Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2016-10-07T13:26:52Z No. of bitstreams: 1 SIMONE SOUZA FAGUNDES.pdf: 1864838 bytes, checksum: 28db816101558781ede4b2fb42be7695 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-07T13:26:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SIMONE SOUZA FAGUNDES.pdf: 1864838 bytes, checksum: 28db816101558781ede4b2fb42be7695 (MD5) Previous issue date: 2016-06-27 / Breast cancer is the most frequent in the world and Brazilian women, except for cases of skin cancer nonmelanoma. It is a complex disease that has no single cause, results from the interaction of multiple risk factors (environmental, hormonal, lifestyle) with an individual genome (Pruthi et al., 2007). Polymorphism of codon 72 of TP53 gene is well studied because of the impact on the coding sequence of the gene is also associated with increased risk for the development of some cancers. The TP53 polymorphism in exon 4 of the 72 codon results in the substitution of arginine (Arg) or proline (Pro), which may encode an arginine (p53Arg) or a proline (p53Pro). This is a job that made the update meta-analysis on the association between the R72P polymorphism of the TP53 gene in patients with breast cancer considering a broad sample obtained from studies with conflicting data, making a statistical method that combines results of relevant studies to answer a question, search available evidence and points out the areas where there is need for more research. After search of the articles surveyed in multiple databases were selected for performing the metaanalysis a total of 47 articles totaling 27,068 cases and 28,065 controls. The organization of the articles was according to the year of publication, covering studies from 2002 to 2015. The results found worldwide about codon 72 polymorphism in p53 are quite conflicting, suggesting that it is due to ethnic and geographic factors that impact each continent evident. Although several studies show the wide variety can occur between genotypes and codon 72 alleles, identifying significant results for Arg / Arg genotype and allele arginine suggesting that this meta-analysis corroborates for therapies, diagnostics and more studies in this area. / O câncer de mama é o mais incidente na população feminina mundial e brasileira, excetuando-se os casos de câncer de pele não melanoma. É uma doença complexa que não tem causa única, resulta da interação de múltiplos fatores de risco (ambientais, hormonais, estilo de vida) com um genoma individual (Pruthi et al., 2007). O polimorfismo do códon 72 do gene TP53 é bastante estudado devido ao impacto na sequência codificadora do gene, além de estar associado ao maior risco para o desenvolvimento de alguns tipos de câncer. O polimorfismo do gene TP53 no éxon 4 do códon 72, resulta na substituição de Arginina (Arg) ou Prolina (Pro), que pode codificar um aminoácido arginina (p53Arg) ou uma prolina (p53Pro). Este é um trabalho que fez a atualização de metanálise sobre associação entre o polimorfismo R72P do gene TP53 em pacientes com câncer de mama considerando uma ampla amostragem obtidos de estudos com dados conflitantes, fazendo uma abordagem estatística que combina resultados de estudos relevantes para responder a uma questão, busca evidências disponíveis e aponta as áreas onde há necessidade de mais pesquisas. Após busca dos artigos pesquisados em várias bases de dados foram selecionados para a realização da metanálise um total de 47 artigos somando 27.068 casos e 28.065 controles. A organização dos artigos foi de acordo com o ano de publicação, contemplando estudos de 2002 a 2015. Os resultados encontrados mundialmente a respeito do polimorfismo do códon 72 na p53 são bastantes conflitantes, sugerindo que seja devido a fatores étnicos e geográficos que impactam em cada continente de forma evidente. Apesar de vários estudos mostrarem a grande variedade pode ocorrer entre os genótipos e alelos do códon 72, identificando resultados significativos para o genótipo Arg/Arg e o alelo arginina sugerindo que esta metanálise corrobora para terapias, diagnósticos e mais estudos nesta área.

Testes de paternidade geralmente são feitos analisando amostras de DNA do suposto pai, mãe e criança. Para realizar esse exame antes de a criança nascer era preciso recorrer à métodos invasivos, tais como amniocentese e biópsia de vilo corial. Com a descoberta de DNA fetal livre (fcfDNA) no soro e plasma materno, hoje é possível utilizar técnicas que usem esse fcfDNA diminuindo assim os riscos à saúde do feto e da mãe. Testes de pa- ternidade que analisam Short Tandem Repeats (STRs) do fcfDNA, embora possíveis, não são confiáveis, pois muitas vezes há degradação do DNA. Por sua vez, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) têm sido demonstrados como bons candidatos para identificação humana e podem ser obtidos de fragmentos pequenos de DNA (ou seja, mesmo com o DNA degradado). No entanto, SNPs possuem um número limitado de alelos diferentes (entre dois e quatro). Micro-haplótipos são segmentos cromossomais menores do que 200 pb (pares de bases), contendo dois ou mais SNPs que formam pelo menos três haplótipos distintos. Ao utilizá-los como marcadores genéticos, aumentamos o número de possíveis alelos formados a partir dos SNPs. Como o fcfDNA possui um tamanho de aproximada- mente 145 pb, isso é suficiente para conter micro-haplótipos que podem ser sequenciados usando tecnologia de Sequenciamento de Nova Geração (NGS). O objetivo desse projeto é determinar a probabilidade de paternidade usando SNPs dentro de micro-haplótipos. Os micro-haplótipos foram escolhidos com base em literatura prévia e as frequências relativas destes foram calculadas com base nos grupos étnicos dos dados do 1000 Genomes. Dados brutos de sequenciamento de três amostras de DNA são analisados: o suposto pai, a mãe e o plasma materno (mistura de DNA livre da mãe e do feto). Em seguida, desenvolvemos scripts para obter e analisar os genótipos do suposto pai e da mãe, para cada um dos micro-haplótipos escolhidos. Combinando informação genotípica, frequências populacio- nais e frações fetais (plasma), desenvolvemos um método para calcular a probabilidade de paternidade em casos de não exclusão da mesma. / Paternity tests are usually done by analyzing DNA samples from the alleged father, the mother, and the child. To perform this exam before the birth, invasive methods such as am- niocentesis and chorionic villus sampling are usually necessary. Fortunately, the discovery of fetal cell-free DNA (fcfDNA) in maternal plasma and serum, and the development of te- chniques to analyze this fcfDNA have allowed researchers to reduce the health risk for both fetus and mother. Although paternity tests that analyze Short Tandem Repeats (STRs) from fcfDNA are possible, they are not reliable because DNA degradation often occurs. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) have been demonstrated as good candidates for human identification and they can be obtained from small DNA fragments (even from de- graded DNA). However, SNPs have a limited number of different alleles (between two and four). Microhaplotypes are chromosomal segments smaller than 200 bp (base pairs) con- taining two or more SNPs that form at least three distinct haplotypes. By using them as genetic markers, we increased the number of possible alleles formed from the SNPs. Since fcfDNA has approximately 145 bp, this is sufficient to contain microhaplotypes that can be sequenced using Next Generation Sequencing (NGS) technology. The aim of this project is to determine the probability of paternity using SNPs within microhaplotypes. Microha- plotypes were chosen based on previous literature review. The haplotype frequencies were calculated based on the ethnic groups from 1000 Genomes database. Raw DNA sequence data from three DNA samples were analyzed: the alleged father, the mother, and the maternal plasma (mixture of mother and fcfDNA). Then, we developed scripts to analyse and obtain the genotypes of the alleged father and mother, for each microhaplotype. By combining genotypic information, population frequencies, and fetal fractions (plasma), we developed a method to calculate the probability of paternity in cases of non-exclusion.

Vias redox são importantes reguladores da homeostase e sinalização celular, mas o entendimento dos mecanismos desses processos é incompleto. Tiol-proteínas como a dissulfeto isomerase proteica (PDI) podem ser moduladores dessas vias. A PDI(PDIA1) é o protótipo da família das PDIs, cuja função canônica é o enovelamento redox de proteínas no retículo endoplasmático. Além disso, PDI exerce regulação de NADPH oxidases, as principais fontes de oxidantes celulares, e é necessária para ativação de RhoGTPases, organização do citoesqueleto e migração de células vasculares. No estudo de mecanismos pelos quais a PDI regula RhoGTPases, mostramos, em redes computacionais e em experimentos de co-imunoprecitação, associação entre PDIA1 e o regulador de RhoGTPases RhoGDIalfa. Além disso, identificamos forte proximidade entre os genes codificando estas proteínas. Neste estudo, caracterizamos o perfil e implicações desta sintenia gênica.A análise bioinformática pelos programs Ensembl, NCBI e UCSC evidencia um padrão de sintenia entre diferentes isoformas destas duas famílias: PDIA1 (P4HB), PDIA2 (PDIP) e PDIA8 (Erp27) são vizinhos, respectivamente, a RhoGDIbeta, RhoGDIy e RHOGDIalfa, com correspondentes regiões intergênicas de 7.1, 2.9 e 0.14 kb em distintos cromossomos em H. sapiens. O padrão dessa sintenia foi fortemente conservado emC. elegans, alguns peixes e uniformemente em anfíbios, répteis, aves e mamíferos. Leveduras expressam no mesmo cromossomo , porém em locais distantes (i.emacrossintenia) ortólogos da PDIA1 e RhoGDI?, mas não expressam outras PDIs e RhoGDIssintênicasnos eucariotos complexos. No entanto, sintenia entre PDI e RhoGDI foi também observada na planta A. thaliana, sem evidência de um ancestral comum. Os pares sintênicos associam-se a blocos vizinhos conservados, porém diversos para cada par, enquanto cada bloco contem um gene codificando um distinto regulador da PP1 (fosfatase proteica-1). Análise filogenética mostrou topologia semelhante entre as duas famílias.Análise dos dados do estudo ENCODE e predição pelo Softberry identificou sítios de ligação a fatores de transcrição comuns entre os distintos pares, cuja ontologia indicou principalmente desenvolvimento, processos metabólicos e resposta imune. O estudo de possíveis implicações funcionais dessa sintenia mostrou que manipulações da expressão proteica de PDIA1 não promovem mudança consistente na expressão proteica de RhoGDIalfa, tanto in vitro (silenciamento da PDI por siRNA e superexpressão por vetor lentiviral induzível) como in vivo (camundongo transgênico com superexpressão constitutiva da PDIA1). No entanto, as mudanças da expressãogênica de ambos os genes na camada íntima de artérias carótidas de camundongo durante remodelamento induzido por fluxo foram fortemente correlacionadas. Experimentos de coimunoprecipitação e co-localização à microscopia confocal sugeriram interação física entre PDIA1 e RhoGDIAalfa. Deste modo, estes dados mostram um intrigante padrão de conservação evolutiva da proximidade gênica entre PDIs e RhoGDIs, não usual em eucariotos. Genes sintênicos frequentemente codificam proteínas que tendem a interagir física e/ou funcionalmente. Com efeito, nosso dados sugerem co-regulação e interação física entre PDIA1 e RhoGDIAalfa, corroborando a convergência entre essas proteínas como possível mecanismo envolvido na regulação redox do citoesqueleto pela PDIA1 / Redox pathways are important regulators of homeostasis and cell signaling, but the understanding of the mechanisms of these processes is incomplete. Thiol proteins such as protein disulfide isomerase (PDI) can be modulators of these pathways. PDI (PDIA1) is the prototype of the family of PDIs whose canonical function is a redox protein folding in the endoplasmic reticulum. In addition, PDI exerts regulatory NADPH oxidase, the main sources of cellular oxidant, and is required for activation RhoGTPases, cytoskeletal organization and migration of vascular cells. In the study of mechanisms by which regulates PDI RhoGTPases, we showed in computer networks and co-imunoprecitation experiments association between PDIA1 and the regulator of RhoGTPases, RhoGDI?. In addition, we identified strong proximity of the genes encoding these proteins. In this study, we characterize the profile and implications of this synteny. .A bioinformatic analysis by programs Ensembl, NCBI and UCSC shows a pattern of synteny between different isoforms of these two families: PDIA1 (P4HB), PDIA2 (PDIP) and PDIA8 (Erp27) are neighbors , respectively RhoGDIalfa, and RhoGDIy RHOGDIbeta with corresponding intergenic regions 7.1, 2.9 and 0:14 kb in different chromosomes of H. sapiens. The pattern of this synteny was strongly maintained in C. elegans, some fish and evenly amphibians, reptiles, birds and mammals. Yeasts express on the same chromosome, but in distant places (i.e macrosintenia) orthologs of PDIA1 and RhoGDI?, but do not express other syntenics PDIs and RhoGDIs in complex eukaryotes. However, synteny between PDI and RhoGDI was also observed in the plant A. thaliana, no evidence of a common ancestor. The syntenic pairs are associated with the stored neighboring blocks, but different for each pair, while each block contains a gene encoding a regulator of distinct PP1 (protein phosphatase-1). Phylogenetic analysis showed similar topology between the two famílias. The identified binding sites common transcription factors between different pairs, which mainly indicated ontology development, metabolic and immune response. The study of possible functional implications of synteny showed that manipulations of PDIA1 protein expression do not promote consistent change in protein expression RhoGDI, both in vitro (silencing of PDI by siRNA and overexpression of inducible lentiviral vector) and in vivo (transgenic mice overexpressing constitutive of PDIA1). The study of possible functional implications of synteny showed that manipulations of PDIA1 protein expression do not promote consistent change in protein expression RhoGDIalfa, both in vitro (silencing of PDI by siRNA and overexpression of inducible lentiviral vector) and in vivo (transgenic mice overexpressing constitutive of PDIA1). However, changes of gene expression of both genes in the intima of mouse carotid arteries during remodeling induced by flow were strongly correlated. Immunoprecipitation experiments and co-location to confocal microscopy suggested physical interaction between PDIA1 and RhoGDIAalfa. Thus, these data show an intriguing pattern of evolutionary conservation of gene proximity between POIs and RhoGDIs not common in eukaryotes. sintênicos genes often encode proteins that tend to interact physically and / or functionally. Indeed, our data suggest co-regulation and physical interaction between PDIA1 and RhoGDIAalfa, supporting the convergence of these proteins as a possible mechanism involved in redox regulation of cytoskeleton by PDIA1

Estudos de polimorfismos podem auxiliar na detecção de pessoas com maior risco de desenvolver câncer, caracterização de evolução diferenciada e resposta distinta ao tratamento quimioterápico ou radioterápico. O conhecimento de como estão distribuídas as frequências genotípicas é relevante quando se estuda uma população específica. Neste trabalho foi analisado os polimorfismos da enzima metilenotetrahidrofolatoredutase (MTHFR) em pacientes com Câncer Colorretal (CCR). A MTHFR tem papel importante no metabolismo do folato, metilação e síntese do DNA. A metilação do DNA desempenha um papel crítico no controle da atividade gênica. As vias de metilação e variações do gene MTHFR podem afetar o desenvolvimento do câncer e prognósticos de doenças, com isso seus efeitos precisam ser monitorados de perto no tratamento do câncer. Os genótipos variantes dos polimorfismos MTHFR677 C >T e MTHFR1298 A>C do gene da MTHFR estão associados à diminuição importante da atividade desta enzima. Este trabalho teve como objetivo verificar a frequência dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinomacolorretal e analisar estas frequências com os dados clinicopatológicos, incluindo-se: sexo, idade, localização tumoral, tipo histológico, antecedentes de tabagismo e alcoolismo e sobrevida dos pacientes. Duzentos e vinte cinco pacientes com o diagnóstico de adenocarcinomacolorretal, histologicamente confirmado, admitidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo formam o grupo caso. Utilizou-se a análise do PCR em Tempo Real para determinar os genótipos os polimorfismos através dos ensaios TaqMan ® SNP GenotypingAssay. Os resultados encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos dos pacientes. As populações estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Determinaram-se as frequências dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinomacolorretal onde foram levantadas e agrupadas por genótipos assim como a significância. Na análise das razões de risco de óbito por CCR na presença dos genótipos estudados não foram encontrada associações estatisticamente significativas. A curva de sobrevida comparando os genótipos no teste de Long Rank para os SNPs MTHFR 677C > T e 1298A > C não mostraram diferenças significativas na sobrevida global para pacientes com CCR. Conclui-se que as frequências dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinoma colorretal foram levantadas e metade dos indivíduos apresentaram frequências genotípicas de homozigotos selvagens nos dois polimorfismos estudados (CC e AA), após as associações dos polimorfismos mencionados com os dados clinicopatológicos, sexo, idade, localização tumoral, tipo histológico, antecedentes de tabagismo e alcoolismo e sobrevida não houve associações estatisticamente significativas / Polymorphism studies may help to detect people at higher risk of developing cancer, characterization of differentiated evolution, distinct response to chemotherapeutic or radiotherapeutic treatment, knowledge of how genotype frequencies are distributed becomes necessary for any work with a specific population. In this work, the polymorphisms of the enzyme methylenetetrahydrofolatoreductase (MTHFR) were analyzed in patients with Colorectal Cancer (CRC). MTHFR plays an important role in folate metabolism, methylation and DNA synthesis. DNA methylation plays a critical role in the control of gene activity. Methylation pathways and variations of the MTHFR gene may affect the development of cancer and prognosis of diseases, so their effects need to be closely monitored in the treatment of cancer. The variant genotypes of the MTHFR677 C > T and MTHFR1298 A > C polymorphisms of the MTHFR gene are associated with a significant decrease in the activity of this enzyme. The aim of this study was to verify the frequency of MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) in patients with adenocarcinomes and to analyze these frequencies with clinicopathological data, including: sex, age, tumor location, histological type, history of smoking and alcoholism and patient survival. Two hundred and twenty five patients with the diagnosis of histologically confirmed adenocarcinomes were admitted to the Hospital das Clínicas of the Faculty of Medicine of the University of São Paulo, forming the case group. Real-time PCR analysis was used to determine the genotype polymorphisms through the TaqMan ® SNP Genotyping Assay assays. The results were associated with the epidemiological and clinicopathological data of the patients. The populations are in Hardy-Weinberg equilibrium. The frequencies of the MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) were determined in patients with adenocarcinoma-choroid where they were raised and grouped by genotypes as well as significance. The analysis of death risk ratios by RCC in the presence of the studied genotypes, there was no statistically significant associations were found. The survival curve comparing the genotypes in the Long Rank test for MTHFR 677C > T and 1298A > C SNPs did not show significant differences in overall survival for CRC patients. It was concluded that the frequencies of MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) in patients with colorectal adenocarcinoma were raised and half of the individuals presented genotype frequencies of wild homozygotes in the two polymorphisms studied (CC and AA), after associations of polymorphisms mentioned, there was no statistically significant association between these polymorphisms and the variables studied: sex, age, tumor location, histological type, history of smoking and alcoholism and survival

Introdução: O vírus da hepatite C (HCV) possui distribuição mundial, ocorrendo em indivíduos de todas as idades e etnias. Cerca de 80% dos casos de hepatite C aguda progridem para infecção crônica e 10-20% desses casos desenvolverão complicações de doença hepática crônica, como cirrose hepática, dentro de duas a três décadas e 1-5% vão desenvolver câncer de fígado. Estudos indicam que o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 pode estar relacionado ao desenvolvimento da esteatose hepática e à progressão da fibrose. O presente estudo avaliou a associação entre o polimorfismo rs738409 presente no gene da PNPLA3 e presença de esteatose e o grau de fibrose em pacientes com hepatite C crônica. Métodos: Foram selecionados 314 pacientes com hepatite C crônica atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Foi realizada a genotipagem do polimorfismo rs738409 (I149M) do gene PNPLA3, utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase - análise de tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Resultados: Dos pacientes incluídos no estudo, 133 (45,9%) apresentaram o genótipo CC, 63 (21,7%) o genótipo CG e 94 (32,4%) o genótipo GG. Idade, infecção pelo vírus da hepatite C genótipo 3, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3), IMC elevado, nível elevado de GGT e presença do alelo G (GG ou GC) mantiveram-se associados à esteatose hepática na análise multivariada. Permaneceram associados à fibrose avançada: idade, sexo masculino, níveis elevados de AST e GGT, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3) e presença de esteatose hepática ( > 5%) na análise multivariada. Conclusões: Observou-se associação entre o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 e esteatose hepática nos pacientes com hepatite C crônica, mas essa associação não foi encontrada com fibrose avançada / Introduction: The hepatitis C virus (HCV) has a worldwide distribution, occurring in individuals of all ages and ethnicities. About 80% of acute hepatitis C cases progress to chronic infection and 10-20% of these cases will develop the complications of chronic liver disease such as liver cirrhosis, within 2 to 3 decades, and 1-5% will develop liver cancer. Studies indicate that the rs738409 polymorphism of the PNPLA3 gene may be related to the development of hepatic steatosis and fibrosis progression. The present study evaluated the association between the rs738409 polymorphism present in the PNPLA3 gene and the presence of steatosis and the degree of fibrosis in patients with chronic hepatitis C. Methods: Three hundred and fourteen patients with chronic hepatitis C assisted at the Clinical Hospital of the Medical School of the University of São Paulo were selected. Genotyping for the PNPLA3 rs738409 (I149M) polymorphism was performed by a polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism assay (PCR-RFLP). Results: Of the patients included in the study, 133 (45.9%) had the CC genotype, 63 (21.7%) the CG genotype and 94 (32.4%) the GG genotype. The multivariate analysis showed an association between hepatic steatosis and age, infection with hepatitis C genotype 3, moderate or high inflammatory activity (A2-A3), high BMI, high level of GGT and presence of the G allele (GG or GC). Furthermore, multivariate analysis also showed an association between advanced fibrosis and male gender, high levels of AST and GGT, moderate or high inflammatory activity (A2-A3) and the presence of hepatic steatosis ( > 5%). Conclusions: It was observed an association between PNPLA3 rs738409 polymorphism and hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C but this association was not found with advanced fibrosis

O Transtorno Bipolar (TB) tipo I é uma doença caracterizada por episódios de mania e depressão recorrentes com importante prejuízo do funcionamento global e comprometimento das funções cognitivas. Além disso, sabe-se que o número de episódios de humor patológico ao longo da vida pode também influenciar o funcionamento cognitivo destes sujeitos. Neste cenário, ocorreu a necessidade de se investigar marcadores genéticos para disfunção cognitiva no TB com o objetivo de estudar este fenômeno. Dentre os potenciais genes responsáveis por influenciar a cognição destacam-se os polimorfismos funcionais do fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF), da catecol-O-metiltransferase (COMT), da apolipoproteína-E (APOE) e do canal de cálcio de baixa voltagem subunidade 1-C (CACNA1C). Sabe-se, também, que no TB os marcadores de estresse oxidativo estão aumentados durante todas as fases da doença, entretanto, não é claro qual impacto destes na disfunção cognitiva de indivíduos com TB. O objetivo dessa tese foi avaliar o desempenho cognitivo de pacientes jovens com bipolaridade tipo I e sua associação com o genótipo de BDNF, COMT, APOE e CACNA1C e também com os níveis plasmáticos de oxidação da guanosina (8-OHdG) e citosina (5-Mec) durante os episódios de humor, eutimia e em controles. Para investigar essa associação foram incluídos 116 pacientes (79 em episódio de humor patológico e 37 eutímicos) com diagnóstico de TB tipo I (DSMIV-TR); 97 controles saudáveis foram submetidos à avaliação neuropsicológica e coleta de sangue para extração de DNA visando genotipagem para BDNF (rs6265), COMT (rs4680; rs165599), APOE (rs429358 e rs7412), CACNA1C (rs1006737), 8-OhdG e 5-Mec. A análise dos dados obtidos revelou que pacientes portadores do genótipo Met/Met rs4680/rs165599 do COMT apresentam comprometimento cognitivo mais grave (função executiva, fluência verbal, memória e inteligência) comparado ao genótipo Val/Met ou Val/Val durante episódios maníacos ou mistos. Na mesma direção destes resultados, verificou-se que pacientes portadores do alelo Met rs4680 do COMT apresentam comprometimento do reconhecimento de emoções faciais em episódios de mania e depressão. Nenhum efeito do COMT foi observado em controles. O alelo de risco Met do CACNA1C se associou a um pior comprometimento executivo independente dos sintomas maníacos ou depressivos no TB, porém nenhum efeito se observou nos controles. O alelo Met do BDNF rs6265 ou a presença do alelo 4 da APOE não representa um fator que identifique um grupo com desempenho cognitivo diferenciado durante as fases do TB ou em controles. Sujeitos com TB apresentaram níveis mais elevados de 8-OHdG e tais níveis eram diretamente proporcionais ao número de episódios maníacos ao longo da vida, sugerindo um papel dos episódios hiperdopaminérgicos na oxidação das bases de DNA. Concluiu-se que a genotipagem para COMT e CACNA1C em pacientes com TB pode identificar um grupo de pacientes associados a pior disfunção cognitiva durante as fases maníacas e mistas do TB. Tal dado pode ser um indicador do envolvimento do sistema dopaminérgico e dos canais de cálcio de baixa voltagem na fisiopatologia da disfunção cognitiva no TB e deve ser explorado em outros estudos / Bipolar I disorder (BD) is a disease whose main features include severe mood swings that cause severe impairment in global functioning and cognitive domains. Moreover, the number of mood episodes throughout patients life is also associated with deterioration in cognitive functions. In this context, it is important to study genetic markers for the cognitive dysfunction observed in BD to elucidate the physiopathology of this phenomenon. The main candidates for genetic modulation of cognition are the genes brain derived neurotrophic factor (BDNF), catechol-o-methyltransferase (COMT), apolipoprotein E (APOE) and 1-C subunit of the L-type voltage-gated calcium channel (CACNA1C). Furthermore, elevated levels of oxidative stress have been reported in BD for all types of mood episodes but no data is available on their impact on cognitive functioning of BD patients. The aim of this thesis was to investigate whether cognitive functioning of BD patients is influenced by BDNF, COMT, APOE, CACNA1C genotypes or by levels of oxidative damage to the DNA base guanosine (8-OHdG) and cytosine (5-Mec). One hundred sixteen patients (79 during mood episode and 37 euthymic) with BD type I (mania, depression or euthymia) and 97 healthy controls were submitted to neuropsychological evaluation and blood collection for DNA analysis. All subjects were genotyped for BDNF (rs6265), COMT (rs4680; rs165599), APOE (rs429358 and rs7412), CACNA1C (rs1006737), DNA levels of 8-OHdG and 5-Mec were also measured. Our results revealed that BD subjects that carried the rs4680/rs165599 Met/Met genotype had more severe cognitive dysfunction (executive function, verbal fluency, memory and intelligence) than carriers of other genotypes during manic or mixed episodes. Moreover, patients carrying the COMT rs4680 Met allele had worse performance on facial emotion recognition tests during manic and depressive episodes. BD carriers of the Met allele of CACNA1C had more severe executive dysfunction than non-carriers, regardless of manic or depressive symptoms. No effect of CACNA1C or COMT genotypes was observed in controls. The genotypes of BDNF or APOE were not associated with cognitive dysfunction in BD patients or controls. The BD group exhibited higher levels of 8-OHdG than the control group and these levels were influenced by the lifetime number of manic episodes, suggesting that hyperdopaminergic episodes may influence the oxidation of DNA bases. In summary, the genotype of COMT and CACNA1C may represent a useful tool for identifying BD subjects at risk of developing more severe cognitive dysfunction in all mood states of the disease. This evidence associating dopamine catabolism and calcium channels to degree of cognitive dysfunction in BD should be further explored by future research

Introdução e Objetivos: A Doença hepática gordurosa não alcóolica (DHGNA) é claramente marcada por influência ambiental, no entanto, fatores genéticos têm sido associados a progressão para formas mais graves de DHGNA. O estresse oxidativo tem sido cada vez mais enfatizado nesta evolução e o sistema NADPH parece ser uma importante fonte de produção de espécies reativas de oxigênio. O papel dos polimorfismos do sistema NADPH nessa população e sua possível relação com progressão de doença e síndrome metabólica são desconhecidos. Desta maneira, investigamos dois polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na região reguladora dos genes que codificam a NADPH oxidase 4 subunidade catalítica (NOX4) e sua subunidade regulatória p22phox (CYBA) e sua relação com variáveis histológicas e bioquímicas em pacientes com DHGNA. Métodos: 207 pacientes com DHGNA com biópsia hepática (esteatose=27; esteato-hepatite=180), sendo (70% do sexo feminino), foram genotipados para SNPs da Nox4 (rs3017887) e CYBA -675 T/A. O DNA genômico foi extraído a partir de células do sangue periférico e a genotipagem foi realizada utilizando primers específicos e sondas fluorescentes marcadas por sequenciamento. A análise histológica foi baseada na classificação de Kleiner et al (2005). Todos os pacientes eram negativos para os marcadores de hepatites virais, doença de Wilson, hemocromatose, doenças auto-imunes e tinham ingestão diária de álcool < 100 g/semana. Resultados:Associação do CYBA -675 T/A com triglicerídeos foi observada: 176,87 ± 12,93 (TT) versus 228,70 ± 21,66 (XA), p = 0,007 . Quando a população é estratificada, a associação aparece apenas entre os pacientes que possuem esteatohepatite não alcoólica (EHNA). Foi observada uma associação do CYBA-675 T / A com HDL: 48,05 ± 1,71 (TT) vs 41,70 ± 2,91 (TA) vs 28,03 ± 9,47 mg / dL (AA), p = 0,001. Quando a população é estratificada, a associação aparece apenas entre os pacientes que possuem EHNA. Quando se estudou o SNP no gene da NOX4, observou-se associação com ALT (CA + AA: 60,10 ± 6,01 U/L vs CC: 44,23 ± 4,36 U/L; P = 0,02). Porém, quando a população foi estratificada em esteatose e EHNA não se verificou diferença estatisticamente significante na frequência dos genótipos. Não houve associação de SNPs de genes que codificam proteínas do sistema NADPH oxidase nos genes CYBA (não registrado) e Nox4 (rs 3017887) e a presença de EHNA, nos portadores de DHGNA. Quanto aos resultados clínicos, observou-se que os graus de fibrose mais avançados ocorreram em pacientes com diagnóstico de Diabetes Mellitus tipo 2 (66,9% vs 37,5%; p= 0,007), além de serem mais obesos (32,2% vs 29%; p=0,003). Além disso, os níveis séricos de glicose e insulina aumentaram significantemente, de acordo com a presença de EHNA. A frequência da SM foi significativamente maior em pacientes com EHNA. Conclusões: 1) Houve associação entre a presença do genótipo CC na Nox4 SNP com uma maior concentração de ALT na população em geral 2) Houve associação entre a presença do genótipo AA no polimorfismo do gene -675 T/A CYBA com uma maior concentração de TGL e menor de HDL, nos pacientes com EHNA 3) Houve associação entre a presença de síndrome metabólica e graus avançados de fibrose hepática em portadores de DHGNA. No entanto, a amostra deve ser ampliada para confirmar estas associações, bem como, para melhor explorar possíveis relações com escores de fibrose e inflamação / Background/Aims: Oxidative stress has been implicated in progression to severe forms of non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD). NADPH oxidase appears to be an important source of production of reactive oxygen species. We investigated by the first time two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the regulatory region of genes encoding the NADPH oxidase 4 (NOX4) and p22phox (CYBA) in NAFLD. Methods: 207 biopsy-proven NAFLD patients (27 = steatosis; 180= NASH) were evaluated. Genomic DNA was extracted from peripheral blood cells and on Nox4 and CYBA polymorphisms were determined by direct sequencing of PCR. All the patients were negative for markers of viral hepatitis, Metabolic diseases, autoimmune diseases and had daily intake of alcohol < 100 g/week. Results: An association of CYBA -675 T / A with triglycerides was observed: 176.87 ± 12.93 (TT) versus 228.70 ± 21.66 (XA), mean ± SEM, p = 0.007. When the population is stratified, the association appears only among patients who have non-alcoholic steatohepatitis (NASH). An association of CYBA-675 T/A with HDL was observed: 48.05 ± 1.71 (TT) vs 41.70 ± 2.91 (TA) vs 28.03 ± 9.47 mg/dL (AA), mean ± SEM, p = 0.001. When the population is stratified, the association appears only among patients who have NASH. When the NOX4 (rs 3017887) gene was studied, there was association with ALT (CA + AA: 60.10 ± 6.01 U / L vs CC: 44.23 ± 4.36 U/L; P = 0, 02). However, when the population was stratified in steatosis and NASH, there was no statistically significant difference in the frequency of genotypes. There was no association of SNPs from genes encoding NADPH oxidase system proteins in the CYBA (unregistered) and Nox4 (rs 3017887) genes and the presence of NASH in the DHGNA carriers. Regarding the clinical results, it was observed that the most advanced degrees of fibrosis occurred in patients diagnosed with Type 2 Diabetes Mellitus (66.9% vs 37.5%, p = 0.007), in addition to being more obese (32.2% % vs 29%, p = 0.003). In addition, serum glucose and insulin levels increased significantly, according to the presence of NASH. The frequency of MS was significantly higher in patients with NASH. Conclusions: 1) There was an association between the presence of the CC genotype in the Nox4 SNP with a higher concentration of ALT in the general population. 2) There was an association between the presence of the AA genotype in the CYBA gene -675 T / A polymorphism with a higher concentration of TGL and lower HDL in patients with NASH. 3) There was an association between the presence of metabolic syndrome and advanced degrees of hepatic fibrosis in patients with NAFLD. However, the sample should be expanded to confirm these associations, as well as to better explore possible relationships with fibrosis and inflammation scores

Avaliamos a influência do transplante renal (Tx) e de \"polimorfismos de nucleotídeos isolados\" (SNPs), na região promotora do gen codificador da proteína C reativa, sob os níveis de PCR, em 50 pacientes com doença renal crônica em terapia dialítica. Os níveis de PCR foram avaliados no período pré-Tx, no primeiro e segundo anos pós-Tx. Inicialmente, os pacientes foram divididos em três grupos de acordo com os percentis (25, 50 e 75) dos níveis de PCR no período pré-Tx. Em seguida, avaliamos os genótipos para 2 SNPs, um bi-alélico na posição -409 (G->A) e um tri-alélico (C->T->A) na posição -390. Na análise geral os níveis de PCR decresceram significativamente no primeiro ano pós-Tx e tiveram uma elevação, não significativa, no segundo ano após o transplante. Após a divisão por percentis, observamos que nos pacientes cujos níveis de PCR se situavam dentro da normalidade (percentis 25 e 50), este marcador se manteve estável ao longo do estudo, enquanto houve uma significativa e progressiva redução dos níveis de PCR, pós-Tx, nos pacientes do percentil 75 (p=0,002). Todos os pacientes apresentaram o genótipo -409GG, quando avaliados para o SNP nesta posição. Quando avaliados para a posição -390, não foram encontrados pacientes com o alelo \"A\", havendo 15 pacientes com o genótipo \"CC\", 11 \"TT\" e 24 \"CT\". A média geral dos níveis de PCR diferiu significativamente entre os indivíduos de diferentes genótipos (p=0,019). A presença do alelo \"T\" associou-se a níveis mais elevados de PCR no pré-transplante (p=0,007) e no primeiro ano pós (p=0,001), fato não observado no segundo ano (p=0,146). Concluímos que o Tx reduz os níveis de PCR em pacientes com PCR previamente elevada. SNPs na posição -390 da região promotora do gen codificador da PCR influenciam os níveis basais desta proteína, de tal forma que o alelo \"C\" se associa com os menores níveis de PCR e o alelo \"T\" com os maiores. Em nossos pacientes, esta influência deixou de ser observada no segundo ano pós-Tx. / We evaluated the influence of kidney transplantation (Tx), as well as single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the \"C\" reactive protein (CRP) gene promoter region on CRP levels in 50 patients with chronic kidney disease under dialysis. CPR levels were evaluated at pre-Tx, as well as during the first and second years post-Tx. Initially, patients were divided into tree groups according to pre-Tx CRP percentiles (25, 50 and 75). At the same time, we evaluated the genotypes for 2 SNPs, a bi-allelic (G->A) at the -409 position and a tri-allelic (C->T->A) at the -390 position. In general analysis, CRP levels was significantly reduced in the first year and increased, not significantly, in the second year post Tx. Upon dividing the groups, the patients with CRP levels under the normal range (25th and 50th percentiles) presented stable, whereas there was a progressive and significant reduction in the post Tx CRP levels in patients in the 75th percentile (p=0.002). All patients presented the -409GG genotype. When evaluated for the -390 position, the \"A\" allele was not found and there were 15 \"CC\" pts, 11 \"TT\" and 24 \"CT\". CRP general means were different among patients with different genotypes (p=0.019). Also, allele \"T\" presence was associated with higher CRP levels in the pre-Tx (p=0.007) and first year post (p=0.001), but not at the second year post-Tx (p=0.146). We concluded that Tx reduces CRP levels in patients with previously high CRP. SNPs at the -390 position of the CRP gene promoter region influence CRP´s basal levels in such a way that the \"C\" allele correlates with the lowest and the \"T\" with the highest. We did not observe this influence in our patients at the second year post-Tx.

O câncer no colo do útero é o segundo tipo de neoplasia maligna mais prevalente nas mulheres no mundo todo e o seu rastreamento é realizado através do exame microscópico das células esfoliadas da mucosa cervical, o teste de Papanicolaou. Partindo-se da premissa que a infecção por Papilomavírus Humano oncogênico (HRHPV) é condição necessária para o desenvolvimento desta neoplasia, tem-se avaliado a possibilidade de empregar-se para a mesma finalidade, o rastreio, métodos que detectam o material genético viral. Estudos recentes demonstraram que estes testes moleculares apresentam maior sensibilidade e a substituição do teste citológico pelos moleculares vem ocorrendo em alguns países. O monitoramento da resposta ao tratamento das pacientes com câncer cervical é realizado por meio de testes inespecíficos como exames de imagem. Portanto, é desejável o desenvolvimento de um teste específico, não invasivo capaz de detectar precocemente a recidiva. Este estudo investigou a freqüência e os tipos de HPV presentes em tumores cervicais de pacientes brasileiras, e verificou a ocorrência de resultados HPV-negativos pelos testes moleculares, procurando investigar as causas de possíveis falhas dos testes. Além disso, padronizou e avaliou uma reação de PCR em tempo real capaz detectar o DNA do HPV-16 e 18 no plasma das pacientes. Foram incluídas no estudo 104 pacientes com diagnóstico confirmado de câncer cervical atendidas em três hospitais oncológicos do Estado de São Paulo, ICESP, IBCC e HC-Barretos, no período de novembro de 2009 a julho de 2011. Foram coletados um fragmento do tumor cervical e sangue total. O DNA extraído dos tumores foi submetido a genotipagem do HPV por meio da utilização dos kits Linear Array HPV Genotyping Test (LA) e PapilloCheck®, além de PCRs tipo específicas para HPV-16, 18 e 45. Amostras que apresentaram resultado HPV-negativo no PapilloCheck®, tiveram parte da região E1 seqüenciada para verificar potenciais causas do resultado falso-negativo. A amostra de plasma das pacientes que apresentavam HPV-16 e/ou 18 no tecido tumoral foi submetida à PCR em tempo real para avaliar a presença do DNA do HPV no plasma. Das 104 amostras de tecido tumoral, 103 foram positivas para HPV, sendo que os HPV-16 e 18, como infecção simples, foram os encontrados com maior freqüência (48,5%). Os testes LA e PapilloCheck® apresentaram 65,4% de concordância total. O PapilloCheck® apresentou 12,5% de resultados falso-negativos (N=13). A principal hipótese para explicar esses resultados é a presença de mutações na região de hibridização dos iniciadores e/ou das sondas. A reação de PCR em tempo real específica para HPV-16 e 18 padronizada no estudo apresentou baixa sensibilidade, mas alta especificidade e não deve ser utilizada como teste diagnóstico para o câncer cervical. A relação entre DNA de HPV no plasma e o prognóstico da paciente deve ser explorada no futuro / Invasive cervical cancer is the second most common cancer among women worldwide and screening programs are based on microscopical examination of cells exfoliated from the cervical mucosa, the Papanicolaou test. Since the infection by an oncogenic HPV (HR-HPV) has been shown to be necessary for the development of this neoplasia, molecular assays are being evaluated for the same application, primary screening. Indeed, recent studies showed these methods to be more sensitive and therefore are replacing the cytological test in many countries. Post treatment surveillance of invasive cervical cancer patients are made by unspecific tests as imaging exams. Hence, the development of a specific non invasive test able to detect premature recurrence is desired. This study investigated the HPV frequency and types on invasive cervical tumors among Brazilian patients observing the occurrence of HPV-negative results on molecular tests, trying to addrees the causes for the putative failures. Moreover, we standardized and evaluated a real time PCR method for HPV-16 and 18 DNA detection on patients plasma. One hundred and four women with invasive cervical cancer were recruited in three oncologic hospitals from São Paulo State, ICESP, IBCC and HCBarretos, in between November 2009 and July 2011. Tumor tissue and whole blood were collected. DNA extracted from the tumors were submitted to HPV detection and genotyping tests such as the Linear Array HPV Genotyping Test (LA) and PapilloCheck®, besides type specific PCRs for HPV-16, 18 e 45. Samples that showed an HPV-negative result on the PapilloCheck® were submitted to direct sequencing of E1 region to verify potential mismatches responsible for that. Plasma samples from patients with tumor tissue positive for HPV-16 and/or 18 were submitted to the real time PCR to evaluate the HPV DNA presence on plasma. Out of 104 cervical carcinomas, 103 were HPV positive, HPV-16 and 18, as single infection, were the most frequent types observed (48.5%). LA and PapilloCheck® showed 65.4% of total agreement. PapilloCheck® displaied 12.5% of false-negative results (N=13). The major hypothesis to explain these results is the presence of mismatches to the primers and/or probes annealing regions. Real time PCR specific for HPV-16 and 18 developed in this study showed low sensitivity, but a high specificity and cannot be used as an invasive cervical cancer diagnostic tool. The relationship between the presence of HPV DNA in the plasma and the patient prognostic shall be evaluated in the future

Introdução. A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica crônica, endêmica na América Latina, principalmente Brasil, sendo a oitava causa de morte entre as doenças infecciosas crônicas recorrentes. A PCM infecção é caracterizada por uma resposta Th1, a forma aguda por um perfil misto da resposta Th2/Th9, enquanto na forma crônica caracteriza-se pelo perfil Th17/Th22. A ocorrência e gravidade da PCM humana podem também estar associadas a fatores genéticos como os polimorfismos dos genes de citocinas. Objetivos. 1. Descrever a frequência dos polimorfismos de (SNPs) IFNG +874 T/A, IL12B 3\' UTR +1188 A/C e IL12RB1 11014 A/G no éxon 7 em pacientes e controles; 2. Investigar a associação entre esses polimorfismos e as diferentes formas clínicas da micose; 3. Verificar se há associação entre esses polimorfismos e a secreção das citocinas IFN-y, IL-12p40 e IL-12p70. Materiais e Métodos. 143 pacientes com PCM foram incluídos (40 com a forma aguda, 100 com a forma crônica multifocal e 17 unifocal). Critérios de inclusão: ter doença ativa (DA) comprovada por exame micológico ou histopatológico positivo ou presença de anticorpos anti-Paracoccidioides brasiliensis (>= 1/32 por contraimunoeletroforese) ou ter doença curada/tratada (CT) quando comprovada anteriormente pelos critérios de DA e atualmente com títulos de anticorpos estáveis e <= 4 em dois períodos com intervalo >= 6 meses. Analisaram-se os SNPs IFNG pela técnica de PCR-ARMS (\"Polymerase Chain Reaction - Amplification Refractory Mutational System\"), IL12B e IL12RB1 por RFLP (\"PCR-Restriction Fragment Lenght Polymorphism\"). Para a dosagem de citocinas foram utilizadas as técnicas de ELISA (n=29) e CBA (\"Cytometric Bead Array\"; n= 18), sendo considerados estatisticamente significantes, os valores de p < 0,05 para os testes de x2 e o teste de Kruskal-Wallis, com pós-teste de Dunn. Resultados. O genótipo AA do SNP IL12RB1 foi mais frequente na forma crônica multifocal e o genótipo AG, na forma unifocal masculina (p= 0,048). À análise desta forma clínica entre ambos os sexos, o genótipo AG foi também mais frequente no sexo masculino (p= 0,009). Segundo a etnia, foi demonstrada diferença estatisticamente significante nas frequências dos genótipos e alelos dos SNPs IFNG e IL12RB1 (p < 0,05). Em relação às formas clínicas da PCM, houve similaridade nas frequências dos genótipos e alelos dos SNPs estudados. Quanto aos níveis das citocinas, para os SNPs IFNG, IL12B e IL12RB1, maiores níveis de secreção de citocinas, frente a PHA, foram registrados nos grupos CT e CO em relação ao DA, sugerindo relação com a evolução da doença e com a imunossupressão já descrita na doença ativa. Conclusão. Não houve associação entre os SNPs IFNG, IL12B e IL12RB1 e as diferentes formas da doença quando todos os pacientes foram analisados; no sexo masculino, sugere-se que o genótipo AA esteja associado à doença crônica mais disseminada (IL12RB1). Houve diferença significante entre as etnias nos SNPs IFNG e IL12RB1, sugerindo-se a ampliação do número de pacientes em determinadas etnias e na forma clínica unifocal para melhor compreensão dessas associações / Introduction. Paracoccidioidomycosis (PCM) is a systemic chronic mycosis, endemic in Latin America, mainly in Brazil where it is the eighth cause of death among chronic recurrent infectious diseases. PCM infection is characterized by the Th1 immune response, the acute form, by a mixed Th2/Th9 profile, while the chronic form is characterized by Th17/Th22 profile. The occurrence and severity of human PCM can also be associated with genetic factors such as polymorphisms on genes of cytokines. Objectives. 1. To describe the frequencies of the single nucleotide polymorphisms (SNPs) IFNG +874 T/A, IL12B 3\'UTR +1188 A/C and IL12RB1 11014 A/G on exon 7, on patients with PCM and non-PCM controls; 2. To investigate the association between those SNPs and the different clinical forms of PCM. 3. To verify the possible association between those SNPs and the secretion of the cytokines IFN-?, IL-12p40 and IL12p70. Materials and Methods. 143 patients with PCM were included (40 with acute form, 100 with multifocal chronic form and 17 unifocal). Inclusion criteria: active disease (DA) proved by fungal identification on direct microscopy/histopathology or culture, or presence of antibodies antiParacoccidioides brasiliensis ( >= 1/32 by counterimmunoelectrophoresis) or cured/treated disease (CT) when previously proved by criteria of DA and present stable antibodies titles =6 months in between. The SNP IFNG was analyzed by PCR-ARMS (Polymerase Chain Reaction - Amplification Refractory Mutational System) and the SNPs IL12B and IL12RB1 by PCR-RFLP (PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism). The levels of cytokines were detected by ELISA (n= 29) and CBA (Cytometric Bead Array; n= 18) and values of p < 0.05 for ?2 test and Kruskal-Wallis\' test, with Dunn\'s post-test were considered statistically significant. Results. The AA genotype of SNP IL12RB1 was the most frequent in the multifocal chronic form while the AG was more frequent in men with the unifocal chronic form of PCM (p = 0.048). On this clinical form in the comparison between genres, the AG genotype was also more frequent in men (p= 0.009). On ethnicity, it was demonstrated statistical difference between the frequencies of genotypes and alleles of SNPs IFNG and IL12RB1 (p < 0.05). In the comparison between the clinical forms of PCM, the frequencies of genotypes and alleles of the evaluated SNPs were similar. On the levels of cytokines, for SNPs IFNG, IL12B and IL12RB1, increased levels of cytokines were observed with PHA on the CT and CO groups compared with DA, suggesting a connection with the evolution of the disease and the previously described immunosuppression during active disease. Conclusion. There was no association between the SNPs IFNG, IL12B and IL12RB1 and the different forms of PCM when all patients were analyzed; among men, it is suggested that the AA genotype of IL12RB1 is associated with a more disseminated chronic disease. There was a significant difference between the ethnicities on SNPs IFNG and IL12RB1, being the latter also associated with the chronic form in men. The increase in the number of patients in certain ethnic groups and in the unifocal clinical form of PCM might help the better understanding of these associations