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Osteomielite por bacilos Gram-negativos: estudo comparativo das características clínico-microbiológicas e fatores de risco com as infecções por Staphylococcus aureus / Gram-negative bacilli osteomyelitis: comparative study of clinical-microbiological features and risk factors with Staphylococcus aureus infections

Carvalho, Vladimir Cordeiro de 18 June 2013 (has links)
INTRODUÇÃO: As infecções osteoarticulares permanecem como um grande desafio para os profissionais de saúde envolvidos no seu manejo, a despeito do sucesso obtido com a introdução dos antimicrobianos para o tratamento das doenças infectocontagiosas no final da década de 1930. O Staphylococcus aureus (S. aureus) é o agente mais frequentemente encontrado nestas infecções e também é o agente mais estudado, porém possuímos poucas informações disponíveis na literatura médica a respeito das osteomielites por bacilos Gram-negativos (BGN). OBJETIVOS: A caracterização clínica e microbiológica dos episódios de osteomielite causadas por bacilos Gram-negativos. A determinação das diferenças evolutivas e dos fatores de risco para a ocorrência de osteomielite por bacilos Gram-negativos, quando comparadas à osteomielite causada por S. aureus. MÉTODOS: Análise retrospectiva dos casos de osteomielite causadas por bacilos Gram-negativos atendidos no Instituto de Ortopedia e Traumatologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo no período de janeiro de 2007 a janeiro de 2009. Apenas amostras de osso ou aspirado de canal medular foram consideradas válidas. RESULTADOS: Foram incluídos 89 pacientes no grupo S. aureus e 101 pacientes no grupo BGN. Os pacientes do grupo BGN eram predominantemente do sexo masculino (63%), com mediana de 42 anos de idade. Apresentaram-se com osteomielite crônica (43%) e osteomielite aguda associada à fratura exposta (32%), nos membros inferiores (71%), cuja principal sintomatologia inicial foi a fistulização (69%). Quando comparado ao grupo S. aureus, o grupo BGN estava estatisticamente associado com o antecedente de fratura exposta (35% vs. 18%; p=0,0064), apresentando ainda um maior tempo de internação hospitalar (mediana 41 vs. 24 dias; p=0,0114), maior tempo para a obtenção da primeira cultura positiva (mediana 10 vs. 6,5 dias; p=0,0042), antibioticoterapia mais prolongada (mediana 40 vs. 24 dias; p=0,0329), maior número de procedimentos cirúrgicos (média 3,41 vs. 2,47; p=0,0173) e maior uso de reparo do revestimento cutâneo (31% vs. 9%; p=0,0005). O grupo S. aureus estava estatisticamente associado com as osteomielites da coluna vertebral (23,6% vs. 6,9%; p=0,0008). Foram isolados 121 agentes Gram-negativos de 101 amostras clínicas e os agentes mais frequentes foram Enterobacter spp. (24,7%), Acinetobacter baumannii (21,4%), Pseudomonas aeruginosa (19,8%) e Klebsiella pneumoniae (8,2%). CONCLUSÕES: Os 101 pacientes portadores de osteomielite por BGN eram na sua maioria jovens, do sexo masculino, vítimas de traumas nos membros inferiores e que desenvolveram osteomielite aguda e crônica associadas a fraturas expostas. Os pacientes do grupo BGN necessitaram de um número maior de procedimentos cirúrgicos, maior uso de reparo do revestimento cutâneo, permaneceram internados por mais tempo, necessitaram de um número de dias maior para o isolamento do agente infeccioso e utilizaram antibioticoterapia mais prolongada, quando comparados aos pacientes do grupo S. aureus. O antecedente de fratura exposta foi o principal fator de risco para o desenvolvimento de osteomielite por um BGN, quando comparado ao grupo S. aureus / INTRODUCTION: Bone and joint infection remains a serious therapeutic challenge, despite the high success rate observed with antibiotic therapy in most bacterial disease since the end of 1930 decade. Staphylococcus aureus (S. aureus) is the most studied and the most frequently isolated pathogen, but there is insufficient information in medical literature regarding Gram- negative bacilli (GNB) osteomyelitis. OBJECTIVES: Describe clinical and microbiological characteristics of Gram-negative bacilli osteomyelitis. Establish evolving differences and risk factors for the occurrence of GNB osteomyelitis, compared to S. aureus osteomyelitis. METHODS: Retrospective analysis of all patients with GNB osteomyelitis treated at Institute of Orthopedics and Traumatology, Hospital das Clínicas - School of Medicine, Universidade de São Paulo from january 2007 to january 2009. Only bone or bone marrow aspirate samples were included. RESULTS: 89 patients were included in S. aureus group and 101 patients were included in GNB group. Patients in GNB group were mostly male (63%), with median age of 42 years. At presentation, they had chronic osteomyelitis (43%) and acute open-fracture associated osteomyelitis (32%), in the lower limbs (71%), with a discharging sinus as the main clinical sign (69%). When compared to S. aureus group, GNB group was statistically associated with a previous history of open-fracture (35% vs. 18%; p=0.0064), showed a longer length of hospital stay (median 41 vs. 24 days; p=0.0114), a higher number of days to isolate the infective bacteria (median 10 vs. 6,5 days; p=0.0042), a longer use of antibiotics (median 40 vs. 24 days; p=0.0329), a higher number of surgical procedures (mean 3,41 vs. 2,47; p=0.0173) and a higher rate of soft- tissue reconstruction (31% vs. 9%; p=0.0005). S. aureus group was statistically associated with spine osteomyelitis (23,6% vs. 6.9%; p=0.0008). 121 Gram-negative pathogens were isolated from 101 clinical samples and the most frequent agents were Enterobacter spp. (24.7%), Acinetobacter baumannii (21.4%), Pseudomonas aeruginosa (19.8%) and Klebsiella pneumoniae (8.2%). CONCLUSIONS: Patients with GNB osteomyelitis were mainly young, male, with lower limb trauma and developed chronic and open- fracture associated osteomyelitis. Patients in GNB group had a higher number of surgical procedures, a higher rate of soft-tissue reconstruction, a longer length of hospitalization, a longer time to isolate the infective bacteria and a prolonged use of antibiotics, when compared to patients in S. aureus group. A previous history of open-fracture was the main risk factor to development of GNB osteomyelitis, compared to S. aureus group
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Aquisição de bactéria gram-negativa multidroga resistente antes do transplante de fígado: o impacto no desfecho / Multidrug-resistant Gram-negative bacteria acquired before liver transplantation: the impact on the outcome

Freire, Maristela Pinheiro 25 September 2017 (has links)
As infecções em pacientes submetidos a transplantes de órgãos sólidos são importante causa de morbidade, além de serem definidoras da sobrevida desta população. A maioria das infecções que ocorre nos dois primeiros meses pós-transplante é relacionada à assistência à saúde (IRAS). O objetivo deste trabalho é identificar fatores de risco para IRAS por bactérias Gram-negativas (BGN) multi-droga resistentes (MDR) em pacientes submetidos a transplante de fígado (TF), nos dois primeiros meses após o transplante. Os objetivos secundários são: identificar fatores de risco para aquisição por MDR GNB em pacientes submetidos a TF, e determinar o impacto das IRAS por MDR GNB na sobrevida desses pacientes. Foram avaliados os TF consecutivos realizados em pacientes adultos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) no período de novembro de 2009 a novembro de 2011. A vigilância microbiológica foi realizada no dia do TF, e semanalmente até a alta hospitalar ou 60 dias após o transplante. Os sítios de coleta foram swab de orofaringe ou secreção traqueal, swab retal e swab axilar. Foram pesquisadas as seguintes bactérias: A. baumannii. P. aeruginosa e Enterobactérias resistentes a carbapenêmico, e K. pneumoniae e E. coli produtoras de betalactamase de espectro estendido (ESBL). Posteriormente, as amostras clínicas foram comparadas com as cepas da mesma espécie isoladas em culturas de vigilância por tipagem molecular. A análise de fatores de risco foi realizada por tipo de infecção e espécie de bactéria. Na análise estatística utilizou-se o teste qui-quadrado ou teste exato de Fisher para variáveis dicotômicas, e teste de Mann-Whitney para variáveis ordenáveis. A análise multivariada foi realizada por regressão logística. A análise de sobrevida foi realizada por regressão de Cox. O nível de significância de P considerado foi 0,05. Foram realizados, no período, 229 transplantes em 202 pacientes, e analisados 214 transplantes em 195 pacientes. O motivo de indicação do transplante mais frequente foi cirrose pelo vírus C, 33%. Foram identificados no período do estudo 110 pacientes (56,4%) com IRAS pós-TF, e um total de 201 infecções. Em 76,3% dos pacientes com IRAS (84/110) foi isolado MDR GNB em alguma amostra clínica relacionada à infecção. Os dois principais sítios de infecção foram infecção de sitio cirúrgico (32%) e infecção primária de corrente sanguínea (27%). Os dois microrganismos mais frequentemente isolados das IRAS foram A. baumannii e K. pneumoniae, e a proporção de infecções por cepas resistentes a carbapênemico foi, respectivamente, 100% e 48,9%. Os fatores de risco para infecções por MDR GNB pós-TF foram: retransplante precoce, volume de concentrados de hemácias transfundidos no intra-operatório da cirurgia do TF, colonização por MDR GNB no pré-transplante, tempo prolongado de internação em UTI e tempo prolongado de isquemia fria. Cento e cinco pacientes adquiriram algum MDR GNB nos 60 dias pós-TF, e o único fator de risco detectado para aquisição de MDR GMB no pós-TF foi tempo prolongado de sonda vesical de demora. A análise de clonalidade demonstrou que as cepas de MDR identificadas pré-TF eram fortemente relacionadas às cepas isoladas das infecções no pós-TF para A. baumannii e K. pneumoniae resistente a carbapenêmico. As infecções por MDR GNB apresentaram uma tendência a aumentar o risco de óbito nos 60 primeiros dias pós-TF, mas esta / Bacterial infections among patients submitted to liver transplantation (LT) are an important cause of morbidity and have huge impact on patients\' survival. The majority of infections in the first two months after LT are related to healthcare assistance. The aim of this study has been to identify risk factors for healthcare-associated infections (HAI) caused by multidrug-resistant Gram-negative bacteria (MDR GNB) in liver transplant patients in the first two months after LT. The secondary aims have been to identify risk factors for acquisition of MDR BGN among liver transplant patients and analyze the survival rate during the first two months after LT. We analyzed consecutive liver transplantations performed at Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) from November 2009 to November 2011. Surveillance cultures were performed on a weekly basis, starting on the day of the LT until the hospital discharge or 60 days after the LT. We collected surveillance cultures through swab from oropharynx (or tracheal secretion), axillary and inguinal rectal sites. We surveyed the following bacteria: carbapenem-resistant A. baumanni, P. aeruginosa, Enterobacteriaceae, ESBL-producing K. pneumoniae, and E. coli. The strains isolated from surveillance culture were compared to strains isolated from clinical cultures through PFGE. The risk factor analysis was performed for each type of MDR bacterium for risk of colonization and infection. The statistical analysis was carried out for dichotomous variables using chi-square tests or Fisher\'s exact tests when appropriate; Mann-Whitney tests were used for continuous variable and step-wise logistic regression was used for multivariate analysis. The survival rate analysis was performed using Cox regression. The significant value of P was 0.05. During the study period, 229 liver transplantations were performed in 202 patients and we analyzed 214 LT performed in 195 patients. The main baseline disease that warranted LT was virus C cirrhosis, 33%. 110 (56.4%) patients developed healthcare-associated infections after the LT and a total of 201 infections were identified; 84 (76.3%) patients had MDR GNB isolated from clinical cultures related to HAI. Surgical wounds (31%) and primary bloodstream (27%) were the most prevalent infection sites. The risk factors for HAI by MDR GNB after the LT were: re-transplantation, volume of blood units transfused during the LT surgery, colonization by MDR GNB before the LT, prolonged time of ICU stay, and prolonged time of cold ischemia. 105 patients acquired MDR GNB during the first 60 days after the LT; the only risk factor identified was the prolonged use of urinary drain. The clonal analysis showed that strains isolated in the period before the LT were closely related to strains isolated from clinical culture after the LT for carbapenem-resistant A. baumannii e K. pneumoniae. The infections by MDR GNB have been shown to increase the risk of death in the first 60 days after LT
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Uso de simbiótico para descolonização de pacientes hospitalizados portadores de bacilos Gram-negativos multidrogarresistentes / Use of a symbiotic product to decolonize patients harboring multidrug-resistant Gram-negative bacilli

Mário Augusto Heluany Filho 10 June 2016 (has links)
Nas últimas décadas, a incidência de infecções hospitalares causadas por bactérias Gramnegativas multidrogarresistentes (MDR) vem crescendo de maneira vertiginosa em todo o mundo, de modo que a Organização Mundial de Saúde (OMS) recentemente reconheceu essas infecções como uma preocupação mundial devido ao seu impacto negativo sobre as taxas de mortalidade intra-hospitalar e dos custos da assistência à saúde, afetando tanto os países desenvolvidos quanto os em desenvolvimento. Atualmente considera-se que a higienização das mãos, o uso racional de antimicrobianos e o isolamento de contato são as principais medidas disponíveis para contenção desse avanço. Porém, elas são apenas parcialmente efetivas e de implementação trabalhosa e onerosa. Assim, considera-se necessário o desenvolvimento de formas mais simples e eficientes paralidar com esse problema. No presente estudo, nos propusemos a avaliar o impacto da administração de um produto simbiótico a pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas MDR sobre as taxas de descolonização desses patógenos no trato digestivo. Trata-se de um ensaio clínico randomizado, duplamente cego, controlado com placebo, envolvendo 101 pacientes hospitalizados com colonização prévia por bactérias Gram-negativas MDR, demonstrada por meio de cultura seletiva de swab retal, cuja intervenção consistiu na administração oral ou enteral diária de 1010 unidades de Lactobacillus bulgaricus e 1010 unidades de Lactobacillus rhamnosus associados a fruto-oligossacarídeos durante (FOS) 7 dias. O desfecho primário do estudo foi a descolonização completa do trato digestivo posterior à intervenção, que, na análise do tipo \"intenção de tratar modificada\" foi de 16,7% (8/48) no grupo experimental e 20,7% (11/53) no grupo controle (p=0,600). Na análise \"per protocol\", a descolonização completa do trato observada foi de 18,9% (7/37) no grupo experimental e 23,3% (7/30) no grupo controle (p=0,659). Em uma análise multivariada por meio de modelo de regressão logística o uso do simbiótico não influenciou significativamente o risco de descolonização completa do trato digestivo (OR= 0,80, IC 95%= 0,28-2,27, p= 0,678). A ocorrência de eventos adversos de natureza leve a moderada foi semelhante entre os grupos: 7,55% no grupo que utilizou placebo e 6,25% no grupo sob intervenção (p= 1,000). Nenhum evento adverso grave potencialmente relacionado às medicações de estudo foi observado. Nas condições estudadas, os dados obtidos pelo estudo nos levam à conclusão de que o simbiótico estudado demonstrou-se inefetivo na descolonização do trato digestivo de pacientes previamente colonizados por bactérias Gram-negativas MDR. / In recent decades the incidence of multidrug resistant (MDR) Gram-negative nosocomial infections has been dramatically raising in the whole world. The World Health Organization (WHO) recently recognized nosocomial infections due to MDR pathogens as a global concern due to its negative impact on patients, health-care workers and health-care institutions, affecting developed countries as well as developing ones. They negatively impact in-hospital mortality and health-care related costs. Hand hygiene promotion, antibiotic stewardship and contact precautions are the main available measures to control such MDR Gram-negative organisms in hospitals. However, they are only partially effective as well as difficult to be implemented and expensive. Therefore, simpler and more effective actions are thought to be helpful and urgent. In the present study, we analyzed the impact of the administration of a symbiotic product on patients harboring Gram-negative multidrug-resistant bacteria upon the subsequent rates of decolonization of these pathogens from the gastro-intestinal tract.This is a double-blinded and placebo controlled randomized clinical trial evaluating the oral/enteral daily administration of 1010 units of Lactobacillus bulgaricusplus 1010 units of Lactobacillus rhamnosus associated with fructo-oligosacharide (FOS), or placebo, for 7 days, to 101 patients previously colonized by MDR Gram-negative bacteria, identified through selective culture of rectal swab. The primary study outcome was the rate of complete decolonization of the MDR microorganism from the gastro-intestinal tract following the intervention. In the \"modified intention to treat\" analysis, decolonization rates observed were 16.7% (8/48) in the experimental group and 20.7% (11/53) in the placebo group (p=0,600). In the \"per protocol\" analysis, decolonization rates were 18.9% (7/37) in the experimental group and 23.3% (7/30) in the placebo group (p=0,659). In a logistic regression model, symbiotic use did not produce any impact on the chance of decolonization (OR=0.80, CI95%=0.28-2.27, p=0.678). Mild to moderate adverse events occured similarly in both the placebo (7.55%) and the experimental group (6.25%), (p=1,000). No severe adverse event potentially related to the medications was detected during the study period. In the present study conditions, the results obtained lead to the conclusion that the studied symbiotic proved to be ineffective to decolonize patients harboring multidrug resistant Gram-negative bacilli.
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Prevalência de microorganismos gram-negativos em indivíduos com HIV/aids internados num hospital escola do interior paulista / Prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS hospitalized at a teaching hospital in the interior of São Paulo state

Lopes, Ana Elisa Ricci 23 September 2013 (has links)
Introdução: a infecção hospitalar tem se tornado um problema de saúde pública, no Brasil e na maioria dos países do mundo, sobretudo devido ao aumento gradativo da resistência dos microrganismos aos antimicrobianos. Nos pacientes que apresentam deficiências no sistema imunológigo como os indivíduos que vivem com o vírus da imunodeficiência humana (HIV) ou com a síndrome da imunodeficiência adquirida (aids) o quadro clínico dessas infecções pode se tornar extremamente grave, aumentando a morbimortalidade. Objetivo: determinar a prevalência de microorganismos gram-negativos em indivíduos com HIV/aids internados num hospital escola do interior paulista. Material e Método: trata-se de um estudo de corte transversal, aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Escola de Enfermagem de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. No período de 01 agosto de 2011 a 28 de fevereiro de 2013, foram abordados 365 indivíduos internados em duas unidades especializadas de um hospital escola público do interior paulista, sendo a população do presente estudo composta por 220 sujeitos. Os dados sociodemográficos, clínicos e hábitos de saúde foram obtidos por meio de entrevista individual e consulta aos prontuários. Coletou-se também amostras de saliva e swab nasal nas primeiras 24 horas de internação, as quais foram processadas pelo Laboratório de Microbiologia do referido hospital. Os dados foram inicialmente digitados em planilha do Microsoft Office Excel for Windows 2011, realizada dupla digitação e validação dos dados, a fim de identificar possíveis erros de digitação. Posteriormente, a planilha definitva foi transportada para o programa Statistical Package for the Social Science (SPSS), versão 17.0 for Windows, onde foi estruturado o banco de dados e realizada análise estatística. Resultados: a prevalência de microorganismos gram negativos nos indivíduos com HIV/aids foi de 15,4% independente do sítio onde foi isolado. Pseudomonas aeruginosa foi o micoorganismo mais frequentemente isolado tanto na saliva (50%), quanto no swab nasal (37,5%), seguida por Klebsiella pneumoniae (30,7%) isolada somente na saliva. Em relação aos aspectos clínicos 29,4% dos indivíduos com amostras positivas para microorganismos gram negativos tinham carga viral acima de 1000.000 cópias,ml, CD4 menor que 200 céluas/mm3 (50%), tiveram internações prévias (52,9%), estavam em uso de antimicrobiano (64,7%), não usavam antirretrovirais (52,9%) e tinham algum procedimento invasivo no momento da coleta (67,6%). Nenhum microorganismo apresentou resistência aos antimicrobianos. Conclusão: a prevalência de microorganismos gram-negativos foi maior na saliva (11,8%) que no swab nasal (3,6%), indicando que coletar amostras de mais de um sítio pode favorecer a identificação de indivíduos colonizados e ou infectados / Introduction: the hospital infection has become a public health problem in Brazil and in most countries of the world, mainly due to the gradual increase of resistance of microorganisms to antibiotics. In patients who have deficiencies in the immune system such as individuals living with human immunodeficiency virus (HIV) or acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), the clinical picture of these infections can become very serious, increasing morbidity and mortality. Objective: to determine the prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS hospitalized at a teaching hospital in the interior of São Paulo state. Material and Method: this is a cross-sectional study, approved by the Ethics Research Committee of the University of São Paulo at Ribeirão Preto College of Nursing. In the period from August 01, 2011 to February 28, 2013, 365 individuals hospitalized in two specialized units of a public teaching hospital in the interior of São Paulo state were approached, and the study population was comprised of 220 subjects. The sociodemographic and clinical data and health habits were obtained through individual interviews and medical records. Saliva samples and nasal swabs were collected in the first 24 hours of admission, which were processed by the Microbiology Laboratory of the hospital. The instrument variables were coded and cataloged in a dictionary (codebook). The data were initially recorded in a Microsoft Office Excel spreadsheet for Windows 2011, performed a double entry and data validation in order to identify possible typing errors. Subsequently, the final worksheet was transported to the Statistical Package for Social Science (SPSS), version 17.0 for Windows, in which database was structured and statistical analysis was performed. Results: the prevalence of gram-negative microorganisms in individuals with HIV/AIDS was 15.4% regardless of where it was isolated. Pseudomonas aeruginosa is the most frequently isolated microorganisms both in saliva (50%) and in nasal swabs (37.5%), followed by Klebsiella pneumoniae (30.7%) isolated only in saliva. In regard to clinical aspects, 29.4% of individuals with positive samples for gram-negative microorganisms had viral load above 1000,000 copies/ml, CD4 less than 200 cells/mm3 (50%), had previous hospitalizations (52.9%), were using antimicrobials (64.7%), did not use antiretroviral drugs (52.9%) and had some invasive procedure at the time of collection (67.6%). No microorganism was resistant to antimicrobials. Conclusion: the prevalence of gram-negative microorganisms was higher in saliva (11.8%) than in nasal swabs (3.6%), indicating that collecting samples from more than one location may facilitate the identification of individuals colonized and/or infected
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Résistance à la colistine chez les bacilles Gram négatif / Resistance to colistin in Gram negative rods

Jayol, Aurélie 18 October 2018 (has links)
Les entérobactéries productrices de carbapénèmases peuvent être responsables d’impasses thérapeutiques puisque ces souches sont multirésistantes aux antibiotiques. La colistine, un antibiotique de la famille des polymyxines, fait partie des molécules de derniers recours potentiellement utilisables pour le traitement des patients infectés par ces souches. Son utilisation est ainsi en augmentation constante mais des résistances émergent.Ce travail a contribué à l’amélioration du diagnostic de la résistance à la colistine par le développement de deux nouveaux outils diagnostiques : un test rapide, le Rapid Polymyxin NP test et un milieu de culture sélectif, la gélose SuperPolymyxin. Il a permis d’identifier de nouvelles mutations chromosomiques au sein des gènes pmrA, pmrB, phoP, phoQ, mgrB et crrB responsables de l’acquisition de résistances et d’hétérorésistance à la colistine chez K. pneumoniae et K. oxytoca. Il a révélé que les mutations chromosomiques et les résistances plasmidiques étaient additionnelles et pouvaient entraîner l’acquisition d’un haut niveau de résistance à la colistine chez E. coli. Il a permis d’identifier une épidémie de souches de K. pneumoniae productrices de la carbapénèmase OXA-48 et résistantes à la colistine en France en 2014. Il a démontré que Hafnia était un genre d’entérobactéries présentant une résistance naturelle de bas niveau à la colistine. Enfin, il a permis de proposer une option thérapeutique, le ceftazidime/avibactam en association ou non avec l’aztréonam, pour traiter les patients infectés par les souches de K. pneumoniae productrices de carbapénèmases et résistantes à la colistine.Ce travail a ainsi contribué à améliorer les connaissances sur la résistance à la colistine chez les BGN au niveau du diagnostic, des mécanismes de résistance acquis, des résistances naturelles, et de l’épidémiologie et a permis de proposer des combinaisons d’antibiotiques actives in vitro sur les souches de K. pneumoniae productrices de carbapénèmases et résistantes à la colistine. / Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae may be responsible for therapeutic impasses since these strains are multidrug-resistant. Colistin, an antibiotic of the polymyxin family, is one of the last-resort molecules potentially usable for the treatment of patients infected with these strains. Its use is thus constantly increasing but resistances emerge.This work contributed to improve the diagnosis of colistin resistance by developing two new diagnostic tools: a rapid test, the Rapid Polymyxin NP test and a selective culture medium, the SuperPolymyxin agar. It identified new chromosomal mutations within the pmrA, pmrB, phoP, phoQ, mgrB and crrB genes responsible for the acquisition of colistin resistance and heteroresistance in K. pneumoniae and K. oxytoca. It revealed that chromosomal mutations and plasmid resistance were additional and could lead to the acquisition of a high level of colistin resistance in E. coli. It identified an outbreak caused by colistin-resistant OXA-48-producing K. pneumoniae strains in France in 2014. It demonstrated that Hafnia was a genus of enterobacteria with low-level intrinsic resistance to colistin. Finally, it suggested a therapeutic option, the ceftazidime / avibactam in combination or not with aztreonam, to treat patients infected with colistin-resistant and carbapenemase-producing K. pneumoniae.This work has significantly contributed to improve the knowledge of colistin resistance in Gram negatives in diagnostic, in characterization of acquired or intrinsic resistance mechanisms, and in epidemiology.
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Análise da evolução da multirressistência de bactérias gram negativas no Hospital de Base de São José do Rio Preto no Período de 1999 a 2008 / Gram Negative Bacteria; Multidrug-Resistance; Trends; Tertiary Hospital

Oliveira, Viviane Decicera Colombo 02 May 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vivianedeciceracolombooliveira_dissert.pdf: 908582 bytes, checksum: 3c95ae4a3fb33fb357397cfbcc4f9bdf (MD5) Previous issue date: 2011-05-02 / Hospital bacterial resistance to multiple antibiotics is a great concern worldwide. This study objective was to know the multidrug-resistantance (MDR) agents, clinical materials, origin, trends, and to correlate them with the bacterial sensitivity and antimicrobial consumption. A total of 53,316 nosocomial bacteria were assessed in a tertiary hospital during the period from 1999 to 2008. MDR was defined for gram negative bacteria (GNB) when it presented resistance to two or more classes/groups of antibiotics. GNB were predominant (66.1%). GNB MDR had a global increase of 3.7 times in the end of the period. Acinetobacter baumannii was the most prevalent (36.2%). The most frequent materials were urinary and respiratory. A significant increase occurred during the period of 4.8 and 14.6 times of the A. baumannii and K. pneumoniae, respectively. Sixty-seven percent of GNB MDR was from the Intensive Care Units. A. baumannii resistance to carbapenemics increased from 7.4% to 57.5% during the period, concomitant to the consumption increase. The resistance of K. pneumoniae to the cephalosporins had a high increase during the decade. P. aeruginosa decreased in these last two years with a recovery of the sensitivity. / A resistência bacteriana hospitalar a múltiplos antibióticos é uma grande preocupação mundial. O objetivo deste estudo foi conhecer os agentes multidroga-resistentes (MDR), materiais clínicos, origem, evolução e correlacionar com a sensibilidade bacteriana e consumo de antimicrobianos. Foram avaliadas 53.316 bactérias de origem nosocomial, num hospital terciário, durante o período de 1999 a 2008. Foi definida a MDR para as bactérias gram negativas (BGN) quando apresentava resistência a duas ou mais classes/grupos de antibióticos. As BGN foram predominantes (66,1%). As BGN MDR tiveram um aumento global de 3,7 vezes no final do período. O Acinetobacter baumannii foi o mais prevalente (36,2%). Os materiais mais freqüentes foram urinário e respiratório. Ocorreu um aumento significativo durante o período de 4,8 e 14,6 vezes do A. baumannii e K. pneumoniae, respectivamente. Sessenta e sete por cento das BGN MDR foram das UTIs. A resistência do A. baumannii aos carbapenêmicos aumentou de 7,4% para 57,5% durante o período, concomitante ao aumento do consumo. A resistência da K. pneumoniae às cefalosporinas teve um grande aumento durante a década. Houve diminuição da P. aeruginosa nos últimos dois anos com uma recuperação da sensibilidade.
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Estudo das relações clonais entre amostras de Escherichia coli enteropatogênica atípica de origem animal e humana. / Clonal relationship among atypical enteropathogenic Escherichia coli strains isolated from different animal species and humans.

Moura, Rodrigo Assunção 26 November 2009 (has links)
Quarenta e nove amostras EPEC típica (tEPEC) e atípica (aEPEC) pertencentes a diferentes sorotipos, isoladas de humanos e animais (cães, gatos, bovinos, ovinos, coelhos e sagüis) foram investigadas quanto ao perfil de virulência pela PCR e similaridade clonal por Multilocus Sequence Typing (MLST) e Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). O objetivo deste estudo foi verificar se animais atuam como reservatório e fonte infecção de aEPEC para humanos. Os marcadores de virulência analisados revelaram que cepas aEPEC isoladas de animais possuem potencial para causar diarréia em humanos. As técnicas MLST e PFGE revelaram que amostras isoladas de animais e humanos compartilham relações clonais próximas ou idênticas. Estes resultados indicam que os animais estudados atuam como reservatório de aEPEC e representam fonte de infecção para humanos. Pelo fato de humanos, também atuarem como reservatório de aEPEC, ciclos de infecção cruzada animal-humano não podem ser descartados, pois a dinâmica de transmissão entre reservatórios de aEPEC não é muito bem compreendida. / Forty-nine typical and atypical EPEC strains belonging to different serotypes, isolated from humans, pets (cats and dogs), farm (bovines, sheep and rabbits) and wild animals (monkeys) were investigated for virulence markers and clonal similarity by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). The virulence markers analyzed revealed that atypical EPEC strains isolated from animals have the potential to cause diarrhea in humans. Close clonal relationship between human and animal isolates was found with MLST and PFGE. These results indicate that these animals act as atypical EPEC reservoirs and may represent sources of infection for humans. Since humans also act as a reservoir of atypical EPEC strains, the cycle of mutual infection of atypical EPEC between animals and humans, mainly pets and their owners, cannot be ruled out, since the transmission dynamics between the reservoirs are not yet clearly understood.
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Aquisição de bactéria gram-negativa multidroga resistente antes do transplante de fígado: o impacto no desfecho / Multidrug-resistant Gram-negative bacteria acquired before liver transplantation: the impact on the outcome

Maristela Pinheiro Freire 25 September 2017 (has links)
As infecções em pacientes submetidos a transplantes de órgãos sólidos são importante causa de morbidade, além de serem definidoras da sobrevida desta população. A maioria das infecções que ocorre nos dois primeiros meses pós-transplante é relacionada à assistência à saúde (IRAS). O objetivo deste trabalho é identificar fatores de risco para IRAS por bactérias Gram-negativas (BGN) multi-droga resistentes (MDR) em pacientes submetidos a transplante de fígado (TF), nos dois primeiros meses após o transplante. Os objetivos secundários são: identificar fatores de risco para aquisição por MDR GNB em pacientes submetidos a TF, e determinar o impacto das IRAS por MDR GNB na sobrevida desses pacientes. Foram avaliados os TF consecutivos realizados em pacientes adultos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) no período de novembro de 2009 a novembro de 2011. A vigilância microbiológica foi realizada no dia do TF, e semanalmente até a alta hospitalar ou 60 dias após o transplante. Os sítios de coleta foram swab de orofaringe ou secreção traqueal, swab retal e swab axilar. Foram pesquisadas as seguintes bactérias: A. baumannii. P. aeruginosa e Enterobactérias resistentes a carbapenêmico, e K. pneumoniae e E. coli produtoras de betalactamase de espectro estendido (ESBL). Posteriormente, as amostras clínicas foram comparadas com as cepas da mesma espécie isoladas em culturas de vigilância por tipagem molecular. A análise de fatores de risco foi realizada por tipo de infecção e espécie de bactéria. Na análise estatística utilizou-se o teste qui-quadrado ou teste exato de Fisher para variáveis dicotômicas, e teste de Mann-Whitney para variáveis ordenáveis. A análise multivariada foi realizada por regressão logística. A análise de sobrevida foi realizada por regressão de Cox. O nível de significância de P considerado foi 0,05. Foram realizados, no período, 229 transplantes em 202 pacientes, e analisados 214 transplantes em 195 pacientes. O motivo de indicação do transplante mais frequente foi cirrose pelo vírus C, 33%. Foram identificados no período do estudo 110 pacientes (56,4%) com IRAS pós-TF, e um total de 201 infecções. Em 76,3% dos pacientes com IRAS (84/110) foi isolado MDR GNB em alguma amostra clínica relacionada à infecção. Os dois principais sítios de infecção foram infecção de sitio cirúrgico (32%) e infecção primária de corrente sanguínea (27%). Os dois microrganismos mais frequentemente isolados das IRAS foram A. baumannii e K. pneumoniae, e a proporção de infecções por cepas resistentes a carbapênemico foi, respectivamente, 100% e 48,9%. Os fatores de risco para infecções por MDR GNB pós-TF foram: retransplante precoce, volume de concentrados de hemácias transfundidos no intra-operatório da cirurgia do TF, colonização por MDR GNB no pré-transplante, tempo prolongado de internação em UTI e tempo prolongado de isquemia fria. Cento e cinco pacientes adquiriram algum MDR GNB nos 60 dias pós-TF, e o único fator de risco detectado para aquisição de MDR GMB no pós-TF foi tempo prolongado de sonda vesical de demora. A análise de clonalidade demonstrou que as cepas de MDR identificadas pré-TF eram fortemente relacionadas às cepas isoladas das infecções no pós-TF para A. baumannii e K. pneumoniae resistente a carbapenêmico. As infecções por MDR GNB apresentaram uma tendência a aumentar o risco de óbito nos 60 primeiros dias pós-TF, mas esta / Bacterial infections among patients submitted to liver transplantation (LT) are an important cause of morbidity and have huge impact on patients\' survival. The majority of infections in the first two months after LT are related to healthcare assistance. The aim of this study has been to identify risk factors for healthcare-associated infections (HAI) caused by multidrug-resistant Gram-negative bacteria (MDR GNB) in liver transplant patients in the first two months after LT. The secondary aims have been to identify risk factors for acquisition of MDR BGN among liver transplant patients and analyze the survival rate during the first two months after LT. We analyzed consecutive liver transplantations performed at Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) from November 2009 to November 2011. Surveillance cultures were performed on a weekly basis, starting on the day of the LT until the hospital discharge or 60 days after the LT. We collected surveillance cultures through swab from oropharynx (or tracheal secretion), axillary and inguinal rectal sites. We surveyed the following bacteria: carbapenem-resistant A. baumanni, P. aeruginosa, Enterobacteriaceae, ESBL-producing K. pneumoniae, and E. coli. The strains isolated from surveillance culture were compared to strains isolated from clinical cultures through PFGE. The risk factor analysis was performed for each type of MDR bacterium for risk of colonization and infection. The statistical analysis was carried out for dichotomous variables using chi-square tests or Fisher\'s exact tests when appropriate; Mann-Whitney tests were used for continuous variable and step-wise logistic regression was used for multivariate analysis. The survival rate analysis was performed using Cox regression. The significant value of P was 0.05. During the study period, 229 liver transplantations were performed in 202 patients and we analyzed 214 LT performed in 195 patients. The main baseline disease that warranted LT was virus C cirrhosis, 33%. 110 (56.4%) patients developed healthcare-associated infections after the LT and a total of 201 infections were identified; 84 (76.3%) patients had MDR GNB isolated from clinical cultures related to HAI. Surgical wounds (31%) and primary bloodstream (27%) were the most prevalent infection sites. The risk factors for HAI by MDR GNB after the LT were: re-transplantation, volume of blood units transfused during the LT surgery, colonization by MDR GNB before the LT, prolonged time of ICU stay, and prolonged time of cold ischemia. 105 patients acquired MDR GNB during the first 60 days after the LT; the only risk factor identified was the prolonged use of urinary drain. The clonal analysis showed that strains isolated in the period before the LT were closely related to strains isolated from clinical culture after the LT for carbapenem-resistant A. baumannii e K. pneumoniae. The infections by MDR GNB have been shown to increase the risk of death in the first 60 days after LT
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Clonagem, expressão e avaliação da imunogenicidade e do potencial adjuvante induzidos pela proteína \"heat-shock\"  Cpn60 da Bordetella pertussis. / Molecular cloning, expression and evaluation of immunogenicity and adjuvant potential induced from the heat-shock protein Cpn60 from Bordetella pertussis.

Paulo Silva Wolf 06 May 2010 (has links)
A proteína Cpn60 faz parte de um grupo de proteínas altamente conservadas que estão envolvidas em funções celulares essenciais. camundongos BALB\\c foram imunizados com 5 ou 10 µg da proteína recombinante (Cpn60r) sozinha ou adicionada à vacina DTP sem hidróxido de alumínio (NADTP). A vacina DTP do Instituto Butantan (DTP) foi usada como controle. Foi avaliada a produção de citocinas por células esplênicas após reestímulo in vitro com a Cpn60r. Os animais foram desafiados após o protocolo de imunização. A Cpn60r sozinha ou misturada à vacina NADTP foi capaz de induzir níveis de anticorpos contra pertussis mais altos do que os induzidos pela DTP. Os níveis de IgG1 e IgG2a foram similares para todos os grupos. Pôde-se observar a produção de de IL-6 e IFN-&#947 nos grupos imunizados com Cpn60r. Os grupos imunizados com Cpn60r+NADTP apresentaram um índice de proteção entre 60 e 80% contra o desafio pela bactéria virulenta, semelhante ao grupo imunizado com DTP. A proteína Cpn60r é bastante promissora não somente como imunógeno, mas também como adjuvante. / The Cpn60 protein is a member of a group of higly conserved proteins linked to essencial cell functions. The Cpn60 was cloned, expressed and its immune response has been evaluated. BALB\\c mice were immunized with 5 or 10 µg of the recombinant protein (Cpn60r) alone or mixed with DPT vaccine without aluminum hidroxyde (NADPT). The DPT vaccine from Instituto Butantan was used as control. We evaluated the cytokines production by spleen cells after they have been reestimulated in vitro with Cpn60r. The animals were challenged after the immunization protocol. The Cpn60r alone or mixed with NADPT vaccine was able to induce higher antibodies levels than DPT. IgG1 and IgG2a levels were similar in all groups. We could detect levels of IL-6 and IFN-&#947 on groups immunized with Cpn60r. The groups immunized with Cpn60r+NADTP showed a 60 and 80% protection rate against the challenge with the live bacteria, similar to the group immunized with DPT. These results show the immune response of the recombinant protein that could be included in immunization protocols for pertussis.
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Ocorrência e diversidade de bactérias gram-negativas multirresistentes em ambientes aquáticos públicos no estado de São Paulo. / Ocurrence and diversity of multidrug-resistant gram-negative bactéria in public aquatic environments in southeastern Brazil.

Tatiane Nascimento 25 May 2015 (has links)
Atividades antropogênicas relacionadas ao uso massivo de antibacterianos tem favorecido para que ambientes aquáticos sejam importantes locais para seleção e/ou disseminação de bactérias multirresistentes (MR). O objetivo do estudo foi monitorar a ocorrência de bactérias MRs em ambientes aquáticos públicos no estado de SP, caracterizando genótipos de resistência adquirida. Foram analisados 50 isolados de bactérias gram-negativas, recuperadas de amostras de água, sendo que 70% dos isolados apresentaram perfil de MR, identificando-se os genes blaCTX-M-2 (n= 5), blaCTX-M-9 (n= 1), blaCTX-M-15 (n= 2), blaKPC-2 (n= 3), qnrB (n= 1), oqxA (n= 3), oqxB (n= 3) e, aac(6)1b-cr (n= 7). Destaca-se a primeira detecção de A. calcoaceticus produtora de KPC-2. Ambientes aquáticos de acesso público podem ser importantes fontes para a disseminação e/ou transmissão de uma ampla variedade de espécies bacterianas MRs tanto para seres humanos como para ecossistemas associados, sendo que a presença de genótipos endêmicos sugere contaminação por esgoto doméstico e/ou hospitalar. / Anthropogenic activities related to the massive use of antibacterial has contributed to the selection and spread of multidrug-resistant (MDR) into the aquatic environment. This study aimed to monitor the occurrence of MDR bacteria in public aquatic environments, in the state of São Paulo, characterizing genotypes of acquired resistance. Of the 50 gram-negative isolates, recovered of water samples, 70% exhibited a MDR profile. Indeed, blaCTX-M-2 (n= 5), blaCTX-M-9 (n= 1), blaCTX-M-15 (n= 2)-, blaKPC-2 (n= 3)-, qnrB (n= 1)-, oqxA (n= 3)-, oqxB (n= 3)- and aac(6)-1b-cr (n = 7) genes were identified. Noteworthy is the first the detection of KPC-2-producing Acinetobacter calcoaceticus. Aquatic environments, with public access, may be important sources for the dissemination and/or transmission of a wide variety of MDR bacterial species to both humans and associated ecosystems. Moreover, the presence of endemic genotypes suggests contamination by domestic and/or hospital sewage.

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