Cryptosporidium is a parasite that causes gastrointestinal issues such as diarrhoea and stomach pain. The main transmission routes are through contaminated water or food, between humans and from animal to humans. Cryptosporidium infects through oocysts which contain four sporozoites that releases when entering a host and can continue to breed inside the body. Cryptosporidium can cause massive outbreaks if established in a water source used for drinking water. To prevent and detect an outbreak it´s important to trace the transmission back to the source. The GP60-gene is used to identify and subtype Cryptosporidium and is a very useful tool during contact tracing. The purpose of this study was to identify species and subtype of Cryptosporidium using nanopore sequencing. In this study the GP60-gene was amplified using a Nested PCR protocol and then sequenced using nanopore sequencing. The sequences acquired where then used to make a search in BLAST to identify the species. The GP60 subtyping method uses the hypervariable region on the GP60-gene. A series of tandem repeats are used to identify the subtype. In this study seven positive Cryptosporidium faeces samples were amplified and sequenced. Nanopore sequencing was possible for five of the seven samples with C. parvum identified in four of these samples. Targeting the GP60-gene to determine species and subtype works well for the most common human pathogen species of Cryptosporidium. Further optimization is required before the method can be implemented för diagnostic use.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 adrianafurini_dissert.pdf: 2158923 bytes, checksum: d683b1dc320b2c811cfcf58d6d1c21ac (MD5) Previous issue date: 2010-11-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Introduction. The diagnosis of paucibacillary forms of tuberculosis (TB), which mostly affects children, immunocompromised patients, transplanted and extra-pulmonary forms is limited by phenotypic techniques of smear and culture. Moreover, the diagnosis of mycobacteriosis, also has committed itself by the phenotypic methods. The polymerase chain reaction (PCR) and its variations, such as Nested-PCR (NPCR), has been described as promising techniques for rapid diagnosis of tuberculosis and mycobacteriosis. Objective. Evaluation of a NPCR protocol for detection of Mycobacterium tuberculosis in pulmonary and extrapulmonary anatomic sites of patients with clinical suspicion of TB. Subjects and Methods. Were included, prospectively, 24 pulmonary samples of 85 extrapulmonary, collected from 49 individuals HIV-seropositive and 28 HIV-seronegative and submitted to the gold standard method and NPCR targeting the transposon IS6110. Results. Tuberculosis was diagnosed in 11 patients (14,3%), with 54,5% of extrapulmonary forms and 45,5% pulmonary. The NPCR was positive in all, while the culture was positive in only seven of them. Smear positivity among the clinical specimens was 9,2%. The culture allowed the isolation of seven strains of M. tuberculosis and two M. avium complex (8,25%). The molecular positivity was described in 23,85% of samples. NPCR's performance against the culture, for pulmonary (n=22) and extrapulmonary samples (n = 83) was similar (100% sensitivity and specificity of approximately 83%). Positivity by NPCR was significantly greater than the isolation by culture among the extrapulmonary samples (p = 0,0042). Conclusions. The results suggest to perform further studies to corroborate the potential of NPCR-IS6110 for detection of mycobacterial genome in extrapulmonary TB, especially among immunocompromised. Furthermore, the detection of mycobacteria remains as diagnostic confirmation and the opportunity of investigation of the sensitivity profile, promoting effective treatment for any age and immune status. / Introdução. O diagnóstico das formas paucibacilares da tuberculose (TB), que acomete principalmente crianças, imunocomprometidos, transplantados e formas extrapulmonares é limitado pelas técnicas fenotípicas de baciloscopia e cultura. Ademais, o diagnóstico das micobacterioses, também apresenta-se comprometido pelos métodos fenotípicos. A reação da polymerase em cadeia (PCR) e suas variações, tais como a Nested-PCR (NPCR), tem sido descritas como técnicas promissoras para o rápido diagnóstico da tuberculose e micobacterioses. Objetivos. Avaliação de um protocolo de NPCR para detecção do complexo Mycobacterium tuberculosis em sítios anatômicos pulmonares e extrapulmonares de indivíduos com suspeita clínica de TB. Casuística e Método. Foram incluídas, prospectivamente, 24 amostras de sítios pulmonares e 85 extrapulmonares, coletadas a partir de 49 indivíduos soropositivos para o HIV e 28 soronegativos e submetidas ao método gold standard e a NPCR tendo como alvo o transposon IS6110. Resultados. A tuberculose foi diagnosticada em 11 pacientes (14,3%), com 54,5% de formas extrapulmonares e 45,5% pulmonares. A NPCR foi positiva em todos, enquanto a cultura em apenas cinco deles. A positividade da baciloscopia entre os espécimes clínicos foi de 9.2%. A cultura permitiu o isolamento de sete cepas de M. tuberculosis e duas do Complexo M. avium (8,25%). A positividade molecular foi descrita em 23,85% das amostras. O desempenho da NPCR frente a cultura, para amostras pulmonares (n=22) e extrapulmonares (n=83) foi similar (100% de sensibilidade e aproximadamente 83% de especificidade). A positividade pela NPCR foi significantemente maior que o isolamento por cultura entre as amostras extrapulmonares (p=0.0042). Conclusões. Os resultados obtidos sugerem a realização de estudos mais amplos que corroborem o potencial da NPCR-IS6110 para a detecção do genoma micobacteriano na TB extrapulmonar, em especial entre imunocomprometidos. Ademais, a detecção da micobactéria permanece como confirmação diagnóstica e a oportunidade de investigação do perfil de sensibilidade, favorecendo o tratamento efetivo para qualquer faixa etária e status imunológico.

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Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA10MA046.pdf: 2836538 bytes, checksum: df03fbb548e05bbfeb41e5f0f1ba5a4f (MD5) Previous issue date: 2010-05-13 / Porcine parvovirosis is a disease that causes reproductive failure and its causative agent is the Porcine Parvovirus Type 1 (PPV1). This disease, with high prevalence and worldwide distribution, affects mostly non-immune nulliparous sows. Clinically, it is observed return to estrus, delayed parturition date, birth of unviable piglets, weak, stillborn and particularly mummified fetuses in different sizes. These reproductive problems lead economic losses demonstrated by low productivity. This study aimed to implement and validate techniques for laboratory diagnosis PPV1 in natural infections in pig herds with reproductive problems and perform the characterization of these isolates. More specifically, it aimed to diagnose through nested-PCR, and characterize, through phylogenetic analysis, PPV1 isolates from tissue samples and stomach fluid from fetuses and reproductive tract from culled sows. The objectives were to further evaluate histologically the tissues that were positive by nested-PCR; to standardize an internal amplification control (IAC) for PVS1 nested-PCR; to standardize immunohistochemistry technique (IHC) in fetal tissues and to standardize PCR for Porcine Parvovirus Type 4 (PPV4). A total of 27 pig herds were studied, where 230 fetuses stillborn, mummified, aborted and unviable piglets were necropsied to harvest organs and stomach fluid. PPPV1 viral DNA was detected by nested-PCR in organs of six (2.61%) out of 230 fetuses analyzed, the cerebellum and spinal cord were the organs where the virus was detected more frequently (50%). Stomach fluids of three (2.75%) fetuses were positive by nested-PCR, out of 109 examined. In addition, samples of reproductive organs from 83 culled sows were collected also ovarian follicular fluid from 71 of them. The genetic material of PPV1 was diagnosed in six organs from sows (7.23%) and follicular fluid of three (4.22%) of them. Histological lesions were observed in four of 19 PPV1 positive organs of fetuses. Also, six ovaries and six uteri of six culled sows were PPV1 positive by nested-PCR. Exams showed that five of those ovaries were cycling, one was in anestrous and four uterus had some degree of endometritis. The IAC developed for nested-PCR was amplified in all reactions, as expected. In the IHC test the virus presence was confirmed in fetal tissue. The PCR for PPV4 was standardized and tested in fetal organs and reproductive organs from culled sows. Some samples from sow s reproductive organs were positive for this new porcine parvovirus. The results from this study show a low detection of PPV1 in herds analyzed, as well as from the reproductive organs of culled sows, considering the reduced PPV1 involvement in reproductive failure. Moreover, standardized techniques can be incorporated into routine diagnostic of PPV1 and PPV4 / A parvovirose suína é uma doença causadora de falhas reprodutivas e seu agente etiológico é o Parvovírus Suíno Tipo 1 (PVS1). Essa enfermidade, de alta prevalência e distribuição mundial, afeta principalmente porcas nulíparas não imunes. Clinicamente observa-se retorno ao cio, atraso na data de parição, nascimento de leitões inviáveis, fracos, natimortos e, principalmente, mumificados em diferentes tamanhos. Estes problemas reprodutivos acarretam prejuízos econômicos demonstrados pelos baixos índices produtivos. O presente trabalho objetivou implantar e validar técnicas de diagnóstico laboratorial para detecção de PVS1 em infecções naturais em rebanhos suínos que apresentam problemas reprodutivos e realizar caracterização desses isolados. Mais especificamente, objetivou-se diagnosticar, através de nested-PCR, e caracterizar, através de análise filogenética, isolados de PVS1 em amostras de tecidos e líquido estomacal de fetos e em aparelho reprodutivo de porcas descartadas. Objetivou-se ainda avaliar histologicamente os tecidos que resultaram positivos na nested-PCR; padronizar um controle interno de amplificação (CIA) para a nested-PCR de PVS1; padronizar técnica de imunohistoquímica (IHQ) em tecidos fetais e padronizar PCR para Parvovírus Suíno Tipo 4 (PVS4). De 27 rebanhos de suínos, foram colhidos 230 fetos entre natimortos, mumificados e abortados, os quais foram necropsiados para colheita de órgãos e líquido estomacal. O DNA viral foi detectado por nested-PCR em órgãos de seis (2,61%) fetos dos 230 analisados, sendo o cerebelo e a medula os órgãos onde o vírus foi detectado com maior frequência (50%). Líquido estomacal de três (2,75%) fetos foram positivos por nested-PCR, de 109 analisados. Além disso, amostras de órgãos reprodutivos de 83 porcas descartadas foram colhidas e também fluido folicular ovariano de 71 delas. O material genético do PVS1 foi diagnosticado em órgãos de seis porcas (7,23%) e em fluido folicular de três (4,22%) delas. De 19 órgãos positivos de fetos na nested-PCR, quatro tiveram lesão histológica. De seis ovários e seis úteros das seis fêmeas suínas descartadas positivas na nested-PCR, cinco ovários estavam ciclando, um estava em anestro e quatro úteros tinham algum grau de endometrite. O CIA desenvolvido para a nested-PCR foi amplificado em todas as reações, conforme o esperado. Nos testes de IHQ a presença do vírus foi confirmada em tecido fetal. A PCR para o PVS4 foi padronizada e testada em órgãos fetais e de porcas descartadas. Algumas amostras de porcas foram positivas para este novo parvovírus suíno. Os resultados obtidos no estudo evidenciam baixa freqüência do PVS1 nos rebanhos analisados, bem como nos órgãos reprodutivos de porcas descartadas, considerando baixo o envolvimento do PVS1 nas falhas reprodutivas. Além disso, as técnicas padronizadas podem ser incorporadas na rotina de diagnóstico de PVS1 e PVS4

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-07-03T15:17:42Z No. of bitstreams: 1 KerciaMonalineDeSouzaJoventino_DISSERT.pdf: 1519788 bytes, checksum: 901d657abfb5f3e00400db99cd1e6791 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-07-11T11:42:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 KerciaMonalineDeSouzaJoventino_DISSERT.pdf: 1519788 bytes, checksum: 901d657abfb5f3e00400db99cd1e6791 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-11T11:42:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KerciaMonalineDeSouzaJoventino_DISSERT.pdf: 1519788 bytes, checksum: 901d657abfb5f3e00400db99cd1e6791 (MD5) Previous issue date: 2017-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O citomegalovírus é uma importante complicação após o transplante renal. O uso de imunossupressores na prevenção de rejeição ao aloenxerto pode desencadear mudanças no comportamento do CMV, sendo importante o seguimento viral póstransplante, como medida preventiva para limitar o impacto clínico deste vírus. O objetivo do estudo foi monitorar a infecção por citomegalovírus em pacientes submetidos a transplante renal no Hospital Universitário Onofre Lopes, Natal, Rio Grande do Norte. No total foram incluídos 165 pacientes no período de fevereiro de 2013 a janeiro de 2016. Amostras de sangue periférico foram obtidas na 2ª, 4ª, 8ª, 12ª e 24ª semanas pós-transplante para detecção molecular do CMV pela nestedPCR e a quantificação da carga viral do CMV pela PCR em tempo real. Os transplantados renais apresentaram incidência de 59,4% de infecção ativa por CMV, correlacionada ao uso de everolimo (p=0,0008) e timoglobulina (p=0,0042). Quarenta e cinco pacientes apresentaram números de cópias superiores ao ponto de corte de 4600 cópias/mL, com sensibilidade de 67,2% e especificidade de 70,7%, associado a sinais e sintomas de infecção por CMV, tais como febre, distúrbio gastrointestinal, mialgia, leucopenia e trombocitopenia. Nossos resultados demonstraram uma alta incidência de infecção ativa por CMV, evidenciando a necessidade do diagnóstico precoce dessa infecção, além de que a PCR em tempo real pode ser utilizada para monitorar infecções sintomáticas por CMV em receptores de transplante renal. / Cytomegalovirus infection is an important complication after renal transplantation. The use of immunosuppressants in the prevention of rejection may trigger changes in the behavior of CMV, it is important to post-transplant viral follow-up, as preventive measure, to limit clinical impact of this vírus. The objective of this study was to monitor cytomegalovirus infection in patients who underwent renal transplant in the Onofre Lopes University Hospital (HUOL), Natal, Rio Grande do Norte. In total were included 165 patients in the period from 2013 to 2016. Samples of peripheral blood obtained on the 2nd, 4th, 8th, 12th and 24th weeks post-transplant to molecular detection of CMV by nested-PCR and quantification of CMV viral load by real-time PCR. Who renal transplants presented incidence of 59.4% of active CMV infection was, correlation with the use of everolimus (p = 0.0008) and thymoglobulin (p = 0.0042). Forty-five patients who presented copy numbers above the cut-off point (4600 copies/mL), with sensitivity of 67.2% and specificity of 70.7%, associated were clinical signs and symptoms of CMV infection, such as fever, gastrointestinal disturbance, myalgia, leukopenia and thrombocytopenia. Our results demonstrated a high incidence of active CMV infection, evidencing the necessity of the early diagnosis of this infection, in addition to real-time PCR can be using to monitor CMV symptomatic infections in renal transplant recipients.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-03T12:26:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Francielly Pinheiro da Silva Borges - 2016.pdf: 3852166 bytes, checksum: 70bbe6c9a7c6c0aa1e10b9e7e9d49843 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-03T12:29:55Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Francielly Pinheiro da Silva Borges - 2016.pdf: 3852166 bytes, checksum: 70bbe6c9a7c6c0aa1e10b9e7e9d49843 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-03T12:29:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Francielly Pinheiro da Silva Borges - 2016.pdf: 3852166 bytes, checksum: 70bbe6c9a7c6c0aa1e10b9e7e9d49843 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-15 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The Human Cytomegalovirus (HCMV) is an important cause of morbi-mortality in recipients of allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (AloHSCT). However, there is not a consensus on which protocol to use for monitoring the infection by HCMV and, data on the frequency and clinical manifestations of the infection in this group population are quite variable among the distinct transplant centers in the world. Thus, the main objective of the present study was to proceed the monitoring of active HCMV infection in patients undergoing AloHSCT by three different methodologies: antigenemia (AGM), nested-PCR (nPCR) and real-time PCR (qPCR) and determine viral load, correlating active infection with the clinical manifestations and prognosis of patients. For this, 21 patients undergoing AloHSCT were monitored (from pre-transplant period -5 days prior to transplantation- until one year after transplantation). For HCMV detection three methodologies were used: AGM, nPCR and qPCR, and for molecular detection a comparison was made between detection of HCMV in DNA extracted from pellet (buffy coat) and serum, in a paired manner. The results showed that the active HCMV infection was detected by at least one of three methodologies in 95.2% (20/21) of patients and 45% (9/20) of these were positive in pre-transplantation period, having been observed good agreement between the results of AGM and qPCR (kappa = 0.65). Of the 20 patients positive for active HCMV infection, 85% (17/20) were positive for the three methods and only 15% (3/20) were positive for AGM and qPCR, and negative by nPCR. Regarding the type of clinical sample, molecular techniques showed higher sensitivity to the pellet over the serum. The main alteration of patients was pancytopenia and the main complication was graft-versus-host disease. Six patients died during the study period, however, it was not possible to confirm if HCMV active infection was directly associated with the cause of death. The obtained data reveal a high positivity index and the occurrence of HCMV syndrome in patients submitted to aloHSCT. We hope that the results may assist in the therapeutical measures, as well as in the methodology of choice and the type of clinical sample for detection of active HCMV infection, in order to contribute for the inclusion of HCMV monitoring is included in the routine testing of patients. / O Citomegalovírus Humano (HCMV) constitui importante causa de morbi-mortalidade em receptores de transplantes de células progenitoras hematopoiéticas do tipo alogênico (AloTCPH). Entretanto, não existe ainda um consenso sobre que protocolo utilizar para o monitoramento da infecção por HCMV e, dados sobre a frequência e manifestações clínicas da infecção neste grupo populacional são bastante variáveis entre os diferentes centros de transplante em todo o mundo. Dessa forma, o principal objetivo do presente estudo foi realizar o monitoramento da infecção ativa por HCMV em pacientes submetidos ao AloTCPH por três metodologias distintas: antigenemia (AGM), nested-PCR (nPCR) e PCR em tempo real (qPCR), bem como determinar a carga viral, correlacionando a infecção ativa ao quadro clínico e prognóstico dos pacientes. Para tanto, foram monitorados (desde o período pré-transplante -5 dias antes do transplante- até um ano após o transplante) 21 pacientes submetidos ao AloTCPH. A pesquisa de HCMV foi realizada utilizando as metodologias de AGM, nPCR e qPCR, sendo que para as técnicas moleculares, houve comparação da detecção do HCMV em DNA extraído de pellet (creme leucocitário) e soro, de forma pareada. Os resultados mostraram que a infecção ativa pelo HCMV foi detectada por pelo menos uma das três metodologias em 95,2% (20/21) dos pacientes e 45% (9/20) destes foram positivos no período pré-transplante, tendo sido observada um boa concordância entre os resultados de AGM e qPCR (kappa = 0,65). Dos 20 pacientes positivos para infecção ativa por HCMV, 85% (17/20) foram positivos pelas três metodologias e 15% (3/20) foram positivos apenas por AGM e qPCR e negativos por nPCR. Em relação ao tipo de amostra clínica, as técnicas moleculares apresentaram maior sensibilidade em amostras de pellet, em comparação ao soro. A principal alteração apresentada pelos pacientes foi a pancitopenia e a principal intercorrência, a doença do enxerto contra o hospedeiro. Seis pacientes foram a óbito durante o período de estudo, entretanto, não foi possível confirmar se a infecção ativa por HCMV estava diretamente associada à causa mortis. Os dados obtidos revelam um elevado índice de positividade e síndrome de HCMV em pacientes submetidos ao AloTCPH. Esperamos que os resultados possam auxiliar na tomada de medidas terapêuticas, bem como na escolha da melhor metodologia assim como o tipo de amostra clínica para detecção da infecção ativa por HCMV de forma a contribuir para que a pesquisa de HCMV seja incluída na rotina de exames desses pacientes.

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T12:27:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dieamant_DeboradeCampos_M.pdf: 2173566 bytes, checksum: ee57b8aa1f6592084b13483d2fc8d9ce (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A partir de 1960, com a evolução nos processos cirúrgicos para transplante, a infecção pelo HCMV começa a ser reconhecida como uma doença de importância clínica, sendo considerado o principal agente patogênico em hospedeiros com o sistema imunológico comprometido. Foi iniciada, em 1980, a utilização de medidas para o controle do vírus com agentes antivirais e intervenções imunológicas, e atualmente, os avanços para a compreensão dessa virose estão relacionados aos aspectos moleculares da infecção e controle clínico, principalmente nos grupos de risco. Sabendo-se da importância do diagnóstico precoce da infecção ativa e da identificação das linhagens de HCMV em pacientes transplantados por sua possível relação com a infectividade e apresentação clínica, este trabalho teve como objetivos principais: (1)Diagnosticar e monitorizar a infecção ativa por HCMV em receptores pediátricos de transplante de rim ou medula óssea em seguimento no Hospital de Clínicas da UNICAMP e no Centro Infantil Boldrini;(2)Determinar a prevalência dos subtipos gB de HCMV na população estudada;(3)Avaliar a relação de uma determinada linhagem com o quadro clínico, apresentado pelos pacientes estudados, durante a infecção ativa e doença por HCMV. Para o diagnóstico da infecção ativa por HCMV, foram analisadas amostras de sangue de 42 pacientes transplantados pediátricos, atendidos no Hospital de Clínicas da UNICAMP e Centro Infantil Boldrini, com idade entre 2 a 18 anos, sendo que 19 deles eram receptores de transplante renal e os outros 23, receptores de transplante de medula óssea. Foram utilizadas técnicas rápidas e precoces de diagnóstico: Antigenemia e Nested-PCR A identificação das diferentes cêpas do HCMV foi feita a partir do DNA de pacientes que apresentaram antigenemia e/ou 2 ¿Nested PCR¿ consecutivos positivos para a região IE do vírus. Para a genotipagem também foi utilizada a Nested-PCR para a amplificação da glicoproteína B seguida da análise de restrição com as enzimas Rsa I e Hinf I para que fosse possível a identificação da linhagem viral.A infecção ativa por HCMV foi diagnosticada em 20 (47,6%) dos 42 pacientes estudados, sendo 5/20 (21,7%) receptores de células tronco hemeatopoética e 15/20 (79%) receptores de transplante de rim. Deste pacientes que apresentaram infecção ativa pelo HCMV fizemos a genotipagem através de uma amostra positiva de sangue. Para os pacientes que apresentaram recorrência da infecção (5/20) a análise do genótipo viral foi feita nos dois períodos da infecção, caracterizando, em todos os casos, reatiavação viral. Como resultados da genotipagem tivemos uma prevalência do genótipo 1, encontrado em 45% (9/20) dos pacientes infectados pelo HCMV, sendo 7/15 receptores de rim e 2/5 receptores de células tronco hemetopoéticas. O Genótipo 2 também teve uma frequência considerável entre este pacientes apresentando uma prevalência de 25% (5/20) e sugeriu estar relacionado com um quadro clínico mais grave e reativação viral após tratamento. A mistura de linhagens também foi encontrada em 30% (6/20) dos pacientes estudados, gB1gB2 (3/6), gB1gB4 (2/6) e gB2gB3 (1/6). Os pacientes que apresentaram como linhagem viral a mistura de linhagens apresentaram melhor prognóstico da infecção ativa pelo HCMV. Os genótipos 3 e 4 não foram encontrados isoladamente em nenhuma amostra genotipada dos pacientes estudados / Abstract: Human cytomegalovirus (HCMV) remains the most important cause of serious viral infections in pediatric transplant recipients. In these patients, early diagnosis of active HCMV infection is important since the development of HCMV disease may be prevented. Ganciclovir has been established as an effective treatment agent for active infection by HCMV. HCMV disease can occur from infection acquired by the transplanted organ or from re-activation of latent infection. The risk is highest within 2 months of transplantation. Several risk factors for disease have been identified and include: HCMV-positive donor, HCMV-negative recipient, lack of anti-viral prophylaxis, and receipt of cadaveric kidney or type of bone marrow transplant. Intense immunosuppression has also been implicated. For discriminate patients with active infection from those without such infection, tests that include the pp65 antigenemia assay (AGM) and DNA detection methods are describle. The polymarase chain reaction (PCR) is a sensitive method for detection of HCMV DNA and active infection. The HCMV antigenemia assay is a rapid and quantitative method widely used as a guideline for starting treatment with ganciclovir. Genetic variability of functionally important genes among different virus strains may influence clinical manifestations of HCMV infections. These variabilities, mainly of the glycoprotein B (gB) gene of the viral envelope, appear to be of clinical relevance because they are assumed to play an essential role in the induction of immune response and in viral entry into host cells, and it has been considered as a potential marker for viral virulence. Based on the restriction analysis of PCR products (PCR-RFLP), the HCMV genotypes were determined previously, and it may possibly be helpful in predicting the clinical outcome of HCMV infection. The aim of this study were detect and monitoring active HCMV infection in pediatric patients recipients of renal or bone marrow transplantation using DNA detection and antigenemia tests and to study the prevalence of subtypes gB-HCMV in this patients and the clinical impact. Twenty patients (47.6%) were infected during the monitoring with N-PCR and/or AGM. Recurrent infection occurred in five out of 20 patients(25%). One of these patient (20%) had done bone marrow transplantation and four patients (80%) had renal transplant. The median time of the recurrent infection was 122 days (89-134). The patients that received ganciclovir prophylaxis had active HCMV infection and probable HCMV disease. Fourteen out of 20 patients (70%) developed probable HCMV disease. Three out of (21.4%) these patients were recipients of bone marrow transplantation and eleven (78.6%) were recipients of renal transplant. T he symptoms more frequent in these patients were fever, diarrhea and vomit. This symptoms associate with active HCMV infection were considered probable HCMV disease. Nested-PCR amplification and restriction enzyme digestion of the HCMV gene were performed in 20 patients with active HCMV infection and results in differentiation of four digestion patterns as previously demostrated (Chou and Dennison, 1991). The genotypes founds were: nine patients (45%) were compatible with the gB1 genotype; five (25%) were gB2 and six patients were mixture of gB types. In the patients that demostrated mixture of gB types, 3 (50%) were compatible with the gB1gB2; two (33.3%) were compatible with gB1gB4 and one (16.7%) were compatible with gB2 gB3. No found isolated gB3 and gB4 genotype in the patients studied. / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Xanthomonas citri subsp. malvacearum é o agente causal da mancha angular do algodoeiro, uma importante doença reportada em áreas de produção no Brasil e em todo o mundo. A partir da análise comparativa de sequências parciais do gene rpoB de linhagens de X. citri subsp. malvacearum, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. axonopodis e X. citri subsp. citri, desenhou-se o par de primers xam1R/2R. Foram testadas 19 espécies pertencentes ao gênero Xanthomonas, além de bactérias dos gêneros Acidovorax, Burkholderia, Erwinia, Pseudomonas e Ralstonia, e o produto de PCR específico de aproximadamente 560 pares de bases foi observado apenas para linhagens de X. citri subsp. malvacearum. Os primers desenhados mostraram-se altamente sensíveis, apresentando níveis de detecção de 8 ufc/ 5,0 L para suspensões da cultura pura da bactéria e 1,0 ng de DNA genômico de X. citri subsp. malvacearum. No isolamento, a partir de amostras de sementes sabidamente contaminadas, foram obtidas colônias bacterianas com características de morfologia e coloração semelhantes à X. citri subsp. malvacearum. Esses isolados foram submetidos a testes de coloração de Gram, hidrólise de amido, reação de hipersensibilidade (HR) em folhas de fumo e tomateiro, testes de patogenicidade em plantas de algodoeiro, amplificação com os primers específicos desenhados e sequenciamento do fragmento obtido e os resultados obtidos confirmaram a identificação dos mesmos como X. citri subsp. malvacearum. Experimentos combinados de BIO-PCR/nested-PCR foram realizados a partir do material obtido do processo de extração do patógeno das sementes contaminadas utilizando-se na primeira etapa de amplificação os primers correspondentes à parte do gene rpoB e na segunda etapa o produto da primeira amplificação e os primers específicos xam1F/2R. O resultado foi a observação de uma banda de aproximadamente 560 pb correspondente ao fragmento específico de X. citri subsp. malvacearum para todas as amostras testadas. Neste trabalho foi desenvolvido um teste de PCR específico para a detecção e identificação rápida e precisa dessa bactéria em amostras de sementes de algodoeiro. / Xanthomonas citri subsp. malvacearum is the causal agent of angular leaf spot of cotton an important disease reported in production areas in Brazil and worldwide. From the comparative analysis of partial rpoB gene sequences of X. citri subsp. malvacearum, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. axonopodis and X. citri subsp. citri strains, the pair of primers xam1F/2R was designed. Nineteen species of the genus Xanthomonas and isolates of the genera Acidovorax, Burkholderia, Erwinia, Pseudomonas and Ralstonia were tested and the specific PCR product of about 560 base pairs was observed only for strains of X. citri subsp. malvacearum. The primers were highly sensitive, with detection levels of 8 cfu/ 5.0 L for suspensions of pure culture of bacteria and 1.0 ng of genomic DNA of X. citri subsp. malvacearum. From contaminated seed samples, bacterial colonies were obtained with characteristic morphology and coloration similar to X. citri subsp. malvacearum. These isolates were tested for Gram stain, starch hydrolysis, hypersensitivity reaction (HR) on tobacco and tomato leaves, pathogenicity tests on cotton plants, amplification with the specific primers designed and sequencing of the fragment obtained. The results confirmed their identification as X. citri subsp. malvacearum. PCR experiments in combination of BIOPCR/ nested-PCR were performed with the material obtained from the extraction process of pathogen from seeds using in the first step of amplification primers corresponding to part of the rpoB gene and the second step the product of the first amplification and the specific primers xam1F/2R. The result was a band of approximately 560 bp corresponding to the specific fragment of X. citri subsp. malvacearum for all samples tested. In this work, a PCR test for the quick detection and accurate identification of this bacterium in seed samples of cotton were developed.

Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-10-19T13:49:16Z No. of bitstreams: 1 2016 - Claudia Bezerra da Silva.pdf: 8032175 bytes, checksum: ef71dd2a0e7801e9000e116c822a3a00 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-19T13:49:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Claudia Bezerra da Silva.pdf: 8032175 bytes, checksum: ef71dd2a0e7801e9000e116c822a3a00 (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / and investigate the circulation of this agent in dogs in the Itaguai microregion, Rio de Janeiro, Brazil, and dogs and ticks in two provinces of the island of Cuba, analyzing epidemiological aspects associated with infections caused by this bacterium in dogs. A new real-time polymerase chain reaction method (qPCR) was patterned to target the citrate synthase gene (gltA) for the identification of A. platys in naturally infected dogs. The primers and probe were designed to amplify a fragment of 84 base pairs based on gltA gene sequences of A. platys available in GenBank. 186 blood samples of dogs from Itaguai microregion, Rio de Janeiro, Brazil, were tested by qPCR. The same samples were tested by cytology and nested polymerase chain reaction (nPCR, 16S rDNA) to determine the performance of qPCR front of these techniques. 17.20% of the samples tested positive by qPCR were significantly more than that detected by nPCR (13.98%). The qPCR technique was more specific than cytology, due to false-positive results obtained by optical microscopy. The prevalence of A. platys in dogs from Itaguai microregion was 14.4%. Dogs less than six months, infested by ticks, that spend the most of the time restrict to domestic environment and without shelter are factors associated with infection by this hemoparasite in dogs in the study area. During research, A. platys held in Cuba, 100 blood samples were collected from residents dogs in four cities located in the provinces of Havana and Mayabeque. When inspecting the animals, found ticks were collected, identified and carefully grouped, forming a total of 49 pools. DNA extracted from blood samples from dogs and ticks were subjected nPCR (16S rDNA). Positive samples in nPCR were also subjected to conventional PCR (gltA gene), and the products were sequenced. Only the species Rhipicephalus sanguineus sensu lato was found in Cuban dogs and 10.2% (n=5/49) of these ticks added to 16.0% (n=16/100) dogs were considered positive for A. platys. All sequences analyzed of the gltA and 16S rDNA genes, respectively, showed a 99-100% identity with sequences from A. platys reported in other countries. Phylogenetic analysis showed two clusters defined for the 16S rDNA gene and three clusters defined for the gltA gene. Based on the gltA gene, the deduced amino acid sequence showed two points of non-synonymous mutations at positions 88 and 168 compared to the reference sequence DQ525687. A preliminary study on the epidemiological aspects associated with infection with A. platys showed no statistical association with the variables studied (p> 0.05). This study also to report the first evidence of A. platys in both dogs and ticks in Cuba also presents for the first time the development of a new qPCR method that contributes to the advancement of research involving A. platys. The epidemiological study in Brazil allowed us to identify significant factors in the occurrence of canine anaplasmosis, while in Cuba, it can be concluded that more research is needed to assess what the deciding factors in the transmission and spread of A. platys in that country. / platys, e investigar a circula??o deste agente em c?es na microrregi?o de Itagua?, Rio de Janeiro, Brasil, e c?es e carrapatos em duas prov?ncias da ilha de Cuba, analisando aspectos epidemiol?gicos associados ? infec??o causada por esta bact?ria em c?es. Um novo m?todo de rea??o em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) foi padronizado com alvo no gene citrato sintase (gltA) para a identifica??o de A. platys em c?es naturalmente infectados. Os oligoiniciadores e a sonda foram desenhados para amplificar um fragmento de 84 pares de base baseado em sequ?ncias do gene gltA de A. platys dispon?veis no GenBank. 186 amostras de sangue de c?es da microrregi?o de Itagua?, Rio de Janeiro, Brasil, foram testados pela qPCR. As mesmas amostras foram testadas pela citologia e rea??o em cadeia da polimerase nested (nPCR, 16S rDNA) para determinar o desempenho da qPCR frente ? essas t?cnicas. 17,20% das amostras testadas pela qPCR foram positivas, significativamente mais do que detectado pela nPCR (13,98%). A t?cnica de qPCR foi mais espec?fica que a citologia, em virtude dos resultados falsopositivos obtidos pela microscopia ?ptica. A preval?ncia de A. platys em c?es da microrregi?o de Itagua? foi de 14,4%. C?es com menos de seis meses, infestados por carrapatos, que possam maior tempo restrito ao ambiente dom?stico e sem abrigo s?o fatores associados a infec??o por este hemoparasito em c?es na regi?o do estudo. Durante investiga??o de A. platys realizada em Cuba, 100 amostras de sangue foram coletadas de c?es residentes em quatro cidades localizadas nas prov?ncias de Habana e Mayabeque. Ao inspecionar os animais, carrapatos encontrados foram coletados, identificados e criteriosamente agrupados, formando um total de 49 pools. Amostras de DNA extra?das do sangue dos c?es e de carrapatos foram submetidas a nPCR (16S rDNA). Amostras positivas na nPCR foram tamb?m submetidas a PCR convencional (gene gltA), e os produtos foram sequenciados. Somente a esp?cie Rhipicephalus sanguineus sensu lato foi encontrada em c?es cubanos, e 10,2% (n=5/49) desses carrapatos somado aos 16,0% (n=16/100) de c?es foram considerados positivos para A. platys. Todas as sequ?ncias analisadas dos genes gltA e 16S rDNA, respectivamente, mostraram uma identidade de 99-100% com sequ?ncias de A. platys reportadas em outros pa?ses. A an?lise filogen?tica mostrou dois clusters definidos para o gene 16S rDNA e tr?s clusters definidos para o gene gltA. Com base no gene gltA, a sequ?ncia de amino?cidos deduzidos demonstrou dois pontos de muta??es n?o-sin?nimas nas posi??es 88 e 168 comparados com sequ?ncia de refer?ncia DQ525687. Um estudo preliminar sobre os aspectos epidemiol?gicos associados com a infec??o por A. platys demonstrou nenhuma associa??o estat?stica com as vari?veis avaliadas (p > 0,05). O presente estudo al?m de relatar a primeira evid?ncia de A. platys em ambos c?es e carrapatos em Cuba, tamb?m apresenta pela primeira vez o desenvolvimento de um novo m?todo de qPCR que contribui para o avan?o da pesquisa envolvendo A. platys. O estudo epidemiol?gico realizado no Brasil permitiu identificar fatores importantes na ocorr?ncia da anaplasmose canina, enquanto em Cuba, pode-se concluir que mais investiga??es s?o necess?rias para avaliar quais os fatores decisivos na transmiss?o e dispers?o de A. platys nesse pa?s.

Xanthomonas citri subsp. malvacearum é o agente causal da mancha angular do algodoeiro, uma importante doença reportada em áreas de produção no Brasil e em todo o mundo. A partir da análise comparativa de sequências parciais do gene rpoB de linhagens de X. citri subsp. malvacearum, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. axonopodis e X. citri subsp. citri, desenhou-se o par de primers xam1R/2R. Foram testadas 19 espécies pertencentes ao gênero Xanthomonas, além de bactérias dos gêneros Acidovorax, Burkholderia, Erwinia, Pseudomonas e Ralstonia, e o produto de PCR específico de aproximadamente 560 pares de bases foi observado apenas para linhagens de X. citri subsp. malvacearum. Os primers desenhados mostraram-se altamente sensíveis, apresentando níveis de detecção de 8 ufc/ 5,0 L para suspensões da cultura pura da bactéria e 1,0 ng de DNA genômico de X. citri subsp. malvacearum. No isolamento, a partir de amostras de sementes sabidamente contaminadas, foram obtidas colônias bacterianas com características de morfologia e coloração semelhantes à X. citri subsp. malvacearum. Esses isolados foram submetidos a testes de coloração de Gram, hidrólise de amido, reação de hipersensibilidade (HR) em folhas de fumo e tomateiro, testes de patogenicidade em plantas de algodoeiro, amplificação com os primers específicos desenhados e sequenciamento do fragmento obtido e os resultados obtidos confirmaram a identificação dos mesmos como X. citri subsp. malvacearum. Experimentos combinados de BIO-PCR/nested-PCR foram realizados a partir do material obtido do processo de extração do patógeno das sementes contaminadas utilizando-se na primeira etapa de amplificação os primers correspondentes à parte do gene rpoB e na segunda etapa o produto da primeira amplificação e os primers específicos xam1F/2R. O resultado foi a observação de uma banda de aproximadamente 560 pb correspondente ao fragmento específico de X. citri subsp. malvacearum para todas as amostras testadas. Neste trabalho foi desenvolvido um teste de PCR específico para a detecção e identificação rápida e precisa dessa bactéria em amostras de sementes de algodoeiro. / Xanthomonas citri subsp. malvacearum is the causal agent of angular leaf spot of cotton an important disease reported in production areas in Brazil and worldwide. From the comparative analysis of partial rpoB gene sequences of X. citri subsp. malvacearum, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. axonopodis and X. citri subsp. citri strains, the pair of primers xam1F/2R was designed. Nineteen species of the genus Xanthomonas and isolates of the genera Acidovorax, Burkholderia, Erwinia, Pseudomonas and Ralstonia were tested and the specific PCR product of about 560 base pairs was observed only for strains of X. citri subsp. malvacearum. The primers were highly sensitive, with detection levels of 8 cfu/ 5.0 L for suspensions of pure culture of bacteria and 1.0 ng of genomic DNA of X. citri subsp. malvacearum. From contaminated seed samples, bacterial colonies were obtained with characteristic morphology and coloration similar to X. citri subsp. malvacearum. These isolates were tested for Gram stain, starch hydrolysis, hypersensitivity reaction (HR) on tobacco and tomato leaves, pathogenicity tests on cotton plants, amplification with the specific primers designed and sequencing of the fragment obtained. The results confirmed their identification as X. citri subsp. malvacearum. PCR experiments in combination of BIOPCR/ nested-PCR were performed with the material obtained from the extraction process of pathogen from seeds using in the first step of amplification primers corresponding to part of the rpoB gene and the second step the product of the first amplification and the specific primers xam1F/2R. The result was a band of approximately 560 bp corresponding to the specific fragment of X. citri subsp. malvacearum for all samples tested. In this work, a PCR test for the quick detection and accurate identification of this bacterium in seed samples of cotton were developed.