A deficiência de CD40 Ligante (CD40L) ou síndrome de Hiper-IgM ligada ao X (X-HIGM) é considerada uma imunodeficiência primária combinada de células T e B. O CD40L é expresso na superfície de linfócitos T ativados e interage com o CD40 expresso na superfície de linfócitos B, macrófagos, células dendríticas, células endoteliais e neutrófilos. A interação CD40L-CD40 transmite sinais que induzem ativação, diferenciação e proliferação celular. Nosso objetivo foi analisar as alterações genético-moleculares da molécula CD40L que acometeram indivíduos de 5 famílias brasileiras, ocasionando X-HIGM. Genotipamos 25 indivíduos, sendo 6 pacientes com X-HIGM, 13 parentes relacionados heterozigotos e 6 homozigotos sadios. Dentre os pacientes com X-HIGM dois eram de origem caucasóide e 4 eram mestiços. A idade dos pacientes variou de 2 a 20 anos e o quadro clínico de infecções de repetição teve início em média nos primeiros 4 meses de vida. As principais infecções recorrentes manifestadas pelos pacientes foram pneumonia e otite. O paciente TB apresentou blastomicose, observação original nesta imunodeficiência. A análise genético-molecular foi heterogênea. No paciente TB foi detectado um defeito de splicing levando a deleção do exon 3 (r.345_402del do gene CD40L (CD40LG) no paciente FS uma nova substituição missense g.11856 G>C (c.476 G>C, pW140C), no paciente KC uma substituição nonsense g.11855 G>A (c.475G>A, p. W140X), e nos pacientes CH, FE e VIC uma deleção g. 3074_3077delTAGA, levando a alteração no processamento do RNA. A fenotipagem dos leucócitos demonstrou que a contagem de linfócitos T auxiliares (CD3+CD4+), linfócitos citotóxicos (CD3+CD8+), linfócitos B (CD19+CD40+) e linfócitos T ativados (CD3+CD69+) dos pacientes foram similares aos controles sadios. Contudo, foi observada uma redução significativa nos níveis de expressão de CD40L na superfície de linfócitos CD3+ e CD4+ dos pacientes. A análise dos linfócitos T por microscopia confocal revelou que as células dos homozigotos com expressão residual do CD40L em sua superfície também apresentam redução na densidade da expressão da molécula CD3, sugerindo a necessidade da integridade molecular do CD40L para a expressão normal do CD3. Concluímos que mutações no CD40L que levam à síndrome de X-HIGM são heterogêneas e a análise genético-molecular permitiu um diagnóstico preciso tornando possível o aconselhamento genético e a triagem dos recém-nascidos das famílias avaliadas. / CD40-Ligand (CD40L) deficiency or X linked Hyper-IgM syndrome (X-HIGM) is considered a T and B cell combined primary immunodeficiency. CD40L is expressed on the cell surface of activated T lymphocytes and interacts with CD40, expressed on the surface of B lymphocytes, macrophages, dendritic cells, endothelial cells, and neutrophils. The CD40L-CD40 interaction induces activation, differentiation, and cell proliferation. Our aim was to analyze the molecular-genetic alterations of CD40L molecule affecting individuals of 5 brazilian families, leading to X-HIGM. We genotyped 25 individuals, whom 6 were X-HIGM patients, 13 were heterozygote related patients, and 6 were healthy homozygotes. Within the patients with X-HIGM, two of them were of caucasoid origin and four were mestiços. The patients age ranged from 2 to 20 years and their recurrent infections started in average during their first 4 months of life. The main recurrent infections were pneumonia and otitis. The patient TB presented blastomycosis, a unique observation in this immunodeficiency. The molecular-genetic analysis revealed heterogeneity. TB patient presented a splicing defect causing a deletion of exon 3 (r.345_402del) of CD40L gene (CD40LG). Patient FS presented a new missense mutation g.11856 G>C (c.476 G>C, pW140C). Patient KC presented a nonsense substitution g.11855 G>A (c.475G>A, p. W140X). Patients CH, VIC, and FE presented a deletion g. 3074_3077delTAGA, causing an alteration on RNA processing. The leukocytes fenotyping demonstrated that T helper lymphocytes (CD3+CD4+), T cytotoxic lymphocytes (CD3+CD8+), B lymphocytes (CD19+CD40+), and T activated (CD3+CD69+) cell counts of patients were similar to healthy controls. However it was observed a significant reduction of CD40L expression on cell surface patients CD3+ and CD4+ lymphocytes. The T lymphocyte confocal microscopy analysis revealed that homozygotes with residual expression of CD40L in their surface also presented a reduction on the density of CD3 molecule expression, suggesting the need of molecular integrity of CD40L for normal CD3 expression. We conclude that mutations on CD40L leading to X-HIGM syndrome are heterogeneous and the molecular-genetic analysis allowed a precise diagnosis making possible the genetic counseling and newborn screening of the involved families.

As plantas desenvolveram diferentes mecanismos para reduzir o ataque de insetos, incluindo compostos protéicos de defesa, como os inibidores de proteinases (IPs). Os insetos, ao longo da evolução, desenvolveram estratégias para superar as barreiras defensivas das plantas, permitindo a sua alimentação e desenvolvimento, como a super expressão de genes de enzimas digestivas sensíveis e insensíveis aos IPs de plantas. Uma das abordagens desse trabalho foi identificar novas serinoproteinases no intestino de lagartas de Spodoptera frugiperda. Duas novas quimotripsinas e trê novas tripsinas foram identificadas e juntamente com mais 10 genes já conhecidos que codificam estas enzimas foram submetidos à análise de expressão gênica por PCR em tempo real. Entre essas duas famílias de serinoproteinases (SPs) os genes que codificam as quimotripsinas apresentam uma regulação positiva mais ampla do que aqueles que codificam as tripsinas. Estudos de modelagem molecular das quimotripsinas também foram realizados. Foram construídos modelos tridimensionais à partir de modelagem por homologia além de análises de dinâmica molecular e docagem com oito diferentes IPs do tipo Bowman- Birk. Os resultados mostram quais quimotripsinas apresentam as maiores afinidades aos inibidores testados de maneira geral e individual, inferidos à partir da estimativa de energia livre do sistema. Também foi encontrada uma serina extra próxima ao sítio catalítico de três quimotrispsinas modeladas que pode interferir na afinidade dessas enzimas já que este aminoácido apresenta perda de área acessível ao solvente quando complexada ao IP de soja testado. Os resultados de expressão gênica e grau de sensibilidade foram comparados e não se observou qualquer relação entre esses parâmentros. Isso sugere que as lagartas da espécie S. frugiperda combinam diferentes estratégias adaptativas como o aumento de expressão de todas as suas quimotripsinas independentemente do grau de sensibilidade das enzimas. / Plants have developed different mechanisms to reduce insect attack, including defence proteins such as proteinase inhibitors (PIs). In turn, insects have evolved strategies to overcome these plant defence mechanisms, such as the hyperexpression of PI-sensitive and insensitive digestive enzymes, allowing the insect to thrive. One of the aims of this work was to identify new serine proteinases (SPs) in the gut of the fall armyworm larvae, Spodoptera frugiperda. Two new chymotrypsins and three new trypsins were identified, and together with 10 previously identified genes, the genes that encode these enzymes were subjected to real-time PCR and gene expression analysis. Between these two families of serine-proteinases the genes that encode chymotrypsins show a greater positive regulation then those encoding the trypsins. Molecular modelling studies of the chymotrypsins were carried out, and 3D models were generated using homology modelling, which were then further refined by dynamic molecular and docking analyses with 8 different Bowman-Birk type PIs. The results demonstrate which chymotrypsins possess the highest affinities to the tested inhibitors in a general and individual manner, inferred from the estimated free energies. A serine residue in very close proximity to the catalytic site was present in three of chymotrypsins investigated, which may be affecting the enzymes affinity since the residue has a reduced accessible area to the solvent when complexed to the soya PI tested. The genetic expression patterns and the degree of PI-sensitivity were also compared and no relation between the parameters was found. This suggests that the larvae of the species S. frugiperda combine different adaptive strategies like the increase in expression of its entire chymotrypsin arsenal regardless of the degree of PI-sensitivity of the enzymes.

Introdução: A capacidade física humana é influenciada por fatores ambientais e genéticos. Ao associar à genética e o esporte existe a possibilidade de se identificar os indivíduos com a maior capacidade de responder ou adaptar-se ao treinamento com menores chances de sofrerem lesões. Objetivo: Avaliar a frequência dos genes, ACTN3 e da ACE I/D, em lutadores de domínio. Metodologia: Fizeram parte da presente pesquisa 23 atletas, sendo 11 lutadores de Judô, 4 lutadores de Wrestling e 8 lutadores de Jiu Jitsu, todos do sexo masculino com idade média de 27,3±6,9 anos, com experiência nacional e internacional em suas respectivas modalidades e categorias de peso. A genotipagem dos polimorfismos do ACTN3 e ACE I/D foi realizada por reação em cadeia da polimerase (PCR) a partir do DNA genômico. As frequências genotípicas e alélicas foram comparadas com populações controle e de atletas pelos testes do Qui-Quadrado e exato de Fisher, para todas as análises foi adotado p˂0,05. Resultados: As frequências genotípicas e alélicas do ACTN3 (RR=52,2%,RX=26,1% e XX=21,7%; R=65,2% e X=34,8%) e do ACE I/D (DD=50%, ID=25% e II=25%; D=65,2% e I=34,8%) não diferiram significativamente da população controle, porém quando comparado aos atletas de luta foi encontrada um diferença significativa. Conclusão: Em conclusão os dados da presente pesquisa indicam uma associação do gene da ACTN3 e da ACE I/D com lutadores de domínio. / Introduction: The human physical capacity is in influenced by environmental and genetic factors. The associate to genetics and the sport has the possibility to identify individuals with the greater capacity to respond or adapt to for training with lower chances of suffering from lesions. Objective: evaluate the frequency of the genes, ACTN and the ACE I/D, in fighters of dominion. Methodology: Were part of the present research 23 athletes, with 11 fighters of judo, 4 fighters of wrestling and 8 fighters of jiu jitsu, all male with a mean age 27.3±6,9 years. With national and international experience into their respective weight categories and modalities. Genotyping of the polymorphism in the ACTN3 and ACE I/D was performed by reaction polymerase chain (PCR) from DNA genomic. The frequencies genotypic and allelic were compared with control populations and athletes by the tests of chi-square and fishers exact, for all analyzes was adopted p˂0.05. Results: the frequencies genotypic and allelic of ACTN3 (RR=52.2%,RX=26.1% e XX=21.7%; R=65.2% e X=34.8%) and the ACE I/D (DD=50%, ID=25% of II=25%; D=65,2% e I=34,8% did not differ significantly on the population control. However when compared the athletes of struggle was found a meaningful difference. Conclusion: In conclusion the data of the data of the present survey indicate an associate of the gene of ACTN3 and the ACE I/D with fighter‟s domain.

Lima bean (Phaseolus lunatus L.) is one of the four major important grain legumes in Brazil. The occurrence of diseases has difficulted its culture and has affected grain quality of this crop. Among the most important diseases are the viruses, especially those generated from Geminivirus. The high severity of the Geminiviruses diseases is especially due to both the absence of pathogen resistance varieties and increase in the population of a new biotype (biotype B), of the insect vector, commonly named whitefly (Bemisia tabaci). This biotype transmitis the virus more efficiently and it presents a host range larger than biotype A. The present estudy objected the detection, molecular characterization and analisys of the genetic diversity of Begomovirus isolates that infects lima bean plats in Alagoas and Pernambuco States. The detection was realized by PCR technique utilizing as a mold DNA extracted from plants presenting symptoms of geminivirus infection which were colleted from seven locations of Alagoas and one of Pernambuco. It was identified Begomovirus infection in seventeen collected samples. The analisys of genetic diversity, based in PCR-RFLP, revealed that exists diversity among the isolates of Begomovirus that were infecting these plants. According to differences in the patterns of bands generated by PCR-RFLP, it was chosen three isolates (fava Maceió, fava Recife and fava União dos Palmares), in an attempt to sequence analysis. The comparison of the obtained sequences with other deposited in GenBank/NCBI allowed the classification of these isolates as Bean golden mosaic virus, the last one being the first report of infection caused this species in lima bean plants in Alagoas and Pernambuco State. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / A fava (Phaseolus lunatus L.) está entre as quatro espécies de leguminosas de grãos mais importantes no Brasil. A ocorrência de doenças tem dificultado o cultivo e afetado a qualidade dos grãos dessa cultura. Entre as doenças mais importantes, estão as viroses, destacando-se aquelas ocasionadas por Geminivirus. A alta severidade das doenças causadas por geminivírus, deve-se principalmente à ausência de variedades resistentes ao patógeno e também ao aumento populacional de um novo biótipo (biótipo B) do inseto vetor, vulgarmente denominado, "mosca branca" (Bemisia tabaci). Este biótipo transmite o vírus mais eficientemente e apresenta uma gama de hospedeiros mais ampla do que o biótipo A. O presente trabalho teve como objetivos principais a detecção, caracterização molecular e a análise da diversidade genética de isolados de Begomovirus que infectam plantas de fava no Estado de Alagoas e Pernambuco. A detecção foi realizada mediante a técnica de PCR utilizando como molde o DNA extraído de plantas com sintomas de infecção por geminivírus, coletadas em sete municípios de Alagoas e em um de Pernambuco. Foi diagnosticada infecção por Begomovirus em dezessete amostras coletadas. A análise da diversidade genética, baseada em PCR-RFLP, demonstrou que existe diversidade entre os isolados de begomovírus que estavam infectando estas plantas. A partir das diferenças nos padrões de bandas gerados através da PCR-RFLP, foram escolhidos três isolados (Fava Maceió, Fava Recife e Fava União dos Palmares), para fins de seqüenciamento. A comparação das seqüências obtidas, com outras seqüências depositadas do GenBank/NCBI permitiu a classificação desses isolados como Bean golden mosaic virus, sendo este o primeiro relato de infecção por esta espécie em plantas de fava, nos estados de Alagoas e Pernambuco.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T11:18:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1153894 bytes, checksum: 9901a149af4914546c5701fb68fce782 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T11:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1153894 bytes, checksum: 9901a149af4914546c5701fb68fce782 (MD5) Previous issue date: 2004-07-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Objetivou-se, neste trabalho, detectar variantes alélicas do gene da Proteína de Ligação de Ácidos Graxos - Coração para construção de mapas de restrição e estudar as associações entre as variantes detectadas e características quantitativas avaliadas em animais F2, para possíveis aplicações em programas de melhoramento genético de suínos. A Proteína de Ligação de Ácidos Graxos - Coração (H-FABP), produto do gene FABP3, é uma proteína da família das FABPs. O gene, que está localizado no cromossomo suíno seis, foi seqüenciado em animais parentais de um cruzamento F2 entre varrões da raça nativa brasileira Piau e fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). Os animais tiveram seu DNA extraído de células brancas do sangue e amplificado por meio da reação de polimerização em cadeia (PCR). Os primers usados na reação foram desenhados para amplificar os quatro éxons do gene. Os fragmentos amplificados foram seqüenciados em sequenciador automático ABI PRISM 310 (Applied biosystems). Os fragmentos gerados foram comparados com a seqüência do gene depositada no GenBank. Foram notadas divergências entre as seqüências geradas e as do GenBank, tanto em alguns animais Piau quanto em algumas fêmeas comerciais. Essas alterações serviram como marcas para associações dos polimorfismos desse gene, com características quantitativas. Construiu-se um mapa de restrição, permitindo a identificação de enzimas que reconhecessem as alterações nas seqüências analisadas. Neste estudo, utilizou-se a enzima de restrição Hinf I, que reconheceu o sítio polimórfico presente no primeiro fragmento amplificado, na posição 108, caracterizado pela deleção de uma base Timina (T). Foram genotipados 246 animais F2 por meio da reação de restrição. Dois genótipos foram identificados, sendo 198 animais HH e 48 animais Hh. O polimorfismo estudado apresentou efeito significativo para as características: peso aos 63 dias de idade (p=0,1528), idade ao abate (p=0,0110), comprimento de carcaça pelo método americano (p=0,1789), espessura de toucinho imediatamente após a última costela (p=0,0449), espessura de toucinho entre a última e a penúltima vértebra lombar (p=0,1199), espessura de toucinho medida na carcaça direita resfriada na região da última costela, a partir de corte transversal no carré, a 6,5cm da linha dorso-lombar (p=0,1377), comprimento do intestino (p=0,0287), peso total de copa (p=0,1623), peso da copa sem pele e sem capa de gordura (p=0,1271), peso total de carré (p=0,0442), peso de papada (p=0,0195), peso de filezinho (p=0,0867), peso de rim (p=0,0028) e pH 45 minutos após o abate (p=0,1256). Os resultados obtidos indicam que o gene da H-FABP possui potencial para aplicação em programas de seleção assistida por marcadores moleculares para características de interesse econômico na cadeia produtiva de suínos. / The objectives of this study were to identify genetic polymorphisms in the Heart Fatty Acid Binding Protein gene for construction of restriction maps and to study associations between the polymorphisms detected and quantitative traits evaluated in F2 animals, to use in genetic improvement in animal production. The Heart Fatty Acid Binding Protein (H-FABP), the product of the gene FABP3, is a protein of the family of the FABPs. This gene, that is located in the swine chromosome number six, was sequenced in parental animals of a F2 crossing between boars of the Brazilian native breed Piau and commercial sows (Landrace x Large White x Pietrain). The DNA of animals was extracted of white cells of blood and amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Primers used in the reaction were drawn to amplify four exons of the gene. The PCR products were sequenced in ABI PRISM 310 (Applied biosystems). The sequences were compared with the sequence of the gene deposited in the GenBank. Divergences between the generated sequences and the GenBank sequences were noticed in both genetics groups. A restriction map was constructed allowing the identification of enzymes that recognize the alterations in the analyzed sequences. In this study, was used enzyme of restriction Hinf I, that recognize the polymorphism in the position 108 in sequence I, characterized by the absence of a Thymine (T). Using the restriction reaction, 246 F2 animals were genotyped. Two genotypes were identified, 198 HH animals and 48 Hh animals. The polymorphism was significantly associated with: weight at 63 days of age (p=0.1528), slaughter age (p=0.0110), carcass length by the american carcass classification method (p=0.1789), backfat thickness after last rib (p=0.0449), backfat thickness between last 1st-2nd lumbar vertebrae (p=0.1199), backfat thickness after last rib, at 6.5 cm from the midline (p=0.1377), intestine length (p=0.0287), total boston shoulder weight (p=0.1623), skinless and fatless boston shoulder weight (p=0.1271), loin (bone- in) weight (p=0.0442), jowl weight (p=0.0195), sirloin weight (p=0.0867), kidney weight (p=0.0028) and pH evaluated at 45 minutes after slaughter (p=0.1256). These results show that H-FABP gene has potential for application in programs of marker assisted selection for quantitative traits in swine.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T16:47:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1609840 bytes, checksum: a3f17f229d5897844df900b98a6be2c6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T16:47:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1609840 bytes, checksum: a3f17f229d5897844df900b98a6be2c6 (MD5) Previous issue date: 2005-08-01 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Visando contribuir com a padronização internacional da classificação de raças fisiológicas do fungo Uromyces appendiculatus, agente causal da ferrugem do feijoeiro comum, no presente trabalho foi realizada a caracterização de isolados do patógeno usando a nova série diferenciadora e o sistema binário de nomenclatura propostos no “3rd The Bean Rust Workshop”. Esses isolados, oriundos do estado de Minas Gerais, são utilizados nas avaliações dos genótipos resistentes a ferrugem desenvolvidos pelo programa de melhoramento do feijoeiro conduzido no BIOAGRO/UF V. O procedimento utilizado classificou 12 isolados em sete raças fisiológicas distintas: 21-3, 29-3, 53-3, 53-19, 61-3, 63-3 e 63-19. Espera-se que a adoção desse procedimento possa facilitar o intercâmbio de informações e o uso cooperativo dos resultados obtidos pelos diferentes grupos de pesquisa que, no mundo, estudam 0 U. appendiculatus. Com esta classificação, foram também identificadas fontes com amplo espectro de resistência: Mexico 309, Mexico 235 e PI 181996, as quais se mostraram incompatíveis com todos os isolados caracterizados. Em face à grande variabilidade apresentada por U. appendiculatus, e visando o controle genético eficiente e duradouro desse patógeno, outra meta do presente trabalho foi piramidar os genes de resistência Ur-5 (Mexico 309), Ur-I] (Belmidak RR-3, derivado de PI 181996) e Ur-ON (Ouro Negro) no background genético “carioca” do feijoeiro, utilizando o cultivar Rudá como genitor recorrente. Grãos do tipo carioca possuem maior aceitação pelo consumidor brasileiro. Para viabilizar a piramidação, a estratégia adotada foi o uso de marcadores moleculares, para estudos de fingerprinting e na seleção indireta dos genes. / Aiming to contribute to the international standardization of the classification of physiological races of the fungus Uromyces appendiculatus, the causal agent of common bean rust, this work characterized isolates of the pathogen using the new differential series and the binary nomenclature system recommended in the 3rd Bean Rust Workshop. These isolates were collected in the state of Minas Gerais, Brazil, and are used for the evaluation of bean rust resistant genotypes developed in the BIOAGRO/UF V breeding program. Twelve isolates were classified into seven physiological races: 21-3, 29-3, 53-3, 53-19, 61-3, 63-3 and 63-19. It is expected that the adoption of this classification procedure will facilitate the exchange of information among different research groups interested in common bean rust and its causal agent U. appendiculatus. The classification procedure also allowed the identification of resistance sources with ample resistance spectra: ‘Mexico 309’, ‘Mexico 235’ and ‘PI 181996’. These sources were incompatible with all the isolates analyzed. Considering the high variability of U. appendiculatus, and aiming the durable and efficient genetic control of this pathogen, in this work the following rust resistance genes were associated (pyramided) in the “carioca-type” genetic background Ruda: Ur- 5 (Mexico 309), Ur-I] (Belmidak RR-3, derived from PI 181996) and Ur-ON (Ouro Negro). Cultivars with “carioca-type” grains are preferred by the Brazilian consumer. Molecular markers were used for fingerprinting analyses and indirect selection during the pyramiding process in association with conventional breeding techniques, such as backcrossing and segregating generation advancement with genealogical control. SCAR markers 8119460 and SAE19890, and RAPD marker OPX11630, linked to Ur-5, Ur-I] and Ur-ON, respectively, were used to monitor the resistance alleles along the pyramiding process. The phenotypic selection of these three alleles was not possible because they present the same resistance spectra in relation to the isolates available in the BIOAGRO/UFV breeding program. F 3 seeds with pyramided Ur-5, Ur-I] and Ur-ON rust resistance alleles were obtained from F 2 plants harboring the three molecular markers, and also the “carioca-type” genetic background. Aiming to reach homozygosity for all three resistance loci, the F 3 population and subsequent generations will be conducted by a molecular-marker assisted genealogical breeding process. In addition to the activities already mentioned, the “carioca- type” cultivar BRSMG Talismã, which was recently recommended for commercial use in the Minas Gerais and Parana States, was evaluated as to its reaction to U. appendículatus isolates maintained in the fungal collection of BIOAGRO/UFV. It was also characterized with molecular markers 8119460, SAE19890 and OPXll630. The results demonstrate that ‘BRSMG Talismã” is susceptible to five of the 12 U. appendiculatus isolates tested. The three molecular markers analyzed were polymorphic between “BRSMG Talismã” and the resistance sources harboring the alleles Ur-5, Ur-I] and Ur-ON. That indicates the absence of these resistance alleles in cultivar BRSMG Talismã and that these markers can be used to monitor the possible simultaneous introgression of the resistance alleles in this cultivar.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:29:22Z : No. of bitstreams: 1 silva_hm_me_sjrp.pdf: 508031 bytes, checksum: 56b635113c96c5bc5c2ffa3a4cb5324a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O câncer gástrico é a segunda causa de morte por câncer no mundo e o quinto tipo com maior prevalência no Brasil, sendo previstos 21.800 casos novos em 2008. Esta neoplasia apresenta etiologia bastante complexa, envolvendo fatores genéticos e ambientais. Os fatores etiológicos de maiores destaques incluem a infecção pela bactéria Helicobacter pylori, a ingestão de determinados alimentos, como defumados, enlatados e com elevada quantidade de sal, além do estilo de vida dos indivíduos, associado ao consumo de cigarro e álcool. Uma lesão pré-cancerosa importante no desenvolvimento da neoplasia gástrica é a metaplasia intestinal, podendo aumentar o seu risco em até 10 vezes. Atualmente é reconhecida a participação de alterações epigenéticas como metilação aberrante do DNA, que atua de forma igualmente relevante e complementar no processo de desenvolvimento e progressão do câncer. Vários genes com papel importante no controle do ciclo celular, reparo do DNA, apoptose, angiogênese e adesão celular podem apresentar expressão alterada devido metilação aberrante de sua região promotora, assim a investigação do padrão de metilação de genes envolvidos com o processo neoplásico pode ser uma estratégia interessante para a indicação de marcadores moleculares que possam auxiliar no diagnóstico precoce do câncer. Desta forma, no presente trabalho foi investigado o padrão de metilação dos genes WT1 e RARß em metaplasia intestinal (35 amostras) e suas respectivas mucosas gástricas normais, em comparação com o câncer gástrico (8 amostras) também com suas respectivas mucosas normais, através da técnica MS-PCR (Methylation Specific PCR). Devido à participação da infecção pela H. pylori na carcinogênese gástrica, foi investigada molecularmente a presença dessa bactéria nas amostras... / Worldwide, the gastric cancer is the second cause of death by cancer. In Brazil, it is the fifth type with more abundant, foreseen 21.800 new cases in 2008. This neoplasia presents very complex etiology involving genetic and environmental factors. The main etiologic factors include: infection by H. pylori, intake of specific foods such as curing food, canned food, and high consumption of salt wealthy food, besides people life style associated to alcohol and cigarette consumptions. An important previous-cankered lesion in development of gastric neoplasia is the intestinal metaplasia, what can increase your risk in ten times. At this moment, it is recognized the participation of epigenetic alterations like ADN aberrant methylation, which actuate in a same way considerable and complementary in development process and cancer evolution. Many genes with important role in control of cellular cycle, ADN repair, apoptosis, angiogenesis and cellular adhesion can present changed expression due aberrant metthylation of your promoter region. In this manner, the investigation of metithyation pattern of genes involved with the neoplasic process can be an interesting strategy for the indication of molecular markers that can help in cancer precocious diagnosis. Thus, in this present study were investigated the metthylation pattern of RARß and WT1genes (35 samples) and their respective normal mucous gastrics by technic MSPCR (Methylation Specific PCR). Due to participation of infection by H. pylori in gastric carcinogenesis, it was too molecular investigated the presence of this bacterium in the studied samples and the possible association with the metthylation pattern presented by both genes. The results showed high pattern of methylation in both valued lesions, that is, 97% and 100%, respectively of methylated samples in metaplasia group ...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T18:53:57Z : No. of bitstreams: 1 venancio_lpr_me_sjrp.pdf: 1068047 bytes, checksum: d85b41abf589322ab5174b5d9c2b731e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Nsf - Nacional Science Foundation / O Brasil é o país com o maior rebanho de búfalo de rio, Bubalus bubalis, no continente americano e também o maior produtor deste animal fora do continente asiático. A produção de leite e derivados vem aumentando devido à potencialidade dessa espécie em produzir leite com baixos custos e elevado rendimento industrial. Apesar das características economicamente importantes inerentes ao búfalo, as pesquisas científicas são limitadas em muitos países onde o búfalo é economicamente importante e como conseqüência a pesquisa genômica encontrase defasada quando comparado com outras espécies de interesse econômico. Marcadores moleculares são essenciais para avaliar informações qualitativas e quantitativas da diversidade molecular com o objetivo de aperfeiçoar a utilização e conservação da variabilidade genética e o relacionamento entre vários rebanhos. Microssatélites diferem dos outros tipos de seqüências de DNA por seu extenso polimorfismo dentro e entre populações, sendo considerados excelentes tipos de marcadores moleculares. O presente estudo teve como objetivos construir bibliotecas genômicas parciais enriquecidas com microssatélites, isolar e caracterizar os microssatélites obtidos, além de determinar as condições de amplificação por PCR para alguns dos locos isolados da biblioteca. Foram desenvolvidas 6 bibliotecas genômicas parciais – (CA)15 , (CT)15 , (AGG)8 , (GATA)8 , (GAAA)8, (AAAAC)8. O processo de clonagem gerou um total de 1.824 clones recombinantes, sendo que 954 foram seqüenciados para identificação de microssatélites. Cento e treze microssatélites foram encontrados. Desses, foram identificados 96 com unidade de repetição dinucleotídica (84,95%), 10 repetições trinucleotídicas (8,85%), 6 repetições tetranucleotídicas (5,3%) e 1 repetição pentanucleotídica (0,89%). As seqüências de microssatélites... / Brazil is the largest river buffalo (Bubalus bubalis) breeding center outside the Asian continent, the origin of the domestic buffalo. All buffalo breeds have a strong milk/meat attributes. Their extensive use in agriculture world wide, and especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Among the different types of DNA markers, microsatellites are useful for studying genetic variability within and between populations due its high heterozygosity. The goal of this study was to construct partial genomic libraries enriched with repeated sequences to isolate and characterize microsatellites for river buffalo. The cloning process generated a total of 1824 recombinant clones, from which 954 were sequenced for the microsatellites search. One hundred and thirteen new microsatellites were isolated, containing the following type of repeats: dinucleotide repeats (96 sequences - 84.95%), trinucleotide repeats (10 sequences - 8.85%), tetranucleotide repeats (6 sequences – 5.3%) and pentanucleotide repeats (1 sequence - 0.89%). The new microsatellites were structurally categorized into 3 categories: pure repeats (90 sequences - 79.64%), pure interrupted (21 sequences - 18.59%) and compound interrupted repeats (2 sequence – 1.77%). PCR primer pairs were designed for ten microsatellites, from which four had the PCR conditions optimized. The microsatellites isolated in this study will be used to evaluate the genetic variability of Brazilian populations of river buffalo and to the gene mapping program established for this specie.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T18:43:21Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_jg_dr_sjrp.pdf: 1922822 bytes, checksum: 9be7ec21e759c3921cff2ec05792fab4 (MD5) / O câncer gástrico é uma doença caracterizada como multifatorial associada a fatores ambientais e genéticos. A carcinogênese do estômago pode progredir de uma inflamação crônica da mucosa gástrica, resultante da infecção pela bactéria Helicobacter pylori que ativa a resposta inflamatória do hospedeiro. Portanto, selecionamos um grupo de polimorfismos presentes em genes de citocinas pró-inflamatórias (IL8, TNFA e TNFB), anti-inflamatórias (IL10 e IL-1RN) e receptores de reconhecimento de padrões moleculares associados aos microorganismos, denominados toll like receptor (TLR). Considerando a escassez e controvérsia de estudos de polimorfismos desses genes em câncer gástrico e seu envolvimento na carcinogênese de estômago, propôs-se avaliar, pelas técnicas de PCR- alelo específico ou PCR-RFLP, a associação dos polimorfismos TLR2 -196 a –174 del, TLR4 (+896 A/G rs4986790 e +1196 C/T rs4986791), IL-1RN VNTR, TNFB 252A/G (rs909253), TNFA (-308 G/A rs1800629 e –857 C/T rs1799724), IL8 (-251 T/A rs4073 e –845 T/C rs2227532) e IL10 (-592 C/A rs1800872) com risco de câncer gástrico, gastrite crônica e fatores de risco ambientais. Também, procurou-se associar, pela técnica de qPCR em tempo real, os polimorfismos com os níveis de expressão dos genes das citocinas, cujas variantes ocorrem em regiões promotoras (TNFA, IL8 e IL10). De modo geral, a genotipagem dos referidos genes foi realizada em amostras de DNA de 723 indivíduos (207 de câncer gástrico-CG; 276 de gastrite crônica-GC e 246 controles saudáveis-C), enquanto que nas análises de expressão gênica foi utilizado o cDNA de tecido gástrico proveniente de 45 pacientes com CG e 47 com GC. Observou-se que, os SNPs TLR4+1196C/T, TNFB+252A/G, TNFA-308G/A e IL8-251T/A não foram associados com o risco de gastrite crônica e câncer gástrico. Contudo, as freqüências dos genótipos TLR2 ins/del +del/... / Gastric cancer is a multifactorial disease characterized as associated with environmental and genetic factors. The carcinogenesis of the stomach can progress to a chronic inflammation of the gastric mucosa, resulting from infection by the bacterium Helicobacter pylori that activates the inflammatory response of the host. Therefore, we selected a group of polymorphisms in genes of pro-inflammatory cytokines (IL8, TNFA and TNFB), anti-inflammatory (IL10 and IL-1RN) and receptor recognition of molecular patterns associated with microorganisms, the toll like receptors (TLR). Considering the scarcity and controversy of these polymorphisms studies in gastric cancer and their involvement in carcinogenesis of the stomach, this study proposed to evaluate, by PCR allele-specific or PCR-RFLP the association of polymorphisms TLR2 -196 to -174 del , TLR4 (rs4986790 and rs4986791), IL-1RN VNTR, TNFB 252A/G (rs909253), TNFA (rs1800629 and rs1799724), IL8 (rs4073 and rs2227532) and IL10 (rs1800872) with risk of gastric cancer, chronic gastritis and environmental risk factors. Also, we tried to associate, for the technique of real-time qPCR, polymorphisms with levels of expression of cytokine genes whose variations occur in the promoter region (TNFA, IL8 and IL10). Overall, the genotyping of these genes was performed on DNA samples from 723 individuals (207 gastric cancer-GC, 276 chronic gastritis-CG, and 246 healthy controls-C), whereas in the analysis of gene expression was used cDNA of gastric tissue from 45 patients with GC and 47 CG. It was observed that TLR4 SNPs +1196C/T, TNFB +252A/G, TNFA-308G/A and IL8-251 T/A were not associated with risk of chronic gastritis and gastric cancer. In the analysis of polymorphisms of toll like receptor, the frequencies of genotypes TLR2 ins / del + del / del and TLR4 +896 AG were significantly higher (p <0.01) in GC group (33.5% and 13% respectively)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4293.pdf: 642637 bytes, checksum: 6b7a62fa5cf6f1f58e418c8414593c06 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / Tenderness is the main trait appreciated by consumers of bovine meat, however Nellore animals that comprise the largest part of Brazilian cattle, have lower tenderness when compared with European animals. In this way, it is essential understand the variability of genes associated to tenderness as well as their mechanisms of allelic expression, considering that deviations of expression depending on the parental origin of the allele have been described for some genes, and these phenomena must be understood to be incorporated in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to evaluate the variability of SNPs in candidate genes for tenderness and investigate the expression pattern of their alleles. For this purpose, genotypes of SNPs in CAST, CAPN1, DGAT1, leptin, KCNJ11 and IGFBP3 genes were determined in 30 sires, in which the genes DGAT1, leptin and IGFBP3 were not polymorphic. After this, polymorphic SNPs in population of sires were genotyped in their offspring by TaqMan® assay in real time PCR, followed by allelic expression analysis. In the expression analysis, to discriminate each allele of the gene it was utilized one SNP, or two in the case of KCNJ11. All genes presented biallelic expression in adult muscular tissue. However, with exception of CAPN1 for which the allelic expression difference was not significant, the allelic expression ratio was significantly different of 1 for SNP of CAST (1.3±0.03) and the two SNPs of KCNJ11 SNP 2126T>C (1.2±0.04) and SNP 2942C>T (1.46±0.04). Differential allelic expression (DAE) found in SNP 2126T>C of KCNJ11 and in CAST were not influenced by parental origin of allele, but the differences in allelic expression for SNP 2942C>T of gene KCNJ11 showed parental origin effect and influence by genotype of the other SNP of KCNJ11. It was conclude that the CAST, CAPN1 and KCNJ11 are polymorphic in this population, they are not imprinted, but CAST and KCNJ11 showed differential allelic expression. / A maciez é o principal atributo apreciado pelos consumidores da carne bovina, no entanto, animais da raça Nelore, que compõem a maior parte do rebanho brasileiro, apresentam carne menos macia, quando comparados a animais de origem europeia. Assim, é fundamental compreender a variabilidade de genes associados à maciez além de seus mecanismos de expressão alélica, já que desvios da expressão em função da origem parental do alelo têm sido descritos para alguns genes e tais fenômenos precisam ser compreendidos para serem incorporados nos programas de melhoramento animal. Portanto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade de SNPs contidos em genes candidatos a influenciar a maciez da carne e compreender o padrão de expressão de seus alelos. Para isso, os genótipos para SNPs contidos nos genes CAST, CAPN1, DGAT1, leptina, KCNJ11 e IGFBP3 foram determinados em uma população de 30 touros, nos quais os genes DGAT1, leptina e IGFBP3 não se mostraram polimórficos. Os SNPs polimórficos na população de touros foram então genotipados na progênie, por ensaio TaqMan® em PCR em tempo real, seguida da avaliação da expressão alélica dos mesmos. Na análise de expressão utilizou-se um SNP para discriminar cada alelo do gene, ou dois SNPs, no caso do KCNJ11. O padrão de expressão de todos os genes foi bialélico no tecido muscular adulto. Entretanto, com exceção do CAPN1, para o qual a diferença de expressão alélica não foi significativa, as razões de expressão alélica foram significativamente diferentes de 1 para os genes CAST (1,3±0,03) e os dois SNPs analisados do KCNJ11 SNP 2126T>C (1,2±0,04) e SNP 2942C>T (1,46±0,04). A expressão alélica diferencial (EAD) encontrada no SNP 2126T>C do KCNJ11 e no CAST não foram influenciadas pela origem parental do alelo, mas a diferença de expressão alélica no SNP 2942C>T do gene KCNJ11 apresentou efeito de origem parental, além da influencia do genótipo do outro SNP do KCNJ11. Concluiu-se então que os genes CAST, CAPN1 e KCNJ11 são polimórficos na população, não são imprinted, mas os genes CAST e KCNJ11 apresentam expressão alélica diferencial.