Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:45Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10833.pdf: 1360435 bytes, checksum: a345766b88aa33fb633cad88c29a3a08 (MD5) / Conselho Nacional para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Introducao: A hiper-producao de AmpC associada a impermeabilidade de membrana externa em Enterobacter spp. pode contribuir no fenotipo de resistencia a cefalosporinas de quarta geracao e aos carbapenemicos. O objetivo do estudo foi caracterizar os mecanismos de resistencia a cefepima e a ertapenem em 11 amostras de E. cloacae subespecie cloacae isoladas de hemoculturas no Hospital sao Paulo. Materiais e Metodos: O perfil de sensibilidade foi avaliado por disco difusao e pela tecnica de diluicao em agar, de acordo com o CLSI. A analise das proteinas de membrana externa (OMPs) foi realizada pela tecnica de SDS-PAGE. A similaridade genetica foi avaliada pela tecnica de PFGE e o coeficiente similaridade entre os padroes de PFGE obtidos foi calculado pelo programa Bionumerics. Os isolados foram tambem testados contra cefepima, ertapenem, imipenem e meropenem na presenca e na ausencia dos inibidores de bomba de efluxo PAƒÀN (25 ƒÊg/ml) e reserpina (20 ƒÊg/ml), pela tecnica de diluicao em agar. Foram realizados testes de hidrolise, disco-aproximacao para a deteccao fenotipica de ESƒÀL e testes de inducao para a deteccao de AmpC induzida. A presenca de genes codificadores de ESƒÀL, carbapenemases e AmpC plasmidiais foram avaliados pela tecnica de PCR e confirmadas por sequenciamento, bem como a presenca de integrons. Os niveis de expressao de ampC, ompC e ompF foram medidos pela PCR em tempo real. Resultados: Todos os isolados de E. cloacae subespecie cloacae foram resistentes as cefalosporinas, aztreonam, associacoes com inibidores de ƒÀ-lactamases, tetraciclina, ciprofloxacina e amicacina por disco difusao. A tecnica de diluicao em agar demonstrou altas CIMs para cefotaxima (CIM50, > 256 ƒÊg/mL), ceftazidima (CIM50, 256 ƒÊg/mL) e cefepima (CIM50, 256 ƒÊg/mL). Todos os isolados foram sensiveis a imipenem (CIM50, 0.25 ƒÊg/mL) e meropenem (CIM50, 0.25 ƒÊg/mL). Entretanto, 7 isolados apresentaram CIMs de 4 ƒÊg/ml para ertapenem, 3 isolados foram resistentes (CIMs de 8 ƒÊg/ml) e um isolado foi sensivel (CIM de 2 ƒÊg/ml). Quatro padroes de PFGE foram encontrados entre os isolados de E. cloacae subespecie cloacae multirresistentes. Pelo programa Bionumerics, 3 clusters foram observados com coeficiente de similaridade acima de 80%. Todas as amostras foram positivas para ESƒÀL no teste de hidrolise e no disco aproximacao. Os resultados da PCR apresentaram amplificacao para blaTEM e blaCTX-M. Hiperexpressao do gene ampC foi detectado em todos os isolados pela qRT-PCR. Somente uma amostra apresentou uma pequena diminuicao da expressao de OmpC. Atraves do gel de SDS-PAGE foi observado um perda de uma proteina de 43 kDa quando comparado ao controle sensivel. Nenhuma reducao significativa nas CIMs para ƒÀ-lactamicos foi observado na presenca dos inibidores de bomba de efluxo. Conclusoes: Os resultados mostraram que a hiper-producao de AmpC associada a producao de ESBL sao os responsaveis pelos altos niveis de resistencia a cefepima e a perda de uma proteina de 43 kDa associada a hiper-producao de AmpC provavelmente foram os responsaveis pela diminuicao da sensibilidade a ertapenem verificada entre os isolados de E. cloacae subespecie cloacae. / Background: The overproduction of AmpC in Enterobacter spp. can contribute to resistance phenotype to fourth-generation cephalosporins and to carbapenens. The mechanisms of resistance to cefepime and ertapenem were studied among 11 E. cloacae subespecie cloacae clinical isolates from blood cultures isolated at Sao Paulo Hospital. Methods: Susceptibility testing by disk diffusion and agar dilution techniques was performed according to CLSI. Analysis of outer membrane protein (OMP) was performed by SDS-PAGE. The genetic relatedness was evaluated by PFGE and the dendogram was obtained by Bionumerics program. The isolates were also tested against cefepime, ertapenem, imipenem and meropenem with and without of PAƒÀN (25 ƒÊg/ml) and reserpine (20 ƒÊg/ml), an efflux pump inhibitors by agar dilution. Genes for ESƒÀLs, carbapenemases and plamidial AmpCs were screened by PCR and confirmed by sequencing. The expression level of ampC, ompC and ompF genes was measured by real time PCR (qRT-PCR). Results: All isolates were resistant to cephalosporins, aztreonam, ƒÀ-lactamases association inhibitors, tetraciclin, ciprofloxacin and amikacin, by disk diffusion. All isolates showed high resistant phenotype to cefotaxime (MIC50, > 256 ƒÊg/mL), ceftazidime (MIC50, 256 ƒÊg/mL), and cefepime (MIC50, 256 ƒÊg/mL) but they were susceptible to imipenem (MIC50, 0.25 ƒÊg/mL) and meropenem (MIC50, 0.25 ƒÊg/mL). Seven isolates showed ertapenem MICs of 4 ƒÊg/ml, while other three isolates showed MICs of 8 ƒÊg/ml and one isolate showed MIC of 2 ƒÊg/ml. Four clusters were founded by the Bionumerics program. The PCR results showed amplification for blaTEM and blaCTX-M. Hyperexpression of ampC was detected in all isolates by qRT-PCR. Only one sample showed a decreased in the OmpC expression. The loss of an OMP of 43 kDa was observed for all isolates in the SDS-PAGE technicque compared to the susceptible control. No significant reduction for â-lactam’s MICs was observed in the presence of PAâN. Conclusions: The results showed that the hyperproduction of AmpC coupled with ESBL production were responsible for the high resistant rates to cefepime. The hyperproduction of AmpC coupled with the loss of an OMP of 43 kDa is likely to be responsible for the reduced susceptibility to ertapenem in the E. cloacae subespecie cloacae isolates, which seems not to be associated with efflux systems. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2015-09-29T16:45:14Z No. of bitstreams: 1 Alcinéia Oliveira Damiao caracterização ....PDF.pdf: 1250268 bytes, checksum: 8e253d5ec93aa5123f3f85b88d8bc154 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2015-09-29T16:45:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Alcinéia Oliveira Damiao caracterização ....PDF.pdf: 1250268 bytes, checksum: 8e253d5ec93aa5123f3f85b88d8bc154 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-09-29T16:45:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alcinéia Oliveira Damiao caracterização ....PDF.pdf: 1250268 bytes, checksum: 8e253d5ec93aa5123f3f85b88d8bc154 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A leptospirose é uma zoonose de distribuição mundial, com 1,2 milhões de casos registrados a cada ano. De 1996 a 2013, o grupo de pesquisa de leptospirose do CPqGM, realiza uma vigilância ativa no Hospital Couto Maia em Salvador-Ba, onde foi recrutado 4612 casos suspeitos para leptospirose. Destes 4612 foi confirmado o diagnóstico de 1853 (40%) utilizando pelo menos um dos três métodos de diagnóstico (MAT, Hemocultura, qPCR). Dentre os casos confirmados, 1759 (95%) foram confirmados pelo MAT. A sensibilidade do MAT foi diferente entre as amostras aguda e convalescente, sendo 60% na fase aguda e 97% na fase convalescente. O sorogrupo Icterohaemorrhagiae foi o mais prevalente (90%) dos casos confirmados para MAT. Durante o período do estudo foram coletadas 1133 hemoculturas e destas 203 (18%) foram positivas, sendo possível isolar leptospiras de 93/203 (45%) das hemoculturas, as quais foram soro-agrupadas com soros heterológos de coelho. A concordância entre o sorogrupo encontrado no MAT e na soro-agrupagem foi de 80%. Os achados mostram que existe uma concordância significante entre o sorogrupo encontrado pelos dois métodos, o que indica que o painel de cepas utilizado no MAT apresenta uma ótima cobertura para os sorogrupos prevalentes na região. A predominância de um sorogrupo facilitou quanto a tomadas de decisões para prevenção e controle, assim como facilita para o desenvolvimento de novos testes de diagnóstico e vacinas mais direcionados. / Leptospirosis is a re-emerging zoonotic disease of global importance, with 1,2 million cases reported each year. Diagnosis of leptospirosis is often difficult given the nonspecific disease presentation. In order to compare the performance of the two gold standard diagnostic tests for leptospirosis, the group enrolled 4612 patients with suspected leptospirosis during active surveillance at the state infectious disease reference hospital, Hospital Couto Maia, in Salvador, Bahia between 1996 and 2013. Of these, was confirmed Leptospira infection in 1853 (40%) using at least one of three diagnostic methods (microagglutination (MAT), blood culture, and qPCR). Was confirmed 1759 (95%) cases using only the MAT assay, and identified the serogroup Icterohaemorrhagiae as the infective agent in 90% of MAT positive samples. It was determined the sensitivity of the MAT was 60% for acute phase samples and increased to 97% for convalescent samples. Within this study period, it was possible to collect 1133 blood cultures and was isolated leptospires from 93 of 203 (45%) of blood cultures, and determined the serotype using heterologous rabbit sera. The concordance between the infective serogroup identified using hemoculture and MAT techniques was 80%. This result indicates that the panel of 11 strains used in the MAT represents a majority of the infective serogroups causing disease in our study population. The predominance of a single serogroup in symptomatic cases informs the development of new diagnostic tests and novel vaccines to prevent leptospirosis in Brazil.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-11-07T11:28:15Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Liliane da Rocha Siriano - 2007.pdf: 877827 bytes, checksum: 8765f8f6633957232e187ede114c38fa (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-11-07T12:13:25Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Liliane da Rocha Siriano - 2007.pdf: 877827 bytes, checksum: 8765f8f6633957232e187ede114c38fa (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-07T12:13:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Liliane da Rocha Siriano - 2007.pdf: 877827 bytes, checksum: 8765f8f6633957232e187ede114c38fa (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2007-12-03 / The sensitivity of the technique of hemoculture was studied in 152 women infected by Trypanosoma cruzi in the chronic phase of Chagas disease, 101 pregnant and 51 non pregnant (control group). Serologic tests were positive for two or three serologic tests of different principles in all women. According to gestational age, 25 patients were under 21 weeks of gestation, 55 between 21 and 30 weeks of gestation and 21 were over 30. The pregnant women had average age of 29.2 years (from 17 to 44 years) and the control group the mean age was 34.1 years (from 18 to 49 years). Higher positivity was observed in the group of pregnant, 60.4% (61/101) compared with the control group: 29.4% (15/51). Been made seven tubes for each hemoculture held for a total of 1.064 tubes that were examined monthly, until the 150th day, a total of 5.320 tests conducted microscopic. It examined the profile of parasitemia by the number of tubes positive, in the pregnant group, the parasitemia was low in 39,6% of the tubes, average at 22,8%, and high in 37,6%. In the control group, the parasitemia was low at 70.6 %, average at 15.7 % and 13.7 % high.For naturalness most (87) were from the state of Bahia, 50 women of Goiás and 15 of other states. These results show that the technique of hemoculture identified significant differences (p <0.001) in parasitemia in pregnant in relation to the control group. This increase due to pregnancy could well encourage an increased risk of congenital transmission. Also, it could be an indication of specific treatment after pregnancy. / A sensibilidade da técnica de hemocultura foi estudada em 152 mulheres infectadas pelo Trypanosoma cruzi na fase crônica da doença de Chagas, sendo 101 gestantes e 51 não gestantes (grupo controle). Os testes sorológicos foram positivos por dois ou três testes sorológicos de princípios diferentes em todas as mulheres. Segundo a idade gestacional, 25 pacientes estavam com menos de 21 semanas de gestação, 55 entre a 21ª e 30ª semanas de gestação e 21, estavam com mais de 30. As gestantes tinham idade média de 29,3 anos (de 17 a 44 anos) e no grupo controle a média de idade foi de 34,1 anos (de 18 a 49 anos). Maior positividade foi observada no grupo das gestantes, 60.4% (61/101) em relação com o grupo controle: 29.4% (15/51). Foram realizados sete tubos para cada hemocultura realizada perfazendo um total de 1.064 tubos que foram examinados mensalmente, até no 150o dia, num total de 5.320 exames microscópicos realizados. Foi analisado o perfil de parasitemia pelo número de tubos positivos: no grupo das grávidas, a parasitemia foi baixa em 39,6 % dos tubos, média em 22,8%, e alta em 37,6%. No grupo controle, a parasitemia foi baixa em 70,6%, média em 15,7% e em 13,7% alta. Em relação à naturalidade a maioria (87) era proveniente do estado da Bahia, 50 eram de Goiás e 15 de outros estados. Estes resultados demonstram que a técnica de hemocultura permitiu detectar diferenças significativas (p< 0,001) quanto a parasitemia, em gestantes em relação ao grupo controle. Este aumento devido à gestação poderia favorecer assim um maior risco de transmissão congênita. Outrossim, poderia ser uma indicação de tratamento específico após a gravidez.

A sepse é uma doença de alta mortalidade e o uso adequado de antimicrobianos no seu manuseio é essencial na obtenção de melhores resultados. O objetivo deste estudo foi avaliar o consumo de antimicrobianos em pacientes com sepse hospitalar com agente etiológico identificado no sangue, comparando a reação em cadeia da polimerase (PCR) - LightCycler® SeptiFast (SF) para a detecção rápida de microorganismos à hemocultura convencional nos primeiros 14 dias de tratamento. Os objetivos secundários incluíram descrever o percentual de positividade e a concordância entre o teste molecular e a hemocultura, o tempo de internação hospitalar, os custos diretos dos antimicrobianos utilizados e a letalidade em 10 e 28 dias. Entre outubro de 2012 e maio de 2016, foram incluídos 200 pacientes adultos com sepse hospitalar: 100 alocados no grupo intervenção onde a terapia antimicrobiana foi ajustada após a identificação do micro-organismo pelo SF (dentro de 6 a 12 horas) e 100 pacientes no grupo controle onde a terapia antimicrobiana foi ajustada após a identificação do microrganismo pela hemocultura (dentro de 48 a 72 horas). O consumo de antimicrobianos foi de 1429 (1071-2000) DOT por 1000 pacientes-dia no grupo intervenção versus 1889 (1357-2563) DOT por 1000 pacientes-dia no grupo controle (p = 0.017). O SF apresentou positividade de 25,9% enquanto a positividade da hemocultura foi de 22,9% (p = 0,452). O tempo de descalonamento antimicrobiano foi de 8 horas (7-14) versus 54 horas (38-75) (p < 0,001), enquanto a mortalidade em 10 e 28 dias foi de 21% e 36,8% no grupo de intervenção versus 37% e 44% no grupo controle, (p = 0,710 e p = 0,632), respectivamente. Não houve diferença no tempo de internação hospitalar e no custo direto dos antimicrobianos utilizados nos dois grupos. A duração média da terapia antimicrobiana em dias foi menor no grupo intervenção (12 ± 5 versus 15 ± 4, p = 0,039) em comparação com o grupo controle / Sepsis is a high mortality disease. Appropriate use of antimicrobials is essential to improve outcomes. The aim of the present study was to determine whether the use of the multiplex polymerase chain reaction LightCycler® SeptiFast (SF) assay reduces the antibiotic consumption through early de-escalation in patients with nosocomial sepsis compared with conventional blood cultures (BC) in the first 14 days of treatment. Secondary outcomes included the percentage of microorganisms identified through SF and BC (in both groups), timing of antimicrobial de-escalation, length of stay, direct costs of the antimicrobial drugs and mortality at 10 and 28 days. Between October 2012 and May 2016 adult patients with nosocomial sepsis were randomized in intervention group and control group: antimicrobial therapy was adjusted following the identification of microorganisms by SF (within 6 to 12 hours) or BCs (within 48 to 72 hours), respectively. A total of 200 patients were included (100 in each group). The median antimicrobial consumption was 1429 (1071-2000) DOT/1000 patients-day in the intervention group versus 1889 (1357-2563) DOT/1000 patients-day in the control (p = 0.017). Microorganism identification was 25.9% versus 22.9% (p = 0.452), timing of antimicrobial de-escalation was 8 hours (7-14) versus 54 hours (38-75) (p < 0.001) while the mortality rate at 10 and 28 days was 21% and 36.8% in the intervention group versus 37% and 44% in the control group, (p = 0.710 and p = 0.632), respectively. There was no difference in length of stay and antimicrobial costs between groups. The mean duration of antimicrobial therapy was lower in the SF group (12 ± 5 vs. 15 ± 4, p = 0.039) comparing to BC group. The use of a rapid molecular blood test resulted in a reduction in the antimicrobial consumption and a more rapid de-escalation in patients with nosocomial sepsis when compared to the standard management of blood culture

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:18:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anselmo Silva Ramos.pdf: 9452970 bytes, checksum: 54edbfe5612f83c527cf96b62151498d (MD5) Previous issue date: 2011-01-25 / Based on the premisse that the oral trauma might cause the introduction of bacteria in the bloodstream, this study was developed aiming at investigating the frequency of transitory bacteremia in different dental procedures and the usual in dogs and the risk of infectious endocarditis in these animals. 36 dogs were were evaluated and classified as to the degree of the periodontal disease in six treatments: T1 (n=5) healthy gum/ negative control;T2(n=6) mild gingivitis; T3 (n=6) moderate or severe gingivitis/feeding;T4(n=6)moderate or severe gingivitis / toothbrushing t5(n=6)moerate or severe periodontitis/ removal of subgum plaque ;T5(n=7) severe periodonctis / exodontia. Blood samples for hemogram and hemoculture were obtained before the procedures, and two for hemoculture with thirty-minute breaks after the procedures. The hemoculture was performed in triphasic hemobac and the hemograms in electronic counter. After that, the animals were sumitted to cardiac assessment by ultrasound tests. A great accumulation of plaque was observed in animals of different ages especially in the upper molar and premolar teeth. The hemogram revealed values indicative of ANN, normal leucometria and trombocitopenia in all groups. There were 22 % of positive hemocultures beforem, 32,2% immediately after and 30 minutes after the procedures with mostly Staphylococcus sp and Streptococcus sp .In the ultrasound tests there were no alterations indicative of proliferative vegetative lesions. The diameters of the atria and ventricles were smaller in the animals with periodontitis. The cardiac debt was also smaller in these animals. The thickness of the walls of the ventricles were smaller in the healthy animals. The average mitral thickness did not significantly vary in the healthy animals and the ones with PD. The average values were compatible with endocardiosis (3,39 +_ 0,71) in 31 animals. The two represent the measurement of the diameter of the root of the Aorta out of the limits and the relation LV/AO made cardiopathy evident in at least 15 animals. The cardiac debt was smaller in the animals with PD within the group of weight associated with other parameters of the ventricular function suggest a PD effect on the cardiocirculatory activity. / Com base na premissa de que o trauma oral pode provocar a introdu??o de bact?rias na corrente sangu?nea, este estudo foi desenvolvido com a finalidade de investigar a freq??ncia de bacteremia transit?ria em diferentes procedimentos odontol?gicos e usuais em c?es e o risco de endocardite infecciosa nesses animais. Foram avaliados 36 c?es classificados quanto ao grau da doen?a periodontal em seis tratamentos: T1 (n=5) gengivas saud?veis / Controle negativo; T2 (n=6) - gengivite leve; T 3 (n= 6) gengivite moderada ou grave / alimenta??o; T 4 (n= 6) gengivite moderada ou grave / escova??o; T 5 (n=6) - periodontite moderada ou grave / remo??o da placa subgengival; T6 (n=7) periodontite grave / exodontia. Amostras de sangue para hemograma e hemocultura foram obtidas antes dos procedimentos, e duas para hemocultura com intervalos de 30 minutos ap?s os procedimentos. A hemocultura foi realizada em Hemobac trif?sico e os hemogramas em contador eletr?nico. Ap?s, os animais foram submetidos ? avalia??o card?aca pela ecocardiografia. Em animais de diferentes idades foi observado grande ac?mulo de placa, sobretudo nos pr?-molares e molares superiores. O hemograma revelou valores indicativos de ANN, leucometria normal e trombocitopenia em todos os grupos. Obteve-se 22% de hemoculturas positivas antes, 32,2% imediatamente e 30 minutos ap?s os procedimentos com predom?nio de Staphylococcus sp e Streptococos sp. Na avalia??o ultrassonogr?fica n?o foram evidenciadas altera??es indicativas de les?es proliferativas vegetativas. Os di?metros dos ?trios e ventr?culos foram menores nos animais com periodontite. Tamb?m o d?bito card?aco foi menor nesses animais. A espessura da parede do ventr?culo foi menor nos animais sadios. A espessura m?dia da mitral n?o variou significativamente entre animais sadios e com DP. Os valores m?dios foram compat?veis com endocardiose (3,39 ? 0,71) em 31 animais. Dois apresentaram a mensura??o do di?metro da raiz da aorta fora dos limites e a rela??o VE/AO evidenciou cardiopatia em pelo menos 15 animais. O d?bito card?aco menor em animais com DP na mesma faixa de peso em associa??o com outros par?metros da fun??o ventricular sugere um efeito da DP sobre a atividade cardiocirculat?ria.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Nosocomial infections are a serious public health problem. In recent years, bloodstream infections (BSI) has increased significantly in hospitals, accounting for high morbidity and mortality rates. These, mostly are caused by bacteria, which are detected by performing blood cultures. Currently, due to the frequency and severity of BSI in the hospital environment, it is necessary to evaluate the epidemiological importance data, improving the control and prevention of these infections. Thus, this study aimed to analyze the microorganisms related to BSI from patients admitted to the University Hospital of Santa Maria (HUSM) in the one-year period (2012-2013). We analyzed the epidemiological profile and sensitivity of positive blood cultures of patients admitted at HUSM from April 2012 to March 2013. During the study period, 1080 samples were positive, 69.3% caused by gram-positive organisms (GP), 22.9% by Gram-negative (GN) and 7.9% by fungus. The most common organism was Staphylococcus epidermidis (24%), followed by Staphylococcus hominis (6.8%), Staphylococcus haemolyticus (6.8%) and Pseudmonas aeruginosa (6%). The isolates predominated in male patients (50.6%) and aged between 0-20 years, and the Pediatric/Neonatal Intensive Care Unit was the sector with the highest number of insulation, 24.3% (10.3%/14%). The evaluation of the sensitivity profile showed 100% sensitivity daptomycin, linezolid, tigecycline and vancomycin front of GP microorganisms, and a rate of 42.31% of Staphylococcus were characterized phenotypically as coagulase negative Staphylococcus resistant to methicillin (MRSCoN). Already, between the GN, all microorganisms in study showed 100% of resistance to ampicillin, and Pseudomonas aeruginosa 100% of resistance to cephalothin and cefoxitin, and 1.57% of these isolates showed ESBL mechanism resistance. Impact assessment studies of BSI have significant impact in reducing mortality, especially in patients with weakened immune system, since that provide an immediate start of effective empirical antimicrobial therapy, also decreasing hospital costs. Through this study it was observed that there was a predominance of GP bacteria, and approximately 50% of the isolates were caused by Staphylococcus spp. and 42.31% of strains were resistant to methicillin. This fact should be reconsidered when the empirical antibiotic therapy institution, especially in patients admitted to critical care units. ICS impact assessment studies have significant impact on mortality, especially in patients with weakened immune system, since provide immediate onset of effective empiric antibiotic therapy. These infections should be investigated along the Hospital Infection Control Commission for further steps to be taken, reducing the incidence of ICS, hospital costs and also mortality rates. / Infecções hospitalares constituem um sério problema de saúde pública. Nos últimos anos, as infecções de corrente sanguínea (ICS) vem aumentando significativamente nos hospitais, sendo responsáveis por elevadas taxas de morbi-mortalidade. Estas, majoritariamente são ocasionadas por bactérias, as quais são detectadas pela realização de hemoculturas. Atualmente, devido a frequência e a gravidade das ICS no ambiente hospitalar, torna-se necessário a avaliação de dados de importância epidemiológica, melhorando o controle e prevenção destas infecções. Dessa forma, este estudo teve como objetivo analisar os microrganismos relacionados à ICS, de pacientes admitidos no Hospital Universitário de Santa Maria (HUSM), no período de um ano (2012-2013). Foi realizada a avaliação do perfil epidemiológico e de sensibilidade das hemoculturas positivas dos pacientes admitidos no HUSM entre abril de 2012 a março de 2013. No período de estudo, 1080 amostras foram consideradas positivas, sendo 69,3% causadas por microrganismos gram-positivos (GP), 22,9% por gram-negativos (GN) e 7,9% fungos. O microrganismo mais frequente foi o Staphylococcus epidermidis (24%), seguido pelo Staphylococcus hominis (6,8%), Staphylococcus haemolyticus (6,8%) e Pseudmonas aeruginosa (6%). Os isolamentos predominaram em pacientes do sexo masculino (50,6%) e na faixa etária compreendida entre 0-20 anos, sendo a Pediatria/Unidade de terapia intensiva neonatal, o setor com maior número de isolamentos, 24,3% (10,3%/14%). A avaliação do perfil de sensibilidade evidenciou 100% de sensibilidade a daptomicina, linezolida, tigeciclina e vancomicina frente aos microrganismos GP, sendo que uma taxa de 42,31% dos isolados do gênero Staphylococcus foram caracterizados fenotipicamente como Staphylococcus coagulase negativa resistentes à meticilina (MRSCoN). Já, entre os GN, todos os microrganismos em estudo apresentaram 100% de resistência frente a ampicilina, e a Pseudomonas aeruginosa 100% de resistência a cefalotina e cefoxitina, e 1,57% destes isolados apresentaram mecanismo de resistência ESBL. Através deste estudo foi possível observar que houve o predomínio de bactérias GP, sendo que aproximadamente 50% dos isolamentos foram causados por Staphylococcus spp. e 42,31% destas cepas foram resistentes a meticilina. Esse fato deve ser reconsiderado quando da instituição da antibioticoterapia empírica, principalmente nos pacientes admitidos em unidades críticas. Estudos de avaliação da incidência de ICS apresentam impacto significativo na mortalidade, principalmente dos pacientes com sistema imune debilitado, uma vez que propiciam o início imediato da efetiva terapia antimicrobiana empírica. Estas infecções devem ser investigadas juntamente da Comissão de Controle de Infecção Hospitalar para que novas medidas sejam adotadas, reduzindo a incidência das ICS, os custos hospitalares e também as taxas de mortalidade.

A Brucella canis é a bactéria responsável pela brucelose nos cães, pode ser transmitida para os seres humanos, ocasionalmente resultando em doença grave, com impacto na saúde pública. A brucelose canina desencadeia inúmeras perdas econômicas em canis comerciais, com a ocorrência de abortamentos, morte embrionária, natimortos e nascimento de filhotes debilitados. O diagnóstico sorológico é rotineiramente realizado, contudo a hemocultura é o teste \"padrão-ouro\". A técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) pode ser aplicada no diagnóstico direto como alternativa à hemocultura, pela rapidez, alta especificidade e sensibilidade do teste, mas apresenta alto custo com infraestrutura e equipamentos. A amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) constitui outra alternativa para amplificação do DNA em um curto período de tempo, com simplicidade e menor custo. O projeto avaliou comparativamente o desempenho dos testes moleculares de PCR e LAMP com primers direcionados à sequência de inserção IS711 de Brucella spp. em 98 amostras de sangue total, obtidas de 57 cães. Os 57 cães foram divididos em três grupos: infectados por B. canis (cães positivos na hemocultura) não infectados por B. canis (negativos na hemocultura e sem evidências clínicas e epidemiológicas de brucelose) e suspeitos de brucelose (cães negativos na hemocultura, mas com suspeita clínica e/ou epidemiológica da infecção). A sensibilidade e especificidade diagnóstica das reações de LAMP e PCR foram calculadas, utilizando-se os grupos de cães infectados e não infectados, respectivamente. O desempenho dos testes foi analisado, utilizando-se as 98 amostras, comparadas duas a duas, pelos testes estatísticos de Coeficiente Kappa e McNemar. A proporção de amostras positivas foi de 43,87% (43/98) na hemocultura, 46,93% (46/98) na PCR e 16,33% (16/98) na LAMP. A concordância entre a hemocultura e a PCR foi ótima, enquanto que a concordância entre a LAMP e a hemocultura e entre a LAMP e a PCR foi sofrível. A sensibilidade diagnóstica foi de 100% (18/18) na PCR e 44,44% (8/18) na LAMP, enquanto que a especificidade diagnóstica foi de 96% (20/21) na PCR e 100% (21/21) na LAMP. O desempenho da reação de LAMP foi insatisfatório para o diagnóstico da brucelose nos cães, em razão dos baixos valores de sensibilidade do teste. A PCR, por outro lado, apresentou desempenho similar à hemocultura, o que a torna uma alternativa para uso no diagnóstico da brucelose canina. / Brucella canis is the etiological agent responsible for brucellosis in dogs and can be transmitted to human beings, occasionally resulting in severe disease, and leading to impacts on public health. Canine brucellosis triggers numerous economic losses in commercial kennels, causing abortions, embryonic death, stillbirths and birth of debilitated puppies. Serological diagnosis is routinely performed, but blood culture is the gold standard test. Polymerase chain reaction (PCR) can be used to the direct diagnosis of infection in view of its speed and high specificity and sensitivity values, however it has high cost because of the laboratory infrastructure and equipments needed. The loop-mediated isothermal amplification (LAMP) may be an alternative to DNA amplification in a shorter period of time, with simplicity and low cost. This project evaluated the potential of the molecular tests of PCR and LAMP using primers targeting the insertion sequence IS711 of Brucella, using 98 whole blood samples of 57 dogs. The 57 dogs were divided into three groups: infected by B. canis (dogs with positive results in blood culture), non-infected by B. canis (dogs with negative results by blood culture and showing no clinical or epidemiological evidences of brucellosis) and dogs suspected of brucellosis (those with negative blood culture but with clinical and/or epidemiological evidences of infection). The diagnostic sensitivity and specificity of PCR and LAMP were calculated using the infected and non-infected groups, respectively. The performance of the three diagnostic tests was pair compared using the 98 samples using McNemar test and Kappa coefficient. The proportion of positive samples detected by blood culture, PCR and LAMP was respectively 43.87% (43/98), 46.93% (46/98), and 16.33% (16/98). The concordance between blood culture and PCR was almost perfect, while the concordance between LAMP and blood culture and between LAMP and PCR was fair. The diagnostic sensitivity of PCR and LAMP was, respectively, 100% (18/18) and 44.44% (8/18), while the diagnostic specificity of the tests was 96% (20/21) and 100% (21/21), respectively. LAMP performance was not satisfactory for canine brucellosis diagnosis because of the low sensitivity of the test. PCR showed similar performance when compared to blood culture, which makes it a good alternative for use for the diagnosis of canine brucellosis.

A Brucella canis é a bactéria responsável pela brucelose nos cães, pode ser transmitida para os seres humanos, ocasionalmente resultando em doença grave, com impacto na saúde pública. A brucelose canina desencadeia inúmeras perdas econômicas em canis comerciais, com a ocorrência de abortamentos, morte embrionária, natimortos e nascimento de filhotes debilitados. O diagnóstico sorológico é rotineiramente realizado, contudo a hemocultura é o teste \"padrão-ouro\". A técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) pode ser aplicada no diagnóstico direto como alternativa à hemocultura, pela rapidez, alta especificidade e sensibilidade do teste, mas apresenta alto custo com infraestrutura e equipamentos. A amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) constitui outra alternativa para amplificação do DNA em um curto período de tempo, com simplicidade e menor custo. O projeto avaliou comparativamente o desempenho dos testes moleculares de PCR e LAMP com primers direcionados à sequência de inserção IS711 de Brucella spp. em 98 amostras de sangue total, obtidas de 57 cães. Os 57 cães foram divididos em três grupos: infectados por B. canis (cães positivos na hemocultura) não infectados por B. canis (negativos na hemocultura e sem evidências clínicas e epidemiológicas de brucelose) e suspeitos de brucelose (cães negativos na hemocultura, mas com suspeita clínica e/ou epidemiológica da infecção). A sensibilidade e especificidade diagnóstica das reações de LAMP e PCR foram calculadas, utilizando-se os grupos de cães infectados e não infectados, respectivamente. O desempenho dos testes foi analisado, utilizando-se as 98 amostras, comparadas duas a duas, pelos testes estatísticos de Coeficiente Kappa e McNemar. A proporção de amostras positivas foi de 43,87% (43/98) na hemocultura, 46,93% (46/98) na PCR e 16,33% (16/98) na LAMP. A concordância entre a hemocultura e a PCR foi ótima, enquanto que a concordância entre a LAMP e a hemocultura e entre a LAMP e a PCR foi sofrível. A sensibilidade diagnóstica foi de 100% (18/18) na PCR e 44,44% (8/18) na LAMP, enquanto que a especificidade diagnóstica foi de 96% (20/21) na PCR e 100% (21/21) na LAMP. O desempenho da reação de LAMP foi insatisfatório para o diagnóstico da brucelose nos cães, em razão dos baixos valores de sensibilidade do teste. A PCR, por outro lado, apresentou desempenho similar à hemocultura, o que a torna uma alternativa para uso no diagnóstico da brucelose canina. / Brucella canis is the etiological agent responsible for brucellosis in dogs and can be transmitted to human beings, occasionally resulting in severe disease, and leading to impacts on public health. Canine brucellosis triggers numerous economic losses in commercial kennels, causing abortions, embryonic death, stillbirths and birth of debilitated puppies. Serological diagnosis is routinely performed, but blood culture is the gold standard test. Polymerase chain reaction (PCR) can be used to the direct diagnosis of infection in view of its speed and high specificity and sensitivity values, however it has high cost because of the laboratory infrastructure and equipments needed. The loop-mediated isothermal amplification (LAMP) may be an alternative to DNA amplification in a shorter period of time, with simplicity and low cost. This project evaluated the potential of the molecular tests of PCR and LAMP using primers targeting the insertion sequence IS711 of Brucella, using 98 whole blood samples of 57 dogs. The 57 dogs were divided into three groups: infected by B. canis (dogs with positive results in blood culture), non-infected by B. canis (dogs with negative results by blood culture and showing no clinical or epidemiological evidences of brucellosis) and dogs suspected of brucellosis (those with negative blood culture but with clinical and/or epidemiological evidences of infection). The diagnostic sensitivity and specificity of PCR and LAMP were calculated using the infected and non-infected groups, respectively. The performance of the three diagnostic tests was pair compared using the 98 samples using McNemar test and Kappa coefficient. The proportion of positive samples detected by blood culture, PCR and LAMP was respectively 43.87% (43/98), 46.93% (46/98), and 16.33% (16/98). The concordance between blood culture and PCR was almost perfect, while the concordance between LAMP and blood culture and between LAMP and PCR was fair. The diagnostic sensitivity of PCR and LAMP was, respectively, 100% (18/18) and 44.44% (8/18), while the diagnostic specificity of the tests was 96% (20/21) and 100% (21/21), respectively. LAMP performance was not satisfactory for canine brucellosis diagnosis because of the low sensitivity of the test. PCR showed similar performance when compared to blood culture, which makes it a good alternative for use for the diagnosis of canine brucellosis.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:19Z : No. of bitstreams: 1 Publico-154.pdf: 1362092 bytes, checksum: b56e51cd61b6e0026e1f047e7ce95328 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Staphylococcus coagulase negativo (SCoN) são importantes agentes etiológicos responsáveis por infecções relacionadas à assistência à saúde (IrAS) em infecções da corrente sanguínea. Em estudo retrospectivo foram avaliados SCoN isolados de pacientes com IrAS da corrente sanguínea em dois hospitais gerais da cidade de São Paulo no período de agosto de 2005 à agosto de 2007.Os isolados foram caracterizados a nível de espécies e testes de suscetibilidade aos antimicrobianos pelo Vitek® system e Vitek® 2. A presença do gene mecA e o tipo de SCCmec foram determinados por PCR multiplex. Staphylococcus epidermidis foi a espécie predominante seguido de S. hominis, S. haemolyticus, S. simulans, S. warneri, S. capitis e S. auricularis. Observou-se 88,2% de resistência à oxacilina nos isolados com 100% de concordância entre os discos de oxacilina e cefoxitina confirmados pelo gene mecA. Todos isolados foram suscetíveis à vancomicina e quatro isolados apresentaram resistência intermediária à teicoplanina pelo Etest®. Um S. epidermidis mostrou-se resistente à linezolida. O tipo de SCCmec predominante foi o tipo III seguido pelos tipos IV, I, II e V. Em 26,9% dos isolados mecA positivo não foram caracterizados nenhum tipo de SCCmec pelo protocolo utilizado. / Coagulase negative staphylococci (CoNS) are important etiologic agents responsible for healthcare related infection (HCRI) in bloodstream infections. In a retrospective study we evaluate CoNS isolated from patients with HCRI in bloodstream infections admitted to two general hospitals at São Paulo city, from August 2005 to August 2007. The isolates were characterized at species level and antimicrobial susceptibility tested by the Vitek® system and ViteK® 2. Oxacillin resistance was evaluated by oxacillin and cefoxitin discs. The presence of mecA gene and the SCCmec type were determined by multiplex PCR. Staphylococcus epidermidis was the predominant specie followed by S. hominis, S. haemolyticus, S. simulans, S. warneri, S. capitis and S. auricularis. Oxacillin resistance was observed in 88.2% of the isolates with 100% concordance between oxacilin and cefoxitin discs confirmed by mecA gene. All isolates were susceptible to vancomycin and four isolates revealed intermediate resistance to teicoplanin by Etest®. One S. epidermidis showed resistance to linezolide. The predominant SCC type was the type III followed by the types IV, I, II and V. In 26.9% positive mecA isolates we did not characterize the SCCmec type by the molecular protocol utilized. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-09-28T14:29:18Z No. of bitstreams: 1 juliana_h_s_barros_ipec_pesquisaclinicadi_0006_2009.pdf: 1430332 bytes, checksum: 636da38d82df84b03291443dfdf250b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-28T14:29:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 juliana_h_s_barros_ipec_pesquisaclinicadi_0006_2009.pdf: 1430332 bytes, checksum: 636da38d82df84b03291443dfdf250b2 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os morcegos são mamíferos pertencentes à ordem dos Quirópteros. São animais que possuem hábitos alimentares bastante diversificados, apresentando espécies importantes no equilíbrio e diversidade biológica das espécies vegetais, como também atuantes na transmissão de doenças para o homem e para os animais. No município do Rio de Janei- ro, pouco se conhece sobre a ocorrência de tripanosomatídeos, nem tampouco sobre a possibilidade da participação desses animais no ciclo de transmissão de certos tripano- somas. Este trabalho objetivou avaliar, por hemocultura, a infecção natural por flagela- dos tripanosomatídeos em morcegos capturados em diferentes municípios do Estado do Rio de Janeiro e caracterizar os isolados obtidos quanto à sensibilidade ao sistema com- plemento; potencial infectivo para macrófagos murinos “in vitro”; potencial infectivo para Triatoma infestans e análise do perfil isoenzimático (MLEE). Durante o estudo, flagelados tripanosomatídeos foram encontrados em 29 (30,2%) dos 96 morcegos avali- ados, dos quais 28 possuíam hábitos hematófagos (D. rotundus) e 1 hábito insetívoro (Lonchorhina aurita), capturados em diferentes municípios do estado do Rio de Janeiro. Das amostras isoladas, 12 foram selecionadas para estudos de caracterização, todas, apresentando padrões biológicos semelhantes, todas sendo sensíveis ao sistema com- plemento, apresentando 100% de lise das formas epimastigotas; não foram capazes de infectar macrófagos murinos “in vitro” nem tampouco puderam infectar e colonizar glândulas salivares, hemolinfa e o trato intestinal de Triatoma infestans. Na análise iso- enzimática, avaliado por 9 loci, três zimodemas foram observados, todos, diferentes das amostras de referências Trypanosoma cruzi, Trypansoma rangeli e Trypanosoma des- terrrensis, empregadas nesta análise. Os resultados obtidos neste estudo demonstraram que flagelados do gênero Trypanosoma podem ser isolados de morcegos com diferentes hábitos alimentares no estado do Rio de Janeiro e embora nenhuma amostra tenha sido identificada como Trypanosoma cruzi, Trypanosoma rangeli ou Trypanosoma dester- rensis, observou-se três padrões fenotípicos distintos entre as doze amostras estudadas. Espera-se, dessa forma, contribuir para as ações de vigilância a partir do conhecimento das espécies de tripanosomatideos circulantes em morcegos do Estado do Rio de Janei- ro. / Bats are mammals belonging to the order Chiroptera. These animals have very different alimentary habits, several species being important in the balance and biological diver- sity of plant species, as well as being active in the transmission of diseases to man and to animals. In the state of Rio de Janeiro, little is known about the occurrence of try- panosomatids, neither the possibility of participation of these animals in the cycle of transmission of certain trypanosomes. This study aimed at the evaluation of the natural infection by flagellates trypanosomatids in bats captured in different municipalities in the state of Rio de Janeiro, by blood culture, and characterizing the obtained isolates in relation to their sensitivity to the complement system; their infecting potential to in vitro murine macrophages; their infecting potencial to Triatoma infestans and the analysis of the isoenzymatic profile (MLEE). During the study, flagellated tripanosomatids were identified in 29 (30,2%) of the 96 specimens examined, being 28 of the samples origi- nated from bats of hematophagous habits (Desmdus rotundus) and 1 insectivorous habit (Lonchorhina aurita), caught in different municipalities of the state of Rio de Janeiro. From the isolated samples, 12 were selected for studies of characterization, all present- ing similar biological standards, all were sensitive to complement, presenting 100% lysis of epimastigote forms; they neither were capable of infecting murine macrophages in vitro neither being able to infect and colonize salivary glands, hemolymph and the intestinal tract of Triatoma infestans. In isoenzyme analyses, assessed for 9 loci, three zimodemes were observed, all different of the samples of reference Trypanosoma cruzi, Trypansoma rangeli and Trypanosoma desterrrensis, used in this study. The results of this study showed that flagellates of the genus Trypanosoma can be isolated from bats with different alimentary habits in the state of Rio de Janeiro and although no samples was identified as Trypanosoma cruzi, Trypanosoma rangeli or Trypanosoma desterren- sis, three distinct phenotypic pattern among the twelve samples were observed. It is ex- pected that these results contribute to the surveillance activities towards the knowledge of the occurrence of trypanosomatids in bats in the state of Rio de Janeiro.