No presente modelo em NetLogo, implementou-se um código onde patches genotipicamente homogêneos, reproduzem-se no mapa composto de 64 x 64 células. Buscam parceiros entre si, seguindo algumas orientações. O par reprodutivo deve estar dentro de uma determinada distância genética (G) e espacial (S). Estes parâmetros definem qual a máxima divergência genotípica permitida para a reprodução (G) e qual a distância espacial máxima entre dois possíveis parceiros reprodutivos (S). Além destes, o sliderM determina a probabilidade de ocorrer mutação nos genótipos resultantes das reproduções e A a amplitude, i.e., a quantidade de mudança sofrida pelo genótipo do agente. A princípio, geneticamente homogêneos, todos os indivíduos podem potencialmente formar pares. Contudo, com ocorrência de trocas genéticas e mutações, na formação da prole, aumenta-se a diversidade genética e há isolamento reprodutivo entre indivíduos. Obteu-se especiação dos agentes, ocorrência de corredor de fluxo gênico e mapa robusto de combinação de parâmetros. / In the present model in NetLogo, we implemented a code where genotypically homogeneous patches, reproduce in a map consisting of 64 x 64 cells. Seek partners among themselves by following some guidelines. The breeding pair must be within a certain genetic (G) and spatial (S) distance. These parameters define the maximum genotypic divergence which allowed for reproduction (G) and that maximum spatial distance between two potential reproductive partners (S). In addition, the slider M determines the probability of mutation in resulting genotypes and A the amplitude, i.e., the amount of change experienced by the genotype of the agent. Primarily, genetically homogeneous, all individuals can potentially form pairs. However, with the occurrence of genetic changes and mutations in the offspring formation, the genetic diversity increases and there is reproductive isolation between individuals. There were agents speciation, occurrence of genic flow pathway and robust map of matching parameters.

Após o seqüenciamento completo do genoma humano, a busca e caracterização do conjunto completo de genes humanos constitui-se no principal desafio nesta área de investigação, sendo o passo limitante para o progresso na exploração dos dados contidos no seqüenciamento deste genoma. O projeto de transcriptoma denominado \"Transcript Finishing Initiative\" (TFI) surgiu neste contexto, com o objetivo principal de gerar fragmentos parciais de transcritos humanos, que não haviam sido descritos previamente e determinar sua seqüência, para iniciar a caracterização de novos genes humanos. A estratégia utilizada foi q alinhamento de todas as seqüências ORESTES e ESTs disponíveis com a seqüência pública do genoma humano e o agrupamento j c1usterização destas com base nas coordenadas deste genoma. Algumas das regiões que não eram cobertas por estas seqüências foram, então, completadas, por RT-PCR, utilizando-se primers ancorados nos clusters vizinhos. Cada par de clusters de ESTs selecionado para validação experimental foi designado como uma Unidade do \"Transcript Finishing\" (TFU), tendo sido validadas experimentalmente, pelo grupo TFI, Um total de 211 TFUs foram validadas, sendo que 197 seqüências consenso foram submetidas ao Genbank (CF272536-CF272733). Atualmente, apenas um pequeno número destas seqüências ainda são considerados genes novos, sem que haja um cDNA depositado em banco de dados; contudo para um número considerável destas TFUs não existe qualquer caracterização sobre sua função. Na tentativa de contribuir para melhor caracterização dos genes identificados no projeto TFI, e tendo, como base, a linha de pesquisa do laboratório, que busca genes diferencialmente expressos envolvidos em transformação maligna/tumorigênese, o presente trabalho propôs a utilização das seqüências TFUs para estudar sua possível associação com tumores de glia humanos e outros tipos de tumores (de próstata e de mama). Para tanto, as TFUs foram analisadas \"in silico\" para estabelecer seu grau de ineditismo como um novo gene ou um gene sem função conhecida, e, para análise de sua expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais de cérebro, próstata e mama. Para validar estas análises computacionais na bancada, foram gerados macro- e microarranjos de DNA utilizando-se as TFUs disponíveis como clones físicos ou amplicons, para o rastreamento com sondas das linhagens celulares A172 e T98G de glioblastomas. Os resultados das análises destes dados foram confirmados por PCR quantitativo tanto nas linhagens como em amostras clínicas de astrocitomas que apresentam diversos graus de malignidade. Como resultado, foi possível organizar um Banco de Clones Físicos de TFUs, além de identificar e selecionar uma TFU (168), cuja expressão correlaciona diretamente com o grau de malignidade dos tumores de glia. Esta seqüência corresponde a um novo gene, já que não existe a seqüência de cDNA completo nos bancos de dados. Em vista disto, a TFU168 foi selecionada para estudos funcionais posteriores, que já estão em andamento, através da obtenção de suaseqüência completa de cDNA para ensaios de superexpressão e do silenciamento gênico através de RNAi. / Upon complete sequencing of the human genome, identification and characterization of the complete set of human genes constitutes the major challenge in this research field, constituting the limiting step for progress in exploration of the informations contained in the genome sequencing data. The Transcript Finishing Initiative (TFI) transcriptome project arose in this context, aiming at the generation, sequencing and characterization of partial new human transcripts and genes. The strategy adopted was the alignment of the alI the available ORESTES and EST sequences data with the public human genome sequence and their clusterization based on the coordinates of this genome. Thus, some of the regions which were not cover by ESTs and ORESTES (gaps) were then completed by RT-PCR using primers anchored in the neighboring clusters. Each pair of EST clusters selected for experimental validation was named Transcript Finishing Unit (TFU). A large number (211) of TFU s were validated and 197 -consensus sequences were submitted to the Genbank (CF272536-CF272733). At present, only a few of these sequences are considered as new genes without a full-Iength cDNA sequence deposited in the data bank, however, no functional characterization is yet available for a large number of these sequences. In an attempt to contribute to further characterization of these genes identified in the TFI project and keeping in mind the main interest of our laboratory, which is the identification of differentially expressed genes in tumor versus normal tissue, the present work aims at utilizing these TFUs to find differentially expressed genes associated with human glial tumors and with other kinds of tumors. To this end, these sequences were first subjected to in silico analysis in order to establish their degree of ineditism (new sequences and/or sequences with unknown function) and their expression profile between normal and tumoral tissues of brain, mammary gland and prostate. To validate this computational analysis, DNA macro- and microarrays were generated with the TFU sequences and screened with cDNA probes obtained from the A172 and T98G glioblastomas cell lines. The results of these screenings were confirmed by quantitative PCR both in cell lines and in tumor samples of different degrees of malignancy. The results obtained in this work allowed the organization of a TFUs Physical Clones Bank and the identification and selection of one sequence (TFU 168), whose expression is directly re1ated to the degree of tumor malignancy. This sequence constitutes a new gene, since no complete cDNA sequence is available in the data banks. Therefore, TFU168 was selected for further functional studies by obtaining its full-Iength cDNA sequence to be used for over expression by silencing this gene using RNAi.

Made available in DSpace on 2017-07-25T19:30:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Debora Silva Maximo.pdf: 2516559 bytes, checksum: f42192c8a7ed6389d9fb8661f4c843b0 (MD5) Previous issue date: 2013-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objectives of this study were to determine the genetic control of resistance to anthracnose stalk rot of corn and estimate the gene action involved in the generations descended from crosses between inbred lines of tropical maize. The estimation of genetic parameters was used to determine the mode of inheritance of resistance in nine families derived from crosses between resistant and susceptible inbred lines to Colletotrichum graminicola. Each family consisted of six generations (P1, P2, F1, RC1 and RC2), which were evaluated for resistance in two experiments implanted in a randomized block design in a split plot design, with three replications. Inoculations were performed using a suspension of 5 x 105 conidia mL-1 applied into the stalk. The quantification of the disease was performed using the external and internal length of lesion (cm), and number of internodes discolored. The three forms of assessment were effective in discriminating individuals resistant and susceptible to the pathogen. Through the analysis of mean generations, it was observed that there is great genetic variability among inbred lines used, where the LR 04-2 was the most effective in all families/ generations in which participated, always conditioning the lower values of lesion. The results indicated a similar mode of inheritance among families, with a predominance of additive genetic effects explaining 81.92% on average. The heritability coefficients (broad and narrow sense) were of high magnitude, indicating facility in the process of artificial selection by breeding programs. Estimates of heterosis were high and negative in all families studied, revealing the ability of resistant inbred lines to transfer the character resistance for the next generations, reducing the length of the lesions. The results showed that the genetic control of corn to anthracnose stalk rot is governed by a few genes of large effect on phenotypic expression. The addictive nature of inheritance, associated with higher estimates of heritability and oligogenic genetic control, infer that the genetic gains with selection will be successful in breeding programs that develop maize populations resistant to anthracnose stalk rot. / Os objetivos do presente trabalho foram determinar o controle genético da resistência de milho à antracnose do colmo e estimar a ação gênica envolvida nas gerações descendentes de cruzamentos entre linhagens endogâmicas de milho tropical. A estimativa dos parâmetros genéticos foi utilizada para determinar o modo de herança da resistência, em nove famílias derivadas dos cruzamentos entre linhagens resistentes e suscetíveis à Colletotrichum graminicola. Cada família foi constituída de seis gerações (P1, P2, F1, F2, RC1 e RC2), as quais foram avaliadas para resistência em dois experimentos implantados no delineamento de blocos casualizados, em esquema de parcelas subdivididas, onde nas parcelas foi estudado o efeito de famílias e nas subparcelas o efeito das gerações, com três repetições. As inoculações dos colmos foram realizadas no estádio de florescimento pleno com suspensão de 5,0 x 105 conídios mL-1. A quantificação da doença foi realizada no estádio de florescimento pleno da cultura, através do comprimento externo e interno de lesão (cm), e pelo número de internódios descoloridos. As três formas de avaliação foram eficientes em discriminar indivíduos resistentes e suscetíveis ao patógeno. Na análise das médias das gerações, observou-se a existência de grande variabilidade genética entre as linhagens endogâmicas utilizadas. A linhagem LR 04-2 destacou-se em todas as famílias/gerações em que participou, sempre condicionando os menores valores de lesão. Os resultados indicaram modo de herança semelhante entre as famílias, com predomínio de efeitos genéticos aditivos explicando em média 81,92%. Os coeficientes de herdabilidade (sentido amplo e restrito) foram de elevada magnitude, indicando a facilidade no processo de seleção artificial pelos programas de melhoramento. As estimativas de heterose foram altas e negativas em todas as famílias estudadas, revelando a capacidade das linhagens resistentes em transmitir o caráter resistência para as gerações filiais, diminuindo o comprimento das lesões. Os resultados demonstraram que o controle genético da resistência de milho à antracnose do colmo é governado por poucos genes de grande efeito na expressão fenotípica. A herança de natureza aditiva, associada às altas estimativas de herdabilidade e controle genético oligogênico, permitem inferir que os ganhos genéticos com a seleção lograrão êxito em programas de melhoramento, que buscam desenvolver populações de milho resistentes à antracnose do colmo.

O complexo de espécies crípticas de Anastrepha fraterculus compreende oito morfotipos dos quais três ocorrem no Brasil. Anastrepha sp.1 aff. fraterculus é o morfotipo Brasil-1 e é uma espécie de ampla distribuição no planalto sudeste/sul do Brasil e no norte da Argentina. O comportamento reprodutivo dessa espécie é complexo, envolvendo uma série de movimentos desempenhados pelos machos para atrair as fêmeas para acasalamento, e ocorre, preferencialmente, nas primeiras horas do dia. Dois genes, period e fruitless, entre outros, são conhecidos por participar do controle do comportamento reprodutivo de vários organismos, incluindo algumas espécies de moscas-das-frutas. O presente trabalho buscou informações sobre a atuação desses genes no comportamento reprodutivo de A. sp.1, utilizando o silenciamento transitório desses genes pela metodologia de RNA interferente. Foram, primeiramente, desenhados iniciadores específicos para amplificar fragmentos do DNA genômico desses genes, sendo demonstrado que apresentaram uma similaridade entre 97 a 99% com os genes equivalentes de outras espécies de Anastrepha. A seguir, após padronização e adaptação de protocolos, foram sintetizados os RNA de dupla-fita (dsRNA) dos dois genes, que foram, então, utilizados nos experimentos de silenciamento. Análises, para verificação se os genes foram realmente silenciados foram feitas a partir a injeção dos dsRNAfru e/ou dsRNAper no abdomên de machos sexualmente maduros, tendo sido demonstrado que os genes estavam silenciados ao máximo, sete a oito dias após a injeção. Interferências no comportamento de machos sexualmente maduros, com um ou outro gene silenciado, foram avaliados por testes relacionados com dois parâmetros do comportamento reprodutivo: alterações nas atividades gerais (qualquer tipo de movimentação dos insetos) dos machos durante o ciclo circadiano (dia/noite) e mais especificamente, a atividade relacionada ao comportamento reprodutivo. Ao injetar dsRNAfru em machos adultos de A. sp.1 foi observado que não houve alteração significativa nas suas atividades gerais. Porém, foi observado que houve uma diminuição significativa no número de machos que realizavam atividades reprodutivas, sugerindo que o silenciamento de fruitless no macho adulto altera o funcionamento normal do comportamento sexual masculino. Em contrapartida, ao injetar dsRNAper em machos adultos de A. sp.1 não foi observada alteração significativa tanto nas suas atividades reprodutivas quanto nas atividades gerais. O silenciamento dos genes aparentemente não afeta a produção de espermatozóides. Apesar de controverso, esses dados corroboram com o que foi observado em D. melanogaster, em que o mutante nulo per04 não apresenta alteração significativa nos seus comportamentos em relação aos machos selavagens em um regime cíclico Dia/Noite. Dessa forma, análises adicionais serão necessárias com o objetivo de elucidar as implicações desses dois genes no comportamento locomotor e reprodutivo de Anastrepha sp.1 aff. fraterculus. / The complex of cryptic species Anastrepha fraterculus comprises eight morphotypes three of which occur in Brazil. Anastrepha sp.1 aff. fraterculus correspond to the morphotype Brazil-1 and is a species of wide distribution in the southeast/south plateau of Brazil and in north of Argentina. The reproductive behavior of this species is complex, involving a series of movements performed by males to attract females for mating, and occurs in the early hours of the day. Two genes, period and fruitless, among others, are known to participate in the control of reproductive behavior of various organisms, including some species of fruit flies. The present work aimed to get information about the presumable role of these genes in the reproductive behavior of A. sp.1, using transient silencing of these genes by interfering RNA methodology. Specific primers were first designed to amplify fragments of the genomic DNA of these genes, showing they have a similarity between 97 to 99% with the equivalent genes of other Anastrepha species. After standardization and adaptation of protocols, the double-stranded RNA (dsRNA) of the two genes were synthesized, and used in the silencing experiments. Tests to verify that the genes were actually silenced, were made after injection of the dsRNAfru and/or dsRNAper into the abdomens of sexually mature males. These tests showed that the genes were silenced to the maximum, seven to eight days after the injection. Interferences in the behavior of sexually mature males with one or other silenced gene were evaluated by tests related to two parameters of reproductive behavior: changes in the general activities (any type of movement of insects) of males during the circadian cycle (day/night) and more specifically, activity related to reproductive behavior. Injection of dsRNAfru in adult males of A. sp.1 showed that they did not cause significant alterations in general activities, but it was observed that they cause a significant decrease in the number of males that performed reproductive activities, suggesting that silencing of fruitless. alters the normal functioning of male sexual behavior. In contrast, when injecting dsRNAper. in adult males of A. sp.1, no significant alteration was observed neither in their reproductive activities nor in their general activities. Moreover, silencing of the genes seems not to affect the production of spermatozoa. Although controversial, the data are in line with observations in D. melanogaster, in which the null mutant per04 did not present significant alterations in behaviors relatives to the control males in a Day/Night cyclic regime. Thus, additional analyzes will be needed to elucidate the participation of the two genes in the coordination of behaviors in Anastrepha sp.1 aff fraterculus.

OBJETIVO: Identificar os genes diferencialmente expressos entre os leiomiomas uterinos de pacientes em idade reprodutiva, tratadas ou não com análogo do GnRH e confirmar os resultados obtidos para genes selecionados por técnica de PCR em tempo real. PACIENTES E MÉTODOS: Foi colhida amostra do maior nódulo de leiomioma uterino de 89 pacientes negras, idade entre 20 e 45 anos, com indicação cirúrgica de miomectomia. Dessas, 38 receberam análogo do GnRH previamente a cirurgia (Grupo A) e 51 foram submetidas a cirurgia sem tratamento prévio (Grupo B). Dentro de cada grupo foram selecionadas 10 pacientes nulíparas, com maior nódulo acima de 3,0 cm, volume uterino acima de 300 cc. e amostras colhidas na fase lútea no Grupo B. INTERVENÇÃO: 5 amostras de cada grupo foram analisadas por técnica de microarray e posteriormente genes diferencialmente expressos foram analisados por técnica de PCR em tempo real em 10 pacientes de cada grupo. RESULTADOS: Do total de 47.000 seqüências da plataforma Affymetrix, representando em torno de 38.500 genes humanos já caracterizados, resultou na expressão diferencial de 174 genes, sendo 70 super-expressos (33 com função conhecida) e 104 subexpressos (65 com função conhecida) em amostras do Grupo A (Tratado) comparativamente ao Grupo B (Não-Tratado). Os genes super-expressos CYR 61, EGR 1 e SULF 2 e o sub-expresso, WIF 1 foram confirmados por PCR em tempo real, enquanto o gene HMGN1 não teve confirmação da sua super-expressão após PCR em tempo real. CONCLUSÕES: Há alteração da expressão gênica de leiomioma uterino de mulheres submetidas a tratamento com análogo de GnRH em relação às não tratadas. O número de genes sub-expressos é o dobro dos super-expressos e 80% das alterações detectadas pela técnica de microarray foram confirmadas por PCR em tempo real. / OBJECTIVE: To identify the genes differentially expressed between the uterine leiomyomas of patients in reproductive age, treat or not treated with GnRH analogue and confirm the results for genes selected by real time PCR. METHODS: It was harvested sample of the largest lump of uterine leiomyoma of 89 black patients, aged between 20 and 45 years, with details of surgical miomectomia. Of these, 38 patients received GnRH analogue prior to surgery (Group A) and 51 were undergoing surgery without prior treatment (Group B). Within each group were selected 10 patients nulliparous, with higher nodule over 3.0 cm, uterine volume over 300 cc. and samples taken during lutea in Group B. INTERVENTION: 5 samples from each group were analyzed by microarray, and then differentially expressed genes were analyzed by real time PCR on 10 patients in each group. RESULTS: Of the 47,000 sequences of the platform used, representing around 38,500 human genes already characterized, resulted in differential expression of 174 genes, with 70 genes up regulated (33 genes with known function) and 104 down regulated (65 genes with known function) in samples of Group A (Treaty) compared to Group B (Non-Treaty). The up regulated genes CYR 61, EGR 1 and SULF 2 and down regulated, WIF 1 were confirmed by real time PCR , while the gene HMGN1 had no confirmation of expression after real-time PCR. CONCLUSIONS: There is change in the gene expression of uterine leiomyoma of women undergoing treatment with GnRH analogue regarding women not treated. The number of genes underexpressed genes is double the down regulated and 80% of the changes detected by microarray were confirmed by real time PCR.

No presente modelo em NetLogo, implementou-se um código onde patches genotipicamente homogêneos, reproduzem-se no mapa composto de 64 x 64 células. Buscam parceiros entre si, seguindo algumas orientações. O par reprodutivo deve estar dentro de uma determinada distância genética (G) e espacial (S). Estes parâmetros definem qual a máxima divergência genotípica permitida para a reprodução (G) e qual a distância espacial máxima entre dois possíveis parceiros reprodutivos (S). Além destes, o sliderM determina a probabilidade de ocorrer mutação nos genótipos resultantes das reproduções e A a amplitude, i.e., a quantidade de mudança sofrida pelo genótipo do agente. A princípio, geneticamente homogêneos, todos os indivíduos podem potencialmente formar pares. Contudo, com ocorrência de trocas genéticas e mutações, na formação da prole, aumenta-se a diversidade genética e há isolamento reprodutivo entre indivíduos. Obteu-se especiação dos agentes, ocorrência de corredor de fluxo gênico e mapa robusto de combinação de parâmetros. / In the present model in NetLogo, we implemented a code where genotypically homogeneous patches, reproduce in a map consisting of 64 x 64 cells. Seek partners among themselves by following some guidelines. The breeding pair must be within a certain genetic (G) and spatial (S) distance. These parameters define the maximum genotypic divergence which allowed for reproduction (G) and that maximum spatial distance between two potential reproductive partners (S). In addition, the slider M determines the probability of mutation in resulting genotypes and A the amplitude, i.e., the amount of change experienced by the genotype of the agent. Primarily, genetically homogeneous, all individuals can potentially form pairs. However, with the occurrence of genetic changes and mutations in the offspring formation, the genetic diversity increases and there is reproductive isolation between individuals. There were agents speciation, occurrence of genic flow pathway and robust map of matching parameters.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Diallel are important to predict the best combinations between different heterotic groups of maize inbred lines, as well as knowledge of the associations between traits. The aim of this study is to estimate the combining ability among inbred lines by partial diallel analysis for identification of gene action involved in the expression of traits and prediction and identification of the best combinations of direct and indirect relations between genetic and phenotypic morphological traits on yield components . The strains used in partial diallel cross of the two heterotic groups are from the company KSP Seeds Ltda.. The tests were conducted based on crosses with partial diallel mating scheme, using 15 strains as the female parent and eight strains as male parent. The tests were conducted in five environments, in randomized complete block design with three replications. The variables analyzed were: stem diameter (DC), leaf angle (AF), tassel length (CP), distance from the last node of the stem to the first branch of the tassel (DUN), distance from the flag leaf to the first branch tassel (CFB), number of primary branches on the main stem of the tassel (NR), number of secondary branches in the tassel (NRS), leaf area (AFT), thousand grain weight (MMG) and grain yield. Group I estimates of lineages 15 and 4, 3 and 4 group II are favorable grain yield by CGC. The traits tassel length, distance from the last node of the flag leaf and the first branch of the tassel, the best combinations for CPB are 1-3 , 2-4 , 3-3 , 4-4 , 7-3 , 8-3 , 9-3 , 10-3 , 10-4 , 11-4 , 12-4 , 14-3 and 15-4 . The junctions promising for increased yield are 1-1 , 1-4 , 2-3 , 3-1 , 3-4 , 4-3 , 4-6 , 4- 7 , 5-3 , 5-4 , 6-3 , 6-4 , 7-4 , 8-4 , 9-4 , 10-5 , 11-3 , 12-3 , 14-4 , 15-2 , 15-5 and 15-8 . Among the most promising crosses for CEC at least two parents have high CGC. The distance from the last node to the first branch of the tassel, length and number of tassel branches negatively affect the yield estimates for linear phenotypic and genotypic methods. The distance from the last node to the first branch of the tassel negatively influences the performance and should be considered in the criteria for strain selection. Selections for smaller leaf angle and greater stem diameter and mass of a thousand grains appear to be favorable for the increase of grain yield in maize. / Cruzamentos dialélicos são importantes para predição das melhores combinações heteróticas entre diferentes grupos de linhagens de milho, assim como o conhecimento das associações entre caracteres. O objetivo deste trabalho é estimar a capacidade combinatória entre linhagens endogâmicas de milho pela análise dialélica parcial para identificação das ações gênicas envolvidas na expressão de caracteres e predição das melhores combinações e identificação das relações diretas e indiretas fenotípicas e genéticas de caracteres morfológicos sobre componentes do rendimento. As linhagens utilizadas no cruzamento dialélico parcial dos dois grupos heteróticos são provenientes da empresa KSP Sementes Ltda. Os ensaios foram conduzidos baseados em cruzamentos com esquema de dialelo parcial, utilizando-se 15 linhagens como genitores femininos e oito linhagens como genitores masculinos. Os ensaios foram conduzidos em cinco ambientes, em delineamento de blocos completos ao acaso com três repetições. As variáveis analisadas foram: diâmetro do colmo (DC), ângulo de folha (AF), comprimento do pendão (CP), distância do último nó do colmo até a primeira ramificação do pendão (DUN), distância da folha bandeira a primeira ramificação do pendão (CFB), número de ramificações primárias na haste principal do pendão (NR), número de ramificações secundárias no pendão (NRS), área foliar (AFT), massa de mil grãos (MMG) e rendimento de grãos. No grupo I as estimativas das linhagens 15 e 4 e grupo II 3 e 4 são favoráveis para o rendimento de grãos pela CGC. Os caracteres comprimento de pendão, distância do último nó e da folha bandeira a primeira ramificação do pendão as melhores combinações pela CEC são 1-3 , 2-4 , 3-3 , 4-4 , 7-3 , 8-3 , 9-3 , 10-3 , 10-4 , 11-4 , 12-4 , 14-3 e 15-4 . Os cruzamentos promissores para aumento do rendimento são 1-1 , 1-4 , 2-3 , 3-1 , 3-4 , 4-3 , 4-6 , 4-7 , 5-3 , 5-4 , 6-3 , 6-4 , 7-4 , 8-4 , 9-4 , 10-5 , 11-3 , 12-3 , 14-4 , 15-2 , 15-5 e 15-8 . Entre os cruzamentos mais promissores para CEC pelo menos dois genitores possuem elevada CGC. As distâncias do último nó até primeira ramificação do pendão comprimento e número de ramificações do pendão afetam negativamente o rendimento para as estimativas lineares fenotípicas e genotípicas. A distância do último nó até a primeira ramificação do pendão influencia negativamente o rendimento, devendo ser considerado nos critérios de seleção de linhagens. As seleções para menor ângulo de folha e maior diâmetro de colmo e massa de mil grãos mostram-se favoráveis para o aumento de rendimento de grãos em milho.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CristianeMF.pdf: 69057 bytes, checksum: 86b55b192a6c5915d66e542325da022c (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / The northeastern region is responsible to 14.32% of sugarcane national production. This lowered contribution is due to edaphoclimatic condition. Flowering is a vital process to plant which consumes lots of energy and it culminates in a process called isoporization. This one can give in a decreasing of 60% on alcohol and water production. It may consider that cropped sugarcane has a hibrid with octaploid genome, there are varieties with a flowering standard until of non flowering. Using this natural genetic potential on different croppings of sugarcane, the aim of this work was to understand as this process occurs by the usage of subtractive approaches. The total RNA was extracted using Trizol of peaks of merisematics of croppings with induced flowering and other with late flowering. From this total RNA were built four subtractives libraries (B1- induced early flowering subtracted on late flowering not induced; B2- late flowering not induced subtracted induced early flowering; B3- induced early flowering subtracted of not induced early flowering; B02- not induced early flowering subtracted from induced early flowering) using kits Super Smart cDNA synthesis and BD Clontech kit select cDNA subtraction (Clontech). This material was clone don vector pGEM T-easy(Promega) and changed in competent cells of E.coli DH10B. Given analysis sequence was carried out a program BLASTn against database of NCBI and genome of Arabidopsis thaliana, rice and maize. Clones were grouped in 9 different classes according to function. Some factors already related as couples of flower induction were identified at different libraries. And grouped proteins with cell cycle and it controls were presents, mainly kinases proteins. Related factors to proteic sinthesis, metabolism, defence, cell communication were also given in both libraries .Some identified genes did not show similarity on database or homology with hypothesis function, and it can represents new genes to be deposited in international database. These results offers that some identified on sugarcane, classified as on factors classes, cell cycle and cell communication, trough unknown genes, can be linked with genetic changing to the flowering process found in the northeastern region / A regi?o nordeste ? respons?vel por 14,32% da produ??o nacional de cana-de-a??car. Esta contribui??o reduzida ? devido ?s condi??es edafo-clim?ticas da regi?o. A flora??o ? um processo vital para a planta que consome muita energia e culmina num fen?meno denominado de isoporiza??o do colmo. Esta isoporiza??o pode acarretar numa redu??o de at? 60% na produ??o de ?lcool e a??car. Considerando que a cana-de-a??car cultivada corresponde a um h?brido com o genoma octaploide, existem variedades com um padr?o de florescimento precoce at? um padr?o de n?o florescimento. Utilizando este potencial gen?tico natural presente nas diferentes cultivares de cana-de-a??car na regi?o nordeste, o objetivo do presente trabalho foi de compreender como ocorre esse processo de flora??o por meio da metodologia de bibliotecas subtrativas. O RNA total foi extra?do utilizando o reagente Trizol (Invitrogen) de ?pices meristem?ticos de cultivares com florescimento precoce induzida e n?o induzida e outra com florescimento tardio. A partir deste RNA total foram constru?das as quatro bibliotecas subtrativas (B1 florescimento precoce induzida subtra?da da tardia n?o-induzida; B2 florescimento tardio n?o-induzida subtra?do da precoce induzida; B3 precoce induzida subtra?da da precoce n?o-induzida; B02 precoce n?o-induzida subtra?da da precoce induzida), utilizando os kits Super Smart cDNA syntesis e o kit BD Clontech PCR select cDNA subtraction (Clontech). Este material foi clonado no vetor pGEM T-easy (Promega) e transformados em c?lulas competentes de E. coli DH10B. A an?lise das seq??ncias obtidas foi realizada utilizando o programa BLASTn contra o banco de dados do NCBI e do genoma de Arabidopsis thaliana, arroz e milho. Os clones foram agrupados em 9 diferentes classes de acordo com a fun??o. Alguns fatores de transcri??o j? relatados como participantes da via de indu??o floral foram identificados nas diferentes bibliotecas. Al?m disso, prote?nas associadas com o ciclo celular e seu controle tamb?m estavam presentes, destacando-se nesse grupo as prote?nas quinases. Fatores relacionados ? s?ntese prot?ica, metabolismo, defesa, transporte e comunica??o celular, tamb?m foram obtidos em ambas bibliotecas. Alguns genes identificados nas bibliotecas n?o apresentaram similaridade nos bancos de dados ou apresentaram homologia com genes de fun??o hipot?tica, e podem representar novos genes a serem depositados em bancos de dados internacionais. Estes resultados sugerem que alguns dos genes identificados em cana-de-a??car, classificados tanto na classe de fatores de transcri??o, ciclo celular e comunica??o celular, al?m dos genes n?o conhecidos, possam estar associados com a variabilidade gen?tica para o processo de flora??o encontrada na regi?o nordeste

O complexo de espécies crípticas de Anastrepha fraterculus compreende oito morfotipos dos quais três ocorrem no Brasil. Anastrepha sp.1 aff. fraterculus é o morfotipo Brasil-1 e é uma espécie de ampla distribuição no planalto sudeste/sul do Brasil e no norte da Argentina. O comportamento reprodutivo dessa espécie é complexo, envolvendo uma série de movimentos desempenhados pelos machos para atrair as fêmeas para acasalamento, e ocorre, preferencialmente, nas primeiras horas do dia. Dois genes, period e fruitless, entre outros, são conhecidos por participar do controle do comportamento reprodutivo de vários organismos, incluindo algumas espécies de moscas-das-frutas. O presente trabalho buscou informações sobre a atuação desses genes no comportamento reprodutivo de A. sp.1, utilizando o silenciamento transitório desses genes pela metodologia de RNA interferente. Foram, primeiramente, desenhados iniciadores específicos para amplificar fragmentos do DNA genômico desses genes, sendo demonstrado que apresentaram uma similaridade entre 97 a 99% com os genes equivalentes de outras espécies de Anastrepha. A seguir, após padronização e adaptação de protocolos, foram sintetizados os RNA de dupla-fita (dsRNA) dos dois genes, que foram, então, utilizados nos experimentos de silenciamento. Análises, para verificação se os genes foram realmente silenciados foram feitas a partir a injeção dos dsRNAfru e/ou dsRNAper no abdomên de machos sexualmente maduros, tendo sido demonstrado que os genes estavam silenciados ao máximo, sete a oito dias após a injeção. Interferências no comportamento de machos sexualmente maduros, com um ou outro gene silenciado, foram avaliados por testes relacionados com dois parâmetros do comportamento reprodutivo: alterações nas atividades gerais (qualquer tipo de movimentação dos insetos) dos machos durante o ciclo circadiano (dia/noite) e mais especificamente, a atividade relacionada ao comportamento reprodutivo. Ao injetar dsRNAfru em machos adultos de A. sp.1 foi observado que não houve alteração significativa nas suas atividades gerais. Porém, foi observado que houve uma diminuição significativa no número de machos que realizavam atividades reprodutivas, sugerindo que o silenciamento de fruitless no macho adulto altera o funcionamento normal do comportamento sexual masculino. Em contrapartida, ao injetar dsRNAper em machos adultos de A. sp.1 não foi observada alteração significativa tanto nas suas atividades reprodutivas quanto nas atividades gerais. O silenciamento dos genes aparentemente não afeta a produção de espermatozóides. Apesar de controverso, esses dados corroboram com o que foi observado em D. melanogaster, em que o mutante nulo per04 não apresenta alteração significativa nos seus comportamentos em relação aos machos selavagens em um regime cíclico Dia/Noite. Dessa forma, análises adicionais serão necessárias com o objetivo de elucidar as implicações desses dois genes no comportamento locomotor e reprodutivo de Anastrepha sp.1 aff. fraterculus. / The complex of cryptic species Anastrepha fraterculus comprises eight morphotypes three of which occur in Brazil. Anastrepha sp.1 aff. fraterculus correspond to the morphotype Brazil-1 and is a species of wide distribution in the southeast/south plateau of Brazil and in north of Argentina. The reproductive behavior of this species is complex, involving a series of movements performed by males to attract females for mating, and occurs in the early hours of the day. Two genes, period and fruitless, among others, are known to participate in the control of reproductive behavior of various organisms, including some species of fruit flies. The present work aimed to get information about the presumable role of these genes in the reproductive behavior of A. sp.1, using transient silencing of these genes by interfering RNA methodology. Specific primers were first designed to amplify fragments of the genomic DNA of these genes, showing they have a similarity between 97 to 99% with the equivalent genes of other Anastrepha species. After standardization and adaptation of protocols, the double-stranded RNA (dsRNA) of the two genes were synthesized, and used in the silencing experiments. Tests to verify that the genes were actually silenced, were made after injection of the dsRNAfru and/or dsRNAper into the abdomens of sexually mature males. These tests showed that the genes were silenced to the maximum, seven to eight days after the injection. Interferences in the behavior of sexually mature males with one or other silenced gene were evaluated by tests related to two parameters of reproductive behavior: changes in the general activities (any type of movement of insects) of males during the circadian cycle (day/night) and more specifically, activity related to reproductive behavior. Injection of dsRNAfru in adult males of A. sp.1 showed that they did not cause significant alterations in general activities, but it was observed that they cause a significant decrease in the number of males that performed reproductive activities, suggesting that silencing of fruitless. alters the normal functioning of male sexual behavior. In contrast, when injecting dsRNAper. in adult males of A. sp.1, no significant alteration was observed neither in their reproductive activities nor in their general activities. Moreover, silencing of the genes seems not to affect the production of spermatozoa. Although controversial, the data are in line with observations in D. melanogaster, in which the null mutant per04 did not present significant alterations in behaviors relatives to the control males in a Day/Night cyclic regime. Thus, additional analyzes will be needed to elucidate the participation of the two genes in the coordination of behaviors in Anastrepha sp.1 aff fraterculus.

Le facteur bactérien Rho est une ARN hélicase toroïdale utilisant l’énergie issue de l’hydrolyse d’ATP pour transloquer le long de brins ARN et dissocier les obstacles moléculaires se trouvant sur son chemin. La fonction majeure de Rho est de provoquer la terminaison de la transcription. Les nombreuses études du facteur Rho d’E. coli (EcRho) ont montré que l’enzyme se fixe aux régions nues des transcrits naissants au niveau de sites Rut (Rho utilization) et utilise son activité de translocase ATPase-dépendante pour rattraper l’ARN polymérase et provoquer la dissociation du complexe d’élongation de la transcription. EcRho est impliquée dans 20 à 50 % des évènements de terminaison de la transcription chez E. coli et contribue à la régulation globale ainsi qu’à la protection du génome bactérien via divers mécanismes complexes. Le spectre d’activité restreint de la Bicyclomycine (BCM) – un antibiotique inhibant la fonction ATPase de Rho – suggère que Rho, bien qu’essentielle chez la plupart des espèces Gram- comme E. coli, est superflue chez la plupart des espèces Gram+. Pour vérifier cette hypothèse et mieux comprendre l’importance de Rho au sein de la diversité bactérienne, nous avons évalué la distribution et la conservation phylogénétique de Rho en utilisant les banques publiques de données génomiques et protéomiques. Nous avons observé que ~92% des espèces analysées (représentant la plupart des phyla bactérien) possèdent Rho (ou un gène rho) et que la présence de ce dernier semble être corrélée avec la complexité du génome, du programme de régulation et de l’écosystème de la bactérie. Cette complexité est illustrée par notre découverte que la protéine régulatrice CsrA contrôle la terminaison Rho-dépendante dans la partie 5’ UTR de l’opéron pgaABCD dont l’expression est critique pour la formation de biofilms par E. coli. En parallèle de ce travail, nous avons testé la proposition récente que le facteur Rho de Mycobacterium tuberculosis (MtbRho) opère par un mécanisme atypique indépendant de son activité ATPase, ce qui le rendrait insensible à la BCM. Nos résultats réfutent cette hypothèse et démontrent sans équivoque que MtbRho utilise un mécanisme similaire à celui de EcRho, pouvant être inhibé par la BCM (mais nécessitant des doses particulièrement élevées). L’ensemble de ces travaux apporte de nouvelles informations illuminant le rôle, le mécanisme et l’importance de Rho au sein de la biodiversité et conforte Rho comme cible prometteuse pour le développement de nouveaux antibiotiques. / The bacterial Rho factor is a ring-shaped, hexameric RNA helicase which uses the energy derived from ATP hydrolysis to translocate along RNA strands, disrupting molecular roadblocks in its way. A major function of Rho is to induce termination of transcription. Extensive studies of the prototypical Rho factor from E. coli (EcRho) indicate that the enzyme binds naked regions of nascent RNA transcripts at the level of Rut (Rho utilization) sites and, then, uses its ATPase-dependent translocase activity to catch up with RNA polymerase and to trigger dissociation of the transcription elongation complex. EcRho is implicated in 20 to 50 % of all transcription termination events in E. coli and contributes to the global regulation and protection of the bacterial genome through various sophisticated mechanisms. The limited spectrum of activity of the antibiotic Bicyclomycin (BCM) – an inhibitor of Rho’s ATPase – suggests that Rho, while critical in many Gram- species such as E. coli, is dispensable in most Gram+ species. To verify this assumption and better understand the importance of Rho across the biodiversity, we assessed the phylogenetic distribution and conservation of Rho using public ‘omics’ databases. We found Rho (or a rho ORF) in ~92% of analyzed species (representing most bacterial phyla), its presence seemingly related to the complexity of the bacterial genome, regulatory program, and ecosystem. An illustration of this complexity is our discovery that regulatory protein CsrA mediates Rho-dependent termination in the 5’UTR of the pgaABCD operon whose expression is critical for biofilm formation by E. coli. In parallel, we tested the recent proposal that the Rho factor of Mycobacterium tuberculosis (MtbRho) operates by an atypical, ATPase-independent mechanism that would make it immune to BCM. Our results rule out this possibility and unambiguously show that MtbRho uses a mechanism similar to that of EcRho, one that can be inhibited by BCM (albeit at unusually high concentrations). Overall, this work provides key, new information to better understand the role, mechanism, and importance of Rho across the bacterial diversity and endorses Rho as a promising target for the development of new antibiotics.