Submitted by Luciana Sebin (lusebin@ufscar.br) on 2016-09-26T19:33:26Z No. of bitstreams: 1 DissJPPS.pdf: 2939420 bytes, checksum: 44366c4d259a65ba75e54d36b01b8483 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:57:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissJPPS.pdf: 2939420 bytes, checksum: 44366c4d259a65ba75e54d36b01b8483 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:57:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissJPPS.pdf: 2939420 bytes, checksum: 44366c4d259a65ba75e54d36b01b8483 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-27T19:57:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissJPPS.pdf: 2939420 bytes, checksum: 44366c4d259a65ba75e54d36b01b8483 (MD5) Previous issue date: 2016-03-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Knowledge about horizontal gene transfer has been proposed even before the determination of the molecular structure of DNA. It has been experimentally shown that micro-homologies rich in adenine and cytosine mediates the integration of Trypanosoma cruzi’s kDNA minicircle, in the vertebrate genome. After human genome sequencing, the genome characterization of different organisms has been one of the main driving forces of science, providing a quantity of biological data for modern biomedical research, unprecedented in the history of science. However, even though traditional DNA mapping algorithms are highly accurate, they operate at a much lower rate than that needed for the next generation sequencers to accumulate new data. This great asymmetry between data generation and analysis capability requires the rapid evolution of mapping and reading algorithms so that this large volume of information can be worked through targeted searches. Thus, this work proposes an efficient, fast and easy way to search and locate multiple signatures of indicators that allow exogenous kDNA integration in the human genome, by creating a set of scripts for in silico analysis adapted to large files sequences. Three scripts based in R language were developed: to permute the elements (nucleic acids or amino acids codes); for search, grouping and plotting matches in genome; and for counting total matches and chromosomal window. All adenine and cytosine signatures were properly identified in the human genome, but no point more susceptible to T. cruzi kDNA integration was identified. With the obtained data, a genetic map was created, listing all matchings in each cytogenetic band, but it was not possible to identify which chromosome was more prone to mutations, since the bigger the chromosome is, the higher the quantity of matches are. / Com o sequenciamento do genoma humano e tantas outras espécies, abre-se agora uma nova janela de oportunidades analíticas. Podemos pensar em fazer buscas orientadas dentro dessa massa enorme de dados publicados em bancos de dados biológicos. Tendo isso em foco, buscamos estruturar uma forma automatizada de busca dentro do genoma humano, pela qual pudéssemos inferir sobre os sítios mais prováveis de integração de DNA exógeno. Para isso utilizamos como modelo os trabalhos que indicam que a doença de Chagas é produzida pela introgressão do kDNA de Trypanosoma cruzi no genoma hospedeiro, por meio de herança genética horizontal. Já foi demonstrado experimentalmente que micro-homologias ricas em adenina e citosina medeiam as integrações de minicírculos de kDNA do T. cruzi, no genoma de vertebrados. Deste modo, o presente trabalho propõe uma maneira eficiente, fácil e rápida para a busca e localização de múltiplas assinaturas dos sinalizadores que propiciam a introgressão do kDNA exógeno no genoma humano, através da criação de um conjunto de scripts para análises in silico, adaptados a grandes arquivos de sequências. Foram desenvolvidos três scripts, baseados na linguagem R: para permutação de elementos (ácidos nucleicos ou aminoácidos); para busca, agrupamento e plotagem das correspondências em genoma; e para contagem total de correspondências e contagem por janela cromossômica. Todas as assinaturas compostas por adenina e citosina (motivos CA’s) foram devidamente identificadas no genoma humano, porém não foi identificado nenhum ponto mais suscetível à integração do kDNA de T. cruzi. Com os dados obtidos, um mapa genético foi criado, listando as correspondências em cada banda citogenética, porém não foi possível identificar qual cromossomo possui maior propensão à mutações, já que quanto maior o cromossomo, maior é a quantidade de correspondências presentes.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-01-03T12:37:26Z No. of bitstreams: 1 DissARFKM.pdf: 5277245 bytes, checksum: eb3373a6818032ff6003ee650addae1a (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2017-01-16T17:13:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissARFKM.pdf: 5277245 bytes, checksum: eb3373a6818032ff6003ee650addae1a (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2017-01-16T17:13:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissARFKM.pdf: 5277245 bytes, checksum: eb3373a6818032ff6003ee650addae1a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-16T17:13:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissARFKM.pdf: 5277245 bytes, checksum: eb3373a6818032ff6003ee650addae1a (MD5) Previous issue date: 2016-08-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Chagas Disease is a sickness that affects the population present of Latin America and it is classified by the World Health Organization as a Neglected Tropical Diseases. Chagas disease is caused by the flagellated parasite Trypanosoma cruzi, which belong to the same family as Trypanosoma brucei and Leishmania sp., and has a complex life cycle, going from an invertebrate host to a vertebrate one. In order to survive and proliferate in these host changes, T. cruzi must adapt itself to osmotic and oxidative stresses, changes in the environmental ion composition and shifts in energy sources. To perform this adaptation, the amino acid Lproline has presented an important and essential participation that affects the protozoan life cycle, such as support of the mitochondrial metabolism, the host-cell invasion and metacyclogenesis. T. cruzi 1-Delta-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (TcP5CDH) is involved in the catabolism of proline holding a major role in its conversion by transforming pyrroline-5-carboxylate into L-glutamate (the second step of the catabolic path) and, thus, seeming to be a promising molecular target for new drug development. The amino acids sequence of PP5CDH was used for conservation analysis, secondary structure prediction, identification of functional domains, and building of tertiary structure computer models with the techniques of Molecular Modeling and Molecular Docking. The TcP5CDH (MW: 60 kDa) was expressed in a heterologous fashion in Escherichia coli, and purified with affinity and size exclusion chromatography, resulting in approximately 2 mg/L of expression. The Dynamic Light Scattering assays where carried out with the recombinant P5CDH in the concentrations of 0.5, 1.0, 1.5 e 2.0 mg/mL, and presented an apparent molecular weight of 223,4 kDa (Rh: 12,01 nm), 246,4 kDa (Rh: 12,53 nm), 310,5 kDa (Rh: 13,83 nm) e 312,0 kDa (Rh: 12,13,86 nm), respespectively. The Circular Dichroism spectroscopy was performed with 0.2 mg/mL of TcP5CDH in the presence and absence of 100 μM of NAD+, L-Glu, and its inhibitor Disulfiram, presenting a Tm of Tm 60,01 ºC, 59,76 ºC, 57,76 ºC e 58,18 ºC, showing that TcP5CDH has a more thermic stability without ligands. Also, a deconvolution was made showing that TcP5CDH has 23% of alfa-helix, 12,3% of antiparallel beta-sheetst and 12,4% parallel beta-sheets, 18,3% of turns 41,7% of disorganized structures. These results will contribute to the understanding of the pathway of L- proline in T. cruzi and the possible future development of new drugs. / A Doença de Chagas é uma enfermidade que afeta a população presente nos países da América Latina e é classificado pela Organização Mundial da Saúde como uma Doença Tropical Negligenciada. A Doença de Chagas é causada pelo parasita flagelado Trypanosoma cruzi, pertencente à mesma família dos parasitas Trypanosoma brucei e a Leishmania sp., organismo que possui um complexo ciclo de vida, passando de um hospedeiro invertebrado para um vertebrado. Para sobreviver e proliferar nessa mudança de hospedeiro, o T. cruzi precisa se adaptar a estresses oxido-redutivos e osmóticos, mudanças da composição iônica do ambiente e mudanças na fonte de energia. Para realizar essas mudanças, o aminoácido Lprolina apresenta uma importante participação que afeta o ciclo de vida do parasita como suporte no metabolismo mitocondrial, invasão de células hospedeiras e na metaciclogênese. A 1-Delta-Pyrrolina-5-Carboxilato Desidrogenase de T. cruzi (TcP5CDH) está envolvida no catabolismo da prolina tendo um papel importante na sua conversão através da transformação da pirroline-5-carboxilato em L-glutamato (a segunda etapa da via) e, assim, parece ser um alvo molecular promissor para desenvolvimento de novos fármacos. A sequência de aminoácidos da P5CDH foi utilizada para análises de conservação, predição de estruturas secundárias, identificação de domínios funcionais e modelos computacionais da estrutura terciária através da técnicas de Modelagem por Homologia e Ancoramento Molecular. A TcP5CDH (MW: 60 kDa) foi expressa de forma heteróloga em Eschericia coli, purificada por cromatografia de afinidade e cromatografia de exclusão molecular e, em seguida, concentrada, resultando em aproximadamente 2 mg/L de expressão. Os experimentos de Espalhamento Dinâmico da Luz foram realizados com a P5CDH recombinante nas concentrações de 0.5, 1.0, 1.5 e 2.0 mg/mL e apresentaram uma massa molecular aparente de 223,4 kDa (Rh: 12,01 nm), 246,4 kDa (Rh: 12,53 nm), 310,5 kDa (Rh: 13,83 nm) e 312,0 kDa (Rh: 12,13,86 nm), respectivamente. A Espectroscopia de Dicroísmo Circular foi realizado utilizando 0,2 mg/mL da TcP5CDH e com a proteína na presença de 100 μM de NAD+, L-Glu e do inibidor Dissulfiram, apresentando uma Tm 60,01 ºC, 59,76 ºC, 57,76 ºC e 58,18 ºC, respectivamente. Além disso, uma deconvolução foi realizada mostrando que a TcP5CDH possui 23% de alfa-hélices, 12,3% de folhas-beta antiparalelas, 12.4% de folhas-beta paralelas, 18,3% de voltas e 41,7% de regiões desorganizadas Estes resultados irão contribuir no entendimento da via da L-prolina em T. cruzi e no possível desenvolvimento futuro de novos fármacos.

Submitted by Carlos Augusto Rolim da Silva Junior (carlos_jrolim@hotmail.com) on 2016-03-08T16:31:38Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3636595 bytes, checksum: 9bfe0585b173a3a85bd2f365a0090726 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-08T16:31:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3636595 bytes, checksum: 9bfe0585b173a3a85bd2f365a0090726 (MD5) Previous issue date: 2015-10-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / First, this study evaluated the risk imposed by Triatoma triatoma in the Chagasic epidemiology in distinct rural sites in Paraíba (PB; Cajazeiras, São José de Espinharas, Condado, Santa Teresinha and São Mamede) and Rio Grande do Norte (RN; Caicó and Currais Novos) with the use of entomological indicators. The rate of natural infection by T. cruzi and the parasite diversity, according to the two major lineages (TCI e TCII) were also evaluated via molecular techniques. With the field information, the compositional age structure of natural T. brasiliensis populations was also characterized. A total of 3,021 triatomines were captured, with a notable prevalence of T. brasiliensis (80%), followed by T. pseudomaculata (16%) and T. petrochii (4%). Overall, the domestic colonization was low and most of collected insects were peridomestic, which minimizes the risks of T. cruzi transmission. Even though Condado had exhibited the highest indexes of domiciliary infestation (50%) and colonization (40%), these indexes were followed by null natural infection by T. cruzi and low triatomine density (10.1 insects/house). Contrarialy, for Currais Novos there were hight triatomine density (37%) and colonization (37%), as well as natural infection by T. cruzi (mean 24.4%), suggesting it is the most exposed municipality to T. cruzi human infection. The observed variation in natural infection by T. cruzi in domiciliary unities is probably associated to ecotope structures, as in PB municipalities insects are found in chicken crops whereas in Currais Novos (RN) rock, cobblestone and branch piles are infested as much by T. brasiliensis as they are by sylvatic Caviidae mammals (Galea spixx and Kerodon rupestris). The lower (mean 3.4%) natural infection prevalence for T. cruzi in wild natural populations of T. brasiliensis in spots of PB if compared to those sampled in RN (mean 51.8%) is probably associated with environmental degradation of natural habitats observed in the first. Molecular techniques pointed out the two major parasite lineages of T. cruzi co-occurring in peridomiciles and also in sylvatic environments. From September to December it is observed a higher incidence of adults in the sylvatic environments, if compared to field work of March and studies surveyed from literature. It alerts for the possibility of a higher incidence of domiciliary invasions of winged forms of T. brasiliensis during the last months of the year. / Em uma primeira etapa, este estudo avaliou os riscos impostos por Triatoma brasiliensis na epidemiologia Chagásica em distintos pontos rurais de municípios da Paraíba (PB; Cajazeiras, São José de Espinharas, Condado, Santa Teresinha e São Mamede) e Rio Grande do Norte (RN; Caicó e Currais Novos) com a aplicação de indicadores entomológicos. O índice de infecção natural e a diversidade do parasita Trypanosoma cruzi de acordo com as duas principais linhagens (TCI e TCII) foram também avaliados por técnicas moleculares. Com as informações de campo, a estrutura composicional etária de populações de T. brasiliensis foi caracterizada. Um total de 3.021 triatomíneos foi capturado, com uma destacada prevalência de T. brasiliensis (80%), seguido por T. pseudomaculata (16%) e T. petrochii (4%). A colonização domiciliar foi baixa em todos os pontos investigados, sendo os insetos predominantemente peridomiciliares, o que minimiza os riscos de transmissão de T. cruzi. Embora Condado tenha apresentado os mais altos índices de infestação (50%) e colonização (40%) domiciliar, estes foram acompanhados por índices nulos de infeção natural e de baixa densidade triatomínica (10,1 insetos/casa). Já em Currais Novos houve a mais alta densidade triatomínica (41,1 insetos/casa) e valores também altos de infestação (37%) e colonização domiciliar (37%), bem como de infecção natural (média de 24,4%), indicando que este município apresenta o mais alto risco de transmissão de T. cruzi a humanos. A variação nos índices de infecção natural por T. cruzi em unidades domiciliares está possivelmente associada à estrutura ecotípica, pois nos municípios da PB os insetos peridomiciliares são encontrados principalmente em galinheiros ao passo que em Currais Novos (RN) os amontoados de pedras, paralelepípedos e galhos no peridomicílio estão infestados tanto por T. brasiliensis, quanto por roedores silvestres da família Caviidae (Galea spixx e Kerodon rupestris). A mais baixa prevalência de infecção por T. cruzi em populações silvestres de T. brasiliensis nos pontos de PB (média de 3,4%) se comparado aos pontos amostrados do RN (média de 51,8%) está possivelmente associada à degradação ambiental observada na Paraíba. Técnicas moleculares apontaram a presença das duas linhagens do parasita coabitando tanto no peridomicílio quanto no ambiente silvestre. De setembro a dezembro foi observada maior incidência de adultos nos ambientes silvestres, em relação às coletas de março e aos trabalhos encontrados na literatura. Estes resultados alertam para a possibilidade de uma maior incidência de invasões domiciliares pelas formas alares de T. brasiliensis nos últimos meses do ano.

Submitted by ERIKA ALESSANDRA PELLISON NUNES DA COSTA null (eapellison@uol.com.br) on 2016-06-10T17:43:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Erika Corrigida definitiva..pdf: 896537 bytes, checksum: 3c11d0bcea7fce8a55fe750790e0c7c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-06-15T17:37:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_eapn_me_bot.pdf: 896537 bytes, checksum: 3c11d0bcea7fce8a55fe750790e0c7c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-15T17:37:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_eapn_me_bot.pdf: 896537 bytes, checksum: 3c11d0bcea7fce8a55fe750790e0c7c0 (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / A Hipertensão Arterial Pulmonar (HAP) é caracterizada pela elevação sustentada da pressão arterial nos capilares pulmonares, com vasoconstrição e remodelação vascular local. A HAP é definida hemodinamicamente através de valores da pressão arterial pulmonar média em repouso ≥ 25 mmHg, com pressão arterial capilar ≤ 15mmHg e resistência vascular pulmonar > 3 unidades de wood. A HAP é considerada como doença rara, cujos estudos epidemiológicos europeus descrevem a incidência de 1 a 2 casos e prevalência de 15 casos de HAP por milhão de habitantes, com predomínio do sexo feminino, na razão de 1,7: 1,0 e média de idade de 37 anos. Objetivo: Determinar a prevalência de Hipertensão Arterial Pulmonar e o possível impacto clínico em pacientes com a forma crônica indeterminada da Doença de Chagas. Estudo transversal e observacional, onde foram incluídos 99 pacientes com a Forma Crônica Indeterminada da Doença de Chagas e 08 controles com ausência da doença. Houve exclusão de doenças prévias que pudessem ocasionar HP. Três grupos foram formados: G1 (controle), G2 (Chagas) e G3 (Chagas com suspeita de HP), através de critérios clínicos e da realização de ecocardiograma.Os indivíduos foram classificados de acordo com a Classe Funcional(NYHA) modificada para HP e submetidos à Espirometria, Teste de Caminhada de Seis Minutos, Dosagem de Óxido Nítrico (NO) .Predominaram gênero masculino, com idade de 55,62 ± 8,71 anos, Classe Funcional de NYHA :I-II (93,45%) e Espirometrias normais: 88 (82,24%). A dosagem de NO foi estatisticamente significante p<0,05 ao compararmos os indivíduos com Chagas ao Grupo Controle. Pacientes com suspeita de Hipertensão Pulmonar (HP) detectada no ecocardiograma com Pressão Sistólica Artéria Pulmonar (PSAP)>40mmHg, foram submetidos ao Cateterismo Cardíaco Direito e resultou em prevalência de HAP: 1,01% . O indivíduo com HAP tem 48 anos e sexo feminino, compatível com a literatura. A biodisponibilidade elevada dos níveis de NO esteve presente nos pacientes com Chagas com ou sem sintomas de HP. Os dados presentes no estudo reforçam a hipótese de que pacientes com a Forma Crônica Indeterminada da Doença de Chagas sofrem com sobrecarga de volume intravascular associada a processo inflamatório intenso com provável evolução para comprometimento cardíaco. / Pulmonary Arterial hypertension (PAH) is characterized by sustained elevation of arterial pressure in pulmonary capillaries, with vasoconstriction and local vascular remodeling. PAH is defined hemodynamically by mean values of Pulmonary Arterial Pressure in repose ≥ 25 mmHg, capillary arterial pressure ≤ 15mmHg and pulmonary vascular resistance (PVR) >240 dynes/sec/cm-5. PAH is considered a rare disease, with European incidence of 1 to 2 cases and prevalence of 15 cases per million inhabitants, with predominance of females, at a 1.7-to-1.0 ratio, and mean age of 37 years. Objective: determine the prevalence of PAH and its clinical impact on patients with the indeterminate chronic form of Chagas Disease. Observational and transversal study of 99 patients with indeterminate chronic form of Chagas Disease (CD) and 08 control individuals without the disease. Patients with previous pathologies that could provoke Pulmonary Hypertension (PH) were excluded. After realization of echocardiographic exams three groups were formed: G1: control, G2: Chagas and G3: Chagas with suspicion of PH. The individuals were classified according to the Functional Class of the New York Heart Association (NYHA), and submitted to Spirometry, Six-Minute Walking Test and Serum Dosing of Nitric Oxide (NO). This was a predominantly male (54.20%), middle-aged (mean 55.62 ± 8.71 years) cohort of NYHA Functional Class I-II (93.45%) and normal Spirometries (82.24%). During echocardiograph, patients that presented Pulmonary Artery Systolic Pressure (PASP)>40mmHg were considered to have suspicion of PH and submitted to right cardiac catheterization, resulting in PAH prevalence of 1.01%. The patient with PAH is female, aged 48 years, and presents studied variables compatible with the literature. Elevated NO bioavailability was present in patients with Chagas with or without PH symptoms. The findings of the present study reinforce the hypothesis that patients with the indeterminate chronic form of CD suffer from an overload of intravascular volume associated with an intense inflammatory process with probable evolution to cardiac impairment.

Orientador: Hugo Hyung Bok Yoo / Resumo: A Hipertensão Arterial Pulmonar (HAP) é caracterizada pela elevação sustentada da pressão arterial nos capilares pulmonares, com vasoconstrição e remodelação vascular local. A HAP é definida hemodinamicamente através de valores da pressão arterial pulmonar média em repouso ≥ 25 mmHg, com pressão arterial capilar ≤ 15mmHg e resistência vascular pulmonar > 3 unidades de wood. A HAP é considerada como doença rara, cujos estudos epidemiológicos europeus descrevem a incidência de 1 a 2 casos e prevalência de 15 casos de HAP por milhão de habitantes, com predomínio do sexo feminino, na razão de 1,7: 1,0 e média de idade de 37 anos. Objetivo: Determinar a prevalência de Hipertensão Arterial Pulmonar e o possível impacto clínico em pacientes com a forma crônica indeterminada da Doença de Chagas. Estudo transversal e observacional, onde foram incluídos 99 pacientes com a Forma Crônica Indeterminada da Doença de Chagas e 08 controles com ausência da doença. Houve exclusão de doenças prévias que pudessem ocasionar HP. Três grupos foram formados: G1 (controle), G2 (Chagas) e G3 (Chagas com suspeita de HP), através de critérios clínicos e da realização de ecocardiograma.Os indivíduos foram classificados de acordo com a Classe Funcional(NYHA) modificada para HP e submetidos à Espirometria, Teste de Caminhada de Seis Minutos, Dosagem de Óxido Nítrico (NO) .Predominaram gênero masculino, com idade de 55,62 ± 8,71 anos, Classe Funcional de NYHA :I-II (93,45%) e Espirometrias normais: 88 (82,2... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Pulmonary Arterial hypertension (PAH) is characterized by sustained elevation of arterial pressure in pulmonary capillaries, with vasoconstriction and local vascular remodeling. PAH is defined hemodynamically by mean values of Pulmonary Arterial Pressure in repose ≥ 25 mmHg, capillary arterial pressure ≤ 15mmHg and pulmonary vascular resistance (PVR) >240 dynes/sec/cm-5. PAH is considered a rare disease, with European incidence of 1 to 2 cases and prevalence of 15 cases per million inhabitants, with predominance of females, at a 1.7-to-1.0 ratio, and mean age of 37 years. Objective: determine the prevalence of PAH and its clinical impact on patients with the indeterminate chronic form of Chagas Disease. Observational and transversal study of 99 patients with indeterminate chronic form of Chagas Disease (CD) and 08 control individuals without the disease. Patients with previous pathologies that could provoke Pulmonary Hypertension (PH) were excluded. After realization of echocardiographic exams three groups were formed: G1: control, G2: Chagas and G3: Chagas with suspicion of PH. The individuals were classified according to the Functional Class of the New York Heart Association (NYHA), and submitted to Spirometry, Six-Minute Walking Test and Serum Dosing of Nitric Oxide (NO). This was a predominantly male (54.20%), middle-aged (mean 55.62 ± 8.71 years) cohort of NYHA Functional Class I-II (93.45%) and normal Spirometries (82.24%). During echocardiograph, patients that presente... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:16:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GeorgesWSO_DISSERT.pdf: 1009426 bytes, checksum: 8893e2a5a8e365ecfa26bba101b66dcf (MD5) Previous issue date: 2010-08-31 / INTRODUCTION: Cardiac and pulmonary manifestations of the Chagas disease (CD) affect between 20-30% of the infected subjects. The chronic Chagas cardiomyopathy (CCC) has some peculiarities such as arrhythmias and, especially heart failure (HF) and is potentially lethal due to left ventricular dysfunction. How respiratory disorders, patients get progressive loss of functional capacity, which contributes to a poor quality of life related to disease. Measurements of lung volume by the movement of the chest wall surface are an alternative evaluation of lung function and kinematics of complex thoracoabdominal for these patients. OBJECTIVE: evaluate the kinematics of the thoracoabdominal complex through the regional pulmonary volumes and to correlate with functional evaluation of the cardiorrespiratory system in patients with Chagas disease at rest. MATERIALS AND METHODS: a cross-section study with 42 subjects had been divided in 3 groups, 15 composed for patients with CCC, 12 patients with HF of different etiologies and 15 healthful presented control group. An optoelectronic plethysmography (POE), Minnesota questionnaire, six minute walk test, spirometer and manovacuometer was used. RESULTS: It was observed in the 6MWT where group CRL presented greater distance 464,93?44,63m versus Group HF with 399,58? 32,1m (p=0,005) and group CCC 404?68,24m (p=0,015), both the groups presented difference statistics with regard to Group CRL. In the manovacuometer 54,59?19,98; of the group CCC and 42,11?13,52 of group IC found group CRL presented 81,31?15,25 of the predicted versus, presenting in relation to group CRL. In the POE it observed a major contribution in abdominal compartment in patients with IC if compared like CCC and control groups. On the basis of the questionnaire of quality of life of Minessota, verified a low one groups CCC and IC 43,2?15,2 and 44,4?13,1, respectively (p<0,05) when compared with the control group (19,6?17,31). CONCLUSION: it seems that the patients with CCC possess same functional and respiratory characteristics, observed for the POE, 6MWT, manovacuometer and spirometer to the patients of group HF, being able to consider similar interventions for this complementary group as therapeutical of this neglected disease / INTRODU??O: As manifesta??es pulmonares e card?acas da Doen?a de Chagas (DC) afetam entre 20 a 30% dos indiv?duos infectados. A Cardiomiopatia Chag?sica Cr?nica (CCC) possui algumas particularidades tais como arritmias e, principalmente a Insufici?ncia Card?aca (IC), sendo potencialmente letal devido a disfun??o ventricular esquerda. Como altera??es respirat?rias, os pacientes adquirem progressivo preju?zo da capacidade funcional, o que contribui para uma pobre qualidade de vida relacionada ? doen?a. As medidas dos volumes pulmonares atrav?s do movimento da superf?cie caixa tor?cica surgem como alternativa de avalia??o da fun??o pulmonar e da cinem?tica do complexo t?raco-abdominal para estes pacientes. OBJETIVO: analisar a cinem?tica do complexo t?raco-abdominal atrav?s dos volumes pulmonares regionais e correlacionar com avalia??o funcional do sistema cardiorrespirat?rio em pacientes com Doen?a de Chagas durante o repouso. MATERIAIS E M?TODOS: estudo transversal com 42 sujeitos que foram alocados em 3 grupos, sendo 15 composta por pacientes com CCC, 12 pacientes com IC de diferentes etiologias e 15 idosos saud?veis. Foi utilizado um pletism?grafo opto eletr?nico (POE), question?rio de Minessota, teste de caminhada 6 minutos, espirometria e manovacuometria. RESULTADOS: Observou-se no TC6min onde o grupo idosos apresentou maior dist?ncia percorrida 464,93?44,63m vs Grupo IC com 399,58? 32,1m (p=0,005) e grupo CCC 404?68,24m (p=0,015), ambos os grupos apresentam diferen?a estat?stica com rela??o ao Grupo Idosos. Na manovacuometria o grupo idosos apresentou 81,31%?15,25 do predito vs 54,59%?19,98 do grupo CCC e 42,11%?13,52 do grupo IC, apresentando (p<0,05) em rela??o ao grupo Idosos. Na POE observou-se uma maior contribui??o do compartimento abdominal no grupo IC o que n?o aconteceu com os grupos CCC e controle. Com base no question?rio de qualidade de vida de Minessota, verificou-se um baixo escore nos grupos CCC e IC 43,2?15,2 e 44,4?13,1, respectivamente (p<0,05) quando comparados ao grupo controle (19,6?17,31). CONCLUS?O: os dados sugerem que os pacientes com CCC possuem mesmas caracter?sticas funcionais e respirat?rias, observadas pela POE, TC6min, manovacuometria e espirometria aos pacientes do grupo IC, a capacidade funcional apresentou-se diminu?da, podendo considerar interven??es semelhantes para esse grupo como terap?utica complementar dessa doen?a negligenciada

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A forma digestiva decorrente da doença de Chagas é uma das principais causas de morbidade e mortalidade na fase crônica da doença. Pacientes portadores da forma digestiva apresentam uma série de sintomas relacionados à obstrução do órgão. No megacólon, os órgãos exibem grande aumento do lúmen e hipertrofia da camada muscular. Análises histológicas dos órgãos afetados têm demonstrado lesões inflamatórias do sistema nervoso entérico (SNE), associadas com uma grande redução no número de neurônios. Embora o mecanismo de lesão neuronal continue obscuro, a frequente observação de ganglionite e periganglionite em pacientes com megacólon aponta para a participação de células do sistema imune nesse processo. Indivíduos não portadores de megacólon também apresentaram processos de denervação e inflamação, porém menos intensas em relação aos portadores de megacólon. Conhecendo que a inter-relação entre o SNE e o sistema imune é muito rica, é de extrema importância compreender os mecanismos que atuam em comum entre estes dois sistemas, o que pode elucidar e mostrar novos caminhos para o controle efetivo de doenças que afligem o trato gastrintestinal. Dados preliminares de nossos estudos utilizando a proteína GAP-43, marcador de regeneração neuronal, sugerem que esse processo de plasticidade neuronal esteja ocorrendo no cólon de pacientes portadores da infecção crônica. A hipótese é que o desenvolvimento do megacólon chagásico esteja intimamente relacionado com a expressão de neurotrofinas, substâncias capazes de estimular o processo de regeneração neuronal. A partir desses dados uma nova linha investigativa abriu-se no estudo da patologia do megacólon chagásico. Para a compreensão do desenvolvimento dessa patologia, avaliamos o grau de destruição das diferentes classes neuronais, a taxa de regeneração e as substâncias envolvidas com as mesmas, sendo essa a hipótese norteadora da dissertação aqui apresentada. / Patients with the digestive form of Chagas' disease exhibit a number of symptoms related to obstruction of the organ. Histological analysis of affected organs have demonstrated inflammatory lesions of the enteric nervous system (ENS), associated with a large reduction in the number of neurons caused, mainly, by inflammatory process. However, previous studies presented that some substances, like neurotrophins, may restrict neuronal destruction levels. The objective of this study is to characterize the neurotrophins expression in tissues from chagasic patients with chagasic megacolon and verify its involvement in megacolon development. For this, we used samples from chagasic patients with megacolon (n=8) and non-infected individuals (n=8) that, after preparation, were submitted to confocal fluorescence immunohistochemistry. To identify the sources and expression level of neurotrophins (NGF, GDNF and NT3), we performed a co-localization with Peripherin (neuronal marker) and S-100 (glial cell marker). Our results presented that, in the colon, the glial cells are the main sources of neurotrophins in all analyzed groups. Besides, chagasic patients with megacolon presented high expression of all investigated neurotrophins when compared with non-infected individuals. Our data point that neurotrophins might perform a protective role in the enteric nervous system and that prevent the megacolon installation. By the other side, chagasic patients that do not express an adequate level of neurotrophins may progress to megacolon form. We believe that this data can suggest new treatment protocols, like drugs administration qualified to elevate neurotrophins levels, what could prevent the megacolon installation and maintain the normal function of the gastrointestinal tract. / Dissertação (Mestrado)

A insuficiência cardíaca é uma síndrome clínica de alta morbimortalidade e em uma parcela expressiva de casos, sem etiologia definida, o papel de agentes infecciosos tem sido considerado. No entanto, muitas dúvidas existem neste contexto, além de incipiente participação da população nacional em estudos sobre o tema. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência de agentes infecciosos pré-estabelecidos e de inflamação, em fragmentos de biopsia endomiocárdica de pacientes com miocardiopatia dilatada idiopática e miocardiopatias de outras etiologias específicas, em comparação a grupo controle sem evidência de cardiopatia. Entre julho de 2008 e agosto de 2011 foram estudados fragmentos de biopsia endomiocárdica de pacientes internados com miocardiopatia dilatada idiopática em avaliação para transplante cardíaco, doadores e corações explantados de diferentes miocardiopatias. Foram definidos 2 grupos: doadores (29 casos) e miocardiopatas (55 casos, incluindo, 32 idiopáticos, 9 chagásicos, 6 isquêmicos e 8 de outras etiologias específicas). Observamos que a inflamação por linfócitos T foi mais intensa nos miocardiopatas em relação aos doadores, não havendo diferença em relação à presença de macrófagos, expressão de HLA de classe II e de ICAM-I. Quando se comparou por etiologia, a inflamação na doença de Chagas foi preponderante. A pesquisa de microorganismos por imunohistoquímica demonstrou uma maior expressão de antígenos de enterovírus nos doadores, de borrelia e das hepatites B e C nos miocardiopatas. Por biologia molecular, em todos os grupos, a positividade para os microorganismos foi elevada, incluindo co-infecções, havendo uma maior positividade de adenovírus e HHV6 nos doadores em relação aos miocardiopatas. Os parâmetros de inflamação não se correlacionaram à presença de microorganismos, quer seja por imunohistoquímica ou por biologia molecular. Que seja do nosso conhecimento, este estudo foi pioneiro ao demonstrar a presença de vírus em tecido cardíaco de miocardiopatia chagásica e aumento da expressão de HLA de classe II, ICAM-I e do número de macrófagos em fragmentos de biopsia endomiocárdica de doadores, tal como nas miocardiopatias. Assim, podemos concluir que a presença de agentes infecciosos e inflamação no miocárdio de pacientes com miocardiopatia dilatada idiopática é frequente, e da mesma forma, em doadores de transplante cardíaco e miocardiopatias de outras etiologias. Com base em nosso estudo, a relação causal entre a presença de agentes infecciosos no tecido cardíaco e o desenvolvimento de miocardiopatia é controversa. Novos estudos envolvendo a quantificação de cópias de microorganismos, utilização de diferentes técnicas simultaneamente, sequenciamento de cepas patogênicas, simbiose entre agentes e o hospedeiro, produção de autoanticorpos mediada por microorganismos e predisposição genética do hospedeiro devem ser realizados visando estabelecer o real papel de agentes infecciosos no desenvolvimento das miocardiopatias / Heart failure is a clinical syndrome with high morbidity and mortality. In a significant portion of cases of unknown etiology, the role of infectious agents has been considered. However, there are many pitfalls in this context and incipient studies including national population. The aim of this study was to determine the frequency of predetermined infectious agents and inflammation in endomyocardial biopsy specimens from patients with idiopathic dilated cardiomyopathy and other specific etiologies, compared to the control group without heart disease. Between July 2008 and August 2011 were studied endomyocardial biopsy specimens from hospitalized patients with idiopathic dilated cardiomyopathy undergoing evaluation for heart transplantation, donors and explanted hearts from different cardiomyopathies. 2 groups were defined: donors (29 cases) and cardiomyopathy (55 cases, including 32 idiopathic, 9 chagasic, 6 ischemic and 8 other specific etiologies). We observed that inflammation by T lymphocytes was more intense in cardiomyopathy in relation to donors and no difference regarding the presence of macrophages, expression of class II HLA and ICAM-I. When comparing by etiology, inflammation in Chagas\' disease was predominant. The search of microorganisms by immunohistochemistry showed a higher expression of antigens of enteroviruses in donors, borrelia, hepatitis B and C in cardiomyopathy. In molecular biology, in all groups, the positivity was elevated to microorganisms, including co-infection, with a higher positivity to adenovirus and HHV6 in donors towards cardiomyopathy. The parameters of inflammation did not correlate with the presence of microorganisms, either by immunohistochemistry or by molecular biology. To our knowledge, this study was pioneer demonstrating the presence of virus in the heart tissue of chagasic cardiomyopathy and increased expression of class II HLA, ICAM-I and macrophages in endomyocardial biopsy specimens from donors, as in cardiomyopathies. Thus, we can conclude that the presence of infectious agents and inflammation in the myocardium of patients with idiopathic dilated cardiomyopathy is frequent, and similarly in heart transplant donors and cardiomyopathies of other etiologies. Based on our study, the causal relationship between the presence of infectious agents in cardiac tissue and the development of cardiomyopathy is controversial. Further studies involving the quantification of copies of microorganisms, simultaneous use of different techniques, sequencing of pathogenic strains, symbiosis between agents and the host, mediated autoantibody production by microorganisms and genetic predisposition of the host must be performed in order to determine the real role of infectious agents in the pathogenesis of cardiomyopathies

As interações hiperfinas são uma ótima ferramenta para estudar um sítio específico e obter informações importantes sobre o sistema. No presente trabalho analisamos de forma teórica as propriedades eletrônicas, estruturais e hiper nas do Cádmio (Cd) ligado às bases nitrogenadas do DNA. A motivação surgiu da colaboração com o grupo do prof. Artur W. Carbonari do Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN) e que tem como objetivo investigar o DNA e anticorpos de linhagens de camundongos infectados pela cepa Y de Trypanosoma cruzi, protozoário causador da doença de Chagas. A técnica Time Differential Perturbed Angular Correlation (TDPAC) foi utilizada para obter as medidas das interações hiperfinas do DNA. O núcleo de prova das medidas foi o 111Cd. Utilizamos uma abordagem quântica ab initio all-electron, dentro da Teoria do Funcional da Densidade (DFT), através do código computacional CP-PAW que combina o método Projector Augmented Wave (PAW) e a dinâmica molecular quântica de Car-Parrinello (CPMD). Ressaltamos que, até o presente momento, nenhum estudo com esta abordagem teórica e com este código computacional foi realizado para investigar as propriedades hiper nas do Cd ligado as bases nitrogenadas do DNA. / The Hyperfine interactions are good tools to study speci c sites and obtain important information about a given system. In this work we study electronic, structural and hyper ne properties of the Cadmium (Cd) coordinated to the DNA nitrogenous bases. The motivation for this study arose from a collaboration with the group of prof. Arthur W. Carbonari at the Institute of Energy and Nuclear Research (IPEN), which aims to investigate DNA and antibodies to strains of mice infected with the Trypanosoma cruzi, the protozoan that causes Chagas disease. The Time Differential Perturbed Angular Correlation (TDPAC) technique was used to obtain hypefine interactions measurements at a Cd probe bonded to DNA. We use ab initio all-electron calculations, within the Density Functional Theory (DFT) and we use the computer code CP-PAW that combines the Projector Augmented Wave (PAW) method and the Car-Parrinello (CP) quantum molecular dynamics approach to. We emphasize that, until now, no study with this theorectical approach and with this computer code was conducted to investigate the hyper ne properties of the Cd binding to the DNA bases.

A doença de Chagas é caracterizada por um amplo espectro de manifestações clínicas, que vão desde a ausência de sintomas à doença grave com comprometimento cardíaco e/ou digestivo. A influência do parasito, Trypanosoma cruzi (T. cruzi), agente etiológico da doença, nessas apresentações clínicas têm sido largamente estudada, não se tendo demonstrado o papel da diversidade genética de populações de T. cruzi na determinação das diferentes formas clínicas em humanos. Este trabalho teve como objetivos: a) geral: analisar as características moleculares de T. cruzi em pacientes com doença de Chagas com e sem imunodepressão (infecção por HIV e transplante de órgãos com e sem reativação); b) específicos: 1. Analisar comparativamente isolados do parasito quanto à distribuição em DTU; 2. Relacionar os resultados obtidos pela análise molecular do gene ND7 com a forma clínica e origem; 3. Avaliar por LSSP-PCR a variabilidade da sequência do kDNA de T. cruzi diretamente de amostras biológicas assim como em isolados de T. cruzi obtidos pelos exames de hemocultura/xenodiagnóstico; 4. Comparar os padrões polimórficos obtidos por LSSP-PCR em amostras repetidas de um mesmo paciente no mesmo sítio ou distintos sítios biológicos. Foram incluídos, após aprovação do protocolo na CAPPesq e mediante assinatura de TCLE, 106 pacientes com doença de Chagas crônica ou com imunossupressão, provenientes dos ambulatórios e enfermarias do HCFMUSP, além de 75 indivíduos controle, com provas sorológicas e moleculares negativas. Foram analisadas 187 amostras isoladas de hemocultura/xenodiagnóstico e 236 diretamente de amostras sanguíneas de pacientes. Os seguintes grupos foram constituídos: Agudo-AG, Crônico-CR, Crônico Imunodeprimido-CRI (doenças autoimunes/neoplasias), Coinfecção-CO (infecção por HIV/T.cruzi), Coinfecção-CO/RE (infecção por HIV/T.cruzi e reativação da doença de Chagas), Transplantado-TX, Transplantado-TX/RE (Transplantado com reativação da doença de Chagas). Foram identificados DTU TcI, TcV, TcVI e em maior número TcII, por ensaios de tipagem molecular do parasito, com distribuição estatisticamente significantemente de acordo com a naturalidade dos pacientes (P=0,013). Quanto ao gene ND7, observou-se que a banda de ~900 bp ocorreu em 83,0% das amostras das regiões norte, nordeste, centro-oeste e Bolívia e a de ~400pb em 54% das amostras nas regiões sul e sudeste brasileiras sendo esta diferença estatisticamente significante (P < 0,001). A comparação dos perfis observados por LSSP-PCR a partir de amostras extraídas diretamente do sangue e de isolados obtidos de hemocultura/xenodiagnóstico mostrou maior variabilidade em amostras sanguíneas, confirmada pelo dendrograma. Adicionalmente, o estudo de amostras repetidas do mesmo paciente permitiu confirmar a maior variabilidade nas amostras diretamente extraídas do sangue, com mudança dos padrões durante e após o tratamento com reaparecimento de perfis antigos não presentes no período prétratamento imediato, além de presença de perfis diferentes em distintos sítios biológicos do mesmo paciente. O encontro de DTU diferentes de TcII nos grupos CR/CRI e AG enfatiza a necessidade de atentar para a diferença em limiares de reatividade segundo DTU na análise da parasitemia por PCRq (quantitativa), conforme registrado na literatura. Os dados observados por LSSP-PCR acrescentam informações adicionais não revelados por tipagem molecular, representando novos desafios para o entendimento da relação hospedeiro-parasito em pacientes com doença de Chagas sem e com imunossupressão, ao lado de fatores como nível de parasitemia e pressão seletiva de medicamentos antiparasitários e imunossupressores / Chagas\' disease is characterized by a broad spectrum of clinical manifestations, ranging from asymptomatic cases to severe cardiovascular and/or gastrointestinal involvement. The clinical presentations are thought to be determined primarily by genetic diversity of populations of Trypanosoma cruzi (T. cruzi), but no correlation was clearly demonstrated yet. This study aimed to: a) general: to analyze the molecular characteristics of T. cruzi in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression (HIV infection and organ transplantation with or without reactivation); b) specifics: 1.To analyze comparatively isolates from the parasite as for the distribution in DTU; 2. To describe the results obtained by molecular analysis of gene ND7 in relationship with the clinical form and origin; 3. To assess by LSSP-PCR the variability of the sequence of the T. cruzi kDNA directly from biological samples, as well as in T. cruzi isolates obtained by examination of blood culture/xenodiagnosis; 4. To compare the polymorphic patterns obtained by LSSP-PCR in repeated samples of the same patient on the same site or different biological sites. After approval of the protocol in CAPPesq and by signing an informed consent, 106 patients with chronic Chagas disease or immunosuppression, from the HCFMUSP\'s clinics and wards, and 75 control subjects with negative serological and molecular tests were included. They were analyzed 187 isolated samples from blood culture/xenodiagnosis and 236 directly from blood samples of patients. The following groups were formed: Acute-AC, Chronic-CR, Chronic immunocompromised-CRI (autoimmune diseases/ neoplasms), Coinfection-CO (HIV/T. cruzi infection), Coinfection-CO/RE (HIV/T. cruzi and reactivation of Chagas disease), Transplantation-TX, Transplantation-TX/RE (Transplantation/ with reactivation of Chagas\' disease). DTU TcI, TcV, TcVI and higher TcII number were identified for molecular typing assays of the parasite and the distribution of DTU was statistically significant according to patient´s naturality (P=0.013). As for ND7 gene, was observed that the band of ~ 900 bp was prevalent in 83% of the samples in the North, Northeast, Midwest regions and Bolivia and the band of ~400bp occurred in 54% of the samples of Brazilian\' South and Southeast regions, this distribution was statistically significant (P < 0.001). The comparison between the profiles observed by LSSP-PCR from samples taken directly from blood and isolates obtained from blood culture/xenodiagnosis showed greater variability in blood samples, confirmed by dendrogram. Additionally, the study of repeated samples from the same patient allowed to confirm the greater variability in blood samples taken directly, with changing patterns during and after the treatment with reappearance of old profiles not present in the immediate pre-treatment period, and the presence of different profiles at different biological sites in the same patient. The presence of other DTUs than TcII in chronic and chronic immunosuppressed patients and AC groups emphasizes the need to pay attention to the different reactivity thresholds for the various DTU in the analysis of parasitaemia by PCRq (quantitative), according to the data registered in the literature. The results observed by LSSP-PCR add further information not revealed by molecular typing, representing new challenges for the understanding of the host-parasite relationship in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression, alongside factors such as level of parasitaemia and selective pressure of antiparasitic drugs and immunosuppressive