Cultivars of Agrostis stolonifera showed weak and strong responsiveness to the systemic acquired resistance (SAR) activator, benzothiadiazole (BTH), or the induced systemic resistance (ISR) activator, 2R, 3R-butanediol (BD). Next Generation RNA sequencing was used to identify 2163 putative transcripts with increased expression in BTH versus water-treated A. stolonifera. Among three BTH-induced genes, AsASP-2 and AsHIR-1 were induced faster, while AsLOX-1 had stronger transient induction, in one out of two strongly BTH-responsive cultivars. Three ISR-responsive genes, AsGNS-5, AsOPR-4 and AsAOS-1, showed no greater induction or priming in the strongly versus weakly BD-responsive cultivars. Cultivars of A. stolonifera vary significantly in their response to defense activators, however this is not consistently related to defense gene expression. To quantify disease severity, chlorophyll fluorescence imaging of the maximum quantum efficiency of photosystem II (Fv/Fm) was tested on Nicotiana benthamiana infected with Colletotrichum orbiculare. Leaf areas of healthy, non-necrotic affected and necrotic tissue could be individually quantified, which demonstrated that BD delayed symptom development by approx. 24-hour and reduced non-necrotic affected tissue compared to controls. Chlorophyll fluorescence imaging can quantify and reveal novel features about induced disease resistance.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JOSE TORRES FILHO 1.pdf: 620350 bytes, checksum: 5d57dd93c02e89a8a21b02484976d4cb (MD5) Previous issue date: 2008-09-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objectives of the present work were to characterize melon plant accessions collected in small farms of the Brazilian Northeast, to select traits for the grouping of accessions and cultivars of melon, to investigate the effects of the genotype x environment interaction and the environment on the grouping of accessions and cultivars and to verify the association between genetic divergence and heterosis in melon of the type Honey Dew. Two experiments were carried out to characterize and to form groups of melon accessionscollected in Northeast Brazil and another experiment was conducted to evaluate seven lines of the type Honey Dew and your hybrids. The experiments werelaid out in randomized complete blocks design with two, two and three replications, respectively. Great variation was observed among the melon accessions for all the descriptors, especially in the fruit descriptors. Variation was verified among and within botanical groups, mainly in the group Cantalupensis. Generally speaking, the accessions were prolific and productives, with fruits of intermediate to big size, with lower pulp firmness and content of soluble solids. The descriptors discard was necessary to eliminate the colinearity in the residual variance-covariance matrix. The discard of the descriptors and the grouping of the accessions were dependent of the evaluation conditions, mainly due to the year effects and the interaction accessions x years. The discarded descriptors in the evaluation were: fruit diameter and fruit mass in 2006; fruit lengthwise diameter, fruit mass and production in 2007; and weight of 100 seeds, fruit production and lengthwise diameter in the 2006-2007 joint analysis. The joint analyses, with and without discard, provided similar groupings, allowing the obtaining of five groups and discrimination between accessions and commercial cultivars. The genetic divergence was not correlated with any parameter for all the evaluated traits / Os objetivos do presente trabalho foram caracterizar acessos de meloeiro coletados em áreas de pequenos agricultores do Nordeste brasileiro, selecionar descritores para o agrupamento de acessos e cultivares, investigar os efeitos da interação genótipo x ambiente sobre o agrupamento de acessos e cultivares e verificar a associação entre divergência genética e heterose em meloeiro do tipo Honey Dew. Foram conduzidos dois experimentos para caracterizar e agrupar acessos de meloeiro coletados no Nordeste brasileiro e um terceiro experimento de avaliação de sete linhagens do tipo Honey Dew e seus híbridos. Os experimentos foram conduzidos em blocos casualizados com duas, duas e três repetições, respectivamente. Observou-se grande variação entre os acessos para todos os descritores, em especial nos descritores de fruto. Constatou-se variação entre e dentro dos grupos botânicos estudados, principalmente no grupo Cantalupensis. De um modo geral, os acessos foram prolíficos, produtivos, com frutos de tamanho intermediário a grandes, com baixa firmeza da polpa e baixo teor de sólidos solúveis. O descarte de descritores foi necessário para eliminar os problemas de colinearidade na matriz de variânciacovariância residual. O descarte dos descritores e o agrupamento dos acessos foram das condições de avaliação, principalmente devido aos efeitos de ano e da interação acessos x anos. Os descritores descartados na avaliação foram diâmetro do fruto (DF) e peso do fruto (PF), em 2006; diâmetro longitudinal (DL), peso do fruto (PF) e produção (PR), em 2007; e peso de cem sementes (PS), produção (PR) e diâmetro longitudinal (DL) na avaliação conjunta 2006-2007. As análises conjuntas, com e sem descarte, proporcionaram agrupamentos semelhantes, permitindo a obtenção de cinco grupos e a discriminação entre acessos e materiais comerciais. A divergência genética não se correlacionou com a heterose para todas as características avaliadas

Les proliférations de cyanobactéries présentent en général d'importantes variations spatiales et temporelles de leur abondance cellulaire et de leur potentiel toxique, ce qui rend très difficile la surveillance de ces microorganismes et l'estimation des risques sanitaires associés à ces événements. Dans ce cadre général, le premier objectif de ma thèse a été de tester différentes stratégies d'échantillonnage pour suivre au mieux l'évolution des abondances cellulaires lors des proliférations de cyanobactéries. Par un échantillonnage à haute fréquence (six points tous les deux jours) réalisé sur un étang piscicole du Forez, nous avons montré que les deux espèces qui proliféraient dans cet écosystème (Microcystis aeruginosa et Aphanizomenon flos-aquae) présentaient des dynamiques spatiales et temporelles de leur abondance cellulaire très contrastées, ne permettant pas de définir une stratégie d'échantillonnage optimale commune aux deux espèces. Si pour ces deux espèces, trois points d'échantillonnage sont au minimum nécessaires pour bien prendre en compte l'hétérogénéité dans la distribution spatiale des cellules, les fréquences d'échantillonnage optimales sont en revanche très variables, allant d'un échantillonnage mensuel ou bimensuel pour Microcystis à un échantillonnage au minimum hebdomadaire pour Aphanizomenon. Le second objectif de ma thèse a été de m'appuyer sur cette stratégie d'échantillonnage à haute fréquence, pour mieux comprendre le développement de la prolifération de M. aeruginosa. Pour ce faire, nous avons estimé les changements spatiaux et temporels intervenant dans la composition génotypique de la population de cyanobactéries (par utilisation de la SSCP sur l'ITS 16S-23S) et dans sa toxicité potentielle (par le dosage des microcystines et l'évaluation de la proportion de cellules possédant le gène mcyB, un des gènes de synthèse de la microcystine). La répartition spatiale de la composition génotypique s'est révélée homogène à l'échelle de l'étang. Il est également apparu qu'au cours de la phase de croissance de la population, cette composition génotypique subissait de nombreux changements à courte échelle temporelle puis restait stable pendant plusieurs semaines lorsque le maximum d'abondance était atteint. Au niveau du potentiel toxique, la proportion de cellules possédant le gène mcyB est resté proche de 60 % durant toute la prolifération avec toutefois, des variations plus importantes pendant le développement du bloom. Aucune relation n'a pu être établie entre les variations observées dans la composition génotypique de la population et celles dans les proportions de cellules toxiques. De même, aucun lien n'a pu être établi entre les variations de diverses variables environnementales (nutriments, température, pluie) et celles de l'abondance cellulaire, de la toxicité potentielle et de la composition génotypique de la population de Microcystis. L'ensemble de ces résultats suggère que d'autres facteurs et processus interviennent probablement dans ces variations et qu'il existe sans doute des interactions très complexes entre toutes ces variables. Enfin, le troisième objectif de ma thèse a été de comparer la composition génotypique et le potentiel toxique de plusieurs populations de Microcystis plus ou moins connectées entre elles. Cette comparaison a permis de montrer l'importance fondamentale des facteurs et processus environnementaux locaux, dans la mise en place et le développement de ces évènements. / Generally, cyanobacteria proliferations show great spatial and temporal variations in their cell abundances and potential toxicity, which makes it difficult to control the development of these microorganisms and to predict the health risks associated with these events. Within this scope, the first goal of my PhD thesis was to test different sampling strategies to guarantee the best monitoring of the cell abundances during cyanobacteria proliferations. We made a high frequency sampling (six points every other day) in a shallow lake located in Forez and we evidenced that the two blooming-species (Microcystis aeruginosa and Aphanizomenon flos-aquae) showed strongly contrasted spatial and temporal patterns of their cell abundances precluding having a common optimal sampling strategy for both species. Even if three sampling points were enough to take into account the spatial heterogeneity of Microcystis and Aphanizomenon cells, a monthly or two-monthly sampling was sufficient for Microcystis whereas a weekly sampling was necessary for Aphanizomenon. The second goal was to gain a better understanding of Microcystis proliferation development. To achieve this aim, we estimated spatial and temporal changes in the genotypic composition (using the SSCP method in the 16S-23S ITS) and in the potential toxicity (by measuring the microcystin concentration and proportion of mcyB+ cells). We obtained a homogeneous spatial repartition of the genotypic composition. Moreover, during the growth phase, there were many rapid changes in the genotypic composition whereas this composition remained stable for several weeks where the maximum cell abundance was reached. As for potential toxicity, the proportion of mcyB+ cells remains at around 60 % during the proliferation but we observed higher variations during the growth phase. No relation was found between the variations of the genotypic composition and proportion of toxic cells on the one hand and the variations of several environmental factors (nutrients, temperature, rain) on the other hand, suggesting that other factors may be involved in these variations and that many complex interactions occur between these factors. Finally, the third goal of my PhD thesis was to compare the genotypic composition and the potential toxicity of different Microcystis populations, which were more or less interconnected. This comparison evidenced the great importance of local environmental factors and processes in the beginning and development of these events.

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Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-10-19T14:26:43Z No. of bitstreams: 1 Mayra Zilta Perminio Rodrigues Bezerra Almeida.pdf: 885886 bytes, checksum: 6037f5e7b77593c2f32547d40123421b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-19T14:26:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mayra Zilta Perminio Rodrigues Bezerra Almeida.pdf: 885886 bytes, checksum: 6037f5e7b77593c2f32547d40123421b (MD5) Previous issue date: 2008-02-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The aim of this work was to accomplish a study of subclinical mastitis in ewes of Santa Inês breed and the influence over the physical-chemical characteristics. It was analyzed 31 flocks totalizing 135 primiparous and multiparous ewes in different lactation stages. It was examined 244 mammary glands before the milking samples was collected to realization of Califórnia Mastitis Testis (CMT), somatic cell direct count (SCC), bacteriological analysis and physicalchemical milk compounds (Dornic acidity, chloride concentration, density, fat and pH ). The main epidemiological characteristics of the herds was marked as well as the genotypic characterization of the 18 S.aureus isolates by the PFGE (pulsed-field gel electhrophoresis). Of the 244 analysed samples by CMT, 172 were negative and 72 positive. It was observed in the CMT positive samples, bacterial growth in 73,61%, whislt in the negative 27,32 with association between CMT and bacterial growth (P<0,05). The SCC mean values related to negative CMT was 1,57 x 105 cells/mL, and the positive samples 1+, 2+ and 3+, respectely, 1,01 x 106 cells/mL, 3,23 x 106 cells/mL and 8,41 x 106 cells/mL. With strong dependency between SCC in relation to the intensity of CMT reaction. The microorganisms isolated were Staphyloccus coagulase negative (65,09%), Staphylococcus aureus (13,21%), Staphylococus hyicus (1,88%), Streptococcus spp.(7,55%), Bacillus spp.(2,83%), Citrobacter freundi (0,94%)i, Pantoea agglomerans (0,94%), Enterobacter cloacae (1,88%), Escherichia coli (0,94%), Burkholderia cepacia (1,88%), Pseudomonas putida (0,94%), Pseudomonas stutzeri (0,94%) e Stenotrophomonas maltophilia (0,94%). In a general manner all isolates were sensitive to the antimicrobians tested. The CMT showed to be a good indicator of subclinical mastitis in this species. With recommendations to collect and to do bacterial isolation of the results 1+ and over. It was verified that the chances of infected glands dettection are higher in SCC results over 1 x 106 cells/mL. In consideration of the different bacterial agents isolated the intramammary infections by coagulase positive Staphylococci and Gram negative bacterias cause more intense alterations in the physical-chemical constituents. It was observed alterations (P<0,05) of the values of the Dornic acidity, chloride concentration, pH and density. Of the 31 analysed flocks 25 (80,65%) had reactive animals to the CMT. 61,97% of the cases were multiparous ewes, 56,34% in females with one lamb and 66,07% had one mammary gland compromised. In the genotypic characterization of the S. aureus strains, three lineages was observed of which LA and LC were the most prevalent ones with 38,9and 50,0%, respectively, with distribution in the flocks where this agent was isolated. / Este trabalho teve por objetivo realizar um estudo da mastite subclínica em ovelhas da raça Santa Inês e sua influência sobre as características físico-químicas do leite. Foram analisados 31 rebanhos, destes 135 ovelhas, primíparas e multíparas em diferentes estágios de lactação. Foram examinadas 244 glândulas mamárias, com posterior colheita do leite para realização do Califórnia Mastitis Test (CMT), contagem direta de células somáticas (CCS), análise bacteriológica e fisico-química dos componentes do leite (acidez Dornic, teor de cloretos, densidade, gordura e pH). Foram assinaladas as principais características epidemiológicas dos rebanhos estudados, assim como a caracterização genotípica de 18 isolados de S. aureus pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Das 244 amostras analisadas pelo CMT, 172 (70,49%) foram negativas e 72 (29,50%) positivas. Verificou-se nas amostras positivas ao CMT, crescimento bacteriano em 73,61%, enquanto nas negativas, 27,32%, sendo observada associação entre o CMT e o crescimento bacteriano (p<0,05). Os valores médios de CCS relacionados ao CMT negativo foram de 1,57 x 105 céls/mL e das amostras positivas de 1+; 2+ e 3+, respectivamente de 1,01 x 106 céls/mL, 3,23 x 106células/mL e 8,41x 106 céls/mL, existindo forte dependência da CCS em relação à intensidade da reação do CMT. Os microrganismos isolados foram Staphylococcus coagulase negativo (65,09%), Staphylococcus aureus (13,21%), Staphylococus hyicus (1,88%), Streptococcus spp. (7,55%), Bacillus spp. (2,83%), Citrobacter freündii (0,94%), Pantoea agglomerans (0,94%), Enterobacter cloacae (1,88%), Escherichia coli (0,94%), Burkholderia cepacia (1,88%), Pseudomonas putida (0,94%), Pseudomonas stutzeri (0,94%) e Stenotrophomonas maltophilia (0,94%). De maneira geral os isolados foram sensíveis aos antimicrobianos testados. O CMT demonstrou ser um bom indicador da mastite subclínica nesta espécie animal, sendo recomendado a colheita para isolamento bacteriano as amostras com resultados a partir de 1+. Constatou-se que as chances de detecção de glândulas infectadas são maiores em resultados de CCS a partir de 1 x 106 céls/mL. Considerando os diferentes agentes bacterianos isolados, as infecções intramamárias por Staphylococcus coagulase positivo e bactérias Gram-negativas acarretaram alterações mais intensas (P < 0,05) nos constituintes físico-químicos avaliados. Foi verificado alterações (P<0,05) nos valores da acidez Dornic, teor de cloretos, pH e densidade. Dos 31 rebanhos analisados, 25 (80,65%) tiveram animais reagentes ao CMT. 61,97% dos casos foram observados em ovelhas multíparas,56,34% em fêmeas com apenas uma cria e 66,07% destes animais tinham acometimento mamário unilateral. Na caracterização genotípica das cepas de S. aureus evidenciou-se três linhagens, destas LA e LC foram as mais prevalentes 38,9% e 50% respectivamente, estando distribuídas nos rebanhos em que este agente foi isolado.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-03T12:55:19Z No. of bitstreams: 1 Jonathas Rafael Moura de Oliveira.pdf: 1914760 bytes, checksum: 7b129e821da38e2d66a5ac9fc492da19 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-03T12:55:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jonathas Rafael Moura de Oliveira.pdf: 1914760 bytes, checksum: 7b129e821da38e2d66a5ac9fc492da19 (MD5) Previous issue date: 2014-02-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Currently sweet sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench) has become very important for the energy sector and sugarcane in Brazil, which is constantly seeking alternatives to increase agricultural and industrial yields, especially in the off season of cane sugar, decreasing the idle time and production costs. It is a rustic agricultural species, with good adaptation to environmental stresses, such as those found in the Northeast, with features similar to stalks of sugarcane juice rich in fermentable sugars, and can be used to produce ethanol in the same facility used by the cane sugar. The culture is totally mechanized (by planting seeds, and harvesting), high productivity of green biomass (60-80 t ha-1), with high yields of ethanol (3000-6000 l.ha-1), bagasse usable as a source of energy (steam and electricity cogeneration industrialization). The present study was designed to indicate the most suitable for a probable launch as a variety to be grown in the Zona da Mata, Region of the State of Pernambuco, Northeast, Brazil genotypes. For this purpose, an experiment was carried out from February to June 2014 in the experimental field at the Pernambuco Agricultural Institute Enterprise - IPA, in Vitória de Santo Antão, Pernambuco. The study consisted of 65 progenies that are the result of segregation F6 a cross between two varieties (IPA467-4-2 X IPA 2502), where the first strain was used as male parent and the second as the female parent, were obtained in Vitória Santo Antão - PE in 2010, tested in Caruaru - PE in 2011 and retested in Vitória de Santo Antão - PE in 2013, more than 15 witnesses were commercial varieties in the region, including these two parental strains. The experiment was designed in randomized blocks, consisting of 80 plots and 3 replications, where each portion had dimensions of 6.0 x 0.8 m, with a total area of 4.80 m2 and is considered an area of 3.20 m² (0 , 8 x 4m), eliminating the first meter of each boundary. Variables according to the production characteristics presented in the field were analyzed: average height of plant (AMP); Days to flowering (FL); Total production of green matter (PMV); Production Shed (PCL) and Percentage of thatch to produce total green matter (% CL). Besides the agroindustrial features: Production of total dry matter (PMS); Percentage of total dry matter (% MST); Production Shed (PCL); Harvesting Brix (Brix); Extraction efficiency of broth (EEC) and theoretical Ethanol (ET). Means were compared by Scott - Knott test at 5% level of probability, genetic correlations being conducted to complement the study of these variables. / Atualmente o sorgo sacarino (Sorghum bicolor (L.) Moench) apresenta-se muito importante para o setor sucroalcooleiro e energético do Brasil, que vem buscando constantemente alternativas para aumentar rendimentos agrícolas e industriais, principalmente na entressafra da cana-de-açúcar, diminuindo o tempo ocioso e os custos de produção. É uma espécie agrícola rústica, com boa adaptação a estresses ambientais, tais como os encontrados na Região Nordeste, apresenta colmos com caldo semelhante ao da cana, rico em açúcares fermentescíveis, e pode servir para a produção de etanol na mesma instalação utilizada pela cana-de-açúcar. A cultura é totalmente mecanizável (plantio por sementes, tratos culturais e colheita), alta produtividade de biomassa verde (60 a 80 t.ha-1), com altos rendimentos de etanol (3.000 a 6.000 l.ha-1), com bagaço utilizável como fonte de energia (vapor para industrialização e cogeração de eletricidade). O presente trabalho teve como objetivo avaliar o potencial de novas progênies F6 de sorgo de duplo propósito (grão e forragem, incluindo colmo seco e sacarino), visando definição de aptidão e uso. Para tanto, foi conduzido um experimento nos meses de fevereiro a junho de 2014, no campo experimental no Instituto Agronômico de Pernambuco – IPA, no município de Vitória de Santo Antão-PE. O estudo foi composto por 65 progênies que são resultado da segregação F6 do cruzamento entre duas variedades (IPA 467-4-2 X IPA 2502), onde a primeira variedade foi utilizada como parental masculino e a segunda como parental feminino, sendo obtidas em Vitória de Santo Antão – PE em 2010, testadas em Caruaru – PE em 2011 e novamente testadas em Vitória de Santo Antão – PE em 2013, mais 15 testemunhas que foram variedades comerciais na região, incluindo nestas as duas variedades parentais. O experimento foi delineado em blocos casualizados, composto por 80 parcelas e 3 repetições, onde cada parcela teve dimensões de 6,0 x 0,8m, com 4,80m2 de área total, sendo considerada uma área útil de 3,20 m² (0,8 x 4m), eliminando o primeiro metro de cada bordadura. As variáveis foram analisadas de acordo com as características de produção apresentada em campo: Altura média de planta (AMP); Dias até o florescimento (FL); Produção de matéria verde total (PMV); produção de colmo (PCL) e Porcentagem de colmo na produção de matéria verde total (%CL). Além das características agroindustriais: Produção de matéria seca total (PMS); Porcentagem de matéria seca total (%MST); Produção de colmo (PCL); Brix na colheita (BRIX); Eficiência de extração de caldo (EEC) e Etanol teórico (ET). As médias foram comparadas pelo teste de Scott - Knott em nível de 5% de probabilidade, sendo realizada a correlação genotípica para complementar o estudo destas variáveis.

Faculdade Christus / Introduction: Genotypic testing for HIV-1 drug resistance is useful for selecting antiretroviral drugs for patients developing treatment failure. O melhor entendimento da sua interpretaÃÃo facilitarà sua utilizaÃÃo como ferramenta mÃdica na terapÃutica do HIV. The optimal understanding of its interpretation will give an important tool for HIV treatment. Objective: To identify common combinations of resistance mutations and antiretroviral resistance profile. Methods: Between April 2002 and March 2004, 101 protease and reverse transcriptase (RT) sequences were determined for HIV-1 isolates from patients who were failing antiretroviral therapy. Resistance profile was obtained by Stanford program. Results: male were 76.2%, median age 38 years, CD4 media was 279.21 cells/mm3 and Viral load 4.49 log. Total of 31 mutational patterns were detected to protease inhibitor (IP), 49 to nucleoside RT inhibitor (NRTI), and 17 to nonnucleoside RT inhibitor (NNRTI). K65R was detected in 5.9% isolates. The most frequent mutations were L90M, M184V and K103N to IP, NRTI and NNRTI respectively. The main mutational patterns accounted for 49% of mutant sequences to IP, 38.5% to ITRN accounted and 40,9% to NNRTI. Patients with three or more therapeutic failure had worst resistance profile to all IP except for Lopinavir, and NRTI except for Tenofovir. High resistance to Lamivudine and NNRTI were independent of failure quantity. Conclusion: The best susceptibility was found to Lopinavir at IPâs class and to Tenofovir at ITRNâs. The main mutational patterns to IP, ITRN and NNRTI represented almost half of all patterns found. / A Genotipagem està sendo usada como mÃtodo para guiar a seleÃÃo de antiretrovirais em pacientes com falha terapÃutica. O melhor entendimento da sua interpretaÃÃo facilitarà sua utilizaÃÃo como ferramenta mÃdica na terapÃutica do HIV. Objetivo: Avaliar o perfil de resistÃncia aos antiretrovirais e identificar padrÃes mutacionais das seqÃÃncias de protease e TR do HIV-1. MÃtodos: Foram estudadas as sequÃncias de genes da protease e TR isoladas de 101 amostras de pacientes com HIV-1 em falha terapÃutica, entre abril/2002 a marÃo/2004, atravÃs de Genotipagem realizadas no CearÃ. O Banco de dados de Stanford foi utilizado para avaliaÃÃo de resistÃncia e SPSS versÃo 11 e Epi Info versÃo 6 para anÃlise estatÃstica. Resultados: Sexo masculino 76,2%, mediana de idade 38 anos, CD4 mÃdio de 279,21 cells/mm3 e Carga Viral 4.49 log. Na classe de Inibidores de Protease (IP) 31 padrÃes mutacionais foram encontrados, nos inibidores da transcriptase reversa anÃlogos de nucleosÃdeos (ITRN) 49 e para inibidores da transcriptase reversa nÃo anÃlogos de nucleosÃdeos (ITRNN) 17. As mutaÃÃes mais frequentes foram L90M, M184V e K103N para IP, ITRN e ITRNN espectivamente. A K65R foi detectada em 5,9% dos isolados. TrÃs ou mais falhas terapÃuticas apresentaram maior perfil de resistÃncia para todos os IPs exceto para Lopinavir, e para todos os ITRNs exceto para Tenofovir. Os seis principais padrÃes mutacionais para IPs equivaleram a 49% das sequÃncias, para ITRNs a 38,5%, e para ITRNNs os dois principais padrÃes corresponderam a 40,9%. Foram encontrados altos Ãndices de resistÃncia para ITRNNs independente da quantidade de falhas terapÃuticas. ConclusÃo: Nos IPs a menor resistÃncia encontrada foi ao Lopinavir e nos ITRNs ao Tenofovir. Os principais padrÃes mutacionais para IPs, ITRNs e ITRNNs representaram quase metade de todos os padrÃes de resistÃncia encontrados.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:55:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Catiele Vieira Borges.pdf: 1231779 bytes, checksum: d72dab79964f3c9da27e72040b426932 (MD5) Previous issue date: 2012-02-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The jatropha (Jatropha curcas L., Euphorbiaceae), is a perennial cycle plant whose attentions in the last six years has directed its capacity for vegetable oil. Given their biological attributes, agronomic, economic and industrial, the species is one of oleaginous on the agenda of government interest, which through the National Program for Production and Use of Biodiesel has intensified the search for new bioenergy sources. However, this is still oleaginous phase of domestication and quest for technological mastery. Meet the productive potential, the relationship between characters, the genetic variability and infer genetic parameters have directed in recent years, most quantitative genetic studies and breeding in Brazil. Therefore, the aim of the present study was to estimate genetic parameters and predict random variables important to the strategies of selection and breeding; meet the minimum harvest / measurements needed to choose jatropha trees; estimate genotypic and phenotypic correlations; evaluate the progress of genetic grain production and to study the genetic variability. Was evaluated for 24 months at the experimental farm of Embrapa, in Porto Velho - RO, an experiment with three full blocks, four provenances (two of Rondônia, one of Minas Gerais and São Paulo) with 16 trees per plot, spaced 2x3 meters. The traits associated with grain yield and plant architecture. The great genetic evaluation procedure REML/BLUP was used for the prediction of random variables, genetic parameter estimation and inference about repeatability. Inferences about variance components and estimates of genetic parameters for some agronomic traits during the first two years of development of Jatropha curcas, showed genetic variability exists. The numbers of fruits per bunch and maturation index showed little characters are informative and useful in quantitative genetic studies. The stabilization genotypic characters for number of clusters at harvest of half a year, number of branches, height, crown projection in greater spacing and canopy volume was obtained with equal or less than three measurements per year. Already for grain yield and number of clusters at harvest year end, required a greater number of measurements (mi > 4). High correlations (r.) were obtained genotypic and phenotypic characters among themselves for grain yield, its components and those characters associated with plant architecture (r.  0.75). Predicted genetic gains for grain production of the first two years of planting were respectively higher than 20%, considering the selection of the ten best individuals. When considering the two growing seasons for variable grain production, most plants exhibited average performance (adaptability) generally indicated as the centroid method. Considering the information of the individual additive effects, genetic diversity was not necessarily linked to geographical origin, as plants of different provenances formed groups. At the level of individuals, formed several genetically divergent groups. / O pinhão-manso (Jatropha curcas L., Euphorbiaceae), é uma planta de ciclo perene cujas atenções nos últimos seis anos tem se dirigido a sua capacidade para produção de óleo vegetal. Dado a seus atributos biológicos, agronômicos, econômicos e industriais, a espécie é uma das oleaginosas em pauta de interesse do governo, que por meio do Programa Nacional de Produção e Uso do Biodiesel tem intensificado a busca por novas fontes bioenergéticas. Contudo, essa oleaginosa ainda encontra-se em fase de domesticação e busca por domínio tecnológico. Conhecer o potencial produtivo, a relação entre caracteres, a variabilidade genética e inferir sobre parâmetros genéticos têm direcionado, nos anos recentes, a maioria dos estudos genéticos quantitativos e de melhoramento no Brasil. Portanto, objetivou-se no presente estudo estimar parâmetros genéticos e predizer variáveis aleatórias importantes às estratégias de seleção e melhoramento; conhecer o período mínimo de colheita/mensurações necessário para selecionar árvores de pinhão-manso; estimar correlações genotípicas e fenotípicas; avaliar o progresso genético da produção de grãos e estudar a variabilidade genética. Foi avaliado durante 24 meses na fazenda experimental da Embrapa, em Porto Velho RO, um experimento com três blocos completos, quatro procedências (duas de Rondônia, uma de Minas Gerais e uma de São Paulo) com 16 árvores úteis por parcela, espaçadas 2x3 metros. Foram avaliados os caracteres associados à produção de grãos e de arquitetura da planta. O procedimento ótimo de avaliação genética REML/BLUP foi usado para a predição de variáveis aleatórias, estimação de parâmetros genéticos e inferência sobre a repetibilidade. As inferências sobre os componentes de variância e as estimativas de parâmetros genéticos para alguns caracteres agronômicos, durante os dois primeiros anos de desenvolvimento do pinhão-manso, mostraram existir variabilidade genética. Os números de frutos por cacho e índice de maturação mostraram serem caracteres pouco informativos e úteis nos estudos genéticos quantitativos. A estabilização genotípica para os caracteres número de cachos, na colheita do meio ano, número de ramos, altura, projeção da copa no maior espaçamento e volume de copa, foi obtida com número igual ou inferior a três medições anuais. Já para a produção de grãos e número de cachos, na colheita do final do ano, exigiu-se maior número de mensurações (mi > 4). Elevadas correlações (r.) genotípicas e fenotípicas foram obtidas entre si para os caracteres de produção de grãos, seus componentes e aqueles caracteres associados à arquitetura da planta (r.  0,75). Ganhos genéticos preditos para a produção de grãos dos dois primeiros anos de plantio foram respectivamente superiores a 20%, considerando a seleção dos dez melhores indivíduos. Ao se considerar os dois anos agrícolas para a variável produção de grãos, a maioria das plantas exibiram médio desempenho (adaptabilidade) geral, conforme indicou o método do centroide. Ao se considerar as informações dos efeitos aditivos individuais, a diversidade genética não esteve necessariamente associada à origem geográfica, pois plantas de diferentes procedências formaram grupos. Em nível de indivíduos, formaram-se vários grupos divergentes geneticamente.

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This study was conducted at the Núcleo de Pesquisa Replicon (PUC-GO) and LaGene (SES-GO), in order to evaluate the clinical and epidemiological characteristics and molecular related to cancer of the larynx. This study found no association between biometabolism genes of xenobiotics (CYP1A1, GSTM1 and GSTT1) and susceptibility to SCC of the larynx. Additionally, the study of polymorphism in codon 72 of TP53 revealed that individuals Pro/Pro develop cancer of the larynx later than the Arg/Arg and Arg/Pro patients. Comparing the case and control groups were observed an increased risk of developing cancer of the larynx in the presence of the Arg/Pro genotype 2.7 times. The HPV genome rate was 3% of analyzed samples (HPV16/45 and HPV11), all for Arg/Arg individuals. The SCC larynx, in this study, occurred 3.5 times more men than women. Patients with tobacco habits and chronic alcoholic and concomitant feature a significantly lower survival compared to patients without such habits at an interval of six years. Additionally, the overall survival of the larynx was approximately 66% in six years. This observation is directly related to smoking and concomitant alcoholic habits, strengthening the participation of these factors in the initiation and progression of SSC larynx. Additional changes in previously studied areas and the investigation of other factors associated with laryngeal carcinomas can be important tools in estimating the prognosis of tumor progression and hence improving the quality of life of patients. / A laringe possui funções importantes para o organismo, como fonação e respiração. Uma determinada patologia que acomete esse sítio anatômico trará sérios problemas fisiológicos, tendo um impacto expressivo na qualidade de vida do paciente. O objetivo deste estudo foi avaliar os dados clínico-epidemiológicos, sócio-demográficos e moleculares de pacientes diagnosticados com carcinoma espinocelular da laringe do Registro de Câncer de Base Populacional de Goiânia (RCBP) da Associação de Combate ao Câncer em Goiás (ACCG), analisando os dados de 63 pacientes acompanhados num período de 6 anos. O presente estudo foi conduzido no Núcleo de Pesquisas Replicon (PUC-GO) e no LaGene (SES-GO), no qual foram avaliadas as características clínico-epidemiológicas e moleculares relacionadas ao câncer da laringe. O presente estudo não observou associação entre os genes de biometabolismo de xenobióticos (CYP1A1, GSTM1 e GSTT1) e a suscetibilidade de câncer de células escamosas (CCE) de laringe. Adicionalmente, o estudo do polimorfismo do códon 72 do gene TP53 revelou que indivíduos Pro/Pro desenvolveram câncer da laringe mais tardiamente do que os pacientes Arg/Arg e Arg/Pro. Comparando os grupos caso e controle, foi observado um risco maior de desenvolver câncer de laringe com a presença do genótipo Arg/Pro de 2,7 vezes. A frequência do genoma do HPV foi de 3% das amostras analisadas (HPV11 e 16/45), todos para indivíduos Arg/Arg. O CCE de laringe, no presente estudo, acometeu 3,5 vezes mais homens, do que mulheres. Os pacientes com hábitos tabagista e etilista crônicos e concomitantes apresentam uma sobrevida consideravelmente menor, quando comparados aos pacientes que não apresentam tais hábitos em um intervalo de 6 anos. Adicionalmente, a sobrevida geral da laringe foi de aproximadamente 66% em seis anos. Tal observação está diretamente relacionada aos hábitos tabagistas e etilistas concomitantes, reforçando a participação desses fatores na iniciação e progressão do CCE de laringe. Alterações adicionais em regiões previamente estudadas e a investigação de outros fatores associados aos carcinomas laríngeos poderão vir a ser ferramentas importantes na estimativa do prognóstico da progressão tumoral e, consequentemente, na melhoria da qualidade de vida dos pacientes.

The general objectives of this thesis were: (i) to determine the etiological and molecular profile of clinical mastitis (CM) in 20 dairy herds of Southeast, Brazil; and (ii) to quantify antimicrobial used for treatment of CM in the study population. To achieve this goals, four studies were performed. In the Study 1, we characterized the pathogen frequency and severity of CM in dairy herds. In addition, we determined the incidence rate of clinical mastitis (IRCM) and its association with the following herd-level descriptors: bulk milk somatic cell count (BMSCC), bulk milk total bacterial count (BMTBC), herd size (number of lactating cows), milk yield, housing system and season. The association between herd-level descriptors and IRCM were determined by two groups of mixed regression models: one based on the overall IRCM, and five based on the following specific-pathogen groups: contagious, other Gram-positive, Gram-negative, other (composed of yeast and Prototheca spp), and negative culture. A total of 5,957 quarter-cases of CM were recorded and the most frequently isolated pathogens were Escherichia coli (6.6% of total cultures), Streptococcus uberis (6.1%), and Streptococcus agalactiae (5.9%). The majority of CM cases were mild (60.3%), while 34.1% were moderate and 5.6% severe. Overall, the IRCM was 9.7 quarter-cases per 10,000 quarter-days at risk (QDAR), and the only herd-level parameter associated with overall IRCM was BMSCC, in which the highest IRCM was observed for herds with BMSCC &gt;600.000 × 103 cells/mL. In the models evaluating the specific-pathogen groups, IRCM with isolation of major contagious pathogens was associated with BMSCC, milk yield and housing system. For the evaluation of other Gram-positive pathogens, the IRCM was higher in the rainy season of 2015 in comparison with the other seasonal categories. In addition, for the model evaluating the Gram-negative group, the IRCM was highest in herds with BMTBC &gt;30 × 103 cfu/mL. The Study 2 aimed to characterize the treatment profile and quantify the antimicrobial consumption for treatment of CM in dairy herds; and to determine the association of antimicrobial use (AMU) and the same herd-level descriptors as described in the Study 1. Data on treatment practices and AMU were obtained from 19 dairy herds for a period of 12 months per herd. The AMU for treatment of CM was quantified monthly in units of defined daily dose (DDD) and expressed as antimicrobial treatment incidence (ATI; number of DDD per 1,000 lactating cows-day). The overall monthly mean ATI was 17.7 DDD per 1,000 lactating cow-days (15.4 for intramammary compounds, and 2.2 for systematically administered antimicrobials). Among intramammary drugs, aminoglycosides had the highest ATI (11.7 DDD per 1,000 lactating cow-days), while for systematically administrated antimicrobials, fluoroquinolones (4.2 DDD per 1,000 lactating cow-days) were the most frequently used antimicrobials. Herd size and BMSCC were positively associated with ATI. In addition, herd-level ATI was higher in freestall herds than in compost bedded-pack barns. In the Study 3, we determined the phylogeny of E. coli strains isolated from CM in dairy cows and the association of most frequent phylogroups with antimicrobial susceptibility. A total of 100 E. coli isolates recovered from CM cases described in the Study 1 were categorized according to their phylogenetic group using a quadruplex PCR method; antimicrobial susceptibility pattern was also evaluated. Most isolates were assigned to phylogenetic group A (52%), followed by B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), and E (1%). Resistant isolates were observed for all evaluated antimicrobials. Overall, more than 96% of E. coli isolates were resistant to ampicillin, and more than 23% were resistant to cephalothin, sulphadimethoxine or tetracycline. High levels of resistance (&gt;70%) were also found to erythromycin, oxacillin, penicillin, penicillin associated with novobiocin, and pirlimycin. In contrary, high susceptibility was observed to ceftiofur (96.8%) among E. coli isolates. Difference in the antimicrobial susceptibility among phylogenetic groups was observed only for cephalothin, in which E. coli strains belonging to the phylogroup A were inhibited at lower antimicrobial concentrations than strains assigned to the phylogroup B1. In Study 4, we evaluated the genotypic diversity among Strep. agalactiae and Strep. uberis isolates recovered from CM in dairy cows; in addition, the study evaluated the association of genotypes clustered by genetic similarity with antimicrobial susceptibility pattern. Isolates were subtyped using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. A great genotypic diversity was found for both Strep. agalactiae (45 subtypes out of 89 isolates) and Strep. uberis (56 subtypes out of 88 isolates). For evaluation of antimicrobial susceptibility, subtypes of Strep. agalactiae were clustered into three groups (Ia, Ib and II), while Strep. uberis subtypes were clustered into two groups (I and II) according to their genetic similarity. Overall, Strep. agalactiae isolates showed high susceptibility to most antimicrobials, except to tetracycline and erythromycin. Differences in the antimicrobial susceptibility among clusters of Strep. agalactiae were observed for ampicillin, ceftiofur, erythromycin, pirlimycin, sulphadimethoxine and tetracycline. In contrary, Strep. uberis isolates were categorized as resistant to most antimicrobials, except to cephalothin and penicillin+novobiocin. No differences were observed among clusters for all antimicrobials in the analysis of Strep. uberis. In conclusion, the results of this thesis indicated a high IRCM in the evaluated herds, and although environmental pathogens were the most common cause of CM in these herds, contagious pathogens such as Strep. agalactiae and Staph. aureus, are still a concern in some dairy herds of Brazil. Furthermore, high frequencies of AMU and off-label protocols were observed among the evaluated herds. The non-judicious use of antimicrobials can become a risk factor for the development of antimicrobial resistance, which was even observed for isolates belonging to the three most prevalent bacterial species identified from CM cases in our study (E. coli, Strep. agalactiae and Strep. uberis). Finally, because there were some herd-level descriptors associated with the IRCM and AMU in our study, there may be opportunity for management strategies aiming to improve the control of CM in dairy herds of southeastern Brazil. / Os objetivos gerais desta tese foram: (i) determinar o perfil etiológico e molecular da mastite clínica (MC) em 20 rebanhos leiteiros do Sudeste do Brasil; e, (ii) quantificar os antimicrobianos usados para tratamento da MC na população estudada. Para alcançar esses objetivos, quatro estudos foram realizados. No Estudo 1, foi caracterizada a frequência de patógenos causadores de MC e a gravidade das infecções nos rebanhos leiteiros. Além disso, foi determinada a taxa de incidência de mastite clínica (TIMC) e sua associação com as seguintes variáveis em nível de rebanho: contagem de células somáticas em leite de tanque (CCSLT), contagem bacteriana total em leite de tanque (CBTLT), tamanho (número de vacas em lactação), produção de leite, sistema de alojamento e estação do ano. A associação entre as variáveis em nível de rebanho e a TIMC foi determinada por dois grupos de modelos de regressão logística multivariada: um baseado na TIMC geral, e cinco baseados nos seguintes grupos específicos de patógenos: contagiosos, outros Gram-positivos, Gram-negativos, outros patógenos (composto de leveduras e Prototheca spp.), e cultura negativa. Um total de 5.957 casos de MC em nível de quarto mamário foi registrado e os patógenos mais prevalentes foram Escherichia coli (6,6% de todas as culturas), Streptococcus uberis (6,1%), e Streptococcus agalactiae (5,9%). A maioria dos casos de MC foi de gravidade leve (60,3%), enquanto 34,1% dos casos foram moderados e 5,6% foram graves. A TIMC geral foi de 9,7 casos por 10.000 quartos-dia em risco (QDR), e o único parâmetro em nível de rebanho associado com a TIMC geral foi a CCSLT, em que a TIMC mais alta foi observada em rebanhos com CCSLT &gt;600.000 × 103 células/mL. Nos modelos que avaliaram os grupos específicos de patógenos, a TIMC de patógenos contagiosos foi associada com a CCSLT, produção de leite e sistema de alojamento. Na avaliação de outros patógenos Gram-positivos, a TIMC foi maior na estação chuvosa de 2015 em comparação com as outras categorias referentes à estação do ano. Adicionalmente, para o modelo avaliando o grupo de patógenos Gram-negativos, a TIMC foi mais alta em rebanhos com CBTLT &gt;30.000 × 103 ufc/mL. O Estudo 2 teve como objetivo caracterizar o perfil de tratamento e o consumo de antimicrobianos em rebanhos leiteiros; e determinar a associação de uso de antimicrobianos (UAM) e as mesmas variáveis em nível de rebanho descritas no Estudo 1. Dados sobre as práticas terapêuticas e UAM foram obtidos de 19 rebanhos leiteiros durante um período de 12 meses por rebanho. A frequência de UAM para tratamento da MC foi quantificada mensalmente em unidades de doses definidas diárias (DDD) e expressa como incidência de tratamento antimicrobiano (ITA: número de DDD por 1.000 vacas em lactação-dia). A média de ITA mensal foi de 17,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia (15,4 para compostos intramamários, e 2,2 para compostos sistêmicos). Entre os produtos intramamários, os aminoglicosídeos tiveram a ITA mais alta (11,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia), enquanto que para os compostos administrados pela via sistêmica, as fluoroquinolonas (4,2 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia) foram os antimicrobianos mais frequentemente usados. O tamanho do rebanho e CCSLT foram positivamente associados com a ITA. Além disso, a ITA foi mais alta em rebanhos com freestall do que em rebanhos com sistema tipo compost barn. No Estudo 3, determinou-se a filogenia de cepas de E. coli isoladas de casos de MC em vacas leiteiras, e a associação dos filogrupos mais frequentes com a susceptibilidade aos antimicrobianos. Um total de 100 isolados de E. coli identificados nos casos de MC descritos no Estudo 1 foram categorizados de acordo com os grupos filogenéticos por meio de um método de PCR quadruplex; o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos também foi avaliado. A maioria dos isolados pertenceram ao grupo A (52%), seguido dos grupos B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), e E (1%). Foram encontrados isolados resistentes para todos os antimicrobianos avaliados. De forma geral, mais de 96% dos isolados de E. coli foram resistentes a ampicilina, e mais de 23% foram resistentes a cefalotina, sulfadimetoxina ou tetraciclina. Altos níveis de resistência (&gt;70%) foram encontrados também para eritromicina, oxacilina, penicilina e penicilina associada a novobiocina. Ao contrário, foi observado alta susceptibilidade ao ceftiofur (96.8%) entre os isolados de E. coli. Diferenças na susceptibilidade entre os grupos filogenéticos foi observada apenas para a cefalotina, em que os isolados de E. coli pertencentes ao filogrupo A foram inibidos em concentrações de antimicrobianas mais baixas que isolados pertencentes ao filogrupo B1. No Estudo 4, avaliou-se a diversidade genotípica entre isolados de Strep. agalactiae e Strep. uberis identificados em casos de MC em vacas leiteiras; adicionalmente, o estudo avaliou a associação dos genótipos agrupados de acordo com a similaridade genética com o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Os isolados foram genotipados por meio do método de amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD). Grande diversidade genotípica foi observada tanto para o Strep. agalactiae (45 subtipos de 89 isolados) quanto para Strep. uberis (56 subtipos de 89 isolados). Para a avaliação de susceptibilidade aos antimicrobianos, os subtipos de Strep. agalactiae foram agrupados em três clusters (Ia, Ib e II), enquanto que os subtipos de Strep. uberis foram agrupados em dois clusters (I e II) de acordo com a similaridade genética. De forma geral, os isolados de Strep. agalactiae apresentaram alta susceptibilidade à maioria dos antimicrobianos, exceto para tetraciclina e eritromicina. Diferenças na susceptibilidade aos antimicrobianos entre os clusters de Strep. agalactiae foram observadas para ampicilina, ceftiofur, eritromicina, pirlimicina, sulfadimetoxina e tetraciclina. Por outro lado, os isolados de Strep. uberis foram resistentes à maioria dos antimicrobianos, exceto para cefalotina e penicilina + novobiocina. Não foram encontradas diferenças entre os clusters para todos os antimicrobianos na análise de Strep. uberis. Em conclusão, os resultados desta tese indicaram alta TIMC nos rebanhos avaliados, e apesar de os patógenos ambientais serem a causa mais comum de MC nestes rebanhos, patógenos contagiosos como Strep. agalactiae e Staph. aureus, ainda são uma preocupação em alguns rebanhos do Brasil. Além disso, observaram-se altas frequências de UAM e de terapias não recomendadas em bula entre os rebanhos avaliados. O uso não judicioso de antimicrobianos pode se tornar um fator de risco para o desenvolvimento da resistência bacteriana aos antimicrobianos, o que foi inclusive observado para isolados pertencentes as três espécies bacterianas mais prevalentes nos casos de MC no nosso estudo (E. coli, Strep. agalactiae e Strep. uberis). Finalmente, pelo fato de algumas variáveis em nível de rebanho terem sido associadas com a TIMC e com o UAM em nosso estudo, é possível que hajam oportunidades para implementação de estratégias de manejo com o objetivo de melhorar o controle da MC em rebanhos leiteiros do sudeste do Brasil.