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Análise serial da expressão gênica do caule de plantas de Eucalyptus grandis com 6 meses de idade / Serial analysis of gene expression in stems of 6 months old Eucalyptus grandis

Raphael Tozelli Carneiro 22 June 2007 (has links)
De todas as adaptações que as plantas sofreram durante a evolução, a aquisição do sistema vascular à 400 milhões de anos atrás, foi sem dúvida um evento decisivo para sua bem sucedida existência na terra. A madeira é considerada o mais importante recurso natural de energia renovável e o setor econômico baseado na produção florestal cresce a cada ano. Inúmeros fatores como rápida taxa de crescimento, grande produção de biomassa, adaptabilidade a diversos ambientes e solos, boa qualidade de madeira para produção de uma ampla gama de produtos e presença de celulose de fibra curta, ideal para a produção de papel e celulose, contribuíram para o grande sucesso das espécies de Eucalyptus e tornaram o Brasil o maior produtor mundial de celulose de fibra curta utilizando o eucalipto como matéria prima. Devido à reconhecida importância econômica e também ambiental das árvores, o desenvolvimento do sistema vascular se tornou um importante e fascinante processo biológico para se estudar. No entanto, existe ainda pouco conhecimento sobre os processos celulares, moleculares e bioquímicos envolvidos na formação da madeira. Dessa forma, no presente trabalho foi utilizada a técnica de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) para caracterizar o perfil transcricional do caule de plantas de E. grandis com 6 meses de idade. A partir do sequenciamento de 826 clones, foi possível analisar 2.274 tags/genes, sendo que 989 (43,5%) genes puderam ser identificados e ter uma possível função atribuída. Genes que codificam enzimas e proteínas muito importantes durante o processo de formação da madeira, como aqueles relacionados à biossíntese e deposição da parede celular e organização do citoesqueleto, apresentaram elevada expressão, sendo possível ainda sugerir a ocorrência de possíveis mecanismos comuns de controle transcricional para grupos de genes funcionalmente relacionados. A posterior comparação com as proteínas identificadas por espectrometria de massas através do sistema LC-MS/MS a partir do mesmo material biológico mostrou que muitos desses genes representam também as proteínas mais abundantes. Juntamente com outros projetos que vêm sendo desenvolvidos no laboratório, o presente trabalho contribuiu para a construção de um banco de dados local com informações do transcritoma e do proteoma de diferentes idades e tecidos, fornecendo uma visão global sobre os genes envolvidos no processo de formação da madeira e possivelmente responsáveis pelo rápido crescimento nas espécies de Eucalyptus, indicando importantes alvos para futuros programas de melhoramento. / From the numerous adaptations that plants have developed during evolution, the acquisition of the vascular system some 400 million years ago was been a decisive event for their successful existence on earth. Wood is considered the most important natural resource of renewable energy and the Forest-based economical sector grows every year. Several factors like the fast growth rate, large biomass production, adaptability to a wide range of environments and soils, good wood quality for the production of a wide range of products and the presence of short cellulose fiber, suitable for pulp and paper production, have contributed to the great success of Eucalyptus species making Brazil the main producer of short cellulose fiber using eucalypt as raw material. Due to the recognized economical and also environmental importance of trees, the development of the vascular system became an important and fascinating biological process to study. However, little is known about the cellular, molecular and biochemical processes involved in wood formation. In this way, in the current work SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) technique was used to characterize the transcriptional profile in stems of 6 months old Eucalyptus grandis. From the sequencing of 826 clones, it was possible to analyse 2,274 tags/genes, and 989 (43,5%) genes could be identified and to have a possible function attributed. Genes that code for enzymes and proteins important for wood formation process, like those related to cell wall biosynthesis and deposition, and cytoskeleton organization had high expression, making it possible to suggest the occurrence of a common transcriptional control for a few functionally related genes. The posterior comparison with the set of proteins identified by LC ESI-MS/MS from the same biological material showed that some of these genes also represent the most abundant proteins. Taken together with other projects that are being developed in the laboratory, the present work contributed for the construction of a local data-base with transcriptome and proteome information from different ages and tissues, giving a global vision of the genes involved in the wood formation process and potentially responsible for the fast growth in the Eucalyptus species, indicating important targets for future breedings programs.
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Morfoanatomia e fitoquímica de espécies da subtribo Lychnophorinae (Asteraceae: Vernonieae) como subsídios para as análises filogenéticas do grupo = Morphoanatomy and phytochemistry of species of Lychnophorinae subtribe (Asteraceae: Vernonieae) as subsidies for the phylogenetic analyses of group / Morphoanatomy and phytochemistry of species of Lychnophorinae subtribe (Asteraceae: Vernonieae) as subsidies for the phylogenetic analyses of group

Lusa, Makeli Garibotti, 1982- 25 August 2018 (has links)
Orientadores: Beatriz Appezzato da Glória, Fernando Batista da Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T23:31:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lusa_MakeliGaribotti_D.pdf: 111212555 bytes, checksum: dcca67728c1e6b3b3529dd3542283773 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Asteraceae é uma das maiores famílias entre as angiospermas, possuindo de 24.000 a 30.000 espécies, o que representa, aproximadamente, 10% da flora mundial. Atualmente são reconhecidas 21 subtribos pertencentes à Vernonieae. Entre elas, Lychnophorinae tem uma distribuição quase restrita ao Brasil, ocorrendo nos campos rupestres e cerrados do Planalto Central. A subtribo apresenta 18 gêneros e 104 espécies, distribuídos entre os mais variados hábitos: ervas perenes, arbustos, subarbustos, arvoretas, árvores e caulirosuletum. Estudos filogenéticos recentes indicam que a subtribo é monofilética. As linhagens mais basais e mais derivadas são bem sustentadas, contudo, as relações entre os demais clados persistem apenas parcialmente resolvidas. Por esse motivo, nesse estudo são investigadas espécies da subtribo em relação à morfoanatomia e à química dos principais metabólitos de caules aéreos e folhas, buscando-se novos caracteres que possam ser úteis para um melhor entendimento evolutivo do grupo, inclusive possíveis sinapomorfias. Para tanto, foram eleitas espécies chaves dentro de Lychnophorinae, representantes das principais linhagens. Para as análises estruturais e histoquímicas, amostras de caules e de folhas foram processadas de acordo com as técnicas usuais em anatomia vegetal. Para as análises fitoquímicas, os extratos foram analisados por cromatografia liquida e espectrometria de massas. As reconstruções dos estados ancestrais dos caracteres foram efetuadas em uma filogenia baseada em dados morfológicos e moleculares. Em Lychnophorinae, os principais locais de síntese dos metabólitos secundários são: tricomas glandulares, idioblastos epidérmicos e tecidos parenquimáticos das folhas e dos caules. As análises fitoquímicas evidenciaram a presença de flavonoides, derivados do ácido trans-cinâmico, lactonas sesquiterpênicas e poliacetilenos. A reconstrução dos estados ancestrais dessas substâncias na filogenia da subtribo indicam possíveis sinapomorfias químicas. No decorrer das análises morfoanatômicas foram observadas duas importantes novidades em Lychnophorinae. A primeira relata a ocorrência de fitomelanina em caules aéreos e folhas de Lychnophorinae. As reconstruções dos estados ancestrais dos caracteres sugerem que o ancestral comum mais recente das Lychnophorinae já apresentava fitomelanina no caule espessado. A segunda novidade morfoanatômica diz respeito a um modo não usual de retenção de água sobre ápices caulinares, onde uma substância hialina é resultado da degradação parietal de tricomas não glandulares, tendo natureza hidrofílica. Essa substância possivelmente apresenta a função de proteger os órgãos jovens contra dessecação. Durante as investigações anatômicas de caules e folhas de Lychnophorinae, nós observamos características peculiares, frequentemente relatadas como xéricas, e procuramos entender se tais características mostravam algum padrão que agrupava as espécies. Nós realizamos análises multivariadas levando em consideração tais características. Os resultados indicaram quatro grupos funcionais em Lychnophorinae e sinalizaram que as espécies agrupadas, ocupavam os mesmos nichos, os quais refletiam condições específicas nos diferentes ambientes. Finalmente, após a conclusão das análises anatômicas, as características foram mapeadas na filogenia de Lychnophorinae e geraram importantes informações, como a identificação de oito possíveis sinapomorfias. As informações geradas nesse estudo sugerem que a evolução da diversidade morfológica e anatômica em Lychnophorinae pode ter sido direcionada por pressões adaptativas, derivadas de fatores ecofisiológicos dos ambientes restritos em que habitam a maioria das espécies / Abstract: Asteraceae is one of the largest flowering plants families, with 24,000-30,000 species, representing approximately 10% of the world's flora. Currently, 21 subtribes are recognized in Vernonieae. Among them, Lychnophorinae is nearly endemic to Brazil, occurring in campos rupestres areas and savannas of Central Plateau. The subtribe has 18 genera and 104 species distributed among the various habits: perennial herbs, shrubs, subshrubs, treelets, trees and caulirosuletum. Recent phylogenetic studies show that the subtribe is monophyletic. The most "basal" and more "derived" strains are well supported, however, relationships between the remaining clades persist partially unresolved. Therefore, in this study, species of the subtribe are investigated in relation to morphoanatomy and chemistry of the main metabolites of aerial stems and leaves, searching for new characters that might be useful for a better understanding of the group evolution, including possible synapomorphies. To this aim, key species were chosen in Lychnophorinae, representing the principal lineages. For structural and histochemical analyzes, samples of leaves and stems were processed according to usual plant anatomy techniques. For phytochemical analysis, the extracts were analyzed by liquid chromatography and mass spectrometry. Reconstructions of ancestral states of the characters was performed using parsimony in a phylogeny based on morphological and molecular data. In Lychnophorinae, the major sites of synthesis of secondary metabolites are: glandular trichomes, epidermal idioblasts and parenchyma of the leaves and stems. The phytochemical analysis revealed the presence of flavonoids, derivatives of trans-cinnamic acid, sesquiterpene lactones and polyacetylenes. The reconstruction of ancestral states of these substances in the phylogeny of the subtribe indicate possible chemical synapomorphies. During the morphoanatomic analyzes two important events in Lychnophorinae were observed. The first reports the occurrence of phytomelanin aerial stems and leaves of Lychnophorinae. Reconstructions of ancestral states of the characters suggest that the most recent common ancestral of Lychnophorinae presented phytomelanin in thickened stem. The second morphoanatomical novelty relates to a method of unusual water retention of apexes, where a substance hyaline is a result of parietal degradation of non glandular trichomes, and it has hydrophilic nature. This substance probably has the function to protect young organs from desiccation. During the anatomical investigations of stems and leaves of Lychnophorinae, we observed frequently reported as xeric peculiar characteristics, and seek to understand whether these characteristics showed some pattern that grouped species. We performed multivariate analysis taking into account the peculiar characteristics. The results indicated four functional groups Lychnophorinae and signaled that grouped species occupy the same niche, which reflect specific conditions in different environments. Finally, after completing the anatomical analyzes, the features were mapped on the phylogeny of Lychnophorinae and generated important information such as the identification of eight possible synapomorphies. The information generated in this study suggest that the evolution of morphological and anatomical diversity in Lychnophorinae may have been driven by adaptive pressures, derived from ecophysiological factors of restricted environments in which most species inhabit / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutora em Biologia Vegetal
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Caracterização do transcriptoma e parede celular de três espécies de Eucalyptus com importância industrial / Characterization of the transcriptome and cell wall of three Eucalyptus species with industrial importance

Salazar, Marcela Mendes, 1981- 08 February 2012 (has links)
Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T09:47:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Salazar_MarcelaMendes_D.pdf: 4370521 bytes, checksum: 99869d0c9655d47c4e3b2c29de58a274 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A celulose é o polímero mais abundante do planeta e está presente principalmente na parede secundária de células vegetais maduras. O conhecimento dos mecanismos moleculares envolvidos na sua biossíntese, bem como a regulação deste processo é recente e ainda elementar, apesar da sua grande importância. O Eucalyptus é o gênero florestal mais plantado no mundo, especialmente por ser matéria-prima para fabricação de celulose. Investimentos em pesquisas e desenvolvimento estão sendo realizados pelo setor florestal, no intuito de aumentar os ganhos de produtividade de celulose através da pesquisa na área da biologia molecular. Os dados analisados desmostram que a expressão gênica das espécies estudadas (E. globulus, E. grandis e E. urophylla) difere em genes essenciais para a formação dos compostos da parede celular e por fim da madeira. Os dados moleculares são condizentes com dados diferenciais aqui encontrados em relação à composição dos açúcares da parede. Os resultados gerados pela análise de composição da parede por diferentes técnicas, incluindo a recentemente desenvolvida "Perfil Glicômico" mostram uma grande diversidade e quantidade dos carboidratos da parede celular diferentemente distribuídos no xilema das espécies Eucalyptus globulus, grandis e urophylla, bem como em folha. Tais resultados apresentam um grande avanço para o entendimento da composição das paredes celulares de tais espécies. Assim, o objetivo do presente trabalho foi correlacionar os dados moleculares, com dados highthroughput do Perfil Glicômico para entender a composição e arquitetura da parece celular. Espera-se que esses dados possam contribuir para o entendimento da xilogênese e de como os genes trabalham para gerar árvores com características tão distintas, podendo direcionar o melhoramento das mesmas / Abstract: Cellulose is the most abundant polymer in the world and it is present mainly in secondary cell walls of plant mature cells. The knowledge of molecular mechanisms involved in biosynthesis and regulation of this process is recent despite its great importance. The Eucalyptus is the most planted forest genus in the world, especially for being raw material for pulp production. Investments in research and development, especially in the molecular biology field, are being carried out by the forestry sector in order to increase pulp productivity. The data analyzed showed that gene expression of the species the tree species studied here (E. globulus, E. grandis e E. urophylla) differs in essential genes of cell wall compounds formation. Molecular data are consistent with differential data found here in relation to the composition of cell wall sugars. The results generated by the wall composition analysis by various techniques, including the recently developed "Glycome Profiling", showed a wide diversity of carbohydrate of cell wall differently distributed in the xylem of the the Eucalyptus species. These results are a breakthrough in understanding the cell wall composition of these species. The objective of this study was to correlate molecular data with data highthroughput Glycome Profiling to understand the composition and architecture of the cell walls. It is hoped that these data will contribute to the understanding of wood formation and how genes work to generate trees with such different characteristics / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular
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[en] FINITE ELEMENTS WITH SPLINE FUNCTIONS APPLIED TO STRUCTURAL DYNAMICS AND INSTABILITY / [pt] ELEMENTOS FINITOS COM FUNÇÕES SPLINE PARA INSTABILIDADE E DINÂMICA DE ESTRUTURAS

OSCAR FABRICIO ZULETA INCH 29 August 2008 (has links)
[pt] No presente trabalho se estuda um elemento finito subparamétrico que aproxima o campo de deslocamentos com funções spline, implementando um programa que pode ser utilizado para calculo estático, dinâmico e de instabilidade de estruturas compostas de placas, vigas de paredes finas, vigas caixão e em geral em elementos alongados (pontes e perfis metálicos). O grau de liberdade de rotação perpendicular ao plano do elemento é introduzido na formulação para possibilitar uma análise tridimensional. Apresenta-se um método que serve como base para determinar a constante de rigidez correspondente. Nos exemplos apresentados avalia-se a precisão obtida utilizando pouco número de divisões longitudinais do continuo, vantagem que justifica o uso desses elementos em estudos de pré-projeto ou otimização de estruturas. Comparam-se os resultados com soluções teóricas ou resultados de outros programas estruturais, permitindo apreciar as possibilidades e limitações da modelagem usando elementos finitos com funções spline. As diferenças observadas, que surgem principalmente em placas espessas, são explicadas pela aproximação da deformação de cisalhamento encontrada na literatura para os elementos utilizados na comparação. Mostra-se também exemplos de instabilidade analisados em três dimensões que permitem considerar diferentes condições de apoio e discutir os resultados de fórmulas conhecidas. / [en] The present work presents a subparametric finite element model with spline displacement functions, implemented for static, dynamic and instability analysis of folded plates, thin-walled beams, box girders, and elongated structures such as bridges and structural shapes. A drilling degree of freedom (rotation about an axis perpendicular to the plane of the element) is introduced in the formulation to allow for three-dimensional analysis. A method for determining the corresponding contribution to the stiffness matrix is presented. The examples presented evaluate the accuracy obtained using a small number of longitudinal subdivisions of the continuum, convenient in the case of analyses for preliminary design and optimization. The results obtained are compared to theoretical solutions or results of standard structural analysis programs, allowing for an appraisal of the advantages and limitations of modeling with use of spline functions. The differences in the results, observed specially in the case of thick plates, are explained by the approximations for the shear strain in the elements used for comparison. From the examples it is possible to comment results of threedimensional modeling of instability problems with different boundary conditions.
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AMBIÊNCIAS NA PAREDE: CONCEPÇÕES ESPACIAIS EM PINTURA E DESENHO / AMBIENCES ON THE WALL SPATIAL CONCEPTIONS IN PAINTING AND DRAWING

Nunes, Michele Martins 26 April 2010 (has links)
This master degree dissertation consider the individual plastic production entitled Ambiences on the Wall, composed of eight works that were produced during the masters course. The plastic proposal starts in perceptions of a particular universe (home-intimacy), seeking its re-development through the creative process, bringing to the same level the relations between painting and drawing, color and achromatic, perennial and ephemeral, memory and present, real and fantastic. In these works, the house's rooms are represented by painting with nuances of gray and by black lines installed on white walls. Opposed to these scenarios are superimposed colored pictures, composed of appropriated elements of cubism. The visual poetic investigation starts on the establishment of these works, focusing on different conceptions of space that they suggest: the represented spaces, the relationship with the common space and the perceptions of the house s environments. First is presented the proposal, which seeks to combine oil painting on canvas and drawing on the wall with adhesive. The text deals with the representational systems that are chosen for such combination, and with the counterpoint chromatic x achromatic that the works present. Later, aspects of the works are considered, and also its relationship with the space around it. Finally, the text discusses the thematic issues related to the represented spaces and the figures that inhabit them. / Esta dissertação busca estabelecer uma reflexão referente à produção plástica individual intitulada: Ambiências na Parede, composta por oito trabalhos que foram produzidos durante o curso de mestrado. A proposta plástica parte de percepções de um universo particular (casa-intimidade), buscando sua reelaboração através do processo criativo, trazendo ao mesmo plano as relações entre pintura e desenho, cor e acromático, perene e efêmero, memória e presente, real e fantástico. Nestas obras, os cômodos da casa são representados através da pintura em nuances de cinza e por linhas pretas instaladas sobre paredes brancas. Contrapondo-se a estes cenários, são sobrepostas figuras coloridas, compostas por elementos apropriados do cubismo. A investigação poética visual se dá a partir da instauração destes trabalhos, centrando-se nas diferentes concepções espaciais que estas obras sugerem: os espaços representados, a relação com o espaço comum e a percepção dos ambientes da casa. Primeiramente é apresentada a proposta, que busca combinar pintura a óleo sobre tela e desenho com adesivo sobre a parede. São abordados os sistemas representacionais escolhidos para tal combinação, bem como o contraponto entre cromático x acromático que as obras apresentam. Posteriormente são refletidos aspectos referentes à obra e sua relação com o espaço que a circunda. E por fim o texto discorre sobre as motivações temáticas referentes aos espaços representados e as figuras que neles habitam.
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Comparação ultraestrutural entre folhas hidratadas e dessecadas de tres especies de Velloziaceae : duas revivescentes e uma sensivel a dessecação

Rossetto, Estela de Sousa 31 August 2018 (has links)
Orientadores: Mary Anne Heide Dolder, Phillippe Matile / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-31T09:44:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rossetto_EsteladeSousa_D.pdf: 10579170 bytes, checksum: 599f6dea90da54726ade3bc1b4ec56e3 (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Xerophyta plicata Spreng. (Velloziaceae) é uma Angiosperma brasileira tolerante à dessecação, que ocorre em afloramentos graníticos do RJ ao RN. Embora não perca as folhas nos períodos secos, elas ficam amarelas, encolhidas, dobradas e torcidas. Quando a água volta, as folhas se distendem e voltam a ficar verdes. As células do mesófilo sobrevivem aos ciclos de saída e entrada de água por meio de alterações ultra-estruturais responsáveis pela manutenção da viabilidade celular. Essas alterações parecem processos degradativos limitados, que mantém remanescentes das estruturas vitais. A utilização de solução fixadora não aquosa previne a ocorrência de artefatos de técnica nas folhas secas, que são muito reativas a água. O acompanhamento passo a passo dos nove dias de dessecação, por meio de Microscopia Eletrônica de Transmissão, revelou a permanência do núcleo de maneira intacta e de remanescentes identificáveis de cloroplastos, mesmo em folhas com conteúdo relativo de água (CRA) igual a 0%. As demais organelas desaparecem ou deixam de ser identificáveis nas células secas. Células dessecadas apresentam uma massa citoplasmática central e compacta, quase sem ligação com as paredes celulares, muito dobradas. Durante a re-hidratação alterações físicas de volume e forma (estudadas por meio de Microscopia Eletrônica de Varredura ¿ SEM) ocorrem paralelamente a alterações morfo-metabólicas de reorganização ultra-estrutural. O acompanhamento detalhado dos dois primeiros dias de re-hidratação por Microscopia Eletrônica de Transmissão (TEM), com o uso de fixadores aquosos e não aquosos, revelaram uma seqüência de eventos celulares: dilatação das organelas, formação de vesículas que resultam na ocupação homogênea de todo o espaço interno da célula, deslocamento do citoplasma para a porção parietal da célula e reorganização da estrutura interna das células. ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Xerophyta plicata Spreng. (Velloziaceae) is a Brazilian desiccation tolerant Angiosperm that occurs in granitic rock outcrops from Rio de Jane1ro State to Rio Grande do Norte State. Although leaves do not fall during the drought periods, they become yellow, shrinked, folded and twisted. When water is available again, leaves distend and retake the green colour. Mesophyll cells survive the water inlet and outlet cycles by means of ultrastructural changes that are responsable for maintaining their viability. These changes are similar to limited degradative processes in which remnants of the vital structures are preserved. The use of a non-aqueous fixative solution for dry tissues prevent the occurrency of fixation artefacts in these that are very reactive to water. A step by step 9-day study of the desiccation process by Transmission Electron Microscopy recognizable (TEM) showed few changes in the nucleus and modified-chloroplasts even in totally dry leaves (relative water content (RWC) of 0%). Other organelles disappear or are not recognizable. Desiccated cells show a compact and central cytoplasm that maintains contact with the cell walls by a few thread-like projections. Cell walls are very folded. During rehydration, changes in shape and volume (studied by Scanning Electron Microscopy, SEM) occur along with morphological metabolical changes, in order to reorganize the cell ultrastructure. A step by step study on the first 2 days of rehydration fixatives was carried out by TEM with aqueous and non-aqueous fixatives. Resurrection occurs through a sequence of cellular events: swelling of the organelles, vacuolation of the cytoplasm, motion of the cytoplasm to the peripheral portion of the cell and reorganization of the internal structure of the cells¿Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas
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História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae. / Evolutionary history of lignocellulosic carbo-hydrolases of the Xanthomonadaceae family.

Jonas Weissmann Gaiarsa 30 July 2013 (has links)
O presente trabalho visa compreender o processo de degradação da parede celular vegetal de hospedeiros de fitopatógenos da família Xanthomonadaceae. Criamos e aperfeiçoamos uma técnica de enumeração dos genes relacionados ao metabolismo de polissacarídeos, com enfoque na distinção entre aqueles que agem sobre os componentes da parede celular vegetal e sobre outros polissacarídeos. A história evolutiva desse conjunto de enzimas foi delineada através de inferências sobre as relações de homologia entre os genes enumerados, sua presença ou ausência nos diversos genomas abordados e comparação das taxas de mutação entre grupos de homólogos. Além disso, procuramos também, com essa etapa de bioinformática e a etapa seguinte, incrementar a anotação desses genes, muitos descritos como hipotéticos ou com vaga definição de sua função. Na segunda parte do desenvolvimento do projeto foram feitos experimentos de expressão heteróloga e verificação da atividade enzimática para validação da anotação de alguns dos genes identificados. / This study aims to understand the process of degradation of host plant cell walls by plant pathogens of the Xanthomonadaceae family. We created and perfected a technique for enumeration of genes related to the metabolism of polysaccharides, focusing on the distinction between those who act on components of plant cell wall and on other polysaccharides. The evolutionary history of this group of enzymes has been outlined through inferences about the relations of homology between the genes listed, their presence or absence in different genomes and comparison of mutation rates between groups of homologues. Moreover, we also attempted with this bioinformatics step and the next step, to enhance the annotation of these genes, many described as hypothetical or vague in the determination of its function. In the second part of the project development heterologous expression and enzymatic activity assays were made to validate the annotation of some of the genes identified.
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Ontogênese, função e evolução das traqueídes vasculares em Cactaceae, tendo como modelo o cacto colunar Pilosocereus aurisetus (Werdern.) Byles & G. D. Rowley / Ontogenesis, function and evolution of wide-band tracheids in Cactaceae: Ontogenesis, function and evolution of wide-band tracheids in Cactaceae: using Pilosocereus aurisetus as a model cactus.

Vanessa Romero Godofredo 09 February 2010 (has links)
Os estudos com traqueídes vasculares em Caryophyllales têm focalizado questões filogenéticas e funcionais. Embora sejam descritas como traqueídes, com espessamento da parede secundária superior a 2µm, o relato de WBTs em diferentes tecidos em outras famílias evidencia que a definição dessas células não está bem estabelecida. O objetivo deste trabalho é compreender a ontogenia das traqueídes vasculares de Pilosocereus aurisetus (cacto colunar), descrevendo a sua estrutura em nível celular e bioquímico, bem como suas implicações funcionais e evolutivas. Para isso foi descrita a ontogênese, como base para o estudo de composição de parede, e anticorpos foram utilizados para melhor entendimento das moléculas de relevância funcional. Além disso, uma revisão anatômica que sintetiza o conhecimento atual sobre ocorrência das WBT, polimorfismo do lenho e diversidade de hábitos foi inserida em um contexto filogenético, a fim de esclarecer o papel do polimorfismo do lenho na evolução de Cactoideae. Plântulas foram incluídas em parafina para obtenção de cortes seriados, analisados em microscopia óptica e confocal. A análise de composição de parede celular foi feita com tecido xilemático de plântulas, cujos polissacarídeos foram sujeitos a hidrólise ácida, seguida de análise em cromatografia. Na imunolocalização foram utilizados os anticorpos anti-galactano LM5 e anti-arabinano LM6, para pectinas, e anti-manano, para hemiceluloses. Dados sobre a presença de traqueídes vasculares e do tipo de lenho em Cactaceae foram coletados da literatura e mapeados em uma filogenia robusta. A grande proporção de parede primária, associada à deposição de galactano, permite a função de armazenamento de água. Além disso, o aumento de parede secundária associada à deposição de manano na base, sugere função de sustentação nesta região, ainda que, somente a formação do lenho fibroso pareça fornecer o suporte necessário para que um cacto colunar atinja a altura de um adulto. Tal processo parece ter sido a predisposição anatômica crucial para a evolução dos cactos colunares. O presente estudo fornece um panorama amplo e novas evidências sobre a origem e função das traqueídes vasculares de Cactaceae. / Studies with wide-band tracheids have adressed phylogenetic and functional questions. Although these cells have been described as tracheids, with secondary cell walls thicker than 2µm, their recent register in different tissues of other families has pointed out that this definition may not be well established. The aim of the present study is to understand the ontogeny of the wide-band tracheids in Pilosocereus aurisetus (a columnar cactus), describing their structure at both celular and biochemical levels, and to investigate their possible functional and evolutionary implications for the Cactoideae as a whole. Therefore, Pilosocereus aurisetus ontogeny was studied as basis to cell wall composition analyses. Such analyses involved the use of antibodies and the identification of molecules of functional relevance. Furthermore, an anatomical review that summarizes the current knowledge about wide-band tracheid occurrence, wood polymorphism, and habit diversity was analyzed within a phylogenetic framework to investigate the role of polymorphic wood in Cactoideae evolution. Seedlings were embedded in paraffin, and the resulting sections were analyzed in optical and confocal microscopy. Studying the cell wall composition in seedling xylem involved the use of acid hydrolization of polysaccharides followed by chromatography analysis. The antibodies used for imunocitolocalization were anti-galactan LM5 and anti-arabinan LM6, for pectins, and anti-mannan, for hemicelluloses. Data about wide-band tracheids occurrence and wood polymorphism in Cactaceae were collected from the literature and mapped in a robust phylogeny for the subfamily. The prevalent proportion of primary cell wall with galactan suggests a water storage function for the wide-band tracheids. Furthermore, the rise of secondary cell wall deposition, and the high concentration of mannan in the cactus base suggest a sustaining function for this region. However, the fibrous wood development alone seems to provide enough support to sustain a mature columnar cactus. Such process may have been the most important anatomical prerequisite in the evolution of columnar cacti. The present study offers an overview and new evidences for the origin and function of wide-band tracheids.
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Teores de lignina determinados através do método espectrofotométrico lignina solúvel em brometo de acetila de alguns cultivares de aveia.

Roseli Sengling Lacerda 19 October 2001 (has links)
Para quantificar o teor de lignina em alguns cultivares de aveia, foi utilizado o método espectrofotométrico "lignina solúvel em brometo de acetila – LSBA", onde a lignina é solubilizada em uma solução a 25% de brometo de acetila em ácido acético glacial e em seguida sua absorbância lida a 280 nm; como padrão de referência foi utilizada a lignina extraída da aveia através de uma solução ácida de dioxana. A quantificação da lignina foi realizada em oito cultivares de aveia, nas frações planta inteira, caule e folha, em três estádios de maturidade (45, 55 e 65 dias de idade). Os resultados obtidos foram comparados com três métodos gravimétricos: lignina detergente ácido (LDA), lignina permanganato de potássio (LPer) e lignina Klason (LK). Os quatro métodos estudados mostraram teores de lignina diferentes entre si. Os resultados de LSBA foram superiores para quase todos os cultivares, ocorrendo o inverso para a LDA. Houve uma pequena diferença em relação aos dias de corte, com dados superiores para LSBA, onde o caule apresentou maior variação em relação às demais frações. As curvas de regressão e os espectrogramas indicaram presença de diferenças qualitativas entre as ligninas provenientes da aveia forrageira nos diferentes estádios de maturidade. / To quantify lignin content in some varieties of oat, it was employed the spectrophotometric method acetyl bromide soluble lignin – ABSL where lignin is dissolved into a 25% acetyl bromide solution in glacial acetic acid and its absorbance read at 280 nm; as a standard it was employed a, lignin extracted by mild acidic dioxane solution from the same sample. Lignin quantification was evaluated in eight oat cultivars, divided in three vegetable parts (whole plant, stem and leaf), and three different maturity stages (cuts at 45, 55 and 65 days). Obtained results were compared with three gravimetric methods: acid detergent lignin (ADL), potassium permanganate lignin (PerL) and Klason lignin (KL). All four methodologies yielded different results. Overall, ABSL yielded highest values whereas ADL yielded the lowest ones. There was a slight difference related to maturity, with higher values for ABSL, where stem fraction showed higher variation when comparing to the two other vegetable parts. Regression equations and espectrograms indicated the presence of qualitative differences between lignins from at distinct maturity stages.
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[en] CHARACTERIZATION AND PERMEABILITY TESTS ON IPANEMA BEACH SAND, RJ / [pt] ENSAIOS DE CARACTERIZAÇÃO E PERMEABILIDADE NA AREIA DA PRAIA DE IPANEMA, RJ

ROMULO CARVALHO COSTA 11 October 2021 (has links)
[pt] Nesta pesquisa, ensaios de caracterização e de permeabilidade foram realizados em uma amostra da Areia da Praia de Ipanema, RJ, tendo como ponto de partida a pesquisa realizada por Simões (2015). A caracterização incluiu granulometria por peneiramento, densidade relativa dos grãos (Gs), análise microscópica e avaliação dos índices de vazios mínimo e máximo por diferentes metodologias. Os ensaios de permeabilidade sob carga hidráulica constante foram realizados em um permeâmetro de parede flexível em corpos de prova moldados nos domínios de compacidades relativa fofo e compacto. A amostra é caracterizada como uma areia fina e média, mal graduada e uniforme, sendo constituída basicamente por grãos de quartzo, com densidade relativa (Gs) igual a 2,656. Quanto à forma, os grãos são subangulares a arredondados, com esfericidade igual a 0,7 e arredondamento igual a 0,5. Os valores obtidos de índice de vazios mínimo e máximo são, respectivamente, 0,435 e 0,760. No domínio de compacidade relativa (CR) fofo (CR da ordem de 30 por cento) foi medido um coeficiente de permeabilidade (k20 Graus C) de 2,0 x 10-2 cm/s, ao passo que no domínio compacto (CR da ordem de 80 por cento) foi medido um coeficiente de permeabilidade (k20 Graus C) de 1,2 x 10-2 cm/s, em média. Os resultados indicam ainda que a expressão proposta por Taylor (1948) que relaciona o coeficiente de permeabilidade (k) e e (3) / (1 + e) por uma reta que passa pela origem seja aplicável à Areia da Praia de Ipanema. / [en] In this research, characterization and permeability tests were performed on a sample of the Ipanema Beach Sand, RJ, considering the research carried out by Simões (2015) as the starting point. The characterization included grain size distribution by sieve analysis, specific gravity (Gs), microscopic analysis and evaluation of minimum and maximum void ratios by different methodologies. Constant head permeability tests were carried out on a flexible-wall permeameter on specimens molded in loose and dense states of relative density (Dr). The sample is characterized as a fine and medium sand, poorly graded and uniform, essentially comprised of quartz grains with specific gravity (Gs) equal to 2.656. Regarding the shape, the grains are subangular to rounded, with sphericity equal to 0.7 and roundness equal to 0.5. The values obtained for the minimum and maximum void ratios are 0.435 and 0.760, respectively. In the loose state (Dr of the order of 30 percent) an average value of permeability coefficient (k20 C Degrees) equal to 2.0 x 10-2 cm/s was measured, whereas in the dense state (Dr of the order of 80 percent) an average value of permeability coefficient (k20 C Degrees) equal to 1.2 x 10-2 cm/s was measured. The results indicate that the expression proposed by Taylor (1948), which relates the permeability coefficient (k) and e(3) / (1 + e) by a straight line that passes through the origin, applies to the Ipanema Beach Sand.

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