Submitted by DAYANE PIRES DA sILVA (dayane.pires@gmail.com) on 2018-01-08T15:08:42Z No. of bitstreams: 1 Dissertação-Dayane-P-Silva.pdf: 2117641 bytes, checksum: 84ef5f066f1227762225a77378463439 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-01-08T18:45:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_dp_me_rcla.pdf: 1634008 bytes, checksum: bdbcd2e8a01570fb3ba3429c9ddcd0d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-08T18:45:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_dp_me_rcla.pdf: 1634008 bytes, checksum: bdbcd2e8a01570fb3ba3429c9ddcd0d5 (MD5) Previous issue date: 2016-08-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Relações de simbiose com micro-organismos são descritas como uma forma de inovação evolutiva que permite a alguns animais acesso aos nutrientes que de outra forma não estariam disponíveis. As formigas da tribo Attini são conhecidas pelo hábito de cultivar fungos que lhes fornecem nutrientes. Parte destes nutrientes são obtidos quando o fungo fornece enzimas que são instáveis ou mesmo ausentes nas formigas. No presente trabalho nós mostramos que as formigas Attini apresentam amilases submetidas a uma baixa pressão seletiva e grande quantidade de substituições de aminoácidos potencialmente deletérias. Esses dados reforçam a hipótese de que a função da amilase das formigas foi substituída pela amilase fúngica. Nós também demonstramos que, tal como ocorre com as Attini derivadas, a Attini basal Mycocepurus goeldii é deficiente em duas enzimas da via de síntese de arginina, a argininossuccinato liase e a argininossuccinato sintase. Esses dados indicam que a complementação pelo fungo de deficiências enzimáticas das formigas é um evento ancestral na história evolutiva das Attini. / Symbiotic relationships with microorganisms are described as a form of evolutionary innovation that allows some animals access to nutrients which otherwise would not be available. The Attine ants are known for the habit of cultivating fungi which provide them with nutrients. Some of these nutrients are obtained when the fungus provides enzymes that are unstable or even absent in ants. In this work we show that the Attini ants presents amylases subjected a low selective pressure and a large amount of potentially harmful amino acid substitutions. These data corroborates the hypothesis that the function of amylase of ants was replaced by fungal amylase. We also demonstrate that, just as with derived Attine, in the basal Attine Mycocepurus goeldii two enzymes is deficient in arginine synthetic pathway, the argininosuccinate lyase and argininosuccinate synthase. These data indicate that supplementation of deficient enzymes in ants made by fungal is an ancient event in the evolutionary history of Attine. / FAPESP: 2014/15939-3.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-11-18T17:30:23Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) / Approved for entry into archive by Flávia Ferreira (flaviaccf@yahoo.com.br) on 2013-11-19T14:44:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-19T14:44:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) Dissertação_ICS_ Aryane Cruz Oliveira Pinho.pdf: 1250285 bytes, checksum: fafeffcff293f340f84d3a6bb723e282 (MD5) / Pronex-Dengue; CNPq; FAPESB; CAPES / A Dengue é uma arbovirose que causa sérios problemas de saúde, em regiões tropicais e subtropicais do mundo. Vírus Dengue (DENV), agente etiológico da doença, pertence ao gênero Flavivirus, cujas características antigênicas o classificam em quatro sorotipos: DENV1, DENV2, DENV3 e DENV4. Com o intuito de realizar a caracterização molecular do DENV circulante em Salvador-Bahia no período de maio/2011 à maio/2012, neste estudo foram analisadas 214 amostras de soros de pacientes com suspeita de infecção pelo DENV. O RNA viral foi extraído diretamente do soro dos pacientes para diagnostico molecular através de transcrição reversa seguida de reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) e posterior sorotipagem viral pela técnica de Nested-PCR. O DENV foi detectado em 93 amostras por RT-PCR e o Nested-PCR revelou a presença de três sorotipos circulantes em Salvador, sendo 13 amostras positivas para DENV 2, 3 amostras para DENV 3 e 77 para DENV 4, revelando assim a alta ocorrência de DENV4. Uma análise comparativa do teste imunocromatográfico rápido utilizado atualmente em centros de saúde para diagnóstico de infecções pelo DENV e o diagnóstico molecular do DENV revelou que o teste imunocromatográfico é mais eficaz na detecção em indivíduos infectados. Foi realizado isolamento do DENV4 a partir de soro, utilizando cultivo celular de Aedes albopictus clone C6/36 e a resposta imune contra proteínas E, prM, NS1 e NS3 do DENV4 foi demonstrada por Western Blot. O seqüenciamento e análise filogenética do gene E das sequências virais mostraram que elas pertencem ao genótipo I (cepas Asiáticas) de forte homologia com cepas isoladas no VietNam. Concluindo, esses resultados indicam a co-circulação de vários sorotipos com uma maior incidência do DENV4 e confirma a detecção de DENV4 genotipo I no Brasil a partir do Sudeste Asiático. Um diagnóstico imediato da infecção aliado a um diagnostico molecular dos sorotipos/genótipos circulantes na comunidade poderiam ser medidas de prevenção e controle para riscos potenciais de formas graves da doença numa população.

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Resumo: A deficiência da enzima Glicose-6-Fosfato Desidrogenase (G6PD) é uma anormalidade genética de alta prevalência populacional que resulta em uma menor reatividade do sistema de óxido-redução eritrocitário, geralmente sem repercussões clínicas; estima-se que mais de 300 milhões de pessoas são portadoras dessa alteração. A enzima é expressa em todos os tecidos e catalisa a primeira etapa da Via das Pentoses. Nas hemácias, essa via é de fundamental importância na manutenção do equilíbrio de seu estado redox e a deficiência dessa enzima pode favorecer eventos hemolíticos agudos e crônicos; e em recém nascidos, pode contribuir para o agravamento da icterícia neonatal. O diagnóstico da deficiência baseia-se na atividade enzimática, identificada através de testes quantitativos e qualitativos. Os testes qualitativos limitam-se a agrupar indivíduos em “deficientes” e “não deficientes”, já os métodos quantitativos são mais precisos na inferência dessa atividade. Estas técnicas podem necessitar de repetições dos testes para confirmação de resultados incongruentes. Por outro lado, a variante genética responsável pela deficiência pode ser precisamente reconhecida através de testes de diagnóstico molecular. O presente projeto tem como objetivo desenvolver uma metodologia de identificação molecular da variante G202A, frequentemente encontrada na população brasileira, e realizar uma comparação do custo-benefício com a metodologia de sequenciamento de Sanger. Ao todo, foram analisadas 107 amost... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency is a metabolic enzymatic defect affecting 300 million people worldwide. The enzyme is present in all tissues and catalyses the first reaction in the Pentose Phosphate pathway responsible for maintaining the redox equilibrium in red blood cell. Deficient enzyme may lead to acute and chronic haemolytic anaemia and neonatal jaundice. Diagnosis for G6PD deficiency is based on biochemical quantitative or qualitative tests. Qualitative tests only classifies subjects as “deficient” or “non-deficient”, while quantitative tests are more precise, however both biochemical approches need a confirmative assay to confirm ambiguous results. On the other hand molecular identification for the molecular variants are more accurate and precise. We developed a new molecular assay to identify the G202A molecular variant present at high frequency on Brazilian population and comparer it to Sanger sequencing. One hundred and seven peripheral blood sample were collected on filter paper. DNA extraction were performed followed by G6PD exon 4 amplification and sequencing. On-line tool “Primer1” generated allele-specific primers for TETRA-ARMS genotyping. Twenty two subjects were deficient homozygote, eighty four wild homozygote and one heterozygote. All subjects genotype were confirmed by Sanger sequencing. TETRA-ARMS costs per reaction is three times lower than Sanger sequencing. We conclude that TETRA-ARMS is a suitable protocol to detect G202A mutation on h... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T17:31:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984014 bytes, checksum: be90a4017cede4cf64800fd29be9a2f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:31:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984014 bytes, checksum: be90a4017cede4cf64800fd29be9a2f3 (MD5) Previous issue date: 2005-08-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O conteúdo de gordura intramuscular tem sofrido um decréscimo contínuo devido à seleção para aumento da quantidade de carne magra na carcaça, o que tem provocado uma diminuição na qualidade da carne suína. Devido a suas propriedades fisiológicas, as proteínas ligadoras de ácidos graxos, foram sugeridas estar associadas ao aumento no conteúdo de gordura intramuscular, melhorando a qualidade da carne suína. A primeira parte deste trabalho foi realizado com o objetivo de seqüênciar as regiões codificadoras do gene da A-FABP (proteína de ligação de ácidos graxos - adipócitos), e comparar tais seqüências na busca de polimorfismos entre a raça naturalizada brasileira Piau e linhas comerciais (constituinte da geração parental de um cruzamento F2) e comparar com as seqüências depositadas no GenBank. Após seqüênciamento foi feita comparação das seqüências de nucleotídeos entre as raças de suínos e a referência depositada no GenBank e verificou-se que não existe nenhum polimorfismo de nucleotídeos nos fragmentos seqüenciados nestes animais. O aumento no número de marcadores de DNA disponíveis, aliado ao desenvolvimento dos métodos de genotipagem e das metodologias estatísticas, tornou possível a identificação de loci de características quantitativas (QTL) responsáveis pela variação genética de características de importância econômica na suinocultura. A segunda parte deste trabalho foi realizado com o objetivo de mapear QTL no cromossomo 4 de suínos (SSC4) e associá-los a diversas características de desempenho, carcaça e qualidade da carne. Para isto, foi desenvolvida uma população F2 com 800 animais a partir do acasalamento da geração F1, obtida do cruzamento divergente entre machos da raça naturalizada brasileira Piau e 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Piétrain) e genotipada para 13 marcadores tipo microssatélites. Foi utilizado o método de regressão por intervalo de mapeamento, por meio do programa QTL EXPRESS. Para as características de desempenho, foram encontrados um QTL sugestivo (P<0,10) para número de tetos na posição 73 cM e dois QTL significativos (P<0,05) para peso aos 21 dias, sendo um na posição 45 e outro a 96 cM. Para as características de carcaça, órgãos e vísceras foram encontrados um QTL sugestivo (P<0,10) para comprimento de intestino na posição 75 cM, dois QTL significativos (P<0,05), sendo um para peso de coração na posição 79 cM e o outro para peso de pulmão na posição 69 cM e um QTL significativo (P<0,01) para espessura de bacon na posição 69 cM. Para as características de corte de carcaça foram identificados três QTL sugestivos (P<0,10), sendo um para peso de pernil limpo na posição 95 cM, um para peso de paleta limpa na posição 95 cM e um para peso de costela na posição 7 cM. Para as características de qualidade da carne foram encontrados dois QTL sugestivos (P<0,1), sendo um QTL associado a gordura intramuscular na posição 3 cM e um QTL associado a características de coloração da carne, mais especificamente ao índice de amarelo, também na posição 3 cM. / The intramuscular fat content has decreased due to selection for lean meat content, what has been reduced the meat quality. Due to their physiologic properties, the fatty acid-biding proteins were suggested to be associated with the increase in the intramuscular fat content, what could improve the pork quality. The objective of the first part of this study was sequencing DNA fragments of the A-FABP gene and compare these sequences to find polymorphisms between the Brazilian naturalized Piau swine and commercial lines (parental generation of the F2 crossbred) and to compare with the one in GenBank. The sequences comparisons between the swine breeds and the GenBank reference showed no nucleotide polymorphism in the analyzed fragments. The increase number of available DNA markers, ally to the development of the genotyping methods and statistical methodologies, it was possible the identification of quantitative trait loci (QTL) responsible for the genetic variation of economic importance traits in pork industry. The objective of the second part of this study was mapping quantitative trait loci (QTL) on porcine chromosome 4 (SSC4), and associate them to several performance, carcass and meat quality traits. For this, a F2 pig population with 800 animals was established from a cross of the F1 generation, produced by crossing using two naturalized Brazilian Piau sires and 18 commercial dams (Landrace x Large White X Piétrain). The population was genotyped for 13 microsatellite markers. Data were analyzed by multiple regressions developed for analysis of outbred lines crosses, using QTL EXPRESS software. To performance traits was found one suggestive QTL (P<0,10) for teat number located at about 73 cM and two significant QTL (P<0,05) for weight at 21 days, one located about 45 cM and another at 96 cM. To carcass traits was found one suggestive QTL (P<0,10) for intestine length xilocated at about 75 cM, two significant QTL (P<0,05), one for weight of heart located at about 79 cM and another for weight of lung located at about 69 cM and one significant QTL (P<0,01) for bacon depth locate at about 69 cM. To carcass cuts traits were identified three suggestive QTL (P<0,10), one for ham weight without skin and fat located at about 95 cM, one for shoulder blade weight without skin and fat located at about 95 cM and one for ribs weight located at about 7 cM. To meat quality traits were found two suggestive QTL (P<0,10), one associated to intramuscular fat content located at about 3 cM and one associated to muscle color Minolta measurements, more specifically to the yellowness, located at about 3 cM.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T16:34:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T16:34:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O fungo fitopatogênico Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei é uma espécie cosmopolita com relatos de ocorrência em folhas, hastes e raízes em diversas espécies de plantas, sendo frequentemente associada como agente causal da mancha alvo em diferentes espécies de importância agronômica. Este estudo analisou uma coleção de 32 isolados de C. cassiicola, obtidos de diferentes hospedeiros e locais no Brasil. Sete genes nucleares e um gene mitocondrial foram parcialmente sequenciados e analisados de modo a explorar as relações filogenéticas e filogeográficas entre os isolados e verificar se existe associação entre o gene precursor da toxina produzida pelo fungo, a cassiicolina, e as linhagens encontradas. Adicionalmente, a presença de mutações pontuais independentes – E198A, F200Y e G143A – que conferem resistência a fungicidas foram investigadas. Os isolados se agruparam em três linhagens. A distribuição dos isolados entre as linhagens não esteve associada a hospedeiro ou origem geográfica dos isolados. Isolados da coleção contêm uma de quatro possíveis isoformas da cassiicolina. Em geral, associação entre as isoformas e clados filogenéticos foi ausente. As três mutações pontuais que conferem resistência a fungicidas estão presentes (sozinhas ou combinadas) em oito isolados. Duas dessas mutações (E198A e F200Y) nunca haviam sido identificadas em isolados de C. cassiicola. As evidências de variabilidade genética entre os isolados e a ocorrência de três mutações pontuais independentes, em conjunto com o hábito polífago de C. cassiicola, comprometem as atuais práticas de manejo da doença na agricultura brasileira. As informações obtidas neste estudo poderão ser úteis em análises ecológicas e epidemiológicas de C. cassiicola, bem como no desenvolvimento de medidas de manejo da mancha alvo. / The plant pathogenic fungus Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei is a cosmopolitan species with reports of occurrence in leaves, stems and roots in several plant species, being frequently associated as the causal agent of the target spot in different plant species of agronomic importance. This study analyzed a collection of 32 isolates of C. cassiicola obtained from different hosts and locations in Brazil. Seven nuclear genes and a mitochondrial gene were partially sequenced and analyzed in order to explore the phylogenetic and phylogeographic relationships among the isolates and to verify if there is an association between the precursor gene of the toxin produced by the fungus, the cassiicolin, and the lineages we found. Additionally, the presence of independent point mutations - E198A, F200Y and G143A - that confer resistance to fungicides were investigated. The isolates were grouped into three lineages. The distribution of the isolates between the lineages was neither associated with host nor geographical origin of the isolates. The isolates of the collection contain one of four possible cassiicolin isoforms. In general, association between isoforms and phylogenetic clades was absent. The three point mutations that confer resistance to fungicides were present (alone or in combination) in eight isolates. Two of these mutations (E198A and F200Y) had never been identified in isolates of C. cassiicola. The evidence of genetic variability among the isolates and the occurrence of three independent point mutations, along with the polyphagous habit of C. cassiicola, compromise the current disease management practices in the Brazilian agriculture. Therefore, the information generated may be useful in ecological and epidemiological analysis of C. cassiicola, as well as in the development of management measures against the target spot.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-06T17:05:35Z No. of bitstreams: 1 2016_AdrianadeOliveiraSantosAlfani_Parcial.pdf: 1139143 bytes, checksum: dd954dd6f8c1114fccbc8298c25b2c33 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-03-24T21:48:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AdrianadeOliveiraSantosAlfani_Parcial.pdf: 1139143 bytes, checksum: dd954dd6f8c1114fccbc8298c25b2c33 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T21:48:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AdrianadeOliveiraSantosAlfani_Parcial.pdf: 1139143 bytes, checksum: dd954dd6f8c1114fccbc8298c25b2c33 (MD5) / A leishmaniose tegumentar americana (LTA) é uma doença infecciosa, endêmica e reemergente da pele e mucosa, causada por várias espécies de Leishmania. Nas últimas décadas a primeira linha de escolha de tratamento das leishmanioses tem sido o antimônio pentavalente (SbV) cujo o surgimento de resistência e este medicamento está se tornando um problema de saúde pública. Em alguns estudos foi observado que a HSP70 quando super expressa aumentou a tolerância ao SbIII em isolados resistentes de Leishmania. O objetivo geral deste projeto foi identificar proteínas dos isolados de leishmânias dos pacientes tratados com antimonial pentavalente (SbV) que possam estar relacionadas à resistência ao tratamento. No presente estudo, após avaliação do sequenciamento, os genes foram sub clonados individualmente no vetor pET-19b e utilizadas as enzimas de restrição (Nde1 e BamHI), produzidos anticorpos para as proteínas recombinantes de HSP70 e ATPase. Avaliou-se 12 isolados de pacientes resistestes e não resistentes ao tratamento. Ocorreu diminuição das formas promastigotas na maioria dos isolados tratados com IC 50 do N - metilglucamina. Verificou-se que não houve diferença significativa representativa na expressão das proteínas HSP70 e ATPase de isolados de pacientes com falha terapêutica e pacientes que não apresentaram falha terapêutica. A observação dos genes super expressos estudados em isolados considerados resistentes e não resistentes in vitro mostrou-se em diferentes concentrações em isolados de pacientes que apresentaram falha terapêutica, sugerindo que a falha, em sua maioria, ocorreu por características do hospedeiro. / American cutaneous leishmaniasis (ACL) is an infectious, endemic and reemergent disease of the skin and mucosa caused by several species of Leishmania. In the last decades the first line of choice of treatment of leishmaniasis has been pentavalent antimony (SbV) whose emergence of resistance and this drug is becoming a public health problem. In some studies it was observed that HSP70 when super expressed increased tolerance to SbIII in resistant isolates of Leishmania. The overall objective of this project was to identify proteins from leishmaniasis isolates from patients treated with pentavalent antimonial (SbV) to be related to resistance to treatment. In the present study, after sequencing evaluation, the genes were subcloned individually into the pET-19b vector and the restriction enzymes (Nde1 and BamHI), produced antibodies to the HSP70 and ATPase recombinant proteins, were used to evaluate 12 isolates from patients Resistant and not resistant to outpatient treatment. There was a decrease in promastigote forms in the majority of isolates treated with IC 50 of N - methylglucamine. It was verified that there was no representative difference in the expression of HSP70 and ATPase proteins from isolates of patients with failed therapy and patients who did not present therapeutic failure. The observation of the superexpressed genes studied in isolates considered resistant and not resistant in vitro was demonstrated in different concentrations in isolates of patients that presented therapeutic failure, suggesting that the fault, for the most part, occurred due to host characteristics.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-14T16:07:26Z No. of bitstreams: 1 2015_MarcosdeOliveira.pdf: 1836139 bytes, checksum: 68c2be046bbcda4dd5c74438f2d2481e (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-01-22T11:46:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MarcosdeOliveira.pdf: 1836139 bytes, checksum: 68c2be046bbcda4dd5c74438f2d2481e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-22T11:46:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MarcosdeOliveira.pdf: 1836139 bytes, checksum: 68c2be046bbcda4dd5c74438f2d2481e (MD5) / O cerrado é o segundo maior bioma do Brasil, guardando um grande potencial microbiológico. Sua vegetação endêmica é rica em frutos que muitas vezes são desconhecidos dentro da própria população brasileira. Frutos como araticum, pequi, mangaba, coquinho, buriti são alguns exemplos destes frutos ricos em nutrientes, principalmente carboidratos e lipídios. Devido essas características químicas e o ambiente onde residem os frutos promovem um cenário ideal para o desenvolvimento de leveduras. É importante conhecer estes micro-organismos, pois podem produzir várias substâncias com potêncial biotecnológico nas áreas da produção agrícola, saúde, indústrias e alimentícios. O objetivo deste trabalho foi estudar a ocorrência de leveduras em frutos do cerrado, fazer a caracterização molecular e enzimática destes isolados. Foram coletados 13 frutos do cerrado: pequi, mangaba, caju do cerrado, cagaita, pitomba, coco guariroba, araçá, jatobá do cerrado, maracujá do cerrado, lobeira, buriti, araticum e coquinho azedo sendo isoladas 85 leveduras. A caracterização genética dos isolados foram feitas por meio de técnica de MSP-PCR e posteriormente agrupadas pelo programa Bionumerics® por similaridades de seus perfis eletroforéticos. Para a identificação dos isolados foi realizado o sequenciamento da região D1/D2 do gene 26S. Foram encontrados 14 gêneros: Candida, Meyerozyma, Hanseniaspora, Debaryomyces, Pichia, Wickerhamomyes, Lodderomyces, Eremothecium, Bandoniozyma, Issatchenkia, Rhodotorula, Rhodosporidium, Pseudozyma e Cryptococcus. Os testes enzimáticos com amilase, pectinase, celulase e protease mostraram que 54 isolados produziram algum tipo dessas enzimas e 25 apresentaram no mínimo duas. As enzimas mais produzidas pelos isolados foram protease com aproximadamente 35%, seguida de celulase com 23%, pectinase com 16% e amilase com 13%. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado is the second largest biome in Brazil, keeping a large microbiological potential. Its endemic vegetation is rich in fruits that are often unknown within the brazilian population. Fruits like araticum, pequi, mangaba, coconuts, buriti are some examples of these fruits rich in nutrients, especially carbohydrates and lipids. Because of these chemical characteristics and the environment in which the fruits reside promote an ideal setting for the growth of yeasts. It is important to know these microorganisms as they can produce various substances with biotechnological potential in the areas of agriculture, health and food industries. The objective of this work was to study the occurrence of yeasts in fruits of the cerrado, make the molecular and enzymatic characterization of isolates. Were collected 13 fruits of the cerrado: pequi, mangaba, caju the cerrado, cagaita, pitomba, guariroba coconut, araçá, jatoba the cerrado, maracujá the cerrado, lobeira, buriti, araticum and sour coquinho being isolated 85 yeasts. Genetic characterization of the isolates were made by MSP-PCR and subsequently grouped by Bionumerics® program for similarities of their electrophoretic profiles. For the identification of the isolates was carried region sequencing the D1 / D2 26S gene. 14 genera were found: Candida, Meyerozyma, Hanseniaspora, Debaryomyces, Pichia, Wickerhamomyes, Lodderomyces, Eremothecium, Bandoniozyma, Issatchenkia, Rhodotorula, Rhodosporidium, Pseudozyma and Cryptococcus. Enzymes tested amylase, pectinase, cellulase and protease showed that 54 isolates produced some type of these enzymes and 25 had at least two. The enzymes produced by the isolates were more protease about 35%, then 23% of cellulase, pectinase and amylase with 16% to 13%.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-29T12:40:12Z No. of bitstreams: 1 2015_LucianaCristineVasquesVillela.pdf: 3463694 bytes, checksum: bb96f6b7920ac6f1631387c97ca1bd5e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-02-01T20:45:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_LucianaCristineVasquesVillela.pdf: 3463694 bytes, checksum: bb96f6b7920ac6f1631387c97ca1bd5e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-01T20:45:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_LucianaCristineVasquesVillela.pdf: 3463694 bytes, checksum: bb96f6b7920ac6f1631387c97ca1bd5e (MD5) / A cachara do pantanal (Pseudoplatystoma reticulatum) é uma espécie de bagre neotropical nativa do Brasil historicamente importante para a pesca comercial e esportiva. A produção dos bagres e de seus híbridos em cativeiro apresentou uma taxa de crescimento de mais de 100% entre 2010 e 2011, chegando a 17.619 toneladas. A geração de híbridos com o pintado (P. corruscans) vem sendo amplamente utilizada pelo setor produtivo para obter peixes superiores para o cultivo, que apresentam vigor híbrido, além das características superiores de cada uma das espécies puras. Contudo, essa prática apresenta uma ameaça para o desenvolvimento sustentável da piscicultura dos surubins, já que os híbridos gerados são férteis e podem retrocruzar com populações selvagens e estoques puros de reprodutores mantidos em cativeiro. Ferramentas de vanguarda são necessárias para alavancar o desenvolvimento de tecnologias avançadas para a criação da cachara em cativeiro, como a detecção de introgressões interespecíficas, e métodos aprimorados de reprodução e de monitoramento e melhoramento genético de estoques de reprodutores. Inicialmente, um ensaio de minisequenciamento (SNaPshot©) foi desenvolvido e validado com base em marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espécie-específicos disponíveis na literatura, derivados de dois genes mitocondrais (16S e COI) e quatro genes nucleares (RAG2, GLOB, 18S e EF1α). Adicionalmente, análises do transcriptoma de sete tecidos (músculo branco, músculo vermelho, hipófise, gônada, rim, fígado e brânquia) de cacharas e híbridos de cachara/pintado foram realizadas para caracterizar o transcriptoma da espécie e prospectar SNPs espécie-específicos. RNA extraído de cada um dos tecidos de 17 cacharas e nove híbridos foi combinado em quantidades equimolares e utilizado para gerar 16 bibliotecas de cDNA: uma biblioteca para cada tecido de cada espécie (n=14) e uma biblioteca contendo todos os tecidos para cada espécie (n=2); as quais foram sequenciadas com tecnologia Illumina com protocolos de sequenciamento de 100 e 300 pb de comprimento. Um total de 997.043.038 fragmentos sequenciados foram processados com os programas Trinity e BWA para montagem do transcriptoma das duas espécies (cachara e híbridos de pintado) e identificação de SNPs, respectivamente. A análise do transcriptoma da cachara revelou um total de 93.674 transcritos únicos, além de 37.917 transcritos tecido-específicos e 7.456 transcritos presentes em todos os tecidos analisados. Um total de 647.954 SNPs foram identificados nas sequências analisadas, sendo que 64 SNPs espécie-especificos foram identificados, satisfazendo critérios de espaçamento e posição nos transcritos analisados, os quais serão adequados para identificar introgressões da ordem de 1,65% entre genomas da cachara e do pintado. Adicionalmente, uma montagem do DNA mitocondrial da cachara foi produzida com base nas sequências de cDNA analisadas e sequências da região controle D-loop geradas com sequenciamento Sanger. O mitogenoma completo da cachara apresentou 16.576 pb de comprimento, e a mesma estrutura básica, ordem e organização gênica observada nos mitogenomas de outras espécies de vertebrados. As informações e conhecimentos gerados neste estudo serão disponibilizadas publicamente, e poderão ser empregadas no desenvolvimento de novos estudos em áreas como filogeografia, sistemática filogenética, genética de populações, conservação e melhoramento da cachara e de outros bagres tropicais. / Pantanal (Brazilian wetlands) cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Brazilian native neotropical catfish historically important for commercial and sport fisheries. Catfish and hybrids aquaculture production showed a growth rate over 100% between 2010 and 2011, reaching 17,619 tonnes. The hybrids generation with pintado (P. corruscans) has been widely used by growers to obtain superior fishes, with hybrid vigor, in addition to pure species superior characteristics. However, this practice is a menace to sustainable catfish aquaculture development hence the hybrids are fertile and can backcross with wild populations and pure broodstocks maintained in captivity. The use of cutting-edge tools is necessary to boost the advanced technologies development for cachara farming, like interspecific introgression detection, and improved bloodstock’s reproduction, monitoring and breeding methods. Initially a minisequencing assay (SNaPshot©) was developed and validated based on specie-specific SNP (Single Nucleotide Polymorphism) tracers available at literature, derived from two mitochondrial genes (16S and COI) and four nuclear genes (RAG2, GLOB, 18 S and EF1α). Additionally, transcriptome analysis of seven tissues (white muscle, red muscle, hypophysis, gonad, kidney, liver and gill) of cachara and hybrids of cachara/pintado were carried to characterize the transcriptome of the species and search for specie-specific SNPs. The RNA extracted from each tissue of 17 cachara and nine hybrids were combined in equimolar quantities and used to generate 16 cDNA libraries: one library, for each tissue of each specie (n=14) and a library containing all tissues of each specie (n=2), which were sequenced with Illumina technology with sequencing protocols of 100 and 300 pb in length. A total of 997,043,038 sequenced fragments were processed with Trinity and BWA programs to transcriptome assembly of two species (cachara and pintado hybrids) and SNPs identification, respectively. The transcriptome analysis of cachara revealed a total of 93,674 unique transcripts, in addition to 37,917 tissue-specific transcripts and 7,456 transcripts present in all analyzed tissues. A total of 647,954 SNPs were identified in the analyzed sequences, amongst them 64 specie-specific SNPs, satisfying spacing and position criteria in the studied transcripts which were suitable for introgression identification in the order of 1.65% between cachara and pintado genome. Besides, a mitochondrial DNA assembly were produced based on the analyzed cDNA and D-loop control region sequences using Sanger sequencing. The cachara complete metagenome showed 16,576 bp in length, and the same basic structure, order and gene organization observed in the metagenomes of other vertebrate species. The novel information and knowledge generated by this study will be public available and can be used in the development of new researches in filo geography, filogenetic systematics, population genetics, cachara and other tropical catfish conservation and breeding.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2015. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2016-02-04T15:52:54Z No. of bitstreams: 1 2015_MarcoAntônioCaldasdeFigueirêdoJúnior.pdf: 2211162 bytes, checksum: 999b7a9af378fd239a06877f9dbd003b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-02-04T15:56:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MarcoAntônioCaldasdeFigueirêdoJúnior.pdf: 2211162 bytes, checksum: 999b7a9af378fd239a06877f9dbd003b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T15:56:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MarcoAntônioCaldasdeFigueirêdoJúnior.pdf: 2211162 bytes, checksum: 999b7a9af378fd239a06877f9dbd003b (MD5) / A comparação de sequências biológicas é uma tarefa importante executada com frequência na análise genética de organismos. Algoritmos que realizam este procedimento utilizando um método exato possuem complexidade quadrática de tempo, demandando alto poder computacional e uso de técnicas de paralelização. Muitas soluções têm sido propostas para tratar este problema em GPUs, mas a maioria delas são implementadas em CUDA, restringindo sua execução a GPUs NVidia. Neste trabalho, propomos e avaliamos o MASA-OpenCL, solução desenvolvida em OpenCL capaz de executar a comparação paralela de sequências biológicas em plataformas heterogêneas de computação. O MASA-OpenCL foi testado em diferentes modelos de CPUs e GPUs, avaliando pares de sequências de DNA cujos tamanhos variam entre 10 KBP (milhares de pares de bases) e 47 MBP (milhões de pares de bases), com desempenho superior a outras soluções existentes baseadas em CUDA. A solução obteve um máximo de 179,2 GCUPS (bilhões de células atualizadas por segundo) em uma GPU AMD R9 280X. Até onde temos conhecimento, esta é única solução implementada em OpenCL que realiza a comparação de sequências longas de DNA, e o desempenho alcançado é, até o momento, o melhor já obtido com uma única GPU. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The comparison of biological sequences is an important task performed frequently in the genetic analysis of organisms. Algorithms that perform biological comparison using an exact method require quadratic time complexity, demanding high computational power and use of parallelization techniques. Many solutions have been proposed to address this problem on GPUs, but most of them are implemented in CUDA, restricting its execution to NVidia GPUs. In this work, we propose and evaluate MASA-OpenCL, which is developed in OpenCL and capable of performing parallel comparison of biological sequences in heterogeneous computing platforms. The application was tested in different families of CPUs and GPUs, evaluating pairs of DNA sequences whose sizes range between 10 KBP (thousands of base pairs) and 47 MBP (millions of base pairs) with superior performance to other existing solutions based on CUDA. Our solution achieved a maximum of 179.2 GCUPS (billions of cells updated per second) on an AMD R9 280X GPU. As far as we know, this is the only solution implemented in OpenCL that performs long DNA sequence comparison, and the achieved performance is, so far, the best ever obtained on a single GPU.

Orientador: Erick da Cruz Castelli / Resumo: Os genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) codificam moléculas envolvidas com a regulação do sistema imune, participando do reconhecimento do que é próprio ou estranho ao indivíduo. O gene HLA-E, parte do MHC, é caracterizado por apresentar baixa, porém, ampla expressão pelos tecidos do corpo. O HLA-E é extremamente conservado e um dos menos polimórficos entre os genes HLA de classe I. A principal função da molécula HLA-E está relacionada ao mecanismo de imunovigilância, através da interação com receptores de células Natural Killer e linfócitos T. Pontos de variação nas regiões regulatórias e codificadora de HLA-E podem alterar sua função através da modificação da expressão gênica ou estrutura da molécula codificada, influenciando a interação com peptídeos e receptores. O presente trabalho propôs a avaliação da variabilidade do segmento estendido do gene HLA-E, incluindo promotor e íntrons, e estrutura de haplótipos por meio de sequenciamento de nova geração ou sequenciamento massivo paralelo. A metodologia foi aplicada para avaliação da variabilidade de 420 amostras do Estado de São Paulo. Considerando um segmento de mais de 7kb, o gene HLA-E mostrou-se conservado, apresentando poucas sequências diferentes e frequentes. Ao todo, 63 pontos de variação foram encontrados e caracterizados em 75 haplótipos estendidos. Foram encontrados 37 haplótipos de região promotora, porém apenas 10 apresentam frequência superior a 1%. Para a região codificadora, foram encont... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Major Histocompatibility Complex (MHC) genes encode molecules involved mainly in recognition of self and non self antigens. The HLA-E gene is characterized by low but wide expression among tissues. Thus far, HLA-E is considered a conserved gene and one of the least polymorphic class I HLA genes. The main HLA-E function is related to immune surveillance by the interaction with natural killer cell receptors and T lymphocytes. Variable sites within the HLA-E regulatory and coding segments may influence gene function by modifying its expression pattern or encoded molecule, thus, influencing its interaction with receptors and the peptide. Here we propose an approach to evaluate de complete HLA-E variability, including promoter and introns segments, and the evaluation of the HLA-E haplotype structure by using massively parallel sequencing, or next-generation sequencing. The methodology was applied to survey the variability of a very admixed population such as Brazilians counting 420 samples of São Paulo State. Considering a segment of about 7kb, the HLA-E gene is indeed conserved with few different and frequent sequences. In general, 63 variable sites were detected, arranged 75 extended haplotypes. We found 37 promoter haplotypes, but only 10 presented a frequency greater that 1%. For the coding region, 27 haplotypes were detected, with 15 representing new HLA-E alleles. Nevertheless, the HLA-E conding alleles did encode mainly two different full-length molecules, known as alle... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre