Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-26T14:06:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ReplicacaoViralPadrao.pdf: 2703656 bytes, checksum: ccbaf5da11f1dbae865d35717cc46fc9 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-27T13:37:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ReplicacaoViralPadrao.pdf: 2703656 bytes, checksum: ccbaf5da11f1dbae865d35717cc46fc9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T13:37:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ReplicacaoViralPadrao.pdf: 2703656 bytes, checksum: ccbaf5da11f1dbae865d35717cc46fc9 (MD5) Previous issue date: 2015-07-13 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os arbovírus pertencentes ao gênero Flavivirus (Família Flaviviridae) são responsáveis por considerável morbi-mortalidade, podendo causar quadros graves de encefalite, febre hemorrágica, hepatite e doença febril em vertebrados, incluindo humanos. O flavivírus Rocio (VROC) é de grande importância para a saúde pública no Brasil, pois representa uma grave ameaça de ocorrência de súbitos surtos de encefalite. A imunopatologia das encefalites causadas por flavivírus ainda não está completamente esclarecida e muitos aspectos inerentes à modulação das respostas imunes do SNC carecem por ser desvendados. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi analisar o padrão de expressão gênica de citocinas em cultura primária de células neurais submetidas à infecção pelo vírus Rocio. Culturas primárias mistas (neurônio/glia), obtidas a partir de cérebros de camundongos isogênicos neonatos da linhagem BALB/c, foram inoculadas com o VROC (MOI igual a 2) no sétimo dia de cultivo, a confirmação da infecção foi feita por imunocitoquímica (anti-VROC). Quantificou-se a replicação viral nas culturas primárias infectadas, em função do período infeccioso, pelo método da titulação viral. O RNA celular total foi extraído e utilizado para a detecção de citocinas através da técnica de RT-qPCR em tempo real. O estudo demonstrou que cultura primária de células neurais constitui um bom modelo experimental para estudo de infecções do SNC pelo flavivírus Rocio. O VROC infectou eficientemente a cultura primária de células neurais gerando alterações citopatogênicas a partir do 2º dia p.i., momento em que se detectou maior título viral. A cultura primária infectada com o VROC sobreviveu até 7 dias p.i. e a quantificação da carga viral revelou uma cinética de replicação viral compatível com a cinética de morte celular da cultura infectada pelo VROC. Durante os cinco primeiros dias p.i. da cultura primária, houve redução da expressão gênica de INF-α, INF-β, INF-γ e IL-1β, não houve alteração na expressão de TNF-α e houve aumento na expressão de TGF-β no 1º, 3º e 5º dia p.i. Os achados deste estudo sugerem que o VROC tem a capacidade de regular negativamente a expressão de citocinas moduladoras das respostas imunes antivirais e inflamatórias e que, neste modelo experimental, a imunorregulação exercida pelo TGF-β predomina sobre a modulação das respostas imunes antivirais e inflamatórias, sendo necessários maiores estudos para elucidar a imunopatologia da infecção do SNC pelo VROC. / Arboviruses belonging to the genus Flavivirus (Flaviviridae family) are responsible for considerable morbidity and mortality, may cause severe cases of encephalitis, hemorrhagic fever, hepatitis and febrile disease in vertebrates, including humans. Rocio flavivirus (ROCV) is very important for public health in Brazil, as it represents a serious threat of occurrence of sudden encephalitis outbreaks. The immunopathology of encephalitis caused by flavivirus is not yet fully understood and many aspects involved in modulation of immune responses in the CNS need to be unraveled. Thus, the aim of this study was to analyze the pattern of gene expression of cytokines in primary culture of neural cells when exposed to infection with Rocio. Mixed primary cultures (neuron/glia), obtained from the brains of BALB/C lineage isogenic newborns mice were inoculated with ROCV (MOI equal to 2) on the seventh day of culture and confirmation of infection was made by immunocytochemistry (anti-VROC). Viral replication was quantified in infected primary cultures, depending on the infectious period, by viral titer method. Total cellular RNA was extracted and used for detection of cytokines by real time RT-qPCR techniques. The study showed that primary cultures of neural cells is a good experimental model for the study of CNS infections by Rocio flavivirus. ROCV efficiently infected the primary cultured neural cells leading to cytopathic changes from the 2nd day a.i., when it detected the higher viral titer. The ROCV-infected primary culture survived up to 7 days a.i. and quantification of viral load showed a viral replication kinetics compatible with cell death kinetics of culture infected by ROCV. During the first five days a.i. of the primary culture, there was reduction of IFN-α gene expression, IFN-β, IFN-γ and IL-1β, there was no change in TNF-α expression and there was an increase in TGF-β expression in the 1st, 3rd and 5th day a.i.. The findings of this study suggest that ROCV has the ability to downregulate modulators cytokines of antiviral and inflammatory immune responses and, in this experimental model, immunoregulation exerted by TGF-β predominates over the modulation of inflammatory and antiviral immune responses, larger studies are needed to elucidate immunopathology of CNS infection by ROCV.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-26T14:08:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RelacaoNiveisCelulas.pdf: 1497302 bytes, checksum: 78ac1c0249801de7e4874f91cccef7f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-27T13:37:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RelacaoNiveisCelulas.pdf: 1497302 bytes, checksum: 78ac1c0249801de7e4874f91cccef7f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T13:37:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RelacaoNiveisCelulas.pdf: 1497302 bytes, checksum: 78ac1c0249801de7e4874f91cccef7f3 (MD5) Previous issue date: 2015-08-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estudos anteriores mostraram haver uma relação direta entre níveis de linfócitos T CD4+ e taxas evolutivas do HIV-1 (DIAZ et al., 2008; LEMEY et al., 2007; NOSTROM et al., 2014). Além disso, outros fatores também afetam a variabilidade do no gene env: por exemplo ação de anticorpos neutralizantes - Nabs (FROST et al., 2005), a variação nos sítios de glicosilação (LEAL et al., 2012; LEAL et al., 2008), a ligação nos receptores da célula alvo (i.e., CD4, CXCR4, CCR5), e ainda, a escolha dos receptores CCR5 para CXCR4 (MILD et al., 2013). Com isso a relação entre diversificação viral e níveis células T CD4+ no gene env pode ser circunstancial. O gene vif, por outro lado, é mais conservado e não sujeito ao viés presente no gene env (i.e., sítios de glicosilação, etc.). Assim, para estudar a influência dos níveis de células T CD4+ na variabilidade do HIV, foi usado a estimativa do regime seletivo (dN e dS) através do modelo de códons e análise filogenética de indivíduos não relacionados (inter-hospedeiro). Foram utilizadas sequências do HIV-1 de indivíduos não correlacionados, obtidas a partir do banco de dados de Los Alamos. As sequências foram separadas em categorias de níveis de linfócitos T CD4, e posteriormente analisadas. A análise mostrou não haver relação direta entre os níveis de células T CD4+ e as taxas evolutivas em gp120 e no gene vif do HIV-1 dos subtipos B e C em uma abordagem populacional. / Previous studies have shown a direct relationship between levels of CD4+ Tlymphocytes and evolutionary rates of HIV-1 (DIAZ et al, 2008; LEMEY et al, 2007; NOSTROM et al, 2014.). Other factors also affect the variability of the env gene: for example function of neutralizing antibodies - Nabs (FROST et al., 2005), the variation in glycosylation sites; (LEAL et al, 2012 LEAL et al., 2008), binding to target cell receptors (i.e, CD4, CXCR4, CCR5), and also the switch from CCR5 to CXCR4 receptor (MILD et al., 2013). Thus, the relationship between viral levels diversification and CD4 + T cells in the env gene can be circumstantial. The vif gene, on the other hand, it is retained and not subject to bias present in the env gene (i.e, glycosylation sites, etc.). Thus, to study the influence of CD4 + T cells levels in HIV variability, the estimate of the selective regimes was used (Nonsynonymous Substitutions - dN and Synonymous Substitutions - dS) by a codon-based model and phylogenetic analysis of unrelated individuals (inter-host). HIV-1 sequences were used of the not-correlated individuals, obtained from the Los Alamos Database. The sequences were separated into CD4+ levels of categories and then analyzed. The analysis revealed no direct correlation between CD4+ T cell levels and evolutionary rates in gp120 and vif gene from HIV-1, subtypes B and C in a population approach.

O Vírus Respiratório Sincicial Humano (hRSV) é o patógeno mais comumente associado à doença do trato respiratório inferior em lactentes e crianças. Altas taxas de admissão hospitalar, freqüência de casos e severidade da doenças foi demonstrado em crianças abaixo de dois anos de vida. A freqüência de casos positivos durante o ano de 2004 foi de 43% (188/435) das amostras coletadas no Hospital Universitário/USP na cidade de São Paulo e os isolados brasileiros do grupo A e B agruparam-se nos genótipos previamente caracterizados: GA2, GA5, SAB1, SAB4 e BA like, respectivamente. Palivizumab (PZ) é atualmente o único anticorpo monoclonal disponível para uso em humanos para infecções causadas pelo HRSV. Foi observado o surgimento de escapes mutantes ao PZ in vivo e in vitro, sendo que estas mutações no gene F determinam resistência ao palivizumab. Nós avaliamos através de seqüenciamento da região F1 a ocorrência de escapes mutantes em aspirados de nasofaringe. Realizamos RT-PCR para amplificação de fragmentos do gene F e as seqüências de nucleotídeos foram determinadas. As 30 seqüências analisadas não revelaram mutações ao PZ e através desses dados podemos aferir que o PZ usado profilaticamente em grupos específicos da população é eficaz. / The Respiratory Syncytial Virus (RSV) is the most common cause of lower respiratory tract disease in infants and young children. RSV has high rates of hospital admission and the frequency and severity of infections caused by RSV were assessed in children 2 years of age. In our study the frequency of RSV detection during 2004 was 43% (188/435) of the samples collected from Hospital University/USP in São Paulo city. Partial sequences of G protein gene of 45 isolates from group antigenic A and 8 isolates from antigenic group B were clustered into previously characterized genotypes: GA2,GA5,SAB1, SAB4 e BA like, respectively. Palivizumab (PZ) is the only monoclonal antibody currently available for uses in humans against RSV infectious disease. Here we evaluated the potential for PZ-resistant RSV mutants to arise in clinical samples. Samples from aspirates nasopharyngeal, reverse-PCR-amplified F gene fragments, and the nucleotide sequences were determined. In thirty sequences no revealed F gene mutations. This work shows that palivizumab prophylaxis is safe and efficacious.

Orientador: Hélio José Montassier / Banca: Clarice Weins Arns / Banca: Adolorata Aparecida Bianco Carvalho / Resumo: A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença infecciosa que está amplamente disseminada entre as criações avícolas brasileiras e é uma das enfermidades virais que mais têm causado perdas econômicas na atualidade. Portanto, a rápida detecção e identificação do agente causal são imprescindíveis para que medidas eficazes de controle sejam prontamente tomadas. Para tanto, é necessário que os métodos de diagnóstico empregados sejam sensíveis, específicos, rápidos e também de baixo custo. Nesse contexto, a técnica de RTPCR em tempo real abordada no presente estudo permitiu a amplificação de duas regiões de hipervariabilidade do gene S1 de 17 estirpes diferentes do vírus da BIG (VBI), que foram testadas, mas não foi capaz de amplificar nenhum dos RNAvírus heterólogos analisados (vírus da doença de Newcastle, pneumovírus aviário e vírus da doença de Gumboro). Com essa mesma técnica foi possível fazer a diferenciação em grupos geneticamente distintos, de estirpes do VBI através de análises das curvas de dissociação de fragmentos amplificados a partir das regiões de hipervariabilidade gênica I e II do gene S1. A RT-PCR em tempo real desenvolvida apresentou maior sensibilidade na detecção do VBI em amostras teciduais, quando comparada à técnica padrão de Isolamento Viral em ovos embrionados de galinha... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The avian infectious bronchitis virus (IBV) is an infectious disease widely spread in Brazilian commercial poultries where causes significant economical losses. Rapid and accurate diagnosis of the IBV strain involved in a field outbreak is necessary to establish an effective control of this disease. The real-time RT-PCR performed in this study to amplify two hypervariable regions of S1 gene, was able to detect 17 IBV strains, e.g., nine reference strains (including Massachussets, Connecticut, JMK, SE 17 and Iowa serotypes) and eight Brazilian field isolates, whilst non-related avian viral pathogens such as Newcastle disease virus, Avian Pneumovirus and Gumboro disease virus were not detected. The differentiation between IBV strains was accomplished using the melting curve analysis of the amplified fragments corresponding to the hypervariable regions I and II of S1 gene. The real-time RT-PCR developed here showed a higher rate of IBV detection in tissue samples of experimentally infected chickens, when compared to the goldstandard technique of Viral Isolation in embryonated chicken eggs, and the same rate of detection was found for the conventional RT-PCR... (Complete abstract, click electronic access below) / Mestre

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

O presente estudo foi conduzido com o objetivo de determinar se a sensibilidade do teste de Soroneutralização (SN) seria afetada quando utilizados distintos subtipos de herpesvírus bovino tipos 1 (BoHV-1) e 5 (BoHV-5). Dessa forma, soros de bovinos, coletados randomicamente (n= 287) foram testados por SN frente a três amostras de BoHV-1 (BoHV-1.1: EVI123/98 e Los Angeles (LA); BoHV-1.2a: SV265/96) e três amostras de BoHV-5 (BoHV-5a: EVI88/95; BoHV-5b: A663 e BoHV-5c: ISO 97/95), utilizando um período de incubação soro-vírus de 24 horas. A sensibilidade da SN variou significativamente dependendo da amostra viral utilizada. Esta variação foi de 77% (80/104 soros positivos) até 91% (95/104) com as amostras ISO 97/95 e LA, respectivamente, quando cada vírus foi considerado individualmente. A sensibilidade máxima (104/104) foi obtida quando os resultados positivos de uma combinação particular de quatro vírus (LA + EVI123 + SV265 + A663), algumas combinações de cinco vírus, ou ainda, todos os seis vírus foram adicionados. Estes resultados evidenciaram que quando a SN é realizada frente a uma única amostra viral, a sensibilidade pode variar significativamente, podendo comprometer programas de controle e erradicação das infecções por estes agentes. Além disso, a realização de SN frente a diferentes isolados virais mostrou aumentar significativamente a sensibilidade do teste. Com isso, a caracterização de novos isolados de campo pode favorecer futuras avaliações de diferentes subtipos de BoHV-1 e BoHV-5 e contribuir com a escolha de amostra e/ou combinação de amostras mais sensíveis. Deste modo, buscou-se caracterizar isolados de campo de BoHV-1 e BoHV-5 com base na análise molecular da região carboxi-terminal do gene que codifica a glicoproteína C (gC) e na análise com enzima de restrição (REA) do genoma viral. Para tanto, a multiplicação de 24 isolados da América do Sul foi realizada em células CRIB para posterior extração do DNA viral, PCR e sequenciamento. As seqüências foram alinhadas utilizando o programa ClustalX2 para uma inferência filogenética pelo método de Neighbor-Joining (Mega 4.0), Kimura 2-parâmetros. O alinhamento das seqüências de nucleotídeos revelou níveis de identidade variando de 70 a 99,6% entre os isolados de BoHV-1; de 66,9 a 100% entre os isolados de BoHV-5 e de 62,9 a 92,8% entre os isolados BoHV-1 e BoHV-5. A árvore filogenética mostrou o agrupamento dos vírus de acordo com o tipo (BoHV-1 e BoHV-5) e subtipo de BoHV-1 (BoHV-1.1 e BoHV-1.2). No entanto, essa técnica não permitiu a diferenciação dos isolados em diferentes subtipos de BoHV-5. Do mesmo modo, a análise por restrição enzimática não proporcionou uma clara diferenciação dos isolados em subtipos devido à presença de variações nos padrões de restrição. Somente um isolado (ISO 94/232) pode ser diferenciado como subtipo 5a. Todavia, este estudo mostrou que a análise filogenética utilizada representa uma potencial ferramenta para a diferenciação e classificação dos vírus em BoHV-1.1, BoHV-1.2 e BoHV-5. No entanto, ambas as técnicas podem ser empregadas, de maneira complementar, quando maiores informações sobre estes vírus forem requeridas. Além disso, com o presente estudo, foi possível expandir o número de amostras caracterizadas, fornecendo subsídios para estudos futuros. / This study was carried out to determine whether the sensitivity of serum neutralization (SN) tests would be affected by the use of distinct subtypes of bovine herpesvirus 1 (BoHV- 1) and 5 (BoHV-5) as test challenge viruses. Bovine sera collected from a randomized sample (n = 287) were tested in a 24 hour incubation SN against three type 1 viruses (BoHV-1.1 strains „„Los Angeles‟‟ (LA) and „„EVI 123‟‟; BoHV-1.2a strain „„SV 265‟‟) and three type 5 viruses (BoHV-5a strain „„EVI 88‟‟; BoHV-5b strain „„A 663‟‟ and BoHV-5c „„ISO 97‟‟). SN sensitivity varied greatly depending on the challenge virus used in the test, particularly when results against each virus were considered individually, where it ranged from 77% (detecting 80 out of 104 antibody-positive sera) to 91% (95/104) with ISO 97/95 and LA strain, respectively. Maximum sensitivity (104/104) was achieved when positive results to a particular combination of four of the challenge viruses (LA + EVI 123 + SV 265 + A 663) or some combinations of five viruses (or all six viruses) were added cumulatively. These results clearly shown that when SN is performed with single test challenge viruses, sensitivity could vary significantly that might compromise control or eradication efforts. Performing SN against a number of different viruses demonstrated to improve significantly the test‟s sensitivity. Thus, news field isolates characterization could aid future evaluations of different BoHV-1 and BoHV-5 subtypes and also provide the better strain and/or strains combination choice. In such case, this study aimed to characterize field isolates of BoHV-1 and BoHV-5 by molecular analyses of glycoprotein C (gC) carboxy-terminal region and viral genome restriction enzymatic analysis (REA). The 24 isolates from South America were propagated in CRIB cells for viral DNA extraction, PCR and sequencing. The sequences were aligned in ClustalX2 to perform a distance–based phylogenetic analysis by Neighbor-Joining method in MEGA 4.0 software under de Kimura 2-parameter. The nucleotide sequence alignments revealed levels of genomic similarity ranging from 70% to 99.6% between BoHV-1 isolates; from 67% to 100% among BoHV-5 isolates and from 63% to 93% between BoHV-1 and BoHV-5 isolates. The phylogenetic tree clustered the viruses according to types (BoHV-1 and BoHV-5) and BoHV-1 subtypes (BoHV-1.1, -1.2). However, this method did not allow clearly differentiated in BoHV-5 subtypes. Likewise, REA did not clear showed differentiation in subtypes due presence variation in restriction pattern. Only one isolate (ISO 94/232) could be differentiated in subtype 5a. The results suggest that the phylogenetic analysis performed could be an important tool for differentiation and classification of such viruses in BoHV-1.1, BoHV-1.2, BoHV-5. However, when adiccional informations were resquested both techniques should be performed. Furthermore, with this work it was possible to expand the number of samples characterized to support future investigation of these viruses.

Os materiais de origem animal utilizados na produção in vitro (PIV) de bovinos podem apresentar-se contaminados pelo vírus da diarréia viral bovina (BVDV) quando provenientes de animais infectados. Tendo isso em vista é importante realizar estudos aplicados para minimizar a transmissão de patógenos via biotécnicas de reprodução. Os objetivos desse trabalho foram avaliar a capacidade dos métodos de processamento seminal, Swim up, gradiente de Percoll e a combinação Swim up/Percoll em reduzir ou eliminar o BVDV de amostras de sêmen experimentalmente infectadas (Experimento 1), e também, avaliar o efeito do BVDV durante a maturação in vitro (MIV) de complexos cumuli-oophorus bovinos (CCOs), assim como, no seu posterior desenvolvimento embrionário. Foi avaliada também a produção de antígenos nas células do cumulus (CC) em cultivo em comparação com as células MDBK (Experimento2). No Experimento 1 foram obtidas as seguintes faixas de títulos virais após processamento, 100.87 – 102.3 TCID/50/mL no Percoll, 101.87 – 103.3 TCID/50/mL no Swim up e no grupo combinado Swim up/Percoll não foi possível detectar vírus nas amostras. E a PIV produziu taxas de blastulação semelhantes nos grupos de diferentes processamentos seminais avaliados. Os dados mostraram que a combinação Swim up/Percoll reduziu/eliminou significativamente o número de partículas virais nas amostras de sêmen, sem causar danos aos espermatozóides, e também, possibilitou a PIV. No Experimento 2 nossos dados mostraram que os grupos controle (C) e infectado (V) apresentaram padrões diferentes de expansão das CC. A taxa de MIV do grupo C foi significativamente maior do que no grupo V, assim como as taxas de blastulação. Títulos virais mais altos foram obtidos nas CC em comparação com as células MDBK. Os resultados mostraram que a presença do BVDV na MIV infecta as CC, afeta o padrão de expansão das CC e reduz as taxas de maturação e blastulação. Dessa forma conclui-se que os dados obtidos nesse trabalho são extremamente importantes para auxiliar no desenvolvimento de protocolos de lavagem de sêmen a fim de eliminar os microorganismos presentes e possibilitar a produção de embriões livres de patógenos. / The materials of animal origin used in cattle to produce in vitro embryos (IVP) have been shown to contain BVDV when originate from infected animals. Considering that it is important to perform applicable studies to minimize transmission of pathogens via these assisted reproductive techniques. The aim of the study were evaluate the capacity of sperm separation procedures Percoll gradient, Swim-up, and a combination of Swim-up/Percoll, to reduce/eliminate BVDV from experimentally infected semen samples (Experiment 1), and to evaluate BVDV experimentally infection during in vitro maturation (IVM) of bovine cumuli oophorus complexes (COCs) and also BVDV effect on the COCs posterior embryo development. It was also evaluated the production of BVDV antigens through cumulus cells (CC) culture in comparison to MDBK cell culture (Experiment 2). At experiment 1 the virus titration presented a titer range among 100.87 - 102.3 TCID50/mL in Percoll; 101.87 - 103.3 TCID50/mL in Swim up; and undetected for all samples in the Swim up/Percoll. And the PIV produced similar blastocyst rates among the groups. The data showed that the combination of Swim up/Percoll promoted a significant reduction/elimination in the number of viral particles in the semen, without promotion of damage in spermatozoa cells and allow IVP with similar blastocyst rates among the different groups. From experiment 2 our data showed that control (C) and infected (V) groups presented different CC expansion patterns. The IVM rate for C group was higher than V group. Embryo development rate to blastocyst stage was significantly higher in C group than in V group. The highest virus titers were obtained in CC in comparison with MDBK cells. Our findings showed that BVDV presence during IVM infected CC and this affects their expansion pattern, which may be related to the observed reduced nuclear maturation and blastocyst development rates. Therefore it is possible to conclude that our data are extremely important as a help to develop semen washing protocols to eliminate microorganisms and allow the embryo production free of pathogens.

Estudos preliminares visando a identificação de possíveis agentes virais associados à síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS) revelaram uma possível associação inversa entre a presença de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Com base neste achado, foi formulada a hipótese de que o TTSuV1 poderia ser capaz de inibir a multiplicação do PCV2, impedindo assim o desenvolvimento da SMDS. Buscando esclarecer esta questão, seria necessário desenvolver um sistema eficiente de replicação para este vírus, até o presente ainda não disponível. Em vista disso, foi desenvolvido um método de detecção de infecções por TTSuV em cultivos celulares para a avaliação de possíveis linhagens a serem potencialmente utilizadas para isolamento e multiplicação destes vírus. Genomas de TTSuVs foram detectados em células de linhagem de origem suína e não suína assim como em um dos lotes de tripsina. Os soros utilizados como suplemento para o meio de cultivo não apresentaram genomas de TTSuV. Desta forma, o lote de tripsina contaminado pode ser considerado uma importante fonte de contaminação, principalmente em células de origem não suína. Com o objetivo de avaliar uma possível associação entre os TTSuVs e a ocorrência da SMDS, a frequência de detecção e quantificação de genomas de TTSuV1 e TTSuV2 em tecidos e soros de suínos com e sem SMDS foram determinadas. A análise feita nos diferentes tecidos de suínos revelou uma aparente correlação inversa entre a presença do genoma de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Quanto ao TTSuV2 em tecidos de suínos com e sem a SMDS, nenhuma diferença estatística foi observada. A distribuição do genoma de TTSuV1 e TTSuV2 nos diferentes tecidos examinados não revelou um órgão alvo específico. A frequência de detecção e a carga viral de TTSuV1 e 2 nas amostras de soro de suínos com e sem a SMDS não apresentaram diferença significativa. No entanto, a carga viral de TTSuV2 foi mais alta do que a carga viral de TTSuV1 nos soros de todos os grupos de animais estudados. Estes resultados indicam uma alta frequência de detecção de ambas as espécies de TTSuV em amostras de tecidos e soros de suínos com e sem a SMDS. / Preliminary studies aiming the identification of possible viral agents associated with the postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) revealed a possible negative association between TTSuV1 and occurrence of PMWS. Based on this finding was hypothesized that TTSuV1 might be able to inhibit the PCV2 multiplication, preventing the development of PMWS. To better clarify this, would be require an efficient system of replication for this virus, which has not been reported in the literature. In view of this, a method for detection of TTSuV infections in cell culture was developed to assess possible cell lineages to be potentially used for virus isolation and multiplication. TTSuV genomes were detected in cell lineages of porcine and nonporcine origin as well as a batch of trypsin. Sera used as media supplement was not found to contain TTSuV genomes. Thus, the contaminated batch of trypsin can be considered an important source of contamination, especially in cells of non-porcine origin. In order to evaluate a possible association between the TTSuVs and the occurrence of PMWS, the frequency of detection and quantification of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues and sera from pigs with and without PMWS were determined. The analysis in the different tissues of pigs reveal an apparent inverse correlation between the frequency of detection of TTSuV1 genomes and the occurrence of PMWS. Regarding TTSuV2 in tissues of PMWS and non-PMWS-affected animals no significant differences was observed. The distribution of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues did not reveal any particular target organ. The frequency of detection and viral load of TTSuV1 and TTSuV2 in sera samples were no significant statistically among animals PMWS-affected and healthy pig. The mean of TTSuV2 viral load was significantly highest than TTSuV1 in sera of all groups studied. These results indicate a high frequency of detection of both TTSuV species in tissues and sera samples from PMWS-affected and healthy pig.

O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo de caso-controle pareado, bem como discutir estratégias de construção de modelos. Para estimar a prevalência de rebanho, amostras de tanque de leite foram selecionadas aleatoriamente (n = 314) de uma população (N = 1604). A prevalência real de BVDV foi de 24,3% (IC95% = 20,1-29,3%). Para o estudo de caso-controle, rebanhos positivos para BVDV (altos níveis de anticorpos) foram classificados como casos (n = 21) e pareados (n = 63) por produção de leite com rebanhos que apresentaram baixos títulos de anticorpos (razão 1:3). Para análise, três modelos multivariáveis foram construídos: 1) modelo completo, onde todas as 21 variáveis independentes foram oferecidas, e dois modelos foram criados de acordo com conhecimento empírico e similaridades entre as variáveis independentes, 2) modelo de fatores animais e 3) modelo de biossegurança. Um questionário foi aplicado (n = 84) para obtenção de informações a respeito de possíveis fatores de risco para BVDV. O modelo completo (Modelo 1) identificou as seguintes variáveis: idade com critério de eliminação (OR = 0,10; IC95% = 0,02 – 0,39; P < 0,01); propriedades que forneceram leite a outras cooperativas anteriormente (OR = 4,13; IC95% = 1,17 - 14,49; P = 0,02) e a presença de piquete de isolamento para animais doentes (OR = 0,14; IC95% = 0,01 – 0,26; P = 0,02). O modelo de biossegurança (Modelo 3) revelou uma associação significativa com o uso de monta natural (OR = 9,03; IC95% = 2,14 – 38,03; P < 0,01); presença de piquete de isolamento para animais doentes (OR = 0,06; IC95% = 0,05 – 0,83; P = 0,03); anos fornecendo leite para a mesma cooperativa (OR = 0,94; IC95% = 0,91 – 0,97; P < 0,01) e contato direto pela cerca entre bovinos de propriedades vizinhas (OR = 5,78; IC95% = 1,41 – 23,67; P = 0,04). O modelo de biossegurança pode ser considerado o “melhor”, pois obteve AIC = 43,880 e BIC = 48,058 menores quando comparado com o modelo completo que obteve AIC = 50,445 e BIC = 53,779. Esta dissertação tem a intenção de promover a discussão sobre as estratégias de construção de modelos especialmente quando se trata de saúde animal. Recomenda-se a aplicação de agrupamento de variáveis independentes como uma boa alternativa na construção de modelos, uma vez que este processo pode levar a uma melhor compreensão a respeito da associação entre cause e efeito de doenças. / Bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important diseases of cattle in terms of economic costs and welfare, since it is widespread in the dairy cattle population. The aims were to estimate herd prevalence and investigate factors associated with antibodies in bulk tank milk (BTM) in dairy herds through a matched case-control design as well as discuss model-building strategies. To estimate herd prevalence, BTM samples were randomly selected (n = 314) from a population (N = 1604). The true prevalence of BVDV was 24.3% (CI95% = 20.1 - 29.3%). For the case-control study, BVDV antibody-positive herds (high antibody titers) were classified as cases (n = 21) and matched (n = 63) by milk production with herds presenting low antibody titers (ratio of 1:3). For analysis, three multivariable models were built: 1) full model, holding all 21 independent variables; and two models divided according to empirical knowledge and similarity among independent variables, i.e., 2) animal factor model and 3) biosecurity model. A questionnaire was applied (n = 84) to get information about possible BVDV risk factors. The full model (model 1) identified the following variables: age as a culling criteria (OR = 0.10; IC95% = 0.02 – 0.39; P < 0.01); farms that provided milk to other industries previously (OR = 4.13; IC95% = 1.17 – 14.49; P = 0.02); and isolation paddocks for ill animals (OR = 0.14; IC95% = 0.01 – 0.26; P = 0.02). The biosecurity model (model 3) revealed a significant association with the use of natural mating (OR = 9.03; IC95% = 2.14 – 38.03; P < 0.01); isolation paddocks for ill animals (OR = 0.06; IC95% = 0.05 – 0.83; P = 0.03); years providing milk for the same industry (OR = 0.94; CI95% = 0.89 - 0.99; P = 0.02); and direct contact over fences among cattle of neighboring farms (OR = 5.78; IC95% = 1.41 – 23.67; P = 0.04). The biosecurity model could be considered the “best” since AIC = 43,880 and BIC = 48,058 when compared with the full model where AIC = 50,445 and BIC = 53,579. This paper intends to promote discussion about the model-building strategy when animal-health-modeling is on the line. We recommend the application of grouping predictors as a good choice for model building since it could lead to a better understanding of disease-exposure associations.