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Identificação de diversidade genética em fitoplasmas com base na análise molecular dos gene 16S rRNA, SecY e Proteína Ribossomal / Identification of genetic diversity in phytoplasma based on molecular analysis of the 16S rRNA, SecY and ribosomal protein genes

Pereira, Thays Benites Camargo 01 December 2015 (has links)
Os fitoplasmas são organismos procariotos sem parede celular, que habitam as células do floema das plantas e são transmitidos, principalmente, por cigarrinhas sugadoras de floema. Este patógeno é responsável por causar doenças em diversas espécies vegetais, provocando a expressão de diversos sintomas, entre os quais podem ser destacados a redução do tamanho foliar, amarelecimento das folhas, superbrotamento de ramos e enfezamento da planta hospedeira. Entre os anos de 2013 e 2014, plantas de três espécies vegetais com sintomas característicos de infecção causada por fitoplasmas foram observadas no estado de São Paulo. O DNA total foi extraído a partir de plantas de couve-flor com sintomas de nanismo, malformação da inflorescência e necrose dos vasos do floema; de plantas da ornamental conhecida por árvore-da-felicidade com sintomas amarelecimento e redução do limbo foliar; e de plantas de Alho-poró com sintomas de enfezamento. Por meio do teste de PCR conduzido em sua maioria com os primers P1A/16S-SR foi possível detectar fitoplasmas nas três espécies vegetais testadas. Os fragmentos genômicos correspondentes ao 16S rRNA dos fitoplasmas foram sequenciados e identificados. Nas plantas de couve-flor e da árvore-da-felicidade foram identificados fitoplasmas afilados ao grupo 16SrVII-B, através da análise virtual de RFLP, cálculo do coeficientes de similaridade (F) e análise filogenética. Para ambas as espécies, este é o primeiro relato da ocorrência de representantes deste grupo, nas condições brasileiras. Nas plantas de Alho-poró foram identificados fitoplasmas afiliados ao subgrupo 16SrIII-J e ao grupo 16SrXIII, com base na análise dos genes 16S rRNA, SecY e proteína ribossomal, conduzidas através de análise virtual de RFLP, valores de coeficientes de similaridade e análise filogenética. Para o fitoplasma membro do grupo 16SrXIII foram identificadas quatro estirpes, uma delas afiliada ao subgrupo 16SrXIII-E e as demais como prováveis representantes de novos subgrupos. O presente estudo se constitui em uma contribuição ao conhecimento de novos patossistemas envolvendo fitoplasmas, bem como à caracterização molecular de fitoplasmas baseadas em diferentes genes marcadores, atualmente usados para a classificação de representantes deste grupo emergente de agentes causais de doenças de plantas. / The phytoplasmas are prokaryotic organisms without cell walls, which inhabit the phloem cells of plants and are transmitted mainly by leafhoppers sucking the phloem. This pathogen is responsible for causing diseases in various plant species, leading to expression of many symptoms, among which can be highlighted the reduction of leaf size, leaf yellowing, shoots proliferation and stunting of the plant host. Between the years 2013 and 2014, three plant species with characteristic symptoms of infection caused by phytoplasma were observed in São Paulo. Total DNA was extracted from cauliflower plants with symptoms of stunting, malformation of the inflorescence and necrosis of the phloem; ornamental plants known for Ming Aralia with symptoms yellowing and little leaves; and leek plants with symptoms of stunting. Through the PCR test conducted mostly with the primers P1A/16S-SR was possible to detect phytoplasmas in the three species of plants. The genomic fragments corresponding of 16S rRNA gene of the phytoplasma were sequenced and identified. In plants of cauliflower and Ming Aralia were identified phytoplasmas belonging to 16SrVII-B group through virtual RFLP analysis, calculation of similarity coefficients (F) and phylogenetic analysis. For both species, this is the first report of the occurrence of representatives of this group, in Brazilian conditions. In leek plants were identified phytoplasmas affiliated with 16SrIII-J subgroup, and the 16SrXIII group, based on the analysis of the 16S rRNA, SecY and ribosomal protein genes, conducted through virtual analysis of RFLP, similarity coefficient values and phylogenetic analysis. For the phytoplasma member of group 16SrXIII were identified four strains, one affiliated with 16SrXIII-E subgroup and the others as probable representatives of new subgroups. This study constitutes a contribution to knowledge of new pathosystems involving phytoplasmas and the molecular characterization of phytoplasma based on different marker genes, currently used for the classification of representatives of this emerging group of plant pathogens.
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Estudo de regiões genômicas envolvidas no metabolismo de aminoácidos e na determinação da estrutura da parede celular no tomateiro / Study of genomic regions involved in the metabolism of amino acids and in determining cell wall structure in tomato

Godoy, Fabiana de 07 June 2013 (has links)
Embora o cultivo de tomate seja muito antigo e amplamente distribuído, ainda enfrenta desafios para o melhoramento dos níveis de produção e, da qualidade para o processamento e consumo fresco. A grande maioria das características de interesse agronômico está determinada por loci de caracteres quantitativos (QTL), dificultando ainda mais a identificação e transferência gênica. Diversas características tornam o tomateiro um bom modelo para estudos de dissecação dos determinantes genéticos de QTL. Primeiro, a disponibilidade de fontes de germoplasma selvagens ainda inexploradas que podem aumentar a variabilidade genética, somada à possibilidade de cruzamento entre espécies não simpátricas e à autogamia. Segundo, a grande quantidade de informação genética como mapas, coleções de ESTs, QTL, e populações de mapeamento. Terceiro, o genoma de S. lycopersicum está completamente sequenciado. Por fim, devido a suas diferenças morfogenéticas em relação à espécie modelo Arabidopsis thaliana, o tomate se torna uma alternativa para estudos de eudicotiledonias, principalmente em estudos relacionadas a metabolismo de frutos carnosos. A partir da abundante plataforma de dados disponível e por meio de ferramentas de genômica, e genética reversa, este trabalho aborda o estudo de duas regiões do genoma do tomateiro envolvidas no metabolismo de aminoácidos e na determinação da estrutura da parede celular. O estudo de genômica comparativa de uma região do cromossomo 7 permitiu revelar a perfeita sintenia existente entre S. lycopersicum e a espécies selvagem S. pennellii e estimar o tempo de divergência em 2,7 MAA. Complementarmente, foi possível determinar que as diferenças fenotípicas entre as espécies são maiormente devidas a mudanças nas regiões regulatórias e à presença de SNPs. O estudo funcional do gene LFP (Low Free Putrescine) permitiu caracterizar uma proteína plastidial, até o momento desconhecida em tomateiro, que participa do metabolismo de poliaminas. O silenciamento de LFP resultou na redução da disponibilidade de putrescina livre e no aumento da biomassa vegetativa. Por outro lado, os resultados obtidos do estudo do gene GAUT4 (galacturonosiltransferase 4) demonstraram que a enzima codificada se localiza em Golgi e participa do metabolismo das pectinas. Em frutos, a redução dos níveis de GAUT4 resultou na diminuição de pectina e na alteração da sua composição, porém estes se apresentaram mais firmes. Adicionalmente, o silenciamento do gene GAUT4 modificou o particionamento de açúcares provocando o aumento de massa vegetativa em detrimento do índice de colheita, revelando assim um mecanismo regulatório que comunica o metabolismo da parede celular ao controle da relação fonte-dreno. Desta forma, os resultados obtidos aportam dados fundamentais para a melhor compreensão de caracteres de interesse agronômico, assim como de processos fisiológicos complexos e pouco explorados até o momento no tomateiro / Although tomato is an old and widely distributed culture, it still faces challenges to improve production levels and quality for processing and consumption. The vast majority of agronomical important characteristics are determine by quantitative trait loci (QTL), further hindering the gene identification and transfer. Several features make tomato a good model for studying the genetic determinants underneath QTL. First, the availability of unexploited sources of wild germplasm that can increase genetic variability, coupled with the possibility of interbreeding between no sympatric species and autogamy. Second, the large amount of available genetic information as maps, EST collections, QTL, and an extensive collection of mapping populations. Third, the genome of S. lycopersicum is completely sequenced. Finally, due to their morphogenetic differences in relation to model species Arabidopsis thaliana, tomato becomes an alternative to eudicotyledons studies, especially in studies related to fleshy fruits metabolism. From the abundant data platform available and by means of genomic tools, and reverse genetics, this work addresses the study of two tomato genomic regions involved in amino acids and cell wall metabolisms. The comparative genomic study in a region of chromosome 7 has revealed the perfect synteny between S. lycopersicum and the wild species S. pennellii, and estimated the time of divergence between both species in 2.7 MYA. Additionally, it was possible to determine that the phenotypic differences between species are mostly due to changes in regulatory regions and the presence of SNPs. The functional study of LFP gene (Low Free Putrescine) allowed us to characterize a plastid protein, yet unknown in tomato, which participates in the metabolism of polyamines. The LFP silencing resulted in reduced availability of free putrescine and increased vegetative biomass. Furthermore, the functional characterization of the GAUT4 (galacturonosyltransferase 4) gene demonstrated that the encoded enzyme is located in the Golgi apparatus and participates in the pectin metabolism. In fruits, the reduced levels of GAUT4 resulted in decreased pectin and in the change of its composition. Additionally, GAUT4 gene silencing modified sugars partitioning leading to an increased vegetative biomass together with a drastic reduction of the harvest index. Thus, revealing a regulatory mechanism that communicates the cell wall metabolism to source-sink relationship control. Concluding, the results obtained contribute to a better understanding of agronomical important traits, as well as of complex physiological processes little explored in tomato so far
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Hidrolases da parede celular em sementes de Euphorbia heterophylla L. durante a germinação e desenvolvimento inicial da plântula. / Cell wall hydrolases in the seeds of Euphorbia heterophylla L. during germination and early seedling development.

Suda, Cecilia Nahomi Kawagoe 11 December 2001 (has links)
Na maioria das sementes a emergência da radícula caracteriza o término da germinação e marca o início do desenvolvimento da plântula. A atividade das hidrolases da parede celular durante a pré-emergência pode estar associada ao amolecimento do tecido que circunda o embrião, principalmente na região micropilar, onde ocorre a protrusão da radícula. A atividade dessas enzimas após a emergência é associada à degradação de reservas polissacarídicas da parede celular, mobilizadas para suprir a plântula de açúcares antes que se torne autotrófica. No presente trabalho foram investigadas várias hidrolases da parede celular no endosperma de Euphorbia heterophylla durante a germinação e o desenvolvimento inicial pós-germinativo da plântula. Foi também realizada a purificação parcial de endo-b-1,4-glucanases da semente dessa espécie. As atividades da xiloglucano endotransglicosilase (XET), endo-b-mananase e b-manosidase são maiores no período de pré-emergência da semente de E. heterophylla, comparando-se com o período de pós-emergência. Por outro lado, as atividades da b-galactosidase, b-glucosidase, a-xilosidase, b-xilosidase e das glucanases que hidrolisam CMC, xiloglucanos de Hymenaea courbaril ou de Copaifera langsdorffii, xilano, Avicel e liquenano são elevadas no período de pós-emergência. A atividade sobre a laminarina ocorre durante ambos os períodos, de pré- e pós-emergência da radícula. A atividade da poligalacturonase não foi detectada nessa semente. Os resultados sugerem que XET, endo-b-mananase e b-manosidase podem estar envolvidas no processo de germinação, enquanto que as demais enzimas podem estar relacionadas ao processo de mobilização de reservas da semente. Em E. heterophylla o embrião está encerrado num endosperma rico em lipídios e proteínas, cujos produtos da degradação são absorvidos pelos cotilédones que iniciam a expansão 24 horas após o início da embebição. É possível que a hidrólise da parede celular do endosperma diminua a resistência contra a expansão em área do cotilédone facilitando, ao mesmo tempo, a rápida difusão dos produtos da degradação para os cotilédones. A purificação parcial das endoglucanases foi realizada utilizando-se colunas de Sephacryl S-100-HR numa primeira etapa, resultando em 2 grupos com atividade sobre CMC denominados I e II. Em uma segunda etapa, as endoglucanases do grupo I foram sequencialmente purificadas em coluna DEAE-Sephadex e de CF11-Celulose (afinidade). Através da focalização isoelétrica em gel de poliacrilamida e técnicas de sobreposição em gel de ágar para a determinação de atividade, foram detectadas endoglucanases de pIs de aproximadamente 3,0, 3,3, 3,8, 4,4, 4,9, 5,4 e 5,7 e um outro grupo de enzimas cujos pIs variam entre 8,5 e 10,0. As enzimas de pIs 3,0, 3,3 e 3,8 hidrolisam CMC e xiloglucano de C. langsdorffii; as de pIs entre 8,5 e 10,0 hidrolisam CMC e o xiloglucano de H. courbaril, mas não hidrolisam o de C. langsdorffii; as enzimas de pIs 4,4, 4,9 e 5,7 hidrolisam somente CMC; a de pI 5,4 hidrolisa somente xiloglucano de H. courbaril. As endoglucanases do grupo II foram purificadas em coluna de CM-celulose, tendo sido detectada uma enzima de pI 3,2 que degrada CMC bem como xiloglucano de C. langsdorffii e de H. courbaril. Foi também detectada uma xiloglucanase de pI 4,2 que hidrolisa somente xiloglucano de H. courbaril e um grupo de isozimas cujos pIs variam entre 8,5 e 10,0, que hidrolisa somente CMC. As xiloglucanases têm sido investigadas em sementes cujo xiloglucano é armazenado no cotilédone. O presente trabalho é o primeiro a relatar a ocorrência de xiloglucanases em uma semente endospérmica. / In most seeds radicle protrusion characterizes the termination of germination and the beginning of seedling development. The activity of cell wall hydrolases during the pre-emergence stage may be related to the softening of the tissue which involves the embryo, notably in the micropylar region where the radicle protrusion occurs. The activity of these enzymes following radicle emergence is related to the reserve degradation which may be cell wall polysaccharides mobilized to supply the seedling with sugars before it becomes autotrophic. In the present work it was investigated several cell wall hydrolases from the endosperm of Euphorbia heterophylla during germination and initial seedling development of this species. A partial purification of endo-b-1,4-glucanase was also performed. The activities of xyloglucan endotransglycosylase (XET), endo-b-mannanase and b-manosidase in E. heterophylla seeds are higher over the pre-emergence when compared to the post-emergence period. On the other hand the activities of b-galactosidase, b-glucosidase, a-xylosidase, b-xylosidase and glucanases which hydrolise CMC, xyloglucans from Hymenaea courbaril and Copaifera langsdorffii, xylan, Avicel and liquenan are higher over the post-emergence period. Activity on laminarin occurs over both periods. Polygalacturonase activity has not been detected in this seed. These results suggest that XET, endo-b-mannanase and b-manosidase may be involved in the process of germination whereas the other enzymes may be more related to reserve mobilization. In E. heterophylla the endosperm contains high contents of lipids and proteins and the degradation products of these reserves are absorbed by the cotyledons which expansion begins 24 hours since the start of imbibition. Probably endosperm cell wall hydrolysis facilitates cotyledon expansion by lowering endosperm resistance and at the same time the diffusion of degradation products into cotyledons. Partial purification of endoglucanases was carried out on Sephacryl S-100-HR as a first step resulting 2 active fractions (I and II) on CMC. Fraction I was further purified on DEAE-Sephadex and CF11-Cellulose (affinity) columns. Polyacrylamide gel isoelectric focusing followed by gel-overlay assay technique indicated several endoglucanases with pIs around 3.0, 3.3, 3.8, 4.4, 4.9, 5.4 and 5.7 and another group between 8.5 and 10.0. The pI 3.0, 3.3 and 3.8 enzymes hydrolyse both CMC and xyloglucan from Copaifera langsdorffii; the group between 8.5 and 10.0 hydrolyse both CMC and xyloglucan from Hymenaea courbaril but not from C. langsdorffii; pIs 4.4, 4.9 and 5.7 enzymes hydrolyse only CMC; pI 5.4 enzyme hydrolyse only xyloglucan from H. courbaril. Fraction II was further purified on CM-celullose column. It was detected a pI 3.2 endoglucanase which degrades CMC and xyloglucan from both C. langsdorfii and H. courbaril, a pI 4.2 xyloglucanase which hydrolyses only xyloglucan from H. courbaril, and a group of isozymes (pI 8.5 to 10.0) which hydrolyses only CMC. Xyloglucanases have been investigated only in seeds that have stored xyloglucan in the cotyledon. The present work is the first one to report the occurrence of xyloglucanases in an endospermic seed.
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Reconstrução transabdominal da linha média em pacientes submetidos a cirurgia de obesidade mórbida com hérnia incisional: técnica e resultados / Laparoscopic transabdominal midline reconstruction in post bariatric surgery patients with incisional hernia: technique and results

Costa, Thiago Nogueira 11 October 2017 (has links)
Introdução: O fechamento do defeito e reforço com prótese por via aberta sempre foi o procedimento de escolha na hérnia ventral/incisional. A Cirurgia Minimamente Invasiva (CMI) mudou a maneira de preparar e dissecar a parede abdominal. Com o advento da laparoscopia iniciou-se a correção em ponte do defeito através da colocação e fixação intraperitoneal de tela. Entretanto, evidências científicas mostram os benefícios do fechamento do defeito e colocação retro muscular da prótese como melhor técnica cirúrgica. Objetivos: Demonstração de nova técnica cirúrgica com correção laparoscópica de hérnia incisional no paciente pós cirurgia bariátrica, com avaliação dos resultados peri-operatórios e impacto na qualidade de vida. Métodos: Entre outubro de 2012 e fevereiro de 2014, 15 pacientes em pósoperatório de cirurgia para tratamento da obesidade mórbida foram submetidos a correção laparoscópica de hérnia incisional na linha média. O procedimento constitiu-se no fechamento do defeito e aproximação da linha média através do uso de grampeador linear laparoscópico, com a criação de espaço retro muscular onde a tela é posicionada e fixada. A seleção dos pacientes foi feita a partir de pacientes com hérnia incisional em sua linha média pós cirurgia bariátrica. Mulheres grávidas, pacientes com câncer ou contraindicações clínicas foram excluídos. Resultados: Quatro eram homens e onze mulheres. A idade média dos pacientes foi 52,3 anos (39 - 67). O IMC médio da série foi de 42,68 kg/m2 (40,61 - 57) antes da cirurgia bariátrica e 29,2 kg/m2 (23 - 31,6) no momento da hernioplastia. Quanto ao tamanho, a média da largura foi de 4,98 cm (2,1 - 9) e comprimento de 14 cm (7,5 - 20,5), com área média de 71,4 cm2 (21 - 138,7). O tempo cirúrgico médio foi de 114,33 min (85 - 170 min) e a média de internação hospitalar foi de 1,4 dias (1 - 6). Não houve complicações intra-operatórias ou imediatas. Um paciente apresentou seroma tratado conservadoramente uma semana após a cirurgia e outro paciente apresentou coleção retro muscular infectada tratada por drenagem percutânea. Dois pacientes apresentaram recidiva 1 ano após o procedimento (13,3%). O Questionário de qualidade de vida (QOL) mostrou boa satisfação e melhora nas limitações com significância estatística. Conclusões: O estudo demonstrou uma nova técnica vídeocirúrgica factível, segura e com baixos índices de complicação para o tratamento da Hérnia Incisional (HI) no doente obeso pós cirurgia bariátrica. Ademais obteve um impacto significante em sua qualidade de vida / Background: Open suture and mesh reinforcement were the procedure of choice for ventral/Incisional hernia repair. The minimally invasive surgery (MIS) changed the way to dissect and prepare the anatomy of the abdominal wall. Laparoscopic approach with defect bridging and mesh fixation was described since 1993, but the concept of this procedure remains unchanged. Former evidences showed benefits with defect closure and retro-muscular mesh positioning as best surgical practice. Objectives: Demonstration of a new technique for laparoscopic correction of incisional hernias in patients submitted previously to bariatric surgery, along with the evaluation of its perioperative results and the impact in the quality of life (QOL). Methods: Between October 2012 and February 2014, 15 post bariatric surgery patients undergone laparoscopic midline incisional hernia repair. The procedure consisted in the use of a laparoscopic linear stapler to close the defect and approximate the midline, as well as creating a retro rectus space in which a mesh was deployed and fixated. Selection was based on incisional midline hernias post open bariatric surgery. Pregnant women, patients in the presence of cancer or with clinical contraindications were excluded. Results: Four patients were men and the other eleven women. The patients mean age was 52.3 years (range: 39 - 67). The mean BMI of the series was 42.48 kg/m2 (range: 40,61 - 57) before the bariatric procedure and 29.5 kg/m2 (range: 23 - 31.6) when the hernia repair was done. Regarding the size of the defects, the mean width was 4.98 cm (range: 2.1 - 9) and length of 14 cm (range: 7.5 - 20.5), the mean area was 71.4 cm2 (21 - 138.7). The mean surgical time was 114.33 min (range: 85 - 170), and the mean length of hospital stay was 1.4 day. No intraoperative or immediate postoperative complication or death occurred. One patient had a seroma treated conservatively one week after surgery and another had a retro muscular infection treated with percutaneous drainage. Two patients presented recurrence one year after the procedure (13.3%). QOL questionnaries showed satisfaction and improvement in limitations with statistically significance. Conclusions: The study showed a new laparoscopic technique for the treatment of incisional hernias in the obese patient post bariatric surgery. The procedure was feasible, safe and with low rates of complications, as well as statistically significant in the improvement of QOL
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Cultura de células em suspensão como ferramenta para estudos em parede celular secundária em gramí­neas C4 / Suspension cell culture as a tool for secondary cell wall studies in C4 grasses

Simões, Marcella Siqueira 04 December 2017 (has links)
As características físico-químicas da parede celular constituem um grande gargalo na obtenção dos açúcares fermentáveis a partir dos polissacarídeos de parede celular presentes na biomassa, fato conhecido como recalcitrância da biomassa vegetal. A utilização da biomassa na produção de biocombustíveis requer um melhor entendimento sobre os mecanismos que permeiam os processos de deposição de parede celular e metabolismo de lignina. Nesse contexto, a maior parte do conhecimento foi gerado em espécies eudicotiledôneas, havendo uma significativa lacuna para gramíneas, apesar do seu grande potencial para acúmulo de biomassa. Portanto, há uma necessidade de se estabelecer ferramentas-modelos que permitam elucidar características exclusivas da parede celular secundária de gramíneas C4, cujo conhecimento não pode ser extrapolado a partir de eudicotiledôneas. O presente trabalho propôs estabelecer um sistema de células em suspensão como ferramenta-modelo em estudos sobre parede celular secundária em gramíneas C4. Para tal, três espécies foram inclusas: Sorghum bicolor, Setaria viridis e cana-de-açúcar. Devido às características recalcitrantes do sorgo, apenas as suspensões celulares de S. viridis e cana-de-açúcar foram estabelecidas. Subsequentemente, estas culturas foram utilizadas na tentativa de se desenvolver duas aplicações para o estudo de parede secundária: i) culturas xilogênicas, em que as células em suspensão são induzidas a se transdiferenciar em elementos traqueais; e ii) sistema de protoplastos para ensaios de transativação para testar o potencial papel de fatores de transcrição na regulação transcricional da deposição de parede celular. Somente as culturas de cana-de-açúcar responderam aos tratamentos testados para indução da transdiferenciação de elementos traqueais, baseados em protocolos estabelecidos para outras gramíneas. Análises de expressão gênica por RT-qPCR foram utilizadas para caracterizar a variação da expressão de genes-alvo durante este processo. Ademais, as paredes celulares das células em suspensão de cana-de-açúcar foram digeridas com um coquetel de hidrolases para a produção de protoplastos. A cultura de células em suspensão de cana-de-açúcar e suas aplicações aqui estabelecidas poderão ser utilizadas na elucidação de aspectos únicos do processo de deposição de parede celular secundária em gramíneas C4 / The physicochemical features of the cell wall represent a major bottleneck for the processing of cell wall polysaccharides present in biomass into fermentable sugars, a fact known as plant biomass recalcitrance. Biofuels production from biomass requires a better understanding on the molecular mechanisms underlying secondary cell wall deposition and lignin metabolism. In this context, most of the current knowledge has been generated in eudicots species, whereas significantly less is known for grasses, despite of their great potential for biomass accumulation. Therefore, the development of tools that allow the discovery of specific aspects of C4 grasses secondary cell walls is of great interest, because this knowledge cannot be extrapolated from data generated for eudicots. In the present work, we aimed to develop suspension cell cultures as a tool for the study of secondary cell wall metabolism in C4 grasses. For this purpose, three species were employed: Sorghum bicolor, Setaria viridis and sugarcane. Because of the recalcitrant nature of sorghum, only suspensions cells of S. viridis and sugarcane were successfully established. Subsequently, these cultures were used in an attempt to develop two applications to study secondary cell walls: i) xylogenic cultures, in which the suspension cells are induced to transdifferentiate into tracheary elements; and ii) a protoplast system to be used in transactivation assays to test the potential role of transcriptional factors in the regulation of secondary wall deposition. Only the suspension cultures of sugarcane showed a positive response to the tested treatments for the induction of tracheary elements formation, which were based on modifications of previous protocols established for other grasses. Gene expression analysis by RT-qPCR was used to characterize the variation of the expression of target genes during this process. Moreover, the cell walls of sugarcane suspension cells were digested with a cocktail of hydrolases to produce protoplasts, which were used in transactivation assays between transcriptional factors known to be involved in secondary cell wall deposition and their putative target genes, as a proof-of-concept. The sugarcane suspension cells and their applications established in this work might be used to further elucidate unique aspects of secondary cell wall deposition in C4 grasses
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Degradabilidade, composição química e anatomia de feno de maniçoba (Manihot sp.) / Anatomy, chemical composition and degradability of Maniçoba

FRANÇA, Andrezza Araújo de 13 February 2007 (has links)
Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-03-22T13:36:02Z No. of bitstreams: 1 Andrezza Araujo de Franca.pdf: 529792 bytes, checksum: 4398977026fd32c6a9f3e713e306c916 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T13:36:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrezza Araujo de Franca.pdf: 529792 bytes, checksum: 4398977026fd32c6a9f3e713e306c916 (MD5) Previous issue date: 2007-02-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Aiming to relate the structural components of cell wall with its degradability, the chemical composition, the secondary compounds, the in situ degradability, anatomy and tissue degradability of hay of “maniçoba” (wild cassava) were evaluated. The stem showed cells with varied degrees of lignification, highlighting the presence of gelatinous fibers, pith parenchyma lignified and tick cell walls inside the xylem. The leaves were highlighted by the presence of a girder structure, which can influence the degradability; it is characterized by the great quantity of mesophyll, constituted by cells with thin walls, contributing for degradability of dry matter. Idioblasts with druses of oxalate were observed around the vascular tissues, in the midrib. It works like defense mechanisms of plant against herbivores and can affect the availability of minerals for animals. The “maniçoba” hay, in spite of its advanced maturity stage (early fruit development), present adequate chemical composition and low concentration of HCN and tannins. The limits mains to degradability are wall cell thickness and lignifications, particularly in tissue of stem. Additionally, several aspects here reported induce to the continuity of researches in several focuses and aim the improvement to use this specie as forage. / Objetivando relacionar os componentes estruturais da parede celular com sua degradabilidade, avaliou-se a composição química, teor de compostos secundários, degradabilidade in situ, anatomia e degradabilidade dos tecidos do feno de maniçoba. O caule apresentou células com variados graus de lignificação, destacando-se a presença de fibras gelatinosas, parênquima medular lignificado e espessas paredes celulares no xilema. As folhas se destacam pela presença da estrutura girder, a qual pode influenciar a degradabilidade se caracterizam pela grande quantidade de mesofilo, constituído por células com paredes delgadas, contribuindo para degradabilidade de matéria seca. Idioblastos contendo drusas de oxalato foram encontrados nos tecidos vasculares, na nervura principal da folha. Eles funcionam como mecanismos de defesa do vegetal contra herbívoros e podem afetar a disponibilidade de minerais para o animal. O feno de maniçoba, apesar de obtido de planta em avançado estágio de maturidade (início da frutificação), possui adequada composição química e baixos teores de HCN e taninos. Os principais limitantes à degradabilidade são o espessamento e lignificação das paredes celulares, especialmente nos tecidos do caule. Adicionalmente, os diversos aspectos aqui relatados induzem à continuidade de pesquisas em diversos focos e visam o melhoramento e a utilização desta espécie como forrageira.
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Onfalocele fetal: associação das relações entre o tamanho da onfalocele e circunferência cefálica e abdominal, com morbidade e mortalidade pós-natal / Fetal omphalocele: association of omphalocele size to head circumference and abdominal circumference ratio with postnatal morbidity and mortality

Marina Yamamoto Kiyohara 16 January 2013 (has links)
Objetivos: Examinar a associação das relações entre o tamanho da onfalocele e parâmetros biométricos fetais, como a circunferência cefálica e abdominal, com mortalidade e morbidade pós natais. Métodos: Estudo retrospectivo envolvendo 48 gestações únicas com onfalocele fetal que apresentavam cariótipo normal e sem malformações graves. O diâmetro médio da onfalocele fetal obtido no primeiro exame ultrassonográfico foi estimado. A razão entre o diâmetro da onfalocele e a circunferência cefálica (DO/CC) ou circunferência abdominal (DO/CA) foi correlacionada com óbito pós-natal, necessidade de intubação no primeiro dia de vida, tempo de intubação oro-traqueal, cirurgia em dois tempos ou com uso de tela sintética, reoperação, tempo de nutrição parenteral, início da dieta oral e tempo de internação. Resultados: A razão DO/CA diminui com o decorrer da gestação e a razão DO/CC aumenta, mas ambos de forma não significativa. A razão DO/CA 0,263 é a que apresenta melhor desempenho para predição do óbito pós-natal, com sensibilidade de 72,7%, especificidade de 75,7%, valor preditivo positivo de 47,1% e valor preditivo negativo de 90,3%. Limitando-se a análise dos casos até 31 semanas observa-se melhora do desempenho da razão DO/CA 0,263, com sensibilidade de 100%, especificidade de 78,6%, valor preditivo positivo de 57,1% e valor preditivo negativo de 100%. A relação DO/CA 0,263 mostrou correlação com maior necessidade de intubação orotraqueal no primeiro dia de vida, introdução tardia da dieta oral e cirurgia em dois tempos ou com uso de tela sintética. Conclusão: Em onfalocele isolada ou associada à malformação menor, a razão DO/CA 0,263 foi o melhor parâmetro biométrico para predição de mortalidade e morbidade pós-natal / Objective: To examine the association of omphalocele size to fetal biometry parameters ratio with postnatal mortality and morbidity. Methods: Retrospective analysis of 48 singleton pregnancies with ultrasound diagnosis of fetal onfalocele with normal karyotype and no severe malformations associated. Fetal omphalocele mean diameter acquired in the first ultrasound examination was estimated. Omphalocele diameter to head circumference (OD/HC) and abdominal circumference (OD/AC) ratio was correlated to postnatal death, need for intubation in the first day of life, time of mechanical ventilation, two step surgery or use of mesh, reoperation, parenteral feeding, time to first oral feeding, first hospital discharge. Results: Although not significantly, OD/AC ratio decreases with gestational age and OD/HC ratio increases with gestational age. OD/AC ratio 0.263 presents the best performance to predict postnatal death with sensitivity (S) of 72.7%, especificity (E) of 75.7%, positive predictive value (PPV) of 47.1% and negative predictive value (NPV) of 90.3%. An improvement in the prediction of postnatal death was observed when analyzed OD/AC ratio 0.263 in gestational ages below 31 weeks with S = 100%, ES = 78.6%, PPV = 57.1% and NPV = 100%. A positive correlation between OD/AC ratio 0.263 and need for intubation in the first day of life, two step surgery or use of mesh and time to first oral feeding was observed. Conclusion: In isolated fetal omphalocele, or associated to minor malformation, OD/AC ratio 0.263 was the best biometric parameter to predict postnatal mortality and morbidity
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Estiramento ou fluxo turbilhonar e baixa tensão de cisalhamento influem diferentemente no remodelamento aórtico em ratos / Stretch or turbulent flow and low wall shear stress differentially affect aorta remodeling in rats.

Cibele Maria Prado 29 September 2006 (has links)
O presente estudo foi realizado para investigar a relação entre forças hemodinâmicas locais e remodelamento intimal e medial nos segmentos pré-estenose e pós-estenose da parede da aorta abdominal de ratos submetidos à estenose acentuada. Foram utilizados ratos Wistar machos divididos em dois grupos: sham-operado, grupo controle em que a aorta foi apenas manipulada, e grupo estenosado, animais submetidos à cirurgia de estenose da aorta abdominal. As aortas demonstraram duas respostas remodeladoras distintas e diferentes ao estímulo hemodinâmico induzido pela coarctação infra-diafragmática. A primeira é o remodelamento no segmento pré-estenótico hipertensivo com tensão circunferencial da parede aumentada associada com estresse tensional normal, fluxo laminar e tensão de cisalhamento normal. As células endoteliais eram heterogêneas, aumentadas em tamanho e alongadas em direção ao fluxo. Além disso, observou-se conspícuas placas neointimais difusamente distribuídas e espessamento medial. Nossos achados sugerem que a tensão circunferencial da parede aumentada devido a hipertensão tem papel fundamental no remodelamento desse segmento através de efeitos biomecânicos sobre o estresse oxidativo e expressão aumentada de TGF-?. A segunda é o remodelamento no segmento pós-estenótico normotenso com fluxo turbilhonar e baixa tensão de cisalhamento na parede associados a tensão circunferencial da parede e estresse tensional normais. As células endoteliais apresentavam-se semelhantes aos controles, exceto por alterações fenotípicas focais associadas à presença de conspícuas placas neointimais focalmente distribuídas, similares mas muito maiores que as encontradas no segmento pré-estenose. Mais estudos são necessários para se determinar como as forças mecânicas do fluxo turbilhonar e da baixa tensão de cisalhamento na parede são detectadas e traduzidas em sinais bioquímicos para as células e convertidas em alterações fenotípicas patofisiologicamente relevantes. / The present investigation was carried out to evaluate the relationship between local hemodynamic forces and intimal and medial remodeling in the proximal and distal segments of the arterial walls of rats in relation to severe stenosis of the aorta. Male Wistar young rats were divided randomly into: operated group, animals submitted to surgical abdominal aorta stenosis, and sham-operated group, a control group of animals submitted to sham operation to simulate abdominal aorta stenosis. Constricted aortas showed two distinct adaptive remodeling responses to hemodynamic stimuli induced by coarctation. The first is remodeling in the hypertensive prestenotic segment with increased circumferential wall tension associated with normal tensile stress, laminar flow/normal wall shear stress. The remodeling in this segment is characterized by enlarged heterogeneous endothelial cells, elongated in the direction of the blood flow, diffusely distributed neointimal plaques, appearing as discrete bulging toward the vascular lumen, and medial thickening. Our findings suggest that increased circumferential wall tension due to hypertension play a pivotal role in the remodeling of the prestenotic segment through biomechanical effects on oxidative stress and increased TGF-? expression. The second is remodeling in the normotensive poststenotic segment with turbulent flow/low wall shear stress and normal circumferential wall tension and tensile stress. The remodeling in this segment is characterized by groups of endothelial cells with phenotypic alterations and focally distributed neointimal plaques, similar but many of them larger than those found in the prestenotic segments. Further studies are needed to determine how the mechanical forces of turbulent flow/low shear stress are detected and transduced into biochemical signaling by the cells of the artery walls and then converted into pathophysiologic relevant phenotypic changes.
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Amolecimento precoce da polpa e sua relação com as modificações da parede celular em mamões \'Golden\' / Flesh Early Softening in Golden papaya fruit and its relation to cell wall modifications

Gallon, Camilla Zanotti 01 March 2010 (has links)
A ocorrência de mamões Golden com casca verde e polpa mole, em determinadas épocas do ano, tem sido relatada por produtores da região Norte do Espírito Santo. Não sendo possível distinguir frutos com o distúrbio do amolecimento precoce (DAP) apenas pela análise da cor da casca e da firmeza da polpa no momento da colheita, o objetivo deste trabalho foi estudar aspectos da fisiologia e bioquímica do amadurecimento que pudessem auxiliar no entendimento da perda precoce da firmeza. As coletas ocorreram no período de maior frequência de frutos com o distúrbio (meados de verão a final de outono). Os frutos foram coletados no estádio 1 de maturação, armazenados a 10º±1oC e 85±10% UR, durante 10 dias e submetidos à metodologia do Índice de Amolecimento (IA). O sintoma do amolecimento precoce foi observado claramente no 4°dia após o armazenamento sendo verificada a perda de firmeza nos frutos com DAP entre o 2° e o 8°dia a 10°C, sendo o decréscimo na firmeza equivalente a 71% da firmeza inicial, comportamento atípico para frutos armazenados sob refrigeração. Frutos com e sem DAP não apresentaram diferença significativa no teor de sólidos solúveis, acidez titulável e ácido ascórbico. A atividade respiratória e a produção de etileno foram reduzidas com o armazenamento refrigerado, sem diferença entre os frutos com e sem DAP, o que sugere que o aparecimento do distúrbio não se deve ao aumento na produção de etileno no período póscolheita. Os resultados indicam forte associação entre o amolecimento precoce e mudanças na parede celular. O rendimento das frações solúvel em água (FSA) e em NaOH (FSH) nos frutos com DAP, foi superior ao observado nos frutos sem DAP, durante todo o período de armazenamento. O menor nível da fração solúvel em imidazol (FSI) no tempo 0 pode estar associado à maior atividade da pectinametilesterase nos frutos com DAP. O decréscimo na fração celulose (CEL) em frutos com DAP pode indicar modificação na parede celular, ao nível celulose-hemicelulose. A produção de etileno não acompanhou as modificações na parede celular, sugerindo que alterações na estrutura da parede podem ter ocorrido durante o crescimento do fruto. Frutos com DAP apresentaram níveis de auxina (AIA) 6 vezes menor do que frutos sem DAP, no dia 0, sem diferença durante o armazenamento. Possivelmente os níveis de AIA nos frutos com DAP estavam reduzidos quando o fruto ainda estava ligado à planta. O distúrbio possivelmente está relacionado à alteração na parede celular e níveis de AIA. Desta forma, uma alteração hormonal durante o desenvolvimento do fruto anterior à colheita -, associada à sensibilidade do fruto à essa sinalização hormonal, levaria à mudanças na parede celular, o que determinaria a ocorrência do distúrbio do amolecimento precoce. / The occurrence of green skin and soft pulp in Golden papaya fruit during certain seasons has been reported by orchards in northern Espírito Santo State, Brazil. It is not possible solely by skin color and pulp firmness analysis to distinguish early softening disorder fruits (DAP), at the time of harvest, from those without the disorder. The aim of this work was to study the physiological and biochemical ripening aspects that might help to understand the early softening disorder. Fruits were harvested on the most common seasons (mid-summer to mid-autumn) in maturity stage 1 and evaluated for 10 days. Fruits were stored at 10°C, and submitted to softening index (IA). The symptoms of early softening disorder were clearly observed on the 4th day after storage. However, the firmness decrease in DAP fruits happened between the 2nd and 8th day at 10°C, with a decrease of 71% of initial firmness, presenting an atypical behavior for fruits stored under refrigeration. There was no difference between fruits with DAP and without DAP for soluble solids, titratable acidity and ascorbic acid content. Besides that, there was no difference between fruits with DAP and without DAP for respiration rate and ethylene production under refrigerated storage, which suggests that the disorder occurrence is not related to an increase in ethylene in the postharvest period. The results indicate a strong association between early softening disorder and changes in the cell wall composition. The cell wall polymers fractionation show that the yield of water soluble polymers (FSA) and NaOH soluble polymers (FSH) was higher in fruits with DAP than on fruits without DAP during the entire storage period. The smallest level of the imidazole soluble fraction (FSI) in DAP fruit, on day 0, may be related to a higher activity of pectinmethylesterase. The decrease in cellulose-rich polysaccharides (CEL) in the DAP fruit suggest modifications in the cellulose-hemicellulose domain. Ethylene production did not follow cell wall modification, suggesting that changes in the cell wall structure could be happening during fruit growth. DAP fruit presented an AIA level 6 times smaller than fruit without DAP, in day 0, without storage differences. Possibly, AIA levels in DAP fruit were reduced while fruits were still connected to the plant. The disorder may be related to cell wall changes and to AIA level. Should a hormonal change occur during fruit development i. e. prior to harvesting -- and still depending on fruit sensibility to hormonal signaling, cell wall changes could have different intensities, which determine if the fruit will or not have the flesh early softening observed after harvest.
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Onfalocele fetal: associação das relações entre o tamanho da onfalocele e circunferência cefálica e abdominal, com morbidade e mortalidade pós-natal / Fetal omphalocele: association of omphalocele size to head circumference and abdominal circumference ratio with postnatal morbidity and mortality

Kiyohara, Marina Yamamoto 16 January 2013 (has links)
Objetivos: Examinar a associação das relações entre o tamanho da onfalocele e parâmetros biométricos fetais, como a circunferência cefálica e abdominal, com mortalidade e morbidade pós natais. Métodos: Estudo retrospectivo envolvendo 48 gestações únicas com onfalocele fetal que apresentavam cariótipo normal e sem malformações graves. O diâmetro médio da onfalocele fetal obtido no primeiro exame ultrassonográfico foi estimado. A razão entre o diâmetro da onfalocele e a circunferência cefálica (DO/CC) ou circunferência abdominal (DO/CA) foi correlacionada com óbito pós-natal, necessidade de intubação no primeiro dia de vida, tempo de intubação oro-traqueal, cirurgia em dois tempos ou com uso de tela sintética, reoperação, tempo de nutrição parenteral, início da dieta oral e tempo de internação. Resultados: A razão DO/CA diminui com o decorrer da gestação e a razão DO/CC aumenta, mas ambos de forma não significativa. A razão DO/CA 0,263 é a que apresenta melhor desempenho para predição do óbito pós-natal, com sensibilidade de 72,7%, especificidade de 75,7%, valor preditivo positivo de 47,1% e valor preditivo negativo de 90,3%. Limitando-se a análise dos casos até 31 semanas observa-se melhora do desempenho da razão DO/CA 0,263, com sensibilidade de 100%, especificidade de 78,6%, valor preditivo positivo de 57,1% e valor preditivo negativo de 100%. A relação DO/CA 0,263 mostrou correlação com maior necessidade de intubação orotraqueal no primeiro dia de vida, introdução tardia da dieta oral e cirurgia em dois tempos ou com uso de tela sintética. Conclusão: Em onfalocele isolada ou associada à malformação menor, a razão DO/CA 0,263 foi o melhor parâmetro biométrico para predição de mortalidade e morbidade pós-natal / Objective: To examine the association of omphalocele size to fetal biometry parameters ratio with postnatal mortality and morbidity. Methods: Retrospective analysis of 48 singleton pregnancies with ultrasound diagnosis of fetal onfalocele with normal karyotype and no severe malformations associated. Fetal omphalocele mean diameter acquired in the first ultrasound examination was estimated. Omphalocele diameter to head circumference (OD/HC) and abdominal circumference (OD/AC) ratio was correlated to postnatal death, need for intubation in the first day of life, time of mechanical ventilation, two step surgery or use of mesh, reoperation, parenteral feeding, time to first oral feeding, first hospital discharge. Results: Although not significantly, OD/AC ratio decreases with gestational age and OD/HC ratio increases with gestational age. OD/AC ratio 0.263 presents the best performance to predict postnatal death with sensitivity (S) of 72.7%, especificity (E) of 75.7%, positive predictive value (PPV) of 47.1% and negative predictive value (NPV) of 90.3%. An improvement in the prediction of postnatal death was observed when analyzed OD/AC ratio 0.263 in gestational ages below 31 weeks with S = 100%, ES = 78.6%, PPV = 57.1% and NPV = 100%. A positive correlation between OD/AC ratio 0.263 and need for intubation in the first day of life, two step surgery or use of mesh and time to first oral feeding was observed. Conclusion: In isolated fetal omphalocele, or associated to minor malformation, OD/AC ratio 0.263 was the best biometric parameter to predict postnatal mortality and morbidity

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