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Reação de variedades de maracujazeiro amarelo (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg) a bacteriose causada por Xanthomonas campestris pv. passiflorae. / Reaction of varieties of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) to bacterial spot caused by Xanthomonas campestris pv. passiflorae.Miranda, Jaqueline Fogaça 21 May 2004 (has links)
O presente trabalho teve por objetivo avaliar a reação de oito variedades comerciais e dois acessos selvagens de maracujá amarelo (P.edulis Sims f. flavicarpa), quanto à resistência a Xanthomonas campestris pv. passiflorae e elaborar uma escala diagramática de sintomas para auxiliar na avaliação da severidade da mancha bacteriana. A escala foi desenvolvida a partir de 100 folhas com sintomas da doença. Desta amostra foram estabelecidos cinco níveis de severidade utilizados na escala (2%, 5%; 11%, 26% e 59%). A escala foi validada por sete avaliadores, que utilizaram 48 folhas com diferentes níveis de severidade. A validação da escala mostrou que os avaliadores apresentaram alta precisão nas suas avaliações, com coeficientes de determinação (R2) variando de 0,86 a 0,95. A maioria dos avaliadores apresentou uma leve tendência em superestimar a severidade da doença. A escala mostrou-se útil ao trabalho, permitindo avaliações com alta precisão e boa acurácia. Para avaliar a reação das dez populações (oito variedades comerciais e dois acessos selvagem) de maracujá amarelo em relação a X. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a reação de oito variedades comerciais e dois acessos selvagens de maracujá amarelo (P.edulis Sims f. flavicarpa), quanto à resistência a Xanthomonas campestris pv. passiflorae e elaborar uma escala diagramática de sintomas para auxiliar na avaliação da severidade da mancha bacteriana. A escala foi desenvolvida a partir de 100 folhas com sintomas da doença. Desta amostra foram estabelecidos cinco níveis de severidade utilizados na escala (2%, 5%; 11%, 26% e 59%). A escala foi validada por sete avaliadores, que utilizaram 48 folhas com diferentes níveis de severidade. A validação da escala mostrou que os avaliadores apresentaram alta precisão nas suas avaliações, com coeficientes de determinação (R2) variando de 0,86 a 0,95. A maioria dos avaliadores apresentou uma leve tendência em superestimar a severidade da doença. A escala mostrou-se útil ao trabalho, permitindo avaliações com alta precisão e boa acurácia. Para avaliar a reação das dez populações (oito variedades comerciais e dois acessos selvagem) de maracujá amarelo em relação a X. campestris pv. passiflorae, dois experimentos foram conduzidos em casa de vegetação, o primeiro entre os meses de setembro a dezembro de 2002 e o segundo entre os meses de janeiro a março de 2003. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com nove tratamentos e quatro repetições em ambos os ensaios, sendo que as parcelas experimentais consistiram de 30 e 25 plantas de cada material, respectivamente, no primeiro e segundo experimentos. As avaliações de severidade da doença foram realizadas aos 7, 14 e 21 dias após inoculação, através da escala diagramática de sintomas elaborada neste trabalho. Com os dados das três avaliações, estimou-se a área abaixo da curva do progresso da doença (AACPD) para cada material estudado. Os resultados permitiram detectar diferentes níveis de resistência entre as populações avaliadas. Os materiais mais resistentes a X. campestris pv. passiflorae foram as variedades Sul Brasil e IAC- serie 270, enquanto que as variedades IAC-277, Maguary e Flora foram as mais suscetíveis. / This study aimed to evaluate the reaction of eight populations of commercial yellow passion fruit and two of wild passion fruit (P.edulis Sims f. flavicarpa) to Xanthomonas campestris pv. passiflorae and elaborate a diagrammatic scale of symptoms for the evaluation of the severity of the disease. This scale was developed based on 100 leaves with different levels of disease. Out of this sample, five levels of severity were depicted in the scale (2%, 5%, 11%, 26%, and 59%). The scale was used by seven evaluators to assess the symptoms of 48 leaves with different degrees of severity. The evaluators showed high precision judging by the high correlation coefficients (R2) which ranged from 0.86 to 0.95. Most evaluators showed a tendency to super-estimate the severity of the disease. Notwimstanding, the scale allowed precise and accurate evaluations. Two experiments were performed in the greenhouse to determine the level of resistance of ten populations (eight commercial and two wild) of yellow passion fruit to X. campestris pv passiflorae. The first trial was conducted between September and December 2002, and the second between January and March 2003. The experimental design consisted of random blocks, with nine treatments and four replicates in both experiments. The experimental plot consisted of 30 and 25 plants of each variety, respectively in the first and second trials. Disease severity was evaluated 7, 14, and 21 days after inoculation using the diagrammatic scale. With the data of the three evaluations, the area under the disease progress curve (AUDPC) for each material was estimated and used in the analysis of variance. The results detected different levels of resistance among populations. The most resistant materials were the varieties Sul Brasil and IAC- serie 270, while the varieties IAC-277, Maguary e Flora were the most susceptible.
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Estudo comparativo do mecanismo de ação e dos efeitos farmacológicos do tenoxicam, indometacina, dexametasona e metotrexato no processo inflamatório agudo e crônico / Comparative study of the action mechanism and pharmacologic effects of Tenoxican, Indomethacin, Dexamethasone and Methotrexate in the acute and chronic inflammatory processSchütz, Antonio Beltrão 27 September 1996 (has links)
Aprofundamos o estudo dos efeitos farmacológicos da dexametasona, indometacina e tenoxicam e de uma droga citostática (metotrexato), assim como a análise dos mecanismos envolvidos na estimulação flogógena causada por agentes de intensidades fraca, média e forte. Para isso. empregamos o teste edemogênico, que demonstrou ser os fármacos antiinflamatórios não esteróides (tenoxicam e indometacina), os de maior potência na inibição da exsudação plasmática induzida pela paracoccidioidina. Todavia, com agentes flogógenos de intensidade média (carragenina), o metotrexato foi o medicamento mais potente; enquanto que com a placa microbiana dental (agente forte), a dexametasona e a indometacina foram os de maior potência antiinflamatória. Por meio da análise histomorfométrica relativa dos granulomas induzidos por esse último agente, verificamos, até 14 dias, a maior potência antiinflamatória apresentada pelo tenoxicam, comparativamente à da indometacina - em relação à inibição da região central de necrose supurativa-, demonstrando efeito semelhante ao da dexametasona; não obstante, nesse período experimental, em relação à inibição da densidade do volume do tecido granulomatoso, os fármacos mais potentes terem sido a indometacina e a dexametasona. Após 14 dias, foi constatada diferença não significativa (p>0.05) entre o efeito apresentado pelo tenoxicam e o da indometacina. O acentuado efeito apresentado pelos NSAIDs em relação à inibição da densidade de volume dos macrófagos, semelhante ao do metotrexato, sugeriu que os NSAIDs inibiram a proliferação das células progenitoras mielóides dos monócitos/macrófagos. Também agiram tanto aumentando (21 dias) como inibindo (28 dias) a densidade de volume ocupada pelas fibras colágenas; enquanto que a dexametasona apresentou efeito contrário. Tais resultados indicaram que no processo inflamatório induzido por agentes flogógenos de intensidade forte (PMD), estimulores da acentuada produção de LTs e PGs, o emprego de antiinflamatórios esteróides e não esteróides foi vantajosa em relação ao fármaco citostátco. / Was studied comparatively the mechanisms of action and the antiinflammatory effect presented by dexamethasone, tenoxican, indomethacin and methotrexate in acute and chronic inflammation induced by agent flogogenous of minim, media and elevated intensity. With the employ of edemogenic test was verified that the effect presented by nonsteroid antiinflammatory (tenoxican and indomethacin), in relation to inhibition of the plasmatic exsudation induced by paracoccidioidin, was more potent than other medicaments tested. Meanwhile, in the inhibition of the acute inflammation caused by carrageenan and dental microbian plaque, methotrexate, dexamethasone and indomethacin were the most potent pharmacs, respectively. The injection of the dental microbian plaque in the air pouch model induced two experimental granulomas susceptive to the antiinflammatory effects presented for the pharmacs tested, which were utilized in the determination of the weights and of the volume density occupied by structures presents in the periods experimental of 7, 14, 21 and 28 days. With relation the inhibition of the differential mid and dry weights, methotrexate and dexamethasone followed by indomethacin and tenoxican were the most effective pharmacs in decrescent order of potency. The histomorphometric studies of the volume density of the granulomatous tissue revealed that indomethacin reduced this structure comparatively to the tenoxican at 14 days. After this experimental period tenoxican presented the most potent anti-inflammatory effect; however, without significant statistical difference to indomethacin. Tenoxican too presented elevated inhibitory effect of the volume density of the region of supurative necrose (similar to dexamethasone) particularly along to first week. NSAIDs also showed in relation the inhibition of volume density of the collagen effect stimulator (21 days) and inhibitor (28 days), while that dexamethasone revealed contrary effect. The accentuate inhibitory effect of the volume density of macrophages presented by NSAIDs was similar to methotrexate, indicating that these medicaments possibly presented anti-mitotic effect to the progenitors myeloid cells of monocytes/macrophages. These results indicated that in the inflammatory process induced by flogogenous of strong intensity, stimulators of increased production of LTS and PGs, the administration of steroids and non-steroids anti-inflammatory was advantageous in relation to methotrexate.
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Caracterização de carbapenemases do tipo KPC em enterobactérias de origem clínica / Characterization of KPC-type carbapenemases in rnterobacteriaceae from clinical samplesNhambe, Lúcia Florêncio 05 November 2014 (has links)
Atualmente, no Brasil, a produção de enzimas do tipo KPC constitui o principal mecanismo de resistência aos carbapenêmicos em Klebsiella pneumoniae, contribuindo para a endemicidade hospitalar da espécie. No presente estudo, foi caracterizada a produção de KPC em 38 enterobactérias que foram diferençadas entre os grupos CESP (enterobactérias com produção induzida da βlactamase AmpC, ex., Enterobacter spp., Serratia marcescens e Morganella morganii) e não CESP (ex., Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli e Proteus mirabilis). pertencendo a isolados recuperados de pacientes colonizados e/ou apresentando infecção urinária, pneumonia ou bacteremia, em três centros médicos de três diferentes regiões do Brasil (Amazonas, Mato grosso, Minas Gerais), durante 2008-2013. Os isolados apresentaram resistência para cefalosporinas de amplo espectro (86,8 - 94,7%), cefoxitina (86,8%), ertapenem (89,4%), imipenem (89,4%), meropenem (84,2%), amicacina (86,8%), ciprof1oxacina (84,2%), tigeciclina (42,1 %, CIM50= 2 µg/ml), sulfametoxazol/trimetoprim (SXT, 60,5%) e gentamicina (57,8%). Entre bactérias do grupo CESP, os isolados de S. marcescens apresentaram sensibilidade para fosfomicina (CIM50= 8 µg/mL) e sulfametoxazol-trimetoprim (CIM50= 1/19 µg/mL). A produção de carbapenemase foi confirmada pelo teste de Hodge modificado e por inibição por acido fenil borônico em 76,31 e 73,68% dos isolados do grupo CESP e não CESP, respectivamente. A presença do gene blaKPC-2 foi confirmada em 78,9% dos isolados clinicos e variantes do gene blaCTX-M foram identificados em 57,89% das cepas. Cepas de S. marcescens e E. aerogenes clonalmente relacionadas por ERIC-PCR foram associadas a surtos de infecção nosocomial. Resultados do presente estudo confirmam que a produção de KPC no Brasil, ocorre em uma grande variedade de espécies de enterobactérias sendo frequentemente associada com a co-produção de ESBLs do tipo CTX-M, o que poderia favorecer a endemicidade com o subseqüente estabelecimento de surtos de infecção. Um dado relevante, foi à alta resistência a fosfomicina (66,66%) associada à presença do gene fosA2 em cepas de E. aerogenes e K. pneumoniae produtores de KPC-2. / Currently, in Brazil, the production of KPC-type enzymes is considered the main mechanism of carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae, which has contributed for the nosocomial endemicity of this specie. In this study, the KPC production was characterized in 38 Enterobacteriaceae isolates differenced among CESP (Enterobacteriaceae with inducible production of AmpC-type β-lactamase, i.e., Enterobacter spp., Serratia marcescens and Morganella morganii) and not CESP (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli e Proteus mirabilis) groups recovered from colonized patients and/or with urinary tract infection, pneumonia or bacteremia, in three medicai centers from different regions of Brazil (Amazonas, Mato Grosso, Minas Gerais) during 2011-2013. The isolates were resistant to broad-spectrum cephalosporins (86.8 - 94.7%), cefoxitin (86.8%), ertapenem (89.4%), imipenem (89.4%), meropenem (84.2%), amikacin (86.8%), ciprofloxacin (84.2%), tigecycline (42.1 %, MIC50 = 2 µg/mL), trimethoprim-sulfamethoxazole (SXT, 60.5%) and gentamicin (57.8%). S. Marcescens isolates exhibited additional susceptibility to fosfomycin (MIC50 = 8 µg/mL) and sulfamethoxazole-trimethoprim (MIC50 = 1/19 µg/mL). Carbapenemase production was confirmed by Hodge modified test and inhibition by phenyl boronic acid in 76.31 and 73.68% of CESP and no CESP isolates, respectively. In fact, the presence of the blaKPC-2 gene was confirmed in 78.9% of enterobacterial isolates, whereas blaCTX-M ESBL gene variants were identified in 57.89% of the strains. S. Marcescens and E. aerogenes isolates were clonally related by ERIC-PCR being associated with outbreaks of nosocomial infection. Results of this study confirm that the production of KPC in Brazil occurs in a variety of species of Enterobacteriacea producing CTX-M-rype ESBLs, favoring the endemicity and the establisbment of outbreaks. A relevant finding was the high resistance to fosfomycin (66.66%) associated with the presence of the fosA2 gene in KPC-2-producing E. aerogenes and K. pneumoniae strains.
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Obtenção e análise de mutantes de Pseudomonas aeruginosa afetados na biossíntese de ramnolipídeos. / Obtaining and analysis of mutants of Pseudomonas aeruginosa affected in rhamnolipids biosynthesis.Honna, Cristiane Yuri 14 November 2013 (has links)
Ramnolipídeos (RLs) e polihidroxialcanoatos (PHAs) produzidos por Pseudomonas aeruginosa são compostos biodegradáveis e que podem ser obtidos a partir de matérias-primas renováveis. Com o objetivo de elucidar aspectos metabólicos e regulatórios da produção de RLs e PHAs, mutantes de P. aeruginosa LFM634 afetados na síntese desses compostos foram obtidos utilizando um transposon (ISlacZ/hah). Dentre 61 mutantes caracterizados, foram detectados vários super-produtores de RLs e/ou PHAs, bem como alguns nos quais nenhum RL foi detectado. Dois mutantes (p09-13 e p12-39) apresentaram capacidade reduzida de inserir ramnose em RLs e de direcionar intermediários da biossíntese de ácidos graxos para a síntese de RLs ou PHAs. O mutante p09-13 está afetado no gene crc, sugerindo um importante papel deste regulador global no processo de síntese de RLs e PHAs. / Rhamnolipids (RLs) and polyhydroxyalkanoates (PHAs) produced by Pseudomonas aeruginosa are biodegradable compounds and can be obtained from renewable raw materials. Aiming to elucidate metabolic and regulatory issues involved in the RLs and PHAs production, P. aeruginosa LFM634 mutants affected in their biosynthesis were obtained using a transposon (ISlacZ/hah). Out of 61mutants characterized, it was detected several overproducing RLs and/or PHA, as well as some in which no RLs was detected. Two mutants (p09-13 and p12-39) presented reduced capability of inserting rhamnose in RLs and of channeling intermediates from fatty acid biosynthesis to the synthesis of RLs and PHAs. The mutant p09-13 is affected on crc gene, suggesting an important role of this global regulator on the process of RLs and PHA synthesis.
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Análise dos dados obtidos em um inquérito para avaliar a qualidade de 467 laboratórios de microbiologia no Brasil / Analysis of the data obtained in a national survey to evaluate the quality of 467 microbiology laboratories in BrazilCosta, Luciano Bello 08 November 2010 (has links)
A resistência aos antimicrobianos é um problema global. O planejamento de estratégias preventivas depende da acurácia das informações sobre sensibilidade aos antimicrobianos e, portanto, da qualidade dos laboratórios de microbiologia. O objetivo deste estudo foi avaliar a proporção dos laboratórios que apresentavam condições mínimas de funcionamento, executavam rotina básica, executavam procedimentos relacionados a qualidade, interagiam com a Comissão de Controle de infecção Hospitalar e possuíam recursos avançados; avaliar as características associadas com condições mínimas de funcionamento, execução da rotina básica, execução de procedimentos relacionados a qualidade, interação com a Comissão de Controle de Infecção Hospitalar e possuir recursos avançados; classificar os laboratórios em níveis de qualidade. Um estudo foi realizado para avaliar os laboratórios de microbiologia que serviam todos os hospitais brasileiros com mais de 10 leitos de terapia intensiva ou os hospitais sentinela. Os coordenadores dos laboratórios foram entrevistados entre abril de 2002 e dezembro de 2005 e responderam sobre fontes de financiamento, infraestrutura, recursos humanos equipamentos, procedimentos, controle de qualidade e biossegurança. Quinhentos e trinta hospitais foram identificados e 467 laboratórios foram visitados pelos entrevistadores. Os laboratórios foram classificados como: nível 0: ausência de condições mínimas de funcionamento; nível 1: condições mínimas de funcionamento, mas execução inadequada da rotina básica; nível 2: condições mínimas de funcionamento e execução adequada da rotina básica; nível 3: condições mínimas de funcionamento, execução adequada da rotina básica e execução de procedimentos relacionados a qualidade hospitalar; nível 4: condições mínimas de funcionamento, execução adequada dos procedimentos de rotina básicos, execução dos procedimentos relacionados a qualidade, interação com a Comissão de Controle de Infecção hospitalar, mas ausência de recursos avançados; nível 5: condições mínimas de funcionamento, execução adequada dos procedimentos de rotina básicos, execução de procedimentos relacionados a qualidade hospitalar, interação com a Comissão de Controle de Infecção Hospitalar e presença de recursos avançados. Oitenta e cinco porcento dos laboratórios foram considerados nível 0, 7% nível 1, 6% nível 2, 1% nível 3, 1% nível 5. Nenhum laboratório foi considerados nível 4. Vinte laboratórios não realizavam coloração de Ziehl-Neelsen; 21 não tinham bico de Bunsen; 271 não tinham uma cabine de segurança biológica; 81 não tinam um formulário de requisição padrão e 3 não tinham meio ágar sangue. Mais de 20% dos laboratórios que não possuíam uma cabine de segurança biológica tinham sistemas automatizados. Hospitais sentinela (p<0,001); hospitais públicos (p:0,01); hospitais universitários (p<0,001) e localização em capitais (p:0,001) foram as características associadas com presença de condições mínimas de funcionamento. Hospitais sentinela (p:0,002), universitários (p:0,019), localizados em capitais (0,039), região geográfica (p:0,039) e laboratórios que serviam mais de um hospital (p<0,001) foram as características associadas com execução adequada da rotina básica. Hospitais sentinela (p:0,01) e localizados em capitais (p<0,001) foram as características associadas com execução de procedimentos relacionados a qualidade hospitalar. Hospitais públicos (p:0,01), localizados em cidades do interior (p:0,008), não terceirizados (p:0,01) e a região geográfica (p<0,001) foram as características associados com presença de interação com a Comissão de Controle de Infecção Hospitalar. Hospitais sentinela (p:0,03), públicos (p:0,04), universitários (p:0,01), localizados em capitais (p<0,001) e laboratórios que servem mais de um hospital (p:0,01) foram associados com presença de recursos avançados. Em conclusão, a maioria dos laboratórios não tinha condições mínimas de funcionamento. Esta avaliação de qualidade pode direcionar investimentos e projetos educacionais no país / Antimicrobial resistance is a global problem. To plan preventive strategies, the accuracy of the information on infections and antimicrobial susceptibility is very important, requiring quality in microbiology laboratories. The objective of this study was to evaluate the proportion of laboratories that have minimal functioning conditions, execute basic routine, execute procedures related to quality, collaborate in Department of Hospital Infection Control and have advanced resources; evaluate the characteristics associated with minimal functioning conditions, basic routine execution, execution of procedures related to quality, collaboration in Department of Hospital Infection Control and advanced resources; classification of laboratories according to quality level. A survey was carried out to evaluate microbiology laboratories that served all Brazilian hospitals with at least 10 intensive care beds or that served hospitals involved in the government program of adverse event notification related to healthcare products. From April 2002 through December 2005 laboratory coordinators were interviewed about financing; infrastructure; human resources; equipment; procedures; quality control and safety. 530 hospitals were identified and 467 laboratories were visited by the interviewers. Laboratories were classified as: Level 0: no minimal functioning conditions; Level 1: minimal functioning conditions, but no execution of basic routine; Level 2: minimal functioning conditions and execution of basic routine; Level 3: minimal functioning conditions, execution of basic routine and execution of quality procedures; Level 4: minimal functioning conditions, execution of basic routine, execution of quality procedures and collaboration with the Department of Hospital Infection Control, but no advanced resources; Level 5: minimal functioning conditions, execution of basic routine, execution of procedures related to quality, collaboration with the Department of Hospital Infection Control and advanced resources. Findings: 85% of laboratories were considered Level 0; 7% Level 1; 6% were Level 2; 1% were Level 3 and 1% were Level 5. None were Level 4. Twelve laboratories did not perform Ziehl-Neelsen staining; 21 did not have Bunsen burners; 271did not have biological safety cabinets; 81 did not have standardized requisition forms and 3 did not have blood agar medium. More than 20% of laboratories without safety cabinets had automated systems. Hospitals part of the government adverse event notification program (p<0.001); public hospitals (p:0.01); teaching hospitals (p<0.001) and location in state capitals (p:0.001) were associated with having minimal conditions. Hospitals part of the government adverse event notification program (p:0.002), teaching hospitals (p:0.019), location in state capitals (p:0.039), laboratories serving more than one hospital (p<0.001) and geographic region (p:0.039) were associated with basic routine execution. Hospitals part of the government adverse event notification program (p:0.01) and location in state capitals (p<0.001) were associated with quality procedures execution. Public hospitals (p:0.01), location outside state capitals (p:0.008), serving hospitals that doesn\'t contract third part microbiology services (p:0.01) and geographic region (p<0.001) were associated with collaboration in Department of Hospital Infection Control. Hospitals part of the government adverse event notification program (p:0.03), public (p:0.04), teaching hospitals (p:0.01), location in state capitals (p<0.001) and serving more than one hospital (p:0.01) were associated with advanced resources. In conclusion, most laboratories did not have minimal functioning conditions. This quality assessment should guide investments and educational projects in the country
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Caracterização de cepas de Escherichia coli contendo diferentes alelos rpoS. / Characterization of Escherichia coli strains carrying different rpos alleles.Galbiati, Heloisa Filus 12 August 2011 (has links)
A bactéria Escherichia coli é encontrada em diversos habitats e deve estar preparada para sobreviver e crescer em condições desfavoráveis. A adaptação da bactéria a diferentes condições obriga-a a controlar a expressão de genes de forma eficiente. Uma das formas primárias de controle de expressão gênica é a competição entre os diversos fatores sigma pela ligação ao cerne da RNA polimerase. <font face=\"Symbol\">d70 é o fator sigma mais abundante e participa da transcrição da maioria dos genes de E. coli, enquanto que <font face=\"Symbol\">dS é o segundo em importância e reconhece promotores de genes relacionados à resposta geral ao estresse. O gene rpoS, que codifica para <font face=\"Symbol\">dS é altamente polimórfico, e adquiri mutações frequentemente. A mutação pontual C<font face=\"Symbol\">®T na posição 97 da ORF de rpoS, resulta em um códon de parada TAG (âmbar). Um Shine-Dalgarno alternativo e um códon de início de tradução na posição 157 dá início a uma proteína RpoS truncada, que é parcialmente funcional. Uma das situações de estresse na qual <font face=\"Symbol\">dS é ativado corresponde à privação de fosfato inorgânico. Porém, na limitação deste nutriente ocorre também a ativação do regulon PHO, cujos genes são predominantemente transcritos por <font face=\"Symbol\">d70. Neste trabalho, o efeito da versão truncada de RpoS sobre a expressão de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">d70 (lacZ, phoA e pstS) e de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">dS (osmY e proU) foi testado. Foram também realizados ensaios de estresse oxidativo, osmótico e pelo frio. O perfil de atividade parcial descrito para RpoSam pôde ser observado em alguns casos, porém em outros o comportamento deste alelo se assemelhou ao do mutante rpoS nulo. Paralelamente, foi testada também uma cepa de E. coli que carrega a mutação âmbar em rpoS, mas esta é suprimida, resultando na expressão de uma proteína RpoS normal. A proteína RpoS truncada não pôde ser visualizada em immunoblots, provavelmente porque esta é traduzida de forma pouco eficiente a partir do Shine-Dalgarno alternativo. Com o objetivo de incrementar a detecção de RpoS em ensaios de imuno-detecção, foi inserida por recombinação alélica uma etiqueta SPA altamente imunogênica na porção C-terminal da proteína. / Escherichia coli can be found in many different habitats and has to be prepared to survive and grow under unfavorable conditions. Bacteria adaptation to different growth conditions requires an efficient control of gene expression. One of the primary forms of gene expression control is the competition between different sigma factors for the binding to the core RNA polymerase. <font face=\"Symbol\">d70 is the most abundant sigma factor and participates in the transcription of most E. coli genes. <font face=\"Symbol\">dS is the second one in importance and recognizes promoters of genes related to the general stress response. The rpoS gene, which encodes <font face=\"Symbol\">dS, is highly polymorphic and acquires mutations very often. The transition C<font face=\"Symbol\">®T at position 97 in the rpoS ORF results in a stop codon TAG (amber). Due to the presence of an alternative Shine-Dalgarno and a translation initiation codon at position 157 a truncated RpoS protein that is partially functional is translated. One of the stress situations that <font face=\"Symbol\">dS is activated is the starvation for inorganic phosphate. Phosphate limitation also triggers the activation of the PHO regulon, whose genes are predominantly transcribed by <font face=\"Symbol\">d70. In the present study, the effect of the truncated version of RpoS on the expression of <font face=\"Symbol\">d70 dependent genes (lacZ, phoA e pstS) and <font face=\"Symbol\">dS dependent genes (osmY e proU) was tested. Bacteria were also assayed for sensitivity to oxidative, osmotic and cold stress. The profile of partial activity described for the truncated RpoS could be observed in some cases, while in others the behavior of this allele resembled the rpoS null mutant. In parallel, an E. coli strain which suppresses the amber mutation in RpoS, resulting in the expression of a normal protein was also tested. A band correponding to the truncated RpoS could not be detected in immunoblots probably due to inefficient translation from the alternative Shine-Dalgarno. To improve the detection of RpoS, a highly immunogenic SPA tag was inserted in the C-terminal region of the protein.
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A resposta SOS de Caulobacter crescentus e relações dos mecanismos de reparo com a progressão do ciclo celular. / The SOS response of Caulobacter crescentus and the relationship between DNA repair mechanisms and the cell cycle progression.Rocha, Raquel Paes da 17 May 2011 (has links)
Caulobacter crescentus pertence ao grupo das proteobactérias e apresenta a característica distinta de diferenciação celular a cada divisão. Este trabalho visou desvendar os mecanismos de reparo de DNA em C. crescentus. Identificamos 44 genes pertecentes ao regulon SOS através da construção de um mutante para o repressor deste, LexA. Caracterizamos funcionalmente alguns dos genes do regulon, como CC_2272 (que codifica uma proteína da família das endonucleases III) e CC_2433. A cepa deficiente em LexA apresentou morfologia filamentosa, e por esse motivo, buscamos também desvendar quais seriam os fatores genéticos responsáveis por esta morfologia. Investigamos também os processos de controle do ciclo celular após a introdução de danos na molécula de DNA pela luz UVC, em mutantes deficientes para diferentes vias de reparo. Estes experimentos nos mostraram que as células procariontes possuem mecanismos para acoplar a progressão do ciclo celular a integridade do material genético. Este trabalho abre novas e excitantes possibilidades no campo da biologia bacteriana. / Caulobacter crescentus belongs to the proteobacteria group and exhibts the distinctive feature of cellular differentiation after each division. This work aimed to reveal the DNA repair mechanisms in C. crescentus. We have identified 44 genes belonging to the SOS regulon through the construction of a mutant strain to its repressor. We have functionally characterized some of its genes, like CC_2272 (that encodes an endonuclease III family protein) and CC_2433. The lexA strain showed filamentous morphology, e because of that, we have tried to discover which the genetic factors responsible for this morphology were. We have also investigated the cell cycle control processes after the introduction of damages in the DNA by the UVC light, in mutant strains deficient in different repair pathways. These experiments showed us that prokaryotic cells possess mechanisms to couple the cell cycle progression to the integrity of the genetic material. This work opens new and exciting possibilities in the field of bacterial biology.
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Efeitos das mudanças climáticas na decomposição de matéria orgânica e sucessão ecológica em manguezais / Climate change effect in organic matter decay and ecological succession in mangrovesHernandez Solano, Juanita 06 November 2017 (has links)
Manguezais são ambientes costeiros que proveem diversos recursos para ecossistemas adjacentes devido à alta produtividade decorrente da decomposição de matéria orgânica e principalmente da constante ciclagem de carbono, realizada pelas comunidades microbianas presentes nos sedimentos. Desde a década de 70, com o aumento da liberação de gases pela queima de combustíveis fósseis, diversas anormalidades, como o aumento da temperatura e acidificação dos oceanos, têm sido observadas. Com base na hipótese de que as mudanças climáticas provocam alterações na diversidade microbiana associada à decomposição da matéria orgânica em sedimentos de manguezais, estimulando a liberação de Gases do Efeito Estufa (GEE), o presente estudo teve como objetivo avaliar a dinâmica da diversidade microbiana sob alteração das condições climáticas durante o processo de decomposição, correlacionando-a com a emissão de GEE. Microcosmos destrutivos contendo material orgânico proveniente das principais espécies vegetais encontradas nos manguezais do Estado de São Paulo (Rhizophora mangle, Laguncularia racemosa e Avicennia schaueriana) foram incubados em condições simulando as mudanças climáticas (aumento de temperatura e pH). Amostragens do material em decomposição (para sequenciamento da região 16S rRNA e quantificação do gene mcrA) e de gases foram coletadas durante 45 dias. As variações no tempo resultaram em impactos significativos no aumento da α diversidade e na composição da comunidade, inicialmente com maior abundância de Gammaproteobacteria para todas as espécies vegetais independente das variações nas condições climáticas. Análises do tipo PCoA evidenciaram o processo de sucessão em decorrência do tempo na β diversidade, indicando o aumento da incidência de Deltaproteobacteria ao final do processo. As emissões de GEE variaram em função da fonte de material orgânico e observou-se relação entre a emissão de metano (CH4) e a presença do gene mcrA em duas das espécies vegetais estudadas, admitindo-se que o aumento na população de Deltaproteobacteria tenha controlado sua emissão. Apesar da quantidade de estudos relacionados à decomposição de matéria orgânica, à diversidade microbiana e à emissão de gases em manguezais, poucos apresentam uma abordagem como a proposta pelo presente trabalho, que busca compreender melhor a relação entre os três processos, relacionando-os a um quarto evento, as alterações climáticas, que são um problema imanente da atualidade. / Mangrove are coastal environments that provide resources for adjacent ecosystems due to its high productivity that comes from decay of organic matter and carbon cycling, made by microbial communities in sediments. Since the increase of gas release due to fossil fuel burning in the 1970\', many abnormalities have been observed such as temperature and acidification increase. Base on the hypothesis that climate change modifies microbial diversity associate to decay of organic matter in mangrove sediments, changing the emission of Greenhouse Gases (GHG) rate, the goal of this research is to evaluate the dynamics of microbial diversity under the climate change conditions during de decay process, correlating with the emission of GHG. Destructive microcosms containing organic matter from the main plant species found in mangroves throughout the State of São Paulo, Brazil (Rhizophora mangle, Laguncularia racemosa e Avicennia schaueriana) were incubate simulating climate changes (increase in temperature and pH). Sampling of decaying material (for sequencing of 16S rRNA region and quantification of the mcrA gene) and of gasses were collected for 45 days. The variation in time resulted in important increases of α diversity impacts and in the community composition, initially with greater abundancy of Gammaproteobacteria for all plant species despite of the climate conditions variations. The PCoA analysis bespeak the chronological sequence in β diversity, indicating the increase of Deltaproteobacteria at the end of the process. The GHG emission varied in function of the organic matter source and the relation between methane (CH4) release and the presence of the mcrA gene in two of the plant species studied, if the increase in the Deltaproteobacteria population controlled its emission. Despite the great number of studies about the decay of organic matter and emission of gases in mangroves, few present an approach like this work, which aims to understand the relation between these three processes and the climate changes, a pressing problem nowadays.
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Atividade antimicrobiana de extratos e frações do cultivo in vitro de Lentinula edodes contra Xanthomonas axonopodis pv passiflorae, Guignardia citricarpa, Colletotrichum sublineolum e Tobacco mo / Antimicrobial activity of extracts and fractions from culture in vitro of Lentinula edodes against Xanthomonas axonopodis pv passiflorae, Guignardia citricarpa, Colletotrichum sublineolum and Tobacco mosaic virusGodoy, Marizete de Fátima Pimentel 29 September 2008 (has links)
Os cogumelos comestíveis contêm substâncias funcionais de interesse, tais como proteínas e glucanas, as quais apresentam potencial antimicrobiano contra bactérias, fungos e até mesmo propriedades antivirais. O objetivo deste trabalho foi identificar extratos do cultivo in vitro do micélio de Lentinula edodes com propriedades contra fitopatógenos. Duas linhagens de L. edodes foram cultivadas em pequena escala em três diferentes meios de cultivo e após 0, 20, 40 e 60 dias, o micélio e o filtrado foram extraídos com solventes de diferentes polaridades. Os extratos foram testados contra Xanthomonas axonopodis pv passiflorae e Guignardia citricarpa, para verificar as melhores condições de cultivo para a produção de compostos bioativos. Com isso, foram selecionados os meios GPL (glicose, peptona e extrato de levedura) e SML (sacarose, extrato de malte e extrato de levedura) para o cultivo em grande escala de L. edodes. Após 60 dias, o micélio foi extraído com etanol, etanol 70% e água. O filtrado foi extraído com acetato de etila através de partição líquido-líquido. Os extratos foram testados contra G. citricarpa, Colletotrichum sublineolum e o Vírus do mosaico do fumo (TMV). Os extratos etanol e etanol 70% do meio SML foram ativos in vitro contra os fungos, constatando-se através de RMNH1, a presença, nestes extratos, de possíveis açúcares ausentes no meio de cultivo. As suspensões de TMV foram inoculadas mecanicamente em Nicotiana tabacum var. TNN (hospedeira de lesão local) cultivadas em casa de vegetação, através do método da meia-folha. Somente o extrato aquoso do micélio da linhagem LE 96/17 inibiu a expressão de sintomas de lesão local pelo TMV e a taxa de inibição foi de 82% na concentração de 0,5 mg/mL. Este extrato ativo foi purificado por coluna de Sephadex, rendendo 16 frações, sendo que as frações ativas 6/7 e 8/9 reduziram a infectividade do TMV em 95,5 % e 79%, respectivamente. Os espectros de RMNH1 sugeriram que estas frações são constituídas possivelmente por peptídeos e composto aromático. Os resultados de espectrometria de massas revelaram a provável presença de compostos já descritos na literatura e que apresentam conhecida atividade antimicrobiana. Experimentos comprovaram que o extrato bruto ativo não apresentou efeito viricida e, este mesmo extrato e a subfração resultante, não induziram resistência nas plantas de fumo. / Edible mushrooms contain functional compounds, such as proteins and glucans, which exhibit antimicrobial potential against bacteria, fungi and antiviral activity. The aim of this work was to identify extracts from submerged mycelium of Lentinula edodes with antimicrobial properties against phytopathogens. Two strains of L. edodes were grown in small scale in three different culture media and after 0, 20, 40 and 60 days, the mycelium and the filtrate were extracted with solvents of different polarities. Extracts were bioassayed against Xanthomonas axonopodis pv passiflorae and Guignardia citricarpa to verify the best condition for growth to produce bioactive compounds. After this, L. edodes was grown in large scale in the selected media, GPL (glucose, peptone and yeast extract) and SML (sucrose, malt extract and yeast extract). After 60 days, the mycelium was extracted with ethanol, ethanol 70% and water. The filtrate was extracted through liquid-liquid partition with ethyl acetate. The extracts were bioassayed against G. citricarpa, Colletotrichum sublineolum and Tobacco Mosaic Virus (TMV). The ethanol and ethanol 70% extracts from medium SML were active in vitro against the fungi and it was verified through H1NMR, the possible presence of sugars in these extracts, which were absent in the culture medium. The TMV suspensions were mechanically inoculated in Nicotiana tabacum TNN (local lesion host) grown in greenhouse, through the half-leaf method. Only the mycelium aqueous extract of strain LE 96/17 inhibited the expression of symptoms of local lesions by TMV and the inhibition ratio was around 82% at 0.5 mg/mL. This active extract was purified by Sephadex column, yielding 16 fractions. Active fractions 6/7 and 8/9 reduced infectivity by 95.5 and 79%, respectively. The H1NMR spectra suggested that fractions 6/7 and 8/9 possibly have peptides and aromatic compound. The results of mass spectrometry revealed the possible presence of compounds already described in the literature and exhibiting antimicrobial activity. The experiments showed that the active crude extract did not exhibit viricidal effect and that such extract and its resulting subfraction inhibited the infectivity of TMV and did not induce resistance in tobacco plants.
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Caracterização de genes biossintéticos do antitumoral cosmomicina D. / Characterization of the biosynthetic genes of the antitumor cosmomycin D.Hernandez, Camilo Adolfo Contreras 12 July 2013 (has links)
A cosmomicina D é um policetídeo aromático da família das antraciclinas com propriedades antitumorais e antimicrobianas produzida por Streptomyces olindensis. A elucidação de genes responsáveis pela síntese desta molécula foi abordada neste trabalho com as técnicas de LDGW-PCR e PCR que permitiram amplificar fragmentos gênicos envolvidos na formação da aglicona. O cluster gênico completo foi caracterizado numa região de 43,1 kb produto do seqüenciamento do genoma, onde se agruparam funcionalmente 40 ORFs em varias categorias: síntese de aglicona, reguladores, glicosiltransferases, deoxiaçúcares, resistência e com função desconhecida. Visando obter mutantes nulos para os genes cosS e cosY foram construidos os plasmídeos pCCSII e pCCYII onde a transformação da cepa selvagem com pCCSII resulto na cepa mutante SoDS, deficiente em produção de cosmomicina. As analises dos produtos obtidos da expressão de ambos os genes mostrou um efeito na redução de cosmomicina e supressão de intermediários do complexo antitumoral. / Cosmomycin D produced by Streptomyces olindensis is an aromatic polyketide of the anthracycline family with antitumor and antimicrobial properties. The amplification of genes responsible for the molecule synthesis were approached in this study by LDGW-PCR and PCR techniques, the obtained fragments showed high similarities with genes involved in aglycon core assembly. The complete gene cluster was characterized in a genome region of 43.1 kb product of genome sequencing, containing 40 ORFs grouped functionally into different categories: aglycon synthesis, regulators, glycosyltransferases, deoxisugars, resistance and unknown function. In order to obtain null mutants for cosS and cosY genes, the plasmids pCCSII pCCYII were constructed, the transformation of the wild strain with pCCSII result in SoDS mutant, deficient in production of cosmomycin. The analyses of the obtained products from the expression of both genes showed an effect in reducing cosmomycin levels and suppression of various intermediates in the antitumor complex.
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