Orientador: Renata de Oliveira Mattos Graner / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-24T14:42:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alves_LiviaAraujo_M.pdf: 2021430 bytes, checksum: 07a84279508cd84bfef41550d34e6ca7 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Streptococcus mutans (SM) é um patógeno oral da cárie dentária e endocardite infecciosa. Para se estabelecer no hospedeiro, SM precisa se adaptar às condições biofísicas e aos fatores de defesa do hospedeiro. Para isto, SM utiliza sistemas reguladores de transcrição de dois componentes (SDC). Dois SDCs, VicRK e CovR, são associados à virulência de SM. O objetivo deste trabalho foi investigar a participação dos reguladores de transcrição gênica VicRK e CovR na evasão de SM ao sistema complemento e fagocitose. Dessa forma, a marcação pelo complemento foi comparada entre os mutantes vicK- e covR- obtidos da cepa SM UA159 (UAvic e UAcov, respectivamente) e UA159, através da incubação com soro humano a 20% ou soro humano livre de C1q (30 min, 37 ?C, 10% CO2). A deposição de C3b sobre a superfície de SM foi analisada também nas cepas cultivadas em meio com 0,1% de sacarose. A quantidade de C3b nas superfícies bacterianas foi determinada através de reações com anticorpos IgG de cabra anti-C3 humano conjugado com FITC e análise de citometria. Bactérias incubadas com PBS foram usadas como controle negativo. O reconhecimento das cepas de SM por anticorpos séricos opsonizantes foi realizado com anticorpos anti-IgG humano conjugado com FITC e anti-IgM humano conjugado com APC. Para análise da fagocitose, as mesmas cepas coradas com FITC foram incubadas com neutrófilos (PMN) por 5 e 30 min. na presença ou ausência de soro humano a 20%; o número de PMN com bactérias fagocitadas foi determinado por citometria de fluxo. A deposição de C3b foi menor em UAcov (10,86%) e em UAvic (7,6%), comparado à UA159 (23,5%). Na presença de sacarose, a marcação por C3b caiu para 10,86% em UA159, e para os mutantes UAcov e UAvic foi reduzida a 6,6 e 3,96%, respectivamente (ANOVA p<0,001). Os mutantes UAcov e UAvic foram menos reativos contra anticorpos IgG e IgM. A fagocitose por PMN foi reduzida em UAcov e UAvic em cerca de 50 a 60% em relação à UA159 nos tempos de 5 e 30 min. (ANOVA p< 0,005). Assim, a inativação dos sistemas VicRK e CovR reduz significativamente a deposição de C3b do complemento e a frequência de fagocitose de SM, indicando que estes SDC regulam genes envolvidos no escape à opsonização pelo complemento / Abstract: Streptococcus mutans (SM) is an oral pathogen of dental caries and infective endocarditis. To get established in host sites, SM needs to adapt to biophysical conditions and host defense factors. To this purpose, SM applies transcriptional regulatory systems of two components (SDC). Two SDCs, VicRK and CovR, have been implicated in SM virulence. The aim of this study was to investigate the role of VicRK and CovR on SM evasion from complement system and phagocytosis by neutrophils (PMN). Thus, complement deposition was compared between vicK- and covR- mutants obtained strain UA159 (UAvic and UAcov, respectively) and the parent UA159 exposed to 20% human serum or human serum depleted of C1q (30 min, 37ºC, 10% CO2). Deposition of C3b on SM surfaces was also analyzed in strains cultivates in the presence of 0.1% sucrose. The amount of C3b on the bacterial surface was determined by reactivity with goat IgG antibody anti-C3 conjugated FITC and flow cytometry analysis. Bacteria incubated with PBS were used as negative control. The reactiveness of SM strains with human serum antibodies was quantified by flow citometry with anti- human IgG- FITC and anti- human IgM-APC antibodies. For analysis of phagocytosis, the strains stained with FITC were incubated with PMN during 5 and 30 min. in the presence or absence of 20% human serum; the number of internalized bacteria by PMN was determined by flow cytometry. The deposition of C3b on UAcov (10.86 %) and UAvic (7.6%) was lower, compared to UA159 (23.5%) (ANOVA p<0,001). In the presence of sucrose, C3b deposition decreased to 10.86 % in UA159, and to 6.6 and 3.96% in UAcov and UAvic , respectively (ANOVA p < 0.001). The UAcov and UAvic mutants were less reactive with IgG and IgM antibodies. The phagocytosis by PMN was 50 to 60% reduced in UAcov and UAvic compared to UA159, respectively at times 5 and 30 min. (ANOVA p < 0.005). Thus, inactivation of CovR and VicRK TCS systems significantly reduces deposition of complement C3b and phagocytosis by PMN in a serum-dependent way, indicating that these SDC regulate genes involved in the evasion of complement to opsonization / Mestrado / Microbiologia e Imunologia / Mestra em Biologia Buco-Dental

Orientador: Renata de Oliveira Mattos-Graner / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T21:04:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vizoto_NataliaLeal_M.pdf: 1501643 bytes, checksum: 855281de051e36237ad28b6d3f428f1b (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Streptococcus mutans é o principal patógeno da cárie dental em humanos, por ser capaz de se acumular no biofilme dentário principalmente na presença de sacarose e produzir e tolerar grandes concentrações de ácidos, os quais causam a desmineralização dos dentes. Além disto, S. mutans pode estar associado à etiologia da endocardite bacteriana, doença cuja evolução envolve a formação de biofilmes em válvulas cardíacas lesadas. S. mutans expressa diversas proteínas de superfície envolvidas na adesão e acúmulo bacteriano em biofilmes. Estas incluem as glucosiltransferases (codificadas por gtfB, gtfC e gtfD), as quais sintetizam glucanos extracelulares a partir da sacarose, e as proteínas ligantes de glucano (codificadas por gbpA, gbpB, gbpC e gbpD). Os genes gtfB/C/D, gbpB/C são controlados diretamente pela proteína reguladora CovR. Em diversas espécies patogênicas de Streptococcus, como Streptococcus pyogenes e Streptococcus agalactiae, CovR compõe o sistema regulador de transcrição de dois componentes CovRS (Cov, de control of virulence), o qual regula diversos genes de virulência. Em S. mutans, CovR foi identificado como um regulador órfão pois o gene que codifica o receptor de membrana cognato não foi identificado no mesmo locus gênico de covR. Em S. mutans, CovR regula diversos genes envolvidos na formação de biofilmes (gtfB/C, gbpC e gbpB), na biossíntese do envelope celular e na resposta a estresses. Os estímulos que ativam CovR em S. mutans ainda não são conhecidos. O presente projeto visa caracterizar a participação de CovR na resposta de S. mutans ao contato com a saliva e sangue humano. Para isto, uma cepa knock-out de covR- foi comparada com a respectiva cepa selvagem quanto ao crescimento e/ou sobrevida em saliva e sangue de voluntários saudáveis. O efeito da exposição à saliva na expressão dos genes regulados diretamente por CovR também foi avaliado / Abstract: Streptococcus mutans is the main pathogen of dental caries in humans, because it can accumulate in the biofilm in the presence of sucrose and produce and tolerate high concentrations of acids, which cause demineralization of teeth. Moreover, S. mutans is involved in the etiology of bacterial endocarditis, a disease whose evolution involves the formation of biofilms on damaged heart valves. S. mutans expresses several surface proteins involved in bacterial adhesion and accumulation in biofilms. These include the glucosiltransferases (gtfB, gtfC and gtfD), which synthesize extracellular glucans from sucrose, and glucan binding proteins (encoded by gbpA/B/C/D). The genes gtfB/C/D, and gbpB/C are directly controlled by the regulatory protein CovR. In several pathogenic species of Streptococcus, such as S. pyogenes and S. agalactiae, CovR is the transcriptional regulator that compose the two-component system CovRS (Cov for control of virulence), which regulates several virulence genes. In S. mutans, CovR was identified as an orphan regulator, because the gene encoding its cognate membrane receptor was not identified at the same locus of covR. In S. mutans, CovR regulates several genes involved in biofilm formation (gtfB/C, and gbpB/C), in biosynthesis of the cell envelope and in stress responses. The stimuli which activate CovR in S. mutans are not yet known. This project aims to characterize the participation of CovR in S. mutans response to contact with saliva and blood. To this purpose, a knock-out mutant of covR was compared with parent strain regarding growth and/or survival in human saliva and blood. The effect of exposure to saliva in the expression of genes directly by covR was also analyzed / Mestrado / Histologia e Embriologia / Mestre em Biologia Buco-Dental

Orientador: Wander José da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-20T13:31:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Goncalves_LeticiaMachado_M.pdf: 2717766 bytes, checksum: fc9c2fda8a63938d55e0dc22f2155635 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Os materiais reembasadores para próteses dentais removíveis, após a exposição à cavidade bucal, apresentam alterações estruturais que facilitam a colonização por espécies de Candida. Neste contexto, o ácido undecilênico (AUD) tem sido incorporado na formulação deste material na tentativa de reduzir o desenvolvimento de biofilmes fúngicos. No entanto, concentrações de AUD liberadas pelo material reembasador e os efeitos destas sobre o desenvolvimento dos biofilmes de Candida ainda não foram elucidados. Por isso, a proposta deste estudo foi investigar a cinética de liberação do AUD a partir do material reembasador e avaliar o efeito deste sobre o desenvolvimento de biofilmes de C. albicans ou C. glabrata. Inicialmente, simulou-se in vitro a liberação do AUD na cavidade bucal através da imersão de corpos de prova de material reembasador (10 mm x 2 mm) em saliva artificial, sendo o produto da liberação quantificado através de cromatografia gasosa. Em seguida, a suscetibilidade de um isolado de referência e dois isolados clínicos de C. albicans (ATCC 90028, P01 e P34) e C. glabrata (ATCC 2001, P11 e P31) ao AUD foi investigada através da concentração inibitória mínima (CIM), concentração fungicida mínima (CFM) e tempo de morte celular (time-kill). Para avaliar o efeito do AUD sobre os biofilmes de Candida, películas de saliva foram formadas na superfície de corpos de prova de material reembasador contendo AUD (grupo experimental) ou não (controle) e, em seguida, biofilmes dos isolados citados foram formados sobre estas superfícies. Nos períodos de adesão, 24, 48 e 72 h de desenvolvimento dos biofilmes, foram realizadas análises de contagem celular através de diluição decimal seriada; de atividade metabólica através da redução mitocondrial do XTT; de estrutura dos biofilmes através da microscopia confocal a laser; e secreção enzimática de proteinases e fosfolipases através de métodos colorimétricos. Os dados foram submetidos à análise de variância seguida de teste de Tukey com nível de significância de 5%. As concentrações de AUD liberadas pelo material reembasador estavam dentro dos intervalos de CIM e CFM encontrados para todos os isolados avaliados. Pelo teste de time-kill foi possível observar que na CIM, o AUD teve ação fungistática por até 8 horas de exposição, para todos os isolados investigados. A presença de AUD não alterou a contagem celular, atividade metabólica, estrutura dos biofilmes e secreção enzimática nos estágios iniciais de colonização (adesão e 24 h) para ambas as espécies investigadas (p > 0.05). A exposição ao AUD resultou em menor contagem celular (p < 0.05) e atividade metabólica (p = 0.001) para os biofilmes maduros (48 e 72 h) de C. albicans, embora alterações estruturais e de secreção enzimática não foram identificadas (p > 0.05). Em contraste, biofilmes maduros de C. glabrata apresentaram maior quantidade de células (p = 0.004), atividade metabólica (p < 0.001) e secreção de proteinases no grupo experimental (p < 0.001). Considerando as limitações deste estudo, pôde-se concluir que a liberação de AUD pelo material reembasador não evitou a colonização de biofilmes de Candida / Abstract: After exposure to oral cavity, denture liners exhibit structural alterations which facilitate colonization by Candida species. In this context, undecylenic acid (UDA) has been incorporated into denture liner formulation in an attempt to reduce the development of fungal biofilms. However, released concentrations of UDA from denture liner and its effects on Candida biofilms have not yet been elucidated. Therefore, the purpose of this study was to investigate the UDA-released concentrations from denture liner and evaluate its effects on C. albicans or C. glabrata biofilms development. Initially, it was simulated, in vitro, the UDA-releasing at oral cavity by immersing specimens of denture liner (10 mm x 2 mm) in artificial saliva, and the released product was quantified by gas chromatography. Then, susceptibility tests of a reference strain and two clinical isolates of C. albicans (ATCC 90028, P01 and P34) and C. glabrata (ATCC 2001, P11 and P31) for UDA were performed by minimal inhibitory concentration (MIC), minimal fungicidal concentration (MFC) and time-kill assays. For evaluate the effects of UDA-released on Candida biofilms, specimens of denture liner containing UDA (experimental group) or not (control group) were saliva-coated and then, biofilms of mentioned strains were developed on such surfaces. At adhesion phase, 24, 48 and 72 h, developed biofilms had their cells counts analyzed by serial dilution; metabolic activity by XTT reduction assay; biofilm structure by confocal laser microscopy; and enzymatic activity of proteinases and phospholipases by colorimetric methods. Data were subjected by analysis of variance followed by Tukey test with a significance level of 5%. UDA-released concentrations from denture liner were within the ranges of MIC and MFC for all strains evaluated. Time-kill results demonstrated that UDA at MIC had a fungistatic behavior for at least 8 hours of exposition for all strains investigated. The presence of UDA did not alter the cell counting, metabolic activity, biofilm structure and enzymatic secretion in the early stages of colonization (adhesion and 24 h) for both species investigated (p > 0.05). At UDA exposure, mature biofilms (48 and 72 h) of C. albicans presented lower cell counts (p < 0.05) and metabolic activity (p = 0.001), although structural changes and enzymatic secretion were not identified (p > 0.05). In contrast, C. glabrata mature biofilms showed higher cell counts (p = 0.004), metabolic status (p < 0.001) and also high secretion of proteinases in the experimental group (p < 0.001). Within the limitations of this study, it could be concluded that UDA-released from DL did not avoid Candida biofilms colonization / Mestrado / Protese Dental / Mestre em Clínica Odontológica

Orientador: Tomomassa Yano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas,. Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T11:00:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thome_JacquelineDarcSilva_M.pdf: 1223668 bytes, checksum: 17699f260f82fb8a09136004fcc1e28a (MD5) Previous issue date: 2006 / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Elisa Maria Aparecida Giro / Resumo: O peróxido de hidrogênio (H2O2) é considerado uma das principais fontes endógenas de estresse oxidativo para bactérias orais. Contudo, o seu papel no processo de desenvolvimento da cárie dentária ainda não está completamente elucidado. O objetivo deste estudo in vitro foi gerar uma cepa de Streptococcus mutans tolerante ao H2O2, e avaliar a habilidade do H2O2 em afetar a formação e a virulência de biofilmes de S. mutans. Para gerar a cepa tolerante ao H2O2, a cepa de S. mutans UA159, foi reativada em placas de agar BHI e incubadas (48 horas, a 37°C e 5% de CO2). Duas a cinco colônias foram transferidas para tubos falcon contendo 2 mL de caldo BHI suplementado com 1% de glicose e incubadas por 18 horas, sob as mesmas condições. As culturas foram diluídas 1:20 em meio de cultura fresco, incubadas até atingirem a fase exponencial de crescimento, centrifugadas, lavadas, ressuspensas em glicina, e submetidas a tratamento com 80 mM de H2O2. Esses procedimentos foram repetidos por oito vezes, e as colônias sobreviventes foram consideradas tolerantes. Em seguida, para o crescimento do biofilme, foi usado um modelo de aderência ativa. Lamínulas de vidro estéreis, jateadas com óxido de alumínio, foram imersas em saliva filtrada para a formação da película adquirida. Posteriormente, foram imersas verticalmente em 2,8 mL de caldo BHI com 1% de sacarose (n=12 por grupo) inoculado com 106 UFC/mL da cepa controle (grupo GC) ou da cepa tolerante ao H2O2. Para a cepa tolerante ao H2O2, em um ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hydrogen peroxide (H2O2) is one of the main endogenous sources of oxidative stress for oral bacteria. However, its role in the dental caries development has not been fully elucidated. The objective of this in vitro study was to generate a strain of S. mutans tolerant to H2O2, and to evaluate the ability of H2O2 to affect the biofilm formation and virulence of S. mutans. To generate the H2O2 tolerant strain, S. mutans UA159 was reactivated on BHI agar plates, and incubated (48 hours at 37 oC and 5% CO2). Two to five colonies of the microorganism were transferred to falcon tubes containing 2 mL of BHI broth supplemented with 0.8% glucose and incubated under the same conditions for 18 hours. The culture was diluted 1:20 in fresh culture medium, incubated again until reaching the mind-log growth phase, centrifuged, washed, suspended in glycine, and treated with 80 mM H2O2. These procedures were repeated for eight times, and then the surviving colonies were considered tolerant. Next, the biofilm were grown on glass slides using an active adherence model. First, sterile glass slides, sandblasted with aluminum oxide, were immersed in filtered saliva to form the acquired pellicle. After that, the slides were immersed vertically in 2.8 mL of BHI broth with 1% sucrose (n = 12 per group) and inoculated with 106 CFU/mL of the control strain (GC Group) or H2O2 tolerant strain. For the H2O2 tolerant strain, in a group (GTcPH group) 80 mM H2O2 were added in the culture medium and in the oth... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ary Fernandes Júnior / Resumo: O aumento no número de bactérias multirresistentes aos fármacos antibacterianos é preocupação de saúde pública e tem motivado pesquisas na buscsa por antimicrobianos alternativos para minimizar este problema, e na obtenção de substâncias com capacidade de matar bactérias e/ou interferir com a sua patogenicidade. O Staphylococcus aureus é uma bactéria altamente virulenta, capaz de causar inúmeras doenças, incluindo intoxicações alimentares. Esta bactéria se tornou resistente aos diversos antimicrobianos ao longo dos anos com destaque para o S. aureus meticilina-resistente (MRSA). O peptídeo antimicrobiano (AMP) nisina, bacteriocina produzida por Lactococcus lactis é um que vem sendo estudado na forma de nanoemulsões e nanopartículas. O objetivo desse estudo foi sintetizar, caracterizar e testar nanoemulsões e nanopartículas de ouro (AuNPs) de nisina, para a verificação da ação antibacteriana, através da Concentração Inibitória Mínima (CIM), atividade antibiofilme, antienterotoxina, atividade hemolítica, ação sobre a membrana bacteriana determinada pelo extravasamento de proteínas, sobre linhagens padrões ATCC de S. aureus, e teste de viabilidade celular em linhagem HCT-116 por citometria de fluxo. Os tratamentos utilizados foram nisina, cinco nanoemulsões com nisina (Nano-Nis), AuNPs com nisina (AuNPs-Nis), AuNPs com Nano-Nis (AuNPs + Nano-Nis) e AuNPs-Nis com nanoemulsão (AuNPs-Nis + Nano). De acordo com os resultados obtidos para CIM, observou-se que para a cepa ATCC 33591 d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The growth in the number of multiresistant bacteria resistant to traditional antimicrobial drugs is a public health concern which has been motivated researchs worldwide, seeking new antimicrobial drugs to minimize this problem besides getting new substances able to erradicate bacteria and/or interfer with their pathogenicity. Staphylococcus aureus is a highly virulent bacteria, able to cause countless diseases including food poisoning. This bacteria got resistant to many antimicrobials within the years, highlighting the S. aureus metchilin-resistant (MRSA). The antimicrobial peptide (AMP) nisin, bacteriocin synthesized by Lactococcus lactis, is one that has been studied in nanoemulsions and nanoparticles. The objective of this study was to synthesize, characterize and evaluate nanoemulsions and gold nanoparticles (AuNPs) with nisin, to verify their antibacterial action, using the Minimum Inhibitory Concentration (MIC), antibiofilm activity, antienterotoxin activity, hemolytic activity, action on bacterial membrane determined by protein leakage, on MRSA ATCC strains, and cell viability in HCT-116 strain by flow citometry. The treatments used were nisin, five nanoemulsions with nisin (Nano-Nis), AuNPs with nisin (AuNPs-Nis), AuNPs with Nano-Nis (AuNPs + Nano-Nis) and AuNPs-Nis with nanoemulsion (AuNPs-Nis + Nano). According to the results obtained for MIC, it was observed that for the MRSA strain ATCC 33591, the number 1 formulation of nanoemulsions was the more efficient betwe... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

As leveduras do gênero Candida são responsáveis por 80% das infecções fúngicas sistêmicas. Nas Unidades de Terapia Intensiva, essas leveduras estão envolvidas em aproximadamente 17% das infecções. Essas doenças aumentam o tempo de hospitalização, resultando em aumento de gastos; além disso, as infecções sistêmicas causadas por Candida spp. apresentam elevada taxa de mortalidade. A candidemia representa grande parte das candidíases invasivas e sua epidemiologia pode variar de acordo com o local de estudo, práticas hospitalares e país estudado. Assim, o objetivo do presente estudo foi caracterizar 79 isolados de candidemia de pacientes internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto de junho de 2014 a novembro de 2015. Para isso, os isolados foram submetidos a testes de microdiluição em caldo para a determinação da Concentração Inibitória Mínima dos antifúngicos anfotericina B, caspofungina, fluconazol e voriconazol; testes para avaliar a produção de fatores de virulência: hemolisina, fosfolipase e proteinase; e genotipagem por Pulsed-field Gel Electrophoresis, Microsatellite Length Polymorphism e Multilocus Sequence Typing. Como esperado, C. albicans foi a espécie predominante (44%), seguida por C. glabrata (19%), C. tropicalis (19%), C. parapsilosis (14%) e C. orthopsilosis (4%). Os isolados, em geral, não apresentaram resistência aos antifúngicos testados. Entretanto, todos os isolados de C. glabrata e um isolado de C. parapsilosis apresentaram-se suscetíveis dose-dependentes ao fluconazol, três isolados de C. glabrata foram suscetíveis dose-dependentes à caspofungina, um isolado de C. albicans foi suscetível dose-dependente ao voriconazol e um isolado de C. albicans apresentou-se resistente ao fluconazol e voriconazol. Os isolados da espécie C. albicans foram os principais produtores de fatores de virulência. Os resultados dos testes de genotipagem indicaram a espécie C. glabrata apresentou menor variabilidade genética. A incidência de candidemia no período estudado foi de 1,52/1000 admissões e a taxa de mortalidade foi de 52%. O principal fator de risco foi antibioticoterapia (86%), seguido de sonda vesical (68%), acesso venoso central (60%), cirurgias (54%), nutrição parenteral (42%) e neutropenia (14%). Das doenças de base, o câncer sólido estava presente em 28% dos pacientes, seguido por diabetes (23%), doenças gastrointestinais (20%) e doenças hepáticas (15%). Finalmente, os resultados obtidos são úteis para o melhor entendimento do perfil da candidemia no hospital estudado e podem auxiliar na escolha da terapia empírica para essa doença / Candida spp. are responsible for 80% of all systemic fungal infections. In the Intensive Care Units, these yeasts are present in 17% of all infections. These diseases result in extended hospitalization, leading to increased hospital costs; besides, the systemic infections caused by Candida spp. are related to high mortality rates. Candidemia is the main invasive candidiasis and its epidemiology may vary among study location, local healthcare practices and studied countries. Therefore, the aim of this study was to characterize 79 bloodstream isolates from patients of the Hospital das Clínicas of Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, from June 2014 to November 2015. The Minimal Inhibitory Concentration of amphotericin B, caspofungin, fluconazole and voriconazole was determined using broth microdilution; virulence factor production was analyzed; and the strains were typed by Pulsed-field Gel Electrophoresis, Microsatellite Length Polymorphism and Multilocus Sequence Typing. As expected, C. albicans was the most predominant species (44%), followed by C. glabrata (19%), C. tropicalis (19%), C. parapsilosis (14%) and C. orthopsilosis (4%). In general, the strains did not show resistance to the tested antifungals. However, all C. glabrata and one C. parapsilosis isolates exhibited dose-dependent susceptibility to fluconazole, three C. glabrata isolates exhibited dose-dependent susceptibility to caspofungin, one C. albicans isolate was susceptible dose-dependent to voriconazole and one C. albicans isolate was resistant to fluconazole and voriconazole. Candida albicans strains were the main virulence attributes producer. C. glabrata isolates showed less genetic variability than the others studied species. The candidemia incidence was 1.52 per 1,000 admissions, and the mortality rate was 52%. The main risk factors were antibiotic therapy (86%), followed by urinary catheterization (68%), central venous access (60%), surgical procedures (54%), parenteral nutrition (42%) and neutropenia (14%). The most common underlying diseases were solid cancer (28%), diabetes (23%), gastrointestinal disease (20%) and liver disease (15%). Finally, the results are useful to bring a better comprehension of candidemia in the studied hospital and can help in the identification of efficient empirical treatment strategies

No Brasil, os cânceres de cólon e de reto são considerados as neoplasias gastrintestinais mais comumente observadas na população. Nos últimos anos vêm se relatando na literatura nacional e internacional a possível relação da presença de microrganismos com o desenvolvimento de câncer; entretanto, ainda não se observam evidências científicas convincentes dessa interação. Este estudo teve como objetivo determinar a presença e participação dos diferentes patótipos de Escherichia coli em pacientes com e sem câncer de reto. Foram coletadas amostras fecais de pacientes com neoplasia de reto, e de indivíduos sadios sem sinais de câncer (pólipos e/ou tumor), usadas como controle. Uma porção fecal foi semeada em ágar MacConkey isolando-se aletaoriamente quatro colônias de cada amostra. A identificação em nível de espécie, e dos patótipos, assim como dos fatores de virulência das cepas extra-intestinais de E. coli foi realizada por PCR convencional. Para a caracterização molecular das E. coli foi usada a técnica de ERIC-PCR. Os pacientes com neoplasia de reto apresentaram idade média de 63 anos de idade (P < 0,001). A ocorrência de E. coli extra-intestinal (ExPEC; 44,17%) foi menor que as cepas de E. coli diarreiogênicas (DEC; 49,2%). A presença de E. coli enteroagregativa típica (tEAEC) foi observada em 44,1% das amostras fecais de pacientes com câncer de reto e em indivíduos sadios (12,9%) (P = 0,003); entretanto, as E. coli enteropatogênicas atípicas (aEPEC) foram isoladas em ambos os grupos de pacientes (câncer: 37,3%; sadios: 48,4%). O gene afa/dra da adesina Afa/Dr foi observado em maior prevalência nas ExPEC isoladas de pacientes com câncer (P < 0,001). As cepas de E. coli mostraram combinações gênicas que variaram de 2 a 8 genes, observando-se 39 e 24 combinações gênicas nas cepas de pacientes com câncer e sadios, respectivamente. Pelo ERIC-PCR observou-se elevada diversidade genética em todas as cepas. Foi observada a presença dos oito filogrupos de E. coli, sendo o filogrupo B2 (55,2%) o mais predominante. Os filogrupos D e E não agruparam cepas de indivíduos sadios. Os resultados sugerem maiores estudos para determinar o papel das DEC, particularmente das aEPEC, tEAEC e ExPEC de forma individual ou em associação, avaliando-se o provável sinergismo e/ou a co-infecção de diferentes patótipos nesses processos, assim como sua presença no trato intestinal em pacientes assintomáticos com câncer de reto. / In Brazil, colon and rectal cancer are increasing and they are considered the gastrointestinal neoplasia most commonly observed in the population. In recent years, national and international literatures have shown a possible correlationship among the presence of microorganisms with the development of cancer; however, no convincing scientific evidence of this interaction has been observed. This study aimed to determine the presence and participation of different pathotypes of Escherichia coli isolated from patients with or without rectal cancer. Fecal samples were collected from patients with rectal cancer and healthy individuals with no signs of cancer (polyps and/or tumor) used as a control. Feces were plated onto agar MacConkey and four strains were randomly selected from each sample. Conventional PCR was used for identification of E. coli and pathotypes, as well as to detect virulence genes in extra-intestinal strains. The molecular characterization of E. coli was performed by ERIC-PCR. Patients with rectal cancer were mean age of 63 years old (P < 0.001). Diarrheogenic E. coli (DEC, 49.17%) were more prevalent than extra-intestinal E. coli (ExPEC, 44.17%). The presence of tEAEC was observed in 44.1% of the patients with cancer compared to healthy (12.9%) (P = 0.003). Atypical enteropathogenic E. coli (aEPEC) strains were isolated in both patient groups (cancer: 37.3%; healthy: 48.4%). The gene afa/dra for adhesion Afa/Dr was observed in higher prevalence than in ExPEC strains in patients with cancer and healthy subjects (P < 0.001). E. coli strains showed genetic combinations from 2 to 8 genes, showed 39 and 24 genetic combinations in strains from cancer and healthy patients, respectively. All strains showed high genetic diversity by ERIC-PCR. It was observed presence of eight filogroups and B2 filogroup (55.2%) was the most prevalent. Filogroups D and E were absent in strains from healthy. The results suggest further studies to determine the role of DEC, particularly aEPEC, tEAEC, and ExPEC, individually or in combination, and the synergism and co-infection of different pathotypes in these processes, as well as its presence in the intestinal microbiota in asymptomatic patients with rectal cancer.

Bacillus thuringiensis subsp. israelensis é uma bactéria gram positiva, amplamente utilizada no controle de insetos Diptera, família Culicidae, tais como Aedes aegypti e Culex quinquefasciatus. O sequenciamento de genomas completos de estirpes de B. thuringiensis tem permitido a identificação e caracterização de proteínas inseticidas, assim como a realização de estudos de genômica comparativa, permitindo evidenciar diferenças funcionais e filogenéticas. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo realizar análises genômicas de quatro isolados de B. thuringiensis subsp. israelensis que apresentam diferentes toxicidades para larvas de A. aegypti e C. quinquefasciatus. O sequenciamento dos genomas dos isolados T0124, T0131, T0137 e T0139 foi realizado a partir da plataforma MiSeq-Ilumina, e a montagem e anotação foram feitas utilizando ferramentas do programa de bioinformática Geneious. As análises resultaram em cromossomos com tamanhos aproximados de 5.414 Kb, conteúdo G+C de 35,2% e 5.358 regiões codificantes. Com relação ao conteúdo extracromossomal, foram montados três plasmídeos menores de 5,4; 6,8 e 7,6 Kb, e três plasmídeos maiores de 127, 235 e 359 Kb para todos os isolados, e estes foram enumerados de 1 a 6. A anotação revelou que apenas os plasmídeos de número 4, que correspondem ao pBtoxis, possuem proteínas inseticidas, sendo elas Cry4Aa, Cry4Ba, Cry11Aa, Cry10Aa, Cyt1Aa, Cyt2Ba e Cyt1Ca. A análise comparativa entre os genomas demonstra que os cromossomos T0124, T0131, T0137 e T0139 apresentam sequências colineares e com 99% de identidade, e seus respectivos plasmídeos 1, 2, 3, 4, 5 e 6 compartilham todas as suas regiões codificantes, incluindo aquelas relacionadas a δ-endotoxinas. A comparação de sequências de enterotoxinas, metaloproteases e fosfolipases demonstra que estes também são conservados entre os genomas. Na análise filogenética, os cromossomos T0124, T0131, T0137 eT0139 agruparam-se juntamente com os genomas dos isolados AM65-52 e HD-789 disponíveis no GenBank, sugerindo uma estreita relação genética entre estirpes de B. thuringiensis subsp. israelensis. Os isolados T0124, T0131, T0137 e T0139 apresentam diferentes concentrações letais para larvas de A. aegypti e C. quinquefasciatus, e a adição de dados proteômicos aos dados genômicos, aqui obtidos, poderão auxiliar na compreensão destas diferenças de toxicidade. Contudo as análises comparativas entre os genomas dos isolados T0124, T0131, T0137 e T0139 mostram alto grau de conservação genética a nível de nucleotídeos de B. thuringiensis subsp. israelensis. / Bacillus thuringiensis subsp. israelensis is a gram-positive bacterium widely used to control insects of the order Diptera, such as Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) and Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae). The sequencing of complete genomes of B. thuringiensis strains has allowed the identification and characterization of insecticidal proteins, as well as the comparative genomic studies, allowing the identification of functional and phylogenetic differences. In this context, the present study aimed to perform genomic analysis of four isolates of B. thuringiensis subsp. israelensis having different toxicities for larvae of A. aegypti and C. quinquefasciatus larvae. Sequencing of genomes of the isolates T0124, T0131, T0137 and T0139 was performed from the MiSeq-Ilumina platform, and assembly and annotation were done using tools from the Geneious bioinformatics program. The analyzes resulted in chromosomes with approximate sizes of 5,414 Kb, G + C content of 35.2% and 5,358 coding regions. Regarding extrachromosomal content, three smaller plasmids of 5.4, 6.8 and 7.6 Kb, and three larger plasmids of 127, 235 and 359 Kb were assembled for all the isolates, and these were enumerated from 1 to 6. The annotation revealed that only the plasmids of number 4, corresponding to pBtoxis, possess insecticidal proteins, being Cry4Aa, Cry4Ba, Cry11Aa, Cry10Aa, Cyt1Aa, Cyt2Ba and Cyt1Ca. Comparative analysis between the genomes demonstrates that chromosomes T0124, T0131, T0137 and T0139 have collinear sequences and 99% identity, and their respective plasmids 1, 2, 3, 4, 5 and 6 share all of their coding regions, including those related to δ-endotoxins. Comparison of enterotoxin, metalloprotease and phospholipase sequences shows that these are conserved among the genomes. In the phylogenetic analysis, chromosomes T0124, T0131, T0137 and T0139 were grouped together with the genomes of the isolates AM65-52 and HD-789 available in GenBank, suggesting a close genetic relation between strains of B. thuringiensis subsp. israelensis. The isolates T0124, T0131, T0137 and T0139 present different lethal concentrations to larvae of A. aegypti and C. quinquefasciatus, and the addition of proteomic data to the genomic data obtained here may help to understand these differences in toxicity. However, the comparative analyzes between the genomes of isolates T0124, T0131, T0137 and T0139 show a high degree of genetic conservation at the nucleotide level of B. thuringiensis subsp. israelensis.

EPECa tem sido identificada como o principal agente de diarreia aguda em crianças de países em desenvolvimento. Biofilmes são estruturas bacterianas envoltas por uma matriz de exopolissacarídeos. O objetivo deste estudo foi verificar a influência de diferentes condições de cultivo na formação de biofilme por EPECa isoladas de crianças com diarreia e pesquisar a presença de genes relacionados com a formação de biofilme. As sequências genéticas dos genes csgA, crl, fimH e bcsA foram pesquisadas através da PCR e verificadas em 6 (26%), 23 (100%), 22 (95,6%) e 23 (100%) das amostras respectivamente. A formação de biofilme em placas de MTP por EPECa foi melhor evidenciada em meio LB sem sal a 26 °C e em caldo E. coli a 37 °C, tanto em número de amostras quanto em intensidade da formação de biofilme. As microscopias confocal e de varredura propiciaram uma análise qualitativa de microcolônias e pilares, além de EPS respectivamente. As condições de cultivo devem ser usadas com precaução para realmente aferir a capacidade de formação de biofilme por amostras de EPECa. / aEPEC has been identified as the main agent of acute diarrhea in children in developing countries. Biofilms are bacterial structures which are surrounded by a matrix of exopolysaccharides. The aim of this study was investigate the influence of different culture conditions on biofilm formation by 23 aEPEC strains isolated from children with diarrhea and search for the presence of genes related to biofilm formation. The genetic sequences of the csgA, crl, fimH and bcsA genes were screened by PCR and were found in 6 (26%), 23 (100%) 22 (95.6%) and 23 (100%) of the strains respectively. Biofilm formation in MTP plates for aEPEC strains was better evidenced in LB medium without NaCl at 26 ° C and in E. coli broth at 37 ° C, both in number and intensity of biofilm formation. The confocal and scanning electron microscopy provided a qualitative analysis of structures such as microcolonies and pillars, and respectively EPS. The growing conditions should be used with caution to measure the real ability of biofilm formation by strains of aEPEC.