La navigation repose en majeure partie sur la vision puisque ce sens nous permet de rassembler des informations spatiales de façon simultanée et de mettre à jour notre position par rapport à notre environnement. Pour plusieurs aveugles qui se fient à l’audition, le toucher, la proprioception, l’odorat et l’écholocation pour naviguer, sortir à l’extérieur de chez soi peut représenter un défi considérable. Les recherches sur le circuit neuronal de la navigation chez cette population en particulier s’avèrent donc primordiales pour mieux adapter les ressources aux handicapés visuels et réussir à les sortir de leur isolement. Les aveugles de naissance constituent aussi une population d’intérêt pour l’étude de la neuroplasticité. Comme leur cerveau s’est construit en absence d’intrant visuel, la plupart des structures reliées au sens de la vue sont réduites en volume par rapport à ceux de sujets voyants. De plus, leur cortex occipital, une région normalement dédiée à la vision, possède une activité supramétabolique au repos, ce qui peut représenter un territoire vierge pouvant être recruté par les autres modalités pour exécuter diverses tâches sensorielles. Plusieurs chercheurs ont déjà démontré l’implication de cette région dans des tâches sensorielles comme la discrimination tactile et la localisation auditive. D’autres changements plastiques de nature intramodale ont aussi été observés dans le circuit neuronal de la navigation chez ces aveugles. Par exemple, la partie postérieure de l’hippocampe, impliquée dans l’utilisation de cartes mentales, est réduite en volume alors que la section antérieure est élargie chez ces sujets. Bien que ces changements plastiques anatomiques aient bel et bien été observés chez les aveugles de naissance, il reste toutefois à les relier avec leur aspect fonctionnel. Le but de la présente étude était d’investiguer les corrélats neuronaux de la navigation chez l’aveugle de naissance tout en les reliant avec leurs habiletés spatio-cognitives. La première étude comportementale a permis d’identifier chez les aveugles congénitaux une difficulté d’apprentissage de routes tactiles construites dans des labyrinthes de petite échelle. La seconde étude, employant la technique d’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle, a relié ces faiblesses au recrutement de régions cérébrales impliquées dans le traitement d’une perspective égocentrique, comme le lobule pariétal supérieur droit. Alors que des sujets voyants aux yeux bandés excellaient dans la tâche des labyrinthes, ces derniers recrutaient des structures impliquées dans un traitement allocentrique, comme l’hippocampe et le parahippocampe. Par ailleurs, la deuxième étude a confirmé le recrutement du cortex occipital dans une tâche de navigation chez les aveugles seulement. Ceci confirme l’implication de la plasticité intermodale dans des tâches cognitives de plus haut niveau, comme la navigation. / Navigation is predominately based on vision as it gathers spatial information simultaneously and allows a continuous update of our position relative to space. For many blind people who rely mainly on auditive, haptic, proprioceptive, olfactive and echolocating cues to navigate, leaving outside their home can be a challenge. Research on the navigational neural network in this particular population is therefore crucial to better adapt resources for visually impaired people and free them from isolation. Congenitally blind subjects are also an interesting population for the study of neuroplasticity. As their brain was built without any visual input, most structures related to vision are reduced in volume compared to those of seeing subjects. Moreover, their occipital cortex, a region normally dedicated to vision, has a suprametabolic activity at rest, which could represent a virgin territory that can be recruited by other modalities to accomplish various sensory tasks. Recently some researchers have demonstrated the involvement of this region in sensory tasks such as tactile discrimination and auditive localisation. Other intramodal plastic changes have also been observed in the blind’s navigational neural network. The posterior part of hippocampus, involved in cognitive mapping, is reduced in volume while the anterior section is enlarged in blind subjects. Although some anatomical plastic changes have been observed in congenitally blind’s brain navigational system, their functional aspect remains to be elucidated. The purpose of this study was to investigate the neural correlates of navigation in congenital blindness and to link them with the blinds’ spatio-cognitive skills. The first behavioral study identified route learning difficulties in congenitally blind participants when they were ask to navigate inside small-scaled tactile mazes. Using functional magnetic resonance imagery in the second study, these problems were associated with the recruitment of brain regions involved in an egocentric perspective processing, such as right superior parietal lobule. While blindfolded seeing subjects excelled in the maze task, they recruited structures involved in allocentric processing, such as hippocampus and parahippocampus. Moreover, the second study confirmed the recruitment of occipital cortex in a navigation task for blind subjects only. This strengthens the involvement of crossmodal plasticity in higher level cognitive tasks, such as navigation.

De nouvelles politiques au Québec font la promotion de la solidarité sociale, de la santé globale et de la responsabilisation de la population entière pour contrer l'augmentation des besoins de services engendrée par le vieillissement démographique. Cependant, elles peuvent créer des problèmes pour les personnes adultes vivant une situation récente de handicap et pour leur réseau de soutien familial. Souvent ces individus doivent s'adapter en plein cycle de vie à de nouvelles façons de vivre liées au handicap et à la dépendance à l'égard du soutien familial. Cette expérience soulève plusieurs questions concernant la qualité de vie chez ces individus en lien à la qualité du soutien familial reçu en période d'adaptation. Étant donné l'ampleur des informations scientifiques disponibles ayant trait à la qualité de vie en milieu familial chez ceux faisant l'expérience d'incapacités fonctionnelles, notre objectif de recherche est de relever la perspective des personnes ayant fait l'expérience, en plein cycle de vie, d'une perte importante de vision quant à la qualité du soutien familial reçu pendant la période d'adaptation à cette perte de vision. Plus singulièrement, nos deux objectifs spécifiques sont d'explorer et de décrire les aspects psychosociaux objectifs et subjectifs caractérisant la perspective de notre échantillon sur leur qualité de vie en lien à la qualité du soutien familial reçu pendant et depuis la période initiale d'adaptation à la perte importante de vision. De façon à comprendre et interpréter une situation particulière et culturelle en lien à notre cadre conceptuel du « Processus de production du handicap » [PPH] par Fougeyrollas (1995), nous nous sommes basés sur une théorie constructiviste et nous avons choisi une approche de recherche qualitative et interprétative (Lawrence Neuman, 2001). Notre méthode d'analyse s'appuie sur une méthode thématique et de catégorisation conceptuelle selon Paillé et Mucchielli (2008) et sur une méthode d'analyse de contenu selon Quivy et Van Campenhoudt (2006). Dans notre étude, huit participants ont apporté leur témoignage dans des entrevues téléphoniques et enregistrées selon un questionnaire semi-dirigé. Nos résultats fournissent une représentation réfléchie du vécu pendant et depuis la période initiale d'adaptation à partir : 1) du contexte existentiel démontrant la condition générale de vie ainsi que le fonctionnement physique et l'accès aux ressources sociales, 2) de la perception du bien-être physique, émotif et social, 3) de la perception de la qualité du soutien familial reçu, 4) de la perception de l'atteinte des objectifs personnels et, 5) de la perception de la réalisation des habitudes de vie. Les résultats de notre étude nous laissent entrevoir le rôle positif que jouent la motivation personnelle et la qualité du soutien familial et celui que peuvent jouer davantage les ressources sociales dans la promotion du bien-être physique, émotif et social en période d'adaptation à la perte importante de vision. Ce qui nous incite à offrir quelques pistes de futures recherches sur le processus de développement et de maintien des objectifs personnels en période de changement ou d'adaptation. Nous concluons notre étude avec les recommandations des participants qui attestent à l'importance de promouvoir en intervention auprès d'eux le maintien d'autonomie individuelle, de qualité d'interaction sociale, et ainsi de pleine participation en milieu socioculturel. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : handicap, qualité de vie, qualité du soutien social et familial, période d'adaptation.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Dans ce mémoire, nous décrivons le travail effectué pour étendre nos connaissances sur les sources d’instabilité instrumentales en imagerie de résonance magnétique, en particulier dans le domaine anatomique par une étude où cinq adultes ont été scannés quatre fois dans la même plate-forme IRM, deux fois avant et deux fois après une mise à niveau importante d’un scanner 3T de Siemens. Les volumes de l’hippocampe droit et gauche de chaque sujet ont été mesurés avec une segmentation manuelle. Nous avons analysé la fiabilité test-retest avant et après la mise à niveau du système d’IRM. Dans le domaine fonctionnel, cinq adultes ont été scannés quatre fois dans la même plate forme IRM deux fois avant et deux fois après la même mise à niveau du scanneur. Les acquisitions du signal BOLD sont faites dans deux différentes résolutions spatiales (2x2x2mm et 4x4x4mm) pour évaluer la sensibilité du signal BOLD sous conditions de haute et basse SNR. Une dernière étude fonctionnelle sur fantôme avait pour but d’étudier la stabilité de la machine pour les images fonctionnelles et détecter les sources de bruit de type machine. La séquence EPI (Echo Planar Imaging) d’écho de gradient à deux dimensions a été utilisée. Des analyses comme le pourcentage des fluctuations et l’analyse de Fourier des résidus ont également été réalisées. Nous résultats indiquent que les différences dans le matériel provenant d’une importante mise à niveau ne peuvent pas compromettre la validité des études structurelles et fonctionnelles faites à travers la mise à niveau du scanneur. Les acquisitions quotidiennes ont permis de suivre l’évolution de la stabilité et de détecter toute source de bruit qui peut détériorer la détection des activations dans les images fonctionnelles. / In this thesis, we describe work we carried out to extend our knowledge on instrumental sources of MRI variability, in both anatomical and functional imaging. The anatomical study involved five adults scanned four times in the same platform MRI twice before and twice after a major update of a 3T Siemens scanner. The volumes of left and right hippocampus of each subject were measured with a manual segmentation. We then analyzed the test-retest reliability before and after updating the MRI system. In the functional study, five adults were scanned four times on the same MRI system twice before and twice after a major hardware update. Blood oxygenation level- dependent (BOLD) acquisitions were made at two different spatial resolutions (2x2x2mm and 4x4x4mm) to assess the reproducibility of BOLD measurements under conditions of high and low SNR. A final functional study using a gel phantom was used to study the stability of the machine for functional images and isolate the sources of noise arising from hardware. Two-dimensional gradient-echo EPI (Echo Planar Imaging) signals were analyzed to assess the percentage variability and Fourier analysis of residual error performed. Our results indicate that the differences in hardware from a major upgrade do not significantly affect the reliability of structural and functional studies spanning a major hardware upgrade. Daily quality assurance acquisitions on phantoms can be used to monitor the stability of the machine, which may aid in the early detection of hardware faults.

Ce projet de maîtrise vise à décrire les phénotypes cliniques des patientes diagnostiquées pour un cancer de l'ovaire de type épithélial afin de soutenir la génomique fonctionnelle. Pour réaliser ce projet de recherche, quatre objectifs ont été réalisés : 1) proposer un modèle conceptuel décrivant les phénotypes cliniques des patientes à partir de données médicales enregistrées dans un entrepôt de données cliniques ; 2) à partir du modèle conceptuel, créer deux outils informatiques, dont l'un, le Master Specimen File (MSF) qui extrait des variables du modèle conceptuel issues des rapports de chirurgie et de pathologie des patientes (p. ex. histologie, stade, grade, etc.) afin de confirmer leurs diagnostics et de décrire leurs tissus de recherche selon des caractéristiques tissulaires, cellulaires et moléculaires. L'autre, le Clinical Response Database (CRD) , permet de visualiser d'autres variables (p. ex. traitements, résultats d'imagerie médicale et marqueurs tumoraux) pour déterminer l'ordre des traitements, les réponses aux traitements ainsi que les survies des patientes; 3) utiliser les deux outils informatiques au Centre hospitalier universitaire de Sherbrooke (CHUS) pour décrire les phénotypes cliniques de patientes recrutées pour le Laboratoire de génomique fonctionnelle de l'Université de Sherbrooke (LGFUS) ; et 4) réanalyser les résultats d'une étude publiée en 2009 par le LGFUS en effectuant un nouveau regroupement des patientes selon leurs phénotypes cliniques. L'utilisation des outils informatiques au CHUS a permis de décrire les phénotypes cliniques de 106 patientes diagnostiquées pour un cancer de l'ovaire de type épithélial. Ces outils ont permis de sélectionner les patientes dont les phénotypes cliniques correspondent à des critères de sélection établis par le LGFUS. Cette sélection a permis d'effectuer la réanalyse des résultats d'une étude génomique et de constater que les patientes ayant des phénotypes cliniques hétérogènes ont des moyennes de ratio d'événements d'épissage alternatif de gènes statistiquement différentes. De plus, cette reanalyse a permis d'obtenir de nouveaux résultats statistiquement significatifs et d'apporter de nouvelles hypothèses concernant le gène CDCA1 dans le cadre du cancer de l'ovaire de type épithélial.

La sécurité des systèmes d'information devient un enjeu préoccupant pour les organisations tant publiques que privées, car de tels systèmes sont pour la plupart universellement accessibles à partir de navigateurs Web. Parmi tous les aspects liés à la sécurité des systèmes d'information, c'est celui de la sécurité fonctionnelle qui est étudié dans cette Thèse sous l'angle de la mise en oeuvre de politiques de contrôle d'accès dans une architecture orientée services. L'élément de base de la solution proposée est un modèle générique qui introduit les concepts essentiels pour la conception de gestionnaires d'exécution de politiques de contrôle d'accès et qui établit une séparation nette entre le système d'information et les mécanismes de contrôle d'accès. L'instanciation de ce modèle conduit à un cadre d'applications qui comporte, entre autres, un filtre de contrôle d'accès dynamique. Cette Thèse présente également deux méthodes systématiques d'implémentation de ce filtre à partir de politiques écrites en ASTD, une notation graphique formelle basée sur les statecharts augmentés d'opérateurs d'une algèbre de processus. La notation ASTD est plus expressive que la norme RBAC et ses extensions. La première méthode repose sur une transformation de politiques de contrôle d'accès, instanciées à partir de patrons de base exprimés en ASTD, en des processus BPEL. La deuxième méthode est basée sur une interprétation de spécifications ASTD par des processus BPEL. Dans les deux cas, les processus BPEL s'exécutent dans un moteur d'exécution BPEL et interagissent avec le système d'information. Ces deux méthodes permettent une implémentation automatique d'un cadre d'applications à partir de la spécification de départ. Finalement, un prototype a été réalisé pour chacune des deux méthodes afin de montrer leur faisabilité au niveau fonctionnel et de comparer leurs performances au niveau système.

L'intérêt des prédateurs généralistes dans la lutte biologique par conservation est peu étudié en verger de pommiers. Cette thèse visait à déterminer le rôle de prédateurs généralistes invertébrés (principalement carabes et araignées) et vertébrés (mésanges et chauves souris) dans le contrôle de trois ravageurs clés du pommier et de définir les éléments paysagers qui leur sont favorables. Pour cela, nous avons effectué des suivis de populations dans des vergers en agriculture biologique et nous les avons associés à des mesures de prédation des ravageurs par analyse moléculaire des contenus stomacaux et faeces des prédateurs à l'aide d'amorces spécifiques développées à cet effet. Nous montrons que les ravageurs sont consommés dès leur apparition dans les vergers, notamment les pucerons par les araignées de la frondaison, ce qui suggère que ces prédateurs ont un potentiel de régulation important. De plus une complémentarité temporelle semble exister entre araignées et carabes dans le contrôle des tordeuses. L'influence des éléments paysagers intra et extra verger diffère selon les taxa de prédateurs considérés. Ce dernier résultat suggère des compromis dans les aménagements à réaliser pour favoriser leur action et la nécessité d'une meilleure compréhension de leur écologie.

La désignation est le geste de montrer un objet à une autre personne. La structure de la désignation est similaire à celle du discours verbal : la première personne " je " communique avec la seconde personne " tu " à propos de l'objet " il ". A partir de la description neuropsychologique d'un trouble acquis de la désignation, l'hétérotopagnosie ou incapacité à désigner le corps d'autrui, nous jetons les bases d'un nouveau modèle de la désignation impliquant la notion de seconde personne " tu ". Nous proposons et validons l'hypothèse que toute désignation implique de se représenter le point de vue de l'interlocuteur " tu " grâce à un référentiel hétérocentré. De plus, chez les patients hétérotopagnosiques comme chez les volontaires sains, désigner le corps d'autrui est plus difficile que désigner les objets. Nous expliquons ce phénomène par le fait que seul le corps humain vivant peut être à la fois sujet de communication et objet de communication. Poursuivant notre investigation sur la notion de seconde personne, nous montrons chez une patiente et chez les sujets sains que le corps des femmes est également plus difficile à désigner que celui des hommes. Les femmes seraient plus facilement considérées comme des sujets que les hommes. Enfin, nous avons recherché comment l'humain percevait la désignation réalisée par autrui comme témoignant d'une intention de communication à propos d'un objet. L'engagement dans une relation avec la seconde personne " tu " est nécessaire à cette compréhension. Au total, cette thèse apporte les premiers éléments expérimentaux sur les mécanismes de la relation de communication avec la seconde personne " tu ".

Les moustiques sont vecteurs de nombreuses maladies humaines et animales. Leur contrôle représente donc un enjeu de santé publique au niveau mondial. Dans la plupart des pays tropicaux, le contrôle efficace des populations de moustiques dépend de l'utilisation d'insecticides chimiques ciblant les adultes ou les larves. Cependant, des phénomènes de résistance aux quatre principales classes d'insecticides chimiques couramment utilisées, menacent aujourd'hui les programmes de lutte anti-vectorielle. Dans ce contexte, il est urgent de trouver des alternatives aux insecticides conventionnellement utilisés.-moustiques. Durant cette thèse, j'ai étudié l'utilisation potentielle du néonicotinoïde imidaclopride dans le contrôle des populations de moustiques. Je me suis plus particulièrement intéressé à l'identification des mécanismes de résistance métabolique, à la mise en évidence de résistances croisées avec d'autres insecticides ainsi qu'à l'étude de l'impact des polluants environnementaux sur la tolérance à l'imidaclopride. Pour ce travail, le moustique Aedes aegypti a été utilisé comme une espèce modèle. La tolérance basale d'Ae. aegypti à l'imidaclopride a d'abord été évalué chez les larves et adultes. L'effet d'une exposition larvaire à une dose sub-létale d'imidaclopride sur une seule génération a ensuite été étudié au niveau toxicologique et moléculaire à l'aide de profils transcriptomiques. Les expositions larvaires à des doses sub-létales ont également été utilisées pour identifier les interactions potentielles entre l'imidaclopride, les insecticides chimiques et des polluants environnementaux. A long terme, la réponse adaptative du moustique Ae. aegypti à l'imidaclopride a été étudiée sur plusieurs générations en sélectionnant au laboratoire une souche sensible aux insecticides (souche Bora-Bora) avec de l'imidaclopride durant le stade larvaire pendant 14 générations. Cette sélection artificielle a permis d'obtenir la souche Imida-R. Cette souche présente une résistance accrue à l'imidaclopride chez les larves alors qu'aucune résistance significative n'a été détectée chez les adultes. Les mécanismes de résistance ont ensuite été étudiés en utilisant diverses approches, y compris l'utilisation d'inhibiteurs d'enzymes de détoxication, la mesure des activités de biotransformation et l'étude des profils transcriptomiques par puces à ADN et séquençage massif des ARNm. Plusieurs familles de protéines potentiellement impliquées dans la résistance ont été identifiées, notamment les enzymes de détoxification et les protéines cuticulaires. Parmi les gènes de détoxication, 8 cytochromes P450 et 1 glutathion S-transférase apparaissent comme des candidats pouvant jouer un rôle dans le métabolisme de l'imidaclopride. Le rôle des cytochromes P450 dans la résistance élevée de la souche Imida-R a été confirmée in vitro par des études comparatives du métabolisme de l'imidaclopride par des fractions microsomales des souches sensibles et Imida-R. Au niveau génique, la modélisation de liaison du substrat a permis de restreindre le panel des cytochromes P450 candidats. De façon concomitante, l'expression hétérologue d'un P450 a été effectuée et sa capacité à métaboliser l'imidaclopride a été confirmée. Des bioessais avec d'autres insecticides ont révélé une résistance croisée aux autres néonicotinoïdes chez la souche Imida-R au stade larvaire, ainsi qu'à un inhibiteur de croissance des insectes et dans une moindre mesure au DDT confirmant le rôle probable des enzymes de détoxication. Le relâchement de la pression de sélection sur la souche Imida-R durant quelques générations a entraîné une diminution rapide de la résistance, suggérant un coût métabolique. L'étude comparative de l'inductibilité des gènes de détoxication par l'imidaclopride dans les souches sensible et résistante a révélé une plus grande induction de ces gènes dans la souche résistante, suggérant à la fois la sélection d'une expression constitutive élevée mais également une plus grande plasticité phénotypique de ces enzymes dans la souche Imida-R. Enfin, le rôle potentiel des protéines cuticulaires dans la résistance a été étudié de manière préliminaire en exposant les larves à un inhibiteur de synthèse de la chitine, avant d'effectuer des bioessais. Dans l'ensemble, bien que ce travail de recherche nécessite d'autres expériences de validation fonctionnelle, les données obtenues fournissent une meilleure compréhension des mécanismes de résistance à l'imidaclopride chez les moustiques et permettent de discuter de son utilisation potentielle comme une alternative aux insecticides conventionnellement utilisés en lutte anti-vectorielle.

Exprimer le parallélisme dans la programmation de manière simple et performante est un défi auquel l'informatique fait face, en raison de l'évolution actuelle des architectures matérielles. BSML est un langage permettant une programmation parallèle de haut niveau, structurée, qui participe à cette recherche. En s'appuyant sur le coeur du langage existant, cette thèse propose d'une part des extensions qui en font un langage plus général et plus simple (traits impératifs tels que références et exceptions, syntaxe spécifique...) tout en conservant et étendant sa sûreté (sémantiques formelles, système de types...) et d'autre part une méthodologie de développement d'applications parallèles certifiées