Orientador: Claudio de Oliveira / Abstract: The coastal drainages of Southern and Southeastern Brazil are part of the Eastern basin, currently composed by different drainages. The large distribution area and variety of habitats along these drainages have a direct influence on the species diversity and their high level of endemism. However, this region has been suffered intense exploration and loss of habitat due to anthropic actions. The present study aimed to identify Operational Taxonomic Units (OTUs) of the Loricariidae and to delimit ecoregions through their distribution patterns. A total of 499 partial sequences of the mitochondrial COI gene were analyzed, belonging to 47 Loricariidae species. 58 OTUs were delimited along 31 drainages of Southeastern and Southern coastal revealing a previously unrecognized genetic diversity for some groups. The 31 drainages based on Parsimony Analysis of Endemicity (PAE), were divided in five groups, characterizing areas that are favorable to the delimitation of ecoregions. The Jacuí, Ribeira de Iguape and Paraíba do Sul rivers presented fairly exclusive faunas in relation to morphological and genetic patterns, being essential for preservation. The stream capture and paleoclimatic events are largely responsible for the distribution of the Loricariidae along the drainages. / Resumo: Os rios costeiros da região Sul e Sudeste do Brasil fazem parte do complexo hidrográfico da bacia do Leste, que abriga diferentes drenagens isoladas atualmente, entre as quais destacamse, na região Sul e Sudeste as do Paraíba do Sul, Ribeira de Iguape, Itajaí e Jacuí. A grande área de distribuição e variedade de habitats ao longo dessas drenagens têm influência direta na diversidade de espécies e no seu alto nível de endemismo. No entanto, essa região vem sofrendo intensa exploração e perda de habitas por ações antrópicas. Trabalhos de zoneamento dessa região vêm sendo realizados com o intuito de fornecer melhores dados para a sua preservação. Nesse sentido, o presente trabalho teve como objetivo identificar unidades taxonômicas operacionais (OTUs) da família Loricariidae e delimitar ecorregiões através de seus padrões de distribuição. Foram analisadas 499 sequências parciais do gene mitocondrial Citocromo c Oxidase subunidade I (COI), representantes de 47 espécies de Loricariidae e encontradas 58 OTUs distribuídas ao longo de 31 drenagens da região costeira Sul e Sudeste do Brasil, revelando uma diversidade genética antes não reconhecida para alguns grupos. As 31 drenagens, com base na Análise de Parcimônia de Endemismo (PAE), foram divididas em cinco grupos, caracterizando áreas propícias à delimitação de ecorregiões. As drenagens Jacuí, Ribeira de Iguape e Paraíba do Sul, apresentaram faunas bastante exclusivas em relação a padrões morfológicos e genéticos, sendo imprescin... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Chaylane Marques (chaylane.marques@ufpe.br) on 2015-03-12T18:50:13Z No. of bitstreams: 2 Billy_Manoel_dos_Santos.pdf: 1757421 bytes, checksum: fbd4f87a02c1c73851681e4a75d97970 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T18:50:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Billy_Manoel_dos_Santos.pdf: 1757421 bytes, checksum: fbd4f87a02c1c73851681e4a75d97970 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / A indústria alcooleira no Brasil perde anualmente vários milhares de reais devido a episódios de contaminação produzidos por bactérias. Além disso, outros milhares são gastos com o uso de antibióticos industriais para a contenção dessas contaminações. Infelizmente, não há ainda um catálogo completo de informações sobre todas as possíveis espécies bacterianas envolvidas na contaminação industrial, seus efeitos no processo e os fatores que levam a essas contaminações. Com a crescente demanda por fontes de energia renováveis, principalmente o etanol, grandes esforços têm sido feitos para aumentar a sua produção. Este trabalho tem como objetivo principal identificar as bactérias lácticas que entram no processo de fermentação alcoólica através do caldo de cana-de-açúcar com a utilização de ferramentas moleculares para uma rápida e eficiente identificação. Para foram realizadas coletas em quatro destilarias do Nordeste do Brasil durante a safra de 2007/2008. A identificação dos isolados foi realizada através da técnica ARDRA e pela análise do sequenciamento de DNA dos genes pheS e 16S. Os resultados obtidos mostram que os lactobacilos são os principais contaminantes do processo, com o Lactobacillus fermentum se destacando entre as demais. Também foi observado que entram no processo bactérias dos gene Weissella e Leuconostoc, com destaque para a W. confusa e o Leuc. mesenteroides que foram identificadas em três das destilarias estudadas. Além da identificação, os isolados de W. confusa e o Leuc. Mesenteroides foram tipados pelo REP-PCR com o primer (GTG)5. Os resultados mostraram que, além da diversidade de espécies bacterianas detectadas, existe uma diversidade de linhagens dessas duas principais espécies no processo. A espécie Leuc. mesenteroides tem sido apontada como contaminante em processo de fermentação alcoólica industrial, sendo algumas linhagens capazes de causar a formação de dextrana, podendo causar danos ao processo fermentativo. Desta forma se faz necessário trabalhos futuros com o fim de correlacionar os perfis destas espécies com possíveis danos à fermentação, para que com este conhecimento possa ser criadas novas estratégias de controle destes microorganismos.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Final Hugo.pdf: 1981769 bytes, checksum: 0f3cf22d17120d73b392f22413e85375 (MD5) Previous issue date: 2007-08-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The vulvovaginal candidiasis (VVC) it is one of the most frequent vaginal infections. The yeasts of the genus Candida are the etiologic agents of this infection, being Candida albicans the majority responsible. However, an increase has been verifying in the incidence of infections caused by other species ( C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis and C. krusei). With intention of presenting an inclination for the process of identification of Candida's five species, commonly isolated of the vulva and vagina, it was made the analysis of species - specific molecular markers for the region ITS1 -5.8S-ITS2, of the rDNA. The analysis of the nucleotides sequences of that region came quite conserved for the strains of a same species and, parallel, divergent among the species of the genus. The markers were translated in nucleotides segments, of the whic h it was possible to develop species -specific oligonucleotides technically proper, besides ranches enzymatic inter and intra -specific capable of to identify/differentiate Candida's species. A parallel analysis of the " fingerprint ", generated by simple PCR, it verified the inadequability of the use of the universal oligonucleotídeos ITS1, ITS2, ITS3 and ITS4 for the identification of those species. In a contrary way, the developed species -specific oligonucleotides came efficient corroborating, in practice, with the hypothesis presented in this work. Restriction enzymes selected for the differentiation of Candida's species they constitute an alternative to be explored hereafter, in experiments of PCR-RFLP. / A candidíase vulvovaginal (CVV) é uma das mais freqüentes infecções vaginais. As leveduras do gênero Candida são os agentes etiológicos desta infecção, sendo Candida albicans a responsável majoritária. Contudo, tem -se verificado um aumento na incidência de infecções causadas por outras espécies (C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis e C. krusei). Com intuito de apresentar um viés para o processo de identificação das cinco espécies de Candida, comumente isoladas da vulv a e vagina, foi feita a análise de marcadores moleculares espécie-específicos para a região ITS1-5.8S-ITS2, do rDNA. A análise das seqüências nucleotídicas dessa região apresentou-se bastante conservada para as cepas de uma mesma espécie e, paralelamente, divergente entre as espécies do gênero. Os marcadores se traduziram em segmentos nucleotídicos, dos quais foi possível dese nvolver oligonucleotídeos espécie-específicos tecnicamente apropiados, além de sítios enzimáticos inter e intraespecíficos capazes de identificar/diferenciar as espécies de Candida. Uma análise paralela do fingerprint , gerado por simples PCR, constatou a inadequabilidade do uso dos oligonucleotídeos universais ITS1, ITS2, ITS3 e ITS4 para a identificação dessas espécies. De forma contrária, os oligonucleotídeos espécie -específicos desenvolvidos apresentaram-se eficientes corroborando, na prática, com a hipótese apresentada neste trabalho . Enzimas de restrição selecionadas para a diferenciação das espécies de Candida constituem uma alternativa a ser explorada futuramente, em experimentos de PCR -RFLP.

Orientador: Reinaldo José Silva / Resumo: Trematódeos do gênero Synthesium infectam o intestino de diversas famílias de odontocetos em todo o mundo. No entanto, a identificação e o status taxonômico de Synthesium ainda são confusos e, principalmente, baseados em análises morfológicas. As informações genéticas ainda são excassas. O presente estudo teve como objetivo investigar a diversidade de parasitos intestinais do gênero Synthesium colhidos de diferentes odontocetos, através de comparações morfológicas e moleculares. Foram estudados parasitos de golfinhos encontrados mortos em praias ou acidentalmente capturados em redes de pesca de diferentes regiões. Durante a necropsia, o intestino delgado foi removido e armazenado a -20°C. Posteriormente, os intestinos foram abertos, lavados em água corrente sobre peneira de 150 μm e o conteúdo examinado sob estereomicroscópio. Os trematódeos encontrados foram fixados e preservados em etanol 70% para análises morfológicas e moleculares. Os trematódeos foram preparados em lâminas temporárias e as análises morfométricas diagnósticas foram feitas em um sistema computadorizado para análise de imagens. O DNA genômico dos trematódeos foi extraído e amplificado utilizando-se primers com alvo no DNA ribossomal (menor subunidade do DNA ribossomal - gene SSU - e região intergênica - ITS1) e DNA mitocondrial (nicotinamida dinucleotídeo dehidrogenase subunidade 3 - gene ND3 - e citocromo c oxidase subunidade I - gene COI). Os resultados morfológicos e moleculares apontam a existência de p... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

No Brasil, o cultivo de ameixeira tem atingido significativa importância econômica em termos de rentabilidade. Embora rentável, a cultura exige cuidados constantes em relação aos danos provocados por doenças. Entre elas, o \'amarelo\', causado por fitoplasmas, tem se mostrado como uma doença de relevância nos países produtores desta fruta. Em pomares comerciais localizados em Paranapanema-SP, foram observadas ameixeiras (Prunus salicina) exibindo sintomas típicos de \'amarelos\', caracterizados por superbrotamento de ramos, redução no comprimento de entrenós, além de amarelecimento, deformação e redução do limbo foliar. Com objetivo de identificar o fitoplasma e determinar o modelo de colonização do hospedeiro pelo patógeno foi desenvolvido o presente estudo. Para isto, em três pomares, foram amostradas plantas sintomáticas, assintomáticas e sadias, pertencentes às variedades Gulfblaze e Azteca. O DNA total foi extraído de folhas e ramos e usado em duplo PCR com os iniciadores R16mF2/mR1 e R16F2n/R2, visando a detecção do fitoplasma. Os resultados confirmaram a presença de fitoplasma pela amplificação de fragmentos de DNA de 1,2 kb do gene 16S rRNA. Os produtos de PCR gerados por dez isolados de fitoplasmas de cada variedade foram clonados e três clones de cada isolado foram sequenciados. Uma vez que nenhum polimorfismo foi encontrado, uma sequência consenso foi selecionada para cada isolado e um isolado foi escolhido como representativo para cada variedade. Estas sequências foram designadas por PlY-BR01 e PlY-BR02, com 1.246 pb, e depositadas no GenBank sob os números de acesso KF499086 e KF499087, respectivamente. A sequência do 16S rRNA do fitoplasma da ameixeira apresentou 100% de identidade com o fitoplasma representante do grupo 16SrI-B (AY265208). A análise de RFLP virtual e o cálculo do coeficiente de similaridade, permitiram classificar o fitoplasma da ameixeira no grupo 16SrI-B. A análise filogenética revelou que o mesmo está estritamente relacionado ao subgrupo 16SrI-B. No estudo da colonização das plantas pelo patógeno, amostras da copa e raiz foram coletadas mensalmente, durante um ano, de plantas infectadas das variedades Gulfblaze e Azteca. O DNA total foi extraído e submetido ao PCR em Tempo Real com os iniciadores UniRNAForward/UniRNAReverse, para quantificar o fitoplasma nos tecidos do hospedeiro. O fitoplasma foi detectado tanto em amostras de copa como de raiz, em todas as árvores infectadas de ambas as variedades. A concentração do mesmo nos tecidos vegetais variou de 5,77x105 a 1,93x109 e 6,18x105 a 3,92x109 N°cópias/100 ng de DNA total, na copa e na raiz, respectivamente. O experimento mostrou uma flutuação sazonal na concentração do fitoplasma, sendo as maiores concentrações encontradas no verão, embora o fitoplasma tenha permanecido na parte aérea do hospedeiro mesmo no período mais frio, que compreende a fase de dormência da planta. Com base nestes resultados, ficou evidente que as amostras retiradas da copa e coletadas durante o período mais quente do ano são as mais adequadas para os procedimentos de detecção do fitoplasma, visando confirmar a diagnose feita com base na sintomatologia. / In Brazil, the cultivation of plum trees has achieved significant economic importance in terms of profitability. Although profitable, the culture demands attention in relation to damages provoked by diseases. Among them, the \'yellow\', caused by phytoplasmas, is a relevant disease present in the plum producing countries. In commercial orchards located in Paranapanema-SP region, were observed plum trees (Prunus salicina) exhibiting typical symptoms of \'yellow\', characterized by intense shoot proliferation, shortened internodes, generalized yellowing, leaf malformation and small leaves. The present study was conducted in order to identify the phytoplasma associated with symptomatic plants and determine the pattern of host colonization by the pathogen. Therefore, were sampled symptomatic, asymptomatic and healthy plants of the varieties Gulfblaze and Azteca, grown in three commercial orchards. Total DNA was extracted from leaves and shoots and submitted to nested PCR primed with R16mF2/mR1 and R16F2n/R2, in order to detect phytoplasma. The results confirmed the presence of phytoplasma by amplification of DNA fragments of 1.2 kb from 16S rRNA gene. The PCR products generated by ten phytoplasma isolates of each variety were cloned and three clones of each isolate were sequenced. Since no polymorphism was found, a consensus sequence was selected for each isolate and an isolate was chosen as representative for each variety. These sequences were designated by PlYBR01 and PlY-BR02, with 1,246 bp, and deposited in GenBank under the accession numbers KF499086 and KF499087, respectively. The sequence of the 16S rRNA of the phytoplasma founded in plum trees showed 100% identity with the phytoplasma representative of 16SrI-B group (AY265208). The virtual RFLP analysis and the calculation of the similarity coefficient, allowed classify the phytoplasma present in plum trees as a member of 16SrI-B group. Phylogenetic analysis supported that this phytoplasma is closed related to the 16SrI-B subgroup. In the study about plant colonization, the samples from leaves, shoots and root were monthly collected, for one year, from the infected plants of the varieties Gulfblaze and Azteca. Total DNA was extracted and submitted to the Real Time PCR with primers UniRNAForward/UniRNAReverse, in order to quantify phytoplasma in host tissues. The phytoplasma was detected in both aerial parts and roots in all infected trees of the two varieties. The concentration of the pathogen in plant tissues ranged from 5.77 x105 to 1.93 x109 and 6.18 x105 to 3.92 x109 N°copies/100ng total DNA in aerial parts and roots, respectively. The experiment showed a seasonal fluctuation in the concentration of the phytoplasma in plants, with the highest concentrations found in summer, although the phytoplasma have remained in the shoots of the host even in the coldest period, comprising the dormant phase of the plant. Based on these results, it was evident that the samples collected from the aerial parts and during the hottest period of the year are the most appropriate for detection of phytoplasma to confirm the diagnosis based on symptomatology.

O Brasil, como país detentor da maior biodiversidade mundial de plantas, possui um importante papel no desenvolvimento de pesquisas que auxiliem ou viabilizem a identificação de sua diversidade vegetal, como o estudo de marcadores moleculares adequados a esta tarefa. Fabaceae, Lauraceae e Myrtaceae são as famílias mais importantes da Flora Brasileira por apresentarem grande diversidade de gêneros e espécies e serem consideradas de difícil identificação pela taxonomia tradicional. Tendo em vista o potencial do rbcL na identificação molecular de plantas, este trabalho propôs estudar a eficiência deste marcador em identificar gêneros e espécies das três principais famílias de árvores da Flora do Estado de São Paulo. Foi criado um banco de sequências de rbcL contendo 160 espécies, o qual foi testado quanto sua eficiência de identificação através de um teste cego contendo as sequências inteiras (maior que 400 pares de base) e as sequências de tamanho reduzido em 300, 200 e 100 pb. O teste cego também foi realizado no banco de sequências mundial Boldsystems. Para a análise dos resultados foi utilizado o programa BLAST que busca similaridades entre as sequências. Os resultados evidenciaram a viabilidade do método ao mostrar que o rbcL identificou 100% dos gêneros arbóreos de Fabaceae e Myrtaceae, porém não podemos dizer o mesmo para identificar gêneros de Lauraceae e nem em nível específico para qualquer uma das famílias, já o teste de identificação com as sequências reduzidas mostrou que a sequência de rbcL da espécie a ser analisada deve conter mais que 400 pares de base para não comprometer a correta identificação de gênero. / Brazil, as the country with the greatest biodiversity in the world, has an important role in the development of research to help or enables the identification of its plant diversity, such as the study of suitable molecular markers for this task. Fabaceae, Lauraceae and Myrtaceae are the most important families of the Brazilian Flora because they present a large diversity of genera and species and are considered difficult to identify by the traditional taxonomy. Considering the potential of rbcL in the molecular identification of plants, this work aims to study the efficiency of this marker in identifying genera and species of the three main tree families of São Paulo State\'s Flora. A rbcL sequence Bank containing 160 tree species was created in order to test its efficiency through a blind test with whole and reduced sequences using the BLAST program that searches for similarities between sequences. The blind identification test was also performed using the Boldsystems database. The results showed that the rbcL can´t be indicated to identify Lauraceae tree genera, but can be indicated to successfully identify tree genera of Fabaceae and Myrtaceae. The test identification with reduced sequences showed that the analized specie must have at least 400pb to not compromise the correct genera identification.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-06-09T11:31:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_IdentificacaoPortadorasMutacoes.pdf: 1748546 bytes, checksum: dcb49984318f2b4b158034c608be1490 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-06-12T14:08:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_IdentificacaoPortadorasMutacoes.pdf: 1748546 bytes, checksum: dcb49984318f2b4b158034c608be1490 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T14:08:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_IdentificacaoPortadorasMutacoes.pdf: 1748546 bytes, checksum: dcb49984318f2b4b158034c608be1490 (MD5) Previous issue date: 2017-02-01 / A hemofilia A é um distúrbio hereditário da coagulação, ligado ao cromossomo X, causado pela deficiência do Fator VIII (FVIII) da coagulação que se caracteriza por episódios de sangramentos espontâneos ou pós-traumáticos, que pode levar à incapacitação física por artropatia, até risco de morte. A deficiência do FVIII é causada por mutações no gene F8. O diagnóstico do estado de portadora do gene da hemofilia A é importante para a realização do aconselhamento genético, assim como para oferecer tratamento para portadoras sintomáticas. Na maioria dos casos, a mulher portadora desconhece este fato. Neste trabalho, pretendemos criar a metodologia necessária para identificação molecular de portadoras de hemofilia A, a partir da análise de 26 pacientes diagnosticados, cadastrados no Centro de Hemoterapia e Hematologia do Pará, e de seus parentes consanguíneos, prováveis portadores do alelo. O grupo controle foi constituído de 110 indivíduos do sexo masculino da população de Belém. A investigação foi baseada nas análises de seis STR (Short Tandem Repeats) localizados na região 3’ do final do gene F8: CTT3, TAAA3, TTTA3, DXS10011, DXS7423, GATA31E08. A utilização dos seis marcadores se mostrou útil tanto na identificação como na exclusão das portadoras, sendo que todas as portadoras obrigatórias foram identificadas. Este protocolo de identificação poderá ser utilizado rotineiramente para identificação das portadoras da hemofilia A, possibilitando o aconselhamento genético nessas mulheres. / Hemophilia A is an inherited X-linked bleeding disorder caused by a deficiency of coagulation FVIII, characterized by spontaneous or post-traumatic bleeding episodes, which can lead to physical incapacitation due to arthropathy and even death. The deficiency is the result of mutations on F8 gene. Diagnosis of Hemophilia A carrier status is important for genetic counseling as well as to provide treatment for symptomatic carriers, which, in most cases, are unaware of the fact. In this work, we intend to create the necessary methodology for the molecular identification of hemophilia A carriers, based on the analysis of 26 diagnosed patients, enrolled in the Centro de Hemoterapia e Hematologia do Pará, and their consanguineous relatives, likely carriers of the allele. The control group consisted of 110 males of the population of Belém. The research was based on analyzes of six STRs (Short Tandem Repeats) located in the 3' end region of the gene F8: CTT3, TAAA3, TTTA3, DXS10011, DXS7423, GATA31E08. The use of the six markers proved to be useful in the identification and in the exclusion of the carriers, and all the obligatory carriers were identified. This identification protocol can be routinely used to identify hemophilia A carriers and to provide genetic counseling in these women.

Orientador: Eduardo Bagagli / Resumo: Os dermatófitos são um grupo de fungos constituídos pelos gêneros Trichophyton, Epidermophyton e Microsporum que têm a habilidade de degradar a queratina. É por essa razão que podem colonizar a pele do homem e dos animais, embora também possam crescer no ambiente, geralmente em solos com restos de queratina. As características morfológicas permitem a identificação e classificação taxonômica das espécies, mas realizar um diagnóstico baseado nestas características pode levar a erros. As técnicas moleculares ajudam a realizar diagnósticos mais rápidos baseados em uma identificação molecular e também têm possibilitado importantes avanços quanto aos estudos filogenéticos, sendo as sequências ITS1-5.8S-ITS2 as mais utilizadas. No entanto, estes marcadores não são suficientes para identificar e elucidar todas as relações filogenéticas e taxonômicas dos dermatófitos devido à ampla variedade de espécies existentes, -sendo necessário novos marcadores genéticos, como o intein PRP8. Os inteins são elementos genéticos parasitas, de natureza proteica, presentes em alguns fungos e estão associados a importantes genes altamente conservados. Ointein PRP8 está localizado nogenePRP8 que codifica para a proteína PRP8 associada ao complexo do spliciosoma. O presente estudo visa caracterizar o intein PRP8 em fungos dermatófitos, de forma a empregar estes elementos genéticos como marcadores moleculares para uma correta identificação destas espécies e elucidações das relações filogenéticas do grupo.... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Dermatophytes are a fungal group composed by the genera Trichophyton, Epidermophyton and Microsporum with the ability to degrade keratin. That is why they can colonize the skin of man and animals, although they can also grow in the environment, usually in soils with remains of keratin. The morphological characteristics allow the identification and taxonomic classification of the species, but a diagnosis based on these characteristics is difficult. Molecular techniques made diagnoses based on molecular identification faster and made possible important advances in phylogenetic studies, with ITS1-5.8s-ITS2 sequences being the most used. However, these markers are not enough to elucidate all the phylogenetic relationships and taxonomic of dermatophytes due to the wide variety of existing species, and new genetic markers may be needed for correct identification and phylogenetic studies, such as the PRP8 intein. Inteins are parasitic genetic elements of a protein nature present in some fungi and are associated with important highly conserved genes. The PRP8 intein is located within the PRP8 gene coding for the PRP8 protein associated with the spliciosome complex. The present study aims to characterize the PRP8 intein in dermatophyte fungi, in order to use these genetic elements as molecular markers for a correct identification of these species and elucidations of the phylogenetic relationships of the group. To accomplish this goal, 45 strains were molecularly characterized using th... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T15:20:53Z No. of bitstreams: 1 DIOCRECIANO MATIAS BERO.pdf: 1601651 bytes, checksum: 383c1a12bee6df697cbcafb8f19017c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T15:20:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIOCRECIANO MATIAS BERO.pdf: 1601651 bytes, checksum: 383c1a12bee6df697cbcafb8f19017c7 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os enterovírus humanos (HEV) são espécies do gênero Enterovirus, família Picornaviridae. Existem cerca de 120 sorotipos de HEV que são divididos em quatro espécies, designadas de HEV-A a D. Estes agentes infectam anualmente, milhões de pessoas no mundo, resultando em uma grande variedade de quadros clínicos que vão desde infecções inaparentes à febres inespecíficas, resfriado comum, à doenças graves, tais como meningite e poliomielite paralítica. As crianças são mais susceptiveis à infecção. A transmissão ocorre tanto pela via entérica e por via respiratória. O vírus pode ser excretado nas fezes por várias semanas. Este estudo teve como objectivo isolar e identificar os sorotipos de HEVs circulantes, a partir de amostras de fezes de crianças menores de 15 anos de idade, com quadros compatíveis a infecção por esses agentes, no Hospital Geral de Mavalane na Cidade de Maputo, em Moçambique. Neste trabalho, foram utilizadas 178 amostras de fezes obtidas entre novembro de 2011 a fevereiro de 2012. As amostras foram inoculadas em culturas de células e os enterovírus isolados foram identificados através de metódos moleculares, nas amostras negativas foi pesquisado o adenovírus. Das 45 amostras positivas em cultivos celulares, os enterovírus foram isolados e identificados em 26 (14,6 %). A proporção sexo masculino e feminino foi de 1,8: 1. O isolamento dos enterovírus diminuiu à medida que a idade aumentou. O sequenciamento gênomico revelou uma grande diversidade de enterovírus humanos. Entre os 26 enterovírus isolados, o Echovírus 29 foi o agente mais identificado com 19,2 %, seguido pelo Enterovírus 99 (11,5%). Foram identificados também Coxsackievírus A5, Echovírus sorotipos 11, 13 e Enterovírus C com 7,7 % de cada ; Coxsackievírus sorotipos A10, A13, A20, B4 e B6 com 3,85 % cada; Echovírus sorotipos 7, 21 e 25, com 3,85 % cada um, e Poliovírus sorotipos 2 e 3 com 3,85 %, respectivamente. Adenovírus foram isolados em 20 amostras, representando 11,2 % do total (20/178). Duas amostras apresentaram co-infecção enterovírus/adenovírus. Os resultados deste trabalho evidenciam a circulação de uma grande diversidade enterovírus humanos na cidade de Maputo, sendo os echovírus mais frequentes, mas também mostra a circulação de adenovírus humanos. Outros testes laboratoriais seriam necessários, para se relacionar inequivocamente a participação desses agentes virais na etiologia dos quadros clínicos observados. / The human enteroviruses (HEV) are species of the genus Enterovirus, family Picornaviridae. There are about 120 serotypes of HEV divided into four species, designated HEV- A to D. These agents infect millions of people worldwide each year, resulting in a wide variety of clinical conditions ranging from unapparent infection, undifferentiated fevers, and common cold to serious diseases such as meningitis and paralytic poliomyelitis. Children are more susceptible to infection. Transmission occurs by the fecal-oral and respiratory tract. The virus can be excreted in the feces for several weeks. The aim of this study was to isolate and identify human enteroviruses from stool samples of children less than 15 years of age presenting enterovirus compatible symptoms in Mavalane General Hospital in Maputo City, Mozambique. In this study, we used 178 stool samples from children under 15 years of age, obtained from November, 2011 to February, 2012. Samples were inoculated onto cell culture and the enterovirus isolates were identified by molecular methods, the negative samples was screened adenovirus. Twenty-six out of the 45 cell-culture positive samples were constituted by enteroviruses (14.6 %). The ratio between male and female was 1.8:1. Isolation of enterovirus decreases as the age increased. The genomic sequencing showed a diversity of human entrovirus. Among the 26 isolates, Echovirus serotype 29 was the most identified with 19.2 %; Coxsackievirus 99 was identified in 11.5 %, while Coxsackievirus A5, Echovirus serotypes 11, 13 and Enterovirus C, were identified in 7.7 % each. Coxsackievirus serotypes A10, A13, A20, B4 and B6 were present in 3.85 % each; Echovirus serotypes 7, 21 and 25, at 3.85 %, and poliovirus serotypes 2 and 3 in 3.85 %, respectively. Adenoviruses were isolated from 20 samples, 11.2 % (20/178). Two samples showed were co-infected with both enterovirus and adenoviruses. The results of this study showed a great diversity of enterovirus serotypes in the city of Maputo and echovirus was the most prevalent enterovirus found. We also showed the circulation of adenoviruses. However other laboratorial tests would be necessary in order to unequivocally correlate the participation of these viral agents in the etiology of the observed clinical findings.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4439.pdf: 2006623 bytes, checksum: 21bda32fc532bf7d57753bbd03222990 (MD5) Previous issue date: 2012-04-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Roads generate a large ecological impact to wildlife by raising barriers among ranges of species originally continuous and for causing road-kills. After road-killing, a morphological identification becomes impossible for the loss of diagnostic features, especially in the case of small vertebrates. Use of molecular tools for identification is an alternative that has shown successful results, especially when looking towards the species level. We identified samples from animals road-killed, collected on Guilherme Scatena road, through the use of DNA barcode markers, contributing to the local biodiversity knowledge. Another objective was to know the places that have a higher incidence of road kill and the type of landscape coverage in them. During 20 weeks we collected 123 vertebrates: six mammals (5% of total), 30 birds (24%), 38 amphibians (30%) and 49 reptiles (40%), which meant an average of 0.051 animals/Km road-killed. Through morphological characteristics and molecular (mitochondrial genes cox1 and 16S) we identified 111 samples until species status. Analyses among taxonomic classes showed significant differences, confirming that the effects of roads on biodiversity are taxon-specific. We found 19 different types of landscape around the road, being the most common farm buildings and pasture, showing the strong anthropic pressure on environments of this region. The results shown in this study are intended to be an important basis for planning future actions that provide the best management of this area rich in endemic biodiversity of the Brazilian cerrado, as well as mitigation measures to lessen the impact caused by the road. / As estradas geram um grande impacto ecológico à fauna por criar barreiras que separam áreas originalmente contínuas da distribuição das espécies e por ocasionar atropelamentos. Após os atropelamentos, a identificação morfológica dos animais tornase impossível pela perda de caracteres diagnósticos, sobretudo, nos vertebrados pequenos. A utilização de ferramentas moleculares para a identificação é uma alternativa que tem apresentado resultados bem sucedidos, principalmente quando se pretende conhecer a espécie. Neste contexto, o presente trabalho identificou as amostras de animais mortos por atropelamentos, coletados na estrada Guilherme Scatena, mediante o uso de marcadores de DNA barcode, contribuindo assim para o conhecimento da biodiversidade local. Também foi objetivo do mesmo conhecer os locais de maior incidência de atropelamentos e o tipo de coberturas da paisagem desses. Durante 20 semanas de coleta foram encontrados 123 vertebrados: seis mamíferos (5% do total); 30 aves (24%); 38 anfíbios (30%) e 49 répteis (40%), para uma média de atropelamentos de 0,051 animais/Km. Por meio de caraterísticas morfológicas e moleculares (genes mitocondriais cox1 e 16S) foi possível identificar o status de espécie de 111 amostras do total coletado. As análises realizadas entre classes taxonômicas mostraram diferenças significativas, corroborando que os efeitos das estradas sobre a biodiversidade são táxon-específico. Foram encontrados 19 tipos diferentes de cobertura da paisagem em torno da estrada, sendo mais comuns as construções rurais e as pastagens, evidenciando a forte pressão antrópica sobre os ambientes naturais desta região. Os resultados mostrados neste trabalho pretendem ser uma base importante para o planejamento de ações futuras que prevejam o melhor manejo desta região rica em biodiversidade endêmica do cerrado brasileiro, assim como medidas mitigatórias para diminuir o impacto da estrada.