O fungo Aspergillus fumigatus é o segundo maior causador de infecções fúngicas invasivas em pacientes imunocomprometidos e a principal espécie causadora da aspergilose invasiva, doença de alta taxa de mortalidade que atinge principalmente os pulmões e que pode se disseminar pelo organismo. Durante o processo de infecção, o fungo precisa adaptar-se ao organismo do hospedeiro e um dos obstáculos encontrados é a mudança na concentração de dióxido de carbono (CO2), que, de 0,033% no ambiente, chega a até 6% no interior do hospedeiro. As anidrases carbônicas são enzimas envolvidas na hidratação reversível do CO2 e já foram apontadas como importantes na virulência de patógenos como Plasmodium falciparum, Mycobacterium tuberculosis, Helicobacter pylori, Cryptococcus neoformans e Candida albicans. Esse trabalho teve como objetivo avaliar o papel da enzima anidrase carbônica no desenvolvimento e virulência do fungo A. fumigatus, que apresenta quatro homólogos desta enzima (cafA, cafB, cafC e cafD). Para isso, foram utilizadas linhagens de A. fumigatus com os homólogos da enzima deletados (?cafA, ?cafB, ?cafC, ?cafD e ?cafA?cafB) e a linhagem selvagem (?akuBku80), da qual foram originadas as mutantes. Foram realizadas avaliações fenotípicas da estrutura dos conidióforos das diferentes linhagens, determinação da sensibilidade frente a diferentes agentes estressantes (antifúngicos, promotores de apoptose, estresse iônico, nitroativo, oxidativo, e de parede celular) e determinação da expressão gênica global em diferentes concentrações de CO2. Foi verificado que a deleção de cada um dos homólogos da anidrase carbônica de A. fumigatus não interfere na estrutura dos conidióforos deste fungo. Por outro lado, a deleção induziu alteração da sensibilidade do fungo frente a alguns compostos estressantes (ácido acético e peróxido de hidrogênio). Ainda, a análise da expressão gênica revelou um gene envolvido na adaptação do fungo ao aumento da concentração de CO2, o gene cipC, que não apresenta homólogos nas células de mamíferos. Este gene foi caracterizado neste trabalho por meio de sua deleção na linhagem selvagem (?akuBku80) de A. fumigatus e avaliação fenotípica microscópica e de sensibilidade a agentes estressantes (antifúngicos, promotores de apoptose, estresse iônico, nitroativo, oxidativo, e de parede celular). A deleção do gene não interferiu na estrutura do fungo, porém aumentou sua sensibilidade a alguns compostos (calcoflúor e menadiona). Foram realizados, ainda, testes de virulência em modelo animal utilizando-se o mutante ?cipC, os quais revelaram que a deleção deste gene atenua a virulência do fungo. Assim, foi possível concluir que as anidrases carbônicas não são relevantes para o desenvolvimento e virulência de A. fumigatus; porém, este fungo modifica a expressão de seus genes de modo a adaptar-se às variações na concentração atmosférica de CO2. O gene cipC está envolvido nesse processo de adaptação e é importante para o desenvolvimento do fungo e sua virulência, tornando-se um alvo para o estudo de novas terapias para o tratamento da aspergilose invasiva. / The fungus Aspergillus fumigatus is the second cause of fungal infections in immunocompromised patients and it is the main specie which causes invasive aspergillosis, a disease with high mortality rate that mainly affects the lungs and it can spread through the body. During the infectious process, the fungus must adapt to the host and one of the obstacles is the drastic change of the carbon dioxide (CO2) concentration, which is 0.033% in the environment and until 6% inside the host. The carbonic anhydrases are enzymes which are involved in the reversible hydration of carbon dioxide and they have been pointed as important in the virulence of pathogens such as Plasmodium falciparum, Mycobacterium tuberculosis, Helicobacter pylori, Cryptococcus neoformans and Candida albicans. This work aimed to evaluate the role of the enzyme carbonic anhydrase in the development and virulence of the fungus A. fumigatus, which has four homologues of this enzyme (cafA, cafB, cafC e cafD). Therefore, strains, which have the homologues of the enzyme deleted (?cafA, ?cafB, ?cafC, ?cafD and ?cafA?cafB) were used in parallel with the wild strain (?akuBku80), which originated the mutant ones. We did structure phenotypic evaluations of the different strains of conidiophores, sensibility determination against different stressors (antifungal agents, apoptosis, ionic, nitrosative, oxidative, and cell wall stress promoters) and global gene expression determination at different carbon dioxide concentrations. It was verified that the carbonic anhydrases homologues deletion of A. fumigatus did not interfere on the n structure (conidiophore) of this fungus, in the tested conditions. On the other hand, the deletion caused a change in sensibility of the fungus against some stressors (acetic acid and hydrogen peroxide). The gene expression experiments showed a gene involved in the adaptation to the increase of CO2 concentration, the cipC gene. This gene does not have homologues in the mammalian cells. The cipC gene was characterized in this work by its deletion in the A. fumigatus wild strain (?akuBku80) and microscopic phenotypic evaluation and sensibility tests against stressors (antifungal agents, apoptosis, ionic, nitrosative, oxidative, and cell wall stress promoters). The gene deletion did not interfere on the fungus conidiophore structure but increase its sensibility to some compounds (calcoflúor white and menadione). Virulence tests in animal model using the ?cipC mutant were done and they showed that the deletion of this gene attenuates the fungus virulence. In conclusion, the carbonic anhydrases are not relevant to development and virulence of the fungus, which modifies the gene expression to adapt to the variations of atmospheric CO2 concentration. Besides, the cipC gene seems to be involved in this adaptation process. Moreover, the cipC gene showed to be important to the development of the fungus and its virulence, which makes the gene a target for the study of new therapies for the treatment of invasive aspergillosis.

Após o seqüenciamento completo do genoma humano, a busca e caracterização do conjunto completo de genes humanos constitui-se no principal desafio nesta área de investigação, sendo o passo limitante para o progresso na exploração dos dados contidos no seqüenciamento deste genoma. O projeto de transcriptoma denominado \"Transcript Finishing Initiative\" (TFI) surgiu neste contexto, com o objetivo principal de gerar fragmentos parciais de transcritos humanos, que não haviam sido descritos previamente e determinar sua seqüência, para iniciar a caracterização de novos genes humanos. A estratégia utilizada foi q alinhamento de todas as seqüências ORESTES e ESTs disponíveis com a seqüência pública do genoma humano e o agrupamento j c1usterização destas com base nas coordenadas deste genoma. Algumas das regiões que não eram cobertas por estas seqüências foram, então, completadas, por RT-PCR, utilizando-se primers ancorados nos clusters vizinhos. Cada par de clusters de ESTs selecionado para validação experimental foi designado como uma Unidade do \"Transcript Finishing\" (TFU), tendo sido validadas experimentalmente, pelo grupo TFI, Um total de 211 TFUs foram validadas, sendo que 197 seqüências consenso foram submetidas ao Genbank (CF272536-CF272733). Atualmente, apenas um pequeno número destas seqüências ainda são considerados genes novos, sem que haja um cDNA depositado em banco de dados; contudo para um número considerável destas TFUs não existe qualquer caracterização sobre sua função. Na tentativa de contribuir para melhor caracterização dos genes identificados no projeto TFI, e tendo, como base, a linha de pesquisa do laboratório, que busca genes diferencialmente expressos envolvidos em transformação maligna/tumorigênese, o presente trabalho propôs a utilização das seqüências TFUs para estudar sua possível associação com tumores de glia humanos e outros tipos de tumores (de próstata e de mama). Para tanto, as TFUs foram analisadas \"in silico\" para estabelecer seu grau de ineditismo como um novo gene ou um gene sem função conhecida, e, para análise de sua expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais de cérebro, próstata e mama. Para validar estas análises computacionais na bancada, foram gerados macro- e microarranjos de DNA utilizando-se as TFUs disponíveis como clones físicos ou amplicons, para o rastreamento com sondas das linhagens celulares A172 e T98G de glioblastomas. Os resultados das análises destes dados foram confirmados por PCR quantitativo tanto nas linhagens como em amostras clínicas de astrocitomas que apresentam diversos graus de malignidade. Como resultado, foi possível organizar um Banco de Clones Físicos de TFUs, além de identificar e selecionar uma TFU (168), cuja expressão correlaciona diretamente com o grau de malignidade dos tumores de glia. Esta seqüência corresponde a um novo gene, já que não existe a seqüência de cDNA completo nos bancos de dados. Em vista disto, a TFU168 foi selecionada para estudos funcionais posteriores, que já estão em andamento, através da obtenção de suaseqüência completa de cDNA para ensaios de superexpressão e do silenciamento gênico através de RNAi. / Upon complete sequencing of the human genome, identification and characterization of the complete set of human genes constitutes the major challenge in this research field, constituting the limiting step for progress in exploration of the informations contained in the genome sequencing data. The Transcript Finishing Initiative (TFI) transcriptome project arose in this context, aiming at the generation, sequencing and characterization of partial new human transcripts and genes. The strategy adopted was the alignment of the alI the available ORESTES and EST sequences data with the public human genome sequence and their clusterization based on the coordinates of this genome. Thus, some of the regions which were not cover by ESTs and ORESTES (gaps) were then completed by RT-PCR using primers anchored in the neighboring clusters. Each pair of EST clusters selected for experimental validation was named Transcript Finishing Unit (TFU). A large number (211) of TFU s were validated and 197 -consensus sequences were submitted to the Genbank (CF272536-CF272733). At present, only a few of these sequences are considered as new genes without a full-Iength cDNA sequence deposited in the data bank, however, no functional characterization is yet available for a large number of these sequences. In an attempt to contribute to further characterization of these genes identified in the TFI project and keeping in mind the main interest of our laboratory, which is the identification of differentially expressed genes in tumor versus normal tissue, the present work aims at utilizing these TFUs to find differentially expressed genes associated with human glial tumors and with other kinds of tumors. To this end, these sequences were first subjected to in silico analysis in order to establish their degree of ineditism (new sequences and/or sequences with unknown function) and their expression profile between normal and tumoral tissues of brain, mammary gland and prostate. To validate this computational analysis, DNA macro- and microarrays were generated with the TFU sequences and screened with cDNA probes obtained from the A172 and T98G glioblastomas cell lines. The results of these screenings were confirmed by quantitative PCR both in cell lines and in tumor samples of different degrees of malignancy. The results obtained in this work allowed the organization of a TFUs Physical Clones Bank and the identification and selection of one sequence (TFU 168), whose expression is directly re1ated to the degree of tumor malignancy. This sequence constitutes a new gene, since no complete cDNA sequence is available in the data banks. Therefore, TFU168 was selected for further functional studies by obtaining its full-Iength cDNA sequence to be used for over expression by silencing this gene using RNAi.

Streptococcus pneumoniae é o principal causador da pneumonia bacteriana. As vacinas atualmente disponíveis contêm polissacarídeo capsular conjugado ou não com proteínas carreadoras. No entanto, elas apresentam elevado custo ou proteção reduzida nos grupos de risco (crianças abaixo de 5 anos de idade e idosos). Proteínas de superfície de S. pneumoniae, como a PsaA e PspA, são consideradas fortes candidatas vacinais. Com o objetivo de se desenvolver uma vacina de ampla cobertura e baixo custo contra pneumococos, os genes psaA e pspA foram clonados em vetores de expressão em E. coli, pAE e pET e as proteínas expressas foram purificadas por cromatografias de afinidade e de troca aniônica. O rendimento de proteína recombinante obtido com a construção baseada em pET foi 3 vezes maior que o obtido com pAE. Condições de cultivo foram estabelecidas utilizando meio definido com indução por IPTG e/ou por lactose. As cepas recombinantes estão adequadas para serem usadas em estudos para escalonamento da produção em biorreatores. / Streptococcus pneumoniae is the main causative agent of bacterial pneumonia. The current vaccines available contain capsular polysaccharide conjugated or not with carrier proteins. However these are either too expensive or do not protect the high-risk groups. Surface proteins of S. pneumoniae, such as PsaA and PspA, are considered strong vaccine candidates. With the aim of developing a broad-coverage and low-cost vaccine against pneumococcus, the psaA and pspA genes were cloned in E. coli expression vectors, pAE and pET and the expressed proteins were purified through affinity and anion exchange chromatography. The yield of the recombinant protein obtained with the construction based in pET was 3-fold higher than that obtained with pAE. Culture conditions were established using defined media with IPTG and/or lactose induction. The recombinant strains are now ready to undergo studies for scale-up of production in bioreactors.

Introdução: Apesar da identificação de fatores prognósticos clínicos e patológicos, muitos pacientes portadores de carcinoma de células renais (CCR) apresentam metástases ao diagnóstico e outros irão desenvolver recorrência local ou à distância durante o seguimento. Novos fatores prognósticos e de origem molecular têm sido avaliados no CCR, destacando-se o PTEN como um dos principais genes envolvidos na carcinogênese renal. Objetivos: Avaliar os fatores clínicos e anatomopatológicos mais significativos nas taxas de sobrevida, identificar a frequência de hipermetilação do gene PTEN através da técnica do pirosequenciamento, o impacto da hipermetilação do gene nas taxas de sobrevida global (SG) e livre de doença (SLD), como também, a associação da presença de hipermetilação com os principais fatores prognóticos. Material e métodos: Foram avaliados 137 pacientes portadores de CCR submetidos a tratamento cirúrgico do tumor primário entre 1997 e 2009. Foram considerados os dados epidemiológicos, clínicos, anatomopatológicos, de estadiamento (TNM 2004) e os obtidos da reação de pirosequenciamento. Resultados: O tempo de seguimento médio foi de 32,3 meses e mediana de 28,8 meses. Considerando o estadimento clínico, foram fatores independentes para a SG: idade (p<0,01), ASA (p=0,02), margens cirúrgicas (p=0,04), grau de Fuhrman (p=0,01), estádio clínico (p<0,001) e subtipo histológico (p<0,01). No modelo múltiplo a SLD foi influenciada únicamente pelo estádio clínico (p<0,001). Dos 137 casos analisados, hipermetilação do gene foi detectada em cinco casos (3,6%). Devido a baixa freqüência detectada optou-se por não realizar a associação da metilação do PTEN com os fatores prognósticos. Em relação às taxas de SG e SLD, de acordo com o perfil de hipermetilação do PTEN, não houve a ocorrência de nenhum evento, ou seja, morte, morte por CCR ou recorrência da doença para os cinco casos que apresentavam hipermetilação. Conclusões: A hipermetilação do xv PTEN foi detectada com baixa frequência, sugerindo a participação de outros genes ou mecanismos moleculares diferentes da metilação na inativação deste gene frequentemente envolvido na carcinogênese renal. As taxas de sobrevida não foram influenciadas pelo perfil de hipermetilação do PTEN, permanecendo o estadiamento clínico do TNM como a principal variável determinante da evolução e do risco de recidiva pelo CCR / Introduction: Despite the identification of clinical and pathological prognostic factors, many patients with renal cell carcinoma (RCC) have metastases at diagnosis and others will develop local or distant recurrence during follow-up. New prognostic factors and of molecular origin have been evaluated in RCC, highlighting PTEN, one of the main genes involved in renal carcinogenesis. Objetives: To assess the most significant clinical and pathological factors in survival rates, and identify the frequency of hypermethylation of the PTEN gene by the pyrosequencing technique, the impact of gene hypermethylation on overall survival (OS) rates and disease free interval (DFS), as well as associating presence of hypermethylation with main prognostic factors. Methods: We evaluated 137 patients with RCC that underwent surgical treatment of primary tumor between 1997 and 2009. We considered the epidemiological, clinical, pathological, staging (TNM 2004) data and those obtained from pyrosequencing. Results: Mean follow-up was of 32.3 months and the median of 28.8 months. Considering the clinical TNM stage, the OS was influenced in the multiple model by age (p < 0.01), ASA (p = 0.02), surgical margins (p = 0.04), Fuhrman´s grade (p = 0,01), clinical stage (p <0.001) and cell subtype (p < 0.01). DFS were influenced in multivariate analysis only by presence of clinical stage (p <0.001). Of the 137 cases examined, gene hypermethylation was detected in five cases (3,6%). Because of this low frequency perceived, we elected not to carry out the association of PTEN methylation with prognostic factors. Regarding OS and DFS rates, according to the hypermethylation of PTEN profile, no event occurred, that is to say death, death from RCC or disease recurrence in the five cases with hypermethylation. Conclusions: Hypermethylation of PTEN was detected with low frequency suggesting involvement of other genes or different molecular mechanisms of methylation upon inactivation of this gene, frequently involved in renal xvii carcinogenesis. Survival rates were not influenced by the hypermethylation of PTEN profile, with clinical TNM staging remaining as the main determinant for development and risk of RCC recurrence

Submitted by EDISON ANTONIO DE SOUZA null (esmidia@gmail.com) on 2016-01-06T16:51:45Z No. of bitstreams: 1 TESE_DOUTORADO_Edison_Souza.pdf: 947001 bytes, checksum: a8a8d690c84bc72a0b5e27d8ebeee92f (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-01-06T19:50:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 souza_ea_dr_bot_par.pdf: 573913 bytes, checksum: 30e1665c27c8c583a0b5ab8dc8bd89e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-06T19:50:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 souza_ea_dr_bot_par.pdf: 573913 bytes, checksum: 30e1665c27c8c583a0b5ab8dc8bd89e0 (MD5) Previous issue date: 2015-12-16 / INFLUÊNCIA DO CONSUMO DA PRÓPOLIS NA EXPRESSÃO DE GENES RELACIONADOS AO SISTEMA IMUNOLOGICO DE ABELHAS Apis mellifera L. SUMETIDAS AO DESAFIO BACTERIANO. As abelhas Apis mellifera podem estar sujeitas a uma série de ameaças como parasitas e patógenos que acometem seu sistema imunológico. Tal fato torna necessária a busca por produtos naturais que possam contribuir com a melhora do sistema imune destes insetos, como a própolis. Diante do exposto, o objetivo foi analisar a influência do fornecimento da própolis em expressões de genes relacionados à imunidade de abelhas Apis mellifera L. submetidas ao desafio bacteriano. Ao longo de 30 dias, quatro colmeias receberam semanalmente os tratamentos com diferentes porcentagens de extrato alcoólico de própolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). O experimento foi casualizado em esquema fatorial 4 x 2 x 2x 3 (tratamentos x com ou sem bactéria x tempos x períodos), totalizando 48 amostras. Foram observadas as expressões dos genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin e defensin1. Como controle interno foi utilizado o gene actina. Os resultados foram comparados por ANOVA seguidos do teste de Tukey (P<0,05). Foram observadas alterações na expressão gênica das abelhas estudadas para todos os períodos e tratamentos, antes e após desafio bacteriano, para todos os genes propostos, sendo ainda verificada induções da expressão relativa nos três períodos. Conclui-se que nas condições do presente trabalho, a própolis pode induzir a expressão relativa dos genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin e defensin1, quando submetidas a desafio bacteriano. Entretanto, não se pôde caracterizar um tratamento com própolis que apresente uma maior expressão relativa para todos os genes simultaneamente. EFEITO DO CONSUMO DE PRÓPOLIS NAS ALTERAÇÕES COMPORTAMENTAIS E MORTALIDADE DE ABELHAS Apis mellifera L. SUBMETIDAS AO INSETICIDA FIPRONIL. Os inseticidas representam o maior risco direto para os polinizadores, como as abelhas Apis mellifera, sendo responsável pela redução das populações de abelhas e da produção apícola, tornando necessária a busca por substâncias que possam contribuir na melhora da saúde dessas abelhas, como a própolis. Este estudo verificou o efeito do consumo do extrato alcoólico de própolis no comportamento, quando submetidas a DL50 (0,2 µg/abelha) e subletal (1/500 DL50), e mortalidade das abelhas Apis mellifera L. quando submetidas a diferentes doses do inseticida fipronil (0,05; 0,1; 0,2; 0,3 e 0,4 µg/abelha). Ao todo foram utilizadas quatro colmeias, uma para cada tratamento (0, 5, 10 e 15% de inclusão de própolis), e em três períodos (0,15 e 30 dias) para verificar o efeito dos tratamentos ao longo do experimento. Para a realização dos testes de mortalidade e de alterações comportamentais foram selecionadas as abelhas campeiras das colmeias tratadas. Para o teste de mortalidade, os dados foram analisados em modelo linear misto generalizado, adicionado do Teste de Tukey (P<0,05) e a análise da avaliação das atividades comportamentais foi feita por (ANOVA) seguida do Teste de Tukey (P<0,05). As colmeias que consumiram própolis apresentaram menor taxa de mortalidade quando comparados com a colmeia controle (0%), com exceção no dia 0 em que a colmeia controle não diferiu do tratamento 10%. Verificou-se ainda que as abelhas que receberam o tratamento 10% apresentaram as menores taxas de mortalidade nos dias 15 e 30 de coleta. Além disso, foi observada mortalidade de 23% nas abelhas quando submetidas a DL50 do fipronil. Nos testes de alterações comportamentais e locomotoras não foram observadas influências dos tratamentos com própolis. Conclui-se que, para o presente estudo, a própolis influenciou na taxa de mortalidade e pode ter promovido um efeito protetor nas abelhas Apis mellifera L. quando submetidas a diferentes concentrações do inseticida fipronil, sendo ainda verificado que o tratamento 10% foi o mais eficaz, devido a ter apresentado as menores taxas de mortalidade nos dias 15 e 30. / INFLUENCE OF PROPOLIS CONSUMPTION IN GENES EXPRESSION RELATED TO IMMUNE SYSTEM OF Apis mellifera L. BEES SUBJECTED TO CHALLENGE BACTERIA. The Apis mellifera bees may be subject to a number of threats as parasites and pathogens that affect your immune system. This fact makes it necessary to look for natural products that can contribute to improving the immune system of these insects such as propolis. Given the above, the objective was to analyze the influence of the supply of propolis in gene expressions related to immunity of Apis mellifera L. bees subjected to bacterial challenge Over 30 days, four hives receive weekly treatments with different percentages of alcoholic extract of propolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). The experiment was randomized in a factorial 4 x 2 x 2x 3 (treatments x with or without bacteria x times x periods), totaling 48 samples. It was observed the expressions of abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensing1 genes. As internal control was used actin gene. The results were compared by ANOVA followed by Tukey test (P <0.05). Alterations were observed in gene expression of bees studied for all periods and treatments before and after bacterial challenge for all proposed genes, were yet verified inductions of relative expression in the three periods. It is concluded that under the conditions of this study, propolis can induce the relative expression of genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensin1, when subjected to bacterial challenge. However, it is not able to characterize a treatment with propolis presenting greater relative expression for all genes simultaneously. EFFECT OF PROPOLIS CONSUMPTION IN THE BEHAVIORAL CHANGES AND MORTALITY OF Apis mellifera L. BEES SUBMITTED TO PESTICIDE FIPRONIL. Pesticides pose the greatest direct risk for pollinators such as Apis mellifera bees, responsible for reducing bee populations and beekeeping, making it necessary to search for substances that can contribute to improving the health of these bees, such as propolis. Given this, the study found the effect of propolis alcoholic extract consumption behavior when subjected to DL50(0.2 µg/bee) and sublethal (1/500 DL50), and mortality of Apis mellifera L. bees submitted to different doses of the insecticide fipronil (0,05; 0.1, 0.2, 0.3 and 0.4 µg/bee). Four colonies were used, one for each treatment (0, 5, 10 and 15% inclusion of propolis), and in three periods (0,15 and 30 days) to determine the effect of the treatments throughout the experiment. To the achievement of mortality and behavioral changes tests the foraging bees from treated hives were selected. For the mortality test, the data were analyzed in generalized linear mixed model, added the Tukey test (P <0.05) and the analysis of the assessment of behavioral activities was made by (ANOVA) followed by Tukey test (P <0.05). Beehives who consumed propolis have a lower mortality rate compared to the hive control (0%), except on day 0 that the hive control did not differ from treatment 10%. It was also found that the hive that received treatment 10% was among the lowest mortality rates in the fifteenth and thirtieth collection day. Furthermore, the observed mortality was 23% in bees when subjected to LD50. In tests of locomotor and behavioral changes were observed influences of treatments with propolis. It concludes that, for this study, propolis influenced the mortality rate and may have promoted a protective effect on bees Apis mellifera L. when subjected to different concentrations of the insecticide fipronil, and also, that the treatment 10% was effective due to having presented the lowest mortality rates in the 15 and 30. However, treatments with propolis did not influence the behavioral and motor changes.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:06:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2390.pdf: 3256865 bytes, checksum: 7ad1acbefc5f29dddbaad3f14dbcef7c (MD5) Previous issue date: 2009-04-17 / Financiadora de Estudos e Projetos / Microarrays technologies are used to measure the expression levels of a large amount of genes or fragments of genes simultaneously in diferent situations. This technology is useful to determine genes that are responsible for genetic diseases. A common statistical methodology used to determine whether a gene g has evidences to diferent expression levels is the t-test which requires the assumption of normality for the data (Saraiva, 2006; Baldi & Long, 2001). However this assumption sometimes does not agree with the nature of the analyzed data. In this work we use the skew-normal distribution described formally by Azzalini (1985), which has the normal distribution as a particular case, in order to relax the assumption of normality. Considering a frequentist approach we made a simulation study to detect diferences between the gene expression levels in situations of control and treatment through the t-test. Another simulation was made to examine the power of the t-test when we assume an asymmetrical model for the data. Also we used the likelihood ratio test to verify the adequability of an asymmetrical model for the data. / Os microarrays são ferramentas utilizadas para medir os níveis de expressão de uma grande quantidade de genes ou fragmentos de genes simultaneamente em situações variadas. Com esta ferramenta é possível determinar possíveis genes causadores de doenças de origem genética. Uma abordagem estatística comumente utilizada para determinar se um gene g apresenta evidências para níveis de expressão diferentes consiste no teste t, que exige a suposição de normalidade aos dados (Saraiva, 2006; Baldi & Long, 2001). No entanto, esta suposição pode não condizer com a natureza dos dados analisados. Neste trabalho, será utilizada a distribuição normal assimétrica descrita formalmente por Azzalini (1985), que tem a distribuição normal como caso particular, com o intuito de flexibilizar a suposição de normalidade. Considerando a abordagem clássica, é realizado um estudo de simulação para detectar diferenças entre os níveis de expressão gênica em situações de controle e tratamento através do teste t, também é considerado um estudo de simulação para analisar o poder do teste t quando é assumido um modelo assimétrico para o conjunto de dados. Também é realizado o teste da razão de verossimilhança, para verificar se o ajuste de um modelo assimétrico aos dados é adequado.

Orientador: Ricardo De Oliveira Orsi / Abstract: INFLUENCE OF PROPOLIS CONSUMPTION IN GENES EXPRESSION RELATED TO IMMUNE SYSTEM OF Apis mellifera L. BEES SUBJECTED TO CHALLENGE BACTERIA. The Apis mellifera bees may be subject to a number of threats as parasites and pathogens that affect your immune system. This fact makes it necessary to look for natural products that can contribute to improving the immune system of these insects such as propolis. Given the above, the objective was to analyze the influence of the supply of propolis in gene expressions related to immunity of Apis mellifera L. bees subjected to bacterial challenge Over 30 days, four hives receive weekly treatments with different percentages of alcoholic extract of propolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). The experiment was randomized in a factorial 4 x 2 x 2x 3 (treatments x with or without bacteria x times x periods), totaling 48 samples. It was observed the expressions of abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensing1 genes. As internal control was used actin gene. The results were compared by ANOVA followed by Tukey test (P <0.05). Alterations were observed in gene expression of bees studied for all periods and treatments before and after bacterial challenge for all proposed genes, were yet verified inductions of relative expression in the three periods. It is concluded that under the conditions of this study, propolis can induce the relative expression of genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensin1, when subjected to bacterial challenge. However, it i... (Complete abstract click electronic access below) / Resumo: INFLUÊNCIA DO CONSUMO DA PRÓPOLIS NA EXPRESSÃO DE GENES RELACIONADOS AO SISTEMA IMUNOLOGICO DE ABELHAS Apis mellifera L. SUMETIDAS AO DESAFIO BACTERIANO. As abelhas Apis mellifera podem estar sujeitas a uma série de ameaças como parasitas e patógenos que acometem seu sistema imunológico. Tal fato torna necessária a busca por produtos naturais que possam contribuir com a melhora do sistema imune destes insetos, como a própolis. Diante do exposto, o objetivo foi analisar a influência do fornecimento da própolis em expressões de genes relacionados à imunidade de abelhas Apis mellifera L. submetidas ao desafio bacteriano. Ao longo de 30 dias, quatro colmeias receberam semanalmente os tratamentos com diferentes porcentagens de extrato alcoólico de própolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). O experimento foi casualizado em esquema fatorial 4 x 2 x 2x 3 (tratamentos x com ou sem bactéria x tempos x períodos), totalizando 48 amostras. Foram observadas as expressões dos genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin e defensin1. Como controle interno foi utilizado o gene actina. Os resultados foram comparados por ANOVA seguidos do teste de Tukey (P<0,05). Foram observadas alterações na expressão gênica das abelhas estudadas para todos os períodos e tratamentos, antes e após desafio bacteriano, para todos os genes propostos, sendo ainda verificada induções da expressão relativa nos três períodos. Conclui-se que nas condições do presente trabalho, a própolis pode induzir a expressão relativa dos genes a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Introdução: Apesar da identificação de fatores prognósticos clínicos e patológicos, muitos pacientes portadores de carcinoma de células renais (CCR) apresentam metástases ao diagnóstico e outros irão desenvolver recorrência local ou à distância durante o seguimento. Novos fatores prognósticos e de origem molecular têm sido avaliados no CCR, destacando-se o PTEN como um dos principais genes envolvidos na carcinogênese renal. Objetivos: Avaliar os fatores clínicos e anatomopatológicos mais significativos nas taxas de sobrevida, identificar a frequência de hipermetilação do gene PTEN através da técnica do pirosequenciamento, o impacto da hipermetilação do gene nas taxas de sobrevida global (SG) e livre de doença (SLD), como também, a associação da presença de hipermetilação com os principais fatores prognóticos. Material e métodos: Foram avaliados 137 pacientes portadores de CCR submetidos a tratamento cirúrgico do tumor primário entre 1997 e 2009. Foram considerados os dados epidemiológicos, clínicos, anatomopatológicos, de estadiamento (TNM 2004) e os obtidos da reação de pirosequenciamento. Resultados: O tempo de seguimento médio foi de 32,3 meses e mediana de 28,8 meses. Considerando o estadimento clínico, foram fatores independentes para a SG: idade (p<0,01), ASA (p=0,02), margens cirúrgicas (p=0,04), grau de Fuhrman (p=0,01), estádio clínico (p<0,001) e subtipo histológico (p<0,01). No modelo múltiplo a SLD foi influenciada únicamente pelo estádio clínico (p<0,001). Dos 137 casos analisados, hipermetilação do gene foi detectada em cinco casos (3,6%). Devido a baixa freqüência detectada optou-se por não realizar a associação da metilação do PTEN com os fatores prognósticos. Em relação às taxas de SG e SLD, de acordo com o perfil de hipermetilação do PTEN, não houve a ocorrência de nenhum evento, ou seja, morte, morte por CCR ou recorrência da doença para os cinco casos que apresentavam hipermetilação. Conclusões: A hipermetilação do xv PTEN foi detectada com baixa frequência, sugerindo a participação de outros genes ou mecanismos moleculares diferentes da metilação na inativação deste gene frequentemente envolvido na carcinogênese renal. As taxas de sobrevida não foram influenciadas pelo perfil de hipermetilação do PTEN, permanecendo o estadiamento clínico do TNM como a principal variável determinante da evolução e do risco de recidiva pelo CCR / Introduction: Despite the identification of clinical and pathological prognostic factors, many patients with renal cell carcinoma (RCC) have metastases at diagnosis and others will develop local or distant recurrence during follow-up. New prognostic factors and of molecular origin have been evaluated in RCC, highlighting PTEN, one of the main genes involved in renal carcinogenesis. Objetives: To assess the most significant clinical and pathological factors in survival rates, and identify the frequency of hypermethylation of the PTEN gene by the pyrosequencing technique, the impact of gene hypermethylation on overall survival (OS) rates and disease free interval (DFS), as well as associating presence of hypermethylation with main prognostic factors. Methods: We evaluated 137 patients with RCC that underwent surgical treatment of primary tumor between 1997 and 2009. We considered the epidemiological, clinical, pathological, staging (TNM 2004) data and those obtained from pyrosequencing. Results: Mean follow-up was of 32.3 months and the median of 28.8 months. Considering the clinical TNM stage, the OS was influenced in the multiple model by age (p < 0.01), ASA (p = 0.02), surgical margins (p = 0.04), Fuhrman´s grade (p = 0,01), clinical stage (p <0.001) and cell subtype (p < 0.01). DFS were influenced in multivariate analysis only by presence of clinical stage (p <0.001). Of the 137 cases examined, gene hypermethylation was detected in five cases (3,6%). Because of this low frequency perceived, we elected not to carry out the association of PTEN methylation with prognostic factors. Regarding OS and DFS rates, according to the hypermethylation of PTEN profile, no event occurred, that is to say death, death from RCC or disease recurrence in the five cases with hypermethylation. Conclusions: Hypermethylation of PTEN was detected with low frequency suggesting involvement of other genes or different molecular mechanisms of methylation upon inactivation of this gene, frequently involved in renal xvii carcinogenesis. Survival rates were not influenced by the hypermethylation of PTEN profile, with clinical TNM staging remaining as the main determinant for development and risk of RCC recurrence