Natural populations of small rodents fluctuate continually over time and the population dynamics of any living organism are shaped by both intrinsic and extrinsic factors. Small mammals populations can show a continuum dynamic activity, ranging from stability to regular cycles of variable amplitude. The species dynamics is also known to be influenced by the seasonal structure of the environment. The community of small mammals present in the Araucaria forest could present similar patterns to forests occurring in other temperate regions of the planet and the large seeds of Araucaria angustifolia (dominant tree) are consumed by a large array of vertebrates, mainly rodents and large birds, which act as seed dispersers and predators simultaneously. When species are very similar like the two most abundant of this community (Akodon montensis and Oligoryzomys nigripes) the outcome of competition is often the partitioning of resources such as habitat or food. Plant species are crucial for rodents, because they are the main food source for many species, and this particular relation between rodents and plants is crucial for the process of forest regeneration, since the regeneration development are associated with details on the role of each rodent species as a seed disperser or seed predator. There are a lot of important factors interfering in the regeneration process, and changes in these factors are manifested in variables such as density of tree individuals, basal area, floristic composition, and species richness and diversity. To analyse the populational aspects of the rodents in the area and identify correlations between the Araucaria angustifolia trees with rodent community, to evaluate arthropod-small mammals species association and test the relationship between natural forest regeneration and rodent community, we established a trapping grid of two hectares with 231 trap stations (11 X 21 configuration, 10m spacing). Every trapping series, which consisted of 6 days, traps were placed on the ground and a capture-mark-recapture program was carried out two times per season between November 2008 and August 2009. We followed Cormarck-Jolly-Seber (CJS) method to estimate population parameters and density was estimated for each trapping session. The mean of population density was used as a dependent variable in a linear regression to investigate possible relations between densities and extrinsic factors. The arthropod abundance was quantified with pitfall traps during four of the eight sample periods and we measured regeneration variables that could potentially influence the spatial distribution of the small mammals. The association between rodent and arthropod communities was compared with the similarity matrix based on rodent composition using simple Mantel tests and we used DCA analysis to ordinate sample units based on rodent community. Significance of the associations between regeneration and rodent community was tested by 1000 Monte Carlo permutations based on Pearson's correlation. The populations of the two most abundant rodents in the community (Akodon montensis and Oligoryzomys nigripes) were considered inconstant and their population variations could have indirect effects on other species. Our result suggests that these two species are the main small mammal present in the area and if extrinsic factors do not operate all the times as showed, it strongly suggests that there must be variation in spacing and dispersal behavior of these species or extrinsic factors can also be acting in indirect ways. The presence of the species Mus musculus indicates that this forest area had or still haves anthropic influence. In general, secondary forests provide important habitats and resources to the rodent community and are distinctly associated to the species. Although indirectly, our results indicate that there is a complex combination of regeneration predation/dispersal by rodents and it seems that generalist species might select habitat characteristics primarily at a site level because they are able to use different local factors that exist in a variety of landscapes. Based on our results we can assume that small mammals associated with herbaceous or shrub cover, particularly in riparian areas, will decline when deforestation remove this cover. We also provide initial insight for habitat features that are related to rodent community pointed out the correlations between numbers of individuals and natural regeneration.

Made available in DSpace on 2016-03-15T14:20:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 valdirene_lima_ioc_dout_2014.pdf: 15571540 bytes, checksum: e4633794a1c6f64eec517dd443edba9d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Tripanossomíase por Trypanosoma cruzi (Kinetoplastida, Trypanosomatidae) é uma antiga zoonose amplamente distribuída do Sul dos Estados Unidos ao Sul da Argentina. O Brasil dispõe de seis biomas ecologicamente distintos: Amazônia, Cerrado, Caatinga, Pantanal, Mata Atlântica e Pampa. A transmissão silvestre do T. cruzi ocorre ao longo desses biomas, envolvendo uma ampla variabilidade de hospedeiros e vetores. T. cruzi é subdividido em sete unidades discretas de tipagem (Discrete Typing Unit - DTU), TcI a TcVI e uma recentemente reconhecida, TcBat. O conhecimento sobre o padrão de distribuição geográfica dessas DTUs ainda é incompleto. TcI é o mais disperso ao longo de toda área de distribuição do parasita inclusive os biomas brasileiros. Analisamos a diversidade de TcI, originado de cinco biomas, exceto do Pampa, com a abordagem MLMT (Multilocus Microsatellite Typing). Foram caracterizados 107 isolados de TcI originados de 29 espécies de mamíferos silvestres e vetores usando vinte e sete loci nucleares de microssatélites e dez loci mitocondriais. Nós comparamos esses dados com isolados TcI de toda a América. A diversidade genética foi alta entre os isolados desse estudo além de se evidenciar um novo clado que se destacou de toda diversidade genética conhecida de TcI nas Américas Detectamos introgressão mitocondrial ocorrendo através do intercâmbio genético entre a Amazônia e a Caatinga. Observamos similaridades genéticas entre isolados da Mata Atlântica com isolados de todos os outros biomas analisados. A fragmentação da diversidade genética das populações TcI da Mata Atlântica pode estar refletindo o padrão de fragmentação desse bioma. Sugerimos que a diversidade do T. cruzi I possa servir como uma sentinela da conservação de ecossistemas. A segunda DTU mais isolada no meio silvestre no Brasil é TcII. O padrão de distribuição de TcII e DTUs híbridas TcV e TcVI na natureza e sua diversidade genética são umas das numerosas lacunas no conhecimento do T. cruzi, incluindo a suposta ausência dessas DTUs na Amazônia. Neste estudo analisamos a diversidade genética de 60 isolados TcII pela análise de 19 loci microssatélites nucleares. Alto grau de diversidade foi verificado nesse painel de isolados TcII em pequenas áreas da Mata atlântica e Caatinga e entre hospedeiros geneticamente homogêneos como os Leontopithecus spp. Diferentes graus de estruturação populacional foram observados nestes locais. A complexidade de estruturação e diversidade sugere que esse genótipo é mais disperso do que indica sua prevalência nos isolamentos em meio de cultura em uma variedade maior de hospedeiros A pesquisa da enzootia por T. cruzi no estado do Pará levou ao encontro dos genótipos TcII e híbrido (V ou VI) circulando entre triatomíneos e cães, respectivamente. Este achado mostrou que o TcII é presente na Amazônia e portanto nos cinco principais biomas brasileiros ao contrário da clássica distribuição dessa DTU descrita na litertura. A presença de Tc híbrido na Amazônia, é mais intrigante devido a enorme extensão geográfica em que essas DTUs não são descritas no Brasil, e pode sugerir a existência de diferentes estratégias de infecção que estejam prevenindo seu isolamento e subestimando sua real prevalência na natureza / The Trypanosomiasis by Trypanosoma cruzi ( Kinetoplastida , Trypanosomatidae ) is an ancient zoonosis widely distributed in the southern United States to southern Argentina. Brazil has six ecologically distinct biomes: Amazon, Cerrado, Caatinga, Pantanal, Atlantic Forest and Pampa. The sylvatic transmission of T. cruzi occurs along these biomes, involving a wide variability of hosts and vectors. T. cruzi is divided into seven discrete typing units (DTU), TcI the TcVI and a recently recognized, TcBat. The knowledge about the geographic distribution pattern of these DTUs is still not complete. TcI is more dispersed throughout the distribution area of parasite including Brazilian biomes. We analyze the diversity of TcI, originated five biomes except the Pampa, with MLMT approach (Multilocus Microsatellite Typing ). 107 isolates were characterized TcI originated from 29 species of wild mammals and vectors using twenty-seven nuclear microsatellite loci and ten mitochondrial loci. We compare these data with TcI isolates across Americas. Genetic diversity was high among the isolates in this study in addition to evidence of a new clade that stood out from all known TcI genetic diversity in the Americas. We detected mitochondrial introgression occurring through genetic exchange between the Amazon and the Caatinga. Observed genetic similarities among isolates of the Atlantic Forest with isolates of all other biomes analyzed. The fragmentation of genetic diversity of TcI the Atlantic populations may reflect the fragmentation pattern of this biome. We suggest that the diversity of T. cruzi I can serve as a sentinel ecosystem conservation. The second most isolated DTU in the wild environment in Brazil is TCII. The distribution pattern of TCII and hybrid DTUs TCV and TcVI in nature and their genetic diversity are some of the many gaps in the knowledge of T. cruzi, including the supposed absence of these DTUs on Amazon. This study analyzed the genetic diversity of 60 isolates TCII by analysis of 19 nuclear microsatellite loci. High degree of diversity was found in this panel TCII isolates in small areas of the Atlantic Forest and Caatinga and among genetically homogeneous hosts as Leontopithecus spp. Different degrees of population structure were observed at these sites. The complexity and diversity of structure suggests that this genotype is more dispersed than indicating its prevalence in isolates in culture medium in a greater variety of research hospedeiros.A enzootic T. cruzi in the state of Pará led to the meeting of TCII genotypes and hybrid (V or VI ) circulating among triatomine bugs and dogs , respectively. This finding showed that TCII is present in the Amazon and therefore the five major Brazilian unlike the classical distribution described in this DTU litertura biome. The presence of Tc hybrid in the Amazon , is more intriguing because of the enormous geographic extent to which these DTUs are not described in Brazil , and may suggest the existence of different infection strategies that are preventing their isolation and underestimating their actual prevalence in nature. Alternative ways to investigate genotypes in biological samples can clear up on its distribution.

Ctenomys flamarioni é um roedor subterrâneo endêmico do litoral do Estado do Rio Grande do Sul - Brasil. Devido à sua distribuição restrita ao ambiente costeiro, que está em constante mudança, e à fragmentação e destruição do habitat, devido à ação humana, essa espécie está nas listas de fauna ameaçadas de extinção. Estudos anteriores, com marcadores microssatélites e DNA mitocondrial, identificaram a baixa variabilidade genética na espécie, por outro lado, o estudo de loci que se esperam estar sob seleção seria uma ferramenta importante para identificar a relação dos indivíduos com o ambiente e os processos que moldaram a variabilidade genética da espécie ao longo da história. O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é composto por um grupo de genes estreitamente ligados que constituem o componente genético mais importante do sistema imunológico dos mamíferos. Dois principais mecanismos têm sido descritos como responsáveis pela manuntenção da diversidade do MHC e estão relacionados com o combate de parasitas e com mecanismos reprodutivos, que evitam o endocruzamento. Nesse estudo investigamos a variabilidade genética dos loci DRB e DQA do MHC e comparamos os índices de diversidades com os valores encontrados em estudos com outros ctenomídeos e com os encontrados para loci neutros da mesma espécie. A diversidade genética para o locus DRB de C. flamarioni foi menor do que a encontrada em estudos para o mesmo locus em outras espécies do gênero e também foi menor do que a encontrada em estudos para a mesma espécie, com marcadores neutros, inclusive para populações que passaram por reduções recentes (gargalos-de-garrafa). Os resultados indicam que a seleção balanceadora não foi suficiente para manter a diversidade genética nas populações estudadas e que as reduções populacionais, identificadas através dos loci neutros, devem ter sido bastante drásticas, por afetarem também a diversidade de um locus conhecidamente bastante variável (DRB de MHC). Não pudemos avaliar a diversidade do locus DQA devido a alta incidência de sequências muito divergentes encontradas, possivelmente pseudogenes. O estado de conservação de Ctenomys flamarioni é considerado crítico, por todos os fatores que afetam a espécie, como a instabilidade do ambiente em que ocorrem, a fragmentação e destruição do habitat pela ação humana e pela sua baixa diversidade genética, especialmente em um locus importante do sistema imunológico. A perda da diversidade no locus de MHC poderia estar relacionada à diminuição do número de indivíduos por população, que aumenta o risco de endogamia, que por sua vez pode levar à perda da aptidão reprodutiva, expressão de alelos recessivos deletérios e perda da flexibilidade adaptativa. Além disso, a perda da diversidade em um locus importante para a defesa do organismo contra parasitas aumenta a suscetibilidade dos indivíduos a doenças, e todos esses fatores elevam o risco de extinções locais, colocando em perigo o futuro da espécie. / Ctenomys flamarioni is a subterranean rodent, endemic to the coastline of the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Due to its strict distribution to the coastal environment, which is constantly changing, and to habitat fragmentation and destruction caused by human actions, this species appears in lists of threatened fauna. Previous studies, using microsatellite markers and mitochondrial DNA, identified the low genetic variability in this species. On the other hand, the study of loci that are expected to be under balancing selection would be an important tool to identify the relation between individuals and their environment and processes which have molded the genetic variability of this species throughout history. The Major Histocompatibility Complex (MHC) is comprised by a closely connected group of genes that constitute the most important genetic component of the immune system of mammals. Two main mechanisms have been described as responsible for maintaining MHC diversity and are associated with parasite combat and reproductive mechanisms for inbreeding avoidance. In this study we investigated the genetic variability of the DRB and DQA loci of the MHC and compared these diversity indices with values found in studies about other ctenomyids and with values found for neutral loci in this species. The genetic diversity for the DRB locus in C. flamarioni was lower than what is found for the same locus in other species of the same genus and it was also lower than what was found in studies with this species using neutral markers, especially in populations which have gone through recent size reductions (bottlenecks). The results indicate that the balancing selection was not sufficient to maintain the genetic diversity in the studied populations and that population size reductions, identified through neutral loci, must have been very drastic, since they also affected the diversity of a loci which is known to be highly variable (DRB of the MHC). We could not evaluate the diversity for the DQA loci due to high incidence of very divergent sequences, possibly pseudogenes. The status of conservation of this species is considered critical due to all the factors that affect the species, such as the instability of the environment on which it occurs, habitat fragmentation and destruction caused by human actions, and its low genetic diversity, especially in an important locus of the immune system. The loss of diversity in the MHC locus could be associated to the decrease in number of individuals per population, which increases the risk of endogamy which, in turn, can lead to the loss of reproductive fitness, expression of deleterious recessive alleles and loss of adaptive flexibility. Moreover, the loss of diversity in a locus which is important in the defense of the organism against parasites increases the susceptibility of the individuals to diseases, and all these factors raise the risk of local extinctions, endangering the future of the species.

O conhecimento sobre parâmetros populacionais vitais é uma importante ferramenta para a conservação das espécies, permitindo refinar a avaliação do status de conservação e servindo como base para programas de conservação e manejo. A grande lacuna de conhecimento sobre a ecologia das espécies do gênero Melanophryniscus deve-se, sobretudo, à dificuldade de encontrá-los na natureza quando não estão se reproduzindo. Nesse trabalho, empregamos modelos de marcação e recaptura para estimar sobrevivência, emigração temporária, probabilidade de captura e de recaptura e abundância da única população conhecida do ameaçado sapinho-admirável-de-barriga-vermelha, Melanophryniscus admirabilis. Coletamos os dados em intervalos irregulares entre outubro de 2010 e setembro de 2014. Para a identificação individual, usamos o método de fotoidentificação. A sobrevivência anual e a probabilidade de detecção dos indivíduos foram maiores para machos do que para fêmeas. A variação nas taxas de emigração temporária evidenciou a estação reprodutiva da espécie. A probabilidade de captura foi dependente da pluviosidade acumulada dos últimos sete dias e teve um efeito negativo para temperaturas extremas. A abundância no sítio reprodutivo variou de 14 (na estação não-reprodutiva) à 929 indivíduos (na estação reprodutiva). Nossa estimativa de crescimento populacional discreto demonstra que a população parece estável (λ = 1.04). Nós discutimos a necessidade de proteger a área onde M. admirabilis ocorre, assim como recomendamos que programas de conservação e monitoramento sejam implementados, visando manter condições adequadas para a sobrevivência da espécie.

Natural populations of small rodents fluctuate continually over time and the population dynamics of any living organism are shaped by both intrinsic and extrinsic factors. Small mammals populations can show a continuum dynamic activity, ranging from stability to regular cycles of variable amplitude. The species dynamics is also known to be influenced by the seasonal structure of the environment. The community of small mammals present in the Araucaria forest could present similar patterns to forests occurring in other temperate regions of the planet and the large seeds of Araucaria angustifolia (dominant tree) are consumed by a large array of vertebrates, mainly rodents and large birds, which act as seed dispersers and predators simultaneously. When species are very similar like the two most abundant of this community (Akodon montensis and Oligoryzomys nigripes) the outcome of competition is often the partitioning of resources such as habitat or food. Plant species are crucial for rodents, because they are the main food source for many species, and this particular relation between rodents and plants is crucial for the process of forest regeneration, since the regeneration development are associated with details on the role of each rodent species as a seed disperser or seed predator. There are a lot of important factors interfering in the regeneration process, and changes in these factors are manifested in variables such as density of tree individuals, basal area, floristic composition, and species richness and diversity. To analyse the populational aspects of the rodents in the area and identify correlations between the Araucaria angustifolia trees with rodent community, to evaluate arthropod-small mammals species association and test the relationship between natural forest regeneration and rodent community, we established a trapping grid of two hectares with 231 trap stations (11 X 21 configuration, 10m spacing). Every trapping series, which consisted of 6 days, traps were placed on the ground and a capture-mark-recapture program was carried out two times per season between November 2008 and August 2009. We followed Cormarck-Jolly-Seber (CJS) method to estimate population parameters and density was estimated for each trapping session. The mean of population density was used as a dependent variable in a linear regression to investigate possible relations between densities and extrinsic factors. The arthropod abundance was quantified with pitfall traps during four of the eight sample periods and we measured regeneration variables that could potentially influence the spatial distribution of the small mammals. The association between rodent and arthropod communities was compared with the similarity matrix based on rodent composition using simple Mantel tests and we used DCA analysis to ordinate sample units based on rodent community. Significance of the associations between regeneration and rodent community was tested by 1000 Monte Carlo permutations based on Pearson's correlation. The populations of the two most abundant rodents in the community (Akodon montensis and Oligoryzomys nigripes) were considered inconstant and their population variations could have indirect effects on other species. Our result suggests that these two species are the main small mammal present in the area and if extrinsic factors do not operate all the times as showed, it strongly suggests that there must be variation in spacing and dispersal behavior of these species or extrinsic factors can also be acting in indirect ways. The presence of the species Mus musculus indicates that this forest area had or still haves anthropic influence. In general, secondary forests provide important habitats and resources to the rodent community and are distinctly associated to the species. Although indirectly, our results indicate that there is a complex combination of regeneration predation/dispersal by rodents and it seems that generalist species might select habitat characteristics primarily at a site level because they are able to use different local factors that exist in a variety of landscapes. Based on our results we can assume that small mammals associated with herbaceous or shrub cover, particularly in riparian areas, will decline when deforestation remove this cover. We also provide initial insight for habitat features that are related to rodent community pointed out the correlations between numbers of individuals and natural regeneration.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade UnB Planaltina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Ambientais, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-11-24T15:29:49Z No. of bitstreams: 1 2017_PollyannaNunesdeOtanásio.pdf: 2550878 bytes, checksum: 64b0582b352af921e3d83178c2b9a3a7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-05-21T18:02:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_PollyannaNunesdeOtanásio.pdf: 2550878 bytes, checksum: 64b0582b352af921e3d83178c2b9a3a7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-21T18:02:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_PollyannaNunesdeOtanásio.pdf: 2550878 bytes, checksum: 64b0582b352af921e3d83178c2b9a3a7 (MD5) Previous issue date: 2018-05-21 / Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal (FAP - DF). / A ocorrência de lagartas e mariposas pertecentes a Noctuidae (Lepidoptera) pode variar de acordo com as condições ambientais e recursos disponíveis. Algumas dessas espécies possuem ampla distribuição geográfica, grande capacidade de dispersão e suas lagartas elevado potencial para ocasionar danos econômicos a uma ou mais culturas. Tais características são relatadas em um número crescente de estudos relacionados com a ecologia e biologia desses insetos. Elaphria agrotina (Guenée, 1852) passou a ocasionar prejuízos nos últimos anos, devido principalmente ao seu comportamento em campo. Enquanto a maioria das lagartas dos noctuídeos se alimentam de culturas na fase vegetativa e reprodutiva, os estágios imaturos de E. agrotina apresentam preferência por estruturas vegetais secas, em laboratório, essa espécie demonstrou melhor desempenho em dieta artificial rica em carboidratos. Ressalta-se que E. agrotina é uma espécie pequena, porém, mesmo em dieta artificial mais adequada, teve desenvolvimento lento quando comparado ao de outros noctuídeos com o dobro do seu tamanho. Outro aspecto curioso do desenvolvimento de E. agrotina é que quando criada em dieta considerada menos adequada, as lagartas apresentam uma redução no número de instares larvais, situação contrária aos lepidópteros, que aumentam o número de instares. Verificou-se ainda a ocorrência concomitante de E. agrotina em distintos locais do Brasil, com diferentes tipos de cobertura vegetal, isso demonstra a sua plasticidade biológica em ocupar ambientes nativos e antropizados. Notou-se uma associação entre os picos populacionais da espécie com o início das épocas mais secas e/ou de final de ciclo das culturas, quando há maior disponibilidade de material vegetal seco. Ressalta-se que o número de mariposas coletadas se correlacionou mais com as variáveis climáticas medidas 35 e 50 dias antes das coletas, o que corresponde às condições em que os imaturos estavam em campo. / The occurrence of caterpillars and moths pertaining to Noctuidae (Lepidoptera) may vary according to the environmental conditions and available resources. Some of these species have wide geographic distribution, great dispersal capacity and their caterpillars high potential to cause economic damage to one or more crops. Such characteristics are reported in a growing number of studies related to the ecology and biology of these insects. Elaphria agrotina (Guenée, 1852) has caused losses in recent years, mainly due to its behavior in the field. While the majority of noctuidae caterpillars feed on vegetative and reproductive phases, the immature stages of E. agrotina show a preference for dry plant structures. In the laboratory, this species demonstrated a better performance in an artificial diet rich in carbohydrates. It is emphasized that E. agrotina is a small species, but even in a more adequate artificial diet, it had slow development when compared to other noctuids with twice its size. Another curious aspect of the development of E. agrotina is that when grown on a diet considered less adequate, caterpillars present a reduction in the number of larval instars, a situation contrary to lepidoptera, which increase the number of instars. The concomitant occurrence of E. agrotina was also observed in different locations of Brazil, with different types of vegetation cover, this demonstrates its biological plasticity in occupying native and anthropized environments. An association was observed between the population peaks of the species with the beginning of the driest seasons and / or the end of the crop cycle, when there is greater availability of dry plant material. It should be noted that the number of moths collected correlated more with the climatic variables measured 35 and 50 days before collection, which corresponds to the conditions in which the immature were in the field.

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Submitted by LETÍCIA APARECIDA DE MORAES (leticiaobragacity@hotmail.com) on 2017-03-31T11:52:33Z No. of bitstreams: 1 TESE FINAL LETICIA .pdf: 1728661 bytes, checksum: 9410eb82ac8ca46e2fbadd1b1fe5124f (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-04-11T17:58:42Z (GMT) / Submitted by LETÍCIA APARECIDA DE MORAES (leticiaobragacity@hotmail.com) on 2017-04-12T13:59:40Z No. of bitstreams: 1 TESE LETICIA.pdf: 1675791 bytes, checksum: 14b1fe1f9317d43e938e1a5b555bcd46 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-12T14:23:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_la_dr_bot.pdf: 1675791 bytes, checksum: 14b1fe1f9317d43e938e1a5b555bcd46 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T14:23:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_la_dr_bot.pdf: 1675791 bytes, checksum: 14b1fe1f9317d43e938e1a5b555bcd46 (MD5) Previous issue date: 2017-01-23 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), é um complexo composto por pelo menos 37 espécies crípticas e representa uma das mais importantes pragas agrícolas do mundo, já que é um inseto altamente polifago e considerado um supervector de vírus, uma vez que sozinho é capaz de transmitir mais de 300 espécies, como os begomovírus (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) e crinivírus (gênero Crinivirus, família Closteroviridae). Mais de duas décadas depois que a espécie B. tabaci Middle East Asia Menor 1 (MEAM1, biótipo B) invadiu e se estabeleceu no Brasil através de plantas ornamentais, a presença da B. tabaci especie Mediterranean (MED, biótipo Q) foi relatada pela primeira vez no Rio Grande do Sul em 2014, e, recentemente, nos estados de São Paulo e Paraná. Em 2015, espécimes de moscas-brancas coletadas em cultivos comerciais protegidos de begônias, hortênsias, petúnias e poinsettias em São Paulo, bem como de begônias e poinsetias de floriculturas e Capsicum spp. associado a Emilia fosbergii em estufas usadas anteriormente para poinsettia no Paraná, foram todos identificados como pertencentes a espécie MED. Adicionalmente, os endosimbiontes secundários identificados foram Arsenophonus, Hamiltonella e Rickettsia foram detectados por PCR e confirmados por sequenciamento e análise de FISH, divergindo dos encontrados nas moscas MED do Rio Grande do Sul, as quais abrigavam Hamiltonella e Cardinium. Em 2015, portanto, a primeira pesquisa no Estado de São Paulo revelou que a espécie MED estava presente apenas em cultivos protegidos de ornamentais e floriculturas, ou seja, associadas a ornamentais. Em 2016, no entanto, uma segunda e mais extensa pesquisa realizada em São Paulo e Paraná mostraram que MED se espalhou por várias e importantes hortaliças, não somente em estufas, mas também para campos abertos localizados próximos de onde MED foi detectada em plantas ornamentais previamente. Os conjuntos de endossimbiontes, cujos sets foram compostos por Arsenophonus, Hamiltonella, Rickettsia e Wolbachia são diferentes também tanto da MED de São Paulo e Paraná de 2015, como da MED detectada no Rio Grande do Sul em 2014. Através da análise filogenética do gene mtCOI usando o banco de dados global de mosca-branca, os espécimes representam diferentes haplótipos divididos em dois grupos dentro da espécie MED. Além disso, neste trabalho houve o primeiro relato da presença do endossimbionte Arsenophonus infectando B. tabaci MEAM1. / Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), it is a complex consisting of at least 37 cryptic species and is one of the most important agricultural pests worldwide, since it is a highly polyphagous insect and considered a virus supervector once it alone transmits more than 300 species, such as begomovirus (genus Begomovirus, Geminiviridae family) and crinivirus (genus Crinivirus, Closteroviridae family). More than two decades after the species B. tabaci Middle East Asia Minor 1 (MEAM1, biotype B) invaded and settled in Brazil through ornamental plants, the presence of B. tabaci Mediterraneann species (MED, biotype Q) was first reported in Rio Grande do Sul in 2014, and recently in São Paulo and Paraná States. In 2015, specimens of whiteflies collected in commercial greenhouses of begonias, hydrangeas, petunias and poinsettias in São Paulo, as well as begonias and poinsettias from flower shops and Capsicum spp. associated with Emilia fosbergii in greenhouses used previously for poinsettia in Paraná, they were all identified as belonging to MED species. In addition, the identified secondary endosymbionts were Arsenophonus, Hamiltonella and Rickettsia were detected by PCR and confirmed by sequencing and FISH analysis, diverging from the set of MED from Rio Grande do Sul, which harbored Hamiltonella and Cardinium. In 2015, therefore, the first research in São Paulo revealed that the MED species was present only in greenhouses of ornamentals and flower shops, associated with ornamental. In 2016, however, a second and more extensive research conducted in São Paulo and Paraná showed that MED has spread to several important vegetables, not only in greenhouses, but also to open fields located close to where MED was detected in ornamental plants previously. The endosymbionts, whose sets were composed of Arsenophonus, Hamiltonella, Rickettsia and Wolbachia are also different from both the MED of São Paulo and Paraná in 2015, and the MED of Rio Grande do Sul in 2014. Through phylogenetic analysis of gene mtCOI using the whitefly global database, specimens has shown to represent different haplotypes divided into two groups within the species MED. In addition, this study was the first report of Arsenophonus endosymbiont present infecting B. tabaci MEAM1. / FAPESP: 2014/21773-0

Orientador: Fernando Fernandes Mendonça / Resumo: Embora o manejo de recursos tradicionalmente explotados tenha um histórico de aproximadamente um século de pesquisas, os primeiros estudos do ciclo de vida de cefalópodes foram iniciados pouco antes da década de 60 apresentando ainda muitas lacunas a serem investigadas. Com cerca de 87% dos recursos explotados ou sobrexplotados, a atividade pesqueira marinha enfrenta uma grave crise, podendo tornar-se em poucos anos uma atividade economicamente inviável sobre diversos estoques, além de comprometer a sustentabilidade do ambiente marinho. Os polvos do gênero Eledone englobam espécies bentônicas de pequeno a médio tamanho e sua distribuição geográfica concentra-se na costa sudeste da América do Sul começando no Brasil e chegando até a Argentina. Haplótipos de DNA mitocondrial (mtDNA) apresentam distribuição geográfica determinada em diversas espécies, tornando possível correlacionar uma dimensão filogenética com estruturas de populações, levando ao conceito de filogeografia. A partir dos fatos apresentados, este trabalho visou caracterizar a biodiversidade molecular, a estrutura populacional, e a identificação e distribuição dos estoques genéticos da espécie E. massyae, utilizando sequências do gene Citocromo Oxidase Subunidade I (COI) do mtDNA. Para isso, foram obtidas 133 amostras do litoral do Rio de Janeiro, São Paulo e Paraná. A partir dos 602 pares de bases sequenciados, foram identificados 20 sítios polimórficos, originando 15 haplótipos. A diversidade haplotípica total f... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000424376-Texto+Completo-0.pdf: 455274 bytes, checksum: 2831ccc2e363014a1dadea0477137da7 (MD5) Previous issue date: 2009 / The maned wolf (Chrysocyon brachyurus) is the largest species among the Neotropical canids. Its distribution, morphology, ecology and behavior are closely associated to open vegetation environments, especially the Brazilian Cerrado. This savanna-like biome is a large and complex environment, presenting highly heterogeneous vegetational composition and many geographic elements, such as rivers and mountains. Moreover, this is one of the most human-disturbed biomes in South America, undergoing a high rate of habitat loss and fragmentation. These natural and human-induced factors can lead to different degrees of population structuring of native fauna and flora, depending on ecological and behavioral characteristics of each species. A broad investigation of such patterns is justified, once it is very important in terms of conservation to know possible historical geographic subdivisions of a species, and/or to identify processes of population isolation caused by humans. Once the maned wolf presents many ecological interactions with other Cerrado-dwelling species, it can be considered a keystone species in this ecosystem, which highlights the need to characterize its population structure in the context of adequately conserving and managing the Cerrado biota. For such purposes, molecular markers are a widely utilized tool, and the associated analytical methods are becoming increasingly broad and robust. Thus, this study aimed to investigate the population structure of the maned wolf and to analyze it in the context of the species’ natural history, through the utilization of fast evolving molecular markers that allow inferences on even recent demographic processes.To do that, tissue samples of 144 maned wolves were obtained through the capture of free living animals, captive animals with known geographic origin and roadkilled individuals. Four local populations were sampled in addition to individual collection from many geographic points, resulting in a broad coverage of the species’ distribution. The individuals were genotyped for 14 microsatellite loci, originally developed for the domestic dog and selected for use in this species after an initial screening for amplification efficiency and polymorphism. Analyses were performed to assess genetic variability, population pairwise Fst and Rst, structure analyses with the software STRUCTURE, and demographic tests to check for bottleneck events, population expansion and effective number of individuals (Ne). The diversity levels verified were quite high (mean He = 0. 75) when compared to other canid species. Furthermore, no clear-cut population subdivision was detected, leading to the conclusion that the maned wolf exists as an almost panmictic population throughout a large portion of its distribution. The results of the demographic analyses corroborated previous analyses based on mtDNA data that had inferred a population expansion in this species, and Ne estimated numbers were high. Jointly, these results are compatible with a scenario where maned wolves underwent a population growth in the last few thousand years, maintaining a large number of individuals since then and not presenting any geographic subdivision.Lack of population structure can be, at least in part, explained by the generalist dietary habits and the great dispersal capability of the maned wolf, also implying that so far the anthropic habitat matrix has been permeable to a certain degree for the individuals of this species. However, habitat loss and fragmentation cannot be discarded as a threat for the maned wolf. The isolation process can be too recent to be detected even with microsatellites, and the still large effective size of regional populations may also delay the ability to detect ongoing processes of genetic fragmentation. In case such process continues and becomes even more intense, our present data set should provide a baseline for comparison with future genetic assessments of the maned wolf, allowing the detection of population-level trends of loss of variation and human-induced geographic differentiation. / O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus) é o maior canídeo dentre as espécies Neotropicais. Sua distribuição, morfologia, ecologia e comportamento estão intimamente associados a ambientes campestres, especialmente ao Cerrado brasileiro. Este bioma de vegetação aberta é um ambiente vasto e complexo, sendo extremamente heterogêneo em sua composição vegetacional e apresentando muitos acidentes geográficos como rios e chapadas. Além disso, este é um dos biomas com maiores taxas de perda e fragmentação de habitat na América do Sul devido à atividade humana. Todos estes fatores podem levar elementos nativos da fauna e flora a apresentarem algum grau de estruturação populacional, dependendo também de características da biologia de cada espécie. Nesse caso, uma investigação de tais padrões se justifica, uma vez que para fins de conservação é de suma importância conhecer eventuais subdivisões geográficas históricas de uma espécie e/ou identificar processos de isolamento populacional causados pela ação humana. Uma vez que o lobo-guará apresenta inúmeras relações tróficas e ecológicas dentro do Cerrado pode-se dizer que esta é uma espécie-chave para esse ambiente, e um estudo acerca da sua estruturação populacional é assim importante para fins de conservação da espécie e do Cerrado como um todo. Nesse sentido, marcadores moleculares têm sido amplamente utilizados, e os métodos de análise associados têm-se aprimorado e permitido inferências cada vez mais amplas e robustas. Assim, este trabalho se propôs a estudar a estrutura populacional do loboguará e discutir suas causas à luz da história natural da espécie, para isso utilizando marcadores moleculares de evolução rápida, que assim permitam inferências mesmo sobre processos demográficos recentes.Para tal, amostras de tecido de 144 indivíduos de lobo-guará foram obtidas através de captura de animais de vida livre, animais de cativeiro com procedência conhecida e indivíduos atropelados. Foram amostradas quatro populações, além de indivíduos de diversos pontos distintos, resultando em uma ampla cobertura da distribuição da espécie. As amostram foram genotipadas para 14 locos de DNA microssatélite, originalmente descritos para o cão doméstico e escolhidos através de testes de eficiência e polimorfismo para utilização no lobo-guará. Foram conduzidos testes de variabilidade genética, Fst e Rst entre populações, análises de estruturação através do programa STRUCTURE e análises demográficas testando eventos Gargalo de Garrafa, expansão populacional e número efetivo da espécie (Ne). Os níveis de variabilidade foram significativamente altos (He média = 0,75) quando comparados a outras espécies de canídeos. Além disso, não se observou nenhum indício de subdivisão populacional, resultado que sugere que o lobo-guará se comporta como uma população praticamente panmítica na maior parte da sua distribuição. As análises demográficas corroboram estudos anteriores baseados em DNAmt que sugerem um evento de expansão populacional, e os valores de Ne estimados são altos. Em conjunto, tais resultados são compatíveis com um cenário em que a espécie passou por um crescimento populacional nos últimos milhares de anos, mantendo-se grande desde então, e sem apresentar subdivisões geográficas.A falta de estruturação populacional pode em parte ser explicada pela dieta generalista e grande capacidade de dispersão do lobo-guará, sendo a matriz antropizada permeável em algum grau até o presente momento para os indivíduos. Contudo, não se pode desconsiderar a perda de habitat e fragmentação do Cerrado como uma ameaça ao lobo-guará. O processo de isolamento pode ser muito recente para ser detectado até mesmo por microssatélites, e o alto Ne das populações pode estar tornando a detecção difícil. Caso este processo continue e se intensifique, os presentes resultados podem servir como base para comparação com futuros estudos genéticos da espécie, possibilitando a detecção e monitoramento de uma possível perda de variabilidade e diferenciação geográfica induzida pelo homem.