Les cancers primitifs du péritoine ont une incidence qui varie de 1 à 2 cas/an/1 000 000 d'habitants selon les types. Leur diagnostic et leur prise en charge sont complexes et exigent des spécificités de moyens et de compétences. Dans le cadre du plan cancer, le réseau national de prise en charge des tumeurs rares du péritoine (RENAPE) s'est structuré autour de centres experts et de missions transversales pour garantir à chaque patient, l'accès à l'expertise médicale et diagnostique. Après une revue de la littérature sur l'épidémiologie de ces cancers et leurs caractéristiques de prise en charge, l'objectif de ce travail est d'évaluer l'impact de l'organisation du réseau RENAPE, et de ses actions mises en œuvre, pour améliorer le parcours de soins des patients et favoriser l'évolution des pratiques dans la prise en charge de ces cancers. Une première étude, menée sur une cohorte de mésothéliomes péritonéaux, démontre l'apport de l'organisation RENAPE sur la diminution des délais de prise en charge thérapeutique. Une seconde étude rapporte les actions mises en œuvre par le réseau pour standardiser et homogénéiser les procédures chirurgicales et approches thérapeutiques. Une troisième étude présente les caractéristiques épidémiologiques de la population issue de l'observatoire mis en place au sein du réseau. Enfin, une quatrième étude analyse la distribution spatiale des patients pris en charge au sein du réseau et évalue l'impact de facteurs socio-économiques sur l'incidence des mésothéliomes péritonéaux. En s'appuyant sur une dynamique de réseau, l'organisation RENAPE a permis de structurer une filière de référence qui intègre une approche multidisciplinaire / Rare peritoneal malignancies (RPM) are extremely rare with annual incidence of 1 to 2 case/1,000,000 of the population per year depending types. Diagnostic and therapeutic management are complex and need specialized clinical skills associated to specific technical platforms. As part of the French cancer plan the national network for the treatment of rare peritoneal malignancies (RENAPE) has been organized including expert centres and cross-disciplinary healthcare issues to allow the patients to access to clinical expertise. After literature review of epidemiological data, the aim of this work is to evaluate the impact of the RENAPE healthcare organization on the clinical pathways of patients and to support the development of clinical practices in the management of RPM. A first study demonstrated the benefit of the RENAPE network to reduce the therapeutic management delays in cohort of peritoneal mesothelioma (PM). Then a second work reports the RENAPE initiative to standardize and homogenize the surgical procedures and therapeutic approach. A next study describes the epidemiological characteristic of the population from the RENAPE registry. Finally a fourth study analyzes the geographical distribution of RENAPE cohort and to evaluate the impact of the socioeconomic factors on the PM incidence. Based on the network approach, the RENAPE organization succeeded to structure a healthcare system with multidisciplinary integrated approach

Introduction : Bien que les données officielles fassent état d’une diminution globale du nombre de cas de paludisme en Guyane, les orpailleurs travaillant sur les sites illégaux au cœur de la forêt amazonienne semblent très touchés par cette pathologie. L’objectif principal de cette étude était de déterminer la prévalence du paludisme dans cette population. Les objectifs secondaires évaluaient la proportion des différentes espèces plasmodiales et leur distribution géographique, le niveau de résistance des parasites aux dérivés de l’artémisinine, les connaissances attitudes et pratiques vis à vis de cette pathologie, et des données de santé de cette population. Matériel et méthodes : Les inclusions ont eu lieu sur les sites de repli des orpailleurs le long du fleuve Maroni. Après recueil du consentement éclairé, un test de diagnostic rapide du paludisme était effectué, ainsi qu’un questionnaire, un examen clinique, et un prélèvement de sang pour microscopie, PCR et tests de résistance (RSA et génotypage du gène pfK13 pour les PCR positives à Plasmodium falciparum). Résultats : De janvier à juin 2015, 421 orpailleurs ont été inclus, majoritairement des hommes (70,6%) brésiliens (93,8%), de médiane d’âge de 37 ans. La prévalence du portage de plasmodies déterminée par PCR était de 22,3% (IC95% : 18,3-26,3) à 84% asymptomatiques. Les espèces identifiées étaient principalement P. falciparum (47,9%) puis P. vivax (37,2%) avec 10,6% de coinfections. Lors du dernier accès palustre, 52,4% des orpailleurs avaient eu recours à l’automédication, majoritairement avec des dérivés de l’artémisinine (93,8%) avec une mauvaise observance (37,8%). Le fait d’être en Guyane était fortement associé à l’automédication (AOR=22,1). Le test RSA montrait un taux de survie supérieur à 1% pour un échantillon mais l’analyse du gène pfK13 ne mettait pas en évidence de mutations associées à la résistance à P. falciparum Discussion: La prévalence élevée de porteurs asymptomatiques de paludisme constitue un réservoir important pourla transmission du paludisme dans la région. L’utilisation massive de dérivés de l’artémisinine associée à une mauvaise observance sont des facteurs de risque d’émergence de résistance, ce qui entraînerait des conséquences sanitaires et économiques importantes. Avec une volonté politique, des actions sont possibles pour limiter ce risque, comme la distribution de kits d’autodiagnostic et d’auto-traitement avec une formation au niveau des sites de repli. / Introduction: Although official data show a global decrease of malaria in French Guiana, this disease often affects illegal gold miners working in the deep Amazonian forest. The main objective of this study was to evaluate the malaria prevalence in this population. The secondary objectives were to evaluate and map the proportion of Plasmodium species, to assess behavior, attitudes and practices regarding malaria in this population, to measure the artemisinin resistance level in parasites and to evaluate their general health. Material and methods: Inclusions took place at the gold miners’ resting sites, spread along the Maroni river. After recording their informed consent, a malaria rapid test was performed, as well as a questionnaire, a clinical exam and a blood sample for microscopy, PCR and resistance test (RSA and PfK13 genotyping for P. falciparum positive samples). Results: From January to June 2015, 421 gold miners were included, mainly men (sex ratio 2.4), Brazilian nationals (93.8%), with a median age of 37 years. Plasmodium prevalence using PCR was 22.3% (CI95%: 18.3 - 26.3), of whom 84% were asymptomatic. During the last malaria attack, 52.4% selfmedicated with artemisinin derivatives (93.8%) and a poor treatment adherence (37.8%). Being in French Guiana when the malaria attack occurred was strongly associated with selfmedication (AOR=22.1). One sample showed a survival rate higher than 1% in RSA test but PfK13 genotyping did not reveal any mutation in P. falciparum. Discussion: This high prevalence of asymptomatic carriers constitutes a huge reservoir for malaria transmission in the region. Massive use of artemisinin derivatives associated with poor treatment adherence are factors that may contribute to the emergence of artemisinin resistance. That would have huge sanitary and economical consequences. With political will, actions are possible to limit this risk, as the distribution of kits for self diagnosis and self-treatment with training on resting sites.

La sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est une maladie neuro-dégénérative rare. Il n’existe aucune donnée d’incidence française en population générale. Le profil phénotypique des patients français atteints de SLA, n’a pas été étudié. En outre, aucun facteur de risque confirmé n’existe pour cette pathologie bien que l’activité physique (AP) soit souvent rapportée comme possible facteur étiologique. Dans
 ce
 contexte, 
 pour améliorer les connaissances dans ces domaines, nos
 travaux
 ont
 consisté
 en trois études : (1) une étude sur l’incidence de la SLA dans la région du Limousin sur la base de données issues du premier registre français de SLA, (2) une étude des phénotypes des patients issus de 11 centres SLA français et (3) une revue de littérature des études épidémiologiques originales sur le lien entre PA et SLA. Nos travaux ont mis en évidence une incidence brute et standardisée sur la population européenne de 2010, élevée : 3,19/100 000 personnes-année (P-A) et 2,58/100 000 P-A respectivement. Concernant les aspects phénotypiques, nos travaux ont identifié huit phénotypes de SLA : (1) bulbaire, (2) spinal cervical, (3) spinal lombaire (4) flail leg, (5) flail arm, (6) respiratoire, (7) SLA-DFT et (8) Tête tombante (« Dropped head »). Nous avons conclu notre revue de littérature que l’AP en elle-même n’est probablement pas un facteur de risque de SLA. Comme perspective, (i) nous espérons étendre le registre de la SLA à d’autres régions françaises. En outre (ii) il serait très important de confirmer nos travaux sur les phénotypes sur un échantillon plus représentative Enfin, (iii) concernant le lien entre AP et SLA, d’autres travaux de niveau de preuve élevé sont souhaitables pour asseoir le résultat synthétique que nous avons apporté. / Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a rare neurodegenerative disease. Currently in France, there is no population-based incidence data. The phenotypic profile of French patients with ALS, has not been studied. Lastly, no risk factors are confirmed for this pathology. In this context, to improve knowledge in these fields, our work consisted of three studies: (1) a study on the incidence of ALS in the Limousin region based on the database from the first French ALS register (2) a study of the phenotypes of patients from 11 French ALS centers and (3) a literature review of original epidemiological studies focusing on physical activity (PA) and ALS risk. Our work has highlighted a high crude and standardized incidence (on Europe population): 3.19 / 100 000 person-years (PY) and 2.58 / 100,000 PY respectively. Regarding phenotypic aspects, our work identified eight ALS phenotypes: (1) bulbar, (2) cervical spinal (3) lumbar spinal (4) flail leg, (5) flail arm, (6) respiratory, (7) ALS-FTD and (8) dropped head. We demonstrated that the PA itself is probably not a risk factor for ALS. As a first perspective we hope to expand the ALS Register to other French regions. In a second perspective, it would be very important to confirm our work on phenotypes on a larger and representative sample of ALS patients. Finally, regarding the relationship between PA and ALS, other work of high level of evidence are desirable to confirm the synthetic result we brought in this thesis work.

On assiste à un phénomène de transition épidémiologique dans les zones tropicales avec l’émergence des affections cardiovasculaires induites par l’athérosclérose. L'objectif de cette thèse était de contribuer à une meilleure connaissance de l’épidémiologie des facteurs de risque cardiovasculaire en population tropicale, en particulier au Bénin. Une analyse des prévalences des facteurs de risque cardiovasculaire en population générale au Bénin a été menée à partir de la base de données de l’enquête nationale STEPS. Une revue systématique des cohortes cardiovasculaires conduites en population générale en Afrique subsaharienne (ASS) a été réalisée. La méthodologie de la cohorte TAHES (Tanvè health study) a été élaborée ; une étude pilote a été mise en place. Les travaux montrent des fréquences relativement élevées de plusieurs facteurs de risque cardiovasculaire au Bénin et des différences suivant les milieux de résidence. Par ailleurs, ils soulignent la rareté des études de cohortes sur les maladies cardiovasculaires en ASS. Les résultats préliminaires de la cohorte TAHES pilote confortent l’idée de la faisabilité d’une étude plus large. / An epidemiological transition is observed in tropical areas with the growing of cardiovascular atherosclerosis diseases. The objective of this thesis was to contribute to a better knowledge of the epidemiology of cardiovascular risk factors in tropical area, particularly in Benin. An analysis of prevalence of cardiovascular risk factors in general population was led from Benin national STEPS survey. A systematic review of cardiovascular prospective cohort studies in sub-Saharan Africa (SSA) was conducted. Methodology of TAHES (Tanvè health study) cohort was described; a pilot study was implemented. These data show high frequencies of several cardiovascular risk factors in Benin; differences between urban and rural areas were observed. They underline the rarity of cardiovascular cohort studies in ASS. Besides, they support the hypothesis of cardiovascular cohort feasibility in general population in Benin.

La septicémie associée à un cathéter de voie centrale (central line-associated bloodstream infection, CLABSI) est la cause la plus fréquente d’infection nosocomiale aux soins intensifs et entraine une morbidité significative, un allongement des durées d’hospitalisation et un accroissement des coûts. La maîtrise des CLABSI est une préoccupation permanente dans les institutions hospitalières. <p>Les staphylocoques à coagulase négative (SCN), et en particulier Staphylococcus epidermidis, colonisants de la peau, sont parmi les agents pathogènes opportunistes les plus fréquemment impliqués dans les infections de matériel étranger comme les cathéters, grâce à leur capacité à produire un biofilm. <p>Dans un travail préliminaire sur la prise en charge des septicémies sur cathéters à chambres implantables, nous avons observé qu’un tiers des septicémies dues à des SCN se solde par le retrait du cathéter et que la sévérité des présentations cliniques est très variable. Nous avons suspecté que des facteurs liés à S. epidermidis lui même pouvaient jouer un rôle dans la sévérité de la présentation clinique et le succès ou l’échec thérapeutique. <p><p>Objectifs :<p>Ce travail de thèse a pour but d’approfondir les connaissances nécessaires à la maîtrise de la septicémie sur cathéter à S. epidermidis. Il a été développé sur deux axes principaux :(1) une recherche sur les facteurs liés au pathogène, basée sur l’étude phénotypique et génotypique des différences entre les S. epidermidis provenant de trois sous-populations (volontaires sains - personnel soignant - patients avec CLABSI) et sur la compréhension de la source à l’origine de la contamination (peau du patient versus personnel soignant); (2) une approche clinique opérationnelle sur les aspects de prévention et de surveillance des CLABSI.<p><p>Méthodes :<p>Nos travaux de recherche ont porté sur l’épidémiologie moléculaire des S. epidermidis (pulsotypie, PFGE et multi-locus sequence typing, MLST), sur leur antibio-résistance (phénotypique et génotypique), sur la détermination du type de cassette mec (SCCmec typing), sur l’identification de facteurs de virulence [ACME (arginine catabolic mobile element) et ica (intercellular adhesin)] et sur la recherche de la production de biofilm in vitro dans les sous-populations étudiées. <p>Nous avons également discuté les limites des définitions des CLABSI dans une étude comparative et avons investigué, dans une étude multicentrique, la prévention des CLABSI par un programme de monitoring externe des processus de soins de cathéters et de feedback régulier au personnel soignant concernant leurs indicateurs de performance. <p><p>Résultats :<p>Facteurs liés au pathogène :<p>Les souches de S. epidermidis colonisant le personnel soignant sont résistantes à plus <p>d’antibiotiques que celles colonisant les volontaires sains (multisensibles), mais à un moins grand nombre que celles causant des CLABSI (souvent multirésistantes), à l’exception de la résistance à la méticilline. <p>La production de biofilm est sous la dépendance de l’opéron ica mais l’expression de ces gènes est variable, soumise à une régulation complexe. La majorité des S. epidermidis ayant une production importante de biofilm in vitro sont porteurs de l’opéron ica tandis que la majorité des S. epidermidis n’en produisant pas sont ica négatif. Par contre, nous avons observé que les souches de S. epidermidis formant un biofilm in vitro avec une biomasse importante étaient présentes dans les trois sous-populations étudiées. <p>Tant les S. epidermidis commensaux que ceux responsables d’infection présentent une grande diversité génétique par PFGE mais ils se révèlent, après analyse MLST, comme appartenant pour la plupart au même complexe clonal (CC).<p>Nous avons également montré que dans un tiers des cas, les souches de S. epidermidis récoltées sur les mains des soignants dans le même hôpital et au cours de la même période de temps, sont identiques à celles responsables de CLABSI, ce qui soutient l’hypothèse que les soignants peuvent servir de réservoir.<p>Cependant, les présentations cliniques les plus sévères de CLABSI sont dues à des souches de S. epidermidis appartenant à certains MLST séquences types (STs) particuliers :ST2 et SLV (single locus variant) ST54, toutes ica positives, mecA positives et multi-résistantes. Aucune souche présentant ces MLST types n’a été retrouvée sur les mains des soignants, ni chez les volontaires sains. <p><p>Surveillance et prévention :<p>Nous avons démontré que l’intensité de la documentation microbiologique et l’usage de définitions incluant des critères cliniques font varier les densités d’incidence de CLABSI mesurés et donc limitent l’intérêt des comparaisons inter-hospitalières. <p>Nous avons également démontré l’efficacité d’un programme original de prévention de type audit externe des compliances aux processus de soins des cathéters associé à un feedback régulier. En effet, nous avons observé une diminution statistiquement significative de l’incidence des CLABSI dans les unités de soins intensifs mais nous avons également identifié les limites de cette approche.<p><p>Conclusion :<p>La septicémie sur cathéter due à S. epidermidis peut être contrôlée par un programme de prévention en diminuant les risques de contamination tant endo- qu’extra-luminale. Cependant, certains clones de S. epidermidis (ST2 et ST54) particulièrement adaptés à l’environnement hospitalier, combinant virulence et multi-résistance, sont responsables de présentations cliniques sévères de CLABSI. De nouvelles approches basées sur les caractéristiques des souches pathogènes de S. epidermidis et sur la sévérité de la présentation clinique de la CLABSI pourraient permettre le développement de stratégies de prévention et de traitement plus ciblées.<p> / Doctorat en Sciences médicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Visceral leishmaniasis (VL) or kala-azar is a parasitic infectious disease that is fatal if left untreated. Two types of Leishmania species are causal agents of VL: Leishmania infantum and Leishmania donovani. VL caused by L.infantum is a zoonosis and is endemic in countries around the Mediterranean basin and in Latin-America. VL caused by L. donovani is assumed to be an anthroponosis and is endemic in East-Africa and the Indian subcontinent.<p><p>VL is considered as a major public health problem in the Indian subcontinent and the annual case load of VL in this focus is represents around 80% of the global burden. In Nepal, a quarter of the country’s population is estimated to be at risk of this disease. The disease in the ISC is caused by L. donovani, which is transmitted from man to man by the bite of the sandfly Phlebotomus argentipes. VL occurs predominantly among the poorest of the poor. Since 2005, the governments of Bangladesh, India and Nepal have been engaged in a collaborative effort to eliminate VL from the region. The strategies to control the disease include early diagnosis and treatment, along with vector control measures, effective disease surveillance, social mobilization and partnership building, and clinical and operational research. In recent years, considerable efforts were made within the elimination initiative. Still, important gaps remain in the understanding of the VL epidemiology, and impact as well as on the best approach to case management or vector control. These knowledge gaps may affect the success of the ongoing VL elimination initiative and make it difficult to meet the set target of bringing the incidence down to less than 1 case per 10,000 by 2015. With this background we focused on some of the knowledge gaps; we wanted to generate evidence and offer sound recommendations for policy makers to underpin the ongoing VL elimination initiative in the Indian subcontinent in general and in Nepal in particular. <p><p>We have - for the first time- described the epidemiology of L. donovani infection in high transmission areas in Nepal. The sero-prevalence of L. donovani infection was 9% in these communities, but there was wide variation between endemic villages (5-15%). The seroprevalence rates remain however substantially lower than those observed in a parallel study in the neighbouring districts in Bihar, India. In our study 39% of individuals who live together in a house with at least one recent VL case were serologically (DAT) positive compared to 9% in the overall study population in the same endemic region. This pattern suggests that untreated VL cases are the main source of transmission and sharing the same household is an important risk factor for L. donovani infection. Therefore, the VL elimination campaign recently initiated an active case detection strategy including the search of active cases of VL and post-kala-azar dermal leishmaniasis (PKDL).<p><p>Generally the risk factors for VL are linked to precarious housing conditions and an environment that provides excellent breeding sites for the sandfly vector.VL has thus been largely considered as a disease of the rural poor. However, with occasional cases being reported also from town e.g. Dharan in south-eastern Nepal, questions were raised about possible extension of transmission to urban areas.<p><p>We conducted an outbreak investigation including a case-control study among the residents of Dharan town. We documented several clusters of VL cases in the more peripheral wards of the town. These are wards with new settlements where the poorest migrants install themselves. They are typically a rural-urban interface with most residents dependent on daily wages as agricultural labourers. However, several factors pointed to urban transmission: firstly, we found a strong association between VL and certain housing factors. Secondly, the clustering of VL cases in space and the intra-household clustering makes urban transmission more likely than infection due to migration. Finally, the entomological data also provide further evidence in support of local transmission of VL inside the town. The vector P. argentipes was captured repeatedly inside the town, and some of them were infested with L. donovani.<p><p>We studied the health seeking behavior and documented the households cost of VL care in a miltefosine-based programme after the intensified implementation of VL control efforts in Nepal. We enrolled 168 patients that had been treated for VL within twelve months prior to the survey in five districts in south-eastern Nepal. We observed a median delay of 25 days to present to the appropriate level of the primary healthcare system. Most patients first visited unqualified local practitioners or traditional faith healers for VL care. With a median total cost of US$ 165 per episode of VL treatment, the economic burden of VL across all households was 11% of annual household income or 57% of median annual per capita income. About half of the households exceeded the catastrophic expenditure threshold of 10% of annual household income. Our findings seem to suggest that, compared to previous studies, the economic burden of VL (as a % of household income) has indeed decreased. However, despite the provision of free diagnostics and drugs by the government, households still incurred substantial medical out-of-pocket expenditure, especially at private providers. The government should consider specific policies to reduce VL care costs such as a conditional cash programme for travel and food, and a better health insurance scheme. <p><p>We monitored clinical outcomes of VL treatment with miltefosine up to 12 months after the completion of therapy and explored the potential role of patient compliance, drug resistance, and reinfection. The initial cure rate was 95.8% and cure rate at 6 months after treatment was 82.5%, which further dropped to 73.3% at 12 months after miltefosine treatment. The relapse rate at 6 months was 10.8% and 20.0% at 12 months i.e. relapse is observed in one-fifth of miltefosine treated VL patients in Nepal. The decreased effectiveness of miltefosine observed in our study is an alarming signal for the ongoing VL elimination initiative and implicates the need for reviewing the drug policy in the Indian subcontinent. Relapse was most common among children (<12 years of age) and continued to occur beyond the commonly used 6-month follow-up period. No significant clinical risk factors or predictors of relapse apart from age <12 years were found. Parasite fingerprints of pre-treatment and relapse bone marrow isolates were similar within 8 tested patients, suggesting that clinical relapses were not due to re-infection with a new strain, but due to true recrudescences. MIL blood levels at the end of treatment were similar for cured and relapsed patients.The MIL-susceptibility of 131 VL isolates was also analysed in vitro with a promastigote assay and the mean promastigote MIL-susceptibility (IC50) of isolates from definite cures was similar to that of relapses.<p><p>We also assessed patient adherence to miltefosine treatment for VL given on an unsupervised ambulatory basis, prescribed under routine conditions (i.e. little or no time for treatment counselling) in government primary healthcare facilities. Our findings showed that adherence is a problem and the target of 90% of capsules taken is not reached in 15% of the enrolled patients. The gastrointestinal related side-effects and treatment-negligence after the resolution of clinical symptoms of VL were the main reasons for poor adherence. Effective counselling during the treatment, a short take-home message on the action and side effects of miltefosine, and on the importance of adherence are the best way to prevent poor adherence.<p><p>Post-kala-azar dermal leishmaniasis is more commonly seen in inadequately treated cases which is considered as a reservoir of infection maintaining disease transmission. The occurrence of PKDL in Nepal is relatively low compared to neighbouring countries involved in the elimination initiative. Supervised and adequate treatment of VL seems essential to reduce the risk of PKDL development. Policy makers should include surveillance and case management of PKDL in the VL elimination programme.<p> / Doctorat en Santé Publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L’asthme est une maladie respiratoire chronique fréquente pendant la grossesse avec une prévalence de 8 %. Il a été démontré que l’asthme maternel augmente le risque de diabète gestationnel (DG), mais il y a peu d’évidences sur l’impact des médicaments antiasthmatiques d’entretien sur le risque de cette complication de grossesse. Un projet de recherche a été développé afin d’évaluer si le risque de DG est associé à la dose de corticostéroïdes inhalés (CSI) ou l’utilisation de β2-agonistes à longue durée d’action (BALA) chez les femmes enceintes asthmatiques. Pour ce faire, nous avons utilisé un devis cas-témoins niché dans une cohorte de grossesses de femmes asthmatiques qui ont accouché entre 1998 et 2010 reconstruite à partir de deux banques de données administratives de la province de Québec (Canada) : Maintenance et exploitation des données pour l’étude de la clientèle hospitalière (MED-ECHO) et Régie de l’assurance maladie du Québec (RAMQ). Le DG était défini par au moins un diagnostic de diabète gestationnel ou mellitus ou une ordonnance remplie d’un médicament antidiabétique après la 20e semaine de grossesse. Chaque cas était apparié à 30 témoins selon l’année calendrier et l’âge gestationnel. Des modèles d’équations d’estimation généralisées ont été utilisés pour estimer les rapports de cotes (aOR) et les intervalles de confiance à 95 % (IC 95 %) de DG ajustés pour la sévérité et la maîtrise de l’asthme et d’autres facteurs de risque de DG. L’association entre le DG et la dose de CSI a été estimé parmi les femmes non exposées aux BALA tandis que l’association avec les BALA a été estimée parmi les femmes exposées aux CSI à la date de survenue de l’issue pour les cas et à la date de sélection pour les témoins. Dans la cohorte de 12 587 grossesses de femmes asthmatiques, 1001 cas de DG (8 %) ont été identifiés. Nous n’avons observé aucun risque accru de DG avec une augmentation des doses de CSI parmi les non-utilisatrices de BALA avec des aOR (IC 95 %) de 0,95 (0,74-1,23) pour les faibles doses (<251 μg en équivalence de fluticasone), 1,14 (0,80-1,64) pour les moyennes doses (251 à 500 μg) et 1,13 (0,71-1,81 pour les hautes doses (>500 μg) de CSI. De plus, le risque de DG n’était pas plus élevé quand un BALA était ajouté à un CSI (aOR=0,99; IC 95 % : 0,69-1,44). Nos résultats ajoutent de l’évidence concernant l’innocuité des BALA et des doses de CSI pendant la grossesse, mais de plus amples études sont nécessaires pour examiner les associations potentielles entre les plus hautes doses de CSI et le risque de DG. / Asthma is a chronic respiratory disease that is frequent in pregnancy with a prevalence of 8%. Maternal asthma is known to increase the risk of gestational diabetes (GD), but the evidence is scarce regarding the impact of asthma controller medications on the risk of this pregnancy complication. A research study was developed to evaluate whether the risk of GD is associated with the dose of inhaled corticosteroids (ICS) or the use of long-acting β2-agonists (LABA) in pregnant women with asthma. To achieve our goals, we used a case-control design nested within a cohort of pregnancies from asthmatic women who delivered between 1998 and 2010 reconstructed from the linkage of two administrative databases from the province of Québec (Canada): Maintenance et exploitation des données pour l’étude de la clientèle hospitalière (MED-ECHO) and Régie de l’assurance maladie du Québec (RAMQ). GD was defined as at least one recorded diagnosis of gestational or chronic diabetes or a prescription for an antidiabetic medication filled after week 20 of gestation. Each case was matched to 30 controls according to calendar year and gestational age. Generalized estimating equation models were used to estimate odds ratios (aOR) and 95% confidence interval (95% CI) of GD adjusted for asthma severity and control and other risk factors of GD. The association between GD and ICS doses was estimated among women unexposed to LABA, while the association with LABA was estimated among women exposed to ICS at the date of the outcome for cases and the date of selection for controls. The cohort included 12 587 pregnancies from asthmatic woman and 1001 cases of GD (8.0%) were identified. The risk of GD showed no trend towards a higher risk with increasing dose of ICS among non-users of LABA with aOR (95% CI) of 0.95 (0.74 to 1.23) for low doses (<251 μg in fluticasone propionate equivalents), 1.14 (0.80 to 1.64) for medium doses (251 to 500 μg), and 1.13 (0.71 to 1.81) for high doses (>500 µg) of ICS. Moreover, the risk did not increase when LABA was added to an ICS (aOR=0.99; 95% CI: 0.69 to 1.44). Our results provide further evidence for the safety of LABA and ICS doses during pregnancy, but more studies are needed to examine the potential association between higher ICS doses and the risk of GD.

Parmi les manifestations de la maltraitance de l’enfant, problème de santé publique, le traumatisme crânien infligé de l’enfant est une des premières causes de mortalité par maltraitance. L’objectif de cette thèse était d’évaluer l’opportunité d’un dépistage de la maltraitance physique de l’enfant. Le premier obstacle mis en évidence était l’imprécision et le manque de standardisation de la définition de la maltraitance physique. Face à cet obstacle,nous nous sommes interrogés sur la perception qu’avaient les professionnels de santé et les parents des urgences pédiatriques du CHU de Bordeaux de la violence physique des parents vis-à-vis de leur enfant. Les professionnels étaient plus tolérants vis-à-vis de ces violences.Une même situation était évaluée différemment selon le professionnel. Nous avons illustré la variabilité de perception d’une même situation lorsque l’enfant ne présente pas encore de conséquences graves de maltraitance à travers un cas clinique de traumatisme crânien infligé,ainsi que les craintes d’une stigmatisation des parents directement en lien avec la difficulté à identifier précocement ces situations et les effets négatifs que peut avoir la prise en charge.Enfin, nous avons simulé par un modèle de Markov, en tenant compte des incertitudes identifiées, l’impact d’un programme de prévention primaire et d’un programme de dépistage du traumatisme crânien infligé. Ce modèle a permis de confirmer l’intérêt d’un programme de prévention primaire. Il a également montré l’importance de déterminer les effets possibles d’une stigmatisation à tort des parents dans le cadre du dépistage pour s’assurer qu’un tel programme ne serait pas néfaste. / Among child abuse, which is a major public health issue, Pediatric Abusive Head Trauma is one of the major causes of death in abused children. The aim of this thesis was to assess the opportunity of screening for physical child abuse. The first identified obstacle was the lack of knowledge about the beginning of physical child abuse, and the vagueness and lack ofstandardization of its definition. Therefore, we conducted a study to assess the perception of physical violence by parents toward their children, by parents and professionals in the emergency department of the university hospital of Bordeaux. The professionals were more tolerant than parents and the perception of a same situation could vary according to the professional. We have illustrated this variation with a clinical case of Pediatric Abusive Head Trauma, when the child had not already serious consequences of child abuse. Similarly, the difficulty of early identification of abused children was responsible for the fear of mother’sstigmatization. And we discussed the impact of management of the children and their mother.Finally, we evaluated the impact of a primary prevention program and screening program ofPediatric Abusive Head Trauma using a Markov model considering identified uncertainties.The simulation confirmed the potential benefits of primary prevention program documentedthe huge uncertainty regarding benefits associated with screening of Pediatric Abusive HeadTrauma. Future research should in particular focus on describing the effects of wrong lyidentifying parents as abusers.

La nutrition est un facteur de risque modifiable pour le cancer puisqu'environ un tiers des cas pourraient être évités en adoptant une meilleure alimentation. La relation entre nutrition et cancer est complexe, et son étude est enrichie par de nouveaux défis apportés par les récentes avancées technologiques dans le domaine des « -omiques ». Cette thèse a pour but de développer de nouvelles approches biostatistiques afin d'étudier la relation entre nutrition et cancer au sein de la cohorte EPIC. Pour ce faire, l'applicabilité de nouvelles méthodologies multivariées dans le domaine de l'épidémiologie nutritionnelle a été étudiée.Une nouvelle méthode multivariée pour la réduction de la dimensionnalité, le Treelet Transform (TT), a été examinée afin d'extraire des patterns de nutriments issus de questionnaires. Les patterns ainsi obtenus par le TT étaient plus facilement interprétables que par les méthodes classiques. Ensuite, un cadre analytique pour implémenter le concept du « meeting-in-the-middle » (MITM) a été développé et appliqué dans 2 études cas-témoin nichées sur le cancer hépatocellulaire avec des données métabolomiques. Le MITM cherche à identifier des biomarqueurs qui soient à la fois des marqueurs de certaines expositions passées et des prédicteurs de maladies. L'implémentation s'est focalisée sur l'application de la PLS et de l'analyse de médiation.Enfin, nous avons examinés la relation entre les niveaux plasmatiques de 60 acides gras issus de biomarqueurs et le risque de cancer du sein dans une étude cas-témoin nichée dans EPIC.Cette thèse servira de base pour des applications épidémiologiques futures examinant la relation nutrition-cancer / Diet is a modifiable risk factor for many cancers. It has been estimated that about a third of cancer cases can be prevented by complying with a healthy diet and adhering to the recommendations in terms of nutrition. The nutrition-cancer relationship is a complex one, and its study is currently at a turning point with the opportunity and challenges brought by the recent technological advances in the fields of « -omics ».This thesis aims to develop new biostatistical approaches to investigate the nutrition-cancer relation within the European Prospective Investigation into Cancer and nutrition (EPIC) study. To do so, the applicability of new methodologies in the field of nutritional epidemiology has been examined.First, a new multivariate dimension reduction method, the Treelet Transform (TT) was applied to extract nutrient patterns relying on questionnaire data. The extracted patterns were more easily interpretable than those obtained with more classical methods.Then, an analytical framework was conceived for the « meeting-in-the-middle » (MITM) principle and applied to two nested case-control studies on hepatocellular carcinoma, with targeted and untargeted metabolomics data. The MITM aims to identify overlap biomarkers of certain exposures that are at the same time predictive of disease outcomes. The implementation focused on the application of partial least squares and mediation analyses. Last, the association between 60 plasma fatty acids levels assessed from biomarkers and breast cancer risk was examined in a nested case-control study in EPIC. This thesis will serve as a basis for future epidemiological applications looking into the nutrition-cancer relation

Les maladies auto-immunes et systémiques sont des maladies sur lequel le champ de la recherche pose son œil de façon appuyée depuis 15 ans, du fait de l’émergence de thérapies biologiques ciblées. Ces pathologies sont volontiers hétérogènes, au mieux de fréquence ou caractéristiques particulières dans les populations d’origine Africaine. La connaissance de l’épidémiologie, et des caractéristiques de ces maladies est un préalable essentiel à la mise en place de recherche plus fondamentale pour aider à décomposer leurs physiopathologies souvent extrêmement complexes. En effet, la comparaison de différences marquées entre deux expressions dans des populations différentes d’une même maladie peut permettre d’aider à en dénouer le fil. Nous proposons dans ce travail une estimation des caractéristiques du lupus cutané et du lupus systémique en Guyane Française qui retrouve une faible fréquence de la maladie, la plus faible jamais retrouvée dans une population subsaharienne. Nous décrivons en Martinique sur le plan épidémiologique comme clinique une forme rare de myosite appelée syndrome des anti-synthétases semblant très particulière, l’épidémiologie et la description de la maladie de Kikuchi-Fujimoto pour la première fois dans la littérature, l’épidémiologie et les caractéristiques à base de population de la maladie de Behcet, des principales vascularites (périartérite noueuse, micropolyangéite, granulomatose éosinophile avec polyangéite, granulomatose avec polyangéite), de l’hypertension pulmonaire des connectivites qui semblent plus fréquentes que chez les Européens. Les néphropathies du lupus systémiques sont décrites dans la population Guadeloupéenne montrant une grande fréquence des néphropathies prolifératives. Le protocole EUROLUPUS qui permet le traitement de ces néphropathies prolifératives du lupus systémique avec de faibles doses de cyclophosphamide et de corticoïdes, est évalué en Martinique sur 30 patients alors qu’il ne l’a jamais été dans une population d’origine Africaine. Il semble y être aussi efficace que chez les patients d’origine Européenne, alors que les néphropathies y ont un pronostic meilleur. La maladie de Sjögren primaire est décrite en Martinique très proche de ce qu’on trouve en Europe sur le plan du tableau clinique et évolutif alors que cela n’est l’objet d’aucune étude dans une population d’origine noire Africaine. Nous avons par ailleurs montré en Martinique l’amélioration de la prise en charge du lupus systémique en Martinique au travers de la régression au fil du temps d’une des complications de la corticothérapie les plus pénibles pour les patients, l’ostéonécrose aseptique. La sclérodermie systémique est décrite à base de population avec épidémiologie dans les deux départements de Guadeloupe et Martinique, montrant des caractéristiques proches de celles retrouvées chez les AfroAméricains. Nous avons aussi montré la fréquence et la gravité des atteintes ORL des myopathies inflammatoires sur ces 2 départements avec une fréquence inhabituelle de certaines maladies auto-immunes dont le lupus systémique et les myosites inflammatoires associées aux anticorps anti-SRP, et l’absence de myosite à inclusion. Au total, nous apportons une somme de connaissance descriptive de ces maladies auto-immunes et systémiques permettant la mise en place de recherches plus fondamentales avec des bases solides par rapport aux profils hétérogènes de ces maladies. / Auto-immunes and systemic diseases are priorities for researchers since 15 years. This is related to the emergence of biological therapies, associated to great efficacy. Although, these diseases are heterogeneous, depending of different parameters such as ethnicity or geography. In the African descent population, we encounter unusual or particular manifestations of these diseases. Also, the knowledge of epidemiology and population based descriptions are crucial to properly initiate works on these populations, but also to understand a particularly complex physiopathology by using differences between populations. We describe in this work the population based characteristics of pure cutaneous lupus and systemic lupus, including an epidemiology of the incidence of the lowest incidence ever found in a population of African heritage. We also describe a population based series of anti-synthetase syndrome, confirming that the presentation is totally different compared to caucasians, and allows in Martinique the incidence, never explored before. We also provide the first evaluation of Kikuchi-Fujimoto disease in a population of African origin, and the first incidence ever realized. We do the same evaluation of the epidemiology of Behcet’s disease in a black origin population that shows that this disease was at a similar frequency in Martinique and in Europe. Micropolyangeitis, polyarteritis, eosinophilic granulomatosis with polyangeitis and Granulomatosis with polyangeitis were evaluated in an epidemiologic study in Martinique, with addition of some cases from other French American region for a more powerful characteristics description. These diseases seem less frequent than in Europe, associated with less severity except for micropolyangeitis. EUROLUPUS, a protocol with low dose IV cyclophosphamide and low dose steroids, used to treat proliferative nephritis of systemic lupus is shown to have the same efficacy in Martinique than in patients of European origin. Primary Sjögren syndrome, evaluated in Martinique, is very similar in expression than what is found in Europe. The decrease overtime of aseptic osteonecrosis, a steroid side effect, is a witness of better control of systemic lupus activity with less usage permitted by protocols and new immunosuppressive drugs such as mycophenolate. Systemic sclerosis is described as very close to African American in a population based study in Martinique and Guadeloupe. We finally show that the rare ENT involvement of idiopathic inflammatory myositis is frequent in our population, associated with poor outcome, and surprisingly frequently related to systemic lupus and necrotizing myositis associated to SRP antibody but not to inclusion body myositis. To conclude, we allow an amount of description of these diseases in our region, including pioneer studies. This works tends to be the basis for studies to be continued in a more fundamental way in our countries.