¹) and twice the recommended dose (4000 kg.ha⁻¹). Germination percentage, vigor (germination speed index and T50), seed longevity and nutritional status were evaluated. For the study of genes related to longevity, two times (0 and 60 days) of the longevity test were selected to investigate the effect of limestone doses on gene expression. Gene expression was performed using the real-time PCR technique, where total RNA was extracted and cDNA was used for the quantification of genes related to longevity. The absence of limestone did not influence germination and vigor of wheat seeds, however, longevity was affected. Genes associated with longevity showed superior expression in the residual presence of limestone. This fact may explain the poor longevity of wheat seeds produced in soil lacking liming.

Submitted by LINO FERNANDO GOMES DE LIMA (linofernando@ibb.unesp.br) on 2017-10-12T13:07:03Z No. of bitstreams: 1 TESE_DOUTORADO_LINO_FINAL_CORREÇÕES_BANCA.pdf: 7596280 bytes, checksum: daa6099c657cb8875c1dc696f2b54217 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-10-18T16:34:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lima_lfg_dr_bot.pdf: 7596280 bytes, checksum: daa6099c657cb8875c1dc696f2b54217 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-18T16:34:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lima_lfg_dr_bot.pdf: 7596280 bytes, checksum: daa6099c657cb8875c1dc696f2b54217 (MD5) Previous issue date: 2017-08-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / As fosfolipases A2-like (PLA2s-like) estão entre os principais componentes de peçonhas de serpentes envolvidas no processo de envenenamento, particularmente em serpentes do gênero Bothrops. Essas toxinas promovem efeitos miotóxicos que não são neutralizados pela soroterapia convencional e podem levar até a perda do membro afetado. Os estudos estruturais, em especial a técnica de cristalografia, são uma ferramenta poderosa na compreensão da relação estrutura-função de moléculas. O presente trabalho teve por objetivo estudar estruturalmente por diferentes técnicas biofísicas (dicroísmo circular, espalhamento de luz dinâmico, Espectroscopia de fluorescência, termoforese de microescala, cristalização, coleta de dados de difração de raios-X, elucidação e análise estrutural) uma Lys-49-PLA2 da peçonha de Bothrops pauloensis, denominada BnSP-7, em suas formas nativa e complexadas com o ácido cinâmico e seus derivados, ácido cafeico e ácido p-cumárico. Adicionalmente, a mesma proteína foi estudada em sua forma recombinante. A ORF referente à BnSP-7 foi inserida no vetor a partir dos sítios de restrição EcoRI (3’ DNA) e NotI (5’ DNA). Esse inserto foi inserido em um vetor pPicZA, transformado em Pichia pastoris e induzida a expressão. Após purificação da proteína expressa, foram realizados ensaios de cristalização. Nas estruturas da BnSP-7 obtida a partir do veneno de B. pauloensis, foram encontrados ligantes na região MDoS nos três complexos elucidados, bem como a análise dos túneis revelou diferenças nas cargas positivas da BnSP-7 em comparação com outras miotoxinas. Os experimentos de termoferese revelaram que os três ligantes se ligaram à BnSP-7 com afinidades variando de 20-300 µM, sendo que a maior afinidade foi observada para o ácido cafeico, seguido pelo ácido p-cumárico e pelo ácido cinâmico. Estes dados estão de acordo com o número de interações eletrostáticas observadas nas estruturas cristalográficas. Esses resultados reforçam a importância da região MDoS no mecanismo de ação miotóxica dessas proteínas, além de fornecer dados estruturais para o desenvolvimento de inibidores mais efetivos contra os efeitos locais do acidente ofídico, não eficientemente tratado pela soroterapia convencional. / Phospholipases A2-like (PLA2-like) toxins are among the main components of snake venoms involved in the envenomation process, particularly in snakes from Bothrops genus. These toxins promote myotoxic effects that aren't neutralized by conventional serum therapy and may lead to loss of the affected limb. Structural studies, especially the crystallography technique, are powerful tools for understanding of the structure-function relationship of molecules. The aim of this work was structurally study by different biophysical techniques (circular dichroism, dynamic light scattering, fluorescence spectroscopy, microscale thermophoresis, crystallization, X-ray diffraction data, elucidation and structural analysis) a Lys-49-PLA2 of Bothrops pauloensis venom, named BnSP-7, in native form and complexed to cinnamic acid and its derivatives caffeic acid and p-coumaric acid. BnSP-7 ORF was inserted into the vector EcoRI (3 'DNA) and NotI (5' DNA) restriction sites. This insert was inserted into pPicZA vector, transformed into Pichia pastoris and induced the expression. After purification of the expressed protein, crystallization assays were performed. BnSP-7 structures complexed to the ligands were performed using B. pauloensis venom which these molecules were found interacting to MDoS region for the three complexes. Furthermore, tunnel analyses revealed differences in the positive charges of BnSP-7 compared to other myotoxins which may be related to the specificity of this toxin. Thermophesis experiments revealed that all three ligands bound to BnSP-7 with affinities ranging from 20-300 μM, in which the highest affinity was observed for caffeic acid, followed by the p-coumaric acid and by cinnamic acid. These data are in agreement with the observed number of electrostatic interactions observed in crystallographic structures. These results consolidate the importance of the MDoS region as a mechanism of myotoxic action of these proteins, in addition to providing structural data for the more effective inhibitors development against the local effects of the snakebite, not efficiently neutralized by conventional serum therapy. / CNPq: 140501/2014-2

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-05-13Bitstream added on 2014-06-13T19:17:10Z : No. of bitstreams: 1 parreira_smcp_me_assis.pdf: 1751328 bytes, checksum: 3a55b4282a79eb258f244a90c5c38107 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A cada ano tem aumentado consideravelmente o número de crianças vítimas de violência doméstica. Os dados demonstram que a negligência e o abandono são as modalidades de violência de maior incidência. A efetiva participação da sociedade no que se refere à assistência é muito recente. Na década de 1970 surgem políticas voltadas ao atendimento e ao cuidado com esta população, mas é somente em meados de 1985 que o atendimento especializado começa a ser consolidado. Em muitos casos, como desfecho, a criança acaba sendo separada dos pais e abrigada em alguma instituição para menores. O presente trabalho pretende demonstrar que a modalidade de intervenção baseada na utilização de recursos expressivos junto a crianças abrigadas contribui para expandir o espaço da simbolização, das manifestações inconscientes e da polissemia. As oficinas de recursos expressivos foram realizadas uma vez por semana durante o período de seis meses em uma Casa Abrigo localizada na Zona Norte de São Paulo. Cada encontro teve a duração de uma hora e trinta minutos. O grupo foi constituído por cinco crianças na faixa de quatro a seis anos, abrigadas na instituição por no mínimo seis meses. A escolha das crianças participantes foi realizada pela coordenadora da instituição. A cada oficina estiveram expostos materiais modeláveis de vários tipos (papéis, plásticos, barbantes, tecidos, argila etc.) e instrumentos de execução (cola, tesoura, lápis, dentre outros). A orientação dada às crianças foi a de que elas poderiam escolher e transformar os materiais da forma como quisessem; portanto, o planejamento, bem como a execução das propostas, foram realizados exclusivamente pelas crianças. A utilização de outros recursos expressivos além da fala viabiliza outros canais de comunicação e de encontro com o outro... / Year by year the number of children victims of domestic violence has increased considerably. The data demonstrate that the recklessness and the abandonment are the modalities of violence of major incidence. The effective participation of the society in that relates to the assistance is very recent. In the 70þs we had the sprouting of politics directed to the attendance and care of this population, however only in 80þs that the specialized attendance started to be consolidated. In many cases we had as outcome, the separation of parents and sheltered children in institutions for minors. The present research intend to understand the reach of a modality of intervention based on the usage of expressive resources with children sheltered in an institution located at North area of São Paulo city. The workshops of expressive resources had been carried through once a week for six months. Each meeting spent ninety minutes. The group was constituted by five children with four to six years-old, who have been living in that institution for six months at least. The choice of participant children was carried through by the institution coordinator. Each workshop exposed displayed material of several types (papers, plastics, strings, fabrics, clay, etc.) and execution instruments (glue, shears, pencil, amongst others). The direction given to the children was they could choose and transform the materials to the form they wanted, therefore, the planning, as well as the execution of the proposals had been carried through exclusively by the children. The usage of other expressive resources besides speech, makes flexible a each other meeting and communication channels between them. We believe that in this meeting the participant children have the opportunity to express his emotions, in favour of spontaneous and creative gestures ...(Complete abstract, click electronic address below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-08-02Bitstream added on 2014-06-13T19:38:19Z : No. of bitstreams: 1 ono_e_me_sjc.pdf: 1679219 bytes, checksum: 7b50cf13d5c5213d3245c157c202fca2 (MD5) / Considerando a proporção áurea uma forma de individualizar a análise cefalométrica a partir das características próprias de cada pessoa, propõe-se neste estudo verificar se algumas razões estão em proporção áurea, tanto em indivíduos braquifaciais como em mesofaciais, e assim identificar padrões que caracterizam esses tipos facias, auxiliando no plano de tratamento. Foram utilizadas radiografias cefalométricas laterais de 48 indivíduos braquifaciais e 43 mesofaciais, do sexo masculino e do feminino, com idades entre 17 e 25 anos e oclusão Classe I de Angle. Das oito razões avaliadas, quatro diferiram estatisticamente entre os dois grupos, sendo as razões Or-Me/A-Pog, Or-Me/Co-Go, Ena-AA/N-Ena e SO-POOr/Ena-Enp, áureas nos indivíduos mesofaciais. O grupo Braqui não apresentou nenhuma das razões estudadas em proporção áurea. / Since the divine proportion is considered a way to develop individualized cephalometric analysis from proper characteristics of each person, the aim of this study was to verify if there is divine proportion between some segments of the face of brachifacial and mesofacial individuals, and identify features of these facial patterns that can be used as data to the treatment plan. Lateral cephalometric radiographs from 48 brachifacial and 43 mesofacial individuals with ages between 17 and 25 years and Angle's Class I occlusion were evaluated. Four of the eight rations were statistically different between the groups. Or-Me/A-Pog, Or-Me/Co-Go, Ena-AA/N-Ena and SO-POOr/Ena-Enp were considered golden ratios for the mesofacial group. On the other hand, the results showed no golden ratios for the brachifacial group.

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-05-03T00:00:27Z No. of bitstreams: 1 CarolinneThaisaDeOliveiraFernandes_DISSERT.pdf: 3269390 bytes, checksum: bb738a2d3cb64377a7b4570771ea082c (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-05-08T21:51:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CarolinneThaisaDeOliveiraFernandes_DISSERT.pdf: 3269390 bytes, checksum: bb738a2d3cb64377a7b4570771ea082c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-08T21:51:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarolinneThaisaDeOliveiraFernandes_DISSERT.pdf: 3269390 bytes, checksum: bb738a2d3cb64377a7b4570771ea082c (MD5) Previous issue date: 2018-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As vitaminas antioxidantes, alfa-tocoferol e o retinol, assim como a expressão de RNAm de possíveis genes candidatos, foram associados ao risco de DCV. Em um estudo realizado anteriormente por nosso grupo de pesquisa foi sugerido que 13 genes são diferentemente expressos em pacientes com síndrome coronariana aguda. Neste trabalho, objetivou-se investigar o perfil sérico destas vitaminas e a expressão de genes candidatos em leucócitos sanguíneos de pacientes de acordo com a extensão da lesão da artéria coronária. Foram selecionados pacientes com doença arterial coronariana (n = 177), idade entre 30 e 74 anos e submetidos a angiografia coronária eletiva. A extensão da lesão coronária foi avaliada pelo índice de Friesinger, o qual foi dividido em três categorias: 0-4, 5-9 e 10-15. Os níveis séricos de alfa-tocoferol e retinol foram determinados por cromatografia líquida de alta performance (HPLC). A expressão de RNAm dos genes ALOX15, AREG, BCL2A1, BCL2L1, CA1, COX7B, ECHDC3, IL18R1, IRS2, KCNE1, MMP9, MYL4 e TREML4 foram analisadas por RT-qPCR. O nível de alfa-tocoferol foi menor no grupo 0-4 em comparação com o grupo 5-9 (p=0,035) e mostrou uma correlação positiva com os genes BCL2A1, COX7B e correlação negativa com o ECHDC3. O RNAm do gene ECHDC3 foi menos expresso enquanto que o RNAm dos genes AREG, BCL2A1, COX7B, IL18R1 e TREML4 foram mais expressos em pacientes do grupo 10-15 comparados ao grupo 0-4 (p<0,05). Além disso, o RNAm dos genes BCL2A1, BCL2L1 e MYL4 foram mais expressos em pacientes do grupo 5-9 do que no grupo 0-4 (p<0,05). Não foi observada associação entre o nível sérico de retinol e a extensão da lesão coronária ou expressão de RNAm dos genes candidatos. Níveis mais altos de alfatocoferol em pacientes com lesões mais extensas das artérias coronárias demonstra possivelmente uma alteração no metabolismo da vitamina E enquanto que a regulação positiva na expressão de RNAm dos genes AREG, BCL2A1, COX7B, IL18R1 e TREML4 é influenciada pela extensão das lesões das artérias coronárias mais graves. Os resultados desse estudo sugerem um potencial uso do RNAm desses genes como biomarcadores da expressão gênica para avaliar a progressão da DAC. / The antioxidant vitamin, alpha-tocopherol and retinol, as well as the mRNA expression of possible candidate genes, were associated with the risk of CVD. In a previous study by our research group it was suggested that 13 genes are differentially expressed in patients with acute coronary syndrome. Here we aimed to investigate the serum profile of these vitamins and the expression of candidate genes in blood leukocytes from patients according to the extent of coronary artery lesion. Coronary artery disease patients (n = 177), aged 30-74 years and undergoing elective coronary angiography were selected. The extent of the coronary lesion was assessed using the Friesinger index, which was divided into three categories: 0-4, 5-9 and 10-15. Serum levels of alpha-tocopherol and retinol were determined by high performance liquid chromatography (HPLC). Leukocyte mRNA expression of ALOX15, AREG, BCL2A1, BCL2L1, CA1, COX7B, ECHDC3, IL18R1, IRS2, KCNE1, MMP9, MYL4 and TREML4 were analyzed by RT-qPCR. Alpha-tocopherol level was lower in the 0-4 group compared to the 5-9 group (p=0.035) and showed a positive correlation with BCL2A1 and COX7B mRNA expression and negative correlation with ECHDC3 mRNA expression. ECDHC3 mRNA expression was downregulated, whereas the mRNA expression of AREG, BCL2A1, COX7B, IL18R1, and TREML4 was upregulated in 10-15 group as compared with 0- 4 group (p<0.05). The mRNA expression of BCL2A1, BCL2L1, and MYL4 was upregulated in FI 5-9 group as compared with 0-4 group (p<0.05). No association was observed between serum level of retinol and the extent of coronary lesion or mRNA expression of the candidate genes. Higher levels of alpha-tocopherol in patients with more extensive coronary artery lesions may show a change in vitamin E metabolism while positive regulation of mRNA expression of AREG, BCL2A1, COX7B, IL18R1 and TREML4 genes is influenced by the extent of lesions of the most severe coronary arteries. The results of this study suggest a potential use of the mRNA of these genes as biomarkers of gene expression to evaluate the progression of CAD.

O presente trabalho tem por objetivo analisar aspectos da relação entre a oralidade, a psicomotricidade e o letramento, a partir do estudo da produção textual de quatro crianças de classes populares do CIEP Sambódromo, no Rio de Janeiro, com as quais trabalhei, durante um período letivo, explorando atividades psicomotoras e lúdicas que, através do corpo, estimulassem o desenvolvimento da oralidade, buscando atingir, assim, a escrita. As crianças faziam parte da chamada Turma de Aceleração, turma de crianças que apresentava defasagem idade/série. Busquei subsídios nos teóricos que apontam as experiências com o próprio corpo como fonte de aprendizagem, como Aucouturier, Lapierre, Le Boulch, e nos que, como Vygotsky e Bakhtin, mostram a importância da interação verbal, realizada através das enunciações, que constitui a realidade fundamental da língua. Realizei as seguintes atividades para a coleta de dados: observação das crianças durante atividades propostas pela pesquisadora, tanto em relação à participação quanto em relação à expressão oral; propostas de produção textual escrita pelos sujeitos da pesquisa; e os registros feitos no diário de trábalo. Dentro de uma abordagem longitudinal, analisei 19 textos escritos, produzidos pelas quatro crianças. Para tal, a partir de Geraldi (2000:193), cheguei a três eixos para a análise dos dados, a saber: (i) problemas de ordem estrutural; (ii) problemas de ordem morfossintática; e (iii) problemas de ordem fonológico/ortográfica, que são desdobrados em parâmetros analíticos. Os resultados da análise sugerem, do ponto de vista evolutivo, as seguintes conclusões: (i) as práticas corporais e a expressão oral relacionadas ao vivido/sentido, contribuíram para a ampliação dos recursos expressivos nos textos das crianças; (ii) a produção textual das crianças, foi se tornando pouco a pouco mais estruturada e coesa por meio dos processos de construção e flexão dos itens lexicais, bem como do alargamento do conhecimento sobre a organização espacial dos textos e das ilustrações dos mesmos no papel. / The present work has for objective to analyze aspects of the relation between the orality and the literacy, leaving of the psychocomotricityin the perspective of literal and discourse questions. The theoretical referencial had the support in authors who speak of the body as mediating of the action, of the orality, practical social inherent to the human being, and of the literacy, used to characterize the person who, besides knowing to read and to write makes social use of the reading and the writing. It is a study of qualitative and participative nature with four children, of the call Group of Acceleration of the CIEP Sambódromo, situated in the center of the City of Rio De Janeiro, on the basis of the literal production writing of the same ones, searching to investigate aspects of the speech that can be related to the work of stimulation of the carried through verbal expression with the children. The analysis of the data follows Geraldis rientation/classification. Inside of a longitudinal boarding, 19 texts produced for four children of the group had been analyzed, who had been followed in elapsing of the school year. The results of the analyses suggest, of the evolved point of view, the following conclusions: (i) the children, from the corporal practices and of the verbal expression of that she was lived/feeled, had been organizing themselves internally as well as in space and temporal ways; (ii) this if reflected in the literal production, little by little more structuralized and coherent; (iii) the lexical processes of construction and flexion of lexical items had been evident; (IV) the orthography conventions and other expressions resources had been being used. The performance of the group revealed dynamic and changeable, of child for child, at diverse moments and situations. It was important to observe the development of the children, its level of auto-esteem, the process of socialization and construction of the knowledge, the language, the psychomotor aspect, at last all these factors interacting and that they are responsible for the productions of the children.