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Avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp. em amostras clínicas / Evaluation of the molecular heterogeneity of Cryptosporidium sp. in clinical specimens

Roberta Flávia Ribeiro Rolando 29 March 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Cryptosporidium é um parasito coccídeo reconhecido por causar diarréia em humanos e animais em todo o mundo. O gênero compreende pelo menos 20 espécies confirmadas, sendo o C. hominis e C. parvum as principais espécies causadoras de criptosporidiose em humanos. Ferramentas moleculares têm sido desenvolvidas para detectar e diferenciar espécies/genótipos e subgenótipos de Cryptosporidium. O objetivo do trabalho foi avaliar a heterogeidade molecular de Cryptosporidium sp. obtidos de amostras clínicas provenientes dos municípios do Rio de Janeiro e de Salvador, através da PCR em tempo real e seqüenciamento automático. Foram analisadas 85 amostras, distribuídas em 3 grupos distintos, sendo 45 delas do município do Rio de Janeiro e 40 amostras provenientes de Salvador, Bahia. Todas as amostras foram positivas para Cryptosporidium sp. pelo método de coloração de Kinyoun a frio. O ensaio da PCR em tempo real combinou uma reação multiplex para a detecção do gênero Cryptosporidium e da espécie C. parvum e uma reação simples para a detecção de C. hominis. Na detecção do gênero Cryptosporidium foram utilizados par de primers e uma sonda TaqMan desenhados a partir do alinhamento de seqüências conservadas do gene 18S rRNA de várias espécies de Cryptosporidium disponíveis no GenBank. Para a detecção das espécies C. parvum e C. hominis foram utilizados primers e sondas específicos obtidos a partir de seqüências de cada espécie disponíveis no GenBank. A detecção do gênero Cryptosporidium através da sonda 18S rRNA, na reação duplex, foi visualizada em 63 de 85 amostras totais. Destas, a sonda TaqMan específica para C. parvum detectou 6 amostras e a sonda TaqMan específica para C. hominis detectou 42 amostras. Quinze amostras não puderam ser detectadas pelas sondas C. hominis ou C. parvum. Nos ensaios da PCR para o gene 18S, 31 amostras foram positivas e 27 delas sequenciadas. As análises filogenéticas confirmaram a presença de C. hominis, C. parvum e C. felis nas amostras estudadas. Na análise da topologia da árvore filogenética obtida por Neighbor Joining, observou-se-se que as sequências obtidas neste estudo se agruparam com espécies do gênero Cryptosporidium já descritas, com 99% ou 100% de similaridade. Conclui-se que os dois métodos utilizados são importantes ferramentas para o diagnóstico da criptosporidiose e diferenciação de C. hominis e C. parvum em investigações epidemiológicas, assim como avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp / Cryptosporidium is a coccidia parasite known to cause diarrhea in humans and animals worldwide. The genus comprises at least 20 confirmed species, with C. hominis and C.parvum major species that cause cryptosporidiosis in humans. Molecular tools have been developed to detect and differentiate Cryptosporidium at the species/genotypes and subtype levels. The objective of this study was to evaluate the molecular heterogeneity of Cryptosporidium sp. clinical samples obtained from Rio de Janeiro and Salvador (Bahia), through real-time PCR and automatic sequencing. We analyzed 85 samples, distributed in three distinct groups, 45 of them in the city of Rio de Janeiro and 40 samples from Salvador. All samples were positive for Cryptosporidium sp. by modified Kinyoun acid-fast staining technique. The real-time PCR procedure combined a duplex reaction for the detection of Cryptosporidium species and C. parvum and a simple reaction for the detection of C. hominis. The detection of the genus Cryptosporidium have been used a pair of primers and TaqMan probe designed from the alignment of conserved sequences of the 18S rRNA gene of several species of Cryptosporidium available in GenBank. For the detection of species C. parvum and C. hominis were used specific primers and probes derived from sequences of each species available in the GenBank. Detection of Cryptosporidium sp. by 18S rRNA probe, in the duplex reaction, was visualized in 63 of 85 total samples. Of these, the C. parvum TaqMan probe detected 6 samples and the C. hominis TaqMan probe detected 42 samples. Fifteen samples could not be detected by C. hominis or C. parvum probes. In the 18S PCR assays, 31 samples were positive and 27 of them sequenced. Phylogenetic analysis confirmed the presence of C. hominis, C. parvum and C. felis. The analysis of the phylogenetic tree obtained by Neighbor Joining showed that the sequences obtained in this study were grouped with Cryptosporidium species described in the GenBank, with 99% or 100% similarity. Both methods are important tools for the diagnosis of cryptosporidiosis and differentiation of C. hominis and C. parvum in epidemiological investigations, as well as evaluation of Cryptosporidium sp. molecular heterogeneity
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Perfil clÃnico-epidemiolÃgico das infecÃÃes respiratÃrias agudas causadas por vÃrus parainfluenza em crianÃas atendidas em um hospital de referÃncia da cidade de Fortaleza â CE / Clinical and epidemiological profile of the acute respiratory infections caused by parainfluenza virus in children attended at a major pediatric hospital in Fortaleza â CE

Mariana Mota Moura FÃ 21 March 2007 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / As infecÃÃes respiratÃrias agudas (IRAs) sÃo um importante problema de saÃde pÃblica em todo o mundo, e os vÃrus parainfluenza estÃo entre os seus agentes mais freqÃentes. Este estudo teve como objetivos: determinar a freqÃÃncia de IRAs pelo vÃrus parainfluenza entre crianÃas atendidas no Hospital Infantil Albert Sabin, hospital pediÃtrico de referÃncia da cidade de Fortaleza â CE, de janeiro de 2001 a dezembro de 2006; descrever o padrÃo de sazonalidade e as caracterÃsticas clÃnico-epidemiolÃgicas destas infecÃÃes; e comparar as caracterÃsticas clÃnico-epidemiolÃgicas das infecÃÃes por parainfluenza com as das IRAs causadas por outros vÃrus. Foram coletados aspirados de nasofaringe de crianÃas com sintomas de IRAs, e foi utilizada a imunofluorescÃncia indireta para a detecÃÃo dos vÃrus: parainfluenza humano 1, 2 e 3 (VPIH-1, 2 e 3), vÃrus sincicial respiratÃrio (VSR), influenza A e B e adenovÃrus. Nos seis anos de estudo, foram colhidas amostras de 3070 crianÃas, a maioria delas previamente sadias, com a detecÃÃo de vÃrus respiratÃrios em 933 (30,39%), e dos vÃrus parainfluenza em 117 casos (3,81% do total). Dentre os casos de parainfluenza, o VPIH-3 foi o tipo mais freqÃente (83,76% dos casos), com menor detecÃÃo do VPIH-1 (11,96%) e do VPIH-2 (4,27%). A infecÃÃo pelo VPIH-3 apresentou comportamento sazonal, com maior detecÃÃo nos meses de setembro a novembro. Embora o total de casos de IRAs tenha apresentado relaÃÃo direta com os Ãndices pluviomÃtricos, o nÃmero de casos de VPIH-3 apresentou relaÃÃo inversa com a pluviometria, sendo maior nos meses secos. A maioria dos pacientes positivos para parainfluenza foi atendida na emergÃncia ou nos ambulatÃrios. A mÃdia de idades das crianÃas com infecÃÃo pelo VPIH-3 foi de 20 meses, sendo significativamente menor que a das crianÃas infectadas pelo vÃrus influenza A (34 meses), e maior que a das infectadas pelo VSR (15 meses). Os pacientes positivos para o VPIH-3 apresentaram significativamente menos dispnÃia, tosse, estertores, tiragem intercostal e alteraÃÃes radiolÃgicas que os positivos para VSR. As infecÃÃes de vias aÃreas superiores constituÃram a sÃndrome clÃnica mais freqÃente entre os casos de VPIH-3. Os pacientes positivos para VPIH-3 necessitaram menos de terapia com antibiÃticos, corticÃides, oxigÃnio, nebulizaÃÃo e/ou salbutamol que os positivos para VSR. Os resultados demonstraram um comportamento sazonal do VPIH-3, relacionado aos meses secos, o que nÃo tinha sido relatado previamente no Nordeste brasileiro, alÃm de apontarem para uma menor gravidade das infecÃÃes causadas pelo VPIH-3, na comparaÃÃo com o VSR, em crianÃas previamente sadias / Acute respiratory infections (ARI) are an important public health problem throughout the world and parainfluenza viruses are among the major etiologic agents. The objectives of this study were: a) to determine the frequency of parainfluenza infections among children attending Hospital Infantil Albert Sabin, a major pediatric hospital in Fortaleza - CE, from January 2001 to December 2006; b) to describe the seasonal pattern and the clinical and epidemiological characteristics of these infections; and c) to compare clinical and epidemiological characteristics of parainfluenza infections and infections caused by other respiratory viruses. Nasopharyngeal aspirates from children with acute respiratory symptoms were collected and submitted to indirect immunofluorescence assays to detect human parainfluenza virus 1, 2 and 3 (HPIV-1, 2 and 3), respiratory syncytial virus (RSV), influenza A and B and adenovirus. During the six-year study period, samples were collected from 3,070 generally healthy children and respiratory viruses were demonstrated in 933 cases (30.39%), of which 117 were positive for parainfluenza virus (3.81%). HPIV-3 was the most frequently detected type of parainfluenza virus accounting for 83.76% of cases, followed by HPIV-1 (11.96%) and HPIV-2 (4.27%). HPIV-3 infections were seasonal with most cases observed from September to November. Although the total number of ARIs was directly associated with the time of the rainy season, HPIV-3 infections were inversely related with rainfall indices. Most HPIV-3 infections were seen in outpatients. The mean age of patients infected by HPIV-3 was 20 months, which is significantly younger than for influenza A (mean age: 34 months) and significantly older than for RSV (mean age: 15 months). HPIV-3 patients presented significantly lower indices of dyspnea, cough, crackles, chest retractions and radiologic abnormalities than RSV patients. Upper airway infection was the most frequent clinical syndrome among HPIV-3 patients. HPIV-3 patients needed less oxygen, salbutamol, antibiotics, corticosteroids and nebulization than RSV patients. In contrast with earlier observations for Northeastern Brazil, our results demonstrate a seasonal pattern for the occurrence of HPIV-3 infections with most cases observed during the dry season. The results also suggest that infections caused by HPIV-3 are milder than infections caused by RSV in previously healthy children
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Atividade in vitro de agentes antimicrobianos contra biofilmes de Staphylococcus ssp. de otite canina / In vitro activity of antimicrobial agents against Staphylococcus ssp. biofilms from canine otitis

Camila Alencar Moreira 14 January 2011 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Historicamente, as bactÃrias foram vistas como organismos que vivem isolados, no entanto, à claro, agora, que a grande maioria de bactÃrias existe em comunidades complexas, conhecidas como biofilmes. As bactÃrias em biofilmes se encontram aderidas a superfÃcies diversas, tanto abiÃticas como biÃticas (dente, osso, mucosa), compondo um ecossistema altamente estruturado, dinÃmico e organizado. Um exemplo de infecÃÃo que pode envolver a presenÃa formaÃÃo de biofilme à a otite - definida como inflamaÃÃo aguda ou crÃnica da orelha, podendo se estender desde o epitÃlio do conduto auditivo externo atà a orelha interna. Descrita como a doenÃa mais comum do canal auditivo externo em cÃes, possui uma etiologia multifatorial, que inclui fungos e bactÃrias, principalmente do gÃnero Staphylococcus. BactÃrias desse gÃnero sÃo comensais de pele e mucosas, mas podem atuar como patÃgenos oportunistas em condiÃÃes propÃcias e sÃo frequentemente associadas a uma ampla variedade de infecÃÃes em seres humanos e animais com vÃrios relatos de refratariedade aos tratamentos usuais. Em um biofilme, as bactÃrias podem ser dezenas de vezes mais resistentes aos antibiÃticos, quando comparadas Ãs mesmas bactÃrias em crescimento planctÃnico. O combate a infecÃÃes envolvendo bactÃrias em biofilme à um grande desafio da microbiologia mundial, que leva à busca de novas opÃÃes terapÃuticas. Com efeito, este estudo teve como objetivo avaliar o efeito inibitÃrio in vitro de seis substÃncias â trÃs agentes antimicrobianos clÃssicos, ciprofloxacina, cloranfenicol, gentamicina; e trÃs agentes antimicrobianos nÃo-clÃssicos timol, carvacrol, perÃxido de hidrogÃnio (H2O2) â contra cepas estafilocÃcicas de otite canina em crescimento planctÃnico e em biofilme. Foram avaliadas 54 cepas clÃnicas isoladas de secreÃÃo purulenta de cÃes com otite, divididas entre cinco espÃcies: S. intermedius, S. simulans, S. haemolyticus, S. epidermidis e S. lugdunensis. As 16 cepas classificadas como produtoras de biofilme (11 de S. intermedius e cinco de S. simulans), segundo resultado obtido pelo teste do Ãgar vermelho Congo e confirmaÃÃo por microscopia eletrÃnica de varredura (MEV), foram usadas em ensaios de microdiluiÃÃo em caldo para determinaÃÃo de concentraÃÃo inibitÃria mÃnima (CIM) e concentraÃÃo inibitÃria mÃnima em biofilme (CIMB). Com relaÃÃo Ãs cepas produtoras de biofilme, foram observados os seguintes resultados: os valores para ciprofloxacina foram 0,12 ≤CIM≤0,5 mcg/mL (mÃdia 0,28 mcg/mL) e 0,5≤CIMB≤8 mcg/mL (mÃdia 1,79 mcg/mL); para cloranfenicol 2≤CIM≤16 mcg/mL (mÃdia 7,41 mcg/mL) e 8≤CIMB≤32 mcg/mL (mÃdia 20,71 mcg/mL); para gentamicina 0,5≤CIM≤4 mcg/mL (mÃdia 2,09 mcg/mL) e 4≤CIMB≤64 mcg/mL (mÃdia 24,24 mcg/mL); para timol 32≤CIM≤512 mcg/mL (mÃdia 137,41 mcg/mL) e 256≤CIMB≤2048 mcg/mL (mÃdia 768 mcg/mL); carvacrol 32≤CIM≤512 mcg/mL (mÃdia 128 mcg/mL) e 256≤CIMB≤4096 mcg/mL (mÃdia 993,88 mcg/mL); e para H2O2 32≤CIM≤128 ppm (mÃdia 99,76 ppm) e 128≤CIMB≤4096 ppm (mÃdia 1874,82 ppm). Os dados obtidos apontam para o potencial terapÃutico dos seis antibiÃticos estudados no tratamento de infecÃÃes estafilocÃcicas associadas a biofilme, sendo necessÃrios novos estudos para investigar os mecanismos de aÃÃo dessas drogas sobre o biofilme, bem como o delineamento de experimentos in vivo para confirmar a significÃncia desses achados. / Historically, bacteria have been seen as isolated organisms; however, it is now clear that the vast majority of bacteria exist in complex communities known as biofilms. Bacteria in biofilms are adhered to various surfaces, both abiotic and biotic (teeth, bones, mucosa), often forming a highly dynamic ecosystem, which is structured and organized. An example of infection, which can involve the formation of biofilm is otitis - defined as an acute or chronic inflammation of the ear, which may extend from the external ear canal to the inner ear. Described as the most common disease of the external ear canal in dogs, it has a multifactorial etiology, including fungi and bacteria, especially of the genus Staphylococcus. Bacteria of this genus are commensal to skin and mucous membranes, but can act as opportunistic pathogens in favorable conditions and are often associated with a wide variety of infections in humans and animals with many reports of refractoriness to usual treatments. In biofilm, bacteria can be ten to a hundred times more resistant to antibiotics when compared to the same bacteria in planktonic growth. The struggle to fight infections involving bacterial biofilms is a major challenge of microbiology today, which, in turn, leads to the search for new therapeutic options. Thus, this study aimed to evaluate the in vitro inhibitory effect of six substances â three classic antimicrobial agents ciprofloxacin, chloramphenicol, gentamicin; and three non-classic antimicrobial agents thymol, carvacrol, hydrogen peroxide (H2O2) - against staphylococcal strains from canine otitis in planktonic growth and in biofilm. We analyzed 54 clinical strains isolated from purulent secretion of canine otitis, divided into five species: S. intermedius, S. simulans, S. haemolyticus, S.epidermidis and S. lugdunensis. The 16 strains classified as biofilm producers (11 S. intermedius and five S. simulans), according to result obtained by the Congo red agar test and confirmed by scanning electron microscopy (SEM), were used in broth microdilution assay for determination of minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum biofilm inhibitory concentration (MBIC). With regards to the biofilm-producing strains, the following results were observed: the values for ciprofloxacin were 0,12 ≤MIC≤0,5 mcg/mL (mean 0,28 mcg/mL) and 0,5≤MBIC≤8 mcg/mL (mean 1,79 mcg/mL); for chloramphenicol 2≤MIC≤16 mcg/mL (mean 7,41 mcg/mL) and 8≤MBIC≤32 mcg/mL (mean 20,71 mcg/mL); for gentamicin 0,5≤MIC≤4 mcg/mL (mean 2,09 mcg/mL) and 4≤MBIC≤64 mcg/mL (mean 24,24 mcg/mL); for thymol 32≤MIC≤512 mcg/mL (mean 137,41 mcg/mL) and 256≤MBIC≤2048 mcg/mL (mean 768 mcg/mL); carvacrol 32≤MIC≤512 mcg/mL (mean 128 mcg/mL) and 256≤MBIC≤4096 mcg/mL (mean 993,88 mcg/mL); and for H2O2 for 32≤MIC≤128 mcg/mL (mean 99,76 ppm) and 128≤MBIC≤4096 ppm (mean 1874,82 ppm). The presented data indicates the therapeutic potential of the six antibiotics studied in the treatment of staphylococcal infections associated with biofilm, which warrants further studies to investigate the mechanisms of action of these drugs on biofilms and the design of in vivo experiments to confirm the significance of these findings.
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Caracterização molecular de cepas do vírus respiratório sincicial isoladas de casos de infecção respiratória aguda na cidade de Belém, Pará, Brasil nos anos de 2000 a 2006

SANTOS, Mirleide Cordeiro dos 03 July 2006 (has links)
Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-04-16T20:00:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 978407 bytes, checksum: abc230b0a9261c1fd0c377d2f4c3770a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-04-18T14:36:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 978407 bytes, checksum: abc230b0a9261c1fd0c377d2f4c3770a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-18T14:36:47Z (GMT). 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Com o objetivo de gerar dados sobre a epidemiologia molecular deste vírus, foram analisadas amostras colhidas de pacientes com IRA no período de 2000 a 2006 na cidade de Belém, Pará. Foram utilizados testes de imunofluorescência indireta (IFI) para caracterização antigênica dos vírus isolados e RT-PCR para os genes codificadores das proteínas G e F, que foram em seguida parcialmente seqüenciados. Dentro do período estudado, 153 amostras positivas para VRS foram detectadas. A faixa etária de 0-4 anos foi a que concentrou maior número de casos (n=138; 90,19%). Em relação ao perfil sazonal, o pico de atividade do VRS ocorreu nos primeiros seis meses do ano, estando associado principalmente ao período de troca da estação chuvosa para um período de menor pluviosidade. Houve co-circulação dos subgrupos A e B nos anos de 2001 e 2003. Em 2000, 2005 e 2006 somente o subgrupo A circulou. Entretanto no ano de 2004 foi registrada a ocorrência somente do subgrupo B. Dentro do período estudado, genótipos distintos da proteína G do subgrupo A (GA2 e GA5) e do subgrupo B (SAB1 e SAB3) foram detectados, indicando o primeiro relato da circulação do genótipo SAB1 na América do Sul. Em 2004, um cluster diferenciado dos demais genótipos circulantes foi encontrado, sendo este denominado BRB1. A análise do gene codificador da proteína F permitiu a identificação de mutações na sequência nucleotídica resultando em trocas na cadeia aminoacídica da mesma. Este estudo representa o primeiro relato sobre dados da epidemiologia molecular do Vírus Respiratório Sincicial na região Norte do Brasil. / The diseases of respiratory tract are the main complaints in the services of medical consultations, acute respiratory infections (ARI) are the most common manifestations, mainly in children under five years old. In developing countries ARI represent a serious problem of public health. Every year, ARI are responsible by about 2 million deaths all over the world. Among the infectious agents the Respiratory Syncytial virus (RSV) is the most important pathogen in infants and young children because of severe bronchiolitis and pneumonia that it may cause. With the objective to generate data on the molecular epidemiology of this virus, patients' clinical samples with ARI were analyzed during the period 2000 - 2006 in the city of Belém, Pará. Test of Indirect immunofluorescence (TIF) was used for antigenic characterization of isolated viruses and the RT-PCR for the genes encoders of the proteins G and F, that were partially sequenced. In the total period, 153 positive samples of RSV were analyzed. The age group 0-4 years showed the larger number of cases (90,19%). In relation to the seasonal profile, the pick of activity of RSV happened in the first six months of the year, being associated mainly to the period of change of the rainy season to a less rainy period. There was a co-circulation of the subgroups A and B in the years of 2001 and 2003. In 2000, 2005 and 2006 just the subgroup A was detected. However in the year of 2004 was only registered the occurrence of subgroup B. Inside the studied period, were detected different genotypes from the protein G of the subgroup A (GA2 and GA5) and of the subgroup B (SAB1 and SAB3) , indicating the first report about circulation of the genotype SAB1 in South America. In 2004, was found a differentiated cluster of the other circulating genotypes, being denominated BRB1. The analysis from gene encoder of the protein F allowed identification of mutations in the nucleotidic sequence that resulted in changes in the aminoacídica chain. This study represents the first report about the molecular epidemiology of the Respiratory Syncytial Virus in the North region of Brazil.
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Avaliação do teste ELISA Lactato Desidrogenase Plasmodial (pLDH) como método de triagem de malária em doadores de sangue

SILVA, Andréa Luciana Soares da 02 October 2006 (has links)
Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T11:19:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoTesteElisa.pdf: 2869174 bytes, checksum: 2611f924ea4fe9cceee7f2edeb3abdf3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-03-31T15:37:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoTesteElisa.pdf: 2869174 bytes, checksum: 2611f924ea4fe9cceee7f2edeb3abdf3 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-31T15:37:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoTesteElisa.pdf: 2869174 bytes, checksum: 2611f924ea4fe9cceee7f2edeb3abdf3 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2006 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A TTM (Malária Transmitida por Transfusão) ocorre através de qualquer componente de sangue que contenha eritrócitos que possam abrigar parasitas viáveis, porém, casos envolvendo plaquetas, leucócitos e plasma congelado têm sido reportado. As principais causas de relatos de TTM é a presença de baixa parasitemias em pacientes assintomáticos. O objetivo deste trabalho foi verificar a eficiência do ELISA-Malaria Antigen Test, que faz a captura do antígeno pLDH (Lactato Desidrogenase Plasmodial), como método de triagem de malária em doadores de sangue. Para a realização deste estudo selecionamos 1670 amostras das Unidades de Coleta e Transfusão (UCTs) das cidades do interior Estado do Pará: Altamira, Castanhal, Marabá, Santarém e Tucuruí e da capital Belém, sendo que desta tivemos amostras de um outro grupo, os de doadores que estiveram em zonas endêmicas 30 dias antes da doação. As amostras foram coletadas em duas estações (seca e chuva). Observou-se que o ELISA-Malaria Antigen Test é um teste sensível e prático, porém ajustes ainda devem ser feitos no ponto de corte estabelecido pelo fabricante, pois de acordo com a sua faixa só foi possível a detecção de 0,42% de amostras positivas e quando o ponto de corte foi ajustado com amostras do grupo controle, esse número passou para 4,37%. Não foi encontrada diferença sazonal no número de casos positivos e negativos, mas quando analisamos os ΔDO/Cutoff das amostras de todas as cidades, observamos diferenças significativas, o que demonstrou que a cidade de Belém possuía a menor possibilidade de encontro de casos de malária do que nas amostras das cidades de Altamira, Santarém e nas da Zona Endêmica. Os casos de TTM, embora não sejam comuns dentro de áreas não endêmicas, podem ocorrer, pois os doadores implicados em TTM invariavelmente apresentam baixas parasitemia, o que dificulta a detecção dos parasitas pelos métodos disponíveis. Assim, para uma boa triagem de doadores, estratégias efetivas devem ser criadas, incluindo triagens clínico-epidemiológicas, associadas a ferramentas sorológicas eficazes para assegurar a qualidade do sangue disposto à doação. / The TTM (Transfusion-Transmitted Malaria) happens through any component of blood that contains erythrocytes that can shelter viable parasites, even so, cases involving platelets, leukocites and frozen plasma have been reported. The main causes of reports of TTM is the presence of low parasitemias in patients without signs. The objective of this work was, initially, to verify the efficiency of the ELISA-Malaria Antigen Test, that makes the capture of the antigen pLDH (Lactate Dehydrogenase Plasmodial), to be used in the future as malaria screen in donors of blood. For the accomplishment of this study we selected 1670 samples of the Units of Collection and Transfusion (UCTs) of the cities of the interior of Pará: Altamira, Castanhal, Marabá, Santarém, Tucuruí and Belém, and of this last city, capital of the State, we had samples of another group, the one of donors that were in endemic zones 30 days before the donation. All the samples had its collection divided in two periods (dryness and rain). It was observed that ELISA-Malaria Antigen Test is a sensible and practical test, even so, repairs still should be done in the court point established by the maker, because in agreement with its strip it was only possible the detection of 0,42% of positive samples and when the court point was adjusted with samples of the group it controls, that number passed for 4,37%. It was not found seasonal difference in the number of positive and negative cases, but when an analysis was made with ΔDO/Cutoff of the samples of all the cities, we noticed that they presented significant differences in its results, demonstrating that the city of Belém possesses the smallest probability of meeting cases of malaria than in the samples of the cities of Altamira, Santarém and in the one of the Endemic Zone. The cases of TTM although they are not common inside non endemic areas, they can happen, because the donors invariably implied in TTM possess low parasitemias, wich make difficult the detection of the parasites for the available methods. Thus, for a good screen of donors, effective strategies should be created, including clinical-epidemic screens, associated to effective tools serological enough to assure the quality of the blood arranged to the donation.
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Estudo da ocorrência e perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos de Staphylococcus aureus isolados de pacientes e profissionais de saúde na Unidade de Terapia Intensiva de hospital público de Rio Branco-AC

LAVIOLA GARCÊZ, Poliana Torres 07 February 2011 (has links)
Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T14:57:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoOcorrenciaPerfil.pdf: 778947 bytes, checksum: a4f4ad1179fb72496e6c936cf3243d2f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T15:19:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EstudoOcorrenciaPerfil.pdf: 778947 bytes, checksum: a4f4ad1179fb72496e6c936cf3243d2f (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T15:19:02Z (GMT). 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Foi desenvolvido um estudo transversal no período de janeiro a agosto de 2009. Para pesquisa de portadores, foram coletadas amostras biológicas da microbiota dos pacientes e profissionais de saúde. Para o levantamento de casos de pacientes com IH, foram coletadas amostras biológicas dos sítios suspeitos de estarem acometidos, a partir de 72 horas da data de sua admissão, até alta, transferência ou óbito. Dos 62 pacientes inseridos nos estudo, 19,3% foram portadores e 6,4% desenvolveram IH por S. aureus; e dos 35 profissionais, 28,6% foram portadores de S. aureus. Foi a segunda espécie bacteriana mais isolada de pacientes portadores e a quinta mais isolada de casos de IH. Não houve comprovação estatística para as variáveis abordadas no estudo serem consideradas fatores de risco para aquisição de IH por S. aureus. Os sítios anatômicos acometidos por IH por S. aureus foram o trato respiratório (n=2), seguido de corrente sanguínea (n=1). A amostra ponta de cateter foi responsável por 1 isolado. Um (1,6%) paciente desenvolveu IH por MRSA; e 5 (8,1%) pacientes e 2 (5,7%) profissionais foram portadores de MRSA, ocorrência baixa quando se relaciona com os resultados do restante do Brasil e do mundo. Destaca-se ainda, a incidência do MSSA sobre o MRSA e a baixa resistência dos MRSA aos antimicrobianos, demonstrando que na UTI do HUERB, as IH por S. aureus ainda não se constituem um problema de saúde pública. Não houve isolados de S. aureus resistentes à vancomicina, podendo ser considerada uma opção terapêutica para os casos de IH por MRSA. Vale ressaltar a importância desse estudo no Estado do Acre, por constituir o primeiro desta natureza em UTI, envolvendo S. aureus e MRSA. / The nosocomial infection is a serious public health problem worldwide, mainly in patients admitted to the Intensive Care Unit, which are subject to greater risk due to the severity of clinical symptoms, constant use of broad spectrum antibiotics and frequency of use of invasive procedures. Staphylococcus aureus is a major pathogen that colonizes healthy individuals and is also responsible for infections in hospitalized patients. This study aimed to identify the resistance profile, main sites affected by infection and possible risk factors associated with infection or colonization by S. aureus isolated from patients and healthcare professionals from the Intensive Care Unit of Hospital Emergency and Emergency, Rio Branco (HUERB) – Acre. We developed a cross-sectional study, conducted between January to August 2009. To search for carriers, biological samples were collected from microbiota of patients and professionals and professionals hand washing. For a survey of cases of patients with nosocomial infection were collected biological samples from sites suspected of being affected, 72 hours from the date of admission until discharge, transfer or death. Of the 62 patients enrolled in the study, 19.3% were carriers and 6.4% developed nosocomial infections by S. aureus, and 35 professionals, 28.6% were carriers of S. aureus. It was the second most bacterial species isolated from patients, and was the fifth most isolated from cases of nosocomial infection. There was no statistical evidence for the variable state of coma, use of invasive procedures and state of carrier patient are considered risk factors for acquiring nosocomial S. aureus in this study. The anatomical sites affected by IH by S. aureus were the respiratory tract ( n=2), followed by blood (n=1). The sample catheter tip was responsible for one insulated. One (1.6%) patient developed IH by MRSA, and 5 (8,1%) patients and 2 ( 5.7%) professionals were MRSA carriers, low occurrence as it relates to the results of the rest of Brazil and world. We also emphasize the incidence of MRSA over MSSA and low antomicrobial resistance of MRSA demonstrating that the UTI-HUERB, the IH S. aureus does not constitute a public health problem. There were no isolates of S. aureus resistant to vancomicina, wich can be considered a therapeutic option for cases of IH by MRSA. It is worth emphasizing the importance of this study in Acre State, for being the first of its kind in the UTI, involving S. aureus and MRSA.
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Estudo por PCR em tempo real de três polimorfismos em genes envolvidos na resposta imune em pacientes infectados por Plasmodium vivax da população de Belém-PA

LOBATO, Victor Riker 20 October 2006 (has links)
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Participação das citocinas Interleucina-12, Interferon-γ, Interleucina-4 e Interleucina-10 e investigação de polimorfismos nos genes do INF-γ (IFNG+874) e da IL-10 (IL10-1082) na malária causada por Plasmodium vivax

MEDINA, Tiago da Silva 05 October 2009 (has links)
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Estudo fenotípico e molecular de resistência aos antimicrobianos em amostras clínicas e ambientais de enterobactérias / Phenotypic and genotupic study of antimicrobial resistance in clinical and environmental entenobacterial samples

Verônica Dias Gonçalves 24 August 2012 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Buscamos detectar evidências da presença de genes envolvidos na produção de Enzimas Modificadoras de Aminoglicosídeos (EMAs), Beta-lactamases de espectro estendido (ESBLs) e Mecanismos Plasmidiais de Resistência a Quinolonas (PMQRs) em cepas de K. pneumoniae, K. ozaenae e E. coli isoladas de amostras de água de rios afluentes da Baía de Guanabara e de materiais clínicos de origem hospitalar, além de avaliar o "status sanitário" dos corpos aquáticos abordados no tocante à contaminação fecal recente e indicações de contaminação hospitalar e por outros ambientes de alta seletividade. As cepas de materiais clínicos foram selecionadas entre Maio e Julho de 2010, a partir da semeadura em meio de cultura contendo 8g/mL de gentamicina. As amostras de água foram coletadas em Abril e em Julho de 2009. Realizamos testes de colimetria, empregando para tal, a metodologia convencional e outra, na qual adicionamos 32g/mL de cefalotina e 8g/mL de gentamicina aos caldos Lactosado e Escherichia coli (caldo EC), a fim de detectar e quantificar coliformes resistentes. Para o isolamento das cepas empregamos meios de cultura contendo 32g/mL de cefalotina e 8g/mL de gentamicina. As cepas foram identificadas e submetidas a testes de susceptibilidade aos antimicrobianos (TSA), testes presuntivos para presença de ESBLs, extração de DNA plasmidial e ensaios de Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) para a detecção dos genes. A utilização de agentes antimicrobianos nos testes de colimetria nos permitiu detectar a presença e quantificar coliformes totais e fecais resistentes nas amostras de água analisadas nos diferentes pontos. O TSA das cepas isoladas de amostras de água exibiu perfis de multirresistência, compatíveis com o de bactérias de origem hospitalar, semelhante ao encontrado nas cepas isoladas de materiais clínicos. Todas as cepas isoladas de amostras de água e 90% das cepas de materiais clínicos apresentaram pelo menos uma banda plasmidial. Os ensaios de PCR evidenciaram a presença de produtos de amplificação para EMAs, ESBLs e PMQRs, sendo que 7,4% das cepas de amostras de água e 20% das cepas de materiais clínicos apresentaram produtos de amplificação para as três classes de antimicrobianos. A realização de testes de colimetria empregando antimicrobianos, como gentamicina e cefalotina, pode ser uma ferramenta adicional importante ao teste convencional, quando o interesse for, o monitoramento e a prevenção de contaminação ambiental, especialmente associada a microrganismos carreando genes de resistência. O uso criterioso de antimicrobianos em atividades de cunho hospitalar e veterinário e medidas no sentido de prevenção de lançamento de esgoto e/ou tratamento dos efluentes, são fundamentais para o controle da disseminação de elementos genéticos de resistência transferíveis entre os microrganismos. A detecção e identificação de microrganismos apresentando elementos de resistência em ambiente extra-hospitalar como em água e solo, em particular, o emprego de testes de colimetria empregando antimicrobianos, se faz necessária, como forma de prevenção e controle de disseminação destes microrganismos com potencial de causar infecções em humanos e outros animais que eventualmente entram em contato com estes ambientes. / We seek to detect evidence of the presence of genes involved in the production of Aminoglycoside Modifying Enzymes (AME), Extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) and Plasmid Mechanisms of Resistance to Quinolones (PMQRs) in strains of K. pneumoniae, K. ozaenae and E. coli isolated from water samples from rivers of Guanabara Bay and clinical samples of hospital origin, and to evaluate the "health status" of water bodies addressed in relation to recent fecal contamination and signs of hospital contamination and other environments with high selectivity. The strains from clinical materials were selected between May and July 2010, using culture media containing 8g/mL gentamicin. Water samples were collected in April and July 2009. Colimetric assays were performed, using the conventional methodology and other which we added 32g/mL cephalothin and 8g/mL of gentamicin at Lactose and Escherichia coli broth (EC broth), in order to detect and to count resistant coliforms. For isolation of the strains we employed culture media containing 32g/mL cephalothin and 8g/mL gentamicin. The strains were identified and submitted to tests for antimicrobial susceptibility (TSA), presumptive tests for the presence of ESBLs, plasmid DNA extraction and tests of the Polymerase Chain Reaction (PCR). The use of antimicrobial agents in colimetric assays allowed us to detect and to count the resistant total and fecal coliforms in the water samples analyzed at different points. The TSA of the isolates recovered from water samples showed multidrug-resistance profiles, compatible with that of nosocomial bacteria, similar to that found in isolates recovered from clinical materials. All isolates from water samples and 90% of the isolates of clinical samples showed at least one plasmid band. PCR assays demonstrated the presence of amplification products to AME, ESBLs and PMQRs, and 7.4% of the isolates recovered of samples of water and 20% of the isolates of clinical materials showed amplification products for the three antimicrobial classes. The colimetric assays using antimicrobials as gentamicin and cephalotin, may be important additional tool to conventional colimetric test, when the interest is the monitoring and prevention of environmental contamination, especially associated with drug-resistant microorganisms, carrying resistance genes. We believe that besides the judicious use of antimicrobial in hospital and veterinary activities, measures to prevent discharge of sewage and / or sewage treatment, are essential to control the dissemination of transferable genetic elements of resistance among microorganisms. The detection and identification of microorganisms presenting genetic elements in environment, as water and soil, privately colimetric assays using antimicrobials, are necessary to prevent and to control of dissemination to these microorganisms with potential to infect humans and other animals in eventual contact with this environment.
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Distribuição e conservação dos genes que codificam as proteínas VgrG e Hcp em espécies de Aeromonas / Distribution and conservation of genes that encode protins HCP and verg in Aeromonas species

Helena Reginaldo Martins 28 March 2012 (has links)
Aeromonas spp. são bastonetes Gram negativos amplamente distribuídos nos ambientes aquáticos, com relatos de isolamento em água de abastecimento público e alimentos. Este micro-organismo possui potencial de causar doenças intestinais e extraintestinais cuja patogenicidade está associada a sua virulência multifatorial. Diversos determinantes de virulência de Aeromonas já foram identificados, incluindo sistemas de secreção de proteínas. O sistema de secreção tipo VI (SST6) é o mais recente sistema de secreção de proteínas identificado em bactérias cuja presença em estirpes no gênero Aeromonas pode implicar atividades de citotoxicidade para o hospedeiro, pois esse sistema é capaz de injetar moléculas efetoras dentro da célula, interferindo diretamente nos processos celulares. A fim de determinar a presença e analisar a distribuição dos genes hcp e vgrG codificadores das proteínas efetoras do SST6 em Aeromonas spp. o presente estudo examinou 119 cepas isoladas de diversas origens pela técnica da PCR após o desenho de oligonucleotídeos iniciadores específicos. Objetivamos ainda analisar a variabilidade genética interespecífica dos genes hcp e vgrG a partir de dados de sequenciamento. Os resultados obtidos indicaram a distribuição dos genes vgrG e hcp em 46% das cepas de Aeromonas hydrophila e Aeromonas caviae de diferentes origens. Entre as cepas de A. hydrophila a maior frequência foi observada nas cepas isoladas de humanos, onde todas foram positivas para os iniciadores que amplificaram um produto de 541 pb do gene vgrG e 418 pb do gene hcp. Entre as cepas de A. caviae, a incidência de genes vgrG e hcp foi mais elevada nas cepas isoladas de alface (60%) e peixes (50%). As cepas analisadas de origem ambiental apresentaram índice total de 36% de positividade, apresentando frequência de 60% e 22% em A. hydrophila e A. caviae, respectivamente. Os dados obtidos da análise de cepas de origem alimentar mostraram a presença dos genes vgrG e hcp em 67% (A. hydrophila) e 60% (A. caviae) das cepas isoladas de folhas de alface. Nas cepas isoladas de queijo os genes foram encontrados em 67% e 12,5% das cepas de A. hydrophila e de A. caviae, respectivamente. O alinhamento múltiplo entre as sequências dos segmentos dos genes hcp e vgrG obtidas no sequenciamento indicou grau de identidade nucleotídica de 75 a 100% entre as sequências de hcp e 80 a 100% entre as sequências de vgrG. Em conclusão, nossos resultados indicaram que os iniciadores desenhados foram capazes de detectar suas sequências alvo em cepas de A. caviae e outras espécies de Aeromonas, sugerindo a existência de homologia entre os genes nas diferentes espécies, confirmada após sequenciamento de DNA. Os dados indicaram que esses genes estão distribuídos em várias espécies de Aeromonas e em cepas isoladas de diversas fontes. Ressaltamos a prevalência de cepas de A. hydrophila PCR-positivas em isolados clínicos, sugerindo a participação do SST6 no complexo universo da virulência multifatorial que permeia esse micro-organismo / Aeromonas species are Gram negative bacilli distributed widely in aquatic environments, with reports of isolation of this microorganism in water for public supply and food. Aeromonas have the potential to cause intestinal and extra intestinal infections whose pathogenicity is associated with multifactorial virulence. A number of virulence determinants have already been identified in Aeromonas, including protein secretion systems. The type VI secretion system (T6SS) is the most recent pathway to secrete proteins identified in bacteria. The presence of T6SS in Aeromonas strains may involve activities of cytotoxicity to the host, since this system is capable of injecting effectors molecules into the cell, interfering directly with a variety of cellular processes. The present study examined 119 strains of different origins by PCR, after the design of specific primers, to determine the distribution of vgrG and hcp genes encoding the effector proteins of T6SS in Aeromonas spp. We aimed to further analyze the interspecific sequence variation of hcp and vgrG genes based on sequencing data. The results show the presence of hcp and vgrG genes in 46% of A. hydrophila and A. caviae strains from different sources. All A. hydrophila strains isolated from humans were positive for the primers used to amplify a product of 541 bp and 418 bp of vgrG and hcp genes, respectively. Among A. caviae strains, the incidence of hcp and vgrG genes was high in the strains isolated from lettuce (60%) and fish (50%). The overall PCR-positive rate of strains from environmental source was 36%, with a frequency of 60% and 22% in A. hydrophila and A. caviae, respectively. The data obtained from analysis of food-borne strains showed the presence of hcp and vgrG genes in 67% (A. hydrophila) and 60% (A. caviae) of strains isolated from lettuce, while in the strains isolated from cheese the frequency was 67% (A. hydrophila) and 12.5% (A. caviae). The multiple alignment of hcp and vgrG sequences obtained revealed nucleotide identity rate between 75-100% among the hcp sequences and 80-100% in vgrG sequences. In conclusion, our results indicate that the primers designed were able to detect their target sequences in strains of A. caviae and other Aeromonas species, suggesting the existence of homology between genes in different species, as confirmed after DNA sequencing. The data indicate that these genes are distributed in various Aeromonas species from different sources. We emphasize the prevalence of PCR-positive A. hydrophila strains in clinical samples suggesting the involvement of T6SS in the complex universe of multifactorial virulence, which permeates this microorganism

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