Orientador: Juliana Regina Peiró / Coorientador:Sérgio Moraes Aoki / Banca:José Paes de Oliveira Filho / Banca:Flávia de Almeida Lucas / Resumo: Endotoxemia é distúrbio sistêmico que se origina da resposta do hospedeiro a um componente da membrana celular das bactérias Gram- negativas. Esta resposta se dá através da exposição dos receptores celulares TLR-4 e TLR-2 ao LPS. Os objetivos deste estudo foram investigar as alterações na expressão gênica da exposição ao LPS em leucócitos de equinos utilizando a técnica de microarray, avaliar a eficiência do modelo ex vivo para os estudos envolvendo a endotoxemia pela mesma técnica, avaliar a expressão global de genes em vias envolvidas, identificar componentes da cascata metabólica com potenciais para novas terapias, e fornecer subsídio para futuros estudos. Amostras de sangue total (15mL) de cavalos saudáveis (n=6) foram incubadas durante 4 horas a 37°C com 5% de CO2 na presença (1 ou 10 ng/mL) ou ausência de LPS (0 ng/mL). Alíquotas de 500µL de sangue foram coletadas nos momentos 0, 2 e 4 horas após o estímulo do LPS. O RNA, extraído das mostras, foi utilizado para a transcrição do cDNA. A hibridização do cDNA marcado com Cy-3 foi realizada em lâminas 4x44K v2 de humanos contendo sequências homólogas com a espécie equina para os genes de interesse. Após a leitura das lâminas, com filtro para genes 30x mais ou menos expressos, verificou-se um aumento da expressão do TLR-2 na concentração de 10 ng LPS/mL no momento 4 em relação ao momento 2. Este resultado sugere que, embora o receptor TLR-4 seja o principal receptor no reconhecimento do LPS, o receptor TLR-2 também tem um papel no reconhecimento destas moléculas / Abstract: Endotoxemia is systemic disturbance that origins from the host response to a component of the cellular membrane of Gram-negative bacterias. This response occurs through exposure of cellular receptors TLR-4 and TLR-2 to LPS. The objectives of this study were to investigate changes in gene expression of exposure to LPS in horses leukocytes using the microarray technique, to evaluate the efficiency of the ex vivo model for studies of endotoxemia by the same technique, to evaluate the global expression of genes in the metabolic pathways involved, identify components of the metabolic cascade with potential for new therapies, and provide allowance for future studies. Whole blood samples (15mL) of healthy horses (n=6) were incubated for 4 hours at 37°C with 5% of CO2 in the presence (1 or 10 ng/ml) or absence of LPS (0 ng/ml). Aliquots of 500μL of blood were collected at 0,2 and 4 hours after LPS stimulation. The RNAs, extracted from the samples, were used for the transcription of the cDNAs. Hybridization of labeled cDNAs with Cy-3 were performed in 4x44K v2 slides containing human sequences homologous to the equine species for the genes of interest. After the reading of the slides with filter for genes 30x up regulation or down regulation expression, it was observed an increased expression of the TLR-2 concentration of 10 ng LPS/mL at time 4 compared to time 2. This result suggests that, although the TLR-4 receptor is the main LPS recognition receptor, the receptor TLR-2 also plays a role in recognition of these molecules / Mestre

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-09-24T14:56:36Z No. of bitstreams: 2 Cysneiros, Maria Auxiliadora de Paula Carneiro.pdf: 1396665 bytes, checksum: f26660692713226fc47ed6704e9d53a9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2014-09-28T02:03:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Cysneiros, Maria Auxiliadora de Paula Carneiro.pdf: 1396665 bytes, checksum: f26660692713226fc47ed6704e9d53a9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-28T02:03:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Cysneiros, Maria Auxiliadora de Paula Carneiro.pdf: 1396665 bytes, checksum: f26660692713226fc47ed6704e9d53a9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-10-16 / Endocervical and Endometrial Adenocarcinomas are uterine neoplasms with different biological behaviors and different treatments, being all the therapeutic plan based on the origin site of these tumors. To differentiate these two neoplasms, many times the immunohistochemical study is used as an ancillary tool to assist and complement histopathological examination. Previous studies have investigated the value of various markers in the distinction of these neoplasms, with results varying and sometimes conflicting. In this study the impact of the MCM2, bcl2 and villin markers in the differential diagnosis of endocervical and endometrial adenocarcinomas, associated or not to a traditional markers panel formed by CEA, vimentin, RE, RP and p16, was evaluated. Material and methods: A tissue microarray (TMA) was constructed using paraffin-embedded, formalin-fixed tissues from 104 hysterectomy specimens and conizations. Out of the 104, 51 samples were represented by unequivocal cases of adenocarcinomas of the endocervice and 53 represented unequivocal cases of endometrial adenocarcinomas. The sections of tissue microarray block were immunostained with the eight antibodies in study and to the antigen-antibody reaction preview it was used the polymer detection system. Scoring of immunostaining was interpreted using the German semi quantitative scoring system in considering the staining intensity and area extent of marker expression. The final Immunoreactive score was determined by multiplying the positive intensity and the positive area extent scores. The threshold for differentiating between final positive and negative immunostaining was set at 4 for interpretation (0-3 = negative; 4-12 = positive). Results: The univariate analysis showed that out of the eight markers, seven (CEA, vimentin, RE, RP, p16, MCM2 and bcl2) showed good performance in the distinction between the endocervical and endometrial origin. The multivariate analysis showed that CEA, p16 and MCM2 were the strongest predictors of site of origin. In the evaluation of six panels built by various combinations of immunomarkers , the panel with the lowest accuracy was that represented by MCM2, bcl2 and villin. The villin did not show any statistically significant difference in the differential diagnosis of these adenocarcinomas. Despite the MCM2 and bcl2 have revealed significant differences of frequency between the two sites of origin, they did not demonstrate additional benefit when added to a traditional panel. Conclusion: According to our study, the inclusion of MCM2, bcl2 and villin in the immunohistochemical assessment of uterine adenocarcinomas, added no supplementary value in the differentiation of these two neoplasms. / Adenocarcinomas endocervicais e endometriais são neoplasias uterinas com comportamentos biológicos e tratamentos distintos, sendo todo o plano terapêutico baseado no sítio de origem desses tumores. Para diferenciação dessas duas neoplasias, muitas vezes utiliza-se o estudo imuno-histoquímico como ferramenta auxiliar e complementar ao exame histopatológico. Prévios estudos têm investigado o valor de diferentes marcadores na distinção dessas neoplasias, com resultados variáveis e, por vezes, conflitantes. Neste estudo foi avaliado o desempenho dos marcadores MCM2, bcl2 e vilina no diagnóstico diferencial desses adenocarcinomas, associados ou não a um painel de marcadores tradicionais formados por CEA, vimentina, RE, RP e p16. Material e métodos: Um microarranjo de tecido (TMA) foi construído usando tecidos fixados em formol e embebidos em parafina, a partir de 104 amostras provenientes de histerectomias e conizações. Das 104 amostras, 51 eram representadas por casos inequívocos de adenocarcinomas de endocérvice e 53 representavam casos inequívocos de adenocarcinomas de endométrio. As secções do bloco de TMA foram imunomarcadas com os oito anticorpos em estudo e para vizualização da reação antígeno-anticorpo foi utilizado o sistema de detecção com polímeros. A marcação imuno-histoquímica foi graduada de acordo com o sistema semi-quantitativo alemão, levando-se em consideração a intensidade de marcação e a extensão de células marcadas. O score de imunorreatividade final foi determinado pela multiplicação da intensidade pela extensão de marcação. Um limite de corte de 4 foi determinado para diferenciação entre um resultado final positivo ou negativo (0- 3= negativo; 4- 12= positivo). Resultados: Análise univariada mostrou que dos oito marcadores avaliados, sete (CEA, vimentina, RE, RP, p16, MCM2 e bcl2) apresentaram bom desempenho na distinção entre origens endocervical e endometrial da neoplasia. Análise multivariada mostrou que CEA, p16 e MCM2 foram os mais fortes preditores do sítio anatômico. Na avaliação dos seis painéis construídos por combinações variadas desses marcadores, o painel com menor acurácia diagnóstica foi o representado por MCM2, bcl2 e vilina. A vilina não apresentou nenhuma diferença estatisticamente significativa no diagnóstico diferencial desses adenocarcinomas. Apesar do MCM2 e bcl2 terem revelado diferenças significativas de frequência entre os dois sítios de origem, eles não demonstraram valor suplementar quando adicionados a um painel tradicional. Conclusão: De acordo com este estudo, a inclusão de MCM2, bcl2 e vilina em um painel tradicional de 5 marcadores (CEA, vimentina, RE, RP, p16), não agregou nenhum benefício adicional na distinção imuno-histoquímica do sítio de origem desses adenocarcinomas uterinos.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-08-11T13:08:29Z No. of bitstreams: 1 Marcia Weber Carneiro. Expressão... 2014.pdf: 2460839 bytes, checksum: d1f20b5216588e233b534015a0642dd8 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-11T13:08:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcia Weber Carneiro. Expressão... 2014.pdf: 2460839 bytes, checksum: d1f20b5216588e233b534015a0642dd8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Células de voluntários saudáveis, expostas in vitro a Leishmania, podem produzir altos níveis de IFNG na primeira exposição ao parasita, caracterizando os indivíduos como alto respondedores (AR), ou baixos níveis de IFNG, caracterizando os indivíduos baixo respondedores (BR). O objetivo deste estudo foi estudar o perfil de expressão gênica associado ao padrão de produção de IFNG de indivíduos AR e BR. Também avaliamos se as assinaturas gênicas identificadas nos indivíduos AR e BR se associam com o padrão de resposta imune observado em indivíduos de área endêmica identificada como subclínicos (SC) ou portadores de Leishmaniose Cutânea Localizada (LC). Inicialmente, Células Mononucleares do Sangue Periférico (CMSP) de voluntários saudáveis foram estimuladas in vitro com Leishmania braziliensis e identificamos indivíduos AR (com produção de IFNG acima de 330 pg/ml) e indivíduos BR (com produção abaixo de 215 pg/ml). Em seguida, analisamos a expressão gênica desses indivíduos utilizando microarranjos e validamos a expressão de alguns genes por PCR em tempo real. Indivíduos AR apresentaram 32 moléculas moduladas significativamente, sendo que 27 foram moduladas positivamente e apenas 5 negativamente. Por outro lado, nos indivíduos BR, 28 moléculas foram moduladas significativamente, sendo 18 positivamente e 10 negativamente. Utilizando o programa IPA, as moléculas moduladas nos indivíduos AR foram associadas a uma rede envolvendo resposta antimicrobiana, resposta imune humoral e síntese de proteínas. Nestes indivíduos, a via de sinalização canônica mais significativa está associada com a comunicação entre o sistema imune inato e adaptativo. Em indivíduos BR, os genes significativamente modulados foram associados a uma rede envolvendo a resposta imune humoral, síntese de proteína e sinalização celular. Nestes indivíduos, a via canônica mais significativa está associada com a resposta de receptores do tipo Toll. Selecionamos um grupo de genes (IFNG, IFI27, IL6, IRF1, TNF, IL10, CXLC10 e, JAK2), entre os diferencialmente modulados, e a expressão desses foi validada por PCR em tempo real, tanto nos indivíduos AR quanto nos BR. Por fim, a expressão desses genes foi avaliada em CMSP de pacientes com LC e em indivíduos SC, após o estímulo com L. braziliensis. Assim, foi possível determinar uma assinatura no qual os indivíduos SC apresentam maior expressão (p<0.01) de CXCL10, IFI27 e IL6, como nos indivíduos AR, enquanto os pacientes com LC apresentam menor expressão dessas moléculas, como nos indivíduos BR. Deste modo, outras moléculas, que não as citocinas clássicas IFNG e IL10, podem ter seu perfil de expressão associado ao desenvolvimento ou não da LC. / Naïve volunteers exposed to Leishmania in vitro can be high IFNG producers, characterizing a high-responder (HR), or low IFNG producers, characterizing a low-responder (LR). The purpose of this work is to characterize the gene expression profile associated to IFNG production in HR and LR individuals. Formerly, we analyzed if the gene signature identified could be associated with the pattern of immune response in individuals from endemic areas identified as subclinical (SC), or patients with Localized Cutaneous Leishmaniasis (LC). Initially, we stimulated Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) from healthy volunteers in vitro with Leishmania braziliensis where we identified HR (IFNG production above 330 pg/ml) and LR (IFNG production below 215 pg/ml). Next, we analyzed the expression of 314 genes using real time PCR arrays. HR presented 32 significantly modulated molecules, being 27 positively modulated and only 5 negatively modulated. Still, LR presented 28 significantly modulated molecules, and that 18 were positively modulated and 10 negatively. Employing Ingenuity software, we associated molecules detected in HR with network involving antimicrobial response, humoral immune response and protein synthesis. In these individuals, the most significant canonical pathway associated was the communication between innate and adaptive immune cells. In LR, there was an association of identified genes with humoral immune response, protein synthesis and cellular signaling network. In these individuals, the most significant canonical pathway associated was role of pattern recognition receptors. We selected a group of genes, between the most modulated genes (IFNG, IFI27, IL6, IRF1, TNF, IL10, CXLC10 and JAK2), and their expression were validated by real time PCR, in both HR and LR individuals. At last, we analyzed the expression of this selected genes in PBMCs from patients with LC and in SC individual. In this manner, we were able to determine a signature that SC individual express more (p<0.01) CXCL10, IFI27 and IL6, as in HR, while LC patients express less, as in LR. This way, there are molecules, other than the classical IFNG and IL10, which correlates with disease progression or not

Orientador: Prof. Dr. Luiz Roberto Nunes / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2014. / Paracoccidioides brasiliensis e um fungo termodimorfico associado com a paracoccidioidomicose (PCM), a micose sistemica mais comum na America Latina. O tratamento da PCM envolve quimioterapia de longo prazo e recaidas ocorrem com uma frequencia alarmante. Alem disso, o aparecimento de novas estirpes de P. brasiliensis, mostrando aumento de resistencia a muitos dos farmacos disponiveis exerce uma pressao constante sobre a necessidade de desenvolver novas alternativas para o tratamento desta micose sistemica. Neste trabalho, mostramos que um composto hipervalente de telurio, chamado organotelurana RF-28 pode inibir o crescimento in vitro de P. brasiliensis em concentracoes micromolares exercendo atividade prioritariamente fungiestatica, sendo sua concentracao inibitoria minima encontrada em torno de 20 ÊM. Alem disso, na tentativa de melhor compreender os mecanismos pelos quais RF-28 exerce essa atividade fungiestatica, utilizou-se a hibridacao em microarranjos para examinar o modo como esta substancia afeta a expressao genica deste fungo, identificando varios genes cuja expressao foi modulada em resposta a concentracoes subletais da droga. Uma analise detalhada deste conjunto de dados mostrou que a RF-28 induz a modulacao dos genes envolvidos na rede Proteostase: um conjunto de atividades metabolicas que atua de uma forma integrada para equilibrar os processos de sintese, estruturacao (gfoldingh) e reciclagem de proteinas no interior da celula. Nesse sentido, verificou-se, por exemplo, que 1/3 do total de genes codificadores de subunidades do proteassoma encontravam-se sub-regulados, enquanto 62% do total de genes codificadores de proteinas ribossomais eram superexpressos. Tais dados sugerem que a RF-28 pode exercer a sua atividade antifungica por ruptura do equilibrio do processo intracelular que coordena a homeostase proteica em celulas eucarioticas. / Paracoccidioides brasiliensis is a thermally dimorphic fungus associated with paracoccidioidomycosis (PCM), the most common systemic mycosis in Latin America. PCM treatment involves long term chemotherapy and relapses occur at an alarming rate. Furthermore, the emergence of new strains, showing increased resistance to many of the available drugs exerts a constant pressure on the need to develop new alternatives for the treatment of systemic mycoses. In this work, we show that a hypervalent tellurium compound, named organotellurane RF-28 may inhibit in vitro growth of P. brasiliensis yeast cells at micromolar concentrations; RF-28 exerts primarily a fungistatic activity, with its minimal inhibitory concentration found to be around 20 uM. Furthermore, in an attempt to better understand the mechanisms by which RF-28 exerts this fungistatic activity, we used microarray hybridization to examine how it affects the expression of genes in the fungus, identifying several genes whose expressions were modulated in response to sublethal concentrations of this drug. A detailed review of this dataset showed that RF-28 induces the modulation of genes involved in the proteostasis network: a set of metabolic activities which act, in an integrated way, to balance the processes of synthesis, folding and recycling of proteins within the cell. In this sense, ~1/3 of the genes encoding proteasome subunits have been found to be down-regulated in response to RF-28, while ~ 62% of genes encoding ribosomal proteins have been shown to be up-regulated. These data suggest that RF-28 may exert its antifungal activity by disrupting the balance among the intracellular processes that coordinate protein homeostasis in eukaryotic cells.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-17Bitstream added on 2014-06-13T20:29:53Z : No. of bitstreams: 1 dalmagro_p_me_araca.pdf: 405350 bytes, checksum: 6e68960f50834d47030b502e88fb55c8 (MD5) / Endotoxemia é distúrbio sistêmico que se origina da resposta do hospedeiro a um componente da membrana celular das bactérias Gram- negativas. Esta resposta se dá através da exposição dos receptores celulares TLR-4 e TLR-2 ao LPS. Os objetivos deste estudo foram investigar as alterações na expressão gênica da exposição ao LPS em leucócitos de equinos utilizando a técnica de microarray, avaliar a eficiência do modelo ex vivo para os estudos envolvendo a endotoxemia pela mesma técnica, avaliar a expressão global de genes em vias envolvidas, identificar componentes da cascata metabólica com potenciais para novas terapias, e fornecer subsídio para futuros estudos. Amostras de sangue total (15mL) de cavalos saudáveis (n=6) foram incubadas durante 4 horas a 37°C com 5% de CO2 na presença (1 ou 10 ng/mL) ou ausência de LPS (0 ng/mL). Alíquotas de 500µL de sangue foram coletadas nos momentos 0, 2 e 4 horas após o estímulo do LPS. O RNA, extraído das mostras, foi utilizado para a transcrição do cDNA. A hibridização do cDNA marcado com Cy-3 foi realizada em lâminas 4x44K v2 de humanos contendo sequências homólogas com a espécie equina para os genes de interesse. Após a leitura das lâminas, com filtro para genes 30x mais ou menos expressos, verificou-se um aumento da expressão do TLR-2 na concentração de 10 ng LPS/mL no momento 4 em relação ao momento 2. Este resultado sugere que, embora o receptor TLR-4 seja o principal receptor no reconhecimento do LPS, o receptor TLR-2 também tem um papel no reconhecimento destas moléculas / Endotoxemia is systemic disturbance that origins from the host response to a component of the cellular membrane of Gram-negative bacterias. This response occurs through exposure of cellular receptors TLR-4 and TLR-2 to LPS. The objectives of this study were to investigate changes in gene expression of exposure to LPS in horses leukocytes using the microarray technique, to evaluate the efficiency of the ex vivo model for studies of endotoxemia by the same technique, to evaluate the global expression of genes in the metabolic pathways involved, identify components of the metabolic cascade with potential for new therapies, and provide allowance for future studies. Whole blood samples (15mL) of healthy horses (n=6) were incubated for 4 hours at 37°C with 5% of CO2 in the presence (1 or 10 ng/ml) or absence of LPS (0 ng/ml). Aliquots of 500μL of blood were collected at 0,2 and 4 hours after LPS stimulation. The RNAs, extracted from the samples, were used for the transcription of the cDNAs. Hybridization of labeled cDNAs with Cy-3 were performed in 4x44K v2 slides containing human sequences homologous to the equine species for the genes of interest. After the reading of the slides with filter for genes 30x up regulation or down regulation expression, it was observed an increased expression of the TLR-2 concentration of 10 ng LPS/mL at time 4 compared to time 2. This result suggests that, although the TLR-4 receptor is the main LPS recognition receptor, the receptor TLR-2 also plays a role in recognition of these molecules

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1302431 bytes, checksum: 423efed36ee1ee36acf46de912cb536b (MD5) Previous issue date: 2011-12-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Infestations by cattle tick Rhipicephalus microplus can lead to considerable production losses in cattle. The methods currently used to control these ectoparasites are not the ideal, whether because of low effectiveness or cause risk to the environment and human health. In general, animals of Zebu breeds are more resistant to ticks than taurine breeds, but greater understanding of these differences are necessary both for the development of more efficient methods and to assist in cattle breeding. The objective of this study was to enumerate differences of gene expression in peripheral blood and skin of resistant and susceptible animals infested with ticks. It was used, for this work, bovine extremes in resistance and susceptibility to tick from a population of F2 animals crossbred (Gir x Holstein) that showed a wide phenotypic variation. The samples of blood and skin were collected prior to infestation, 24 and 48 hours after infestation. In peripheral blood it was studied the genes CD25, CXCL8, CXCL10, FOXP3, IL10 e TNF&#945; by qRT-PCR and at skin it was studied the global gene expression by using the technique of DNA microarrays. It was observed in the blood increased expression of genes that indicate an increased activity of &#947;&#948; lymphocytes as regulatory cells in resistant animais, and in the skin it was observed greater expression of genes related to immune response, coagulation and complement cascades, adaptive immune response and component of tight junctions also in resistant animals. Thus, one could assume that part of the resistance to the tick is related to the prevention, by the host, of the flow of food to the hematophagous ectoparasites. Finally, some genes such as those encoding the protein claudin-1, coagulation factor FXIII, phospholipase I enzyme, and factors B, P and C4BP of complement system could be considered candidate genes related to tick resistance. / Infestações pelo carrapato bovino Rhipicephalus microplus podem levar a consideráveis perdas de produção na bovinocultura. Os métodos atualmente utilizados para o controle do ectoparasitismo não são os ideais, seja por baixa efetividade ou por causarem risco ao ambiente e à saúde humana. Em geral, animais de raças zebuínas são mais resistentes ao carrapato do que os de raças taurinas, porém maiores entendimentos dessas diferenças tornam-se necessários tanto para a elaboração de métodos antiparasitários mais eficientes quanto para auxiliar no melhoramento genético bovino. O objetivo deste estudo foi enumerar diferenças de expressão gênica na pele e no sangue periférico de animais resistentes e susceptíveis frente a infestação com carrapatos. Foram utilizados para este trabalho bovinos extremos em resistência e susceptibilidade ao carrapato provenientes de uma população de animais F2 cruzados (Gir x Holandês) que apresentaram ampla variação fenotípica. As amostras foram coletadas antes da infestação, 24 e 48 horas após a infestação. No sangue periférico foi avaliada a expressão de genes CD25, CXCL8, CXCL10, FOXP3, IL10 e TNF&#945; por qRT-PCR e, na pele foi estudada a expressão gênica global pela utilização da técnica de microarranjos de DNA. Foi observada no sangue maior expressão de genes que indicam maior atividade de linfócitos &#947;&#948; nos animais resistentes e, na pele foi observada maior expressão de genes relacionados com a resposta imune, cascatas de coagulação e do complemento, resposta imune adaptativa e componente das zônulas de oclusão, também nos animais resistentes. Assim, pôde-se supor que parte da resistência ao carrapato está relacionada com o impedimento, por parte do hospedeiro, do fluxo de alimento para o ectoparasita hematófago. Por fim, alguns genes como os codificantes da proteína claudina-1, do fator de coagulação FXIII, da enzima fosfolipase I, dos fatores B, P e de C4BP do sistema complemento, puderam ser considerados genes candidatos a resistência ao carrapato bovino.

O câncer de ovário é uma importante causa de mortalidade. O subtipo seroso de alto grau é o mais frequente e caracteriza-se por comportamento agressivo, com crescimento rápido e metástase precoce. A falta de ferramentas para diagnóstico em estádios iniciais e a insuficiência de resposta à quimioterapia convencional são dois principais obstáculos para o manejo do câncer seroso de ovário. A detecção precoce neste tumor é complicada por sintomas inespecíficos e ausência de biomarcadores confiáveis. Além disso, o desenvolvimento de resistência à quimioterapia é um desafio para o tratamento, que é geralmente baseado na combinação de platina e paclitaxel. A influência do microambiente tumoral na resposta terapêutica ainda é pouco conhecida. No entanto, há evidências crescentes de que a resposta imunológica pré-existente pode estar relacionada com a variação da sensibilidade à quimioterapia. O microambiente imunorreativo foi associado à melhor prognóstico no câncer do ovário seroso de alto grau em recente estudo canadense. Proteínas da família de Transdutores de Sinal e Ativadores da Transcrição (STATs) participam da regulação de citocinas e são determinantes nas respostas imunes no microambiente tumoral, podendo promover ou inibir o crescimento tumoral. Dados recentes mostram que a expressão elevada de um dos reguladores de STAT, STAT1 atua na tumorigênese do câncer de ovário, facilitando a resposta imune e, potencialmente, alterando a resposta à quimioterapia. Para avaliar o papel da expressão de STAT1 como biomarcador preditivo em 65 pacientes brasileiras com câncer seroso de ovário, examinamos os níveis de STAT1 por imunoistoquímica, e analisamos se houve correlação entre expressão dessa proteína e resposta clínica. Alta expressão de STAT1 foi significativamente associada maior intervalo livre de doença (P=0,0256) e maior sobrevida global (P=0,0193). Estes achados da coorte brasileira, com tempo de seguimento maior que cinco anos, confirmam a associação entre alta expressão de STAT1 e melhor resposta à quimioterapia, e fornecem validação adicional desta proteína como um biomarcador preditivo. Além disso, estes resultados chamam atenção para a possibilidade de utilizar a via de STAT1 para o desenvolvimento de novos medicamentos imunomoduladores, que poderiam melhorar a resposta ao tratamento / Ovarian cancer is a major cause of mortality worldwide. The most frequent subtype is high grade serous, which is characterized by aggressive behavior with rapid growth and early metastasis. Lack of early diagnostic tools and failure of response to conventional chemotherapies are two major impediments to serous ovarian cancer management. Early detection in initial stages is complicated by non-specific symptoms and lack of reliable biomarkers. In addition, development of chemotherapy resistance is a challenge for treatment, which is generally based on combination of platinum and paclitaxel. The influence of the microenvironment of the tumor on therapeutic response is still unknown. However, there is increasing evidence that a pre-existing immunological response may be related to variation in chemotherapy sensitivity. The immunoreactive microenvironment has been shown to be associated with better prognosis in high grade serous ovarian cancer in a recent Canadian study. The Signal Transducer and Activator of Transcription (STAT) proteins regulate cytokines and are central in determining whether immune responses in the tumor microenvironment promote or inhibit cancer. Recent data show that high expression of one of the STAT regulators, STAT1, operates in ovarian cancer tumorigenesis, facilitating immune response and potentially altering response to chemotherapy. To evaluate the role of STAT1 expression as a predictive biomarker in 65 Brazilian serous ovarian cancer patients, we examined STAT1 levels by immunohistochemistry to determine if there was correlation between expression of this protein and clinical response. High expression of STAT1 was significantly associated with both improved disease-free survival (P=0,0256) and overall survival (P=0,0193). These findings from a Brazilian cohort after more than five years of follow up confirm the association of high STAT1 expression with better response to chemotherapy, and provide additional validation of this protein as a predictive biomarker. Moreover these results draw attention to the possibility of utilizing the STAT1 pathway for the development new immunomodulator drugs, that could enhance response to treatment

INTRODUÇÃO: A principal manifestação clínica da doença aterosclerótica é o infarto agudo do miocárdio, caracterizada como emergência médica, que necessita de diagnóstico correto, rápido, preciso e terapia eficaz. Os estudos de transcriptoma e proteoma possibilitam obter informações que nos permite compreender de forma mais abrangente a evolução fisiopatológica das doenças, sendo as cardiovasculares particularmente favorecidas por terem etiologia multifatorial e sem dúvida multigênica, portanto a utilização destas ferramentas num modelo de doença aguda pode auxiliar, de forma singular, na obtenção de novas informações, tais como novos marcadores precoces de injúria. OBJETIVO: Identificar novos biomarcadores de doenças cardiovasculares através da análise do perfil de expressão de RNAm de células do sangue periférico e proteínas plasmáticas de pacientes com SCA. CASUÍSTICA E MÉTODOS: É um estudo caso-controle de pacientes com SCA recrutados no Pronto-Socorro do Instituto Dante Pazzanese de Cardiologia. Foram recrutados 84 indivíduos com Síndrome Coronariana Aguda (SCA), 47 indivíduos sem doença cardiovascular (grupo controle), de ambos os sexos com idade entre 30 a 65 anos, atendidos no Instituto Dante Pazzanese do Estado de São Paulo - Brasil. A avaliação de expressão gênica global de 10 pacientes e 6 controles (pareados) durante as primeiras 48 h após o IAM foi realizada através dos microarranjos de DNA (sistema Affymetrix) e a análise de plasma por separação em sistema de microarranjos (ProteinChip®), seguida da identificação e quantificação por espectrometria de massa, em sistema SELDI-TOF/MS. Os resultados de microarranjo de DNA foram validados tecnicamente (a partir das mesmas amostras processadas por microarranjo de DNA) e, posteriormente validados biologicamente (a partir das outras amostras não processadas por microarranjo de DNA) através da PCR em tempo real. RESULTADOS: Foram observados ao total 599 genes diferentemente expressos nas primeiras 48 h após IAM. Trinta e três genes foram selecionados e submetidos à validação técnica, sendo que destes, 20 genes foram submetidos à validação biológica através da PCR em tempo real. Os validados foram: ALOX15, AREG, BCL2A1, BCL2L1, CA1, COX7B, ECDHC3,KCNE1, IL18R1, IRS2, MYL4, MMP9 e TREML4. Na análise, foram identificados 479 espectros de proteínas plasmáticas diferentemente expressos em relação ao controle, destes destacam-se 16 possíveis proteínas correspondentes ao peso molecular entre 6386.5 Da e 17807,7 Da. CONCLUSÃO: Os resultados desses estudos sugerem novos marcadores para avaliação da síndrome coronariana aguda e provavelmente com valor prognóstico importante. / BACKGROUND: The main clinical manifestation of atherosclerosis is the acute myocardial infarction (AMI), which is a medical emergency that requires prompt diagnosis and efficient therapy. The transcriptomic and proteomic approaches are both powerful tools for the study of AMI and may be instrumental to identify news biomarkers involved in the inflammatory and apoptotic process of cardiovascular diseases. OBJECTIVE: The aim of this study is to determine the gene expression of RNAm and protein in blood cells following an AMI to identify new biomarkers. PATIENTS AND METHODS: For this study eighty four patients with acute coronary syndrome (ACS) and forty seven control individuals were selected among patients of the Instituto Dante Pazzanese, São Paulo state, Brazil. A global gene expression profile by GeneChip® Exon 1.0 ST Array (Affymetrix) and proteomic plasma profile by ProteinChip® Biomarker System and SELDI-TOF/MS were evaluated for ten patients from the ACS group and six from the control group. These patients were followed up for the first 48 h following the AMI. The genes differently expressed by microarray analysis were submitted to technical (same casuistic) and biologic (new casuistic) validation by PCR real time. RESULTS: 599 genes were differentially expressed at the first 48 h after AMI. Thirty-three genes were selected and submitted to the technical validation, and 20 were subjected to biological validation by real time PCR afterwards. The validated ones were: ALOX15, Areg, BCL2A1, BCL2L1, CA1, COX7B, ECDHC3, KCNE1, IL18R1, IRS2, MYL4, MMP9 and TREML4. At proteomic analysis, 479 peaks of plasma proteins differentially expressed were identified. 16 peaks were considered as high potentially biomarkers. Their molecular weight was between 6386.5 Da and 17807.7 Da. CONCLUSION: Results from this study were able to identify changes in gene and protein profiles in the plasma, and suggest new markers for evaluation of acute coronary syndrome and probably with important prognostic value.

A identificação de genes alvos, vias de sinalização e vias metabólicas para melhoramento de cana-de-açúcar associados a características de interesse, ainda são pouco conhecidos e estudados. Alguns estudos do transcriptoma através de plataformas de microarranjo têm buscado identificar listas de genes, para experimentos tecido- específico ou submetidos a condições de estresse bióticos e abióticos. Estudos pontuais destes dados tem sido associados a vias metabólicas ou vias de sinalização já descritas na literatura, de forma a identificar alterações relacionadas a padrões de expressão gênica. Porém, estas relações em cana-de-açúcar são pouco conhecidas e estudadas. O estudo e entendimento de cana-de-açúcar por meio da diversidade genética e de sua adaptação ao ambiente é um grande desafio, principalmente pela ausência de um genoma sequenciado e por possuir um genoma complexo. Apresentamos nossos resultados para tentar superar tais limitações e desafios para estudos de expressão gênica. Foram desenvolvidas metodologias para anotação funcional do transcriptoma, centradas na transferência de anotação, identificação de vias metabólicas e enzimas pelo método de similaridade bi-direcional, predição de genes full-length, análises de ortologia e desenho de oligonucleotídeos para microarranjos customizados, resultando no ORFeoma de cana-de-açúcar, na identificação e classificação de famílias de fatores de transcrição e identificação de genes ortólogos entre gramíneas. Além disso, desenvolvemos uma plataforma para processamento e análise automatizada de experimentos por microarranjo, para armazenamento, recuperação e integração com a anotação funcional. Adicionalmente desenvolvemos e implementamos métodos para seleção de genes diferencialmente e significativamente expressos, e abordagens para análise de enriquecimento de categorias, e escores de atividade de vias metabólicas. De forma a integrar a anotação funcional do transcriptoma aos estudos por expressão gênica, desenvolvemos a plataforma CaneRegNet e uma interface para integração desta rede de dados biológicos e conhecimentos, composta por aplicativos para consulta e prospecção de dados por análises de agrupamento e correlação entre experimentos de microarranjo, possibilitando a geração de novas hipóteses e predições dentro da organização da regulação celular. / The identification of target genes, metabolic and signaling pathways associated with characteristics of interest to the sugarcane improvement are still poorly known and studied. Some transcritptome studies through microarray platforms has tried to identify lists of genes, for tissue-specific experiments or subjected to conditions of biotic and abiotic stress. In the literature specific studies of these data has already been associated with metabolic or signaling pathway, in order to identify changes in these tracks related to patterns of gene expression. However, these relations are still little know and generally defined slightly. The study and understanding of sugarcane by means of genetic diversity and its adaptation to the environment is a major challenge, mainly due to the absence of a sequenced genome and by your complex genome. We present our results to surpass this barrier e challenges for the study of gene expression. Methodologies were developed for the transcriptome functional annotation, focused on the annotation transfer, identification of metabolic pathways and enzymes by the bi- directional method; prediction of full-length genes; ortology analysis and probe design for customized microarrays, resulting in the sugarcane ORFeome, the identification and classification of transcription factor families and identification of ortholog genes between grasses. Besides that, we have developed a plataform for automated processing and analysis for microarray experiments, to store, retrieve and integration with the functional annotation. Additionally, we have developed and implemented methods for identification of differentially and significantly expressed genes, and approaches for over-represented analysis and functional class scoring (FCS). To integrate the functional annotation and the studies by gene expression profile, we have developed the CaneRegNet platform and an interface to integrate this network of biological data and knowledge, composed by searching and data mining tools for clustering and correlations between microarray experiments, enabling the generation of new hypothesis and predictions around the organization of cellular regulation.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-07-24Bitstream added on 2014-06-13T20:43:03Z : No. of bitstreams: 1 colombo_j_dr_sjrp.pdf: 949474 bytes, checksum: 856a4b47ea1a9aa6adebae3e2e97b6a0 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os tumores de cabeça e pescoço ocupam, mundialmente, a quinta posição na lista das neoplasias mais freqüentes. O tipo histológico predominante é o carcinoma de células escamosas, que acomete a cavidade oral, a orofaringe, a hipofaringe e a laringe. O tumor de laringe é um dos tipos mais comuns, correspondendo a 25% dos casos, com alto índice de mortalidade e prognóstico reservado. O principal fator etiológico para o seu desenvolvimento é o consumo combinado de álcool e fumo. O desenvolvimento do câncer de cabeça e pescoço é um processo multipasso acompanhado por mudanças genéticas e epigenéticas. Recentemente, estudos envolvendo a tecnologia microarray têm identificado genes específicos, cuja expressão está alterada em câncer de cabeça e pescoço quando comparado ao tecido normal. No entanto, a maioria dos estudos são realizados usando tumores de diferentes sítios. Neste estudo, foi analisado somente amostras de carcinoma de laringe para minimizar as diferenças genéticas. Dessa forma, os objetivos do presente projeto foram identificar e validar possíveis biomarcadores moleculares envolvidos na carcinogênese de laringe. Para tanto, foi construído um cDNA microarray com 340 genes previamente identificados pelo Head and Neck Annotation Consortium. A expressão desses genes foi analisada em 8 amostras de tecido tumoral e em 4 amostras de tecido histologicamente normal de laringe pela técnica de microarray. Foram identificados 35 genes diferencialmente expressos (SNR ½1.0½, p-value 0.001), os quais estão envolvidos em diversos processos celulares como adesão celular, apoptose, ciclo celular, inibição de proteases, metabolismo, proteólise, reparo de DNA, regulação da transcrição e transdução de sinal. A robustez da assinatura dos 35 genes diferencialmente expressos foi confirmada em um conjunto adicional de 5 amostras tumorais e 6 amostras... / Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the fifth most common cancer world-wide. More than 90% of this cancer type has a squamous origin and common sites include oral cavity, oropharynx, hypopharynx and larynx Laryngeal squamous cell carcinoma is very common in head and neck cancer, corresponding to 25% of cases, with high mortality rates and poor prognosis. Tobacco use and/or alcohol consumption are the two principal risk factors involved in development of HNSCC. The development of head and neck cancer is a multistep process accompanied by genetic and epigenetic changes. In recent years, studies involving microarrays have identified specific genes whose expression has changed in head and neck cancer compared with normal tissue. However, most microarray studies are performed using tumors from different sites in head and neck. In our study, we analyzed only larynx carcinoma samples to minimize the genetic differences. Thus, the purpose of this work was to identify and to validater molecular biomarkers involved in larynx carcinogenesis. Therefore, we constructed a cDNA microarray containing 340 genes previously identified by Head and Neck Annotation Consortium. Expression analysis was applied to 8 larynx tumor samples and 4 larynx normal samples. We identified 35 differentially expressed genes between tumor and non-tumor adjacent tissue of larynx (SNR ½1.0½, p-value 0.001). Genes detected were involved in processes as apoptosis, cell adhesion, cell cycle, DNA repair, metabolism, protease inhibition, proteolysis, signal transduction and transcription regulation. The robustness of the 35-gene signature was confirmed using data from an additional set of 5 larynx tumor samples and 6 adjacent non-tumor larynx tissues. For real time RT-PCR validation we selected fourteen genes, of which 10 (ADCY6, AES, AL2SCR3, CRR9, CSTB, DUSP1, MAP3K5, PLAT, UBL1 and ZNF706) were validated... (Complete abstract click electronic access below)