Dissertation (Ph.D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2008. / Vita. Bibliography: p. 118-136.

Orientador: Valéria Marçal Felix de Lima / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Alexandra Ivo Medeiros / Resumo: A Leishmaniose Visceral (LV) no homem é uma doença crônica e frequentemente fatal se não tratada. A doença possui alta taxa de mortalidade e a região de Araçatuba concentra grande número de casos no estado de São Paulo. A Leishmaniose Visceral Canina (LVC) constitui um grave problema de Saúde Pública, pois os animais infectados são potentes transmissores do parasita para humanos pelo vetor flebotomínio. O cão é, portanto, um alvo importante nas medidas de controle. A progressão da infecção canina é acompanhada por falha na imunidade celular com redução de linfócitos circulantes e citocinas que suprimem a função dos macrófagos. A função da célula T na indução da resposta celular é determinante para a eliminação do parasita no interior dos macrófagos. Embora a supressão imunológica já esteja caracterizada, os fatores determinantes são pouco conhecidos. Recentes estudos mostraram que a regulação da função efetora dos macrófagos e células T parece depender de microRNAs (miRNAs). Existem muitas evidências da função dos miRNAs na regulação da expressão de proteínas que são fundamentais para o desenvolvimento, função e diferenciação de vários tipos celulares do sistema imunológico. Uma desregulação da atividade dos miRNAs está envolvida em diversas doenças, incluindo a LV. Na LVC, devido a supressão imunológica celular ser determinante para a progressão da doença, o conhecimento de miRNAs associados a regulação imunológica pode ser importante para a mudança do padrão de resposta. / Abstract: Visceral Leishmaniasis (VL) in humans is a chronic and often fatal disease if left untreated. The disease has high mortality rate, and the region of Araçatuba concentrates a large number of cases in São Paulo state. Canine VL (CVL) is a serious public health problem, because infected animals are potent transmitters of the parasite to humans by the vector phlebotomine. Therefore, dogs are important targets in the control measures. The progression of canine infection is accompanied by a failure of cellular immunity with reducing of circulating lymphocytes and cytokines that suppress the macrophage function. The role of T cells in the induction of cellular response is crucial to the elimination of the parasite in macrophages. Although immunosuppression is already characterized, the determining factors are not well known. In the last decade studies have shown that regulation of effector function of macrophages and T cells appears to depend on microRNAs (miRNAs). There are many evidences of function of miRNA in regulating of the expression of proteins that are primordial for the development, function and differentiation of various cell types of the immune system. A deregulation of miRNA expression is involved in a variety of disorders including VL. In CVL, due to cell immune suppression be determinant of disease progression, knowledge of miRNAs associated with immune regulation may be important for change the response pattern. / Mestre

Pitanga (Eugenia uniflora L.) é uma árvore arbustiva com frutas semelhantes à cereja, que cresce em diferentes tipos de vegetação e ecossistemas como consequência da sua alta capacidade de adaptação a diferentes condições de solo e clima. Esta espécie é de particular interesse econômico devido às suas propriedades medicinais, que são atribuídas aos metabólitos especializados presentes em suas folhas e frutos. Entre os metabólitos, os terpenóides são os mais abundantes dos óleos essenciais que são encontrados nas folhas. A diversidade de terpenos observada em Myrtaceae é determinada pela atividade de diferentes membros das famílias das terpeno sintases e oxidosqualeno ciclases. Por outro lado, os miRNAs são pequenos RNAs endógenos que desempenham papéis regulatórios essenciais no crescimento das plantas, desenvolvimento e resposta ao estresse. Por esta razão, estudos extensivos de miRNAs foram realizados em plantas modelos e outras plantas de importância econômica nos últimos anos. Portanto, o objetivo deste estudo é gerar recursos genômicos para E. uniflora utilizando sequenciamento de nova geração e ferramentas de bioinformática para a identificação de miRNAs conservados e novos, bem como os genes envolvidos na sínteses dos terpenóides. No capítulo 3, bibliotecas de pequenos RNA e RNA-seq foram construídas a partir de folhas de pitanga para identificar miRNAs maduros e pre-miRNAs, respectivamente. De 14.489.131 leituras limpas de pequenos RNA, foram obtidos 1.852.722 sequências de miRNAs maduros que representam 45 famílias conservadas e que foram identificadas em outras espécies de plantas. Análises posteriores, usando contigs montados a partir do RNA-seq, permitiu a predição das estruturas secundárias de 42 pre-miRNAs: 25 conservados e 17 novos. Alvos potenciais foram previstos para os miRNAs maduros mais abundantes nos pre-miRNAs, identificados com base na homologia de sequências. Além disso, a expressão de 27 pre-miRNAs foi validada utilizando ensaios de RT-PCR em diferentes indivíduos de pitanga. Este estudo é o primeiro de identificação em grande escala de miRNAs e seus alvos potenciais de uma espécie da família Myrtaceae, e proporciona mais informação sobre a conservação evolutiva dos vias regulatórias dos miRNAs em plantas com destaques para os miRNAs específicos da pitanga. No capítulo 4, a biblioteca de RNA-seq sequenciada anteriormente foi utilizada para identificar os genes potencialmente envolvidos na via da biossíntese dos terpenos e diversidade dos terpenóides a partir da montagem de novo e a anotação do transcriptoma de E. uniflora. No total, foram identificados 72.742 unigenes com um comprimento médio de 1.048 pb. Destes, 43.631 e 36.289 unigenes foram anotadas com as bases de dados das proteínas não redundantes do NCBI e Swiss-Prot, respectivamente. A ontologia gênica categorizou as sequências em 53 grupos funcionais. A análise das vias metabólicas com KEGG revelou 8.625 unigenes designados a 141 vias metabólicas e 40 unigenes preditos como associados com a biossíntese de terpenóides. Por outro lado, foram identificados quatro genes putativos de terpeno sintases (TPS), de comprimento completo, envolvidos na biossíntese de monoterpenos e sesquiterpenos, e três genes putativos de oxidosqualeno ciclases (OSC), de comprimente completo, envolvidos na biossíntese de triterpenos. Além disso, a expressão destes genes foi validada em diferentes tecidos de E. uniflora. A futura caracterização bioquímica dos diferentes TPS e OSC descritos aqui determinará especificamente o tipo de terpenóide sintetizado em condições ambientais específicas. Os dados produzidos neste estudo servirão como referência para estudos genéticos sobre os mecanismos moleculares que são responsáveis pela composição química dos óleos essenciais em E. uniflora e os aspectos fisiológicos da capacidade de adaptação desta espécie a diferentes habitats. / Pitanga (Eugenia uniflora L.) is a shrubby tree with edible cherry-like fruits that grows in different vegetation types and ecosystems as a consequence of its high adaptability to different soils and climate conditions. This species is of particular interest due to its medicinal properties that are attributed to specialized metabolites present in their leaves and fruits with potential pharmacological benefits. Among these metabolites, the terpenoids are the most abundant in the essential oils found in the leaves. The terpene diversity observed in Myrtaceae is determined by the activity of different members of the terpene synthase and oxidosqualene cyclase families. Furthermore, miRNAs are endogenous small RNAs that play essential regulatory roles in plant growth, development and stress response. For this reason, extensive studies of miRNAs have been performed in model plants and other plants of economic importance in the last years. Therefore, the aim of this study is to generate genomic resources for E. uniflora using next generation sequencing and bioinformatics tools to identify conserved and new miRNAs, and to identify the genes involved in the synthesis of terpenoids. In chapter 3, small RNA and RNA-seq libraries were constructed from leaves to identify mature miRNAs and pre-miRNAs, respectively. From 14.489.131 small RNA clean reads we obtained 1.852.722 mature miRNA sequences, representing 45 conserved families that have been identified in other plant species. Further analysis using assembled contigs from RNA-seq allowed the prediction of secondary structures of 42 pre-miRNAs: 25 conserved and 17 novel. Potential targets were predicted for the most abundant mature miRNAs, which were identified in pre-miRNAs based on sequence homology. In addition, the expression of 27 identified pre-miRNAs was validated using RTPCR assays in different individuals of pitanga. In chapter 4, the previously sequenced RNA-seq library was de novo assembled followed by annotation of the E. uniflora transcriptome and used to identify the genes potentially involved in the terpene biosynthesis pathway and terpenoid diversity. In total, we identified 72.742 unigenes with a mean length of 1.048 bp. Of these, 43.631 and 36.289 unigenes were annotated with the NCBI non-redundant protein and Swiss-Prot databases, respectively. The gene ontology categorized the sequences into 53 functional groups. A metabolic pathway analysis with KEGG revealed 8.625 unigenes assigned to 141 metabolic pathways and 40 unigenes predicted to be associated with the biosynthesis of terpenoids. Furthermore, we identified four putative full-length terpene synthase (TPS) genes involved in sesquiterpenes and monoterpenes biosynthesis, and three putative full-length oxidosqualene cyclase (OSC) genes involved in the triterpenes biosynthesis. In addition, expression of these genes was validated in different E. uniflora tissues. Future biochemical characterization of the different TPS and OSC described here will determine the type of terpenoid specifically synthesized in specific environmental conditions. The data produced in this study will serve as a reference for genetic studies about the molecular mechanisms behind the chemical composition of the essential oils in E. uniflora and about the physiologic aspects of the capacity of adaptation of this specie to different habitats.

siRNAs são pequenos RNAs de interferência de cadeia dupla que podem silenciar a expressão de genes específicos pós-transcricionalmente. A despeito de suas importantes funções biológicas, poucos estudos vêm se dedicando a abordá-los sob a perspectiva atomística. Com relação às técnicas computacionais, existem ainda poucas informações sobre a confiabilidade das predições in silico realizadas com estas pequenas moléculas de RNA de fitadupla. Neste contexto, o presente trabalho compara os campos de força AMBER, CHARMM e GROMOS na descrição conformacional de siRNAs livres e complexados a proteína p19, através de simulações por dinâmica molecular. Destes, AMBER e CHARMM mantiveram a conformação molecular dos siRNAs similar à geometria cristalográfica, enquanto o GROMOS introduziu uma série de distorções, conforme descrito previamente para a molécula de DNA (RICCI ET AL., 2010). De forma geral, a complexação à p19 promoveu um aumento na rigidez dos siRNAs. Em contrapartida, os problemas apresentados pelo GROMOS foram extensos, incluindo abertura da dupla-hélice e perda do pareamento, possivelmente através de problemas nos ângulos torcionais descritores do esqueleto conformacional dos siRNAs. Assim, os dados obtidos apontam para AMBER e CHARMM como os principais campos de força para simulações de pequenos RNAs. Por outro lado, observamos potenciais pontos de partida para melhoria do GROMOS na descrição de ácidos nucleicos, o que permitiria simulações cobrindo escalas de tempo maiores em máquinas de custos menores. / The small interfering RNA (siRNA), which are small pieces of double-stranded RNA, can silence the expression of specific genes at the post-transcriptional level. While such molecules have an important biological function, only few studies have been dedicated to approach them under the atomistic perspective. Regarding the computational techniques, there is little information on the reliability of in silico predictions performed with these small double-strands RNA molecules. In this context, the current work intends to compare AMBER, CHARMM and GROMOS force fields on the conformational description of p19 protein complexed and uncomplexed siRNAs under molecular dynamics simulations. AMBER and CHARMM force fields behaved similarly to the crystallographic geometry, while GROMOS force field shows a series of distortions, as previously described in DNA simulations (RICCI ET AL., 2010). When complexed to p19, the dynamics of the siRNA demonstrated an increase in its rigidity. On the other hand, the problems presented on GROMOS force field were extensive, including opening of double strands, and loss of base pairing, possibly due to problems with backbone torsional angles of siRNAs. Thus, the obtained data points to AMBER and CHARMM as the main force fields for simulations of small RNAs. Moreover, we observed potential starting points for improving the GROMOS force field on the nucleic acids description, allowing simulations covering longer time scales at lower cost machines.

Seca e ferrugem asiática da soja (FAS) são dois dentre os principais estresses abióticos e bióticos que afetam negativamente a produtividade da soja (Glycine max L. Merrill) no mundo inteiro. A base genética da tolerância à seca e da resistência à FAS não são bem conhecidas e esclarecer como ocorre a resposta a estes estresses em soja é ainda um desafio. Atualmente, sabe-se que as plantas adaptam-se a estes estresses por meio da regulação da expressão gênica em nível transcricional e pós-transcricional. Na via da regulação pós-transcricional, microRNAs (miRNAs) têm sido apontados como importantes reguladores em várias plantas sob estresse biótico e abiótico. Entretanto, em soja, não havia sido relatado qualquer miRNA responsivo a estas condições. Neste contexto, nosso objetivo foi identificar novos miRNAs em soja e, também, caracterizar o padrão de expressão de alguns destes miRNAs durante ambos os estresses, além de buscar detectar genes alvos para estes miRNAs. Deste modo, esta tese foi dividida em capítulos, os quais apresentam os diferentes trabalhos desenvolvidos durante o doutorado. No capítulo III estão relatados os resultados da primeira investigação sobre a adequação de miRNAs como genes normalizadores em plantas. A estabilidade da expressão dos miRNAs foi investigada em diferentes tecidos e genótipos de soja, bem como entre estresses biótico e abiótico. Ao final deste trabalho, foram mostradas evidências de que a estabilidade da expressão de miRNAs pode ser maior que a de genes codificadores de proteínas em análises de RT-qPCR. No capítulo IV está descrita a descoberta de novos miRNAs a partir de bibliotecas de deficiência hídrica e FAS em soja, pelo emprego de sequenciamento de alto desempenho (Solexa). Neste estudo, foram detectados 256 miRNAs. Análises de RT-qPCR foram realizadas para alguns dos novos miRNAs, observando-se alguns miRNAs diferencialmente expressos, indicando evidência molecular para um possível envolvimento de miRNAs em processos responsivos à deficiência hídrica e FAS. Para um dos miRNAs detectado, um novo alvo foi validado, correspondendo a um gene codificador de ascorbato oxidase e possivelmente relacionado com a infecção pelo fungo da ferrugem asiática em genótipo suscetível, dados estes apresentados no capítulo V. Esta tese contribui para o aumento de informações sobre miRNAs de plantas, bem como para o entendimento da regulação gênica em soja sob estresses de deficiência hídrica e FAS. / Drought and Asian Soybean Rust (ASR) are the major abiotic and biotic stresses that negatively affect soybean (Glycine max L. Merrill) productivity around the world. The genetic basis of drought tolerance and ASR resistance are not well understood, and clarification on how the response to these stresses occur in soybean is still a challenge. Currently, it is known that adaptation is achieved through the regulation of gene expression at the transcriptional and post-transcriptional levels. In the way of post-transcriptional regulation, microRNAs (miRNAs) have been found to act as key regulator factors in many other plants under biotic and abiotic stresses. However, in soybean there was no report of miRNAs responsive to these conditions. In this context, our goal was to identify new miRNAs in soybean, characterize some of the miRNA expression patterns during both stresses, and try to detect target genes for the miRNAs. In this way, this thesis was divided in chapters which present the different works that were developed during the PhD period. In chapter three, the suitability of miRNAs as housekeeping genes in plants was investigated. MiRNA expression stability was analysed in different soybean tissues and genotypes as well as after abiotic or biotic stress treatments. It was shown that miRNA expression stability can be higher than the expression stability of protein-coding genes by RT-qPCR analysis. In chapter four, new miRNAs were discovered from Solexa deep sequencing of soybeans submitted to water deficit and rust infection. From these analyses 256 miRNAs were detected. RT-qPCRs were performed for some of the new miRNAs and the identification of differentially expressed miRNAs was observed, provinding molecular evidence for the possible involvement of miRNAs in the process of water deficit- and rust-stress responses. For one of the new miRNAs detected by Solexa sequencing, a new target was validated, which is a gene encoding ascorbate oxidase and that seems to be related with soybean rust infection in the genotype susceptible to the fungus (results were presented in chapter five). The present thesis contributes to improve the information about miRNAs in plantas, as well as to the understanding of soybean gene regulation under water deficit and ASR stresses.

No presente trabalho foram estudados aspectos relacionados ao sono, à qualidade de vida e achados de microRNA nos indivíduos com doença de Parkinson (DP). Foi realizada a tradução e validação da Escala de Sono na DP (PDSS) para uso no Brasil. A consistência interna foi avaliada pelo alfa de Cronbach apresentando valor igual a 0.82. Todos os itens da versão brasileira da PDSS (PDSS-BR) apresentaram correlação direta estatisticamente significativa com o escore total da escala. A confiabilidade teste-reteste do escore total apresentou valor de 0.94. A PDSS-BR apresentou correlação com o Indice de Qualidade de Sono de Pittsburg (PSQI) e com a Escala de Sonolência de Epworth (rs= 0.63 e rs= 0.32, respectivamente; p=0.001). Os achados psicométricos da PDSS-BR foram satisfatórios e semelhantes aos de estudos previamente desenvolvidos em outros países. Também foi avaliada a qualidade de vida dos pacientes com DP com o instrumento de Avaliação de Qualidade de Vida em Idosos da Organização Mundial da Saúde (WHOQOL-OLD). Foi constatado que indivíduos com maior gravidade da DP apresentaram pior escore total da WHOQOL-OLD (rs= –0.43; p≤0.001). Os pacientes com estágios mais avançados apresentam pior índice de qualidade de vida nas facetas de habilidade sensorial e de participação social em comparação com os pacientes em estágio mais leve. Na faceta de habilidade sensorial existe uma associação com o sono, avaliado pelas escalas PSQI e PDSS-BR (rp= 0.46 e rp=0.41, respectivamente; p<0.001). Em relação ao sono na DP também foi realizada análise da estrutura do sono baseado em exames de polissonografia (PSG), tendo sido estudadas duas medidas de microestrutura do sono: densidade dos fusos do sono (FS) e padrão alternante cíclico (PAC). Foi realizada quantificação automática dos FS no estágioN2 do sono não- REM (rapid eye movement) de cada indivíduo. Pacientes com DP sem tratamento (ntPD) apresentaram maior densidade de FS que os do grupo controle nas derivações parietais, central esquerda e frontal direita (p<0.05). Diferenças entre pacientes e controles foram constatadas aos analisar tanto fusos lentos (11-13Hz) quanto rápidos (frequência superior a 13 Hz). Na análise do PAC identificou-se aumento da porcentagem do subtipo A3 e redução na duração de todos os subtipos-A do PAC no grupo ntPD em relação aos controles. Não foi observada diferença estatisticamente significativa na densidade dos FS e no PAC na comparação entre os momentos anterior e posterior ao tratamento com levodopa. Ainda, visando maior compreensão da DP e identificação de instrumentos que possam ser utilizados como marcadores da doença, foi avaliada a expressão de microRNAs no sangue de pacientes com DP. Foi identificado que os microRNAs: miR-1, miR-16-2*, miR-22*, miR-26a2*, miR-29a and miR-30a apresentaram diferença nos níveis de expressão relativa no sangue dos pacientes com DP. A análise combinada dos níveis de expressão relativa de miR-1, miR-22* and miR-29 permitiu distinguir pacientes com DP, sem tratamento em estágios iniciais da manifestação motora da doença, de indivíduos saudáveis (p<0.05). Enquanto, a análise conjunta dos níveis de expressão de miR-16-2*, miR-26a2* e miR30a diferenciou pacientes tratados de não-tratados (p<0.05). Assim, o presente estudo identificou e disponibilizou diferentes medidas que podem colaborar na avaliação de pacientes com DP.

Resumo: Células T reguladoras naturais expressam constitutivamente a molécula CD25 e o fator de transcrição Foxp3 e representam uma importante subpopulação de linfócitos T CD4 com atividade supressora. Estas células têm sido estudadas em várias doenças autoimunes, incluindo pênfigo vulgar, mas até o momento não foram estudadas em pênfigo foliáceo (PF). MicroRNA constituem uma classe de pequenos RNA nãocodificantes, de aproximadamente 22 nucleotídeos, que atuam póstranscricionalmente, participando da sintonia fina da expressão gênica através do pareamento com a região 3' não traduzida de certos RNA mensageiros. MicroRNA são importantes para o desenvolvimento e função normais do sistema imune, sendo que alterações quantitativas estão frequentemente associadas à doenças autoimunes. PF trata-se de uma doença autoimune caracterizada pela produção de autoanticorpos IgG dependente de células Th2 e direcionados contra proteínas de adesão entre células da pele. Considerando esta importância de células Th2 e B autorreativas, bem como o evidente papel de células T reguladoras na perda de autotolerância, o objetivo deste trabalho foi verificar o padrão de expressão de cinco microRNA candidatos à regulação da resposta (auto)imune adaptativa do PF (miR-145, miR-148a, miR-155, miR-338-5p, and miR-1321) nas três subpopulações de linfócitos acima mencionadas, bem como analisar a proporção de células T reguladoras CD4+CD25+. Os resultados principais foram: (1) em células B de memória expressando IgG de superfície (B IgG+) e Th2, miR-155 esteve 2 e 3 vezes superexpresso, respectivamente, em pacientes sem lesão em relação aos controles sadios (P = 0,02 and P = 0,03, respectivamente); (2) miR- 1321 apresentou tendência de superexpressão em células Th2 do conjunto total de pacientes comparados aos controles sadios (P = 0,10) e há evidências de que este microRNA regule a expressão de BLyS, um estimulador de células B, uma vez que os seus níveis mostraram-se inversamente proporcionais aos de BLyS; (3) miR-148a não foi detectado em células B IgG+ de pacientes sem lesão, mas foi consistentemente expresso por células de pacientes com a doença ativa; e (4) células T reguladoras CD4+CD25+ estiveram significativamente reduzidas em pacientes com a doença ativa em relação aos controles sadios (P = 0,02) e aos pacientes sem lesão (P = 0,03). Além disso, foi detectada uma tendência de menor expressão de Foxp3 em pacientes com a doença ativa, sugerindo que células T reguladoras sejam ainda menos frequentes no PF. Curiosamente, células Th2 e B IgG+, potenciais alvos de células T reguladoras, mostraram-se sutilmente mais frequentes em pacientes com lesões ativas. Estes resultados colocam miR-148a, miR-155 e miR-1321 como potenciais alvos para terapias alternativas em PF. Além disso, sugere-se que uma redução da frequência de células T reguladoras esteja associada ao PF, destacando a importância destas células para a manutenção da autotolerância.

No presente trabalho foram estudados aspectos relacionados ao sono, à qualidade de vida e achados de microRNA nos indivíduos com doença de Parkinson (DP). Foi realizada a tradução e validação da Escala de Sono na DP (PDSS) para uso no Brasil. A consistência interna foi avaliada pelo alfa de Cronbach apresentando valor igual a 0.82. Todos os itens da versão brasileira da PDSS (PDSS-BR) apresentaram correlação direta estatisticamente significativa com o escore total da escala. A confiabilidade teste-reteste do escore total apresentou valor de 0.94. A PDSS-BR apresentou correlação com o Indice de Qualidade de Sono de Pittsburg (PSQI) e com a Escala de Sonolência de Epworth (rs= 0.63 e rs= 0.32, respectivamente; p=0.001). Os achados psicométricos da PDSS-BR foram satisfatórios e semelhantes aos de estudos previamente desenvolvidos em outros países. Também foi avaliada a qualidade de vida dos pacientes com DP com o instrumento de Avaliação de Qualidade de Vida em Idosos da Organização Mundial da Saúde (WHOQOL-OLD). Foi constatado que indivíduos com maior gravidade da DP apresentaram pior escore total da WHOQOL-OLD (rs= –0.43; p≤0.001). Os pacientes com estágios mais avançados apresentam pior índice de qualidade de vida nas facetas de habilidade sensorial e de participação social em comparação com os pacientes em estágio mais leve. Na faceta de habilidade sensorial existe uma associação com o sono, avaliado pelas escalas PSQI e PDSS-BR (rp= 0.46 e rp=0.41, respectivamente; p<0.001). Em relação ao sono na DP também foi realizada análise da estrutura do sono baseado em exames de polissonografia (PSG), tendo sido estudadas duas medidas de microestrutura do sono: densidade dos fusos do sono (FS) e padrão alternante cíclico (PAC). Foi realizada quantificação automática dos FS no estágioN2 do sono não- REM (rapid eye movement) de cada indivíduo. Pacientes com DP sem tratamento (ntPD) apresentaram maior densidade de FS que os do grupo controle nas derivações parietais, central esquerda e frontal direita (p<0.05). Diferenças entre pacientes e controles foram constatadas aos analisar tanto fusos lentos (11-13Hz) quanto rápidos (frequência superior a 13 Hz). Na análise do PAC identificou-se aumento da porcentagem do subtipo A3 e redução na duração de todos os subtipos-A do PAC no grupo ntPD em relação aos controles. Não foi observada diferença estatisticamente significativa na densidade dos FS e no PAC na comparação entre os momentos anterior e posterior ao tratamento com levodopa. Ainda, visando maior compreensão da DP e identificação de instrumentos que possam ser utilizados como marcadores da doença, foi avaliada a expressão de microRNAs no sangue de pacientes com DP. Foi identificado que os microRNAs: miR-1, miR-16-2*, miR-22*, miR-26a2*, miR-29a and miR-30a apresentaram diferença nos níveis de expressão relativa no sangue dos pacientes com DP. A análise combinada dos níveis de expressão relativa de miR-1, miR-22* and miR-29 permitiu distinguir pacientes com DP, sem tratamento em estágios iniciais da manifestação motora da doença, de indivíduos saudáveis (p<0.05). Enquanto, a análise conjunta dos níveis de expressão de miR-16-2*, miR-26a2* e miR30a diferenciou pacientes tratados de não-tratados (p<0.05). Assim, o presente estudo identificou e disponibilizou diferentes medidas que podem colaborar na avaliação de pacientes com DP.

Orientador: Rogério Saad Hosnne / Resumo: Introdução: A doença de Crohn (DC) e a retocolite ulcerativa (RCU) são as duas principais doenças que compõem a doença inflamatória intestinal (DII). Estudos indicam que vários genes estão diferencialmente expressos em DC. vs. RCU. Entretanto, os mecanismos moleculares de desenvolvimento e progressão das diferentes formas da DII ainda não foram elucidados. Considerando que os microRNAs (miRNAs) são potentes reguladores da expressão gênica e têm papel importante em várias doenças humanas, estes podem constituir biomarcadores com potencial diagnóstico, prognóstico e terapêutico em DII. Objetivos: Identificar miRNAs desregulados em DII, distinguindo DC e RCU; identificar genes-alvo dos miRNAs alterados e redes de interação entre miRNAs e genes-alvo em DII. Materiais e Métodos: Foi utilizada estratégia de meta-análise para identificação de dados de expressão de miRNAs em DII. Após aplicação dos critérios de inclusão e exclusão, foram selecionados 10 estudos para extração dos dados. Desses estudos, foram identificados miRNAs significativamente desregulados (nível de alteração ou FC>=2 e p<0,05) e coletadas informações sobre o tipo e o número de amostras analisadas (soro, plasma ou tecido) de pacientes com DC ou RCU, plataformas utilizadas para análise de expressão de miRNAs e validação dos dados, entre outras. A seguir, foram aplicadas as ferramentas de bioinformática mirwalk 2.0 para predição de genes-alvo regulados pelos miRNAs e STRING e BiNGO para identificação de redes de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientador: Patrícia Pintor dos Reis / Resumo: Introdução: O câncer de pulmão é a principal causa de morte por câncer no mundo. Apesar dos avanços nas estratégias de diagnóstico e o desenvolvimento de novas terapias com alvos moleculares, pouco progresso tem sido observado quanto ao aumento de sobrevida dos pacientes. Portanto, a identificação de novos biomarcadores ainda é necessária para o desenvolvimento de novas terapêuticas para carcinomas pulmonares. Nesse contexto, os microRNAs (miRNAs) são moléculas promissoras, pois constituem uma classe de RNAs não-codantes reguladores da expressão gênica os quais têm sido evidenciados como biomarcadores diagnósticos, prognósticos e preditivos no câncer. Materiais e Métodos: Amostras de tecido pulmonar tumoral e normal de 38 pacientes com carcinoma de pulmão de células não pequenas (da sigla em inglês NSCLC), dos subtipos histológicos adenocarcinoma e carcinoma de células escamosas, foram avaliadas para a expressão global de miRNAs utilizando a plataforma TaqMan® Array Human MicroRNA card A v3.0 (Life Technologies). Os miRNAs com alterações na expressão (FC≥2,0) e p<0,05 foram considerados estatisticamente significativos. Os dados de expressão foram associados com a sobrevida global. Análises de bioinformática permitiram identificar genes-alvo regulados pelos miRNAs desregulados. A relação entre sobrevida global e a identificação de uma assinatura de expressão de miRNAs foi avaliada com objetivo de integrar nossos achados utilizando bancos de dados públicos. Resultados: Os resul... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor