O segmento de fast food está em expansão e, ao mesmo tempo, sofrendo alterações em seus processos operacionais. Para o estudo do segmento em Campo Grande, MS, é necessária a análise da dimensão nacional do segmento. Essa dissertação investiga a estrutura competitiva atual do segmento de fast food nesta cidade, sob a ótica dos conceitos de Michael E. Porter (1980), com o complemento da identificação dos recursos e competências necessários para uma operação de sucesso no segmento. Além disso, são descritos os possíveis desdobramentos na evolução do setor, na visão de especialistas do segmento.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos de nosso trabalho foram: 1) investigar a relação entre polimorfismos dos genes CD28, ICOS, CTLA4, PDCD1, FAS, TGFB1, IFNG, IL6, IL10, TNFA e a ocorrência de carcinoma do colo uterino; 2) investigar a relação entre nível de expressão dos genes CD28, CTLA4, ICOS, ICOSL, CD80, CD86, GZMB (granzima B) em biópsias de carcinoma de colo uterino, no momento do diagnóstico, e a evolução do tumor após o tratamento. Materiais e Métodos: 1) A determinação dos polimorfismos foi realizada através dos métodos PCR-RFLP, para os SNPs: CD28 int3 (+17 T>C), CTLA4 promoter (-319 C>T), CTLA4 exon 1 (+49 A>G), ICOS 3’UTR (+1564 T>C), PDCD1 exon 5 (+7785 C>T) e FAS promoter (-670 G>A) e PCR-SSP para TNFA promoter (-308 G>A), IL6 promoter (-174 G>C), IFNG int1 (+874 A>T), TGFB1 codon 10 (+869 T>C), codon 25 (+915 G>C) and IL10 promoter (-1082 A>G), (-819 C>T), (-592 C>A) SNPs. Um algoritmo foi desenvolvido para identificar genótipos de SNPs isolados e/ou em combinações de 2 e 3 genótipos associados com a doença 2) Expressão gênica foi determinada, por PCR em tempo real, em biópsias de carcinoma cervical de pacientes posteriormente classificadas em dois grupos: 10 pacientes sem envidência do tumor (evolução clínica boa) após 6 meses do final do tratamento e 8 pacientes nas quais o tumor foi detectado (evolução clínica ruim) neste período. Resultados: 1) Nenhuma associação significante foi observada com os SNPs analisados isoladamente. A análise do multi-locus revelou, em pacientes, maiores frequências de três combinações de três genótipos (CD28 +17 int3(TT)/IFNG+874 int1(AA)/TNFA-308(GG), CD28+17 int3 (TT)/IFNG+874 Iint1(AA)/PDCD1 +7785 exon5 (CT), CD28 int3(TT)/IFNG int1(AA)/ICOS 1564 3’UTR (TT)) (p<0,01). Entretanto, a contribuição do terceiro polimorfismo (TNFA, ICOS, or PDCD1) não foi confirmada (p=0,1). Confirmamos maior frequência, em pacientes, da combinação CD28(TT)/IFNG(AA) nos três grupos juntos, e observamos uma contribuição principal desta combinação na associação com a doença (OR = 2,07, p=0,0011). 2) A expressão intra-tumoral de GZMB estava aumentada em biópsias de pacientes com estadio IIIB que apresentaram uma evolução clínica ruim (p=0,034). A expressão gênica das moléculas CD28, ICOS, ICOSL, CD80, CTLA4 e CD86 não mostrou diferenças significantes entre as biópsias de pacientes de grupos de evolução clínica boa e ruim. Conclusões: 1) Nossos resultados sugerem efeito epistático entre os genes CD28 e IFNG na susceptibilidade do câncer de colo uterino. Outros trabalhos em estudos independentes aplicando abordagem multi-locus são importantes para a elucidação da contribuição de polimorfismos genéticos para a susceptibilidade a esta doença. Além disto, o algoritmo desenvolvido pode ser aplicado a estudos sobre fatores genéticos de susceptibilidade a outras doenças complexas. 2) Altos níveis de mRNA de GZMB em tumores no estádio IIIB correlacionaram-se com menor sobrevida livre do tumor nos 6 meses após o tratamento. A expressão deste gene, se os resultados obtidos forem confirmados por um estudo independente, pode vir a se tornar um marcador de prognóstico para resposta a tratamento de carcinoma de colo uterino. / Background Cervical cancer is a complex disease with multiple environmental and genetic determinants. The most important environmental factor is infection by high-risk types of human papillomavirus (HPV). Considering that only a small proportion of HPV-infected women develop cervical cancer, polymorphisms in immune response genes that might be involved in virus elimination, or in the immune response against the tumor, are considered important candidates to influence cervical cancer susceptibility. Results In the present study we aimed to search association between polymorphisms in immune response genes and cervical cancer, using both single-locus and multi-locus analysis approaches. A total of 14 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) distributed into CD28, CTLA4, ICOS, PDCD1, FAS, TNFA, IL6, IFNG, TGFB1 and IL10 genes were determined in patients and healthy individuals from three independent case/control sets: the first two sets comprised White individuals (one group with 82 cases and 85 controls, and the other with 83 cases and 85 controls) and the third was constituted by Non-White individuals (64 cases and 75 controls). No significant association was observed with any individual SNP. The multi-locus analysis revealed higher frequencies, in cancer patients, of three three-genotype combinations (CD28+17(TT)/IFNG+874(AA)/TNFA-308(GG), CD28+17(TT)/IFNG(AA)/PDCD1+7785(CT), and CD28 +17(TT)/IFNG+874(AA)/ICOS+1564(TT) (p<0.01, Monte Carlo simulation). Noticing that all these three genotype combinations contained two genotypes in common, i.e. CD28(TT) and IFNG(AA), we hypothesized that this two-genotype combination could have a major contribution to the observed association. To address this question, we analyzed frequencies of CD28(TT),IFNG(AA) genotype combination in the three groups combined and observed its increase in patients (p=0.0011 by Fisher’s exact test). In a second Monte Carlo simulation of three-genotype combinations where CD28 (TT) and IFNG (AA) were always present, we verified that the contribution of a third polymorphism did not reach statistical significance (p=0.1). Conclusions Further analysis suggested that gene-gene interaction between CD28 and IFNG might be important for susceptibility to cervical cancer. Background There is overwhelming evidence that prolonged infection with oncogenic human papillomavirus is the major factor associated with development of cervical cancer [1]. However, considering that only a relatively small proportion of infected women develop cervical cancer, it is conceivable that other environmental and/or genetic factors play a role in the susceptibility [2]. Since the immune response has an important role in the defense against the virus, as well as against the tumor, polymorphisms in genes that potentially affect the immune response are candidates to influence the susceptibility to cervical cancer. A series of publications on polymorphisms of HLA class II genes and cervical cancer and/or its precursor lesions, cervical intraepithelial neoplasia (CIN), show that some HLA alleles are associated with protection, while others are associated with susceptibility [3–10]. These associations are probably explained by the role of HLA II molecules in presenting viral- or tumor- derived epitopes to T CD4+ cells. More recently, interesting findings were reported concerning resistance/susceptibility to cervical cancer mediated by combinations of killer immunoglobulin-like receptor (KIR) and their HLA class I ligands [11]. As polymorphisms in genes coding for cytokines, cytokine receptors, co-stimulatory molecules may affect the immune response [12–14], they are natural candidates to influence the susceptibility to various diseases, including cancer. The majority of the studies of association between immune response genes and cervical cancer have analyzed single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes coding for tumor necrosis factor alpha (TNF-α), interferon gamma (IFN-γ), interleukin 6 (IL-6), interleukin 10 (IL-10), and transforming growth factor beta (TGF-β) [15–18]. Although some significant associations have been reported in some studies, they were not consistently confirmed in other studies [19–23]. Bearing in mind that molecules involved in the immune response do not act in isolation, but form a complex network of interacting proteins, the net immunologic response is most probably the product of variation in many polymorphic genes. Therefore, it is of great importance to test the combination of polymorphisms in different genes as a risk factor for diseases [24–27]. Any multi-locus approach, however, directly or indirectly faces the problem that has been referred as “curse of dimensionality” because, although the number of polymorphisms under study may not be very large, the number of possible combinations between them turns to be extremely high. Some statistical approaches for this problem were recently reviewed [28]. The purpose of this study was to investigate association between invasive cervical cancer and polymorphisms in genes coding the following immune response molecules: CD28, CTLA-4 (cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4), ICOS (inducible T cell co-stimulator), PDCD1 (programmed cell death receptor-1, also called PD-1) FAS, TNFα, IL-6, IFNγ, TGFβ1 and IL-10. In addition to the analysis of association with each polymorphism, we searched for association with two- and threepolymorphism combinations, utilizing a new statistical approach. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Howard Hughes Medical Institute (HHMI) / World Health Organization (WHO) / O tema deste trabalho é estudar alguns fatores importantes de patogenicidade de fungos do Filo Ascomycota e sua correlação com padrões da dinâmica da expressão gênica na perspectiva da Evolução Molecular. Decidimos concentrar nossos esforços iniciais nas questões de sistemática deste grupo, uma vez que a sistemática do Filo Ascomycota, tal como inferida por métodos atuais, apresenta politomias basais, indicando portanto, controvérsias na reconstrução dos eventos de radiação evolutiva de seus principais taxa. A análise molecular descrita neste trabalho sugere a existência de dois grupos na posição basal entre os ascomicetos filamentosos: os Discomycetes e os Pyrenomycetes. Foram propostos dois cenários para os principais eventos de radiação daquele filo, o primeiro localizando os principais eventos na era Proterozóica e o segundo, na era Paleozóica. Para tanto, geramos um alinhamento de 166 seqüências da subunidade menor do gene ribossômico 18S (SSU rDNA 18S), representativas de todos os filos de Fungi e utilizamos como base para uma análise filogenética Bayesiana. A filogenia sugeriu que os Discomycetes são o grupo basal dentre os ascomicetos filamentosos e provavelmente mantém caracteres ancestrais visto que seus representantes estão espalhados entre outros grupos de fungos filamentosos. Verificamos que a taxa evolutiva de heterogeneidade do filo Ascomycota rejeita a hipótese nula de um relógio molecular global. Para datar os principais eventos da radiação deste filo, foi utilizado o método “penalized likelihood”, e para calibração, foram incluídos um fóssil de Pyrenomycete datado em 400 Ma e considerados dois diferentes cenários encontrados na literatura, um com uma data estimada de 1.576 Ma para a separação entre planta-animal-fungo e outro, com data estimada de 965 Ma para a separação entre animal-fungo. Estimativas baseadas no primeiro cenário são mais antigas do que datas propostas em estudos anteriores baseados em seqüências do rDNA 18S, mas corroboram estimativas baseadas em análises de multiproteínas, sugerindo que a radiação dos principais grupos de Ascomycota ocorreu na era Proterozóica. Durante o processo evolutivo, fatores de patogenicidade surgiram dentro do filo Ascomycota e são encontrados em fungos dos grupos Pezizomycetes, Archiascomycetes e na Ordem Saccharomycetales. Candida albicans, o patógeno humano oportunista mais frequentemente isolado, é um representante desta ordem. Sua capacidade de formar biofilmes confere propriedades importantes para processos infectivos e colonização de diversos substratos, sendo ainda muito efetiva na resistência às drogas antifúngicas. A descrição e dinâmica dos componentes moleculares da matriz do biofilme, associados com as mudanças no metabolismo celular, poderiam explicar, pelo menos em parte, as propriedades em macro escala desta importante estrutura. Utilizando espectrometria de massa identificamos a enolase como um dos principais componentes da matriz do biofilme de Candida. Ainda, a presença de enolase na superfície celular foi confirmada por imunofluorescência. Caracteristicamente, por ser uma enzima citosólica que participa da via glicolítica, a enolase não possui sinal de secreção, no entanto, verificamos que a proteína é possivelmente glicosilada e fosforilada. Análises de degradação e recaptação mostraram que a proteína é degradada a 37o C e não é recaptada pela parede celular, sugerindo que exista uma via de secreção não-clássica por onde a enolase possa ser secretada para o biofilme e para a superfície celular sem ser degradada no meio externo. A expressão da enolase (ENO1) e das enzimas da via glicolítica como a hexoquinase, piruvatoquinase e aldolase (HXK1, HXK2, PYK1 e FBA1) de 14 diferentes linhagens de C. albicans que foram cultivadas em condições de crescimento como biofilme, microaerofilia, hifas e leveduras, não mostraram variação significativa, sugerindo que a condição de crescimento não afeta a expressão desses genes nas diferentes linhagens analisadas. Os genes ALS3 e HWP1 codificadores de adesinas tiveram a expressão diminuída em pelo menos 4 vezes em resposta a diminuição da expressão dos genes TEC1 e BCR1 que controlam a formação biofilme. Este tipo de regulação sugere que mecanismos de “feedforward” possam estar presentes nesta rede regulatória. A principal adesina da parede celular das hifas é Hwp1p, necessária para a formação apropriada de hifas e virulência em candidíase sistêmica. Nós descrevemos um novo alelo de HWP1 (HWP1-2), que não possui três importantes regiões, em comparação com o alelo descrito anteriormente (HWP1-1). As regiões 1 e 2 consistem de 10 aminoácidos repetidos em seqüência, importantes para a conformação funcional de cadeias peptídicas e a adesão das células de C. albicans ao epitélio de mamíferos. A região 3 é composta de 34 aminoácidos que promovem a ligação cruzada com outras proteínas na superfície de C. albicans. As linhagens homozigota para HWP1-2 (L757) e heterozigota (L296) têm níveis significativamente mais baixos na expressão de HWP1 durante a formação de hifas e biofilme, em comparação com a linhagem SC5314 (homozigota para HWP1-1). L757 teve crescimento na forma de hifa reduzido (40,4%) e diminuída a formação de biofilme (90,8%), sugerindo que a Hwp1-2p é menos eficiente para manter a adesão célula-célula e célula-superfície durante a formação do biofilme. Em conjunto nossos resultados mostram que as propriedades patogênicas de fungos não podem ser seriamente estudadas sem uma sólida base em sistemática molecular apoiada, por sua vez, nos métodos explicitamente quantitativos das áreas de Estatística, Teoria de Sistemas Dinâmicos e algoritmos computacionais. / The aim of this work is the study of factors that are important for the pathogenicity of the main fungi within phylum Ascomycota and its correlation with expression patterns on the perspective of Molecular Evolution. We decided to elucidate questions concerning the systematics of this group, since the actual systematics of the Ascomycota phylum is depicted as basal polytomies. The molecular analysis described in this work indicates two groups in the basal position among filamentous ascomycetes: Discomycetes and Pyrenoycetes. Also, two scenarios are proposed for the major radiation events within that phylum, one places the major events in the Proterozoic era and the other, in the Paleozoic era. Accordingly, we generated a dataset of 166 small subunit (18S) rDNA sequences, representative of all groups of Fungi and used as input in a Bayesian phylogenetic analysis. This phylogeny suggests that Discomycetes are a basal group of filamentous ascomycetes and probably maintain ancestor characters since their representatives are intermingled among other filamentous fungi. Also, we show that the evolutionary rate heterogeneity within Ascomycota rejects the null hypothesis of a global molecular clock. To estimates the dates of major radiation events, we used the penalized likelihood method and for calibration we included a 400 My Pyrenomycete fossil. Two distinct scenarios were considered, being, one with an estimated date of 1.576 Myr for the plant–animal–fungus split and the other with an estimated date of 965 Myr for the animal–fungus split. Estimates under the first scenario are older than dates proposed in previous studies based on small subunit rDNA sequences but support estimates based on multiprotein analysis, suggesting that the radiation of the major Ascomycota groups occurred into the Proterozoic era. Pathogenic factors have evolved within Ascomycota and can be found in fungi of Orders Pezizomycetes, Archiascomycetes and Saccharomycetales. Candida albicans, the most frequently isolated human opportunistic pathogen, is representative of this Order. Its ability to form biofilms is a very important factor during the infection process, colonization of several solid substrates and confers significant resistance to antifungal drugs. Components of the biofilm matrix associated with changes in the cellular metabolism could, at least in part, explain its macro-scale properties. We identified that enolase is a major component of the Candida biofilm matrix by using mass espectrometry and confirmed its presence in the cell surface by immunefluorescence. Characteristically of cytosolic enzymes that participate of the glycolytic pathway, enolase does not possess signal for secretion, however, we verified that this protein can be putatively glycosylated and phosphorylated. Degradation and reuptake analyses of enolase demonstrated that it is degraded at 37o C and it is not reuptaked by the cell wall, which suggests that there is a non-classical secretory pathway by where enolase can be sent to the biofilm matrix and the cell surface protected against the external medium degradation. No significant variation in the expression of enolase (ENO1) and glycolytic pathway enzymes hexokinase, pyruvate kinase and aldolase (HXK1, HXK2, PYK1 and FBA1) were observed among 14 different lineages of C. albicans grown in biofilm, microaerophilia, hyphal induced and yeast induced conditions. Adhesin encoding genes ALS3 and HWP1 showed diminished expression levels (at least 4-fold) in response to the down regulation of biofilm control genes TEC1 and BCR1. This suggests that expression levels of ALS3 and HWP1 can be regulated by feedforward mechanisms. The major C. albicans hyphae cell wall adhesin, Hwp1p, is necessary for hyphae formation and virulence in systemic candidiasis. We described a novel HWP1 allele (HWP1-2) lacking three important regions as compared to the previously described allele, HWP1-1. Regions 1 and 2 consist of 10 amino acid repeats important for functional conformation of peptide chains and attachment of C. albicans cells to the mammalian epithelia. Region 3 consists of 34 amino acid that promote the cross-linking with other proteins on C. albicans surface. The HWP1-2 homozygous (L757) and heterozygous (L296) strains have significantly lower levels of HWP1 expression during hyphal growth and biofilm formation compared to the strain SC5314 (HWP1-1). L757 has reduced hyphal growth (40.4%) and impaired biofilm formation (90.8%), suggesting that the HWP1-2p is less efficient to maintain cell-to-cell and cell-to-surface adhesion during biofilm formation. Our results clearly show that any study of fungal pathogenicity factors have to be solidly based on molecular systematics, which in turn, has to be grounded on the explicitly quantitative methods of Statistics, Dynamic Systems Theory and computational algorithms. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:22Z : No. of bitstreams: 1 Publico-238a.pdf: 2039350 bytes, checksum: 86bdc74274c3689283e5ff87f9e33f79 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:22Z : No. of bitstreams: 2 Publico-238a.pdf: 2039350 bytes, checksum: 86bdc74274c3689283e5ff87f9e33f79 (MD5) Publico-238b.pdf: 1881184 bytes, checksum: c5faae7597ff58c993732a87ae3c7d6e (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:22Z : No. of bitstreams: 3 Publico-238a.pdf: 2039350 bytes, checksum: 86bdc74274c3689283e5ff87f9e33f79 (MD5) Publico-238b.pdf: 1881184 bytes, checksum: c5faae7597ff58c993732a87ae3c7d6e (MD5) Publico-238c.pdf: 1880956 bytes, checksum: 980548869f6e59e382509d177d9f4682 (MD5). 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Métodos: Setenta e seis pacientes com EMJ participaram de um protocolo neuropsicológico por vídeo-EEG (VNPP) e métodos habituais de ativação. Sessenta e cinco deles foram acompanhados por pelo menos três anos. Os traços reflexos foram definidos como indução de crises e/ou descargas ao EEG pelo fechamento ocular, fotoestimulação intermitente, linguagem, praxia ou cálculo. Os pacientes tiveram avaliação psiquiátrica e responderam ao IDATE (Inventário Diagnóstico de Ansiedade Traço-Estado). O controle de crises foi classificado de acordo com Prasad e cols. (2003). Os pacientes foram divididos em Grupo 1: controle satisfatório de crises e Grupo 2: controle moderado ou pobre de crises. A avaliação por Video-EEG/EEG foi repetida após uma média de 4,4 anos em 21 pacientes. Resultados: Vinte e nove dos 76 (38,2%) pacientes apresentaram efeito provocativo e a inibição foi encontrada em 28/31 (90,3 %). Os métodos habituais de ativação foram mais eficazes em provocar descargas no EEG. As tarefas de programação-ação, especialmente aquelas envolvendo a praxia manual foram mais eficazes como métodos de ativação que as de pensamento. O efeito inibitório foi mais freqüente durante o cálculo mental. Os pacientes com distúrbios de ansiedade tiveram maiores índices de descarga e não tiveram efeito inibitório pelo VNPP. Quarenta de 65 (61,5%) pacientes acompanhados atingiram controle satisfatório de crises, 25 (38,5%) deles tornaram-se livres de crises. Os pacientes do Grupo 2 tiveram duração mais longa da epilepsia; maior prevalência da combinação dos três tipos de crises; descargas no EEG de base; registro de crises e sensibilidade à praxia. Comparados aos pacientes livres de crises, aqueles com crises persistentes apresentaram início mais precoce da epilepsia; maior prevalência de transtornos de personalidade; maiores escores no IDATE-Traço e maior prevalência da sensibilidade à praxia e à linguagem. A repetição do EEG/video-EEG sugeriu uma evolução paralela entre o desaparecimento dos traços reflexos e o controle das crises. Conclusões: Dentre as tarefas neuropsicológicas, a praxia exerceu o efeito provocativo mais marcado. A expressão de traços reflexos e algumas características fenotípicas em pacientes com EMJ apresentam implicações negativas para o prognóstico. / Purpose: To investigate if phenotypic variations including reflex traits expression have prognostic implications in Juvenile Myoclonic Epilepsy (JME). Methods: Seventy-six patients with JME underwent a video-EEG neuropsychological protocol (VNPP) and habitual methods of activation. Sixty-five of them were followed for at least three years. Reflex traits were defined as seizures and/or EEG discharges induction by eye-closure, photic stimulation, language, praxis or calculation. Patients had psychiatric evaluation and answered to STAI (State-Trait Anxiety Inventory). Seizure control was classified according to Prasad et al. (2003). Patients were divided into Group 1: good seizure control and Group 2: moderate or poor seizure control. Video-EEG/EEG evaluation was repeated after a mean of 4.4 yrs. in 21 patients. Results:. Twenty-nine out of the 76 (38.2%) presented provocative effect and inhibition was seen in 28/31 (90.3 %). Habitual methods of activation were more effective in provoking discharges than VNPP. Action-programming tasks, especially those involving manual praxis, were more effective as activation method than thinking. Inhibitory effect was higher in mental calculation. Patients with anxiety disorders had greater discharge indexes and no significant inhibitory effect on VNPP. Forty of 65 (61.5%) patients followed reached good seizure control, 25 (38.5%) of whom became seizure free. Group 2 patients had longer epilepsy duration; higher prevalence of the combination of all three seizure types; discharges in baseline EEG; seizure recording and sensitivity to praxis. Compared to seizure-free patients, those with persistent seizures presented younger age at epilepsy onset; higher prevalence of personality disorders; higher scores in STAI-Trait and higher incidence of sensitivity to praxis and to language tasks. Repetition of EEG/video-EEG suggested a parallel evolution of reflex traits disappearance and seizure control. Conclusions: Praxis exerted the most remarkable provocative effect, in accordance with the hypothesis of a motor circuitry hyperexcitability in JME. This study suggests that reflex traits expression and some other phenotypic features in JME patients have negative implications in prognosis. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-25 / Associação Fundo de Incentivo à Psicofarmacologia (AFIP) / Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID/FAPESP) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os genes Periods (Per1-3) são importantes na geração da ritmicidade circadiana. Mutações nestes genes têm fortes efeitos sobre o ritmo circadiano e estão associados com distúrbios de sono em humanos. Dentre estes genes, o Per3 tem uma característica peculiar, a presença de uma repetição em tandem de número variável na região codificadora. Esta repetição em tandem está associada com o cronotipo (matutino / vespertino), com Síndrome da fase atrasada e homeostase do sono. Sabe-se que o tamanho dessas repetições em tandem varia entre espécies diferentes, sendo que cada repetição tem o tamanho de 54 nucleotídeos. No genoma de sagüi (Callithrix jacchus), esta região possui sete repetições, enquanto que em outros primatas, esta mesma região possui diferentes tamanhos e pode variar de três a cinco repetições. A caracterização e anotação do gene Per3 em outros primatas (como em Homo sapiens) já é bem conhecida, entretanto, tem-se a falta de caracterização e anotação completa do gene Period3 em Callithrix jacchus. Dado o cenário e fatores descritos, e considerando o organismo sagüi um primata de interesse para uso como organismo modelo em diversos estudos na área de ritmos biológicos, apresenta-se neste projeto a caracterização completa do gene Per3 em Callithrix jacchus. Nesta caracterização inclui: a definição de regiões de éxons e regiões de íntrons, pesquisa de polimorfismo, análise de neutralidade, identificação e análise de elementos transponíveis e RNA não-codificante, e comparação do comprimento da região de repetição em tandem entre os primatas do novo mundo. O gene Per3 em sagüi tem 74.739 pares de basess e tem uma pontuação de alinhamento de 77, quando alinhada com a seqüência do gene humano, e 97, quando alinhada com a seqüência de sagüi disponível na plataforma da Universidade da Califórnia Santa Cruz. Há três ilhas CpG e 20 sítios de ligação de fatores de transcrição, identificadas por análises in silico, na região promotora deste gene em sagüi. Ainda foram identificadas 115 inserções de elementos transponíveis no gene Per3, sendo os Long interspersed nuclear elements e os Short interspersed nuclear elements as classes dominantes. Sobre RNA não codificantes foram obtidos 102 possíveis candidatos por meio da predição feita via técnicas de bioinformática que usam a abordagem de análise comparativa com outros primatas. Na região da repetição em tandem, foram encontrados cinco polimorfismos de nucleotídeo único e quatro destes são não-sinônimos. Quando esta região de repetição foi examinada para se verificar polimorfismos de comprimento, apenas um sagüi (em oitenta) apresentou heterozigozidade (sete e seis repetições). Nenhuma repetição em tandem foi encontrada em mamíferos não-primatas. Em primatas do novo mundo existem variações no comprimento desta região de repetição que vão de duas a onze repetições. O seqüenciamento e caracterização do gene Per3 em sagüi permitirá a diversos outros futuros estudos comportamentais usando este animal como organismo modelo. / The Periods genes (Per1-3) are important in the generation of circadian rhythms. Mutations in these genes have strong effects on the circadian rhythm and are associated with sleep disorders in humans. Among these genes, Per3 has a special feature, the presence of a variable number in tandem repeat in the coding region. This repeat in tandem is associated with diurnal preference (morning / afternoon), with DSPS and sleep homeostasis. It is known that the length of these repeats in tandem varies among different species; being that the length of each repetition is 54 nucleotides. In the genome of marmosets (Callithrix jacchus), this region has seven repeats, whereas in other primates, this same region has different lengths and can vary from three to five repetitions. The characterization and annotation of Per3 gene in other primates (as in Homo sapiens) is already well known, however, there has been a lack of characterization and annotation of the Period3 in Callithrix jacchus. In this scenario and considering marmoset as a primate of interest for use as a model organism in several studies in the field of biological rhythms, this project presents a complete characterization of Per3 gene in Callithrix jacchus. In this characterization was included: the definition of exons´ and introns´ regions, the search for polymorphism, the analysis of neutrality, the identification and analysis of transposable elements and non-coding RNA, and comparing the length of the variable number in tandem repeat between New World primates. The Per3 in marmoset has 74,739 base pairs and has an alignment score of 77, when aligned with the sequence of the human gene, and 97, when aligned with the sequence of marmoset available on the platform of the University of California Santa Cruz. Three CpG islands and 20 transcription factors binding sites were identified, by in silico analysis, in the promoter region of this gene in the marmoset. Were also identified 115 insertions of transposable elements in Per3 gene, and the long interspersed nuclear elements and short interspersed nuclear elements of the dominant classes. About non-coding RNA, 102 possible candidates were obtained through the prediction via bioinformatics techniques that use the analysis approach of comparison with other primates. In the region of repeat in tandem, were found five single nucleotide polymorphisms and four of these are non-synonymous. When this region of repeat was examined to verify the polymorphism length, only one marmoset (in eighty) showed to be heterozygous (seven and six replicates). No variable number repeat in tandem was found in non-primate mammals. In the new world primates there are variations in the length of this repeat region, ranging from two to eleven repeats. The sequencing and characterization of the gene Per3 in marmoset will allow several other future behavioral studies using this animal as a model organism. / FAPESP: 04/15837-4 / CEPID/FAPESP: 98/143003-3 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-06-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:44Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10785.pdf: 1454333 bytes, checksum: 1773b999177d308849498e6df3d6f921 (MD5) / Objetivo: O estudo procurou determinar os fatores de risco independentes para o surgimento de pneumonia hospitalar por Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenem em uma UTI clinico-cirurgica. Foram tambem estudados os fatores relacionados a evolucao desfavoravel nesses episodios de pneumonia nosocomial tratados com polimixina B e os fatores de risco e evolucao dos episodios causados por cepas portadoras da metalo-ƒÀ-lactamase SPM-1. Metodo: O estudo foi realizado no Hospital Sao Paulo, hospital terciario de ensino da Universidade Federal de Sao Paulo. No estudo de fatores de risco para pneumonia hospitalar por Pseudomonas aeruginosa, foram avaliados pacientes internados na UTI da Anestesiologia, no periodo de 2002 a 2005, atraves de um estudo tipo caso-casocontrole. Pacientes com episodios de pneumonia com cepas resistentes a imipenem e pacientes com pneumonia por cepas sensiveis a imipenem foram designados como casos resistentes (estudos Ia) e sensiveis (estudo Ib), respectivamente. Os controles foram pacientes da mesma unidade, internados no mesmo periodo. O segundo estudo, sobre evolucao clinica em pacientes tratados com polimixina B, analisou pacientes internados em UTIs do hospital, no periodo de 1997 a 2005, atraves de um estudo caso-controle aninhado dentro dessa coorte. Os casos foram pacientes com evolucao desfavoravel, e os controles foram pacientes com evolucao favoravel. O terceiro estudo utilizou tambem a metodologia caso-controle aninhado nessa mesma coorte de pacientes. Os casos eram pacientes com pneumonia por cepas de Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenem e portadora da metaloenzima SPM-1, e os controles eram pacientes com cepas sem a presenca dessa metaloenzima. Resultados: Nos estudos Ia e Ib, 58 casos resistentes, 47 casos sensiveis e 237 controles foram avaliados. Os fatores independentemente relacionados ao surgimento de pneumonia no estudo Ia foram: tempo de hospitalizacao(OR 1,19 IC95%: 1,12-1,26, p< 0,001); escore APACHE II( OR 1,11 IC95%: 1,01-1,22, p=0,03); sexo masculino(OR 8,01 IC95%: 1,66-38,51, p=0,009); uso de hemodialise(OR 6,85 IC95%: 1,33-35,2, p=0,02); uso de corticoide (OR 13,18 IC95%:3,80-45,64,p<0,001); uso de piperacilina-tazobactam(OR 14,31 IC95%:1,02- 200,16, p=0,04) e uso de cefalosporinas de 3a geracao(OR 7,45 IC95%: 1,80-30,86, p=0,006). Os fatores independentemente relacionados ao surgimento de pneumonia nosocomial por Pseudomonas aeruginosa sensivel a carbapenem ( estudo Ib) foram: tempo de internacao na UTI( OR 1,02 IC95%: 1,01-1,04, p=0,004) e uso de corticoide(OR 12,32 IC95%: 5,81-26,10, p< 0,001). O unico fator independentemente relacionado ao surgimento de pneumonia nos dois estudos foi o uso de corticoide. Portanto, a razao de chances real do uso de corticoide no surgimento de episodios de pneumonia por Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenem foi de 1,06 (valor da OR do estudo Ia dividido pela OR do estudo Ib). Setenta e quatro pacientes com pneumonia hospitalar tratados com polimixina B foram avaliados quanto a evolucao. A mortalidade atribuivel a pneumonia causada por Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenem foi de 29,8%. Os fatores relacionados a evolucao desfavoravel nesses episodios de pneumonia foram: presenca de choque septico (OR 4,81 IC95%: 1,42-16,25, p=0,01) e presenca de sindrome do desconforto respiratorio agudo ( OR 11,29 IC95%: 2,64-48,22, p=0,001). Vinte e nove desses 74 pacientes foram analisados quanto a presenca de metalo-ƒÀ- lactamases. Apenas cinco pacientes apresentavam cepas produtoras de SPM-1. A presenca de SPM-1 nao teve impacto na evolucao desses episodios (p=0,67). O tratamento combinado com polimixina B e imipenem, em pacientes com Pseudomonas aeruginosa sem a presenca da SPM-1, nao teve impacto positivo na evolucao clinica (p=0,67), nem na sobrevida desses pacientes. Nenhuma variavel se mostrou independentemente associada ao surgimento de episodios de pneumonia por cepas portadoras de SPM-1. Apenas o sexo feminino apresentou uma tendencia na analise univariada (OR 9,71; IC95%: 0,92-103,04; p=0,05). Tambem nao houve diferenca nas variaveis relacionadas a evolucao clinica entre os pacientes com cepas de Pseudomonas aeruginosa produtora de SPM-1. Conclusoes: Em nosso estudo, o uso de corticoide foi a unica variavel independentemente relacionada ao surgimento de pneumonia nosocomial por Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenem. A presenca de choque septico e da sindrome do desconforto respiratorio agudo foram fatores relacionados a evolucao desfavoravel nesses episodios. Nao encontramos variaveis relacionadas a presenca da metalo-enzima SPM-1. A presenca dessa enzima nao teve impacto na evolucao clinica nesse tipo de infeccao. / Objective: The study sought to determine the risk factors independently associated to nosocomial pneumonia due to carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa in a medical-surgical ICU. The factors associated to unfavorable outcome on those patients who were treated with polymyxin B were evaluated as well as the outcome in episodes caused by strains harboring the metallo-ƒÀ- lactamase SPM-1. Methods: The study was undertaken at Hospital Sao Paulo, a university-affiliated hospital. We evaluated patients admitted to Anestesiology ICU through a case-case-control study, between 2002 and 2005. Patients with nosocomial pneumonia caused by resistant and susceptible strains were designed as resistant cases (study 1) and susceptible cases ( study 2), respectively. The controls were patients admitted to the same unit in the same period. The second study addressed the outcome of patients admitted to ICUs with nosocomial pneumonia due to carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa who were treated with polymyxin B. Patients admitted to the ICUs between 1997-2005 were enrolled for the study. A nested case-control was undertaken. Cases were patients with unfavorable outcome and controls were patients with favorable outcome. The third study was undertaken through a nested case-control methodology as well. Cases were patients with nosocomial pneumonia caused by carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa harboring the metalloenzyme SPM-1, and controls were patients without SPM-1. Results: 58 resistant cases, 47 susceptible cases and 237 controls were evaluated.The risk factors independently associated to nosocomial pneumonia in study 1 were: duration of hospitalization( OR 1,19 CI95%: 1,12-1,26, p< 0,001); APACHE II score(OR 1,11 CI95%: 1,01-1,22, p=0,03); male sex(OR 8,01 CI95%: 1,66-38,51, p=0,009); receipt of hemodyalisis(OR 6,85 CI95%:1,33-35,2, p=0,02); receipt of corticosteroid (OR 13,18 CI95%:3,80-45,64, p< 0,001); receipt of piperacillin-tazobactam ( OR 14,31 CI95%:1,02-200,16, p=0,04) and receipt of 3rd-generation cephalosporins( OR 7,45 CI95%: 1,80-30,86, p=0,006). The risk factors independently associated to nosocomial pneumonia caused by carbapenem-susceptible Pseudomonas aeruginosa( study 2) were: duration of ICU stay(OR 1,02 CI95%: 1,01-1,04, p= 0,004) and receipt of corticosteroid( OR 12,32 CI95%: 5,81-26,10, p< 0,001). The sole independently risk factor that was present in the two studies was the corticosteroid use. Thus, the real OR for the variable found in the study was 1,06 ( OR of study 1 divided by OR of study 2). 74 patients with nosocomial pneumonia treated with polymyxin B were evaluated. The factors associated to a unfavorable outcome were: presence of septic shock(OR 4,81 CI95%:1,42-16,25, p= 0,01) and presence of acute respiratory distress syndrome( OR 11,29 CI95%:2,64-48,22, p=0,001). 29 strains were evaluated concerning the presence of metallo-â- lactamases. Only five strains were positive for SPM-1. The presence of SPM-1 didn’t have impact on the outcome of these episodes (p=0,67). The combined treatment with polymyxin B and imipenem in patients without SPM-1 did not have positive impact on the outcome (p=0,67). None variable was independently associated to nosocomial pneumonia caused by SPM-1-positive strains. Only female sex showed a trend in univariate analysis (OR 9,71; CI95%: 0,92-103,04; p=0,05). There was no difference in outcome in episodes caused by Pseudomonas aeruginosa strains harboring SPM-1 compared to strains without SPM-1. Conclusions: The receipt of corticosteroid was the sole independently risk factor associated to nosocomial pneumonia caused by carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa. The presence of septic shock and acute respiratory distress syndrome (ARDS) were the only factors related to unfavorable outcome. None variable was associated to the presence of metallo-â-lactamase SPM-1. In addition, the presence of this enzyme did not have impact on clinical outcome. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Filosofia e Ciências Humanas, Programa de Pós-Graduação em Filosofia,Florianópolis, 2015 / Made available in DSpace on 2015-05-26T04:08:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 333633.pdf: 1844849 bytes, checksum: 20da083068daaea6e3a01b70ee45dd09 (MD5) Previous issue date: 2015 / A indagação acerca das origens dos comportamentos dos sereshumanos não é nova, diferentes áreas do conhecimento têm oferecidorespostas para essa questão. A psicologia evolucionista surgiu nas últimas décadas do século XX como uma das disciplinas que se propõe estudar o comportamento humano desde uma perspectiva evolutiva, e postula que a mente humana está composta por múltiplos módulos mentais geneticamente especificados, surgidos ao longo da evolução por seleção natural como resposta para os problemas que os ancestrais dos humanos enfrentaram no passado evolutivo. No presente trabalho visamos argumentar que não é admissível continuar colocando aos genes como a única ou a mais importante fonte de desenvolvimento, de herança e de evolução, como o faz a psicologia evolucionista, e que é preciso superar definitivamente a dicotomia entre natureza e criação no estudo do comportamento humano. Tentaremos mostrar que é necessário abandonar a classe de indagação acerca das origens dos comportamentos dos seres humanos que procura identificar fontes causais únicas, fundamentais e independentes, e que no seu lugar devem ser estudados os processos através dos quais são construídos os comportamentos. Visando cumprir tais objetivos utilizamos como marco geral deste trabalho a perspectiva da Teoria dos Sistemas Desenvolvimentais (TSD), que oferece um modo de pensar a herança, a evolução e o desenvolvimento que não se baseia na distinção entre fontes causais essenciais e fontes causais meramente secundárias, e que postula que não há lugar para elementos nem condições causalmente mais relevantes do que outros envolvidos nesses fenômenos. Assim, em primeiro lugar abordamos o surgimento e o conteúdo da TSD, para o qual fazemos uma caracterização detalhada das principais contribuições envolvidas na elaboração dessa teoria, sobretudo dos trabalhos desenvolvidos por Zing Yang Kuo, Conrad Hal Waddington, Daniel Lehrman, Gilbert Gottlieb, Richard Lewontin e Susan Oyama. Posteriormente apresentamos os principais postulados da psicologia evolucionista e os analisamos a partir da perspectiva teórica oferecida pela TSD, o que nos permite concluir que a psicologia evolucionista, por um lado, ao contrário do que seus defensores postulam, continua sustentando a dicotomia entre natureza e criação na sua abordagem do comportamento humano e, por outro lado, outorga somente aos genes um papel central na sua compreensão da evolução e da construção dos comportamentos.Finalmente, defendemos que a partir da reformulação das noções de interacionismo, informação, herança, evolução, natureza e criação operada pela TSD é possível a construção de uma nova psicologia evolutiva que vise a compreensão dos processos através dos quais são construídos os comportamentos, que considere com ênfase similar todas os elementos e condições desenvolvimentais envolvidos nesses processos e a diversidade de sistemas de herança que são capazes de transmitir fatores nos diferentes níveis da organização biológica, e que assim consiga superar definitivamente a dicotomia entre natureza e criação.<br> / Abstract: The question about the origins of the behavior of human beings isnot new, different areas of knowledge have offered answers to thisquestion. Evolutionary psychology emerged in the last decades of the twentieth century as one of the disciplines that aims to study human behavior from an evolutionary perspective, and argues that the human mind is composed of multiple mental modules genetically specified, evolved by natural selection as the solution to problems that human ancestors faced in the evolutionary past. In this work we aim to argue that it is not possible to keep considering genes as the only or the most important source of development, inheritance and evolution and that it is necessary to overcome the dichotomy between nature and nurture in the study of human behavior. We will try to show that it is necessary to abandon the question about the origins of the behavior of human beings which seeks to identify unique, fundamental and independent causal sources, and instead it must be studied the processes that build behaviors. Aiming to achieve these goals we used the perspective of the Developmenta Systems Theory (DST) as a general framework of this study, which provides a way of thinking about inheritance, evolution and development that is not based on the distinction between essential and secondary causal sources and that postulates that there is no place for elements or conditions more causally relevant than others involved in these phenomena. Firstly, we focus on the origins and content of DST, we make a detailed characterization of the main contributions involved in the development of this theory, especially the work by Zing Yang Kuo, Conrad Hal Waddington, Daniel Lehrman, Gilbert Gottlieb, Richard Lewontin and Susan Oyama. Subsequently, we present the main tenets of evolutionary psychology and analyze them from the theoretical perspective offeredby DST. We conclude that evolutionary psychology, on the one hand, contrary to what its proponents postulate, continues to uphold the dichotomy between nature and nurture in its approach to human behavior and, on the other hand, grants only to the genes a central rolein their understanding of evolution and construction of behavior. Finally, we argue that as a result of the reformulation of someterms proposed by DST - interactionism, information, inheritance, evolution, nature and nurture - it is possible to elaborate a new evolutionary psychology aiming to understand the processes that build behaviors, giving equal consideration to all the elements and developmental conditions involved in these processes and to the diversity of inheritance systems that are capable of transmitting factors at different levels of the biological organization, in order to definitely overcome the dichotomy between nature and nurture.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:48:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000003.pdf: 682019 bytes, checksum: 7b51a1dbed78cae7ef4c5ce507a609bf (MD5) Previous issue date: 2005 / O presente trabalho analisa o status das emoções animais na edificação de uma teoria da mente em Charles Darwin, tendo como principais fontes primárias as obras The Descent of Man and Selection in Relation to Sex (DARWIN, 1998a [1871]) e The Expression of the Emotions in Man and Animals (DARWIN, 1998b [1872]). Defendo que as emoções são um atributo de importância crucial no estabelecimento de uma teoria darwiniana da mente. Dentre os vários componentes da teoria da evolução de Charles Darwin, destaco a noção de “origem comum” (common descent) como a mais diretamente ligada à questão das emoções animais, pois esse conceito fundamenta a tese de uma continuidade mental entre animais e humanos. Chamo atenção para o fato de que há uma tendência na literatura de confundir emoções com expressões emocionais, o que tem reforçado certos equívocos quanto ao papel das emoções na teoria darwiniana. Um desses equívocos diz respeito às próprias fontes, e contrariando a literatura especializada defendo que na verdade as emoções enquanto estados mentais são analisadas por Darwin principalmente em dois capítulos do Descent, e não no Expression.

O gênero Rhinoleucophenga é composto por espécies distribuídas em ambientes abertos nas regiões Neotropical e Neártica, com o bioma Pampa destacandose pela riqueza de espécies na América do Sul. A ampla distribuição do gênero e a carência de detalhes em muitas descrições parecem esconder uma grande diversidade de espécies. Muitas das espécies conhecidas de Rhinoleucophenga foram descritas na primeira metade do século XX, tornando-se evidente a necessidade de redescrever as mesmas nos padrões atuais, dando maior detalhamento às informações morfológicas. Sete espécies foram redescritas e 17 descritas nos atuais padrões de descrição de drosofilídeos (Capítulos II, III, IV, V). As espécies redescritas foram Rhinoleucophenga brasiliensis e R. fluminensis, originalmente descritas por Lima (1935), além de R. personata, R. lopesi, R. angustifrons, R. matogrossensis e R. nigrescens, originalmente descritas por Malogolowkin (1946); e as novas descrições para o gênero foram R. punctata sp. nov., R. paraguayensis sp. nov., R. ignota sp. nov., R. fusca sp. nov., R. alata sp. nov., R. paulistorum sp. nov., R. obscura sp. nov., R. fulva sp. nov., R. maculosa sp. nov., R. nigra sp. nov. R. brasilis sp. nov., R. punctuloides sp. nov., R. trivisualis sp. nov., R. flava sp. nov., R. grimaldii sp. nov., R. exigua sp. nov. e R. jacareacanga sp. nov. Descrições complementares de Rhinoleucophenga obesa (Capítulo VI), R. joaquina e R. punctulata (Capítulo II) também foram realizadas, apontando novos caracteres que facilitam a identificação dessas espécies. A revisão da morfologia de R. punctulata revelou variação na forma da espermateca entre diferentes populações da espécie, oriundas dos biomas Pampa, Cerrado e Caatinga, e também da região Amazônica (Capítulo VII); tal variação morfológica foi indicada como intraespecífica por dados moleculares (COI). Com base em conjuntos de caracteres morfológicos, relações filogenéticas foram propostas para Rhinoleucophenga (Capítulo VIII). Cinco estratégias de combinação e tratamento dos dados morfológicos foram exploradas: (A) 58 razões contínuas e 62 caracteres discretos; (B) 104 medidas e 62 caracteres discretos; (C) 58 razões contínuas log-transformadas e 62 caracteres discretos; (D) 104 medidas log-transformadas e 62 caracteres discretos e (E) somente os 62 caracteres discretos. Todas as matrizes foram analisadas no Software TNT, com pesagem igual (tratamentos A-E) e com pesagem implícita (K= 6) (tratamentos A’-E’). Todos os caracteres contínuos (razões e medidas) foram tratados como aditivos e reescalonados entre 0-1 para evitar uma pesagem excessiva na transformação dos mesmos – esta é a primeira vez que um grande conjunto de caracteres morfológicos contínuos não é discretizados em estudos filogenéticos com Drosophilidae. Rhinoleucophenga apresentou-se como um gênero parafilético em relação à Pararhinoleucophenga na maioria das análises realizadas; seis agrupamentos monofiléticos de espécies também foram repetidamente obtidos, principalmente com caracteres discretos associados a caracteres contínuos tratados como razões e log-transformados (tratamento C). Os caracteres morfológicos contínuos, tratados como razões ou como medidas absolutas, exercem alta influência sobre a topologia das árvores geradas. Da mesma maneira, foram fundamentais no aprimoramento dos valores de suporte dos principais agrupamentos de espécies obtidos na filogenia proposta para Rhinoleucophenga. As árvores geradas com caracteres contínuos log-transformados apresentaram melhora nos valores de suporte médio dos clados, porém, a aplicação de pesagem representou maior influência sobre os resultados filogenéticos. Pouco se sabe sobre a ecologia das espécies de Rhinoleucophenga, especialmente no bioma Pampa. Buscando suprir a lacuna referente ao conhecimento ecológico deste, e outros gêneros de Drosophilidae, coletas de drosofilídeos foram realizadas no bioma Pampa durante 12 períodos climáticos, considerando áreas naturais e degradadas dentro deste bioma (Capítulo IX). A influência ambiental sobre a estrutura das assembleias foi temporal e espacialmente analisada por meio de nMDS, IndVal e PERMANOVA. O tipo de ambiente amostrado e os componentes climáticos juntos explicaram 56,45% da variação nas assembleias de drosofilídeos. Ambientes Neotropicais abertos, especialmente o Bioma Pampa, têm apresentado alta diversidade de espécies de Rhinoleucophenga assim como de Drosophilidae em geral (Capítulo X). Portanto, a descrição de novas espécies é indispensável para melhorar o conhecimento faunístico dessa região. Trabalhos taxonômicos com redescrições e descrições de novas espécies são ferramentas importantes para a correta identificação da fauna de Drosophilidae, gerando dados mais precisos referentes à distribuição dos táxons, e também novos conjuntos dados para estudos com enfoque sistemático e evolutivo, como aqui realizado.

Através de perfis sísmicos de alta resolução (3,5 kHz), coletados entre os anos de 2009 e 2014, foi possível analisar o fundo e sub-fundo marinho da plataforma continental interna do Rio Grande Sul, mais especificamente em frente à desembocadura do estuário da Lagoa dos Patos. Estes dados permitiram observar anomalias acústicas caracterizadas como sendo uma resposta à presença de gás intersticial no sedimento. As acumulações foram identificadas com base na morfologia, dimensão, tipo de assinatura acústica e concentração aparente de gás. Assim, cinco formas distintas de gás raso foram reconhecidas: cortina de gás, blanking acústico, turbidez acústica, pináculo de turbidez e pluma intra-sedimentar. Tais estruturações se apresentaram isoladas ou então relacionadas umas com as outras. Dentre estas, as cortinas de gás e blanking acústico foram as que ocorreram em maior número e área. As cortinas apresentaram morfologia bem definida, em formato de caixa, onde o gás se encontra mais concentrado. O blanking acústico, formado pela presença de bolhas de gás bem disseminadas no sedimento, foi distinguido por uma forte reflexão de topo e um mascaramento dos refletores subjacentes, sem demonstrar limites laterais bem definidos A turbidez acústica, associada à disseminação de gás moderada a alta, é uma perturbação de sinal pela presença de bolhas no sedimento em quantidades que apenas atenuam a energia sísmica, possibilitando identificar algum refletor abaixo do seu topo. Os pináculos de turbidez encontrados são pequenos e apresentaram forma pontiaguda, indicando uma disseminação de gás baixa a moderada. A pluma intra-sedimentar encontrada apresentou formato quase parabólico, interpassando a camada de sedimentos de modo que o gás presente nela é baixo a moderadamente disseminado. Tais formas estão diretamente ligadas com a distribuição das fácies sedimentares, as quais agem como reservatório e selante, retendo ou não o gás e gerando as diferentes respostas acústicas. A ocorrência do gás está concentrada em frente à desembocadura da Lagoa dos Patos, local de deposição de sedimentos finos e matéria orgânica. Este aporte lagunar e o retrabalhamento da plataforma por eventos de regressão e transgressão marinha no Quaternário permitiram a gênese e preservação do gás em sedimentos holocênicos, de provável origem biogênica. / Using high-resolution (3.5 kHz) seismic profiles collected between 2009 and 2014, it was possible to analyze the bottom and sub-bottom geoacoustics characteristics of the inner continental shelf of the Rio Grande Sul, more specifically in front of the mouth of the estuary of the Patos Lagoon. The data allowed observing acoustic anomalies characterized like being a response to gas presence in the sediment. The gas accumulations were identified based on their morphology, dimension, type of acoustic signature and apparent concentration of gas. Thus, five different features of shallow gas were recognized: gas curtain, acoustic blanking, acoustic turbidity zone, turbidity pinnacle and intra-sedimentary plume. These structures have been isolated or then related each other. Among these, the gas curtain and acoustic blanking were those that occurred in greater number and area. Gas curtains presented well defined morphology, in gas boxes format, where the gas is more concentrated. Acoustic blacking, originated from presence of well disseminated gas bubbles in the sediment, was distinguished by a strong top reflection that masks the below reflectors, without to show well defined lateral limits Acoustic turbidity zone, associated with the dissemination of moderate to high gas, is a signal disturbance due to the presence of bubbles in the sediment in quantities that only attenuate the seismic energy, allowing yet identifying some reflector below its top. Turbidity pinnacles found are small and present pointed shape, indicating to a low to moderated gas dissemination. Intra-sedimentary plume found presented an almost parabolic shape, penetrating across the sediment layer thus the gas dissemination in the plume is low to moderate. These forms are linked directly with the sedimentary facies distribution, which act like reservoir and sealant, retaining or not the gas and producing the distinct acoustic response. The gas is concentrated in front of the mouth of Patos Lagoon, deposition site of fine sediments and organic matter. Such lagoon sediment input and the reworking of the shelf by marine regression and transgression events during Quaternary allowed the genesis and preservation of gas occurring in the Holocene sediments, which origin is probable biogenic.