MENEZES, Francisca Gleire Rodrigues de. Caracterização fenotípica e genotípica de bactérias do gênero Vibrio isoladas em alguns estuários do Estado do Ceará. 2011. 94 f. : Tese (doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2011 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-26T13:27:46Z No. of bitstreams: 1 2011_tese_fgrmenezes.pdf: 2453594 bytes, checksum: 0370cb8f6e2c333d91e3ccc575df6f2b (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-26T13:28:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_tese_fgrmenezes.pdf: 2453594 bytes, checksum: 0370cb8f6e2c333d91e3ccc575df6f2b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-26T13:28:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_tese_fgrmenezes.pdf: 2453594 bytes, checksum: 0370cb8f6e2c333d91e3ccc575df6f2b (MD5) Previous issue date: 2011 / The frequent association of environmental aquatic contamination with vibriosis in humans suggests the need for systematic monitoring and study of environmental vibrio strains and their pathogenic potential and clinical significance. The objective of this study was to evaluate the diversity of vibrio species in four estuaries (Pacoti, Choró, Pirangi and Jaguaribe) in Ceará, Northeastern Brazil. Nineteen vibrio species were identified in 32 water samples and 32 sediment samples collected between January and April 2009. Overall, V. parahaemolyticus and V. alginolyticus were the most abundant (the former in Choró, the latter in Pacoti). The isolated strains were submitted to antibiogram testing with 15 antibiotics. All strains (n=197) were susceptible to sulfametoxazol-trimetoprim, ciprofloxacin, nalidixic acid and chloramphenicol. Resistance was observed to penicillin G (n=163; 82%), ampicillin (n=108; 54%), cephalothin (n=15; 7%), aztreonam (n=3; 1%), gentamicin, cefotaxime, ceftriaxone (1 each; 0.5%). Partial resistance was observed to cefalotin (n=52; 25%), ampicillin (n=28; 14%), aztreonam (n=10; 5%), tetracycline (n=8; 4%), oxytetracycline (n=2; 1%), and florfenicol, cefotaxime, ceftriaxone, streptomycin and gentamicin (1 each; 0.5%). Five species known to be pathogenic to humans were chosen for analysis of factors of pathogenicity. Strains belonging to the species V. parahaemolyticus (n=64) and V. cholerae (n=9) were submitted to molecular analysis using genes to confirm the species and indicate virulence. Sixty-three strains of V. parahaemolyticus were positive for species-specific tl, 57 were positive for tdh and 20 for trh. Five strains of V. cholerae were positive for species-specific ompW, but no strains presented the genes ctxA, zot, tcp or rfbO1. In conclusion, the estuaries surveyed presented a great diversity of vibrio species, the most abundant of which were V. parahaemolyticus and V. alginolyticus. Resistance to penicillin and ampicillin was elevated and positivity for virulence factors was considerable among strains of species pathogenic to humans. V. parahaemolyticus strains presented virulence genes indicating risk to public health. V. cholerae was identified in samples of both water and sediment / Muitas pesquisas têm associado contaminação aquática ambiental com infecções de Vibrio em humanos, sugerindo que a importância do monitoramento sistemático das cepas ambientais se faz necessário para definir seu possível potencial patogênico e sua significância clínica. O objetivo dessa pesquisa foi estudar a diversidade do gênero Vibrio isolado de quatro regiões estuarinas no Estado do Ceará, (Pacoti, Choró, Pirangi e Jaguaribe). As coletas realizadas resultaram num total de 32 amostras de água e 32 de sedimento, durante os meses de janeiro a abril de 2009. Foram catalogadas 19 espécies de bactérias pertencentes ao gênero Vibrio, das quais Vibrio parahaemolyticus e Vibrio alginolyticus foram as mais abundantes nos quatro estuários: V. parahaemolyticus no Rio Choró e V. alginolyticus no Rio Pacoti. As cepas identificadas foram submetidas a testes de susceptibilidade a quinze antimicrobianos. Todas as cepas analisadas (197) apresentaram susceptibilidade a sulfazotrim, ciprofloxacin, ácido nalidíxico e cloranfenicol, sendo que cento e sessenta e três (82%) apresentaram resistência a penicilina G, cento e oito (54%) a ampicilina, quinze (7%) a cefalotina, três (1%) a aztreonam, uma (0,5%) a gentamicina, a cefotaxima e a ceftriaxona. Cinquenta e uma cepas (25%) apresentaram comportamento intermediário frente à cefalotina, vinte e oito cepas (14%) a ampicilina, dez (5%) a aztreonam, oito (4%) a tetracilina, duas (1%) a oxitetraciclina e uma (0,5%) a florfenicol, a cefotaxima, a ceftriaxona, a estreptomicina e a gentamicina. Foram escolhidas cinco espécies patógenas ao homem para verificação de seus fatores de patogenicidade. As cepas identificadas como V. parahaemolyticus (64) e V. cholerae (9) foram analisadas através de técnicas de biologia molecular, usando genes que confirmam as espécies e genes que indicam virulência. Das 64 amostras de V. parahaemolyticus analisadas, 63 foram positivas para o gene tl, específico para espécie, 57 para o gene tdh e 20 para o trh, genes que indicam patogenicidade. Das nove cepas de V. cholerae, cinco foram positivas para o gene ompW, gene específico para espécie, porém, nenhuma amostra apresentou os genes de virulência ctxA, zot, tcp e rfbO1. Com isso conclui-se que os estuários dos rios analisados apresentam uma elevada abundância de espécies, tendo V. parahaemolyticus e V. alginolyticus como as mais abundantes. O antibiograma das cepas isoladas mostrou uma elevada resistência à penicilina e a ampicilina. Foram encontradas elevada positividade para a presença dos fatores de virulência nas cepas pertencentes às espécies de Vibrio patógenas a humanos. As cepas de V. parahaemolyticus apresentaram genes de virulência indicando que as cepas podem acarretar danos à saúde pública. A presença do V. cholerae foi confirmada nas águas e sedimento dos estuários

Submitted by Alexandre Sousa (alexandre.sousa@incqs.fiocruz.br) on 2015-06-29T12:53:56Z No. of bitstreams: 1 Tese_Renato_Silva.pdf: 1149696 bytes, checksum: 90cca601f940d32033deeaeb17255312 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandre Sousa (alexandre.sousa@incqs.fiocruz.br) on 2015-06-29T12:54:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Renato_Silva.pdf: 1149696 bytes, checksum: 90cca601f940d32033deeaeb17255312 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandre Sousa (alexandre.sousa@incqs.fiocruz.br) on 2015-06-29T12:54:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Renato_Silva.pdf: 1149696 bytes, checksum: 90cca601f940d32033deeaeb17255312 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-29T12:54:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Renato_Silva.pdf: 1149696 bytes, checksum: 90cca601f940d32033deeaeb17255312 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / S. epidermidis é o principal agente de infecções associadas a dispositivos médicos implantados, sendo sua habilidade para formar biofilme em superfícies inertes o fator determinante para a persistência desse micro-organismo. Neste estudo avaliamos 52 isolados clínicos desta espécie quanto à susceptibilidade a antimicrobianos, produção de biofilme/natureza química, presença de genes relacionados à virulência (atlE, capB,aap, embp, bhp, IS256 e IS257), e o efeito de concentrações subinibitórias (sub-CIMs) de etanol e clorexidina na produção de biofilme. Além disso, algumas das amostras biofilme-positivas foram estudadas quanto ao efeito de sub-CIMs destes antissépticos na expressão de icaA, icaR, sigB e sarA. Mais de 60% das amostras apresentaram resistência para ≥ 10 drogas e as amostras produtoras de biofilme mostraram, no geral, maior percentual de resistência a antimicrobianos. No teste em placa de microtitulação (MTP), 23 amostras foram produtoras de biofilme, sendo 14 de natureza polissacarídica, 8 proteica e 3 indeterminada. No teste em Ágar Vermelho Congo, somente amostras produtoras de biofilme polissacarídico apresentaram reação positiva. Genes do operon ica foram detectados em 23 isolados, sendo 17 destes classificados como produtores e 6 como não produtores de biofilme no MTP. A frequência dos outros genes relacionados à produção de biofilme foi: embp (69%), aap (29%) e bhp (12%), não sendo detectada correlação entre estes e a produção de biofilme do tipo PIA-independente. Os genes aap (29%) e IS256 (23%) mostraram correlações significativas com: produção de biofilme, presença de ica, perfil biofilme+/ica+, e produção de nível forte de biofilme. O gene IS256 foi ainda correlacionado significativamente com resistência a alguns antimicrobianos. Sub-CIMs de etanol (2 e/ou 4%) determinaram aumento na produção de biofilme em 15 das 17 amostras PIA-dependentes e nas 8 PIA-independentes, mas não induziram produção de biofilme em amostras originalmente não produtoras. Ao contrário do etanol, sub-CIMs de clorexidina não somente não induziram produção, como determinaram redução da produção de biofilme nas amostras biofilme-positivas. Nas amostras PIA-dependentes, o etanol (1%) acarretou aumento da expressão relativa de icaA e redução da expressão de icaR, além de aumento da expressão dos reguladores globais (sarA e sigB), enquanto a amostra PIA-independente mostrou redução na expressão destes reguladores globais. Ao contrário do etanol, a clorexidina (0,5 μg/mL) determinou aumento da expressão de icaR e redução de icaAnas amostras PIA-dependentes, além de redução na expressão de sarA e sigB na amostra PIA-independente. Os resultados indicaram que a produção de biofilme mostrou-se associada com alguns dos potenciais marcadores de virulência, sendo também evidenciada associação de alguns desses marcadores com resistência a certos antimicrobianos. As amostras PIA-dependentes foram prevalentes, destacando-se, porém, o encontro de número expressivo de amostras PIA-independentes. Os genes aap,embp e bhp não se mostraram correlacionados com a produção de biofilme proteico, indicando existência de outros mecanismos envolvidos na formação desse tipo de biofilme. Nas amostras PIA-dependentes, etanol e clorexidina mostraram efeitos opostos na expressão de icaA e icaR, corroborando dados fenotípicos previamente obtidos, e enfatizando a necessidade de ampliação do estudo da clorexidina, tendo em vista o potencial de aplicação prática deste achado. / S. epidermidis is the main agent of infections associated with implanted medical devices, being its ability to form biofilms on inert surfaces the determinant factor for the persistence of this microorganism. Fifth two clinical isolates of this species were evaluated for susceptibility to antimicrobials, biofilm production/chemical nature, presence of genes related to virulence (atlE, capB, aap, embp, bhp, IS256 andIS257), and the effect of subinibitory concentrations (sub-MICs) of ethanol and chlorhexidine in biofilm production. Moreover, some of biofilm-positive samples were studied for the effect of sub-MICs of these antiseptics in the expression of icaA, icaR, sigB and sarA. Over 60% of the samples showed resistance to ≥ 10 drugs and biofilm producers showed, in general, a higher percentage of antimicrobial resistance. In microtiter plate test (MTP), 23 strains were biofilm producers, being 4 of polysaccharide nature, 8 proteinaceous and 3 undetermined. In Congo Red Agar test, only biofilm polysaccharide producer strains showed a positive reaction. ica operon genes were detected in 23 isolates, being 17 of these classified as producers and 6 as non-biofilm producers in MTP. The frequency of other production-related biofilm genes was: embp (69%), aap (29%) and bhp (12%), no being detect a correlation between them and the production of PIA-independent biofilm. The aap (29%) and IS256 (23%) genes showed significant correlations with: biofilm production, presence of ica biofilm, biofilm+/ica+ profile, and strong level of production of biofilm. The IS256 gene was also significantly correlated with resistance to some antibiotics. Sub-MIC of ethanol (2 and / or 4%) led to an increase in biofilm production in 15 of 17 samples PIA-dependent and in the 8 PIA-independent, but did not induce biofilm production in not originally producing samples. Unlike ethanol, sub-MICs of chlorhexidine not only did not induce production as determined reduction of biofilm production in biofilm-positive samples. In PIA-dependent strains, ethanol (1%) caused an increase in the relative expression of icaAand reduced expression of icaR, in addition to increased expression of global regulators (sarA and sigB), while the PIA-independent strain showed reduction in the expression of these global regulators. Unlike ethanol, chlorhexidine (0.5 mg/mL) determined increased expression of icaR and reduction of icaA in PIA-dependent strains, besides a reduction in the expression of sarA and sigB in the PIA-independent strain. The results indicated that biofilm production was associated with some of potential virulence markers, and also evidenced some combination of these markers and resistance to certain antibiotics. The PIA-dependent strains were prevalent, highlighting, however, the encounter of significant number of PIA-independent strains. The aap, embp and bhp genes were not correlated with the production of proteinaceous biofilm, indicating the existence of other mechanisms involved in the formation of such biofilms. In PIA-dependent strains, ethanol and chlorhexidine showed opposite effects on the expression of icaA and icaR, corroborating phenotypic data previously obtained, and emphasizing the need to expand the study of chlorhexidine, in view of the potential of practical application of this finding.

Escherichia coli é um bacilo Gram-negativo, anaeróbico facultativo e de distribuição cosmopolita. E. coli coloniza o intestino de humanos e outros animais endotérmicos logo após o nascimento, estabelecendo-se como um importante membro da microbiota intestinal. Algumas cepas de E. coli podem adquirir fatores de virulência, assumindo assim, uma natureza patogênica, como é o caso das E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC). As cepas ExPEC apresentam a capacidade de colonizar e se disseminar em diversos nichos no hospedeiro, e são divididas em UPEC (E. coli uropatogênica), NMEC (E. coli causadora de meningite neonatal) e APEC (E. coli patogênica para aves). UPEC, NMEC e APEC compartilham fatores associados à virulência. Para serem aptas a causar doença, cepas ExPEC devem apresentar pelo menos um fator associado à adesão, um fator para captação de ferro (sideróforo) e um fator de resistência ao soro, podendo, também, apresentar genes que codificam toxinas e invasinas. Embora sejam conhecidos muitos fatores de virulência associados à patogenicidade de cepas ExPEC, a regulação da expressão de tais fatores ainda não foi elucidada. Fumarato-nitrato-redutase (FNR) é uma proteína que atua como regulador global, agindo como um sensor da presença de oxigênio em bactérias gramnegativas. Já foi demonstrado que FNR está relacionada à regulação da virulência de bactérias patogênicas como Shigella flexneri e Salmonella enterica serovar Typhimurium. Este trabalho teve como objetivo a análise epidemiológica e caracterização de cepas APEC, bem como a investigação do controle da expressão de fatores associados à virulência de ExPEC pelo regulador global FNR. Os resultados da análise epidemiológica das cepas APEC mostram o perfil de resistência aos agentes antimicrobianos, a prevalência dos fatores de virulência e dos grupos filogenéticos (de acordo com a classificação EcoR) e a relação filogenética dos isolados, fornecendo um panorama da caracterização de E. coli patogênicas aviárias de lesões severas de celulite e de infecção sistêmica oriundas da região sul do Brasil. Em relação ao FNR, este estudo mostrou a influência deste regulador sobre importantes fatores associados à virulência, estando envolvido no controle de várias etapas do estabelecimento da infecção por cepas ExPEC. A deleção de fnr na cepa UPEC CFT 073 reduziu a motilidade, a expressão das fimbrias tipo I e tipo P, reduziu a expressão da hemolisina e controlou a expressão da ilha de patogenicidade do α- cetoglutarato. Além disso, a deleção de fnr fez tornou as bactérias incapazes de invadir células dos rins e da bexiga e de causar doença in vivo em camundongos de 6 semanas. FNR também foi capaz de controlar as etapas da infecção por NMEC 56. Uma vez deletado, as bactérias perderam a capacidade de causar bacteremia, de crescer no fluido cerebrospinal e de causar doença in vivo em ratos de 5 dias de idade. A deleção de fnr em APEC O1 resultou na diminuição da expressão da proteína OmpT plasmidial, da fímbria do tipo I e do auto-transportador AatA. A principal contribuição deste trabalho foi demonstrar que FNR atua na regulação da expressão de importantes fatores associados à virulência de cepas ExPEC (UPEC, NMEC e APEC), sendo importante para o estabelecimento da infecção por essas cepas. Neste trabalho, verificamos que, além da função já conhecida de regular os genes envolvidos na manutenção de um meio anaeróbico, FNR também atua no controle de genes associados à virulência de cepas ExPEC, refletindo na capacidade de causar doença que tais cepas apresentam. / Escherichia coli is a Gram-negative bacillus, facultative anaerobic and has cosmopolitan distribution. E. coli colonizes the intestine of humans and other endothermic animals immediately after birth, establishing as an important member of the intestinal microbiota. Some strains of E. coli can acquire virulence factors thereby assuming a pathogenic nature, as in the case of extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). ExPEC strains have the ability to colonize and spread out in different niches of the host, and are divided into UPEC (uropathogenic E. coli), NMEC (newborn meningitis E. coli) and APEC (avian pathogenic E. coli). UPEC, NMEC and APEC share virulence factors. To be able to cause disease, ExPEC strains must produce virulence factors required for adherence, for iron uptake (siderophore) and for resistance to serum and may also contain genes encoding toxins and invasins. Although many virulence factors associated with the pathogenicity of ExPEC strains are known, the regulation of the expression of these factors has not yet been fully elucidated. Fumarate nitrate reductase (FNR) is a global regulatory protein, acting as a sensor of oxygen in Gram- negative bacteria. It has been shown that FNR relates virulence of pathogenic bacteria such as Shigella flexneri and Salmonella enterica serovar Typhimurium. The aim of this study was to do an epidemiological analysis and characterization of APEC strains as well as the investigation of regulation of ExPEC’s virulence factors by the global FNR regulator. The results of epidemiological analysis of APEC strains showed the profile of antimicrobial resistance , the prevalence of virulence factors and phylogenetic groups (according to the EcoR group) and the phylogenetic relationship of the isolates, providing an overview of the characterization of avian pathogenic E. coli causing severe cellulitis lesions and systemic infection originating from southern Brazil. In relation to FNR, this study showed the influence of this important regulator of virulence factors that is involved in controlling various stages of establishment of infection by ExPEC strains. Deletion of fnr in UPEC strain CFT 073 reduced motility and expression of type I and type P fimbriae, reduced the expression of hemolysin and control the expression of the pathogenicity island of α -ketoglutarate. Furthermore, fnr mutant strains were unable to invade cells of kidney and bladder, and to colonize the urinary tract of 6 weeks-old mice. FNR was also able to control the stages of infection of NMEC 56. The fnr mutant lost its ability to cause bacteremia, grow in cerebrospinal fluid, cause disease in 5 days old rats. Deletion of fnr in APEC O1 resulted in decreased expression of genes corresponding to the plasmid encoded OmpT protein, type I fimbriae and autotransporter AatA. The main contribution of this work was to demonstrate that FNR regulates expression of important virulence factors of ExPEC strains (UPEC, NMEC and APEC), which is important for the establishment of infection by these strains. In this work, we found that, besides the already known function in regulating genes involved in maintaining an anaerobic environment, FNR also acts in the control of virulenceassociated genes of ExPEC strains, reflecting the ability of these strains to cause disease.

Introdução: O estreptococo do grupo B (EGB) tem sido motivo de preocupação para obstetras e neonatologistas pela possibilidade de sepse neonatal, que apresenta um risco importante de mortalidade. O rastreamento do EGB entre 35-37 semanas associado com a profilaxia intra-parto com penicilina cristalina tem propiciado uma diminuição de sepse neonatal precoce por EGB. O índice de colonização por EGB é muito variável de acordo com região e condição social das gestantes. A freqüência de clones virulentos é desconhecida em nosso meio. Objetivos: 1 - Determinar a prevalência de EGB no trato genital-anal em gestantes que internam no Centro Obstétrico de um Hospital Universitário na Cidade de Porto Alegre, verificando também os fatores associados a esta colonização. 2- Verificar a presença de cepas invasivas do EGB nos casos positivos Métodos: O estudo envolveu 319 gestantes, com idade gestacional que variou entre24 e 41 semanas, que internaram na Maternidade do Hospital São Lucas da Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Nestas pacientes foi feito um swab vaginal-anal e semeado em meio de cultura Todd-Hewitt. As amostras positivas para EGB foram enviadas para realização de reação em cadeia da polimerase (PCR) para extração do DNA e tipagem de cepas altamente virulentas do EGB. Resultados: A prevalência de EGB encontrada foi de 23,4% (IC 95%: 17,8- 27,2). Em relação aos possíveis fatores associados a colonização a variável idade mostrou uma tendência de maior colonização em pacientes com mais de 30 anos, quando comparada com idades mais jovens. Isso também aconteceu em relação a comparação com a cor da paciente onde apareceu uma tendência de maior colonização em pacientes de cor preta ou mista. As pacientes com idade gestacional abaixo de 35 semanas apresentaram um índice de colonização inferior às gestantes entre 35-37 semanas e também entre 37-39 semanas. A presença de ruptura prematura das membranas ovulares não apareceu como fator associado a índice maior de colonização pelo EGB. Em relação a freqüência de cepas virulentas a análise de 60 casos revelou 10 casos positivos (16,6%) para clone "sequence typing" - 17 (ST-17). Conclusões: A prevalência de EGB encontrado em nosso estudo é similar aos índices de países desenvolvidos, que realizam o rastreamento rotineiro no prénatal e fazem a intervenção com profilaxia intra-parto nos casos positivos. Houve um maior índice de colonização em gestações à termo comparadas com gestações de pré-termo. A freqüência de cepas "altamente virulentas" encontrada foi 16,6%. / Background: Group B Streptococcus (GBS) has been of concern to obstetrician and neonatologists to the possibility of neonatal sepsis, which presents a significant risk of mortality. Screening for GBS between 35-37 weeks associated with intrapartum prophylaxis with crystalline penicillin has resulted in reduction of neonatal sepsis by GBS. The rate of GBS colonization varies widely according to region and social status of women. The frequency of virulent clones is unknown in our contry. Objectives: 1. To determine the prevalence of GBS in the genital-anal tract of pregnant patients that are hospitalized at the obstetric center of a University Hospital of Porto Alegre, also check the factors associated with this colonization. 2. Verify the presence of invasive strains of GBS positive cases Methods: The study involved 319 pregnant women with gestational ages ranging from 24 and 41 weeks, who were hospitalized at the São Lucas Hospital of Catholic University of Rio Grande do Sul. These patients was done a vaginalanal swab and seeded un culture medium Todd-Hewitt. Samples positive for GBS were sent to carry out polymerase chain reaction (PCR) for DNA extraction and typing of higly virulent strains of GBS. Results: GBS prevalence found was 23.4% (CI 95%: 17.8-27.2). Regarding the possible factors associated with colonization of the age variable showed a trend of increased colonization in patients over 30 years compared with younger ages. This also happened for comparison with the color of the patient where it appeared a tend of increased colonization in patients of gestacional age below 35 weeks among pregnant women at 35-37 weeks and between 37-39 weeks. The presence of premature rupture of ovular membranes did not appear as a factor associated with higer rate of GBS colonization. Regarding the frequency of virulent strains analysis of 60 cases revealed 10 positive cases (16.6%) to clone sequence typing -17 (ST-17). Conclusions: GBS prevalence found in our study is similar to rates in developed countries, carrying out routine screening during prenatal care and make a intervention with intrapartum prophylaxis in positive cases. There was a higer rate of colonization in term pregnacies compared with preterm. The frequency of strains "highly virulent" found was 16.6%.

Escherichia coli patogênica aviária (APEC) é a causa de doenças extra-intestinais em aves, que se manifestam na forma de doenças localizadas ou infecções sistêmicas, gerando grandes perdas econômicas para a indústria aviária. O objetivo desse trabalho foi estudar isolados de APEC do sul do Brasil em relação à resistência a agentes antimicrobianos; a prevalência de fatores associados à virulência; a tipagem filogenética e o perfil filogenético. Na avicultura, os agentes antimicrobianos são muito utilizados na prevenção de infecções e na forma de promotores de crescimento. Foram utilizadas 41 isolados de E. coli obtidos de infecções sistêmicas e 144 isolados de celulite, utilizando o método de difusão com discos. Isolados APEC apresentaram baixos níveis de resistência, com excessão da tetraciclina e das sulfonamidas; e para isolados de colissepticemia, também foi observado uma resistência aos antimicrobianos que atuam na parede celular (ampicilina, cefalotina, bacitracina e ceftiofur). Vários fatores de virulência têm sido investigados em cepas APEC, os que têm sido mais frequentemente associados com a patogenicidade são as fímbrias de aderência F1 e Tsh (hemaglutinina sensível à temperatura); o sistema sideróforo aerobactina, a proteína iss (increased serum survival), a cápsula K e a produção de colicina V. Foram realizadas reações da polimerase em cadeia multiplex (PCR), testando um total de 33 fatores nos isolados APEC. Os fatores relacionados a adesão, sideróforos e resistência ao soro foram presentes em todas as amostras. Os fatores que apresentaram maior prevalência nas amostras foram, fimC, ompA, crlA e traT. A tipagem filogenética foi realizada através do método descrito por Clermont et al., (2000), que permite separar os isolados em 4 grupos filogenéticos principais (A, B1, B2 e D). Observamos a maior presença de isolados APEC pertencentes ao grupo D, tanto para celulite quanto para colissepticemia. A análise do perfil filogenético foi realizada pelo método ARDRA, que é baseado na variação da região do espaçamento intergênico (ISR) na região 16S-23S do DNA ribossômico. Os resultados foram analisados formando um dendrograma que mostra a proximidade filogenética dos isolados, indicando que não foi possível separar os clones de celulite dos de colissepticemia e não existem clones endêmicos nas regiões analisadas. Os resultados obtidos no presente estudo, fornecem um panorama geral da resistência aos agentes antimicrobianos, prevalência dos fatores de virulência, tipagem filogenética e perfil filogenético encontrados nos isolados de E. coli aviária do sul do Brasil de infecções de colissepticemia e celulite. / extra-intestinal infections in poultry, called colibacilose, and cause great economic losses to the poultry industry. The aim of this work was to examine APEC strains, isolated from avian cellulitis and colisepticemic chickens from South Brazil, for antibiotic resistance, presence of virulence-associated genes (VAGs), phylogenetic typing and phylogenetic analyses. In poultry, antibiotics are routinely used to prevent infection and promote growth. We analyzed the susceptibility to 15 antibiotics in 144 E. coli isolates collected from cellulitis lesions and in 41 isolates from septicemic chickens. APEC isolates have shown low levels of resistance excepting tetracycline and sulphonamides, and colisepticemic isolates were resistant to antibiotics that act in the cell wall, such as ampicilin, cephalotin, ceftiofur and bacitracin. The virulence factors most frequently associated with APEC pathogenicity are the adhesins F1 and Tsh (Temperature sensitive hemagglutinin), the iron acquisition system aerobactin, the protein Iss (increased serum survival), K1 capsule and production of colicin V. To investigate the presence of VAGs in the isolates, we performed multiplex polymerase chain reactions to test 33 virulence factors. Virulence factors related to adhesion, iron acquisition and serum resistance were present in almost all strains. The factors fimC, ompA, crlA and traT were the most frequent in APEC isolates. The phylogenetic typing were done using the Clermont et al. (2000) method, which classifies E. coli strains into four main phylogenetic groups (A, B1, B2, and D). Our phylogenetic typing has shown that cellulitis and colisseptisemic isolates were more related to group D. Amplified ribossomal restriction analysis (ARDRA) was performed in colissepticemic and celullitis isolates from broiler chickens from Southern Brasil. The similarity among isolates were observed with a dendrogram based on the band pattern. Our results have shown that clones of celullitis and colissepticemic isolates could not be distinguished and there is no endemic clones in regions observed analised. The results of the present work give us a panorama of the susceptibility to antibiotics, virulence factors, phylogenetic typing and phylogenetic analyses currently found in APEC isolates from severe lesions of cellulites and colibacillosis in south Brazil. Besides that, these analyses could be helpful for monitoring and preventing outbreakes of colibacilosis. Controling the first stages of the disease and detecting more prevalent clones in this region may reduce the incidence of the disease.

Orientador: Márcio Garcia Ribeiro / Banca: Antonio Carlos Paes / Banca: Domingos da Silva Leite / Resumo: Escherichia coli e considerado o principal agente causal de infeccao de trato urinario (ITU) e piometra em caes. A patogenicidade das linhagens esta relacionada a presenca de adesinas e diferentes fatores de virulencia. Foram avaliadas alteracoes hematologicas e diferentes fatores de virulencia em 51 linhagens de E. coli isoladas de ITU, 52 de piometra e 55 de fezes de caes sem sinais entericos. A producao de ƒ¿-hemolisina foi verificada em 26 (51,0%) das estirpes de ITU e em 20 (38,5%) de piometra. Exames hematologicos revelaram principalmente anemia, trombocitopenia e leucocitose por neutrofilia e monocitose nos caes com ITU e piometra. Os maiores indices de sensibilidade nas 158 estirpes foram observados para norfloxacina, ciprofloxacina e enrofloxacina em mais de 60% dos isolados. Os maiores indices de resistencia foram encontrados em 60% ou mais das estirpes com o uso de sulfametoxazole/trimetoprim. Linhagens resistentes a tres ou mais antimicrobianos foram constatadas em 24 (47,1%) de ITU, 7 (13,5%) de piometra e 4 (7,3%) das fezes, das quais respectivamente, 17 (33,3%), 1 (1,9%) e 3 (5,5%), com resistencia multipla a cinco ou mais drogas. fimH foi observado em mais de 90% dos isolados. papC foi detectado em 12 (23,5%) linhagens de ITU, 19 (36,5%) de piometra e 10 (18,2%) das fezes. papGI nao foi detectado, enquanto papGII foi observado em 3 (5,8%) isolados de piometra. papGIII foi expressado em 10 (19,6%) linhagens de ITU, 15 (28,8%) de piometra e 9 (16,4%) das fezes. sfaS foi encontrado em 22 (43,1%) de ITU, 24 (46,1%) de piometra e 19 (34,5%) das fezes. afa foi detectado em 1 (1,9%) linhagem de ITU e de piometra...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Escherichia coli is considered the more important microrganism in urinary tract infection (UTI) and pyometra in dogs. The pathogenicity of strains is associated with different adhesins and virulence factors. Haematological exams and different virulence factors was evaluated in 51 E. coli strains isolated from UTI, 52 from pyometra and 55 from feces of dogs without enteric signs. Alpha-haemolysin was verified in 26 (51.0%) strains from UTI and 20 (38.5%) from pyometra. Haematological exams revealed mainly anaemia, thrombocytopenia and leucocytosis by neutrophilia and monocitosis in dogs with UTI and pyometra. Norfloxacin, ciprofloxacin and enrofloxacin were the most-effective drugs (>60%) for 158 E. coli strains. High rates of E. coli resistance to antimicrobials were observed in 60% or more of strains using sulfametoxazole/trimetoprim. Multiple drug resistance for three or more antimicrobials was observed in 2 (47.1%) strains isolated from UTI, 7 (13.5%) from pyometra and 4 (7.3%) from feces. From these, 17 (33.3%), 1 (1.9%) and 3 (5.5%), respectively, showed multiple resistance to five or more drugs. fimH was observed in 90% or more of 158 isolates. papC was detected in 12 (23.5%) strains isolated from UTI, 19 (36.5%) from pyometra and 10 (18.2%) from feces. None strain expressed papGI, while papGII was observed in 3 (5.8%) strains of pyometra. papGIII was detected in 10(19.6%) strains of UTI, 15 (28.8%) from pyometra and 9 (16.4%) from feces. sfaS was observed in 22 (43.1%) strains of UTI, 24 (46.1%) of pyometra and 19 (34.5%) of feces. afa was identified in 1 (1.9%) strains isolated from UTI and pyometra...(Complete abstract, click electronic address below) / Mestre

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Maria de Fátima Martins / Banca: Tammy Priscilla Chioda Delfino / Resumo: A resistência antimicrobiana em bactérias de origem animal tem se caracterizado como importante problema de saúde pública. No Brasil, muitos trabalhos têm verificado a presença de fatores de virulência e resistência em cepas de Escherichia coli isoladas de animais de produção, porém há poucos estudos avaliando estes aspectos em animais de companhia. O presente trabalho verificou o perfil de sensibilidade microbiana e a presença dos genes codificadores de adesinas (pap, sfa, afa), de intimina (eae) e de Shiga toxina (stx1, stx2) em cepas fecais de E. coli obtidas através de swabs retais de gatos diarréicos e de saudáveis, e em cepas urinárias de gatos com sintomas de infecção do trato urinário (ITU) apresentados para consultas e vacinação em clínicas veterinárias da região de Ribeirão Preto. Entre Janeiro e dezembro de 2009 foram isoladas 205 cepas de E. coli que foram caracterizadas quanto à presença de genes codificadores de fatores de virulência por PCR e sensibilidade microbiana pelo método de difusão em discos. O gene sfa ocorreu em maior abundância (35,6%) sendo mais freqüente entre animais com diarréia e ITU que entre os saudáveis. O gene eae foi verificado apenas entre os diarréicos (2,4%) e sempre associado ao sfa. O gene pap ocorreu em todos os grupos (22,43%). Genes stx1,stx2 e afa não foram encontrados. As resistências predominantemente observadas foram para cefalotina (42,1%), tetraciclina (20%) e ampicilina (15,8%) entre os isolados dos gatos diarréicos enquanto nos dos saudáveis as resistências mais freqüentes foram tetraciclina (30,5%), cotrimoxazol (17,9%) e ampicilina (20,0%). Gatos com ITU apresentaram maiores resistências para ampicilina (46,7%), cefalotina (13,3%) e ácido nalidíxico (13,3%). Multiresistência foi encontrada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Antimicrobial resistance in animal origin bacteria has been characterized as an important public health problem. In Brazil, many studies have verified the presence of antimicrobial virulence factors and resistance in strains of Escherichia coli isolated from livestock, however there are few studies evaluating these aspects in pets. The current work verified the sensibility profile and the presence of genes encoding adhesins (pap, sfa, afa) intimin (eae) and Shiga toxin (stx1, stx2) in E. coli fecal strains obtained from rectal swabs from diarrheic and healthy cats and urinary strains from cats with symptoms of urinary tract infection (UTI) presented to be consulted and get vaccination in veterinary clinics in the region of Ribeirão Preto. Between January and December 2009 were isolated 205 strains of E. coli that have been characterized for the presence of genes encoding virulence factors by PCR and microbial sensitibility by disc diffusion method. The sfa gene occurred in greatest abundance (35.6%) was more common among animals with diarrhea and UTI than among the healthy. The eae gene was found only among diarrheic (2.4%) and always associated with sfa. The pap gene occurred in all groups (22.43%). Genes stx1, stx2 and afa were not found. The predominantly observed resistance was to cephalothin (42.1%), tetracycline (20%) and ampicillin (15.8%) among the isolates from diarrheic cats while in the healthy the tetracycline resistance was most frequent (30.5%), allowed by cotrimoxazol (17.9%) and ampicillin (20.0%). Cats with UTI showed greater resistance to ampicillin (46.7%), cephalothin (13.3%) and nalidixic acid (13.3%). Multidrug resistance was found in 8.4%, 17.9% and 33.3% of strains isolated from diarrheic healthy and with symptoms of UTI cats, respectively. The phenotype of resistance extended to beta-lactams (ESBL) was not... (Summary complete electronic access click below) / Mestre

Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-23T15:53:00Z No. of bitstreams: 1 Tese final.pdf: 4005234 bytes, checksum: 457b822652d4193c9c8e25953f4d3dc1 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-07-26T13:34:20Z (GMT) / Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-26T14:07:28Z No. of bitstreams: 1 Tese_Diego_Felipe_Alves_Batista.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) Previous issue date: 2017-07-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O tifo aviário, causado por Salmonella Gallinarum biotipo Gallinarum, é uma infecção caracterizada pela alta mortalidade nos lotes de aves suscetíveis acometidos, enquanto S. Gallinarum biotipo Pullorum, o agente da pulorose, infecta as aves de produção industrial com as quais desenvolve relação mais branda. Ainda é escasso o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que sustentam essas diferentes interações patógeno-hospedeiro. Nesse estudo, objetivou-se investigar o efeito de deleção parcial das sequências codificantes dos genes idnT (transportador de L-idonato ou D-gluconato), idnO (5-cetogluconato redutase) e ccmH (heme liase necessária na montagem de citocromos do tipo C) sobre a patogenicidade de S. Gallinarum 287/91 (SG287/91), uma vez que seus ortólogos são pseudogenes conservados em S. Pullorum. Os clones mutantes SG∆idnTO, SG∆ccmH e SG∆ccmHidnTO foram obtidos por meio da técnica de mutação sítio-dirigida, denominada de recombinação Lambda-Red e testados em dois experimentos independentes com aves comerciais semipesadas de postura suscetíveis ao tifo aviário. No 1º experimento não se observou alteração da patogenicidade dos clones mutantes após inoculação oral, pois todos os animais infectados desenvolveram sinais clínicos típicos do tifo aviário e vieram a óbito ao longo de 12 dias pós-infecção (dpi). Apesar dos 100% de mortalidade, as infecções desenvolvidas pelos clones SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO levaram os animais a óbito dentro de 48 horas desde o aparecimento dos sinais clínicos, enquanto SG287/91 o fez em 6 dias, sugerindo aumento da virulência dos clones mutantes. No 2º experimento observou-se que as mutantes invadiram o hospedeiro a partir do intestino, embora as quantidades recuperadas de SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO nos fígados e de SG∆idnTO nos baços, no 5º dpi, foram superiores a de SG287/91, reforçando a hipótese de aumento da virulência dos clones contendo a alteração idnTO. Apesar disso, os níveis de transcrição das citocinas CXCLi2 e IL6 produzidos à infecção por SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO não diferiram nas tonsilas cecais nos 1º e 3º dpi e nos baços no 3º dpi em relação à infecção por SG287/91. Somente SG∆ccmH inclinou-se a estimular a transcrição de CXCLi2 e IL6 nas tonsilas cecais no 1° dpi em relação ao grupo controle, enquanto SG287/91 tendeu a suprimi-la. Porém, não houve suporte estatístico para essa observação. Os níveis de mRNA do IFNγ estavam aumentados para todas as estirpes de S. Gallinarum, mutantes ou não, porém sem diferença estatística entre eles. Os resultados do presente estudo indicam que a ruptura nos genes idnTO, e em menor grau do gene ccmH, poderiam levar a perda de “fitness” em S. Gallinarum, lhes justificando a permanência no genoma desse micro-organismo, ao contrário do que ocorre com S. Pullorum. O estudo da patogenicidade de estirpe de S. Pullorum tendo reconstituídos os genes idnTO e ccmH no seu genoma poderia esclarecer os motivos pelos quais esses foram negativamente selecionados por esse micro-organismo. / Fowl typhoid, caused by Salmonella Gallinarum biovar Gallinarum, is an infectious disease which elicits high mortality into a flock of susceptible birds whereas S. Gallinarum biovar Pullorum, the aetiological agent of pullorum disease, infects poultry of commercial importance with which such a bacterium sets off a more permissive host-pathogen interaction. Little is known about the molecular mechanisms driving these distinct interplays with the host. Herein, we aimed at investigating the effect of partial deletions in the idnT (L-idonate / D-gluconate transporter), idnO (5-ketogluconase reductase) and ccmH (heme liase involved in the c-type cytochrome maturation) coding sequences on S. Gallinarum 287/91 (SG287/91) pathogenicity since they are conserved pseudogenes in S. Pullorum genomes. SG∆idnTO, SG∆ccmH and SG∆ccmHidnTO mutant strains were constructed through a one-step inactivation technique, known as Lambda-Red-mediated recombination, and tested on two independent experiments by using a commercial brown egg-producing layer line susceptible to fowl typhoid. On the experiment 1, no changing was observed in the pathogenicity of the mutant strains upon oral inoculation as the infected animals developed typical fowl typhoid clinical signs and died along 12 days post-infection (dpi). In spite of causing 100% mortality, SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO killed all the animals within 48 hours since the clinical signs appearance while SG287/91 did so in 6 days, indicating an increased virulence by these mutant strains. On the experiment 2 every mutant strain were able to invade the host system from the intestine albeit SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were recovered from livers and SG∆idnTO alone from spleens at higher numbers than was SG287/91, supporting the hypothesis of increased virulence for those clones harbouring the idnTO mutation. Despite the results above, CXCLi2 and IL6 transcription levels during infection by SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were similar to that induced by SG287/91 in caecal tonsils at 1 and 3 dpi and in spleens at 3 dpi. In contrast, SG∆ccmH trended to stimulate CXCLi2 and IL6 transcription in caecal tonsils at 1 dpi when compared to the negative, control group whereas SG287/91 tended to suppress it, but no statistical significance was found for such an observation. IFNγ mRNA were augmented for all S. Gallinarum strains, mutant or not, but without statistical difference amongst them. These findings indicate that gene decay into idnTO, and at a lesser extent, into ccmH sequences might lead to the loss of fitness by S. Gallinarum, raising an explanation for their maintenance on this bacterium chromosome when the opposite happens to S. Pullorum. Studying the pathogenicity of a S. Pullorum strain possessing both the idnTO and ccmH genes in its genome could bring to light the reasons whereby such genes were negatively selected by this microorganism. / FAPESP: 2013/22920-4 / FAPESP: 2013/26127-7

Para avaliar um sistema integrado de aquicultura foram realizadas análises microbiológicas da água utilizada neste sistema e determinada a incidência e resistência antimicrobiana dos enteropatógenos no ecossistema relacionado. As amostras de água testadas apresentaram 32,9% de taxas de coliformes fecais (≤1.600/100mL), de acordo com a OMS para piscicultura em águas residuais. Salmonella spp. foram detectadas em 14,5% das amostras. De um total de 33 cepas, 15,1% eram resistentes a um ou dois antimicrobianos testados e resistência a múltiplas drogas não foi observada. Aeromonas spp. foram identificadas em 91,6% das amostras. De um total de 416 cepas, resistência a uma classe de antimicrobianos foi observada em 66,3% e a multirresistência às drogas em 37,7%. Na avaliação da virulência dos isolados de Aeromonas hydrophila, 85,3% das cepas apresentaram Beta-hemólise nos três diferentes tipos de eritrócitos empregados e 99,1% nos eritrócitos de coelho e cavalo, sendo possível a caracterização através da PCR do gene aerA e lip, em 100% das amostras. Os resultados obtidos apontam para a relevância quanto às vantagens da implementação de um sistema integrado, disponibilizando alimentos com custo reduzido, porém este sistema necessita de um controle rígido e efetivo para que estes produtos não constituam veículos para a disseminação de doenças. / To evaluate an integrated aquaculture system, microbiological analyses of water used in this system were carried out and the incidence and antimicrobial resistance of enteropathogens were determined in the related ecosystem. Water samples tested had 32.9% of fecal coliforms rates (≤1600/100mL) in accordance with WHO for psiculture in wastewater. Salmonella spp. were detected in 14.5% of the samples. From a total of 33 strains, 15.1% were resistant to one or two antimicrobial drugs tested and multidrug-resistance was not observed. Aeromonas spp. were identified in 91.6% of the samples. From a total of 416 strains, resistance to one antimicrobial class was observed in 66.3% and multidrug-resistance in 37.7%. In relation to virulence factors of Aeromonas hydrophila, 85.3% of the strains showed beta-hemolysis in three different types of erythrocytes and 99.1% in horse and rabbit erythrocytes. It was possible to characterize by PCR assay, the genes aerA and lip in 100% of the strains. The results indicate the relevance of the benefits of implementing an integrated system, providing food with reduced cost, but this system requires a strict and effective control so that these products do not constitute a vehicle for the spread of disease.

Escherichia coli é um bacilo Gram-negativo, anaeróbico facultativo e de distribuição cosmopolita. E. coli coloniza o intestino de humanos e outros animais endotérmicos logo após o nascimento, estabelecendo-se como um importante membro da microbiota intestinal. Algumas cepas de E. coli podem adquirir fatores de virulência, assumindo assim, uma natureza patogênica, como é o caso das E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC). As cepas ExPEC apresentam a capacidade de colonizar e se disseminar em diversos nichos no hospedeiro, e são divididas em UPEC (E. coli uropatogênica), NMEC (E. coli causadora de meningite neonatal) e APEC (E. coli patogênica para aves). UPEC, NMEC e APEC compartilham fatores associados à virulência. Para serem aptas a causar doença, cepas ExPEC devem apresentar pelo menos um fator associado à adesão, um fator para captação de ferro (sideróforo) e um fator de resistência ao soro, podendo, também, apresentar genes que codificam toxinas e invasinas. Embora sejam conhecidos muitos fatores de virulência associados à patogenicidade de cepas ExPEC, a regulação da expressão de tais fatores ainda não foi elucidada. Fumarato-nitrato-redutase (FNR) é uma proteína que atua como regulador global, agindo como um sensor da presença de oxigênio em bactérias gramnegativas. Já foi demonstrado que FNR está relacionada à regulação da virulência de bactérias patogênicas como Shigella flexneri e Salmonella enterica serovar Typhimurium. Este trabalho teve como objetivo a análise epidemiológica e caracterização de cepas APEC, bem como a investigação do controle da expressão de fatores associados à virulência de ExPEC pelo regulador global FNR. Os resultados da análise epidemiológica das cepas APEC mostram o perfil de resistência aos agentes antimicrobianos, a prevalência dos fatores de virulência e dos grupos filogenéticos (de acordo com a classificação EcoR) e a relação filogenética dos isolados, fornecendo um panorama da caracterização de E. coli patogênicas aviárias de lesões severas de celulite e de infecção sistêmica oriundas da região sul do Brasil. Em relação ao FNR, este estudo mostrou a influência deste regulador sobre importantes fatores associados à virulência, estando envolvido no controle de várias etapas do estabelecimento da infecção por cepas ExPEC. A deleção de fnr na cepa UPEC CFT 073 reduziu a motilidade, a expressão das fimbrias tipo I e tipo P, reduziu a expressão da hemolisina e controlou a expressão da ilha de patogenicidade do α- cetoglutarato. Além disso, a deleção de fnr fez tornou as bactérias incapazes de invadir células dos rins e da bexiga e de causar doença in vivo em camundongos de 6 semanas. FNR também foi capaz de controlar as etapas da infecção por NMEC 56. Uma vez deletado, as bactérias perderam a capacidade de causar bacteremia, de crescer no fluido cerebrospinal e de causar doença in vivo em ratos de 5 dias de idade. A deleção de fnr em APEC O1 resultou na diminuição da expressão da proteína OmpT plasmidial, da fímbria do tipo I e do auto-transportador AatA. A principal contribuição deste trabalho foi demonstrar que FNR atua na regulação da expressão de importantes fatores associados à virulência de cepas ExPEC (UPEC, NMEC e APEC), sendo importante para o estabelecimento da infecção por essas cepas. Neste trabalho, verificamos que, além da função já conhecida de regular os genes envolvidos na manutenção de um meio anaeróbico, FNR também atua no controle de genes associados à virulência de cepas ExPEC, refletindo na capacidade de causar doença que tais cepas apresentam. / Escherichia coli is a Gram-negative bacillus, facultative anaerobic and has cosmopolitan distribution. E. coli colonizes the intestine of humans and other endothermic animals immediately after birth, establishing as an important member of the intestinal microbiota. Some strains of E. coli can acquire virulence factors thereby assuming a pathogenic nature, as in the case of extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). ExPEC strains have the ability to colonize and spread out in different niches of the host, and are divided into UPEC (uropathogenic E. coli), NMEC (newborn meningitis E. coli) and APEC (avian pathogenic E. coli). UPEC, NMEC and APEC share virulence factors. To be able to cause disease, ExPEC strains must produce virulence factors required for adherence, for iron uptake (siderophore) and for resistance to serum and may also contain genes encoding toxins and invasins. Although many virulence factors associated with the pathogenicity of ExPEC strains are known, the regulation of the expression of these factors has not yet been fully elucidated. Fumarate nitrate reductase (FNR) is a global regulatory protein, acting as a sensor of oxygen in Gram- negative bacteria. It has been shown that FNR relates virulence of pathogenic bacteria such as Shigella flexneri and Salmonella enterica serovar Typhimurium. The aim of this study was to do an epidemiological analysis and characterization of APEC strains as well as the investigation of regulation of ExPEC’s virulence factors by the global FNR regulator. The results of epidemiological analysis of APEC strains showed the profile of antimicrobial resistance , the prevalence of virulence factors and phylogenetic groups (according to the EcoR group) and the phylogenetic relationship of the isolates, providing an overview of the characterization of avian pathogenic E. coli causing severe cellulitis lesions and systemic infection originating from southern Brazil. In relation to FNR, this study showed the influence of this important regulator of virulence factors that is involved in controlling various stages of establishment of infection by ExPEC strains. Deletion of fnr in UPEC strain CFT 073 reduced motility and expression of type I and type P fimbriae, reduced the expression of hemolysin and control the expression of the pathogenicity island of α -ketoglutarate. Furthermore, fnr mutant strains were unable to invade cells of kidney and bladder, and to colonize the urinary tract of 6 weeks-old mice. FNR was also able to control the stages of infection of NMEC 56. The fnr mutant lost its ability to cause bacteremia, grow in cerebrospinal fluid, cause disease in 5 days old rats. Deletion of fnr in APEC O1 resulted in decreased expression of genes corresponding to the plasmid encoded OmpT protein, type I fimbriae and autotransporter AatA. The main contribution of this work was to demonstrate that FNR regulates expression of important virulence factors of ExPEC strains (UPEC, NMEC and APEC), which is important for the establishment of infection by these strains. In this work, we found that, besides the already known function in regulating genes involved in maintaining an anaerobic environment, FNR also acts in the control of virulenceassociated genes of ExPEC strains, reflecting the ability of these strains to cause disease.