Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.

A avicultura brasileira é atualmente uma atividade de grande sucesso. A utilização de sistemas de planejamento associados a novas tecnologias, reflete-se no extraordinário crescimento da atividade. A produção brasileira de frango ultrapassou a marca anual de 11 milhões de toneladas, em 2009. O Brasil está entre os três maiores produtores de frango no ranking mundial, junto com Estados Unidos e China. Haja vista a importância que a avicultura representa para o país, pela geração de benefícios sociais e econômicos, o risco que a Influenza aviaria constitui para a avicultura brasileira é enorme. Um surto desta doença em um centro de produção avícola representaria um risco à economia e incidiria de forma negativa nos níveis de consumo de proteína de qualidade e economicamente acessível à população. A fim de estabelecermos um monitoramento do vírus da Influenza A em aves domésticas não vacinadas, residentes em regiões de elevada confluência migratória aviária no Brasil a região amazônica, para a realização deste trabalho se fez necessário a colheita de sangue para o teste sorológico indicado como padrão em todo o mundo para detectar anticorpos contra o vírus da influenza, tendo como objetivos maiores, contribuir para o fortalecimento dos serviços de defesa sanitária animal, aumentar a capacidade de investigação, e finalmente, atualizar e harmonizar normas e procedimentos para a prevenção e controle da Influenza A, referenciando-se nas recomendações da Organização Mundial de Sanidade Animal (Office International des Epizooties - OIE). Das 1051 aves amostradas em diferentes localidades da região norte do Brasil, 1010 soros foram testados para seis diferentes subtipos virais: H2;H3;H5;H6;H7 e H9, pela técnica sorológica da Inibição da Hemaglutinação (HI). Destas, MAIS DE 50% apresentaram positividade para um subtipo viral testado, no entanto todos os soros apresentaram negatividade no centro de referência mundial em sorologia de Influenza, St. Jude Childrens Research Hospital localizado em Memphis, EUA. O antagonismo dos resultados levantam a discussão da metodologia adotada como padrão em todo mundo, o que nos levou a otimizar a técnica, vislumbramos a diferença ao compararmos os resultados do ano de 2005 e do ano de 2006, o primeiro ano obtivemos 50% de positividade nas amostras, já no ano seguinte esta positividade cai para aproximadamente 0,2%. Com este resultado podemos inferir que a técnica foi adequadamente otimizada, corroborando as informações de que o Brasil é livre de Influenza aviaria em patos domésticos na região amazônica. / The Brazilian poultry industry is currently a very successful activity. The use of planning systems associated with new technologies, reflected in the extraordinary growth in activity. The Brazilian production of chicken surpassed the annual 11 million tonnes in 2009. Brazil is among the three largest poultry producers in the world ranking, along with the United States and China. Given the importance of poultry production for the country, the generation of social and economic benefits, the risk that avian influenza poses to the Brazilian poultry industry is huge. An outbreak of this disease in a poultry-production pose a risk to the economy and impinge negatively on levels of consumption of protein quality and affordable to the population. In order to establish a monitoring of influenza A viruses in poultry unvaccinated residents in regions of high avian migratory confluence in Brazil the Amazon region, for this work was required the collection of blood for serological testing indicated as standard worldwide to detect antibodies against influenza viruses, with the larger goals, contribute to the strengthening of animal health protection services, increase research capacity, and finally, update and harmonize standards and procedures for the prevention and control Influenza A, referencing the recommendations of the World Organization for Animal Health (Office International des Epizooties - OIE). From 1051 birds sampled in different localities of northern Brazil, 1010 sera were tested for six different viral subtypes: H2, H3, H5, H6, H7 and H9, the serological technique the hemagglutination inhibition (HI). Of these, over 50% were positive for one viral strain tested, but all sera were negative in the center of world reference serology Influenza, St. Jude Children\'s Research Hospital located in Memphis, USA. The antagonism of the results raise the discussion of the methodology adopted as standard throughout the world, which has led us to optimize the technique, we can see the difference when comparing the results of 2005 and 2006, the first year we had 50% positivity in the samples, in the following year this positive drops to about 0.2%. With this result we infer that the technique was properly optimized, corroborating the information that Brazil is free from avian influenza in domestic ducks in the Amazon region.

Estudo observacional em uma coorte 148 indivíduos infectados pelo HIV-1, em uso de terapia anti-retroviral, avaliando padrões de resposta imunológica, clínica e virológica em um período de 251 semanas, estratificados em três grupos de resposta virológica: Avirêmicos, Virêmicos e Virêmicos Atenuados. Este estudo observou melhor progressão clínica e imunológica foi observada no grupo Avirêmico, porém um significante ganho de linfócitos TCD4 (p < 0.013) e menor número de casos com evolução para Aids (p < 0.001) foi observado grupo Virêmico Atenuado comparado ao grupo Virêmico. / Observacional study in cohort of 148 HIV-1 infected patients under highly active antiretroviral therapy, analysed by different patterns of immunological reconstitution, clinical outcome and viral suppression in 251 weeks of follow up, estratified in Aviremic, Viremic and Virec Attenuated groups. This study observed better clinical and immunological response in Aviremic group, but Viremic Attenuated group shows a significant TCD4+ cells gain (p < 0.013) and less number of cases progressing to AIDS (p < 0.001) compared to Viremic group.

Listeria monocytogenes é um patógeno intracelular facultativo responsável por listeriose, uma doença de origem alimentar. Dentre os 13 sorotipos de L. monocytogenes existentes, o sorotipo 4b é o mais freqüentemente isolado de humanos, enquanto os sorotipos 1/2a, 1/2b e 1/2c são mais freqüentes em alimentos e amostras ambientais. O estudo da variabilidade de virulência de quatro cepas de L. monocytogenes recentemente isoladas (1/2B - alimento; 1/2C e 4BENV - ambiente de processamento de alimento; 4BCLIN - sangue), além de duas outras cepas de casos de listeriose (P14 e P14A), foi o objetivo deste trabalho. Avaliou-se a capacidade de invasão, proliferação intracelular, citotoxicidade, disseminação intercelular, polimerização de filamentos de actina e transcrição gênica dos genes de virulência actA, plcA e plcB das cepas em modelos celulares eucarióticos MDBK, HeLa e L929. A cepa de origem alimentar 1/2B apresentou características de invasão, taxa de multiplicação (IGC), assim como a disseminação intercelular, semelhantes às cepas clínicas P14 e 4BCLIN em células HeLa. As cepas de origem ambiental (1/2C e 4BENV), apesar da baixa capacidade de invasão em todas linhagens celulares empregadas, apresentaram IGC superior às demais cepas estudadas e disseminação intercelular superior ou similar às cepas clínicas, dependendo da célula eucariótica. As cepas de origem clínica 4BCLIN, P14, P14A tiveram maiores porcentagens de invasão nas linhagens MDBK e L929, porém, em relação à população intracelular (UFC/mL), as cepas 4BCLIN e P14A foram superiores às demais. Estas últimas também foram citotóxicas às células HeLa, induzindo à liberação de LDH e à morte por necrose. Já as cepas de origem alimentar, ambiental e a cepa clínica P14 não foram citotóxicas às células HeLa e MDBK. Em relação à polimerização dos filamentos de actina não houve diferença estatística entre as cepas. Todos os genes de virulência estudados apresentaram maior número de transcritos para as cepas de origem não clínica (1/2B, 1/2C e 4BENV). Sendo assim, todas as cepas de L. monocytogenes estudadas possuem potencial patogênico, por apresentar pelo menos duas características relacionadas à virulência da espécie. Alimentos possivelmente contaminados com estas cepas representam risco à saúde pública. / Listeria monocytogenes is a facultative intracellular pathogen responsible for listeriose, a foodborne disease. Amongst the 13 serotypes of L. monocytogenes, the serotype 4b is more frequently isolated from clinical samples while the serotypes 1/2a, 1/2b and 1/2c are associated with food and food processing environment. The study of the virulence variability of four L. monocytogenes strains recently isolated (1/2B - food; 1/2C and 4BENV - food processing environment; 4BCLIN blood), as well as two strains of listeriosis (P14 and P14A) was the aim of this work. Eukaryotic cellular models HeLa, MDBK and L929 were used to evaluate the invasion capacity, intracellular proliferation, cytotoxicity, intercellular dissemination and polymerization of actin tails of L. monocytogenes strains. Gene transcription of the virulence genes actA, plcA and plcB was also conducted. The food isolate 1/2B presented invasion characteristics, multiplication index (IGC), as well as the intercellular dissemination, similar to the clinical strains P14 and 4BCLIN in HeLa cells. Environmental strains (1/2C and 4BENV), although showing a low capacity of invasion in all cellular models, had the highest IGC comparing to the other isolates. They also showed similar to or higher intercellular dissemination than the clinical ones, depending on the cell line used. The clinical strains 4BCLIN, P14, P14A presented greater invasion capacity in MDBK and L929 cells than all other isolates. However, in relation to the intracellular population (CFU/mL) the isolates 4BCLIN and P14A showed superior results. These strains were also cytotoxic to HeLa cells, inducing LDH release and death due to necrosis. The food, environmental and P14 isolates were not cytotoxic to HeLa and MDBK cells. There was no statistical difference in actin tail polymerization between the strains. The non-clinical isolates (1/2B, 1/2C and 4BENV) presented higher number of transcripts for than the clinical ones. In conclusion, all L. monocytogenes strains studied showed pathogenic potential, based on expression of at least two characteristics related to the virulence of the species. The presence of these strains in food represents public health risk.

A rubéola é uma doença infecciosa aguda, normalmente com um curso clínico suave. Porém quando adquirida nas primeiras 12 semanas de gestação, pode causar severos defeitos de nascimento, conhecida como Síndrome da Rubéola Congênita (SRC). A caracterização genética do vírus da rubéola é feita analisando a seqüência da região hipervariável do gene da glicoproteína E1. Este estudo, apresenta a primeira caracterização molecular de do vírus da rubéola isolados no estado de São Paulo, Brasil. As amostras (sangue, urina, swab de orofaringe, explante de fígado, produto de aborto e fluido cerebrospinal) foram coletados entre 1997 e 2004 de pacientes com sintomas clínicos de rubéola. O gene E1 vírus da rubéola foi amplificado pela reação em cadeia da polimerase em cadeia diretamente de espécimes clínicos e isolados, e os fragmentos de DNA obtidos foram seqüenciados. As seqüências foram alinhadas para a analise filogenética, com seqüências representativas dos diferentes genótipos do vírus da rubéola. Vinte e nove isolados foram obtidos, incluindo isolados relacionados com insuficiência hepática aguda, encefalite e infecções congênitas. A análise filogenética mostrou que 19 dos 29 virus da rubéola isolados pertencem ao genótipo 1a, e 10 pertencem ao genótipo 1G. Este trabalho demonstrou dois genótipos do vírus da rubéola circularam simultaneamente entre os anos de 1997-2004. / Rubella is an acute infectious disease with normally a mild clinical course. However, infections during pregnancy, especially before week 12 of gestation (WG), can cause severe birth defects known as congenital rubella syndrome (CRS). Genetic characterization of wild-type rubella virus is based on sequence analysis of a hypervariable region of the glycoprotein E1 gene. This study presents the first molecular characterization of isolates from São Paulo, Brazil. Samples (blood, urine, oropharyngeal swab, explanted liver, product of conception and cerebrospinal fluid) were collected between 1997 and 2004 from patients with clinical symptoms of rubella. The rubella virus E1 gene coding region was amplified by reverse transcriptase polymerase chain reaction directly from clinical specimens and isolates, and the resulting DNA fragments were sequenced. Sequences were assigned to genotypes by phylogenetic analysis with rubella virus reference sequences. Twenty-nine isolates were obtained, including isolates from acute liver failure, encephalitis and congenital infections. Phylogenetic analysis showed that 19 out of 29 isolated in the São Paulo strains of rubella virus belonged to genotype 1a, and 10 strains to genotype 1G. This work demonstrated two genotypes of RV circulated simultaneously between years 1997 and 2004 in the state of São Paulo. The information reported in this paper may be useful for contributes to understand better the molecular epidemiology of RV in São Paulo, Brazil.

O conhecimento sobre hantavirus patogênicos no Brasil até o momento indica que roedores silvestres são os reservatórios naturais. Estes roedores podem eliminar grandes quantidades do vírus através das fezes, urina e saliva (Khaiboullina et al., 2005). A infecção humana pode ocorrer por contato com roedores ou inalação dos aerossóis que contêm o vírus. A síndrome cardiopulmonar por hantavirus (HCPS) tem sido relatada em humanos em muitas regiões do Brasil. Tendo em vista a quantidade de casos de doenças emergentes e re-emergentes nas últimas décadas elegemos algumas regiões para um estudo detalhado sobre a distribuição desses reservatórios virais e consequentemente a caracterização da variante circulante. Com objetivo de adquirir um diagnóstico rápido e sensível, desenvolvemos primers específicos que pela técnica de Real- time RT- PCR é capaz de detectar o genoma viral em apenas uma hora em amostras de pulmões, rins e urina de roedores. Ao todo, nosso trabalho analisou 153 amostras sendo: 126 de roedores silvestres e domésticos, (de cinco diferentes regiões do Estado de São Paulo onde: 10 amostras colhidas no município de Jacupiranga, 61 oriundas de Teodoro Sampaio, 7 de Salesópolis, 48 provenientes de Biritiba Mirim, 16 de Nazaré Paulista) e mais 27 soros de pacientes de diferentes localidades de Minas Gerais. Neste estudo foi possível detectar dez amostras positivas em Biritiba Mirim, quatro em Nazaré Paulista e em vinte e dois soros de pacientes com hantavirose. O monitoramento contínuo através de testes moleculares em animais silvestres é imprescindível para um melhor entendimento da circulação dos hantavirus nessas regiões. Acreditamos que este teste possa auxiliar na vigilância e também no diagnóstico dos hantavirus no Brasil. / Current knowledge of the pathogenic hantavirus indicates that wild rodents are its primary natural reservoir. These rodents can eliminate large amounts of the virus through feces, urine and saliva. Human infection can occur through contact with rodents or inhalation of aerosols containing of the virus. Hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) has been reported in humans in many regions of Brazil. In view the number of cases of emerging diseases and re- emerging in recent decades, some regions to were select a detailed study on the distribution of these viral reservoirs, and consequently viral characterization. We developed specific primers to detect the presence of viral genomes using Real- time RT- PCR (Reverse- Transcriptase Polymerase Chain Raction). Altogether, our study analyzed 153 samples: 126 of wild rodents and domestic, of five different regions of São Paulo. 10 samples collected in Jacupiranga municipality, 61 in Teodoro Sampaio, 7 Salesópolis, 48 samples in Biritiba Mirim, 16 of Nazaré Paulista and 27 samples of the serum from patients from different sites of Minas Gerais State. Their samples were tested for hantavirus using the described SYBR Green-based real-time RT-PCR protocol and the specific primers. The presence of hantavirus RNA was detected in 10 rodents from Biritiba Mirim, 4 in Nazaré Paulista and 22 in serum of patients with hantaviruse. The surveillance by molecular tests in wild animals is essential to understood of hantavirus circulation in these regions. This SYBR Green real-time RTPCR method for detection of hantavirus may be useful for surveying hantaviruses in Brazil.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-11-24T12:08:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-12-01T14:57:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-01T14:57:13Z (GMT). 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O mais comumente encontrado pertence ao grupo/espécie A (RVA), contudo o rotavírus do grupo/espécie C (RVC) vem assumindo importância nas gastrenterites e, geralmente, se relaciona a quadros de diarreia infantil de curso autolimitado, com possível transmissão de suínos. Este estudo visou detectar o RVC em crianças menores de três anos de idade hospitalizadas com gastrenterite aguda em Belém, Pará. Para tanto, de maio de 2008 a abril de 2011, uma vigilância intensiva para gastrenterite aguda (GA) foi realizada em um hospital pediátrico de Belém. Foram coletadas amostras de fezes de crianças com GA, das quais 279 amostras apresentavam resultados negativos para RVA e/ou norovírus (NoV). Nestas, o ácido nucléico foi extraído a partir da suspensão fecal pelo método de sílica sendo reversamente transcrito e amplificado por reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando os pares de iniciadores G8S/G8A para VP7; C1/C4 para VP6; T434/T435 para VP4; e NSP4(+)/(-) para NSP4. O Controle positivo (protótipo Cowden) e o negativo (água) foram utilizados em todos os testes. Foi realizado o sequenciamento automático e a análise filogenética subsequente. Os dados foram analisados através de testes estatísticos de qui-quadrado partição, exato de Fisher e regressão logística simples com valores de p ≤ 0,05. A positividade para o RVC foi de 2,1% (6/279) pelo EGPAe RT-PCR. Posteriormente, foram submetidas ao sequenciamento automático e classificadas nos genótipos I2, G4, P[2] e E2 para os genes VP6, VP7, VP4 e NSP4, respectivamente. A frequência de RVC foi maior na faixa etária de 24 a 36 meses (5,7%) com p estatisticamente significativo (p = 0,0493). O gênero mais acometido pelo RVC foi o masculino com frequência de 83,3%. Os sinais e/ou sintomas clínicos mais frequentes em crianças com RVC foi febre (80%), vômito (83,3%) e desidratação (100%). Portanto, neste estudo foi possível a caracterização e análise filogenética de VP6, VP7, VP4 e NSP4 desse vírus em crianças hospitalizadas com gastrenterite, fornecendo dados importantes quanto à circulação desses agentes em crianças hospitalizadas com gastrenterite na região metropolitana de Belém, Pará. / Acute gastroenteritis (AG) is a major cause of morbidity and mortality of children worldwide, being rotavirus one of the causative agents of AG, responsible for about 38.3% of the cases of hospitalization, resulting in 197,000 deaths of children under five years annually, mostly in developing countries. Rotavirus belongs to the family Reoviridae, genera Rotavirus, have genome composed by 11 segments of double-stranded RNA (dsRNA) and are classified into eight groups/different species (A to H).The most commonly found belongs to the group/species A (RVA), however rotavirus group/species C (RVC) has assumed importance in gastroenteritis and usually relate to self-limiting course of childhood diarrhea, with possible transmission from pigs. This study aims to detect the RVC in children less than three years of age hospitalized with acute gastroenteritis in Belém city, Pará state, Amazon region, Brazil. From May 2008 to April 2011, an intensive surveillance for AG was performed in a pediatric hospital of Belém in children with AG, of which 279 samples had negative results for RVA and norovirus. Accordingly, the nucleic acid was extracted from the fecal suspension with silica by the method of reverse transcribed and amplified by polymerase chain reaction (PCR) using primer pairs specific for the VP7 gene G8S/G8A; C1/C4 for VP6; T434/T435 for VP4; and NSP4 (+)/(-) specific for NSP4 gene. The positive control (prototype Cowden) and negative control (water RNAse free) were used in all tests. Automatic sequencing and subsequent phylogenetic analysis were performed. Data were analyzed using statistical chi-square partition, Fisher's exact test and simple logistic regression with p values ≤ 0.05. The positive rate for RVC was 2.1% (6/279) by PAGE and RT-PCR and posteriorly, submitted to automated sequencing and classified in genotypes I2, G4, P[2] and E2 for VP6, VP7, VP4 and NSP4 genes, respectively. The frequency of RVC was higher in the age group between 24 to 36 months (5.7%) (p= 0.0493). Gender more affected by RVC was the male with a frequency of 83.3%. Signs and/or symptoms most frequent in children with RVC were fever (80%), vomiting (83.3%) and dehydration (100%). In summary, in this study it was possible the characterization and phylogenetic analysis of VP6, VP7, VP4 and NSP4 genes, providing important data regarding the presence of these agents in hospitalized children with gastroenteritis in the metropolitan region of Belém, Pará.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-11-24T12:30:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoInfeccoesNorovirus.pdf: 2416800 bytes, checksum: 3797621a13f8e90a9a632432df5f4151 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-12-01T15:38:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoInfeccoesNorovirus.pdf: 2416800 bytes, checksum: 3797621a13f8e90a9a632432df5f4151 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-01T15:38:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoInfeccoesNorovirus.pdf: 2416800 bytes, checksum: 3797621a13f8e90a9a632432df5f4151 (MD5) Previous issue date: 2012-04-20 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Norovirus (NoVs), pertencente a família Caliciviridae, ocasiona quadro de gastrenterite aguda (GEA) em pessoas de todas as faixas etárias. Sua relevância como causa de surtos já está confirmada, os quais ocorrem principalmente em locais fechados. Sua transmissão é, sobretudo, pela via fecal-oral, por meio da ingestão de água/alimentos contaminados e contato pessoa-a-pessoa. A doença em geral se manifesta de forma súbita, caracterizada por diarreia, vômito, náusea e cólica abdominal. O objetivo deste estudo foi demonstrar a importância dos NoVs como patógenos associados às internações de crianças com quadro de GEA em Belém, Pará. A coleta dos espécimes fecais ocorreu de maio/2008 a abril/2011, sendo examinados somente aqueles com resultados negativos para rotavírus. Para a detecção dos NoVs foi utilizado o ensaio imunoenzimático (EIA) e a reação em cadeia mediada pela enzima polimerase e precedida de transcrição reversa (RT-PCR). As amostras com resultado positivo no EIA e negativo na RT-PCR foram submetidas a semi-nested RT-PCR, e aquelas que permaneceram negativas foram testadas pela PCR em tempo real. Foram analisadas 483 amostras, sendo observada uma positividade de 35,4% (171/483). Adotando-se a RT-PCR como o método de referência, o EIA apresentou sensibilidade de 85,9% e especificidade de 93,4%, com excelente reprodutibilidade entre ambas (Kappa= 0.8, p<0.0001). As 22 amostras positivas apenas por EIA foram testadas pela semi-nested RT-PCR e PCR em tempo real, sendo observada positividade de 63,6% (14/22) e 75% (6/8), respectivamente. O sequenciamento nucleotídico parcial da região da ORF1 demonstrou a circulação dos genótipos GII.4d (80,8%-42/52), GII.7 (7,7%-4/52) e GII.b (11,5%-6/52). Foi realizado o sequenciamento de 64,3% (9/14) das amostras positivas somente pela semi-nested RT-PCR, também correspondente a ORF1, sendo 55,6% (5/9) classificadas como GII.4d e 44,4% (4/9) como GII.b. Das 6 amostras classificadas como GII.b, cinco foram caracterizadas como GII.3 quando sequenciadas com iniciadores específicos da região do capsídeo viral, sugerindo a possibilidade de se tratarem de amostras recombinantes. Foi observada maior taxa de infecção nas crianças menores de 2 anos de idade (90,1%-154/171) e os principais sintomas observados foram vômito (95,8%-137/143) e desidratação (94,4%-118/125), considerando que a diarreia foi critério de inclusão. A maioria das crianças infectadas apresentou mais de 9 dias de diarreia (41,2%), 4 evacuações diárias (43,9%) e mais de 5 episódios de vômito (90%) no período de internação. Com relação à sazonalidade, foram observados três picos de positividade, em setembro e outubro de 2008 (63,6%); e em fevereiro de 2010 (62,1%), não sendo notada nenhuma correlação com os parâmetros climáticos de pluviosidade, umidade e temperatura. Com este estudo, demonstrou-se a importância dos NoVs como enteropatógenos virais associados à GEA em crianças hospitalizadas em Belém, indicando a necessidade de uma vigilância ativa, a fim de evitar maior morbidade e possível mortalidade ocasionada por esse vírus na população infantil. / The Norovirus (NoVs), Caliciviridae family, is related with acute gastroenteritis (AGE) in people of all ages groups. Its importance as cause of outbreaks have been confirmed, which occur mainly indoors. Its transmission is mainly by the fecal-oral route through contaminated water and food, and person to person contact. The disease usually is characterized by diarrhea, vomiting, nausea and abdominal cramps. The aim of this study was to demonstrate the importance of NoVs as pathogen associated with hospital admissions of children with AGE in Belém, Pará. The collection of fecal specimens occurred from May 2008 to April 2011, being only tested the samples with negative results for rotavirus. The enzyme immunoassay (EIA) and the reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) were used for NoVs detection. The samples with positive results by EIA and negative by RT-PCR, were submitted to the semi-nested RT-PCR, and the ones with remain negative, were tested by the real-time PCR. A total of 483 samples were analyzed with a positivity of 35.4% (171/483). Adopting the RT-PCR as the reference method, the EIA had a sensitivity of 85.9% and a specificity of 93.4% with excellent reproducibility between them (kappa = 0.8, p <0.0001). The 22 samples positive only by EIA were tested first by semi-nested RT-PCR and after by real-time PCR, with a positivity of 63.6% (14/22) and 75% (6/8), respectively. The partial nucleotide sequencing of ORF1 region demonstrated the presence of GII.4d (80.8%-42/52), GII.7 (7.7%-4/52) and GII.b (11.5%-6/52) genotypes. Sequencing was performed in 64.3% (9/14) of the samples positive only by semi-nested RT-PCR, also corresponding to ORF1, which 55.6% (5/9) were classified as GII.4d and 44.4% (4/9) as GII.b. Of the six samples classified as GII.b, five were characterized as GII.3 when sequenced with primers specifics for the capsid region, suggesting the possibility of recombinants samples. A higher infection rate was observed in children under 2 years of age (90.1%-154/171) and the main symptoms were vomiting (95.8%-137/143) and dehydration (94.4%-118/25), considering the diarrhea was an inclusion criterion. Most infected children had more than 9 days of diarrhea (41.2%), 4 evacuations per day (43.9%) and more than 5 episodes of vomiting (90%) during hospitalization. Regarding seasonality, three peaks of positivity were observed in September and October 2008 (63.6%), and in February 2010 (62.1%). Any correlation with the climatic parameters of rainfall, humidity and temperature was demonstrated. This study confirmed the importance of NoVs as viral enteropathogen associated with AGE among hospitalized children in Belém, imposing the necessity of an active surveillance, in order to avoid possible morbidity caused by this virus in childhood.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

Os papilomavírus (PV) são vírus epiteliotrópicos e constituem um grande grupo geneticamente diverso da família Papillomaviridae que infecta diferentes espécies de mamíferos, répteis e aves. Estes vírus caracterizam-se por sua propriedade oncogênica, sendo responsáveis pela indução de tumores benignos e malignos nos epitélios cutâneo e mucoso de suas espécies hospedeiras. Nos bovinos, a papilomatose causa importantes prejuízos econômicos à pecuária de corte e leiteira, dentre as quais destacam-se as infecções secundárias, a dificuldade de amamentação do bezerro, a depreciação do couro e o descarte precoce de animais e, ainda, no caso de rebanhos de aptidão leiteira, a papilomatose mamária ocasiona dificuldade de ordenha, retenção de leite e predispõe à mastite. Independente do nível de tecnificação da exploração na pecuária, estes agentes podem ser encontrados em quase todos os países. No entanto, poucos tipos de papilomavírus bovinos (BPV) foram caracterizados até o presente momento. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar um estudo de caracterização genética e patológica das infecções causadas pelo BPV na região norte do Brasil. No Capítulo 1, buscou-se avaliar a diversidade dos BPVs em lesões cutâneas de bovinos na região Amazônica brasileira utilizando o par de primers degenerados FAP (FAP59 e FAP64) Foram encontrados os BPVs tipo 1, 2, 11, e 13 além de quatro prováveis novos tipos virais que apresentaram baixa identidade com os BPVs 7, 8, 11 e 12. No Capítulo 2, o genoma de um novo tipo de papilomavírus bovino pertencente ao gênero Xipapillomavirus, espécie Xipapillomavirus 1, foi caracterizado aplicando a técnica de amplificação por círculo rolante seguida de sequenciamento de alta eficiência utilizando a plataforma Illumina. Este novo tipo apresentou maior similaridade com o BPV3 (79% de identidade a nível genômico) e preenche os requisitos para ser considerado um novo tipo de BPV. Histopatologicamente, a lesão causada por esse novo BPV foi caracterizada como papiloma exofítico, apresentando células bem diferenciadas, marcada acantose e paraqueratose. No Capítulo 3, foi realizado o sequenciamento de um genoma completo de BPV5 utilizando o mesmo protocolo do Capítulo 2. Este foi o primeiro genoma de BPV5 da América do Sul completamente sequenciado e caracterizado. Assim, os resultados obtidos nesta tese contribuem para o melhor conhecimento da variabilidade genética do BPV e mostra a importância da utilização de ferramentas moleculares na sua caracterização, principalmente em regiões carentes de estudos e que podem abrigar tipos desconhecidos. / Papillomaviruses (PV) are epitheliotropic viruses that constitute a large genetically diverse group of the Papillomaviridae family which can infect different species of mammals, reptiles and birds. These viruses are characterized by their oncogenic properties and are responsible for the induction of benign and malignant tumors in cutaneous and mucosal epithelia. In cattle, papillomatosis causes significant economic losses to beef and dairy cattle characterized by secondary infections, calf breastfeeding difficulties, leather depreciation, early animal discarding, mammary papillomatosis, retention of milk and predisposes to mastitis. Regardless of the level of technification of livestock farming, these agents can be found in almost all countries. However, few types of bovine papillomavirus (BPV) have been characterized to date. Thereby, this work had as objective to carry out a study of genetic and pathological characterization of the infections caused by the BPV from Northern Brazil. In Chapter 1, we evaluated the genetic diversity of BPVs in bovine cutaneous lesions from Brazilian Amazon using the degenerate FAP pairs of primers (FAP59 and FAP64). BPV1, 2, 11, and 13 were found in addition to four probable new viral types that had low identity with BPVs 7, 8, 11 and 12 In Chapter 2, the whole genome of a new BPV type belonging to genus Xipapillomavirus, species Xipapillomavirus 1, was characterized applying the technique of rolling circle amplification followed by high-throughput sequencing using the Illumina platform. This new type showed greater similarity with BPV3 (79% identity at the genomic level) and fulfills the requirements to be considered a new BPV type. Histopathology was characterized by exophytic papilloma, presenting well differentiated cells, marked acanthosis and parakeratosis. In Chapter 3, a complete BPV5 genome was sequenced using the same protocol used in Chapter 2. This was the first fully sequenced and characterized BPV5 genome from South America. Thus, the results obtained in this thesis contribute to a better knowledge of the genetic variability of BPV and shows the importance of the use of molecular tools in their characterization, especially in regions that are lacking in studies and which may harbor unknown types.