Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2680.pdf: 6485015 bytes, checksum: 80308a62623a9b81cad38c987461252a (MD5) Previous issue date: 2009-09-24 / Universidade Federal de Minas Gerais / The present work studied populations of Ardea alba egretta (Great Egret) family Ardeidae (Aves), sampled from four Brazilian regions situated at different latitudes (Rio Grande do Sul, Pantanal, São Paulo and Amapá). Species-specific primers developed in this study allowed the sequencing of 194 individuals in the Domain I of mitochondrial DNA control region (fragment of 586 bp). Fifty-eight polymorphic sites were found, defining 74 haplotypes. Haplotype Hap9 was the most frequent and the majority of the remaining haplotypes occurred in low frequencies. Average nucleotide diversity was 0.006 and average haplotype diversity 0.908. Distribution of nucleotide diversity followed a descending order: Amapá> Pantanal> São Paulo> Rio Grande do Sul, and the differences between Amapá and the other populations were statistically significant. Results of AMOVA analysis indicated that there is genetic differentiation among populations of the four regions (Fct = 0.02145, p = 0.03324). Values of the pairwise F-statistics showed low genetic structuring among the colonies within each region, but significant structuring among the four regions. It was evident by the analysis of structuring that the genetic composition of Amapá is different from other regions. Significant differences revealed by the tests of Fu's Fs, Tajima's D, R2 and analyses of mismatch distribution, together with star-shaped haplotype networks, indicated signals of demographic expansion in the populations of Rio Grande do Sul and Pantanal. For the Amapá population only biases of Fu's Fs were significant and the curves of "mismatch distribution" can be explained by the unimodal standard distribution. The estimated time of expansion (τ) for Rio Grande do Sul population was 7,195 years before present, for Pantanal population was 32,009 and for Amapá population was 68,674. Obtained results are consistent with the hypothesis that the equatorial region likely was a refuge for populations of this species during the Pleistocene glaciations. / Foram estudadas populações de Ardea alba egretta (garça-branca-grande) da família Ardeidae (Aves), amostradas em quatro regiões brasileiras, com latitudes diferentes (Rio Grande do Sul, Pantanal, São Paulo e Amapá). Oligonucleotídeos espécie-específicos desenvolvidos nesse estudo possibilitaram o seqüenciamento de um fragmento de 586 pb do Domínio I da região controladora do DNA mitocondrial em 194 individuos. Cinqüenta e oito sítios polimórficos foram encontrados, definindo 74 haplótipos. O haplótipo de maior freqüência foi o Hap9 e a maioria dos demais haplótipos apresentaram freqüências baixas. A diversidade nucleotídica média foi de 0,006 e a diversidade haplotípica média 0,908. A distribuição da diversidade nucleotídica seguiu ordem decrescente do Amapá > Pantanal > São Paulo > Rio Grande do Sul e as diferenças entre Amapá e as demais populações foram estatisticamente significativas. Os resultados da análise AMOVA indicaram que há diferenciação genética entre as populações das quatro regiões (Fct = 0,02145; p = 0,03324). Valores de Fst par-a-par revelaram baixa estruturação entre as colônias dentro de cada região, mas estruturação entre as quatro regiões foi detectada. Ficou evidente pelas análises de estruturação que a composição genética do Amapá difere das demais regiões estudadas. Significantes desvios nos testes de Fs de Fu, D de Tajima, R2 e as análises da distribuição das diferenças par-a-par ( mismatch distribution ) e redes haplotípicas em formato de estrela apontam para sinais de expansão demográfica nas populações do Rio Grande do Sul e do Pantanal. Para o Amapá apenas os desvios de Fs de Fu foram significativos e as curvas de mismatch distribution podem ser explicadas pelo padrão unimodal. A estimativa do tempo de expansão (τ) para o Rio Grande do Sul foi de 7.195 anos antes do presente, para o Pantanal foi de 32.009 e para o Amapá foi de 68.674, anos antes do presente. Os resultados obtidos foram concordantes com a hipótese de que a região equatorial possivelmente foi o refúgio para as populações dessa espécie durante glaciações ocorridas no Pleistoceno.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3758.pdf: 2809059 bytes, checksum: b38018f70b56ac8d09c7f5cf7e865731 (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / ABSTRACT The cougar (Puma concolor) is the second largest feline species in Brazil. It has a wide distribution across the Americas, occurring from southwestern Canada to the Strait of Magellan, in the extreme south of Argentina and Chile, throughout the Brazilian territory. In this study we estimated the minimum number of individuals and genetic diversity of cougars in the Santa Virginia Unit, Serra do Mar State Park (PESM), São Paulo, based on fecal DNA analysis. Hair snares were also used to an attempt to obtain more samples. For the diagnosis of the species, we amplified a 146bp fragment of the cytochrome b gene of mitochondrial DNA. We used six microsatellite loci for the fecal samples individualization, to estimate the minimum number of individuals and genetic characterization of the population. No hair sample was obtained during the study. Among the 40 fecal samples obtained, 34 were successfully diagnosed, and we found 25 samples of P. concolor, eight of Leopardus tigrinus and one of Leopardus pardalis. The multiloci genotypes were obtained for only 15 samples belonging to 12 different puma individuals. The allelic dropout average rate was 10.43%. The mean observed heterozygosity was 0.6202, lower than that found for the species in fragmented areas of Cerrado, in the northeastern São Paulo. There were deviations in Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) for one locus and a deficit of heterozygous for the set loci used. However, there was no evidence of recent population bottleneck. Therefore, the deviation in HWE could be caused by the presence of null alleles or the low number of samples. Little relationship was found between individuals (6.1% Half-Sibs), indicating a possible continuous stream of cougars in the region. Thus, the PESM deserves special attention for being the largest continuous remnant of Brazilian Atlantic Forest and, therefore, similar studies are needed in the others Units of this Park so that together they can provide a more comprehensive view of the P. concolor situation in this biome. / A onça-parda (Puma concolor) é a segunda maior espécie de felino do Brasil. Possui uma ampla distribuição pelo continente americano, ocorrendo desde o sudoeste do Canadá até o Estreito de Magalhães, no extremo sul da Argentina e do Chile, passando por todo o território brasileiro. Nesse estudo foi estimado o número mínimo de indivíduos e a diversidade genética da onça-parda a partir de DNA fecal, no Núcleo Santa Virgínia, Parque Estadual da Serra do Mar (PESM), São Paulo. Armadilhas de pelos também foram utilizadas para uma mais uma tentativa na obtenção de amostras. Para o diagnóstico da espécie foi amplificado um pequeno fragmento do gene citocromo b do DNA mitocondrial. Ao todo foram utilizados seis locos de microssatélites para a individualização das amostras de fezes, estimativa do número mínimo de indivíduos e caracterização genética da população. Nenhuma amostra de pelo foi obtida durante o estudo. Dentre as 40 amostras de fezes obtidas, 34 foram diagnosticadas com sucesso, sendo encontradas 25 amostras de P. concolor, oito de Leopardus tigrinus e uma de Leopardus pardalis. Os genótipos multilocos foram obtidos para apenas 15 amostras, pertencentes a 12 indivíduos diferentes de onça-parda. A taxa média de allelic dropout foi de 10,43%. A heterozigosidade média observada foi de 0,6202, inferior a encontrada para a espécie em áreas fragmentadas do Cerrado, na região nordeste do Estado de São Paulo. Houve desvio no equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) para um dos locos e déficit de heterozigotos para o conjunto de locos utilizados. Contudo, não houve evidência de gargalo populacional recente. Dessa forma, o desvio no HWE pode ter sido causado pela presença de alelos nulos ou pelo baixo número de amostras. Pouca relação foi encontrada entre os indivíduos (6,1% de HS), indicando um possível fluxo contínuo de onças-pardas na região. Sendo assim, o PESM merece especial atenção por ser o maior remanescente contínuo da Mata Atlântica brasileira e, por isso, estudos similares são necessários nos demais Núcleos desse Parque para que juntos possam fornecer uma visão mais abrangente da situação da espécie P. concolor nesse bioma.

Submitted by BIANCA PICADO GONÇALVES null (bi_picado@hotmail.com) on 2018-03-27T19:06:54Z No. of bitstreams: 1 Tese_versão final 1.pdf: 3691717 bytes, checksum: 54912fed5f6b404afadb8be90dd16bf8 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br) on 2018-03-28T15:29:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonçalves_bp_dr_bot.pdf: 3691717 bytes, checksum: 54912fed5f6b404afadb8be90dd16bf8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-28T15:29:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonçalves_bp_dr_bot.pdf: 3691717 bytes, checksum: 54912fed5f6b404afadb8be90dd16bf8 (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Brasil apresenta umas das maiores diversidades de avifauna do mundo, sendo estimada a ocorrência de 1.919 espécies distribuídas em todo seu território. Entretanto, a destruição de habitats, poluição e captura excessiva, muitas vezes associadas ao comércio ilegal, têm levado a um declínio no número de indivíduos desse grupo animal. Uma das formas de combater esse tipo de crime ambiental e de reverter ou minimizar seus efeitos concerne à implementação de um banco de dados forenses com registros de ocorrências e informações biológicas sobre os animais apreendidos e desenvolvimento de ações de conscientização da população sobre esta problemática. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver estratégias multidisciplinares para a proteção jurídica à conservação biológica de aves oriundas do tráfico de animais. Amostras de DNA de aves comercializadas ilegalmente e encaminhadas ao Centro de Medicina e Pesquisa em Animais Silvestres (CEMPAS), mantido pela Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da Universidade Estadual Paulista, foram utilizadas para geração de perfis genéticos sexo-específicos, por meio da amplificação de segmentos dos genes CHD-Z e CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding). Adicionalmente, perfis de duas subespéciesde papagaio-verdadeiro (Amazona aestiva aestiva e Amazona aestiva xanthopteryx foram gerados por meio da amplificação e sequenciamento nucleotídico de segmentos dos genes mitocondriais citocromo C oxidase subunidade I (COI) e citocromo b (CYB) e de um segmento do gene de DNA ribossomal 5S (DNAr 5S), a partir de amostras de animais mantidos no CEMPAS. A sexagem molecular, em exemplares de aves de diferentes famílias, permitiu a identificação de um ou de dois fragmentos de DNA em machos e fêmeas, respectivamente. Entre os marcadores moleculares utilizados para caracterizar Amazona aestiva, apenas o citocromo b evidenciou diferenças nucleotídicas entre as duas subespécies. Os dados dos perfis genéticos foram utilizados para implementação de uma plataforma online denominada de Forensic Bird Base, com acesso para fins de pesquisa e criminalística. Como produtos adicionais desse trabalho, foram gerados uma cartilha educativa visando popularizar a aplicação das Ciências Forenses no combate ao tráfico de aves silvestres e um manual jurídico para profissionais das áreas de biológicas, visando demonstrar as normas e leis vigentes no país acerca dos direitos dos animais, e as condutas que podem ser tipificadas ou não como crime contra a fauna. Os resultados e produtos gerados podem servir de subsídio para o delineamento de programas de manutenção e/ou reprodução de espécies de aves em cativeiro, elaboração de estratégias de reintrodução de exemplares em ambiente natural e para combater ou minimizar o tráfico ilegal de animais e seus efeitos, / Brazil has one of the largest avifauna diversity in the world, with estimated 1,919 species distributed throughout its territory. However, habitat destruction, pollution and over-harvesting, often associated with illegal trade, have led to a decline in the number of individuals of this animal group. One possible approach to combat this type of environmental crime and to reverse or minimize its effects concerns the implementation of a forensic database with records of occurrences and biological information about the captured animals and the development of actions to raise population awareness about this problem. Therefore, the present work aimed to develop multidisciplinary strategies for the legal protection to the biological conservation of birds originated from the animal traffic. DNA samples of illegally traded birds, that were sent to the Center for Medicine and Research in Wild Animals (CEMPAS) maintained by the Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science of the São Paulo State University, were used to generate sex-specific genetic profiles, through the amplification of segments of the CHD-Z and CHD-W (Chromo Helicase DNA Binding) genes. In addition, profiles of two subspecies of the Blue-fronted Amazon (Amazona aestiva aestiva and Amazona aestiva xanthopteryx) were generated, through amplification and nucleotide sequencing of segments of the mitochondrial genes cytochrome C oxidase subunit I (COI) and cytochrome b (CYB) and a segment of the 5S ribosomal DNA gene ((DNAr 5S), from animal samples kept at CEMPAS. Molecular sexing, in different Family birds, allowed the identification of one or two fragments of DNA in males and females, respectively. Among the molecular markers used to characterize Amazona aestiva, only cytochrome b evidenced nucleotide differences between the two subspecies. Genetic profile data were used to implement an online platform called Forensic Bird Base, with access for research and criminalistic purposes. As an additional product of this work, an educational booklet was created, to popularize the application of Forensic Sciences against the traffic of wild birds, and a legal manual for professionals of the biological areas, aiming to demonstrate the norms and laws in force in the country regarding animals rights, and conducts that may be criminalized as a crime against wildlife. The generated results and products can be used as a subsidy to the design of programs for the maintenance and/or reproduction of bird species in captivity, the elaboration of strategies to reintroduce specimens in natural environments and to combat or minimize animals´s illegal trade and its consequences.

Made available in DSpace on 2015-05-14T12:14:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3134384 bytes, checksum: 253c3fb1aaec508b89c44bcd7766a50c (MD5) Previous issue date: 2013-08-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In this thesis, we investigate aspects of similarity between sequences of complete mitochondrial DNA. This line of study falls within the framework from the analysis of statistical properties of DNA sequences based on methods that seek to understand the information contained in these sequences a topic of renewed interest in the context of the so called Complex Systems. Previous approaches were used to obtain the frequencies of certain segments of nucleotides, regarded as the words of a given size, contained in sequences. These methods, inspired by studies devoted to the statistical properties of words distribution in linguistic and symbolical sequences, can be considered an alternative to techniques and algorithms for aligning sequences, and have been successful in the description of characteristics that allow to infer similarity and possible species grouping criteria, it means, biological afnity between DNA sequences. Previously, this methodology has been applied to evaluate the diferences between coding and nocoding DNA sequences and to extract linguistic aspects of these sequences by detecting keywords that describe relevant information embedded in the threads. In this dissertation, these studies are expanded in order to directly compare the contents of pairs of complete sequences of mitochondrial DNA, setting parameters that depend on the frequency distribution of sequences of words which highlight both the relevance of certain words as well as the possibility of grouping species estimating the distance between these words. Our results show that the best clusters between diferent species are obtained when we calculate the rate of agglomeration considering only frequencies of words. We have also observed that the larger the word size is, its greater clustering between sequences. The prospect of applying our results to analyze DNA sequences also belong to a single biological species, may be relevant in the construction of phylogenetic trees that are appropriate structures for understanding the evolutionary history of organisms. / Nesta dissertação, investigamos aspectos da similaridade entre sequências completas de DNA mitocondriais. Esta linha de estudo se insere no âmbito da análise de propriedades estatísticas de sequências de DNA baseadas em métodos que buscam entender a informação contida nessas sequências, tema de renovado interesse no contexto dos chamados Sistemas Complexos. Abordagens anteriores foram utilizadas para obtenção das frequências de determinados segmentos de nucleotídeos, considerados como palavras de um dado tamanho, contidos nas sequências. Tais métodos, inspirados em estudos dedicados às propriedades estatísticas de distribuição de palavras em textos linguísticos e sequências simbólicas, podem ser considerados uma alternativa às técnicas e algoritmos de alinhamento de sequências, e têm sido bem sucedidos na descrição de características que permitem inferir similaridade e possíveis critérios de agrupamentos de espécies, ou seja, afinidade biológica entre sequências de DNA. Anteriormente, esta metodologia foi aplicada para avaliar as diferenças entre sequências de DNA codificadas e não codificadas e para extrair aspectos linguísticos dessas sequências através da detecção de palavras-chaves que descrevem informações relevantes embutidas nas sequências. Nesta dissertação, ampliamos tais estudos, no sentido de comparar diretamente o conteúdo de pares de sequências completas de DNA mitocondriais, definindo parâmetros que dependem da distribuição de frequências de palavras das sequências que ressaltam tanto a relevância de determinadas palavras, bem como a possibilidade de agrupamentos de espécies estimando a distância entre essas sequências. Nossos resultados mostram que os melhores agrupamentos entre espécies distintas são obtidos quando calculamos a taxa de aglomeração levando em conta apenas as frequências das palavras. Notamos, também, que quanto maior o tamanho da palavra mais consistente é o agrupamento entre as sequências. A perspectiva de aplicação de nossos resultados, para analisar também sequências de DNA pertencentes a uma única espécie biológica, pode ser relevante na construção de árvores filogenéticas que são estruturas adequadas para se compreender a história evolucionária dos organismos.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:05:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EuricoADJ_TESE.pdf: 2589936 bytes, checksum: be1dedfbfc2d5720f10af387bc96dda3 (MD5) Previous issue date: 2012-06-01 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Esp?cies da fam?lia Lutjanidae representam um importante recurso pesqueiro em todas as ?reas de sua ocorr?ncia. No Brasil a explora??o comercial se iniciou na d?cada de 60 e nos anos 80, j? demonstrava decl?nio nos volumes de captura. A diminui??o de capturas aponta que os lutjan?deos devem ser manejados conservativamente. Estudos sobre a estrutura gen?tica das popula??es e dados gen?ticos para monitoramento dos estoques ao longo da costa brasileira atrav?s de marcadores moleculares, s?o escassos. Nesta regi?o, as esp?cies Lutjanus analis e L. jocu desempenham papel social para a subsist?ncia das comunidades de pescadores artesanais. O presente trabalho avaliou a variabilidade gen?tica inter e intrapopulacional, assim como o n?vel de estrutura??o gen?tica populacional de L. analis ( cioba) e L. jocu ( dent?o) ao logo do litoral brasileiro, analisando a regi?o hipervari?vel 1 da regi?o controle D-loop do DNAmt. Ambas as esp?cies demonstram constituir um ?nico grande estoque que permite compreend?-los como popula??es panm?ticas. De fato, a elevada variabilidade gen?tica demonstrada pelos altos ?ndices de diversidade nucleot?dica e haplot?pica, n?o revelam sinais de deprecia??o gen?tica frente a explora??o pesqueira. Os padr?es demogr?ficos hist?ricos destas esp?cies demonstram concord?ncia com eventos ocorridos no Pleistoceno. Os dados gen?ticos n?o excluem riscos futuros para ambas as esp?cies decorrentes da cont?nua explora??o destes estoques

A genética forense tem grande importância na geração de provas em casos de violência sexual, paternidade criminal, identificação de cadáveres e investigação de evidências de locais de crime. A análise de STRs apresenta grande poder de discriminação, mas é uma metodologia multi-etapas, trabalhosa, cara e em muitos casos a análise genética é prejudicada pela baixa quantidade e qualidade das evidências coletadas. Este estudo teve como objetivo desenvolver e caracterizar uma metodologia de triagem de amostras forenses através da análise de perfis de dissociação em alta resolução (HRM) de regiões do DNA mitocondrial, o qual está presente em maior número de cópias e mais resistente a degradação. Para tanto, foram extraídos DNAs de 68 doadores. Estas amostras foram sequenciadas e analisadas por HRM para sete alvos no DNA mitocondrial. Também foram realizados ensaios para determinar a influência do método de extração, da concentração e nível de degradação do DNA no perfil de HRM obtido para uma amostra. Os resultados demonstraram a capacidade da técnica de excluir indivíduos com sequências diferentes da referência comparativa em cinco regiões amplificadas. Podem ser analisadas em conjunto, amostras de DNA com variação de concentração de até a ordem de 100 vezes e extraídas por diferentes metodologias. Condições de degradação de material genético não prejudicaram a obtenção de perfis de dissociação em alta resolução. A sensibilidade da técnica foi aprimorada com a análise de produtos de amplificação de tamanho reduzido. A fim de otimizar o ensaio foi testada a análise de HRM em reações de PCR duplex. Um dos pares de amplificação forneceu perfis de HRM compatíveis com resultados obtidos de reações com amplificação de apenas um dos alvos. Através da análise conjunta das cinco regiões, esta metodologia visa a identificação de indivíduos não relacionados com as referências comparativas, diminuindo o número de amostras a serem analisadas por STRs, reduzindo gastos e aumentando a eficiência da rotina de laboratórios de genética forense. / The forensic genetics has an important role in the generation of evidence in cases of sexual assault, criminal paternity, identification of corpses and crime scenes investigation. The analysis of STRs has great power of discrimination, but it is a multi-stage methodology, complex, expensive and in many cases the genetic analysis is hampered by the low quantity and quality of evidence collected. This study aimed to develop and characterize a forensic samples screening methodology to examine high resolution melting profiles (HRM) of regions of the mitochondrial DNA, which is present in more copies and more resistant to degradation. Thus, we extracted DNA from 68 donors. These samples were sequenced and analyzed by HRM to seven mitochondrial DNA targets. Tests were also conducted to determine the influence of extraction method, concentration and DNA degradation level of HRM profile obtained for a sample. The results demonstrated the technical ability to exclude individuals with different sequences of comparative reference amplified in five regions. Can be analyzed together samples with varying concentration to the order of 100 times and extracted by different methods. Genetic material degradation conditions did not prevent obtaining high resolution melting profiles. The sensitivity of the technique was improved with the analysis of reduced size amplification products. In order to optimize the assay HRM analysis was tested in duplex PCR reactions. A pair of amplification provided HRM profiles consistent with results from amplification in reactions with only one of the targets. Through the joint analysis of the five regions, this approach aims to identify individuals not related to comparative references, reducing the number of samples to be analyzed by STRs, reducing costs and increasing the efficiency of the routine of forensic genetics laboratories.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A chegada dos primeiros habitantes há cerca de 15.000 anos e de colonos portugueses e escravos africanos, desde o século 15, em sucessivas migrações na América do Sul, levaram à formação de populações miscigenadas com raízes consideravelmente diversificadas. É notável a heterogeneidade populacional decorrente dessas migrações e do processo de amalgamento de indígenas a partir dos contatos entre os diferentes grupos étnicos, iniciados com a colonização da América pelos europeus. A despeito da elevada miscigenação, ainda se pode encontrar no Brasil populações que, majoritariamente, mantém a identidade genética dos seus ancestrais mais remotos. O objetivo desse estudo foi caracterizar a ancestralidade da população de Santa Isabel do Rio Negro, Amazonas, com fortes traços fenotípicos ameríndios, e da tribo indígena Terena de Mato Grosso do Sul. Para isto, foram estudados marcadores uniparentais paternos ligados à região não recombinante do cromossomo Y e maternos presentes na região controle do DNA mitocondrial (mtDNA). Em relação à herança paterna, foram genotipados 31 indivíduos de Santa Isabel do Rio Negro, sendo que os Terena já haviam sido estudados sob este aspecto. Quanto ao mtDNA, foram estudados 76 indivíduos de ambos os sexos e 51 Indivíduos do sexo masculino de Santa Isabel do Rio Negro e dos Terena, respectivamente. A análise de marcadores Y-SNPs possibilitou a caracterização de 55% dos cromossomos Y dos indivíduos de Santa Isabel do Rio Negro como pertencentes ao haplogrupo Q1a3a*, característico de ameríndio. Através do mtDNA, foi verificado que o haplogrupo A é o mais frequente nas duas populações, com percentuais de 34% e 42% em Santa Isabel do Rio Negro e na tribo Terena, respectivamente, observando-se no tocante à ancestralidade materna a não ocorrência de diferenciação genética significativa entre as duas populações. Por outro lado, a análise do cromossomo Y revelou a ocorrência de distância genética significativa entre elas, o que pode ser resultante da diferença entre os tamanhos das amostras populacionais ou refletir diferenças entre rotas migratórias dos ameríndios anteriormente à colonização. Os resultados mostram ainda que os genomas mitocondriais autóctones foram melhor preservados, e que novos haplogrupos do cromossomo Y foram introduzidos recentemente na população ameríndia. É, portanto, possível concluir que a população de Santa Isabel do Rio Negro e a tribo indígena Terena apresentam um significativo grau de conservação da ancestralidade ameríndia, apesar do longo histórico de contato com europeus e africanos, os outros povos formadores da população brasileira. / The arrival of the first inhabitants approximately 15.000 years ago and Portuguese settlers and Africans slaves since the 15th century in successive migrations in South America, lead to the formation of a mixed population with considerable diverse background. It is remarkable that population heterogeneity derives from this migrations and from the indigenous amalgamation process after contacts between different ethnic groups, started with Americas colonization by Europeans. Despite of the high genetic heterogeneity, populations that majority keep the genetic identity from their most remote ancestors can still be found in Brazil. The purpose of this research was characterizing the ancestry of the population of Santa Isabel do Rio Negro, Amazonas, with strong Amerindian phenotypic features, and of the indigenous tribe Terena, from Mato Grosso do Sul. We studied paternal uniparental markers linked to no-recombinant region of Y chromosome and maternal markers present in the control region of mitochondrial DNA (mtDNA). Thirty one individuals from Santa Isabel do Rio Negro were genotyped for paternal inheritance. Genotype information of paternal markers from the Terena tribe was already available from a previously study. MtDNA markers were studied in 76 individuals from Santa Isabel do Rio Negro, both male and female, and in 51 male individuals from Terena tribe. Analysis of Y-SNPs markers allowed characterization of Q1a3a* haplogroup, typical of Amerindian, in 55% of Y chromosomes from individuals of Santa Isabel do Rio Negro . By mtDNA markers this study established that haplogroup A is the most common in both populations, occuring in 34% of individuals from Santa Isabel do Rio Negro and 42% of individuals from the Terena tribe. This observation suggests that regarding maternal ancestry, there is no occurrence of significant genetic differentiation among the two populations. On the other hand, Y chromosome analysis revealed occurrence of significant genetic distance between this populations, which can be a result of the difference among populations sample sizes, or can reflect differences between Amerindians migratory routes previously to colonization. The result also shows that autoctones mitochondrial genomes were better preserved, and new Y chromosome haplogroups were introduced recently in Amerindian population. Therefore, it is, possible to conclude that Santa Isabel do Rio Negro population and Terena indigenous tribe show significant degree of Amerindian ancestry conservation, despite of the long historic contact with European and African, the others people formers the Brazilian population.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A Mata Atlântica brasileira concentra uma das maiores diversidades biológicas da Terra com cerca de 7% das espécies animais e vegetais do planeta. Esse bioma abriga atualmente mais de 50% das espécies de anuros do Brasil (c.a. 500 espécies), mas sofre intensa perda e fragmentação de habitat. Um dos principais fragmentos da Mata Atlântica, a Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA) abriga vasta anurofauna, com cerca de 71 espécies já descritas. Acredita-se, porém, que muitas ainda precisam ser identificadas e estudadas. A identificação de espécies baseada em caracteres moleculares vem se mostrando uma alternativa para dar suporte à identificação morfológica, e dentro deste contexto os genes de DNA mitocondrial, como o 16S, são utilizados para a realização de barcode. O objetivo deste estudo foi testar a metodologia de identificação molecular de espécies (DNA barcode) na comunidade de anfíbios anuros da REGUA utilizando o gene mitocondrial 16S. Para isso, foram coletados tecidos de 99 indivíduos, entre adultos e girinos de 23 espécies, agrupados em seis famílias distintas. Desses 99 indivíduos, 88 foram amplificados corretamente para o gene em referência e foram realizadas, com sucesso, a determinação de espécies de 84 anuros (95,45%) da REGUA. As espécies de Scinax albicans, Scinax flavoguttatus e Hylodes charadranaetes, cujas identificações haviam sido determinadas com base em critérios morfológicos, agruparam em clados de mesmo gênero, porém de espécies diferentes quando analisadas pelas metodologias neighbor-joining e maximum-likelihood. Além de altos valores de distância intraespecífica (2,18%, 3,49% e 3,77%, respectivamente) e distâncias interespecíficas nulas (0%) temos a indicação de possíveis equívocos em determinações de espécies feitas exclusivamente por critérios morfológicos. Nesse caso, as discordâncias morfológica e molecular são exclusivamente de girinos, demonstrando a dificuldade na identificação morfológica e a escassez de chaves de identificação dessas espécies em estágio larval. Os resultados mostram que o gene mitocondrial 16S teve seu uso na identificação de anuros da REGUA confirmada e apontam que, em casos de estudos com indivíduos em estágios larvais, como em girinos, a metodologia de barcode, quando complementada a identificação morfológica, suporta a correta identificação das espécies de anfíbios anuros. / The Brazilian Atlantic Forest focuses one of the greatest biological diversity of the Earth with about 7% of the planet's animal and plant species. This biome is currently home to more than 50% of anurans species from Brazil (c.a. 500 species), but it suffers severe loss and fragmentation of habitat. One of the main fragments of the Atlantic Forest, the Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA) houses a wide anuran fauna, with about 71 species had already described. It is believed, however, that lots of them still need to be identified and studied. The identification of these species based on molecular characters has proven to be an alternative to support a morphological identification, and in this context the mitochondrial DNA genes, such as 16S are used to perform barcode. The goal of this study was to test the methodology for molecular identification (DNA barcode) in anurans of REGUA community using 16S mitochondrial gene. For this, tissues of 99 individuals, including adults and tadpoles of 23 species, grouped into six different families were collected. Of these 99 individuals, 88 were amplified correctly to the reference gene and were successful determination of 84 species of anurans (95.45%) of the REGUA. Scinax albicans, Scinax flavoguttatus and Hylodes charadranaetes species whose identifications had been determined based on morphological criteria, grouped into clades of the same gender, but different species when analyzed by methodologies neighbor-joining and maximum-likelihood. In addition to high intraspecific distances (2,18%, 3,49% and 3,77% respectively) and interspecific distances to nil (0%), we have an indication of possible mistakes of species determinations made by a morphological criterion. In this case, the morphological and molecular disagreements are exclusively on tadpoles, demonstrating the difficulty of morphological identification and the shortage of identification of these species larval stage. The results show that the 16S mitochondrial gene had its use in identifying the anurans REGUA confirmed and indicate that the case studies with individuals in larval stages, as in tadpoles , the methodology of the barcode when complemented morphological identification, supports the correct identification of species of anurans amphibians .

Abstract Childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most common cancer in children. The overall survival rate has reached to 90%. However, ALL still presents a significant disease burden and is a major cause for deaths in children. Recently, both inherited germline variants related to ALL susceptibility and somatic genetic variants forming novel subgroups of ALL have been discovered. In this thesis two families with familial ALL were studied. Constitutional heterozygous microdeletion at chromosome 7p12.1p13, including IKZF1, was discovered in the first family with intellectual impairment, overgrowth, and susceptibility to childhood ALL. In the second family, constitutional chromosome translocation was revealed in two individuals with childhood ALL and, subsequently, in seven unaffected family members. The balanced reciprocal translocation t(12;14)(p13.2;q23.1) resulted in breakpoints on two genes; ETV6 on chromosome 12 and RTN1 on chromosome 14. Only a few familial and sporadic ALL cases with germline variants in either IKZF1 or ETV6 have been published, thus supporting the significant role of these constitutional variants in childhood ALL predisposition. Inherited bone marrow failure syndromes (IBMFS) may predispose to childhood leukemia, including ALL. Two unrelated patients were diagnosed with bone marrow failure without the symptoms of classical IBMFS. Neither patient had any signs of developmental delay or congenital anomalies. Exome sequencing revealed identical c.1457del(p.(Ile486fs)) mutation on the ERCC6L2 gene in both patients. A few patients with IBMFS and ERCC6L2 variants have been described in previous studies. Some of them also had congenital craniofacial anomalies and developmental delay that were not detected in the patients in this thesis. The ALL cohort study on genetic variation of mitochondrial DNA (mtDNA) included 36 children. Metabolic change where malignant cells uncouple energy production from oxidative phosphorylation (OXPHOS) is one of the established hallmarks of cancer. In the cohort in this study, 22% of patients harbored nonsynonymous variants on mtDNA in the protein-coding genes of OXPHOS enzyme complexes. The somatic non-neutral variants were found in patients with a poor prognosis cytogenetic marker. The results support the hypothesis that cancer cells harbor mtDNA variants that may affect the cell metabolism. / Tiivistelmä Akuutti lymfoblastileukemia (ALL) on lasten yleisin syöpä. Vaikka nykyisin noin 90 prosenttia paranee, ALL aiheuttaa huomattavan paljon sairastavuutta ja on merkittävä lasten kuolinsyy. Vastikään on löydetty perinnöllisiä geneettisiä muutoksia, jotka altistavat lapsuusiän ALL:lle. Tutkimuksen kohteena oli kaksi perhettä, joissa vähintään kaksi lasta on sairastunut ALL:aan. Ensimmäisessä perheessä havaittiin lapsuusiän ALL:aan sairastuneilla kehityshäiriöisillä sisaruksilla äidiltä periytyvä heterotsygoottinen deleetio kromosomissa 7p12.1p13, jossa sijaitsee IKZF1-geeni. Toisessa perheessä perinnöllinen kahden kromosomin translokaatio todettiin kahdella lapsuusiän ALL:aan sairastuneella sekä seitsemällä perheenjäsenellä. Balansoitu translokaatio t(12;14)(p13.2;q23.1) aiheuttaa katkaisukohdan ETV6-geeniin kromosomissa 12 ja RTN1-geeniin kromosomissa 14. Tähän mennessä on julkaistu vain muutamia tutkimuksia potilaista, joilla on ollut perinnöllinen muutos joko IKZF1- tai ETV6-geenissä. Näillä geeneillä oletetaan olevan tärkeä merkitys perinnöllisessä alttiudessa sairastua lapsuusiän ALL:aan. Perinnölliset luuytimen toimintahäiriöt voivat altistaa leukemialle, kuten ALL:lle. Kahdella lapsella todettiin luuytimen toimintahäiriö, mutta ei muita oireita, jotka voisivat liittyä tyypillisiin perinnöllisiin luuytimen toimintahäiriöihin. Eksomisekvensoinnissa todettiin identtinen, homotsygoottinen mutaatio c.1457del(p.(Ile486fs)) ERCC6L2-geenissä. Kirjallisuuslähteiden mukaan vain muutamalla potilaalla on todettu ERCC6L2-geenin muutoksesta johtuva luuytimen toimintahäiriö. Osalla heistä on ollut synnynnäisiä kallon ja kasvojen anomalioita sekä kehityshäiriö, jollaisia tähän tutkimukseen osallistuneilla potilailla ei todettu. Potilaskohorttitutkimuksessa tutkittiin mitokondriaalisen DNA:n (mtDNA) muutoksia ALL:aan sairastuneilla lapsilla. Syöpäsolut eivät hyödynnä mitokondrion elektroninsiirtoketjua energian tuotantoon, ja tämä aineenvaihdunnan muutos on tunnustettu syövän ominaisuus. Tutkimuksessa havaittiin, että 22 prosentilla potilaista ilmeni diagnoosivaiheessa poikkeavia mtDNA:n muutoksia, jotka olivat elektroninsiirtoketjun entsyymien alayksiköitä koodaavissa geeneissä. Muutoksia todettiin useimmiten potilailla, joilla oli leukemiasoluissa huonon ennusteen geneettinen tekijä. Havaitut muutokset voivat mahdollisesti vaikuttaa leukemiasolun energia-aineenvaihduntaan.

O carcinoma renal de células claras é o tumor renal maligno mais frequentemente diagnosticado nos adultos. Uma série de defeitos genéticos tem sido observada no tecido tumoral renal e tais achados podem estar envolvidos na gênese ou progressão desses tumores. Alterações metabólicas e genéticas da mitocôndria são fatores que contribuem para muitas doenças humanas, incluindo o câncer. Objetivo: Estabelecer método para extração mitocondrial sem contaminação pelo DNA nuclear; verificar se existe contaminação por inserções nucleares de origem mitocondrial (NUMTs) no sequenciamento do genoma mitocondrial no carcinoma renal de células claras. Métodos: Para o estudo foram selecionados quatro pacientes portadores de carcinoma renal de células claras. Após a cirurgia obtivemos de cada paciente um fragmento de tumor e um fragmento de parênquima renal sem comprometimento neoplásico, as amostras de cada paciente foram extraídas de forma que ao final pudéssemos obter quatro amostras de DNA, sendo duas com isolamento da mitocôndria e duas sem o isolamento da mitocôndria. As amostras obtidas foram submetidas às seguintes análises genéticas: Sequenciamento completo do mtDNA; Reação em cadeia da polimerase para avaliação da contaminação do mtDNA obtido com isolamento da organela por DNA nuclear; avaliação do número de cópias do mtDNA (depleção) e patogenicidade das mutações. Resultados: Com os resultados obtidos neste estudo podemos afirmar que é possível a realização da extração do DNA mitocondrial sem a contaminação do genoma nuclear; e que o DNA mitocondrial extraído de maneira clássica do DNA total não apresentou contaminação por inserções nucleares de origem mitocondrial (NUMTs). / Clear cell renal carcinoma is the most frequently diagnosed malignant renal tumor in adults. A number of genetic defects have been observed in renal tumor tissue and such findings may be involved in the genesis or progression of these tumors. Metabolic and genetic changes in mitochondria are contributing factors to many human diseases, including cancer. Objective: To establish a method for mitochondrial extraction without nuclear DNA contamination; check for contamination by nuclear inserts of mitochondrial origin (NUMTs) in the sequencing of the mitochondrial genome in clear cell renal carcinoma. Methods: Four patients with clear cell renal carcinoma were selected for the study. After surgery, we obtained from each patient a tumor fragment and a renal parenchyma fragment without neoplastic involvement, the samples from each patient were extracted so that in the end we could obtain four DNA samples, two with mitochondrial isolation and two without the mitochondria isolation of mitochondria. The obtained samples were submitted to the following genetic analyzes: Complete sequencing of mtDNA; Polymerase chain reaction to evaluate the contamination of mtDNA obtained with organelle isolation by nuclear DNA; evaluation of mtDNA copy number (depletion) and pathogenicity of mutations. Results: With the results obtained in this study we can affirm that it is possible to perform mitochondrial DNA extraction without contamination of the nuclear genome; and that the mitochondrial DNA extracted from the classical DNA of the total DNA was not contaminated by nuclear inserts of mitochondrial origin (NUMTs).