Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-06T18:40:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-BillySantos.pdf: 1715330 bytes, checksum: 928f73e06e0a832aee3a63d319146b43 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T18:40:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-BillySantos.pdf: 1715330 bytes, checksum: 928f73e06e0a832aee3a63d319146b43 (MD5) Previous issue date: 2012 / A indústria alcooleira no Brasil perde anualmente vários milhares de reais devido a episódios de contaminação produzidos por bactérias. Além disso, outros milhares são gastos com o uso de antibióticos industriais para a contenção dessas contaminações. Infelizmente, não há ainda um catálogo completo de informações sobre todas as possíveis espécies bacterianas envolvidas na contaminação industrial, seus efeitos no processo e os fatores que levam a essas contaminações. Com a crescente demanda por fontes de energia renováveis, principalmente o etanol, grandes esforços têm sido feitos para aumentar a sua produção. Este trabalho tem como objetivo principal identificar as bactérias lácticas que entram no processo de fermentação alcoólica através do caldo de cana-de-açúcar com a utilização de ferramentas moleculares para uma rápida e eficiente identificação. Para foram realizadas coletas em quatro destilarias do Nordeste do Brasil durante a safra de 2007/2008. A identificação dos isolados foi realizada através da técnica ARDRA e pela análise do sequenciamento de DNA dos genes pheS e 16S. Os resultados obtidos mostram que os lactobacilos são os principais contaminantes do processo, com o Lactobacillus fermentumse destacando entre as demais. Também foi observado que entram no processo bactérias dos gene Weissella eLeuconostoc, com destaque para a W. confusa e o Leuc. mesenteroides que foram identificadas em três das destilarias estudadas. Além da identificação, os isolados de W. confusa e o Leuc. Mesenteroidesforam tipados pelo REP-PCR com o primer(GTG)5. Os resultados mostraram que, além da diversidade de espécies bacterianas detectadas, existe uma diversidade de linhagens dessas duas principais espécies no processo. A espécie Leuc. mesenteroides tem sido apontada como contaminante em processo de fermentação alcoólica industrial, sendo algumas linhagens capazes de causar a formação de dextrana, podendo causar danos ao processo fermentativo. Desta forma se faz necessário trabalhos futuros com o fim de correlacionar os perfis destas espécies com possíveis danos à fermentação, para que com este conhecimento possa ser criadas novas estratégias de controle destes microorganismos. / The alcohol industry in Brazil loses several thousand dollars each year due to episodes of contamination produced by bacteria. In addition, thousands more are spent on the industrial use of antibiotics to contain these contaminants. Unfortunately, there is still no complete catalog of all possible information about bacterial species involved in industrial pollution, its effects on the process and the factors that lead to these contaminants. With the growing demand for renewable energy sources, especially ethanol, great efforts have been made to increase production. This work has as main objective to identify lactic acid bacteria that enter the process of fermentation through thejuicesugarcane with the use of molecular tools for rapid and efficient identification. For this, samples were taken at four distilleries in northeastern Brazil during the harvest of 2007/2008. The identification of isolates was performed using the ARDRA technique and analysis of DNA sequencing of the pheSand 16S genes. The results show that lactobacilli are the main contaminants of the process with Lactobacillus fermentumstood out among the others. We also observed that bacteria enter the process of genus Weissellaand Leuconostoc, with emphasis on the W. confusedand Leuc. mesenteroidesthat were identified in three distilleries studied. Besides identification, the isolates of W. confusaand Leuc. mesenteroideswere typed by rep-PCR with the primer (GTG)5. The results showed that, in addition to the variety of bacterial species found, there are several lines of these two major species in the process. The species Leuc. mesenteroideshas been identified as a contaminant in industrial fermentation process, some strains can cause the formation of dextran, causing damage to the process. Thus further work is required in order to correlate the profiles of these species with possible damage to the fermentation, so that this knowledge can be created new control strategies such microorganisms.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-01-27T16:27:50Z No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-28T11:43:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-28T11:43:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Candida species are associated with clinical manifestations that can characterize from superficial infections up to systemic involvement. Non-albicans species are considered emerging, and Candida parapsilosis is the main etiological agent in several casuistics. The secondary alcohol dehydrogenase (SADH) gene amplification and restriction fragment analysis by enzyme digestion BanI allows differentiation of C. parapsilosis in a species complex formed by C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis and C. metapsilosis that may present behaviors different virulence and response to antifungal agents. Thus, this study aims to identify the species of the C. parapsilosis complex, obtained from mycology collection of the Mycology Laboratory of the Institute of Tropical Pathology and Public Health, Federal University of Goiás, using molecular methods, as well as the characterization of factors virulence and in vitro susceptibility to different antifungal agents. For the distinction between the species, was performed a polymerase chain reaction followed by digestion with restriction enzyme BanI. After the identification of 87 isolates from blood (54) and nails (33), the determination of virulence factors such as proteases, esterase, phospholipase, hemolysins, adhesion, biofilm formation and switching phenomenon were performed. The profile of in vitro susceptibility to amphotericin B, fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole and caspofungin were performed using the Etest® method. The results showed that C. parapsilosis sensu stricto is the most common in our region (78), followed by C.orthopsilosis (5) C. metapsilosis (4). There was no difference between the behavior of virulence by the three species, but noted that there is divergence in the susceptibility to antifungal agents. Isolates of C. parapsilosis sensu stricto were less susceptible to amphotericin B, itraconazole and caspofungin compared with the susceptibility patterns of C. orthopsilosis and C. metapsilosis. A percentage of 10.2% of the isolates of C. parapsilosis sensu stricto no were susceptible to caspofungin. This paper reports the first identification of species of the C. parapsilosis complex in the state of Goiás, Brazil, and shows the importance of determining antifungal susceptibility to appropriate therapy. / As espécies do gênero Candida estão relacionadas com manifestações clínicas que podem caracterizar desde infecções superficiais até um acometimento sistêmico. Espécies não-albicans, são consideradas emergentes, sendo que Candida parapsilosis é o principal agente etiológico em várias casuísticas. A amplificação do gene Secondary Alcohol Dehydrogenase (SADH) e a análise dos fragmentos de restrição pela enzima de digestão BanI, permite a diferenciação de C. parapsilosis em um complexo de espécies formado pela C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis e C. metapsilosis, que podem apresentar comportamentos diferentes de virulência e resposta aos antifúngicos. Deste modo, este trabalho se propõe a identificar as espécies pertencentes ao complexo C. parapsilosis, obtidas da micoteca do Laboratório de Micologia do Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública da Universidade Federal de Goiás, usando métodos moleculares, bem como a caracterização dos fatores de virulência, e perfil de suscetibilidade in vitro a diferentes agentes antifúngicos. Para a distinção entre as espécies foi realizado a reação em cadeia da polimerase (PCR) seguido de digestão pela enzima de restrição BanI. Após a identificação de 87 isolados obtidos de sangue (54) e de unhas (33), foi realizada a determinação dos fatores de virulência como proteinases, esterase, fosfolipase, hemolisinas, aderência, formação de biofilme e fenômeno switching. O perfil de suscetibilidade a anfotericina B, fluconazol, itraconazol, voriconazol, posaconazol e caspofungina foi realizado usando-se o método de Etest®. Os resultados mostraram que C. parapsilosis sensu stricto é a mais frequente na nossa região (78), seguido de C. orthopsilosis (5) e C. metapsilosis (4). Não se verificou diferença entre o comportamento de virulência pelas três espécies, mas foi observado que há divergência na suscetibilidade aos agentes antifúngicos. Isolados de C. parapsilosis sensu stricto foram menos suscetíveis a anfotericina B, itraconazol e caspofungina quando comparados com os padrões de suscetibilidade de C. orthopsilosis e C. metapsilosis. Um percentual de 10,2% dos isolados de C. parapsilosis sensu stricto apresentaram-se não suscetíveis a caspofungina. Este trabalho relata pela primeira vez a identificação de espécies do complexo C. parapsilosis no estado de Goiás, Brasil, e mostra a importância de determinação de suscetibilidade antifúngica para uma terapia adequada.

O Brasil, como país detentor da maior biodiversidade mundial de plantas, possui um importante papel no desenvolvimento de pesquisas que auxiliem ou viabilizem a identificação de sua diversidade vegetal, como o estudo de marcadores moleculares adequados a esta tarefa. Fabaceae, Lauraceae e Myrtaceae são as famílias mais importantes da Flora Brasileira por apresentarem grande diversidade de gêneros e espécies e serem consideradas de difícil identificação pela taxonomia tradicional. Tendo em vista o potencial do rbcL na identificação molecular de plantas, este trabalho propôs estudar a eficiência deste marcador em identificar gêneros e espécies das três principais famílias de árvores da Flora do Estado de São Paulo. Foi criado um banco de sequências de rbcL contendo 160 espécies, o qual foi testado quanto sua eficiência de identificação através de um teste cego contendo as sequências inteiras (maior que 400 pares de base) e as sequências de tamanho reduzido em 300, 200 e 100 pb. O teste cego também foi realizado no banco de sequências mundial Boldsystems. Para a análise dos resultados foi utilizado o programa BLAST que busca similaridades entre as sequências. Os resultados evidenciaram a viabilidade do método ao mostrar que o rbcL identificou 100% dos gêneros arbóreos de Fabaceae e Myrtaceae, porém não podemos dizer o mesmo para identificar gêneros de Lauraceae e nem em nível específico para qualquer uma das famílias, já o teste de identificação com as sequências reduzidas mostrou que a sequência de rbcL da espécie a ser analisada deve conter mais que 400 pares de base para não comprometer a correta identificação de gênero. / Brazil, as the country with the greatest biodiversity in the world, has an important role in the development of research to help or enables the identification of its plant diversity, such as the study of suitable molecular markers for this task. Fabaceae, Lauraceae and Myrtaceae are the most important families of the Brazilian Flora because they present a large diversity of genera and species and are considered difficult to identify by the traditional taxonomy. Considering the potential of rbcL in the molecular identification of plants, this work aims to study the efficiency of this marker in identifying genera and species of the three main tree families of São Paulo State\'s Flora. A rbcL sequence Bank containing 160 tree species was created in order to test its efficiency through a blind test with whole and reduced sequences using the BLAST program that searches for similarities between sequences. The blind identification test was also performed using the Boldsystems database. The results showed that the rbcL can´t be indicated to identify Lauraceae tree genera, but can be indicated to successfully identify tree genera of Fabaceae and Myrtaceae. The test identification with reduced sequences showed that the analized specie must have at least 400pb to not compromise the correct genera identification.

No Brasil, o cultivo de ameixeira tem atingido significativa importância econômica em termos de rentabilidade. Embora rentável, a cultura exige cuidados constantes em relação aos danos provocados por doenças. Entre elas, o \'amarelo\', causado por fitoplasmas, tem se mostrado como uma doença de relevância nos países produtores desta fruta. Em pomares comerciais localizados em Paranapanema-SP, foram observadas ameixeiras (Prunus salicina) exibindo sintomas típicos de \'amarelos\', caracterizados por superbrotamento de ramos, redução no comprimento de entrenós, além de amarelecimento, deformação e redução do limbo foliar. Com objetivo de identificar o fitoplasma e determinar o modelo de colonização do hospedeiro pelo patógeno foi desenvolvido o presente estudo. Para isto, em três pomares, foram amostradas plantas sintomáticas, assintomáticas e sadias, pertencentes às variedades Gulfblaze e Azteca. O DNA total foi extraído de folhas e ramos e usado em duplo PCR com os iniciadores R16mF2/mR1 e R16F2n/R2, visando a detecção do fitoplasma. Os resultados confirmaram a presença de fitoplasma pela amplificação de fragmentos de DNA de 1,2 kb do gene 16S rRNA. Os produtos de PCR gerados por dez isolados de fitoplasmas de cada variedade foram clonados e três clones de cada isolado foram sequenciados. Uma vez que nenhum polimorfismo foi encontrado, uma sequência consenso foi selecionada para cada isolado e um isolado foi escolhido como representativo para cada variedade. Estas sequências foram designadas por PlY-BR01 e PlY-BR02, com 1.246 pb, e depositadas no GenBank sob os números de acesso KF499086 e KF499087, respectivamente. A sequência do 16S rRNA do fitoplasma da ameixeira apresentou 100% de identidade com o fitoplasma representante do grupo 16SrI-B (AY265208). A análise de RFLP virtual e o cálculo do coeficiente de similaridade, permitiram classificar o fitoplasma da ameixeira no grupo 16SrI-B. A análise filogenética revelou que o mesmo está estritamente relacionado ao subgrupo 16SrI-B. No estudo da colonização das plantas pelo patógeno, amostras da copa e raiz foram coletadas mensalmente, durante um ano, de plantas infectadas das variedades Gulfblaze e Azteca. O DNA total foi extraído e submetido ao PCR em Tempo Real com os iniciadores UniRNAForward/UniRNAReverse, para quantificar o fitoplasma nos tecidos do hospedeiro. O fitoplasma foi detectado tanto em amostras de copa como de raiz, em todas as árvores infectadas de ambas as variedades. A concentração do mesmo nos tecidos vegetais variou de 5,77x105 a 1,93x109 e 6,18x105 a 3,92x109 N°cópias/100 ng de DNA total, na copa e na raiz, respectivamente. O experimento mostrou uma flutuação sazonal na concentração do fitoplasma, sendo as maiores concentrações encontradas no verão, embora o fitoplasma tenha permanecido na parte aérea do hospedeiro mesmo no período mais frio, que compreende a fase de dormência da planta. Com base nestes resultados, ficou evidente que as amostras retiradas da copa e coletadas durante o período mais quente do ano são as mais adequadas para os procedimentos de detecção do fitoplasma, visando confirmar a diagnose feita com base na sintomatologia. / In Brazil, the cultivation of plum trees has achieved significant economic importance in terms of profitability. Although profitable, the culture demands attention in relation to damages provoked by diseases. Among them, the \'yellow\', caused by phytoplasmas, is a relevant disease present in the plum producing countries. In commercial orchards located in Paranapanema-SP region, were observed plum trees (Prunus salicina) exhibiting typical symptoms of \'yellow\', characterized by intense shoot proliferation, shortened internodes, generalized yellowing, leaf malformation and small leaves. The present study was conducted in order to identify the phytoplasma associated with symptomatic plants and determine the pattern of host colonization by the pathogen. Therefore, were sampled symptomatic, asymptomatic and healthy plants of the varieties Gulfblaze and Azteca, grown in three commercial orchards. Total DNA was extracted from leaves and shoots and submitted to nested PCR primed with R16mF2/mR1 and R16F2n/R2, in order to detect phytoplasma. The results confirmed the presence of phytoplasma by amplification of DNA fragments of 1.2 kb from 16S rRNA gene. The PCR products generated by ten phytoplasma isolates of each variety were cloned and three clones of each isolate were sequenced. Since no polymorphism was found, a consensus sequence was selected for each isolate and an isolate was chosen as representative for each variety. These sequences were designated by PlYBR01 and PlY-BR02, with 1,246 bp, and deposited in GenBank under the accession numbers KF499086 and KF499087, respectively. The sequence of the 16S rRNA of the phytoplasma founded in plum trees showed 100% identity with the phytoplasma representative of 16SrI-B group (AY265208). The virtual RFLP analysis and the calculation of the similarity coefficient, allowed classify the phytoplasma present in plum trees as a member of 16SrI-B group. Phylogenetic analysis supported that this phytoplasma is closed related to the 16SrI-B subgroup. In the study about plant colonization, the samples from leaves, shoots and root were monthly collected, for one year, from the infected plants of the varieties Gulfblaze and Azteca. Total DNA was extracted and submitted to the Real Time PCR with primers UniRNAForward/UniRNAReverse, in order to quantify phytoplasma in host tissues. The phytoplasma was detected in both aerial parts and roots in all infected trees of the two varieties. The concentration of the pathogen in plant tissues ranged from 5.77 x105 to 1.93 x109 and 6.18 x105 to 3.92 x109 N°copies/100ng total DNA in aerial parts and roots, respectively. The experiment showed a seasonal fluctuation in the concentration of the phytoplasma in plants, with the highest concentrations found in summer, although the phytoplasma have remained in the shoots of the host even in the coldest period, comprising the dormant phase of the plant. Based on these results, it was evident that the samples collected from the aerial parts and during the hottest period of the year are the most appropriate for detection of phytoplasma to confirm the diagnosis based on symptomatology.

As microalgas são organismos unicelulares fotossintéticos que possuem estrutura celular eucariótica e podem apresentar-se em formas coloniais ou livres. Estes organismos vem sendo amplamente estudados para aplicação em biorremediação e em biorrefinarias. Seu potencial biotecnológico destaca-se na produção de biocombustíveis e bioprodutos, por apresentarem características como alta taxa de crescimento e alta capacidade de armazenamento de substâncias de reserva, como lipídios e amido. Coleções de recursos genéticos e programas de melhoramento, tem como pré-requisito a identificação e manutenção dos organismos em um estado metabólico inativo. Desta forma, dois marcadores moleculares, o gene cloroplastídeo rbcL e a região ITS2 do DNA ribossômico nuclear, foram utilizados como barcodes de DNA para identificação das cepas microalgais coletadas de águas continentais brasileiras, depositadas na Coleção de Microrganismos e Microalgas Aplicados à Agroenergia e Biorrefinarias da Embrapa. Para a manutenção dos recursos genéticos desta coleção em um estado metabólico inativo, aplicou-se o método de criopreservação aliado a estratégia de resfriamento lento, utilizando os compostos químicos metanol e dimetilsulfóxido (DMSO) como agentes crioprotetores. A região ITS2 pode ser amplificada e sequenciada com sucesso em 48 (94%) das amostras utilizando um par de primers universais disponíveis na literatura. Por outro lado, novos pares de primers tiveram que ser desenhados para o gene rbcL, o que possibilitou o sequenciamento de 49 (96%) das amostras. Uma diversidade média de nucleotídeos próxima foi observada entre as sequências de ITS2 (0.472) e rbcL (0.461), o que sugere um similar poder de discriminação de espécies. Porém, os resultados indicam que o ITS2 deve ser utilizado como marcador primário, e o rbcL como marcador auxiliar para a identificação de microalgas verdes. Os testes de criopreservação demonstraram que é possível empregar este método para manutenção de microalgas continentais brasileiras em estado metabólico inativo, utilizando DMSO em concentração de 10% como agente crioprotetor. / Microalgae are photosynthetic unicellular organisms that have eukaryotic cell structure and occur in colonial or free forms. These organisms have been widely studied in the application of bioremediation and in biorefineries. Their biotechnological potential stands out in the production of biofuels and bioproducts, because they have features like high growth rate and high storage capacity of reserve substances, such as lipids and starch. Collections of genetic resources and breeding programs have as a prerequisite the identification and the maintenance of the organisms in an inactive metabolic state. Thus, two molecular markers, the chloroplastid gene rbcL and the ITS2 region of the nuclear ribosomal DNA were used as DNA barcodes for identification of microalgal strains collected from Brazilian continental waters, deposited in Embrapa’s Collection of Microorganisms and Microalgae Applied to Agroenergy and Biorefineries. For the genetic resources maintenance in an inactive metabolic state, it was applied the cryopreservation method combined with a slow cooling strategy, using the chemical compounds methanol and dimethyl sulfoxide (DMSO) as cryoprotectans agents. The ITS2 region could be amplified and sequenced successfully in 48 (94%) of the samples using a pair of universal primers available in the literature. On the other hand, new sets of primers had to be designed for the rbcL gene, which allowed the sequencing of 49 (96%) of the samples. Similar levels of nucleotide diversity were observed among the ITS2 (0.472) and rbcL (0.461) sequences, suggesting a similar potential for taxa discrimination. However, the results indicates that the ITS2 should be used as a primary marker, and rbcL as an auxiliary marker for the identification of green microalgae. Cryopreservation tests showed that it is possible to use this method for maintaining Brazilian continental microalgae in an inactive metabolic state using DMSO in 10% concentration as a cryoprotectant agent.

Urophycis Gill, 1863 é um gênero de peixes marinhos demersais de médio porte, popularmente conhecidos como abróteas, distribuídos ao longo da costa do Atlântico Ocidental, do Canadá à Argentina. Atualmente são reconhecidas sete espécies válidas dentro deste gênero. Apesar de sua importância comercial, até então poucos estudos taxonômicos e biogeográficos haviam sido realizados com estas espécies. Três espécies foram descritas do Atlântico Sul ocidental: U. brasiliensis (Kaup, 1858), descrita de Motevideo, Uruguai, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 e Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, ambas descritas do Rio de Janeiro, Brasil. Urophycis mystacea é morfologicamente semelhante à U. cirrata (Goode & Bean, 1896), descrita do Golfo do México nos Estados Unidos, sendo frequentemente confundidas. Os objetivos desta contribuição foram (1) redescrever U. brasiliensis, e alocar U. latus como um sinônimo júnior ; (2) redescrever U. cirrata e alocar U. mystacea como um sinônimo júnior; (3) estabelecer diagnoses e mapas de distribuição atualizados para ambas espécies. Tecidos e exemplares foram obtidos com pescadores e em coleções científicas. Foram utilizados métodos tradicionais de morfologia para comparação dos exemplares, além de técnicas de identificação molecular utilizando o gene mitocondrial citocromo oxidase I (COI). Testes para a amplificação da região controle do DNA mitocondrial de U. brasiliensis foram realizados e discutidos. / Urophycis Gill, 1863 is a genus of marine, demersal, mid-sized fish, popularly known as codlings or hakes, and distributed along the the Western Atlantic coast, from Canada to Argentina. Seven species are currently recognized as valid within this genus. Despite its economical importance, a few taxomomic an biogeographic studies had been carried out with those species. Three species were described from western South Atlantic: U. brasiliensis (Kaup, 1858), described from Montevideo, Uruguay, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 and Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, both described from Rio de Janeiro, Brazil. Urophycis mystacea is morfologically similar to U. cirrata (Goode & Bean, 1896), described from Gulf of Mexico, USA, and these species are repeteadly confused. The objectives of this contributions were (1) redescribe U. brasilienis, placing U. latus as a junior synonym; (2) redescribe U. cirrata, placing U. mystacea as a junior synonym; (3) provide updated diagnosis and maps of distributions for both species. Tissues and specimens were obtained from fisherman and scientific collections. Traditional morphological methods were used to compare the specimens, besides molecular identification techniques using the mithocondrial gene citochrome c oxidadse I (COI). Testst for amplification of the DNA mitochondrial control region in U. brasiliensis were performed and discussed.

Urophycis Gill, 1863 é um gênero de peixes marinhos demersais de médio porte, popularmente conhecidos como abróteas, distribuídos ao longo da costa do Atlântico Ocidental, do Canadá à Argentina. Atualmente são reconhecidas sete espécies válidas dentro deste gênero. Apesar de sua importância comercial, até então poucos estudos taxonômicos e biogeográficos haviam sido realizados com estas espécies. Três espécies foram descritas do Atlântico Sul ocidental: U. brasiliensis (Kaup, 1858), descrita de Motevideo, Uruguai, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 e Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, ambas descritas do Rio de Janeiro, Brasil. Urophycis mystacea é morfologicamente semelhante à U. cirrata (Goode & Bean, 1896), descrita do Golfo do México nos Estados Unidos, sendo frequentemente confundidas. Os objetivos desta contribuição foram (1) redescrever U. brasiliensis, e alocar U. latus como um sinônimo júnior ; (2) redescrever U. cirrata e alocar U. mystacea como um sinônimo júnior; (3) estabelecer diagnoses e mapas de distribuição atualizados para ambas espécies. Tecidos e exemplares foram obtidos com pescadores e em coleções científicas. Foram utilizados métodos tradicionais de morfologia para comparação dos exemplares, além de técnicas de identificação molecular utilizando o gene mitocondrial citocromo oxidase I (COI). Testes para a amplificação da região controle do DNA mitocondrial de U. brasiliensis foram realizados e discutidos. / Urophycis Gill, 1863 is a genus of marine, demersal, mid-sized fish, popularly known as codlings or hakes, and distributed along the the Western Atlantic coast, from Canada to Argentina. Seven species are currently recognized as valid within this genus. Despite its economical importance, a few taxomomic an biogeographic studies had been carried out with those species. Three species were described from western South Atlantic: U. brasiliensis (Kaup, 1858), described from Montevideo, Uruguay, U. latus Miranda Ribeiro, 1903 and Urophycis mystacea Miranda Ribeiro, 1903, both described from Rio de Janeiro, Brazil. Urophycis mystacea is morfologically similar to U. cirrata (Goode & Bean, 1896), described from Gulf of Mexico, USA, and these species are repeteadly confused. The objectives of this contributions were (1) redescribe U. brasilienis, placing U. latus as a junior synonym; (2) redescribe U. cirrata, placing U. mystacea as a junior synonym; (3) provide updated diagnosis and maps of distributions for both species. Tissues and specimens were obtained from fisherman and scientific collections. Traditional morphological methods were used to compare the specimens, besides molecular identification techniques using the mithocondrial gene citochrome c oxidadse I (COI). Testst for amplification of the DNA mitochondrial control region in U. brasiliensis were performed and discussed.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6546.pdf: 2423797 bytes, checksum: 0ce860bab03667c9b7286a2c7da3f9a1 (MD5) Previous issue date: 2014-05-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Genus Zungaro, Bleeker, 1858 (Siluriformes: Pimelodidae), comprise a group called Jaú. This group is divided in two species: Zungaro jahu located in Paraná- Paraguai basins and Zungaro zungaro located in Amazonas-Orinoco basins. Both species are known because they are the biggest catfish in South America. In Juruena River, smaller catfishes are found by local fishermen and because of that it´s very hard to classify these species. During this work Juruena population was genetically analyzed and these molecular datum were compared with other population to know if they are the same specie or not. Samples of fish came from Juruena, Amazonas, Solimões, Madeira, Xingu, Meta, Miranda, Taquari e Cuiabá were collected and kept in the heap of tissue bank in the Molecular Biodiversity and Conservation Laboratory (LabBMC). After isolating the DNA according to Sambrook protocol, mitochondrial sequences of cytochrome oxidase I (COI), cytochrome b (Cytb) and D-Loop were amplified by PCR. After the sequencing and edition, the results were compared to the databases BOLD and GenBank. Phylogenetic trees based on different algorithms were built. The species of Amazonas-Orinoco basins (Z. zungaro) and Paraná-Paraguai basins (Z. jahu) showed a considerable genetic distance highlighting a population structuring. Individual from Juruena River were different from the others following the model K2p 2.4% (COI) and 5% (D-Loop). The results showing an evidence of three different species: Z. zungaro, Z. jahu and possible new species in the Juruena River. Besides, specimens from Xingu River demonstrated a high genetic distance from the others, being necessary further analyses. / O gênero Zungaro, Bleeker, 1858 (Siluriformes: Pimelodidae), pertence a um grupo de peixes popularmente denominados jaús, composto por duas espécies válidas: Zungaro jahu que ocorre na bacia dos rios Paraná-Paraguai e Zungaro zungaro encontrada na bacia dos rios Amazonas e Orinoco. Este gênero é conhecido por compreender um dos maiores bagres da América do Sul. Em especial na região do Mato-Grosso, no rio Juruena. Estas espécies são conhecidas por serem os maiores bagres da América do Sul. No rio Juruena (MT), indivíduos de jaús adultos tem sido capturados por pescadores com um tamanho menor do que o descrito na literatura e o permitido para pesca, levantando incertezas sobre a classificação desta espécie nesta região. Neste trabalho foram analisadas populações do Juruena e os dados moleculares obtidos foram comparados com os de outras populações de jaús para saber se tratam da mesma espécie. Amostras de peixes dos rios Juruena, Amazonas, Solimões, Madeira, Xingu, Meta, Miranda, Taquari e Cuiabá foram obtidas e armazenadas no acervo do Banco de Tecidos do laboratório de Biodiversidade Molecular e Conservação (LabBMC). Após isolar o DNA segundo o protocolo de Sambrook, fragmentos mitocondriais dos genes Citocromo Oxidase I (COI) e Citocromo b (Cytb) e da região controle D-Loop foram amplificados via PCR. Após o sequenciamento e edição das sequências, os resultados obtidos foram comparados com sequências disponíveis nas bases de dados BOLD e GenBank. Árvores filogenéticas baseadas em diferentes algoritmos foram construídas. As espécies das bacias Amazonas-Orinoco (Z. zungaro) e Paraná-Paraguai (Z. jahu) apresentaram uma distância genética considerável, evidenciando estruturação populacional. Indivíduos do rio Juruena apresentaram-se diferenciados das demais espécies válidas para o gênero com valor de distância genética segundo o modelo K2p de 2.4% (COI) e 5%(D-Loop). Estes resultados apontam a evidência da existência de no mínimo três espécies para o Gênero: Z. zungaro, Z. jahu e uma possível nova espécie do rio Juruena. Espécimes do rio Xingu também demostraram alta distância genética com relação às demais populações analisadas, necessitando uma investigação mais profunda.

Orientador: Eduardo Luiz Bagagli / Resumo: Infecções fúngicas causadas por leveduras constituem um dos maiores problemas em pacientes hospitalizados em todo o mundo e têm se tornado uma importante causa de morbidade e mortalidade. Embora Candida albicans seja a espécie mais frequentemente isolada e sua forma de infecção ocorra geralmente por translocação endógena, tem-se observado um aumento das espécies não-albicans, com destaque para o complexo C. parapsilosis, cuja principal forma de infecção é exógena, provavelmente pelas mãos dos profissionais de saúde. Este trabalho propôs estudar os aspectos microbiológicos e ambientais das candidemias, com especial atenção para o complexo Candida parapsilosis, no hospital terciário HC/FMB/UNESP, Botucatu, utilizando-se de métodos moleculares, busca ativa dos agentes no ambiente hospitalar (ar, superfícies e mãos de profissionais de saúde), bem como determinar os fatores de virulência e susceptibilidade aos antifúngicos destas espécies e associação com o desfecho clínico. Os isolados clínicos (obtidos de hemoculturas, período 2007-2015) e ambientais (período 2014-2015) de C. parapsilosis sensu lato foram identificados pelo meio CHROMagar Candida, Vitek-2, sequenciamento do rDNA e perfis dos inteins VMA e ThrRS. Fatores de virulência (produção de proteinase, fosfolipase e biofilme) e perfis de susceptibilidade aos antifúngicos anfotericina B, fluconazol, voriconazol, caspofungina e micafungina foram estimados, e dados clínicos obtidos junto aos prontuários dos pacientes. Dentre ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fungal infections caused by yeasts are serious problems in hospitalized patients around the globe and have become a major cause of morbidity and mortality. Although Candida albicans is the most frequently isolated species and its infection usually occurs by endogenous translocation, an increase of non-albicans species has been observed, with emphasys for the C. parapsilosis complex, whose main route of infection is exogenous, probably by the hands of health professionals. This work proposes to study the microbiological and environmental aspects of candidemia, with special attention to the C. parapsilosis complex, in a public tertiary hospital HC/FMB/UNESP, in Botucatu, using the molecular methods, active search of agents in the hospital environment (air, surfaces and hands of health professionals), as well as to determine the virulence factors and susceptibility to the antifungals of these species and correlate with the patient clinical outcomes. The clinical isolates (obtained of the blood cultures, 2007-2015 period) and environmental (2014-2015 period) of the C. parapsilosis sensu lato were identified by CHROMagar Candida medium, Vitek-2, rDNA sequencing and VMA and ThrRS inteins profiles. Virulence factors (production of proteinase, phospholypase and biofilm) and profiles of susceptibility to antifungals amphotericin B, fluconazole, voriconazole, caspofungin and micafungin were estimated, and the clinical data were obtained from patient’s records. Among the clinical isolat... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CHAPTER I - The aqueous extract prepared from Schizolobium parahyba (Sp) leaves, a native plant from Mata Atlantica forest (Brazil), was tested to analyze its ability to inhibit some biological and enzymatic activities induced by Bothrops alternatus and Bothrops moojeni snake venoms. Sp chromatography in Sephadex LH 20 resulted in 3 fractions: F1 (methanolic fraction); F2 (methanol:water fraction, 1:1 v/v); and F3 (aqueous fraction). These fractions were analyzed in terms of its capacity of inhibit the venoms fibrinogenolytic activity. Sp inhibited 100% of lethality, blood incoagulability, hemorrhagic and indirect hemolytic activities for a 1:10 ratio (venom/extract, w/w), and coagulant activity in a 1:5 ratio (venom/extract, w/w) induced by venoms. Venoms fibrinogenolytic activity were also neutralized by Sp in a 1:10 ratio, resulting in total protection of Bβ chain and partial protection for the fibrinogen Aα chain. However, larger ratios of extract/proteins have caused a complete vanishing of all fibrinogen chains possibly caused by Sp precipitation. Interaction tests have demonstrated that for certain extract/proteins ratios Sp precipitates proteins non-specifically suggesting the presence of tannins, which are very likely responsible for the excellent inhibiting effects of the analyzed ophidian activities. Therefore, the fractioning of Sp was carried out aiming at separating these compounds that mask the obtained results. F1 inhibited 100% the venom fibrinogenolytic activity without presenting protein precipitation effect; F2 demonstrated only partial inhibition of these venoms activities. Finally, F3 did not inhibit fibrinogen proteolysis, but presented strong protein precipitating action. We conclude that Sp, together with tannins, also contains other compounds which can present specific toxin inhibition action of snake venoms. CHAPTER II - Do extrato aquoso liofilizado das folhas de Schizolobium parahyba foram isolados quatro compostos ativos, isoquercitrina, miricetina-3-O-glicosídeo, catequina e galocatequina, por cromatografia em Sephadex LH 20 seguido de HPLC semipreparativo em coluna C-18 e identificados por RMN do 1H e 13C. Essa é a primeira vez que estas substâncias são relatadas nesta espécie assim como suas atividades antiofídicas. Após isolamento foram todas testadas frente a atividade hemorrágica e fibrinogenolítica da peçonha de Bothrops alternatus (Bal). Na proporção 1:30 (Peçonha/fração, m/m) a isoquercitrina inibiu parcialmente a atividade hemorrágica; a miricetina-3-O-glicosideo e a catequina não foram capazes de inibir a hemorragia induzida pela Bal e a galocatequina, por sua vez, apresentou uma eficiente neutralização desta atividade da peçonha. Na proporção de 1:100 (Peçonha/fração, m/m) ficou evidenciado o efeito de inibição total da ação fibrinogenolítica da peçonha pela miricetina-3-O-glicosideo; a isoquercitrina não protegeu a proteólise da cadeia Aα do fibrinogênio e inibiu parcialmente a degradação da cadeia Bβ enquanto a catequina e a galocatequina inibiram parcialmente a degradação da cadeia Aα e totalmente a da cadeia Bβ. Dessa forma concluímos que a galocatequina e a miricetina-3-O-glicosideo são excelentes inibidores de toxinas hemorrágicas e fibrinogenolíticas respectivamente. Estudos vindouros como o de modelagem molecular e cristalização de raio-X usando toxinas isoladas e estas substâncias poderão ser de grande importância para o desenho de novas drogas auxiliares do tratamento com soro antiofídico ou para melhor elucidação da relação estruturafunção das toxinas destes venenos. / CAPÍTULO I - O extrato aquoso preparado das folhas de Schizolobium parahyba (Sp), uma planta nativa da Mata Atlântica (Brasil), foi testado para avaliar sua habilidade de inibir algumas atividades biológicas e enzimáticas induzidas pelas peçonhas brutas de Bothrops alternatus e Bothrops moojeni. Cromatografia de Sp em coluna de Sephadex LH 20 resultou em 3 frações: F1 (fração metanólica); F2 (fração metanol : água, 1:1 v/v) e F3 (fração aquosa). Estas frações foram analisadas quanto a capacidade de inibir a atividade Fibrinogenolítica das peçonhas. Sp inibiu em 100% a letalidade, a incoagulabilidade sanguínea, a atividade hemorrágica e hemolítica indireta na proporção de 1:10 (peçonha/extrato, m/m) e atividade coagulante na proporção de 1:5 (peçonha/extrato, m/m) induzidas pelas peçonhas. A atividade fibrinogenolítica das peçonhas também foi neutralizada por Sp na proporção de 1:10, resultando em proteção total da cadeia Bβ e parcial da Aα do fibrinogênio. No entanto, proporções maiores de peçonha/extrato mostraram desaparecimento de todas as cadeias do fibrinogênio numa possível precipitação causada por Sp. Os testes de interação extrato/proteínas demonstraram que em determinadas proporções de extrato/proteínas Sp precipita proteínas inespecificamente, sugerindo a presença de taninos, os quais muito provavelmente são os responsáveis pelo excelente efeito inibidor das atividades ofídicas analisadas. Assim, com o intuito de separar estes componentes que mascaram os resultados obtidos, foi realizado o fracionamento de Sp. F1 inibiu em 100% a atividade fibrinogenolítica das peçonhas e não apresentou efeito de precipitação de proteínas; F2 demonstrou inibição parcial desta atividade das peçonhas e F3 não inibiu a proteólise do fibrinogênio, mas apresentou forte ação precipitante de proteínas. Concluímos, assim que Sp, além de taninos, também contém outros compostos e que estes podem apresentar ação específica de inibição de toxinas de peçonhas de serpentes. CAPÍTULO II - Do extrato aquoso liofilizado das folhas de Schizolobium parahyba foram isolados quatro compostos ativos, isoquercitrina, miricetina-3-O-glicosídeo, catequina e galocatequina, por cromatografia em Sephadex LH 20 seguido de HPLC semipreparativo em coluna C-18 e identificados por RMN do 1H e 13C. Essa é a primeira vez que estas substâncias são relatadas nesta espécie assim como suas atividades antiofídicas. Após isolamento foram todas testadas frente a atividade hemorrágica e fibrinogenolítica da peçonha de Bothrops alternatus (Bal). Na proporção 1:30 (Peçonha/fração, m/m) a isoquercitrina inibiu parcialmente a atividade hemorrágica; a miricetina-3-O-glicosideo e a catequina não foram capazes de inibir a hemorragia induzida pela Bal e a galocatequina, por sua vez, apresentou uma eficiente neutralização desta atividade da peçonha. Na proporção de 1:100 (Peçonha/fração, m/m) ficou evidenciado o efeito de inibição total da ação fibrinogenolítica da peçonha pela miricetina-3-O-glicosideo; a isoquercitrina não protegeu a proteólise da cadeia Aα do fibrinogênio e inibiu parcialmente a degradação da cadeia Bβ enquanto a catequina e a galocatequina inibiram parcialmente a degradação da cadeia Aα e totalmente a da cadeia Bβ. Dessa forma concluímos que a galocatequina e a miricetina-3-O-glicosideo são excelentes inibidores de toxinas hemorrágicas e fibrinogenolíticas respectivamente. Estudos vindouros como o de modelagem molecular e cristalização de raio-X usando toxinas isoladas e estas substâncias poderão ser de grande importância para o desenho de novas drogas auxiliares do tratamento com soro antiofídico ou para melhor elucidação da relação estruturafunção das toxinas destes venenos. / Mestre em Genética e Bioquímica