Habenaria é um dos maiores gêneros da família Orchidaceae, e estimativas atuais pressupoem a existência de aproximadamente 835 espécies. Habenaria seção Pentadactylae com 34 espécies é a maior entre as 14 seções do gênero existente no novo mundo e compreende um conjunto de espécies morfologicamente bastante heterogênea. A fim de investigar a monofilia da seção e sua relação com outras seções do gênero, foram executadas análise Bayesiana e de Máxima Parcimônia com o emprego de um marcador nuclear (ITS) e três marcadores plastidiais (matK, intron trnK, rps16-trnk). Os resultados demonstraram que a seção Pentadactylae é altamente polifilética. Baseado nas análises filogenéticas e reavaliação de caracteres morfológicos, a seção Pentadactylae foi recircunscrita neste trabalho e sete espécies são aceitas: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis e H. pentadactyla, enquanto outras 32 espécies foram excluídas. Habenaria crassipes é reconhecida como um sinônimo de H. exaltata. Lectótipos são designados para H. crassipes e H. recta. Todas as espécies da seção habitam pântanos ou locais bastante úmidos; com área de distribuição passando pelo norte da Argentina, Uruguai, Paraguai, sul, sudeste e centro do Brasil. O estado do Rio Grande do Sul (sul do Brasil), possivelmente, constitui um centro de diversidade da seção onde todas as espécies podem ser encontradas. A biologia reprodutiva de duas espécies da seção Pentadactylae, H. megapotamensis e H. montevidensis; e duas espécies da seção Macroceratitae, H. johannensis e H. macronectar, foram estudas. Todas as espécies estudadas oferecem néctar como recompensa floral aos polinizadores, produzido no interior de um prolongamento do labelo denominado esporão. Habenaria montevidensis é polinizada por borboletas da família Hesperiidae, enquanto as demais espécies são polinizadas por mariposas da família Sphingidae. Todas as espécies estudadas são auto-compatíveis mas dependentes de agentes polinizadores para a produção de frutos. O sucesso reprodutivo é alto (69,48 - 93%). Na área de estudo, todas as quatro espécies estudadas são reprodutivamente isoladas devido a um conjunto de fatores tais como diferenças na morfologia floral e diferentes polinizadores. / Habenaria is one of the largest genus of Orchidaceae family and current stimates accounts to the existence of 835 species. Habenaria section Pentadactylae with 34 species is the largest among the 14 New World sections of the genus and comprises a morphologically heterogeneous group of species. To investigate the monophyly of the section and the relation with other sections of the genus, Bayesian and parsimony analyses using one nuclear marker (ITS) and three plastid markers (matK, trnK intron, rps16-trnK) were performed. The results demonstrated that sect. Pentadactylae is highly polyphyletic. Based on the phylogenetic analyses and re-evaluation of morphological characters, Habenaria sect. Pentadactylae is re-circumscribed and seven species are accepted for the section: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis and H. pentadactyla, while other 32 species were excluded. Habenaria crassipes is included under the synonym of H. exaltata. Lectotypes are designated for H. crassipes and H. recta. All species in the section are from marshes or wet grasslands and range from Northern Argentina, Uruguai, Paraguai and south, southeast and center of Brazil. The Rio Grande do Sul state (south Brazil), possibly constitute a diversity center of the section where every species can be founded. Most are rare, known by few populations, and threatened due to loss of habitat and population decline. The reproductive biology of two species from the section Pentadactylae, H. megapotamensis and H. montevidensis; and two species from the section Macroceratitae, H. johannensis and H. macronectar, were studied. All studied species offer nectar as floral reward concealed in a labellar process termed spur. Habenaria montevidensis is pollinated by Hesperiidae butterflies, while the remaining species are pollinated by Sphingidae moths. All studied species are self-compatible, but pollinator-dependent. The reproductive success is high (69.48 - 93%). At the study site, every four studied species are reproductively isolated by a set of factors that includes differing floral morphologies and different pollinators.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV12MA066.pdf: 926088 bytes, checksum: b36dd2d4d5cb4340b3553bb5206c6bb6 (MD5) Previous issue date: 2012-02-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study aimed to evaluate the temporal dynamics of Entomosporiose leaf spot in diferente combinatos of European pear cultivars (Rocha, Abate fetel and Santa Maria) on diferente rootstocks (Quince A and Quince Adams) and evaluate the etiology and development of necrosis in flower bud in diferente combinations European pear (Clapp s Favorite, Packham s Triumph, Conference, William s, Rocha, Abate, Fetel, Santa Maria, Decana) European pear cultivars on diferente rootstocks (Quince A, Quince C and Quince Adams) at conditions of the Santa atarina state. In Entomosporiose the incidence and severity were assessed weekly to onset of symptoms in 100 random leaves, distributed in 4 medium branches per plant. The incidence was calculated by the percentage of leaves with at least one lesion relative to the total number of leaves evaluated and severity of infection classes. The experiments were consucted in comercial orchards in the municipalities of Fraiburgo and Urupema/Santa Catarine State, during the growing seasons 2009/10 and 2010/11. During the period from June to September of each growing season, 10 buds of each pear combination with rootstock at the phenological stages of vegetative rest and opening the scales, were evaluated for the presence of necrosis. The buds were incubated in BDA and King B culture media for fungi and bactéria identification, respectively. The fungal identification was performed by visualization of reproductive structures and identification Keys. For bacterial identification, purê cultures have been featured by LOPAT as described by Shaad (2001). The necrosis presence or not were correlated with pears combinations phenological stage and causal agente of necrosis. The Entomosporiose incidence and severity date were used to plotted the progress curves of the disease and the epidemix compared with respect to: a) the beginning of symptoms appearance (BSA); b) time to reach maximum incidence and severity of disease (TRMDI and TRMDS), c) masimum incidence and severity (Smax and Imax) and d) área under teh cuirve of progress in the incidence and severity of disease (AUCPID and AUCPSD). The necrotic buds showed the presence of Pseunomonas syringae and Xanthomonas spp bactéria and there is no significant difference of the correlation of buds necorsis occurrences with cultivars, rootstock and phonological stage evaluated. The identified bactéria were involved, in necrosis of flowers buds of the European pear as a factor inducing seconfary. All combinations of cultivars with rootstocks were susceptible to E. mespili, and the higher intensity of disease occurred in the Santa Maria cultivar, regardless of the rootstock used. There were significant diferences in the Entomosporiose incidence and severity progress curves of the cultivars Rocha, Abate Fetel and Santa Maria / Este trabalho objetivou avaliar a dinâmica temporal da Entomosporiose em diferentes combinações de cultivares copa pereira europeia (Rocha, Abate Fetel e Santa Maria) sobre diferentes portaenxertos (Marmelo A e Marmelo Adams) e avaliar a etiologia e a evolução da necrose de gemas florais em combinações de cultivares copa (Clapp´sFavorite, Packham´sTriumph, Conference, William s, Rocha, Abate Fetel, Santa Maria, Decana) de pereira europeia sobre diferentes portaenxertos (Marmelo A, Marmelo C e Marmelo Adams) nas condições edafoclimáticas do estado de Santa Catarina. Na Entomosporiose a incidência e a severidade foram avaliadas semanalmente ao surgimento dos primeiros sintomas em 100 folhas aleatórias, distribuídas em 4 ramos medianos por planta. A incidência foi calculada pela percentagem das folhas com pelo menos uma lesão em relação ao número total de folhas avaliadas e a severidade através de classes de infecção. Os experimentos de necrose foram conduzidos em pomares comerciais nos municípios de Fraiburgo e Urupema durante as safras 2009/10 e 2010/11. No período de junho a setembro foram coletas 10 gemas de cada combinação e área experimental, nos estádios fenológicos de repouso vegetativo e abertura das escamas, e avaliadas quanto a presença de necrose. As gemas foram incubadas em meios de cultura específico para fungos (BDA) e para bactérias (B de King). A identificação fúngica foi realizada através da visualização das estruturas reprodutivas e chaves de identificação. Para identificação bacteriana, culturas puras foram caraterizadas através do LOPAT segundo a descrição de Shaad (2001). A presença ou não de necrose de gemas foram correlacionadas com as combinações de cultivares e portaenxertos, estádio fenológicos e agente causal. Com os dados de incidência e severidade da Entomosporiose foram plotadas curvas de progresso da doença e as epidemias comparadas em relação a: a) início do aparecimento dos sintomas (IAS); b) tempo para atingir a máxima incidência e severidade da doença (TAMID e TAMSD); c) valor máximo de incidência e severidade (Imax e Smax) e d) área abaixo da curva do progresso da incidência e da severidade da doença (AACPID e AACPSD). Nas gemas necrosadas, verificou-se a presença das bactérias Pseudomonas syringae do gênero e Xanthomonas e não houve diferenças significativas na ocorrência de necrose das gemas tanto nas combinações de cultivares e portaenxerto quanto nos estádios fenológicos avaliados. As bactérias identificadas estão envolvidas na necrose de gemas florais de pereira europeia como um fator indutor secundário. Todas as combinações de cultivares e portaenxertos foram suscetíveis a Entomosporium mespili e a maior intensidade de doença ocorreu na cultivar Santa Maria, independente do portaenxerto utilizado. Houve diferença significativa nas curvas de progresso da doença tanto da incidência quanto da severidade da Entomosporiose nas cultivares Rocha, Abate Fetel e Santa Maria

Habenaria é um dos maiores gêneros da família Orchidaceae, e estimativas atuais pressupoem a existência de aproximadamente 835 espécies. Habenaria seção Pentadactylae com 34 espécies é a maior entre as 14 seções do gênero existente no novo mundo e compreende um conjunto de espécies morfologicamente bastante heterogênea. A fim de investigar a monofilia da seção e sua relação com outras seções do gênero, foram executadas análise Bayesiana e de Máxima Parcimônia com o emprego de um marcador nuclear (ITS) e três marcadores plastidiais (matK, intron trnK, rps16-trnk). Os resultados demonstraram que a seção Pentadactylae é altamente polifilética. Baseado nas análises filogenéticas e reavaliação de caracteres morfológicos, a seção Pentadactylae foi recircunscrita neste trabalho e sete espécies são aceitas: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis e H. pentadactyla, enquanto outras 32 espécies foram excluídas. Habenaria crassipes é reconhecida como um sinônimo de H. exaltata. Lectótipos são designados para H. crassipes e H. recta. Todas as espécies da seção habitam pântanos ou locais bastante úmidos; com área de distribuição passando pelo norte da Argentina, Uruguai, Paraguai, sul, sudeste e centro do Brasil. O estado do Rio Grande do Sul (sul do Brasil), possivelmente, constitui um centro de diversidade da seção onde todas as espécies podem ser encontradas. A biologia reprodutiva de duas espécies da seção Pentadactylae, H. megapotamensis e H. montevidensis; e duas espécies da seção Macroceratitae, H. johannensis e H. macronectar, foram estudas. Todas as espécies estudadas oferecem néctar como recompensa floral aos polinizadores, produzido no interior de um prolongamento do labelo denominado esporão. Habenaria montevidensis é polinizada por borboletas da família Hesperiidae, enquanto as demais espécies são polinizadas por mariposas da família Sphingidae. Todas as espécies estudadas são auto-compatíveis mas dependentes de agentes polinizadores para a produção de frutos. O sucesso reprodutivo é alto (69,48 - 93%). Na área de estudo, todas as quatro espécies estudadas são reprodutivamente isoladas devido a um conjunto de fatores tais como diferenças na morfologia floral e diferentes polinizadores. / Habenaria is one of the largest genus of Orchidaceae family and current stimates accounts to the existence of 835 species. Habenaria section Pentadactylae with 34 species is the largest among the 14 New World sections of the genus and comprises a morphologically heterogeneous group of species. To investigate the monophyly of the section and the relation with other sections of the genus, Bayesian and parsimony analyses using one nuclear marker (ITS) and three plastid markers (matK, trnK intron, rps16-trnK) were performed. The results demonstrated that sect. Pentadactylae is highly polyphyletic. Based on the phylogenetic analyses and re-evaluation of morphological characters, Habenaria sect. Pentadactylae is re-circumscribed and seven species are accepted for the section: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis and H. pentadactyla, while other 32 species were excluded. Habenaria crassipes is included under the synonym of H. exaltata. Lectotypes are designated for H. crassipes and H. recta. All species in the section are from marshes or wet grasslands and range from Northern Argentina, Uruguai, Paraguai and south, southeast and center of Brazil. The Rio Grande do Sul state (south Brazil), possibly constitute a diversity center of the section where every species can be founded. Most are rare, known by few populations, and threatened due to loss of habitat and population decline. The reproductive biology of two species from the section Pentadactylae, H. megapotamensis and H. montevidensis; and two species from the section Macroceratitae, H. johannensis and H. macronectar, were studied. All studied species offer nectar as floral reward concealed in a labellar process termed spur. Habenaria montevidensis is pollinated by Hesperiidae butterflies, while the remaining species are pollinated by Sphingidae moths. All studied species are self-compatible, but pollinator-dependent. The reproductive success is high (69.48 - 93%). At the study site, every four studied species are reproductively isolated by a set of factors that includes differing floral morphologies and different pollinators.

Seleção natural divergente é a principal força que leva a diferenciação entre espécies. Nas Angiospermas, a preferencia do polinizador é considerada um dos agentes de seleção na diversificação de caracteres florais. Além disso, eles podem contribuir na delimitação de linhagens e diversificação de linhagens devido a possibilidade de reduzir fluxo gênico entre os fenótipos em simpatria, contribuindo para o isolamento reprodutivo. Nesse trabalho, nós avaliamos a interação entre padrões de variação geográfica floral e processos ecológicos associados aos polinizadores de Sinningia allagophylla. Nós amostramos traços florais e frequência de polinizadores ao longo da distribuição geográfica dessa espécie. Germinação de grãos de pólen e desenvolvimento da semente também foram amostradas para determinar a ocorrência de mecanismos de isolamento reprodutivos adicionais em ação. Nós mostramos que atributos florais de S. allagophylla apresentam um claro padrão de diferenciação geográfica. É possível classificar indivíduos dentro de três tipos florais, estando estes relacionados as vertentes de distribuição sul, noroeste e sudeste da espécie. Tipos florais intermediários ocorrem entre as regiões sudeste e o sul. Diversos grupos de polinizadores estão associados com o padrão geográficos dos atributos florais. Beija-flores estão presentes ao longo de toda a distribuição geográfica e visita tipos florais independentemente de seus atributos, mas abelhas são mais comuns nos extremos da distribuição e apresentam fidelidade a um dado tipo floral. Sobre condições de simpatria, pode haver fluxo gênico entre fenótipos distintos devido as visitas de beija-flores. No entanto, visitas seletivas de abelhas a um dos tipos florais e germinação do pólen e o desenvolvimento da semente reduzidos em indivíduos com traços florais intermediários resultam na ausência de coesão e perda dos fenótipos originais. Em conclusão, consideramos que mecanismos ecológicos associados em parte a interação planta-polinizador possam contribuir para a diferenciação das linhagens em Sinningia allagophylla. Tal informação adiciona a possibilidade de que mecanismos outros que os reconhecidamente vigentes possam contribuir para a especiação deste clado. / Divergent natural selection is a leading force of species differentiation. In flowering plants, pollinator\'s preference is considered to work as selective agent and can contribute to the diversification of floral traits. Because of pollinator role preventing gene flow under sympatric condition, they can also work as a component of reproductive isolation. Here we establish a link between geographic pattern and ecological process of differentiation in floral morphology and pollinator fidelity in Sinningia allagophylla. We sampled floral traits and pollinator frequency across the species geographic ranges. Germination of pollen grains and seed development were also sampled to determine the occurrence of additional reproductive isolation mechanisms in action. We show that floral traits of S. allagophylla present a clear pattern of geographic differentiation. It is possible to sort individuals within three floral types related to the south, southeast and northwest species range. Intermediate floral types occur between south-southeast distribution ranges. Diverse group of pollinators are associated with geographic pattern of floral traits. Hummingbirds are present across the entire geographic range and visit floral types independent of its traits, but bees are more frequent in the boundaries of distribution and show fidelity to one or other phenotype. Under sympatric condition, gene flow occurs between individuals with different floral traits due to hummingbird visits. However, bee preference of phenotypes, reduced pollen germination and seed development of individuals in the contact zones contributed to the maintenance of distinct phenotypes. In conclusion, we considered that ecological mechanisms associated with the plant-pollinator interaction are contributing partially to the differentiation of lineages in Sinningia allagophylla. This information sheds new light to the actual comprehension of speciation within this clade.

Habenaria é um dos maiores gêneros da família Orchidaceae, e estimativas atuais pressupoem a existência de aproximadamente 835 espécies. Habenaria seção Pentadactylae com 34 espécies é a maior entre as 14 seções do gênero existente no novo mundo e compreende um conjunto de espécies morfologicamente bastante heterogênea. A fim de investigar a monofilia da seção e sua relação com outras seções do gênero, foram executadas análise Bayesiana e de Máxima Parcimônia com o emprego de um marcador nuclear (ITS) e três marcadores plastidiais (matK, intron trnK, rps16-trnk). Os resultados demonstraram que a seção Pentadactylae é altamente polifilética. Baseado nas análises filogenéticas e reavaliação de caracteres morfológicos, a seção Pentadactylae foi recircunscrita neste trabalho e sete espécies são aceitas: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis e H. pentadactyla, enquanto outras 32 espécies foram excluídas. Habenaria crassipes é reconhecida como um sinônimo de H. exaltata. Lectótipos são designados para H. crassipes e H. recta. Todas as espécies da seção habitam pântanos ou locais bastante úmidos; com área de distribuição passando pelo norte da Argentina, Uruguai, Paraguai, sul, sudeste e centro do Brasil. O estado do Rio Grande do Sul (sul do Brasil), possivelmente, constitui um centro de diversidade da seção onde todas as espécies podem ser encontradas. A biologia reprodutiva de duas espécies da seção Pentadactylae, H. megapotamensis e H. montevidensis; e duas espécies da seção Macroceratitae, H. johannensis e H. macronectar, foram estudas. Todas as espécies estudadas oferecem néctar como recompensa floral aos polinizadores, produzido no interior de um prolongamento do labelo denominado esporão. Habenaria montevidensis é polinizada por borboletas da família Hesperiidae, enquanto as demais espécies são polinizadas por mariposas da família Sphingidae. Todas as espécies estudadas são auto-compatíveis mas dependentes de agentes polinizadores para a produção de frutos. O sucesso reprodutivo é alto (69,48 - 93%). Na área de estudo, todas as quatro espécies estudadas são reprodutivamente isoladas devido a um conjunto de fatores tais como diferenças na morfologia floral e diferentes polinizadores. / Habenaria is one of the largest genus of Orchidaceae family and current stimates accounts to the existence of 835 species. Habenaria section Pentadactylae with 34 species is the largest among the 14 New World sections of the genus and comprises a morphologically heterogeneous group of species. To investigate the monophyly of the section and the relation with other sections of the genus, Bayesian and parsimony analyses using one nuclear marker (ITS) and three plastid markers (matK, trnK intron, rps16-trnK) were performed. The results demonstrated that sect. Pentadactylae is highly polyphyletic. Based on the phylogenetic analyses and re-evaluation of morphological characters, Habenaria sect. Pentadactylae is re-circumscribed and seven species are accepted for the section: H. dutraei, H. ekmaniana, H. exaltata, H. henscheniana, H. megapotamensis, H. montevidensis and H. pentadactyla, while other 32 species were excluded. Habenaria crassipes is included under the synonym of H. exaltata. Lectotypes are designated for H. crassipes and H. recta. All species in the section are from marshes or wet grasslands and range from Northern Argentina, Uruguai, Paraguai and south, southeast and center of Brazil. The Rio Grande do Sul state (south Brazil), possibly constitute a diversity center of the section where every species can be founded. Most are rare, known by few populations, and threatened due to loss of habitat and population decline. The reproductive biology of two species from the section Pentadactylae, H. megapotamensis and H. montevidensis; and two species from the section Macroceratitae, H. johannensis and H. macronectar, were studied. All studied species offer nectar as floral reward concealed in a labellar process termed spur. Habenaria montevidensis is pollinated by Hesperiidae butterflies, while the remaining species are pollinated by Sphingidae moths. All studied species are self-compatible, but pollinator-dependent. The reproductive success is high (69.48 - 93%). At the study site, every four studied species are reproductively isolated by a set of factors that includes differing floral morphologies and different pollinators.

A migração da citricultura paulista das regiões norte e central para a região sudoeste, tem submetido a cultura à clima mais chuvoso e, consequentemente, à maior ocorrência da podridão floral dos citros (PFC). A PFC, cujo agente causal é C. acutatum, induz a abscisão de frutos jovens e pode causar perdas de 100%. Alguns componentes do monociclo dessa doença ainda encontram-se indefinidos. Os processos de sobrevivência e colonização têm sido sustentados por evidências oriundas de experimentos não conclusivos. Até o momento, os métodos de detecção não têm sido eficazes para detectar o patógeno em folhas assintomáticas de citros, além de não serem capazes de quantificá-lo. Diante dessas lacunas, esse trabalho buscou avaliar o período de sobrevivência do patógeno na superfície de folhas assintomáticas entre as floradas; verificar se o patógeno coloniza os tecidos das folhas de citros; estabelecer um método sensível para detecção e quantificação de C. acutatum e C. gloeosporioides na superfície foliar e; monitorar quantitativamente os patógenos em campos de produção de citros no Estado de São Paulo. A sobrevivência do patógeno foi avaliada em condições controladas, casa de vegetação e condições ambientais. Foi notado que o patógeno sobreviveu até sete meses em condições controladas, até dez meses em casa de vegetação e até seis meses sob condições ambientais. Chuvas regulares associadas ao molhamento foliar prolongado, auxiliaram na manutenção e sobrevivência do inóculo na superfície foliar. O processo de colonização do patógeno foi investigado por microscopia de luz, transmissão e confocal. Não foi observada colonização do patógeno em tecidos foliares. O peg de penetração proveniente dos apressórios penetrou a cutícula e ficou restrito numa camada péctica, acima da parede periclinal da epiderme. Diferentes métodos foram avaliados para a detecção e quantificação de C. acutatum e C. gloeosporioides em folhas de citros. Foi desenvolvida uma PCR em tempo real (qPCR) e uma PCR multiplex em tempo real (qPCR multiplex), ambas específicas e altamente sensíveis à detecção dos patógenos. O DNA da planta não influenciou na amplificação da qPCR. As qPCR foram muito mais sensíveis que a PCR convencional e Nested-PCR. Distintos métodos para processamento das amostras e para obtenção do DNA foram avaliados. O método do congelamento e a maceração do tecido foliar, foram os mais eficazes para o processamento da amostras e, a extração do DNA (CTAB ou Qiagen) foi melhor método de obtenção do DNA para quantificação dos patógenos. O spot e extração do DNA foram validados para a detecção dos patógenos tanto para a qPCR quanto para a qPCR multiplex. O monitoramento dos patógenos foi realizado em áreas localizadas em duas distintas regiões do Estado de São Paulo. Foi notado considerável aumento na quantidade de inóculo quando ocorreram chuvas regulares, com muitos dias com chuvas. O inóculo se concentrou no interior da copa em épocas com baixo volume de chuvas. A quantidade de inóculo de C. acutatum na área localizada em Santa Cruz do Rio Pardo foi consideravelmente maior que na área de Barretos e ambas apresentaram quantidades similares de C. gloeosporioides. / The migration of the citrus culture in São Paulo State from the northern and central regions to the south-western region submitted the culture to a wetter climate and, consequently, a higher incidence of postbloom fruit drop (PFD). PFD, whose causal agents are C. acutatum and C. gloeosporioides, induces the abscission of young fruits and can causes loss of 100% of the culture. Some monocycle components of this disease are still undetermined. The survival and colonization processes are supported by evidences from inconclusive experiments. To date, the detection methods have not been effective in detecting and quantifying the pathogen in asymptomatic citrus leaves. This study aimed to assess the survival period of C. acutatum on the surface of asymptomatic leaves between the flowering seasons, to verify whether the pathogen colonizes the tissues of citrus leaves of citrus, to establish a sensitive method for detection and quantification of C. acutatum and C. gloeosporioides on leaves surface and to monitor quantitatively the pathogens in citrus orchards in the State of São Paulo in Brazil. The survival of the pathogen was evaluated under controlled conditions, in a greenhouse and in environmental conditions. The pathogen survived for seven months under controlled conditions, ten months in a greenhouse and six months under environmental conditions. Regular rainfall associated with the prolonged leaf wetness favored the maintenance and survival of the inoculum on the leaf surface. The colonization process of the pathogen was investigated by light, confocal and transmission microscopy. Pathogen colonization was not observed on leaf tissues. The penetration peg from appressoria penetrated the cuticle and was restricted in a pectic layer on the periclinal epidermal wall. Different methods were evaluated for the detection and quantification of C. acutatum and C. gloeosporioides on leaves of citrus plants. It was developed a realtime PCR (qPCR) and a real-time multiplex PCR (qPCR multiplex), both specific and highly sensitive in the detection of pathogens. The plant DNA did not influence the qPCR amplification. The qPCRs were much more sensitive than the conventional PCR and Nested-PCR. Different methods for sample processing and for DNA extraction were evaluated. The freezing and maceration methods of foliar tissue were the most effective for sample processing and the DNA extraction (CTAB or Qiagen) was best method for extracting the DNA for pathogen quantification. The Spot and DNA extraction were validated for the detection of pathogens for both qPCR and multiplex qPCR. The monitoring of pathogens was carried out in two separate regions of the State of São Paulo in Brazil. It was observed a considerable increase in the number of inoculum when regular rainfall occurred, with many rainy days. The inoculum was concentrated within the tree canopy in seasons with low volume of rainfall. The number of inoculum of C. acutatum the at region of Santa Cruz do Rio Pardo was considerably higher than in the region of Barretos and both showed similar amounts of C. gloeosporioides.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-10-07T13:25:21Z No. of bitstreams: 1 mateusaparecidoclemente.pdf: 1478213 bytes, checksum: c23d979793df401efab60284dd39526f (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-10-11T15:27:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mateusaparecidoclemente.pdf: 1478213 bytes, checksum: c23d979793df401efab60284dd39526f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-11T15:27:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mateusaparecidoclemente.pdf: 1478213 bytes, checksum: c23d979793df401efab60284dd39526f (MD5) Previous issue date: 2009 / Em Minas Gerais as áreas de Mata Atlântica, Campo Rupestre e Mata Ciliar destacam-se devido sua relevância para a Biologia da Conservação com expressiva diversidade, incluindo a de vespas sociais. Este grupo de insetos, que no Brasil está representado pelos Polistinae, causa considerável impacto nos ecossistemas, já que as vespas são importantes predadoras e visitantes florais. Este trabalho teve como objetivo estudar a estrutura e composição da taxocenose de vespas sociais durante os períodos quente/úmido e frio/seco e verificar a eficiência dos métodos de coleta utilizados na captura desses insetos no Parque Estadual do Ibitipoca. Também foi estimada a riqueza, diversidade, abundância, amplitude do nicho e a equitatividade de vespas sociais visitantes em flores deste local. Foram realizadas 12 coletas em três fitofisionomias (Campo Rupestre, Mata Ciliar e um fragmento de Mata Atlântica) no período de novembro de 2007 a outubro de 2008. Usou-se três metodologias de coleta: busca ativa com auxílio de uma rede entomológica; busca pontual onde eram vistoriadas plantas em floração com vespas visitantes e armadilhas com suco de maracujá ou caldo de sardinha. Foram coletados 926 indivíduos de vespas sociais distribuídos em 21 espécies e oito gêneros sendo para a busca ativa (18 espécies), busca pontual (15 espécies), armadilha atrativa de suco de maracujá (sete espécies) e caldo de sardinha (cinco espécies). A Mata Ciliar apresentou a maior riqueza de espécies (19), seguida pelo Campo Rupestre (14) e Mata Atlântica (5), porém o Campo Rupestre apresentou a maior diversidade (H’= 2,16) em relação à Mata Ciliar (H’= 1,43) e Mata Atlântica (H’= 0,18), O cálculo da constância das espécies demonstrou que 38,08 % foram acidentais (C<25%), 38,08% acessórias (25% <C< 50%) e 23,84% constantes (C>50%). Nos períodos frio/seco e quente/úmido, para as três áreas estudas o teste de Spearman demonstrou que não houve correlação significativa da riqueza e abundância com as variáveis temperatura e pluviosidade. Foram coletados 103 indivíduos pertencentes a 15 espécies e sete gêneros visitando flores de 27 espécies de plantas (14 famílias). As famílias mais visitadas foram Erythroxylaceae (10 espécies) e Asteraceae (10 espécies) que também se destacou com a maior abundância de indivíduos (55). Mischocyttarus confusus, Mischocyttarus drewseni e Polybia sp2 foram as mais abundantes na Mata Ciliar e para o Campo Rupestre foi Polybia sp2. A diversidade de vespas sociais em flores na Mata Ciliar (H’= 0,78 e J’= 0,75) foi maior que no campo Rupestre (H’= 0.30 e J’= 0,39) e não houve diferenças significativas entre os índices de Shannon-Wiener para os dois locais estudados (Z(U) = 1.8475 (p) =0.0647. A amplitude do nicho trófico apresentou uma variação de 0,63 a 10 2,42 sendo M. drewseni visitante em 12 das 27 espécies de plantas do Parque Estadual do Ibitipoca registradas no período de estudo alcançando o maior valor da amplitude do nicho (2,42) e Polybia sp2, que visitou nove das 27 espécies vegetais apresentando maior abundância durante o período de coleta. Conclui-se que nenhuma das metodologias de amostragem capturou todas as espécies registradas no presente estudo, sendo o mais indicado a utilização destas em consórcio e a riqueza e diversidade variaram de acordo com as características fitofisionomicas de cada área, disponibilizando recursos e locais de nidificação. As vespas atuaram como visitantes regulares em flores do presente estudo, indicando a importância destes insetos na busca por néctar em diferentes flores do Parque Estadual do Ibitipoca / In Minas Gerais, areas of the Atlantic Forest, Rupestre fields and the Riparian Forest have been highlighted due to their importance for Conservation Biology, presenting high diversity and including social wasps. This group of insects, which is represented by Polistinae in Brazil, causes considerably high damage on ecosystems, since they are important predators and floral visitors. The objective of this work was to study the structure and taxocenosis composition of social wasps during the hot/humid and cold/dry seasons, and to observe the efficiency of the collection methods used to capture these insects at Ibitipoca State Park. The work also estimated richness, diversity, abundance, niche amplitude and evenness of the flower-visiting social wasps. In three phytophysiognomies (Rupestre fields, the Riparian Forest and an Atlantic Forest fragment), 12 collections were carried out from November 2007 to October 2008. Three collection methods were used: the active search, with the aid of an entomological net; the punctual method, with plants in the flowering periods being visited by wasps, and attractive traps with passion fruit juice or broth of sardines (sardines preserved and water). A total of 926 social wasp individuals were collected, and distributed among 21 species and eight genera in the active search (18 species), in the punctual method (15 species), in traps with passion fruit juice (seven species) and sardines (five species). The Riparian Forest presented the highest species richness (19), followed by Rupestre fields (14) and the Atlantic Forest (5), though Rupestre fields showed higher diversity (H’= 2.16) than the Riparian Forest (H’= 1.43) and the Atlantic Forest (H’= 0.18). The regular rate calculation of the species showed that 38.08 % were accidental (C<25%), 38.08% accessories (25% <C< 50%), and 23.84% constant (C>50%). In the cold/dry and hot/humid seasons, considering the three areas of study, the Spearman test showed that there was no significant correlation between richness and abundance and the climatic variables temperature and pluviosity. A total of 103 individuals were obtained, belonging to 15 species and seven genera, visiting flowers of 27 species of plants (14 families). The families with the highest number of visitors were Erythroxylaceae (10 species) and Asteraceae (10 species), which also stood out with the highest values for abundance of individuals (55). Mischocyttarus confusus, Mischocyttarus drewseni and Polybia sp2 were the most abundant in the Riparian Forest, and Polybia sp2 in Rupestre fields. The diversity of flower-visiting social wasps in the Riparian Forest (H’= 0.78 and J’= 0.75) was higher than in Rupestre fields (H’= 0.30 and J’= 0.39), and there were no significant differences between the Shannon-Wiener indices for the two locations studied 12 (Z(U)= 1.84 (p)= 0.064. The amplitude index of trophic niche showed variations from 0.63 to 2.42, with M. drewseni visitors present in 12 among the 27 species of plants at Ibitipoca State Park, being recorded during the study period with the highest amplitude index of trophic niche (2,42) Polybia sp2 visited nine of the 27 vegetable species, and showed higher abundance during the collection period. It may be concluded that no sampling method alone captured all the species recorded in the present study, a fact that indicates the use of all methods combined. In addition, richness and diversity varied according to phytophysiognomic characteristics of each location, with available resources and places for nidification. Wasps were regular floral visitors in the present study, showing the importance of these insects in search of nectar in different flowers at Ibitipoca State Park.

Philosophiae Doctor - PhD / Moss frogs are restricted to permanently moist terrestrial habitats in the south-western Cape Fold Mountains. There is a very close association between Arthroleptella distribution and Table Mountain Sandstone. Suitable habitats are generally occupied by allopatric populations of moss frogs. Comprehensive spatial sampling of moss frogs (genus Arthroleptella) in the Cape Floristic Region biodiversity hotspot yielded 192 new distribution records; 5 842 advertisement calls from 240 individual male frogs; 31 Rag-1,76 16S, 54 12S sequences and morphological measurements of 90 specimens. There are many differences in male advertisement call and genetic sequences between populations on different mountain ranges, even over small distances. A mitochondrial and nuclear gene phylogeny of the southern African Pyxicephalidae places Natalobatrachus as the sister genus to Arthroleptella. Application of a Bayesian relaxed molecular clock model indicates that Arthroleptella arose between 20 and 39 Ma. Phylogenetic trees return two main clades within Arthroleptella: one consists of species which exhibit chirp-like calls and the second contains species with longer calls composed of a series of clicks. These two clades diverged between 19 and 22 Ma. There is a general pattern of strong phylogeographic structure with many small, isolated populations. Three species are identified within the Chirping clade and seven in the Clicking clade, including three undescribed species. This population structure is a result of the patchy distribution of suitable habitat and low vagility of the moss frogs.The distribution and speciation of moss frogs has been affected by drying and cooling climate change, changing geomorphology over the last 20 Ma and the increasing prevalence of fire over the last 5 Ma. An assessment of the threat status of each species according to IUCN criteria categorised one species as Least Concern, seven as Near Threatened, one as Vulnerable and one as Critically Endangered. The primary threats to Arthroleptella are invasive alien plants and increased fire frequencies and intensities.

Rice have highly derived florets borne on a short branch called ‘spikelet’ comprised of a pair of rudimentary glumes and sterile lemma (empty glumes) that subtends a single fertile floret. The floral organs consist of a pair of lodicules, six stamens and a central carpel that are enclosed by a pair of bract-like organs, called lemma and palea. A progressive reprogramming of meristem identity during the floral development of flowers, on branches on the inflorescence, is correlated with changes in transcriptional status of regulatory genes that execute cascades of distinct developmental events. On the other hand phytohormones such as auxin and cytokinin that are critical in predetermining the sites of new organ primordia emergence and in maintaining the size or populations of meristems. Molecular genetic analyses of mutants have expanded the repository of genes regulating floral organ specification and identity, yet the finer mechanistic details on process downstream to these regulatory genes and co-ordination with phytohormone signalling pathways needs further investigation. One aim of the study presented in this thesis is to develop a tool that would display of spatial description of dynamic auxin or cytokinin accumulation in developing rice inflorescence and floral meristems and to evaluate auxin distribution defects of OsMADS1-RNAi florets using this tool. Additionally, we aim to understand the regulatory effects on OsMADS1 on candidate floral organ and meristem fate determining genes during two temporal phases of flower development to decipher other regulatory cascades controlled by OsMADS1. Spatial distribution profile of phytohormones in young and developing meristems of rice Cytokinin promotes meristem activity (Su et al., 2011) while auxin accumulation, directed by auxin efflux transport PIN proteins predicts sites of new organ initiation (Reinhardt et al., 2003; van Mourik et al., 2012). Previous studies in the lab deciphered that OsMADS1 exerts positive regulatory effects on genes in auxin pathways and repressive effects on cytokinin signaling and biosynthetic genes (Khanday et al., 2013). Thus, the need for a reliable system to understand auxin and cytokinin activity in live inflorescence and floral meristems of rice motivated us to raise promoter: reporter tools to map the spatial and temporal phytohormone distribution. Confocal live imaging conditions in primary roots of IR4DR-GFP and DR5-CyPet lines was performed and responsiveness of the DR5 elements to auxin was authenticated. Auxin maxima were distinctly seen in the epidermal and sub-epidermal cells of inflorescence branch primordia anlagen and apices of newly emerged branch primordia. As floral organs were being initiated, on the floret meristem, we discerned the sequential appearance of auxin accumulation at sites of organ primordia while apices of early floral meristems (FM) showed low auxin content. We clearly detect canalization of auxin streams marking regions of vascular inception. Using this live imaging system we probed auxin patterns and levels in malformed and indeterminate OsMADS1-RNAi florets and we observed a significant reduction in the levels of auxin. Two oppositely positioned peaks of auxin were noted in the persistent FM of OsMADS1-RNAi florets, a pattern similar to auxin dynamics at sites of rudimentary glume primordia on the wild-type (WT) spikelet meristem. These studies were followed up with immunohistochemistry (IHC) on fixed tissues for “PIN” transport proteins that suggest PIN convergence towards organ initiation sites, regions where auxin accumulation was clearly visualized by the IR4DR5-GFP and DR5-CyPet reporters. IHC experiments that detected GFP, in fixed tissues of TCSn-mGFP ER (WT) and TCSn-mGFP ER;OsMADS1-RNAi (OsMADS1-RNAi) inflorescence and florets showed an ectopic increase in the domain of cells with cytokinin response in OsMADS1-RNAi florets, compared to that of WT. Intriguingly, cytokinin responsive cells persisted in the central FM of OsMADS1-RNAi florets that might partially account for some of the FM indeterminacy defects seen in these florets. A correlative observation of these different imaging data hint at some exclusive patterns of the IR4DR5/DR5 and TCSn reporters that in turn lead us to speculate that a cross talk between auxin and cytokinin distribution may contribute to the precise phyllotaxy of lateral organs in rice inflorescence. Studies on novel targets of OsMADS1 in floral organ identity and meristem determinacy Loss of OsMADS1 function results in rice florets with miss specified floral organs and an indeterminate carpel produces new abnormal florets. Despite having several mutants in OsMADS1, mechanisms of how OsMADS1 regulates meristem maintenance and termination is not well understood. Global expression profile in OsMADS1-RNAi vs. WT tissues encompassing a wide range of developing florets (0.2 to 2cm panicles), gave an overview of OsMADS1 functions in many aspects of floret development. Here, a gene-targeted knockout of OsMADS1 named - osmads1ko (generated in a collaborative study) was characterized and found to display extreme defects in floral organs and an indeterminate FM. Strikingly, in addition to loss of determinacy, FM reverts to a prior developmental fate of inflorescence on whose new rachis are leaf-like malformed florets. We suggest these phenotypes reflect the null phenotype of OsMADS1 and its role in meristem fate maintenance. We tested gene expression levels for some proven targets of OsMADS1 (Khanday et al., 2013) and utilized panicles in two developmental phases- young early FMs (panicles of 0.2 to 0.5 cm) and older florets with organ differentiation (panicles of 0.5 to 1cm). We observed temporally different effects on the regulation of OsMADS34 that together with histology of young osmads1ko inflorescences suggest that the mutant is impeded for spikelet to floral meristem transition. In addition, OsMADS1 had a positive regulatory effect on genes implicated for lemma and palea organ identity such as OsIDS1, OsDH1, OsYABBY1, OsMADS15, OsMADS32, OsDP1 and OsSPL16 in both young and old panicles while OsIG1 was negatively regulated in both phases of development. MADS-box genes important for carpel and ovule development - OsMADS13 and OsMADS58 were had significantly reduced expression in florets undergoing organ differentiation. OsMADS1 positively regulated several other non MADS-box developmental genes - OsSPT, OsHEC2 and OsULT1, whose Arabidopsis homologs control carpel development and FM determinacy. These genes are de-regulated in later stages of osmads1ko floret development and are unaffected in younger panicles. Finally, OsMADS1 continually activated meristem maintenance genes - OsBAM2-like and OsMADS6 while the activation of OSH1 in early floral meristems was later altered to a repressive effect in developing florets. Perhaps such dynamic temporal effects on meristem genes are instrumental in the timely termination of the floral meristem after floral organ differentiation. More importantly, we show that regulation of many of these genes is directly affected by OsMADS1, through our studies on expression levels before and after chemical induction of OsMADS1-GR protein in amiRNAOsMADS1 florets. Further, some key downstream targets were re-affirmed by studying expression status in transgenic lines, with the OsMADS1-EAR repressive protein variant. These results provide new insights into the developmentally phased roles of OsMADS1 on floral meristem regulators and determinants of organ identity to form a determinate rice floret. Gene networks regulated by OsMADS1 during early flower development To identify global targets in early floret meristems, we determined the differential RNA transcriptome in osmads1ko tissues as compared to wild-type tissues. These data revealed regulators of inflorescence architecture, floral organ identity including MADS-box floral homeotic factors, factors for meristem maintenance, auxin response, transport and biosynthesis as some of the important functional classes amongst the 2725 differentially expressed genes (DEGs). Integrating DEGs with OsMADS1 ChIP-seq data (prior studies from our lab) we deciphered direct vs. indirect and positive vs. negatively regulated targets of OsMADS1. These datasets reveal an enrichment for functional categories such as metabolic processes, signaling, RNA transcription and processing, hormone metabolism and protein modification. Using Bio-Tapestry plot as a tool we present a visualization of a floral stage-specific regulatory network for genes with likely functional roles in meristem specification and in organ development. Further, to examine if indirect targets regulated by OsMADS1 could be mediated through transcription factors (that are themselves direct targets), we constructed a small network with the transcription factors OSH1, OSH15 and OsYABBY1 as key nodal genes and we predicted their downstream effects. Taken together, these analyses provide examples of the complex networks that OsMADS1 controls during the process of rice floret development. In summary, we surmise that defect in phytohormone distribution in OsMADS1 knockdown florets results in irregular patterns of lateral organ primordia emergence. In addition, the derangements in the developmentally stage specific expression of floral meristems identity and organ identity genes culminates in miss-specified and irregularly patterned abnormal organs in Osmads1 florets. Thus, our study highlights the versatility of OsMADS1 in regulating components of hormone signaling and response, and its effects on various floral development regulators results in the formation of a single determinate floret on the spikelet. References: Khanday I, Yadav S.R, and Vijayraghavan U. (2013). Plant Physiol 161, 1970–1983. van Mourik S , Kaufmann K, van Dijk AD, Angenent G.C, Merks R.M.H, Molenaar J. (2012). PLOS One 1, e28762 Reinhardt D, Pesce E, Stieger P, Mandel T, Baltensperger K, Bennett M, Traas J, Friml J and Kuhlemeier C. (2003). Nature 426, 255-260 Su Y, Liu Y and Zhang X. (2011) Mol Plant 4, 616–625

Los Prunus tienen tendencia a cuajar muchos frutos, lo que reduce las posibilidades de obtener frutos con buen tamaño y calidad. Esta tesis doctoral describe una técnica agronómica basada en la aplicación de ácido giberélico (GA3), para reducir la floración y los costos de aclareo manual en cultivares de Prunus. También se estudian las implicaciones de los frutos y los inhibidores de la síntesis de giberelinas (Paclobutrazol, prohexadione-Ca) en el proceso de la floración. Complementariamente, se estudiaron los requerimientos de temperatura para la brotación y floración, y su dependencia de los contenidos en carbohidratos (CH). La aplicación de GA3 durante el período de inducción floral redujo la floración en unos 40%-50% en melocotones, nectarinas y ciruelos, siendo 50 mg 1-1 la dosis más adecuada de GA3. El tratamiento afectó la distribución de las flores a lo largo del ramo y algunos aspectos de la eficiencia del PSII. Se comprobó un efecto inhibidor del fruto sobre el proceso de floración, directamente mediante la reducción del número de yemas florales (YF), e indirectamente reduciendo el número de brotes en desarrollo. De ahí que se proponga la hipótesis de que la floración no es un proceso inductivo, sino más bien un proceso inhibitorio. Tanto el contenido de CH del floema de brotes y de raíces fibrosas, no ha podido relacionarse con el proceso de iniciación floral, aunque sí con los requerimientos energéticos para brotar. Sin embargo, se han encontrato evidencias de algunas perturbaciones en el proceso de reducción del ión nitrato en árboles con escasa tendencia a florecer. Los experimentos sobre varetas, demostraron que el frío promueve la brotación de yemas vegetativas (YV) y YF, siendo mayor el efecto sobre las primeras. Una gran acumulación de frío disminuye el porcentaje la brotación de las YF en cultivares con bajos requerimientos de frío disminuyendo el tiempò medio de brotación (MTB) de YV más rápidamente que el de YF. Se demuestra que existe una corr / González Rossia, DE. (2006). Control de la floración en el género prunus. Factores climáticos y nutricionales [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/1827 / Palancia