Des études épidémiologiques ont rapporté une association inverse entre la consommation de produits laitiers et le risque de diabète de type 2 (DT2). Cependant, les études d'intervention sur les produits laitiers rapportent des résultats contradictoires sur la sensibilité à l'insuline. Ainsi, on ne sait pas si la consommation de produits laitiers exerce des effets bénéfiques sur l'homéostasie du glucose et les mécanismes d'action potentiels. Les effets des produits laitiers sur l'homéostasie du glucose pourraient être révélés par l'intégration des omiques. Le terme omique est utilisé pour désigner les investigations utilisant des technologies analytiques, telles que la transcriptomique (ARNm et microARN (miARN)), la métabolomique (acides gras à chaîne courte (AGCC), les acides biliaires, et F₂-isoprostanes (F₂-IsoPs)) et le microbiome intestinal. Pourtant, on ne sait pas si la consommation de produits laitiers pourrait modifier le transcriptome, le métabolome et le microbiote intestinal et si ceux-ci pourraient prédire l'homéostasie du glucose chez les personnes à risque de DT2. Les objectifs sont 1- de déterminer l'effet des produits laitiers sur le profil omique, y compris le profilage de l'ARNm et les microARN, les métabolites et le microbiome; et 2- de clarifier les mécanismes d'action des produits laitiers sur les facteurs de risque de DT2. Dans cet essai randomisé en chassé-croisé, 27 participants hyperinsulinémiques ont été randomisés pour consommer des produits laitiers élevès (HD) (HD ≥ 4 portions/j) et des produits laitiers adéquats (AD) (AD ≤ 2 portions/jour) pendant 6 semaines. Les mesures cliniques et anthropométriques ainsi que des questionnaires de fréquence alimentaire ont été réalisés avant et après chaque intervention. Premièrement, l'ARNm et les miARN ont été mesurés en utilisant des micropuces et la validation par qPCR. Deuxièmement, les taux plasmatiques d'AGCCs, sels biliaires, et des F₂-IsoPs ont été mesurés par des techniques de spectrométrie de masse. Troisièmement, l'abondance du bactèries intestinalles a été analysée à l'aide de méthodes de séquençage du gène ARNr 16S. Le test t apparié a été utilisé pour indiquer des différences significatives dans les paramètres cliniques et omiques entre AD et HD. Les analyses de corrélation ont été effectuées pour identifier l'association entre les paramètres glycémiques et les omiques. De plus, un modèle mixte de régression linéaire a été utilisée pour examiner les différences dans les mesures répétées des niveaux plasmatiques de F₂-IsoP entre AD et HD. L'intégration des omiques a été réalisée à l'aide d'une analyse par apprentissage automatique. L'analyse des puces à ARNm a indiqué que 236 gènes étaient différentiellement exprimés avant et après l'apport en HD. De plus, 297 miARN ont été différentiellement exprimés entre AD et de HD. Une analyse plus approfondie des gènes et des miARN exprimés de manière différentielle a révélé que les voies métaboliques associées au DT2 étaient modifiées après la prise de HD par rapport à avant la prise de HD, y compris la signalisation des récepteurs olfactifs, GPCR, PI3K-AKT2, la signalisation Ras et les voies MAPK. De plus, le niveau de F₂-IsoPs (5-F₂ₜ-IsoP et 8-F₂ₜ-IsoP) a été favorablement réduit. F₂-IsoPs était aussi positivement corrélé avec la glycémie à jeun. Un niveau inférieur de F₂-IsoP a été observé chez les femmes par rapport aux hommes après la prise de HD par rapport à AD. Les résultats ont également montré une augmentation de l'abondance des bactéries Firmicutes et de l'acide butyrique fécal qui jouent un rôle dans la réduction de la résistance à l'insuline. Finalement, l'analyse de l'apprentissage automatique a identifié trois déterminants omiques potentiels interdépendants (miR-93-5p, 8-F₂ₜ-IsoP et l'acide biliaire lithocholique) après la consommation de HD, ce qui a entraîné une réduction de la résistance à l'insuline. Dans l'ensemble, cette étude a démontré que la prise de HD peut modifier de manière bénéfique le profil des OMIC et la résistance à l'insuline chez les participants atteints d'hyperinsulinémie. / Epidemiological studies have reported an inverse association between the consumption of dairy products and the risk of type 2 diabetes (T2D). However, dairy intervention studies report conflicting results on insulin sensitivity. Thus, it is unknown whether dairy product consumption exerts its beneficial effects on glucose homeostasis and their potential mechanisms of action. The effects of dairy products on glucose homeostasis could be mediated by changes in omics profiles. The term omics is used to refer to investigations using global analytical technologies, such as transcriptomics (mRNA and microRNA (miRNA)), metabolomics (short-chain fatty acids (SCFAs), biliary acids, and F₂-isoprostanes (F₂-IsoPs)), and gut microbiome. Yet, it is unclear whether dairy product consumption could alter the transcriptome, metabolome, and gut microbiota and whether these could predict glucose homeostasis in individuals at risk for T2D. The objectives are 1- to determine the effect of dairy products on the OMICS profile, including mRNA and miRNA profiling, metabolites and microbiome; and 2- to clarify the mechanisms of action of dairy products on the risk factors of T2D. In this randomized crossover trial, 27 subjects with hyperinsulinemia were randomized to consume high-dairy (HD) products (HD ≥ 4 servings/d) and adequate dairy (AD) products (AD ≤ 2 servings/day) for 6 weeks. Clinical and anthropometric measurements as well as food frequency questionnaires were carried out before and after each intervention. First, the mRNA and miRNA profiling were performed using microarrays and qPCR validation. Second, plasma levels of SCFAs and F₂-IsoPs were measured by mass spectrometry techniques. Third, the abundance of gut microbiota was analyzed using 16S rRNA gene sequencing. The paired t-test was used to indicate differences in clinical and omics parameters between AD and HD. The correlation analyses were performed to identify the association between glycemic parameters and omics. Further, mix-model regression was used to examine the differences in repeated measurements of plasma levels of F₂-IsoP between AD and HD. The integration of omics was performed using machine learning methods. Microarray analysis indicated that 236 genes were expressed differently before and after HD intake. Furthermore, 297 miRNAs were expressed differently between AD and HD. Further, analysis of differentially expressed genes and miRNAs revealed that T2D-associated metabolic pathways were altered after HD intake compared to before HD intake, including olfactory receptor signaling, GPCR, PI3K-AKT2, Ras signaling, and MAPK pathways. In addition, the level of F₂-IsoPs (5-F₂ₜ-IsoP and 8-F₂ₜ-IsoP) was favorably reduced. F₂-IsoPs was also positively correlated with fasting blood glucose. In addition, a lower level of F₂-IsoP was observed in females compared to males after intake of HD compared to AD. Results also showed an increase in the abundance of Firmicutes bacteria and fecal butyric acid which have a role in reducing the insulin resistance. Finally, machine learning analysis identified three interrelated potential omics determinants (miR-93-5p, 8-F₂ₜ-IsoP, and lithocholic bile acid) after HD consumption that resulted in reduced insulin resistance. Overall, this study demonstrated that consuming HD can beneficially alter the OMICs profile to improve insulin resistance in participants with hyperinsulinemia.

Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à deux modifications épigénétiques dans les cellules humaines, la méthylation de l'ADN et les modifications d'histones, et à leur relation avec deux processus cellulaires fondamentaux : l'expression génique et la réplication de l'ADN, en accordant une attention particulière aux gènes hétéro-chromatiques. J'ai étudié ces relations à travers des projets distincts en utilisant le syndrome ICF (Immunodeficiency, Centromeric instability, Facial abnormalities) comme modèle commun. Causé par un défaut épigénétique constitutif (inactivation de la DNA méthyltransfèrase 3B), le syndrome ICF (OMIM #242860) représente une source exclusive d'informations sur le rôle des modifications épigénétiques chez l'Homme. Dans un premier projet, nous avons montré que les gènes hétérochromatiques sont soumis à une hypométhylation importante et échappent à la répression transcriptionnelle dans le syndrome ICF, avec la conservation des marques d'histones. Dans une deuxième étude, nous avons observé que dans les cellules ICF la réplication du génome était plus rapide, concomitant avec une réduction de la longueur de phase S. De plus, nous avons observé un timing de réplication avancé au niveau de deux loci hétérochromatiques chez les patients ICF analysés. En parallèle de ces deux projets, j'ai mené un troisième projet, plus appliqué, centré sur le cancer colorectal.Dans ce projet, nous avons étudié la fiabilité d'un nouveau biomarqueur épigénétique (hypométhylation des loci B melanoma antigen) dans la détection des lésions pré-cancéreuses et montré que l'hypométhylation des loci BAGE est un événement précoce de la transformation des cellules du colon et est fréquent dans les adénomes histologiquement avancés. / During my PhD I studied two epigenetic modifications that occur in human cells, DNA methylation and histone modifications, and their relationship with two fundamental cellular processes: gene expression and DNA replication, with a particular attention to heterochromatic genes. I investigated this relationship in distinct projects using ICF (Immunodeficiency, Centromeric instability, Facial anomalies) syndrome as a common model. ICF syndrome (OMIM ID #242860) represents an exclusive source of information on the role of epigenetic modifications in humans, being caused by a constitutive epigenetic defect (i.e. de novo DNA methyltransferase 3B mutations). In a first project we showed that heterochromatic genes undergo hypomethylation and escape from silencing in ICF syndrome, with preservation of histone marks. In a second study we observed that whole-genome DNA replication is faster in ICF cell lines, with a concomitant shortening of the S-phase length. Besides, we observed earlier replication timing at two heterochromatic loci. In addition to these two studies, I carried out a third more applicative project focused on colorectal cancer. In this project we investigated the reliability of a new epigenetic biomarker (hypomethylation of B melanoma antigen loci) in the detection of pre-cancerous lesions and showed that BAGE loci hypomethylation is an early event in colon transformation and is frequent in histologically advanced adenomas.

Lors de la fécondation, le génome subit des transformations épigénétiques qui vont guider le développement et le phénotype de l’embryon. L'avènement des techniques de reprogrammation cellulaire, permettant la dédifférenciation d'une cellule somatique adulte, ouvre la porte à de nouvelles thérapies régénératives. Par exemple, les procédures de transfert nucléaire de cellules somatique (SCNT) ainsi que la pluripotence par induction (IP) visent à reprogrammer une cellule somatique adulte différentiée à un état pluripotent similaire à celui trouvé durant la fécondation chez l'embryon sans en impacter l'expression génique vitale au fonctionnement cellulaire. Cependant, la reprogrammation partielle est souvent associée à une mauvaise méthylation de séquences géniques responsables de la régulation des empreintes géniques. Ces gènes, étudiés chez la souris, le bovin et l'humain, sont exprimés de manière monoallélique, parent spécifique et sont vitaux pour le développement embryonnaire. Ainsi, nous avons voulu définir le statut épigénétique du gène empreinté H19 chez l'équin, autant chez le gamètes que les embryons dérivés de manière in vivo, SCNT ainsi que les cellules pluripotentes induites (iPSC). Une région contrôle empreinté (ICR) riche en îlots CpG a été observée en amont du promoteur. Couplé avec une analyse de transcrit parent spécifique du gène H19, nous avons confirmé que l'empreinte du gène H19 suit le modèle insulaire décrit chez les autres mammifères étudiés et résiste à la reprogrammation induite par SCNT ou IP. La déméthylation partielle de l'ICR observée chez certains échantillons reprogrammés n'était pas suffisante pour induire une expression biallélique, suggérant un contrôle des empreintes chez les équins durant la reprogrammation. / After fertilization, the animal genome undergoes a complex epigenetic remodeling that dictates the growth and phenotypic signature of the animal. The development of reprogramming methods using adult differentiated cells as the primordial genetic source has opened the door to new regenerative therapies for animals. Somatic cell nuclear transfer (SCNT) and induced pluripotency are two techniques which aim to reprogram a cell from its adult differentiated state to an embryonic-like pluripotency level, without impairing the expression of genes vital for the cellular function. Albeit promising, the mechanisms involved in these techniques remain only moderately understood. Partial reprogramming is frequently associated with irregular methylation of DNA sequences responsible for imprint regulation. These imprinted genes, mostly studied in rodents, cattle and humans, are expressed in a monoallelic parent-specific fashion and are vital for embryo growth. Hence, we aim to define the equine H19 imprinting control region (ICR) in gametes, in vivo and in SCNT derived embryos, as well as in induced pluripotent stem cells (iPSC). A CpG rich ICR was characterized upstream of the promotor using bisulfite treated DNA sequencing. Coupled with parent-specific gene expression analysis, we confirmed that the imprinted gene H19 is resistant to cellular reprogramming, and that partial demethylation of its ICR does not result in biallelic expression, suggesting that equine species have rigorous imprint maintenance during cellular reprogramming.

L’O-GlcNAcylation est une modification post-traductionnelle qui consiste en l’ajout covalent du N-acetylglucosamine au groupement hydroxyle des sérines et thréonines des protéines nucléaires et cytoplasmiques. Ce type de glycosylation atypique est régulé de manière très dynamique par l’action de l’O-GlcNAc transférase (OGT) et de l’O-GlcNAcase (OGA) qui catalysent et hydrolysent cette modification respectivement. Aujourd’hui, OGT émerge comme un régulateur transcriptionnel et senseur critique du métabolisme où les protéines ciblées par l’O-GlcNAcylation couvrent la presque totalité des voies de signalisation cellulaire. Récemment, des études ont aussi proposé qu’OGT soit impliquée dans la régulation épigénétique par l’O-GlcNAcylation des histones. Dans le but de caractériser le rôle fonctionnel d’OGT dans la régulation épigénétique, nous avons revisité le concept d’O-GlcNAcylation des histones et, de manière surprenante, n’avons pu confirmer cette observation. En fait, nos données indiquent que les outils disponibles pour détecter l’O-GlcNAcylation des histones génèrent des artéfacts. De ce fait, nos travaux supportent plutôt un modèle où la régulation épigénétique médiée par OGT se fait par l’O-GlcNAcylation de régulateurs transcriptionnels recrutés à la chromatine. Parmi ceux-ci, OGT s’associe au complexe suppresseur de tumeurs BAP1. En étudiant le rôle d’OGT dans ce complexe, nous avons identifié le facteur de transcription FOXK1 comme un nouveau substrat d’OGT et démontrons qu’il est régulé par O-GlcNAcylation durant la prolifération cellulaire. Enfin, nous démontrons que FOXK1 est aussi requis pour l’adipogenèse. Ensemble, nos travaux suggèrent un rôle important d’OGT dans la régulation du complexe BAP1. / O-GlcNAcylation is a post-translational modification which consists in the covalent addition of an N-acetylglucosamine sugar to the hydroxyl group of serine and threonine residues of nuclear and cytoplasmic substrates. This atypical glycosylation is regulated in a very dynamic manner through the action of the O-GlcNAc transferase (OGT) and the O-GlcNAcase (OGA) that catalyze and hydrolyze this modification respectively. OGT has emerged as a critical transcriptional regulator and sensor of metabolism whereby proteins targeted by O-GlcNAcylation cover several cell signaling pathways. Recently, studies have also suggested that OGT may be involved in epigenetic regulation through the O-GlcNAcylation of histones. For the purpose of characterizing the functional role of OGT in epigenetic regulation, our group revisited the concept of histone O-GlcNAcylation and surprisingly, our work could not confirm this observation. In fact, our data indicate that the available tools for histone O-GlcNAcylation detection generate artifacts. Consequently, our work rather supports a model whereby OGT-mediated epigenetic regulation is indirectly achieved through O-GlcNAcylation of chromatin-associated transcriptional regulators. Among these, OGT strongly associates with the BAP1 tumor suppressor complex. Thus, by focusing on the role of OGT in this complex, we identified the transcription factor FOXK1 as a novel substrate of OGT and demonstrate that it is regulated throught O-GlcNAcylation during cell proliferation. Finally, we demonstrate that FOXK1 is also required for adipogenesis. Taken together, these data suggest an important role of OGT in regulating the BAP1 complex.

La reproduction sexuée implique une différentiation extrême des gamètes qui s’accompagne de profonds remaniements des chromosomes parentaux. Au moment de la fécondation, ces chromosomes doivent être rendus compétents pour la formation du premier noyau zygotique. Au cours de ma thèse, j’ai étudié l’importance fonctionnelle de plusieurs voies moléculaires paternelles et maternelles participant à cette étape chez la drosophile. Le complexe HIRA est impliqué dans l’assemblage de nucléosomes dans le pronoyau mâle à la fécondation. J’ai décrit le rôle de HIRA et de son partenaire Yemanucléine-α dans cette voie. J’ai caractérisé plus finement ce complexe en étudiant son rôle somatique dans l’assemblage des nucléosomes et son implication dans la stabilité de l’hétérochromatine, améliorant notre compréhension des besoins biologiques qui conditionnent sa conservation et son évolution. Je me suis aussi intéressé à diverses situations affectant l’intégrité des chromosomes parentaux à la fécondation. (1) J’ai décrit les conséquences catastrophiques pour la méiose femelle de l’expression naturelle d’un transposon à travers l’étude d’un cas de dysgénésie hybride. (2) J’ai contribué à montrer que la protéine K81 est essentielle pour la protection des télomères dans les chromosomes paternels au cours de la spermatogénèse. (3) J’ai participé à caractériser les conséquences pour les chromosomes paternels de l’incompatibilité cytoplasmique induite par la bactérie Wolbachia. Ensemble, ces travaux soulignent les particularités des chromosomes parentaux à la fécondation et aident à cerner l’importance des voies maternelles et paternelles dans leur intégration dans le premier noyau du zygote / Sexual reproduction involves dramatic gamete differentiation and profound parental chromosomes remodelling. At fertilization, these chromosomes need to be rendered competent for the formation of the fist zygotic nucleus. I have studied the functional relevance of several paternal and maternal molecular pathways that participate during this process in Drosophila. The HIRA complex is required for nucleosome assembly in the male pronucleus at fertilization. I have further described the rôle of HIRA and its obligatory partner Yemanuclein-α during this step. I have characterized the somatic roles of this complex during nucleosome assembly and its involvment in heterochromatin stability, which gives us a better understanding of the biological needs that drive its conservation and evolution. I have also focused on several situations where parental chromosomes integrity at fertilization is compromised. (1) I have described a meiotic catastrophe associated with the natural expression of a transposon in the female germline during hybrid dysgenesis. (2) I have contributed to show that K81 is an essential protein for telomere protection in paternal chromosomes during spermiogenesis. (3) I have participated in the characterization of the chromosomal abnormalities associated with cytoplasmic incompatibility induced by Wolbachia. Together, these results underscore the specificities of parental chromosomes at fertilization and shed light into the importance of maternal and paternal pathways for their integration in the first zygotic nucleus

Le syndrome de Prader-Willi est une maladie génétique rare. Les gènes candidats au SPW, dont le gène Necdin, sont régulés par l'empreinte génomique parentale : seul l'allèle paternel de ces gènes est exprimé, l'allèle maternel étant silencieux. Notre équipe a généré un modèle murin pour lequel l'allèle paternel de Necdin a été désactivé (+m/-p) et qui présente des similarités phénotypiques avec les patients PW. Ce phénotype est plus drastique chez les animaux -/-. Nous avons alors émis l'hypothèse que l'allèle maternel puisse avoir un rôle fonctionnel dans la survie des souris (+m/-p). L'expression de l'allèle maternel de Necdin est présente dans le système nerveux des souris (+m/-p). Cette expression, bien que faible au niveau transcriptionnel, est suffisante pour produire la protéine Necdin, ce qui a des conséquences cellulaires et physiologiques qui in fine permettent une amélioration du phénotype. Cette perte de silence de l'allèle maternel est également détectée dans l'hypothalamus de patients PW. Ces résultats révèlent une plasticité épigénétique inattendue qui permet d'envisager des perspectives thérapeutiques. / The Prader-Willi Syndrome (PWS) is a rare genetic disorder. Several genes, including NECDIN gene, are involved in the PWS. These genes are regulated by the genomic imprinting mechanism: only the paternal allele of these genes is expressed, their maternal allele being silenced. Our team has generated a mouse model in which the paternal allele of the Necdin gene has been deactivated (+m/-p). This model presents phenotypical similarities with PWS patients. We observed that mortality affects more -/- pups than +m/-p mice. Therefore we venture the hypothesis of a functional role of the maternal allele in mutant mice survival. We showed an expression of this allele in the nervous system of +m/-p mice. Though transcriptionnally low, that is sufficient to produce the Necdin protein and provoke cellular as well as physiological consequences that actively improve the phenotype. Importantly, a specific expression of the maternal NECDIN allele is also detected in hypothalamic brain sections of PWS patients. These results reveal an unexpected epigenetic flexibility that allow to contemplate a therapeutic pharmacological prospect.

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Les cellules souches embryonnaires (CSE) sont un outil essentiel pour la recherche biomédicale. Elles ont à la fois la particularité de se multiplier de manière indéfinie tout en gardant leurs propriétés souches et l’incroyable capacité de donner naissance à tous les types cellulaires de l’organisme. Ces caractéristiques ouvrent de nouvelles perspectives pour la médecine régénérative mais également pour la mise au point de nouveaux essais thérapeutiques. Une des révolutions majeures reposant sur la reprogrammation cellulaire des cellules somatiques adultes en cellules souches, permet notamment d’entrevoir de nouvelles applications thérapeutiques. Les mécanismes moléculaires, tels que la méthylation de l’ADN, les modifications d’histones, et l’intervention de facteurs épigénétiques dans le remodelage de la chromatine, jouent un rôle essentiel dans la reprogrammation cellulaire et le contrôle de la pluripotence des cellules souches. L’épigénome des CSE doit non seulement maintenir l’expression des gènes associés à la pluripotence, mais également permettre une activation rapide et spécifique des gènes impliqués dans les étapes de différenciation cellulaire. Une des modifications ayant un rôle important dans l’homéostasie des CSE correspond aux méthylations d’histones H3K9 et H3K27 essentiellement associées à une répression transcriptionnelle. Ces modifications sont effectuées par des lysines méthyltransferases (HKM) dont G9a, ou bien EZH2 appartenant au complexe Polycomb PRC2. Elles recrutent également ces complexes protéiques permettant le maintien et la propagation de la modification le long du génome. Ainsi, dans ce contexte, mes travaux de thèse ont eu pour objectif de caractériser deux facteurs épigénétiques potentiels reconnaissant les histones H3K9me et H3K27me et interagissant avec le complexe PRC2. Ces études ont permis de mieux comprendre le rôle de ces protéines dans la régulation des cellules souches embryonnaires murines. Nos premières données ont montré que nos gènes candidats sont fortement exprimés dans les cellules souches embryonnaires murines (mESC) contrairement aux cellules différenciées. Par la suite, l’expression forcée d’un de ces facteurs altère la différenciation des CSE induite par le retrait de la cytokine LIF. Pour mieux comprendre comment le maintien de l’expression de notre facteur empêche la différenciation des cellules souches embryonnaires, nous avons analysé l’expression des facteurs de pluripotence Oct4, Nanog, Sox2 et Klf4. Nous avons noté un maintien de l’expression de ces facteurs ainsi que le maintien de la régulation des signaux intracellulaires intervenant en amont tels que: l’activation de la voie JAK-STAT3 pour le maintien à l’état pluripotent des ESC, et la diminution de la voie MAPK-ERK impliquée dans les processus de différenciation / Embryonic stem cells (ES cells) are an essential tool for biomedical research. They have the particularity to multiply indefinitely while keeping their stemness properties, and the incredible ability to generate all cell types of the body. These characteristics open up new perspectives for regenerative medicine but also for the development of new therapeutic trials. One of the major revolutions based on the cellular reprogramming of adult somatic cells into stem cells makes it possible to glimpse new therapeutic applications. Molecular mechanisms, such as DNA methylation, histone modifications, and the intervention of epigenetic factors in chromatin remodeling, play a critical role in cell reprogramming and pluripotency. The CSE epigenome must maintain not only the expression of genes associated with pluripotency but also allow rapid and specific activation of genes involved in cell differentiation. One of the modifications having an important role in the homeostasis of the CSE corresponds to histone methylations H3K9 and H3K27 essentially associated with transcriptional repression. These modifications are carried out by lysine methyltransferases (HKM) including G9a, or EZH2 belonging to the Polycomb PRC2 complex. They also recruit these protein complexes to maintain and propagate the change along the genome. Thus, in this context, my thesis work aimed to characterize two potential epigenetic factors recognizing histones H3K9me and H3K27me and interacting with the PRC2 complex. These studies have provided a better understanding of the role of these proteins in the regulation of murine embryonic stem cells. Our first data showed that our candidate genes are strongly expressed in murine embryonic stem cells CGR8 (mESC), unlike differentiated cells. Subsequently, the forced expression of one of these factors alters the CSE differentiation (CGR8) induced by LIF cytokine withdrawal. To better understand how maintaining the expression of our factor prevents the differentiation of embryonic stem cells, we analyzed the expression of pluripotency factors Oct4, Nanog, Sox2 and Klf4. We noted maintenance of the expression of these factors as well as the maintenance of the regulation of signals intervening upstream: including the maintenance of the activation of the JAK-STAT3 pathway for the maintenance of the pluripotent state, and the decrease of the MAPK-ERK pathway involved in differentiation processes

La lysyl oxydase-like 1 (LOXL1) est une enzyme nécessaire à la maturation des fibres élastiques dans matrice extra-cellulaire lors des processus de réparation tissulaire à l'âge adulte. Chez l'Homme, le niveau d'expression de LOXL1 dans les fibroblastes dermiques diminue avec l'âge contribuant ainsi au relâchement cutané. Dans la pathologie génétique cutis laxa, pouvant être considérée comme un modèle de vieillissement accéléré, le promoteur du gène loxl1 est la cible de méthylation au niveau de sites riches en cytosines et guanosines, appelés îlots CpG, ce qui empêche l'initiation de la transcription. Dans ce travail de thèse, d'une part, nous avons voulu savoir si le déficit en fibres élastiques au cours du vieillissement du derme humain pouvait être la conséquence de l'hyperméthylation de loxl1 ; et d'autre part, nous avons recherché des actifs végétaux capables de contrer ce mécanisme. Pour cela, nous avons testé des modèles de vieillissement in vitro afin de corréler la perte en fibres élastiques et l'hyperméthylation de loxl1. Une méthode d'analyse de la méthylation nous a permis de déceler l'hyperméthylation spécifique de loxl1 au cours du vieillissement chronologique. Des analyses transcriptomiques en PCR en temps réel, des expériences de précipitation de la chromatine ainsi que des analyses d'activités de promoteurs ont permis de mettre en évidence l'importance de l'ADN méthyltransférase 3a (DNMT3a) dans la régulation du promoteur loxl1. Cette enzyme a été clonée en système eucaryote et deux nouveaux partenaires ont été identifiés: la protein arginin methyltransferase 5 (PRMT5) et la methylosome protein 50 (MEP50). Enfin, ce mécanisme de régulation a été testé lors d'un criblage d'actifs végétaux à des fins cosmétiques. Nous avons trouvé deux actifs ayant la capacité de contrer de façon directe ou indirecte l'activité de la DNMT3a et de supprimer la méthylation de loxl1 dans des fibroblastes âgés / Lysyl oxidase-like 1 (LOXL1) is an enzyme required for the maturation of elastic fibres in the extracellular matrix during tissue repair process at adulthood. In human dermal fibroblasts, LOXL1 expression decreases with age, thus contributing to sagging skin. In the genetic disease cutis laxa, which can be regarded as a model of accelerated ageing, the loxl1 gene promoter has been shown to undergo DNA methylations in a cytosine-guanine rich region, known as CpG Island, which prevented the initiation of transcription. In this thesis, firstly, we wanted to know whether the deficit in elastic fibres in the dermis of human during ageing could be the result of loxl1 hypermethylation; and secondly, we sought plant extracts capable of counteracting this mechanism. Different in vitro ageing models were assessed to correlate the loss of elastic fibres and hypermethylation of loxl1. A particular methylation analysis method allowed us to identify specific hypermethylation of loxl1 during chronological ageing. Transcriptomic analyses by real-time PCR, precipitation of chromatin experiments and analysis of promoter activity led to highlight the importance of DNA methyltransferase 3a (DNMT3a) in the regulation of loxl1 promoter. This enzyme has been cloned in an eukaryotic system and two new partners have been identified: protein arginine methyltransferase 5 (PRMT5) and methylosome protein 50 (MEP50). Finally, this regulatory mechanism has been tested as a screening tool for cosmetic purposes. We selected two plant extracts with the ability to counteract, directly or indirectly, the activity of DNMT3a and remove methylation from loxl1 promoter in aged fibroblasts

Cette thèse part de la proposition d\'une rencontre possible entre psychanalyse et génétique médicale par le biais des soins offerts aux enfants porteurs de syndromes génétiques, notamment le syndrome de l\'X fragile. Nous avons trouvé dans les recherches en épigénétique une voie de rapprochement de ces différents champs du savoir. L\'idée selon laquelle l\'environnement est capable de modifier l\'expression des gènes représente la rupture d\'un certain déterminisme génétique autrefois accepté, et ouvre un espace où penser la singularité. Notre travail propose d\'élargir le concept d\'environnement, en y considérant la relation de l\'enfant avec l\'Autre, lieu du langage, comme opérateur de marques sur son corps : marques symboliques, constituées dès le tout début de la rencontre de l\'infans et de ceux qui s\'occupent de lui. C\'est justement dans cet espace d\'échange avec l\'Autre qu\'a lieu l\'émergence d\'un sujet. Nous avons opté pour les concepts de sujet et de transfert pour soutenir l\'articulation de la clinique psychanalytique et de la génétique médicale en ce qui concerne le traitement. Nous avons donc exposé trois cas cliniques issus de notre pratique, d\'enfants traversés par le diagnostic de l\'X fragile afin d\'illustrer de quelle manière les conceptions de sujet et de transfert se reflètent dans la clinique. Tenant compte que la psychothérapie est également prise comme objet d\'étude de l\'épigénétique, et qu\'elle est donc considérée comme un environnement capable de provoquer, voire de renverser des marques épigénétiques, l\'enjeu de notre travail repose sur la proposition suivante : et pourquoi pas la psychanalyse également ? La psychothérapie psychanalytique, ancrée sur le transfert, ne peut-elle pas, elle aussi, laisser des marques sur le petit patient / The current thesis assumes a possible encounter between psychoanalysis and medical genetics based on the treatment applied to children carrying genetic syndromes such as the Fragile X Syndrome. Epigenetic studies are a way to approximate different knowledge fields. The assumption that the environment is able to change gene expression strays from the genetic determinism we once believed and opens the way for us to reason about singularity. The proposition in the present study lies on expanding the concept of environment, by taking into consideration the relation between the child and the Other in the environment in question, as well as the place of language as the operator marking the childs body. These symbolic marks start emerging in the first encounter between the infans and caregivers. The subject emerges precisely 3 within an environment of exchanges that is set with the Other. The concepts of subject and transference were chosen to support the treatment articulation between psychoanalytic clinic and medical genetics. Thus, the present study reports three clinical cases followed by the authors, which involved children diagnosed with fragile X syndrome. These cases illustrate how the aforementioned concepts affect the clinical practice. Since psychotherapy has also been taken as the object of epigenetic studies, and as it is considered an environment able to cause, and even reverse, epigenetic marks, the current study relies on the following proposition: why not psychoanalysis as well? Can the psychoanalytic psychotherapy, anchored in the concept of transference, leave marks on the little patient too?