Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA074.pdf: 600385 bytes, checksum: a494ebf1016e78409c7b3c6a97f69783 (MD5) Previous issue date: 2011-08-12 / The Brazilian caipira chickens egg blue are the result of random mating between different chicken breeds found in Brazil with chickens Araucania, giving rise to Brazilian caipira chicken with characteristic blue eggs. It stands out for its hardiness, disease resistance. And d adverse weather conditions and diet. The disease resistance is related to genetic variability of immune system genes. The immune response of chickens to pathogens is triggered from the presentation of antigens of the effect or cells of the immune system. This action is made by antigen-present cells (B cells, macrophages and a small percentage of T cells) animals that have surface molecules (glycoprotein) in wich these antigens are complexes. These glycoproteins presenting antigens, molecules called Major Histocompatibility Comples (MHC or B complex) can be class I or II. The class II, which present exogenous antigens, are composed of two polypeptide chains, an α chain and a ß chain. The chain is monomorphic α chain and ß is very polymorphic and is considered responsible for encoding different MHC class II molecules inn chickens. This study aimed to investigate the genetic variability of two gene loci of the MHC class II, B-LßI and B-LßII in caipiras chickens Brazilian blue eggs by obtaining sequences of these two genes and thus detect B-Lß existing alleles for these genes in these birds. This work was initially developed with DNA samples from 100 caipiras chickens blue eggs that were amplified from the region of interest and analyzed. From this analysis, the animals were grouped according to the sequence of exon2. Then, 16 animals were (with at least one representative from each group) for the reaction of DNA amplification, cloning and sequencing. The sample were submitted to the initiators of the genes B-LßII. Of these 16 birds were obtained 15 different sequences that were aligned to the standard sequence the B-LB12major (AJ248676) for BLßII and B-LB12c (AJ248578) to B-LßI, being eleven sequences B-LßII and B-LßI four sequences. Of these eleven sequences of the gene B-LßII seven were already described in the literature and four sequences of the gene B-LßII seven were already described in the literature and four sequences are new is not described, the other four sequences of the gene B-LßI three had already been described in the literature and a new . The 15 nucleotide sequences were transformed into sequences of amino acids. In the amino acid sequences of the gene was observed that B-LßI remains much more conserved than gene B-LßII. Thus this paper presents the genetic variability at both the DNA and polypeptide chain, genes B-LßII caipira chickens in Brazil s blue eggs / As galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis são o resultado de cruzamentos aleatórios entre diversas raças de galinhas encontradas no Brasil com galinhas Araucanas, dando origem a uma galinha caipira brasileira com característica de ovos azuis. Destaca-se pela sua rusticidade, resistência a doenças e as condições adversas de clima e alimentação. A resistência a doenças esta relacionada à variabilidade genética dos genes do sistema imune. A resposta imune das galinhas a patógenos é desencadeada a partir da apresentação de antígenos as células efetoras do sistema imune. Esta ação é feita pelas células apresentadoras de antígenos (células B, macrófagos e uma pequena porcentagem de células T) dos animais que possuem moléculas de superfície (glicoproteínas) na qual são complexados estes antígenos. Estas glicoproteínas apresentadoras de antígenos, chamadas de moléculas do Complexo Maior de Histocompatibilidade (MHC ou Complexo B), podem ser de classe I ou de classe II. As de classe II, que apresentam antígenos exógenos, são formadas por duas cadeias polipeptídicas, uma cadeia α e uma cadeia β. A cadeia α é monomorfica e a cadeia β é bem polimórfica, e é considerada a responsável por codificar diferentes moléculas MHC classe II em galinhas. Este estudo teve como objetivo investigar a variabilidade genética em dois loci gênicos do MHC de classe II, B-LI e B-LII, em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis através da obtenção das sequências destes dois genes B-L e assim detectar os alelos existentes para estes genes nestas aves. Este trabalho foi desenvolvido inicialmente com amostras de DNA de 100 galinhas caipiras de ovos azuis que foram amplificadas para a região de interesse e analisadas. A partir desta análise, os animais foram agrupados de acordo com a sequência do exon 2. Depois, 16 animais foram selecionados (com pelo menos um representante de cada grupo) para a reação de amplificação do DNA, clonagem e sequenciamento. As amostras foram submetidas aos iniciadores dos genes B-LβI e B-LβII. Destas 16 aves obteve-se 15 diferentes sequências que foram alinhadas a sequência padrão B-LB12major (AJ248576) para o B-LβII e B-LB12c (AJ248578) para o B-LβI, sendo onze sequências B-LβII e quatro sequências B-LβI. Destas onze sequências do gene B-LβII sete já estavam descritas na literatura e quatro são sequências novas ainda não descritas, das outras quatro sequências do gene B-LβI três já haviam sido descritas na literatura e uma nova . As 15 sequências nucleotídicas encontradas foram deduzidas em sequências de aminoácidos. Nas sequências de aminoácidos foi observado que o gene B-LβI se mantém bem mais conservado do que o gene B-LβII. Assim, este trabalho apresenta a variabilidade genética dos genes B-LβI e BLβII tanto em nível de DNA quanto de cadeia polipeptídica, em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA083.pdf: 3400558 bytes, checksum: fedbf896e2daef8109b07884eb122a44 (MD5) Previous issue date: 2011-03-03 / Brazilian Caipira chicken are hardy birds that, it is believed, show high genetic diversity. However, there is almost no scientific studies that prove the alleged high genetic variability of the Caipira chicken. Studies that investigate this issue are very important, because the scientific evidence of this polymorphism makes the maintenance and conservation of these animals essential. The gene polymorphism is fundamental to the perpetuation of the species, besides being a source of alleles for genetic improvement programs for livestock. The commercial birds, for example, have lost much of their genetic variability because they have been through strict selection processes. Even though these animals are highly productive, some features related to production still deserve the attention of breeders, such as disease resistance. Some brazilian (blue-egg Caipira) chicken. This coloration of the egg shell is characteristic of a South American breed of chickens that participated in the formation of the native caipira chicken. This study used fifteen microsatellite loci to assess the genetic variability of brazilian (blue egg caipira) chicken. The animals were from the city of Two Lajeados - RS. By PCR, the amplicons obtained using a primer labeled with fluorophores were genotyped in an automatic sequencer and the results analyzed using the statistical program ARLEQUIN. It was detected a total of 168 alleles with an average of 11.2 alleles per locus, 288 genotypes, HE = 0.76 and HO = 0.49. These results confirmed the suspicion of high genetic variability in brazilian (blue egg Caipira) chicken / Galinhas caipiras brasileiras são aves rústicas, que, acredita-se, apresentam elevada diversidade genética. Entretanto, quase não há trabalhos científicos que comprovem a suposta alta variabilidade genética das aves caipiras. Trabalhos que investiguem esta questão são muito importantes, pois a comprovação científica deste polimorfismo transforma a manutenção e conservação destes animais imprescindível. O polimorfismo gênico é fundamental para a perpetuação da espécie, além de ser fonte de alelos para programas de melhoramento genético de animais de produção. As aves comerciais, por exemplo, perderam muito de sua variabilidade gênica por terem passado por rigorosos processos de seleção. Mesmo que estes animais sejam altamente produtivos, algumas características relacionadas à produção ainda merecem atenção dos melhoristas, como é o caso da resistência a doenças. Algumas galinhas caipiras brasileiras colocam ovos azuis. Esta coloração da casca do ovo é característica de uma raça sul-americana de galinhas que participou da formação das aves caipiras nacionais. Este trabalho utilizou quinze loci de microssatélites para avaliar a variabilidade genética de galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Os animais foram provenientes do município de Dois Lajeados RS. Através da técnica da PCR, os amplicons obtidos com a utilização de iniciadores marcados com fluoróforos foram genotipados em seqüenciador automático e os resultados obtidos analisados através do programa estatístico ARLEQUIN. Foi detectado um total de 168 alelos, com média de 11,2 alelos por locus, 288 genótipos, HE=0,76 e HO=0,49. Estes resultados comprovaram a suspeita de alta variabilidade genética presente em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis

Estudar a diversidade genética, a adaptabilidade e estabilidade de genótipos de soja é de extrema importância para os programas de melhoramento genético, visto que a identificação de parentais é prejudicada pela estreita base genética da soja brasileira, além disso, a recomendação de cultivares para as diversas regiões brasileiras constituise em um dos principais desafios do melhoramento. Esta dissertação está subdividida em três capítulos, sendo que no primeiro realizou-se o referencial teórico da soja, importância econômica, melhoramento genético e ferrugem asiática. O segundo capítulo foi desenvolvido com o objetivo de avaliar a divergência genética de genótipos de soja sob infecção natural por ferrugem. O experimento foi realizado na Fazenda Capim Branco da UFU, na safra 2016/17. Utilizaram-se 14 genótipos, sendo 10 linhagens desenvolvidas pelo Programa de Melhoramento Genético de Soja da UFU e 4 cultivares (UFUS 7415, UFUS Riqueza, TMG 801 e BRSGO 7560), em delineamento de blocos casualizados com três repetições. Concluiu-se que existe variabilidade genética para todos os caracteres agronômicos avaliados, com exceção de altura de inserção da primeira vagem e altura de planta na floração. As linhagens UFUS 1117-01, UFUS 1117-07, UFUS 1117-08, UFUS 1117-09, UFUS 1117-10 apresentaram resistência a Phakopsora pachyrhizi e foi identificado que os caracteres de altura de planta na maturidade, número de vagens chochas, número de dias para a maturidade e área abaixo da curva de progresso da doença foram os que mais contribuíram para a divergência genética. Algumas hibridações foram sugeridas objetivando a resistência à ferrugem asiática, em todos os cruzamentos a linhagem UFUS 1117-06 esteve presente. O terceiro capítulo refere-se ao estudo da adaptabilidade e estabilidade produtiva dos 14 genótipos de soja cultivados nas safras 2013/14, 2014/15, 2015/16, 2016/17. Foi possível concluir que a interação genótipos por ambientes é do tipo complexa para a produtividade de grãos. A linhagem UFUS 1117-01 foi identificada como sendo de alta estabilidade produtiva pelos métodos de Eberhart e Russel (1966), Wricke (1965), Additive Main Effects and Multiplicative Interaction (AMMI 1 e AMMI 2), e Centroide. O genótipo UFUS 1117-07 apresentou alta estabilidade pelos métodos Eberhart e Russel (1966), Wricke (1965), Lin e Binns 1988 modificado por Carneiro 1999 e ampla adaptabilidade por Eberhart e Russel e Centroide, já UFUS 1117-09 foi identificado como sendo adaptável a ambientes desfavoráveis por Lin e Binns modificado por Carneiro, AMMI1 e Centroide, enquanto que UFUS 1117-10 apresentou adaptabilidade a ambientes favoráveis pelos métodos AMMI1 e Centroide e alta estabilidade por Eberhart e Russel. / Studying a genetic diversity, adaptability and stability of soybean genotypes are of extreme importance for breeding programs, since the identification of parents is impaired by the narrow genetic base of Brazilian soybean, and a recommendation of cultivars for the different regions is one of the main challenges for improvement. This dissertation is subdivided into three chapters, the first is the theoretical reference of soy, economic importance, genetic breeding and Asian rust. The second chapter was developed with the objective of evaluating the genetic divergence of soybean genotypes under natural rust infection. The experiment was carried out at Fazenda Capim Branco, UFU, in the 2016/17 harvest. A total of 14 genotypes were used, including 10 lines developed by the UFU Soybean Breeding Program and four cultivars (UFUS 7415, UFUS Riqueza, TMG 801 and BRSGO 7560) in a randomized complete block design with three replicates. It was concluded that there is genetic variability for all agronomic traits, except for the height of the first pod and plant height at flowering. The lineages UFUS 1117-01, UFUS 1117-07, UFUS 1117-08, UFUS 1117-09, UFUS 1117-10 presented resistance to Phakopsora pachyrhizi and were identified in components of plant height at maturity, number of pods, number of days to maturity and area under disease progress curve they were the ones that contributed most to a genetic divergence. Hybridizations were suggested aiming the resistance to Asian rust, the strain UFUS 1117-06 was present in all crosses. The third chapter refers to the study of the adaptability and productive stability of the 14 soybean genotypes grown in the 2013/14, 2014/15, 2015/16, 2016/17 seasons. It was possible to conclude that the genotypesenvironments interaction is of a complex type for grain yield. UFUS 1117-01 lineage was identified as being of high stability produced by the methods of Eberhart and Russel (1966), Wricke (1965), Principal additive effects and multiplicative interaction (AMMI 1 and AMMI 2), and Centroid. UFUS 1117-07 genotype showed high stability by the methods Eberhart and Russel (1966), Wricke (1965), Lin and Binns 1988 modified by Carneiro 1999 and wide adaptability by Eberhart and Russel and Centroid. UFUS 1117-09 was identified as being adaptive to unfavorable environments by Lin and Binns modified by Carneiro, AMMI1 and Centroid, while UFUS 1117-10 presented adaptability to environments favorable to AMMI1 and Centroid and high stability by Eberhart and Russel. / Dissertação (Mestrado)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-31Bitstream added on 2014-06-13T18:39:35Z : No. of bitstreams: 1 souza_cs_me_ilha.pdf: 372222 bytes, checksum: a23d8dffc9394536874e4aba2dd0153a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O Eucalyptus urophylla destaca-se pelo potencial de utilização de sua madeira, pela sua plasticidade de adaptação a diferentes condições ambientais brasileiras e por ser tolerante ao cancro do eucalipto (Cryphonectria cubensis). A utilização de sementes melhoradas se faz necessária, considerando o iminente déficit florestal que começou no Brasil, a partir de 2004, em função da demanda por madeira ser maior que a sua oferta. Entretanto, o melhoramento dessa espécie, no Brasil, depende da existência de variabilidade genética das populações introduzidas, a qual evita a ocorrência de depressão endogâmica. O presente trabalho visa o estudo genético de uma população base de E. urophylla, originária de Flores e Timor, e instalada em Selvíria-MS. Estudou - se a variabilidade genética dessa população através de análises quantitativas. Dessa forma, os objetivos específicos do estudo foram: a) estimar a variabilidade genética para os principais caracteres silviculturais; b) estimar possíveis ganhos na seleção, utilizando-se da seleção entre e dentro de progênies e do Índice Multi-efeitos, analisando o efeito do desbaste em uma população base de E. urophylla. O experimento foi instalado em 17 de março de 1992, na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia, Campus de Ilha Solteira (FE/UNESP), localizada no município de Selvíria – MS. O teste de progênies foi instalado obedecendo a um delineamento experimental em Látice 8x8, quíntuplo, parcialmente balanceado, com 64 progênies provenientes da Estação Experimental do Instituto de Pesquisas e Estudos Florestais (IPEF/ESALQ/USP), localizada no município de Anhembi – S.P. As parcelas contêm oito árvores, no espaçamento de 3,0 x 3,0 metros. Os caracteres quantitativos avaliados e analisados foram: 1- diâmetro à altura do peito (DAP); 2- altura total da planta (H); 3- tipo de... / The Eucalyptus urophylla is detached for its wood potential of utilization for its plasticity of plasticity of adaptation in different Brazilian’s environmental conditions and for being tolerant towards the eucalyptus canker (Cryphonectria cubensis). The utilization of improved seeds is needed, considering the imminent woodland’s deficit that started in Brazil, in 2004, since the heavy Wood demand was higher than it offers. However the improvements of this specie in Brazil, depends on the existence of genetic variability of the installed populations, which avoids the occurrence of endogamous depression. The present report aims at the genetic study of a base population of E. urophylla, originated from Flores e Timor, and installed in Selvíria-MS. Its genetic variability was studied through quantitative analysis. This way, the specific objectives of this report was: a) Guess the genetic variability for the main silvicultural characters; b) Guess possible earnings in the selection, utilizing this selection among and inside the progenies and inside the progenies and the index of multi-effects, analyzing the skive effect in a base population of E. urophylla. The experiment was installed on March 17th of 1992, on the engineering university’s farm of teaching, researches, and extension, campus in Ilha Solteira (FE/UNESP), located in Selvíria - MS. The progenies test was installed obeying an experimental delineation in lattice of 8x8, quintuplet, partially balanced with 64 progenies which came from the experimental station in the woodland’s institute of researches and studies, (IPEF/ESALQ/USP), located in of Anhembi - SP. The parcels have 8 trees, in a space of 3,0 x 3,0 meters. The evaluated and analyzed quantitative characters was: 1-Diameter at chest’s height (DAP); 2-Total plant’s height (H); 3-Kind of bark (CAS); 4- Shape of the shank (FOR); 5- Bifurcation; 6- Survival (SOBR) ... (Complete abstract click electronic access below)

Os papilomavírus (PV) são vírus epiteliotrópicos e constituem um grande grupo geneticamente diverso da família Papillomaviridae que infecta diferentes espécies de mamíferos, répteis e aves. Estes vírus caracterizam-se por sua propriedade oncogênica, sendo responsáveis pela indução de tumores benignos e malignos nos epitélios cutâneo e mucoso de suas espécies hospedeiras. Nos bovinos, a papilomatose causa importantes prejuízos econômicos à pecuária de corte e leiteira, dentre as quais destacam-se as infecções secundárias, a dificuldade de amamentação do bezerro, a depreciação do couro e o descarte precoce de animais e, ainda, no caso de rebanhos de aptidão leiteira, a papilomatose mamária ocasiona dificuldade de ordenha, retenção de leite e predispõe à mastite. Independente do nível de tecnificação da exploração na pecuária, estes agentes podem ser encontrados em quase todos os países. No entanto, poucos tipos de papilomavírus bovinos (BPV) foram caracterizados até o presente momento. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar um estudo de caracterização genética e patológica das infecções causadas pelo BPV na região norte do Brasil. No Capítulo 1, buscou-se avaliar a diversidade dos BPVs em lesões cutâneas de bovinos na região Amazônica brasileira utilizando o par de primers degenerados FAP (FAP59 e FAP64) Foram encontrados os BPVs tipo 1, 2, 11, e 13 além de quatro prováveis novos tipos virais que apresentaram baixa identidade com os BPVs 7, 8, 11 e 12. No Capítulo 2, o genoma de um novo tipo de papilomavírus bovino pertencente ao gênero Xipapillomavirus, espécie Xipapillomavirus 1, foi caracterizado aplicando a técnica de amplificação por círculo rolante seguida de sequenciamento de alta eficiência utilizando a plataforma Illumina. Este novo tipo apresentou maior similaridade com o BPV3 (79% de identidade a nível genômico) e preenche os requisitos para ser considerado um novo tipo de BPV. Histopatologicamente, a lesão causada por esse novo BPV foi caracterizada como papiloma exofítico, apresentando células bem diferenciadas, marcada acantose e paraqueratose. No Capítulo 3, foi realizado o sequenciamento de um genoma completo de BPV5 utilizando o mesmo protocolo do Capítulo 2. Este foi o primeiro genoma de BPV5 da América do Sul completamente sequenciado e caracterizado. Assim, os resultados obtidos nesta tese contribuem para o melhor conhecimento da variabilidade genética do BPV e mostra a importância da utilização de ferramentas moleculares na sua caracterização, principalmente em regiões carentes de estudos e que podem abrigar tipos desconhecidos. / Papillomaviruses (PV) are epitheliotropic viruses that constitute a large genetically diverse group of the Papillomaviridae family which can infect different species of mammals, reptiles and birds. These viruses are characterized by their oncogenic properties and are responsible for the induction of benign and malignant tumors in cutaneous and mucosal epithelia. In cattle, papillomatosis causes significant economic losses to beef and dairy cattle characterized by secondary infections, calf breastfeeding difficulties, leather depreciation, early animal discarding, mammary papillomatosis, retention of milk and predisposes to mastitis. Regardless of the level of technification of livestock farming, these agents can be found in almost all countries. However, few types of bovine papillomavirus (BPV) have been characterized to date. Thereby, this work had as objective to carry out a study of genetic and pathological characterization of the infections caused by the BPV from Northern Brazil. In Chapter 1, we evaluated the genetic diversity of BPVs in bovine cutaneous lesions from Brazilian Amazon using the degenerate FAP pairs of primers (FAP59 and FAP64). BPV1, 2, 11, and 13 were found in addition to four probable new viral types that had low identity with BPVs 7, 8, 11 and 12 In Chapter 2, the whole genome of a new BPV type belonging to genus Xipapillomavirus, species Xipapillomavirus 1, was characterized applying the technique of rolling circle amplification followed by high-throughput sequencing using the Illumina platform. This new type showed greater similarity with BPV3 (79% identity at the genomic level) and fulfills the requirements to be considered a new BPV type. Histopathology was characterized by exophytic papilloma, presenting well differentiated cells, marked acanthosis and parakeratosis. In Chapter 3, a complete BPV5 genome was sequenced using the same protocol used in Chapter 2. This was the first fully sequenced and characterized BPV5 genome from South America. Thus, the results obtained in this thesis contribute to a better knowledge of the genetic variability of BPV and shows the importance of the use of molecular tools in their characterization, especially in regions that are lacking in studies and which may harbor unknown types.

O HHV-8 (herpesvírus 8 humano) é o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK). Diferentemente dos outros herpesvírus, o HHV-8 é distribuído de modo não ubíquo ao redor do mundo. São sete os principais genótipos de HHV-8, de acordo com o padrão de variabilidade da ORF K1: A, B, C, D, E, F e Z. Estudos da variabilidade genética do HHV-8 poderão trazer melhores interpretações sobre o potencial patogênico dos genótipos de HHV-8 e das variações genotípicas funcionais. Dados sobre a variabilidade genética do HHV-8 no Brasil, em que o SK é associado ao HIV, permanecem escassos. Pelo nosso conhecimento, esse é o primeiro estudo que compara a variabilidade genética de HHV-8 em indivíduos infectados por HIV com SK e sem SK no Brasil. Objetivo. O estudo visou analisar a variabilidade genética do HHV-8 entre indivíduos infectados por HIV com SK e sem histórico de SK. Métodos. Sequências de DNA de HHV-8 foram investigadas em amostras criopreservadas de células mononucleares do sangue periférico a partir de 37 indivíduos infectados por HIV com SK (grupo 1); e de amostras de saliva de indivíduos sem SK (grupo 2), as quais foram selecionadas por meio da detecção positiva de DNA/ORF73/HHV-8 a partir de um total de 751 indivíduos. Dados demográficos e clínicos do estadio e evolução do SK, assim como parâmetros laboratoriais foram caracterizados. As análises moleculares e reconstruções filogenéticas foram baseadas nas ORFs K1 e K12 do HHV-8. Resultados. Foram obtidas sequências de DNA dos loci K1 e/ou K12 de 75 indivíduos, 34 indivíduos do grupo 1 e 41 do grupo 2. O sistema de primers empregado foi capaz de detectar os genótipos A, B, C, F e amplo perfil de subgenótipos de K1/HHV-8. Os dados não mostraram associação de genótipos de HHV-8 com a presença de SK ou estadio de SK. Todavia, o subgenótipo B1 predominou naqueles em que não houve registro de piora de SK (p=0,04). Os subgenótipos B1 e C3 foram igualmente predominantes em ambos os grupos. As frequências do genótipos A foram de 24% e 12,2% e dos genótipos B e C foram de 34,1 e 35,3%, nos grupos 1 e 2, respectivamente. O genótipo F foi descrito pela primeira no Brasil, um caso de cada grupo. Um amplo perfil de subgenótipos de C no grupo 2 sem SK foi encontrado (C1, C2, C3, C5 e C7). Subgenótipos K1 C5 e C7, exclusivos do grupo 2 (7%), foram confirmados como recombinantes. Não houve variabilidade genotípica de HHV-8 em amostras biológicas diferentes do mesmo indivíduo em oito casos estudados. Sítios polimórficos (6/59) em regiões codificadoras de miRNA do locus K12 foram observados, sendo 70% presentes exclusivamente em sequências de HHV-8 do grupo com SK e protótipos de SK. Conclusão. Embora não houvesse associação entre genótipos de HHV-8 e presença ou estadio de SK, o subgenótipo B1 foi significativamente relacionado ao melhor prognóstico de SK. Alguns recombinantes foram observados no locus K1 de HHV-8 em indivíduos do grupo 2 sem SK. A presença de SNPs em regiões codificadoras de miR12-12 e miR12-10 predominou em sequências de HHV-8 de indivíduos com SK, grupo 1, e protótipos de SK epidêmico, endêmico e clássico. A escoha de primers foi importante para garantir a amplificação de todos os genótipos e amplo perfil de subgenotipos de HHV-8. / HHV-8 (Human Herpes Virus 8) is the etiological agent of Kaposi\'s sarcoma (KS). Unlike other herpesviruses, the distribution of HHV-8 is not so ubiquitous around the world. There are seven major HHV-8 genotypes, according to the variability pattern of the ORF K1: A, B, C, D, E, F and Z. Studies on the genetic variability of HHV-8 may help to better understand the pathogenic potential of HHV-8 genotypes and their functional genotypic variations. Data on the genetic variability of HHV-8 in Brazil, where KS is associated with HIV infected people, remain scarce. To our knowledge, this is the first study comparing the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with KS and without KS in Brazil. Objective. The study aimed to analyze the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with and without KS. Casuistry and Methods. HHV-8 DNA sequences were obtained from samples of cryopreserved peripheral blood mononuclear cells from 37 individuals infected with HIV-KS (group 1); and saliva from individuals without KS (group 2) who were selected by means of detection of positive DNA/ORF73/HHV-8 from a total of 751 individuals. Demographic and clinical data (stage and progression of KS), as well as laboratory parameters were characterized. Molecular analysis and phylogenetic reconstructions were based on sequences of the ORFs K1 and/or K12 of HHV-8. Results. K1 and/or K12 DNA sequences of HHV-8 were obtained from 75 subjects, 34 from group 1 and 41 from group 2. The primer system used was able to detect the genotypes A, B, C, F and a wide profile of HHV- 8 K1 subgenotypes. Data showed no association of genotypes with the occurrence of KS or with visceral KS either. However, subgenotype B1 predominated in individuals who did not report any progression of KS (p=0.04). Subgenotypes B1 and C3 were equally prevalent in both groups. Genotype A frequencies were 24 % and 12.2% and genotypes B and C were 34.1 and 35.3 % in groups 1 and 2, respectively. We also described here for the first time the genotype F of HHV-8 in Brazil. A wide profile of subgenotypes C (C1, C2, C3, C5 and C7) in the group without KS was found. HHV-8 K1 DNA sequences of group 2 (7%) belonging to subgenotypes C5 and C7 were confirmed as recombinants. Our findings did not show virus variability in the same patient in samples collected at different times or from different biological material in the eight cases studied here. There was no statistical difference regarding the presence/absence of a given SNP from locus K12 between groups with and without KS. However, there were a total of 6/59 polymorphic sites in coding regions of miRNA, 70% of which present only in the HHV-8 DNA sequence of group with KS and KS prototypes. Conclusion. Although there was no association between HHV-8 genotypes and the presence of KS and KS clinical stage, subgenotype B1 was significantly related to the absence of progression of KS. Some recombinants in K1/HHV-8 locus were observed in the group without KS. The presence of SNPs in coding regions of miR12-12 and miR12- 10 predominated in sequences of HHV- 8 of SK cases (group 1) and of epidemic, endemic and classic KS prototypes. The choice of primers was essential to ensure amplification of all HHV- 8 genotypes and wide profile de subgenotypes.

Ctenomys minutus é um roedor subterrâneo que ocorre em uma estreita faixa da Planície Costeira dos Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, apresentando onze diferentes números cariotípicos (2n = 42, 46a, 46b, 47a, 47b, 48a, 48b, 49a, 49b, 50a e 50b). Os esforços deste trabalho se concentraram em caracterizar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre diferentes populações de C. minutus em associação com a distribuição geográfica e os polimorfismos cromossômicos das populações. A estrutura genética geográfica de C. minutus foi avaliada através de 407pb da região controladora do DNA mitocondrial (mtDNA), em toda a distribuição geográfica da espécie, e através de cinco loci de microssatélites para espécimes distribuídos desde as proximidades das cidades de Mostardas até Jaguaruna. Foram encontrados 34 haplótipos pela análise de 187 indivíduos através do mtDNA e 65 alelos em 202 espécimes para os dados de microssatélites. Grande parte dos haplótipos encontrados está retrita a uma única população, sendo que os compartilhados ocorrem entre populações vizinhas pertencentes a zonas híbridas intra-específicas. As análises de diferenciação genética foram consistentes com o modelo simples de isolamento pela distância (r = 46.98%, P = 0.00; r = 34.86%, P = 0.039), através dos dados de mtDNA e loci de microssatélites, respectivamente. Um possível padrão de expansão populacional recente foi rejeitado através dos testes de neutralidade de FS de Fu e D de Tajima (Fs = - 1.676, P = 0.36; D = 0.696; P = 0.81) e o gráfico de distribuição de mismatch. Os resultados indicaram que, em geral, as populações encontram-se fortemente estruturadas, apresentando baixos níveis ou ausência de fluxo gênico (valor global para mtDNA: FST = 0.8561). Para os dados de microssatélites a maior parte das comparações de fluxo gênico pareadas entre as populações foram significativamente divergentes, com 56.36% e 72.72% dos valores de FST e RST maiores do que 0.15, respectivamente. Os espécimes estudados, provavelmente, não são pertencentes a uma população panmítica, e as potenciais barreiras geográficas, como rios, encontrados ao longo da Planície Costeira dos Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina parecem não ter agido, até o momento, como barreiras efetivas ao fluxo gênico entre diferentes populações de C. minutus de acordo com os dados de mtDNA. Os diferentes cariótipos compartilhados por esta espécie também parecem não representar barreiras efetivas ao fluxo gênico, com exceção do sistema “b” (2n = 46b, 47b, 48b, 49b and 50b) que forma um agrupamento separado, com seus portadores não hibridizando com os de outros cariótipos. Os resultados obtidos para C. minutus neste estudo confirmam alguns pressupostos para roedores subterrâneos, como pequenas populações fragmentadas associadas com baixos níveis de dispersão dos indivíduos com hábitos tipicamente solitários. / The subterranean rodent Ctenomys minutus occurs in a narrow stretch of the Brazilian coastal plain in the states of Rio Grande do Sul and Santa Catarina, showing eleven different karyotypes (2n = 42, 46a, 46b, 47a, 47b, 48a, 48b, 49a, 49b, 50a and 50b). In this work the effort was focalized on the genetic variability characterization and gene flow of different C. minutus populations in association with the geographical distribution and chromosomal polymorphisms of the populations. The geographical genetic structure of C. minutus was accessed using 407 pb of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, for all range distribution of this species, and five microsatellite loci from specimens distributed from the areas of the town from Mostardas to Jaguaruna. 34 haplotypes were found in the analysis of 187 individuals for mtDNA, and 65 alleles for the 202 specimens for the microsatellite data. Most of the haplotypes were exclusive and the shared ones were observed among populations in the same intra-specific hybrid zone. The analysis of genetic differentiation were consistent with a simple model of isolation by distance (r = 46.98%, P = 0.00; r = 34.86%, P = 0.039) accordingly to mtDNA and microssatelite data, respectively. A pattern of recent population expansion was rejected according to the Fu’s FS and Tajima’s D neutrality tests (Fs = - 1.676, P = 0.36; D = 0.696; P = 0.81) and the mismatch distribution analysis. Results indicated that the most of the populations are strongly structured, having low levels or absence of gene flow (global mtDNA FST = 0.8561). For the microsatellite data most of the pairwise population gene flow comparisons were significantly divergent, with 56.36% and 72.72% of the FST and RST values being longer than 0.15, respectively. The specimens studied probably do not belong to a panmictic population, and the potential geographical barriers, like rivers, along the coastal plain of Rio Grande do Sul and Santa Catarina do not seem to be effective barriers to gene flow among populations of C. minutus, until this moment, according to the mtDNA. Likewise, the different karyotypes observed for this species do not represent effective barriers to reproduction, with the exception of the “b” system (2n = 46b, 47b, 48b, 49b and 50b), which forms a separate cluster and whose carriers do not hybridize with those of the other karyotypes. These results confirm some predictions for subterranean rodents such as small and fragmented populations associated with low levels of adult dispersal, with typically solitary habits.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-20T11:40:43Z No. of bitstreams: 1 Rebeca Rocha Cardoso.pdf: 3507705 bytes, checksum: 7b8fdfe5d7395b5f99a73f29bccf1d05 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T11:40:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rebeca Rocha Cardoso.pdf: 3507705 bytes, checksum: 7b8fdfe5d7395b5f99a73f29bccf1d05 (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Red rice belongs to the same species of traditional rice (Oryza sativa L.) and was introduced in Brazil in the seventeenth century, when it became widely consumed in the country. In Brazil, the central zone of semi-arid northeastern region stands out as producer and consumer. This particular rice, rich in proteins, minerals and vitamins B1, differs from the traditional white rice, among other things, the kernel color, shape and composition, as well as longer cycle, pubescence and low productivity, the latter being aggravated by low selection due to limited cultivation. Morphological characterization and agronomic varieties of red rice and used in existing germplasm collections and seed banks is an important tool to be used in future breeding programs. Thus, as the goal of breeding is to rescue, preserve and generate genetic variability for crop areas is important to have knowledge of the characters of cultivated varieties from morphological and agronomic. Based on this importance, the present study was to characterize six varieties of red rice (Vermelho, Cáqui, MNA PB 0405, MNA PB 0728, MNA RN 0802 e MNA RN 0803) through morphological and agronomic, to obtain information to assist in the selection of rice varieties Red-promising and better use of available germplasm. There was green leaf color, pubescence average limbo aurícolas of pale green, ligules colorless, erect flag leaf, straw-yellow color in the glumes, lemma and palea hairy, absence of awns and easy shattering, tall and panicle averages in all varieties, straw color of palea and lemma and apiculus grain, caryopsis red and half-elongated grains in most varieties. The varieties MNA PB 0728, MNA RN 0802 and Cáqui belong to the class of long grain, MNA PB 0405 to medium grain, while the varieties Vermelho and MNA RN 0803 to the class of mixed grains. The seeds of all varieties have translucent and chalky endosperm. The varieties MNA PB 0405, MNA RN 0802 and MNA RN 0803 were the varieties with high germination percentage. Only varietie MNA RN 0803 show germination above the minimum limits allowed. / O arroz-vermelho pertence à mesma espécie do arroz tradicional (Oryza sativa L.) e foi introduzido no Brasil no século XVII, quando passou a ser bastante consumido no país. No Brasil, a zona central do semiárido nordestino se destaca como região produtora e consumidora. Este arroz especial, rico em proteínas, sais minerais e vitaminas B1, se diferencia do arroz branco tradicional, entre outros aspectos, pela coloração dos grãos, forma e composição, além do ciclo mais longo, pubescência e baixa produtividade, agravada pela baixa seleção devido ao cultivo limitado. A caracterização morfológica e agronômica de variedades de arroz-vermelho utilizadas e existentes em coleções de germoplasma e bancos de sementes é uma ferramenta importante para ser usada em futuros programas de melhoramento genético. Assim, como o objetivo do melhoramento genético é resgatar, preservar e gerar variabilidade genética para as áreas de cultivo é importante que se tenha conhecimento dos caracteres das variedades cultivadas, a partir de caracterização morfológica e agronômica. Com base nesta importância, o presente trabalho foi realizado visando caracterizar seis variedades de arroz-vermelho (Vermelho, Cáqui, MNA PB 0405, MNA PB 0728, MNA RN 0802 e MNA RN 0803) através de descritores morfológicos e agronômicos e qualidade fisiológica de sementes, visando obter informações que auxiliem na seleção de variedades de arroz-vermelho promissoras e na melhor utilização do germoplasma disponível. Verificou-se cor da folha verde, pubescência média do limbo, aurícolas de cor verde-clara, lígulas incolores, folha bandeira de postura ereta, cor amarelo-palha nas glumelas, lema e pálea pilosa, ausência de aristas e fácil degrane, porte alto e panículas médias em todas as variedades, cor palha da lema e pálea e do apículo do grão, cor vermelha da cariopse e grãos meio-alongados na maioria das variedades. As variedades MNA PB 0728, MNA RN 0802 e Cáqui pertencem à classe de grãos longos, MNA PB 0405 a de grãos médios, enquanto as variedades Vermelho e MNA RN 0803 à classe de grãos misturados. As sementes de todas as variedades estudadas possuem endosperma translúcido e farináceo. As variedades MNA PB 0405, MNA RN 0802 e MNA 0803 foram as variedades com maiores porcentagens de germinação. Apenas a variedade MNA RN 0803 apresentou germinação acima dos limites mínimos permitidos.

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-06-28T18:01:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) AnaPavla_Tese.pdf: 2030041 bytes, checksum: d62d754a4e28b637ecec9ecbd30a1fb2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T18:01:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) AnaPavla_Tese.pdf: 2030041 bytes, checksum: d62d754a4e28b637ecec9ecbd30a1fb2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / CAPES / Cerca de 265 mil mulheres morrem todos os anos vítimas de câncer cervical. Infecções persistentes causadas por Papilomavírus humano de alto risco oncogênico (HR HPVs) é uma condição necessária, porém não suficiente para o desenvolvimento de lesões cervicais e câncer cervical. Dessa forma, diversos fatores ambientais e genéticos estão envolvidos na carcinogênese cervical. Dentre os fatores genéticos, as variantes genéticas dos HR HPVs parecem estar relacionados com o risco de infecções persistentes e desenvolvimento de lesões e câncer cervical. Assim, o presente estudo investigou: 1) A variabilidade genética de um fragmento do gene L1 dos HPV16, 31, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70 e 81 em amostras biológicas de pacientes oriundos dos Estados de Pernambuco, Alagoas e Sergipe, Nordeste do Brasil; 2) A variabilidade genética da LCR dos HR HPVs 16, 31 e 58 oriundas de pacientes dos Estados de Pernambuco, Alagoas e Sergipe, Nordeste do Brasil; 3) Uma possível associação entre os polimorfismos virais do gene L1 e o risco para desenvolver lesões cervicais nas pacientes do Nordeste do Brasil. Para tanto, a detecção do DNA viral foi realizada em amostras biológicas de 784 pacientes. Os fragmentos parciais do gene L1 e da LCR dos HPVs mencionados foram sequenciados. Análises in silico de possíveis epitopos de células B e de células T foram efetuadas nas regiões de mutação não-sinônima no gene L1. Além disso, análises in silico dos sítios de ligação dos fatores transcricionais foram realizadas em regiões de alteração nucleotídica da LCR. Foram detectados 23 tipos de HPVs: HPVs 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70, 72, 81, 82, 83 e 84. Com relação ao gene L1 dos HPV analisados, foram detectadas 98 mutações, sendo 96/98 substituições de bases, 1/98 deleção e 1/98 inserção de nucleotídeo. Dentre estas alterações nucleotídicas no gene L1, 29,6% são mutações não sinônimas. Ademais, 18,36% das variações detectadas no gene L1 estavam inseridas em epitopos de células B, 25,5% inseridos em regiões de MHC Classe I e 18,36% inseridos em regiões de MHC Classe II. Um total de 8,1% das variações genéticas observadas no gene L1 dos HPV estudados foram descritos pela primeira vez na literatura. Em relação a LCR, foram detectadas 95 mutações, sendo 88/95 substituições de bases, 5/98 deleções e 2/95 inserções de nucleotídeos. Um total de 51,5% das mutações detectadas estão inseridas em sítios de ligação dos fatores transcricional celular e/ou viral. Além disso, 3,1% das variações genéticas encontradas na LCR foram descritas pela primeira vez na literatura. As análises filogenéticas mostraram a presença das variantes A e D do HPV16, A e C do HPV31 e A, B, C e D do HPV58 circulante no Nordeste do Brasil. Com relação a repercussão biológica das mutações do gene L1 do HPV16, não foram observadas associações significativas (p>0.05) entre os polimorfismos do gene L1 e o risco para desenvolver lesões cervicais. Entretanto, a combinação de determinados alelos destes polimorfismos virais está fortemente associada com o risco de desenvolver lesão cervical. Assim, a detecção das principais variantes e de alterações nucleotídicas com potencial impacto biológico circulantes no Nordeste Brasileiro é importante face as diferenças na patogenicidade dos HPVs. / Approximately 265 thousand women die every year from cervical cancer. Persistent infections caused by high oncogenic risk Human papillomavirus (HR HPV) are necessary but not sufficient condition for the development of cervical lesions and cervical cancer. Therefore, several environmental and genetic factors are involved in cervical carcinogenesis. Concerning the genetic factors, variants of HR HPV seem to be related to the risk of persistent infections and the development of lesions and cervical cancer. In this sense, the present study aimed to investigate: 1) The genetic variability of a L1 gene fragment from HPV16, 31, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70 and 81 in biological samples of patients from Pernambuco, Alagoas and Sergipe states, Northeastern Brazil; 2) The genetic variability of the LCR of HR HPVs 16, 31 and 58 of patients from from Pernambuco, Alagoas and Sergipe states, Northeastern Brazil; 3) Possible association between the viral polymorphisms of the L1 gene and the risk to develop cervical lesions in patients from the Brazilian Northeast. To achieve that, viral DNA detection was performed in biological samples from 784 patients. Partial fragments of the L1 gene and the LCR of the abovementioned HPVs were sequenced. In silico predictions of possible B cells and T cells epitopes were performed in regions of non-synonymous mutation of the L1 gene. Moreover, in silico predictions of the binding sites of transcriptional factors were performed in nucleotide change regions within LCR. Twenty-three HPV types were detected: HPVs 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70, 72, 81, 82, 83 e 84. Regarding the L1 gene from the analyzed HPVs, 98 mutations were detected, in which 96 are nucleotide substitutions, 1 is deletion and 1 is nucleotide insertion. Among these nucleotide changes in the L1 gene, 29.6% are non-synonymous mutations. Moreover, 18.36% of the nucleotide changes are located in B cell epitopes, 25.5% located in MHC Class I regions and 18.36% located in MHC Class II regions. Finally, 8.1% of the genetic variations in the L1 gene of the studied HPVs were observed for the first time. Concerning LCR, 95 mutations were detected, in which 88 are nucleotide substitutions, 5 are deletions and 2 are nucleotide insertions. A total of 51.5% of the detected mutations are located in binding sites of cellular and/or viral transcriptional factors. Additionally, 3.1% of the genetic variations found in LCR were described for the first time. Phylogenetic analisys showed the presence of A and D variants of the HPV16, A and C variants of the HPV31, and A, B, C and D variants of the HPV58 circulating in the Brazilian Northeast. In regard to the biological repercussion of the L1 gene mutations of the HPV16, no significant associations were observed (p>0.05) between L1 gene polymorphism and the risk to develop cervical lesions. However, the combination of certain alleles from these viral polymorphisms is firmly associated to the risk to develop cervical lesion. Thus, the detection of the main circulating variants with potential biological impact in the Brazilian Northeast is important in view of the differences in the pathogenicity of the HPV.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_liane_thurow.pdf: 690839 bytes, checksum: 6d23772ac7732bb0c45028fd46e4bcf0 (MD5) Previous issue date: 2013-10-18 / Based on the advanced knowledge in genomic, marker-assisted selection shows up as a promising strategy especially to accelerate the development of new cultivars in perennial species, such as peach. In this context, this dissertation addressed the current situation and the prospects of using marker-assisted selection in peach breeding programs as well as to characterize the genetic variability and population structure of an association panel representative of peach germplasm available in Brazil through SSR analysis. Based on a literature review, it was seen that a high number of QTL (Quantitative Trait Loci) is identified in genetic maps of peach, but, despite the importance of the characters studied, the use of markerassisted selection has been incipient by breeding programs. By the other side, with the recent completion of the sequencing of the peach genome, the perspective is that the low use of molecular tools by peach breeding program will change in the coming years. In this trend, the genetic variability present in the association panel representative of peach germplasm in Brazil is quite relevant. On the other hand, this germplasm is structured into two subpopulations according to the fruit flesh type, melting or non-melting, with some genotypes being a mixture of both types of fruit flesh. Greater variability is available in the melting flesh group. These results show that the association panel is suitable for association studies given its relevant genetic variability. However, it should be taken into account in the association studies the genetic structure intrinsic to this germplasm to avoid the identification of false markertrait associations. / Com base no avanço do conhecimento de genômica a seleção assistida por marcadores mostra-se como uma estratégia bastante promissora especialmente para acelerar o desenvolvimento de novas cultivares em espécies perenes, como o pessegueiro. Nesse contexto, esta dissertação aborda a situação atual e as perspectivas do uso de seleção assistida por marcadores moleculares no melhoramento genético de pessegueiro, assim como caracteriza a variabilidade genética e a estrutura de população do painel associativo de pessegueiro representativo do germoplasma disponível no Brasil por meio da análise de 10 loci SSR (Simple Sequence Repeats). Com base na literatura, um elevado número de QTLs (Quantitative Trait Loci) está identificado em mapas genéticos de pessegueiro, mas, apesar da importância dos caracteres envolvidos, até o momento o uso de seleção assistida por marcadores tem sido incipiente pelos programas de melhoramento. Por outro lado, com a conclusão recente do sequenciamento do genoma do pessegueiro, a perspectiva é de que essa realidade mude nos próximos anos. Corroborando com essa tendência, o primeiro passo para a seleção assistida por marcadores moleculares é conhecer a variabilidade genética presente no germoplasma de pessegueiro disponível no Brasil. Nesse sentido, os resultados desse trabalho mostram grande variabilidade genética no germoplasma avaliado. Porém, esse germoplasma está estruturado em duas subpopulações bem definidas e agrupadas de acordo com o tipo de polpa, fundente e não-fundente, com alguns acessos apresentando mistura de ambos, entre os quais a maior variabilidade está disponível dentro do subgrupo fundente. Com base nos resultados infere-se que o germoplasma avaliado é adequado para estudos de mapeamento associativo, dada a sua expressiva variabilidade genética, mas deve ser levada em consideração a estrutura genética desse germplasma a fim de evitar a identificação de associações falso-positivas entre marcadores e fenótipos de interesse.