O vírus respiratório sincicial humano (HRSV) é o principal agente viral causador de doença respiratória em bebês e crianças em idade pré-escolar. A fim de estudar a variabilidade genética de HRSV, grupo B, com inserção de 60 nucleotídeos no gene G, selecionamos amostras de aspirado de nasofaringe de crianças menores de 5 anos de idade, com doença respiratória aguda, admitidas no hospital universitário da Universidade de São Paulo. Testamos 521 amostras, das quais 35,3% foram positivas para HRSV. A região G2 da glicoproteína G foi utilizada para genotipar essas amostras. Todas as amostras do grupo B apresentaram a inserção de 60 nucleotídeos no gene da proteína G, como descrito anteriormente em Buenos Aires, em 1999. As modificações de aminoácidos e nucleotídeos dessas amostras foram comparadas com outras amostras com inserção de 2001-2005. A seqüência de nucleotídeos duplicados foi a cópia exata dos 60 nucleotídeos precedentes em vírus mais antigos, mas as cópias do segmento duplicado acumularam substituições de nucleotídeos em vírus mais recentes. / Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the leading viral cause of respiratory illness in infants and young children. In order to study the genetic variability of HRSV group B, with 60-nucleotide duplication in the gene G, we selected nasopharyngeal aspirates samples of children less than five years of age, with acute respiratory illness admitted in the university hospital of São Paulo (USP). We tested 521 samples and the HRSV-detection test positivity rate was 35.3%. The G2 region of glycoprotein G was used as genotyping default. All type B HRSV had a 60-nucleotide duplication in the attachment protein gene like previously described in Buenos Aires, in 1999. Changes in aminoacids and nucleotides in these samples were compaired with other samples with duplication from 2001-2005. The duplicated nucleotide sequence was an exact copy of the preceding 60 nucleotides in early viruses, but copies of the duplicated segment accumulated nucleotide substituions in more recent viruses.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-21T17:40:13Z No. of bitstreams: 1 Romulo Maciel de Moraes Filho.pdf: 665518 bytes, checksum: 8d31b9ce2391f95c56b834a1cb8d349e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T17:40:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Romulo Maciel de Moraes Filho.pdf: 665518 bytes, checksum: 8d31b9ce2391f95c56b834a1cb8d349e (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Brazil produces around 41 million tons of fruit annually, moving around U.S. $ 11 billion. Currently Brazil is the largest producer of orange with a crop forecast for 2010 exceeding 19 million tons. Regarding the acerola, Brazil is also the biggest producer and the Northeast region has great importance on the national scene, accounting for 60% of the national production. Despite these promising numbers there is a low diversification of cultivars for both crops, and the situation is more alarming for the citrus culture in Northeast region where 95% of production comes from the Pêra variety. The objective of this work was to acess the genetic variability by the use of ISSR Markers between Citrus varieties that were introduced and recommended to the Northeast region by the Embrapa Mandioca e Fruticultura and also to identify and characterize the genetic variability between accessions from Acerola´s Active Germplasm Bank (AGB) located at the Estação Experimental de Cana-de-açúcar de Carpina (EEAC)/UFRPE through RAPD Markers. The ISSR-PCR method allowed the visualization of a total of 167 loci with the use of 15 primers. 162 (97%) loci exhibited polymorphism and five (3%) were monomorphic. According to the analysis of the dendrogram and the genetic similarity matrix, was possible to group the 15 varieties of sweet orange in a single group with 27% diversity between them and 40% over the five other genotypes, consisting of three lemons, a tangerine and a grapefruit. The high degree of polymorphism observed between the group of oranges and the other five accessions suggests a large genetic variability within the genus, which may be particularly useful in breeding programs aiming to develop new rootstocks adapted to many different environmental conditions as well as the identification of promising varieties in terms of production. The fifteen RAPD primers used showed good amplification, identifying 182 markers. Among these markers, 166 showed polymorphism (91.2%) and 16 were monomorphic. The acerola presents great genetic variability, clearly seen in commercial orchards, as a result of extensive seed propagation, which causes non uniform and unproductive orchards. These markers were analyzed using the UPGMA clustering method. The genetic similarity coefficients ranged from 0.56 (005APE and 040CMF access) to 0.90 (028-CMF and 030-CMF and 026-CMF and 027-CMF). The genotypes were classified into two groups, two subgroups and five smaller groups, gathering hits that share chemical, morphological and production characteristics, noting that individuals with higher production of fruits had the lowest levels of vitamin C. It was observed an inverse relationship between the production of vitamin C and productivity, because in general, higher yielding genotypes had lower levels of ascorbic acid, while those that produce fruits rich in vitamin C, have low production of fruit. The analysis of the results revealed, by genetic diversity of the access, that BAG has considerable genetic variability, which may be a source of very important genes in the study of genetic improvement of acerola, enabling proper planning of crosses to be performed, optimizing the genetic combinations higher in the statement of genotypes well adapted to regional environmental conditions. / O Brasil produz em torno 41 milhões de toneladas de frutas anualmente, movimentando cerca de US$ 11 bilhões. Atualmente o Brasil é o maior produtor de laranja com uma previsão de safra para 2010 ultrapassando os 19 milhões de toneladas. No que concerne a aceroleira o Brasil também é o maior produtor mundial tendo a região Nordeste grande destaque no cenário nacional respondendo por 60% da produção do país. Apesar destes dados promissores observa-se baixa diversificação de cultivares para as duas culturas, sendo mais alarmante a situação da citricultura nordestina onde 95% da produção advém do cultivo de variedades do tipo Pêra. Os objetivos deste trabalho foram atestar a variabilidade genética, por meio de marcadores moleculares ISSR, das variedades do gênero Citrus a serem introduzidas e recomendadas para a região Nordeste pela Embrapa Mandioca e Fruticultura, e também caracterizar e identificar a variabilidade genética existente entre os acessos do Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de acerola localizado na Estação Experimental de Cana-de-açúcar de Carpina (EEAC)/UFRPE por meio de marcadores RAPD. A metodologia ISSR-PCR permitiu a visualização de um total de 167 loci com a utilização de 15 primers. Destes 162 (97%) exibiram polimorfismo e 5 (3%) foram monomórficos. De acordo com a análise do dendrograma e da matriz de similaridade genética foi possível agrupar as 15 variedades de laranja doce em um único grupo com 27% de diversidade entre si e 40% em relação aos outros cinco genótipos, formados por três limões, uma tangerina e um pomelo. O alto grau de polimorfismo observado entre o grupo das laranjas e os outros cinco acessos sugere grande variabilidade genética dentro do gênero, o que pode ser particularmente útil em programas de melhoramento vegetal visando desenvolver novas variedades-copa adaptadas às diversas condições ambientais, bem como a identificação de variedades promissoras em termos de produção. Os quinze primers RAPD utilizados apresentaram boa amplificação, identificando 182 marcadores. Destes, 166 demonstraram polimorfismo (91,2%) e 16 foram monomórficos. As aceroleiras apresentam grande variabilidade genética, nitidamente observada nos pomares comerciais, como conseqüência da extensa propagação por sementes, o que gera pomares desuniformes e pouco produtivos. Os marcadores obtidos foram analisados, usando o método de agrupamento UPGMA. Os coeficientes de similaridade genética variaram de 0,56 (acessos 005APE e 040CMF) a 0,90 (028-CMF e 030-CMF e 026-CMF e 027-CMF). Os genótipos estudados foram classificados em dois grandes grupos, dois subgrupos e cinco agrupamentos menores, reunindo os acessos que compartilham características químicas, morfológicas e de produção, constatando que os indivíduos com maior produção de frutos apresentam os menores teores de vitamina C. Observou-se também uma relação inversa entre a produção de vitamina C e a produtividade, pois de um modo geral, genótipos mais produtivos apresentam menores índices de ácido ascórbico, enquanto os que produzem frutos mais ricos em vitamina C, têm baixa produção de fruto. A análise dos resultados revelou, por meio da diversidade genética dos acessos, que este BAG apresenta considerável variabilidade genética, podendo ser fonte de genes muito importantes no estudo de melhoramento genético da cultura, viabilizando um planejamento adequado dos cruzamentos a serem realizados, otimizando as combinações genéticas superiores na indicação de genótipos bem adaptados as condições ambientais regionais.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-22T14:38:08Z No. of bitstreams: 1 Walma Nogueira Ramos Guimaraes.pdf: 1356016 bytes, checksum: 2e17b7c52a1d154c9fad108c417c905f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T14:38:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Walma Nogueira Ramos Guimaraes.pdf: 1356016 bytes, checksum: 2e17b7c52a1d154c9fad108c417c905f (MD5) Previous issue date: 2005-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Twenty-two lima-beans accessions, which compound the Germoplasm Collection of the Agronomy Department of Federal Rural University of Pernambuco (UFRPE), coming from the States of Ceará, Paraíba and Pernambuco, Brazil, were characterized by their morphological and molecular characteristics (RAPD – Random Amplified Polimorphiysm of DNA). In morphological analysis twenty-four characteristics and in the molecular one were used, seventy-six locis RAPD (polymorphic and morphologic). At the first phase was carried out molecular analyses of twenty-two accessions to assess the genetic variability among them, and then, fourteen of these were morphologically and moleculary characterized. The analysis of sample showed the formation of two main groups and four subgroups. We noticed high genetic variability among the twenty-two accessions. The genetically closer genotypes were FA-01 and FA-02, coming from Ceará, with 85.4% similarity, and the less similar were FA-07 and FA-20, coming from Ceará and Pernambuco, respectively, with 35.9% similarity. Related to the morphological characterization of the fourteen accessions, noticed the genotype FA-13 stood out from the others by presenting higher values of seed weight, number of seeds per pod, length and width of pod, while the FA-16 presented lower values of weight ofone hundred seeds, seeds very small, lower number of pod per plant, lower length of pod and lower production. / Os acessos de feijão-fava que compõe a Coleção de Germoplasma do Departamento de Agronomia da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE) oriundos dos Estados do Ceará, Paraíba e Pernambuco, foram caracterizados quanto às características morfológicas e moleculares (RAPDRandom Amplified Polimorphiysm of DNA). Na análise foram utilizados vinte e oito características morfológicas e setenta e seis locos RAPD (polimórficos e monomórficos). Na primeira etapa foi realizada a análise molecular de vinte e dois acessos para avaliar a variabilidade genética entre eles. Quatorze destes acessos foram caracterizados morfológica e molecularmente. A análise de agrupamento mostrou a formação de dois grupos principais e quatro subgrupos, constatou-se elevada variabilidade genética entre os vinte e dois acessos. Os genótipos mais próximos geneticamente foram FA-01 e FA-02, provenientes do Ceará, com grau de similaridade de 85,4% e os mais distantes foram FA-07 e FA-20, provenientes do Ceará e Pernambuco, respectivamente, com grau de similaridade de 35,9%.Quanto à caracterização morfológica dos quatorze acessos, observou-se que o genótipo FA-13 se destacou dos demais por apresentar maiores valores no peso das sementes, no número de sementes por vagem, no comprimento e largura da vagem, enquanto o genótipo FA-16 apresentou menores valores de peso de cem sementes, sementes muito pequenas, menor número de vagem por planta, menor comprimento de vagem e menor produção de semente por planta.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-22T14:47:09Z No. of bitstreams: 1 Wellington Ferreira do Nascimento.pdf: 1352737 bytes, checksum: c5530d45410a097eff05898b4612b59f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T14:47:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wellington Ferreira do Nascimento.pdf: 1352737 bytes, checksum: c5530d45410a097eff05898b4612b59f (MD5) Previous issue date: 2008-05-12 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Rice is the primary food source in many developing countries in the world, primarily for those located in Asian. The Oryza genus has 24 species, but only two are cultivated: O. glaberrima Steud. in the West of Africa and O. sativa L. in all part of the world. Those species are naturally hydrophytes, however the evolutionary process they become adapted for many different ecosystems as lowland and upland. The breeding method used in the last decades increased the narrowing genetic base and the vulnerability of rice cultivation for plagues and diseases. However, it is necessary to use divergent genitors for development of new cultivars. In this context, the characterization of germplasm accesses from bank and collection could bring facilities in order to use them in breeding programs. The aim of this work was characterizer 146 accesses of upland rice Japanese by morphoagronomical traits in order to bring information that could bring facilities for chose genitors in rice breeding programs. In this case, the morphologic mark could give important information about genetic resource by simple, efficient and cheap way. There were studied 14 qualitative traits and 16 quantitative in a randomized blocks design experiment withthee replicates. For the 14 quantitative traits only two were not polymorphic and there was significative difference (P<0.05) for all 16 quantitative traits. The genetic variance was highest than environmental one and the heritability was higher than 80% for the evaluated characters. The genetic variation coefficient varied from 1.81 to 39.58 for different characteristics and b index was highest than 1 for all characters. The results showed that the rice access of UFRPE germplasm collection have great genetic variability and high potential for use in rice breeding programs. / O arroz é fonte primária de alimento em muitos países em desenvolvimento, principalmente naqueles situados no continente asiático. O gênero Oryza tem 24 espécies, mas apenas duas são cultivadas: a O. glaberrima Steud., cultivada no Oeste da África e da Ásia e O. sativa L., cultivada em todo mundo. Estas espécies são naturalmente hidrófilas,entretanto, o processo evolutivo tem levado sua adaptação às mais variadas condições ambientais, abrangendo desde ecossistemas de várzeas até ecossistemas de terras altas. Os métodos de melhoramento empregados nas últimas décadas têm ocasionado o estreitamento da base genética e conseqüente vulnerabilidade da cultura do arroz a pragas e doenças. Portanto, é necessário priorizar a utilização de parentais divergentes para o desenvolvimento de novas cultivares. Neste contexto, a caracterização de acessos disponíveis nos bancos e coleções de germoplasma pode viabilizar a melhor utilização dos mesmos em programas de melhoramento genético. Para tanto, a utilização de marcadores morfológicos disponibiliza informações à cerca dos recursos genéticos de maneira simples, eficiente e de baixo custo. Este trabalho teve por objetivo caracterizar 146 acessos japoneses de arroz de terras altas mantidos na Coleção de Germoplasma da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), com base em caracteres morfoagronômicos, visando disponibilizar informações necessárias que poderão facilitar à escolha de genitores nos programas de melhoramento genético do arroz. Foram estudados 14 caracteres qualitativos e 16 quantitativos em um experimento delineado em blocos casualizados com três repetições. Em relação aos 14 caracteres qualitativos avaliados, apenas dois não foram polimórficos e houve diferença significativa (P<0,05) entre os acessos para todos os 16 caracteres quantitativos. A variância genética foi superior a ambiental e os coeficientes de herdabilidade média foram altos, superior a 80% para as variáveis analisadas. O coeficiente de variação genética variou de 1,81 a 39,58 dependendo da característica e o índice b foi superior a um para todos os caracteres. Os resultados mostraram que os acessos de arroz mantidos na Coleção de Germoplasma da UFRPE apresentam alta variabilidade genética e grande potencialidade para serem utilizados como fonte de genes em programas de melhoramento genético.

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:06:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ivana Cristina Lopes da Cunha.pdf: 2287821 bytes, checksum: b8be5da98e942cd7c40cc08eb0d09841 (MD5) Previous issue date: 2009-05-27 / The most important vector of Dengue virus is Aedes aegypti, an originally African mosquito species. The presence of this vector in the Americas dates back to the 17th-18th centuries; it is thought to have been first introduced into Brazil by the beginning of the 20th century. However, the process of invasion of the continent by Ae. aegypti remains poorly understood, and the relationships between the dynamics of vector introduction/establishment/expansion and dengue epidemiological trends have not been thoroughly assessed. Here we test a series of hypotheses regarding the origins, number, and spatial and temporal dynamics of the invasion of the Americas by Ae. aegypti. Key predictions were tested using a database composed of over 3000 mitochondrial ND4 gene sequences. This database, which was compiled and completed in the course of the project, contains sequences from specimens collected in five regions of the Americas (from the United States to southern Brazil), in Africa, and in Asia. Analyses covered the following subjects: (i) genetic diversity; (ii) spatial patterns of haplotype occurrence; (iii) genealogical and phylogenetic relationships; (iv) population genetic structuring; and (v) historical demography. Results suggest two major, probably old events of Ae. aegypti introduction into the Americas. Both involved the early arrival of moderately divergent African populations to the Caribbean and North-Mesoamerica. One of these lineages dispersed to Venezuela and spread southwards in two invasion waves. The first wave reached northern Amazonia, where some sub-populations became isolated; we suggest that the spread of these vectors was involved in the first American dengue pandemic (1824-1828). The second, much more recent wave resulted in the colonization of most of South America by this lineage. In contrast, the second major lineage reached South America by the Brazilian Southeastern region, and dispersed northwards during the second pandemic (1845-1851); the persistence of this lineage in Brazil suggests that xi eradication campaigns were never completely successful. The secondary encounter of the descendants of both major lineages gave rise to the often-reported pattern of high genetic diversity. The data suggest that passive vector dispersal and the effects of control interventions on local populations produce a pattern of strong genetic structuring. The recent evolution of dengue epidemiological patterns in Brazil suggests that health sector reform and decentralization in the 1990s limited the efficacy of control interventions. We finally suggest how the results of studies on vector genetics can be incorporated into the design of better control-surveillance strategies; they can help identify more invasive or more diverse vector populations, or help define critical locations for entomological surveillance and control. Our data show how these interventions should be pursued even in localities already infested by the vector. We have developed, making use of data on population genetic variability, a comprehensive proposal on the process of invasion of the Americas by Ae. aegypti, and tentatively established the correspondence between the patterns of genetic diversity of this vector species and the spatial and temporal dynamics of dengue epidemiology in Brazil / O principal vetor do vírus Dengue é o Aedes aegypti, uma espécie originária da África. A presença do vetor nas Américas data dos séculos XVII-XVIII; a primeira introdução no Brasil aconteceu, provavelmente, no início do século XIX. Contudo, o processo de invasão do continente por Ae. aegypti ainda é mal compreendido, e as relações entre as dinâmicas de introdução/estabelecimento/expansão do vetor e as tendências epidemiológicas da doença não têm sido avaliadas de forma detalhada. Neste trabalho testamos uma série de hipóteses sobre as origens, número e dinâmicas espaciais e temporais da invasão das Américas por Ae. aegypti. As predições-chave foram testadas utilizando uma base de mais de 3000 seqüências de um fragmento do gene ND4 mitocondrial. Esta base, compilada e completada durante o desenvolvimento deste projeto, contém dados de espécimes de cinco regiões das Américas (desde os Estados Unidos até o Sul do Brasil), da África e da Ásia. As análises incluíram os seguintes aspectos: (i) diversidade genética; (ii) padrões espaciais de ocorrência de diferentes haplótipos; (iii) relações genealógicas e filogenéticas; (iv) estruturação genética populacional; e (v) demografia histórica. Os resultados sugerem dois eventos principais, provavelmente antigos, de introdução de Ae. aegypti nas Américas. Ambos envolveram a chegada inicial de populações africanas moderadamente diferenciadas à região do Caribe/Norte-Mesoamérica. Uma destas linhagens se dispersou até a Venezuela e avançou para o sul em duas ondas. A primeira onda alcançou o norte da Amazônia, onde algumas sub-populações ficaram isoladas; sugerimos que a dispersão destes vetores foi a responsável pela primeira pandemia americana de dengue (1824-1828). A segunda onda, muito mais recente, resultou na colonização de grande parte da América do Sul. A segunda linhagem, pelo contrário, alcançou o continente Sul-americano pelo Sudeste do Brasil, e se dispersou em direção norte durante a segunda pandemia (1845- ix 1851); a persistência desta linhagem no país sugere que as campanhas de erradicação nunca alcançaram seu objetivo. O encontro secundário dos descendentes das duas linhagens principais é responsável pelo padrão repetidamente reportado de alta diversidade genética das populações locais. Os dados sugerem que a dispersão passiva do vetor e os efeitos das ações de controle geram um padrão de forte estruturação genética. Em conjunto, os dados genéticos e a evolução recente do perfil epidemiológico da dengue no Brasil indicam que a efetividade das intervenções de controle se viu comprometida pelo processo de descentralização do sistema de saúde nos anos 1990. Finalmente, mostramos como os resultados das análises genéticas podem ajudar no desenho de melhores estratégias de controle e vigilância; eles podem ajudar a identificar sub-populações mais invasivas ou mais diversas do vetor, ou a definir pontos críticos para o controle-vigilância entomológicos. Os dados sugerem que estas intervenções serão importantes inclusive em localidades já colonizadas pelo vetor. Em definitiva, temos desenvolvido, utilizando dados sobre variabilidade genética populacional, uma proposta capaz de dar conta do processo de invasão das Américas por A. aegypti e estabelecido as possíveis correspondências entre os padrões de diversidade genética desta espécie de vetor e as dinâmicas espaciais e temporais da epidemiologia da dengue no Brasil.

Submitted by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-29T20:45:54Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - João Antônio Mendonça -2011.pdf: 2757784 bytes, checksum: 8c07f20bc55c258d83ea87079a116f8f (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-29T20:46:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - João Antônio Mendonça -2011.pdf: 2757784 bytes, checksum: 8c07f20bc55c258d83ea87079a116f8f (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-29T20:46:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - João Antônio Mendonça -2011.pdf: 2757784 bytes, checksum: 8c07f20bc55c258d83ea87079a116f8f (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-08-26 / The Embrapa Rice Core Collection (ERICC) was established aiming to represent the genetic variability of the rice Genebank of Embrapa Rice and Beans. The agronomic and molecular characterization of 550 accessions from ERICC enabled to know the extension of the genetic variability of this collection. The molecular data from ERICC genotyping using 86 SSR markers were used to set up a sub-sample, known as Mini-ERICC, which was assembled with the 24 accessions with higher average genetic distance, 12 from upland and 12 from lowland accessions. Since the Mini-ERICC represents a large part of the rice genetic variability from Brazil, the crossings among its accessions could create several new allelic combinations. This dissertation aimed to determine, by means of diallel crosses from Mini-ERICC lowland accessions, plus four additional genotypes from ERICC, the estimates of genitor effect, genitor heterosis, Specific Combining Ability (SCA), General Combining Ability (GCA) and the correlation between heterosis and molecular genetics distance. The 16 genitors and 120 F1 hybrids were evaluated by 10 traits in a field experiment using a 12 x 12 Lattice experimental design. It was possible to identify crosses with high SCA for all traits. These information will be useful in planning new broad genetic basis crosses, aiming new hybrid combinations and the development of populations to extract genetically divergent inbred lines in relation to those currently selected in Brazilian rice breeding programs.The 33 hybrid combinations that did not differ the productivity in relation to high-yielding genitors and controls (P<0,05) indicated that crosses involving at least one less adapted genitor are able to generate favorable allele combinations to breeding programs. The RW genetic distance between genitors from hybrid combinations was positively correlated to traits plant height, panicle length, spikelet number, and negatively correlated to percentage of filled grains and yield. The crossings with rice must prioritize, initially, the maximization of rice genetic variability, and at the end, the development of lines and cultivars with new favorable allele and allele combinations, resulting in a reduction of the rice vulnerability to biotic and abiotic stresses, increasing the yield and the food security of the Brazilian population. / A Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa (CNAE) foi estabelecida inicialmente com a finalidade de representar a variabilidade genética presente no seu Banco Ativo de Germoplasma de arroz. A caracterização agronômica e molecular dos 550 acessos componentes da CNAE permitiu conhecer a extensão da variabilidade genética dessa coleção. Os dados moleculares obtidos por 86 marcadores SSR fluorescentes foram utilizados para a montagem de uma sub-amostra, a Mini-CNAE, composta pelos 24 acessos com maior distância genética média, sendo 12 do sistema de cultivo de sequeiro e 12 do sistema de cultivo irrigado. Como a Mini-CNAE reúne grande parte da variabilidade genética disponível para a cultura do arroz no Brasil, o cruzamento entre seus acessos componentes poderia viabilizar o surgimento de novas e diversas combinações alélicas. A presente dissertação objetivou determinar, via cruzamentos em dialelo dos acessos irrigados da Mini-CNAE, além de quatro outros acessos da CNAE, as estimativas do efeito de genitor, da heterose de genitor, da capacidade específica de combinação (CEC), da capacidade geral de combinação (CGC) e da correlação entre a heterose e distância genética molecular. Os 16 genitores e os 120 híbridos F1 foram avaliados para 10 caracteres em experimento em láttice triplo 12 x 12. Foi possível identificar cruzamentos com alta CEC para todos os caracteres. Essas informações serão úteis para orientar novos cruzamentos de base genética ampla objetivando novas combinações híbridas e desenvolvimento de populações para extração de linhagens geneticamente divergentes das selecionadas atualmente por programas nacionais de melhoramento genético do arroz. As 33 combinações híbridas cuja produtividade não diferiu das testemunhas e genitores mais produtivos (P<0,05), indicaram que cruzamentos envolvendo ao menos um genitor menos adaptado são capazes de gerar combinações alélicas favoráveis para o programa de melhoramento genético. A distância genética Rogers-W entre genitores das combinações híbridas foi correlacionada positivamente com as variáveis altura de plantas, comprimento de panículas e número de espiguetas, e negativamente com porcentagem de grãos cheios e produtividade. Os cruzamentos de arroz devem privilegiar , em um primeiro momento, a maximização da variabilidade genética do arroz, e ao final, a obtenção de linhagens e cultivares com alelos e combinações alélicas favoráveis inéditas, resultando na diminuição da vulnerabilidade da cultura frente a estresses bióticos e abióticos, aumentando a produtividade e a segurança alimentar da população brasileira.

O gênero Ctenomys (família Ctenomyidae) compreende 50 a 60 espécies de animais conhecidos popularmente como tuco-tucos. De hábito fossorial, este grupo representa os mamíferos dominantes na exploração do nicho subterrâneo na Região Neotropical. A distribuição das espécies é bastante fragmentada, influenciada por vários fatores limitantes como barreiras ecológicas e geográficas. Seu pequeno poder de dispersação (baixa vagilidade) causa uma restrição ao fluxo gênico. Ctenomys minutus, a espécie alvo deste trabalho, habita campos arenosos e dunas da Planície Costeira do Sul do Brasil, do Rio Grande do Sul até Santa Catarina. Uma interessante característica da espécie é a ampla variação cariotípica, apresentando onze diferentes cariótipos. A fixação destes polimorfismos, bem como a distribuição desta espécie, estão amplamente relacionada a história de formação geológica da região que habita, especialmente a existência de barreiras geográficas. Atualmente, cruzando a área norte de sua distribuição encontram-se a rodovia RS 030, uma via de ligação do interior do estado ao litoral, e o Rio Mampituba, uma barreira geográfica de origem recente. A fim de entender os níveis de fluxo gênico entre populações de Ctenomys minutus e testar a efetividade destas barreiras, este trabalho utilizou quatro loci de microssatélites como marcadores moleculares na determinação da estrutura genética das populações Foram selecionados seis locais de estudo correspondentes a seis populações ao longo da distribuição da espécie. Quatro pontos estão próximos ao Município de Osório e correspondem a duas populações que margeiam a RS 030, Campo Amaral e Campo Weber, ambos situados a uma distância de menos de 100 metros em lados opostos da rodovia (distantes entre si em 1Km), e a Maribo A e Maribo B, populações sem barreira aparente entre si (afastadas em 700m). Outros dois locais estão localizados nos municípios de Torres (RS) e Sombrio (SC) correspondendo as populações do Parque da Guarita e da Praia da Gaivota, respectivamente. Estão separados pelo Rio Mampituba e distantes em 25Km. A obtenção de um fragmento de pele da cauda para posterior extração de DNA foi realizada com a captura dos animais (auxílio de armadilhas do tipo oneida-vitor nº0), retirada do material e devolução dos animais vivos à toca de origem. A amostra contou com 227 indivíduos, sendo 50 para a população de Weber, 50 para Maribo A, 52 para Amaral, 38 para Maribo B,19 para Gaivota e 18 para Torres. Na amplificação dos quatro loci de microssatélites foram empregados primers descritos para a espécie co-genérica C. haigi, obtendo-se ao todo 27 diferentes alelos. A análise das freqüências destes alelos indicou subestruturação populacional nas amostras através de altos valores de Fis baixa heterozigosidade observada e alta probabilidade de subdivisão na análise para a probabilidade do número de populações Os valores de Fst revelaram isolamento entre as populações e, analisados em relação a disposição geográfica entre os locais de coleta, mostraram um padrão de isolamento pela distância. Foram também avaliadas as populações par a par para determinação do isolamento entre elas e níveis de fluxo gênico. Quando analisadas Maribo A e Maribo B observou-se baixo isolamento, com níveis de fluxo da ordem de 1,082 indivíduos/geração para estas populações não separadas por barreiras. Os resultados obtidos para a análise de Torres e Gaivota foram indicadores de alto isolamento, com número de migrantes não efetivo. Para Weber e Amaral obteve-se a menor estruturação, sendo o número de migrantes de 6,33 indivíduos por geração. Acerca destes resultados fica evidenciada a efetividade do Rio Mampituba como barreira ao fluxo gênico entre as populações de Ctenomys minutus de lados opostos de suas margens. Para a RS 030, não houve indicação de sua efetividade como barreira ao fluxo gênico, nem de queda na variabilidade genética das populações próximas quando comparadas às demais populações. Os valores de Fst e número de migrantes, no entanto, sugerem a existência de uma única população inicial atualmente dividida pela presença da rodovia.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-09-21Bitstream added on 2014-06-13T20:24:20Z : No. of bitstreams: 1 thuler_amg_dr_jabo.pdf: 1407432 bytes, checksum: d7e6ed286b2d4a2ad8e9b2120b24b7ca (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O trabalho foi desenvolvido no Laboratório de Genética de Bactérias e Biotecnologia Aplicada (LGBBA) da FCAV-UNESP. Foram caracterizados geneticamente, por PCR, isolados de Bacillus thuringiensis, provenientes de três coleções brasileiras, quanto aos tipos de genes cry1, avaliando-se o efeito dos mesmos sobre uma população de Plutella xylostella caracterizando-se também os isolados de B. thuringiensis quanto à presença de enterotoxinas HBL, NHE e o regulador pleitrópico PLC, por verificação biomolecular, avaliando a variabilidade, bem como a estruturação genética de populações de B. thuringiensis, por PCR-RFLP. Verificou-se que existe uma distribuição homogênea das subclasses cry1 dentro do banco de isolados de B. thuringiensis, com maior porcentagem de isolados portadores dos genes cry1Ab (42,12%) e com menor porcentagem de representantes da subclasse cry1Db (0,6%). Nos bioensaios observou-se 100% de mortalidade para lagartas de P. xylostella com os isolados utilizados, indicando que combinações de tipos diferentes de genes cry1 apresentam ação tóxica para larvas de P. xylostella. Analisando a estrutura populacional de B. thuringiensis foram obtidos 78 haplótipos, definidos para as populações das diferentes coleções, e 76 haplótipos, definidos para as populações de diferentes regiões brasileiras, retratando a variabilidade genética para os loci hblA, plcR, nheBC e cry1 analisados. Segundo valores FSTs, de comparação duas a duas, diferenças significativas entre coleções e populações de B. thuringiensis provenientes das regiões brasileiras foram verificadas. Mesmo assim, alguns grupos formados são constituídos por uma população clonal de isolados da bactéria. / The work was developed in the Laboratory of Bacterias’ Genetics and Applied Biotechnology (LGBBA) at UNESP/ Jaboticabal Campus. There were genetically characterized, by PCR, isolates of B. thuringiensis, belonging to three Brazilian collections basead on cry1 gene content, evaluating their effects on Plutella xylostella. They were also characterized concerning their enterotoxins production such as HBL, NHE and the PLC virulence factor, using molecular techniques, so as to evaluate their gene diversities, as well as their population genetic, using the PCR-RFLP approach. It was observed a homogeneous distribution of the cry1 subclasses within B. thuringiensis strain collections studied, with bigger percentage of isolates showing the cry1Ab genes (42.12%) and with lower percentage of isolates for subclass cry1Db (0.6%). The bioassays have revealed 100% mortality to P. xylostella larvae meaning that the effectiveness of B. thuringiensis as a biological control agent does not depend at the cry genes content. When the B. thuringiensis population structure was considered, 78 haplotypes were defined for the strains contents of different collections and 76 haplotypes were defined for strains of different Brazilian regions, exhibiting the great genetic variability for hblA, plcR, nheBC and cry1 loci. According to the FSTs values for establish pair comparisons, significant differences among the B. thuringiensis collections and populations, were observed. Nevertheless some of the formed groups were considered as bacterial clonal population.

Submitted by Socorro Pontes (socorrop@ufersa.edu.br) on 2017-03-02T14:51:05Z No. of bitstreams: 1 ChristianeMCR_TESE.pdf: 1824459 bytes, checksum: 8d67db5817b6096ad2d44e2a3043a10d (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-03-21T15:02:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ChristianeMCR_TESE.pdf: 1824459 bytes, checksum: 8d67db5817b6096ad2d44e2a3043a10d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T15:02:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ChristianeMCR_TESE.pdf: 1824459 bytes, checksum: 8d67db5817b6096ad2d44e2a3043a10d (MD5) Previous issue date: 2016-03-03 / Emepa - Empresa Estadual de Pesquisa Agropecuária / The social and economic importance of yellow mombin is due to the marketing of its raw fruits and derivatives. The non-existence of commercial clones and the high plant size are the main obstacles to its rational cultivation being necessary to make the cloning a viable instrument through the interspecific rootstocks in order to downsize the plants heights. Studies done with yellow mombin grafted onto rootstocks of yellow mombin and hog-plum did not markedly downsize the plant height but these clones were not evaluated in other enviroments. The yellow mombin shows potential for remedies. In the pharmaceutical industry it is used as phytotherapics against the Herpes virus. In works done with this species some bioactive compounds were found in the leaves such as flavonoids and tannins. Although this potential, some researches on chemical characterization and genetic diversity among genotypes are incipient. The objective of this study was to evaluate the vegetative growth of yellow mombin clones grafted onto interspecific rootstocks in different environments and the genetic diversity as to bioactive compounds among accessions of the Emepa-PB´s germplasm bank. In order to evaluate the clones development two trials with a completely randomized block design were performed. The trial 1 was conducted in a 3 x 4 x 3 factorial design with four repetitions, totaling 36 treatments, being three different interspecific rootstocks with yellow mombin (S. mombin), hog-plum (S. tuberosa) and coarse mombin (S. venulosa), four graftings of yellow mombin clones (Itaitinga, Gereau, Lagoa Redonda and Genipabu) and three different places (João Pessoa, PB, Ipanguaçu, RN and Itabuna, BA). The trial 2 was conducted in a 4 x 3 factorial design, with four repetitions, totaling 12 treatments. Three graftings of yellow mombin (Emepa 8.2, Emepa 8.6 and Emepa 20) obtained from the grafting between yellow mombin clones, grafted onto yellow mombin, plus one genotype of ungrafted yellow mombin, were used in the same places. The evaluated variables for the two trials at the 8, 39 and 46 months old were plant height, stem circumference, crown spread, crown format, number of branches and percentage of dead plants. The conclusions are that the environment, the grafting and the rootstocks did not influence the size and vigor of the clones allowing the identification of the morphological characteristics variations in each environment; that in Trial 1, for the three enviroments, the graftings of yellow mombin onto yellow mombin, hog-plum and coarse mombin rootstocks did not form clones with ideal sizes so that they cannot be recommended for commercial plantation; that in Trial 2, in the three enviroments, the Emepa 8.2 showed smaller size, bigger crown spread, major number of branches, 100% crown in a spread format and it can be recommended for new studies and later multiplication for commercial plantation. Leaves and barks of 27 yellow mombin accessions of the Emepa´s germplasm bank, in João Pessoa, PB, were used. The extractions were performed with methanol and the identification and quantification of bioactive compounds were checked through the High-Performance Liquid Chromatography (HPLC). For the grouping of accessions were used the Principal Components Analysis (PCA) and the UPGMA method. The standardized Euclidean distancewas used as a measure of genetic diversity. Rutin, quercetin, ellagic acid and geraniin compounds were quantified in leaves and ellagic acid and geraniin compounds were quantified inbarks. The highest amounts were found in leaves. Seven groups were formed. The accession group A3 was the most divergent with high amounts of rutin, quercetin and ellagic acid in leaves. The conclusion is that there is variability among accessions and it must be preserved and exploited through the genetic improvement programs / A importância socioeconômica da cajazeira é devido à comercialização dos frutos e do consumo de seus derivados. A inexistência de clones comerciais e o porte alto da planta constituem-se em entraves ao seu cultivo racional, necessitando viabilizar a clonagem com porta-enxertos interspecíficos visando reduzir o porte das plantas. Estudos realizados com a cajazeira enxertada na própria espécie e em umbuzeiro não demonstraram a diminuição significativa do porte da planta. No entanto, esses clones não foram avaliados em outros ambientes. A cajazeira apresenta potencial para medicamentos. Na indústria farmacêutica é utilizada como fitoterápico contra o vírus do Herpes. Em trabalhos realizados por outros pesquisadores, foram identificados compostos bioativos nas folhas tais como flavonoides e taninos. Apesar desse potencial, as pesquisas sobre a caracterização química e a divergência genética entre os genótipos são incipientes. O objetivo deste trabalho foi avaliar o desenvolvimento de clones de cajazeira enxertados sobre porta-enxertos interespecíficos em diferentes ambientes e a diversidade genética quanto a compostos bioativos entre acessos do banco de germoplasma da Emepa-PB. Para avaliação do desenvolvimento dos clones, foram realizados dois ensaios em delineamento inteiramente casualizado. O Ensaio 1 foi conduzido em esquema fatorial 3 x 4 x 3, com quatro repetições, totalizando 36 tratamentos, sendo três porta-enxertos interespecíficos com cajazeira (S. mombin), umbuzeiro (S. tuberosa) e cajazeira-grande (S. venulosa), quatro enxertos de clones de cajazeira (Itaitinga, Gereau, Lagoa Redonda e Genipabu), e três locais (João Pessoa, PB, Ipanguaçu, RN e Itabuna, BA). O Ensaio 2 foi conduzido em esquema fatorial 4 x 3, com quatro repetições, totalizando 12 tratamentos. Foram utilizados três exertos de acessos de cajazeira (Emepa 8.2, Emepa 8.6 e Emepa 20) enxertados sobre cajazeira, mais um pé-franco de cajazeira, nos mesmos locais. As variáveis avaliadas, aos 8, 39 e 46 meses de idade, para os Ensaios 1 e 2, foram altura de planta, perímetro de caule, largura e formato de copa, número de ramos e mortalidade de plantas. Concluiu-se que o ambiente, os enxertos e os porta-enxertos de espécies de Spondias influenciaram no desenvolvimento dos clones, permitindo identificar variabilidade nas características morfológicas em cada ambiente; no Ensaio 1, nos três ambientes, a enxertia da cajazeira sobre porta-enxertos de cajazeira, cajazeira-grande e umbuzeiro não formaram clones com porte ideal para recomendação comercial; no Ensaio 2, nos três ambientes, o clone Emepa 8.2 apresentou menor porte, maior largura de copa, maior número de ramos e 100% de formato de copa esgalhada, podendo ser recomendado para novos estudos e posterior multiplicação para exploração comercial. Para avaliação da diversidade genética, foram utilizadas folhas e cascas de cajazeira de 27 acessos do banco de germoplasma da Emepa, em João Pessoa, PB. As extrações foram realizadas com metanol e a quantificação foi determinada por Cromatografia Líquida de Alta Eficiência (CLAE). Para o agrupamento dos acessos utilizou-se a Análise de Componentes Principais (ACP) e o método aglomerativo UPGMA. Foi utilizada a distância euclidiana média padronizada como medida de dissimilaridade genética. Foram quantificados nas folhas os compostos rutina, quercetina, ácido elágico e geraniina e foram quantificados nas cascas os compostos ácido elágico e geraniina. Os maiores valores foram obtidos nas folhas. Foram formados 7 grupos. O acesso A3 foi o mais divergente com valores elevados de rutina, quercetina e geraniina nas folhas. Concluiu-se que há variabilidade entre os acessos e que esta deve ser preservada e explorada em programas de melhoramento genético / 2017-02-24

O gênero Ctenomys (família Ctenomyidae) compreende 50 a 60 espécies de animais conhecidos popularmente como tuco-tucos. De hábito fossorial, este grupo representa os mamíferos dominantes na exploração do nicho subterrâneo na Região Neotropical. A distribuição das espécies é bastante fragmentada, influenciada por vários fatores limitantes como barreiras ecológicas e geográficas. Seu pequeno poder de dispersação (baixa vagilidade) causa uma restrição ao fluxo gênico. Ctenomys minutus, a espécie alvo deste trabalho, habita campos arenosos e dunas da Planície Costeira do Sul do Brasil, do Rio Grande do Sul até Santa Catarina. Uma interessante característica da espécie é a ampla variação cariotípica, apresentando onze diferentes cariótipos. A fixação destes polimorfismos, bem como a distribuição desta espécie, estão amplamente relacionada a história de formação geológica da região que habita, especialmente a existência de barreiras geográficas. Atualmente, cruzando a área norte de sua distribuição encontram-se a rodovia RS 030, uma via de ligação do interior do estado ao litoral, e o Rio Mampituba, uma barreira geográfica de origem recente. A fim de entender os níveis de fluxo gênico entre populações de Ctenomys minutus e testar a efetividade destas barreiras, este trabalho utilizou quatro loci de microssatélites como marcadores moleculares na determinação da estrutura genética das populações Foram selecionados seis locais de estudo correspondentes a seis populações ao longo da distribuição da espécie. Quatro pontos estão próximos ao Município de Osório e correspondem a duas populações que margeiam a RS 030, Campo Amaral e Campo Weber, ambos situados a uma distância de menos de 100 metros em lados opostos da rodovia (distantes entre si em 1Km), e a Maribo A e Maribo B, populações sem barreira aparente entre si (afastadas em 700m). Outros dois locais estão localizados nos municípios de Torres (RS) e Sombrio (SC) correspondendo as populações do Parque da Guarita e da Praia da Gaivota, respectivamente. Estão separados pelo Rio Mampituba e distantes em 25Km. A obtenção de um fragmento de pele da cauda para posterior extração de DNA foi realizada com a captura dos animais (auxílio de armadilhas do tipo oneida-vitor nº0), retirada do material e devolução dos animais vivos à toca de origem. A amostra contou com 227 indivíduos, sendo 50 para a população de Weber, 50 para Maribo A, 52 para Amaral, 38 para Maribo B,19 para Gaivota e 18 para Torres. Na amplificação dos quatro loci de microssatélites foram empregados primers descritos para a espécie co-genérica C. haigi, obtendo-se ao todo 27 diferentes alelos. A análise das freqüências destes alelos indicou subestruturação populacional nas amostras através de altos valores de Fis baixa heterozigosidade observada e alta probabilidade de subdivisão na análise para a probabilidade do número de populações Os valores de Fst revelaram isolamento entre as populações e, analisados em relação a disposição geográfica entre os locais de coleta, mostraram um padrão de isolamento pela distância. Foram também avaliadas as populações par a par para determinação do isolamento entre elas e níveis de fluxo gênico. Quando analisadas Maribo A e Maribo B observou-se baixo isolamento, com níveis de fluxo da ordem de 1,082 indivíduos/geração para estas populações não separadas por barreiras. Os resultados obtidos para a análise de Torres e Gaivota foram indicadores de alto isolamento, com número de migrantes não efetivo. Para Weber e Amaral obteve-se a menor estruturação, sendo o número de migrantes de 6,33 indivíduos por geração. Acerca destes resultados fica evidenciada a efetividade do Rio Mampituba como barreira ao fluxo gênico entre as populações de Ctenomys minutus de lados opostos de suas margens. Para a RS 030, não houve indicação de sua efetividade como barreira ao fluxo gênico, nem de queda na variabilidade genética das populações próximas quando comparadas às demais populações. Os valores de Fst e número de migrantes, no entanto, sugerem a existência de uma única população inicial atualmente dividida pela presença da rodovia.