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Mecanismos associados à perda de expressão do gene de galectina-3 em um modelo de progressão de melanoma murino / Mechanisms associated to the loss of galectin-3 gene expression in a model of murine melanoma progression

Teixeira, Veronica Rodrigues 11 April 2007 (has links)
Galectina-3 é uma lectina animal que apresenta afinidade por b- galactosídeos e que tem sido associada à progressão tumoral e metástase. A expressão de galectina-3 encontra-se alterada durante a progressão tumoral de diferentes neoplasias. Em tumores como carcinoma de tiróide e bexiga a expressão de galectina-3 encontra-se aumentada, enquanto que em tumores como carcinoma de mama e ovário a expressão desta lectina encontra-se diminuída. Neste trabalho nós utilizamos um modelo de progressão tumoral de melanoma murino para investigar os mecanismos envolvidos na perda de expressão de galectina-3. Este modelo é composto por uma linhagem de melanócitos imortalizados (melan-a) e duas linhagens de melanoma de crescimento vertical (Tm1 e Tm5) estabelecidas após submeter a linhagem melan-a a inúmeros ciclos de de-adesão. Enquanto melan-a acumula grandes quantidades de galectina-3, as linhagens Tm1 e Tm5 deixaram de expressar o gene de galectina-3. Análise da região 5\' do gene de galectina-3 demonstrou que esta região apresentava grande conteúdo de dinucleotídeos CpG e vários sítios SP1. O seqüenciamento desta região após tratamento do DNA com bissulfito de sódio mostrou que esta região estava totalmente metilada nas linhagens Tm1 e Tm5 e desmetilada na linhagem melan-a. O tratamento da linhagem Tm1 com 5-Aza-2\'-deoxicitidina (5-Aza-CdR), um inibidor da DNA metiltransferase, provocou um decréscimo significativo nos níveis de metilação da região 5\' do gene de galectina-3 que por sua vez levou a re-expressão do RNAm e da proteína. O tratamento de Tm1 com os inibidores de histono deacetilases tricostatina A e 4-ácido-fenilbutírico em combinação com 5-Aza-CdR não aumentou os níveis de expressão do gene de galectina-3 e curiosamente, reverteu o efeito induzido por 5-Aza-CdR. Em adição, a expressão da enzima DNMT1 apresentou um discreto aumento nas linhagens Tm1 e Tm5 em relação a melan-a. Em conjunto esses resultados sugerem que mecanismos epigenéticos como a metilação estão envolvidos no controle de expressão do gene de galectina- 3 ao longo da progressão tumoral de melanoma murino. / Galectin-3 is a b-galactoside-binding animal lectin, shown to be involved in tumor progression and metastasis. Galectin-3 expression has been found altered along tumor progression of different tumors. In some types of cancers such as thyroid carcinoma and bladder carcinoma, galectin-3 expression has been found increased, whereas in tumors such as breast carcinoma and ovary carcinoma the expression of this lectin has been found decreased along tumor progression. In this study, we have used a murine melanoma model to investigate the mechanisms responsible for the loss of galectin-3 gene expression. This model consists of a cell line of immortalized melanocytes (melan-a) and two cell lines of vertical growth phase melanoma (Tm1 and Tm5) established after submitting melan-a cells to several deadhesion cycles. While melan-a expressed high amounts of galectin-3, both Tm1 and Tm5 cells lost galectin-3 gene expression. Analysis of the 5\' upstream region of the galectin-3 gene demonstrated the presence of a high CpG content and several SP1 binding sites. Bisulfite sequencing of this region showed that it was fully methylated in Tm1 and Tm5 cells and unmethylated in melan-a cells. Treatment of Tm1 cells with 5-aza-2\'-deoxycytidine (5-Aza-CdR), a DNA methyltransferase inhibitor, led to a marked decrease in the methylation levels of the 5\' upstream region of the galectin-3 gene, which led to transcription of the galectin-3 gene. Treatment of Tm1 cells with the histone-deacetylase inhibitors trichostatin A and 4- acid-phenilbutyrate in combination with 5-Aza-CdR did not increase the levels of galectin-3 gene expression and intriguingly, reverted the effect of 5-Aza-CdR alone. In addition, the expression of DNMT1 showed a modest, but significant increase in Tm1 and Tm5 cells as compared with melan-a cells. Altogether these results indicate that epigenetic mechanisms such as methylation play a role in the regulation of the galectin-3 gene expression along murine melanoma progression.
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Avaliação dos Efeitos Antineoplásicos da Zebularina em Linhagens Pediátricas de Leucemia Linfoide Aguda. / Evaluation of Antineoplastic Effects of Zebularine on Childhood Acute Lymphoblastic Leukemia Cell Lines.

Andrade, Augusto Faria 26 March 2012 (has links)
A leucemia linfóide aguda (LLA) é a neoplasia hematológica mais comum na infância e representa uma doença heterogênea em relação à biologia e ao prognóstico e seu tratamento consiste principalmente em quimioterapia. Apesar dos avanços no tratamento, cerca de 20% dos pacientes apresentam recaída da doença e/ou óbito indicando a necessidade de terapias diferenciadas para esse grupo. Recentemente, drogas epigenéticas como inibidores de DNA metiltransferases (iDNMTs) tem mostrado efeitos anti-neoplásicos promissores para o tratamento de diversos tipos de neoplasias incluindo a LLA. Nos tumores, a hipermetilação gênica é encontrada em vários genes, incluindo genes de reparo do DNA, reguladores do ciclo celular e apoptose. Sendo assim, drogas desmetilantes estão sendo apontadas como promissores agentes para o tratamento do câncer. A Zebularina (ZB) é um iDNMT análogo de citidina que inibe a metilação do DNA. Esta droga tem mostrado resultados animadores para o tratamento de diversas neoplasias, incluindo glioblastoma, leucemia mielóide aguda, câncer de mama, próstata e outros. O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos do tratamento com a ZB, associada ou não à quimioterápicos, em linhagens celulares pediátricas de LLA, por meio de ensaios funcionais como proliferação celular, capacidade clonogênica, apoptose e ciclo celular. Além disso, foi analisada a capacidade desmetilante da droga e a expressão dos genes DNMT1, DNMT3a e DNMT3b após o tratamento com a ZB. A ZB inibiu a proliferação celular de maneira dose e tempo-dependente e agiu sinergicamente quando combinada com o MTX em ambas as linhagens. Ela também diminuiu a capacidade clonogênica e aumentou a taxa de apoptose nas duas linhagens estudadas. Além disso, o tratamento com ZB causou uma parada na fase S do ciclo celular na linhagem ReH. A ZB foi capaz de desmetilar parcialmente o gene AhR e reduzir a expressão dos genes DNMT1, DNMT3a e DNMT3b. Todos os dados encontrados no presente trabalho sugerem que as drogas desmetilantes podem ser interessantes agentes para o tratamento da LLA pediátrica. / Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most common hematologic malignancy in childhood and represents a heterogeneous disease regarding its biology and prognosis. Its treatment consists mainly of chemotherapy. Despite advances in treatment, about 20% of patients experience disease recurrence and/or death indicating the need for differentiated therapies for this group. Recently, epigenetic drugs such as DNA methyltransferases inhibitors (iDNMTs) has shown antineoplastic and promising results for several types of tumors including ALL. Gene hypermethylation is found in several genes in tumors cells, including genes responsible for DNA repair, cell cycle and apoptosis regulators. Therefore, demethylating agents may be promising agents for cancer treatment. Zebularine (ZB) an iDNMT is a cytidine analogue that inhibits DNA methylation. This drug has shown promising results for the treatment of many cancers, including glioblastoma, acute myeloid leukemia, breast and prostate cancer and others. The aim of this study was to evaluate the effects of ZB treatment, associated or not with chemotherapeutic agents, in childhood ALL cell lines through functional tests such as cell proliferation, clonogenic capacity, apoptosis and cell cycle. In addition, we examined the demethylating ability of ZB and the expression of DNMT1, DNMT3a and DNMT3b genes after treatment with this agent. ZB inhibited cell proliferation in a dose- and time-dependent manner and showed synergistic effects when combined with MTX in both cell lines. ZB treatment also reduced clonogenic capacity and increased the number of apoptotic cells in both cell lines studied. Furthermore, treatment with ZB caused an S phase cell cycle arrest in ReH cell line. ZB was able to partially demethylate AhR gene and reduce the expression of genes DNMT1, DNMT3a and DNMT3b. These results suggest that demethylating drugs may be interesting agents for the treatment of childhood ALL.
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Efeitos do ácido ursólico in vitro em células satélites musculares de cães afetados e portadoras de GRMD / Effects of ursolic acid in vitro on canine satellite muscle cels isolated from affected and carrier of GRMD

Martins, Amanda de Abreu 08 April 2015 (has links)
A Distrofia Muscular de Duchenne (DMD) é uma doença hereditária ligada ao cromossomo ‘X’ que tem como principais características a atrofia e fraqueza muscular progressiva, chegando até mesmo ao comprometimento da musculatura cardíaca e respiratória. A ausência e/ou disfunção da proteína distrofina na DMD faz com que qualquer esforço muscular contribua para deterioração do tecido muscular. Portanto, presente estudo avaliou pela primeira vez os niveis de metilação e hidroximetilação global no músculo esquelético de animais portadores e afetados pela DMD e analisou os efeitos do acido ursólico sobre a viabilidade e producao proteina de linhagens celulas musculares isoladas de animais portadores e afetados pela GRMD. As análises dos niveis de metilação e hidroximetilação sugerem que as células musculares de caes portadores apresentam maiores níveis de hidroximetilação, em geral, o que pode estar associado com a estabilidade e capacidade de reparo celular; o tratamento com ácido ursólico in vitro, aumentou a concentração de proteinas sobre as células cultivadas;no entanto apresentou-se tóxico às células cultivadas in vitro quando em baixas concentrações, para animais portadores e afetados com 6 meses de idade. Ainda que ensaio de viabilidade celular demonstrou que o ácido ursólico pode ser tóxico em determinada concentração, quando comparado com o controle, entretanto, a utilização deste componente parece ser favorável às células / The Duchenne muscular dystrophy (DMD) is a hereditary 'X';-linked wasting muscle disease which is characterized by atrophy and progressive muscle weakness that in later stages affects cardiac and respiratory muscles leading to death. The lack and/or dysfunction of dystrophin in DMD induces muscle injury after each muscles contraction leading severe wasting of the muscle tissue. Therefore, for the first time this study assessed the global levels of methylation levels and hydroxymethylation in skeletal muscle of carrier and affected dogs by DMD. Also, we assessed the effects of ursolic acid on the cell viability and protein production of muscle cells lineages isolated from carrier and affected dogs by DMD. The analysis of global levels of methylation and hydroxymethylation showed that muscle cells from carrier dogs had higher levels of global hydroxymethylation when compared to heir affected counterparts, which may be associated with the cellular stability and repair capacity. Taken together, our results showed that there is a difference on global methylation of DNA the skeletal muscle between carrier and affected dogs by DMD, which can be a new prognostic tool for disease progression. Also, the treatment with ursolic acid in vitro increased protein concentration in cultured cells, however ursolic acid showed to be toxic to muscle cells lineages isolated from carrier and affected dogs by DMD at low concentrations. Although cell viability assay showed that ursolic acid may be toxic in certain concentrations, when compared with the control, however, the use of this component appears to be favorable to the cells
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Alterações epigenéticas do gene p16 em ratos tratados com altas doses de I-metionina / Epigenetics changes of the p16 gene in rats treated with high doses of lmethionine

Bueno, Rafaela de Barros e Lima 07 August 2009 (has links)
Várias evidências sugerem que a dieta é um fator relevante na modificação dos riscos de desenvolvimento de câncer e que a interação nutriente-genoma tem uma influência significativa para a manutenção da saúde. A nutrigênomica estabelece uma relação entre dieta e a investigação das alterações epigenéticas do DNA, que podem ter um papel importante na etiologia de várias doenças degenerativas. A metilação do DNA é um evento epigenético importante na modificação da expressão gênica e já existem relatos de cânceres associados com a metilação da região promotora de genes supressores tumorais, como o gene p16. A metionina (Met) é um aminoácido essencial e necessário para a manutenção do ciclo de metionina, um importante mecanismo nas reações de metilação. Outro fator que pode alterar o padrão de metilação do DNA são os quimioterápicos. A alteração da metilação do DNA, também pode modificar a estrutura dos cromossomos e levar a instabilidade genômica, relacionada com o desenvolvimento de neoplasia. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da suplementação de metionina sobre as alterações no padrão de metilação da região promotora do gene p16 no fígado e rins de ratos e as possíveis modificações induzidas pela interação com o antitumoral doxorrubicina (DXR), além da possível instabilidade genômica em células da medula óssea. Para isso, seis grupos de ratos Wistar machos (n=60) foram tratados durante seis semanas com ração comercial normal ou suplementada com 2% de Met, sendo que na 3º semana e 24 horas antes da eutanásia administrou-se salina ou DXR (1 ou 10 mg/Kg p.c.), intraperitonealmente. Os rins e o fígado foram utilizados para extração do DNA e para o estudo do padrão de metilação pelo método COBRA, após a modificação do DNA com bissulfito de sódio e amplificação por PCR. As enzimas EcoRI, TaqI e HphI foram utilizadas para verificar o padrão de metilação da região promotora do gene p16 e a enzima TasI para avaliar a modificação do DNA pelo bissulfito. Em todos os animais houve a restrição do fragmento de estudo pelas enzimas TasI e HphI, porém nenhuma restrição com as enzimas EcoRI e TaqI. O padrão de metilação da região promotora do gene p16 nos rins e no fígado não foi alterado pela suplementação de Met ou pela administração de DXR, quando se comparou os grupos controles e os tratados. A justificativa é que o gene p16 é importante na regulação do ciclo celular, apoptose e senescência e sua regulação segue um mecanismo bem controlado. Para estudar o efeito da suplementação de Met na instabilidade genômica, realizou-se o teste do micronúcleo (MN) na medula óssea dos ratos. Pela a análise do MN, a suplementação com Met não alterou a frequência de MN, mas o tratamento com a DXR (1 e 10mg/Kg) induziu a formação de MN quando comparado com o grupo Controle. A associação de Met+DXR não reduziu a freqüência de MN induzida pela DXR. Conclui-se que a Met na dieta ou a administração do quimioterápico DXR não alterou o padrão de metilação da região promotora do gene p16. O excesso de Met não apresentou ação mutagênica no teste do MN. Não houve efeito antimutagênico da Met quando associada com a DXR. / Several evidences suggest that to diet is a relevant factor in modifying the risks of developing cancer and the nutrient-genome interaction has a significant influence for the maintenance of a good health condition. Nutrigenomic establishes a relation between to diet and the investigation of epigenetic DNA modifications, which may play an important role in the etiology of various degenerative diseases. DNA methylation is an important epigenetic event modification of gene expression and there been reports of cancers associated with promoter methylation region of tumor suppressor genes such as p16 gene. Methionine (Met) is an essential aminoacid to maintain methionine cycle, very important mechanism in methylation reactions. Another factor that can change the methylation pattern is the chemotherapeutic drugs. DNA methylation alteration can also modify chromosome structure and lead to a genomic instability related to the development of neoplasia. The aim of this study was to analyze the effect of methionine supplementation on changes in the methylation pattern of the promoter region of the p16 gene in the liver and kidneys of rats and the possible changes induced by interaction with the antitumoral doxorubicin (DXR), besides the possible genomic instability in bone marrow cells. Six Wistar rats groups (n=60) received commercial diet or commercial diet plus Met 2% for six weeks. At third week and 24 hours before euthanasia they received saline or DXR (1 or 10 mg/Kg) intraperitoneally. DNA extraction of the kidneys and liver was used for the study of the methylation pattern of promoter region on the p16 gene by COBRA method, after DNA sodium bisulfite modification and PCR amplification. EcoRI, TaqI and HphI enzymes were used to determine the methylation pattern of promoter region of the p16 gene and TasI enzyme was used to validate bisulfite conversion. All animals had digestion with TasI and HphI enzymes, however no restriction with EcoRI and TaqI enzymes. Kidneys and liver DNA methylation pattern promoter region of p16 gene did not change by Met supplementation or DXR administration, when comparing the controled and the treated groups. The justification is that the p16 gene is very important in cycle cellular regulation, apoptosis and senescence and its regulation follows a well controlled mechanism. To study Met supplementation in genomic instability the micronucleus (MN) test was realized in the rat bone marrow. By Micronuclei analysis, met supplementation did not alter MN frequency, but DXR treatment (1 or 10 mg/Kg) induced MN formation when compared to Control group. The association of Met+DXR did not decrease MN frequency by induced DXR. In conclusion, Met on the diet or DXR administration did not change methylation pattern of promoter region of the p16 gene. The supplemented Met did not show mutagenic effect in MN test. There was no antimutagenic effect of Met when associated to DXR.
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Metilação do gene simportador sódio-iodo (NIS) em tumores de tireóide / Methylation of sodium iodide symporter (NIS) gene in thyroid tumors

Galrão, Ana Luiza Resende 15 December 2011 (has links)
O iodo é transportado para a célula tireoideana através do simportador sódio-iodo (NIS). Estudo anterior de nosso grupo mostrou que a expressão do RNAm de NIS estava reduzida nos tecidos tumorais (T) tireoideanos quando comparada à dos tecidos não tumorais (NT) adjacentes. A metilação de ilhas CpG localizadas em promotores é um dos mecanismos epigenéticos que regula a expressão gênica. Já foi demonstrado que a metilação aberrante desempenha papel importante na tumorigênese humana, porém, estudos qualitativos não conseguiram definir um padrão de metilação do promotor de NIS no câncer diferenciado de tireóide. Assim, o presente estudo visou (1) investigar o padrão de metilação do promotor do gene NIS em amostras T (benignos e malignos) e NT adjacentes, e correlacionar o grau de metilação com os valores de RNAm, e (2) identificar novas sequencias regulatórias, alvos de metilação do DNA, que pudessem também modular a expressão de NIS. Foram estudados 30 pares de amostras de tecido tireoideano T e NT adjacente, sendo 10 benignos e 20 malignos. Também foi avaliado um par de amostras de paciente com nódulo maligno com alta captação de iodo (hipercaptante). A metilação da ilha1 CpG foi avaliada por PCR Metilação Específica (MSP) semiquantitativa e a metilação da ilha2 CpG foi analisada por bissulfito seqüenciamento; ambas com DNA bissulfito convertido. Novas ferramentas de bioinformática foram utilizadas na análise in silico para identificar ilhas CpG funcionais na região 5\' upstream da seqüência promotora de NIS. Plasmídios foram construídos contendo o fragmento de DNA da Ilha2 CpG na frente de gene reporter (luciferase) e usados em transfecções de células HEK293 para avaliar a atividade regulatória desta ilha. Celulas tumorais com baixa expressão de NIS foram tratadas com agente desmetilante 5Aza e a expressão de RNAm de NIS foi avaliada por PCR em tempo real. Na ilha1 CpG, todas as amostras (T e NT) do grupo benigno e maligno apresentaram metilação, não observando-se diferença no grau de metilação entre os grupos. No entanto, maiores níveis de metilação foram detectados na região 5 desta ilha, que decresceram na direção da extremidade 3. Observou-se maior grau de metilação no tecido T em relação ao tecido NT adjacente (T>NT) em 60% das amostras do grupo benigno e em 35% do grupo maligno. Não foi identificada correlação entre o grau de metilação da ilha1 CpG e a expressão de RNAm de NIS. Nas amostras (T e NT) do paciente com tumor hipercaptante não foi detectada metilação nesta ilha. Assim foi realizada nova análise in silico, a qual identificou por primeira vez uma segunda ilha CpG, ilha2 CpG, com 256pb, localizada entre as posições -2152 e -1887 (em relação ao sítio ATG), contendo 14 sítios CpG. As analises da metilação da ilha2 CpG indicaram que essa região também é alvo de metilação, sendo observada hipermetilação (66.07%) em todas as amostras T quando comparada às amostras NT(23,21%), nos grupos benigno e maligno. A análise individual de cada par de amostras detectou um padrão de metilação do gene NIS em tecidos tireoideanos; sendo que 100% das amostras do grupo benigno e 95% das do grupo maligno apresentavam a ilha2 CpG mais metilada no tecido T do que no tecido NT (T>NT). Além disso, foi possível identificar correlação inversa significativa entre o grau de metilação da ilha2 CpG e a expressão gênica de NIS. Estudos in vitro para caracterização funcional da ilha CpG2 mostraram que esta nova ilha pode ser considerada como um enhancer do gene NIS na presença de fatores de transcrição da tireóide. Também foi possível detectar, em linhagem de carcinoma folicular da tireoide, a reexpressão do RNAm de NIS paralelamente à redução do grau de metilação da ilha2 CpG, após o tratamento com agente desmetilante. Sendo assim, confirmamos que a metilação do promotor NIS é um evento freqüente em amostras T (benignas e malignas) e NT. Este é o o primeiro trabalho que descreve a existência da ilha2 CpG, na região 5 do gene NIS, com atividade de enhancer, que regularia a expressão gênica por metilação do DNA. Pela primeira vez identificou-se a existência de um padrão de metilação no gene NIS em tecido tireoideanos (T>NT), assim como correlação inversa entre o grau de metilação da ilha2 CpG e a expressão de RNAm de NIS. Estes resultados poderiam explicar a reduzida expressão do NIS observada em amostras tumorais benignas e malignas e a baixa captação de iodo dos tumores tireoideanos / Iodide is transported from the blood into thyroid cell through the sodium iodide symporter (NIS). We have previously detected reduced NIS mRNA expression in thyroid tumoral tissue (T) when compared with the non tumoral tissue (NT). Methylation of DNAs CpG islands, very common in promoters, is an epigenetic alteration that regulates gene expression. Aberrant gene methylation plays an important role in human tumorigenesis. Previous qualitative studies have failed to define a NIS promoter methylation pattern in thyroid cancer. This study aimed (1) to investigate the methylation pattern of the NIS gene promoter in thyroid tumors (benign and malignant), and to correlate the methylation status with cellular levels of NIS mRNA, in T and adjacent NT samples; (2) to identify new regulatory DNA sequences that could modulate NIS gene expression by methylation of the DNA. Thirty pairs of thyroid samples (tumoral and non-tumoral), 10 benign and 20 malignant tumors were included. A pair of samples of a malignant nodule with high iodide uptake was also included. Methylation of CpG Island1 was evaluated by semiquantitative Methylation Specific PCR (MSP) and methylation of CpG island2 was analyzed by bisulfite sequencing; both using bisulfite converted DNA. New bioinformatic tools were used in in silico analysis to identify functional CpG islands in the 5 upstream region of the NIS promoter. Plasmids were constructed containing the CpG island2 DNA fragment in front of a reporter gene (lucyferase) and used in transfections assays of HEK293 cells to assess the regulatory activity of this island. Tumor thyroid cell cultures with low NIS expression were treated with the demethylating agent 5Aza and NIS mRNA expression was quantified by real time PCR. Methylation of CpG island1 was detected in all the samples (NT and T) of benign and malignant group, no differences were observed in the methylation degree between the groups. However, highest methylation levels were detected in the 5 region of CpG island1, which decreased to the 3 end. The analysis of each pair of samples revealed higher methylation degree in T tissue with respect to NT adjacent tissue (T> NT) in 60% of the benign group and in 35% of the malignant group. No quantitative correlation was found between CpG island1 methylation and NIS mRNA levels in both groups. Methylation was not detected in the NT and T samples of the patient with high iodine uptake. Furthermore, new in silico analysis allowed to identify a second CpG island, CpG island2, with 256pb, located between positions - 2152 and -1887 (relative to ATG), containing 14 CpG sites. The analysis of the CpG island2 indicated that this region is also a target of DNA methylation. Hypermethylation was observed in all T samples (66.07%) when compared with NT samples (23.21%), in benign and malignant groups. The analysis of each pair of samples allowed to detect a NIS gene methylation pattern in thyroid tissues. In 100% of the benign group and in 95% of the malignant group methylation degree of the CpG island2 was higher in the T tissue as compared to NT tissue (T>NT). Moreover, it was possible to identify significant negative correlation between the methylation degree of CpG island2 and NIS mRNA gene expression. In vitro functional characterization of the CpG island2 showed that this new island may be considered an enhancer of NIS gene in the presence of thyroid transcription factors. The treatment of follicular thyroid carcinoma cells with demethylating agent restored the NIS mRNA expression, in parallel with the reduction of the CpG island2 methylation degree. In conclusion, we confirm that the NIS promoter methylation is a frequent event in thyroid T (benign and malignant) and NT samples. This is the first description of a new second CpG island in the 5\'region of the NIS gene, with enhancer activity, which may regulate gene expression by DNA methylation. This is the first report that described the existence of a NIS gene methylation pattern of in thyroid tissue (T>NT) as well as a negative correlation between the methylation degree of CpG island2 and NIS mRNA expression. These results may explain the reduced NIS expression observed in benign and malignant tumor samples as well as the low iodine uptake of thyroid tumors
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Mecanismos epigenéticos em leiomiomas uterinos e o efeito da mifepristona (RU 486) na expressão gênica dos receptores de progesterona total e B

Sant'Anna, Gabriela dos Santos January 2017 (has links)
Introdução: Leiomiomas uterinos ou miomas são tumores benignos que se desenvolvem no miométrio e acometem cerca de 50% da população feminina. Têm como principais sintomas, sangramento excessivo e dor pélvica inespecífica. Convencionalmente o estrogênio é considerado o responsável pelo início da proliferação tumoral, mas recentes evidências clínicas e bioquímicas sugerem que a progesterona apresenta um papel importante no desenvolvimento desses tumores. Além disso, mecanismos epigenéticos parecem estar envolvidos na etiologia dos leiomiomas uterinos, como a metilação de DNA e acetilação de histonas. Somente nos EUA são realizadas 240 mil histerectomias/ano para tratar essa doença sendo considerado um problema de saúde pública. Frente a esses dados é imprescindível o entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos no desenvolvimento desses tumores e a busca de tratamentos menos invasivos. A mifepristona (RU 486), um modulador seletivo dos receptores de progesterona e glicocorticoides, é capaz de diminuir o tamanho dos tumores e amenizar os sintomas associados. Objetivos: verificar se (1) nos tecidos de leiomiomas uterinos e miométrio, os mecanismos epigenéticos como a metilação global do DNA e a acetilação de histonas estão alterados (2) se em cultura primária de leiomioma uterino e miométrio o tratamento com estradiol e progesterona é capaz de modular a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B, assim como a atividade das enzimas histona acetiltransferase e desacetilase, e (3) se a mifepristona (RU 486) é capaz de modular diretamente a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B após tratamento com os hormônios estradiol e progesterona. Métodos: para análise de metilação global do DNA e acetilação de histonas foram utilizadas 25 amostras teciduais para cada grupo de leiomioma uterino e miométrio oriundos de pacientes submetidas à histerectomia no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. A metilação global do DNA e a atividade da enzima histona acetiltransferase foram dosadas pelo método de ELISA e a enzima histona desacetilase por detecção fluorimétrica. Para verificar o efeito dos hormônios sexuais ovarianos e o efeito da mifepristona (RU 486) sobre a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B foram realizadas 7 culturas primárias de leiomiomas uterinos e miométrio. Resultados: (1) Foram observadas hipermetilação (P = 0,022) e hipoacetilação (P = 0,04) em leiomiomas uterinos quando comparado ao miométrio. Não houve diferença estatística entre estes tecidos em relação à atividade da histona acetiltransferase. (2) Houve aumento da expressão gênica do receptor de progesterona total em cultura primária de leiomioma uterino quando tratado com estradiol (P = 0,028) e o receptor de progesterona B teve sua expressão aumentada quando tratado com estradiol, progesterona e estradiol + progesterona (P = 0,001). (3) O tratamento com mifepristona (RU 486) na dose de 10-6M não foi capaz de diminuir a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B em células de leiomiomas uterinos e miométrio. A atividade da enzima histona desacetilase foi maior nas células de leiomioma uterino quando tratadas com estradiol (P = 0,034) e estradiol + progesterona + RU 486 (P = 0,001) quando comparado às células de miométrio, já a atividade da enzima histona acetiltransferase não foi detectada, devido a sua baixa quantidade. Conclusão: Nesse estudo foi observado uma hipermetilação e hipoacetilação nos tecidos de leiomiomas uterinos. Esses resultados sugerem que mecanismos epigenéticos podem estar contribuindo para a diminuição transcricional de genes relacionados ao funcionamento normal do miométrio e, com isso, colaborando para o crescimento desses tumores. Além disso, nossos resultados sugerem que estradiol e progesterona são capazes de modular a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B e o medicamento RU 486 na dose de 10-6M não foi capaz de diminuir diretamente a expressão desses receptores. / Introduction: Uterine leiomyoma, also known as fibroids, is a smooth muscle cell tumor, and is clinically apparent in up to 50% of reproductive-age women. Clinical symptoms include abnormal uterine bleeding and pelvic pain. Estrogen has been considered a primary growth promoter of uterine leiomyoma, however clinical and biochemical evidence has suggested that progesterone plays a critical role in the development of these tumors. Furthermore, epigenetic modifications may be involved with etiology of theses tumors, through DNA methylation and histone acetylation. In the United States, 240.000 hysterectomies/year are performed to treat uterine leiomyomas which is being considered to be a public public health problem. The understanding of molecular mechanisms involved in the development of uterine leiomyoma may provide not only opportunities for a diagnostic, but also generation of novel therapeutic approaches. The mifepristone (RU 486), a synthetic steroid that has affinity for progesterone and glucocorticoid receptors has been reported to induce regression of uterine leiomyoma and reduce the symptoms. Objective: verify if (1) DNA global methylation and histone acetylation patterns are altered in uterine leiomioma tissue compared with myometrium; (2) the treatment with estradiol and progesterone are able to modulated de gene expression of total and B progesterone receptors and histone acetylation patterns in primary culture of uterine leiomyoma cells and myometrium as well as (3) the mifepristone (RU 486) are able to modulate the gene expression of total and B progesterone receptors after the treatment with ovarian steroids hormones. Methods: DNA global methylation and histone acetylation patterns were analyzed in 25 tissue samples from uterine leiomioma and myometrium. The DNA global methylation and the activity of histone acetyltransferase were performed using ELISA method. In order to evaluate histone deacetylase activity fluorimetric detection was used. To verify the effect of estradiol and progesterone on total and B progesterone receptors gene expression, as well as the influence of RU486 on this parameters, seven cultured cells from uterine leiomyoma and myometrium cells were performed. Results: (1) Hypermethylation (p = 0.022) and hypoacetylation (p = 0.04) in uterine leiomioma tissues compared with myometrium were observed. There was no statistic difference between these tissues in histone acetyltransferase activity. (2) We observed increased gene expression of total progesterone receptor in culture cells of uterine leiomyoma when treated with estradiol (p = 0.028). There was an increase of B progesterone receptor mRNA when treated with hormones, estradiol and progesterone (p = 0.001). The treatment with RU 486 was not able to modulate progesterone receptors. The histone desacetilase activity was elevated in uterine leiomyoma cells when treated with estradiol (p = 0.034) and estradiol + progesterone + RU 486 (p = 0.001). The histone acetyltransferase activity was barely detectable. Conclusion: In our study we found hypermethylation and hypoacetylation in uterine leiomyoma tissues suggesting that this process may lead to a decreased transcriptional activity of important genes associated with normal myometrium function contributing to the development of these tumors. Furthermore, our results suggest that ovarian steroids hormones increase progesterone receptors expression, being mifepristone (RU 486) at dose of 10-6M unable to decrease total and B progesterone receptors in uterine leiomyoma cells.
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Avaliação da taxa de metilação do DNA em região promotora e de vitaminas e citocinas em mulheres com história de abortos recorrentes / Investigation of DNA methylation rate in promoter region and vitamins and cytokines in women with a history of recurrent miscarriage.

Monteiro, Nathalia Sierra 20 March 2014 (has links)
O aborto espontâneo recorrente (AER) caracteriza-se pela ocorrência de três ou mais abortos consecutivos espontâneos até a 20ª semana de gestação. É uma condição patológica multifatorial, em que alterações morfológicas uterinas, distúrbios endócrinos, alterações no cariótipo, polimorfismos genéticos relacionados aos genes envolvidos no metabolismo da homocisteína, hemostasia, infecções, autoanticorpos e o processo inflamatório podem contribuir para a ocorrência de AER. O estado fisiológico do endométrio é essencial para a implantação do embrião no útero durante a gestação. Na interface materno-fetal, há uma modulação de citocinas, necessária para o estabelecimento da angiogênese e desenvolvimento da placenta. Um desequilíbrio entre as citocinas pode diminuir a tolerância ao feto e ocasionar rejeição fetal. A concentração de citocinas pode ser modificada por conta de uma diminuição na expressão de alguns genes, e esta pode ser regulada pelo seu estado de metilação sítio-específica. A metilação do DNA é um mecanismo epigenético de regulação gênica, e que corresponde à incorporação de grupos metila em ilhas CpG localizadas próximas às regiões promotoras de genes humanos, e isso pode ser importante na avaliação do risco de complicações gestacionais. Além disso, o estado nutricional de vitaminas foi relacionado a alterações no padrão de metilação de alguns genes. Os objetivos deste trabalho foram avaliar as concentrações dos mediadores inflamatórios em mulheres com aborto e em grupo controle, verificar correlações entre as concentrações de vitaminas, homocisteína total e taxa de metilação do DNA, verificar correlações entre concentração de citocinas e taxa de metilação do DNA e determinar odds ratio (IC 95%) de ter aborto em modelos multivariados. Foram incluídas 253 mulheres com história de aborto recorrente e 264 mulheres saudáveis (controle). O DNA foi extraído de leucócitos de sangue periférico para o estudo de metilação. Foram separadas alíquotas de soro e plasma para dosagem de vitaminas, metabólitos e citocinas. Não foram encontradas diferenças nas taxas de metilação do DNA entre os grupos aborto e controle. A citocina TNFα está aumentada nos grupos de aborto em comparação ao controle. A taxa de metilação do DNA no gene IFNG foi correlacionada inversamente às concentrações de folato sérico e citocina IFNγ no grupo controle. E as concentrações de IL10 foram inversamente correlacionadas à taxa de metilação do DNA nos grupos de aborto secundário e controle. Neste trabalho, verificou-se que as vitaminas e as citocinas influenciam na taxa de metilação do DNA do gene IFNG e a citocina pró-inflamatória TNFα apresenta-se aumentada em mulheres com história de aborto. / Recurrent spontaneous abortion (RSA) is characterized by the occurrence of three or more consecutive spontaneous abortions until the 20th week of gestation. It is a multifactorial pathological condition in which morphological uterine, endocrine disorders, changes in the karyotype genetic polymorphisms related to genes involved in homocysteine metabolism, infection, autoimmunity and inflammatory processes may contribute to the occurrence of RSA. The physiological state of the endometrium is essential for embryo implantation in the uterus during pregnancy. In maternal-fetal interface, there is a modulation of cytokines necessary for the establishment and development of placental angiogenesis. An imbalance between cytokines can decrease tolerance to fetus and cause fetal rejection. Concentration of cytokines may be modified due to a decrease in the expression of genes related to some of these cytokines that can be regulated by DNA methylation, which is an epigenetic mechanism of gene regulation and which corresponds to the incorporation of groups Methyl CpG islands located near the promoter regions of human genes, and this may be important in assessing the risk of pregnancy complications. In addition, the nutritional status of vitamins was associated with changes in the methylation pattern of certain genes. The aims of this study were to determine the concentrations of inflammatory mediators in women with abortion and the control group, examine correlations between concentrations of vitamins, total homocysteine and DNA methylation rate, examine correlations between cytokine concentration and DNA methylation and determine odds ratio (95% CI) of having abortion in multivariate models. We included 253 women with a history of recurrent miscarriage and 264 healthy women (control). DNA was extracted from peripheral blood leukocytes for the study of methylation. Serum and plasma aliquots were used for determination of vitamins, metabolites and cytokines. There were no differences in rates of DNA methylation between control and abortion groups. The cytokine TNFα is increased in abortion groups compared to the control. DNA methylation rate in gene IFNG was inversely correlated with serum folate and serum cytokine IFNγ in the control group. Also IL10 concentrations were inversely correlated to DNA methylation rate in groups of miscarriage and secondary control. In this work, it was found that vitamins and cytokines influence DNA methylation rate in the promoter region and are different in the study and control groups.
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Metilação das regiões promotoras dos genes RASSF1A e MGMT na carcinogênese de cabeça e pescoço

Regiani, Vitor Rafael 25 August 2015 (has links)
Submitted by Fabíola Silva (fabiola.silva@famerp.br) on 2016-06-22T15:03:16Z No. of bitstreams: 1 vitorrafafelregiani_dissert.pdf: 1149352 bytes, checksum: 542e5f6273639354b00db640f941c027 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-22T15:03:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vitorrafafelregiani_dissert.pdf: 1149352 bytes, checksum: 542e5f6273639354b00db640f941c027 (MD5) Previous issue date: 2015-08-25 / Introduction: DNA methylation plays an important role in regulating gene expression. During tumorigenesis, the hypermethylation of CpG-rich islands in promoter regions (Cytosine phosphodiester Guanine) is a mechanism that can inactivate tumor suppressor genes and contribute to the development of cancer. Objective: This study aimed to evaluate the methylation of promoter regions of tumor suppressor genes RASSF1A (Ras association domain family member 1) and MGMT (O-6-methylguanine-DNA methyltransferase) in squamous cell carcinoma of the head and neck. Methods: The methylation analysis of promoter regions of RASSF1A and MGMT genes was performed using the High Resolution Melting (HRM) in 42 and 37 tumor tissue samples, respectively. Samples of tissue adjacent to the tumor or peripheral blood were used as controls. Results: For the RASSF1A gene, 50% (21 of 42) of tumor tissue samples analyzed were methylated, whereas for MGMT of 37 tumor tissue samples analyzed, 17 (46%) showed methylation. Statistical analysis between pairs of tumor samples and controls (tissue adjacent to the site of tumor and peripheral blood) showed significant differences in the presence of methylation for the RASSF1A gene (P = 0.027, Chi-square test) and the MGMT gene (P = 0.002, Chi-square test). The evaluation of the presence of methylation between tumor tissue and surrounding tissue showed no significant difference for RASSF1A genes (P = 1.0) and MGMT (P = 0.38). For the subset of tumor tissue and peripheral blood statistic was significant for RASSF1A (P = 0.005) and MGMT (P = 0.002) genes. Analysis of the presence of methylation in tumors relative to non-tumor tissues (tissues adjacent to tumor or peripheral blood) in different anatomical sites of primary occurrence showed that in oral cavity and pharynx no statistically significant difference for the RASSF1A gene (P = 0.233) relative to non-tumor samples; MGMT gene statistical results were significant (P = 0.033). In the larynx, the statistical results were significant for the RASSF1A gene (P = 0.04) compared to non-tumor samples, while for the MGMT gene, the result was not statistically significant (P = 0.998). The presence of the methylation of the MGMT gene in both genes simultaneously, RASSF1A and MGMT, were associated with the category N (P = 0.045 and P = 0.035, respectively). For the RASSF1A gene was not observed this association (P = 0.093). The analysis by multiple logistic regression of the influence of epidemiological factors (gender and age), risk factors (smoking and drinking) and clinical parameters of the tumor for the presence of methylation showed no significant association for these variables. Conclusions: The prevalence presence of methylation in the promoter region of RASSF1A and MGMT genes in tumor tissue of the pairs of samples (tumor and non-tumor tissue) suggests the involvement of these genes in the process of squamous cells carcinoma of the head and neck, in particular of the MGMT gene in tumors of the oral cavity and pharynx and RASSF1A gene in larynx tumors. No was observed association between methylation of RASSF1A and MGMT genes and age, gender, the tobacco and alcohol consumption and clinical tumor parameters. / Introdução: A metilação do DNA desempenha um papel importante na regulação da expressão gênica. Durante a tumorigênese, a hipermetilação em regiões promotoras ricas em ilhas CpG (Cytosine phosphodiester Guanine) é um mecanismo que pode inativar genes supressores de tumor e contribuir para o desenvolvimento do câncer. Objetivo: O presente trabalho teve como objetivo avaliar a metilação das regiões promotoras dos genes supressores de tumor RASSF1A (Ras association domain family member 1) e MGMT (O-6-methylguanine-DNA methyltransferase) em carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço. Casuística e Métodos: A análise de metilação das regiões promotoras dos genes RASSF1A e MGMT foi realizada pela técnica High Resolution Melting (HRM) em 42 e 37 amostras de tecidos tumorais, respectivamente. Amostras de tecido adjacente ao tumor ou de sangue periférico foram utilizadas como controle. Resultados: Para o gene RASSF1A, 50% (21 de 42) das amostras de tecidos tumorais analisadas foram metiladas, enquanto para o MGMT, das 37 amostras de tecidos tumorais analisadas, 17 (46%) apresentaram metilação. A análise estatística entre os pares de amostras tumorais e controles (tecido adjacente ao tumor e sangue periférico) mostrou diferença significante quanto à presença de metilação para o gene RASSF1A (P=0,027, teste de Qui-quadrado) e para o gene MGMT (P=0,002, teste de Qui-quadrado). A avaliação da presença de metilação entre subgrupos de tecido tumoral e tecido adjacente não mostrou diferença significante para os genes RASSF1A (P=1,0) e MGMT (P=0,38). Para o subgrupo de tecido tumoral e sangue periférico o resultado estatístico foi significante para os genes RASSF1A (P=0,005) e MGMT (P=0,002). A análise da presença de metilação nos tumores em relação aos tecidos não tumorais (tecidos adjacentes ou sangue periférico) nos diferentes sítios anatômicos de ocorrência primária mostrou que, em cavidade oral e faringe não houve diferença estatística significante para o gene RASSF1A (P=0,233) em relação às amostras não tumorais; para gene MGMT o resultado estatístico foi significante (P=0,033). Em laringe, o resultado estatístico foi significante para o gene RASSF1A (P=0,04) em relação às amostras não tumorais, enquanto para o gene MGMT, o resultado estatístico não foi significante (P=0,998). A presença de metilação no gene MGMT bem como em ambos os genes concomitantemente, RASSF1A e MGMT, foi associada com a categoria N (P=0,045 e P=0,035, respectivamente). Para o gene RASSF1A não foi observada tal associação (P=0,093). A análise por meio da regressão logística múltipla da influência dos fatores epidemiológicos (gênero e idade), dos fatores de risco (tabagismo e etilismo) e parâmetros clínicos do tumor quanto à presença de metilação não mostrou associação significante para essas variáveis. Conclusões: A presença de metilação nas regiões promotoras dos genes RASSF1A e MGMT apenas no tecido tumoral da maioria dos pares de amostras (tecido tumoral e não tumoral) sugere o envolvimento desses genes no processo neoplásico de cabeça e pescoço, em especial do gene MGMT em tumores da cavidade oral e faringe e do gene RASSF1A na laringe. Não há associação entre metilação dos genes RASSF1A e MGMT e a idade, o gênero, os hábitos tabagista e etilista e os parâmetros clínicos do tumor.
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Análise da hipermetilação do gene pINK4a em lesões pré-malignas e malignas da cérvice uterina associadas à infecção por papilomavírus humanos

Moysés, Natalia January 2011 (has links)
Submitted by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-10-05T15:40:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇAO NATALIA MOYSES.pdf: 1041310 bytes, checksum: de2100786e43db8c2d408683c6cadf90 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-10-05T15:40:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇAO NATALIA MOYSES.pdf: 1041310 bytes, checksum: de2100786e43db8c2d408683c6cadf90 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-05T15:40:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇAO NATALIA MOYSES.pdf: 1041310 bytes, checksum: de2100786e43db8c2d408683c6cadf90 (MD5) Previous issue date: 2011 / Universidade Federal Fluminense. Centro de Ciências Médicas. Instituto Biomédico / O silenciamento do gene pINK4a por hipermetilação tem sido sugerido como cofactor importante envolvido na carcinogênese cervical. O objetivo deste estudo foi investigar o padrão de metilação do gene pINK4a no epitélio cervical e avaliar uma possível associação com a infecção pelos papilomavírus humanos (HPV) e o genótipo viral. Nesse estudo transversal retrospectivo foram analisados 141 esfregaços cervicais, classificados pelo Sistema Bethesda como normal (28), lesão intraepitelial de baixo grau (35), lesão intraepitelial de alto grau (49) e câncer invasivo (29). A detecção e genotipagem de HPV foram feitas pela técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR). A hipermetilação foi avaliada através de Nested-PCR metilação específica. Para analisar a associação entre presença de metilação e variáveis como: presença de HPV, genótipo viral, hábito de fumar e idade, foi feita análise multivariada por regressão logística. Mais de 60% dos casos apresentaram infecção por HPV e 44,6% apresentaram o gene pINK4a hipermetilado. Houve um aumento significativo da freqüência da metilação de acordo com o grau da lesão cervical (p<0,001). A análise multivariada mostrou associação entre a presença de HPV de alto risco e a metilação (p=0,01). Encontramos também correlação entre metilação e resultados da citologia classificados como lesão intraepitelial de alto grau (p=0.007) e câncer (p<0.0001). Nossos resultados indicam que a metilação do gene pINK4a pode contribuir para o surgimento de lesões pré-malignas e transformação neoplásica do epitélio cervical, juntamente com a infecção por HPV de alto risco / pINK4a gene silencing through hypermethylation have been suggested as a cofactor involved in cervical carcinogenesis. We aimed to investigate its methylation status in cervical epithelia and evaluate an association with HPV infection and genotype. This retrospective cross-sectional study was performed with 141 cervical exfoliated cell samples, classified through Bethesda System as Normal (28), low grade intraepithelial lesion (35), high grade intraepithelial lesion (49) and Invasive cancer (29). HPV detection and genotyping was performed through polymerase chain reaction (PCR). Hypermethylation was assessed with nested-methylation specific PCR. To evaluate an association between pINK4a methylation variables such as HPV infection, viral genotyping, tobacco exposure and age a multivariate analysis was performed. HPV positivity was detected in 62% of the samples and 44.6% showed pINK4a hypermethylation. An upward trend was observed according to lesion severity (p<0.001). Multivariate analysis showed an association between high-risk HPV infection and methylated pINK4a profile (p=0.01). We found a correlation between high grade intraepithelial lesion (p=0.007) and cancer (p<0.0001) cytology results and the presence of methylation. Our results point out that pINK4a methylation may contribute to the establishment of premalignant lesions and neoplastic transformation of cervical epithelium along with hr-HPV infection
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Análise das alterações genéticas e epigenéticas dos tumores gástricos infectados por Helicobacter pylori e v rus Epstein-Barr

Ferrasi, Adriana Camargo [UNESP] January 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007Bitstream added on 2014-06-13T20:01:07Z : No. of bitstreams: 1 ferrasi_ac_dr_rcla.pdf: 1030993 bytes, checksum: 9a0fbcc4634e2697322fd343cddaa074 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Gastric cancer (GC) is one of the most common cancer types and it is associated with high mortality frequencies. Although a decrease in the worldwide incidence is observed, the prognosis of this disease still remains poor, mainly when the diagnosis is carried out at advanced stages. Recent evidences have identified DNA methylation as an important mechanism for tumor suppressor gene inactivation. Helicobacter pylori infection is considered one of the most important etiological factors and the CagA gene is associated with more severe pathologies including cancer. Likewise, EBV is another infectious agent that has been associated with gastric carcinoma in at least 10% of the cases. In this study, we determined the promoter methylation status of the CDH1, DAPK, COX2, hMLH1 and CDKN2A and MSI frequency in 89 primary gastric carcinomas and correlated the findings with the presence of H. pylori and EBV infections and also with clinicopathological features of gastric carcinomas. COX2 was the most frequently hypermethylated gene (63.5%) in these patients, followed by DAPK (55.7%), CDH1 (51%), CDKN2A (36%) and hMLH1 (30.3%). In this study, MSI was correlated with hMLH1 methylation, as shown before, and there was an inverse correlation between DAPK hypermethylation and MSI. Also, MSI was inversely correlated with H. pylori CagA+, providing new evidence for the association of MSI and better prognosis.

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