Urinary tract infection (UTI) is a very common infection in humans and a majority is caused by Escherichia coli. UTI are commonly treated empirically. However, empiric treatment has become more problematic due to increased antibiotic resistance to commonly used antibiotic agents. It is therefore desirable with short turnover times for antimicrobial susceptibility testing and species identification to improve antibiotic treatment at an early stage. Matrix Assisted Laser Desorption/Ionisation Time of Flight (MALDI-TOF) can provide species identification faster than former routine methods. This study compared direct and standard susceptibility testing using disk diffusion on Enterobacteriaceae (EB) from urine samples. The possibility to standardise the inoculum for direct susceptibility testing via a pellet obtained by a series of centrifugations was also evaluated, as well as direct species identification with MALDI-TOF from the pellet. Results from direct susceptibility testing from urine samples with EB, performed either directly from the urine or with a standardised inoculum, correlated well to those obtained with standardised susceptibility testing using EUCAST disk diffusion methodology with few errors, of which most were associated with Proteus mirabilis. The concept of standardising the inoculum for direct susceptibility testing to 0.5 McFarland was labour intensive and did not improve the results further. However, direct species identification from the urine pellet using MALDI-TOF showed good correlation to routine identification. Of 238 samples, an EB was correctly identified in 148 samples using MALDI-TOF.

Snabb och korrekt artidentifiering är avgörande för effektiv behandling av svampinfektioner, särskilt bland immunsupprimerade patienter. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) används rutinmässigt på kliniska laboratorier för identifiering av karaktäristiska proteinmönster hos bakterier och jästsvampar genom tolkning av proteinspektra i en masspektradatabas för korrekt artidentifiering. Mögelsvamparnas hårda cellvägg och heterogena växtsätt med varierande proteinuttryck beroende på mognadsstadie, försvårar identifiering med MALDI-TOF MS. Metodens tänkbara fördelar mot traditionella metoden mikroskopering är förkortade svarstider, säkrare artidentifiering av fler arter och mindre beroende av subjektiv morfologisk bedömning. Studiens syfte var att undersöka om MALDI-TOF MS kunde anpassas och användas för identifieringen av mögelsvamp i klinisk rutindiagnostik. Fyra referensstammar (Aspergillus niger, A. fumigatus, A.terreus, A.flavus) och ett kliniskt isolat (A.terreus) undersöktes. Preparationsmetoderna (I) fullständig myrsyraextraktion, (II) direktapplicering och (III) suspension i destillerat vatten användes för analys av sporer och frontmycel hos yngre och äldre mögelkulturer. Två olika masspektradatabaser för artidentifiering jämfördes; rutindatabasen BDAL och den specialiserade mögeldatabasen Filamentous Fungi Library. Även plocktekniken av mögelmaterial inför analys med MALDI-TOF MS utvärderades. Vid vissa tillfällen förbättrades artidentifieringen efter extraktion av mögelkulturerna, medan i andra fall var direktapplicering fullt tillräcklig. Mögelmaterial med mycket sporer tenderade ge något fler artidentifieringar i BDAL oavsett kulturernas ålder.  Filamentous Fungi Library tenderade i vissa fall ge bättre resultat jämfört med BDAL för yngre kulturer. Fler studier krävs för att utvärdera och optimera MALDI-TOF MS som metod för artidentifiering av mögelsvamp. / Rapid and accurate species identification is crucial for successful treatment of fungal infections, especially among immunosuppressed patients. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is used routinely at clinical laboratories to identify characteristic protein patterns of bacteria and yeast by the interpretation of protein spectra in a database for accurate species identification. The hard cell wall of the mold and the heterogeneous growth with varying protein expression due to maturation, complicates identification with MALDI-TOF MS. The potential benefits of this method compared to microscopy as traditional method are shortened turn-around times, safer species identification of more species that is independent on subjective morphological assessment. The purpose of the study was to investigate whether MALDI-TOF MS could be adapted and used for the identification of molds in clinical routine diagnostics. Four reference strains (Aspergillus niger, A.fumigatus, A.terreus, A.flavus) and a clinical isolate (A.terreus) were examined. The preparation methods (I) complete formic acid extraction, (II) direct application and (III) suspension in distilled water were used for analysis of spores and frontmycelium from younger and older mold cultures. Two different masspektradatabases for species identification were compared; routine database BDAL and the specialized mold database, Filamentous Fungi Library. Also the collecting technique of mold prior to analysis with MALDI-TOF MS was evaluated. Sometimes, the species identification improved after extraction of mold cultures, while in other cases direct application was sufficient. Cultures with a lot of spores tended to give slightly more species identifications in BDAL regardless of the age of cultures. Filamentous Fungi Library, in some cases, tended to improve the performance compared to BDAL for younger cultures. More studies are required to evaluate and optimize MALDI-TOF MS as a method of mold identification.

To differentiate between bones from sheep (Ovis aries) and bones from of goats (Capra hircus) is a long lasting challenge for zoologists, archaeozoologists and osteologists. Especially considering archaeological remains which are often found fractured and poorly preserved due to taphonomic processes. Zeder & Pilaar’s (2010) and Zeder & Lapham’s (2010) methods of species differentiation has shown promising results when used on bones from modern sheeps and goats. This paper aims to evaluate these methods by exerting them on excavated bones from kv. Apoteket 4-5, a late Viking Age and early Medieval quarter in central Visby. The results have shown that Zeder & Pilaar’s (2010) methods of identifying sheeps and goats with the mandibular teeths and mandibles are unreliable due to disturbances from wear, fragmentation and weak criterias. Results from Zeder & Laphams (2010) methods for post cranial bones shows mixed results considering a pilot study with the implementation of ancient DNA, which was executed att Gotland University during summer and fall 2011. More extensive studies in the future with the implementation of archaeogenetics are planned which can be used to further develop these methods and thus increase the reliabiltiy of the results.In this study 5,3kg of bones were osteologically species identified and analyzed. The results were used to recreate the use of sheep and goats including butchery techniques, animal husbandry and livestock health status with focus on the sheeps and goats in an early Medieval town quarter in Visby. / Att skilja mellan ben från får och ben från get har länge varit en utmaning för zoologer, arkeozoologer och osteologer. Särskilt när ett arkeologiskt benmaterial undersöks eftersom materialet ofta är fragmenterat och sämre bevarat. Zeder & Pilaar (2010) och Zeder & Laphams (2010) metoder för att skilja mellan får och get har uppvisat lovande resultat när ben från moderna får och getter har undersökts. Syftet med denna kandidatuppsats är att utvärdera dessa metoder genom att tillämpa dem på ett arkeologiskt material från kv. Apoteket 4-5 i Visby.Resultatet från analysen visar att Zeder och Pilaars metod för underkäkar och underkäkständer är otillförlitlig på grund av förekomst av slitage, fragmentering och svaga kriterier. Resultatet från Zeder och Laphams metod för postkraniala benslag visar en mer blandad tillförlitlighet om man ser till de jämförelser som har gjorts mot en studie av förhistoriskt DNA som genomfördes på Högskolan på Gotland under 2011 på material från kv. Apoteket 4-5. En mer omfattande studie vilket inkluderar en arkeogenetisk undersökning är planerad i framtiden. Resultatet från studierna ska användas för att utveckla metoderna och på så sätt öka metodernas tillförlitlighet.I undersökningen som ligger till grund för denna kandidatuppsats har 5,3 kg benmaterial från kv. Apoteket 4-5 identifierats och analyserats osteologiskt. Resultatet användes för att återskapa användningen av får och getter och på så sätt erhålla information om slaktteknik, djurhållning och djurens hälsa i ett stadskvarter i Visby under sen vikingatid och tidig medeltid.

Sammanfattning Nattfjärilar är en utsatt grupp när det kommer till nattbelysning, eftersom nattbelysning påverkar processer som födosök och reproduktion samt ökar deras mortalitet genom stress och ökad risk för predation. Mörka och belysta lokaler i Halmstads urbana grönområden undersöktes för att studera nattbelysningens påverkan på nattfjärilars individantal och artdiversitet. I studien visade vi på signifikanta skillnader hos både nattfjärilars individantal samt artdiversitet mellan de mörka och belysta lokalerna, där tillhörande analyser visade signifikant färre antal individer och likaså negativ trend för artdiversiteten. Analyserna visade att minskad artdiversitet och individantal i belysta lokaler inte var signifikant korrelerat med belysningsstyrkan i lokalerna. Dock finns det indikationer på att belysningsstyrkan eventuellt haft en negativ påverkan på individantalet och artdiversiteten av nattfjärilar i denna studie. Det fanns en belyst lokal som utmärkte sig med ovanligt hög diversitet där artdiversiteten var det tredje högsta uppmätta värdet i hela studien. Detta kan eventuellt bero på förekomsten av blommande buskage vilket återfanns i direkt anslutning till inventeringsområdet. Vi föreslår därför att blommande växter och buskage kan implementeras som åtgärd för att förebygga nattbelysningens påverkan på nattfjärilspopulationer. Kompletterande samt uppföljande studier av ämnet kring vilka växter som passar specifikt för nattfjärilar behövs, då det i dagsläget är ett ämne som i Sverige behöver utvecklas innan implementering av passande växter kan bli en lämplig åtgärd. / Abstract Moths are a vulnerable group when exposed to night lighting, it affects their basic drives such as foraging and reproduction and increases their mortality through stress and increased risk of predation. Dark and illuminated localities in Halmstads’ urban green areas were inventoried to study the impact of night illumination on the number of individuals and species diversity of moths. In the study, significant differences were found in the individual number of moths and species diversity between the dark and illuminated localities, which could not be significantly correlated to illuminance present in the localities. However, there were indications that illuminance may still have negatively affected the number of individuals and species diversity of moths in this study. There was one illuminated locality that stood out from the rest where species diversity was the third highest measurement from the entire study, which can possibly be attributed to the presence of flowering shrubs. Therefore we suggest that flowering shrubbery can be implemented as a measure to prevent the impact of night illumination on moth populations and becomes the basis for supplementary and follow-up studies of the subject.

Approximately 50 percent of all endangered species in Scandinavia are associated with old agricultural landscapes. During the agricultural industrialization of the past century the traditional practices and methods that created these environments have been phased out. This has brought on a serious decline and fragmentation of biomes that many endangered species depend on. Knowledge of traditional agricultural landscapes and their species dynamics is needed to make well informed decisions regarding their care and restoration. One way to acquire such knowledge is to study fossil plant remnants from old agricultural contexts. In this study sub-fossil Cyperaceae achenes were analyzed in an attempt to identify them. The achenes had been preserved in three Iron Age wells (80-980 AD) at the Gilltuna settlement in central Sweden and were found during an archeological investigation in 2010. The purpose of this study was to identify the achenes to species level, make conclusions about the ecology of the surrounding landscape, and construct simple species identification key as well as evaluate archaeobotany as an ecological tool. The identification attempt resulted in 14 determined species, which were in consistency with previous landscape analyses made using ecological species distribution. The resulting identification key is a suggestion, to be expanded in the future. This method can undoubtedly provide further knowledge of prehistoric and historical biomes, but in order to draw useful conclusions the identification technique further as well as knowledge of present regional ecology must be developed, especially concerning different Cyperaceae species‟ response to different kinds of stress.