The thesis contains basic information regarding Viral hepatitis E, particularly the causative agents, human and animal strains, the clinical picture and occurrence in the Czech Republic as well as abroad. The practical part is focused on analysis of trends of occurrence of the viral hepatitis E in the Czech Republic from the very earliest, up until the present time. The research further looks at morbidity in the different regions of the Czech Republic, which is compared to the morbidity in Plzen region. The practical part further focuses on the specific source, route of transmission and possible preventive measures against viral hepatitis E. In this work, both quantitative and qualitative types of research were used. In quantitative research, secondary analysis of data was used from various sources like EPIDAT. In the qualitative research, semi standardised interviews with doc. MUDr. Petr Pazdiora CSc, and with MVDR. Vaclav Polacek. Based on the interviews, an educational material in form of a leaflet was created. From the year 1996 to the year 2012, a total of 894 cases of HEV where recorded. In 1996, there was only one case of Viral hepatitis E which was recorded. From 1997 to 2005, the occurrence was sporadic and negligible. From 2006, there was a linear increase in viral hepatitis E. The incidence significantly increased in the year 2009 and 2011. In the Czech Republic, Viral Hepatitis E has an upward trend of occurrence. Viral hepatitis E cannot be prevented by active immunization, possibility of a vaccine is still being investigated. Basic preventive measures include maintaining principles of hygiene like avoiding drinking water from unknown sources, food should be prepared using drinking water and fruit should be properly washed and then peeled before consumption. It is important to find out about the occurrence of viral hepatitis E, before travelling to any foreign country. During meat processing, it is important to avoid cross contamination between clean and unclean operations. Before consuming foods like black pudding, sausages, steaks and pies, it is important to ensure that this food is properly cooked using adequate heat and for a period of time. From the research, it can be concluded that, there is need to devote adequate attention to viral hepatitis E. It may seem that the incidence in the Czech Republic is not serious, but it is important to focus on public awareness of this disease, especially the preventive measures so as to stop it from spreading.

A Hepatite C (HC) é um sério problema mundial de saúde pública. Pelas estimativas da Organização Mundial da Saúde, calcula-se que cerca de 3% da população mundial esteja infectada pelo vírus da hepatite C. O tratamento da HC objetiva deter a progressão da doença hepática pela inibição da replicação viral. O objetivo deste estudo foi comparar o efeito de resposta ao tratamento da Hepatite C entre o interferon peguilado (PEGINF) + ribavirina (RBV) e interferon-alfa (INF) + ribavirina (RBV) além de avaliar a relação de fatores de risco, idade, sexo, genótipo, grau de fibrose hepática, tempo de tratamento e comorbidades associadas. Foi realizado levantamento retrospectivo dos prontuários dos pacientes atendidos no ambulatório de Hepatologia do Hospital dos Servidores do Estado do RJ (HSE), de 2001 a 2009. Modelos de regressão logística bivariadas e multivariadas foram utilizados nas análises. Cerca de 85% dos pacientes que trataram por 48 semanas e 15% dos que trataram por 24 semanas tiveram resposta virológica sustentada (RVS) positiva. Cerca de 65% dos pacientes que receberam PEGINF + RBV e 35% dos que receberam INF + RBV tiveram RVS positiva. Os achados deste estudo apontam que o efeito de resposta do tratamento de hepatite C com PEG-INF + RBV é superior ao tratamento com INF + RBV, e que a maior duração do tempo de tratamento também tem influência positiva na RVS. Em relação à interrupção do tratamento houve associação estatisticamente significativa entre o grau de fibrose hepática e a probabilidade de permanecer no tratamento, o risco de interrupção é seis vezes maior com o grau mais avançado de fibrose (F4) em relação ao menos avançado (F2). Também foi encontrado que o risco de interromper o tratamento após as primeiras 24 semanas para pacientes com genótipo 3 foi 2,5 vezes maior do que àqueles pacientes com genótipo 1. / Hepatitis C (HC) is a serious public health problem worldwide. According to estimates by the World Health Organization, about 3% of the world population is infected with hepatits C virus. The objective of treatment of HC is avoid the progression of liver disease by inhibition of viral replication. The aim of this study was to compare the effect of treatment response of hepatitis C between pegylated interferon (PEGINF) + ribavirin (RBV) and interferon-alpha (INF) + ribavirin (RBV) and evaluate the relationship of risk factors, age, gender, genotype, degree of fibrosis, treatment time and comorbidities. We conducted a retrospective study of medical records of patients seen at the clinic of Hepatology, Servants Hospital of the State of Rio de Janeiro (HSE), 2001 to 2009. Data were analyzed using bivariate and multivariate analyzes (logistic regression). About 85% of patients treated for 48 weeks, and 15% of those treated for 24 weeks had sustained virologic response (SVR) positive. About 65% of patients receiving PEGINF + RBV and 35% of those who received INF + RBV had positive RVS. In relation to treatment interruption, the association between the degree of liver fibrosis and the probability of remaining treatment was statistically significant . The risk of interruption is six times higher with more advanced fibrosis degree (F4) than compared to the less advanced fibrosis degree (F2). The risk of stopping treatment after the first 24 weeks for patients with genotype 3 was 2.5 times higher than those patients with genotype 1.

No mundo, as hepatites decorrentes de infecções virais têm sido uma das grandes preocupações em saúde pública devido a seu caráter crônico, curso assintomático e pela sua capacidade de determinar a perda da função hepática. Com o uso em larga escala de medicamentos antirretrovirais, a doença hepática relacionada à infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) contribuiu para uma mudança radical na história natural da infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). Não se sabe ao certo o peso da coinfecção VHC/HIV no Brasil, mas evidências apontam que independentemente da região geográfica, esses indivíduos apresentam maiores dificuldades em eliminar o VHC após o tratamento farmacológico, quando comparados a monoinfectados. No âmbito do SUS, o tratamento antiviral padrão para portadores do genótipo 1 do VHC e do HIV é a administração de peguinterferon associado à Ribavirina. Quanto ao período de tratamento e aos indivíduos que devem ser incluídos, os dois protocolos terapêuticos mais recentes possuem divergências. A diretriz mais atual preconiza o tratamento de indivíduos respondedores precoces somados a respondedores virológicos lentos, enquanto a diretriz imediatamente anterior exclui na 12 semana indivíduos que não respondem completamente. Com base nessa divergência, esse estudo objetivou avaliar o custo-efetividade do tratamento contra o VHC em indivíduos portadores do genótipo 1, coinfectados com o HIV, virgens de tratamento antiviral, não cirróticos e imunologicamente estabilizados, submetidos às regras de tratamento antiviral estabelecidos pelas duas mais recentes diretrizes terapêuticas direcionadas ao atendimento pelo SUS. Para tal, foi elaborado um modelo matemático de decisão, baseado em cadeias de Markov, que simulou a progressão da doença hepática mediante o tratamento e não tratamento. Foi acompanhada uma coorte hipotética de mil indivíduos homens, maiores de 40 anos. Adotou-se a perspectiva do Sistema Único de Saúde, horizonte temporal de 30 anos e taxa de desconto de 5% para os custos e consequências clínicas. A extensão do tratamento para respondedores lentos proporcionou incremento de 0,28 anos de vida ajustados por qualidade (QALY), de 7% de sobrevida e aumento de 60% no número de indivíduos que eliminaram o VHC. Além dos esperados benefícios em eficácia, a inclusão de respondedores virológicos lentos mostrou-se uma estratégia custo-efetiva ao alcançar um incremental de custo efetividade de R$ 44.171/QALY, valor abaixo do limiar de aceitabilidade proposto pela Organização Mundial da Saúde OMS - (R$ 63.756,00/QALY). A análise de sensibilidade demonstrou que as possíveis incertezas contidas no modelo são incapazes de alterar o resultado final, evidenciando, assim, a robustez da análise. A inclusão de indivíduos coinfectados VHC/HIV respondedores virológicos lentos no protocolo de tratamento apresenta-se, do ponto de vista fármaco-econômico, como uma estratégia com relação de custoefetividade favorável para o Sistema Único de Saúde. Sua adoção é perfeitamente compatível com a perspectiva do sistema, ao retornar melhores resultados em saúdeassociados a custos abaixo de um teto orçamentário aceitável, e com o da sociedade, ao evitar em maior grau, complicações e internações quando comparado à não inclusão. / Worldwide, hepatitis caused by viral infections has been a major concern for public health because of its chronicity, asymptomatic course and its ability to determine the loss of liver function. With the widespread use of antiretroviral drugs, liver disease related to infection with hepatitis C virus (HCV) contributed to a radical change in the natural history of infection with human immunodeficiency virus (HIV). No one knows for sure the weight of coinfection HCV/HIV in Brazil, but evidence suggests that, regardless of geographic region, these individuals have greater difficulty in eliminating HCV compared to monoinfected. In the Brazilian Unified Health System (SUS), the standard antiviral treatment for patients infected with genotype 1 HCV and HIV is the association of pegylated interferon with ribavirin. Regarding the treatment period and which individuals should treat the two most recent protocols have disagreements. The most current protocol calls for treatment of early responders individuals added to slow responders. Since the guideline immediately preceding the 12th week excludes individuals who do not respond completely. Based on this difference, this study aimed to evaluate the costeffectiveness of HCV treatment in individuals with the genotype 1 coinfected with HIV, antiviral-naïve, non-cirrhotic and immunologically stable, undergoing antiviral treatment rules established by two most recent therapeutic guidelines directed to attend by SUS. To this evaluation, was developed a mathematical model of decision, based on Markov chains, simulating the progression of liver disease under treatment and no treatment. It was accompanied by a hypothetical cohort of thousand men individuals, more than 40 years. Was adopted the perspective of the Brazilian Unified Health System, time horizon of 30 years and a discount rate of 5% for the costs and for clinical consequences. The extension of treatment to slow responders provided an increase of 0.28 years of quality-adjusted life (QALY), 7% survival rate and an increase of 60% in the number of individuals who eliminated HCV. Besides the expected benefits in efficacy, the slow viral responders inclusion proved to be a costeffective strategy to achieve an incremental cost-effectiveness of BRL 44,171.00/QALY, value below of acceptability threshold proposed by the World Health Organization (BRL 63,756.00/QALY). Sensitivity analysis demonstrated that the potentials uncertainties in the model are unable to alter the final result, thus demonstrating the robustness of the analysis. The Inclusion of HCV/HIV co-infected individuals slow virologic responders to treatment protocol, is presented from the point of pharmacoeconomic view, as a strategy to cost-effectiveness favorable for the Brazilian Health System. Its adoption is perfectly compatible with the system perspective, returning better health outcomes with costs below an acceptable budget cap, and the society, to avoid a greater extent, complications and hospitalizations when compared to non-inclusion.

Made available in DSpace on 2016-01-13T13:27:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:32:51Z : No. of bitstreams: 1 000854163.pdf: 1976046 bytes, checksum: 9b722e3de2741fb27df9024552ccb885 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A vulnerabilidade humana à infecção pelo HIV não é uniforme, fatores virológicos e do hospedeiro são determinantes no risco da transmissão e na evolução natural da infecção. Polimorfismos (do hospedeiro) nos genes KIR estão sendo associados à evolução da infecção pelo vírus. Vários estudos vêm sendo realizados em monoinfectados pelo HIV-1, mas pouco se conhece a respeito da relação desses polimorfismos em coinfecção HIV/VHC. A finalidade deste estudo foi analisar a evolução da infecção pelo HIV em pacientes coinfectados HIV/VHC, baseada em parâmetros clínicos, laboratoriais e virológicos, correlacionando polimorfismos de genes KIR. Foram incluídas no estudo 251 amostras, as quais foram distribuídas em três grupos (Grupo 1: 100 indivíduos monoinfectados HIV-1; Grupo 2: 100 indivíduos monoinfectados VHC e Grupo 3: 51 coinfectados HIV/VHC. As determinações dos subtipos (HIV-1) e genótipos (VHC) foram realizadas por sequenciamento. As definições dos polimorfismos dos genes KIR foram determinados por PCR-SSP e do HLA, por sequenciamento. Dados referentes à evolução da infecção pelo HIV-1 e VHC foram analisados a partir dos prontuários médicos dos pacientes. Os resultados obtidos pelo presente estudo com relação aos genes KIR, 2DL2, 2DS2 e 2DL5, sugerem em caráter inédito a correlação destes polimorfismos com a evolução da infecção pelo VHC em indivíduos coinfectados. A inexistência de correlação dos polimorfismos dos genes KIR com a progressão da infecção pelo HIV-1 em coinfectados sugere que nesta condição, a presença do HIV-1 pode estar influenciando muito mais a progressão da doença pelo VHC do que o desenvolvimento de aids propriamente dito / Human vulnerability to HIV infection is not uniform, virological and host factors are determinants on the risk of transmission and natural infection progression. KIR genes polymorphisms have been being associated with progression of HIV infection. Several studies have been performed in mono-infected by HIV-1, but few knwoledge is known about the relation of these polymorphisms in coinfection by HIV/HCV. The purpose of this study was to assess the increasing of the infection by HIV in patients coinfected HIV/HCV, based on clinical, laboratory and virological parameters and correlating KIR genes polymorphisms. The study included 251 samples which were divided into three groups (Group 1: 100 HIV mono-infected; Group 2: 100 mono-infected HCV; Group 3: 51 Co-Infected HIV/HCV). Determination of subtypes (HIV) and genotypes (HCV) was held using RNA sequencing. Polymorphisms definitions of KIR genes were determined by PCR-SSP and HLA were accomplished out by sequencing. Clinical and laboratory data, regarding the evolution of HIV and HCV infection were analyzed from the medical records of patients. The results obtained by this study concerning KIR, 2DL2, 2DL5 and 2DS2 genes demonstrate the state-of-the-art on the correlation of these polymorphisms with evolution of HCV infection in coinfected individuals. The absence of correlation between the polymorphism of KIR genes with progression of HIV-1 infection in co-infected, suggests that in this particular condition, the presence of HIV-1 may influence much more the disease progression by the HCV than the aids development in itself

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-19Bitstream added on 2014-06-13T18:29:07Z : No. of bitstreams: 1 000750960.pdf: 2002921 bytes, checksum: f29767a903b7bf0ec9f1ce7ee7c7c5af (MD5) / Além de fatores virais e do hospedeiro a progressão da fibrose hepática resultante da infecção pelo Vírus da Hepatite C (VHC) tem sido relacionada a polimorfismos genéticos do hospedeiro. Nesta linha, recentemente polimorfismos dos Antígenos Plaquetários Humanos (HPA) foram associados à progressão para fibrose em pacientes monoinfectados pelo VHC. Alguns destes antígenos HPA residem em proteínas da família das integrinas, cuja expressão, também, já foi associada à progressão da fibrose hepática. No entanto, estudos relacionando polimorfismos genéticos do hospedeiro em pacientes coinfectados com o VHC e o Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) são raros e, não há nenhum estudo relacionando polimorfismos HPA com progressão para fibrose. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar possíveis associações dos polimorfismos dos sistemas HPA-1, -3 e -5, que residem em integrinas, na progressão da fibrose hepática em indivíduos coinfectados VHC/HIV. DNA Genômico de 56 pacientes coinfectados VHC/HIV foi utilizado como fonte para genotipagem dos sistemas HPA -1 e -3 por PCR-SSP, e HPA -5 por PCR-RFLP. Progressão da fibrose foi avaliada utilizando o escore de METAVIR, sendo constituídos dois grupos: Grupo 1 (G1): pacientes coinfectados VHC/HIV com baixo grau de fibrose (F1, fibrose portal sem septos ou F2, com poucos septos) e Grupo 2 (G2): pacientes coinfectados VHC/HIV com fibrose avançada (F3, numerosos septos ou F4, cirrose). Um grupo controle, do estudo de Silva e colaboradores (2012), constituído por pacientes monoinfectados pelo VHC com baixo grau de fibrose (F1 ou F2) e fibrose avançada (F3 ou F4) foi utilizado para as análises realizadas neste estudo. O Teste Exato de Fisher foi utilizado para avaliar possíveis associações entre o polimorfismo dos sistemas HPA -1, -3 e -5 e a progressão para fibrose, utilizando um nível de significância de 5%. Não houve desvio do equilíbrio... / To evaluate the associations of Human Platelet Antigen (HPA) polymorphisms -1, -3 and -5 with HIV/HCV coinfection. In this study were included 60 HIV/HCV-coinfected patients from the Sao Paulo State health service centers. Data reported by Verdichio-Moraes et al (2009) were used as the non-infected and HCV monoinfected groups to evaluate the association of HPA -1, -3 and -5 in HIV/VHC coinfected patients. HPA genotyping was performed in 60 HIV/HCV coinfected patients by PCR-SSP or PCR-RFLP. HIV subtyping and HCV genotyping was performed by RT-PCR followed sequencing. The data analyses were performed using the c2 test or Fisher’s Exact Test and the logistic regression model. HIV/HCV coinfected patients presented HCV either genotype 1 (78.3%) or non-1 (21.7%) and HIV either subtype B (85.0%) or non-B (15%). The HPA-1a/1b genotype was more frequent (p<0.05) in HIV/HCV coinfection than in HCV monoinfection and the allelic frequency of HPA-5b in the HIV/HCV coinfected patients was lower (P<0.05) than in HCV monoinfected cases and non-infected individuals. These data suggest that HIV presence may have influenced the interaction of HCV with platelets. On the other hand, HPA-5a/5b was more frequent (p<0.05) in HIV/HCV coinfected and HCV monoinfected groups than in the non-infected individuals, suggesting that this platelet genotype is related to HCV infection, regardless of HIV presence. Results suggest that the HPA profile in HIV/HCV coinfected individuals differs from the one of both HCV monoinfected and non-infected population. So, the HPA polymorphism can be a genetic marker associated with HIV/HCV coinfection

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:14:38Z : No. of bitstreams: 1 jardim_acg_me_sjrp.pdf: 3983929 bytes, checksum: 587fc4359397e3ed6de6922651160d80 (MD5) / O HCV é uma das maiores causas de doença do fígado, sendo estimado que mais de 2% da população mundial está infectada. Este vírus possui um genoma de RNA (+) fita simples, que devido à falta de atividade corretiva da polimerase viral apresenta variabilidade genética em vários níveis: genótipos, subtipos e quasispecies. O genótipo 1 é o mais prevalente no Brasil e no mundo, sendo preditivo de uma baixa resposta à terapia antiviral, que atualmente é baseada na administração de PEG-IFN e ribavirina. A variabilidade genética da região viral NS5A tem sido relacionada à sensibilidade ou resistência ao IFN. Este estudo teve como objetivo investigar se a possível relação entre a composição de quasispecies da NS5A e a resposta ao tratamento. Foram selecionados 12 pacientes, sendo 4 respondedores (R), 4 não respondedores (NR) e 4 respondedores ao final do tratamento (RFT). As amostras pré-tratamento destes pacientes foram amplificadas, clonadas e seqüenciadas, resultando em 165 seqüências da NS5A completa. Estas seqüências foram alinhadas, editadas e a construção da topologia da árvore filogenética foi realizada. A NS5A e suas regiões específicas CRS, PKR-binding, ISDR, NLS e V3 foram analisadas quanto às substituições e o grau de variabilidade genético. O grupo de pacientes RFT apresentou uma maior taxa de substituições sinônimas em relação aos demais grupos. Uma maior quantidade de mutações foi observada na região downstream à ISDR, principalmente na região V3. Nenhum sítio específico de mutação foi relacionado a um tipo particular de resposta, e não houve agrupamento filogenético das quasispecies de acordo com o tipo de resposta. Estes resultados sugerem que o número de mutações não é suficiente para predizer a sensibilidade ou resistência à terapia baseada em IFN, sendo necessário avaliar se estas mutações conservaram ou não as propriedades químicas dos aminoácidos. / Hepatitis C virus (HCV) is major causes of liver desease and about 2% of world s population are infected. This virus is a single strain RNA genome of approximately 9.6 kb. Genetics variability of HCV exists at several different levels: genotypes, subtypes and quasispecies. The high mutation rates are related to the low fidelity of viral RNA polymerase. Genotype 1 HCV is the most prevalent in Brazil, as well as worldwide. Genotypes 1a and 1b are predictive of lower sustained virological response in peginterferon (PEG-IFN) plus ribavirin combination therapy. Genetic variability of viral NS5A has been related to IFN sensibility or resistance. To evaluate whether HCV NS5A quasispecies composition are related to responsiveness to combined PEG-IFN and ribavirin therapy, this study analyzed before treatment sample of 12 treated patients (4 sustained responders - SR, 4 non responders - NR and 4 end of treatment responder - ETR). Samples were amplified, cloned and sequenced, resulting in 165 sequences of complete NS5A. Sequences were aligned, edited and phylogenetical tree was constructed. Mutations and mean of genetic distance were analyzed to NS5A and specific regions CRS, PKR-binding, ISDR, NLS and V3. The number of synonymous substitutions per synonymous sites was higher in ETR patients than in other patient groups. Mutations were more common downstream ISDR, mainly concentrated in V3 domain. No single amino acid position or motif was associated with different responses to therapy in any NS5A regions analyzed and phylogenetic analysis did not show clustering of nucleotide sequences of viral isolates from SR, NR or ETR. These results suggest that number of mutations is not sufficient to predict sensibility or resistance to IFN based therapy. Other studies are necessary to evaluate whether chemical characteristics of amino acids were altered for the mutations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-10-31Bitstream added on 2014-06-13T19:42:36Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_cv_dr_botfm.pdf: 2462204 bytes, checksum: bf6acbc03c3d248fcd9de1fca161f313 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os objetivos desse estudo foram conhecer a prevalência da infecção pelo virus da hepatite C (VHC) em amostras populacionais do Estado de São Paulo e identificar fatores de risco (FR) para a infecção pelo VHC. Posteriormente correlacionamos a prevalência da infecção com índices socioeconômicos da população de cada município estudado através da técnica de geoprocessamento. Na metodologia foram aplicados testes rosológicos rápidos pela técnica de imunocromatografia, posteriormente confirmados pelo teste ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) para o anti-VHC e coletadas informações referentes a um protocolo epidemiológico, constando de dados antropométricos e fatores de risco para o VHC. Foram realizados testes para pesquisa do RNA (àcido Ribonucléico) do VHC nos casos positivos. No total 17 municípios foram inseridos no estudo, compondo uma amostra de 3153 pessoas. O referido estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética Paulista (UNESP). Nas variáveis contínuas utilizou-se estatística descritiva. Utilizou-se testes de associação (Qui quadrado e teste exato de Fisher) e análise de regressão logística univariada e multivariada. O poder amostral foi 92%. A população estudada talvez possa ser considerada de baixo risco (99,3% apresentavam 4 ou menos fatores de risco (FR) e 26,5% não apresentaram nenhum FR identificado). A prevaLência de testes rápidos positivos foi de 0,7% (22/3153), havendo uma concordência de 100% com o teste ELISA. Em todos os casos positivos foram realizados RNA e genotipagem, sendo 21 dos 22 casos detectados RNA positivos. Genótipo 1 esteve presente em 66,6% (14/21) e genótipo 3 em 33,3% (7/21) dos casos. Idade média 43,9 anos, peso médio 71,3 kg, IMC (Índice de Massa Corpórea) de 26,1 e altura de 1,67 cm foram encontrados na amostra total. As... / the goals of this study were to determine the prevalence of hepatitis virus (HCV) infection in the studied sample, identify risk factors (RF) for HCV infection. Later correlated the prevalence of infection with demographics factors of each city studied using the tecnique of geoprocessing. In the methodology were applied rapid serological tests by immunochromatography technique, later confirmed by ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) test for anti-HCV, and collected information from an epidemiological protocol, consisting of anthropometric data and RF for HCV. Tests were conducted to study the HCV RNA (ribonucleic acid) in the positive cases. In total 17 ciites were enrolled in the study, a sample of 3153 persons. The study was approved by the Ethics Committee. Descriptive statistics was used for continuous variables, such as mean, standard desviation, median and extreme values. In order to evaluate the association between HCV positivity with categorical variables, the chi-square and Fishers´s exact test were used, and association was considered to be significant when the p-value was <0,05. Univariate and multivariate logistic regression was used to analyze the variables that influenced anti-HCV positivity. The stepwise procedure was performed, and SAS for Windows (Statistical Analysis System), version 9.2 (SAS Institute Inc, USA) was used. The sampling power was considered 92%. The study population might be considered low risk (99.3% had 4 or fewe RF and 26.5% showed no identified RF). The prevalence of positive rapid tests was 0.7% (22/3153), with a 100% agreement with the ELISA test. In all positive cases were performed genotyping and RNA, with 21 of the 22 positive cases detected RNA. Genotype 1 was present in 66.6% (14/21) and genotype 3 in 33.3% (7/21) of cases. Mean age 43.9 years, mean weight... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-24Bitstream added on 2014-06-13T19:21:44Z : No. of bitstreams: 1 oliva_cb_dr_sjrp.pdf: 1844534 bytes, checksum: 40948c5116118b7b10a75b5b44e849cc (MD5) / A Hepatite C é uma doença presente em todo o mundo. O vírus da Hepatite C (HCV), o agente etiológico dessa doença, é um vírus de RNA de fita simples positiva. Seu genoma codifica uma única poliproteína precursora que após processamento origina dez proteínas virais. A NS5A, uma das proteínas virais não estruturais, esta associada com a resposta ao tratamento baseado em Interferon, tratamento aprovado para Hepatite C no Brazil.O HCV tem uma alta taxa de mutação levando a uma alta variabilidade, fator importante para a evasão da resposta imune e a resposta ao tratamento. O objetivo deste trabalho foi analisar a evolução das quasiespécies antes, durante e após o tratamento em pacientes infectados com HCV genótipo 3a que apresentaram diferentes respostas ao tratamento. O RNA viral foi extraído, o cDNA sintetizado, a região NS5A amplificada e clonada e 15 clones de cada ponto de coleta foram seqüenciados. As sequências foram analisadas com relação a história evolutiva, diversidade genética e seleção. Nossas análises mostram que a população viral que persiste após o tratamento na maioria dos pacientes não respondedores está presente em amostras pré-tratamento sugerindo uma aptidão para evadir o tratamento. Ainda a maioria das amostras pré-tratamento de pacientes respondedores ao final do tratamento ou não apresentou a população encontrada nas amostras pós-tratamento ou apresentou em menor freqüência. As exceções ilustram a característica única do processo evolutivo e conseqüentemente o processo de resistência ao tratamento em cada paciente. A evolução do vírus da Hepatite C ao longo do tratamento aparenta ser o resultado de uma relação evolutiva única entre as cepas virais e cada hospedeiro humano, levando a persistência do vírus ou a resposta ao tratamento / Hepatitis C is a disease spread throughout the world. Hepatitis C virus (HCV), the etiological agent of this disease, is a single-stranded positive RNA virus. Its genome encodes a single precursor protein that yields ten proteins after processing. NS5A, one of the non-structural viral proteins, is most associated with interferon-based therapy response, the approved treatment for hepatitis C in Brazil. HCV has a high mutation rate and therefore high variability, which may be important for evading the immune system and response to therapy. The aim of this study was to analyze the evolution of NS5A quasispecies before, during, and after treatment in patients infected with HCV genotype 3a who presented different therapy responses.Viral RNA was extracted, cDNA was synthesized, the NS5A region was amplified and cloned, and 15 clones from each time-point were sequenced. The sequences were analyzed for evolutionary history, genetic diversity and selection. Our analysis shows that the viral population that persists after treatment for most non-response patients are is present in before-treatment samples, suggesting it is fitted to evasion of treatment. Accordingly, most before-treatment samples from end-of-treatment response patients either did not show the population found after the relapse or showed it in low abundance. The exceptions illustrate the uniqueness of the evolutionary process, and therefore the treatment resistance process, in each patient.Hepatitis C virus evolution throughout treatment appears to be the result of a unique evolutionary relationship between viral strains and each human host, leading to either persistence or clearance

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-19Bitstream added on 2014-06-13T19:22:11Z : No. of bitstreams: 1 kenfe_fr_dr_arafcf.pdf: 3010421 bytes, checksum: 0c72cd8f3fb09b23c23aaa33651ce816 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O vírus da hepatite C (VHC) é um vírus envelopado com cerca de 50 a 70 nm de diâmetro, fita positiva de RNA e pertence ao gênero do Hepacivirus e à família Flaviridae. A detecção e quantificação do antígeno do core, proteína do nucleocapsídeo do VHC tem obtido sucesso em muitos ensaios, sendo considerado um marcador da replicação viral, por apresentar uma sequencia de aminoácidos altamente conservada, o que lhe confere alta sensibilidade e especificidade. A proteína E2 é uma glicoproteína de envelope do VHC com 11 sítios de glicosilação e a maioria deles estão bem conservados, tornando-a um alvo antigênico. O objetivo deste estudo foi o de desenvolver métodos diagnósticos para o VHC de alta sensibilidade, baixo custo e que pudessem ser utilizados na triagem sorológica. As regiões genômicas que codificam as proteínas core (parcial 136 aa) e E2 do VHC foram expressas em E. coli da linhagem Rosetta e clonadas no vetor de expressão pET-42a e induzidas por IPTG 0,4mM, produzindo proteínas recombinantes fusionadas a proteína GST (glutationa S-transferase), que foram então purificadas por cromatografia de afinidade. A imunorreatividade foi avaliada por Western Blot, Slot Blot e os métodos diagnósticos (ensaio imunoenzimático (ELISA) de captura, indireto, imunoblotting e imunocromatográfico) desenvolvidos e aprimorados. Os métodos desenvolvidos foram mais sensíveis e específicos utilizando a mistura das proteínas recombinantes fusionadas a GST (core + E2) / The hepatitis C virus (HCV) is an enveloped virus of about 50 to 70 nm in diameter, positive strand RNA, and belongs to the genus Hepacivirus and the family Flaviridae. The detection and quantification of the core antigen, HCV nucleocapsid protein, has been successful in many trials and is considered a marker of viral replication, since it presents a sequence of highly conserved amino acids, giving it high sensitivity and specificity. The E2 protein is an envelope glycoprotein of HCV with 11 glycosylation sites, most of these well-conserved, making it a target antigen. The aim of this study was to develop high sensitivity, low cost diagnostic methods for HCV which could be used for serological screening. The genomic regions encoding the core (part 136 aa) and E2 proteins of HCV were expressed in E. coli Rosetta strain, cloned in expression vector pET-42a, and induced with 0.4 mM IPTG, producing recombinant proteins fused to GST protein (glutathione S-transferase), which were then purified by affinity chromatography. The immunoreactivity was assessed by Western blot, Slot Blot and the developed and improved diagnostic methods (enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) capture and indirect, immunoblotting and immunochromatographic). The methods developed were more sensitive and specific using the mixture of the recombinant proteins fused to GST (core + E2)

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-30Bitstream added on 2015-04-09T12:47:20Z : No. of bitstreams: 1 000808994_20150530.pdf: 370146 bytes, checksum: b57ece1272febc6027177478678bf29b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:28Z: 000808994_20150530.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:00Z : No. of bitstreams: 1 000808994.pdf: 1388656 bytes, checksum: ff666b142c12af73f1f96183ae305879 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Embora novos medicamentos de ação direta anti-HCV tenham sido recentemente aprovados no mercado, com exceção do genótipo 1, a terapia mais utilizada ainda é baseada em Interferon (IFN) e Ribavirina. Desta forma, o genótipo 3 é o que apresenta mais baixa taxa de sucesso no tratamento, no atual cenário. Um dos fatores determinantes do insucesso deste tratamento no paciente é a variabilidade viral. O HCV apresenta alta taxa de mutação durante a replicação, implicando na produção de variantes intra-hospedeiro, denominadas quasispecies. A região hipervariável 1 (HVR1) da proteína do envelope é uma região de alta variabilidade do genoma viral. A detecção das quasispecies minoritárias pode ser realizada de forma confiável e eficiente por pirossequenciamento de alta cobertura (UPDS), técnica capaz de detectar variantes presentes em frequência <1% na população. Com base neste contexto, foram determinados quasispecies da HVR1-HCV de 14 pacientes infectados com o genótipo 3 do vírus, utilizando a técnica de UPDS. No total, 64.400 sequencias da HVR1 foram obtidas de amostras pré-tratamento. Destas, 27.398 sequências de alta qualidade foram filtradas e corrigidas. Valores de distância genética e entropia de Shannon não foram correlacionados a resposta ao tratamento. Estas sequências foram posteriormente submetidas a construção de redes median-joining e análise Bayesiana de estrutura populacional (BAPS). A análise identificou amostras com diferentes estruturas, desde altamente conservadas (apenas uma população de quasispecies) até altamente estratificadas (6 subpopulações). Este resultado foi condizente com a estrutura das redes median-joining. Várias mutações ao longo da HVR1 do mesmo paciente e algumas repetiram em pacientes do mesmo grupo de resposta. Quanto a avaliação de análise das sequências de aminoácidos, embora haja grande variação quanto a sequência e propriedades físico-químicas, pode-se ... / Hepatitis C is a major public health problem. New HCV antiviral drugs were released on market on 2010; however, excluding for genotype 1, the most used therapy used currently is still based on Interferon (IFN) and Ribavirin. Nowadays, genotype 3 is the one with the highest rate of treatment failure. Viral genome variability is one of the factors that lead in therapy failure. HCV presents a high mutability during replication course, implicating in arising of intra-host variants called quasispecies. The hypervariable region 1 (HVR1) from envelope protein presents as quasispecies and may be related to IFN therapy resistance. Resistant quasispecies may not represent majority of variants population in the host, therefore, in these cases traditional sequencing techniques are unable to detect. For detection of minority quasispecies, ultra-deep pyrosequencing (UPDS) is a reliable and efficient tool, being able to detect even variants with frequency <1% in the population. Regarding this issue, we determined HVR1 quasispecies from 14 patients infected with HCV genotype 3 using the UPDS approach. In total, 64,400 HVR1 sequences were obtained from pre-therapy sample. From these sequences, 27,398 ones with high quality were filtered. Genetic distance and Shannon entropy values were not related to therapy outcome. These sequences were analyzed using median-joining networks and Bayesian population structural analysis. These analysis identified samples with different structures, from high conserved (one sub-population) to high stratified ones (6 sub-populations). Networks analysis also confirmed this result. Mutations exclusive for a type of response of therapy were identified along HVR1. Amino acid sequences indicated that this region presents conserved structure, even if sequence and physical and chemicals properties seem flexible. Especially in turns and coils positions, this conservation seems notable. Potential epitopes positions are concentrated ...