Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-24T15:08:49Z No. of bitstreams: 1 Myrzania de Lira Guerra.pdf: 1530658 bytes, checksum: 73ad27186e300f4bbcd6fd5b19977dd1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T15:08:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Myrzania de Lira Guerra.pdf: 1530658 bytes, checksum: 73ad27186e300f4bbcd6fd5b19977dd1 (MD5) Previous issue date: 2015-07-24 / Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) is the causal agent of grapevine bacterial canker. In the Submédio do Vale São Francisco in the northeast of Brazil, bacterial canker is one of the most important grapevine diseases, responsible for severe damage and representing a serious risk to Brazilian viticulture and wine production. The aims of this study were to: a) evaluate the ability of seven Xcv strains to adhere and form biofilms in vitro and to determine the influence of the culture medium and surfaces on biofilm formation, besides to study the biofilm architecture and swarming motility; and b) optimize a method of protein extraction for proteomic analysis of the Xcv, comparing the efficiency of four methods, based on the twodimensional gel electrophoresis profile (2D-PAGE). All the strains adhered to the wells of the polystyrene microtiter plate and formed biofilms in all liquid culture medium (nutrient brothdextrose- yeast extract, yeast extract-dextrose-calcium carbonate, KADO 523 and Luria-Bertani), though to different degrees (weak, moderate and strong). In glass tubes, only Xcv229 and Xcv158 strains formed biofilms. We identified Xcv229 as a strong biofilmproducing strain. Using confocal laser scanning microscopy (CLMS) only Xcv229 showed an initial matrix of biofilm structure after 24 h of growth. Scanning electron microscopy (SEM) images of strains Xcv229 and Xcv158 grown for 36 h on microtiter plates revealed typical biofilm architectures. Strain Xcv158 displayed a higher swarming motility than Xcv229, showing that in this case, biofilm formation is not motility-dependent. This is the first report of biofilm production by the bacterial plant pathogen Xcv. Trizol®, Phenol, Centrifugation and Lysis methods were tested and through quantitative and qualitative analysis, the most suitable method to obtain high-quality protein was selected. All methods enabled the extraction of a significant amount of proteins; nevertheless, the centrifugation method allowed obtaining the highest concentration of solubilized proteins. However, the analysis of the 2D-PAGE gel images revealed a larger number of spots in the lysis method when compared to the others. Taking into consideration the quality of the results and the practical advantages of the lysis method, this is recommended as the best option for total protein extraction of Xcv for proteomic studies. / Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) é o agente causal do cancro bacteriano da videira. No Submédio do Vale São Francisco, no nordeste do Brasil, o cancro bacteriano é uma das doenças mais importantes dessa cultura, sendo responsável por grandes prejuízos, o que representa um sério risco para a viticultura brasileira. Os objetivos deste estudo foram: a) avaliar a capacidade de sete isolados de Xcv para aderir e formar biofilmes in vitro e determinar a influência do meio de cultura e das superfícies na formação de biofilme, além de investigar a arquitetura do biofilme e motilidade swarming; e b) otimizar um protocolo para extração de proteínas para análise da proteômica de Xcv, comparando a eficiência de quatro métodos com base no perfil de eletroforese em gel bidimensional (2D-PAGE). Todos os isolados aderiram aos poços da placa de microtitulação de poliestireno e formaram biofilmes nos meios de cultura líquidos testados (caldo nutriente-dextrose-extrato de levedura, extrato de levedura-dextrose-carbonato de cálcio, KADO 523 e Luria-Bertani), em níveis fraco, moderado e forte. Em tubos de vidro, apenas os isolados Xcv229 e Xcv158 formaram biofilmes. Xcv229 foi considerado um forte produtor de biofilme. Na microscopia confocal a laser (MCL) apenas em Xcv229 visualizou-se a matriz inicial da estrutura do biofilme, após 24 h de crescimento. As imagens da microscopia eletrônica de varredura (MEV) de Xcv229 e Xcv158 crescidos durante 36 h em placas de microtitulação revelaram arquiteturas típicas de biofilme. O isolado Xcv158 apresentou uma maior motilidade swarming do que Xcv229, mostrando que, neste caso, a formação de biofilme é independente da motilidade. Este é o primeiro relato de produção de biofilme bacteriano pela fitobactéria Xcv. Os métodos Trizol®, fenol, centrifugação e lise foram analizados quantitativa e qualitativamente, para selecionar o mais adequado na obtenção de proteína de alta qualidade. Todos permitiram a extração de uma quantidade significativa de proteínas, no entanto, o método de centrifugação resultou numa maior concentração de proteínas solubilizadas. A análise das imagens do gel 2D-PAGE revelou um maior número de spots no método de lise, quando comparado com os outros. Levando-se em consideração a qualidade dos resultados e as vantagens práticas do método de lise, este é recomendado como a melhor opção para extração de proteínas totais de Xcv para estudos de proteômica.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-24T15:23:14Z No. of bitstreams: 1 Neilza Reis Castro.pdf: 808047 bytes, checksum: 0e860ed49b31ae3ea85bc00fa7f214bd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T15:23:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Neilza Reis Castro.pdf: 808047 bytes, checksum: 0e860ed49b31ae3ea85bc00fa7f214bd (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Heliconias are flowers most cultivated inside world floriculture tropical in Brazil northeast, but its yield has being affected by Fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f.sp. cubense. The present study had as objective to verify disease occurrence, to evaluate inoculation methods, characterize isolates considering morphology, aggressivety and genetical diversity, identify resistance sources, to verify efficiency of fungical filtrate in distinction of resistance and susceptibility and, at the end, involvement of structural mechanisms in pathogen-host interaction. The disease occurrence was evaluated in 28 farms at Pernambuco, Alagoas and Sergipe, Brazil. After isolates obtaintion, were tested inoculation methods by injection on bottom of pseudo stem, “meia lua” method, depositing inoculants around plant and “dipping”, where roots are wounded, immersed in suspension and replanted after. The plants were evaluated by external and internal symptoms, considering disease index with variation of 1 to 6. For morphological characters, isolates were incubated for five days in microculture, after observed with optical microscopy. Micro and macroconidia were measured by micrometric lents, with increase of 40X. The aggressivity of isolates was determined colony disks in stems of H. psittacorum cv. Alan carle detached and perfured. Stems were incubated in humid chamber during five days. The evaluation was according with vascular darking in stem diameter and was based in index disease with notes variation of 1 a 4. Genetical diversity was verified bymolecular analysis and vegetative compatibility agroupment technique. For molecular analysis, it was realized Polymerase Chain Reaction (PCR) using 37 oligonucleotides of Inter-simple Sequence Repeat (ISSR) and eletrophoretical run in agarosis gel (2%). Binary data were analyzed by GENES 2.0 program. VCG was determined by nit mutants obtaintion, by complete medium (CM), potato-dextrose-clorate (PDC) and minimum medium (MM) sequence. For groupment formation Mutants were pared for complementary test by observation of heterocarion. For identification of resistance sources, 12 species of heliconia were inoculated by injection with isolate considering higher aggressivity and, after 40 days were done evaluations based on disease index. Fungical extract was obtained after fungus incubation during 24 days in Czapek medium, being used concentrations of 25, 50, 75 and 100%. Aliquots of 1mL were deposited on detached leaves of resistant plants of Heliconia psittacorum cv. Golden Torch, and of susceptible H.psittacorum cv. Alan Carle. Leaves inoculated were in humid chamber condition for 24, 48 and 72 hours. Structural mechanisms involved in interaction were observed by histological cuts on roots of used species at resistance sources studies and treatments wereinoculated and no inoculated with F.oxysporum f.sp. cubense. It was observed Fusarium wiltoccurrence in 88% of farms of tropical flowers production, where were obtained 31 isolates of F. oxysporum f.sp. cubense. Injection method showed be more efficient, with characteristics disease symptoms in lower time interval, at 36 days. Macroconidia showed variation of 25,56 μm x 3,7 μm to 33,92 μm x 3,39 μm and microconidia variation of 6,23 μm x 2,01 μm to 10,3 μm x 3,35 μm, dimension obtained for conidia were with variation for specie. It was observed distinction of three groups for aggressivity, where 15 isolates were considered intermediary aggressivity, eight lower aggressivity isolates. Methods used for genetical diversity showed genetical variability. At molecular analysis was formed five groups considering a genetical distance of 70% and genetical similarity varying of 0,51 to 0,94. At VCG study was observed formation of three groups, but 71% of isolates did not belong none group. Both of techniques determined high genetical diversity and not geographical correlation among isolates of the same area. Species H. bihai, H. psittacorum cv. Golden Torch, H. psittacorum cv. Golden Torch Adrian, H. rostrata, H. stricta Capri, H. psittacorum cv. Sassy and H. caribea were considered resistant to Fusarium wilt. Species moderally resistant were H. latispatha and H. wagneriana. Heliconia. psittacorum cv.Alan Carle and H. chartacea cv. Sexy Pink were susceptible while H. stricta Fire Bird was highly susceptible. Fungical filtrate concentrate in 50 % was the mostefficient of resistance distinction and susceptibility on cultivars. In structural mechanisms it was observed that there is not relation between diameter and lignification of celular wall with pathogen resistance, because in some resistant species did not show increase of diameter or lignin accumulation. / As helicônias são as flores mais cultivadas dentro da floricultura tropical no Nordeste brasileiro, porém sua produção vem sendo afetada pela murcha de fusário, causada pelo fungo Fusarium oxysporum f.sp. cubense. O presente estudo objetivou verificar a ocorrência da doença, avaliar métodos de inoculação, caracterizar os isolados quanto a morfologia, agressividade e diversidade genética, identificar fontes de resistência, verificar a eficiência do filtrado fúngico na distinção de resistência e suscetibilidade e, por fim, o envolvimento de mecanismos estruturais na interação patógeno-hospedeiro. A ocorrência da doença foi avaliada em vinte e oito propriedades nos estados de Pernambuco, Alagoas e Sergipe. Após a obtenção dos isolados, foram testados os métodos de inoculação de injeção na base do pseudocaule, método de “meia lua”, depositando-se o inóculo em torno da planta e “dipping”, onde as raízes das plantas são feridas, imersas na suspensão e depois replantadas. As plantas foram avaliadas pelos sintomas internos e externos, com base em escala de notas que variavam de 1 a 6. Para os caracteres morfológicos, os isolados foram incubados por cinco dias em microcultura e, em seguida, observados com auxílio de microscópio ótico. Os macroconídios e os microconídios foram medidos através da lente micrométrica com aumento de 40X. A agressividade dos isolados foi determinada por inoculação de discos de colônia em colmos de Heliconia psittacorum cv. Alan carle destacados e perfurados. Os colmos foram incubados sob condição de câmara úmida por cinco dias. A avaliação foi de acordo com o escurecimento vascular no diâmetro do colmo e baseou-se na escala denota variando de 1 a 4. A diversidade genética foi verificada através da análise molecular e da técnica de grupamento de compatibilidade vegetativa (VCG). Para análise molecular, realizou-se a Polymerase Chain Reaction (PCR) utilizando-se trinta e sete oligonucleotídeos de Inter-simple Sequence Repeat (ISSR) e a corrida eletroforética em gel de agarose (2%). Os dados binários foram analisados pelo programa Genes 2.0. O VCG foi determinado através da obtenção de mutantes nit, pelas seqüências nos meios completo (MC), batata-dextrose-clorato (BDC) e meio mínimo (MM). Para a formação de grupamentos, os mutantes foram pareados para o teste de complementariedade através da observação da formação do heterocárion. Na identificação de fontes de resistência, doze espécies de helicônia foram inoculadas por injeção com o isolado considerado de maior agressividade e após quarenta dias foram feitas as avaliações baseada na escala de notas. O filtrado fúngico foi obtido após o cultivo do fungo por vinte e quatro dias em meio Czapeksendo utilizadas as concentrações de 25, 50, 75 e 100%. Alíquotas de 1 mL foram depositadas sobre a superfície de folhas destacadas das plantas resistentes de Heliconia psittacorum cv.Golden torch, e das suscetíveis H. psittacorum cv. Alan carle. As folhas inoculadas ficaram em condição de câmara úmida por 24, 48 e 72 horas. Os mecanismos estruturais envolvidos na interação foram observados por cortes histológicos nas raízes das espécies utilizadas no estudo de fontes de resistência e os tratamentos foram inoculados e não inoculados com F. oxysporum f.sp. cubense. Foi constatada a ocorrência da murcha de fusário em 88% das propriedades visitadas, de onde foram obtidos trinta e um isolados do fungo. O método de injeção mostrou ser o mais eficiente, apresentando os sintomas característicos da doença em menor intervalo de tempo, aos trinta e seis dias. Os macroconídios apresentaram variação de 25,56 μm x 3,7 μm a 33,92 μm x 3,39 μm e os microconídios a variação de 6,23 μm x 2,01 μm a 10,3 μm x 3,35 μm. Observou-se a distinção de três grupos quanto à agressividade, onde quinze isolados foram enquadrados com de agressividade intermediária, oito foram de maior agressividade e oito foram de menor agressividade. As técnicas utilizadas no estudo de diversidade genética apresentaram alta variabilidade genética. Na análise molecular formaram-se cinco grupos considerando uma distância genética de 70% e uma dissimilaridade genética variando de 0,51 a 0,94. No estudo de VCG observou-se a formação de três grupos, porém 71% dos isolados não fizeram parte de nenhum grupo. Ambas as técnicas determinaram uma alta diversidade genéticae a não correlação geográfica entre os isolados pertencentes a uma mesma região. As espécies Heliconia bihai, H. psittacorum cv. Golden Torch, H. psittacorum cv. Golden Torch Adrian, H. rostrata, H. stricta cv. Capri, H. psittacorum cv. Sassy e H. caribea foram consideradas resistentes à murcha de fusário. As espécies moderadamente resistentes foram H. latispatha e H. wagneriana. Heliconia psittacorum cv. Alan Carle e H. chartacea cv. Sexy Pink foram as suscetíveis enquanto que a H. stricta cv. Fire Bird foi altamente suscetível. O filtrado fúngico concentrado em 50% foi o mais eficiente na distinção de resistência e suscetibilidade nas cultivares. Na avaliação dos mecanismos estruturais observou-se que não há relação entre a espessura e lignificação da parede celular com a resistência ao patógeno, pois em algumas espécies resistentes não constatou-se o aumento de espessura ou acúmulo de lignina.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-27T12:03:26Z No. of bitstreams: 1 Paula Radaelli.pdf: 1280329 bytes, checksum: 00e048f01119106e351e005b652d1b99 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-27T12:03:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paula Radaelli.pdf: 1280329 bytes, checksum: 00e048f01119106e351e005b652d1b99 (MD5) Previous issue date: 2009-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The vegetative propagation of the grapevine (Vitis spp.) facilitates the dissemination of pathogens, such as viruses, favoring the appearance of complex diseases, by accumulation of different virus species in the same plant. Among the diseases that affect the grapevine, those caused by viruses are the most difficult to control because the dissemination and the accumulation of viruses are favored by the transport and use of infected propagative material. Due to advanced studies with molecular biology, evidences suggest that some grapevine viruses, as Rupestris stem pitting-associated virus (RSPaV), Grapevine leafroll-associated virus 2 (GLRaV-2) and Grapevine fanleaf virus (GFLV) frequently present polymorphic sequences, as well as mixing infections with other viruses, making difficult to define the biological properties of the different virus variants. Therefore, one objective of this work was to evaluate the variability of these three important viruses of grapevine using the molecular characterization of the coat protein (CP) gene. Fragments comprising the complete CP genes of RSPaV, GLRaV-2 and of GFLV isolates were amplifiedby RT-PCR, using primers for specific regions of each viral species, allowing the separation of the isolate groups by phylogenetic analyses of the sequences. The isolates of each viral species here studied were additionally detected by non-radioactive probes with digoxigenin, allowing unambiguous identification of infected samples, independently of the isolate used as template for probe synthesis. The methods of diagnosis of the grapevine virus diseases can be divided in three categories. The two traditional ones include the biological tests and the serologic diagnosis. Recently, the molecular methods of diagnosis have been developed, comprising the tests RT-PCR, IC-RT-PCR and real time RT-PCR. This last one is the most advanced technique of diagnose and quantification of nucleic acids, accomplishing amplifications in precisely way and with higher reproducibility, allowing the detention of more than one virus in a single reaction. Considering the difficulties to detect virus in grapevine, and the high cost of the diagnosis methods it was considered the production ofantisera against isolates of GLRaV-2 and Grapevine virus B (GVB), developed from CPs expressed in Escherichia coli and to test the possibility of using themfor detecting these two viruses in infected grapevines. The CP genes were amplified by RT-PCR, cloned, sequenced and later subcloned, where the recombinant plasmids were employed in the transformation of E. coli and in the expression of CPs. The proteins were purified, their identities confirmed by SDS-PAGE and Western blot and used for immunizing rabbit. The antisera produced against these proteins were capable to recognize corresponding recombinant proteins in Western blot and to detect GLRaV-2 and GVB in infected grapevines by indirect ELISA, as well as discriminating healthy and infected grapevines. Many viruses that infect grapevine occur in concentrations under the limit of detention of the diagnostic tests commonly used. Considering this fact, another objective of the present work was to detect important viruses of the genera Closterovirus (GLRaV-2) and Ampelovirus (Grapevine leafroll-associated virus 1 - GLRaV-1 and Grapevine leafroll-associated virus 3- GLRaV-3), family Closteroviridae, as well as the viruses of the genera Foveavirus (RSPaV) and Vitivirus (Grapevine virus A (GVA) and the GVB),family Flexiviridae, by real time RT-PCR (TaqMan®). For ampelovirus, with degenerate primers and specific probes GLRaV-1 and GLRaV-3 were detected in isolates and/or cultivars tested. For closterovirus with degenerate primers and specific probes GLRaV-2 was detected in all cultivars tested and in Nicotiana benthamiana. The members of the family Flexiviridae GVA, GVB and RSPaV were detected by multiplex RT-PCR (TaqMan®), demonstrating that RT-PCR TaqMan® is a fast method for molecular diagnosis, quantitative, reliable, sensitive and applicable for detecting more than one virus in the same reaction. / A videira (Vitis spp.), por ser propagada vegetativamente, facilita a disseminação de patógenos, como os vírus, favorecendo o aparecimento de doenças complexas, pelo acúmulo de diferentes espécies virais numa mesma planta. Entre as doenças que afetam a videira, as viroses são as mais difíceis de controlar, pois a disseminação e o acúmulo de vírus são favorecidos pelo transporte e emprego de material propagativo infectado. Devido a avançados estudos por meio da biologia molecular, evidências sugerem que alguns vírus em videira, como Rupestris stem pitting-associated virus (RSPaV), Grapevine leafroll-associated virus 2 (GLRaV-2) e Grapevine fanleaf virus (GFLV) frequentemente apresentam muitas seqüências variáveis, bem como infecções mistas com outros vírus, dificultando a definição das propriedades biológicas das diferentes variantes deste vírus. Um dos objetivos do presente trabalho foiavaliar a variabilidade genética destes três importantes vírus da videira através da caracterização molecular do gene da proteína capsidial (CP). Foram amplificados fragmentos que compreendem os genes completos da CP de isolados de RSPaV, GLRaV-2 e de GFLV por RT-PCR, utilizando-se primers específicos para cada espécie viral, permitindo a separação em grupos dos isolados estudados por análise filogenética das seqüências obtidas. Os diferentes isolados das três espécies virais estudadas também foram detectados utilizando-se hibridização com sondas não radioativas, marcadas com digoxigenina, possibilitando identificar de forma inequívoca as amostras infectadas, independentemente dos isolados virais empregados para síntese das sondas. Os métodos de diagnóstico das viroses da videira podem ser divididos em três categorias. As duas tradicionais incluem os testes biológicos e o diagnóstico sorológico. Mais recentemente, desenvolveram-se os métodos de diagnóstico molecular, com os testes RT-PCR, IC-RT-PCR e RT-PCR em tempo real. Este último é o mais avançado para diagnose e quantificação deácidos nucléicos, pois realiza amplificações de maneira precisa e com maior reprodutibilidade, além de permitir a detecção de mais de um vírus em uma só reação. Devido às dificuldades em detectar vírus em videira, além do custo elevado dos métodos de diagnose, propôs-se a produção de antissorosespecíficos contra isolados de GLRaV-2 e Grapevine virus B (GVB), desenvolvidos a partir da proteína capsidial expressa em Escherichia coli, e testar seu possível uso para a detecção destes dois vírus, em videiras infectadas. Os genes das CPs foram amplificados via RT-PCR, clonados, seqüenciados e posteriormente subclonados, onde os plasmídeos recombinantes foram empregados na transformação de E. coli e na expressão das proteínas capsidiais. Estas foram purificadas, suas identidades confirmadas em SDS-PAGE e “Western blot”, utilizadas para imunizar coelho. Os antissoros produzidos contra estas proteínas foram capazes de reconhecer as proteínas recombinantes correspondentes em “Western blot” e detectar GLRaV-2 e GVB em tecidos infectados de videiras pelo ELISA indireto, bem como discriminar videiras sadias e infectadas. Muitos vírus que infectam a videira ocorrem em concentrações abaixo do limite de detecção dos testes diagnósticos comumente utilizados. Com isso, um outro objetivo deste trabalho foi detectar importantes vírus dos gêneros Closterovirus (GLRaV-2) eAmpelovirus (Grapevine leafroll-associated virus 1- GLRaV-1 e Grapevine leafroll-associated virus 3 - GLRaV-3), família Closteroviridae, bem como os vírus dos gêneros Foveavirus (RSPaV) e Vitivirus (Grapevine virus A (GVA) e GVB), família Flexiviridae, através de RT-PCR em tempo real (TaqMan®). Para ampelovírus, com primers degenerados e sondas específicas, foram detectados GLRaV-1 e GLRaV-3 nos isolados e /ou cultivares testados. Para closterovírus, com primers degenerados e sonda específica, detectou-se GLRaV-2 em todas as cultivares testadas e em Nicotiana benthamiana. Os membros da família Flexiviridae GVA, GVB e RSPaV foram detectados através de multiplex RT-PCR (TaqMan®), demonstrando-se assim, que a RT-PCR TaqMan® é um método de diagnóstico molecular rápido, quantitativo, confiável, sensível e capaz de detectar mais de um vírus na mesma reação.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-27T14:39:39Z No. of bitstreams: 1 Sandra Roberta Vaz Lira maranhao.pdf: 2855531 bytes, checksum: 3737944b18a79222d3829003afbff70c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-27T14:39:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sandra Roberta Vaz Lira maranhao.pdf: 2855531 bytes, checksum: 3737944b18a79222d3829003afbff70c (MD5) Previous issue date: 2010-03-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Community trophic structure and spatial distribution of nematodes, in particular Meloidogyne spp. and Pratylenchus zeae, in soil at field renovation and harvest of sugarcane (Saccharum spp.) are fundamentals for understanding shifts in population dynamic and consequent effects on crop production. The objectives of the present study were 1) to characterize plant parasitic nematode community, correlate trophic groups, and asses the influence of crop field renovation and harvest period on nematode community under different edaphic and climatic conditions at Northeastern Brazil; 2) to compare variations on population density of Meloidogyne sp. and Pratylenchus sp. in areas with different edaphic and climatic attributes, from crop field renovation to harvest, using regression models and the area under population density curve (AUPDC) of the nematode to evaluate the variations; and 3) to characterize the magnitude of spatial dependence of Pratylenchus sp. population densities in sugarcane roots and map the populationdensities using geostatistics. Evaluations were carried out in Zone of North and South Mata of Pernambuco and South Cost of Paraíba, in costal tables and swamp, lean and sheet lands. The results pointed out that plant parasitic nematodes population dynamic is dependent on physic-chemical soil characteristics and possible sugarcane variety. In lean and sheet lands from South and irrigated costal table from North Mata Zone of Pernambuco, the dominance of plant parasitic nematodes tended to increase highly along with crop development, although decrease in taxa abundance was registred. Contrary situation occurred in no irrigated costal table (North Mata of Pernambuco and South Coast of Paraíba) and lean landof North Mata of Pernambuco. In swamp lands, abundance and dominance of plantparasitic nematodes and the other taxa seem to be lowly affected during crop season. Among the plant parasitic nematodes Meloidogyne sp. and Pratylenchus sp. were the dominant taxa in all areas and periods evaluated, except in lean and swamp lands from South Mata at harvest in which the dominant taxa were Helicotylenchus sp. and Xiphinema sp. Epidemiological studies pointed out that in swamp, lean and sheet lands Pratylenchus sp. population increase described quadrate function. None of the tested model fitted Meloidogyne sp. population density on the studied areas, neither any parasite on costal tables. The lowest (P≤0.05) values of AUPDC for Meloidogyne sp., in soil or root, occur in lean and sheet lands, and the highest (P≤0.05) in costal tables and swamp. To Pratylenchus sp.the lean land and costal table showed the lowest (P≤0.05) AUPDC in soil and root, respectively. The highest (P≤0.05) AUPDC in root occur in no irrigated costal table,swamp, sheet and lean lands; and in soil in sheet and lean land. The highest reproduction factor of Pratylenchus sp., in soil or root, was verified in costal table, and the lowest in swamp in root. In swamp soil Meloidogyne sp. and Pratylenchus sp, with no association, inverse correlated with mensal precipitation. In contrast, at the same area, the highest Pratylenchus sp. population densities in root were associated to the highest mensal precipitations. In lean and sheet lands the accumulated precipitation negatively affected Meloidogyne sp. e Pratylenchus sp. population density, especially the second one, in root and soil, similarly to swamp. Geostatistic evaluations pointed out that the spherical model best fitted in all areas evaluated. In general, swamp land and costal table areas showed weak dependence in contrast with lean and sheet lands that dependence ranged from weak to strong, depending on sampling period. According to semivariograms, they are isotropic models, in which one model is enough to describe the nematode spatial variability. Thekrigagen maps showed Pratylenchus sp. spatial variability with gradual increase in sampling. / A estrutura da comunidade trófica e distribuição espacial de nematóides, em particular Meloidogyne spp. e Pratylenchus zeae, presente no solo por ocasião da renovação e colheita da cana-de-açúcar (Saccharum spp.) são fundamentais para compreensão das variações na dinâmica populacional desses organismos e conseqüentes efeitos na produtividade agrícola. Os objetivos do presente estudo foram: 1) caracterizar a comunidade de nematóides parasitos de planta, correlacionar grupos tróficos e determinar a influência das épocas de renovação e colheita de canaviais na comunidade de nematóides em diferentes condições edafoclimáticas do Nordeste; 2) comparar as variações nas densidades populacionais de Meloidogyne sp. e Pratylenchus sp. em áreas com diferentes atributos edafo-climáticos, no período compreendido entre a renovação e a colheita da cana-de-açúcar, usando modelos de regressão e a área abaixo da curva da densidadepopulacional (AACDP) do nematóide para avaliar as variações; e 3) caracterizar a magnitude da dependência espacial das densidades populacionais de Pratylenchus sp. em raízes de cana-de-açúcar e mapear as densidades populacionais desse parasito usando geoestatística. As avaliações foram conduzidas na Zona da Mata Norte e Sul de Pernambuco e Litoral Sul da Paraíba, em áreas de tabuleiro, várzea, encosta e chã. Os resultados obtidos indicaram que a dinâmica populacional dos nematóides parasitos de planta é dependente das características físico-químicas do solo e, possivelmente, da variedade de cana-de-açúcar cultivada. Em áreas de encosta e chã da Mata Sul e tabuleiro irrigado da Mata Norte de Pernambuco, a dominância dos parasitos de planta tende a aumentar sensivelmente com o desenvolvimento da cultura, embora declínio na abundânciados taxa seja verificado. Situação inversa ocorre em tabuleiros em regime de sequeiro (Mata Norte de Pernambuco e Litoral Sul da Paraíba) e encosta da Mata Norte de Pernambuco. Em áreas de várzea, as abundâncias e dominâncias dos parasitos de plantas e demais taxa parecem ser pouco afetadas durante o ciclo da cultura. Entre os Parasitos de planta, Meloidogyne sp. e Pratylenchus sp. foram os taxa dominantes nas áreas e épocas estudadas, exceto na colheita em áreas de encosta e chã da Mata Sul, cujos taxa dominantes foram Helicotylenchus sp. e Xiphinema sp. Os estudos epidemiológicos indicaram que em várzea, encosta e chã o crescimento populacional de Pratylenchus sp. descreveu função quadrática. Nenhum dos modelos usados descreveu adequadamente as variações nas densidades populacionais de Meloidogyne sp. nas áreas estudadas, nem o comportamento de quaisquer dos parasitos em tabuleiros. Os menores (P≤0,05) valores da AACDP para Meloidogyne sp., no solo ou raiz, ocorreram em encosta e chã, e os maiores (P≤0,05) emtabuleiros e várzea. Para Pratylenchus sp. as áreas de encosta e tabuleiro apresentaram os menores (P≤0,05) valores de AACDP na raiz e solo, respectivamente. As maiores (P≤0,05) AACDP na raiz ocorreram em chã, encosta, tabuleiro não irrigado e várzea; e no solo em chã e encosta. O maior fator de reprodução de Pratylenchus sp., em solo ou raiz, foi detectado em tabuleiro e o menor em várzea na raiz. No solo, em várzea, a densidade populacional de Meloidogyne sp. e Pratylenchus sp., isoladamente, correlacionaram-se inversamente com a precipitação mensal. Ao contrário, na mesma área, as maiores densidades populacionais de Pratylenchus sp. na raiz estavam associadas às maiores precipitações mensais. Nas áreas de chã e encosta a precipitação acumulada afetou negativamente a densidade populacional de Meloidogyne sp. e Pratylenchus sp.,principalmente a do segundo, no solo e na raiz, semelhante ao que ocorreu na área devárzea. Os estudos de geoestatística indicaram que o modelo esférico proporcionou o melhor ajuste para a maioria das áreas. Em geral, as áreas de várzea e tabuleiro apresentaram grau de dependência fraco enquanto nas áreas de chã e encosta a dependência variou de fraco a forte, dependendo da época de amostragem. Considerando os semi-variogramas obtidos, trata-se de modelos isotrópicos, onde um único modelo foi suficiente para descrever a variabilidade espacial do nematóide. Os mapas de krigagem mostraram variabilidade espacial de Pratylenchus sp. com aumento gradual entre as amostragens

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2015-12-04T13:26:54Z No. of bitstreams: 2 Tese - Renato Carrer Filho - 2014.pdf: 2054236 bytes, checksum: 3f27769d51475d87f621d5e241854928 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-12-07T11:08:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Renato Carrer Filho - 2014.pdf: 2054236 bytes, checksum: 3f27769d51475d87f621d5e241854928 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T11:08:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Renato Carrer Filho - 2014.pdf: 2054236 bytes, checksum: 3f27769d51475d87f621d5e241854928 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-12-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The tomato is a solanaceous plant who became quite prominent in the last century, not only by the pleasant taste, but also for being a rich source of amino acids, organic acids, vitamins, as well as the high concentration of beneficial substances, including lycopene. To meet the growing demand for tomatoes, various breeding programs were executed, aiming an increment in production, productivity and fruit quality, such as the reduction of secondary metabolites. By proceeding crossings to improve agronomic traits of the culture, genes conferring hardiness and hence resistance to disease were probably lost, favoring the increased attack of pests and diseases. Among the most troubling diseases stands the vascular wilt caused by Fusarium oxysporum f. spp. lycopersici. The difficulty of controlling this disease comes from the intrinsic characteristics of the pathogen, such as high adaptability to the underground environment while associated with the host and the production of resistance structures that remain viable in the soil for a long time. Genetic resistance stands out as the main tool in the control of this pathogen, which requires a continuous accession characterization program and the identification of sources of resistance, ensuring the introgression of 'I' genes that express resistance to physiologic races of the pathogen. Coupled with genetic resistance, the use of microorganisms as antagonists and their introduction in the pathogen´s microhabitat has become a promising alternative in the context of the management of root diseases of tomato, highlighting the colonizing bacteria from the rhizosphere of plants, termed rhizobacteria, as the main biocontrol agents. This study aimed to identify resistant tomato accessions to three physiological races of Fusarium oxysporum f. spp. lycopersici, by morphological and molecular methods, as well as detect multiple sources of resistance from the germplasm bank of EMBRAPA CNPH. The assay consisted of an evaluation of 28 varieties, 3 hybrids, 32 strains and 19 wild accessions, totaling 82 accessions. The susceptibility or resistance was confirmed by visualization of DNA bands on an agarose gel generated by specific molecular markers capable of amplifying regions of the target genes I-1, I-2 and I-3, expressing resistance to classes 1, 2 and 3 of F. oxysporum f. spp. lycopersici, respectively. To enhance the durability of this resistance, 10 rhizobacteria of the Bacillus genus were tested as biocontrol agents of wilt in greenhouse assays. In parallel, in vitro root colonization, antibiosis and detection of potential biocontrol genes involved in the tests were conducted. All Bacillus isolates showed variable levels of control of the pathogen in vitro, while the UFG-07 (Bacillus subtilis) and UFG-10 (Bacillus circulans) isolates have excelled in disease suppression in the greenhouse, which reinforces the hypothesis of substances acting as an antimicrobial control. / O tomateiro é uma solanácea que se tornou bastante proeminente no século passado, não só pelo agradável paladar, mas também por ser uma rica fonte de aminoácidos, ácidos orgânicos, vitaminas, como também pela grande concentração de substâncias benéficas, entre elas o licopeno. Para atender à crescente demanda pelo tomate, vários programas de melhoramento visando o aumento da produção, produtividade, qualidade dos frutos, como a diminuição de metabólitos secundários, foram empreendidas. Ao se procederem os cruzamentos visando melhorar as características agronômicas da cultura, genes que conferiam rusticidade e, consequentemente, resistência às doenças, foram provavelmente perdidos, favorecendo o aumento do ataque de pragas e doenças na cultura do tomateiro. Dentre as doenças mais preocupantes destaca-se a murcha vascular causada pelo fungo Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici. A dificuldade de controle desta doença advém de características intrínsecas do patógeno, como alta adaptabilidade ao ambiente subterrâneo em associação com o hospedeiro e pela produção de estruturas de resistência que ficam viáveis no solo por um longo tempo. A resistência genética destaca-se como a principal ferramenta no controle deste fitopatógeno, o que requer um programa contínuo de caracterização de acessos e de identificação de fontes de resistência, garantindo a introgressão de genes ‘I’ que expressam resistência as raças fisiológicas do patógeno. Aliado a resistência genética, o uso de microrganismos como agentes antagonistas e sua introdução no microhabitat do patógeno, tem-se tornado como alternativa promissora no contexto do manejo de doenças radiculares do tomateiro, com destaque para as bactérias colonizadoras da rizosfera de plantas, denominadas rizobacterias, como os principais agentes de biocontrole. O objetivo deste trabalho visou identificar acessos de tomateiro resistentes às 3 raças fisiológicas de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, pelos métodos morfológico e molecular, assim como detectar fontes de resistência múltipla no banco de germoplasma da EMBRAPA CNPH. O ensaio consistiu na avaliação de 28 variedades, 3 híbridos, 32 linhagens e 19 acessos selvagens, totalizando 82 acessos. A resistência ou suscetibilidade foi corroborada pela visualização de bandas de DNA em gel de agarose, ao utilizar-se de marcadores moleculares específicos para amplificar das regiões alvo, gene I-1, I-2 e I-3 que expressam resistência à raça 1, 2 e 3 de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, respectivamente. Visando maior durabilidade da resistência, 10 rizobacterias do gênero Bacillus foram testadas como agentes de biocontrole da murcha do tomateiro, em casa de vegetação. Paralelamente foram conduzidos, in vitro, antibiose e detecção de possíveis genes envolvidos no biocontrole. Isolados de Bacillus apresentaram controle variável do patógeno in vitro, enquanto que os isolados UFG-07 (Bacillus subtilis) e UFG-10 (Bacillus circulans) se destacaram na supressão da doença em casa de vegetação.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2017-03-24T12:53:45Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Geisiane Alves Rocha - 2017.pdf: 2262501 bytes, checksum: 07907cdfd4fccd850c41b5d258f6f6a5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-24T13:02:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Geisiane Alves Rocha - 2017.pdf: 2262501 bytes, checksum: 07907cdfd4fccd850c41b5d258f6f6a5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T13:02:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Geisiane Alves Rocha - 2017.pdf: 2262501 bytes, checksum: 07907cdfd4fccd850c41b5d258f6f6a5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / To understand how new viruses arise in agriculture, the interface zones between native systems and cultivated areas become an interesting object of study. The small number of studies focused on the detection of viruses, mainly with RNA genomes, in cerrado tree species in the interface zones is due to the difficulty of extracting quality nucleic acids for the necessary analysis. In the case of DNA viruses, such as begomovirus, to date there have been no reports on tree species in this type of vegetation. Begomovirus are among the main pathogens in different cultures in Brazil. However, in soybeans, one of the main crops in the country, these viruses are not among the most important pathogens for the culture, however, it is of great importance to identify different hosts of these viruses and in which environments they occur to know their diversity. The objective of this study was to detect and identify begomovirus in cerrado native trees and cultivated soybean plants near native vegetation areas, as well as to establish an efficient RNA extraction protocol for cerrado species in order to facilitate future related research with these plants. For begomovirus detection, samples of 30 tree species were collected from two areas of cerrado, in soybean the sampling was carried out in three areas of the Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás - Regional Goiânia - planted with different cultivars. For all samples, DNA extraction was performed using a modified CTAB method and the detection was done by means of PCR using primers PAL1v1978 and PAR1c496. For the extraction of RNA, four methods were tested for Xylopia aromatica and Piper arboreum: TRIzol® reagent (method 1), TRIzol® reagent with modifications (method 2) and two methods using CTAB buffer (methods 3 and 4) that present differences in buffers composition in each method. The one that presented the best results was tested to obtain purified RNA of five cerrado tree species. Method 4 was chosen because of its best absorbance ratio (A260 / A280) when compared to the other methods. The RT-PCR of the RNA extracted from five species of cerrado areas showed good results after RNA extraction performed by method 4, qualifying this method as appropriate to obtain quality RNA for the molecular analysis of cerrado species. In the detection of begomovirus in 30 tree species of the cerrado, only Cardiopetalum calophyllum was positive. This is the first report of begomovirus in Brazilian cerrado tree species. The presence of two begomovirus species, Sida micrantha mosaic virus (SimMV) and Tomato severe rugose virus (ToSRV), were detected in one of the areas in the soybean sampled in the areas of the Escola de Agronomia. The ToSRV species was not previously reported in soybean and presents great potential to become an important pathogen for this crop and also for uncultivated plants, since this virus causes great losses in other crops, mainly tomato, and it has been demonstrated that its host range has increased in recent years. / Para se entender como novos vírus surgem na agricultura, as zonas de interface entre os sistemas nativos e as áreas cultivadas tornam-se um interessante objeto de estudo. O pequeno número de estudos focados na detecção de vírus, principalmente de RNA, em espécies arbóreas do cerrado nas zonas de interface é devido à dificuldade de extração de ácidos nucleicos de qualidade para análises necessárias. No caso dos vírus de DNA, como os begomovírus, até o momento não haviam relatos em espécies arbóreas nesse tipo de vegetação. Os begomovírus estão entre os principais patógenos em diferentes culturas no Brasil, entretanto em soja, uma das principais culturas do país, esses vírus não estão entre os patógenos mais importantes para cultura, porém, é de grande importância identificar diferentes hospedeiras desses vírus e em que ambientes ocorrem para conhecer sua diversidade. Assim, o objetivo geral do trabalho foi detectar e identificar begomovírus em espécies arbóreas nativas do cerrado e em plantas de soja cultivadas próximas a áreas de vegetação nativa e também estabelecer protocolo de extração de RNA eficiente para espécies do cerrado com intuito de facilitar pesquisas futuras relacionadas com essas plantas. Para detecção de begomovírus, amostras de 30 espécies arbóreas foram coletadas de duas áreas de cerrado, em soja a amostragem foi realizada em três áreas da Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás – Regional Goiânia – plantadas com diferentes cultivares. Para todas as amostras foi realizada a extração de DNA através de um método CTAB (Brometo de cetil trimetil amônio) modificado e a detecção foi feita por meio de PCR (Reação em cadeia da polimerase) utilizando os primers PAL1v1978 e PAR1c496. Para extração de RNA foram testados quatro métodos a partir de folhas de Xylopia aromatica e Piper arboreum: reagente TRIzol® (método 1), reagente TRIzol® com modificações (método 2) e dois métodos utilizando tampão CTAB (métodos 3 e 4) que possuem diferenças nos tampões utilizados em cada método. O que apresentou os melhores resultados foi testado para a obtenção de RNA purificado de cinco espécies arbóreas de cerrado. O método 4 foi escolhido devido aos seus melhores resultados na razão de absorbância (A260 / A280) quando comparado aos outros métodos. A RT-PCR do RNA extraído de cinco espécies de áreas de cerrado mostrou bons resultados após a extração de RNA realizada pelo método 4, qualificando este método como apropriado para obtenção de RNA de qualidade para análise molecular de espécies do cerrado. Na detecção de begomovírus em 30 espécies arbóreas do cerrado, apenas Cardiopetalum calophyllum foi positiva. Este é o primeiro relato de begomovírus em espécie arbórea do cerrado brasileiro. Na soja, as plantas sintomáticas amostradas nas áreas da Escola de Agronomia foram positivas, sendo que em uma das áreas foi detectada a presença de duas espécies de begomovírus: Sida micrantha mosaic virus (SimMV) e Tomato severe rugose virus (ToSRV). A espécie ToSRV não foi relatada anteriormente em soja e apresenta grande potencial para se tornar um importante patógeno para essa cultura e também para plantas não cultivadas, já que esse vírus causa grandes perdas em outras culturas, principalmente tomateiro, e tem sido demonstrado que sua gama de hospedeiras tem aumentado nos últimos anos.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-16T14:20:21Z No. of bitstreams: 1 Aldenir de Oliveira.pdf: 717930 bytes, checksum: eb22d1cac453b579b74b66da5fd0bc67 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T14:20:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aldenir de Oliveira.pdf: 717930 bytes, checksum: eb22d1cac453b579b74b66da5fd0bc67 (MD5) Previous issue date: 2008-02-29 / This dissertation aimed to study: colonization of Acidovorax avenae subsp. citrulli in melons after inoculation of the first pair of true leaves, seeds and hermaphrodite flowers; bacterial survival in fruit and leaf residues incorporated to the soil at 0, 5, 10 and 15 cm depth and in soils without the host plant, under the influence of different soil type, temperature (10, 15, 20, 25, 30 and 35ºC) and humidity (50 and 100% of field capacity). In all studies a mutant resistant to 100 ppm of rifampicin (Aac1Rif) was utilized. Bacterial colonization was detected until 30 days after inoculation in the 10th pair of true leaves, with populations of 3.1 log UFC g-1 of leaf. In the same period, the shoot segment between the 10th and 11th leaf pair showed population of 3.52 log UFC g-1 of shoot. After seed inoculation the pathogen colonized the hypocotyl, roots, cotyledonary leaves, true leaves and shoots, until reach undetectable levels at 27 days after inoculation. Flower colonization by the bacteria was not verified. Aac1Rif was found in fruit and leaf residues at 0, 5 and 10 cm during 21 days and at 15 cm during 14 days. Highest population relative extinction rates (TERP)were presented by fruits on soil surface [0.1464 log (UFC) day -1] and on leaves at 10cm [0.084 log (UFC) day -1]. Aac1Rif survived on seven soil types only during three days and the soil C showed the highest TERP [0.9062 log (UFC) day-1]. Higher concentrations of Na+ and silt as well as higher populations of actinomycetes and Trichoderma correlated to faster extinction of Aac1Rif populations in soil. Generally for all soils the lowers TERP were found at 10 or 15ºC and the higher, at 30 or 35ºC. There was no significant (P=0.05) interaction between soil and humidity, however the T test showed significant difference (P=0.05) between the TERP at 100% [0.6685 log (UFC) day -1] and 50% [0.504591 log (UFC) day -1] of field capacity. Independent of temperature and humidity, Aac1Rif also survived in soil only during three days. / Esta dissertação teve como objetivos estudar: colonização de A. avenae subsp. citrulli em meloeiro a partir da inoculação no primeiro par de folhas verdadeiras, sementes e flores hermafroditas; sobrevivência da bactéria em restos de folhas e frutos incorporados ao solo a diferentes profundidades (0, 5, 10 e 15 cm) e em solos na ausência da planta hospedeira, sob a influência de diferentes tipos de solo (sete solos), temperaturas (10, 15, 20, 25, 30 e 35ºC) e umidades (50 e 100% da capacidade de campo). Para os estudos foi utilizado um mutante resistente a 100 ppm de rifampicina (Aac1Rif). Quando a bactéria foi inoculada nas folhas, a colonização foi detectada até os 30 dias, no 10º par de folhas verdadeiras, com população de 3,1 log UFC g-1 de folha. Nesse mesmo período, observou-se a colonização no segmento de ramo compreendido entre o 10º e 11º par de folhas com população de 3,52 log UFC g-1 de ramo. A partir de sementes, a bactéria colonizou o hipocótilo, raízes, folhas cotiledonares, folhas verdadeiras e ramos, até atingir níveis não detectáveis aos 27 dias após a inoculação. Não foi verificada colonização das flores pela bactéria. Aac1Rif foi encontrada em restosde frutos e folhas de meloeiro a 0, 5 e 10 cm durante 21 dias e a 15 cm por 14 dias. As maiores taxas de extinção relativa da população (TERP) ocorreram nos frutos na superfície do solo [0,1464 log (UFC) dia-1] e nas folhas a 10 cm [0,084 log (UFC) dia-1]. Aac1Rif sobreviveu nos sete tipos de solo apenas durante três dias e o solo C apresentou a maior TERP [0,9062 log (UFC) dia-1]. Maiores concentrações de Na+ e silte bem como maiores populações de actinomicetos e Trichoderma estiveram correlacionadas a mais rápida extinção da população de Aac1Rif no solo. Para a maioria dos solos, as menores TERP foram atingidas a 10 ou 15ºC e as maiores, a 30 ou 35ºC. Não houve interação significativa (P=0,05) entre solos e umidade, contudo o teste de T evidenciou diferença significativa (P=0,1) entre as TERP a 100% [0,6685 log (UFC) dia-1] e 50% [0,504591 log (UFC) dia-1] da capacidade de campo. Independente da temperatura e umidade, Aac1Rif também sobreviveu nos solos apenas por três dias.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T14:46:49Z No. of bitstreams: 1 Cicero Nicolini.pdf: 204101 bytes, checksum: 7157eb0dfbcf608b64b0ae9bbbaf5c05 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T14:46:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cicero Nicolini.pdf: 204101 bytes, checksum: 7157eb0dfbcf608b64b0ae9bbbaf5c05 (MD5) Previous issue date: 2008-03-03 / The Alternaria black spot is one of the most common and destructive diseases of brassica species. This disease can be caused by several species of Alternaria, although A. brassicicola is predominant species in both conventional and organic crops in Brazil. Since commercial cultivars of brassica with acceptable levels of disease resistance are not available, the disease control in conventional production system is based on the fungicide applications, while in the organic production system the disease control on relays on cultural methods. The objective of this study is to assess the sensitivity of 112 isolates of A. brassicicola to fungicide groups: benzimidazoles (carbendazim), dicarboximides (iprodione), triazoles (tebuconazole) and strobilurines (azoxystrobin). The isolates were evaluated in vitro to obtain the concentration capable of inhibiting 50% of the mycelial growth (CL50) and separated in four classes depending on the sensibility to the tested fungicides. All the isolated of A. brassicicola were sensitive the iprodione, with CL50 values below to 0.1 mg i.a./L. Most of the isolates originating from conventional (92.9%) and organic (96.4%) were middling resistant the azoxystrobin, while an isolated (CFM-576) was highly resistant. In relation to tebuconazole, only isolated sensitive (42.9%) and lightly resistant (57.1%) were observed. There was nosignificant difference between the isolates of A. brassicicola originated either from conventional or organic systems and brassica types regarding the levels of sensitivity to the fungicides. / A alternariose é uma das doenças foliares mais comuns e destrutivas das brássicas, podendo ser causada por várias espécies de Alternaria, embora A. brassicicola seja a espécie predominante em plantios convencionais e orgânicos no Brasil. Como inexistem cultivares comerciais de brássicas com níveis aceitáveis de resistência à doença, no sistema de produção convencional o controle da doença se baseia na aplicação de fungicidas, enquanto no sistema orgânico em métodos culturais. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a sensibilidade de 112 isolados de A. brassicicola oriundos de cultivos convencionais e orgânicos de brássicas a fungicidas dos grupos dicarboximidas (iprodione), triazóis (tebuconazole) e estrobilurinas (azoxystrobin). Os isolados foram avaliados in vitro visando obter a concentração capaz de inibir 50% do crescimento micelial (CL50) e separados em quatro classes dependendo da sua sensibilidade aos fungicidas testados. Todos os isolados de A. brassicicola foram sensíveis a iprodione, com valores de CL50 inferiores a 0,1 mg i.a./L. A maioria dos isolados oriundos de cultivos convencionais (92,9%) e orgânicos (96,4%) se comportou como medianamente resistente a azoxystrobin, enquanto um isolado (CFM-576) foi altamente resistente. Em relação a tebuconazole, foram constatados somente isolados sensíveis (42,9%) e ligeiramente resistentes (57,1%). Não foi encontrada diferença significativa quanto à sensibilidade aos fungicidas testados entre os isolados de A. brassicicola oriundos de cultivos convencionais e orgânicos, bem como, coletados de diferentes tipos de brássicas.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T15:25:38Z No. of bitstreams: 1 Cleia Santos Cabral.pdf: 1106804 bytes, checksum: 14447df94770ff469bfc234136893b59 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T15:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cleia Santos Cabral.pdf: 1106804 bytes, checksum: 14447df94770ff469bfc234136893b59 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fusarium wilt, caused by Fusarium oxysporum f. sp. lactucae (FOLac), is an important disease of lettuce in the world. This disease was reported in Brazil, recently. From 2008 to 2011 the laboratories of Plant Pathology of Embrapa Hortaliças (Embrapa Vegetable Crops), Sakata Seeds Sudamerica and Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (INCAPER) collected some FOLac isolates in states from the Southern and the Southeastern regions of Brazil. The isolates were identified as F. oxysporum by the morphological characteristics of conidia and conidiophores. Isolates were inoculated on lettuce plants, cultivars Elisa, Vera, and Red Salad Bowl, conditions in a greenhouse. Isolates were also inoculated on plants of others Asteraceae species (Cichorium endivia, Cichorium intybus, Sonchus oleraceus, Emilia sonchifolia, Bidens pilosa e Tagetes erecta) and others botanical families as (Solanum lycopersicum, Capsicum annuum, Nicotiana tabacum, Gossypium hirsutum, Phaseolus vulgaris e Ocimum basilicum). Lettuce cultivars Elisa and Vera were suscetible to all isolates while the cultivar Red Salad Bowl was resistant. All isolates were reisolated from diseased plants fulfilling the Koch‟s postulates. Others plant species were not susceptible to any isolate, proving that isolates belong to the species F. oxysporum f. sp. lactucae. The isolates were also inoculated in a differential set of cultivars comprising: „Patriot‟ (Susceptible to all races), „Costa Rica No. 4‟ (resistant to race 1) and „Banchu Red Fire‟ (resistant to race 2). Cultivars „Patriot‟ and „Banchu Red Fire‟ were susceptible while „Costa Rica No. 4‟ was resistant, confirming that all the isolates were race 1. Molecular analysis using a primer specific to race 1 isolates was performed using F. oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) raça 3 and a non-pathogenic isolate as negative controls. DNAs of FOLac isolates were amplified by PCR and those of the negative controls were not, confirming the specificity of the primers and the presence of only the race 1 of FOLac in Brazil. In addition, it was used the Translation elongation factor 1-α region (tef-1α) for phylogenetic analysis between FOLac isolates races 1 and 2 and isolates of F. oxysporum. Comparison of the sequences obtained with the tef-1α confirmed the polyphyletic origin of the forma specialis lactucae and also showed a greater genetic variability among Brazilian isolates of FOLac race 1compared with isolates of the same race available in GenBank. After the isolates characterization, it was made a screening of 102 accessions for resistance to the isolate Fus-173 and it was selected 47 as highly resistant. After this, the selected genotypes were evaluated for the stability of resistance in three additional assays, using different FOLac race 1 isolates. In all three assays it was used a highly susceptible cultivar (Regina) as susceptible control. In the first assay, carried out in October 2011, it were used the isolates Fus-202 and Fus-205. In the second assay, carried out in November 2011, it were used the isolates Fus-219 and Fus-222. In the third assay, carried out in December 2011, it were used the isolates (Fus-207, Fus-209 e Fus-220). Inoculation was performed on 25 days old seedlings on greenhouse conditions. Seedlings were inoculated by cutting their roots and emerging them in spore suspension of pathogen. Evaluation was carries out 30 days after inoculation, using a grade scale varying from 0 (heath plants) to 4 (dead plants). Data were transformed in Disease Index (DI) submitted to a variance analysis and the media were compared by the Tukey‟s test (5%). Thirty two accessions were identified as having broad spectrum of resistance to different pathogen isolates in the four inoculation seasons. / A murcha de fusário, causada pelo fungo Fusarium oxysporum f. sp. lactucae (FOLac) é uma das doenças mais importantes da alface. Esta doença foi relatada recentemente no Brasil. Nos anos de 2008 a 2011 foram coletados isolados de FOLac nos Laboratórios de Fitopatologia da Embrapa Hortaliças, Sakata Seed Sudamerica Ltda e do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper). Estes eram provenientes de todos os estados das Regiões Sul e Sudeste do Brasil. A identificação foi feita observando-se as características morfológicas de conídios e conidióforos. Os isolados foram inoculados em plantas das cultivares Elisa, Vera e Red Salad Bowl, em condições de casa de vegetação. Os mesmos também foram inoculados em plantas de outras espécies de Asteraceae (Cichorium endivia, Cichorium intybus, Sonchus oleraceus, Emilia sonchifolia, Bidens pilosa e Tagetes erecta) e de outras famílias (Solanum lycopersicum, Capsicum annuum, Nicotiana tabacum, Gossypium hirsutum, Phaseolus vulgaris e Ocimum basilicum). Os isolados foram identificados como Fusarium oxysporum. As cultivares Elisa e Vera foram suscetíveis a todos os isolados e a Red Salad Bowl foi resistente. Efetuou-se o re-isolamento do patógeno, completando-se assim os Postulados de Koch. Nenhuma outra espécie de planta foi suscetível ao patógeno, confirmando a identificação como F. oxysporum f. sp. lactucae. Em seguida, os isolados foram avaliados quanto a sua virulência numa série de cultivares diferenciadoras de raças: Patriot (suscetível), Costa Rica No. 4 (resistente à raça 1) e Banchu Red Fire (resistente à raça 2). As cultivares Patriot e Banchu Red Fire comportaram-se como suscetíveis a todos os isolados, enquanto a cultivar Costa Rica No. 4 comportou-se como resistente. Concluiu-se que os isolados avaliados são da raça 1 de FOLac. Adicionalmente, foi feito um teste com primers específicos para a raça 1 de FOLac, utilizando como controles um isolado de F. oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) raça 3 e um isolado não patogênico de F. oxysporum. O fragmento de DNA foi amplificado por PCR para os isolados de FOLac e não foi amplificado para o isolado de FOL e nem para o isolado não patogênico de F. oxysporum. Este resultado confirma a especificidade desse par de primers e a presença apenas da raça 1 de FOLac no Brasil. Além disso, foi utilizada a região do fator de elongação da tradução (tef-1α) para análise filogenética entre os isolados FOLac raças 1 e 2 e isolados de F. oxysporum. Comparação das seqüências obtidas com o tef-1α confirmou a origem polifilética da forma specialis lactucae e também observou-se uma maior variabilidade genética entre os isolados brasileiros de FOLac raça 1 comparados com isolados da mesma raça disponíveis no GenbanK. Posteriormente, 102 acessos (cultivares comerciais ou linhagens) foram avaliados, visando identificar fontes de resistência a FOLac e analisar a estabilidade da resistência de acessos promissores a diferentes isolados do patógeno. Inicialmente foi feita uma seleção preliminar, utilizando um isolado do patógeno (Fus-173). Em seguida, quarenta e sete acessos altamente resistentes mais uma testemunha suscetível (Regina), identificados na seleção preliminar, foram reavaliados para estabilidade da resistência ao FOLac raça 1, utilizando os isolados (Fus-202 e Fus-205) no mês de Outubro de 2011; isolados (Fus-219 e Fus-222) no mês de Novembro de 2011 e isolados (Fus-207, Fus-209 e Fus-220) no mês de Dezembro de 2011. A inoculação foi realizada em condições de casa de vegetação, pelo método de corte das raízes e imersão na suspensão de conídios do patógeno. A avaliação foi realizada após 30 dias, com auxílio de escala de notas variando de 0 (planta sadia) a 4 (planta morta). Os dados obtidos foram transformados em índice de doença (ID) e submetidos a uma análise de variância e comparação de médias pelo teste de Tukey (5%). Foram identificados trinta e dois acessos apresentando amplo espectro de resistência aos diferentes isolados do patógeno nas quatro épocas de inoculação.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T11:44:06Z No. of bitstreams: 1 Ana Rosa Peixoto Nascimento.pdf: 846418 bytes, checksum: 7dd326913edffe1dc94410cf6178eac6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T11:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Rosa Peixoto Nascimento.pdf: 846418 bytes, checksum: 7dd326913edffe1dc94410cf6178eac6 (MD5) Previous issue date: 2005-02-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Submédio São Francisco is the main producting and exporting region of table grapes in Brazil, where the cultivated area with this fruit crop has been significantly expanded in the last years. However, the intensification of grape production, the use of susceptible cultivars, and the favorable environmental conditions of that region allowed the occurrence of disease and pest problems, with emphasis for the bacterial canker (Xanthomonas campestris pv. viticola - Xcv). Reported for the first time in Brazil, in plantations of the Submédio São Francisco in 1998, the canker is the most important bacterial disease of grapevine in that region. The present work aimed to study: methods of preservation and pathogen growth at different temperatures, pHs and NaCl concentrations; elaboration and validation of a diagramatic key for bacterial canker; and the reaction of grapevine varieties to the pathogen, based on the disease epidemiological components. The preservation methods: dried paper strips (DPS), periodic transfer (PT), sterile distiled water (SDW) and dried leaves (DL) were utilised for storing two Xcv strains during 12 months. The variables viability and pathogenicity were evaluatedmonthly and estimated by bacterial growth and area under disease incidence curve (AUDIC). Both the DPS and SDW methods maintained 100% of cell viability and showed higher AUDIC values during 11 months. PT did not permit growth at 30 days while DL allowed the pathogen isolation for 5 months. The influence of temperature (0, 5, 10, 15, 20, 25, 27, 28, 29, 30, 35, 40 and 45°C), pH (5.0; 5.5; 6.0; 6.5; 7.0; 7.5; 8.0; 8.5 and 9.0) and NaCl concentration (1, 2, 3, 4, 5, 6 and 7%) on the growth of two Xcv strains was studied in NYD medium and evaluated in spectrophotometer. The minimum and maximum temperatures for Xcv growth were respectively 5 and 39°C, while the optimum growth was observed from 27 to 29°C. Xcv does not growth at 0 or 40°C. The optimum pH for Xcv growth ranged from 7.0 to 7.5. The pathogen growth declined from 3.0 % NaCl and was null at 6.0 %. Aiming to standardize methods to quantify bacterial canker severity a diagrammatic key was elaborated including the levels 2, 4, 8, 17, 34, 63 and 91% of diseased leaf area. To validate the diagrammatic key, 50 leaves with different levels of severity, previously measured by the softwareAutoCAD®, were evaluated by 10 raters with and without the use of the key. Two evaluations were performed with the key at 7-day intervals when different sequences of the same leaves were visually estimated by the same raters. The accuracy and precision of each rater were determined by simple linear regression between actual and estimated severity. Without the key, most of the raters overestimated disease severity. With the key raters obtained better levels of accuracy and precision; however, all tended to underestimate severity, with absolute errors concentrated around 10%. Raters showed good repeatability and high reproducibility of estimative by using the key compared to not using it. The reaction of 20 grapevine varieties, 13 scions and seven rootstocks, was evaluated in relation to disease resistance under greenhouse conditions. Plants were inoculated with a suspension of the strain Xcv1 (A570 = 108 CFU mL-1), incubated in a greenhouse and observed daily for epidemiological components of bacterial canker: incubation period (PI), incidence of leaves with symptoms (INC), incidence of leaves with canker (IFC), disease severity (SEV), progress rate of disease incidence (TPID), area under the disease severity progress curve (AACPSD). All varietieswere susceptible to the pathogen, although there were significant differences among them (P=0.05) for most of the analyzed variables. ‘Brasil’ showed the highest disease levels for all variables tested, while ‘Isabel’ and ‘Paulsen 1103’ presented the highest values of PI and the lowest values of INC, IFC, SEV, TPID and AACPSD, suggesting the potential of those varieties in programs of genetic breeding and integrated management of grapevine bacterial canker. The studied variables might be utilized in research including reaction of varieties to this disease. Considering all the epidemiological components, the analysis of the Euclidean distance by UPGMA allowed the separation of scion and rootstock varieties into three similarity groups each. / O Submédio São Francisco é o principal centro produtor e exportador de uvas de mesa do Brasil, onde a área plantada com esta cultura tem se expandido significativamente, nos últimos anos. No entanto, a intensificação do cultivo da videira, o plantio de variedades suscetíveis, além das condições climáticas prevalentes na região propiciam o surgimento de problemas fitossanitários, entre os quais se destaca o cancro bacteriano (Xanthomonas campestris pv. viticola - Xcv). Detectado pela primeira vez no Brasil, em parreirais do Submédio São Francisco, em 1998, o cancro é a doença bacteriana mais importante da videira na região. No presente trabalho foram estudados: métodos de preservação e o crescimento do patógeno em diferentes temperaturas, pHs e concentrações de NaCl; elaboração e validação de uma escala diagramática para cancro bacteriano; e reação de variedades de videira ao patógeno, baseada nos componentes epidemiológicos da doença. Os métodos dessecação em papel de filtro (DPF), repicagens periódicas (RP), água destilada esterilizada (ADE) e folhas herborizadas (FH) foramutilizados para preservar dois isolados de Xcv (Xcv1 e Unb1216) durante 12 meses. As variáveis viabilidade e patogenicidade foram avaliadas mensalmente e estimadas pela obtenção de crescimento bacteriano e área abaixo da curva de incidência da doença (AACID). Tanto o método DPF como ADE propiciaram viabilidade constante de 100 % durante 11 meses e os maiores valores de AACID. No método RP não se observou crescimento dos isolados aos 30 dias, enquanto que, em FH, Xcv foi isolada até cinco meses. Os efeitos da temperatura (0, 5, 10, 15, 20, 25, 27, 28, 29, 30, 35, 40 e 45°C), pH (5,0; 5,5; 6,0; 6,5; 7,0; 7,5; 8,0; 8,5 e 9,0) e concentração de NaCl (1, 2, 3, 4, 5, 6 e 7%) sobre o crescimento de dois isolados de Xcv em meio de cultura NYD foram estudados sendo que o crescimento foi avaliado em fotocolorímetro. As temperaturas mínima e máxima para o crescimento de Xcv foram respectivamente 5 e 39°C, enquanto que um crescimento ótimo foi observado no intervalo de 27 a 29°C. Xcv não cresce a 0 e 40°C. A faixa de pH ótima para o crescimento desta bactéria é de7,0 a 7,5. O crescimento de Xcv foi reduzido a partir de 3,0 % de NaCl, sendo o nível de 6,0 % letal para essa bactéria. Para padronizar métodos de quantificação da severidade do cancro bacteriano, foi elaborada uma escala diagramática com níveis de 2, 4, 8, 17, 34, 63 e 91% de área foliar lesionada. Navalidação da escala diagramática, 50 folhas com diferentes níveis de severidade da doença, mensurados previamente com o programa AutoCAD®, foram avaliadas por 10 pessoas sem e com a utilização da escala. Foram realizadas duas avaliações com utilização da escala com intervalo de sete dias, onde seqüências diferentes das mesmas folhas foram estimadas visualmente pelos mesmos avaliadores. A acurácia e a precisão de cada avaliador foram determinadas por regressão linear simples, entre a severidade real e a estimada. Sem a escala, a maioria dos avaliadores superestimou a severidade da doença. Com a escala, os avaliadores obtiveram melhores níveis de acurácia e precisão, embora tendessem a subestimar a severidade com erros absolutos concentrando-se na faixa de 10%. Os avaliadores apresentaram boa repetibilidade e elevada reprodutibilidade das estimativas com utilização da escala, o mesmo não sendo verificado sem a utilização desta. A reação de 20 variedades de videira, sendo 13 de copa e sete de porta-enxerto, foi avaliada quanto à resistência à doença, em casa de vegetação. As plantas foram inoculadas com a suspensão do isolado Xcv1 (A570 = 0,4 correspondente a108 UFC mL-1), incubadas em casa de vegetação e observadas diariamente quanto aos componentes epidemiológicos do cancro bacteriano: período de incubação (PI), incidência de folhas com sintomas (INC), incidência de folhas com cancro (IFC), severidade da doença (SEV), taxa de progresso da incidência da doença (TPID), área abaixo da curva de progresso da severidade da doença (AACPSD). Todas as variedades foram suscetíveis ao patógeno, embora diferindo significativamente entre si (P=0,05) para a maioria das variáveis analisadas. Em geral, ‘Brasil’ apresentou os maiores níveis de doença para todas as variáveis testadas, enquanto ‘Isabel’ e ‘Paulsen 1103’ destacaram-se ao propiciarem os maiores valores de PI e os menores valores de INC, IFC, SEV, TPID e AACPSD, indicando o potencial dessas para utilização em programas de melhoramento genético e de manejo integrado do cancro bacteriano da videira. As variáveis estudadas podem ser utilizadas em pesquisas envolvendo reação de variedades ao cancro bacteriano da videira. Quando considerado o conjunto doscomponenetes epidemiológicos, a análise da distância Euclidiana por UPGMA permitiu a separação das variedades de copa e porta-enxerto em três grupos de similaridade cada.