Les LPSNC représentent une localisation rare des lymphomes B diffus à grandes cellules (LBDGC), d’immunophénotype post-GC, dont la tumorigenèse reste mal connue.Notre objectif était de caractériser les altérations moléculaires des LPSNC à l’aide de techniques d’analyse haut débit.Notre projet a montré comme principaux résultats : 1/ la haute fréquence de mutations touchant des gènes impliqués dans la voie de signalisation BCR/TLR/NF-κB, en particulier MYD88, CD79B et TBL1XR1 ; 2/ des déséquilibres chromosomiques récurrents, en particulier la perte du 6q22 et du 6p (locus HLA) ; 3/ des mutations du promoteur de TERT et 4/ des transcrits de fusions ETV6-IGH.Plusieurs altérations semblent être des biomarqueurs pronostiques (i.e perte du 6q22 et délétions homozygotes de CDKN2A), prédictifs de réponse au traitement ou des cibles prometteuses pour des thérapies innovantes.En conclusion, il existe une grande similitude entre le profil moléculaire des LPSNC et celui des LBDGC extra-cérébraux avec néanmoins quelques spécificités. Les LPSNC peuvent résulter d’une tumorigenèse propre mais aussi de son microenvironnement singulier. / PCNSL represent a rare extranodal diffuse large B cell lymphoma (DLBCL) with a post-GC phenotype whose tumorigenesis is still poorly unknown.Our objective was to characterize the molecular genetic alterations of PCNSL using high throughput technologies.Results: We demonstrated 1/ a high incidence of somatic mutations in genes involved in the BCR/TLR/NF-κB pathway, especially MYD88, CD79B and TBL1XR1; 2/ recurrent chromosome imbalances such as 6q22 loss and 6q (HLA locus) homozygous deletions; 3/ TERT promoter mutations and 4/ gene fusions such as ETV6-IGH. Several alterations are associated with a prognostic impact (6q22 loss and CDKN2A homozygous deletions) or are promising targets for novel therapies.To conclude, PCNSL and extracerebral DLBCL share many similarities in terms of molecular genetic profile despite some specificities. PCNSL may result from a specific tumorigenesis but also from its peculiar microenvironment.

L'un des objectifs centraux de la biologie est de comprendre comment l'ADN, la séquence primaire, donne lieu à des traits observables. À cette fin, nous examinons ici des méthodes pour identifier les composants génétiques qui influencent les traits microbiens. Par « identifier », nous entendons l'élucidation à la fois l'état allélique et de la position physique de chaque variante causale d'un phénotype d'intérêt à la résolution des nucléotides de paires de bases. Nous nous sommes concentrés sur les études d'association génomique (genome-wide association studies; GWAS) en tant qu'approche générale d’étudier l'architecture génétique des traits. L'objectif global de cette thèse était d'examiner de manière critique les méthodologies GWAS et de les considérer en pratique dans des populations microbiennes fortement clonales et non- clonales (i.e. avec recombinaison fréquent). Le domaine de la GWAS microbienne est relativement nouveau par rapport aux quinze dernières années de la GWAS humaine, et en tant que tel, nous avons commencé par un examen de l'état de la GWAS microbienne. Nous avons posé deux questions principales : 1) Les méthodes GWAS humaines fonctionnent-elles facilement et sans modification pour les populations microbiennes ? 2) Et sinon, quels sont les problèmes méthodologiques centraux et les modifications nécessaires pour la GWAS microbienne? À partir de ces résultats, nous avons ensuite détaillé le déséquilibre de liaison (linkage disequilibrium; LD) comme principal obstacle dans la GWAS microbien, et nous avons présenté une nouvelle méthode, POUTINE, pour relever ce défi en exploitant les mutations homoplasiques pour briser implicitement la structure LD. Le reste de la thèse présente à la fois les méthodes traditionnelles GWAS (comptage des allèles) et POUTINE (comptage d’homoplasies) appliquées à une population hautement recombinogène de génomes de vibrions marins. Malgré une taille d'échantillon modeste, nous donnons un premier aperçu de l'architecture génétique de la résistance aux bactériophages dans une population naturelle, tout en montrant que les récepteurs des bactériophages jouent un rôle primordial. Ce résultat est en pleine cohérence avec des expériences en laboratoire de coévolution phage-bactérie. Il est important de noter que cette architecture met en évidence à quel point la sélection positive peut sculpter certains traits microbiens différemment de nombreux traits complexes humains, qui sont généralement soumis à une faible sélection purificatrice. Plus précisément, nous avons identifié des mutations à effet important à haute fréquence qui sont rarement observées dans les phénotypes complexes humains où de nombreuses mutations à faible effet contribuent à l'héritabilité. La thèse se termine par des perspectives sur les voies à suivre pour la GWAS microbienne. / One of the central goals of biology is to understand how DNA, the primary sequence, gives rise to observable traits. To this aim, we herein examine methods to identify the genetic components that influence microbial traits. By "identify" we mean the elucidation of both the allelic state and physical position of each causal variant of a phenotype of interest down to the base-pair nucleotide resolution. Our focus has been on genome-wide association studies (GWAS) as a general approach to dissecting the genetic architecture of traits. The overarching aim of this thesis was to critically examine GWAS methodologies and to consider them in practice in both strongly clonal and highly recombining microbial populations. The field of microbial GWAS is relatively new compared to the over fifteen years of human GWAS, and as such, we began this work with an examination of the state of microbial GWAS. We asked and attempted to answer two main questions: 1) Do human GWAS methods readily work without modification for microbial populations? 2) And if not, what are the central methodological problems and changes that are required for a successful microbial GWAS? Building from these findings, we then detailed linkage disequilibrium (LD) as the primary obstacle in microbial GWAS, and we presented a new method, POUTINE, to address this challenge by harnessing homoplasic mutations to implicitly break LD structure. The remainder of the thesis showcases both traditional GWAS methods (allele counting) and POUTINE applied to a highly recombining population of marine vibrio genomes. Despite a small sample size, we provide a first glimpse into the genetic architecture of bacteriophage resistance in a natural population and show that bacteriophage receptors play a primary role consistent with experimental populations of phage-bacteria coevolution. Importantly, this architecture highlights how strong positive selection can sculpt some microbial traits differently than many human complex traits, which are generally under weak purifying selection. Specifically, we identified common frequency, large-effect mutations that are rarely observed in human complex phenotypes where many low-effect mutations are thought to contribute to the bulk of heritability. The thesis concludes with perspectives on ways forward for microbial GWAS.

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maîtrise en droit (LL.M.)". Ce mémoire a été accepté à l'unanimité et classé parmi les 15% des mémoires de la discipline. / La franchise: une recette magique que chacun aimerait maîtriser pour s'assurer la réussite dans le monde des affaires. Or, le secret de cette recette revient à appliquer un simple postulat: réitérer, par un franchisé, la réussite du concept d'un franchiseur qui a déjà fait ses preuves. Mais, auparavant, il est essentiel que le franchiseur transmette au franchisé les éléments qui lui ont valu cette même réussite, quitte à ce que ce dernier s'engage à les mettre en oeuvre selon les prescriptions de son initiateur et sous son contrôle. Une telle mise en ouvre appelle, cependant, que les deux protagonistes empruntent une avenue basée sur la coopération, la confiance, la loyauté et la bonne foi. Néanmoins, une telle démarche n'est pas évidente en pratique en ce que les deux partenaires sont animés par des intérêts divergents, conflictuels et antimoniques. Dès lors, le rapport contractuel né du contrat de franchise se verra empreint par un déséquilibre manifeste entre les prestations réciproques des parties issu de la position économiquement dominante du franchiseur. Ce dernier, sera à même de fixer unilatéralement le contenu contractuel, de sorte à diminuer ses obligations tout en élargissant le champ de ses droits. Surgit alors tout un pan de comportements opportunistes du franchiseur se traduisant, notamment, par des abus au détriment du franchisé qui ne peut qu'acquiescer à la volonté de son partenaire. En effet, l'étude du droit civil révèle que les systèmes civilistes reposent sur une conception libérale du contrat permettant de présumer que les parties sont capables de défendre leurs intérêts. En vertu de la théorie de l'autonomie de la volonté, le contrat est présumé être conforme aux intérêts respectifs des parties. À défaut de tout vice de consentement, le contrat ne peut qu'être équilibré. Cependant, s'il se trouve que le contrat est malgré tout déséquilibré, le droit civil, à moins de circonstances exceptionnelles, n y pourra rien en pareil cas. La lésion ne vicie pas les conventions conclues entre majeurs non protégés, et la théorie de l'imprévision est rejetée par la plupart des systèmes civilistes. L'indifférence du droit civil face à ce déséquilibre se justifie essentiellement par deux impératifs: la liberté contractuelle et la sécurité juridique. Le principe de la force obligatoire du contrat s'impose aux parties autant qu'au juge et, partant, exclut toute tentative du juge de réviser un contrat déséquilibré. Toutefois, devant cette indifférence et cet immobilisme de la loi, le droit a, depuis, énormément évolué dans le sens d'apporter une protection plus accrue à la partie la plus faible au contrat. À ce titre, nous assistons aujourd'hui à une double intervention plus réaliste: l'intervention du juge et celle du législateur (particulièrement dans les contrats d'adhésion). D'abord, le juge manifeste une volonté accrue de corriger des déséquilibres contractuels choquants, notamment en présence de clauses contractuelles manifestement abusives, et ce au regard des exigences d'une justice contractuelle basée sur la bonne foi des parties et l'exigence d'agir raisonnablement. Ensuite, le législateur à travers l'élaboration de droits spéciaux ayant pour finalité la protection de la partie la plus faible, instaure des règles impératives destinées à condamner les éventuels déséquilibres contractuels. Ce souci de protection justifie l'atteinte ainsi portée au principe de la force obligatoire du contrat. Aussi, le postulat de Fouillée se voit inversé par Lacordaire qui souligne pertinemment que « entre le fort et le faible, c'est la liberté qui asservit et la loi qui libère ». En somme, la protection du franchisé appelle au glissement du rapport contractuel d'un rapport conflictuel vers un rapport de coopération et notamment par la reconnaissance du concept de solidarisme contractuel. Néanmoins, une telle démarche n'est pas sans troubler l'ordre normal de l'idée classique du contrat. D'une part, l'introduction d'obligations implicites au contrat renie en quelque sorte l'idée traditionnelle qu'on a des obligations contractuelles basée sur la commune intention des parties, et d'autre part, elle appelle à la reconsidération, par les systèmes civilistes, de la théorie de l'imprévision comme le suggère le droit uniforme et notamment le Guide d'UNIDROIT sur les accords internationaux de franchise principale, mais aussi les Principes relatifS aux contrats du commerce international. / The Franchise: a magic formula that each individual would like to possess to be able to ensure success in the business world. The secret of this formula exists in the shape of a simple postulate: for the franchisee to reiterate success of the franchised concept, which has already proven itself successful. But first, it is essential that the franchisor transmit the essential elements ofthat success to the franchisee, so that the latter may put into practice those prescribed elements as per the created by the initiators concept and control. This kind of transaction requires that both protagonists enter into their dealing in a manner that is based on cooperation, trust, loyalty and goodfaith. Nevertheless, this process is not easy to establish. In deed, both parties may have divergent interests, causing conflicts and antipathies. Thus, the contractual relationship born ofthe franchise concept, will have at its core a manifest imbalance created by the dominant financial status ofthe franchisor. The latter, is in a position to unilaterally stipulate the contractual contents, in such a manner as to diminish his own obligations while enlarging the scope of his rights. From this, a plethora of opportunistic behaviours from the franchisor translating into varied kinds of abuse to the detriment of the franchisee whom has not choice but to acquiesce to the franchisors wishes. In truth, the study of civil law reveals that the civil systems are founded on a liberal conception of the contract, presuming that both parties are capable of defending their interests. By virtue of the theory of autonomy of the will, the contract is presumed to respect each partie 's interests. Without any vice of consent, the contract can only be balanced. However, if the contract proves to be imbalanced, civil law, unless there are no exceptional circumstances, will have no effect, in such a case. Lesion don't vice conventions concluded between unprotected parties, and the imprevision theory is rejected by most civil systems. The indifference of civil law to the contractual imbalance is justified by two imperatives: contractual liberty and judicial security. The principal of the obligatory force of a contract imposes on both parties, as well as to the judge, and, in that way, excludes all attempts by judge to revise the imbalanced contract. Nonetheless, in spite of the laws indifference and opposition to change, the law has since evolved enormously in supplying more protection to the weakest party of a contract. Thus, we are now witness to a double, more realistic intervention: the intervention of the judge and the legislator (particularly in contracts of adhesions). First, the judge manifests a will to correct the more obviously imbalanced aspects of the contract, most notably with regards to the presence of abusive contractual clauses, taking into account the requirements of a contractual justice based on the goodfaith of both parties and the obligation to act in a reasonable manner. Furthermore, the legislator through the use of special rights for the purpose of protecting the weakest party within the contract, implements imperative rules to restore the balance and fairness of the contract. This worry of protection is justified by the undermine as so imposed to the obligatory force of the contract. Also, the postulate of Fouillée is here revoked by Lacordaire which underlines that between the strong and the weak, it is freedom that enslaves and the law that liberates. To summarize, the protection of the franchisee calls for the modification of the contractual obligation from one of conflict to one of cooperation and notably by the recognition of the contractual solidarity concept. Nevertheless, such a measure does not take place without disturbing the classic concept of the contract. On the one hand, the introduction of the implied terms into the contract denies the traditional idea of the contractual obligations based on the common intention of both parties, and also, it calls for the reconsideration, by the civil systems, of the theory of imprevision as is suggested by the uniform law and especially the Guide to international master franchise arrangements, but also the Unidroit Principles of international commercial contracts.

Le faible poids de naissance (FPN) est un facteur de risque indépendant reconnu de maladies cardiovasculaires et d'hypertension à l'âge adulte, mais les mécanismes physiopathologiques sous-tendant cette programmation précoce ne sont que partiellement connus. Chez l'adulte, la dysfonction endothéliale et l'altération tant quantitative que qualitative de la cellule progénitrice endothéliale (PEC) sont un marqueur précoce et sensible de risque cardiovasculaire. Des altérations vasculaires (raréfaction microvasculaire, anomalies de la structure vasculaire) et une dysfonction endothéliale (altération de la vasodilatation endothélium-dépendante) sont retrouvées chez le nouveau-né de FPN. Cependant, l'hypothèse d'une altération de la cellule progénitrice endothéliale chez le nouveau-né de FPN reste à être démontrée. Au cours de notre travail, nous avons montré une altération des capacités clonogéniques et angiogéniques des PECs des nouveau-nés de FPN, tant in vitro qu'in vivo. Cette dysfonction pourrait être liée à un déséquilibre antiangiogénique d'origine environnementale conduisant à un profil antiangiogénique d'expression génique de la PEC. Ainsi, nous avons pu montrer qu'une surexpression du gène de la thrombospondine-1 pouvait en partie expliquer la réduction du potentiel angiogénique des PECs du nouveau-né de FPN via une inhibition de la transduction du signal de la voie Akt/PI3K. D'autre part, une diminution des concentrations circulantes de VEGF, dont le rôle critique dans la néovascularisation est bien connu, peut-être liée à une augmentation de son inhibiteur circulant, sFlt1 (récepteur soluble au VEGF), a été retrouvée chez le nouveau-né de FPN. / Low birth weight (LBW) is a risk factor for cardiovascular disease in adulthood. However, the mechanisms explaining cardiovascular programming are incompletely understood. In adults, a reduced level of circulating endothelial progenitor cells (EPCs) is correlated with cardiovascular disease and independently predicts atherosclerosis disease progression. Recent studies demonstrated an impairment of vascular structure (microvascular rarefaction) and function (impaired vasodilation) in LBW neonates. Thus, we hypothesized that LBW infants display an EPCs impairment.We demonstrated an alteration of clonogenic and angiogenic capacities of EPCs fropm LBW infants, both in vitro and in vivo. This could be due to a fetal antiangiogenic imbalance and a subsequent antiangiogenic gene expression profile in EPCs of LBW infants. Through an inhibition of Akt/PI3K signaling, an upregulation of thrombospondin-1 expression could partially explain such observations. Moreover, VEGF pathway, the main angiogenesis regulator, could be involved as we found reduced circulating levels of VEGF, probably due to an increase of its main inhibitor, sFlt1 (soluble receptor of VEGF 1) in LBW infants. The addition of VEGF reversed the in vitro negative effect of LBW infants' sera on EPCs angiogenic function.This investigation opens the way for more studies of EPCs function in LBW subjects. Indeed, many questions emerged about the impact of such dysfunction on the future health of LBW infants.

La législation sur les clauses abusives, issue de l’article L. 132-1 du Code de la consommation, est d’application quotidienne. La notion de clause abusive n’en demeure pas moins confuse. Il est vrai que trente-cinq années d’applications erratiques ont contribué à la rendre peu accessible et peu prévisible, ce qui nuit à la sécurité juridique. Pour restaurer cette notion, une double démarche s’impose. Il faut, d’abord, la délimiter afin de réserver son application uniquement aux personnes qui méritent d’être protégées contre les clauses abusives et aux seules stipulations qui créent véritablement un déséquilibre significatif entre les droits et obligations des parties au contrat. La notion de clause abusive apparaît alors comme un mécanisme destiné à sanctionner les abus de la liberté contractuelle dans les contrats de consommation. Il faut, ensuite, procéder à l’identification de la notion de clause abusive en cherchant à définir et à caractériser le standard du déséquilibre significatif, notamment à l’aune des critères dégagés de la pratique. Chemin faisant, la notion de clause abusive s’impose comme une notion incontournable du droit de la consommation et, plus largement du droit des contrats, notamment en ce qu’elle participe au renouveau de la théorie générale du contrat. / The legislation on unfair terms set out by Article L. 132-1 of the French Consumer Code is applied on a daily basis. The notion of unfair terms nevertheless remains unclear. Thirty-five years of inconsistent and erratic application have indeed contributed to making this legislation inaccessible and difficult to predict, thereby damaging legal security. The reinforcement of this notion necessitates a two-pronged approach. First of all, the concept must be delimited in order to restrict application solely to those individuals requiring protection against unfair terms and only to those terms that genuinely do generate a material imbalance between the rights and obligations of the parties to the contract. The notion of unfair terms then becomes a mechanism aimed at sanctioning abuses of contractual freedom in consumer agreements. The concept must then be identified, by seeking to define and characterize the standard of material imbalance, in particular against the yardstick of criteria generated by practical application. In doing so, the notion of unfair terms becomes a central notion of consumer law and, more widely, of contract law, in particular with regard to its participation in the renewal of general contract theory.

L’injustice au travail engendre des émotions négatives chez les employés, ces émotions influencent les résultats du travail. Cette recherche vise à mettre en évidence cette perspective en utilisant deux approches théoriques alternatives de l’injustice au travail : La justice organisationnelle et le déséquilibre effort-récompense ainsi que leurs conséquences sur les deux différents échantillons. Basé sur une étude transversale, ce travail compare la justice organisationnelle et le déséquilibre effort-récompense en examinant les perceptions de l’injustice par les employés et leurs relations aux rendements au travail au Pakistan (N=583) et en France (N=241). En plus, nous examinons les effets modérateurs des valeurs humaines sur la relation entre l’injustice au travail et le rendement. Cependant, les résultats de l'analyse de la régression hiérarchique révèlent que les deux modèles théoriques de l’injustice (la justice organisationnelle et le déséquilibre effort-récompense) étaient positivement liés à l'épuisement lié au travail et à l'intention de départ, et négativement liés à l'engagement organisationnel, et au comportement au travail. Nous avons démontré que les valeurs humaines et la sensibilité à l’équité modèrent la relation entre l’injustice et les conséquences du stress dans les deux échantillons. Nous avons aussi abordé notre contribution à la littérature existante, les multiples implications managériales et les pistes de recherches. / Unfairness at work often causes in inducing negative emotions among employees that influence their work outcomes or strains. In this research, we seek to advance this perspective by using two alternative theoretical models of unfairness at work: organizational (in)justice and effort-reward imbalance and its consequences on two different samples of employees. Based on cross-sectional two different samples this study offered a comparison between organizational (in)justice and effort-reward imbalance in examining employees' unfair perceptions and their relationships to work outcomes in Pakistan (N=583) and in France (N=241).Further, this research examined the moderating effects of personal human values and equity sensitivity between the relationships of unfairness at work and outcomes. However, results of hierarchical regression analysis revealed that both theoretical models of unfairness (organizational (in)justice and effort-reward imbalance) were positively related to job-burnout, turnover intention whereas negatively related to organizational commitment, employees’ performance, and employees in role behavior. We also found that personal human values and equity sensitivity moderated the relationship between unfairness and stress outcomes in both samples. Contribution towards the existing literature, managerial implications, and future research direction was also discussed.

Les applications entrainées par des moteurs asynchrones consomment à elles seules la majorité de l’énergie électrique utilisée dans le secteur industriel. Des défauts, majoritairement d’origine mécanique, sont susceptibles de se développer au cours du fonctionnement de ces systèmes et rendent nécessaires la mise en place d’une maintenance souvent onéreuse. Afin de réduire ces coûts et d’optimiser la disponibilité des matériels, des méthodes de diagnostic peuvent être développées afin de détecter au plus tôt l’apparition d’un défaut. Cependant, la fiabilité de ces algorithmes et l’automatisation du diagnostic sont complexifiées par la diversité des systèmes alimentés par les variateurs de vitesse industriels ainsi que par le changement de leur point de fonctionnement. Afin de répondre à ces problématiques, un protocole de diagnostic permettant de réaliser une détection sensible et robuste des défaillances mécaniques est développé dans ce travail. Cette méthode consiste à segmenter le plan couple-vitesse du moteur surveillé et à réaliser des références statistiques caractérisant son fonctionnement sain sur chacune des zones de fonctionnement. Des indicateurs de défaut peuvent ensuite être définis statistiquement afin de quantifier l’écart du système vis-à-vis de son comportement sain. Ces indicateurs sont ainsi indépendants du système surveillé et de son point de fonctionnement. Les principales applications ciblées par ce protocole sont les systèmes de compression, de pompage et de ventilation qui représentent une part importante de l’énergie électrique consommée dans le secteur industriel. Le protocole de diagnostic développé dans cette étude est validé expérimentalement dans le cadre de la détection de différentes niveaux de déséquilibre mécanique mais également pour la surveillance d’un système de transmission de type poulies-courroies. De plus, les campagnes expérimentales sont effectuées sur plusieurs systèmes électromécaniques dont les propriétés sont foncièrement différentes afin de valider les performances de normalisation de ce protocole. / Systems driven by induction motors consume most of the industrial electric supply. Mechanical faults may develop over time and disrupt their proper functioning, resulting in high maintenance expenditure. In order to reduce these costs and to improve machines availability, diagnosis methods can be developped to perform the early detection of incipient faults. However, the variety of industrial applications driven by induction motors complicates the automation of fault detection. To resolve these issues, a sensitive and robust diagnosis protocol has been developed in two stages. First, the torque-speed plane of the monitored motor is segmented in different functioning areas. Then, a statistical reference is achieved on each operating zone in order to characterize the healthy working of the system. Statistic-based indicators may then quantify the system deviation from its healthy behaviour. These indicators are therefore independent of the monitored system and of its functioning point. The applications targeted by this study are fans, pumps and compressors which are widely used in industrial processes. This diagnosis protocol is experimentally validated on the detection of several levels of mechanical unbalance and for the monitoring of V-belts drive health state. Moreover, test campaigns are achieved on varied electromechanical systems in order to validate the normalization performances of the developed protocol.

Traditionnellement, le droit prend soin de distinguer entre les clauses, parties d’un acte juridique, et les pratiques qui sont des faits juridiques. Pourtant, le droit des pratiques restrictives de concurrence semble réaliser une assimilation de ces deux notions, en qualifiant de pratiques restrictives de concurrence certaines clauses. L’étude analyse cette qualification d’une clause en pratique en proposant un critère et en s’interrogeant sur ses effets : la possible contestation de clauses sur le fondement du droit des pratiques restrictives de concurrence. En invitant à une réflexion sur cet aspect du droit des pratiques restrictives de concurrence, il s’agit également de s’interroger sur les finalités de cette matière, autant que sur la possibilité d’une meilleure intégration de la contestation de clauses dans un droit des pratiques commerciales déloyales entre professionnels en construction. / Generally, the law is careful to distinguish between the clauses, part of a legal act, and practices, that are legal facts. Yet, the law about restrictive competition practices seems to realise an assimilation of these two concepts, and provide the classification of a clause in restrictive competitive practice. The study analyses the classification of a clause into practice by proposing a criterion and pondering its effects: possible challenge clauses on the bases of the right of restrictive practices. By inviting a reflection on this aspect of the law of restrictive practices, it is also to question the aims of this particular law, as well as on the possibility of a better integration of the challenge clauses in a law about unfair trade practices between professionals in construction.

Les strongles gastro-intestinaux, dont Haemonchus contortus constituent un problème majeur pour l'élevage des ovins allaitants. Ils entrainent des pertes de production et le recours aux anthelminthiques est remis en question par l'apparition de souches de vers résistantes. La sélection d'ovins plus résistants fait partie des stratégies complémentaires de lutte les plus sérieuses. Cependant sa mise en oeuvre requiert une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents. Cette thèse vise à identifier les régions du génome ovin impliquées dans la résistance aux strongles gastro-intestinaux. Une analyse statistique d'association entre des marqueurs génétiques et des mesures de résistance d'un troupeau d'ovins croisés Martinik Black-belly x Romane a mis en évidence un nombre limité de régions d'intérêt. Parmi celles-ci, un segment du chromosome 12 a été choisi pour effectuer des accouplements raisonnés et valider son rôle dans la résistance à H. contortus. L'effet de cette région a été validé chez les descendants issus d'accouplements assistés par marqueurs génétiques. Cette région semble limiter fertilité des vers femelles tout en contribuant à une réponse immunitaire plus forte. Le rôle d'une région du chromosome 21 dans la variation de concentration plasmatique en pepsinogène, un marqueur de lésions abomasales, a également été confirmé. Un gène candidat sous-jacent est en cours de séquençage et l'analyse des polymorphismes devrait contribuer à la validation de son rôle. Deux autres gènes très proches pourraient également être impliqués et mériteraient une considération future. Ces travaux illustrent à la fois la variation génétique disponible pour les caractères de résistance à H. contortus et la complexité des mécanismes mis en jeu. Des études complémentaires de séquençage et d'étude d'expression par séquençage devrait contribuer à une meilleure compréhension des fonctions des gènes impliqués et de leurs interactions. / Gastro-intestinal nematodes, among which Haemonchus contortus are a major threat to the meat sheep industry. They are responsible for production losses and the apparition of worm populations resistant to drugs limits their use as worm control strategy. Breeding more resistant sheep is among the most practicable alternative strategy. However its implementation requires a deeper understanding of underlying mechanisms. This PhD aims at identifying regions of the ovine genome affecting resistance to gastro-intestinal nematodes. A statistical analysis of existing associations between genetic markers and resistance traits of a Martinik Black-belly x Romane cross-bred sheep flock unraveled a limited number of key players. Among these, a fragment of the chromosome 12 was chosen to perform marker-assisted matings and to validate its role in resistance to H. contortus. The effect of this region was validated in the progenies born from matings. It seems this chromosomic fragment limits female worms fertility and is associated to a stronger immune response. The putative role played by a fragment of the chromosome 21 in plasmatic pepsinogen concentration (a biomarker of abomasal lesions) was also confirmed in this work. A candidate gene underlying this region has been sequenced and the analysis of the detected polymorphisms should confirm its role. Further, two other genes in its vicinity could also play a role in this biological phenomenon and they should also deserve future considerations. This work illustrated both the existing genetic variation for resistance to H. contortus and the associated complexity of underlying mechanisms. Additional sequencing and gene expression sequencing studies should help understanding gene functions and interactions.

L'objectif scientifique de mon travail de recherche et d'encadrement d'étudiants a principalement concerné la détermination des bases génétiques de la résistance à la sécheresse du riz. Une partie de ces travaux ont été menés à l'Institut International de Recherche sur le Riz aux Philippines, dans le cadre d'un programme de sélection du riz pluvial pour l'Asie du Sud et du Sud-Est. Le riz pluvial ne dépend que la pluviométrie pour son alimentation hydrique et souffre donc de déficits hydriques fréquents. La nature des sécheresses rencontrées dans les environnements cibles m'ont conduite à travailler plus particulièrement sur la morphologie du système racinaire et sur l'ajustement osmotique. L'approche choisie a été celle de la génétique moléculaire. Les travaux conduits ont permis des progrès dans la compréhension du déterminisme génétique de ces caractères et la localisation de QTL d'intérêt dans des populations de cartographie classique, puis des populations de back-cross avancés, plus adaptées à un programme de sélection. Des lignées quasi isogéniques introgressées avec des QTLs de profondeur racinaire ont été produites par sélection assistée par marqueurs et utilisées pour valider l'existence et l'effet des QTLs. <br /> Mon projet de recherche actuel conduit à Montpellier dans l'UMR "Développement et Amélioration des Plantes" se situe dans la continuité des travaux précédents. Il consiste à relier les nombreux QTL de morphologie racinaire identifiés à ce jour chez le riz aux gènes sous jacents, puis à analyser la variabilité allélique de ces gènes dans différents fonds génétiques. Plusieurs approches complémentaires seront utilisées pour réaliser la cartographie fine des QTLs. La large gamme de données disponibles va d'abord être utilisée pour affiner la position des QTLs par une approche statistique de méta-analyse. L'approche d'étude d'association a également été retenue ce qui suppose, en préalable, de clarifier l'étendue du déséquilibre de liaison chez le riz. Des approches au niveau du génome entier seront suivies d'approches ciblées sur des gènes candidats, en ayant largement recours aux données de séquençage total du génome de 2 variétés de riz et de séquençage partiel de 20 autres. Enfin, en utilisant les lignées quasi-isogéniques produites à l'IRRI, le clonage d'un QTL de profondeur racinaire a été entrepris.<br /> L'intégration de ces approches de génétique directe avec les approches complémentaires de génétique inverse utilisées par d'autres personne de l'équipe "Développement et adaptation du riz" se fera autour des gènes dont la fonction aura été validée. La combinaison des allèles les plus adaptés aux environnements cibles dans des variétés d'élite constituera le but ultime de mon travail.