O refluxo gastro-esofágico é considerado fator responsável pela dificuldade alimentar na infância. A ocorrência de experiências negativas como vômitos, regurgitações, muitas vezes associadas a engasgos, esofagite, disfagia, odinofagia, pirose e dor retroesternal geram comportamentos de aversão ou recusa alimentar e desorganizam o processo de deglutição e alimentação. O presente estudo teve por objetivo avaliar a deglutição em crianças com diagnóstico clínico de refluxo gastroesofágico (RGE). Foram selecionadas 37 crianças, com diagnóstico clínico de refluxo gastro-esofágico e refluxo gastro-esofágico associado a queixas de dificuldades alimentares, com idades variando de 7 meses a 3 anos e 1 mês, idade média de 15,35 meses, sendo 25 (67,6%) do gênero masculino e 12 (32,4%) do gênero feminino. Participaram do grupo controle 15 crianças, saudáveis (estado geral e nutricional), que foram cuidadosamente triadas para assegurar adequado desenvolvimento neuropsicomotor e ausência de sintomas de refluxo gastro-esofágico e problemas respiratórios de repetição, na faixa etária de 6 meses a 3 anos e 2 meses, idade média de 20,5 meses; 9 (60,0%) do gênero feminino e 6 (40,0%) do gênero masculino. Para a avaliação funcional da deglutição foram utilizadas dietas de consistências líquida, pastosa e sólida em volume inicialmente de 5 ml e após em volume livre, habitualmente utilizado pela criança. Na avaliação videofluoroscópica, utilizou-se das dietas de consistências líquida e pastosa, em volume livre para o leite e 5 ml para a dieta pastosa, adicionadas ao contraste de bário. As crianças com refluxo gastro-esofágico apresentaram alterações na avaliação clínica com ingestão menos freqüente de consistência sólida, presença de náusea, recusa alimentar, engasgos e irritabilidade alimentar. Na avaliação objetiva para o alimento de consistência líquida houve penetração laríngea e movimento compensatório de cabeça em extensão, sendo este último também observado para o alimento de consistência pastosa. Entretanto, não houve diferença entre os tempos das fases da deglutição. O estudo permitiu concluir que crianças com RGE apresentam dificuldades relacionadas à aceitação alimentar, porém os tempos da dinâmica orofaríngea da deglutição não se alteram. / Gastroesophageal reflux is considered cause of infants feeding disorder. Negative experience such as vomiting, regurgitation; several times may be associated to choking, dysphagia and painfull swallowing produce aversion or feed refusal and causes a break up in the swallowing and feeding processes. This study evaluated the swallowing process in children with gastroesophageal reflux (GER), confirmed clinically and radiographically. We selected 37 children, with GER and GER complaints of feeding disorders, ages range from 7 months to 37 months, mean age of 15,4 months, consisted 25 males (67,6%) and 12 females (32,4%). The control group (GC) consisted of 15 healthy children (general and nourishing states), carefully chosen for not having any symptoms of GER, repetitive breathing disorders or developmental delays. The ages varied form 6 to 38 months, with mean age of 20,5 months, being 6 males (40%) and 9 females (60%). Swallowing evaluation (functional) considered three diets consistency: liquid, semi-solid and solid, beginning with 5 ml followed by free volume taken habitually by children. Free volume of milk and 5 ml of semi-solid, mixed with barium, were used during the videofluoroscopy. Children with GER presented alteration in clinical evaluations on 64,9% (n=24) and the control group on 13,3% (n=2), swallowing less diet solid diet, presents nausea, feeding refusal, choking and irritation. Videofluoroscopy evaluation for liquids, showed laryngeal penetration on 61,8 % (n =21) , GC 33,3% (n=5), and backward compensatory movement in 64,7% (n=22) e GC 0%, it was similar for the semi-solid diet 41,2% (n=14) e GC (n=0). There was no difference in time of the swallowing phases. This study shows that children with GER present difficulties to accepting feeding although no alteration on the oropharyngeal dynamics timing of swallowing was founded.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:11:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO MARCIO ANDRE DE PAULA FARMACIA.pdf: 930244 bytes, checksum: 84ee19ed6dd9d6a0b3f3414561eb6a1b (MD5) Previous issue date: 2009-08-26 / Celtis iguanaea (Jacq.) Sargent is a small postage plant belonging to the Ulmaceae family, it has very flexible branches, usually in a crossed and overcoated form armed with spines. The leaves are short-petioled, ovals and have sizes that vary from 5-13 cm long and 3-7 cm wide. The tea obtained through it leaves is popularly used for body pain, rheumatism, chest pain, asthma, cramps, poor digestion, and as diuretic. Samples were collected in Campestre-GO, a exsiccates identified and deposited in the Herbarium of UFG under number 40110. It was performed macro and microscopic analysis and part of the botanical material was dried and ground to testing for moisture, total ash and acid insoluble ash, phytochemical screening and obtaining the aqueous extract of leaves of esporão-de-galo (EAEG). The EAEG was obtained by infusion of 3% of the powder of the leaves. Swiss mice (male adult, weighing between 25 to 35 g) were pre-treated orally with EAEG (70, 200 and 600 mg / kg), vehicle (water filtered 10 mL / kg) and ranitidine (50 mg / kg) before induction of gastric lesions by indomethacin (30 mg / kg sc), ethanol 75% (v / v) and by restraint stress and hypothermia. The effects of the extract on the volume, pH and total acidity of gastric secretion were evaluated by the method of pyloric ligation, and the treatments were performed by intraduodenal administration (id). It also assessed the influence of intestinal transit EAEG in animals with previous treatments made orally.. In macroscopic analysis were confirmed common characteristics of the species. In the microscopic analysis it was observed structures, such as: short and long trichomes, unicellular and pluricellular, epidermal cells of various sizes, cells containing druses, prismatic crystals and cystoliths. In phytochemical prospecting was detected the presence of mucilage and secondary metabolites as coumarins and flavonoids. The efficiency of the extraction process was 20%. In models of ulcers induced by different agents: indomethacin, ethanol and stress in doses of 70, 200 and 600 mg/kg, there was reduction in the number of injuries caused by these agents. When the EAEG was administered by intraduodenal route, there was reduction in the volume of total and free acidity of gastric secretion in mice with ligation of pylorus. In assessing the influence of EAEG on intestinal transit was observed increase only with the dose increased to 600 mg/kg. The results suggest that the EAEG contains active ingredients gastro protectors that do not reduce intestinal motility and may justify the popular use of the plant to gastritis and ulcers / A Celtis iguanaea (Jacq.) Sargent é uma planta de pequeno porte pertencente à família Ulmaceae, possui ramos muito flexíveis, geralmente em forma de zigue-zague, compridos e armados de espinhos. As folhas são curto-pecioladas, ovado-oblongas ou ovadas e possui tamanhos que podem variar de 5-13 cm de comprimento e 3-7 cm de largura. O chá das folhas desta planta é usado popularmente para dores no corpo, reumatismo, dores no peito, asma, cólicas, mádigestão e como diurético. Amostras das folhas foram coletadas em Campestre-GO, identificadas e uma exsicata depositada no Herbário da UFG sob o nº 40110. Foram realizadas análises macro e microscópicas e parte do material botânico foi seco e triturado para a realização dos testes de umidade, cinzas totais e insolúveis em ácido, triagem fitoquímica e obtenção do extrato aquoso das folhas do esporão-degalo (EAEG). O EAEG foi obtido por infusão a 3% do pó das folhas. Camundongos Swiss (machos, adultos, pesando entre 25 35 g) foram pré-tratados oralmente com EAEG (70, 200 e 600 mg/kg), veículo (água filtrada 10 mL/kg) e ranitidina (50 mg/kg), antes da indução das lesões gástricas por endometacina (30 mg/kg s.c.), etanol 75% (v/v) e estresse por contenção e hipotermia. Os efeitos do extrato sobre o volume, pH e acidez total da secreção gástrica foram avaliados pelo método da ligadura pilórica, sendo que os tratamentos foram realizados por via intraduodenal (i.d.). Avaliou-se também a influência do EAEG no trânsito intestinal dos animais, com tratamentos prévios realizados por via oral. Na análise macroscópica observouse características comuns da espécie. Na análise microscópica observou-se estruturas, tais como: tricomas tectores curtos e longos, unicelulares e pluricelulares, células epidérmicas de tamanhos variados, células contendo drusas, cristais prismáticos e cistólitos. Na prospecção fitoquímica foi detectada a presença de mucilagem, cumarinas e flavonóides. O rendimento do processo extrativo para obtenção do EAEG foi de 20%. Nos modelos de úlceras induzidas pelos diferentes agentes: indometacina, etanol e estresse nas doses de 70, 200 e 600 mg/kg, observou-se redução do número de lesões provocadas por esses agentes. Quando o EAEG foi administrado pela via intraduodenal, observou-se diminuição do volume, da acidez livre e total da secreção gástrica em camundongos com ligadura de piloro. Na avaliação da influência do EAEG sobre o trânsito intestinal observou-se aumento somente com a dose de 600 mk/kg. Os resultados encontrados neste trabalho permitem sugerir que o EAEG contêm princípios ativos gastroprotetores que não reduzem a motilidade intestinal podendo justificar o uso popular da planta para tratar gastrites e úlceras

Un des enjeux relatifs à la durabilité des élevages équins est d’accroître la part de l’herbe dans l’alimentation sans compromettre les performances animales. Les chevaux à forts besoins, comme la jument en lactation, sont en effet couramment complémentés au pâturage alors même que l’impact de la complémentation sur leur ingestion et leurs performances n’est pas connu. Un second enjeu est d’identifier des solutions alternatives aux anthelminthiques pour gérer leurs parasites gastro-intestinaux en évitant le développement de résistances et le rejet de molécules toxiques dans l’environnement. Notre première expérimentation a montré qu’en conditions de pâturage non limitantes, la complémentation énergétique n’était pas indispensable. Les juments en lactation non complémentées ont accru leurs quantités ingérées journalières jusqu’à 28 g MS.kg PV -1 .j -1 , un niveau d’ingestion permettant de satisfaire leurs besoins énergétiques. La croissance des poulains et leur conformation n’ont donc pas été affectées par l’absence de complémentation énergétique, celle-ci n’ayant par ailleurs pas permis aux juments de mieux réguler leur charge parasitaire. La deuxième expérimentation, a permis de préciser le seuil en deçà duquel la complémentation énergétique devient nécessaire pour couvrir les besoins de la jument en lactation. Pour un pâturage au fil de repousses végétatives celui-ci a été estimé à 66 g MS.kg PV-1.j -1 , ce qui correspond à une hauteur de sortie de parcelle à 5,4 cm au stick, soit 4,5 cm à l’herbomètre à plateau. Enfin, la troisième expérimentation en box a permis de mettre en évidence l’efficacité d’une distribution de courte durée de sainfoin, une légumineuse riche en tanins condensés, pour réduire le développement des œufs de nématodes en larves infestantes ; une complémentation azotée « simple » s’est en revanche révélée inefficace. L’ensemble de ces résultats ouvre des perspectives pour optimiser la conduite alimentaire de la jument en lactation au pâturage. / Sustainable horse breeding requires increasing the proportion of herbage in horse diet without affecting animal performance. Horses with high requirements such as lactating mares are commonly supplemented at pasture, while the consequences of energy supplementation on intake and performance remain unknown. Another priority is to identify alternatives to chemical anthelmintic for gastro-intestinal parasite management in order to limit the spread of antibiotic resistance and the dumping of pharmaceutical residues into the environment. A first experiment showed that supplementing lactating mares at pasture should not be systematic because, under non-limiting conditions, their adaptive capacities enabled them to increase herbage intake up to 28 g DM.kg LW -1 .d -1 and ensure foal growth. In addition, energy supplementation did not allow mares to better regulate their parasite burden. A second experiment allowed us to precise the herbage allowance threshold below which energy supplementation is required. Under strip-grazing conditions it was estimated at 66 g DM.kg LW -1 .d -1 , which corresponds to a post-grazing height of 5.4 cm using sward stick. A third experiment has revealed the potential of secondary metabolites of sainfoin to reduce the nematode larval development, while no effect was observed with a short-term protein supplementation. These original results have practical implications for a better management of lactating saddle mares at pasture.

Les nématodes gastro-intestinaux sont des parasites de la caillette des petits ruminants qui posent des contraintes majeures pour l’élevage de ces animaux dans le monde. Récemment leur impact économique a augmenté notamment à cause de l’apparition de nématodes résistants aux anthelminthiques. La sélection génétique pourrait être une stratégie complémentaire des traitements chimiques. Dans cette thèse, nous avons exploré la variabilité génétique disponible qui permettrait une sélection sur la résistance aux nématodes. Les résultats obtenus en termes d’héritabilités, corrélations génétiques et QTLs, suggèrent que la variation génétique des populations étudiées pourrait satisfaire les requis d’un objectif de sélection permettant à la fois d’améliorer la résistance aux nématodes et la croissance des animaux. En outre, l’identification de loci SNP associés à la variation observée sur les caractères de résistance aux nématodes pourrait nous permettre d’améliorer la réponse à la sélection. / Abomasal nematodes are a major constraint to small ruminants industry worldwide. Recently their economic impact has increased due to the recrudescence of anthelmintic resistance among many parasite populations. Genetic selection might be a valid strategy for enhancing the efficacy of anthelmintics. We explored the genetic variability, in both sheep and goat, possibly available for a breeding plan featuring parasite resistance as its breeding goal. The results obtained in terms of heritabilities, genetic correlations and QTLs, suggest that the variation in the genetic pool of the population under study might comply with the requirements of a breeding goal including both parasite resistance and production traits. Furthermore, marker assisted selection could be a feasible option to enhance the selection response.

La majeure partie de l'héritabilité des maladies inflammatoires des intestins (MICI) comprenant essentiellement la maladie de Crohn (MC) et la rectocolite ulcéro-hémorragique (RCUH) reste manquante. A côté des formes classiques de MICI polygéniques, un nombre croissant de maladies rares monogéniques avec un syndrome d’immunodéficience primaire innée ou acquise (ou Primary Immune Deficiency (PID) disorders) et un tableau clinique de maladie inflammatoire gastro-intestinale semblable aux MICI ont été identifiées au cours de ces dernières années. Les gènes mutés au sein de ces PID pourraient contenir des variants rares associés aux MICI dont l'identification aurait échappé aux études d'association du génome (GWAS) et qui pourraient être détectés avec le séquençage à haut débit. Nous avons sélectionné 23 gènes candidats associés à dix maladies monogéniques avec manifestations gastro-intestinales inflammatoires ressemblant aux MICI et avons évalué la contribution éventuelle de ces gènes à la prédisposition héréditaire à développer une MC via d'une part une étude d'association sur base des données de génotypage de 17000 patients atteints de MC issus des GWAS de l'IIBDGC et d'autre part, via une étude de séquençage à haut débit au sein d'une cohorte de 2390 patients atteints de MC. Nous avons identifié 4 nouveaux variants du gène XIAP qui sont associés chez les patients porteurs de la mutation, à un défaut d'activation de la voie de NOD2 après stimulation par le muramyl dipeptide (MDP). En complément à l'étude des formes monogéniques de MICI, les formes non européennes peuvent également constituer une source de données à exploiter pour pallier à l'héritabilité manquante. En effet, la plupart des GWAS ont été effectuées au sein de populations d'origine européenne. Or en combinant plusieurs groupes ethniques, il est possible d'identifier de nouveaux loci de susceptibilité tel qu'on a pu l'observer dans la première étude trans-éthnique réalisée au sein de patients atteints de MICI. Très peu d'études génétiques ont été réalisées au sein de la population d'origine marocaine qui est la population non européenne la plus prépondérante en Belgique. Nous avons entrepris une étude d'association sur des puces de génotypage de type Immunochip au sein d'une population de 306 patients d'origine marocaine atteints de MICI, se focalisant sur les 163 variants communs de susceptibilité connus dans les MICI lorsque l'étude a été débutée. L'étude a identifié une association significative aux MICI pour dix loci notamment au sein des gènes tels que IL23R, JAK2, CARD9 ou CCR6. Ces associations sont nouvelles et n'ont pas été étudiées ou confirmées dans les précédentes études faites au sein de patients d'origine marocaine atteints de MICI. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les antibiotiques ont longtemps été utilisés dans les pratiques d'élevage comme additifs alimentaires pour améliorer la croissance des animaux, comme les porcelets en post-sevrage, ainsi que pour traiter les infections bactériennes, notamment celles causées par Escherichia coli et Salmonella. Cependant, cette pratique a largement contribué à l'émergence de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries commensales et pathogènes, ce qui a conduit à un réel problème de santé publique. Face à l’incidence accrue des infections causées par les bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques, la recherche de solutions alternatives est devenue une urgence et les peptides antimicrobiens naturels (AMPs) et plus particulièrement les bactériocines apparaissent parmi les alternatives prometteuses qui ont été proposées. La microcine J25 (MccJ25) est un peptide antimicrobien produit par Escherichia coli connu pour exercer une puissante activité inhibitrice contre les Enterobacteriaceae, y compris Salmonella. Grâce à sa structure en lasso, la MccJ25 présente une faible sensibilité aux protéases et aux conditions dénaturantes et pourrait ainsi avoir une plus grande stabilité durant un tractus gastrointestinal (GI). Toutes caractéristiques font de la MccJ25 une molécule à fort potentiel d’utilisation comme alternative aux antibiotiques dans le domaine vétérinaire. L’objectif général de cette thèse était d’évaluer le potentiel de MccJ25 comme alternative aux antibiotiques pour l’inhibition de Salmonella dans les conditions physiologiques du tube digestif du porc. Dans la première partie de cette étude, la stabilité et l’activité inhibitrice de la MccJ25 ont été évaluées dans les différents compartiments du tractus GI en utilisant le simulateur dynamique in vitro TIM-1. La MccJ25 a démontré une plus grande stabilité au niveau de l'estomac, tandis qu'une dégradation modérée a été observée dans le compartiment duodénal. Les formes de dégradation de la MccJ25 ont été analysées par LC-MS/MS et selon l’approche des réseaux moléculaires utilisant les outils de la plateforme GNPS, et en présence d'enzymes protéolytiques simulant les conditions duodénales. Les principales enzymes responsables de la dégradation de la MccJ25 ont ainsi pu être identifiées. Dans un deuxième temps, les concentrations minimales inhibitrices (CMI) et bactéricides (CMB) de la MccJ25 ont été déterminées in vitro contre Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport ATCC6962 dans le milieu LB ainsi que dans le milieu Macfarlane qui simule les conditions coliques du porc. Cette activité inhibitrice a été également comparée à celle de deux autres antimicrobiens, la réutérine et la rifampicine. Enfin, dans un troisième temps, l’activité de la MccJ25 contre Salmonella Newport et son impact sur la composition et l’activité métabolique du microbiote colique du porc ont été évalués en utilisant le modèle in vitro de fermentation en continu PolyFermS qui simule les conditions du côlon proximal porcin. L’activité inhibitrice contre Salmonella Newport a été évaluée par la méthode de de diffusion sur gélose, tandis que l’impact sur les différents groupes bactériens du microbiote colique porcin a été quantifié par la méthode de qPCR-PMA et par séquençage Illumina MiSeq. De façon remarquable, la MccJ25 n'a pas induit de modification significative de la composition du microbiote colique, alors qu'elle a fortement inhibé la croissance de Salmonella Newport, contrairement à la réutérine ou la rifampicine. Par ailleurs, l’analyse de l’activité métabolique du microbiote colique à l’aide du logiciel R et effectuée à partir des données de LC-MS, a démontré un effet significatif de la MccJ25 sur le métabolome intracellulaire alors qu’aucun effet significatif n’a été observé sur le métabolome extracellulaire. En conclusion, l’application d’approches microbiologiques, métagénomiques et métabolomiques très originales, variées et complémentaires nous a permis de confirmer le potentiel de la MccJ25 quant à la possibilité de son utilisation comme une alternative aux antibiotiques dans les pratiques d’élevage. Sa stabilité dans les premières étapes de digestion, sa spécificité à l'égard de Salmonella et le fait que son introduction dans le microbiote intestinal n'entraîne pas de dysbiose, la désignent comme un bon candidat dans la lutte contre la salmonellose. Des études complémentaires seront cependant nécessaires afin de confirmer ces résultats in vivo en conditions réelles d’élevage. / Antibiotics have long been used in animal husbandry practices as feed additives to improve animal growth as well as to treat bacterial infections, including those caused by Escherichia coli and Salmonella. However, this practice has largely contributed to the emergence of antibiotic resistance in commensal and pathogenic bacteria, which has led to a real public health problem. The increased incidence of infections caused by antibiotic-resistant pathogenic bacteria, has promoted the search for new alternatives and natural antimicrobial peptides (AMPs), including bacteriocins are among the promising alternatives that have been proposed. Microcin J25 (MccJ25) is an antimicrobial peptide produced by Escherichia coli and known to exert a potent inhibitory activity against Enterobacteriaceae, including Salmonella. Thanks to its lasso structure, MccJ25 has a low sensitivity to proteases and to denaturing conditions suggesting a higher stability in the gastrointestinal tract (GI) conditions. These characteristics make MccJ25 a molecule with high potential for use as an alternative to antibiotics in the veterinary field. The general objective of this thesis was to evaluate the potential of MccJ25 as an alternative to antibiotics for the inhibition of Salmonella in the physiological conditions of the digestive tract of piglet. In the first part of this study, the stability and the inhibitory activity of MccJ25 were evaluated in the different compartments of the GI tract using the dynamic simulator TIM-1. MccJ25 demonstrated higher stability in the stomach compartment; however, a moderate degradation was observed when the peptide entered the duodenum. Degradation products of MccJ25 in duodenal conditions and in the presence of different proteolytic enzymes were further analyzed using LC-MS/MS and subsequent molecular networking analysis using the Global Natural Product Social Molecular Networking platform (GNPS). Thus, the enzymes responsible for the degradation of MccJ25 have been identified. In the second part of the present study, the minimal inhibitory (MIC) and bactericidal (MBC) concentrations of MccJ25 were determined in vitro against Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport ATCC6962 in LB medium as well as in MacFarlane medium that simulates the swine colonic conditions. This inhibitory activity was also compared to that of two other antimicrobials namely reuterin and rifampicin. Finally, the activity of MccJ25 against Salmonella Newport and its impact on the composition and the metabolic activity of the swine colonic microbiota were evaluated using the in vitro continuous fermentation model PolyFermS that simulates the swine proximal colon conditions. The inhibitory activity against Salmonella Newport was evaluated using the agar diffusion assay, while the impact on the different bacterial groups of the swine colonic microbiota was quantified by qPCRPMA method and Illumina MiSeq sequencing. Interestly, MccJ25 did not induce any significant modification of the composition of the colonic microbiota, whereas it strongly inhibited the growth of Salmonella Newport, unlike reuterin and rifampicin. However, the analysis of the metabolic activity of the colonic microbiota using the R software and the LC-MS data, demonstrated a significant effect of MccJ25 on the intracellular metabolome. No significant effect was obtained with extracellular metabolome. In conclusion, the application of very original, varied and complementary microbiological, metagenomic and metabolomic approaches allowed us to confirm the potential of MccJ25 for use as an alternative to antibiotics in the veterinary sector. Its stability in the early stages of digestion, its specificity with regard to Salmonella and the fact that its addition into the intestinal microbiota does not cause any dysbiosis, suggested it as a good candidate as an anti-Salmonella. However, additional studies remain necessary to confirm these results in vivo under real animal use conditions.

Résumé : Introduction : La ventilation nasale, de plus en plus utilisée chez le nourrisson, peut insuffler de l’air dans l’estomac et causer des reflux gastro-œsophagiens (RGO). Parmi les modes de ventilation nasale, l’aide inspiratoire (AIn) devrait entrainer un plus grand nombre de RGO que le neuro-asservissement de la ventilation assistée (NAVAn), où l’insufflation d’air est plus «physiologique». L’objectif principal de l’étude est de comparer le nombre de RGO en NAVAn et en AIn dans notre modèle ovin d’étude du RGO néonatal et de ventilation nasale. Méthodes : Une polysomnographie avec pH-impédancemétrie œsophagienne de 6 h a été effectuée chez 10 agneaux nouveau-nés. L’enregistrement a été répété trois jours consécutifs (une condition par jour) en respiration spontanée, AIn (15/4 cmH[indice inférieur 2]O) et NAVAn (15/4 cmH[indice inférieur 2]O) dans un ordre randomisé. Résultats : Comparé à la respiration spontanée [13 (23)], le nombre de RGO en 6 h a diminué fortement et de façon similaire en AIn [1 (3)] et en NAVAn [2 (2)] (p < 0,05), même pour des RGO faiblement acides et proximaux. De plus, le nombre d’insufflations d’air n’était pas différent entre l’AIn et la NAVAn. Conclusion : L’AIn et la NAVAn inhibent de façon équivalente les RGO chez l’agneau, incluant les RGO faiblement acides et proximaux, si la pression inspiratoire n’est pas trop élevée et malgré le fait que de l’air soit insufflé dans l’œsophage. Ce résultat est identique à celui obtenu avec l’application d’une pression positive continue nasale (6 cmH[indice inférieur 2]O). Il est possible que la pression positive appliquée lors de la ventilation diminue les relaxations transitoires du sphincter inférieur de l’œsophage, mais des études en manométrie œsophagienne sont nécessaires pour comprendre les mécanismes en jeu. // Abstract : Introduction: Nasal ventilation, increasingly used in infants, can blow air in the stomach and cause gastroesophageal reflux (GER). Among the nasal ventilation modes, pressure support ventilation (nPSV) should lead to a greater number of GER than neurally-adjusted ventilatory assist (nNAVA), where the air delivery is more "physiological". The main objective of the study is to compare the number of GER in nNAVA and nPSV in our unique sheep model of neonatal GER and nasal ventilation. Methods: A 6h polysomnographic recording with esophageal pH-impedance was performed in 10 newborn lambs. The recording was repeated for three consecutive days (one condition per day) for spontaneous breathing, nPSV (15/4 cmH[subscript 2]O) and nNAVA (15/4 cm H[subscript 2]O) in a randomized order. Results: Compared with spontaneous breathing [13 (23)], the number of GER in 6h strongly and similarly decreased in nPSV [1 (3)] and nNAVA [2 (2)] (p < 0.05), even proximal and weakly acidic GER. In addition, the number of air insufflations was not different between nPSV and nNAVA. Conclusion: nPSV and nNAVA both inhibit GER in lambs, including weakly acidic and proximal GER, if the inspiratory pressure is not too high and despite the fact that air is blown into the esophagus. This result is identical to the one obtained with the application of a nasal continuous positive airway pressure (6 cmH[subscript 2]O). It is posssible that the applied positive pressure decreases transient relaxations of the lower esophageal sphincter, but esophageal manometry studies are needed to understand the mechanisms involved.

Thesis (MSc)--Stellenbosch University, 2011. / ENGLISH ABSTRACT: The equine gastro-intestinal tract (GIT) is a relatively unexplored niche concerning the presence of natural microbiota. Studies have shown that disruption of the microbial population naturally present in the GIT leads to the onset of several forms of gastro-intestinal disorders. To maintain a balanced microbiota, probiotic bacteria need to be administered at specific levels. Beneficial microorganisms assist with digestion of the feed, absorption of nutrients from the GIT, strengthens the immune system and improves the animal‟s growth. Various combinations of lactic acid bacteria (LAB) have been administered to horses, but have failed to benefit the host in any of the latter criteria. The screening for alternative strains with probiotic properties is thus necessary. Two strains (Lactobacillus equigenerosi Le1 and Lactobacillus reuteri Lr1) were originally isolated from horse faeces. Lactobacillus plantarum 423 and Enterococcus mundtii ST4SA, both bacteriocin-producing strains, were isolated from sorghum beer and soy beans, respectively. All four strains survived growth at acidic conditions (pH 3) and the presence of 0.5%, 1.0% and 1.5% (w/v) bile salts. L. reuteri Lr1 was the most resistant to these conditions. All strains adhered to buccal (cheek) epithelium cells sampled from horses. L. equigenerosi Le1 and E. mundtii ST4SA, however, invaded the cells, but without visible signs of disrupting the cells. None of the strains contained genes encoding adhesion to collagen (Ace), resistance to vancomycin A, B and C, or, production of aggregation substance (AS), cytolysin (Cyl) and, non-cytolysin (β hemolysin III), suggesting that they are non-virulent. Of all strains, L. equigenerosi Le1 competed the best with Clostridium sp. C6 for adherence to epithelial cells. L. equigenerosi Le1 and L. reuteri Lr1, showed the highest level of co-aggregation with Clostridium sp. C6. When the four strains were administered to horses over a period of 10 days, L. reuteri Lr1 was retained the longest (8 days) in the GIT. The numbers of viable cells of Clostridium spp. and Salmonella spp. remained constant during administration of the four strains. Blood analyses showed no negative effects from administering the strains. Total white blood cell counts remained unchanged. However, a small but tentative increase in neutrophil and eosinophil cell numbers has been recorded, suggesting that the LAB may have elicited a mild, transient, intolerance reaction. The glucose, lactate and urea levels decreased during administration with the four LAB strains. / AFRIKAANSE OPSOMMING: Die spysverteringstelsel (SVS) van die perd is 'n relatief onbekende nis wat die voorkoms van natuurlike mikrobiota betref. Studies het getoon dat versteuring van die natuurlike mikrobiese populasie in die SVS aanleiding kan gee tot die ontwikkeling van menige vorms van gastro-intestinale ongesteldhede. Om 'n gebalanseerde mikrobiota te verseker, moet probiotiese bakterieë teen 'n spesifieke vlak toegedien word. Voordelige mikroorganismes bevorder vertering en absorpsie van nutriënte vanaf die SVS, versterk die immuunsisteem en bevorder die groei van die dier. Verskeie kombinasies van melksuurbakterieë is reeds aan perde toegedien, maar sonder ooglopende voordele vir die dier. Die soeke na alternatiewe stamme met probiotiese eienskappe is dus noodsaaklik. Twee melksuurbakterieë (Lactobacillus equigenerosi Le1 en Lactobacillus reuteri Lr1) is oorspronklik uit perdemis geïsoleer. Lactobacillus plantarum 423 en Enterococcus mundtii ST4SA, beide bakteriosienproduserende stamme, is afsonderlik van sorghumbier en sojabone geïsoleer. Al vier spesies groei by lae pH (pH 3) en in die teenwoordigheid van 0.5%, 1.0% en 1.5% (m/v) galsoute. L. reuteri Lr1 is die mees bestand onder hierdie toestande. Al vier stamme het aan wang epiteelselle van perde geheg. L. equigenerosi Le1 en E. mundtii ST4SA het egter die epiteelselle binnegedring, maar sonder opsigtelike vernietiging van die selle. Nie een van die stamme besit gene wat kodeer vir aanhegting aan kollageen (Ace), bestandheid teen vankomisien A, B en C, of produksie van, sel-aggregasie (AS), sitolisien (Cyl) en nie-sitolisien (β-hemolisien III), wat daarop dui dat hulle nie-virulent is. Van al die stamme het L. equigenerosi Le1 die beste met Clostridium sp. C6 vir aanhegting aan epiteelselle gekompeteer. L. equigenerosi Le1 en L. reuteri Lr1, het die beste vlak van ko-aggregasie met Clostridium sp. C6 getoon. Met die toediening van 'n kombinasie van die vier stamme aan die perde oor 'n periode van 10 dae, het L. reuteri Lr1 die langste retensie (8 dae) in die SVS getoon. Die aantal lewende selle van Clostridium spp. en Salmonella spp. het konstant gebly tydens toediening van die vier stamme. Toediening van die vier stamme het geen negatiewe effek getoon met resultate verkry van bloed analises nie. Die totale witbloed seltellings het onveranderd gebly. 'n Klein, maar tentatiewe, toename in neutrofiel- en eosinofiel selgetalle is waargeneem, wat daarop dui dat die melksuurbakterieë 'n geringe allergiese reaksie teweeggebring het. Die glukose, laktaat en ureum vlakke het gedaal tydens die toediening van die vier melksuurbakterie stamme.

Chef de file des inhibiteurs de tyrosines kinase, l’Imatinib Mesylate (IM) a révolutionné la prise en charge de la leucémie myéloïde chronique et des tumeurs stromales gastro-intestiales. En plus de son action directe sur les cellules tumorales, une partie de l’efficacité thérapeutique de l’IM a été attribuée à son aptitude à moduler la réponse immunitaire. Cette propriété soulève la possibilité que les résultats cliniques de l’IM pourraient être améliorés en le combinant efficacement à une immunothérapie. A cet effet, nous avons montré dans un modèle préclinique que l’interleukine-2 (IL-2) – adjuvant des cellules NK – augmente l’efficacité de l’IM. Nous avons également démontré une efficacité supérieure de l’IM en association au cyclophosphamide (CTX) du fait de l’inhibition des lymphocytes T régulateurs. Nous avons donc entrepris un essai clinique de phase 1 associant l’IM, l’IL-2 et le CTX chez des patients ayant une tumeur solide métastatique ou localement avancée. Les objectifs de cet essai sont (i) de déterminer la dose maximale tolérée d’IL-2 associée à l’IM et au CTX ; (ii) d’étudier les paramètres pharmacocinétiques de l’association ; (iii) d’évaluer l’efficacité de l’association et (iv) son effet sur les effecteurs de l’immunité. Au total, 17 patients ont été inclus dans cette étude. La DMT d’IL-2 associée à la dose fixe de 400 mg d’IM correspond à 6 MUI/j. A ce niveau de dose, tous les patients ont présenté au moins un effet indésirable imputable au traitement : principalement fièvre et frissons, augmentation des enzymes hépatiques, asthénie et nausée mais sans que ne soit observée de toxicité limitante. L’étude des paramètres pharmacocinétiques révèle une augmentation significative de l’exposition systémique à l’IM en fin de cycle et qui semble être imputable à l’IL-2. La pharmacocinétique de l’IL-2 n’est par contre pas modifiée par l’administration concomitante d’IM. Sur le plan des effecteurs de l’immunité, l’association IM, IL-2 et CTX diminue le taux de lymphocytes B, lymphocytes T (LT) CD4+ et LT CD8+ mais active les cellules NK puisqu’on observe une augmentation des marqueurs CD56bright, HLA-DR et TRAIL. De manière intéressante, la sous-population de cellules NK HLA-DR+ possède des capacités de dégranulation plus importante après exposition à cette association et son expansion est associée à une meilleure survie. Cette association pourrait donc s’avérer particulièrement intéressante dans le traitement de tumeurs sensibles d’une part à l’IM et d’autre part à la lyse par les cellules NK. Les GIST étant particulièrement sensibles à l’IM, nous avons étudié l’infiltrat tumoral présent au niveau de ses tumeurs. Nous avons ainsi pu mettre en évidence le rôle pronostique de l’infiltrat en LT et NK sur la survie sans progression des GIST. En vue d’une étude de phase 2, les GIST apparaissent donc être un modèle tumoral particulièrement pertinent pour évaluer les bénéfices de l’association IM, IL-2 et CTX. / Imatinib mesylate (IM) was the first tyrosine kinase inhibitor to be successfully used in clinical practice and its introduction has revolutionized the management of chronic myeloid leukemia and gastrointestinal stromal tumors. In addition to its direct effects on malignant cells, IM appears to exert immunological off-target effects that contribute to its anticancer effects. Thus, combining IM with immunotherapy might improve patients’ clinical outcome. Indeed, IM combined to Interleukin-2 (IL-2) - a cytokine that enhances natural killer (NK) cells functions - improved antitumor responses in preclinical models. We also observed synergistic effects of cyclophosphamide (CTX) and IM as a result of the inhibition of regulatory T lymphocytes. Based on the promising results of these preclinical studies, we developed a phase 1 clinical trial which combines metronomic CTX, IM and escalating doses of IL-2 in patients affected by refractory solid tumors. The goals of this study were (i) to determine the maximum tolerated dose of IL-2 combined with IM and CTX ; (ii) to study the pharmacokinetics of IM and IL-2 ; (iii) to evaluate clinical efficacy of the combined therapy and (iv) effects of the association on immune parameters. A total of 17 patients were enrolled in the study. The maximum tolerated dose of IL-2 combined with IM, given at a constant dose of 400 mg was determined to be 6 MIU/day. At this dose level, all patients experienced at least one treatment-related adverse event: fevers and chills, transaminase elevation, fatigue and nausea but no dose-limiting toxicities were observed. Pharmacokinetic studies revealed that the co-administration of IL-2 increases the systemic exposure of patients to IM. In contrast, the pharmacokinetics of IL-2 was not modified by IM. The combined therapy markedly reduced the absolute numbers of B lymphocytes, CD4+ T cells and CD8+ T cells in a IL-2 dose-dependant manner. The NK cell compartment was activated, exhibiting a significant upregulation of CD56bright, HLA-DR and TRAIL. Interinstingly, the abundance of HLA-DR+ NK cells after one course of combined therapy positively correlated with both progression free- and overall survival. Thus, it could be of interest to evaluate this immunotherapeutic regimen in a tumor model sensitive to IM and to lysis by NK cells and evaluate whether the adjunction of IL-2 can boost the efficacy of IM. GIST are particularly sensitive to IM, thus we performed a retrospective study of the immune infiltrates and their prognostic value in these tumors. We found that both LT and NK cell infiltrates were independent prognostic factors for progression-free survival. For a phase 2 clinical trial, gastrointestinal stromal tumors appear to be a particularly relevant to evaluate the benefits of the association IM, IL-2 and CTX.

La paléoparasitologie est l’étude des restes de parasites préservés dans des échantillons archéologiques et permet de mieux comprendre l’état de santé des populations anciennes et d’obtenir des informations d’ordre anthropologique ou ethnologique, sur les régimes alimentaires ou les conditions d’hygiène au quotidien. Les restes de parasites peuvent être retrouvés sous forme de macro-restes (vers ou larves), d’antigènes, d’ADN ou d’œufs. Cesderniers peuvent être particulièrement bien préservés au cours du temps car ils sont composés en partie de chitine, les rendant résistants aux processus de dégradation. L’observation microscopique de leurs caractéristiques morphologiques et micrométriques permet d’identifier les taxons au niveau du genre ou de la famille. Dans le cadre de cette thèse, plusieurs helminthes gastro-intestinaux, dont les œufs sont fréquemment retrouvés dans des échantillons archéologiques, ont été ciblés par une approche génétique. Il s’agit des vers plats Tæniasaginata, T. solium, T. asiatica, Echinococcus granulosus, E. multilocularis, Diphyllobothriumlatum, D. dendriticum et D. nihonkaiense, des nématodes Trichuris trichiura, Enterobiusvermicularis et Ascaris sp. et des douves Fasciola hepatica, F. gigantica, Dicrocoeliumdendriticum et D. chinensis.La méthode « aMPlex Torrent » permet de détecter, dans un grand nombre d’échantillons archéologiques, une faible quantité d’ADN de parasites. Cette approche combine la spécificité et la sensibilité de la PCR au haut-débit du séquençage de nouvelle génération. Plusieurs vestiges, provenant de périodes et de régions géographiques diverses, ont été analysés. Des résultats génétiques ont été obtenus pour des échantillons aussi anciens que 7200 BP. Nous avons par ailleurs obtenus les premières séquences anciennes de Taenia sp., Diphyllobothriumsp., Echinococcus sp., et les premières séquences européennes d’Enterobius vermicularis. Auvu de ces résultats, notre approche apparait comme étant complémentaire à la microscopie. / Palaeoparasitogy, the study of parasite remains from archaeological samples, is adiscipline that can highlight questions about the health status of the ancient populations. It can give important anthropological or ethnological information such as the diet and the hygiene conditions of past societies. The remains can be preserved as macroremains (worms or larvae),antigens, DNA or eggs. Because they are partially made of chitin, eggs of gastrointestinalhelminths resist well over time to the taphonomic degradation process. It is possible to distinguish between different families or genera of parasites by looking at the morphological features of eggs. However, since several taxa share common features, the determination is rarelypossible at the species level. For this thesis, several parasite species for which eggs arecommonly observed in archeological samples have been studied by a genetic approach. Westudied the tapeworms Tænia saginata, T. solium, T. asiatica, Echinococcus granulosus, E.multilocularis, Diphyllobothrium latum, D. dendriticum, and D. nihonkaiense; the nematodesTrichuris trichiura, Enterobius vermicularis, and Ascaris sp.; and the flukes Fasciola hepatica,F. gigantica, Dicrocoelium dendriticum, and D. chinensis.The “aMPlex Torrent” approach has been set up to detect minute amounts of DNA from parasites in multiple archaeological samples. This approach combines the specificity andsensitivity of PCR to the throughput of Next-Generation sequencing. Several samples have been analyzed by this approach. We obtained genetic results for samples as old as 7200 BP and from various geographical and archeological contexts. We obtained the first ancient DNA sequences for Taenia sp., Diphyllobothrium sp., Echinococcus sp. and the first European sequences forEnterobius vermicularis. Genetic analyses and microscopic observations appear to be complementary. Indeed, at least one taxon per sample was detected by one of the two approaches.