Ctenomys minutus é um roedor subterrâneo que ocorre em uma estreita faixa da Planície Costeira dos Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, apresentando onze diferentes números cariotípicos (2n = 42, 46a, 46b, 47a, 47b, 48a, 48b, 49a, 49b, 50a e 50b). Os esforços deste trabalho se concentraram em caracterizar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre diferentes populações de C. minutus em associação com a distribuição geográfica e os polimorfismos cromossômicos das populações. A estrutura genética geográfica de C. minutus foi avaliada através de 407pb da região controladora do DNA mitocondrial (mtDNA), em toda a distribuição geográfica da espécie, e através de cinco loci de microssatélites para espécimes distribuídos desde as proximidades das cidades de Mostardas até Jaguaruna. Foram encontrados 34 haplótipos pela análise de 187 indivíduos através do mtDNA e 65 alelos em 202 espécimes para os dados de microssatélites. Grande parte dos haplótipos encontrados está retrita a uma única população, sendo que os compartilhados ocorrem entre populações vizinhas pertencentes a zonas híbridas intra-específicas. As análises de diferenciação genética foram consistentes com o modelo simples de isolamento pela distância (r = 46.98%, P = 0.00; r = 34.86%, P = 0.039), através dos dados de mtDNA e loci de microssatélites, respectivamente. Um possível padrão de expansão populacional recente foi rejeitado através dos testes de neutralidade de FS de Fu e D de Tajima (Fs = - 1.676, P = 0.36; D = 0.696; P = 0.81) e o gráfico de distribuição de mismatch. Os resultados indicaram que, em geral, as populações encontram-se fortemente estruturadas, apresentando baixos níveis ou ausência de fluxo gênico (valor global para mtDNA: FST = 0.8561). Para os dados de microssatélites a maior parte das comparações de fluxo gênico pareadas entre as populações foram significativamente divergentes, com 56.36% e 72.72% dos valores de FST e RST maiores do que 0.15, respectivamente. Os espécimes estudados, provavelmente, não são pertencentes a uma população panmítica, e as potenciais barreiras geográficas, como rios, encontrados ao longo da Planície Costeira dos Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina parecem não ter agido, até o momento, como barreiras efetivas ao fluxo gênico entre diferentes populações de C. minutus de acordo com os dados de mtDNA. Os diferentes cariótipos compartilhados por esta espécie também parecem não representar barreiras efetivas ao fluxo gênico, com exceção do sistema “b” (2n = 46b, 47b, 48b, 49b and 50b) que forma um agrupamento separado, com seus portadores não hibridizando com os de outros cariótipos. Os resultados obtidos para C. minutus neste estudo confirmam alguns pressupostos para roedores subterrâneos, como pequenas populações fragmentadas associadas com baixos níveis de dispersão dos indivíduos com hábitos tipicamente solitários. / The subterranean rodent Ctenomys minutus occurs in a narrow stretch of the Brazilian coastal plain in the states of Rio Grande do Sul and Santa Catarina, showing eleven different karyotypes (2n = 42, 46a, 46b, 47a, 47b, 48a, 48b, 49a, 49b, 50a and 50b). In this work the effort was focalized on the genetic variability characterization and gene flow of different C. minutus populations in association with the geographical distribution and chromosomal polymorphisms of the populations. The geographical genetic structure of C. minutus was accessed using 407 pb of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, for all range distribution of this species, and five microsatellite loci from specimens distributed from the areas of the town from Mostardas to Jaguaruna. 34 haplotypes were found in the analysis of 187 individuals for mtDNA, and 65 alleles for the 202 specimens for the microsatellite data. Most of the haplotypes were exclusive and the shared ones were observed among populations in the same intra-specific hybrid zone. The analysis of genetic differentiation were consistent with a simple model of isolation by distance (r = 46.98%, P = 0.00; r = 34.86%, P = 0.039) accordingly to mtDNA and microssatelite data, respectively. A pattern of recent population expansion was rejected according to the Fu’s FS and Tajima’s D neutrality tests (Fs = - 1.676, P = 0.36; D = 0.696; P = 0.81) and the mismatch distribution analysis. Results indicated that the most of the populations are strongly structured, having low levels or absence of gene flow (global mtDNA FST = 0.8561). For the microsatellite data most of the pairwise population gene flow comparisons were significantly divergent, with 56.36% and 72.72% of the FST and RST values being longer than 0.15, respectively. The specimens studied probably do not belong to a panmictic population, and the potential geographical barriers, like rivers, along the coastal plain of Rio Grande do Sul and Santa Catarina do not seem to be effective barriers to gene flow among populations of C. minutus, until this moment, according to the mtDNA. Likewise, the different karyotypes observed for this species do not represent effective barriers to reproduction, with the exception of the “b” system (2n = 46b, 47b, 48b, 49b and 50b), which forms a separate cluster and whose carriers do not hybridize with those of the other karyotypes. These results confirm some predictions for subterranean rodents such as small and fragmented populations associated with low levels of adult dispersal, with typically solitary habits.

Lima bean (Phaseolus lunatus L.) is one of the four major important grain legumes in Brazil. The occurrence of diseases has difficulted its culture and has affected grain quality of this crop. Among the most important diseases are the viruses, especially those generated from Geminivirus. The high severity of the Geminiviruses diseases is especially due to both the absence of pathogen resistance varieties and increase in the population of a new biotype (biotype B), of the insect vector, commonly named whitefly (Bemisia tabaci). This biotype transmitis the virus more efficiently and it presents a host range larger than biotype A. The present estudy objected the detection, molecular characterization and analisys of the genetic diversity of Begomovirus isolates that infects lima bean plats in Alagoas and Pernambuco States. The detection was realized by PCR technique utilizing as a mold DNA extracted from plants presenting symptoms of geminivirus infection which were colleted from seven locations of Alagoas and one of Pernambuco. It was identified Begomovirus infection in seventeen collected samples. The analisys of genetic diversity, based in PCR-RFLP, revealed that exists diversity among the isolates of Begomovirus that were infecting these plants. According to differences in the patterns of bands generated by PCR-RFLP, it was chosen three isolates (fava Maceió, fava Recife and fava União dos Palmares), in an attempt to sequence analysis. The comparison of the obtained sequences with other deposited in GenBank/NCBI allowed the classification of these isolates as Bean golden mosaic virus, the last one being the first report of infection caused this species in lima bean plants in Alagoas and Pernambuco State. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / A fava (Phaseolus lunatus L.) está entre as quatro espécies de leguminosas de grãos mais importantes no Brasil. A ocorrência de doenças tem dificultado o cultivo e afetado a qualidade dos grãos dessa cultura. Entre as doenças mais importantes, estão as viroses, destacando-se aquelas ocasionadas por Geminivirus. A alta severidade das doenças causadas por geminivírus, deve-se principalmente à ausência de variedades resistentes ao patógeno e também ao aumento populacional de um novo biótipo (biótipo B) do inseto vetor, vulgarmente denominado, "mosca branca" (Bemisia tabaci). Este biótipo transmite o vírus mais eficientemente e apresenta uma gama de hospedeiros mais ampla do que o biótipo A. O presente trabalho teve como objetivos principais a detecção, caracterização molecular e a análise da diversidade genética de isolados de Begomovirus que infectam plantas de fava no Estado de Alagoas e Pernambuco. A detecção foi realizada mediante a técnica de PCR utilizando como molde o DNA extraído de plantas com sintomas de infecção por geminivírus, coletadas em sete municípios de Alagoas e em um de Pernambuco. Foi diagnosticada infecção por Begomovirus em dezessete amostras coletadas. A análise da diversidade genética, baseada em PCR-RFLP, demonstrou que existe diversidade entre os isolados de begomovírus que estavam infectando estas plantas. A partir das diferenças nos padrões de bandas gerados através da PCR-RFLP, foram escolhidos três isolados (Fava Maceió, Fava Recife e Fava União dos Palmares), para fins de seqüenciamento. A comparação das seqüências obtidas, com outras seqüências depositadas do GenBank/NCBI permitiu a classificação desses isolados como Bean golden mosaic virus, sendo este o primeiro relato de infecção por esta espécie em plantas de fava, nos estados de Alagoas e Pernambuco.

The yam (Dioscorea cayennensis Lam.) is an important staple crop in the Northeast region of Brazil, mainly in the states of Alagoas, Pernambuco, and Paraíba, the highest producing areas in the region. The crop is affected by pathogens that reduce yield and leaf blight, caused by the fungus Curvularia eragrostidis, can cause considerable crop losses. In the socio-economic context in which this crop is placed, the use of resistant varieties is the most effective control strategy. However, for this strategy to be successful, knowledge of the genetic variability of the pathogen is required. Samples of infected yam leaves were collected in 2005 and 2008, from fields in Chã Preta, Paulo Jacinto, and Viçosa and 73 isolates were obtained. Based on morphological characteristics all isolates were identified as C. eragrostidis. All isolates were pathogenic to yam and there were differences in the values of area under the disease progress curve (P= 0.02). When different isolates were paired in culture, mycelia compatibility in the majority of pairings. Similarity and phylogenetic analyses supported the identification of the species associated to yam leaf blight. The AFLP markers were used to investigate the genetic structure of the population of C. eragrostidis. Gene diversity was high (Ht = 0.31) and there was low differentiation between populations (Gst = 0.06). The population was not structured according to geographical origin. The genetic variability within populations of C. eragrostidis was high. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / O inhame (Dioscorea cayennensis Lam.) é cultura importante no Nordeste do Brasil, principalmente nos estados de Alagoas, Pernambuco e Paraíba, que se destacam como os maiores produtores. A cultura é afetada por patógenos que reduzem a produtividade. A queima das folhas, causada pelo fungo Curvularia eragrostidis, pode causar perdas significativa de produção. Considerando o contexto sócio-econômico no qual se insere a cultura do inhame, o plantio de variedades resistentes é a estratégia mais adequada de controle da queima foliar. Contudo, o sucesso desta estratégia depende, entre outros fatores, do conhecimento da variabilidade genética do patógeno. Nos anos de 2005 e 2008, coletaram-se amostras de folhas afetadas nos municípios de Chã Preta, Paulo Jacinto e Viçosa e 73 isolados foram obtidos e baseado em características morfológicas, foram identificados como C. eragrostidis. Todos os isolados utilizados no teste de patogenicidade foram patogênicos e houve variação quanto aos valores de AACPD ( P=0,02). Quando diferentes isolados foram pareados em meio de cultura, a maioria mostrou reação de compatibilidade micelial. Análises de similaridade e filogenéticas confirmaram a identificação da espécie associada à queima foliar do inhame. O marcador molecular AFLP foi utilizado com o objetivo de determinar a estrutura genética da população de C. eragrostidis. A diversidade gênica total foi alta (Ht =0,31) com baixa diferenciação entre as populações (Gst = 0,06). Não foi detectada estruturação da população conforme os municípios. A variabilidade genética dentro das populações de C. eragrostidis estudada foi alta.

Os papilomavírus (PV) são vírus epiteliotrópicos e constituem um grande grupo geneticamente diverso da família Papillomaviridae que infecta diferentes espécies de mamíferos, répteis e aves. Estes vírus caracterizam-se por sua propriedade oncogênica, sendo responsáveis pela indução de tumores benignos e malignos nos epitélios cutâneo e mucoso de suas espécies hospedeiras. Nos bovinos, a papilomatose causa importantes prejuízos econômicos à pecuária de corte e leiteira, dentre as quais destacam-se as infecções secundárias, a dificuldade de amamentação do bezerro, a depreciação do couro e o descarte precoce de animais e, ainda, no caso de rebanhos de aptidão leiteira, a papilomatose mamária ocasiona dificuldade de ordenha, retenção de leite e predispõe à mastite. Independente do nível de tecnificação da exploração na pecuária, estes agentes podem ser encontrados em quase todos os países. No entanto, poucos tipos de papilomavírus bovinos (BPV) foram caracterizados até o presente momento. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar um estudo de caracterização genética e patológica das infecções causadas pelo BPV na região norte do Brasil. No Capítulo 1, buscou-se avaliar a diversidade dos BPVs em lesões cutâneas de bovinos na região Amazônica brasileira utilizando o par de primers degenerados FAP (FAP59 e FAP64) Foram encontrados os BPVs tipo 1, 2, 11, e 13 além de quatro prováveis novos tipos virais que apresentaram baixa identidade com os BPVs 7, 8, 11 e 12. No Capítulo 2, o genoma de um novo tipo de papilomavírus bovino pertencente ao gênero Xipapillomavirus, espécie Xipapillomavirus 1, foi caracterizado aplicando a técnica de amplificação por círculo rolante seguida de sequenciamento de alta eficiência utilizando a plataforma Illumina. Este novo tipo apresentou maior similaridade com o BPV3 (79% de identidade a nível genômico) e preenche os requisitos para ser considerado um novo tipo de BPV. Histopatologicamente, a lesão causada por esse novo BPV foi caracterizada como papiloma exofítico, apresentando células bem diferenciadas, marcada acantose e paraqueratose. No Capítulo 3, foi realizado o sequenciamento de um genoma completo de BPV5 utilizando o mesmo protocolo do Capítulo 2. Este foi o primeiro genoma de BPV5 da América do Sul completamente sequenciado e caracterizado. Assim, os resultados obtidos nesta tese contribuem para o melhor conhecimento da variabilidade genética do BPV e mostra a importância da utilização de ferramentas moleculares na sua caracterização, principalmente em regiões carentes de estudos e que podem abrigar tipos desconhecidos. / Papillomaviruses (PV) are epitheliotropic viruses that constitute a large genetically diverse group of the Papillomaviridae family which can infect different species of mammals, reptiles and birds. These viruses are characterized by their oncogenic properties and are responsible for the induction of benign and malignant tumors in cutaneous and mucosal epithelia. In cattle, papillomatosis causes significant economic losses to beef and dairy cattle characterized by secondary infections, calf breastfeeding difficulties, leather depreciation, early animal discarding, mammary papillomatosis, retention of milk and predisposes to mastitis. Regardless of the level of technification of livestock farming, these agents can be found in almost all countries. However, few types of bovine papillomavirus (BPV) have been characterized to date. Thereby, this work had as objective to carry out a study of genetic and pathological characterization of the infections caused by the BPV from Northern Brazil. In Chapter 1, we evaluated the genetic diversity of BPVs in bovine cutaneous lesions from Brazilian Amazon using the degenerate FAP pairs of primers (FAP59 and FAP64). BPV1, 2, 11, and 13 were found in addition to four probable new viral types that had low identity with BPVs 7, 8, 11 and 12 In Chapter 2, the whole genome of a new BPV type belonging to genus Xipapillomavirus, species Xipapillomavirus 1, was characterized applying the technique of rolling circle amplification followed by high-throughput sequencing using the Illumina platform. This new type showed greater similarity with BPV3 (79% identity at the genomic level) and fulfills the requirements to be considered a new BPV type. Histopathology was characterized by exophytic papilloma, presenting well differentiated cells, marked acanthosis and parakeratosis. In Chapter 3, a complete BPV5 genome was sequenced using the same protocol used in Chapter 2. This was the first fully sequenced and characterized BPV5 genome from South America. Thus, the results obtained in this thesis contribute to a better knowledge of the genetic variability of BPV and shows the importance of the use of molecular tools in their characterization, especially in regions that are lacking in studies and which may harbor unknown types.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3339.pdf: 3467173 bytes, checksum: 0bde7cebe4b7fdf5c09347167fc42231 (MD5) Previous issue date: 2010-11-24 / Universidade Federal de Minas Gerais / Dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) is an excellent migratory fish, possessing large body and wide distribution in South America, with presence in Paraná, Uruguay, Paraguay and La Plata River Basins (Argentina, Brazil, Uruguay and Paraguay), in drainage of Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul state, Brazil) and the upper portion of the Mamoré and Chaparé River system (Bolivia). This fish is much appreciated in gastronomy and sport fishing. However, with increasing habitat degradation, overfishing and damming of rivers due to electric power generation, the fauna of these areas has suffered large impacts, and studies aimed at conservation are needed. In this approach, microsatellite markers have been used to assess the genetic structure of natural populations in order to provide data for management and conservation programs. Despite the microsatellite markers are extremely useful for many organisms including dourado, there are not species-specific loci described yet. Thus, in the present study we used heterologous loci, described for three species related to S. brasiliensis in eight populations of this fish (four residents and four migratory). Samples of 201 animals were collected in the Mogi-Guaçú River (Cachoeira de Emas, Pirassununga, SP) during the years 2007-2009, including reproductive periods (November-February) and non-reproductive (March-October). DNA was extracted using protocol phenol: chloroform: isoamyl alcohol. We tested 29 microsatellite loci, 16 were described for Salminus franciscanus, six for Brycon hilarii and seven for Brycon opalinus. Of this total, only ten loci (nine for S. franciscanus and one for B. opalinus) have demonstrated excellent amplification and high polymorphism, being used in population analysis of S. brasiliensis. Statistical analysis was performed in Genepop 4.0 (HWE, heterozygosity, linkage disequilibrium), FSTAT 2.9.3. (FST, genetic diversity and allelic richness, Fis), GenAlEx 6 (private alleles), Popgene 1.31. (distance and genetic identities), Micro-Checker (null alleles) and Structure 2.3.1. (assignment test and population differentiation). The number of alleles ranged from eight (Sfra18) to 48 (Sfra02), considering all populations together. The levels of observed heterozygosity ranged from 0,668 (RT- 07/2008) to 0,776 (MT-01/2009), and seven populations were out of the HWE at least for one locus. The values of Nei's distance and genetic identity varied, respectively, from 0,08 to 0,29 and 0,75 to 0,92. The data show that these populations have high intra-population genetic variability and low population differentiation between them. The FST values, together with the data of gene and genotypic differentiation and the analysis in the software Structure pointed to the existence of at least two populations outside the breeding period in the analysis. For populations sampled within the reproductive period no structure was identified. These results may help to better understand about the migratory behavior and their reproduction in the region of Cachoeira de Emas, contributing to management actions related to fisheries and conservation of this important migratory fish species. / O dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) é um excelente peixe migrador, possuindo grande porte e larga distribuição na América do Sul, com presença nas bacias dos rios Paraná, Uruguai, Prata e Paraguai (Brasil, Argentina, Uruguai e Paraguai), na drenagem da Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul, Brasil) e na porção superior do sistema do alto rio Mamoré e Chaparé (Bolívia). Este peixe é muito apreciado na pesca esportiva e gastronomia. Porém, com a crescente degradação de habitats, a sobrepesca e o represamento de rios para fins de geração de energia elétrica, a fauna dessas áreas vem sofrendo grandes impactos, sendo necessários estudos que visem sua conservação. Dentro desta abordagem, marcadores moleculares microssatélites vêm sendo utilizados para avaliar a estrutura genética de populações naturais com o objetivo de subsidiar programas de manejo e conservação. Apesar dos microssatélites serem marcadores extremamente úteis, para muitos organismos incluindo o dourado, não há locos espécie-específicos descritos. Desta forma, no presente trabalho foram utilizados locos heterólogos descritos para três espécies relacionadas à S. brasiliensis em oito populações (sendo quatro residentes e quatro migradoras). Amostras de 201 animais foram coletadas no rio Mogi-Guaçu (região da Cachoeira de Emas, município de Pirassununga, SP) durante os anos de 2007 a 2009, incluindo os períodos reprodutivos (Novembro a Fevereiro) e não reprodutivo (Março a Outubro). O DNA foi extraído utilizando protocolo fenol:clorofórmio:álcool isoamílico. Foram testados 29 locos microssatélites, sendo 16 descritos para Salminus franciscanus, seis para Brycon hilarii e sete para Brycon opalinus. Deste total, apenas dez locos (nove de S. franciscanus e um de B. opalinus) demonstraram excelente padrão de amplificação e alto polimorfismo, sendo utilizados nas análises populacionais de S. brasiliensis. As análises estatísticas foram feitas nos programas Genepop 4.0 (EHW, níveis de heterozigosidade, desequilíbrio de ligação), FSTAT 2.9.3. (FST, diversidades gênica e riqueza alélica, Fis), GenAlEx 6 (alelos privados), Popgene 1.31. (distância e identidades genéticas), Micro-Checker (alelos nulos) e Structure 2.3.1. (teste de atribuição e diferenciação populacional). O número de alelos variou de oito (Sfra18) a 48 (Sfra02), considerando as oito populações conjuntamente. Os níveis de heterozigosidade média observada variaram de 0,668 (RT-07/2008) a 0,776 (MT-01/2009), sendo que sete populações apresentaram-se fora do EHW para pelo menos um loco. Os valores de distância e identidade genética de Nei variaram, respectivamente, de 0,08 a 0,29 e 0,75 a 0,92. Os dados obtidos demonstram que estas populações apresentam alta variabilidade genética intra-populacional e baixa diferenciação entre as populações aqui analisadas. Os valores de FST, juntamente com os dados de diferenciação gênica e genotípica e análises no programa Structure apontam para a provável existência de pelo menos duas populações residentes diferenciadas. Para as populações amostradas dentro do período reprodutivo nenhuma estruturação foi identificada. Estes resultados podem auxiliar a entender melhor o comportamento migratório e reprodutivo destes animais na região de Cachoeira de Emas, contribuindo para proposições de ações de manejo relacionadas à pesca e conservação desta importante espécie de peixe migrador.

O gênero Ctenomys (família Ctenomyidae) compreende 50 a 60 espécies de animais conhecidos popularmente como tuco-tucos. De hábito fossorial, este grupo representa os mamíferos dominantes na exploração do nicho subterrâneo na Região Neotropical. A distribuição das espécies é bastante fragmentada, influenciada por vários fatores limitantes como barreiras ecológicas e geográficas. Seu pequeno poder de dispersação (baixa vagilidade) causa uma restrição ao fluxo gênico. Ctenomys minutus, a espécie alvo deste trabalho, habita campos arenosos e dunas da Planície Costeira do Sul do Brasil, do Rio Grande do Sul até Santa Catarina. Uma interessante característica da espécie é a ampla variação cariotípica, apresentando onze diferentes cariótipos. A fixação destes polimorfismos, bem como a distribuição desta espécie, estão amplamente relacionada a história de formação geológica da região que habita, especialmente a existência de barreiras geográficas. Atualmente, cruzando a área norte de sua distribuição encontram-se a rodovia RS 030, uma via de ligação do interior do estado ao litoral, e o Rio Mampituba, uma barreira geográfica de origem recente. A fim de entender os níveis de fluxo gênico entre populações de Ctenomys minutus e testar a efetividade destas barreiras, este trabalho utilizou quatro loci de microssatélites como marcadores moleculares na determinação da estrutura genética das populações Foram selecionados seis locais de estudo correspondentes a seis populações ao longo da distribuição da espécie. Quatro pontos estão próximos ao Município de Osório e correspondem a duas populações que margeiam a RS 030, Campo Amaral e Campo Weber, ambos situados a uma distância de menos de 100 metros em lados opostos da rodovia (distantes entre si em 1Km), e a Maribo A e Maribo B, populações sem barreira aparente entre si (afastadas em 700m). Outros dois locais estão localizados nos municípios de Torres (RS) e Sombrio (SC) correspondendo as populações do Parque da Guarita e da Praia da Gaivota, respectivamente. Estão separados pelo Rio Mampituba e distantes em 25Km. A obtenção de um fragmento de pele da cauda para posterior extração de DNA foi realizada com a captura dos animais (auxílio de armadilhas do tipo oneida-vitor nº0), retirada do material e devolução dos animais vivos à toca de origem. A amostra contou com 227 indivíduos, sendo 50 para a população de Weber, 50 para Maribo A, 52 para Amaral, 38 para Maribo B,19 para Gaivota e 18 para Torres. Na amplificação dos quatro loci de microssatélites foram empregados primers descritos para a espécie co-genérica C. haigi, obtendo-se ao todo 27 diferentes alelos. A análise das freqüências destes alelos indicou subestruturação populacional nas amostras através de altos valores de Fis baixa heterozigosidade observada e alta probabilidade de subdivisão na análise para a probabilidade do número de populações Os valores de Fst revelaram isolamento entre as populações e, analisados em relação a disposição geográfica entre os locais de coleta, mostraram um padrão de isolamento pela distância. Foram também avaliadas as populações par a par para determinação do isolamento entre elas e níveis de fluxo gênico. Quando analisadas Maribo A e Maribo B observou-se baixo isolamento, com níveis de fluxo da ordem de 1,082 indivíduos/geração para estas populações não separadas por barreiras. Os resultados obtidos para a análise de Torres e Gaivota foram indicadores de alto isolamento, com número de migrantes não efetivo. Para Weber e Amaral obteve-se a menor estruturação, sendo o número de migrantes de 6,33 indivíduos por geração. Acerca destes resultados fica evidenciada a efetividade do Rio Mampituba como barreira ao fluxo gênico entre as populações de Ctenomys minutus de lados opostos de suas margens. Para a RS 030, não houve indicação de sua efetividade como barreira ao fluxo gênico, nem de queda na variabilidade genética das populações próximas quando comparadas às demais populações. Os valores de Fst e número de migrantes, no entanto, sugerem a existência de uma única população inicial atualmente dividida pela presença da rodovia.

Ctenomys minutus é um roedor subterrâneo que ocorre em uma estreita faixa da Planície Costeira dos Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, apresentando onze diferentes números cariotípicos (2n = 42, 46a, 46b, 47a, 47b, 48a, 48b, 49a, 49b, 50a e 50b). Os esforços deste trabalho se concentraram em caracterizar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre diferentes populações de C. minutus em associação com a distribuição geográfica e os polimorfismos cromossômicos das populações. A estrutura genética geográfica de C. minutus foi avaliada através de 407pb da região controladora do DNA mitocondrial (mtDNA), em toda a distribuição geográfica da espécie, e através de cinco loci de microssatélites para espécimes distribuídos desde as proximidades das cidades de Mostardas até Jaguaruna. Foram encontrados 34 haplótipos pela análise de 187 indivíduos através do mtDNA e 65 alelos em 202 espécimes para os dados de microssatélites. Grande parte dos haplótipos encontrados está retrita a uma única população, sendo que os compartilhados ocorrem entre populações vizinhas pertencentes a zonas híbridas intra-específicas. As análises de diferenciação genética foram consistentes com o modelo simples de isolamento pela distância (r = 46.98%, P = 0.00; r = 34.86%, P = 0.039), através dos dados de mtDNA e loci de microssatélites, respectivamente. Um possível padrão de expansão populacional recente foi rejeitado através dos testes de neutralidade de FS de Fu e D de Tajima (Fs = - 1.676, P = 0.36; D = 0.696; P = 0.81) e o gráfico de distribuição de mismatch. Os resultados indicaram que, em geral, as populações encontram-se fortemente estruturadas, apresentando baixos níveis ou ausência de fluxo gênico (valor global para mtDNA: FST = 0.8561). Para os dados de microssatélites a maior parte das comparações de fluxo gênico pareadas entre as populações foram significativamente divergentes, com 56.36% e 72.72% dos valores de FST e RST maiores do que 0.15, respectivamente. Os espécimes estudados, provavelmente, não são pertencentes a uma população panmítica, e as potenciais barreiras geográficas, como rios, encontrados ao longo da Planície Costeira dos Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina parecem não ter agido, até o momento, como barreiras efetivas ao fluxo gênico entre diferentes populações de C. minutus de acordo com os dados de mtDNA. Os diferentes cariótipos compartilhados por esta espécie também parecem não representar barreiras efetivas ao fluxo gênico, com exceção do sistema “b” (2n = 46b, 47b, 48b, 49b and 50b) que forma um agrupamento separado, com seus portadores não hibridizando com os de outros cariótipos. Os resultados obtidos para C. minutus neste estudo confirmam alguns pressupostos para roedores subterrâneos, como pequenas populações fragmentadas associadas com baixos níveis de dispersão dos indivíduos com hábitos tipicamente solitários. / The subterranean rodent Ctenomys minutus occurs in a narrow stretch of the Brazilian coastal plain in the states of Rio Grande do Sul and Santa Catarina, showing eleven different karyotypes (2n = 42, 46a, 46b, 47a, 47b, 48a, 48b, 49a, 49b, 50a and 50b). In this work the effort was focalized on the genetic variability characterization and gene flow of different C. minutus populations in association with the geographical distribution and chromosomal polymorphisms of the populations. The geographical genetic structure of C. minutus was accessed using 407 pb of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, for all range distribution of this species, and five microsatellite loci from specimens distributed from the areas of the town from Mostardas to Jaguaruna. 34 haplotypes were found in the analysis of 187 individuals for mtDNA, and 65 alleles for the 202 specimens for the microsatellite data. Most of the haplotypes were exclusive and the shared ones were observed among populations in the same intra-specific hybrid zone. The analysis of genetic differentiation were consistent with a simple model of isolation by distance (r = 46.98%, P = 0.00; r = 34.86%, P = 0.039) accordingly to mtDNA and microssatelite data, respectively. A pattern of recent population expansion was rejected according to the Fu’s FS and Tajima’s D neutrality tests (Fs = - 1.676, P = 0.36; D = 0.696; P = 0.81) and the mismatch distribution analysis. Results indicated that the most of the populations are strongly structured, having low levels or absence of gene flow (global mtDNA FST = 0.8561). For the microsatellite data most of the pairwise population gene flow comparisons were significantly divergent, with 56.36% and 72.72% of the FST and RST values being longer than 0.15, respectively. The specimens studied probably do not belong to a panmictic population, and the potential geographical barriers, like rivers, along the coastal plain of Rio Grande do Sul and Santa Catarina do not seem to be effective barriers to gene flow among populations of C. minutus, until this moment, according to the mtDNA. Likewise, the different karyotypes observed for this species do not represent effective barriers to reproduction, with the exception of the “b” system (2n = 46b, 47b, 48b, 49b and 50b), which forms a separate cluster and whose carriers do not hybridize with those of the other karyotypes. These results confirm some predictions for subterranean rodents such as small and fragmented populations associated with low levels of adult dispersal, with typically solitary habits.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LAGANARO_Natasha_2013.pdf: 2207723 bytes, checksum: bd1833cc54fbd66fa459a656658c85e9 (MD5) Previous issue date: 2013-04-05 / Financiadora de Estudos e Projetos / Nos últimos tempos, muitas espécies entraram na lista de ameaça, tendo seu tamanho populacional reduzido ao ponto de se considerar que a melhor estratégia para sua conservação é a ex situ. A família Cracidae (Aves, Galliformes) é composta por 50 espécies, das quais 24 encontram-se em algum grau de ameaça. As populações trazidas para o cativeiro, no entanto, são compostas por um número pequeno de fundadores, estando sujeitas a endocruzamentos, deriva genética e efeitos fundadores. Assim, um dos grandes desafios para a reprodução é se amenizar essa perda, a longo prazo, da diversidade alélica e heterozigose. O manejo genético pode auxiliar propondo melhores acasalamentos, de maneira a maximizar os valores de heterozigose e preservar a riqueza alélica. No entanto, ao se propor essas análises os resultados não podem ser comparados, na maioria dos casos, com o cenário natural, simplesmente por não se haverem amostras dessas populações. Para o mutum-de-penacho há uma população originária da região da Usina Hidroelétrica de Porto Primavera que foi resgatada e trazida para o cativeiro da CESP Paraibuna. O objetivo desse trabalho foi analisar sua variabilidade genética e comparar com uma população já existente em cativeiro da mesma espécies e com dados da literatura para demais cracídeos ameaçados. Foram genotipados e analisados 64 C. fasciolata, sendo 50 da CESP e 14 do CCC Poços de Caldas, por meio de 10 loci de microssatélites. Os resultados demonstraram que não há diferença significativa entre a riqueza alélica e a heterozigose esperada da população natural com a mantida em cativeiro e com duas outras espécies de cracídeos ameaçados, bem como com demais espécies ameaçadas, sugerindo uma variação genética abaixo do desejável para se alcançar os objetivos proposto pela estratégia de conservação ex situ. Tabelas comparativas com valores de heterozigose e riqueza alélica para as matrizes de Porto Primavera e sua prole nascida em cativeiro demostraram que não houve perda de alelos nas gerações, indicando ausência de endocruzamento e deriva. Tabelas de pareamento e rankings indicam as relações de parentesco e níveis de variabilidade genética para cada indivíduos analisado, apontando melhores pareamentos dentro de criatórios e indivíduos aptos para reintrodução. / Nos últimos tempos, muitas espécies entraram na lista de ameaça, tendo seu tamanho populacional reduzido ao ponto de se considerar que a melhor estratégia para sua conservação é a ex situ. A família Cracidae (Aves, Galliformes) é composta por 50 espécies, das quais 24 encontram-se em algum grau de ameaça. As populações trazidas para o cativeiro, no entanto, são compostas por um número pequeno de fundadores, estando sujeitas a endocruzamentos, deriva genética e efeitos fundadores. Assim, um dos grandes desafios para a reprodução é se amenizar essa perda, a longo prazo, da diversidade alélica e heterozigose. O manejo genético pode auxiliar propondo melhores acasalamentos, de maneira a maximizar os valores de heterozigose e preservar a riqueza alélica. No entanto, ao se propor essas análises os resultados não podem ser comparados, na maioria dos casos, com o cenário natural, simplesmente por não se haverem amostras dessas populações. Para o mutum-de-penacho há uma população originária da região da Usina Hidroelétrica de Porto Primavera que foi resgatada e trazida para o cativeiro da CESP Paraibuna. O objetivo desse trabalho foi analisar sua variabilidade genética e comparar com uma população já existente em cativeiro da mesma espécies e com dados da literatura para demais cracídeos ameaçados. Foram genotipados e analisados 64 C. fasciolata, sendo 50 da CESP e 14 do CCC Poços de Caldas, por meio de 10 loci de microssatélites. Os resultados demonstraram que não há diferença significativa entre a riqueza alélica e a heterozigose esperada da população natural com a mantida em cativeiro e com duas outras espécies de cracídeos ameaçados, bem como com demais espécies ameaçadas, sugerindo uma variação genética abaixo do desejável para se alcançar os objetivos proposto pela estratégia de conservação ex situ. Tabelas comparativas com valores de heterozigose e riqueza alélica para as matrizes de Porto Primavera e sua prole nascida em cativeiro demostraram que não houve perda de alelos nas gerações, indicando ausência de endocruzamento e deriva. Tabelas de pareamento e rankings indicam as relações de parentesco e níveis de variabilidade genética para cada indivíduos analisado, apontando melhores pareamentos dentro de criatórios e indivíduos aptos para reintrodução.

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-02-21T12:40:45Z No. of bitstreams: 1 PGPV15MA182.pdf: 576083 bytes, checksum: 30203f1600225b3bef1ac5a58e2caece (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-21T12:40:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV15MA182.pdf: 576083 bytes, checksum: 30203f1600225b3bef1ac5a58e2caece (MD5) Previous issue date: 2015-09-30 / Embrapa / To continue moving forward in terms of getting new wheat cultivars, more productive and more stable, it is necessary to increase the genetic variability made available to the breeder and increase the frequency of favorable alleles in new cultivars. As a contribution to these goals it studied the selection of parents possessing combining ability and superior genetic potential. In this sense the work was divided into two chapters. The first objective was to evaluate the performance of the parent wheat using multivariate techniques in order to obtain genotypes that approximate a ideotype. 16 genotypes were sown. Four commercial cultivars (BRS 331, CD 124, BRS Parrudo and Marfim). Six F1 hybrids obtained by artificial crosses between cultivars, forming a complete diallel without reciprocals. Six progenies of these crossings in the F2 generation. The treatments were arranged in a randomized complete block design with three replications. Were measured in all plants of the plots, five phenotypic variables: days from emergence to heading, plant height, peduncle length, number of ears per plant and grain yield per plant. Through multivariate contrasts, there were comparisons of interest which were significant. Standardized canonical coefficients were used to determine the importance of each variable on the significance of employed to Mahalanobis distance as dissimilarity measure contrasts. Among the evaluated intersections BRS 331 x CD 124 and BRS Parrudo x Marfim show the greatest genetic variability and Marfim x CD 124 does not have genetic dissimilarity to the set of characters studied. Cross only elite genotypes is not recommended for the provision of genetic variability. In the second chapter the objectives of this study were: i) estimate general and specific combining abilities through diallel analysis in order to identify crossings most likely to generate segregating populations with superior performance; ii) verify the existence of reciprocal effect on the evaluated hibrids. Were evaluated four varieties, Marfim, BRS Parrudo, BRS 331 and CD 124, using the the method 1 (p2 all combinations with reciprocal) of Griffing (1956). Five phenotypic variables were observed. Days from emergence to heading (DEE). Plant height (EST), measured in centimeters from the ground to the top of the ear, without considering the awn. Peduncle length (PED), measured in centimeters, distance from the last internode to the base of the main stem spike. Number of ears per plant (NEP), counting the spikes that formed grains. Grain yield per plant (MGP), measured in grams. They were estimated the general combining ability (GCA), specific combining ability (SCA) and the reciprocol effects (REC) of the traits of interest. The following conclusions were obtained: a) the assessed parents are contrasting and there is genetic variability for the studied characters; b) is greater the importance of the GCC and additive effects in the genetic control of observed variables, c) the effect of CGC's parent Marfim is increased NEP and MGP, the BRS Parrudo is to increase DEE, CD 124 is to decrease DEE, the BRS 331 is to reduce all traits; e) the CD 124 x BRS 331 crossing has reciprocal effect increasing DEE when CD 124 is used as a female / Para continuar avançando em termos de obtenção de novos cultivares de trigo, mais produtivos e mais estáveis, torna-se necessário aumentar a variabilidade genética posta à disposição do melhorista e aumentar a frequência de alelos favoráveis nas novas cultivares. Como forma de contribuir para estes objetivos foi estudada a seleção de genitores que possuam capacidade combinatória e potencial genético superior. Nesse sentido o trabalho foi dividido em dois capítulos. No primeiro o objetivo foi avaliar o desempenho de genitores em trigo através de técnicas multivariadas com o intuito de obter genótipos que se aproximem de um ideotipo. Foram semeados 16 genótipos. Quatro cultivares comerciais (BRS 331, CD 124, BRS Parrudo e Marfim). Seis híbridos F1 obtidos por cruzamentos artificiais entre os cultivares, formando um dialelo completo, sem os recíprocos. Seis progênies destes cruzamentos na geração F2. Os tratamentos foram dispostos em blocos completos casualizados, com três repetições. Foram mensuradas, em todas as plantas das parcelas, cinco variáveis fenotípicas: dias da emergência ao espigamento, estatura da planta, comprimento do pedúnculo, número de espigas por planta e massa de grãos por planta. Através de contrastes multivariados, verificaram-se quais comparações de interesse foram significativas. Foram utilizados coeficientes canônicos padronizados para determinar a importância de cada variável na significância dos contrastes Empregou-se a distância generalizada de mahalanobis como medida de dissimilaridade. Entre os cruzamentos avaliados BRS 331 x CD 124 e BRS Parrudo x Marfim apresentam a maior variabilidade genética e Marfim x CD 124 não apresentam dissimilaridade genética para o conjunto de caracteres estudados. O cruzamento apenas de genótipos elite não é recomendado para a disponibilização de variabilidade genética. No segundo capítulo os objetivos deste trabalho foram: i) estimar capacidades gerais e específicas de combinação através de análise dialélica com o intuito de identificar cruzamentos com maior possibilidade de gerar populações segregantes com desempenho superior; ii) verificar a existência de efeito recíproco nos cruzamentos avaliados. Foram avaliados quatro cultivares, Marfim, BRS Parrudo, BRS 331 e CD 124, utilizando-se o o método 1 (todas as p2 combinações com os recíprocos) de Griffing (1956). Foram observadas cinco variáveis fenotípicas. Dias da emergência ao espigamento (DEE). Estatura da planta (EST), medida em centímetros, do solo até o topo da espiga, sem considerar as aristas. Comprimento do pedúnculo (PED), medido em centímetros, distância do último entrenó até a base da espiga do colmo principal. Número de espigas por planta (NEP), contagem das espigas que formaram grãos. Massa de grãos por planta (MGP), medido em gramas. Foram estimadas a capacidade geral de combinação (CGC), a capacidade específica de combinação (CEC) e o efeito recíproco (REC) dos caracteres de interesse. Foram obtidas as seguintes conclusões: a) os genitores avaliados são contrastantes e existe variabilidade genética para os caracteres estudados; b) é maior a importância da CGC e dos efeitos aditivos no controle genético das variáveis observadas, c) o efeito da CGC do genitor Marfim é de aumento do NEP e MGP, do BRS Parrudo é de aumentar DEE, do CD 124 é de diminuir DEE, do BRS 331 é de diminuir todos os caracteres avaliados; d) o cruzamento CD 124 x BRS 331 apresenta efeito recíproco diminuindo DEE quando CD 124 é utilizado como fêmea

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 641792 bytes, checksum: 5b73a305694f3136938c6879fccae0e8 (MD5) Previous issue date: 2013-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os objetivos deste estudo foram (i) identificar linhagens de milho-pipoca eficientes no uso de nitrogênio; (ii) avaliar a diversidade genética entre linhagens de milhopipoca em alto e baixo N; (iii) investigar os efeitos causais de vários caracteres sobre a eficiência no uso de nitrogênio (NUE) e (iv) identificar marcadores SSR associados com caracteres relacionados à NUE. Foram avaliadas 25 linhagens-elite de milhopipoca pertencentes às populações 'Viçosa' e 'Beija-Flor', em alto e baixo N. Foram mensurados os seguintes caracteres: crescimento diário (DG, cm), massa de parte aérea (SDW, mg), de raiz (RDW, mg), e da planta total seca (TDW, mg), razão parte aérea:raiz seca (RSR), eficiência no uso (NUE, mg mg-¹), na absorção (NUpE, mg mg-¹) e na utilização (NUtE, mg mg-¹) de nitrogênio, diâmetro médio (RAD, mm), comprimento total (TRL, cm), área superficial (RSA, cm²) e volume (RV, cm³) de raízes. Foram identificadas linhagens eficientes em cada nível de N. A avaliação da diversidade genética pelo método de agrupamento UPGMA baseado no quadrado da Distância Euclidiana Média resultou em quatro grupos de linhagens para cada nível de N e a análise de componentes principais mostrou que as linhagens poderiam ser agrupadas predominantemente pelos seus caracteres de parte aérea. A eficiência na absorção de N (NUpE) foi a característica mais importante para a NUE em estádios precoces de desenvolvimento da planta em ambos os níveis de N, por apresentar alta correlação e alto efeito direto sobre a variável principal (NUE) na análise de trilha. Em baixo N, a eficiência na utilização de N (NUtE) também apresentou alta correlação e alto efeito direto sobre a variável NUE, mostrando ser uma característica importante para esta condição nesses estádios. Contudo, a seleção direta ainda parece ser o melhor método para aumentar a eficiência de seleção para NUE em estádios precoces. Três marcadores SSR foram validados como associados com os caracteres relacionados à NUE pela análise de mapeamento associativo baseada em ANOVA. / The objectives of this study were to (i) identify efficient inbred lines in nitrogen use; (ii) assess the genetic diversity among popcorn inbred lines under high and low N; (iii) investigate the causal effects of several traits in nitrogen use efficiency (NUE) and (iv) identify SSR markers associated with the traits related to NUE. Twenty-five elite popcorn inbred lines belonging to the 'Viçosa' and 'Beija-Flor' populations were evaluated under high and low N. The following traits were assessed: daily growth (DG, cm), shoot dry weight (SDW, mg), root dry weight (RDW, mg), total plant dry weight (TDW, mg), root:shoot ratio (RSR), nitrogen use efficiency (NUE, mg mg-¹), nitrogen uptake efficiency (NUpE, mg mg-¹), nitrogen utilization efficiency (NUtE, mg mg-¹), root average diameter (RAD, mm), total root length (TRL, cm), root surface area (RSA, cm²) and root volume (RV, cm³). Efficient inbred lines were identified under each N level. The genetic diversity assessment using the UPGMA method based on the squared Mean Euclidean distance grouped the inbred lines into four clusters for each N level and the principal component analysis revealed that the inbred lines could be categorized predominantly by their shoot traits. Nitrogen uptake efficiency (NUpE) was the most important trait for NUE in the early stages of plant development under both N levels, due its high correlation with and high direct effect on NUE obtained in the path analysis. Under low N, nitrogen utilization efficiency (NUtE) also showed high correlation with and direct effect on NUE, demonstrating its importance in this N level in these early stages. Notwithstanding, the direct selection still seems to be the best method to increase the selection efficiency for NUE in these early stages. Furthermore, three SSR markers were identified as true associations with the traits related to NUE, through the association mapping analysis based on ANOVA.