Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-02-06T12:12:53Z No. of bitstreams: 2 Tese - Vanessa Duarte Dias - 2016.pdf: 2283005 bytes, checksum: 467160bb33424613a588c7251fabc187 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-02-06T12:13:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Vanessa Duarte Dias - 2016.pdf: 2283005 bytes, checksum: 467160bb33424613a588c7251fabc187 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T12:13:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Vanessa Duarte Dias - 2016.pdf: 2283005 bytes, checksum: 467160bb33424613a588c7251fabc187 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The sugarcane production areas are increasing in Brazil due to increased ethanol consumption by flex fuel cars. The planted area is growing, but productivity has been declining in recent years, and factors such as incidence of diseases in the crop may be contributing to this situation. Among the diseases, bacteria such as scald of the leaves and ratoon stunting disease are of great importance to the crop because they can reduce productivity by up to 30%. In addiction and the symptoms are not always displayed in the field, thus requiring advanced techniques to detect such bacterial diseases For Leifsonia xyli subsp. xyli, which causes rickets in the ratoon cane sugar control measure most commonly used besides varietal resistance is thermally treating the billets that will serve seedlings. Thus, the purpose of the first study was to perform the heat water treatment of billets with the addition of kasugamycin antibiotic dosage 300mL/100L H2O in order to try to reduce bacterial escape from the standard treatments, as also in other time and temperature combinations proposed: T1 = 52°C/30 '; T2 = 52°C/1hr; T3 = 50°C/1hr; T4 = 50°C/2hrs; T5 = 52°C/30 '+ antibiotic; T6 = 52°C/1hr + antibiotic; T7 = 50°C/1hr + antibiotic; T8 = 50°C/2hrs + antibiotic; T9 = antibiotic and T10 = control. Moreover, among techniques for diagnosis of such diseases, the most used by laboratories are the serological tests which have the advantage of quantitatively detecting the presence of bacteria on the stems but, however, has the disadvantage of detecting only when the bacterial population is relatively high. PCR technique that is one of the techniques considered most sensitive, has not been used in practice, as this high sensitivity has not been used, the protocols do not detect bacterial diseases in the case of latent infection, where bacterial title is relatively low. So the other work aimed at improving the Xanthomonas albilineans detection developing a LAMP protocol, and compared to other techniques of detection and isolation in semiselective medium, PCR and nested PCR for both symptomatic samples and for asymptomatic and the latter where population in general pathogen is low, we improved Nested one protocol to detect the leaf scald in latent infections by comparing the vascular fluid extraction techniques combined with four different DNA extraction protocols. / O cultivo de cana-de-açúcar está em expansão no Brasil, devido principalmente ao crescente consumo de etanol por carros bicombustíveis. A área plantada está em crescimento, mas a produtividade nos últimos anos vem decrescendo, e fatores como incidência de doenças podem estar contribuindo para tal situação. Dentre as doenças, as bacterianas, como o raquitismo das soqueiras e a escaldadura das folhas, possuem grande importância para a cultura, pois podem reduzir a produtividade em até 30%. Nem sempre os sintomas são visualizados em campo, necessitando assim de técnicas avançadas de detecção ou controle. Para a bacteria Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), que causa o raquitismo das soqueiras em cana-de-açúcar a medida de controle mais utilizada além da resistência varietal é tratar termicamente os toletes que servirão de mudas. Assim o objetivo do primeiro trabalho foi realizar o tratamento térmico dos toletes com a adição de antibiótico casugamicina à dosagem de 300mL/100L de H2O com o intuito de tentar reduzir o escape bacteriano dentre os tratamentos padrões, como também em outras combinações de tempo e temperatura propostos: T1= 52ºC/30’; T2= 52ºC/1hr; T3= 50ºC/1hr; T4= 50ºC/2hrs; T5= 52ºC/30’ + antibiótico; T6= 52ºC/1hr + antibiótico; T7= 50ºC/1hr + antibiótico; T8= 50ºC/2hrs + antibiótico; T9= antibiótico e T10= testemunha. Além disso, dentre as técnicas para diagnose de tais doenças, as mais utilizadas por laboratórios são os testes sorológicos, que tem como vantagem detectar quantitativamente a presença das bactérias nos colmos mas, no entanto, possui a desvantagem de detectar somente quando a população bacteriana está relativamente alta. Já a técnica de PCR que é uma das tecnicas consideradas mais sensíveis, não vem sendo utilizada na prática, pois esta alta sensibilidade não vem ocorrendo. Os protocolos não detectam as bacterioses no caso de infecção latente, onde o título bacteriano é relativamente baixo. Portanto, os demais trabalhos visaram aprimorar a detecção Xanthomonas albilineans desenvolvendo um protocolo LAMP, e comparando com outras tecnicas de detecção como isolamento em meio semi-seletivo, PCR e Nested-PCR, tanto para amostras sintomáticas quanto para assintomáticas. Para estas últimas onde a população do patógeno de maneira geral é baixa, aprimoramos um protocolo Nested para detectar escaldadura das folhas em infecções latentes, comparando técnicas de extração do fluído vascular combinado a quatro diferentes protocolos de extração de DNA.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-07T10:48:47Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leda Margarita Castaño Barrios - 2017.pdf: 980812 bytes, checksum: db3c4dca26b1b3bed20b822e4b839e3e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-07T10:49:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leda Margarita Castaño Barrios - 2017.pdf: 980812 bytes, checksum: db3c4dca26b1b3bed20b822e4b839e3e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-07T10:49:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leda Margarita Castaño Barrios - 2017.pdf: 980812 bytes, checksum: db3c4dca26b1b3bed20b822e4b839e3e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / Outro / The purpose of this study was to detect the presence of Cryptosporidium spp. by the nested PCR in 95 samples of cat feces collected in four localities in Goiânia, Goiás, Brazil. In positive samples, we determined: (i) the frequency of Cryptosporidium spp., (ii) the species present, through BLAST sequences analysis, and (iii) risk factors (age, sex, and lifestyle of cats) using logistic regression and odds ratio (OR). We identified 17.9% (17/95) of samples were positive for Cryptosporidium spp. infection and, of these, 8,4% (8/95) were from males and 9,5% (9/95) from females. Among total samples, 7.4% (7/95) were from free-living animals and 10,5% (10/95) from non-free; 13,7% (13/95) were under six months of age and 4,2% (4/95) over six months of age. Regarding their origins, 7,4% (7/95) were from NGOs, 6,3% (6/95) from the University Veterinary Hospital, and 4,2 (4/95) from the premises of “Campus Samambaia”. Was detected circulating of C. felis 88,2 % (15/17), C. muris 5,9% (1/17) and Cryptosporidium sp. 5,9% (1/17) in the sampled animals. The only risk factor was age, for cats younger than six months (χ2 = 4,3, p= 0.04, OR = 3,4). This study demonstrated the existence of positive animals for Cryptosporidium spp. At least two species of Cryptosporidium circulate among the cats studied, affecting mainly cats under the age of six months. / Os objetivos do presente estudo foram detectar a presença de Cryptosporidium spp. por meio da técnica de nested-PCR em 95 amostras de fezes de gatos coletados em quatro localidades de Goiânia, Goiás (Brasil) e determinar (i) a frequência de Cryptosporidium spp., (ii) as espécies presentes, por meio de análise de sequencias no BLAST e (iii) avaliar os fatores de risco: sexo, idade e estilo de vida dos gatos, por meio de regressão logística e OR (odds ratio). Detectou-se 17,9% (17/95) de infecção por Cryptosporidiums sp., sendo 8,4% (8/95) em machos e 9,5% (9/95) em fêmeas. Do total dos animais amostrados, 7,4% (7/95) eram de vida livre e 10,5% (10/95) não livre. Dentre os positivos, 13,7% (13/95) tinham idade inferior a seis meses e 4,2% (4/95) idade igual ou superior a seis meses. Quanto à origem, 7,4 % (7/95) eram oriundos de Organização Não Governamental, 6,3% (6/95) do Hospital Veterinário da Escola de Veterinária e Zootecnia da Universidade Federal de Goiás e 4,2 (4/95) do Campus Samambaia da Universidade Federal de Goiás. Foi detectada a circulação nos animais amostrados de Cryptosporidium felis, 88,2 % (15/17), C. muris, 5,9 % (1/17) e Cryptosporidium sp., 5,9 % (1/17). O único fator de risco identificado foi a idade inferior a seis meses (χ2 = 4,3, p= 0.04, OR = 3,4). Conclui-se que, nas condições em que o estudo foi realizado, há animais positivos para Cryptosporidium spp. Pelo menos duas espécies de Cryptosporidium circulam entre os gatos amostrados e afetam principalmente aqueles animais com idade inferior aos seis meses.

A Bronquite Infecciosa das Aves (BIG) é uma das doenças respiratórias aviárias de maior impacto na avicultura mundial. No Brasil, as estirpes BR-I (GI-11) e Massachusetts (GI-1) são as mais prevalentes nos planteis avícolas. O presente estudo teve como objetivos desenvolver reações de semi-nested PCR para o diagnóstico das estirpes BR-I e Mass, em amostras brasileiras obtidas durante o período de 2016 e 2017. Foram desenvolvidas duas reações de semi-nested PCR tendo como alvo a subunidade 1 do gene S, específicas para as estirpes BR-I e Mass. O limiar de detecção foi de 104 cópias de DNA/µL nas duas reações (3,76fg/µL na reação exclusiva de BR-I; e 5,58fg/µL e 5,57fg/µL na reação duplex de BR-I e Mass, respectivamente). Posteriormente, foram avaliados 572 pools de órgãos procedentes das 5 regiões do Brasil. Dentre estas amostras, 62,24% foram positivas para Coronavírus, sendo o alvo desta reação a região 3UTR. A reação de semi-nested PCR específica detectou a estirpe BR-I em 84,83% das amostras positivas para Coronavírus. A reação de semi-nested PCR duplex detectou 65,44% das amostras positivas para a estirpe BR-I; 7,35% positivas para a estirpe Mass e co-infecção da estirpe BR-I com Mass em 17,65% das amostras. Após a análise dos controles positivos (vacinas Mass e BR-I) no BLASTn, do resultado do sequenciamento dos produtos de PCR, da análise filogenética, da similaridade de nucleotídeos e a dedução em aminoácidos, foi confirmado o agrupamento esperado das sequências detectadas pelas reações PCR dirigidas para a estirpe BR-I ou Mass. Estes resultados confirmaram a presença predominante da estirpe BR-I, e em menor número, da estirpe Mass nos planteis avícolas do Brasil. As reações desenvolvidas no presente estudo serão valiosas no diagnóstico e na monitoria da doença. / Avian Infectious Bronchitis (IB) is one of the avian respiratory diseases with the greatest impact on poultry farming worldwide. In Brazil, strains BR-I (GI-11) and Massachusetts (GI-1) are the most prevalent in poultry flocks. The present study aimed to develop semi-nested PCR reactions for the diagnosis of IBV BR-I and Mass strains, in Brazilian samples obtained during the period of 2016 and 2017. Two semi-nested PCR reactions targeting the 1 subunit of the S gene were developed, specific for BR-I and Mass strains. The detection threshold was 104 copies of DNA/µL in both reactions (3,76fg/µL in the exclusive BR-I reaction; and 5,58fg/µL and 5,57fg/µL in the duplex reaction of BR-I and Mass, respectively). Subsequently, 572 organ pools from the 5 regions of Brazil were evaluated. Among these samples, 62,24% were positive for Coronavirus, being the target of this reaction the 3UTR region. The specific semi-nested PCR reaction detected the BR-I strain in 84,83% of the Coronavirus positive samples. The duplex semi-nested PCR reaction detected 65,44% of the samples positive for the BR-I strain, 7,35% positive for Mass strain, and co-infection of the BR-I and Mass strain in 17,65% of the samples. After the analysis of the positive controls (Mass and BR-I vaccines) in BLASTn, the result of the sequencing of the PCR products, phylogenetic analysis, nucleotide similarity and amino acid deduction, was confirmed the expected clustering of the sequences detected by the PCR reactions directed to BR-I and Mass strains. These results confirm the predominant presence of the BR-I strain, and to a lesser extent, the Mass strain in Brazilian poultry flocks. The reactions developed in the present study will be valuabe in the diagnosis and monitoring of the disease.

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:04:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sara Angelino Martins.pdf: 1671026 bytes, checksum: 54e5627bbd7b0f309897c96d6bc54a06 (MD5) Previous issue date: 2013-06-10 / A região da Ilha das Caieiras, na cidade de Vitória (ES) situa-se dentro de uma região estuarina na Baía de Vitória e encontra-se próxima a uma extensa área de manguezal. A população residente mantém relação de grande dependência com os recursos naturais oferecidos (ostras, mariscos) que são utilizados como fonte de subsistência e lazer. O manguezal da Ilha das Caieiras recebe esgoto in natura proveniente das áreas adjacentes, contaminando a água e os mariscos ali existentes. Além disso, os microrganismos que são lançados juntamente com o esgoto no ambiente costeiro podem ser acumulados no sedimento. O presente trabalho teve por objetivo pesquisar vírus entéricos e bactérias indicadoras de poluição fecal no sedimento e na água em três pontos do estuário (P1, P2 e P3) na área de manguezal, ao longo de 15 meses de monitoramento. Foram avaliadas um total de 45 amostras para presença de coliformes termotolerantes (CT), enterococos e vírus entéricos (adenovírus HAdV; rotavírus RVA; e norovírus NoV GII), utilizando-se a Nested-PCR. Também foram avaliados parâmetros físico-químicos da água próxima ao ponto de coleta do sedimento. As análises microbiológicas do sedimento apresentaram respectivamente as seguintes médias geométricas para enterococos: 1,5x103, 1,5x103 e 1,1x103 UFC/100g, coliformes termotolerantes: 4,9x102, 2,6x102, 5,1x102. Nas amostras de água os resultados encontrados para enterococos foram: 7,6x101, 5,0x101 e 1,1x102 e coliformes termotolerantes 2,2x102, 1,3x102, 3,0x102. As análises de vírus entéricos nas amostras de água apresentaram frequências de 20% para RV, 13% para AdV e 8,8% para NoV GII e nas amostras de sedimento somente NoV GII(4,5%) foi encontrado. A presença viral e bacteriológica nas amostras indica que esta região encontra-se sob impacto antropogênico, e que o sedimento proveniente do manguezal da Ilha das Caieiras pode atuar como reservatório de substâncias poluentes que ao serem liberadas para a coluna d agua podem causar doenças gastrointestinais às pessoas que utilizam essa área como fonte de subsistência e lazer / The region of the Ilha das Caieiras, in Vitória (ES) is located within an estuarine region in Vitoria Bay and is close to an extensive mangrove area. The resident population ratio remains highly dependent relationship on natural resources offered (oysters, clams) therefore used as a source of subsistence and recreation. The mangrove of Ilha das Caieiras receives sewage from adjacent areas, contaminating water and shellfish therein. In addition, microorganisms that are cast together with the sewage in the coastal environment can be accumulated in the sediment. This objective of this work was to investigate enteric viruses and bacterial indicators of fecal pollution in the sediment and water at three points of this estuary (P1, P2 and P3) mangrove area over 15 months of monitoring. We evaluated a total of 45 samples for the presence of thermotolerant coliform (TC), enterococci and enteric viruses (adenovirus - HAdV; rotavirus - RVA, and norovirus - NoV GII, using a nested PCR. We also evaluated the physico-chemical parameters of the water collection point next to the sediment. Microbiological analyzes of the sediment were respectively geometric mean for enterococci: 1.5 x103, 1.5 x103 and 1.1 x103 UFC/100g, thermotolerantes coliforms: 4.9 x103, 2.6 x102 and 5.1 x102. In water samples the results for enterococci were: 7.6 x101, 5.0 x101 and 1.1 x102 and themortolerants coliforms: 2.2 x102, 1.3 x102, and 3.0 x102. Analyses of enteric viruses in water samples showed frequencies of 20% for RV, 13% for AdV and 8.8% for NoV GII and sediment samples only NoV GII (4.5%) was found. The presence of the viral and bacteriological samples indicates that this region is under anthropogenic impact, and that the sediment from the mangrove of Ilha das Caieiras can act as a reservoir of pollutants that are released to the water column can cause gastrointestinal diseases the people who use this area as a source of livelihood and recreation

Mestrado em Ciências Forenses / Master Degree Course in Forensic Sciences / A possibilidade de analisar amostras com quantidades exíguas de material genético (amostras Low Copy Number ou LCN), em que estão presentes apenas algumas células, tem alterado a forma de encarar a cena do crime. Alguns vestígios que até agora não eram considerados como susceptíveis de proporcionarem resultados, podem actualmente ser analisados com sucesso. As impressões digitais são um bom exemplo. Estes vestígios apresentam um baixo número de células, permitindo apenas recuperar quantidades de DNA inferiores a 100 pg. Assim, para a análise do DNA nuclear, é necessário implementar sistemas muito sensíveis que consistem, habitualmente, no aumento do número de ciclos da PCR. Contudo, alguns artefactos são produzidos, tornando difícil a interpretação dos electroforectogramas. Neste trabalho pretendeu-se comparar a aplicação do estudo de STR autossómicos, Y-STR e miniSTR na análise genética de impressões digitais, partindo do conceito do aumento do número de ciclos como estratégia para se obter maior sensibilidade. Procedeu-se também à amplificação total do genoma e nested-PCR, como métodos alternativos ao aumento do número de ciclos. Adicionalemente, neste estudo tentou-se perceber a influência dos principais métodos reveladores de impressões digitais (cianoacrilato, pó magnético e pó branco) na análise do DNA. Os resultados mostram que o aumento do número de ciclos é a melhor opção como método para aumentar a sensibilidade. Constata-se também que o DNA extraído de impressões digitais encontra-se parcialmente degradado, obtendo-se diferenças significativas entre loci com fragmentos de amplificação menores e maiores do que 200 pb. Dos diferentes marcadores caracterizados verifica-se que, em termos de percentagem de alelos detectados, os miniSTR proporcionam os melhores resultados. Por outro lado, os Y-STR parecem altamente sensíveis à degradação ou presença de inibidores, pelo que são menos robustos para este tipo de análises. Verifica-se também que os perfis LCN são drasticamente afectados por artefactos, principalmente os derivados de variação estocástica, como o allele dropout e o desequilíbrio heterozigótico. A determinação de perfis de consenso permite reduzir alguns destes artefactos. Dos métodos de revelação estudados, o cianoacrilato é o que apresenta menor influência na análise e, pelo contrário, o pó branco provoca os resultados mais negativos. / The possibility to perform low copy number DNA typing, when just a few cells are available, as changed the way how crime scene investigations is faced. Nowadays it is possible to successfully type some evidence that couldn t be considered until now. Fingerprints are a good example of those. Since that just a few cells are present in this evidence (enabling recovery of low quantities of DNA, fewer than 100pg) just very sensitive systems can detect nuclear DNA. The most used method is definitely increasing the number of PCR cycles. However, increased occurrence of stutters and artifacts that reduced the quality of the DNA profile is normally observed. The present work aimed to compare the application of autosomic STR, Y-STR and miniSTR markers, based on the concept of increased number of PCR cycles as a strategy to achieve more sensitivity. Some other methods, such as whole genome amplification and nested-PCR, were also evaluated as an alternative way to reach the desired sensitivity. Another goal was to determine the influence of several reagents for developing latent fingerprints (cyanoacrylate fuming, magnetic powder and white powder) in DNA typing. The results shows that increasing the number of PCR cycles still is the best way to attain the required sensitivity. Moreover we could realize that DNA was partially degraded, once there were observed significant differences between loci larger and smaller than 200bp. Among all markers miniSTR showed to perform the best results in terms of detected alleles percentage. On the other hand, Y-STR seemed to be highly affected in the presence of degraded DNA and PCR inhibitors, which makes them less robust for these analyses. LCN profiles are significantly affected by artifacts, like allele dropout and heterozygous imbalance, derived from stochastic fluctuation. Reporting consensus profiles reduces artifact inherent errors. Finally, cyanoacrylate proved to have a minimum negative effect on DNA profiling, while white powder was the worst reagent.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 577759 bytes, checksum: 8b7270200348b4cbbdc4f40d5e821098 (MD5) Previous issue date: 2010-08-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This work aimed to study the diversity of endophytic bacteria associated to Coffea arabica L. fruit during their development. Seven monthly collections were conducted, following coffee fruit development in homogeneous stand of Catuai Vermelho coffee cultivar plantation. Each sample was processed according to protocol aiming to obtain total DNA from the endophytic bacterial community, associated to each stage of fruit development. The strategy of rDNA16S amplification through the Nested-PCR technique and DGGE discrimination were applied. The total population of endophytic bacteria and the phylos Actinobacteria, Firmicutes and Proteobacteria (alpha, beta and gamma classes) were investigated. The analysis of each gel, representing the evolution of a population along time, was carried out using the program Bionumerics®. The existence of endophytic bacteria associated to coffee fruit since the first month of their development was confirmed, by using the universal primer for Eubacteria. Based on the similarity between the distribution pattern of the OTUs on the rays representing the two final months of fruit development, it was inferred that the populations tend to stabilize. Less similarity between the endophytic populations, present in the different phases of fruit development, was confirmed in the phylo Firmicutes, while the beta-Proteobacteria displayed greater similarity among the different phases of fruit development. Amplification of the rDNA by Nested PCR and DGGE discrimination were found to be adequate to distinguish the alteration dynamics among the phylo populations and the bacterial classes studied. / Neste trabalho foi estudada a diversidade de bactérias endofíticas associadas a frutos de Coffea arabica L. durante o seu desenvolvimento. Foram realizadas sete coletas mensais, acompanhando o desenvolvimento dos frutos em cafeeiros de um talhão homogêneo de lavoura do cultivar Catuaí Vermelho. Cada amostra foi processada seguindo protocolo para obter o DNA total da comunidade bacteriana endofítica, associada a cada estádio de desenvolvimento do fruto. Foi empregada a estratégia de amplificação do rDNA16S pela técnica de Nested-PCR e discriminação em DGGE. A população total de bactérias endofíticas e os filos Actinobacteria, Firmicutes e Proteobacteria (classes alfa, beta e gama) foram investigados. A análise de cada gel, representando a evolução de uma população ao longo do tempo, foi realizada empregando o programa Bionumerics®. Demonstrou-se a existência de populações de bactérias endofíticas associadas aos frutos de café desde o primeiro mês de seu desenvolvimento, com emprego do primer universal para Eubacteria. Pela maior similaridade entre o padrão de distribuição das UTOs nas raias que representam os dois meses finais de desenvolvimento dos frutos inferiu-se que as populações tendem para a estabilização. A menor similaridade entre as populações endofíticas, presentes nas diferentes fases de desenvolvimento dos frutos, foi constatada no filo Firmicutes, enquanto as beta- Proteobacteria exibiram maior similaridade entre as diferentes fases de desenvolvimento dos frutos. A amplificação do rDNA por Nested PCR e discriminação em DGGE mostrou-se adequada para a distinção da dinâmica de alterações nas populações entre os filos e as classes de bactérias estudadas.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-05-10T14:43:51Z No. of bitstreams: 1 luisadeoliveira.pdf: 1689764 bytes, checksum: 7af6e626808d1ab5d4fc1de9be514aaa (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-05-17T15:08:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 luisadeoliveira.pdf: 1689764 bytes, checksum: 7af6e626808d1ab5d4fc1de9be514aaa (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-05-17T15:08:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 luisadeoliveira.pdf: 1689764 bytes, checksum: 7af6e626808d1ab5d4fc1de9be514aaa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T15:08:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luisadeoliveira.pdf: 1689764 bytes, checksum: 7af6e626808d1ab5d4fc1de9be514aaa (MD5) Previous issue date: 2014-10-10 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Hemosporídeos de aves silvestres são considerados importantes agentes etiológicos e podem causar danos às populações dos hospedeiros. O presente estudo teve como objetivos: determinar a prevalência e a parasitemia para Plasmodium spp. e Haemoproteus spp. de Passeriformes da Mata Atlântica de Minas Gerais, por meio de dois métodos de diagnóstico, microscopia e nested PCR e caracterizar morfologicamente a espécie Plasmodium (Haemamoeba) lutzi Lucena, 1939. Amostras de sangue foram obtidas por punção da veia braquial para preparação de esfregaços que foram fixados em metanol e corados em Giemsa. Foram amostradas 237 aves pertencentes a 18 famílias e 56 espécies da ordem Passeriformes provenientes do IBAMA e capturadas no Jardim Botânico da Universidade Federal de Juiz de Fora (JB-UFJF). A prevalência para Plasmodium spp. foi 63,63% em aves do IBAMA e 26,25% em aves do JB-UFJF, apenas três indivíduos encontraram-se parasitados por Haemoproteus spp., sendo dois (2,5%) provenientes do IBAMA e um (0,62%) do JB-UFJF. A parasitemia média encontrada para Plasmodium spp./Haemoproteus spp. foi de 0,08 (± 0,08) no IBAMA e 0,05 (± 0,04) no JB-UFJF. O maior grau de parasitemia média foi registrado nas espécies Turdus albicollis, Zonotrichia capensis (0,22%), Turdus rufiventris (0,18% ± 0,29), Gnorimopsar chopi (0,1% ± 0,07) no IBAMA e Turdus rufiventris (0,17 % ± 0,13), Arremon semitorquatus (0,11% ± 0,13) no JB-UFJF. Foi identificada em uma das aves (A. semitorquatus), a presença da espécie Plasmodium (H.) lutzi, a qual foi morfologicamente caracterizada. A prevalência registrada é considerada alta, entretanto verificou-se uma baixa parasitemia, o que pode estar relacionado à evolução crônica da infecção. Infecções agudas por Plasmodium spp. levam ao aparecimento de sinais clínicos com expressão rápida dos sintomas, sendo que nos casos mais graves pode ocorrer a morte do hospedeiro. Visto a elevada prevalência, levantamentos acerca de infecções por hemoparasitos em aves silvestres podem ajudar na elaboração de estratégias de profilaxia e tratamento de doenças parasitárias para a conservação das espécies. / Hemosporidian wild birds are considered important etiological agents and can cause damage to populations of hosts. The present study aimed to: ¹determine prevalence and parasitemia for Plasmodium spp. and Haemoproteus spp. Passeriformes of the Atlantic Forest of Minas Gerais, through two diagnostic methods, microscopy and nested PCR; and caracterize morphologically the species Plasmodium (Haemamoeba) lutzi Lucena, 1939. Blood samples were obtained by puncturing the brachial vein for preparation of smears, fixed in methanol and stained with Giemsa. 237 birds belonging to 18 families and 56 species of the order Passeriformes from IBAMA were sampled and captured in the Botanical Garden of the Universidade Federal de Juiz de Fora (BG-UFJF). The prevalence of Plasmodium spp. in birds of IBAMA was 63.63% and 26.25% in birds of BG-FUJF, only three individuals were infected by Haemoproteus spp., two (2.5%) from IBAMA and one (0.62 %) of BG-FUJF. The average parasitemia found for Plasmodium spp./ Haemoproteus spp. was 0.08 (± 0.08) at IBAMA and 0.05 (± 0.04) in BG-UFJF. The highest degree of mean parasitaemia was recorded in the species Turdus albicollis, Zonotrichia capensis (0.22%), Turdus rufiventris (0.18% ± 0.29), Gnorimopsar chopi (0.1% ± 0.07) at IBAMA and Turdus rufiventris (0.17% ± 0.13), Arremon semitorquatus (0.11% ± 0.13) in BG-UFJF. Was identified in one of the birds (A. semitorquatus) by means of morphology, the presence of Plasmodium (H.) lutzi species, which was characterized morphologically. Registered prevalence is considered high, however a low parasitaemia was found, which may be related to chronic course of infection.. Acute infections with Plasmodium spp. lead to the onset of clinical signs with rapid symptom expression, and in severe cases death canoccurat the host. Since the high prevalence surveys about hemoparasites infections in wild birds can help in developing strategies for prophylaxis and treatment of parasitic diseases to species conservation.

Made available in DSpace on 2016-08-19T18:16:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO Lisandra Rocha Vidotti.pdf: 838582 bytes, checksum: 45de3f3ca6ccb3eb1c1e83766e212116 (MD5) Previous issue date: 2012-07-03 / FUNDAÇÃO SOUSÂNDRADE DE APOIO AO DESENVOLVIMENTO DA UFMA / Background: Human Pappilomavirus infection is one of the most common sexually transmitted disease, and can be found at various anatomical sites, such as the anogenital tract, skin, larynx, conjunctiva, tracheobronchial mucosa, esophagus and oral cavity. The path of HPV transmission to the oral cavity is not completely understood, and so many studies are being undertaken aiming to clarify if the genital infection by the virus may be a predisposing factor. Methodology: This is a cross-sectional cohort study. The sample consisted of women attending in ambulatory of the Centro de Pesquisas Clínicas-CEPEC / HUUFMA. After signing the TCLE, all patients answered a questionnaire about social information, medical history, smoking habits, alcohol consumption and sexual behavior and were also subjected to collection of cellular material from the oral cavity and genital area for research of Desoxirribonucleic Acid by polymerase chain reaction technique (PCR). Results And Conclusions: The prevalence of human papillomavirus in the oral cavity was higher in women with genital HPV. With a significant association between the presence of oral HPV DNA and genital HPV DNA: The practice of oral sex, smoking and drinking were not related to the presence of HPV DNA in the oral cavity. / Introdução: A infecção pelo Vírus do Papiloma Humano (HPV) é uma das doenças sexualmente transmissíveis mais prevalentes no mundo, e pode ser encontrada em vários sítios anatômicos, como trato anogenital, pele, laringe, conjuntiva, mucosa traqueobrônquica, esôfago e cavidade oral. A via de transmissão do HPV para a cavidade oral ainda não está completamente compreendida, e por isso, diversas pesquisas, estão sendo realizadas objetivando esclarecer se a infecção genital por este vírus pode ser um fator predisponente. Metodologia: Trata-se de um estudo de coorte transversal: A amostra foi constituída por mulheres atendidas no Ambulatório de Ginecologia do Centro de Pesquisa Clínica do Hospital Universitário da UFMA (CEPEC/HUUFMA). Após assinarem o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido (TCLE), todas as pacientes responderam um questionário sobre informações sociais, história médica, hábitos de tabagismo, consumo alcóolico e comportamento sexual e também foram submetidas a coleta de material celular da cavidade oral e da região genital para pesquisa do ácido desoxirribonucleico (DNA) do HPV pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Resultados e Conclusões: A prevalência do HPV na cavidade oral foi maior nas portadoras de HPV nos genitais, com associação significativa entre a presença do DNA-HPV oral com o DNA-HPV genital: A prática de sexo oral, o tabagismo e o etilismo não estiveram relacionados à presença do DNA-HPV na cavidade oral.

A survey of gastro-intestinal parasites was conducted on faecal samples collected from 379 feral cats and 851 native fauna from 16 locations throughout Western Australia. The prevalence of each parasite species detected varied depending upon the sampling location. Common helminth parasites detected in feral cats included Ancylostoma spp. (29.8%), Oncicola pomatostomi (25.6%), Spirometra erinaceieuropaei (14%), Taenia taeniaeformis (4.7%), Physaloptera praeputialis (3.7%) and Toxocara cati (2.6%). The most common protozoan parasites detected in feral cats were Isospora rivolta (16.9%) and I. felis (4.5%). The native mammals were predominately infected with unidentified nematodes of the order Strongylida (59.1%), with members of the orders Rhabditida, Spirurida and Oxyurida also common. Oxyuroid nematodes were most common in the rodents (47.9%) and western grey kangaroos (27.8%). Several species of Eimeria were detected in the marsupials whilst unidentified species of Entamoeba and coccidia were common in most of the native fauna. Primers anchored in the first and second internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) of the ribosomal DNA (rDNA) were used to develop a polymerase chain reaction-linked restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) technique to differentiate the species of Ancylostoma detected in feral cats. Amplification of the ITS+ region (ITS1, ITS2 and 5.8S gene) followed by digestion with the endonuclease RsaI produced characteristic patterns for A. tubaeforme, A. ceylanicum and A. caninum, which were detected in 26.6%, 4.7% and 0% of feral cats respectively. Giardia was detected in a cat, dingo, quenda and two native rodents. Sequence analysis at the small subunit rDNA gene (SSU-rDNA) identified the cat and dingo as harbouring G.duodenalis infections belonging to the genetic assemblages A and D respectively. Subsequent analysis of the SSU-rDNA and elongation factor 1 alpha (ef1á) identified a novel species of Giardia occurring in the quenda. Attempts to genetically characterise the Giardia in the two native rodents were unsuccessful. Serological detection of Toxoplasma gondii was compared to a one tube hemi-nested PCR protocol to evaluate its sensitivity. PCR was comparable to serology in detecting T. gondii infections, although PCR was a much more definitive and robust technique than serology for large numbers of samples. Amplification of T. gondii DNA detected infections in 4.9% of feral cats and 6.5% of native mammals. The distribution of T. gondii does not appear to be restricted by environmental factors, which implies that vertical transmission is important for the persistence of T. gondii infections in Western Australia. These results demonstrate that cats carry a wide range of parasitic organisms, many of which may influence the survival and reproduction of native mammals. As such, the large-scale conservation and reintroduction of native fauna in Western Australia must not disregard the potential influence parasites can have on these populations.

Submitted by BRUNA NICOLETI SANTANA null (brunanicoleti.ata@hotmail.com) on 2018-01-03T20:39:17Z No. of bitstreams: 1 Defesa Final (revisado) - Bruna 2017.docx: 1811276 bytes, checksum: b32071976cc79d8b95968a135760d1b6 (MD5) / Rejected by Ederson Vasconcelos Pereira null (edersonpereira@fmva.unesp.br), reason: Falta o certificado de Aprovação com a data da Defesa. Favor colocar o Certificado e fazer as alterações quanto à bolsa FAPESP. on 2018-01-08T13:19:20Z (GMT) / Submitted by BRUNA NICOLETI SANTANA null (brunanicoleti.ata@hotmail.com) on 2018-01-08T16:35:49Z No. of bitstreams: 1 Defesa Final (revisado) - Bruna 2017.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) / Approved for entry into archive by Ederson Vasconcelos Pereira null (edersonpereira@fmva.unesp.br) on 2018-01-08T19:37:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santana_bn_me_araca_int.pdf.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-08T19:37:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santana_bn_me_araca_int.pdf.docx: 2115998 bytes, checksum: d53869153af6d87bd313087bb51809fe (MD5) Previous issue date: 2017-12-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivou-se determinar a ocorrência de Cryptosporidium spp. em amostras de fezes de galinha doméstica em criações extensivas, semiextensivas e intensivas, no Estado de São Paulo, e avaliar três protocolos da reação em cadeia pela polimerase (nested PCR) para diagnóstico de Cryptosporidium spp. A purificação e concentração dos oocistos presentes em amostras fecais provenientes de 190 aves foram realizadas por meio de centrífugo-flutuação em solução de Sheather. As amostras foram submetidas à extração do DNA genômico dos oocistos e submetidas à pesquisa de Cryptosporidium spp. utilizando três protocolos de nested PCR para amplificação de fragmento parcial do gene da subunidade 18S do rRNA (18S rRNA), seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados. Os resultados obtidos pelos três protocolos de nested PCR foram analisados pelo teste de McNemar e pelo índice de correlação Kappa. As amostras que foram identificadas como Cryptosporidium meleagridis ou Cryptosporidium sp., pela análise do gene 18S rRNA, foram submetidas à caracterização adicional por meio de subgenotipagem de C. meleagridis pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene GP60 ou pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene da actina, respectivamente. A positividade total para Cryptosporidium (total de amostras positivas em pelo menos um método diagnóstico) obtida pela nested PCR foi de 12,6% (24/190), com identificação de Cryptosporidium baileyi (9,47%; 18/190), C. meleagridis (0,53%; 1/190), Cryptosporidium parvum (2,1%; 4/190) e Cryptosporidium sp. (0,53%; 1/190). A subgenotipagem de C. meleagridis revelou a presença do subtipo zoonótico IIIgA23G3R1. A análise do gene da actina permitiu a identificação de um novo genótipo de Cryptosporidium, em uma ave de criação extensiva, relacionado geneticamente com Cryptosporidium bovis e Cryptosporidium xiaoi. A análise de regressão logística não revelou diferenças significativas nas taxas de detecção de Cryptosporidium associadas aos diferentes sistemas de produção (extensivo, semi-intensivo e intensivo). Em comparação com frangos de corte, houve maior probabilidade de que as aves de postura e as aves de criações mistas fossem positivas para Cryptosporidium. Não houve diferença significativa na frequência de resultados positivos obtidos pelos três protocolos de nested PCR (p> 0,05); a concordância obtida pelo índice Kappa variou de substancial (0,70) a quase perfeita (0,9). / The objective of this study was to determine the occurrence of Cryptosporidium spp. in domestic chickens raised in different chicken production systems in Brazil using three nested PCR protocols. The purification and concentration of oocysts present in 190 fecal samples from chickens raised in extensive, semi-intensive and intensive production systems were accomplished by centrifugal flotation in Sheather's solution and were followed by the extraction of genomic DNA. The detection and molecular characterization of Cryptosporidium species and genotypes were performed using three nested polymerase chain reaction (nested PCR) protocols targeting the 18S rRNA gene followed by sequencing of the amplified fragments. The results obtained by the three nested PCR reactions were analyzed using the McNemar test and the Kappa correlation index. Subgenotyping of Cryptosporidium meleagridis was performed using a nested PCR reaction targeting the gp60 gene. Samples identified as Cryptosporidium sp. genetically similar to Cryptosporidium xiaoi and Cryptosporidium bovis by 18S rRNA gene sequencing were further analyzed by nested PCR targeting the actin gene and subsequent sequencing of the amplified fragment. The overall positivity for Cryptosporidium spp. (total samples positive in at least one protocol) from the nested PCR results was 12.6% (24/190), including Cryptosporidium baileyi (9.47%; 18/190), C. meleagridis (0.53%, 1/190), Cryptosporidium parvum (2.1%; 4/190) and Cryptosporidium sp. (0.53%; 1/190). Subgenotyping of C. meleagridis revealed the presence of the zoonotic subtype IIIgA23G3R1. Sequencing of the 18S rRNA gene and the actin gene fragments revealed a new Cryptosporidium genotype in an extensive poultry system genetically related to C. xiaoi and C. bovis. Logistic regression analysis did not reveal significant differences in the rates of Cryptosporidium detection associated with the variable production system (extensive, semi-intensive and intensive). In comparison to broiler chickens, there were higher odds for layer chickens and mixed chickens to be positive for Cryptosporidium. There was no significant difference in the frequency of positive results obtained by the three nested PCR protocols (p> 0.05); additionally, the agreement obtained by Kappa index ranged from substantial (0.70) to almost perfect (0.9). / FAPESP: 15/26334-8.